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台湾明郑时期是指1661年至1683年间由明郑政权统治台湾的历史时期。其统治期间一直奉南明为正朔，前后历经郑成功、郑经及郑克塽三世统治共二十一年[参6][参7][参8][参9]。
台湾明郑时期 | |||||||||||
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| 1661年—1683年 | |||||||||||
 郑氏令旗
 郑氏家徽
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 疆域（ 设里疆界， 屯垦地） | |||||||||||
| 地位 | 残存国家、郡王国 | ||||||||||
| 首都 | 承天府安平镇[参1][参2] | ||||||||||
| 常用语言 | 闽南语[注1] | ||||||||||
| 宗教 | 儒教、佛教、道教 | ||||||||||
| 延平王 | |||||||||||
• 1661年－1662年 | 郑成功 | ||||||||||
• 1662年 | 郑袭（东都主） | ||||||||||
• 1662年－1681年 | 郑经 | ||||||||||
• 1681年 | 郑克臧（监国） | ||||||||||
• 1681年－1683年 | 郑克塽 | ||||||||||
| 东宁总制 | |||||||||||
• 1674年－1680年 | 陈永华 | ||||||||||
| 历史 | |||||||||||
• 国姓东征 | 1661年6月14日 | ||||||||||
• 郑经克台 | 1662年6月－11月 | ||||||||||
• 明郑西征 | 1673年－1680年 | ||||||||||
• 东宁之变 | 1681年3月19日 | ||||||||||
• 澎湖海战 | 1683年7月10日 | ||||||||||
• 明郑降清 | 1683年10月8日 | ||||||||||
• 蔡机功反清 | 1684年10月19日 | ||||||||||
| 人口 | |||||||||||
• | 约200,000人[参3] | ||||||||||
| 货币 | 永历通宝[参4] 西班牙银圆 宽永通宝 | ||||||||||
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| 今属于 |  中华民国 中华人民共和国[参5] | ||||||||||
 台湾历史、台湾历史年表 | |||||||||||
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| 史前时期 | |||||||||||
| 荷治 1624－1662 |
西治1626－1642 | 原住民政权及部落－1933 | |||||||||
| 明郑时期 1661－1683 |
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| 清治时期 1683－1895 |
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| 日治时期 1895－1945 |
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| 战后时期 1945 迄今 | |||||||||||
| 其他台湾系列 | |||||||||||
 台湾主题首页
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明郑统治台湾的时间虽然不长，但却是台湾历史上首个汉族政权，同时亦为一以闽南民系为主体的事实上独立政权，对台湾政治认同发展有重要意涵，其影响极为深远持续至今[参10][参11]。明郑以台湾为反清复明据点，号召大批仁人志士随其渡台并形成一大明朝遗民群体。他们于明郑与满清斗争中既坚持汉族“华夷之辨”的儒家正统观，同时又产生割据台湾对抗满清的本土意识。该现象的本质是明朝遗民对抗满族统治的民族精神，渡台后转化成热爱台湾这块不受满清统治土地的本土意识。此一民族精神与本土意识的并存与互动，构成了台湾汉族民众反抗满清统治的两个思想层面[参12]。
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明郑时期又被称为郑氏治台时期[参13]、郑氏时代（时期）[参14][参15]、南明郑氏治台时期[参16]、南明郑氏治理时期[参17]、明郑王朝[参18]、郑氏王朝、东宁王朝[参19]、国姓爷王朝（Koxinga dynasty）等。
明郑[参20]，清代官书称之为“伪郑”、“逆郑”、“海逆”，记载郑经将东都改为“东宁省”，升天兴、万年二县为州[参21][参22][参23][参24][参25]，又称“东宁国”[参26][参27][参28][参29] [参30][参31]。朝鲜史料《李朝实录》，称呼郑经时期（1670年）的明郑为大樊国或大樊[参32]。当时也有西方人称之为福尔摩沙王国（英语：Kingdom of Formosa）、台湾王国（Kingdom of Taiwan）。现今又被称为明郑政权[参33]、延平王国[参34]、郑氏王国[参35][参36]、东宁王国（Kingdom of Tungning、Reino de Tungning）[参28]等。明郑下辖的台湾地区，也称为明郑台湾[参37]。
郑芝龙原为东海及南中国海一带海域势力最大的海盗，于明崇祯元年九月（1628年9月27日－10月26日）接受朝廷招安获赐任海防游击，号“五虎游击将军”。其于获朝廷认可后，经营海运贸易生意更如日中天，成为了东海至南中国海的海上霸主。其只手遮天之程度于史载叙述可见一斑：“凡海舶不得郑氏令旗者，不能来往。每舶例入三千金，岁入千万计，以此富敌国，自筑城安平镇”[40]；“从此海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利，芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显”、“八闽以郑氏为长城”，至此，明郑势力的通商范围广及：大泥、浡尼、占城、吕宋、魍港、北港、大员、平户、长崎、孟买、万丹、旧港、巴达维亚、马六甲、柬埔寨、暹罗。 [41][42]，甚至连欧洲列强荷兰东印度公司的营运亦受到郑芝龙势力的影响，地方商贸周济不顺，意图数度联合其他势力攻击郑芝龙，但居然被郑氏海军击溃。
明末烽烟四起，内有流寇作乱，外有满清觊觎中原。1644年4月25日（明崇祯十七年三月十九日）甲申之变，大顺李自成攻陷明朝首都北京，明思宗城破后自缢煤山，明朝灭亡；明朝遗臣吴三桂因此引清军入关击败大顺军。但满清入主北京后因兵力不足，暂放慢脚步改采“以汉制汉”战略，并未有立即进取华南，明朝遗臣得以南迁并在南京拥立明宗室福王朱由崧，建立偏安政权南明以联合各地汉族抗清，先后由安宗弘光帝（福王）、监国（鲁王）、绍宗隆武帝（唐王）、绍武帝（小唐王）、昭宗永历帝（桂王）等君主执掌。
1645年，满清豫王多铎举兵南下并擒获福王，弘光政权瓦解，郑芝龙旋即于其根据地福建拥立绍宗隆武帝（唐王）继续抗清，并于1644年－1645年间，先后被授予南安伯、南安侯、平虏侯和平国公等爵位，并身兼户部、兵部、工部三部尚书。然而1646年12月郑芝龙终为满人以高官厚禄诱降；其子郑成功则誓死不降，接起郑家大旗继续抗清。
1659年7月，郑成功北伐兵败金陵后退守东南沿海地区，其时明郑损兵折将难以与清军抗衡，不断遭围剿而势力范围日渐缩小，为寻找反清复明的长远基地而于1661年毅然决定东征荷属福尔摩沙。
明永历十五年正月（1661年），郑成功在金门誓师；他亲率将士25,000名、战船数百艘，自金门料罗湾出发，次月抵达明郑的领地澎湖，四月初二日（4月30日）抵达鹿耳门。并利用涨潮出敌不意地在鹿耳门及禾寮港登陆。以优势兵力包围荷军防守薄弱的“普罗民遮城”，并切断荷军水陆交通，不久，普罗民遮城守将猫难实叮（Jacobus Valentijn）献城投降。
四月初七日，郑成功亲率大军攻坚固若金汤的荷军首府“热兰遮城”。经派杨朝栋谕揆一投降无效后，即调集火炮朝城堡炮轰，然而在从大员市镇朝城堡进攻时，却遭荷军居高临下击退。之后郑军即采取长期围困，同时将多数部队派往各地囤垦以解决粮食不足的问题。五月二十八日，“荷兰东印度公司”得知台湾战况后，决定派七百人、战舰十艘赴台，于七月初五日抵达。之后双方稍有接触，但均无较大战事。至八月二十三日（9月16日），双方再度海战，郑军经一小时激战，击毁荷舰二艘、俘小艇三艘、杀敌百余人，其余荷舰逃往远海。
闰十月，荷军发动作最后一次攻击，但仍寡不敌众，之后又有日尔曼籍佣兵逃脱，向郑成功说明堡内荷军士气低落，并指出欲取热兰遮城，必先取其卫星碉堡“乌得勒支碉堡”（位于今汤匙山上），夺取该碉堡则可居高临下，炮击热兰遮城最脆弱的“四角附城”。郑成功遂于当月，着手准备攻城计划。
十二月初六日（1662年1月25日）郑军于鲲鯓半岛炮轰乌得勒支碉堡2,500发，命中1,700发左右并几乎将之夷为平地，荷兰守军被迫自行炸毁碉堡残余部分后撤退。此役彻底瓦解了热兰遮城守军的士气，两天后大员评议会决定议和谈判。
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永历十五年五月十八日（1661年6月14日)，郑成功登陆台湾后仿效明朝中央官制设制六官，并依然对明朝宗室礼遇有加，为其建王府官邸并供岁禄，每次拜封官员亦请诸位大明皇族遗脉和其他宗室在旁观礼，以示尊重体制；又依郡县制将赤崁城改名“东都明京”[参38]，并设置承天府为地方府治的行政中心，府城分为东安、西安、宋南、镇北四坊，各设首领，管理事务。府下并设北天兴、南万年二县。
为确保军队补给充足，明郑于初步安顿后即开展查户口、报田产、征劳力、纳税银等各种民生工作[参39][参40]，并实施“寓兵于农”政策令诸将士至全台各地屯垦，范围北达噶玛兰地区、南抵琅峤一带，以点状分布，按镇分地、按地开垦。明郑政权于大规模开垦期间多有侵害到原住民诸部的活动空间，导致与原住民政权之间频繁爆发武装冲突，如明郑政权对大肚王国领土的侵犯曾造成数次战争。因于大肚王国与琅峤等在地政权的抵御，郑成功实际的统治范围，仅约北至二林（今彰化县二林镇），南达茄藤（今屏东县佳冬乡）。
南明昭宗永历十六年五月初八（1662年6月23日），郑成功薨逝，时年38岁，自其征服台湾至逝世仅13个月。其于逝世后近二十年（永历三十五年四月，1681年）获孙郑克塽追谥“潮武王”[参41][参42]。
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史书记载，郑经自年少时即已颇为好色，并特别喜爱徐娘半老的中年熟女，几乎与胞弟的每一名乳母均有私通；郑成功征台前，留守思明州（厦门）的郑经纳其中一人陈昭娘为妾并倍加宠爱[48]。郑成功得知后本令陈氏自行跳海了断，但郑经却以其驻地权势包庇陈氏并隐瞒父亲长达三年之久，驻厦军慑于世子权势无人敢通知人在台湾的郑成功。陈氏更恃宠生骄霸凌本已长期不受宠的郑经原配唐妃，满腹冤屈的唐妃唯有向于明郑朝廷位居要职的祖父唐显悦求助。[49]
永历十六年（1662年）三月，陈氏生下郑克𡒉，郑经于是向父报称为侧室所出但隐瞒陈氏身份，一时郑成功大喜过望，满朝文武皆贺。不甘孙女受辱的唐显悦此时即发难上奏向郑成功举报揭破郑经谎言，事件于台湾酝酿成严重政治丑闻。[50]
郑成功得知被世子欺骗后勃然大怒，下令主管厦门的堂兄郑泰全数处死董妃、郑经、陈昭娘与郑克𡒉等人[51]。郑泰固不认同堂侄不伦之举，但亦无法接受堂弟对血脉族亲灭绝人性的手段、以及大规模肃清宗族必然引致军心动摇的后果，起初与奉命渡海来厦的都司黄毓谈判，打算仅将陈昭娘郑克𡒉母子首级送回台湾交差了事，再动员大量宗亲为董妃郑经母子求情。郑成功得知郑泰意见后更为愤怒，立即解下佩剑令黄毓回厦斩杀四人，郑泰无法下手唯有叫黄毓亲自找郑经行刑，但暗中提前通报郑经，黄毓刚见到郑经就被其随从包围拘捕。[52]
此时在台湾犯罪的参军蔡鸣雷投奔厦门，并警告说郑成功已令周全斌率军至厦门执行命令，打死不愿杀害宗亲的郑泰唯有按洪旭建议毅然以堂兄身份抗命，并令水师于大胆岛海域严阵以待。周全斌刚接近厦门即被郑经按黄廷建议围困缴械并拘捕，并令黄昌收编其部队。郑成功听闻厦门抗命之事大为光火，再令洪有鼎渡海执行命令，唯洪航至东山岛时眼见水师守备森严，再听闻周全斌被捕的消息，即吓得不敢再前打道回台。[53]被捕的驻台将领其后更几乎遭郑泰以谋害宗室罪名处斩，仅得董妃为顾全大局不计前嫌力保方得保命。此举被驻台郑军视为公然抗命，令其与驻厦军之间开始出现嫌隙，成为日后两岸争位的导火线。
郑成功死后，驻台的黄昭、萧拱宸等人以郑经乱伦罪及联合驻厦军抗王命为由，于安平拥立郑成功五弟郑袭为监国，将军马信、黄安不从，马信于不久后逝世。赏勋司蔡政奉郑成功之衮龙袍入厦门晋见世子郑经，洪旭等人遂拥郑经为“世藩”[参43]。同年11月，郑经命周全斌为五军戎政，亲率陈永华、冯锡范等人攻入鹿耳门。右虎卫黄安闻讯后，率师前来会合，与黄昭会战并杀之，胜利后领兵进王城诛杀萧拱宸、张骥与曹从龙等人，流放其族人。事后，郑袭的家臣蔡云自缢，郑袭本人则遭郑经押回厦门软禁，不久惧死而投清。[参44]
嗣位之争结束后，郑经继位。1663年初，郑经以洪旭守厦门、郑泰守金门。郑经听说郑泰与之前拥立郑袭为王的黄昭有书信往来，便怀疑他亦参与逆谋，因此欲召见他，郑泰却称病不见。参军陈永华以郑经将回东都为由，委任郑泰为“居守户官”，铸印送至金门并邀郑泰入厦门饯行。7月10日，郑泰率兵船赴宴，被郑经扣留软禁，船舰皆为周全斌所并，只有蔡璋逃回金门。郑泰之弟郑鸣骏与子郑缵绪率部属及家眷入泉州投降清朝。郑泰闻讯后自缢，郑经王权得以巩固。
1663年11月18日（永历十七年/康熙二年十月十九日，清军于荷兰东印度公司舰队的协助下进攻明郑统治之厦门、金门，明郑尽管拼死奋战击毙清提督马得功，但仍寡不敌众，清军20日（二十一日）终于厦门登陆并乘胜攻占金门、浯屿，明郑军退往铜山。战后军心动摇，大将周全斌降清，郑经眼看无法固守，只好于翌年3月弃守闽南沿海诸岛并全面撤至台、澎，除军队外眷口及文臣、宗室、遗老共约七千人一同撤出，于初十日抵台；此次退守台湾是郑氏所代表的南明抗清势力的总撤退，此后郑经将“东都”改为东宁。1664年4月10日（永历十八年/康熙三年三月十五日），清军进攻铜山，明郑完全失去大陆领土。荷军更乘势于8月27日重占鸡笼。
1665年，清荷联军继续进攻澎湖，却遭遇台风而无功而返，清廷因此放弃了攻台，转而于1667年7月与郑经展开首次谈判。面对清军和荷兰军队咄咄逼人的态势，郑经声称台湾“非属版图之中”、“东连日本，南蹴吕宋，人民辐辏，商贾流通。王侯之贵，固吾所自有，万世之基已立于不拔”[参45]；于1669年的和谈中，派遣柯平、叶亨赴泉州与清廷议和[参46]。郑经再度强调郑氏占领台湾是“建国东宁”[参47]、“于版图疆域之外，别立乾坤”[参48]，然而两次的谈判郑经皆以不接受薙发拒绝清朝[参49]，并用箕子朝鲜作比喻，谈判最终破局[参50]。最终清廷亦无重拾攻台计划，改以迁界令封锁东南沿海，明郑暂得以偏安台湾。
清朝的立即威胁解除后，郑经旋即于1666年率兵进攻鸡笼的荷兰守军，虽然战败，但荷方亦受海禁打击无法贸易，缺乏资源补给导致难以防守，终于1668年再度撤出并自此放弃台湾。
1664年8月，郑经认为永历帝驾崩后台湾已无称行都的必要，乃“谨守藩封”而改“东都明京”为“东宁”[参28][参19][参51][参52]，建都安平镇于热兰遮城，经过加以翻修称之后，台人称之为“王城”[参53]。对内奉南明永历帝正朔，对外与占据中原的大清互不统属，所谓“东宁建国，别立乾坤”[参47][参48]，始有开国长治之想[参54]，经营成效斐然。明郑政权的有效统治地区仅限于台湾西南部地区，其他地方则有大肚王国、大龟文、琅峤等原住民政权管辖。
郑经即位后任用陈永华为谘议参军，拓展实业，整饬吏治，强固治安，以官田、私田、屯田三田并用，使得饱经战乱的台湾得到休养生息的机会，也得到了发展的机会，一时间称为乐土。1668年，郑经还派军收复了荷兰人在台湾北部最后的据点—基隆，在台湾南北路和澎湖设置三个安抚司，在福建泉州一带建筑了19个具有军事性质的寨子，巩固了台湾内外围的防御。期间清军虽然两次进攻澎湖，都因郑军防守的当使得清军无功而返。此后十年间，台海维持了相对的稳定局面[参55]。
郑经试图以贸易来提升其实力。除了与清朝进行走私贸易外，日本的德川幕府也是其重要贸易伙伴，大量进口日本的银、铜等金属与盔甲以武装郑军，双方贸易于1665至1672年达到高峰，郑经更允许日本商人居于鸡笼以促进贸易交流。日人以“东宁国王”称呼[参56]。郑经亦于1672年邀请英国东印度公司来到台湾，并与之签订通商条约，出口糖与鹿皮并进口西洋枪炮以增强郑军的战斗力，另外更请求英国人训练炮兵，战争时更借用英国炮手作战。
1673年，清朝平西王吴三桂起兵反清，史称三藩之乱。1674年4月21日，清朝靖南王耿精忠起兵响应，隔海邀请郑经加入。郑经允之西征，但是只是联合发出讨伐满清檄文，并未联合出兵北伐，双方都是借此机会扩大地盘。郑经渡海后，要求耿精忠将漳州与泉州交给自己，占领整个福建的耿精忠拒绝，郑经遂出兵占领海澄与同安，双方开始交恶。然而，泉州、漳州以及潮州陆续投靠郑经，耿精忠见情势不对便出兵进攻泉州，为明郑将领刘国轩所击退，双方接着又持续相互进攻、战斗。1675年，耿精忠与郑经谈判，双方以枫亭为界，北属耿氏、南属郑氏，平息战斗。1676年，郑经击败平南王尚之信，迫使尚之信加入反清行列，郑经随后占领惠州。由于郑经于拥有漳州、泉州、潮州、惠州等四座首府后，又攻下汀州，因此与耿精忠的联盟再度破裂，腹背受敌的耿精忠只好降清。耿精忠降清后，独自面对清军的郑经节节败退，明郑所得闽粤各地全部得而复失，前功尽弃，最后只好退回厦门，自此一蹶不振[参57]。
1677年退回厦门后，清朝再度与郑经展开和谈，清朝康亲王杰书向郑经许诺郑经若从中国大陆沿海的岛屿撤退，就答应比照朝鲜，成为清朝藩属并通商、永无猜嫌。1678年的和谈中，清朝将领赖塔给郑经的书信中声称，如果郑军肯退守台湾，则“本朝何惜海外一弹丸之地”，郑氏可永据台湾，清廷把台湾当成朝鲜、日本一样的外国，不必剃发易服、称臣纳贡也可以不必[参58]。郑经一开始予以拒绝，但最终于1680年，全面撤离厦门据守台湾，至此明郑在大陆沿海的主要岛屿丧失殆尽。
郑经回台后曾一度尝试专心治台，但是面对抗清局面不断恶化，意志开始消沉，移居北园别馆，终日饮酒赋诗、棋艺书画、出外狩猎，将政事全权交予监国世子郑克𡒉与咨议参军陈永华。
1681年3月17日，郑经因狩猎摔伤不治，薨于北园别馆，得年40，统治东宁国近20年。1681年（永历三十五年）四月刚登基的元子郑克塽追谥其父王为“潮文王”[参41][参42]。
1679年，郑经西征之际，因其并无嫡子，听陈永华之请将庶长子郑克𡒉立为世子，并授职为监国，号监国世子。由于其办事英明果断，颇有其祖郑成功之风范，因此人称东宁贤主，但也因此得罪了王叔郑聪等人。1680年，郑经西征无功而返，监国世子继续执政，并深得父亲郑经之信任，但后来其岳父总制陈永华去世，因此监国渐渐在政治上孤立无援。
1681年3月17日（永历三十五年正月二十八日），郑经薨逝，逝世前于北园别馆将监国郑克𡒉托付给刘国轩，然而明郑王室随即爆发权斗。郑氏宗亲郑聪等人眼见郑经已薨，便与冯锡范、刘国轩等人联手向董太妃进谗言，诬蔑郑克𡒉乃李氏之螟蛉子，董太妃一时不察便下令收回郑克𡒉之监国印玺。得到董太妃允许后，刘国轩与冯锡范便领兵进入延平王府捉拿监国、囚禁于北园别馆，并于当夜遭郑聪等人谋杀。监国遭谋杀后，原意仅是罢免郑克𡒉的董太妃亦无力挽回，遂命监国夫人陈氏将郑克𡒉之遗体送返延平王府、收敛守丧。丧毕，陈氏自缢。世子郑克𡒉遭弑杀后，自责的董太妃也于同年6月去世。20日（二月初一），冯锡范拥立年仅12岁的女婿郑克塽（元子）为王；自此朝政大权旁落入外戚冯锡范与刘国轩手中，民心渐趋涣散，明郑亦从此一蹶不振[参59]。
1682年9月，明郑降将施琅上书康熙帝请求征台，康熙允之。翌年6月，施琅奉康熙诏，并效法当年郑成功征台先进攻澎湖。7月10日于澎湖附近海域遭遇并击溃刘国轩率领的明郑水师，继而于16日占领澎湖，史称澎湖海战。
1683年（永历三十七年）9月，郑克塽与众臣商议后呈降表，鲁王世子朱桓、泸溪王朱慈旷、巴东王朱江、乐安王朱俊、舒城王朱著、奉南王朱熺等其他明朝宗室随其降清，而宁靖王朱术桂身着大明衣冠而自杀[参60]。10月8日，施琅入台受郑克塽投降，明郑正式灭亡，台湾亦自此正式进入清治时期；从1661年（永历十五年）4月郑成功入台到郑克塽1683年（永历三十七年）9月降清为止，计于台湾经营共23年[参36]。
为防止明郑遗民反叛，清廷灭明郑后将明朝宗室、郑氏王室、明郑朝臣们及其亲属大举迁往中国大陆。其中，郑成功家族纳入上三旗管束；文武官员与士兵则分别迁至在山东、山西及河南诸省垦荒，使台湾失去可能领导反清的人物；甚至不惜郑成功、郑经等郑氏在台王陵悉数迁葬中国内陆[参61][注2]。
至于明郑的大量遗民，清廷则采取以汉治汉的策略，长期以攻台将领担任台湾军事首长。如福建水师一职从1684年至1721年计37年间共历施琅、张旺、吴英、施世骠四任提督，除张旺之外，其他皆是攻台将领，尤其是施琅、施世骠父子共任职达25年之久。在陆路提督方面由万正色、吴英、蓝理皆为攻台将领[参63]。
地方行政方面，可分为两个阶段：郑成功时期与郑经时期。1661年，郑成功击败荷兰东印度公司，五月占普罗民遮城，改赤崁地方为东都明京，台湾总地号为“东都”。还实施郡县制度，设置了“一府二县”[参64]，承天府、天兴县以及万年县，并以承天府安平镇为京畿[参65]。其中，天兴县县治设于佳里兴（今台南市佳里区），而万年县县治则设于二赞行（今台南市仁德区二行里）。此外，明郑还先后设置了思明州、思明县，管辖厦门、金门等岛屿，郑氏时期就存在的地名有左营、新营、小新营、旧营、柳营、林凤营、中营、下营、大营、后营、前镇、后镇、二镇、左镇、后劲、官田、北港、大甲、淡水等地名。
1662年，郑成功逝世，世子郑经经历政争后掌权，对行政区划进行变革。全面实施并沿用郑成功设置的郡县制度，但稍稍做出变革。保留承天府，京畿承天府主事官为承天府府尹，改二县为二州，即地方的天兴与万年两州主事官则为知州（郑成功在位时期则为两县知县），于天兴州以及万年州之下，设有“二十四里”[注3]。为了安抚原住民族，于原住民居住地区，设置澎湖[注4]、北路以及南路等三个安抚司，其主事官为安抚使，形成“一府二州三司”平行的体系。承天府京畿地区又设有东安坊、西定坊、镇北坊以及宁南坊四坊，坊设签首。承天府以及两州的里级行政区则设有总理。签首及总理两职负责的职务如：户籍、迁徙、婚嫁、出生、死亡等基层民事，并规定按时汇呈州府。
在行政上，延平王拥有至高的权力。延平王之下，设有咨议参军又称为幕府，总理国政。参军府辖下又设立六官（吏、户、礼、刑、兵、工），六官皆设有主事，其下又设都事，品秩分别比照侍郎与郎中[参66]。另外，又设立察言司、承宣司、审理司、赏勋司、中书科、储贤馆、育胄馆等官僚机构[参67]。1674年，郑经西征清朝，命陈永华为东宁总制，于六官之上；然而，郑经诸弟骄横难制，郑经因此于1679年立长子郑克𡒉为世子，并授职监国，于总制与六官之上，总理国政。东宁之变后，冯锡范掌权，并以侍卫镇掌政，并身兼咨议参军之职，而六官则继续实行[参68]。明郑官员在郑成功时自称为“卑职”，在郑经时则改为“臣”，制度已趋成熟[参54]。
郑成功与陈永华、郑经、刘国轩经营的屯兵态势或军事规模是台湾首见。永历十五年（1661年），郑成功除固守金门数万水师之外，亲自率领约25,000名士兵攻打台湾大员，打败荷兰东印度公司的部队，展开对于台湾的统治。明郑时期的军事制度与组织渊源复杂，且经多次变革。如简化之，其官职大约可分为五军戎政（五军戎务）、总督军务、管军提督、将军、亲军卫镇、陆师镇、水师镇及监军数部分。永历三十七年（1683年）明郑覆灭后，郑军将领与军队悉数被强迫内渡中国，而据《钦命太保建平侯郑造报官员兵民船只总册》，据守台湾的官兵共有37500名。
| 先前机关： 荷兰东印度公司 |
台湾军事 1661年－1683年 |
后继机关： 台湾镇（大清) |
南明福王、鲁王以及唐王相继败亡后，其东南沿海的军力逐渐整并至郑成功麾下。这些部队分成水师左、右、前、后、中五军，中军由郑成功亲自掌管，其余前军张名振、后军周崔芝、左军林察、右军周瑞则皆为南明的残余势力，并在日后的多次战役中逐渐凋零瓦解。郑氏统领的中军之下又分成前、后、中、左、右五提督，五提督在五军瓦解之后，成为明郑军事的高阶单位。在五提督之下即为提督所辖的各镇，原则上也分为前、后、中、左、右五镇。不过，五提督的军力仅是明郑的一部分，除此之外尚有延平王直属掌管的亲军镇以及多个“独立镇”。郑成功主政时期的独立镇已大致编制完成，至郑经西征参与三藩之役时，又扩编了七个军镇系统。[来源请求]
郑成功主政时期 | |
| 军镇系统 | 军镇番号 |
|---|---|
| 五镇系统 | 前锋镇、后劲镇、中权镇、左先锋镇、右先锋镇 |
| 冲锋系统 | 冲锋前镇、冲锋后镇、冲锋中镇、冲锋左镇、冲锋右镇 |
| 援剿系统 | 援剿前镇、援剿后镇、援剿中镇、援剿左镇、援剿右镇 |
| 护卫系统 | 护卫前镇、护卫后镇、护卫中镇、护卫左镇、护卫右镇 |
| 宣毅系统 | 宣毅前镇、宣毅后镇、宣毅中镇、宣毅左镇、宣毅右镇 |
| 五常系统 | 仁武镇、义武镇、礼武镇、智武镇、信武镇 |
| 五兵系统 | 正兵镇、奇兵镇、游兵镇、英兵镇、殿兵镇 |
| 五行系统 | 金武镇、木武镇、水武镇、火武镇、土武镇 |
| 数目系统 | 水师一镇、水师二镇、水师三镇、水师四镇、水师五镇 |
| 方位系统 | 水师前镇、水师后镇、水师内司镇、水师左镇、水师右镇 |
| 星宿系统 | 角宿镇、亢宿镇、氐宿镇、房宿镇、心宿镇、尾宿镇、箕宿镇、斗宿镇、牛宿镇、女宿镇、 虚宿镇、危宿镇、室宿镇、壁宿镇、奎宿镇、娄宿镇、胃宿镇、昴宿镇、毕宿镇、觜宿镇、 参宿镇、井宿镇、鬼宿镇、柳宿镇、星宿镇、张宿镇、翼宿镇、轸宿镇 |
郑经西征时期扩编 | |
| 军镇系统 | 军镇番号 |
| 楼船系统 | 楼船前镇、楼船后镇、楼船中镇、楼船左镇、楼船右镇 |
| 果毅系统 | 果毅前镇、果毅后镇、果毅中镇、果毅左镇、果毅右镇 |
| 建威系统 | 建威前镇、建威后镇、建威中镇、建威左镇、建威右镇 |
| 扬威系统 | 扬威前镇、扬威后镇、扬威中镇、扬威左镇、扬威右镇 |
| 折冲系统 | 折冲前镇、折冲后镇、折冲中镇、折冲左镇、折冲右镇 |
| 龙骧系统 | 龙骧前镇、龙骧后镇、龙骧中镇、龙骧左镇、龙骧右镇 |
| 五义系统 | 振义镇、奋义镇、昭义镇、英义镇 |
其余独立军镇 | |
| 其余军镇 | 铁骑镇、神器镇 |
提督之下设“卫”与“镇”。卫为亲军，镇则非亲军。郑成功尚未占领台湾之前，亲军为镇，称为“亲丁镇”。1650年增设“戎旗镇”。1652年亲丁镇全镇覆没，而未再设置之。1656年扩编戎旗镇为左右二镇，1658年则改名为左右武卫。同年，又增设仿日本武士的亲军部队－左右虎卫。1662年，郑经承嗣延平王，升左虎卫黄安为勇卫，其位于武卫与虎卫之上；黄安殁，咨议参军陈永华继之。又设置侍卫，由冯锡范统领，位于勇卫与武卫之后。郑经死后，外戚冯锡范发动政变，杀监国克𡒉，改立元子郑克塽为王，并开始以侍卫掌政、统领六官，直至明郑灭亡。
特种镇营中，马兵有北镇以及铁骑镇；火器有神器镇。郑成功攻台成功后，建立护卫镇，由荷兰时期的黑人佣兵“乌鬼”（Oo-kuí）组成，手持步枪，专门守卫延平王府。
在经济方面，明郑于台湾经济史仍占有一定比例。其中，以经贸与农业为主。于农业经济方面，为了解决军队兵粮问题，不论郑成功或郑经基本上都贯彻“寓兵于农”的策略，也是诸将士平日分散各耕地，按镇分地、按地开垦。这种具有营盘田、文武官田的土地私有制，于定则征赋的经济模式下，大量提供经济产能。根据统计，包含承袭荷据已开垦的“王田”、后续开发的营盘田、官田、私田等，明郑时期拓垦的田地超过一万八千四百五十四甲以上。此等经济开发，虽造就农耕文化盛行的汉人，但郑氏王朝扩张领土的行动，却也同时让台湾原住民面临比荷西时期更严重的生存危机[参36]，导致与大肚王国发生冲突，并对平埔族展开屠杀。为了军需民食，台湾农产重心由糖转米，这个农业经济的性格转变直至今日仍影响台湾。公元1665年，陈永华的农业水利更促使汉人移民至今高雄的方向发展。除此，陈永华引进同安制盐法至台湾来发展盐业经济，除此尚有鹿皮、鹿角、鹿脯等土产的外销，因此多鹿的台湾，来自原住民团体的捕鹿业，也是早期台湾的重要经济产业活动。明郑时期对16岁以上男子课“人丁银”；有别于荷兰统治台湾时期对七岁以上的汉人移民课以“人头税”（能以鹿皮缴交）。
郑成功奉明朝为宗主，以永历政权为正朔，因此发行永历通宝铜钱作为流通主要货币。郑经主政后，陈永华的中央政府体制，除了可以行使及于台湾南部的主权力量，也着实成为一个个别经济体。由于贸易对象众多，因此流通东宁的货币可以分为银币与铜钱二类，银币又有银元与银锭二者。
银元主要是西班牙银元，于荷兰与西班牙时期大量进入台湾流通。东宁建国后，银元持续流通，依外型与重量主要分为剑钱、圆钱、方钱以及茇等类型：
- 剑钱：重9钱，主要为荷兰人所铸。
- 圆钱：又称为“花栏钱”，重7钱2分，因此俗称“七二银”。同时亦有2当1以及4当1的重3钱6分与重1钱8分者。另外又有重6钱8分者，俗称“六八银”。
- 方钱：与圆钱同重，皆7钱2分，俗称“番饼”。
- 茇：即“银角仔（gîn-kak-á）”，重1钱8分、9分或4分5釐。来自咬留吧（爪哇）以及吕宋。
银锭多由郑氏携入台湾，加以戳记。东宁户官杨英，曾遣人前往麻豆社、新港社、目加溜湾社以及萧垅社，以银锭交易买籴禾粟。
铜钱，郑成功在台湾发行永历通宝，同时明朝其他时代铜钱、宋元等前朝铜钱和日本铜钱同时流通与市。
郑成功在和清军的多次较量中，控制了“上自舟山，下至南澳”的东南沿海一带[来源请求]，清军为了对付郑成功的海军，采取海禁政策，1661年下令山东、江苏、浙江、福建、广东等地迁界禁海，企图通过坚壁清野和经济封锁来扼杀郑氏。为了突破封锁和敛聚财富，郑成功创立山海五商[参70]。山海五商分为山五商与海五商。山五商分别以五行“金、木、水、火、土”为商团名，分布于北京、苏州、杭州、山东，采购丝绸等中国货物商品并运销外洋。海五商则掌管贩运东西两洋之船舶，分别以五常“仁、义、礼、智、信”为其商团名，皆设立于厦门。山海五商下又设有分支行号，遍布中国东南各大城港[参71]。
“山海商批货，海五商销货”为山海五商之分工模式。山五商向利民库领取公款，于苏、杭等地收购丝绸、瓷器等货品，并交予海五商后，再至利民库结账并提领下一批公款。海五商交接获物后，交予船队。船队交易结束后，再至利民库结账。山海五商各司其职。船队方面则以航线作为区分。东洋船队以日本、台湾、吕宋为主要航线；西洋船队则是航行于南洋、波斯，战争时转调战船使用。山海五商与东西两洋船队皆隶属于中央的户官管辖之下，财务各自独立，无从属关系。另外，“领本独立贩运个商”则是向郑成功借贷资本、缴交利息并受监督的商团。将苏杭货品运至海外销售，回航时采购海外货物并售予厦门之海五商。无论山五商、海五商或者是个体户商团，除了商业活动外，亦从事情报工作[参71]。
郑经主政后，承继之。1664年（永历十八年）退守台湾后，清朝实施迁界令，山五商受尽挫折。后采取陈永华之议，以贿赂、秘密交易之手段突破封锁。郑经西征时，厦门岛之商业再度兴盛，而舟山群岛则利用行贿，伪装渔船、猎船出海贸易，并派出海军巡逻保护海上贸易之安全与顺畅。
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郑经继位延平王后，积极拓展对外贸易，因此派出使节团至万丹（Bantam，今日的西北爪哇）邀请英国东印度公司来台湾进行贸易通商并给予英方优惠礼遇。1670年（永历二十四年）6月3日，英方船舰万丹号（The Bantam Pink）与珍珠号（The Pearl）航抵台湾。同年9月10日，英方指挥官克利斯布（Ellis Crisp）与郑经签署非正式通商协议。郑方同意英方20项条款，主要内容大致为：允许英船自由贸易；英人在台可以自由买卖，并将糖与鹿皮等货品运销日本与吕宋等地。郑方则向英方提出17项要求，主要内容大致为：英方船舰入港时须将火炮火枪移交郑方暂管，离去时归还；进口货物售后须缴交关税3%；派驻2名炮手与铁匠1名为国王（郑经）服役并为郑方制造枪炮；要求英方供应火药200桶、火绳枪200挺以及英国铁100担。
1672年10月13日，郑英正式缔结条约，双方将先前协议精简成13条，英方虽对于“入港缴交武器”与“进口税3%”等要求颇有微词，但仍然概括接受之。正式条约明文规定郑方须将砂糖、皮革等货品之年产量的三分之一售予英籍商人。郑方要求之军需品虽不见于此条约，但正式条约第4条仍载：“公司所属英国人或其他国人，在英国首长之允许以及本人同意之情况下，得被郑方留用或征用为其国王或臣民服务。此条约对英方来说是为了拓展国际贸易版图，而郑方则是为了取得军火以增强军事力量。
签订条约后，英国东印度公司于1672年在安平设立商馆，而英方则是积极争取与清朝、日本进行直接贸易，但与日方交涉重新设立商馆，仍遭日方拒绝。1675年，郑经为获得英制武器，因此与英国东印度公司追增补充条款：英方运销之货品应有枪200挺、铁100担，而郑方则是同意英方于厦门设立商馆。
虽然双方签订通商条约，但英国东印度公司却因郑方对货品的种种限制而经营不善。1680年，郑经西征失利，英国东印度公司因此关闭厦门商馆。台湾商馆则因为英国货品不易销出；丝绸缎无法取得；与日本之贸易不通；郑方对商品的严格管控，中介贸易利润无法获得；郑方积欠大量货款债务，所以无法继续维系双方关系。1681年，英国人关闭台湾商馆，仅留一人代理清理债务。双方关系遂告一段落。
1661年，郑成功抵台湾，开中华制度之始，未致力于推行汉文化教育。郑经继承王位后，初期亦因忙于对抗清荷联军而无暇文教；直至1664年败退东宁才开始建设并推行台湾文教。郑经鲜少亲理政事，多委由宰辅陈永华掌理。1665年9月，陈永华认为开辟屯垦略显成果，启奏郑经请求兴建圣庙、普设学校；起初，郑经以“荒服新创，不但地方局促，而且人民稀少，姑暂待之将来”等语推辞，但在听完陈永华以下言论之后，郑经立刻下令择地兴建圣庙。
陈永华选定于承天府宁南坊鬼仔埔兴建圣庙，命名为“先师圣庙”，并采行“庙学制”于旁设立明伦堂作为国子监。明伦堂为平时之教学场域，此外亦作为饮射、读法、宾贤学习礼仪之处。圣庙落成之日，郑经率领文武百官，亲诣圣庙举行祭祀至圣先师释菜礼，圣庙四周围绕上千东宁士庶，已深具儒家风气。圣庙落成后，郑经又再度下令设立社学，由中土儒士前往民间教导东宁子弟。当时东宁之社学可分为“汉庄社学”以及“土著社学”，学童年满八岁即进入社学学习经史和写作，定期实施考课。1666年（永历二十年）2月，陈永华订定“两州三年两试，照科、岁例开试儒童。州试有名送府，府试有名送院，院试取中，准充入太学”的取材模式。太学教育上，则“仍按月月课，三年取中式者，补六官内都事，擢用陞转”[参73]。
由陈永华所建的台南孔庙，被视为引进汉文化教育典章之初始；日后清朝历代知府修建文庙时，缮造东大成坊的“全台首学”门额更闻名全国。
1650年代后，清朝多次尝试与明郑和谈，但从郑成功以至郑经，服制问题始终是双方谈判时所重视的条件之一[参74]。
清康熙二十二年（公元1683年）明郑降清，台湾汉人的衣冠服仪制度也有所转变，根据文献的记载：“十九日（1683年7月），施琅遣侍卫吴启爵至台晓喻薙发…。二十日，克塽令兵民悉遵制削发。是日，福建总督姚启圣亦遣…至台招抚，见兵民已薙发，知功归于琅，…。十八日，克塽率文武官佐悉薙发易服”。
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荷兰人退出台湾后，郑成功以热兰遮城（Zeelandia）为居城，人称王城（Ông-siânn）[参75]。王府分为内、外两城。1664年，郑经主政东宁，因为王府设于与本岛有台江之隔的安平，所以联络、取水不便，因此另在赤崁兴建王府，作宴居之用。
1664年，郑经从福建迎宁靖王朱术桂至台湾，并于承天府（今赤崁楼）旁的西定坊建立宁靖王府邸，且供岁禄于朱术桂。1681年，郑经去世，郑克塽继位。1683年清将施琅赢得澎湖海战之胜利后，郑克塽投降清朝，而宁靖王朱术桂则连同五位后妃一起自杀。宁靖王故宫改建为天后宫，供俸妈祖，即为今日台南的大天后宫。
北园别馆是郑经为其母亲董太妃所兴建的别馆，即今日之台南开元寺。由于建于王城之北，故称之北园。园面西、向台江，环境清幽、俭朴雅致。1680年（永历三十四年）郑经西征清朝无功而返，遭董太妃责备，因此渐渐无心于国事，又加上元老重臣陈永华、杨英、柯平等人相继去世而更受打击。因此，移居北园别馆。1681年，郑经薨逝于此馆。同年又发生东宁之变，监国郑克𡒉于此遇害。数月后，董太妃逝世于此。董太妃逝世后，北园渐渐荒废。
祭祀官方性质的有“明朝护国之神”称号的真武玄天上帝的真武庙、郑氏另外又祭祀教人忠义，保佑商业的关帝；关帝庙数量更是当时之冠。设民庙者寥寥无几，有守护水师之妈祖庙，有慈悲送子、广渡众生的观音亭；保身康健的医神大道公庙；以及主祀地府主宰，五岳山神之首东岳大帝的东岳庙。
至圣先师的孔子庙，素为文人所重。明郑东宁总制陈永华建了台南孔庙，附设学堂，人称“全台首学”。
由于明朝极重视代表众星拱辰的真武玄天大帝，奉玄天上帝（上帝公）为护国之神[注5]。故明郑亦将明朝“护国家神”真武大帝奉为守护神；香火传入大员后大力兴建真武庙，促成来台汉人热切信仰真武大帝；其中位阶最高的台南北极殿享有“大上帝庙”美誉，为官阶最高之大庙，敬以春秋两大祭。当时渡来汉民、兵士、商船航行海上需依靠北极星以进行船舶导航，因此来台汉人亦多数信奉上帝公[参76]。但女神妈祖早已名震闽南，水师官兵有相对少数的妈祖信徒，故明郑官方亦偶祭祀之。
清朝攻台是利用当时相对少数的妈祖信仰，对明郑官兵发动心理攻势，明郑灭亡后，清廷便大肆在台宣扬妈祖神迹，贬低原有的真武信仰与庙宇位阶。故明郑盛行的玄天上帝延至清治时代中叶后逐渐不及于妈祖。日后清朝遂利用妈祖信仰之宣传战对付各种抗清运动，历经日治时期民间对传统信仰的凝聚力，最终使妈祖成为信仰主流[参77]。
台湾北部本为西班牙殖民，有许多天主教信徒，在西班牙败于荷兰后多已离去。至于基督新教方面，在荷兰统治时期与基督教密不可分，研判当时已有不少汉人新教徒及新港社原住民新教徒。代表人物为郑成功在台通事何斌。随着荷兰东印度公司败退离台后，基督新教也与荷兰人一起退出台湾，在台湾传播首度中断[参78]。
由于清军对明郑势力的封锁，郑经便开启对外贸易，其中包含与日本的往来。当时对日本主要输出品为稻米、鹿皮、蔗糖及来自中国的丝织品，输入银、铜、铅、盔甲、棉布、瓷器等，双方的贸易量在1665年到1672年达到高峰[参79][参80]，为了加强双边的贸易关系，郑经允许日本商人住在基隆[参80]。也因为通商频繁，明郑亦流通当时日本的货币－宽永通宝[参81]。
1667年农历五月初十日，林寅观、曾胜与陈得等人率领4艘货船从台湾起程，前往日本贸易，以及请求日本出兵帮助反清复明。途中遇风，1艘货船于五月二十三日漂到朝鲜，二十五日在朝鲜王朝济州岛大静县猊来里浦浦口东边歧头处，被当地政府发现，自称“大明福建省官商人”。船上95人，被称为“漂海人”，引起朝鲜兴趣，随即他们被带往汉城。朝鲜自身以“小中华”自居，崇明反清，同情汉族被大清统治不得已剃发易服，所有如何处置该船及人员就在朝廷上引发争执，很多朝鲜士大夫听说“明朝”还存在，异常激动。但由于怕得罪清朝，朝鲜显宗最终还是力排众议，决定把他们送交清朝。结果清廷将95人全部杀害。此后朝鲜对台湾漂来船舶改变办法，不准其登陆，就地遣返，以避免再次发生此类悲剧[参82][参83]。
大肚王国为台湾原住民族所建立的部落联盟，国王自称为白昼之王，统治著中台湾。1661年，明郑政权开启了对台湾的统治后，大肚与郑氏的关系就处于敌对的对立关系之中。
早在郑芝龙时期，明郑势力就开始和荷兰人接触，并且通商。料罗湾战役，荷兰人被郑芝龙打败，此后荷兰人据守台湾，直到郑成功攻下热兰遮城，荷兰人才开始逐渐退出台湾[参84]。
1670年7月，与英国东印度公司签立十三条通商约款，并且在安平设立台湾商馆，主要内容为英人可在台湾自由贸易、关税为百分之三，公司可得视需要随时提出条款，台湾国王（郑经）应尽量承认。为台湾史上第一份国际通商条约。1675年两方再增补充条款十条[参85]。
嘉靖四十四年（1565年），西班牙帝国开始殖民统治菲律宾群岛；万历三十一年（1603年）和崇祯十二年（1639年），西葡联邦殖民当局两次屠杀在最大岛吕宋的华侨华商，死亡人数高达五万余人[参86]。
郑成功于攻下台湾不久后，听闻在被西班牙人在菲律宾有杀戮与掠夺华侨的罪行，勃然大怒。永历十一年（1657年），郑成功曾经致函给爪哇岛巴达维亚的一位华侨甲必丹，要求他停止与菲律宾的西班牙殖民者进行贸易往来。郑成功曾多次对菲律宾华侨表示关切，并提出要率兵攻取菲律宾，以惩罚西班牙人[参86]。
永历十六年（1662年）四月，通过意大利籍神父李科罗向菲律宾的西班牙总督递交国书[参87]，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，令其“改邪归正，俯首纳贡”，但西班牙人反因此在马尼拉进行了第三次对华侨的屠杀。郑成功闻讯大怒，决定挥师征讨，为华侨报仇。他一面抚恤安置从菲律宾逃到台湾的华侨，一方面组织筹备军队，派人暗中与在菲律宾的华侨联络，以便到时可里应外合，但尚未出兵即已病逝[参86]。
郑经时期一度曾调集部队准备南下，但因接到耿精忠发动三藩之乱的消息，临时将部队派往厦门西征讨清，攻取吕宋之事半途而废。郑克臧末期，清军进攻台湾，明郑诸臣建议攻取吕宋，以保存大明遗脉，但是遭到了刘国轩和冯锡范等人的反对，打消了攻取吕宋的念头，转头降清。明郑曾有三次机会可以间质吕宋，把制海权推进菲律宾群岛，却因为第一次不能，第二次不想，第三次不敢，永远的失去了机会[参88][参89]。
“嘉献复振基光旧”
郑经在三藩起事时出兵西进，后因战事不利撤退，若干将领四散海外，礼武镇总兵杨彦迪率兵眷三千余人投奔广南国，二镇总兵周云隆率一队船在舟山，房锡鹏也有一支船队在浙江乌洋，黄进在琉球[参90]。
杨彦迪被广南国安置在今越南南部同奈省、巴地头顿省一带，他本人对此不满，率兵移居今前江省美湫市一带，他的部将陈上川则按照广南国的安排，定居同奈省、巴地头顿省一带[参91]。这只华人的后裔以明乡人之名传后世。明清之际移居越南的明国遗民，通常怀有强烈的民族情节，着明服装、戴明儒巾，保持明朝特色，标榜自身的“明朝人”身份，以中华正统文化的继承者自居。朱姓的明帝国灭亡，而“海上明朝”不灭[参92]。
鉴于日本对鹿皮的需求，郑氏政权开始寻求从海外收购鹿皮并转出口到日本，尤其当暹罗更倾向于荷兰人合作时，郑氏政权更迫切需要柬埔寨的鹿皮，并设法将荷兰人赶出此项贸易[参93]。因当时柬埔寨受广南国掌控，1667年郑氏政权便派出约600位士兵，与广东海盗商人彪爷（冼彪）合作，宣称以柬埔寨国王的名义，杀死了约1000位居住在湄公河一带的广南人[参94]，冼彪后来更袭击了当地的荷兰商馆[参95]，让郑氏政权得以军事同盟为基础，建立与柬埔寨的贸易关系[参96]。
根据史载，明郑于自始自终皆奉南明为正朔、尊永历帝为帝，并以封国自居，即使永历帝于1662年遭吴三桂擒杀后，郑氏依然持续使用“永历”为年号直至1683年灭国为止。郑成功受封明朝爵位“延平王”，于对内正式文告中均皆谨守其藩王的身份自称“本藩”（英语：Pun Poin；西班牙语：Pumpuan；闽南语：Pún-phuan）[注6][参97]；据现存的诸多明郑外交文书中亦可见，郑成功代表明郑与外国往来交涉时一贯自称为“大明招讨大将军国姓”[注7]，而明郑往后的统治者亦一直沿称“招讨大将军世子”[注8][参100]，从未自称“本王”、“国王”等[133]；而荷方则称郑成功为“国姓爷阁下”，表明他们也认定郑家是隶属于明朝的官员[134]。陕西博物馆藏有一尊永历三十三年（1679年）铸造的明郑火炮，炮身后部铸有3行隶书与篆书铭文：“钦命招讨大将军总统使世子、大明永历己未仲秋吉旦造、藩前督造守备曾懋德”，其中“招讨大将军总统使世子”即郑经。[135]
同时，明郑亦长期优待礼遇明朝宗室，征台后即接鲁王世子朱弘桓、益王朱怡镐、泸溪王朱慈爌、舒城王朱慈𤌄、巴东王朱尊江、乐安王朱俊、奉南王朱熺、鲁王公主朱氏姊妹等多名宗室渡海[参101]。永历十七年（1663年），继位的郑经也迎宁靖王朱术桂到台湾，于承天府府署（今台南市赤崁楼）旁的西定坊建立宁靖王府邸，并供岁禄。郑成功尚未攻台时曾获永历帝特准设置六官方便施政，并可委任官职，武官最高许达一品，文职可达六部主事[参66]。每逢有册封重要官员的仪式，明郑必会请宁靖王等明朝宗室在旁观礼以维持宗藩体统[参102]。面对满清，明郑始终以“大明中兴”、“反清复明”或“反满复汉”为其政治愿景，并在台湾推广认同明朝的儒学教育，一直保持着流亡政权的统治姿态[参103][参104]。1683年，郑克塽便是以“延平王”的身份向施琅投降，其降表中载明缴纳“延平王金印”及“招讨大将军金印”各一[参105]。故此许多学者将1949年退守台湾后的中华民国政府类比为郑氏政权，因为他们都在中国大陆战败而转进台湾，同时也都宣称将以台湾作为复兴基地以便在未来“反攻大陆”[参106][参107][参108][参109]。
厦门大学陈孔立、集美大学林东杰等中国学者认为明郑效忠于南明，一直坚持反清复明信念，期间更曾为光复南明而支持三藩之乱毅然西征，一度收复闽粤大片领土，故其应属南明正朔而非独立政权[146]。
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明郑政权虽则貌似对明宗室礼遇尊崇，但实质上相对于郑氏家族的核心权力，流寓台湾的明朝宗室却无甚政治权力。郑氏在永历帝驾崩之后并未拥立其他宗室亲王为帝或监国，政权决策圈亦未纳入领有岁禄的宁靖王朱术桂、鲁王世子朱弘桓等人，实际权力完全纯粹落于招讨大将军一人，自身郑氏族人更得以成为统治核心内部；综观郑氏的作为，有许多方面并未遵守郡王家族应有的封建地位。按照法理，郑氏仅有郑成功本人接受过永历帝的册封而封王，其子郑经与其孙郑克塽则从未也无从得到任何明朝皇帝的册封；然而，郑经却在郑成功薨殂之后，擅自自称“世藩”继承王爵并统治东宁；中年后，郑经更要求东宁士庶向自己“称臣”，并册封长子郑克臧为摄政世子，此等举动被文人沈光文以“郑锦僭王”等字句批评。郑经死后，郑克塽借由政变登基，不仅自行晋封“潮王”，郑克塽亦擅行皇帝职权，分别以“武”、“文”二字追谥祖、父二辈。除追谥之外，王族郑聪、郑克壆等人及重臣刘国轩、冯锡范等人皆得到公爵、侯爵或伯爵等不同等级的爵位。此外，郑经曾留下“建国东宁”、“别立乾坤”等语焉不详之语句，对此，当代学者各持有不一样的解读；究其根本，实因奉明朝正朔永历年号的郑氏，如果正式称帝，将会有窜夺大明正统之虞。因而仅依郑成功于南明永历九年四月（1655年）敕封为延平王的郡王爵位，始终以“王”自居。
早于郑成功征台之时，南明内部便亦有出现过异议声音，当时不少明遗均担心郑成功不再致力反清复明，反而于台湾割地为王[147]:282；郑成功的老师钱谦益亦认为郑既以台湾为根据地，恢复中原则更无希望[148]。当中批评最严厉应属南明另一名将张煌言，虽然郑成功宣称攻台是为了安置文武百官的家眷，但张煌言认为从未听说将辎重与眷属安置外国，又能经营中原的先例[149]:280，直言此举“暴师半载，使壮士涂肝脑于火轮、宿将碎肢体于沙碛，生既非智，死亦非忠[150]:286”。随后永历帝于云南被满清大军压境、兵临城下，但郑成功其时竟因忙于伐荷征台而未能出兵救援，此事令张往后终身怨恨郑成功，至死仍无法原谅[147]:281—张即使于鲁王病逝解散军队后，宁可冒着被清廷捕杀的生命危险匿藏浙江，仍至死不肯渡台投靠郑成功，而最终更亦因此被清廷逮获族诛。郑经退守台湾后，虽然仍奉南明的永历正朔，使用永历年号和“招讨大将军”的印信，但政权本质与郑成功时代显然不同，更于1664年8月改名“东宁”，俨然以独立王国的姿态出现，外交上更曾自行与英国东印度公司签订通商条约，条约中尊称国名为“台湾王国”或“福尔摩沙王国”、郑经为“国王（King）”及“陛下（Your Majesty）”[参110]、明郑人民为其“臣民（King's person）”，展显出郑氏事实上对内对外的宰制权[参111]，足见英日诸国将南台湾视为一个独立国家进行贸易往来。
美国学者丹尼·罗伊（Denny Roy）认为明朝已经灭亡、台湾不受清朝统治，所以明郑是独立政权[153]。学者陈春生亦认为，郑氏政府虽是明朝的延续，但其在台湾实际上已成为一个独立自主的国家。
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早于明太祖祖训即有提到不征之国，要求后世不可征服内容中的藩属国，其中台湾列属藩属国中的小琉球[参112][参113]。荷兰东印度公司为设立贸易据点而殖民福尔摩沙大员（今台南市安平区）之时，明帝国对其举动无表异议甚至支持，亦证明台湾并非其所认为的领土[参114]。中央研究院院士杜正胜与曹永和称：“明朝虽实施海禁，但台湾不只明朝不管，甚至也不属任何国家管辖，所以走私船早在当时就在基隆、安平与淡水会合明朝、日本与西班牙、葡萄牙与荷兰的商船。...根据荷兰史料，当时东印度公司指挥官莱尔森于1622年到福州谈判，明朝官员为了劝诱他们撤出澎湖，建议他们到澎湖以东，一座不属于明朝的岛屿，也就是台湾，间接同意明朝船只到大员（今安平）与之通商。...当时明朝官员向莱尔森说：“你不知道大员怎么去，我们派船带你去”。这段史料，显见明朝福建官员知道台湾，却不把台湾当作属地。而同样年代，明代的史料记载的是，官员软硬兼施，并请海商李旦居中协调，荷兰的新任长官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘热兰遮城号商船，来到大员上岸，宋克也成为荷兰建立台湾政权的首任长官，他也在大员建立热兰遮城。”[参115]明郑时期的郑经也曾经自认东宁从来不内属中土，而是另新辟的海外领土。[参116][参117]
清世宗雍正帝更称：“台湾地方，自古未属中国，皇考（指康熙皇帝）圣略神威，拓入版图。”[参118]，乾隆年间《重修福建台湾府志》序言：“台湾……然自宋元以前不登经传。至明季而后，始有荷兰屯聚……迨康熙癸未，始入版图，改隶郡邑。”卷二又写道：“台湾府，古荒服地，先是，未隶中国版图。”故由清朝皇帝的皇府的书籍以及官方的地方志而知，清人认知台湾在清朝之前不属于中国，而是1684年（康熙二十三年）才纳入中国版图。查继佐在《东山国语》说：“台湾，洋夷也，独用夏以变夷。”，也未将台湾当为中国领土。
而郑成功为中国收复台湾的说法，来自后来《台湾通史》所载一封郑成功致荷兰东印度公司末代大员长官揆一的劝降书：“...然台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞。今余既来索，则地当归我，珍瑶不急之物悉听而归。……”[参119]，不见于任何明清文献，被认为是连横所杜撰[参120][参121]，陈昭瑛认为是连横从江日昇《台湾外记》所记“此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。”改写[参120]。然而荷兰《热兰遮城日志》全文节录了郑成功的劝降信和公告，确实提到郑成功是以台湾、澎湖自古属中国所有，土地是其父借给荷兰公司为由，要求归还故土[参122]。
另一方面，郑成功在出征台湾之前，所发表的文告表示：“本藩矢志恢复，切念中兴，恐孤岛之难居，..冒波涛，欲辟不服之区，暂寄军旅，养晦待时，非为贪恋海外，茍延安乐。”[参119]，有“不服之区”、“海外”之说，儿子郑经则自己认为台湾是大明的反攻基地，而台湾不是大清的领土[参116]。
对当今所谓“台湾问题”与台海现状持不同政治立场的学者，虽然立论的基础并不完全一样，却不约而同地对明郑这个短暂的政权有着极高的评价。中华民国于1950年《海天孤愤：郑成功复国史纪评》一书作者黄天健则强调他“恢复中原”的志向、以及对明朝坚决效忠的国族情怀[参123]，而中华人民共和国于1955年《郑成功》一书作者方白盛赞郑成功是驱赶“红毛番”的民族英雄[参124]；再者；第三，中华民国于1985年〈渡海〉一文作者林浊水则认为郑氏政权是台湾历史上的第一个独立王国[参125]。2016年，多个台湾原住民团体于台南火车站前，称对原住民族来说，郑成功却是开启族人不断被外来政权殖民与压迫的历史命运。[参126]
| 遗迹名称 | 当时功用 | 今日名称 | 今日行政区域 | 文资等级 |
|---|---|---|---|---|
| 延平王城 | 延平王宫 | 安平古堡 | 台南市安平区 | 中华民国国定古迹 |
| 承天府府署 | 承天府府尹衙门 | 赤崁楼 | 台南市中西区 | 中华民国国定古迹 |
| 天坛 | 政府官员祭天的平坦空地 | 台湾首庙天坛（非原始建筑） | 台南市中西区 | 中华民国直辖市定古迹 |
| 承天府城隍庙 | 祭祀城隍 | 台湾府城隍庙 | 台南市中西区 | 中华民国国定古迹 |
| 大上帝庙 | 祭祠真武玄天大帝（玄天上帝） | 台南北极殿 | 台南市中西区 | 中华民国国定古迹 |
| 先师圣庙 | 祭祠孔子、建明伦堂为太学 | 台南孔子庙 | 台南市中西区 | 中华民国国定古迹 |
| 关帝庙 | 祀典武庙 | 台南市中西区 | 中华民国国定古迹 | |
| 观音宫 | 祭祀观音菩萨 | 大观音亭 | 台南市中西区 | 中华民国直辖市定古迹 |
| 妈祖庙 | 开基天后宫 | 台南市中西区 | 中华民国国定古迹 | |
| 东岳殿 | 东岳殿 | 台南市中西区 | 中华民国直辖市定古迹 | |
| 圣公庙（圣公宫） | 祭祀军舰守护神倪总管 | 总赶宫 | 台南市中西区 | 中华民国直辖市定古迹 |
| 玉皇太子宫（四舍庙） | 祭祀玉皇上帝 | 开基玉皇宫（非原始建筑） | 台南市中西区 | 无 |
| 开山宫 | 祭祀保生大帝 | 开基开山宫（非原始建筑） | 台南市中西区 | 无 |
| 小南天 | 祭祀福德正神 | 番薯崎小南天（非原始建筑） | 台南市中西区 | 无 |
| 小西天寺 | 竹溪寺（非原始建筑） | 台南市南区 | 无 | |
| 弥陀室 | 弥陀寺（非原始建筑） | 台南市东区 | 无 | |
| 延平王庙（大王庙） | 郑经所建之祠堂，奉祀其父郑成功与其母董氏 | 郑成功祖庙 | 台南市中西区 | 中华民国直辖市定古迹 |
| 二王庙 | 奉祀郑经之祠堂 | 二王庙（非原址，非原始建筑） | 台南市永康区 | 无 |
| 宁靖王府邸（一元子园亭） | 宁靖王别宫 | 大天后宫 | 台南市中西区 | 中华民国国定古迹 |
| 宁靖王府邸钟楼 | 开基武庙（非原始建筑） | 台南市中西区 | 中华民国直辖市定古迹 | |
| 宁靖王墓 | 宁靖王之坟冢 | 明宁靖王墓（非原始建筑） | 高雄市湖内区 | 中华民国直辖市定古迹 |
| 宁靖王从死五妃墓 | 宁靖王姬妾之坟冢 | 五妃庙 | 台南市中西区五妃街 | 中华民国国定古迹 |
| 义灵君祠 | 宁靖王二侍位官之坟冢 | 义灵君祠（位于五妃庙境内） | 台南市中西区五妃街 | 中华民国国定古迹 |
| 北园别馆 | 董太妃之别宫 | 台南开元寺（非原始建筑） | 台南市北区北园街 | 中华民国国定古迹 |
| 准提庵 （梦蝶园） | 李茂春住所 | 台南法华寺（非原始建筑） | 台南市中西区 | 中华民国直辖市定古迹 |
| 阮夫人宅 | 阮骏之夫人来台孀居之所 | 万福庵（非原始建筑） | 台南市中西区 | 中华民国直辖市定古迹
（照墙部分） |
| 郑成功墓 | 郑成功之坟冢 | 郑成功墓址纪念碑（非原址，墓冢已于清治时期迁葬） | 台南市永康区 | 无 |
| 藩府二郑公子墓 | 国姓爷四王子郑睿与十王子郑发之墓 | 藩府二郑公子墓 | 台南市南区 | 中华民国直辖市定古迹 |
| 藩府曾蔡二姬墓 | 国姓爷两位姬妾曾氏与蔡氏之墓 | 藩府曾蔡二姬墓 | 台南市南区 | 中华民国直辖市定古迹 |
| 陈永华墓 | 陈永华夫妇之坟冢 | 陈永华墓原址及墓碑 | 台南市柳营区 | 中华民国历史建筑 |
自今南台湾许多地名或古地名只要是有“镇”、“冲”、“营”等军事单位之名称的，绝大多数都与明郑有关。如：
- 成功级巡防舰
- 台湾成功号
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