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西藏位於亞洲腹地的青藏高原。在中文中，西藏既可以指傳統意義上的西藏，即包括整個藏區，又稱大西藏地區；也可以特指其西南部地區，即清朝以來分割邊界後的行政區劃，面積略大過現在的中華人民共和國西藏自治區之範圍。本條目正文中所指的西藏，若無特別說明，通常指大西藏地區，以更加方便和準確地闡述包含各個藏區的西藏整體的歷史。由於青藏高原的平均海拔在4000公尺以上，是世界上海拔最高的高原，故素有「世界屋脊」之稱。自古以來，西藏特殊的地理位置阻絕外來勢力的侵擾，也保留獨特的地域文化。自石器時代即在西藏高原活動的人類，逐漸發展成今日的藏族，而其綿延至今的文化中最引人矚目的，正是在他們的生活中無所不在的宗教色彩。
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生活在青藏高原的藏族人自稱為「博（bod）」。滿語、蒙語中則稱「博」為「ᡨᡠ᠋ᠪᡝᡨ (tubet, 土伯特)」、「tübat（圖波特）」。「博」是集民族、地域、政權於一體的總稱，世代生活著西藏地區的除藏族人還有漢族、門巴族、珞巴族等，所以除了「博」和「圖波特」這兩個語彙以外，在歷史上還可以找到「吐蕃」、「唐古特」、「土伯特」等其他稱謂，而對於在東部藏區（如四川、青海等）生活的其他分支的藏民，部分漢族人會稱呼他們作「西番」或「西羌」等等。
清朝的滿族君臣把「烏思藏」理解為「西面的藏」，稱之為「wargi dzang」，翻譯成漢文時譯作「西藏」，這樣才出現漢文的「西藏」這個地理名詞，清朝早期的文獻稱藏族為「圖白忒」或「唐古特」，清順治帝時稱藏巴汗為「圖白忒部落藏巴汗」，稱達賴喇嘛為「圖白忒部落達賴喇嘛」，清朝將達賴喇嘛、班禪喇嘛所居之地沿用藏族的習慣稱為「烏思藏」、「衛藏」，後來又由「衛藏」一詞演變為「西藏」。「西藏」一詞最早出現於《清實錄》康熙二年(1663年)八月丙申條中：「西藏班禪胡土克圖故，遣官致祭。」[1]
「西藏」這個詞彙所含括的地理範圍，有不同的解讀方式。 西藏的兩個主要定義：
廣義的藏語文區域和藏民族區域亦包含不丹、錫金、拉達克（大西藏）、巴爾蒂斯坦（小西藏）。
本條目從歷史的角度描述西藏，對地理範圍並不執著某一時期的界定。西藏自治區以外的藏區，歷史上多數由藏族統治，但並非總是被拉薩政權統治。
主流史學界認為西藏雅魯藏布江流域有舊石器時代到新石器時代衍化的完整遺址，考古證據證明西藏在18,000年前左右已經有人類活動。按照目前考古學上的證據，在距今14,000年和8,000年之間的中石器時代，就已經有人類開始在西藏居住。1978年，考古學家在昌都發現屬於新石器時代的骸骨和陶器，在進行研究以後，認定這些物件距今大約有7,000年之久。[16]
在青藏高原西北部的古象雄地區，根據藏族所信奉的原始宗教「苯教」的傳說，世界原初是一個巨大的卵，其蛋殼變成白色的神山，蛋白化成大海，蛋黃則變成十八個中型的卵，再從其中誕生各種動物。至於西藏民族的起源，依照西藏佛教故事裡面的傳說，該族來自於阿爾泰山、西藏岡仁波齊峰和天山相鄰地區最原始的六個氏族（或六大姓氏，即噶、哲、扎、党、訥沃、韋達），是瀰猴與羅剎女婚配而繁衍出來的後裔。在《隋書》中，也可以找到位於甘肅東部拉卜愣一帶之党氏藏人（即宕昌羌）自稱為瀰猴種的記載。[17][18] 最早的西藏王國可能是《史記》中記載的單同（即象雄）。但有證據顯示古國象雄開始於鐵器時代。[19] 象雄最初包括今天大部分藏區，包括象雄和蕃兩個民族。聶赤贊普時代，興起的吐蕃部落逐漸脫離了象雄王室的控制，蘇毗也切斷了象雄王室與東部象雄（多康地區）的聯繫，此後象雄的範圍僅限於今天阿里和克什米爾， 即吐蕃的西北部。
唐旄是兩支羌族人，也稱為蔥茈羌，原居住在天山南部，以蔥嶺一帶藏北為中心。[20] 象雄衰弱後，唐旄漸漸向東面和南面擴大，成為藏北大國，北界接于闐（今新疆和田），東北與蘇毗（今青海玉樹一帶）接壤，西至天竺（今印度）[21]，南境山南地區[22]。6世紀末，髮羌後裔吐蕃部落漸漸崛起，自山南地區雅隆河谷向唐旄後期中心邏些（今拉薩）推進。
在青藏高原東南部的古吐蕃地區，藏族早期的神話傳説認為藏人起源於東方，即今四川、西藏、青海相鄰地區。西藏的歷史記載中還提到古羌人與西藏米博懂氏的血緣關係。故有觀點認為藏族起源於羌族。這個部落在漢文史籍中被稱為發羌。在6世紀以前，整個西藏高原都分布著很小國家和部族，多說藏語，也有羌人與鮮卑人的後代。這些部落後來合併為12個小邦，其中以位於山南地區雅隆河谷的羌族的一支最為強大，不但統一諸邦，而且後來還建立吐蕃王朝。根據西藏傳說，大約在西元前127年的時候，雅魯藏布江流域的幾位苯教領袖，曾經一起迎立聶赤贊布為王。後來的吐蕃王朝的建立者宣稱自己是聶赤贊布的後代。
吐蕃王室的始祖崛起於西藏山南地區的雅隆河谷，在松贊干布贊普[註 1]繼位以前，據說已傳承20餘世，但松贊干布之前吐蕃並無文字，因此其世系難以考證。到了7世紀初的時候，由於松贊干布成功的經略，位於今青海玉樹一帶的「松波」、謙多（今昌都）一帶的「康國」（舊唐書稱「東女國」）、甘孜一帶的「附國」、理塘一帶的「蕃綠」、居青海的吐谷渾、党氏各小國（即唐史所記「党項」）等國，統一在吐蕃王朝之下，該王朝也成為當時不可忽視的大國。
在松贊干布統治期間，他派遣16名聰穎的西藏兒童前往印度學習，其中一名兒童吐米桑布扎，後來以梵文為藍本而創制藏文。另外有一種觀點認為，在吐米桑布扎「發明」藏文以前，西藏早就已經有文字了。根據這種觀點的說法，藏文係產生於象雄(即今阿里地區)，時間則是在丹巴辛繞創立雍仲苯教的時期，距今已經有2000多年。後來松贊干布派噶東贊（即唐史中的祿東贊）到尼泊爾迎娶尺尊公主[註 2]，尺尊公主攜來了西藏的第一尊佛像金剛不動佛，並修建了饒薩孜拉康（即現在的拉薩「大昭寺」）[18]。
大致上也在這個時候，從印度傳入的密教和從漢地傳入的大乘佛教，與西藏原有的「苯教」結合，而形成藏傳佛教。該教宣傳宇宙大劫、五濁惡世、一切無常、因果報應、生死輪迴、修行解脫等教義，特別崇奉密宗，以無上瑜伽密為最高修行次第，稱為藏密。這是佛教傳入西藏的第一波活動，宗教史學者將其稱為藏傳佛教的「前弘期」[23]。
637年，松贊干布率兵攻吐谷渾，並第一次與當時統治中國大部的唐朝發生衝突。640年，松贊干布派噶東贊迎娶唐朝的文成公主，文成攜來釋迦牟尼佛佛像，並修建饒摩齊（即今拉薩的「小昭寺」）。此外，松贊干布的另外三個妃子象雄公主、門妃遲江、惹擁妃等也分別創建寺院，據說當時在整個西藏總共有108座佛廟。
松贊干布過世以後，吐蕃王朝與唐朝的關係時而緊張，時而修好。714年，吐蕃與唐朝議和，雙方簽訂條約，規定以河源為界。未幾戰火又起，所以於730年又再度簽約定赤嶺為界。據《敦煌文選》和「達扎樂宮石碑」的記載：唐肅宗應允向吐蕃納絹5萬匹，以為歲絹。至唐代宗繼位以後，停止向吐蕃納絹[24]。當時在位的唐金城公主之子，吐蕃贊普赤松德贊[註 3]極為惱怒，遣部下達扎樂宮率20萬之眾於762年（安史之亂尚未完全平息）攻陷唐都長安，並於簽約後退兵[25]赤松德贊（755年 - 797年）在位時吐蕃的國力達到鼎盛，除了大力發展佛教以外，還廣拓疆土，疆界西至勃律、大食，東到川隴、南詔[18]。
經過近兩個世紀的戰爭，吐蕃和唐朝均感到疲憊。821年及次年，吐蕃和唐朝雙方分別在長安、邏娑（即拉薩）[26]會盟，達成「唐蕃甥舅和盟」。由於這次會盟是發生在唐長慶元年和二年，中國的史書稱之為「長慶會盟」。記載這次會盟內容的唐蕃會盟碑共有三塊，其中一塊立於拉薩「大昭寺」前面[18][26]。在這次會盟所簽定的條約中，吐蕃和唐朝兩國的邊界被確定，雙方平等相待，互相承諾尊重對方的領土主權：
吐蕃末期，苯教勢力又佔了上風。841年，末代贊普朗達瑪採取對佛教不利的政策[28][29]，而於846年遭僧人刺殺身亡。之後，吐蕃陷入長期內戰。877年，吐蕃王朝覆滅，西藏進入分裂割據的時代。[18] 如果從宗教發展的角度來看，這也是藏傳佛教「前弘期」的結束。
統一的吐蕃王朝全面崩潰三十年後，漢地唐王朝也於公元907年衰亡。與漢地的五代十國大分裂狀況相似，藏族地區也形成群雄割據、互不相屬、沒有統一政權的大分裂狀況。
朗達瑪被刺殺以後，他的兩個兒子維松與雲丹爭奪王位而相互爭戰，由此引起的內戰陸續擴及全國，再加上庶民造反，西藏終於陷入四分五裂的狀態。內戰中，整個西藏形成許多互不相屬的小國，其中維松之子貝考贊死於民變，貝考贊之子吉德尼瑪袞見大勢已去，便率領部下逃亡到阿里地區，娶當地頭人的女兒為妻，於公元10世紀末建立政權古格王朝。雲丹的後裔佔據拉薩一帶，形成拉薩王系。此外，在這些小國中比較強大的是唃廝囉國（宗喀國）。宗喀國曾經很強大，並與同樣是藏族祖先羌族的另一分支的西夏党項人長期交戰。[25]
在分裂初期的戰亂過去後，佛教又再度慢慢復興並真正藏化，宗教學者將這次佛教的再復興稱之為「後弘期」[註 4]。1041年，阿里王益西翰迎請印度超岩寺的尊者阿底峽到藏，阿底峽被其盛情所感動，於隔年以61歲的高齡到藏宏法，其弟子仲敦巴建「熱振寺」，由此而傳出藏傳佛教的「噶當派」[註 5]。此外，藏傳佛教的其他教派也在這段時期陸陸續續地形成，如白教（噶舉派）、花教（薩迦派）、紅教（寧瑪派）等。
整體而言，「西藏分裂時期在政治上是各自為政，在文化上卻是一個百家爭鳴的時代，各種學說、各種教派紛紛形成。對西藏未來的歷史產生巨大的影響。佛教也是在這一時期成為主導整個西藏的宗教」。[17]
13世紀初，強悍的蒙古族在北方興起，成立蒙古帝國。從1206年開始，成吉思汗及其後繼者先後滅掉畏兀兒、西遼、西夏、金朝和大理國。1240年，蒙古大汗窩闊台的皇子闊端派遣大將多達，率軍深入西藏，企圖了解西藏的政治形勢和眾多教派的詳細情況。[30]1244年，60餘歲的薩迦派高僧薩迦班智達（簡稱薩班）受闊端的邀請，起程前往涼州。1247年，薩班與闊端會晤，並以西域學者為譯師，向闊端宣講佛法。闊端逐漸敬信並決定免除天下僧尼的賦稅和兵役。闊端並為薩班建造「幻化寺」，供奉大量的財寶，由此開始西藏喇嘛與蒙古之間的直接交流；史稱「涼州會盟」。1251年，薩班過世，不久後闊端亦逝。
1253年，薩迦班智達的姪子八思巴與蒙哥汗之弟忽必烈會晤。八思巴不僅向其講述佛法，而且還解答忽必烈所提出的許多疑難問題，使忽必烈對佛法產生虔誠的信仰。1260年，忽必烈在開平自立為汗，隨後並封八思巴為國師。1264年，在擊敗位於蒙古本土也自稱大汗的胞弟阿里不哥後，忽必烈又設宣政院（初為總制院），命八思巴以國師身份兼領該院院事。在宣政院下設有三個「宣慰使司都元帥府」（即吐蕃等處、吐蕃等路、烏思藏納里速古魯孫等三路），負責處理和管轄西藏地區的軍政事務。宣慰使司下面則轄有管理民政的萬戶府、千戶所。1270年，八思巴為忽必烈灌頂，而忽必烈為酬答八思巴造字之功，封八思巴為大寶法王，其封號由國師升為帝師，並通過八思巴的舉薦，任命總管西藏事務的行政長官和13個萬戶府的萬戶長。[31]
1271年，忽必烈改國號為大元，建立元朝，而忽必烈即為元世祖，又於1279年滅南宋。此時原蒙古帝國已分裂為元朝和四大汗國，後者逐漸成為元朝的藩屬國但從此各自為政。而這時西藏則為元朝所設立的宣政院所管轄。一方面，在元世祖及其後的元朝皇帝的大力支持，宣政院的職權一直由薩迦派所掌握，負責統治整個西藏地區，直至元末。另一方面，元政府在文化和其他層面也受到西藏很大的影響，比如八思巴就曾經根據忽必烈的要求，按照藏文字母的拼音方式創造蒙古文字，史稱「八思巴文」。兩者的關係是互惠的。元朝還幾次派遣官員赴藏，在薩迦本欽的配合下，清查西藏各地的戶口，確定各個萬戶的貢賦，並且建立驛站以及保證驛站交通的烏拉差役制度，在此基礎上，元朝在西藏駐紮軍隊，設立各級官府，以保證對西藏的統治和政令的推行。
在薩迦巴統治下的各部落中，止貢、帕竹和蔡巴三個萬戶長不僅轄區地廣人眾，佔有舉足輕重的地位。1358年，屬於帕竹首領絳曲堅贊[註 6]藉故揮兵進占薩斯迦，廢除最後一任薩迦本欽，被元順帝封為大司徒，由此開始帕木竹巴統治西藏的時期。
大司徒絳曲堅贊在推翻薩迦王朝以後，對西藏進行一系列的改革。由於薩迦王朝沿用蒙古習俗，征稅斷案等隨心所欲，無章可循，且法令無常，不利統治，因此絳曲堅贊決定重新制定稅法及相關法律，史稱「十五律」。此外，由於薩迦官員著蒙古服裝，絳曲堅贊又參照吐蕃王朝時代的服裝，重新制定官員、王子、夫人裝等。由於絳曲堅贊的勵精圖治，西藏政局與社會穩定，史稱「老婦背金磚行全藏而沒人搶奪時期」。
1363年，絳曲堅贊過世，其子釋迦堅贊繼位。1368年，朱元璋推翻元朝並建立明朝。元朝殘餘勢力退回蒙古高原，史稱北元。1369年，明太祖朱元璋即派人赴藏，對西藏各地僧俗首領加以安撫，承認他們的固有地位，但需上交元朝封賜的舊印，由明朝重新任命並頒發新印。1372年，元朝的最後一位帝師喃加巴藏卜歸順明朝，明朝封他為熾盛佛寶國師，賜玉印一顆。永樂十二年，明成祖遣使到前藏延請新興的格魯派創始人宗喀巴。宗喀巴派弟子釋迦也失代表他赴京。明朝對有實力的僧俗各派領袖人物都賜加封號，共敕封過三位法王和五位王。帕木竹巴政權在扎巴堅贊的時候，勢力達到頂峰。帕竹政權得到明朝政府的承認，帕竹第悉被封為「灌頂國師闡化王」。
1409年，在米旺扎巴堅贊的支持下，藏傳佛教格魯派的開創者宗喀巴在拉薩首創「傳昭大法會」，同年並建成「甘丹寺」，藏語意為「具喜寺」或「極樂寺」。7年後，宗喀巴的門徒絳央卻傑於拉薩西北興建「哲蚌寺」，2年以後，宗喀巴的另一門徒絳欽卻傑又在拉薩北郊建立「色拉寺」。這三間佛寺被稱之為拉薩的「三大寺」。從此，藏傳佛教四大教派之一的格魯派正式形成。[33]
在此期間，明朝對西藏的政權採取多封眾建的政策，對具有實權的勢力均封為王。不過此政策是否代表當時的西藏為明朝的一部分，對此則有不同的看法。接受明朝冊封的其他諸王也不透過帕木竹巴而直接與明朝交往。但在明朝官員主持下，帕木竹巴還不得不向薩迦派移交薩迦寺。明朝的影響力仍然存在，儘管從未在西藏派駐軍隊而且並無任何有行政權力的官吏。
1432年，扎巴堅贊過世，帕木竹巴逐漸被其大臣仁蚌巴架空。到後來，帕竹已經是形同傀儡，事實上完全無法影響西藏的政局。雖然帕竹的第悉稱號一直保持到甘丹頗章政權建立的時候（1642年），但是，從仁蚌巴專權開始算起，一直到後來1565年藏巴王朝建立為止，西藏史書通常將這段時期稱之為「仁蚌巴統治時期」。
仁蚌巴以後藏的三竹節（日喀則）為統治中心，信奉噶舉派，反對格魯派。1479年，仁蚌巴在拉薩建立一個噶舉派的寺院，卻數度被其他格魯派寺院的寺僧所拆毀。仁蚌巴後來決定派兵討伐，遂先後佔領拉薩等地，並從1498年開始禁止格魯派「三大寺」的僧人參加「傳昭大法會」。之後的20餘年，傳昭大法會因此都由拉薩附近的噶舉派和薩迦派僧人所主持。
1565年，原本擔任仁蚌巴手下官員的辛廈巴·才丹多吉起兵造反，先後佔據香、八囊倫珠孜、帕日等宗管轄的地域。一年以後，辛廈巴的勢力範圍已囊括後藏的大部分地區，他因此自稱為「藏巴加波」（「藏 」即今日喀則一帶；「加波」則是國王的意思），史稱藏巴汗。
1613年，辛廈巴的後繼者彭措南傑攻滅西藏西部古格的殘存勢力，控制阿里地區，同時兼併四周的弱小部落。在宗教信仰上，彭措南嘉崇信西藏佛教中的噶舉派，曾經兩次因為宗教糾紛而出兵攻打信奉主巴噶舉派的不丹，給噶舉四大支中的噶瑪巴封上「衛藏之主」的印信，但卻仇視新興的格魯派。1617年，格魯派請求青海蒙古喀爾喀部軍隊入藏，組成聯軍攻打藏巴汗。1618年，噶瑪巴派了萬餘人前來救援，打敗由色拉寺僧兵與其他格魯派施主所組成的聯軍，佔領色拉寺和哲蚌寺，殺死幾百名僧俗人，其餘的格魯派僧侶只好被迫逃亡北方。彭措南傑因此平定動亂，使前藏大部分地區也臣服於藏巴汗。現代藏學一般將這年定為藏巴汗政權正式建立並取代帕竹政權統治西藏地區的開始。
1621年，格魯派軍隊與由五世達賴喇嘛引來的蒙古軍隊一同聯合作戰，而在拉薩附近一舉擊敗藏巴汗的軍隊。藏巴汗退守藥王山，後來經由班禪仁波齊的從中調解，藏巴汗才允許哲蚌寺和色拉寺的僧人返回寺院，同時改正被強制改信噶舉派的各個格魯派寺院。然而，藏巴汗並不甘心，此後仍基本上繼續執行仇視格魯派的政策。在這種情況下，格魯派不甘坐以待斃，四世班禪與五世達賴邀請蒙古和碩特部汗王圖魯拜唬（即後來的固始汗）入藏。1641年，固始汗發兵攻打藏巴汗，包圍日喀則的藏巴汗府邸，攻滅藏巴汗，建立甘丹頗章政權。
攻滅藏巴汗後，固始汗繼續西進，降服後藏地區，並駐守日喀則，命其長子達延汗駐守拉薩，分兵控制西藏各地，成為實際統治西藏的汗王和格魯派的護教法王，被清朝順治皇帝封為「遵行文義敏慧顧實汗」。固始汗將八個兒子留在青海。甘丹頗章政權時期由五世達賴喇嘛與和碩特蒙古聯合統治西藏開始。
1701年，和碩特汗國最後一任可汗拉藏汗繼承汗位，清朝康熙皇帝冊封為翊法恭順汗。1705年，厄魯特蒙古準噶爾汗國與清朝發生戰爭，拉藏汗進攻拉薩，罷免並誘殺第悉桑結嘉措。1706年6月28日，拉藏汗殺桑結嘉措後，更與康熙皇帝決定同時廢黜第六世達賴喇嘛倉央嘉措，重新選定阿旺伊西嘉措為六世達賴，得到康熙皇帝的冊封。清康熙四十八年（1709年），清朝派遣侍郎赫壽前往拉薩，辦理西藏事務[34]。此為清代派遣大臣駐藏辦理政務之始，但僅為臨時派員，未成定製。1716年，準噶爾汗國派兵入侵西藏，攻打拉薩，並於次年攻入拉薩，殺死拉藏汗，和碩特汗國滅亡。1718年清朝由青海路出兵入藏，不過全軍覆沒。
1720年後西藏再次向清朝求援，清朝第二次出兵驅除準噶爾軍成功，駐軍並協助七世達賴入藏，以拉藏汗舊臣管理藏區，這是清朝正式經營青藏地區之始。平定準噶爾軍侵藏事變後，雍正五年（1727年）正月，清世宗派遣內閣學士僧格、副都統馬喇駐拉薩，「與達賴喇嘛、康濟鼐、阿爾布巴等和衷辦事」[35]，並設立駐藏大臣衙門。自此，朝廷派駐藏大臣二員辦理西藏事務。
1739年（乾隆四年），晉封噶倫頗羅鼐為多羅郡王。1747年，頗羅鼐病故，其次子珠爾默特那木札勒襲封郡王。珠爾默特那木札勒「素不信奉達賴喇嘛，心懷仇隟」[36]，表面上順從駐藏大臣，暗中聯絡蒙古準噶爾汗國，伺機起兵反叛。1749年，珠爾默特那木札勒攻殺其長兄「阿里公」珠爾默特策布登，控制阿里。1750年，駐藏大臣傅清、拉布敦迫於情勢，誘殺珠爾默特那木札勒，隨後為其黨羽卓呢爾（官名）羅卜藏札什所殺。隨後，清朝廷派四川總督策楞領兵入藏平叛。清政府駐藏大臣制度最終確立，成為定制，不再冊封噶倫為札薩克，防止權力集中於世俗貴族之手。1751年，清朝頒行策楞所奏的《西藏善後章程》十三條。章程規定，噶倫員額為四人，且必須於公所（噶廈）辦理政事。「查舊例噶隆會辦事件，原有噶沙之公所衙門。自頗羅鼐後，各噶隆竟不赴公所，俱於私宅辦事。……今噶隆業已照例補放，自應遵照舊例，遇有應辦事件，俱赴公所會辦。」[37] 章程擴大駐藏大臣的職權，並首次正式規定達賴喇嘛的世俗權力，形成駐藏大臣、達賴與班禪的僧官系統、噶廈俗官系統三者制衡的狀態；正式設立噶廈，駐地在拉薩大昭寺，長官為噶倫，秉承駐藏大臣、達賴喇嘛旨意辦事。
從清初到18世紀末清廷對西藏的控制呈逐步加強的趨勢。乾隆年間，六世班禪赴京覲見，為乾隆皇帝慶祝70大壽，由於拒絕接種，感染天花在承德去世，將隨身攜帶的金苯巴瓶留在承德仿布達拉宮建造的普陀宗乘之廟。六世班禪曾是乾隆老師，乾隆贈送給班禪喇嘛及其兄弟姊妹很多金子。但班禪喇嘛的駐錫地扎什倫布寺卻沒有給六世班禪的兄弟白教第十世夏瑪巴他的那部分。當夏瑪巴的楊巴千寺的管理員對此事抱怨時，扎什倫布寺答覆說，金子全部都是屬於扎什倫布寺的。第十世夏瑪巴還遭到誹謗，說他為了重新得到他的寺院，策劃謀反西藏政府。從而在西藏政府與夏瑪巴相互仇視。1784年，夏瑪巴撤離西藏去了鄰國廓爾喀（今尼泊爾）。
1791年，廓爾喀因與西藏鹽稅銀錢糾紛與白教祖古夏瑪巴唆使，軍隊入侵西藏，意圖搶掠遍布西藏各地的寺廟中的財富。當時，西藏請求清朝派兵支援。1792年，乾隆命清朝大將軍福康安同參贊大臣海蘭察率領清兵支援當地藏兵，將廓爾喀軍隊驅返喜馬拉雅山南麓，甚至還反攻至廓爾喀首都－陽布外二十公里的熱鎖橋，迫使廓爾喀向清朝五年朝貢一次。驅逐廓爾喀軍隊之後，清廷以完善西藏行政為由，訂立治理西藏的多項章程，要求以「金瓶掣簽」認定達賴喇嘛、班禪喇嘛和其他呼圖克圖的轉世。[38] 《藏內善後章程》二十九條，大大加強駐藏大臣的權力。1793年，上述章程的部分條款彙編成《欽定藏內善後章程》，並翻譯成藏文，詳細規定西藏的宗教事務、外事、軍事、行政和司法權力，達賴、班禪轉世程序，地方政權的組織結構，並正式劃分西藏和青海、四川、新疆等省份的邊界。此後西藏的政務基本依照此章程行事。1846年，駐藏大臣琦善就當時的種種弊端擬定《裁禁商上積弊章程》，奏准施行。其重申、補充舊有章程，整頓和完善西藏地方吏治。
英國指責藏軍在隆吐山設卡是越界戍守，與清廷交涉無果後於1888年（光緒十四年）發動隆吐山戰役驅逐藏軍。1890年3月17日，中英二國在印度的加爾各答簽訂《中英藏印條約》，中方代表是駐藏幫辦大臣升泰，英方代表是印度總督蘭斯敦。通過這個條約，清廷承認錫金為英國的保護國，西藏由此失去藩籬，再無險可固；此外，條約劃定藏錫邊界，承認崗巴宗以南的大片牧場和險要地區屬於錫金。1893年12月5日，由於藏印條約中的多個問題沒有得到實際解決，在英國的壓力下，清政府派何長榮與英國代表艾爾弗雷德·沃利斯·保爾在印度大吉嶺簽訂《中英藏印續約》，其內容是：開放亞東為商埠，在五年內免納進出口稅；英人在該地享有領事裁判權；在錫金遊牧的藏人應照英國在錫金隨時立定遊牧章程辦理。自此，英國人最終打開西藏的大門。
1895年，第十三世達賴喇嘛阿旺·羅桑土登嘉措親政。由於清政府同英國簽訂一系列有損西藏的條約，駐藏大臣在西藏的威信不斷受到考驗，西藏和清政府之間也逐漸疏遠。十三世達賴喇嘛首先對與涉外有瓜葛的人實行嚴厲懲治，凡查出確實與英人入侵有關的人或被處罰、或籍沒、或入獄、或梟首。再是派人推倒印度人在藏印邊界上豎立的界碑，對印度進口貨物依舊課什一稅。1903年12月，由於對噶廈政府拒絕執行中英藏印條約[39]不滿，英國軍隊侵入西藏。1904年3月31日，英國軍隊和藏軍交火，運用機槍和大炮屠殺700多人。4月中旬，英軍進入江孜地區，面對江孜宗山堅固的防禦工事，英軍從印度調來4000多名援軍和8門大炮，以及大量先進的穿甲炮彈。6月，西藏當局發佈徵兵廣告以回擊英軍。剛接替裕鋼駐藏大臣之職的有泰此時主和，對藏軍進行多方約束和限制，向朝廷提出「今欲折服其（西藏）心，非任其戰任其敗，終不能了局」。七月初，英軍佔領江孜，達賴喇嘛感到敗局已成，便派人與英人接觸以阻止其進犯拉薩。十三世達賴喇嘛於7月27日率親信被迫途經青海逃往蒙古，臨走前指定龍布嘉措為代理攝政。但英軍領率麥克唐納仍舊率軍前進，7月7日，英軍攻陷江孜宗山，七月底渡過雅魯藏布江。8月3日，榮赫鵬佔領拉薩。達賴喇嘛的出走加之對西藏氣候的不適應，英軍不能在拉薩長駐。榮赫鵬找到駐藏大臣有泰，並拿出已經準備好的拉薩條約草案，要他誘逼西藏代表進行談判。清廷革去了達賴的名號，命九世班禪曲吉尼瑪（22歲）代替達賴名號，但班禪不接受，使得西藏群龍無首。英軍在拉薩大肆劫掠，搶走許多珍貴的文物和經典，但找不到談判對象。9月7日，英軍統帥榮赫鵬上校逼迫西藏哲蚌、色拉、噶爾丹三大寺的寺長羅生戛爾曾等人在拉薩簽訂《拉薩條約》，代理攝政龍布嘉措在《拉薩條約》上蓋上達賴喇嘛的印章。此時有泰上奏朝廷，說「達賴喇嘛兵敗潛逃，聲名狼藉」，請求褫革達賴喇嘛的封號，由班禪額爾德尼來拉薩掌理宗教事務。清政府於是下令「將達賴喇嘛名號暫行革去，並著班禪額爾德尼暫攝」。有泰同時將拉薩條約的內容報告給清廷，條約公佈後廣泛引起公憤，俄國也對英國在西藏獨家牟利提出質疑。於是清政府決定和英國商談修改拉薩條約，賠款由清政府償還。條約送北京，但清廷卻堅持不在該約上簽字。清政府派唐紹儀、張蔭棠等赴印度同英方談判，唐紹儀堅持中國對西藏的主權不容侵犯。
1905年1月，外務部右侍郎唐紹儀率參贊張蔭棠、梁士詒奉命赴印加爾各答與英印政府商議修改條約事宜。英人派外交大臣費禮夏為全權代表同中國代表談判。唐紹儀要求刪去條約中的第九條，堅持中國對西藏擁有主權，但英人堅持只承認中國對西藏的宗主權。當時宗主權與主權分別被譯為「上國」和「主國」，唐紹儀指出「查上國二字﹐英文系『蘇索倫梯』（Suzerainty，按今譯宗主權），譯言所管為屬國，而屬國自有治民之權，若自認為上國，則西藏等於韓、越、球、緬。主國二字，英文系『騷付倫梯』（Sovereignty，按今譯主權），譯言臣民推為極尊，歸其管轄，而各事可定者也。」[40]雙方爭執不決，於是11月12日英方提出停止談判。1906年4月，英方再次恢復和中方的談判。27日，中國代表唐紹儀與英國代表薩道義簽訂《中英續訂藏印條約》，共六款，《拉薩條約》作為附約。條約第二款寫明「英國國家允不佔併藏境及不干涉西藏一切政治，中國國家亦允不准他外國干涉藏境及其一切內治」。這段時期西藏政局甚為紊亂。張蔭棠「領副都統」銜後，由清政府指派以駐藏幫辦大臣的身份進藏「查辦藏事」。張蔭棠入藏後，先向中央政府彈劾有泰以及其他相關十餘名滿漢官員。再提出治藏建設十九條及西藏地方善後問題二十四款。11月29日，清廷下令革除有泰等人的職務。但「新政」建設未及實現，張蔭棠便被調離西藏前去印度商定《藏印通商章程》。
1907年6月，中英雙方談判關於藏印通商章程事宜。談判前，英方堅持要有權簽字的西藏官員參加會議，因此西藏噶倫汪曲結布，攜帶噶廈議事簽字全權文憑赴會。1908年4月20日，中英雙方簽訂《中英修訂藏印通商章程》，共十五款。中方代表張蔭棠，英方代表韋禮敦代表各自政府在條約上簽字，「西藏大吏選派嘎布倫汪曲結布為掌權之員」後「秉承張大臣訓示，隨同商議」。
1910年2月，鐘穎統帥二千餘名川軍抵藏，加強清政府對西藏的控制。據民國元年（1912年）九月漢口《民國日報》及《民國公報》報道，該軍抵拉薩後，姦婬擄掠，無所不爲，藏人無不痛恨。[41]出走內地的達賴喇嘛，開始駐錫青海塔爾寺，後聽德爾智之言前去外蒙古庫倫，受到俄國禮遇。為防備達賴喇嘛親俄，清廷同意恢復其名號，同時派蒙古王公前往宣慰，並準備送其回塔爾寺再則日返藏。時值拉薩條約的談判時期，英國反對達賴此時返藏。清廷最後令其移居五臺山。後清廷為給慈禧太后祝壽，召達賴喇嘛進京。達賴喇嘛抵京之後，請求今後有直接向中央奏事之權，以擺脫駐藏大臣的約束。但清政府拒絕他的請求，僅加封他為「誠順贊化西天大自在佛」，並年給廩餼銀一萬兩。在見慈禧太后之時，達賴喇嘛被要求行跪拜之禮，使其朝見規格低於五世達賴和六世班禪。達賴喇嘛隨後返藏，約見幫辦大臣溫宗堯，希望其令川軍停止越軌行為。溫宗堯同意約束川軍不再騷擾百姓，不侵害達賴喇嘛固有地位。達賴喇嘛遂將在各地阻擊川軍的藏軍調回拉薩，並奏謝朝廷封賞，恢復對駐藏大臣的一切供應。但駐藏大臣聯豫對達成的意見多加指責，並拒絕在給達賴喇嘛的復信上簽字蓋章。是時，拉薩盛傳聯豫的衛隊向群眾開槍，達賴喇嘛感到形勢嚴峻，於2月12日夜在布達拉宮召開緊急會議，午夜後再次出走。2月21日，達賴喇嘛由亞東英商務處代理麥克唐納引至印度。聯豫反而奏報朝廷，再次褫奪達賴喇嘛的名號和部分官員的官階品第。
與此同時，聯豫派協統鍾穎率駐藏新軍征討波密，但失敗。聯豫遂起用左參贊羅長裿，又奏調川滇邊務大臣趙爾豐川軍助剿。趙爾豐部下傅嵩率軍攻佔波密，與羅長裿在易貢（今屬波密縣）會師。波密土王白馬策旺逃往墨脫。羅長裿率軍由多雄拉山口入墨脫，直抵崩崩山。趙爾豐部西軍中營幫帶劉贊廷引兵由金珠拉山口入墨脫。墨脫宗宗本（相當於縣長）道布（門巴人）設計誘殺波密土王。二路清軍消滅其餘波密頭領，並留兵駐守。在此期間鍾穎軍與趙爾豐軍會師於查木多（昌都），後迅速推進到工部（今林芝專區首府八一鎮附近），對整個工部和波密地區（昌都、林芝地區）進行改土歸流，先後建立查木多、江達（工部）等十多個縣，趙同時向南派兵，在察隅地區（今西藏自治區最東南，臨中印邊境東段之東，與印占瓦弄相鄰），建立察隅縣。趙爾豐意欲於波密置縣，改土歸流，但不久武昌起義作，計劃擱淺。
1911年10月10日（清宣統三年八月十九日），武昌起義爆發，辛亥革命開始，使得西藏的局勢發生大逆轉。以孫中山為首的革命黨人一度主張「驅逐韃虜」，排斥滿族，建立漢族內地十八行省的政權（後來孫中山發現此議欠妥，遂改為「五族共和」）。邊疆非漢族地方產生動盪和騷亂，清朝政權出現分崩離析的危險，尤其在尚未建省的蒙古和西藏等地紛紛出現分離傾向。駐西藏的清軍軍隊是川軍，成員很多是四川哥老會成員，武昌起義爆發的消息傳到西藏，駐拉薩清軍發生內訌，史稱第一次驅漢事件。其中有擁護共和，有主張勤王，也有自行返回漢地以自保。各派自相殘殺，軍餉也斷絕，清軍在西藏地區開始大肆搶劫。[來源請求]清朝中央政府派駐的大臣聯豫、鍾穎等人只知道藉機謀取私利，西藏地區極度混亂。[來源請求]部分官兵囚禁末代駐藏大臣聯豫，更有士兵乘機鈔略百姓，攻擊寺院。1911年冬天，清四川總督趙爾豐在成都被過激民眾處死，局勢劇變，西康地區也發生嚴重動亂。
到1912年初，流亡印度原被清廷解除稱號的十三世達賴喇嘛藉機策動事變，達賴喇嘛發布《告民眾書》「（漢人）固當驅除淨盡……總期西藏全境漢人絕跡，是為至要」，達桑占東承達賴之意組成一萬名「西藏民軍」，圍攻江孜、亞東、日喀則等地的清軍，達賴喇嘛乘機排除清朝政府的官員影響，單獨執政。最後駐拉薩清軍敗於藏軍，經過尼泊爾駐拉薩代表調停，清軍被解除武裝。至1912年底清軍及駐藏大臣全部撤出西藏。1913年1月，達賴喇嘛回到拉薩。袁世凱發電報，表示要恢復達賴喇嘛的封號，達賴喇嘛在回覆中，則直接重申他對西藏的統治。西藏特使在烏蘭巴托簽署《藏蒙條約》，宣示蒙古、西藏互相承認各由中國獨立出來。
1913年2月14日、藏曆水牛年正月初八日，第十三世達賴喇嘛發佈聖地佛諭，文告的內容涉及西藏的體制改革、實行新政等內容。也因為文告的這個性質，部份學者將此份文件看作是西藏的獨立宣言（Proclamation of Independence of Tibet）。水牛年文告是達賴喇嘛的一個內部講話，1932年以信件的形式公布。文告的現行版本多引自夏格巴的《西藏政治史》一書，范普拉赫曾表示引文來自夏格巴的私人收藏檔案。文告中「我們是一個很小的、信教的獨立國家」（英文：We are a small, religious, and independent nation）語句被學者反復引用論證，時常被認為是達賴喇嘛宣佈西藏獨立的重要宣示。但據中國的藏學家扎西旺都表示，達賴喇嘛當時使用的原詞是bod ljongs，即「藏區」，而非rgyal khab（即「國家」）一詞。[42][43]
西藏政府希望劃定邊界，故於1913-1914年在印度召開西姆拉會議，有中、英、藏代表參加。會議期間，英方代表麥克馬洪與親英的西藏代表夏扎·班覺多吉背著民國政府私下用秘密換文的形式，在地圖上劃一條長達850英里的邊境線，把門隅、珞瑜、察隅三個地區共九萬平方公里的土地劃入印度。這條中國任何一屆政府、任何政黨都未承認的「麥克馬洪線」，為以後中印兩國關係的發展投下陰影。
1914年，英藏簽訂《西姆拉條約》，衛藏獲得完全的自治，但又說明：「外國政府」一詞並不包括中國。英、藏代表簽署該條約，而中國代表陳貽範則拒絕簽署。除此之外，在英國與西藏政府私下的協定中，西藏的「東南邊境特區」被割讓給印度，也就是藏南地區（現在的印度阿魯那恰爾邦）。雖然英國獲得好處，但並沒有像西藏預想的那樣，支持西藏獨立建國，而英國賣給西藏來福槍、彈藥，後來則拒絕出售機槍、火炮。
當一戰爆發及中國進入軍閥割據的亂局，西方各國與軍閥都無暇理會西藏問題，第十三世達賴喇嘛在無壓力下管治西藏直至他1933年去世。當時，西藏的政府控制衛藏和西康的一部分，與現時西藏自治區相約。 西藏不斷擴軍，在康區部署絕大部分的軍隊（數萬人），這也導致西藏在北部地區，無法有力維持邊境。1917年，在康區的衝突中，西藏噶廈取得勝利，占領昌都、德格等地。1918年8月19日簽訂的《邊藏停戰退兵條約》所劃定的西藏在康區的邊界大約以金沙江為界。[44]隨著繼續擴軍，噶廈無力維持飛漲的軍費開支，轉而向後藏扎什倫布寺第九世班禪喇嘛要求巨額稅收，班禪喇嘛抗議無果後，於1923年12月，出走內地，隨後受到中華民國政府的接待。由於新興的少壯軍官熱衷於西化，與西藏傳統勢力的衝突不斷加劇，最後導致這些軍官先後被免職，藏軍此後走向衰落。但由於中國經歷著抗日戰爭、國共內戰，西藏的這種狀況，一直維持到1950年代初。
1936年8月，英國駐拉薩使團抵達拉薩，成為此後16年英屬印度與西藏關係的中心。[45]
1937年12月1日，九世班禪由中華民國政府派遣的5,000人護衛隊護送回藏，但在回藏的途中在青海玉樹圓寂。1938年9月24日，中華民國蒙藏委員會頒佈《喇嘛轉世辦法》，共13條。重申金瓶掣籤制度。明確規定達賴喇嘛、班禪額爾德尼、哲布尊丹巴呼圖克圖暨各處向來轉世之呼圖克圖、諾門汗、班第達等圓寂後，應報由該管地方最高行政機關轉報蒙藏委員會備案；轉世靈童訪獲後，報由該管地方最高行政機關轉報蒙藏委員會查核，分別掣簽等等。 1940年1月15日，吳忠信一行抵達拉薩。1月26日，西藏攝政五世熱振呈請對達賴轉世靈童拉木登珠免於金瓶掣籤，吳忠信向中央轉報核准，同時於羅布林卡會見靈童。1月31日，行政院長蔣中正向國民政府呈請發佈明令准拉木登珠繼任十四達賴喇嘛。2月5日，國民政府發佈命名：「青海靈童拉木登珠，慧性甚深，靈異特著，查系第十三輩達賴喇嘛轉世，應即免於抽籤，特准繼任為第十四輩達賴喇嘛」，並撥給40萬元作為坐床典禮經費。最終，第十四世達賴喇嘛並未經過金瓶掣籤。吳忠信表示坐在歷任駐藏大臣的位子上主持了坐床儀式 [46][47]，五世熱振活佛呈中央政府的電報寫道，「國曆二月二十二日，即藏曆正月十四日，遵令舉行第十四輩達賴喇嘛坐床典禮，地址在布達拉大殿。是日蒙藏委員會吳委員長忠信率屬親臨主持，甚稱吉慶，藏中僧俗官民一致歡騰。」[47]，達賴喇嘛則否認吳忠信主持坐床儀式[48]。
1941年五世熱振辭去攝政一職，交予支持西藏獨立的其經師三世達扎擔任。由於涉外事務增多，達扎噶廈成立了專責機構「外交局」，於1942年7月6日通知中國、英國與尼泊爾此後與外交局交涉。英國使團同意了，而中國蒙藏委員會駐藏辦事處孔慶宗拒絕，中藏交涉暫時停頓。1943年，西藏召開民眾大會，對「外交局」事接受中央政府意見，收回原議，表示「西藏應與中央保持感情，不應與中央西藏辦事處斷絕關係。」並責成西藏駐京辦事處總代表阿旺堅贊等向國民政府主席面呈此意[49]。1944年，依照約定，三世達扎本應交還攝政權力予五世熱振，但達扎將與重慶國民政府親善的熱振逮捕，並關押直至其1947年圓寂。1946年初，攝政達扎活佛不顧先例，自封「傑布呼圖克圖」名號。達扎噶廈在1947年派出代表團參加印度的亞洲關係會議，1948年組織了「西藏商務代表團」遊歷歐美以求外交爭取西藏獨立，1949年發起了第二次驅漢事件。
1950年8月15日，墨脫縣發生里氏8.5級地震。地震引發山體崩塌、滑坡和泥石流，墨脫大地面目全非。這次大地震中，在中國造成了約4000人死亡，而在印度的死亡人數也達到了1526人。
1950年10月7日，由張國華率領的解放軍四萬餘人分八路向康區首府昌都進攻，八千餘人的藏軍不敵戰敗。兩天後解放軍繼續向昌都進軍，俘獲多麥總管阿沛·阿旺晉美及其手下士兵。[50]同日，噶廈政府向聯合國秘書長呈交報告：「西藏人民已清楚無力阻擋中共軍隊的前進，西藏人已應允與共產黨政府進行和談。雖然長久熱愛和平的西藏人民欲要戰勝熟練於戰爭的共產黨軍隊的希望並不大，但我們相信在世界的任何地方，只要發生侵略行為，聯合國是必定會幫助予以抗擊的。」1950年10月17日，面對中國人民解放軍的軍事力量，在西藏眾多僧侶的要求下，丹增嘉措提前正式繼位親政，處理政教事務。隨後達賴喇嘛丹增嘉措被迫離開拉薩，暫居西藏南部的錯模避難。[48]1951年4月，在打敗西藏東部和北部的少數藏軍後，解放軍約幾萬人向西藏中部地區推進。西藏噶廈政府代表團不得不前往北京進行和談。以阿沛·阿旺晉美為首的五人代表團前往北京。
1912年至1951年，西藏為事實上獨立自主的政權，但是未受到中華民國政府及國際社會廣泛承認。[51][52][53][54][55]在此期間，中華民國政府宣稱對西藏地方擁有主權，但未能進行實際統治；噶廈政府亦宣稱對藏區擁有完整的主權，稱作大西藏地區。然而，超過半數的藏族和藏區其他十多個民族混居在不受拉薩噶廈政府管轄的鄰近由中華民國政府實際控制的省份，包括青海省和西康省等地[56][57]。
1950年10月17日，面對中國人民解放軍的軍事力量，在西藏眾多僧侶的要求下，丹增嘉措提前正式繼位親政，處理政教事務。隨後，達賴喇嘛丹增嘉措被迫離開拉薩，暫居西藏南部的錯模（亞東）避難[48]。在打敗西藏東部和北部的少數藏軍，解放軍約幾萬人向西藏中部地區推進。西藏噶廈政府代表團不得不前往北京進行和談。1951年4月，以阿沛·阿旺晉美為首的五人代表團前往北京。1951年5月23日，西藏代表團在沒有向西藏政府彙報的情況下與中國政府簽訂《中央人民政府和西藏地方政府關於和平解放西藏辦法的協議》[58][59]，協議一共十七條，規定：「西藏人民團結起來，將帝國主義侵略勢力驅逐出西藏；西藏地方政府積極協助人民解放軍進入西藏，鞏固國防；西藏實行民族區域自治；西藏現行政治制度和達賴喇嘛、班禪額爾德尼的固有地位及職權，中央不予變更，各級官員照常供職；實行宗教信仰自由的政策，尊重西藏人民的宗教信仰和風俗習慣；逐步發展西藏民族的語言、文字和學校教育，以及農牧工商業，改善人民生活；西藏地區的涉外事宜，由中央統一管理。」協議還明確規定，有關西藏的各項改革事宜，中央不加強迫，西藏政府自動進行改革。1951年5月27日，達賴喇嘛從北京的廣播中得知簽訂和平解放西藏十七條協定的消息。7月，張經武將軍抵達錯模會見丹增嘉措，打算讓達賴喇嘛與解放軍軍隊一同進入拉薩。但丹增嘉措堅持自己先回拉薩，8月，流亡在外大半年的達賴喇嘛回到拉薩。
噶廈政府以達賴喇嘛名義於1951年10月24日致電中央人民政府主席毛澤東，表示「雙方代表在友好基礎上，已於1951年5月23日簽訂關於和平解放西藏辦法的協議。西藏地方政府及藏族僧俗人民一致擁護，並在毛主席及中央人民政府的領導下，積極協助人民解放軍進藏部隊，鞏固國防，驅逐帝國主義勢力出西藏，保護祖國領土主權的統一」。第十世班禪喇嘛和班禪堪布會議廳也發表聲明，指出協議「完全符合中國各族人民，特別是西藏民族人民的利益」。同年10月26日，解放軍進駐拉薩。
1951年10月26日27日，代表中華人民共和國實質主權的三千餘解放軍進入拉薩。另外，從西藏東部和新疆等地有兩萬餘解放軍進入西藏，並控制日土、噶爾等重要地區，隨後又進駐江孜、日喀則等地。於是，拉薩在內的西藏全部主要城市都有解放軍駐守，並在西藏東部和西部的整個地區集中大量的軍隊。至此，中華人民共和國取得對西藏之實質管理權。
1954年，第十四世達賴喇嘛、第十世班禪額爾德尼赴北京參加中華人民共和國第一屆全國人民代表大會第一次會議。達賴喇嘛在會上發言，對三年多來執行「十七條協議」所取得的成績給予肯定，對會議所審議的第一部中華人民共和國憲法草案中有關民族區域自治的原則和規定表示擁護。在談到宗教問題時，達賴喇嘛說：西藏人民具有很濃厚的宗教信仰，一些人製造的「共產黨、人民政府毀滅宗教」的謠言曾經使他們疑惑不安。但是現在，這種「挑拔離間的謠言已經全部破產了，西藏人民已經切身體會到了我們在宗教信仰上是有自由的。」他表示，要在中央人民政府的領導下，在各族人民幫助下，逐步把西藏建設成為繁榮幸福的地方。9月20日，達賴、班禪等西藏代表與出席會議的中華人民共和國全國各民族代表以投票表決方式通過《中華人民共和國憲法》。在此次會議上，達賴喇嘛當選為全國人民代表大會常務委員會副委員長，班禪額爾德尼當選為全國人民代表大會常務委員會委員。
1955年之後，中央政府在四川、青海等地藏區推行人民公社制度，進行大躍進運動，結果遭到藏人的抵制，並多次引發民眾暴亂。
1958年，中國政府在位於四川和青海境內的藏區（不在西藏政府管轄之下）實行民主改革，遭到當地的強烈抵制，並由此在這些地區引發激烈衝突，至1959年武裝衝突擴展到拉薩。1959年，中國官員張經武邀請剛得到學位的達賴喇嘛一同欣賞歌舞，中央官員的多番催促確定表演時間，丹增嘉措最終選定3月10日。1959年3月10日，達賴喇嘛的擁護者擔心達賴喇嘛遭中共綁架，包圍達賴喇嘛的夏宮羅布林卡，勸阻他赴約，並在大街上張貼海報、呼口號，要求中共離開西藏，最後演變為武裝衝突。1959年3月17日，解放軍在藏族群眾大量聚集到拉薩的情況下，解放軍開始炮擊藏族反抗武裝占據的羅布林卡，進行鎮壓。當天深夜達賴喇嘛離開拉薩，飛往印度實際控制的達旺地區，開始與8萬西藏人一起的流亡生涯[60][61][62]。西方已開發國家將這件事定性為對西藏的武裝入侵。1959年3月28日，國務院總理周恩來簽署國務院令，宣布解散原西藏政府，由西藏自治區籌備委員會行使西藏政府職權，並在西藏實施民主改革，廢除政教合一的封建農奴制。
1959年4月29日，噶廈政府人員在印度達蘭薩拉宣布成立西藏流亡政府，要求西藏獨立，並在國際上逐漸得到一些支持。班禪則支持解放軍。1959年6月20日，達賴喇嘛宣佈不承認「十七條協議」，並聲明「十七條協定」是西藏政府和西藏人民在武力下逼迫簽訂的。西藏流亡政府指，當年由阿沛·阿旺晉美率領的5人談判代表團，是在中共當局的逼迫下和北京簽署17條和平協議。當時他們在無法通知西藏政府的情況下，以個人名義在協議上簽名，文件上的印章沒有他們的正式官銜[63]。中央政府認為，這次武裝衝突是達賴喇嘛挑起的；因為中央政府要廢除在西藏實行的農奴制，這觸犯到達賴喇嘛的個人利益。同年，西藏開始進行名為西藏民主改革的土地改革運動。
另一方面，美國也直接支持西藏的反抗活動[64]。自從中華人民共和國成立，由於冷戰的需要，美國中情局直接雇傭第十四世達賴喇嘛的兩個哥哥[65]，也在1950至1959年之間，支持達賴喇嘛公開和中共對抗和流亡國外，又聯合英國向印度施加壓力，使得印度同意接納達賴喇嘛和流亡西藏政府。50年代，美國中央情報局在位於美國科羅拉多山谷的赫爾營軍事基地，秘密訓練藏獨武裝（即四水六崗衛藏志願軍），並於1957年至1961年間，空投到西藏參戰。 [66]。
1976年毛澤東去世，「文化大革命」結束後，中共總書記胡耀邦在視察拉薩「反帝公社」的居民住房後，表示要加大中央援助西藏的專門撥款的力度。中共改革開放以來，中央政府撥款修復一些在文革中受到衝擊的重要寺廟，修建拉薩機場、川藏公路（含南、北兩線）、青藏公路以及滇藏公路四條入藏公路和青藏鐵路，隨著交通情況的改善，西藏的旅遊業逐漸發展，西藏人民的生活水準得到提高。
自1979年起，中國開始實行經濟改革，西藏的經濟迅速發展，相比之下，政治體制改變幅度小。西藏自治區名義上實行藏人自治，自治區行政長官（西藏自治區人民政府主席）除1968年-1979年外均由藏族擔任，但中共西藏自治區黨委書記一職自設立以來除伍精華為彝族，其他均由漢族擔任。
1989年3月拉薩發生暴動（中國官方稱之為拉薩嚴重騷亂事件），對中國政府的西藏政策不滿的人士發起遊行示威，並引發騷亂，最終演變成警民流血衝突，中國政府於3月7日在拉薩宣佈戒嚴、出動武裝警察和解放軍部隊執行戒嚴。這次事件中有387人死亡、721人受傷。據林和立在《Chinese Politics in the Hu Jintao Era: New Leaders, New Challenges》一書中描寫，當時的西藏自治區黨委書記胡錦濤向中共中央申請戒嚴。
1989年1月28日，第十世班禪額爾德尼確吉堅贊於西藏圓寂。1995年5月14日，在全國政協委員、班禪靈童尋訪小組組長、扎什倫布寺民主管理委員會主任恰扎·強巴赤列將尋訪結果通信告知達賴喇嘛後，達賴喇嘛單方面宣佈更登確吉尼瑪是十世班禪喇嘛的轉世靈童。北京政府隨即宣佈恰扎仁波切「叛國」，並且不承認更登確吉尼瑪的靈童候選資格。1995年5月17日，只有六歲的更登確吉尼瑪與其家人被人帶走，下落不明。傳與父母在中國北京遭軟禁。1995年11月29日，中國政府經過金瓶掣簽，最終認定堅贊諾布為第十世班禪額爾德尼的轉世靈童。1995年12月8日，堅贊諾布按照藏傳佛教儀軌和歷史定製在扎什倫布寺舉行坐床典禮，經師波米·強巴洛珠活佛為其剃度，並為之取法名為吉尊·洛桑強巴倫珠確吉傑布·白桑布。1996年，恰扎·強巴赤列於次年被判處有期徒刑6年。
至今，很多曾同情達賴的當地上層藏人，包括流亡的達賴喇嘛近年來的態度已轉向緩和，其政治訴求也從完全獨立向自治轉變。比如達賴喇嘛2005年在接受《南華早報》的採訪曾公開表示：「我們願意成為中華人民共和國的一部分，讓北京管理，但保存我們西藏的文化、宗教和環境。」[67]。
2006年9月30日，中國武警公安邊防部隊向企圖穿越西藏與尼泊爾邊境上的囊帕拉山口（海拔5700公尺，一譯朗喀巴山口）、出境前往尼泊爾的75名藏人開槍射擊並至少打死兩人的囊帕拉槍殺事件。
2008年3月西藏發生騷亂[註 7]，涉及的地區主要是拉薩市，另外部分前藏地區、甘肅省夏河縣、四川省阿壩縣、及尼泊爾和印度的部分地區也有相關的騷動。起因是3月10日起藏人為了紀念1959年的西藏武裝抗暴而在3月初開始在拉薩示威遊行[68]，繼而在3月14日引發騷亂。在拉薩的騷亂中，大量店鋪、學校和車輛遭到支持達賴的暴亂者的破壞和焚毀。英國《衛報》引述外國目擊者報道說，示威者的暴力行為主要針對漢族、回族等非藏族人[69][70]。3月15日，拉薩市內大致回復正常，但所有店鋪都沒有營業。3月17日，記者被送離拉薩，至3月25日才再由官方安排進行採訪。
由於3.14事件發生後,中華人民共和國遣送在藏的外國新聞記者。由於中華人民共和國政府對媒體新聞採訪加以嚴格限制，所以在此次軍民衝突中的傷亡人數沒有統一的數目。中華人民共和國官方宣布有22人在暴亂中死亡，這些人都是被暴亂者攻擊的非藏族人，或為非藏族人開設店鋪的藏族雇員。西藏達賴流亡政府宣布148人死亡。2008年西藏騷亂後，西藏流亡政府曾三次派出人員前往北京進行商談。2008年11月，藏方代表甲日等人再次到北京與中共中央統戰部部長杜青林會談，提出「為全體藏人獲得真正自治的備忘錄」（英語：Memorandum on Genuine Autonomy for the Tibetan People）。但新華社隨後發文駁斥該備忘錄，認為仍是一份「假自治、真獨立」的主張。2010年1月，中共中央統戰部官員指出達賴關於『大藏區』的提法違背中華人民共和國憲法。並且要求達賴對於承認是『印度之子』作出解釋。
2008年6月4日，達賴喇嘛在接受《新印度時報》記者採訪中表示，位於「阿魯納恰爾邦」（中方不承認該邦存在）的達旺屬於印度領土，認可1913年1914年西藏與英國簽署的《西姆拉條約》的有效性，承認麥克馬洪線[71][註 8]。
2009年1月19日，西藏自治區第九屆人大第二次會議通過決議，設立西藏百萬農奴解放紀念日，日期定在每年公曆3月28日，以紀念西藏民主改革50周年。
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