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北海道旅客铁道（JR北海道）于2007年10月1日起引入主要车站。中心的札幌站为“01”号。除札幌站以外的车站编号均由首字母（区间记号）与2位数的数字组成。
字母部分是依据特别急行列车的运行系统制定的，而与线路名称无关。例如函馆本线上长万部站编号为H47，而相邻的二股站编号则为S32。另外，处于线路分歧点的车站首字母采用以下介绍中最先出现的字母。例如南千岁站处于函馆方面H线路，新千岁机场方面AP线路，钏路方面K线路的焦点处，而H最先出现，故编号设为H14。
数字部分是表示该站位于以札幌站（01）为起点沿某字母线路数去第几站的位置，而并非某字母编号上第几个车站。例如南千岁站所在的3条线路上，里程札幌较远的邻站均编为第15号，而以首字母不同区别：美美站为H15，新千岁机场站为AP15，追分站为K15。另外，某些线路上中间的某站里程札幌站最远，为了避免重复而将一部分车站采用并非站数最少的线路的数字。例如富良野线上的学田站按照站数最少线路为札幌站起第31站，但由于富良野线以旭川站（A28）起算，因此车站编号为F44。
某线路中间的某站废止并不会影响其他车站的编号，例如在鹫之巢车站（原编号H53）于2016年3月26日废止后，函馆站从札幌站开始为第74站，但车站编号仍保持为H75。
1.札幌站 札幌站编为01号，为所有线路的起算点。圆圈为○（黑色）。
2.札幌－东室兰－函馆间 区间颜色为○（蓝色）。编号按照特急“北斗”、“铃兰”（すずらん）的运行系统及相关支线设定。
3.札幌－旭川－网走间 区间颜色为○（橙色）。编号按照特急“神威”（カムイ）、“丁香”（ライラック）、“鄂霍次克”（オホーツク）及“大雪”的运行系统设定。
4.札幌－旭川－稚内间 区间颜色为○（茶色）。编号按照特急“宗谷”、“佐吕别”（サロベツ）的运行系统设定。
5.札幌－带广－钏路间 区间颜色为○（黄绿色）。编号按照特急“大空”（おおぞら）、“十胜”（とかち）的运行系统及相关支线设定。
6.札幌－新千岁机场间 区间颜色为○（天空蓝）。编号按照快速“机场”的运行系统设定。
7.札幌－小樽－长万部间 区间颜色为○（红色）。编号按照临时特急“山”、“水”的运行路段设定。
8.札幌－北海道医疗大学间 区间颜色为○（绿色）。
9.泷川－新得间 区间颜色为○（桃色）。编号按照临时特急“富良野薰衣草快车”的运行路段设定。
10.旭川－富良野间 区间颜色为○（紫色）。
11.钏路－网走间 区间颜色为○（深桃色）。
新夕张－夕张间 区间颜色为○（黄绿色），为石胜线的支线，惟相关路段于2019年4月1日停驶。
札幌市营地下铁于2006年1月26日引入。
道南渔火铁道于2016年3月26日启用时引入车站编号。[3]因五棱郭站已由JR北海道引入车站编号H74，道南渔火铁道线的车站编号予以跟随。[4]。
截至2017年，道南渔火铁道线是日本车站编号线路记号当中唯一使用“小草字母”的线路（东京地下铁丸之内线的方南町支线也曾经使用“m”，但2016年11月改用大草与小草并用的字母“Mb”）。
弘南铁道于2020年10月10日起于大鳄线引入车站编号[5]。弘南线于2021年4月12日引入[6]。弘南线的线路记号为“KK”、大鳄线为“KW”。
JR东日本为方便2020年东京奥运到访日本的游客，自2016年10月起，于双线运行的首都圈地域的通勤线路，连同同集团公司的东京单轨电车、东京临海高速铁道引入车站编号[9][10][11]。此外，站名牌除标记车站编号之外，更会以中文（简体字）与韩文标记车站名称。
2018年1月26日，JR宣布将编号扩大至电车特定区间外的千叶站－成田机场站间[12]，同年11月22日进一步扩大至大船站－热海站－伊东站间[13]，2019年3月29日再扩大至相模湖站－大月站间[14]，2020年3月23日进一步扩展至中央本线初狩站－小渊泽站间[15]。藤泽站－热海站间引入后，东海道本线除美浓赤坂线外所有客运车站都已引入车站编号。另一方面，2019年11月30日相铁·JR直通线鹤见站[注 1]－羽泽横滨国大站间开业后，与开业的同时加设相同路段的电车特定区间[16]，但羽泽横滨国大站不使用JR的车站编号。该站的导览中使用相铁的编号“SO51”。
线路编号以2个英文字母，“J”开头及线路名的首字（例：山手线－JY。若有重复的编号如东京地下铁、都营地铁重号则取其后方字母。例外为东京单轨电车（MOnorail）采用“MO”、临海线（Rinkai）采用“R”1个字母），原则上由东京站始发的线路从东京站开始编号（通过东京站的线路及经过的线路以南行及西行递增，山手线及武藏野线以东京站为基准逆时计编号），按首都圈地区各线路的车站编号，两位数字（例：山手线东京站…JY01）。此外，编号外框颜色与线路颜色相同。若转换站与东京地下铁同一站，该站将有多于一个车站编号。
与其他公司线路不同，东京站、新宿站等主要转换站均附有IATA机场代码（例：东京站－TYO）。
JR东日本
东海道线（JT / Tōkaidō）东京站（JT 01）－大船站（JT 07）－热海站（JT21）－伊东站（JT26）
横须贺·总武快速线·总武本线·成田线（JO / yOkosuka）久里滨站（JO 01）－千叶站（JO 28）－佐仓站（JO 33）－成田机场站（JO 37）
京滨东北·根岸线（JK / Keihin）大船站（JK 01）－大宫站（JK 47）
横滨线（JH / yokoHama）东神奈川站（JH 13）－八王子站（JH 32）
南武线（JN / Nambu）
鹤见线（JI / tsurumI）
山手线（JY / Yamanote）东京站（JY 01）－有乐町站（JY 30）
中央本线及直通2条线路（JC / Chūō）
中央本线（CO，ChūŌ）初狩站（CO33）－小渊泽站（CO51）
中央·总武线（各站停车）（JB / sōBu）三鹰站（JB 01）－千叶站（JB 39）
宇都宫线（东北本线）、高崎线（JU / Utsunomiya）东京站（JU 01）－大宫站（JU 07）
埼京线（JA / sAikyō）大崎站（JA 08）－大宫站（JA 26）
常磐快速线（JJ / Jōban）上野站（JJ 01）－取手站（JJ 10）
常磐线各站停车（JL / Local）绫濑站（JL 19）－取手站（JL 32）
京叶线（JE / kEiyō）东京站（JE 01）－千叶港站（JE 17）
武藏野线（JM / Musashino）西船桥站（JM 10）－府中本町站（JM 35）
湘南新宿线（JS / Shōnan）逗子站（JS 06）－大宫站（JS 24）
东京单轨电车羽田机场线（MO / MOnorail）单轨滨松町站（MO01）－羽田机场第2航站楼站（MO11）
东京地下铁连同东京都交通局（都营地铁）为方便起见，引入了线路颜色、线路名的表现、记载方法、乘车制度等多项制度。
2004年4月1日东京地下铁接手营团地下铁时引入。涩谷站、新宿站、池袋站等西面的车站以“01”开始排序。始发站与终到站不存在较西方或是コ字型线路（丸之内线、都营三田线）的情况下，以西南方起逆时针递增编号。都营大江户线是例外，以顺时针方向递增编号（后述）。
目黑站（N-01/I-01）－白金高轮站（N-03/I-03）之间2.3公里的路段由东京地下铁南北线与都营三田线、和光市站（Y-01/F-01）－小竹向原站（Y-06/F-06）之间8.3公里的路段由东京地下铁有乐町线与副都心线共用车站设施与轨道，因此会有一站两号的情况。同一站的线路记号部分不同，但数字部分是相同的。有乐町线与副都心线小竹向原站（Y-06/F-06）－池袋站（Y-09/F-09）之间使用不同的轨道，但由于中途的车站数量相同，编号数字部分仍然相同。
银座线（G / Ginza）涩谷站（G-01）－浅草站（G-19）
丸之内线（M / Marunouchi）荻洼站（M-01）－池袋站（M-25）
丸之内线支线（Mb / Marunouchi Branch）方南町站（Mb-03）－中野新桥站（Mb-05）
日比谷线（H / Hibiya）中目黑站（H-01）－北千住站（H-22）
东西线（T / Tozai）中野站（T-01）－西船桥站（T-23）
千代田线（C / Chiyoda）代代木上原站（C-01）－北绫濑站（C-20）
有乐町线（Y / Yurakucho）和光市站（Y-01）－新木场站（Y-24）
半藏门线（Z / hanZomon）涩谷站（Z-01）－押上站（Z-14）
南北线（N / Namboku）目黑站（N-01）－赤羽岩渊站（N-19）
副都心线（F / Fukutoshin）和光市站（F-01）－涩谷站（F-16）百合鸥号于有明站－丰洲站之间延伸段通车的2006年3月27日同时引入。因为“Yurikamome”的Y已经与有乐町线重复，因此改用U作为线路编号。
东京都交通局的东京樱电（都电荒川线）与日暮里-舍人线预定在2017年11月下旬起依次引入车站编号[20]。 日暮里-舍人线自开业当初以没有记号部分（英文字母）只有单纯数字构成，但为了2020年东京奥运会、东京残奥会起见，在车站编号前面加入了代表“Nippori-Toneri”的“NT”的线路记号。
京成电铁、北总铁道、芝山铁道于2010年7月17日（京成成田Sky Access通车日）引入[注 2]。线路记号以京成“KeiSei”表示“KS”、北总“HokuSo”表示“HS”、芝山“ShibayamaRailway”表示“SR”，并配以数字组成[注 3]。
京成编号的基准为以上野作“KS01”起按京成本线递增，各线路连同押上及与本线接续的线路，如北总、芝山则继续按照车站已有编号向东递增。
3间公司对重复编号的车站采用以下方针：京成本线与京成其他线路的分岔点采用本线的编号，北总与重复的京成车站当中，东松户站、新镰谷站、千叶新市镇中央站、印旛日本医大站只使用北总的编号（HS）。
新镰谷站、京成津田沼站、押上站是例外，采用新京成线与都营地铁浅草线的车站编号（依次为SL11、SL24、A-20）、新镰谷站与京成津田沼站于新京成线全线通车后引入（后述）、押上站则以“京成押上线的起点”为理由，北总与京成的车站使用3个编号“HS08”“KS26”“KS45”[21]。
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新京成电铁于2014年2月起引入车站编号[22]。线路记号方面，过去新京成的简称多使用“SK”，但因已被西武国分寺线先行使用而改用“Shin-Keisei Line”简称“SL”。
车站内的标记将记号部分与编号部分分开两行书写。
京滨急行电铁于2010年10月21日（羽田机场国际线搭客大厦车站启用日）引入。线路记号以“Keihin Kyuko（Keikyu）”简写“KK”配上数字组成[注 3]。同年6月25日京成电铁实施车站编号的同时指出编号的组合内线路记号与编号不应分为2行，或以点、短线分隔，与京成其他两社不同。
编号以品川作为“KK01”开始，中途的支线（包括事实上支线规格的堀之内→浦贺）从分岔点连续编号（本线京急蒲田（KK11）→机场线糀谷（KK12）…机场线羽田机场第1、第2航站楼（KK17）、本线杂色（KK18）→本线六乡土手（KK19）→本线京急川崎（KK20）→大师线港町（KK21）－大师线小岛新田（KK26）、本线八丁畷“KK27”－）本线以下行作为基础，除堀之内站外其余支线接续站的下一站的编号皆为连续编号，没有跳号。
东急电铁于2012年2月上旬起依次于全部车站引入[24][25]。
此外，横滨高速铁道港未来线于同年9月下旬起引入[26]。[注 4]。
与东京地下铁互相跨线路运行的边界站如涩谷站、中目黑站、目黑站除设有东京地下铁的车站编号外，亦设有东急的车站编号。更甚者有目黑站东京地下铁南北线与都营地铁三田线共用车站站台和结构，又连接东急线路，因此设有东急、东京地下铁、都营3个编号。东急与横滨高速铁道的边界站横滨站同时设有东急与横滨高速铁道的编号。儿童国线只设有第二种铁道事业者东急的编号。
2023年3月开业的东急新横滨线，于2022年9月16日公布线路记号为“SH”[27]。
东横线（TY / ToYoko）涩谷站（TY01）－横滨站（TY21）
目黑线（MG / MeGuro）目黑站（MG01）－日吉站（MG13）
东急新横滨线（SH /SHin-yokohama或Shin-yokoHama）新横滨站（SH01）—日吉站（SH03）
田园都市线（DT / Den-en-Toshi）涩谷站（DT01）－中央林间站（DT27）
大井町线（OM / OiMachi）大井町站（OM01）－二子玉川站（OM15）－沟之口站（OM16）
池上线（IK / IKegami）五反田站（IK01）－蒲田站（IK15）
东急多摩川线（TM / tokyu TaMagawa）多摩川站（TM01）－蒲田站（TM07）
世田谷线（SG / SetaGaya）三轩茶屋站（SG01）－下高井户站（SG10）
子供之国线（KD / KoDomonokuni）长津田站（KD01）－子供之国站（KD03）
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东武铁道于2012年3月17日进行改点、业平桥站改名“东京晴空塔站”、伊势崎线浅草站、押上站－东武动物公园站间引入爱称“东武晴空塔线”的同时引入车站编号至全部车站[28]。
线路记号与编号以短横连接。记号的首字母为代表东武“T”。复数的线路停站除春日部站以外均行双重编号，支线路段以分岔站的下一站起顺号。
与东京地下铁互相跨线路运行的边界站如押上站、北千住站、和光市站除既有东京地下铁的车站编号外，亦设有东武的车站编号。
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东武晴空塔线系统（TS / Tobu Skytree）
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伊势崎线系统（TI / Tobu Isesaki）
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日光线系统（TN / Tobu Nikko）
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野田线系统（TD / Tobu noDa）
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东上线系统（TJ / Tobu toJo、ToJo）
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西武铁道于2013年3月16日池袋线经东京地下铁副都心线与东急东横线、横滨高速铁道港未来线互相跨线路运行时引入[29]。记号最初一字母为代表西武铁道的“S”。
池袋线系统（SI / Seibu Ikebukuro）
新宿线系统（SS / Seibu Shinjuku）
山口线系统（SY / Seibu Yamaguchi）
国分寺线系统（SK / Seibu Kokubunji）
多摩湖线系统（ST / Seibu Tamako）
多摩川线系统（SW / Seibu tamagaWa）
京王电铁于2013年2月22日实行新时刻表时依次引入[30]。记号部分，京王线及其支线使用“KO”、井之头线使用“IN”。两条线路群于明大前站连接，因此该站设有京王线与井之头线两方向的编号。
与都营地铁互相跨线路运行的边界车站新宿站（新线新宿站）除设有都营地铁新宿线的车站编号（S-01）以外，还设有京王的车站编号。
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小田急电铁、箱根登山铁道、箱根缆车、箱根观光船于2014年1月起依次引入车站编号[31]。新宿站－箱根方向之间4间公司的铁道、索道、航路（小田急小田原线、箱根登山铁道、箱根缆车、箱根观光船）全部车站均设有编号。东京都内新宿站起之芦之湖的元箱根港合共67个车站、港口均连续编号。此个路段的记号部分为“OH”（小田急箱根的首字母），小田急线内的公司色为青色系，其他各社内（小田急箱根HD系）主要为红色系来区别。
小田急江之岛线以“OE”（小田急江之岛的首字母）、多摩线以“OT”（小田急多摩的首字母）作记号。
代代木上原站除设有东京地下铁的车站编号（C-01）外，亦设有小田急的车站编号（OH05）。
相模铁道于2014年2月下旬引入[32]。字母采用“SO”（SOtetsu），数字以本线为“01”、泉野线为“31”、相铁新横滨线为“51”顺序编号。本线与泉野线的分岔站二俣川站为两重编号。不过相铁新横滨线的分岔站西谷站却不作双重编号。
首都圈新都市铁道筑波快线于2005年8月24日通车时引入。2020年4月顷起官方网站与线路图都加入显示线路记号。线路记号为TX。[34]
横滨市营地下铁于2002年引入。2008年3月30日以后，与东京的地下铁、百合鸥号等同样以线路记号与车站编号两部分分开书写。
横滨海岸线于2010年引入。与筑波快线及日暮里·舍人线同样不含英文字母，因为与其他公司各线没有重复（神奈川县内并无其他使用相同车站编号的线路存在）。
湘南单轨电车江之岛线以“SMR”的线路记号与一个数字引入车站编号。
截至2018年，日本的车站编号只有湘南单轨电车使用“3字母的线路记号”。
数字部分与途经赤羽岩渊站互相跨线路运行的东京地下铁南北线目黑站为起点共用编号。虽然字母部分的“SR”已经被芝山铁道使用，但是没有车站编号本身重复出现的情况。另外，赤羽岩渊站既有东京地下铁南北线的车站编号（N-19）也设有埼玉高速铁道的车站编号。
秩父铁道于2022年9月中旬起引入车站编号[38]。 截至目前以官方网站确认的车站编号如下。关于除此以外的车站截至现时仍未有公布。
渡良濑溪谷铁道自2017年3月22日起引入。
埼玉新都市交通在2018年3月16日宣布自3月23日起依次引入[41]。在此之前，自3月19日起站名牌就加入多国语言显示。
伊奈线（New Shuttle）（NS/ New Shuttle） 大宫站（NS01）－内宿站（NS13）2018年11月23日引入[43]。
预定2019年2月以后依次引入[44]。
JR东海自2018年3月起预定将在在来线依次引入车站编号[45]。对象车站包括可使用TOICA的车站（包括2019年方可使用的车站）与观光客较多但位于TOICA使用路段以外的主要车站6个、JR东日本管辖的国府津站、热海站、JR西日本管辖的米原站。纪势本线、参宫线、名松线3条线路全线位于对象外。
线路编号由两个英文字母组成，第1个字母全部都是“C”（英语公司名Central的首字母），第2个字母以东海道本线为“A”，自东京站起往下行方向的下一条分岔线路依次定为“B”“C”等，如此类推（有一部分例外。为免与名铁筑港线撞号不采用CH）。数字以东海道本线的热海站为“00”，其他的线路在运行系统上（作为原则以东海道线基准）的分岔点车站为“00”。御殿场线的首站是JR东日本的管辖，则以靠近东京站的国府津站编为“00”。TOICA以外的主要站6个，则采用假设所在线路已经设立车站编号的编号，但不在沿途的车站进行编号。
东海道本线（CA）热海站（CA00）－米原站（CA83）
美浓赤坂线（CA）大垣站－美浓赤坂站
御殿场线（CB）国府津站（CB00）－沼津站（CB18）
身延线（CC）富士站（CC00）－西富士宫站（CC07）－甲府站
饭田线（CD）丰桥站（CD00）－丰川站（CD05）－冈谷站
武丰线（CE）大府站（CE00）－武丰站（CE09）
中央本线（名古屋地区）（CF）名古屋站（CF00）－中津川站（CF19）－落合川站－田立站－南木曾站（CF23）－十二兼站－仓本站－上松站（CF29）－木曾福岛站（CF30）－盐尻站
高山本线（CG）岐阜站（CG00）－美浓太田站（CG07）－古井站－烧石站－下吕站（CG17）－禅昌寺站－飞驒一之宫站－高山站（CG25）－上枝站－飞驒国府站－飞驒古川站（CG28）－猪谷站
太多线（CI）美浓太田站（CI00）－多治见站（CI07）
关西本线（名古屋地区）（CJ）名古屋站（CJ00）－龟山站（CJ17）公司并无特别官方公布，故此引入年分和时期不详。但是截至2016年12月，车站配布用时刻表的表纸已进行标记，截至2017年11月官方网站的各站个别记事也作显示。同时站名牌也记载。然而，伊东站虽然设有JR东日本的车站编号（JT 26），车站编号的实施是伊豆急行一侧先行进行。
引入年份不详。根据官方网站而确认的车站编号[46]。
2020年4月起引入[47]。沿线可见富士山，采用富士山为主题的独自设计。
引入年份不详。一部分车站站名牌不记载，车站展示的时刻表、车内展示的线路图等有显示。
2016年4月1日引入。站名标示记载[49]。
以大糸线为对象于2016年12月12日依次导入[50]。表记以首都圈地域为准，导览只限数字部分。
引入时期不详。只限由编号部分构成。
预定2017年3月上旬引入。站名牌记载。
富山地方铁道公布富山市内轨道线在2019年2月9日起，铁道线则在同年3月16日荣町站开业的同时各自引入车站编号[51]。同公司制将线路记号制定为“事业记号”，铁道线采用“Toyama”的“T”，轨道线采用“Chiho”的“C”。由此事业记号与数字二部分组成。
编号标准以铁道线的电铁富山站为“T01”连续编号至宇奈月温泉站，而支线则由与本线的接续站开始继续编号，各线路间有一部分不连续的编号（T42、T43、T57）。轨道线以南富山停留场为“C01”依次向富山站停留场、大学前停留场方向编号，最后编号富山都心线。
同时，此处还公布预定与富山市内轨道线跨线路运行的富山轻轨也将引入车站编号，但要等待富山站南北接续事业完成后方引入，具体的日子未定。富山轻轨预定将延续富山市内轨道线的编号，只限以跨线路运行的边界富山站停留场作为富山市内轨道线的编号引入。
越前铁道与福井铁道自2017年3月25日起宣布引入车站编号[56]。越前铁道的线路记号采用“Echizen”的“E”、福井铁道采用“Fukui”的“F”，与数字共同构成。另外，两间公司的编号都是由1开始，没有0。
然而，两间公司的转换站田原町站，同时设有两间公司的车站编号（越前铁道：E26、福井铁道：F24）。然而，福井铁道与京滨急行电铁采用同样的方式，以起点的越前武生站为基准，向中途的支线（驿前线）连续编号。
2017年起引入。记载于站名牌上。与车内发行的整理券相同编号。
2017年起引入。记载于站名牌上。
2011年10月1日起引入。记载于站名牌上。
远州铁道于2007年12月中旬引入数字部分，2021年起引入线路记号部分，并配合车站改名（2007年4月1日改名的车站有远州医院站与相邻的第一通站、八幡站。2007年8月1日改名的车站有美薗中央公园站与相邻的滨北站、远州小林站）。
丰桥铁道于2007年引入至东田本线、2008年引入至渥美线。
名古屋市营地下铁、名古屋导向巴士、名古屋临海高速铁道于名城线名古屋大学站－新瑞桥站间通车，开始环状运行、西名古屋港线（青波线）2004年10月6日启用时一并引入。
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东山线（H / Higashiyama）高畑站（H01）－藤丘站（H22）.svg){kind=logo}
名城线（M / Meijo）金山站（M01）－西高藏站（M28）.svg){kind=logo}
名港线（E / mEiko）金山站（E01）－名古屋港站（E07）
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鹤舞线（T / Tsurumai）上小田井站（T01）－赤池站（T20）.svg){kind=logo}
樱通线（S / Sakuradori）太阁通站（S01）－德重站（S21）.svg){kind=logo}
上饭田线（K / Kamiiida）上饭田站（K01）－平安通站（K02）
爱知高速交通于2005年3月6日通车时引入。
爱知环状铁道于2004年4月1日引入。
名古屋铁道于2016年3月中旬以后依次引入，并于同月14日发表[57]。
| 线路名 | 路段（按编号次序） | 备注 | ||
|---|---|---|---|---|
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名古屋本线（NH / Nagoya-Honsen） | 丰桥站（NH01） → 名铁岐阜站（NH60） | ||
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丰川线（TK / ToyoKawa） | 八幡站（TK01） → 丰川稻荷站（TK04） | 起点国府站（NH04）采用名古屋本线的编号。 | |
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西尾线、蒲郡线（GN / Gamagōri・Nishio） | 北安城站（GN01） → 吉良吉田站（GN13） → 蒲郡站（GN22） | 西尾线起点新安城站（NH17）采用名古屋本线的编号。 | |
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三河线 | （MU / Mikawa (Umi)） | 重原站（MU01） → 碧南站（MU11） | 线路信息将知立起往猿投方向（山线）与碧南方向（海线）分开。知立站（NH19）采用名古屋本线的编号。 |
 |
（MY / Mikawa (Yama)） | 三河知立站（MY01） → 猿投站（MY11） | ||
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丰田线（TT / ToyoTa） | 上丰田站（TT01） → 赤池站（TT07） | 终点梅坪站（MY08）采用三河线的编号。此外，赤池站与鹤舞线的编号（T20）合并表示。 | |
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常滑线、机场线（TA / Tokoname・Airport） | 丰田本町站（TA01） → 常滑站（TA22） → 中部国际机场站（TA24） | 起点神宫前站（MH33）采用名古屋本线的编号。 | |
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河和线、知多新线（KC / Kōwa・Chita） | 高横须贺站（KC01） → 富贵站（KC17） → 河和站（KC19） 富贵站（KC17） → 上野间站（KC20） → 内海站（KC24） |
河和线起点太田川站（TA09）采用常滑线的编号。高横须贺站－南加木屋站之间为准备兴建新站预留KC02编号。 | |
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津岛线、尾西线（TB / Tsushima・Bisai） | 甚目寺站（TB01） → 津岛站（TB07） → 弥富站（TB11） | 津岛线起点须口站（NH42）采用名古屋本线的编号。 | |
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尾西线（BS / BiSai） | 町方站（BS01） → 观音寺站（BS12） 西一宫站（BS21） → 玉之井站（BS24） |
津岛（TB07）至弥富（TB11）各站使用津岛线的编号排列；BS13至BS20编号未有使用 | |
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竹鼻线、羽岛线（TH / Takehana・Hashima） | 西笠松站（TH01） → 江吉良站（TH08） → 新羽岛站（TH09） | 竹鼻线起点笠松站（NH56）采用名古屋本线的编号。 | |
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犬山线（IY / InuYama） | 下小田井站（IY01） → 上小田井站（IY03） → 新鹈沼站（IY17） | 上小田井站与鹤舞线的编号（T01）合并表示。 | |
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各务原线（KG / KakamiGahara） | 鹈沼宿站（KG01） → 田神站（KG16） | 起点名铁岐阜站（MH60）采用名古屋本线、终点新鹈沼站（IY17）采用犬山线的编号。 | |
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广见线（HM / HiroMi） | 富冈前站（HM01） → 御嵩站（HM10） | 起点犬山站（IY15）采用犬山线的编号。 | |
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小牧线（KM / KoMaki） | 羽黑站（KM01） → 上饭田站（KM13） | 终点犬山站（IY15）采用犬山线的编号。此外，上饭田站与上饭田线的编号（K01）合并表示。 | |
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濑户线（ST / SeTo） | 荣町站（ST01） → 尾张濑户站（ST20） | ||
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筑港线（CH / CHikkō） | 东名古屋港站（CH01） | 起点大江站（TA03）采用常滑线的编号。 | |
西日本旅客铁道（JR西日本）于2014年8月6日宣布近畿地域与广岛地域将引入线路记号[58]。官方线路图于2015年3月14日北陆新干线延长至金泽站时反映，冈山、福山地区与广岛地区的主要线路也在2020年9月起引入车站编号[59][60]。不属于这些类别的线路、山阴地区各线路及其他未制定线路记号的线路没有计划引入车站编号，龟山站使用JR东海的车站编号“CJ17”、下关站使用JR九州的车站编号“JA53”。
近畿地域的北陆本线、东海道本线、山阳本线以“A”、大阪环状线以“O”为准，原则上分支站亦顺序编号。广岛地域更新线路颜色后使用自己的编号。
此外，冈山·福山地域亦宣布于2015年9月17日引入线路记号[61]。2016年3月26日吉备线设立䁥称“桃太郎线”、宇野线䁥称“宇野港线”[62][63]。
山阴地域于2016年2月4日宣布引入线路记号[64]。山阴地域不使用现有线路颜色，并引入线路颜色的新规定。
以下为线路记号一览表。近畿地域的北陆本线、东海道本线、山阳本线与大阪环状线及其分岐站以粗体显示。
北陆线 敦贺站（JR-A01）－长滨站（JR-A09） 琵琶湖线 长滨站（JR-A09）－米原站（JR-A12）－京都站（JR-A31） JR京都线 京都站（JR-A31）－大阪站（JR-A47） JR神户线 大阪站（JR-A47）－姬路站（JR-A85） 山阳本线 姬路站－上郡站 赤穗线 相生站－播州赤穗站
湖西线 （敦贺站（JR-B08）－）近江盐津站（JR-B10）－山科站（JR-B30）（－京都站（JR-B31））
草津线 草津站－柘植站
奈良线 京都站（JR-D01）－木津站（JR-D19）（－奈良站（JR-D21））
嵯峨野线 京都站（JR-E01）－园部站（JR-E16） 山阴本线 园部站－福知山站－城崎温泉站
大阪东线 （大阪站（JR-F01）－）新大阪站（JR-F02）－久宝寺站（JR-F15）
JR宝冢线 （大阪站（JR-G47）－）尼崎站（JR-G49）－篠山口站（JR-G69） 福知山线 篠山口站(JR-G69)－福知山站(JR-G78)
JR东西线 尼崎站（JR-H49）－京桥站（JR-H41） 学研都市线 京桥站（JR-H41）－木津站（JR-H18）
加古川线 加古川站－谷川站
播但线 姬路站－和田山站
姬新线 姬路站－新见站
舞鹤线 绫部站－东舞鹤站
大阪环状线 天王寺站（JR-O01）－大阪站（JR-O11）－新今宫站（JR-O19）－天王寺站（JR-O01）
JR梦咲线 西九条站（JR-P14）－樱岛站（JR-P17）
大和线路 JR难波站（JR-Q17）－天王寺站（JR-Q20）－郡山站（JR-Q34）－奈良站（JR-Q36）－加茂站（JR-Q39）
阪和线 天王寺站（JR-R20）－和歌山站（JR-R54）
关西机场线 日根野站（JR-S45）－关西机场站（JR-S47）
和歌山线 和歌山站－王寺站
万叶Mahoroba线 高田站－奈良站
关西线 加茂站－龟山站
纪国线 和歌山站－新宫站
山阳本线 冈山站（JR-S01）－三石站（JR-S11）
”路段的边界站为上郡站[65]。
津山线 冈山站－津山站
桃太郎线 冈山站（JR-U01）－总社站（JR-U10）
伯备线 （冈山站（JR-V01）－）仓敷站（JR-V05）－新见站（JR-V18）
山阳线 冈山站（JR-W01）－福山站（JR-W14）
山阳线 福山站（JR-X14）－丝崎站（JR-X19）－三原站（JR-X20）
福盐线 福山站－府中站－盐町站（－三次站）
宇野港线 冈山站（JR-L01）－宇野站（JR-L15）
濑户大桥线 冈山站（JR-M01）－儿岛站（JR-M12）
赤穗线 （冈山站（JR-N01）－）东冈山站（JR-N04）－寒河站（JR-N16）－天和站
山阴本线 城崎温泉站－米子站
因美线 鸟取站－东津山站（－津山站）
境线 米子站－境港站
山阴本线 米子站－益田站
”路段的车站。
木次线 宍道站－备后落合站
三江线（2018年4月1日废除） 江津站－三次站 伯备线 新见站－伯耆大山站（－米子站）
2012年2月23日，南海电气铁道及与同公司跨线路运行的泉北高速铁道，南海的子公司阪堺电气轨道宣布同时实施车站编号。南海的线路记号为“NK”（“NanKai”）、泉北高速铁道为“SB”（“SemBoku”）、阪堺为“HN”（“HaNkai”）。
2012年4月1日和歌山大学前站启用时南海、泉北高速铁道（当时为大阪府都市开发）同时引入车站编号[67][68]，阪堺则于同年3月下旬开始依次实施[69]。
南海线系统与高野线系统以番台区分。
编号以2009年7月4日以后的运行系统为基准。引入时“HN27”与“HN30”为空号，直至“HN27”石津北站的启用而设立编号。此外，上町线的住吉公园停留场于2016年1月31日停运，导致车站编号“HN11”空置。
WILLER TRAINS负责运行的京都丹后铁道，公司没有特别的宣布。2015年，官方网站的车费表确认新增了车站编号。[70]。
宫福线的记号为“F”、宫舞线（宫津线的宫津站以东）的记号为“M”、宫丰线（宫津线的宫津站以西）的记号为“T”，线路的连接点宫津站不设线路记号。编号以宫福线福知山站为1号至终点宫津站14号为止顺序编号，宫舞线、宫丰线均以宫津站作为14号为基准进行编号。
负责运营大阪单轨电车的大阪高速铁道于国际文化公园都市线阪大医院前站－彩都西站延伸段2007年3月19日通车的同时正式引入。然而，2006年10月6日宣布引入车站编号，同月下旬才开始在线路图和站名牌依次加入。
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大阪地下铁与新交通系统（新电车）运营的大阪市高速电气轨道，由民营化前的大阪市交通局于2004年7月1日引入。同时与地下铁跨线路运行的北大阪急行电铁、大阪港交通系统（OTS）的同时引入（OTS的线路在大阪市交通局后编入）。
地下铁各线路的车站编号数字部分原则上以11开始为特色，若有互相跨线路运行的铁路线路的车站设有车站编号，则采用连续编号。
御堂筋线・ M 南北线（M / Midosuji）千里中央站（M08）－江坂站（M11）－中百舌鸟站（M30）
谷町线（T / Tanimachi）大日站（T11）－八尾南站（T36）
四桥线（Y / Yotsubashi）西梅田站（Y11）－住之江公园站（Y21）
中央线（C / Chuo）宇宙广场站（C10）－大阪港站（C11）－长田站（C23）
千日前线（S / Sennichimae）野田阪神站（S11）－南巽站（S24）
堺筋线（K / saKaisuji）天神桥筋六丁目站（K11）－天下茶屋站（K20）
长堀鹤见绿地线（N / Nagahori）大正站（N11）－门真南站（N27）
今里筋线（I / Imazatosuji）井高野站（I11）－今里站（I21）
近畿日本铁道（近铁）于京阪奈线生驹站－学研奈良登美丘站延伸段2006年3月27日通车起引入。此后宣布其他线路至2015年8月20日为止依次引入[71]（但葛城索道线不属引入对象）。
记号部分，主要线路包括难波、奈良线，京都、橿原线，大阪线，名古屋线，南大阪、吉野线按英文字母A - F编号（C为沿用直通大阪市营地下铁的中央线的既有的京阪奈线），支线则使用G - P的英文字母。原则上编号部分由01起依次编号，但自社线的接续站编号并不统一，有时会出现欠号的情况。此外，支线的编号为接续主要线路的编号。
神户市营地下铁于2004年9月1日起引入。
神户新交通于港湾人工岛线市民广场站－神户机场站延长段2006年2月2日通车时引入。
阪急阪神控股辖下的阪急电铁（阪急）、阪神电气铁道（阪神）于2013年4月30日宣布同时实施车站编号。阪急于京都本线西山天王山站2013年12月21日启用日引入[72]。线路记号为“HanKyu”的简写“HK”。
能势电铁与阪急同时于2013年12月21日引入，只限铁道线。线路记号为“NoSe”的简写“NS”。此外，与阪急不同，记号部分与编号部分没有连字号。
与上述的阪急同时宣布实施车站编号，阪神电气铁道（阪神）于2014年4月引入[73]。线路记号为“HanShin”的简写“HS”。设外，与阪急不同，记号部分与编号部分之没有连字号，与东武同样线路按照编号区分（本线、神户高速线连接编号）。此外，与其他公司管理的共同使用站如西代站（山阳电铁）、大阪难波站（近畿日本铁道）在发表时仍在协议中，山阳电铁引入车站编号将伴随阪神、山阳两社的车站编号[74]。同时，大阪难波站于引入当初只限从阪神侧进行编号，2015年8月近铁引入车站编号后，近铁侧亦有了车站编号[75]。
山阳电铁于2014年2月7日宣布引入车站编号。与阪神电铁直达部分于2014年4月1日率先引入，阪神电铁的车站编号发表当初协议中仍未确定引入时的西代站，以阪神电铁“HS 39”、山阳电铁“SY 01”进行各自编号。线路记号为“SanYo”的简称“SY”，与阪神电铁同样不设连字号[74]。
神户电铁于2014年4月1日引入[76]。线路记号为“KoBe”的简称“KB”。神户高速线与有马线为求一体的编号而连续编号，除此以外线区以号码区分。
京阪电气铁道于2014年4月1日起引入[77]。线路记号于京阪线系统为“KeiHan”的简称“KH”，大津线系统为“OTsu”的简称“OT”。[78]。
京福电气铁道岚山线（岚电）于2007年3月19日引入。2016年4月1日撮影所前站启用后，全线均已加入车站编号[79]。
叡山电铁于2008年10月19日引入。所有车站均有编号，叡山本线、鞍马线顺号。记号为“E”。
近江铁道虽没有正式公布车站编号，但自2018年顷起，线路图、车内导览装置、站名牌都依次引入。与整理券编号相同，与京滨急行电铁同样由本线往支线方向连续编号。OR22－OR25为欠号。
和歌山电铁，公司并未有特地宣布，2015年在官方网页的线路图确认加入车站编号。
冈山电气轨道在2017年5月引入线路记号，并更改了线路颜色[80]。记号以两个运行系统为准，冈山站前停留场－柳川停留场间同时设有双方的系统记号。[81]。
2019年起引入。不记载在站名牌上，只记载在车站时刻表与口袋时刻表内。
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广岛电铁自1996年（平成8年）10月起引入[82]。编号以广岛站停留场、与本线为基准进行编号[82]。
引入年份不详。在站名牌与官方网页所提供的时刻表显示。线路记号只限数字组成，北松江线、大社线顺次序连续编号。
四国旅客铁道（JR国）于2006年3月1日作为JR集团率先采用车站编号。途经伊予长滨的予赞线、土赞线的高知以西、德岛线、予土线、高德线以记号部分采用线路名的罗马拼音表记的头文字。但是，本四备赞线不实施。而小村神社前站启用之际使用“K08-1”的车站编号，采用支号方式。主要用于站名牌与车费表等。
土佐黑潮铁道的各线路同时引入。此处线路接续JR线，因此亦连续编号。
伊予铁道于2015年（平成27年）6月引入车站编号。记载于站名牌。编号的方法为郊外电车与市内电车（松山市内线）分开编号，线路记号“IY”只限郊外电车使用。
郊外电车高滨线、横河原线、郡中线依次连续编号，高滨线起往巴士连络的松山观光港亦加入编号。市内电车因为环状线系统，则以松山市站开始以顺时针方向编号，而环状线起分支往道后温泉站的系统、往本町六丁目停留场的系统亦从最大编号依次继续连续编号。
JR九州自2018年9月30日起在北部九州地域在来线依次引入车站编号[83]。
线路记号包括两个英文字母，第1个字母所有线路都是“J”（JR的首字母），第2个字母由A至K依字母次序排列。但是，“JA”以及“JC”路段的起点博多站则以不带线路记号的“00”标示。另外，鹿儿岛本线博多以北与博多以南的线路记号是各自编号的，山阳本线在鹿儿岛本线博多以北共用相同的线路记号，只以编号区别。筑丰本线在运行系统上分为3个线路记号。
鹿儿岛本线（JA） 博多站（00）－吉冢站（JA01）－门司港站（JA31） 山阳本线（JA）（小仓站（JA51）－）门司站（JA52）－下关站（JA53）
鹿儿岛本线（JB） 竹下站（JB01）－荒尾站（JB28）
福北丰线（筑丰本线、篠栗线）（JC） 博多站（00）－吉冢站（JC01）－桂川站（JC11）－折尾站（JC26）
香椎线（JD） 西户崎站（JD01）－宇美站（JD16）
若松线（筑丰本线）（JE） 折尾站（JE01）－若松站（JE06）
日丰本线（JF） 小仓站（JF01）－行桥站（JF10）
原田线（筑丰本线）（JG） 桂川站（JG01）－原田站（JG05）
长崎本线（JH） 鸟栖站（JH01）－佐贺站（JH08）
日田彦山线（JI） （小仓站（JI01）－）城野站（JI04）－田川后藤寺站（JI14）
后藤寺线（JJ） 新饭冢站（JJ01）－田川后藤寺站（JJ06）
筑肥线（JK） 侄滨站（JK01）－波多江站（JK06）－筑前前原站（JK08）－唐津站（JK20）（－西唐津站（JK21））
福冈市交通局（福冈市地下铁）于2011年1月24日起至3月上旬各站依次引入于信息[84][85]。交通局网站的线路图，一直使用车站编号[86]。
西日本铁道自2017年2月1日起依次在天神大牟田线、太宰府线、甘木线、贝冢线全部72个车站引入[88][注 8]。
引入时期不明。
平成筑丰铁道自2019年10月1日起依次引入车站编号[90]。线路记号全公司统一为“HC”和数字组成。伊田线与田川线以连续使用“01”起编号，糸田线则由“51”起编号，糸田线的分支站金田站不作双重编号。
长崎电气轨道于昭和末期起即引入车站编号。1984年（昭和59年）5月30日于宝町（下行）与大波止（上行）试验性设置停留场名表示板，亦首度显示停留场编号。之后，9月至10月长崎站前与筑町的上行下行均设置了包含车站编号的显示板，而其他的主要停留场则于下行或上行设置，并依次设置[91]。根据1985年（昭和60年）发行的社史《ふりかえる二十年のあゆみ》，1984年（昭和59年）9月中旬起各电停逐步设立放入罗马拼音的显示板，并记载了放入车站编号的电停显示板的照片[92]。全部停留所的编号按照本线（赤迫线→本线）、萤茶屋线、樱町线、大浦线的次序实行。2012年改为站名牌的编号栏（停留所名的左则以○围着的数字显示）的新设计，改为以白色背景黑色数字并以○标示外框，外框颜色按照线路变成蓝、红、黄、绿色。此外，2 - 3系统重复行走的路段的停留所以多个○颜色显示。
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熊本市交通局（熊本市电）于2011年3月1日引入，同时运行系统与一部分停留所改变名称[93]。A、B两系统共通的辛岛町停留场（8）－健军町站之间，由于使用者多使用A系统的停留所，因此只设有A系统编号，成为特色。
肥萨橙铁道在2019年10月1日引入（但是，各站时刻表与车费表自2019年3月16日时刻表改正时已经刊登）。字母为OR（Orange Railway）。
鹿儿岛市交通局（鹿儿岛市电）在2018年4月官方公布前，只在各停留所记载车站编号。表记为2段，上段为系统编号，下段为车站编号的2行标记。两系统共用的路段则使用双重编号（但是起点相同则使用相同数值）。
列于冲绳都市单轨触线各站的站名牌、车内液晶画面与自动售票机的车费表上。
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