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植物天然記念物一覧（しょくぶつてんねんきねんぶついちらん）は、日本の文部科学大臣が指定した天然記念物（特別天然記念物を含む。以下同）のリスト。天然記念物指定基準「植物」に基づき指定された植物の個体・自生地・群落、原始林、並木などを掲載する。なお、本項では文化財保護法に基づき国（日本国文部科学大臣）が指定した天然記念物を対象とし、地方自治体指定の天然記念物は対象外とする。
藻類
コケ植物
- ミズスギゴケ
- ヒカリゴケ
- 吉見百穴ヒカリゴケ発生地（埼玉県比企郡吉見町） - 関東平野での自生
- 江戸城跡のヒカリゴケ生育地（東京都千代田区）
- 岩村田ヒカリゴケ産地（長野県佐久市）
- チャツボミゴケ
シダ植物
種子植物
裸子植物
- ソテツ
- イチョウ
- 法量のイチョウ（青森県十和田市） - 樹齢1000年
- 北金ヶ沢のイチョウ（青森県西津軽郡深浦町）
- 実相寺のイチョウ（岩手県二戸郡一戸町）
- 長泉寺の大イチョウ（岩手県久慈市）
- 雨乞のイチョウ（宮城県柴田郡柴田町）
- 苦竹のイチョウ（宮城県仙台市）
- 千本イチョウ（千葉県市川市）
- 善福寺のイチョウ（東京都港区）
- 上日寺のイチョウ（富山県氷見市）
- 飛騨国分寺の大イチョウ（岐阜県高山市）
- 菩提寺のイチョウ（岡山県勝田郡奈義町）
- 龍蔵寺のイチョウ（山口県山口市）
- 乳保神社のイチョウ（徳島県板野郡上板町）
- 平石の乳イチョウ（高知県土佐郡土佐町）
- 有田のイチョウ（佐賀県西松浦郡有田町）
- 下の城のイチョウ（熊本県阿蘇郡小国町）
- 下田のイチョウ（熊本県熊本市）
- 下野八幡宮のイチョウ（宮崎県西臼杵郡高千穂町）
- 田原のイチョウ（宮崎県西臼杵郡高千穂町）
- 去川のイチョウ（宮崎県宮崎市）
- オハツキイチョウ
- 早田のオハツキイチョウ（山形県鶴岡市）
- 白旗山八幡宮のオハツキイチョウ（茨城県水戸市）
- 杉森神社のオハツキイチョウ（福井県大飯郡高浜町）
- 上沢寺のオハツキイチョウ（山梨県南巨摩郡身延町）
- 八木沢のオハツキイチョウ（山梨県南巨摩郡身延町）
- 本国寺のオハツキイチョウ（山梨県南巨摩郡身延町）
- 了徳寺のオハツキイチョウ（滋賀県米原市）
- マツ
- リュウキュウマツ
- ゴヨウマツ
- 幌満ゴヨウマツ自生地（北海道様似郡様似町）
- 鶉川ゴヨウマツ自生北限地帯（北海道檜山郡厚沢部町）
- ウツクシマツ（タギョウショウ）
- 平松のウツクシマツ自生地（滋賀県湖南市）
- ナギ
- コウヤマキ
- ヒノキアスナロ
- ヒノキアスナロおよびアオトドマツ自生地（北海道檜山郡江差町）
- ヒノキ
- サワラ
- 沢尻の大ヒノキ（サワラ）（福島県いわき市）
- イブキ（ビャクシン）
- モミ
- アオトドマツ
- ヒノキアスナロおよびアオトドマツ自生地（北海道檜山郡江差町）
- トガサワラ
- 三ノ公川トガサワラ原始林（奈良県吉野郡川上村）
- アカエゾマツ
- ハリモミ
- スギ
- 桃洞・佐渡のスギ原生林（秋田県北秋田市）
- 羽黒山の爺スギ（山形県鶴岡市）
- 熊野神社の大スギ（山形県鶴岡市）
- 山五十川の玉スギ（山形県鶴岡市）
- 諏訪神社の翁スギ媼スギ（福島県田村郡小野町）
- 杉沢の大スギ（福島県二本松市）
- 木幡の大スギ（福島県二本松市）
- 安良川の爺スギ（茨城県高萩市）
- 逆スギ（栃木県那須塩原市）
- 安中原市のスギ並木（群馬県安中市）
- 榛名神社の矢立スギ（群馬県高崎市） - 樹齢1000年
- 清澄の大スギ（千葉県鴨川市）
- 箒スギ（神奈川県足柄上郡山北町） - 樹齢2000年
- 将軍スギ（新潟県東蒲原郡阿賀町）
- 虫川の大スギ（新潟県上越市）
- 天神社の大スギ（新潟県妙高市）
- 杉沢の沢スギ（富山県下新川郡入善町）
- 栢野の大スギ（石川県加賀市）
- 八幡神社の大スギ（石川県加賀市山中温泉菅谷）
- 御仏供スギ（おぼけすぎ）（石川県白山市）
- 精進の大スギ（山梨県南都留郡富士河口湖町）
- 月瀬の大スギ（長野県下伊那郡根羽村）
- 加子母のスギ（岐阜県中津川市）
- 久津八幡神社の夫婦スギ（岐阜県下呂市）
- 禅昌寺の大スギ（岐阜県下呂市）
- 神ノ御杖スギ（岐阜県郡上市）
- 神渕神社の大スギ（岐阜県加茂郡七宗町）
- 千光寺の五本スギ（岐阜県高山市）
- 大山の大スギ（岐阜県加茂郡白川町）
- 智満寺の十本スギ（静岡県島田市）
- 杉本の貞観スギ（愛知県豊田市）
- 八ツ房スギ（奈良県宇陀市）
- 玉若酢命神社の八百スギ（島根県隠岐郡隠岐の島町）
- 大玉スギ（山口県周南市）
- 平川の大スギ（山口県山口市）
- 天神の大スギ（高知県香南市）
- 英彦山の鬼スギ（福岡県田川郡添田町）
- 女夫木の大スギ（長崎県諫早市）
- 阿弥陀スギ（熊本県阿蘇郡小国町）
- 金比羅スギ（熊本県阿蘇郡南小国町）
- 大杵社の大スギ（大分県由布市）
- 狭野のスギ並木（宮崎県西諸県郡高原町）
- 八村スギ（宮崎県東臼杵郡椎葉村）
- イチイ
- カヤ
- コツブガヤ
- ハダカガヤ
- 日置のハダカガヤ（兵庫県丹波篠山市） - 樹齢600年
- ヒダリマキガヤ
- 小原のヒダリマキガヤ（宮城県白石市）
- 熊野のヒダリマキガヤ（滋賀県蒲生郡日野町）
- 建屋のヒダリマキガヤ（兵庫県養父市） - 樹齢800年、日本最大のヒダリマキガヤ
被子植物・双子葉類
- カワゴケソウ科
- オオヤマレンゲ
- シデコブシ
- 椛のシデコブシ自生地（愛知県田原市）
- 田光のシデコブシ及び湿地植物群落（三重県三重郡菰野町）
- オガタマノキ
- クスノキ
- 神崎の大クス（千葉県香取郡神崎町）
- 阿豆佐和気神社の大クス（静岡県熱海市）
- 葛見神社の大クス（静岡県伊東市） - 樹齢1000年
- 杉桙別命神社の大クス（静岡県賀茂郡河津町）
- 清田の大クス（愛知県蒲郡市）
- 薫蓋クス（大阪府門真市）
- 川棚のクスの森（山口県下関市）
- 新居浜一宮神社のクスノキ群（愛媛県新居浜市）
- 大山祇神社のクスノキ群（愛媛県今治市）
- 大谷のクス（高知県須崎市）
- 新舟小屋のクスノキ林（福岡県みやま市）
- 太宰府神社のクス（福岡県太宰府市）
- 湯蓋の森（クス）衣掛の森（クス）（福岡県糟屋郡宇美町）
- 本庄のクス（福岡県築上郡築上町）
- 川古のクス（佐賀県武雄市）
- 藤崎台のクスノキ群（熊本県熊本市）
- 柞原八幡宮のクス（大分県大分市）
- 瓜生野八幡のクスノキ群（宮崎県宮崎市）
- 高鍋のクス（宮崎県児湯郡高鍋町）
- 妻のクス（宮崎県西都市）
- 上穂北のクス（宮崎県西都市）
- 清武の大クス（宮崎県宮崎市）
- 東郷のクス（宮崎県日南市）
- 志布志の大クス（鹿児島県志布志市） - 樹齢1000年
- 塚崎のクス（鹿児島県肝属郡肝付町）
- タブノキ
- ハスノハギリ
- 平久保安良のハスノハギリ群落（沖縄県石垣市）
- オニバス
- カザグルマ
- カザグルマ自生地（奈良県宇陀市）
- ナンテン
- 川上のユズおよびナンテン自生地（山口県萩市）
- カツラ
- イスノキ
- エノキ
- ムクノキ
- アコウ
- ガジュマル
- ヤマグワ
- ヤマモモ
- アカシデ
- 幸神神社のシダレアカシデ（東京都西多摩郡日の出町）
- テングシデ
- ブナ
- イヌブナ
- 平糠のイヌブナ自然林（岩手県二戸郡一戸町）
- 尚仁沢上流部イヌブナ自然林（栃木県塩谷郡塩谷町）
- ウバメガシ
- カシワ
- イチイガシ
- 大村のイチイガシ天然林（長崎県大村市）
- ハナガガシ
- 堅田郷八幡社のハナガガシ林（大分県佐伯市）
- オキナワウラジロガシ
- ミズナラ
- アベマキ
- ツブラジイ
- スダジイ（イタジイ）
- クリ
- カズグリ自生地（岩手県花巻市）
- 小野のシダレグリ自生地（長野県上伊那郡辰野町）
- 西内のシダレグリ自生地（長野県上田市）
- 竹原のシダレグリ自生地（岐阜県下呂市）
- ヤチカンバ
- ツバキ
- サザンカ
- チャノキ
- サカキ
- 松上神社のサカキ樹林（鳥取県鳥取市）
- ホルトノキ
- アオギリ
- 伊古奈比咩命神社のアオギリ自生地（静岡県下田市）
- サキシマスオウノキ
- ハマボウ
- 万之瀬川河口域のハマボウ群落及び干潟生物群集（鹿児島県南さつま市）
- ムジナモ
- 宝蔵寺沼ムジナモ自生地（埼玉県羽生市）
- コケモモ
- サカイツツジ
- シロヤシオ
- 京丸のアカヤシオおよびシロヤシオ群生地（静岡県浜松市）
- アカヤシオ
- 京丸のアカヤシオおよびシロヤシオ群生地（静岡県浜松市）
- レンゲツツジ
- 湯の丸レンゲツツジ群落（群馬県吾妻郡嬬恋村）
- 躑躅原のレンゲツツジ及びフジザクラ群落（山梨県富士吉田市）
- ヤマツツジ
- オンツツジ
- 船窪のオンツツジ群落（徳島県吉野川市）
- コメツツジ
- ツクシシャクナゲ
- ホンシャクナゲ
- 一之瀬のホンシャクナゲ群落（岐阜県大垣市）
- 鎌掛谷ホンシャクナゲ群落（滋賀県蒲生郡日野町）
- アズマシャクナゲ
- ハクサンシャクナゲ
- 吾妻山ヤエハクサンシャクナゲ自生地（福島県福島市）
- 草津白根のアズマシャクナゲおよびハクサンシャクナゲ群落（群馬県吾妻郡草津町）
- キバナシャクナゲ
- ミヤマキリシマ
- シロドウダン
- 地獄地帯シロドウダン群落（長崎県雲仙市）
- ツガザクラ
- 銅山峰のツガザクラ群落（愛媛県新居浜市）
- ツルマンリョウ
- 丹生川上中社のツルマンリョウ自生地（奈良県吉野郡東吉野村）
- 出雲神社ツルマンリョウ自生地（山口県山口市）
- ハマナス
- ノカイドウ
- ヤマナシ（ニホンナシ）
- アイナシ
- 西阿倉川アイナシ自生地（三重県四日市市）
- イヌナシ
- 東阿倉川イヌナシ自生地（三重県四日市市）
- 多度のイヌナシ自生地（三重県桑名市）
- シナナシ
- ウメ
- サクラ
- 盛岡石割ザクラ（岩手県盛岡市）
- 龍谷寺のモリオカシダレ（岩手県盛岡市）
- 鹽竈神社の鹽竈ザクラ（宮城県塩竈市）
- 角館のシダレザクラ（秋田県仙北市）
- 伊佐沢の久保ザクラ（山形県長井市）
- 草岡の大明神ザクラ（山形県長井市）
- 南谷のカスミザクラ（山形県鶴岡市）
- 三春滝ザクラ（福島県田村郡三春町）
- 馬場ザクラ（福島県安達郡大玉村）
- 桜川のサクラ（茨城県桜川市）
- 大戸のサクラ（茨城県東茨城郡茨城町）
- 金剛ザクラ（栃木県日光市）
- 三波川（サクラ）（群馬県藤岡市）
- 石戸蒲ザクラ（埼玉県北本市）
- 極楽寺の野中ザクラ（新潟県東蒲原郡阿賀町）
- 小山田ヒガンザクラ樹林（新潟県五泉市）
- 小木の御所ザクラ（新潟県佐渡市）
- 橡平サクラ樹林（新潟県新発田市）
- 梅護寺の珠数掛ザクラ（新潟県阿賀野市）
- 松月寺のサクラ（石川県金沢市）
- 山高神代ザクラ（山梨県北杜市）
- 躑躅原のレンゲツツジ及びフジザクラ群落（山梨県富士吉田市）
- 素桜神社の神代ザクラ（長野県長野市）
- 霞間ヶ渓（サクラ）（岐阜県揖斐郡池田町）
- 臥龍のサクラ（岐阜県高山市）
- 根尾谷淡墨ザクラ（岐阜県本巣市）
- 中将姫誓願ザクラ（岐阜県岐阜市）
- 揖斐二度ザクラ（岐阜県揖斐郡大野町）
- 木曽川堤（サクラ）（愛知県江南市・一宮市）
- 白子不断ザクラ（三重県鈴鹿市）
- 常照寺の九重ザクラ（京都府京都市）
- 樽見の大ザクラ（兵庫県養父市）
- 知足院ナラノヤエザクラ（奈良県奈良市）
- 三隅大平ザクラ（島根県浜田市）
- 大村神社のオオムラザクラ（長崎県大村市）
- ヒガンザクラ自生南限地（鹿児島県姶良郡湧水町） - 栗野岳
- 荒川のカンヒザクラ自生地（沖縄県石垣市）
- バクチノキ
- ケヤキ
- 文下のケヤキ（山形県鶴岡市）
- 高瀬の大木（ケヤキ）（福島県会津若松市）
- 原町の大ケヤキ（群馬県吾妻郡東吾妻町） - 樹齢1000年
- 御岳の神代ケヤキ（東京都青梅市）
- 馬場大門のケヤキ並木（東京都府中市）
- 練馬白山神社の大ケヤキ（東京都練馬区）
- 鵜川神社の大ケヤキ（新潟県柏崎市）
- 専福寺の大ケヤキ（福井県大野市）
- 根古屋神社の大ケヤキ（山梨県北杜市）
- 三恵の大ケヤキ（山梨県南アルプス市） - 樹齢1000年
- 上野原の大ケヤキ（山梨県上野原市）
- 野間の大ケヤキ（大阪府豊能郡能勢町）
- 八代の大ケヤキ（兵庫県朝来市） - 樹齢1600年
- 竹の熊の大ケヤキ（熊本県阿蘇郡南小国町）
- 下野八幡宮のケヤキ（宮崎県西臼杵郡高千穂町）
- ヤエヤマシタン
- 石垣島平久保のヤエヤマシタン自生地（沖縄県石垣市）
- フジ
- オヒルギ
- キイレツチトリモチ
- ヤッコソウ
- イヌツゲ
- 野岳イヌツゲ群落（長崎県雲仙市）
- ツゲ
- アカギ
- ヨコグラノキ
- ヨコグラノキ北限地帯（宮城県白石市）
- トチノキ
- カエデ
- 中釜戸のシダレモミジ（福島県いわき市）
- ヤマモミジ
- ハナノキ
- センダン
- ミカン
- ユズ
- 川上のユズおよびナンテン自生地（山口県萩市）
- タチバナ
- 甲原松尾山のタチバナ群落（高知県土佐市）
- コウライタチバナ
- 笠山コウライタチバナ自生地（山口県萩市）
- ナツミカン
- 大日比ナツミカン原樹（山口県長門市）
- ヒロハチシャノキ
被子植物・単子葉類
- ビロウ
- 高島のビロウ自生地（宮崎県延岡市）
- ニッパヤシ
- ヤエヤマヤシ
- 米原のヤエヤマヤシ群落（沖縄県石垣市）
- ウブンドルのヤエヤマヤシ群落（沖縄県八重山郡竹富町）
- マダケ
- ハチク
- トラフダケ（ヤシャダケ）
- トラフダケ自生地（岡山県真庭市）
- 本谷のトラフダケ自生地（岡山県津山市）
- モウソウチク
- ミヤマクマザサ
- スズラン
- サクライソウ
- 久々利のサクライソウ自生地（岐阜県可児市）
- カキツバタ
- 小堤西池のカキツバタ群落（愛知県刈谷市）
- 大田ノ沢のカキツバタ群落（京都府京都市）
- 唐川のカキツバタ群落（鳥取県岩美郡岩美町）
- ノハナショウブ - 指定名称ではハナショウブとなっているが、すべて原種のノハナショウブの自生地である。
- 花輪堤ハナショウブ群落（岩手県花巻市）
- 斎宮のハナショウブ群落（三重県多気郡明和町）
- 栗野町ハナショウブ自生南限地帯（鹿児島県姶良郡湧水町木場） - 日本のノハナショウブ自生地の南限といわれている。
- エヒメアヤメ
- タヌキノショクダイ
- ムカデラン
- 不動院ムカデラン群落（三重県松阪市）
植物群落など
- オンネトー湯の滝マンガン酸化物生成地（北海道足寄郡足寄町） - 藻類などの集合体も含め指定されている。
- 円山原始林（北海道札幌市）
- 藻岩原始林（北海道札幌市）
- 後方羊蹄山の高山植物帯（北海道虻田郡倶知安町・京極町・喜茂別町・真狩村・ニセコ町）
- 女満別湿生植物群落（北海道網走郡大空町）
- 焼尻の自然林（北海道苫前郡羽幌町）
- 登別原始林（北海道登別市）
- 霧多布泥炭形成植物群落（北海道厚岸郡浜中町）
- 夕張岳の高山植物群落および蛇紋岩メランジュ帯（北海道夕張市・空知郡南富良野町）
- 礼文島桃岩一帯の高山植物群落（北海道礼文郡礼文町）
- 縫道石山・縫道石の特殊植物群落（青森県下北郡佐井村）
- 平糠のイヌブナ自然林（岩手県二戸郡一戸町）
- 岩手山高山植物帯（岩手県滝沢市）
- 青葉山（宮城県仙台市） - 東北大学植物園内のモミ原生林。
- 椿島暖地性植物群落（宮城県本吉郡南三陸町）
- 八景島暖地性植物群落（宮城県石巻市）
- 芝谷地湿原植物群落（秋田県大館市）
- 長走風穴高山植物群落（秋田県大館市）
- 秋田駒ヶ岳高山植物帯（秋田県仙北市）
- 鳥海山獅子ヶ鼻湿原植物群落及び新山溶岩流末端崖と湧水群（秋田県にかほ市）
- 三瀬気比神社社叢（山形県鶴岡市）
- 駒止湿原（福島県南会津郡南会津町・大沼郡昭和村）
- 赤井谷地沼野植物群落（福島県会津若松市）
- 中山風穴地特殊植物群落（福島県南会津郡下郷町）
- 雄国沼湿原植物群落（福島県耶麻郡 北塩原村）
- 尚仁沢上流部イヌブナ自然林（栃木県塩谷郡塩谷町）
- 武甲山石灰岩地特殊植物群落（埼玉県秩父郡横瀬町）
- 平林寺境内林（埼玉県新座市）
- 笠森寺自然林（千葉県長生郡長南町）
- 成東・東金食虫植物群落（千葉県山武市・東金市）
- 太東海浜植物群落（千葉県いすみ市）
- 旧白金御料地（東京都港区・品川区）
- 三宝寺池沼沢植物群落（東京都練馬区）
- 大島海浜植物群落（東京都大島町）
- 山神の樹叢（神奈川県足柄下郡湯河原町）
- 箱根仙石原湿原植物群落（神奈川県足柄下郡箱根町）
- 宮川神社社叢（新潟県柏崎市）
- 能生白山神社社叢（新潟県糸魚川市）
- 筥堅八幡宮社叢（新潟県村上市）
- 宮崎鹿島樹叢（富山県下新川郡朝日町）
- 気多神社社叢（石川県羽咋市）
- 鹿島の森（石川県加賀市）
- 須須神社社叢（石川県珠洲市）
- 蒼島暖地性植物群落（福井県小浜市）
- 富士山原始林及び青木ヶ原樹海（山梨県南都留郡富士河口湖町・鳴沢村）
- 霧ヶ峰湿原植物群落（長野県諏訪市・諏訪郡下諏訪町）
- 一位森八幡神社社叢（岐阜県高山市）
- 八幡野八幡宮・来宮神社社叢（静岡県伊東市）
- 羽豆神社の社叢（愛知県知多郡南知多町）
- 宮山原始林（愛知県田原市）
- 石巻山石灰岩地植物群落（愛知県豊橋市）
- 八百富神社社叢（愛知県蒲郡市）
- 鳳来寺山（愛知県新城市）
- 葦毛湿原（愛知県豊橋市）
- 鬼ヶ城暖地性シダ群落（三重県度会郡南伊勢町）
- 細谷暖地性シダ群落（三重県度会郡南伊勢町）
- 金生水沼沢植物群落（三重県鈴鹿市）
- 九木神社樹叢（三重県尾鷲市）
- 須賀利大池及び小池（三重県尾鷲市）
- 御池沼沢植物群落（三重県四日市市）
- 大島暖地性植物群落（三重県北牟婁郡紀北町）
- 田光のシデコブシ及び湿地植物群落（三重県三重郡菰野町）
- 伊吹山頂草原植物群落（滋賀県米原市）
- 深泥池生物群集（京都府京都市）
- 生島樹林（兵庫県赤穂市）
- 室生山暖地性シダ群落（奈良県宇陀市）
- 仏経嶽原始林（奈良県吉野郡上北山村・天川村）
- 妹山樹叢（奈良県吉野郡吉野町）
- 与喜山暖帯林（奈良県桜井市）
- 稲積島暖地性植物群落（和歌山県西牟婁郡すさみ町）
- 江須崎暖地性植物群落（和歌山県西牟婁郡すさみ町）
- 新宮藺沢浮島植物群落（和歌山県新宮市）
- 神島（和歌山県田辺市）
- 那智原始林（和歌山県東牟婁郡那智勝浦町）
- 倉田八幡宮社叢（鳥取県鳥取市）
- 大野見宿禰命神社社叢（鳥取県鳥取市）
- 白兎神社樹叢（鳥取県鳥取市）
- 鳥取砂丘（鳥取県鳥取市）
- 波波伎神社社叢（鳥取県倉吉市）
- 高尾暖地性濶葉樹林（島根県隠岐郡隠岐の島町）
- 三瓶山自然林（島根県大田市）
- 鯉ヶ窪湿生植物群落（岡山県新見市）
- 忠海八幡神社社叢（広島県竹原市）
- 瀰山原始林（広島県廿日市市）
- 峨嵋山樹林（山口県光市）
- 干珠樹林（山口県下関市）
- 満珠樹林（山口県下関市）
- 指月山（山口県萩市）
- 津島暖地性植物群落（徳島県海部郡牟岐町）
- 弁天島熱帯性植物群落（徳島県阿南市）
- 皇子神社社叢（香川県小豆郡小豆島町）
- 象頭山（香川県仲多度郡琴平町）
- 菅生神社社叢（香川県三豊市）
- 天川神社社叢（香川県仲多度郡まんのう町）
- 伊尾木洞のシダ群落（高知県安芸市）
- 室戸岬亜熱帯性樹林及び海岸植物群落（高知県室戸市）
- 隠家森（福岡県朝倉市）
- 沖の島原始林（福岡県宗像市）
- 岩戸山樹叢（長崎県南島原市）
- 原生沼沼野植物群落（長崎県雲仙市）
- 普賢岳紅葉樹林（長崎県雲仙市）
- 御橋観音シダ植物群落（長崎県佐世保市）
- 黒子島原始林（長崎県平戸市）
- 平戸礫岩の岩石地植物群落（長崎県平戸市）
- 洲藻白岳原始林（長崎県対馬市）
- 龍良山原始林（長崎県対馬市）
- 辰の島海浜植物群落（長崎県壱岐市）
- 奈留島権現山樹叢（長崎県五島市）
- 諫早市城山暖地性樹叢（長崎県諫早市）
- 阿蘇北向谷原始林（熊本県菊池郡大津町）
- 宇佐神宮社叢（大分県宇佐市）
- 虚空蔵島の亜熱帯林（宮崎県日南市）
- 甑岳針葉樹林（宮崎県えびの市）
- 石波の海岸樹林（宮崎県串間市）
- 川南湿原植物群落（宮崎県児湯郡川南町）
- 城山（鹿児島県鹿児島市）
- 藺牟田池の泥炭形成植物群落（鹿児島県薩摩川内市）
- 甑島長目の浜及び潟湖群の植物群落（鹿児島県薩摩川内市）
- 薩摩黒島の森林植物群落（鹿児島県鹿児島郡三島村）
- 宝島女神山の森林植物群落（鹿児島県鹿児島郡十島村）
- 種子島国上湊川・阿嶽川のマングローブ林（鹿児島県西之表市・熊毛郡中種子町）
- 喜界島の隆起サンゴ礁上植物群落（鹿児島県大島郡喜界町）
- 徳之島明眼の森（鹿児島県大島郡伊仙町）
- 安波のタナガーグムイの植物群落（沖縄県国頭郡国頭村）
- 宮良川のヒルギ林（沖縄県石垣市）
- 久高島の海岸植物群落（沖縄県南城市）
- 慶佐次湾のヒルギ林（沖縄県国頭郡東村）
- 諸志御嶽の植物群落（沖縄県国頭郡今帰仁村）
- 長幕崖壁および崖錐の特殊植物群落（沖縄県島尻郡北大東村）
- 田港御願の植物群落（沖縄県国頭郡大宜味村）
- 南大東島東海岸植物群落（沖縄県島尻郡南大東村）
- 根岸御行松（東京都下谷区中根岸町） - クロマツ。大正15年指定、のち枯死、昭和3年指定解除。
- 二十世紀梨原木（千葉県松戸市） - 昭和10年指定。昭和22年枯死。
- 悲恋駒止桜（徳島県一宇村） - 昭和19年指定。昭和20年台風被害で倒壊、昭和23年指定解除。
- 馬宮村桜草自生地（埼玉県さいたま市） - 昭和9年5月指定。戦後の食糧難に伴う開墾により消滅。昭和27年10月指定解除[1]。
- 開成山の桜（福島県郡山市） - 彼岸桜、山桜、染井吉野など。昭和9年5月1日指定。スポーツ施設建設のため昭和35年9月17日指定解除。
- 緩木神社の松（大分県竹田市） - クロマツ。昭和12年指定、のち枯死。昭和51年3月12日指定解除。
- 銀杏岡のイチョウ（岩手県花巻市） - 昭和6年指定。台風による大きな被害を受けたため昭和48年4月6日指定解除。（後に花巻市指定天然記念物となる）
- 関の五本マツ（島根県松江市） - クロマツ。昭和18年指定。度重なる倒木で残り1本となったため昭和46年10月8日指定解除。
- 佐賀の夫婦松（山口県熊毛郡平生町） - アカマツとクロマツの連理。昭和5年11月指定。昭和49年マツ材線虫病により枯死。昭和51年指定解除。
- 千手のマツ（兵庫県南あわじ市） - 大正15年指定。昭和52年枯死、指定解除。
- 塩山の大ブドウ（山梨県甲州市） - 昭和28年11月14日指定。枯死により昭和52年7月28日指定解除。
- 北般若の毘沙門スギ（富山県高岡市） - 大正13年指定。昭和54年9月台風により倒壊し、同月内に指定解除。
- 上人マツ（山口県柳井市） - クロマツ。昭和35年指定。枯死、昭和52年3月15日指定解除。
- 宇谷の連理根上りマツおよび根上りマツ（鳥取県東伯郡湯梨浜町） - クロマツ。昭和18年指定。枯死、昭和55年4月3日指定解除。
- 小原のサイカチ（宮城県白石市） - 昭和17年7月21日指定。枯死により昭和56年5月11日指定解除。
- 神明宮の大スギ（長野県大町市） - 昭和19年6月26日指定。枯死により昭和56年7月8日指定解除。
- 与力マツ（愛媛県松山市） - クロマツ。昭和22年2月23日指定。マツ材線虫病により昭和56年7月8日指定解除。
- 普明寺のキンモクセイ（佐賀県鹿島市） - 昭和2年4月8日指定。昭和60年8月台風により倒壊し、昭和61年12月1日指定解除。
- 下野の女夫マツ（岐阜県中津川市） - アカマツの連理木。昭和6年7月31日指定。枯死により昭和63年指定解除。
- 天蓋松（広島県福山市） - 樹齢630年。平成4年頃マツ材線虫病により枯死した。
- 松之山の大ケヤキ（新潟県十日町市） - 樹齢1900-2000年。枯死のため平成8年に伐採。
- 利賀のトチノキ（富山県南砺市） - 平成10年に枯死により伐採。
- 高津連理の松（島根県益田市） - マツ材線虫病により枯死。平成10年1月指定解除。
- 手野のスギ（熊本県阿蘇市） - 平成3年9月、台風により折損。平成12年5月19日指定解除。
- 鳴門の根上りマツ（徳島県鳴門市） - 平成11年、最後の一本が枯死。平成12年5月19日指定解除。
- 小浜神社の九本ダモ（福井県小浜市） - 平成15年枯死。平成16年5月21日指定解除。
- 甲西の大カシワ（山梨県南アルプス市） - 昭和58年12月15日指定。台風により倒壊し平成18年指定解除。
- 万休院の舞鶴マツ（山梨県北杜市） - 平成19年9月にマツ材線虫病により枯死。平成20年7月28日指定解除。
- タチバナ（高知県室戸市） - 枯死、消滅により平成20年7月28日指定解除。
- 共和のカシの森（山口県美祢市） - 平成20年2月主幹折損。平成21年7月23日指定解除。
- 淡路国道マツ並木（兵庫県南あわじ市） - 1980年代に滅失。平成22年8月5日指定解除。
戦前の史蹟名勝天然紀念物保存法においては、「第一類（国家的なもの）」と「第二類（地方的なもの）」とに分けて指定することとなっていた[2]。しかし第二類として指定されていた天然記念物のほとんどが、1956年（昭和31年）1月23日に一斉に指定を解除された。
1956年に指定を解除されたもの
下記の天然記念物は、1956年1月23日に一斉に指定を解除された。★マークは現在都道府県から指定を受けているもの、△マークは現在市町村から指定を受けているもの。
- 山岸のカキツバタ群落（岩手県盛岡市）昭和11年指定。★
- 大善寺の藤（福島県郡山市）昭和9年指定。★
- 向ヶ岡公園の桜（福島県東白川郡塙町）昭和11年指定。★
- 大木原の桜（福島県安達郡大玉村）昭和11年指定。
- 南郷の太郎杉（福島県東白川郡矢祭町）昭和13年指定。
- 富田のケヤキ（福島県郡山市）昭和16年指定。
- 高崎公園のハクモクレン（群馬県高崎市）昭和11年指定。★
- 万蔵寺の御葉附イチョウ（埼玉県春日部市）昭和23年指定。★
- 鬼子母神のイチョウ（東京都豊島区）昭和5年指定。★
- 芝東照宮のイチョウ（東京都港区）昭和5年指定。★
- 安藤稲荷跡のイチョウ（東京市小石川区大塚町）昭和9年指定。
- 旧海軍大学正門前のシイ（東京市芝区白金台町）昭和10年指定。
- 東京美術学校門内のシイ（東京市下谷区上野公園）昭和10年指定。
- 上野恩賜公園二本杉原のシイ（東京市下谷区上野公園）昭和10年指定。
- 旧蓬莱園のイチョウ（東京都台東区）昭和14年指定。★
- 浅草公園のイチョウ（東京都台東区）昭和23年指定。
- 中村の大杉（新潟県柏崎市）昭和4年指定。★
- 貝屋の御葉附イチョウ（新潟県新発田市）昭和5年指定。★
- 坊金の大杉（新潟県上越市）昭和11年指定。★
- 村雨の松（新潟県佐渡市）昭和18年指定。★
- 神明のケヤキ（石川県金沢市）昭和18年指定。
- 岩村田の相生松（長野県佐久市）昭和10年指定。
- 湯福神社のケヤキ（長野県長野市）昭和23年指定。△
- 八柱神社の大樟（愛知県豊田市）昭和13年指定。★
- 新熊野神社の樟（京都府京都市東山区）昭和7年指定。△
- 才ノ神ノ藤（京都府福知山市）昭和9年指定。★
- 芦屋の松（兵庫県芦屋市）昭和9年指定。
- 八郷の藤（鳥取県西伯郡伯耆町＜旧：日野郡八郷村＞）昭和9年指定。
- 松江藩道津田松並木（島根県松江市）昭和12年指定。
- 竹崎の石割ケヤキ（島根県仁多郡奥出雲町）昭和18年指定。
- 大本神社跡の樟（島根県鹿足郡津和野町）昭和18年指定。★
- サンバカタの松（島根県松江市）昭和18年指定。
- 花岡のシンパク（山口県下松市）昭和13年指定。△
- 正福寺のカイヅカ（山口県山口市）昭和15年指定。★
- 佐川の大樟（高知県高岡郡佐川町）昭和18年指定。★
- 小城の樟（佐賀県小城市）昭和3年指定。
- 妙見の樟（熊本県菊池市）昭和15年指定。△
- 川辺の大樟（鹿児島県南九州市）昭和16年指定。★
1956年以前に指定を解除されたもの
- 浅草公園の公孫樹（東京市浅草区浅草公園）昭和15年指定。昭和25年指定解除。
- 戸塚ノ一本松（神奈川県横浜市戸塚区）昭和12年指定。昭和23年指定解除。
- 祇園の枝垂桜（京都府京都市東山区）昭和12年指定。昭和25年指定解除。
- 国泰寺ノ樟（広島県広島市西区）昭和3年指定。昭和23年指定解除。
1956年以降に指定を解除されたもの
- 山口のセンダン（山口県山口市）昭和16年指定。昭和40年指定解除。
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