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慕尼黑S-Bahn（德語：S-Bahn München）是德國慕尼黑的一個S-Bahn系統，也是當地除地鐵外最重要的公共短途客運運輸方式。它由德鐵區域巴伐利亞營運，並與慕尼黑交通及資費集團相結合。主管責任機構則為巴伐利亞鐵路公司。
慕尼黑快鐵網絡興起於1972年夏季奧運會和多條既有的市郊鐵路。它們均為電氣化鐵路並通過一條隧道相連。這條所謂的「主線」最初被稱為「連接線（Verbindungsbahn, 简称V-Bahn）」，走向是從火車總站穿越慕尼黑內城直至火車東站。如今，慕尼黑快鐵日均發送旅客量達78萬人次，[3]在工作日的旅客發送量更是超過80萬人次。[4]因此，其主要運輸量是來自於早上尖峰時段從慕尼黑周邊至慕尼黑市區的通勤流動以及傍晚尖峰的反向通勤。慕尼黑S-Bahn雇有逾1000名員工，其中538名為列車駕駛員，另有120名為服務人員。[5]
按路網長度計，慕尼黑S-Bahn是繼萊茵－魯爾S-Bahn和中德S-Bahn之後，德國的第三大S-Bahn系統。
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慕尼黑快鐵網絡的核心是帶有連接隧道的主線鐵路，它從慕尼黑市中心的下方穿過。在隧道西側，網絡被分為七條分支路段，其路線從北至南最初被分為S1線（弗賴辛）至S7線（沃爾夫拉茨豪森）。根據營運需求，這些路線隨著時間的推移曾發生多次變更，特別是通過路段改造後，它們經由主線隧道與五條東部分支相連，其中通往埃伯斯貝格的分支會由兩條路線提供服務（S4和S6線），而S1線則在火車東站結束。1991年6月，從S4線至S5線往埃伯斯貝格方向的首個轉轍器建成。通往沃爾夫拉茨豪森的路線最初被編為S10線，並且僅是通過主線引至S7線。在東部經由伊斯馬寧通往機場的S-Bahn使用S8的編號，其原本的S5線編號已被撤銷。
此外，連接帕辛至赫爾里格爾斯克羅伊特的S20線並不會通過主線隧道運轉。S20線和原S27線的20+編號可以追溯至這兩條線的開通時期，當時它們仍是經由大黑瑟洛厄橋穿越伊薩爾河並繼續通往代森霍芬，而經由代森霍芬通往霍爾茨基興的分支也仍然使用S2（而不是如今的S3）線的編號。
2014年以前，在達豪－阿爾托明斯特鐵路上以內燃動力運轉的A線（Linie A），同樣也是快鐵網絡的組成部分。它在S2線中從達豪開始並開往阿爾托明斯特。作為5.2億歐元擴建計劃的一部分，它於2014年12月完成電氣化改造並作為翼位路段被集成至S2線。[6]
在德國鐵路的行車大綱中，慕尼黑快鐵的路線編號使用999.1至999.8的區間。2013年以前，S20和S27線在行車大綱的路線編號被標註為999.20，A線在2014年以前的編號則被標註為999.30。
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慕尼黑快鐵（S1至S8線）的全天基本發車頻率維持在20分鐘一班，於尖峰時段則通過開行加班列車在各個分支的部分路段維持10分鐘一班的頻率。較為特殊的情況是通往埃爾丁的路線：在工作日的早上，自埃爾丁始發的快速列車與自馬克特施瓦本始發的常規快鐵列車交替運轉，整合為通往火車東站區間的10分鐘一班間隔。同樣的例子也發生在S7線的赫恩基興-錫格茨布倫至十字街區間。此外，還有S4西線於尖峰時段零星開行的加班列車，但並不經由主線隧道運轉。在一些外圍分支路線，有三分之一的於尖峰時段外會在終點站前幾站便終到並換向，這就使得最後的區間產生20/40分鐘一班的發車頻率。[7][8][9]
| 路線 | 運轉區間 | 頻率 | 高峰頻率 | 備註 |
|---|---|---|---|---|
|
弗賴辛 － 普靈 － 諾伊法恩 | 20/40分鐘 | 20分鐘 | 在諾伊法恩站聯結或解掛 |
| 慕尼黑機場 － 機場訪客公園 － 諾伊法恩 | 20分鐘 | 20分鐘 | ||
| 諾伊法恩 － 埃興 － 洛霍夫 － 下施萊斯海姆 － 上施萊斯海姆 － 費德莫興 － 法薩內利 － 莫薩赫 － 萊姆 － 鹿園 － 多納斯貝格橋 － 哈克橋 － 火車總站 － 卡爾廣場 － 瑪利亞廣場 － 伊薩爾門 － 羅森海姆廣場 － 火車東站 － 洛伊希滕貝格環路 | 20分鐘 | 20分鐘 | ||
|
阿爾托明斯特 － 小貝格霍芬 － 埃爾德韋格 － 阿恩巴赫 － 馬克特因德斯多夫 － 下羅特 － 施瓦布豪森 － 巴赫爾恩 － 達豪城 － 達豪 | 30分鐘 | 30分鐘 | 在達豪站聯結或解掛 |
| 彼得斯豪森 － 菲爾基興-艾斯特霍芬 － 勒爾莫斯 － 赫伯茨豪森 － 達豪 | 20分鐘 | 20分鐘 | ||
| 達豪 － 卡爾斯費爾德 － 阿拉赫 － 下門欽 － 上門欽 － 萊姆 － 鹿園 － 多納斯貝格橋 － 哈克橋 － 火車總站 － 卡爾廣場 － 瑪利亞廣場 － 伊薩爾門 － 羅森海姆廣場 － 火車東站 － 洛伊希滕貝格環路 － 萊姆畔山 － 里姆 － 費爾德基興 － 海姆斯特滕 － 格魯布－ 波英 － 馬克特施瓦本 | 20分鐘 | 20分鐘 | ||
| 馬克特施瓦本 － 奧滕霍芬 － 聖柯洛曼 － 奧夫豪森 － 老埃爾丁 － 埃爾丁 | 20/40分鐘 | 20/40分鐘 | ||
|
馬門多夫 － 馬爾欽 － 邁薩赫 | 20分鐘 | 20分鐘 | |
| 邁薩赫 － 格恩林登 － 艾斯汀 － 奧爾興 － 格勒本采爾 － 洛赫豪森 － 朗維德 － 帕辛 － 萊姆 － 鹿園 － 多納斯貝格橋 － 哈克橋 － 火車總站 － 卡爾廣場 － 瑪利亞廣場 － 伊薩爾門 － 羅森海姆廣場 － 火車東站 － 聖馬丁街 － 吉辛 － 雉雞園 － 雉雞公園 － 下哈興 － 陶夫基興 － 富爾特 － 代森霍芬 | 20分鐘 | 10分鐘 | ||
| 代森霍芬 － 紹爾拉赫 － 奧特爾芬 － 霍爾茨基興 | 20分鐘 | 20分鐘 | ||
|
格爾滕多夫 － 蒂肯費爾德 － 格拉夫拉特 | 20/40分鐘 | 20/40分鐘 | |
| 格拉夫拉特 － 申蓋辛格 － 布赫瑙 － 菲斯滕費爾德布魯克 － 艾謝瑙 － 普赫海姆 － 奧賓 － 萊恩費爾斯街 － 帕辛 － 萊姆 － 鹿園 － 多納斯貝格橋 － 哈克橋 － 火車總站 － 卡爾廣場 － 瑪利亞廣場 － 伊薩爾門 － 羅森海姆廣場 － 火車東站 － 洛伊希滕貝格環路 － 萊姆畔山 － 特魯德靈 － 格隆斯多夫 － 哈爾 | 20分鐘 | 20分鐘 | ||
| 哈爾 － 法特施特滕 － 巴爾德哈姆 － 措爾訥丁 － 埃格爾哈廷 － 基希塞翁 － 格拉芬 （－ 格拉芬城 － 埃伯斯貝格） | – | 20分鐘 | ||
|
韋斯靈 － 新吉爾興 － 吉爾興-阿格斯里德 － 蓋森布倫 － 蓋默靈-下普法芬霍芬 | 僅部分班次 | ||
| 蓋默靈-下普法芬霍芬 － 哈特豪斯 － 弗賴哈姆 － 新奧賓 － 西十字 － 帕辛 | 僅高峰時刻 | |||
| 火車東站 － 聖馬丁街 － 吉辛 － 佩拉赫 － 新佩拉赫南 － 新比貝格 － 奧托布倫 － 高布倫 － 韋希特霍夫 － 赫恩基興-錫格茨布倫 － （迪恩哈爾） － 艾因格 | 20分鐘 | 20分鐘 | ||
| 艾因格 － （派斯） － 大助村 － 十字街 | ||||
|
圖青 － 費爾達芬 － 波森霍芬 － 施塔恩貝格 － 施塔恩貝格北 － 高廷 － 斯托克多夫 － 普拉內格 － 格雷費爾芬 － 洛赫哈姆 － 西十字 － 帕辛 － 萊姆 － 鹿園 － 多納斯貝格橋 － 哈克橋 － 火車總站 － 卡爾廣場 － 瑪利亞廣場 － 伊薩爾門 － 羅森海姆廣場 － 火車東站 － 洛伊希滕貝格環路 － 萊姆畔山 － 特魯德靈 － 格隆斯多夫 － 哈爾 － 法特施特滕 － 巴爾德哈姆 － 措爾訥丁 － 埃格爾哈廷 － 基希塞翁 － 格拉芬 | 20分鐘 | 20分鐘 | |
| 格拉芬 － 格拉芬城 － 埃伯斯貝格 | 20/40分鐘 | 20/40分鐘 | ||
|
沃爾夫拉茨豪森 － 伊京 － 埃本豪森-薛夫特拉恩 － 高薛夫特拉恩 － 拜爾布倫 － 布亨海因 － 赫爾里格爾斯克羅伊特 － 普拉赫 － 大黑瑟洛厄伊薩爾河谷 － 索爾恩 － 西門子工廠 － 中森德靈 － 哈拉斯 － 海梅蘭廣場 － 多納斯貝格橋 － 火車總站（斯塔恩貝格翼站） | 20分鐘 | 20分鐘 | |
|
黑爾興 － 席費爾德-黑申多夫 － 施泰因巴赫 － 韋斯靈 － 新吉爾興 － 吉爾興-阿格斯里德 － 蓋森布倫 － 蓋默靈-下普法芬霍芬 | 20分鐘 | 20分鐘 | |
| 蓋默靈-下普法芬霍芬 － 哈特豪斯 － 弗賴哈姆 － 新奧賓 － 西十字 － 帕辛 － 萊姆 － 鹿園 － 多納斯貝格橋 － 哈克橋 － 火車總站 － 卡爾廣場 － 瑪利亞廣場 － 伊薩爾門 － 羅森海姆廣場 － 火車東站 | 20分鐘 | 10分鐘 | ||
| 火車東站 － 洛伊希滕貝格環路 － 達格爾芬 － 英戈沙金 － 約翰內斯基興 － 下弗靈 － 伊斯馬寧 － 哈爾貝格莫斯 － 機場訪客公園 － 慕尼黑機場 | 20分鐘 | 20分鐘 | ||
|
格爾滕多夫 － 格拉夫拉特 － 申蓋辛格 － 布赫瑙 － 菲斯滕費爾德布魯克 － 艾謝瑙 － 普赫海姆 － （奧賓 － 萊恩費爾斯街） － 帕辛 － 海梅蘭廣場 － 中森德靈 － 西門子工廠 － 索爾恩 － 大黑瑟洛厄伊薩爾河谷 － 普拉赫 － 赫爾里格爾斯克羅伊特 | – | 個別班次 |
(+) 額外的個別加班列車，因此偶爾可構建10分鐘一班的間隔頻率。
截至2015年度運轉圖，各路線在主線上從東往西按以下順序運轉：
S2 － S6 － S7 － （S8） － S3 － （S2） － S4 － S1 － S8 － （S3）（括號內為加班列車）
在反方向上，列車則以完全相反的順序行駛，這便對「過角接續（Über-Eck-Anschlüsse）」有著較高的要求。慕尼黑快鐵在開通初期便已存在對稱性的時刻表，並在2004年12月12日生效的時刻表變更時重新引入。在2009年12月13日生效的時刻表變更中（增設鹿園停站），西部分支列車在主線上的行車順序基本保持不變，僅開往邁薩赫（加班）和開往彼得斯豪森的列車需要調換順序。在東部分支，前往埃伯斯貝格和前往機場的列車因與終到火車東站的路線調換而各延誤了2分鐘。藉此，所有「十分鐘間隔路線」在主線上真正實現每十分鐘一班。此外，從間隔點霍爾茨基興到發的列車因與從代森霍芬到發的「十分鐘間隔加班車」交換路線而延誤了10分鐘。外部路線的發車時間基本維持不變，僅S3東線延誤了10分鐘。[10]在前往達豪（S2）、邁薩赫（S3）和措爾訥丁（S4/S6）的頻率加密分支中，原本尖峰時段的8/12或7/13分鐘間隔被改進至幾乎完全精確的10分鐘間隔，就如同前往蓋默靈（S8）和代森霍芬（S3）在此前便已實現的那樣。
所有經由市中心運轉的路線都具有統一的對稱時刻（跟蹤時刻），主線內部為:00後的半分鐘，外部路線則為:00前的半分鐘。
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/
：在1981年5月31日前至多納斯貝格橋的長途鐵路地下隧道往返運轉，代替了如今的S7、S10線不停多納斯貝格橋和哈克橋至火車總站（霍爾茨基興翼站）。當霍爾茨基興翼站其後取代施塔恩貝格翼站作為S27線在火車總站的到發月台後，S22線也同樣改在霍爾茨基興翼站終到。[11]運轉使用由機車牽引的推挽式列車。
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：在1972年夏季奧運會期間，S5和S11線是作為特別路線經由約翰內斯基興（S5）和莫薩赫（S11）至如今已廢棄的奧林匹克體育場站往返運轉。[11]
：在S7線的推挽式列車投入營運以前，是以S12線的名義從帕辛經由中森德靈至代森霍芬往返運轉。隨後這些列車並不使用快鐵的編號運轉。隨著路線的強化，它在後來重新獲得了S20線的快鐵編號。- ，自1985年起為
：在1988年以前，每當奧林匹克公園舉行大型活動時，作為特別路線經由莫薩赫至奧林匹克體育場站往返運轉。 
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：在S8機場線（1991年）建成前服務於納恩霍芬－伊斯馬寧路段。通往機場的路段建成後，S8線至西部的帕辛終到，S3線則至東部的火車東站終到。其後，這兩條路線被合併，以緩解主線的運轉壓力。由於機場線的重要性，當局放棄了S3線的編號。
：從2004年12月至2005年12月，S3線經歷了復辦：它作為高峰時刻的加密路線在邁薩赫至措爾訥丁間開行，以實現在該路段承諾的「10分鐘間隔」。一年後，由於西部分支改由S4和S8線交換運轉，這條路線被棄用。- ：在2009年12月的運轉圖調整被撤銷前以S5線的編號運轉。自那時起，原通往黑爾興的路段被納入S8線，原通往霍爾茨基興的路段則被納入S3線。
- ：在2009年12月的運轉圖調整中，S3線被重新引入。它在如今的馬門多夫至霍爾茨基興間運轉。
：S27線是從火車總站的施塔恩貝格翼站沿S7線通往索爾恩，經由大黑瑟洛厄橋跨越伊薩爾河並繼續延伸至代森霍芬。路線於2013年12月15日撤銷，它被梅里迪安開行的區域列車所取代。[12]
：從1995年至2014年，A線是慕尼黑快鐵在達豪－阿爾托明斯特鐵路上運轉的唯一非電氣化路線。在路段完成電氣化改造後，它自2014年12月14日起成為S2線中的支線。
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快鐵列車部分是使用自己的路線（單線或複線）、部分是使用含其它用途（客運及貨運）的混合操作（換向）路線，以及部分是使用可進行路線操作的多於雙軌路線運轉。在後者的路線上會有一條或兩條鐵路僅供快鐵使用，而另外的兩條鐵路則由其它運輸使用。
在以下的列表中，路線長度分別是自慕尼黑火車總站或慕尼黑東站計起，因為那裡是各路線的0公里起點。不以這兩地為起點的聯絡線例外會另有標記。[13]
| 路線 | 路線及行經路段 | 自總站或東站起長度 | 其它運輸 | 特點 |
|---|---|---|---|---|
 至  |
主線鐵路 / 聯絡線 帕辛－總站－東站 |
11.4公里 | 帕辛至火車總站間還有其它列車運轉，多納斯貝格橋至火車總站也運轉有巴伐利亞高地鐵路列車，均無進一步經停 | 三座車站有4個及以上月台，均為西班牙式 |
| 西線 |
慕尼黑－雷根斯堡鐵路 萊姆－弗賴辛 |
40.7公里 | 區域及區際列車（ALEX、DIEX），以及貨運列車 | 其中34.5公里為混合操作的複線 |
| 西線 |
諾伊法恩髮夾線 諾伊法恩－機場西（7.3公里） |
40.8公里 | 部分路段僅快鐵，其餘為個別貨運列車 | 複線 |
 西線 |
慕尼黑－因戈爾施塔特高鐵 萊姆－彼得斯豪森 |
36.4公里 | 來自柏林和漢堡以及法蘭克福經紐倫堡的城際快車、來自紐倫堡和因戈爾施塔特的區域運輸，以及貨運 | 快鐵專用線在高鐵線和其它運輸線旁分隔 |
| 西線 |
達豪－阿爾托明斯特鐵路 達豪－阿爾托明斯特 |
47.7公里 | 快鐵專用線 | 單線 |
 西線 |
慕尼黑－奧格斯堡鐵路 帕辛－馬門多夫 |
31.0公里 | 區域、長途及貨物運輸。這是德國最繁忙的路線之一，因此也是首個擁有四線行車的快鐵路線 | 快鐵專用軌道（兩條至邁薩赫，自那裡起一條至馬門多夫） |
 西線 |
阿爾高鐵路 帕辛－格爾滕多夫 |
42.1公里 | 各種兩小時1班的區域服務、兩小時1班前往蘇黎世的歐城列車、奧格斯堡至慕尼黑的改道長途運輸 | 34.7公里為混合操作的複線，快鐵至格爾滕多夫為電氣化 |
| 西線 |
帕辛－黑爾興鐵路 帕辛－黑爾興 |
38.3公里 | 快鐵專用線 | 複線至韋斯靈，之後為單線 |
 西線 |
慕尼黑－加米施-帕滕基興鐵路 帕辛－圖青 |
39.6公里 | 前往加米施-帕滕基興（因斯布魯克）的區域運輸及個別長途列車 | 兩條快鐵專用軌道至高廷，之後為混合操作的複線 |
 西線 |
伊薩爾河谷鐵路 索爾恩－沃爾夫拉茨豪森 |
31.3公里 | 快鐵運輸及貨運（零星） | 複線至赫爾里格爾斯克羅伊特，之後為單線 |
| 東線 |
慕尼黑東－慕尼黑機場鐵路 東站－機場 |
33.1公里 | 北環鐵路在達格爾芬至約翰內斯基興間的貨運 | 不間斷複線，部分為帶貨運的混合操作 |
| 東線 |
慕尼黑－米爾多夫鐵路及馬克特施瓦本－埃爾丁鐵路 東站－馬克特施瓦本－埃爾丁 |
34.7公里 | 往米爾多夫及弗賴拉辛方向至馬克特施瓦本有貨物及區域運輸，之後為快鐵專用線 | 混合操作的複線至馬克特施瓦本，之後單線至埃爾丁 |
| 東線 |
慕尼黑東－代森霍芬鐵路及慕尼黑－霍爾茨基興鐵路 東站－吉辛－代森霍芬－霍爾茨基興 |
31.2公里 | 快鐵專用線至代森霍芬，代森霍芬至霍爾茨基興間還運轉有巴伐利亞高地鐵路列車 | 複線 |
| 東線 |
慕尼黑－羅森海姆鐵路及格拉芬－瓦瑟堡鐵路 東站－格拉芬－埃伯斯貝格 |
31.0公里 | 區域運輸往羅森海姆及瓦瑟堡、長途運輸往薩爾茨堡，以及貨運 | 四線至格拉芬（快鐵獨立操作），之後為混合操作的單線 |
| 東線 |
慕尼黑東－代森霍芬鐵路及吉辛－十字街鐵路 東站－吉辛－十字街 |
30.1公里 | 快鐵專用線 | 吉辛至十字街間為單線，其餘複線 |
 |
森德靈髮夾線（8.8公里）及慕尼黑－霍爾茨基興鐵路 帕辛－中森德靈－赫爾里格爾斯克羅伊特 |
20.5公里 | 部分經由慕尼黑萊姆編組站到發的貨運線運轉，中森德靈至索爾恩間有巴伐利亞高地鐵路開行的區域運輸列車 | 單線至中森德靈，之後為混合操作的複線 |
德國鐵路網絡中的31座地下車站有8座位於慕尼黑快鐵區域內。[14]其中的五座設於火車總站至東站間的主線範圍內，另外三座設於S8機場線上。
在1972年的初始狀態下，外圍區域不設站點，主線隧道沿線僅少數幾座車站設有無障礙設施。在大多數情況下，月台高度僅為76厘米（列車的乘降高度為96厘米）且不提供升降機。但自1990年代末以來，慕尼黑快鐵車站逐漸進行無障礙改造。最初，這主要是在路線升級的背景下完成，因為這通常意味著車站將被拆除並重建，因此諸如通往格拉芬站（1999年）、代森霍芬（2004年）和達豪（2005年）的多線改造路段上皆是如此。與此同時，尚未改造的外圍路段沿線中也有個別車站開始進行翻新。除了加裝升降機和將月台高度增至96厘米外，還有大量的其它工程也在展開，慕尼黑快鐵車站的外觀正迅速從1970年代初的過時標準轉變為明顯更具現代化的風格。其中包括全新的半透明月台頂棚和全新的月台設施（長凳、信息展示櫃等）。只有少數幾座車站仍然大部分處於1972年的初始狀態。
2017年，巴伐利亞最高審計法院批評慕尼黑快鐵範圍內的無障礙環境總是設於月台邊緣的末端。這對於行動不便的人而言，從車站至軌道車輛的之間的距離太大了。為了在2023年全面實現無障礙環境的目標，應密切協調軌道車輛等的結構性措施和技術解決方案。[15]
作為一種特色，慕尼黑快鐵保有一些已廢棄、全地上但未拆除的車站。值得一提的是前奧林匹克體育場快鐵站，它於1972年因應奧運會而啟用，並在1972年夏季奧運會舉行期間迎來了巨大的客流量。之後，在足球比賽日或奧林匹克體育場舉辦大型活動時，特別增開的路線仍會停靠該站；但其後已顯多餘，並最終於1988年關閉。車站在很大程度上仍處於初始狀態並迅速荒廢。由於路線被地鐵3號線擴建時開挖的基坑破壞，它已多年無法與路網其餘部分的軌道相連。車站沒有重新啟用的計劃，因為該地區已辟有通往奧林匹克購物中心的慕尼黑地鐵路線延長線。在從火車總站至慕尼黑機場的磁懸浮項目告吹後，這條路線將直接穿越前快鐵站，而慕尼黑市政府將以徵地的鋪平道路，計劃在慕尼黑北部的這條路線上設立自行車及行人專用道。[16]
西南城郊的弗賴哈姆在S5線（今S8線）設有獨立的快鐵站直至1975年5月底之前，由於日均僅有約70名旅客乘降，因此該站被關閉。其車站大樓自那時起僅被用作信號樓。而月台則在1980年代中期的快鐵複線改造過程中被拆除。作為當代重要的重建規劃，該市分區自2013年起通過一座全新的、位於弗賴哈姆區中心的新弗賴哈姆站與現有的S8線相連。[17]
在外圍區域值得一提的還有米爾塔爾車站，它位於施塔恩貝格北部。在新的快鐵站施塔恩貝格北站於2001年6月10日建成通車後，客流量極低的米爾塔爾站便於2004年12月的運轉圖調整中關閉。由於該站罕見地遠離森林中部的任何一個居民點，並且被視為「流浪車站（Wandererbahnhof）」，因此其閉站相對容易執行。該站也是懸疑劇集《德里克》首集「德里克：森林徑」的核心拍攝場地，該劇於1974年10月20日首播。
在伊薩爾河谷鄉鎮普拉赫的大黑瑟洛厄社區，設有一座位於跨伊薩爾河橋梁前的已廢棄車站。大黑瑟洛厄車站為往來於代森霍芬至慕尼黑-索爾恩間、經由快鐵S12、S22線（對應S20和S27線）運轉的路線提供服務。其車站大樓至今仍然保留。
慕尼黑周邊地區於19和20世紀之交興起了大量的市郊鐵路。在既有的鐵路線上，慕尼黑西部於1896年和慕尼黑東部於1897年建立了許多新的乘降所，以便將慕尼黑市郊更好的與城區相連結。[20]皇家巴伐利亞國家鐵路於1895年5月1日推出了每公里2芬妮的市郊資費。[21]在接下來的幾年中，市郊鐵路的交通量急劇上升，特別是在周末的郊遊運輸中，有一個密集的間隔秩序。這些列車主要由三等車廂組成，平均運轉速度為25公里/小時。[22]既有市郊鐵路網絡中共13條分支路線的缺點是，其中七條路線是在慕尼黑火車總站及其翼站到發，其餘五條在慕尼黑東站到發，另有一條經由伊薩爾河谷鐵路運轉的則是在原慕尼黑伊薩爾河谷車站到發。車站不提供市郊鐵路的接續轉乘，因此乘客通常不得不使用擁擠的有軌電車。[23]
1900年，時任地方鐵路公司負責人的特奧多爾·萊希納發表了一份研究，提議興建一條連接火車總站至東站的4公里連接線。除此之外，地方鐵路公司還經營著從慕尼黑伊薩爾河谷車站通往沃爾夫拉茨豪森的路線。在這項建議中，路線的走向自西往東應從如今的總站－東站連接線上通過，並且要建立伊薩爾河谷車站－下弗靈的連接，這個連接應在煤島，即如今的博物館島交匯。研究同時也提及了採用隧道或高架鐵路的可能性。[24]
1911年9月，皇家巴伐利亞運輸事務部出台了一份備忘錄，其中自西往東興建連接線的設想仍在繼續。連接線應通過地下引導以保護居民，因此只能在慕尼黑地鐵網絡的項目啟動後才能展開規劃和落實。對於市郊列車，則應在長途路線旁以獨立的複線運轉。[25]由於在接下來的幾年間實現長途鐵路的四線擴建被認為太過昂貴，該設想始終未能落實。[26]
1928年，約瑟夫·蘭克在一項名為「轉移交通中心」的研究中再度帶出了一份備忘錄。他主張將當時的火車總站向帕辛方向遷移，地點大致在如今的多納斯貝格橋，並通過地下路線連接總站和東站。地下路線將允許長途運輸連接直接穿過慕尼黑市區而無需繁瑣的換向操作。[27]然而，隨著1929年爆發的大蕭條，該計劃的實施被無限期擱置。[28]
在阿道夫·希特勒下令重建慕尼黑的鐵路設施後，德意志國鐵路自1937年起開始落實在如今的弗里登海默橋附近建造一座新的火車總站，並通過慕尼黑市的一條地下鐵路與市中心相連。[29]當局於1937年10月決定將地下鐵路與市郊鐵路打通，這便是德意志國鐵路重新採取這一計劃的原因。為了使來自帕辛方向的市郊鐵路與慕尼黑東部相連，將建設一條東西向連接隧道。隧道的走向與如今的主線大致相同，但穿越伊薩爾河應使用橋梁而非隧道。伊薩爾門廣場站也應建在地面上。卡爾廣場則應與一條南北向隧道相連，這是為了接發來自霍爾茨基興、沃爾夫拉茨豪森、高廷、加興和伊斯馬寧等方向的市郊列車。隧道應從施瓦賓貨運站引出，在那裡可與慕尼黑北環鐵路相連，並至哈拉斯與慕尼黑－霍爾茨基興鐵路相接。根據柏林的模板構建的環線會將兩條隧道路線結合在一起。在南部，環線將沿南環鐵路的走向運轉，在北部則應按北環鐵路的走向運轉。[30]在時任德意志國鐵路總經理尤里烏斯·多普穆勒的公開講話中，該計劃被稱為「S-Bahn」。快鐵將在城市附近的範圍內接收60座車站，為此將提供103公里的新建路線。這些新建路線是必要的，因為長途鐵路旁的每條快鐵路線都應有自己的行車軌道。此外，擴建網絡的路線必須通電，不同於漢堡和柏林，慕尼黑與長途鐵路使用相同的供電制式。快鐵列車在市郊地區應以20分鐘一班的間隔運轉，它也被稱為「緊密網絡（Enges Netz）」，而在尖峰時段，則規劃為10分鐘間隔。快鐵路線的延伸部分提供了所謂的「擴大網絡（Erweiterte Netz）」，為此，進一步遠離慕尼黑的市郊都應建立間隔為一小時的連接。[31]
在建設的第一階段，往因戈爾施塔特的鐵路至達豪間、往米爾多夫的鐵路至里姆間、往伊斯馬寧的鐵路至達格爾芬間、往奧格斯堡的鐵路至邁薩赫間，以及從弗萊曼至下弗靈間，都應進行四線擴建。複線則計劃在往黑爾興的鐵路、往十字街的鐵路至赫恩基興-錫格茨布倫，以及往代森霍芬的鐵路中改造。[32]第二階段的擴建，將在第一階段完成並開通快鐵路線後進行，其規劃包括有對通往林道的鐵路至菲斯滕費爾德布魯克間，以及通往伊斯馬寧的鐵路全線進行四線改造。
為了找到兩條快鐵隧道路線的最佳施工方法，德意志國鐵路安排建造了試驗路段。這是規劃中南北隧道路線的一部分，在林德蟲街伸展的長度為750米。除隧道路線外，還將建造歌德廣場快鐵站。德意志國鐵路在南北隧道路線上選擇了一個建築地段，以免妨礙通往新火車總站的通道建設。隨著東西路線開建，有多條道路必須封閉。1941年7月，因受到第二次世界大戰的影響。建設工程被迫停止，此時隧道已完成了580米長的部分。在二戰期間，這條隧道作為防空洞向居民開放。[33]
然而在第二次世界大戰後，慕尼黑快鐵網絡的所有工程和規劃都被擱置。隨著戰爭結束，隧道的已建成部分被當地居民用作蘑菇種植區，並自1971年起作為地鐵6號線的一部分擔當其如今的用途。
慕尼黑於1957年成為百萬級都市，即便在慕尼黑周邊地區，其人口也在不斷增加。[34]十年後，慕尼黑周邊的人口也超過了百萬大關。因此在二戰後，日均約有24000人次的通勤者搭乘慕尼黑市郊列車。1950年，這個數字翻了一番，至1961年的市郊列車日均客流量則達到114300人次。[35]然而，慕尼黑周邊仍有大多數通勤者使用汽車進入慕尼黑市。事實證明，市郊列車的便捷性欠佳，並且缺乏固定的鐘面系統。結果，慕尼黑成為德國機動車保有量最多的城市之一。[36]為了避免潛在的交通混亂威脅，當局於1954年重新提出了引入公共運輸工具規劃。[37]最重要的是，德國聯邦鐵路注意到了從東部至火車總站興建內城隧道的優勢，它可將西部和東部的市郊鐵路聯結起來，從而縮短旅行時間。慕尼黑市政府和德國聯邦鐵路隨後於1959年成立了一個調查委員會，以確定合適的資費體系和恰當的公共運輸工具。[38]同年，德國聯邦鐵路宣布它們計劃修建一條連接線（Verbindungsbahn，简称“V线”），並將按照原德意志國鐵路規劃的從東至火車總站的走向實施。隧道的長度應為4.2公里，並應與慕尼黑周邊總長約380公里的鐵路網絡相連。整個鐵路網絡共計規劃有134座車站。[39]此前於1955年11月1日，德國聯邦鐵路還在專家意見的幫助下避免了在所規劃連接線上建造一條淺層地下鐵道。[40]調查委員會也於1963年得出結論，所規劃的連接路線段應移交德國聯邦鐵路，而地鐵的南北向隧道也應在瑪利亞廣場與這條連接線相連。1963年7月10日，市議會通過決議建造連接線，並於1964年1月29日批准建造後續而來的地鐵。[39]
1956年，德國聯邦鐵路接管了1941年的快鐵規劃，包括東西向隧道和主要的外圍路線，擴大的變量規劃則被放棄。關於項目融資的初步審議表明，德國聯邦鐵路無法為整條主線提供資金。因此它們提出了由承運企業提供的混合融資方案，其中聯邦政府、巴伐利亞州和慕尼黑市都應參與其中。同年12月，德國聯邦鐵路與聯邦政府、巴伐利亞州和慕尼黑市進行了初步磋商。[41]1961年，巴伐利亞州和慕尼黑市同意與德國聯邦鐵路共同融資。聯邦政府則設立了一個專家委員會，負責審查慕尼黑地區的情況。委員會的工作於1964年10月完成，因此聯邦政府也注意到了通過承運企業進行混合融資的優勢。根據委員會的審查結果，它還應為地鐵的南北向隧道路線提供資金。為了不拖延地鐵建設的進度，慕尼黑市和巴伐利亞州於1965年2月1日成立了承運企業，名為慕尼黑隧道公司（Münchner Tunnelgesellschaft，简称MTG）。德國聯邦鐵路和聯邦政府暫未加入，因為快鐵主線的建設尚未確定。1965年6月，聯邦內閣宣布，由於與日俱增的必要性，以及消除了政府的反對意見後，將於1965年7月9日舉行關於快鐵網絡的融資談判。隨著談判取得成效，快鐵網絡的建設於1965年7月21日獲批。[42][43]同年9月16日，快鐵網絡的第一階段建設得到了所謂聯盟協議的保障。通過該聯盟協議，確保了德國聯邦鐵路和聯邦政府入股慕尼黑隧道公司。協議還決定為快鐵網絡的第一階段建設提供資金。第一階段包括建設從火車東站至帕辛的連接線、將市郊鐵路引入連接線，以及對既有市郊鐵路進行擴建和電氣化改造。為了實現第一階段建設，共計斥資約4.9億德國馬克。所需資金的三分之二應由聯邦政府提供，剩餘三分之一來自巴伐利亞州。在巴伐利亞州的三分之一預算中，有3100萬來自慕尼黑市以及4000萬來自德國聯邦鐵路。購置所需的車輛由德國聯邦鐵路負責，它還將負責拆除市郊鐵路線上的平交道口。[41][44]
根據德國聯邦鐵路在1963年的規劃，所有快鐵路線都應以小時間隔作為基本的發車頻率。尖峰時段則規劃為20分鐘間隔，因有更高的交通流量。1972年，德國聯邦鐵路的實際運轉間隔為20分鐘和40分鐘，因為它們在1963年對交通流量的估算錯誤。然而，由於缺乏車輛——所訂購的120列動車組至1972年僅交付了101列，因此快鐵在運轉初期未能遵循至城市近郊的20分鐘間隔和至終點站的40分鐘間隔。缺少的動車組由機輛模式替代，但它們無法滿足動車組的短行程時間。在車站的所需停留時間約為20至30秒。[46]
擴建的第一階段是要將西部的七條路線分支與東部的五條路線分支連接起來。然而，隨著國際奧林匹克委員會於1966年4月26日在羅馬決定並宣布由慕尼黑主辦1972年夏季奧運會，該項目必須提速，為此經由索爾恩往沃爾夫拉茨豪森和代森霍芬方向的市郊鐵路暫時被推遲引入。[47]在路線編號分配中，西部的路線分支從弗賴辛開始採用逆時針的順序編號。一個例外是通往沃爾夫拉茨豪森的快鐵路線，它獲得了S10線的編號，因為列車是至火車總站的霍爾茨基興翼站終到。西部的六條路線分支通過主線鐵路與東部的五條路線分支聯結在一起。值得注意的是，路線在西部和東部不會經由一條容易延誤的路線上運轉，例如一些複線鐵路，那裡不僅有快鐵列車，還有許多區域和長途列車行駛。一個例外是快鐵S4線，它是經由阿爾高鐵路和通往羅森海姆的鐵路運轉。[48]
在快鐵網絡於1972年建成通車以前，德國聯邦鐵路實施了以下建設工程：
- 將連接線新建為主線鐵路，此外，主線的地上區域必須重建並配備新的、儘可能符合殘疾人使用需求的月台。隨著主線的開建，慕尼黑東站和慕尼黑-帕辛車站也進行了改造，以構建快鐵專用月台。從長途鐵路軌道抽出的快鐵軌道應儘可能同等水平伸展，以避免建造工期冗長的交流道橋結構。來自代森霍芬和十字街的快鐵路線通過一條350米長的交流道橋與火車東站的快鐵月台相連。
- 此外，在快鐵共計136座車站中，有115座車站的月台都被調整為76厘米高和210米長。如今S2線的奧滕霍芬至埃爾丁區間是一個例外，其長度只有140米，因此快鐵路線僅可使用標準編組列車營運。同樣在S7線的赫恩基興-錫格茨布倫至十字街區間也只能以標準編組列車營運。[49]39座車站新建了月台人行地下道以避免平交道口。而城市附近區域的另外64座車站則新建了月台頂棚。[50]
- 新設五座車站，分別為上施萊斯海姆、萊恩費爾斯街、新吉爾興、聖馬丁街和雉雞公園。
- 在西部的帕辛設立一個快鐵列車存車場，在施泰因豪森設立一個車輛段。[51]
- 143公里的鐵路網絡通電，支線轉化為幹線。除主線鐵路外，德國聯邦鐵路還在一定範圍內新建快鐵專用線，如帕辛－洛赫豪森和東站－萊姆畔山區間。快鐵建造過程中唯一的複線改造路段是洛伊希滕貝格環路－伊斯馬寧區間。[51]
- 在多納斯貝格橋建立一個中央操作控制系統，以控制整個快鐵運作。[51]
- 多個鐵路平交道口被跨越式或下穿式通道所取代。車站建造新的停車場，並引入「停車轉乘」服務。最後是快鐵站的舊車站大樓進行現代化改造或拆除。[51]
- 德國聯邦鐵路為快鐵營運訂購120輛新式420型動車組。[51]
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在聯邦政府、巴伐利亞州、慕尼黑市和德國聯邦鐵路於1965年簽署了慕尼黑快鐵和主線的建造協議後，慕尼黑又在翌年4月26日獲得了1972年夏季奧運會的主辦權，這使得建造工程承受了巨大的時間壓力。四公里長的主線隧道必須服務於慕尼黑奧運會，所以要在六年內建成通車。其中，路線在火車總站至卡爾廣場之間長476米，在卡爾廣場至瑪利亞廣場間的長度為748米。瑪利亞廣場至伊薩爾門間的路段有735米長。伊薩爾門至羅森海姆廣場之間的距離為939米，而羅森海姆至火車東站之間的距離則為1056米。路線的最大斜度為32‰，這是在主線隧道至東站之間的坡道上產生。主線隧道的最小半徑為300米，僅有的例外是一條最小半徑為280米的彎道。除了穿越伊薩爾河外，這條路線都沿街道的下方伸展，因此沒有建築物必須下穿隧道，其最高行車速度為80公里/小時。
1966年6月15日，當慕尼黑快鐵工程在施塔恩貝格車站對面的阿爾努夫街開建之際，主線隧道也打下了首個基樁。至此，德國聯邦鐵路於1963年制定的規劃已經完成。在施工期間，每個月都有約200萬馬克的撥款用於隧道建設。主線鐵路分為八個路段建設。共進行了200次至地下50米深的鑽孔，它們各相隔25米。此外在施工期間，地下水位必須通過330個地下水標進行監控。[52]哈克橋至卡爾廣場和東站至羅森海姆廣場區間採取開放式結構建造，帶有托梁和隔牆。在伊薩爾河以及7號標段的一些建築則是藉助盾構下穿，因此不需要基坑。由於慕尼黑的地下水位相對較高，因此伊薩爾門至卡爾廣場之間的其餘部分都必須以封閉的結構建造，以防止地下水侵入。[53][54]卡爾廣場與瑪利亞廣場的快鐵站與慕尼黑市的同名地鐵站共同建造。在穿越伊薩爾河之前和之後，各安裝了一扇重25噸的防洪門，以預防洪水蔓延至主線的其它部分和首條地鐵主線。隧道車站分別採用五種不同的配色方案，以便更易辨識。其月台高度為95厘米，可以無障礙乘降快鐵列車。
1971年2月25日，主線鐵路的封頂儀式在隧道內舉行。經過數次試運轉後，隧道於1972年4月28日正式通車。就在同一天，全新的420型動車組引入了從火車總站至火車東站之間的通勤服務。自1972年5月1日起，通勤列車得以通往哈克橋。1972年5月28日，路線正式被納入整個快鐵網絡的常規營運。[55]
早在1972年，經由主線運轉的快鐵列車便已搭載了帶有機車信號的線性列車控制系統（LZB）。但由於可用性較低和其它因素，該系統於1983年停用。至2004年，主線安裝了經過改進的LZB技術，從而將路線的通過能力提高至每個方向每小時24至30班列車。[56]據德國鐵路稱，這使它成為了歐洲最繁忙的鐵路線。
1972年5月，首列由420型動車組擔當的快鐵列車帕辛－高廷路段運轉。早自1971年7月9日起，那裡便已使用推挽式列車先期開辦圖定運轉。1972年4月28日，快鐵主線（火車總站－瑪利亞廣場－東站）開通試營運。至1972年5月28日，慕尼黑快鐵終於正式投入營運，擁有逾360公里的軌道和101列採用德國聯邦鐵路當時流行的藍綠+卵石灰塗裝的420型動車組。這是德國快鐵網絡首次在特定日期中如此大規模的投入營運。通車前的客運量預測為每日24萬人次，而一年後的日均運量卻已達到40萬人次。[57]最初，由於車輛供應不足，僅可提供40分鐘一班的頻率，然後再逐段壓縮至20分鐘間隔。[58]
1972年的首發僅三個月後，時任德國聯邦總統的古斯塔夫·海涅曼便在慕尼黑宣布1972年夏季奧運會開幕。在奧運會期間，除了既有的快鐵路線外，還開辦了兩條特別快鐵線，即所謂的「奧運線」，經由已於1988年廢棄的北環鐵路和如今已失修的奧林匹克體育場站運轉。全新的慕尼黑快鐵系統於奧運會期間證明了其價值，在17天的7138次運轉中共運送了318萬人次的乘客往返於各體育場館。在此後的許多年裡，這條特殊路線仍然在奧林匹克體育場舉行重要足球賽事或其它大型活動時臨時開行。
1972年12月1日，在快鐵的需求量意外激增而導致公眾批評一等座的利用率經常不足之後，一等車廂通過取消相應的附加費方案而被暫停。至1983年5月29日的運轉圖調整時，它被正式廢除。[59]
通往沃爾夫拉茨豪森的路線，即如今的S7線，在當時的慕尼黑快鐵網絡中是作為S10線開通，但仍然使用老式的n型車廂推挽式列車在火車總站的霍爾茨基興翼站到發。通過使用機輛模式，其所需的行程時間較長，因此往沃爾夫拉茨豪森和代森霍芬方向的快鐵路線只能維持30分鐘或60分鐘一班的頻率。由於南環鐵路至快鐵主線間未設聯絡線，快鐵列車要在霍爾茨基興翼站到發，從而產生了更長的轉乘時間。
在最初擱置了接入南環至主線的聯繫後，德國聯邦鐵路自1972年起重新展開調研，以確定南部路線如何與主線相接。調研的結果表明，多納斯貝格橋站的附近區域是適合接納額外路線並能夠轉乘至其它路線的唯一路段。在快鐵開始營運後，南部路線的接入建設再度受到質疑，因為其它西部路線更迫切需要列車運轉路線。[60]於是一項替代方案應運而生，它將南環連接至多納斯貝格橋站，這其中運轉的快鐵應在施塔恩貝格翼站終到。另一項替代方案則是在多納斯貝格橋的南側另建一座站點。[61]德國聯邦鐵路於1976年決定落實由多納斯貝格橋站接入主線，從而使快鐵列車可以經由主線繼續行駛或通達火車總站的施塔恩貝格翼站。[51]
為了從軌道設施的南側到達主線鐵路，必須建造一座下穿十條長途軌道的南線隧道。在多納斯貝格橋，則應新建另一座月台以滿足直接轉乘。為了引入通往火車總站施塔恩貝格翼站的軌道，還必須在哈克橋和多納斯貝格橋之間建造一座立體交叉道。通往沃爾夫拉茨豪森的南部路線的另一項措施，是決定將伊薩爾河谷鐵路從索爾恩至大黑瑟洛厄伊薩爾河谷車站間的聯絡曲線進行複線改造。快鐵範圍內的所有月台都必須適應快鐵運轉。由於快鐵列車的電流消耗較大，因此要在沃爾夫拉茨豪森建造一座變電站，並與通往濱湖科赫爾的牽引電流線相連。1976年6月28日，慕尼黑隧道公司正式批准引入南部路線。[62]
項目獲批後，南線隧道的施工工程隨即啟動。隧道為複線行車，長260米。一條85米長的坡道由樁式護土牆和板樁牆組成，將隧道與南環連接起來。一條35米長的開放式路槽以及兩條各長110米和120米的單線坡道則分別連接隧道和多納斯貝格橋。隧道以蓋式結構建造，以儘量避免對長途軌道交通的影響。[63]在隧道施工期間，蓋頂和鑽孔樁分為十個部分打入隧道，以儘可能縮短個別長途軌道的封閉時間。施工階段所需的材料是通過坑道進入各施工部分。[64]1.7米深的鑽孔樁之間的空隙是以噴漿混凝土填滿。隧道、路槽建築和部分坡道合共設有260米長的地下水槽，因為地下水位僅6米深。[65]
作為進一步的建設工程，多納斯貝格橋和哈克橋之間將創立一座立體交叉道。這座建築是必要的，以便將在多納斯貝格橋仍然分離的S7線軌道併入主線。此外，該建築也用於將主線軌道引入施塔恩貝格翼站。由於多納斯貝格橋至哈克橋間的空間有限，該建築被設計為路槽和橋梁結構。因此其長度可以被縮短至180米。上層軌道位於下層軌道上方4.5米處，前者通往施塔恩貝格翼站，最大坡度可達40‰；後者通向主線，最大坡度為32‰。[66]這座建築於1978年春季落成。[67]在為快鐵運轉而準備的鐵路線以及南線隧道完工後，1981年5月31日，新設立的兩條快鐵路線：沃爾夫拉茨豪森－火車東站（S7線）和代森霍芬－火車總站（S27線）投入營運。先前使用的推挽式列車也被420型動車組所取代。[68]
快鐵網絡於1972年初通車後，慕尼黑快鐵的日均客流量為15萬至16萬人次。在快鐵網絡開通前的預計中，日均客流量為24萬人次，但至同年年底則已經超過25萬。[69]然而，個別外部路線仍然必須使用推挽式列車營運，因為所訂購的120列動車組僅交付了101列。即便至1973年初，當全部120列動車組都已完成交付，其數量依舊不夠。這是因為運輸流量被嚴重低估了，特別是在尖峰時段，還需要借用已運轉於其它外部路線的動車組來進行加密頻率。1976年秋天，再有6列車組投入慕尼黑使用，使得原本使用n型推挽式列車運轉的的S1線東部分支（高布倫－十字街）也可以改用快鐵動車組運轉。此外，從火車東站至伊斯馬寧的S3線東部分支也可以使用動車組，以往這條路線是以公車運轉的。在慕尼黑快鐵於1975年接收第二批次的動車組後，S2線的東部分支從代森霍芬延長至霍爾茨基興，而S22線也可以使用420型動車組。然而，這些車輛是在引入南部路線後於S7線上使用，因而此時更名為S27線的S22線再次使用推挽式列車運轉。直至1983年，S27線才重新使用快鐵動車組，因為此時已有187列動車組投入使用。[70]
在接下來的幾年中，直至1970年代末，工作日的日均客流量翻了一番，達到43萬人次。[71]至1987年，則每天有63.9萬乘客在工作日搭乘慕尼黑快鐵。這主要是由於慕尼黑周邊地區的人口增加，其中受增長影響最大的是那些可直接與快鐵相連的市鎮。[72]客運量在未來幾個月持續增加。結果，列車在尖峰時段經常人滿為患，因此出現了要求改善服務質量的聲音。此外，大多數外圍路線的40分鐘間隔被視為無法令人滿意的。在隨後的幾年裡，能夠通過使用更長的單組列車或重聯列車來彌補這種情況。1974年，慕尼黑快鐵的動車組數量從126列增加到138列，因此在交通流量最高的路線上可以確保20分鐘間隔。隨著路線的進一步擴展，1980年代的工作日能夠實現全天20分鐘間隔。自1996年以來，城市附近區域的整個網絡都可達到日常20分鐘間隔。[73]
第一階段建設受到了1972年奧運會的時間限制。由於時間壓力巨大，並非所有的路線都能配備10或20分鐘的發車間隔。第二階段擴建變得必要，主要是因為交通流量的激增。在1973年和1974年，德國聯邦鐵路制定了以下兩項基建工程規劃：在洛赫豪森至納恩霍芬（今馬門多夫）鐵路線以及慕尼黑東站至格拉芬鐵路線上應建造專用的快鐵軌道，以免妨礙相應路線上的長途或區域運輸。由於在新佩拉赫南部的艾斯汀以及下施萊斯海姆開發了新的居民區，將分別新設下施萊斯海姆站（1977年）、新佩拉赫南站（1977年）和艾斯汀站（1980年）等三座停站點。通往黑爾興的鐵路則應在弗賴哈姆至韋斯靈區間進行複線改造。規劃還提出應繼續改善牽引供電，以允許使用更多和更長的快鐵列車；應擴建施泰因豪森車輛段，以安置和存放更多的動車組列車。多納斯貝格橋的運轉控制中心也應擴建。此外，將在一些重要的車站建造更多的停車轉乘車位。[74]
甚至，從萊姆 (慕尼黑)至達豪（今S2線）和上施萊斯海姆（今S1線）應建造專用的快鐵軌道；而吉辛至赫恩基興-錫格茨布倫（今S7線）以及韋斯靈至黑爾興（今S8線）也規劃了複線改造，這將允許在這些路線上實現10分鐘的發車間隔。然而，這些基建工程規劃被一再推遲。第二階段建設的發展資金於1971年1月1日確定，估算有8.3億德國馬克，其中的六成來自聯邦政府。
自快鐵網絡通車以來，在S3線的帕辛至洛赫豪森區間便一直有獨立的快鐵軌道。由於通往奧格斯堡的長途鐵路和通往納恩霍芬的快鐵運輸量越來越大，因此必須在洛赫豪森至納恩霍芬之間建造獨立的軌道。由此，在洛赫豪森至邁薩赫間，班次可以提高至20/40分鐘一班。至納恩霍芬的頻率則計劃為40/80分鐘一班，因為快鐵專用路線段已能滿足低密度行車。路線分為三個階段施工。洛赫豪森至奧爾興之間的第一階段是經過五年的建設後於1976年12月通車。[75]接下來是奧爾興至邁薩赫間的第二階段建設，然而由於徵地困難，工程一再延期。在施工期間，邁薩赫和奧爾興的車站都得到重建。[76]這段快鐵軌道至1980年5月28日投入營運。[77]從邁薩赫至納恩霍芬的第三階段單線工程則是在1985年動工三年後，於1988年5月完工，它主要是受到納恩霍芬站房的重建措施而推遲通車。[78]
在S4線的萊姆畔山至特魯德靈區間設有獨立的軌道。它最初是與貨運列車共用，直至1973年才建造了一條獨立的貨運軌道。[79]由於往羅森海姆方向的長途列車行車密集，因此快鐵自特魯德靈起原本只能提供40或60分鐘的發車頻率。乘客數量的不斷增加使這條路線成為最繁忙的東部分支，從而必須將發車間隔壓縮至20分鐘一班。然而，這必須通過建造快鐵專用軌道來實現。1973年，德國聯邦鐵路又決定建造另外兩段快鐵專用軌道，然後將這條路線分為三個階段建設。1974年，從特魯德靈至哈爾的第一階段工程開建。這一路段於1979年11月3日通車。從哈爾至措爾訥丁的下一階段快鐵專用軌道建設因徵地問題而延期，為此它直至1988年冬季的運轉圖調整中才投入營運。在施工期間，一些客流量大的車站還新建了額外的停車轉乘車位。[80][81]由於路線走向的實施困難更大，從措爾訥丁至格拉芬的最後一期工程直至1999年才通車。這些快鐵軌道的建設成本高達1.14億德國馬克。[82]
在第二階段建設的背景下，S5線往黑爾興（今S8線）的西部分支也必須進行擴建。從帕辛至弗賴哈姆的路段由於當時已有很高的交通流量，自1913年起便已完成了複線改造。[83]自1972年以來，通往黑爾興的整條路線上都提供了20分鐘一班的發車頻率。然而在尖峰時段，20分鐘間隔是不足夠的，於是偶爾也提供10分鐘一班的發車頻率。儘管如此，加班列車仍然無法圖定運轉，因為沒有足夠的車站用於列車交會。為了在整條路線上實現10分鐘的發車頻率，路線應在第二階段建設中進行複線改造。複線改造的所需資金於1980年得到落實，工程得以在一年後開建，經過三年的工期，至下普法芬霍芬-蓋默靈的第二條軌道於1984年投入營運。1985年，吉爾興-阿格斯里德至韋斯靈間的第二條軌道完工。至1986年，通往韋斯靈的整條路線都可複線同行。至黑爾興的最後一段則仍然是單線，但在席費爾德-黑申多夫可進行會車。在施工期間，各車站都新建了停車轉乘車位和其它設施。改造完成後，尖峰時段至蓋默靈-下普法芬霍芬或韋斯靈都可提供10分鐘一班的發車頻率。[84]
第二階段擴建的另一部分是改造洛伊希滕貝格環路周邊的軌道設施。在通往馬克特施瓦本的方向上，創建了至萊姆畔山的快鐵專用軌道。此外，還為施泰因豪森車輛段創建了一條獨立的複線停車線。隨著這項工作的完成，整個快鐵網絡基本上都可持續提供20分鐘一班的發車頻率。[85][86]
作為擴建項目的一部分，至1996年，在90座快鐵車站建造了14600個停車轉乘車位。[87]由于越來越多的乘客騎車前往車站，還必須新建自行車停車位。1996年，整個快鐵網絡共計提供27000個停車位，而騎車人數在1990年代中期增加了400%。[88]
1992年3月17日，通往伊斯馬寧的快鐵路線延長至新落成的慕尼黑機場，並以新建的地下車站取代了原盡頭站伊斯馬寧站。自那時起，S8線便在這條鐵路上運轉。[89]
六年後，即1998年11月29日，S1線的西部分支也可以從諾伊法恩延伸至機場。
A線鐵路也於1995年完成現代化改造。路線進行了翻新，以滿足圖定的1小時發車間隔。[90]從1994年至2014年，路線是使用628型柴油動車組替代了n型車廂。自2014年12月起，路線改為電氣化鐵路，繼而使用420型或423型電力動車組。
由於在尖峰時段非常繁忙，快鐵列車必須進一步壓縮發車間隔。在高峰運輸中，20分鐘的間隔可以通過增開班次壓縮，但它無法在所有路線上或圖定的鐘面時刻中運轉。此外，由於主線隧道的容量瓶頸，無法增開更多的進出列車，這意味著在慕尼黑-帕辛車站和慕尼黑東站將有更多的轉乘。[91]為了改善這種狀況，巴州運輸事務部於1991年委託慕尼黑聯邦鐵路局（Bundesbahndirektion München），在西部和東部分支實現10分鐘一班的發車間隔。為此，必須在某些路線上改造或新建獨立的快鐵軌道。[92]
S2線從吉辛至代森霍芬（即今S3線）的東部分支容量，在尖峰時段已經飽和。因此只有通過複線改造才能實現10分鐘間隔。從東站至吉辛區間由於是與如今S7線共用的路段而已然為複線鐵路。其餘區間則斥資9000萬馬克於1995年動工改造。在施工期間，沿線各快鐵車站均建造了停車轉乘車位，並配備有無障礙設施。其中代森霍芬車站的無障礙設施擴建還迫使其它的建設工程延長，因為所有的軌道都必須重新配置。[93]至2004年，建設工程得以完成。
S2線的西部分支在尖峰時段也超負荷。進一步的壓縮鐘面頻率是不可能的，因為該路線是與長途和區域列車共用。在1992年，萊姆和上門欽之間每天約有33500名旅客搭乘快鐵，進而往達豪的則有約19000人次。為了提供更多的客座量，規劃在尖峰時段實現10分鐘間隔。在達豪至萊姆區間，應在長途軌道旁建造一條快鐵專用的複線軌道。這條複線軌道於1996年動工興建。達豪車站的大規模重建工程推遲了建設工作，一些站房建築也因此被拆除。在一些經停站則建造了無障礙月台和停車轉乘設施。這項耗資2億馬克的昂貴建設項目於2005年12月12日完工。[94][95]從達豪至彼得斯豪森也於2004年配備了自己的軌道，從而將快鐵運輸與通往紐倫堡的高速鐵路上運轉的長途運輸分離開來。而赫伯茨豪森至勒爾莫斯區間則在複線的基礎上獲得了另一條單線快鐵專用線。 [82]
S6線的東部分支，即今S2線，在尖峰時段也超負荷運作。隨著鄰近社區人口的持續增加，預計旅客量也會相應增加。為了應對這種情況，德國聯邦鐵路計劃在這個路線分支的尖峰時段引進10分鐘間隔。然而，這只有將通往米爾多夫的長途軌道和快鐵軌道分離才能實現。在接下來的幾年裡，當局開始著手制定建造一條獨立的快鐵專用複線的計劃。至萊姆的長途軌道應被轉移至原慕尼黑東編組站的地點，繼而在長途軌道旁鋪設一條全新的複線軌道。此外，還計劃在波英西部投入新的停車點。這些車站應適應無障礙需求，並應建造新的停車轉乘設施。[96][97]這個耗資5億馬克的昂貴建設項目至今尚未完工——除了萊姆畔山－里姆地區的長途鐵路軌道已於2003年遷移至原慕尼黑東編組站，因此如今整條路線的10分鐘間隔僅限於部分快速快鐵列車。[98]
往格爾滕多夫至布赫瑙的S4線東部分支也計劃建造獨立的快鐵軌道，這在菲斯滕費爾德布魯克市的人口增長背景下是十分必要的。由於阿爾高鐵路暫時無法在尖峰時段提供10分鐘間隔的高密度，因此德國聯邦鐵路於1991年就另外兩條快鐵軌道的走向展開了調研。計劃於1992年中止，如今又重新恢復。[99][100]時至今日，由於軌道不足，尖峰時段的運輸只能通過個別的增開列車實現加密。[101]
在這些10分鐘間隔的路線改造和第二階段建設的擴建過程中，初步實現了直通的20分鐘間隔。從2004年12月開始，在S3線的邁薩赫至措爾訥丁區間（今S3線邁薩赫至慕尼黑間、S4線慕尼黑至措爾訥丁間），以及S5線的代森霍芬至蓋默靈-下普法芬霍芬區間（今S3線代森霍芬至慕尼黑間、S8線慕尼黑至蓋默靈-下普法芬霍芬間），都推出了十分鐘間隔，並至今仍然存在。自2005年12月起，在慕尼黑至達豪區間的S2線西部分支也於尖峰時段提供了十分鐘間隔。[102]所有的「十分鐘間隔路線」現在都運轉於獨立的快鐵軌道上，與其它用途分離。
2003年1月，作為實現10分鐘間隔項目的一部分，還啟動了另一個大型快鐵建設項目：即在帕辛和洛伊希滕貝格環路之間的主線鐵路上安裝一套新的信號系統。為此，主線隧道至2004年2月之前，於夜間以及周末都無法通行，只能提供地面的公車替代服務。此外，在多納斯貝格橋附近和火車東站旁還建造了帶有子中心的全新電子信號所（ESTW），並由多納斯貝格橋附近的控制中心負責操作。
自2004年秋季以來，快鐵主線上的列車運轉已全面採用LZB CIR-ELKE系統。這種信號技術允許列車以非常密集的序列在電子視圖上行駛。通過LZB駕駛室信號裝置，主線隧道的通行能力從燈光信號的每小時24班提升至30班列車，對於計劃在2004年12月就部分快鐵路線實施尖峰時段的10分鐘間隔而言，這項擴容是非常必要的。
為了能夠滿足24秒至42秒的圖定停站時間，主線上的全部13座站點都將在尖峰時段各部署兩名職員對旅客進行疏導。[103]
隨著2004年12月12日的運轉圖調整，S4線從邁薩赫至措爾訥丁以及S5線從蓋默靈-下普法芬霍芬至代森霍芬區間在尖峰時段都建立了10分鐘間隔，列車通行的數量也從以往的每小時三班翻倍至六班。自2005年12月12日起，S2線的西段至達豪區間也提供鐘面時刻的增倍。
至2007年，聯邦政府、州政府及鐵路部門共投入20億歐元用於路線網絡的改造。[57]
2001年，原本由德鐵區域運輸營運的慕尼黑快鐵在德國鐵路集團內部成立為獨立的有限責任公司，然而至2005年11月1日又重新併入德鐵區域運輸。[104]
1998年8月，聯邦政府、巴伐利亞州和德國鐵路決定推進一項所謂的「2.66億歐元一攬子計劃（266-Millionen-Euro-Paket）」，於該項目的框架內商定了在可預見的未來引入十分鐘間隔的可行性，並於1998年底簽訂融資協議。其核心是對帕辛至東站間的控制和安全技術進行現代化改造，包括安裝線性列車控制系統。[105]在2001年至2005年期間，作為2.66億歐元計劃的一部分，外部路線的複線改造工程也持續展開。此外，兩座新的快鐵車站分別於2001年6月10日在施塔恩貝格北（S6西線）和2005年12月11日在下門欽（S2西線）建成通車。在項目的財務框架內，外部路線上的一些既有站點仍然可以進行無障礙設施改造。2005年11月21日，S8機場線在約翰內斯基興至伊斯馬寧之間、即下弗靈境內的路段被遷移至地下，這是應該市鎮的要求興建了新的下弗靈地下車站。2009年12月13日，快鐵主線在在萊姆和多納斯貝格橋之間的鹿園旁設立了一座新的車站。
在2012年6月、7月和8月，主線鐵路於七個周末封閉，以翻新地上區域的軌道設施。主線上27個轉轍器中的18個都配備了加熱器，以防止冬天結冰。此外，一些隧道車站還更新了消防系統，在電動扶梯設立了新的玻璃結構，以避免在火災發生時煙霧的蔓延。在封閉期間，則提供公車替代服務，S8線也經由南環鐵路迂迴運轉。[106]由於缺乏資金，並非所有的轉轍器都可以配備加熱器，並且消防系統的安裝尚未完成，因此在2013年的夏季和秋季，主線封閉仍然繼續實施。[107]這段時期主要是對多納斯貝格橋站進行現代化改造和安裝無障礙升降機。封閉於2013年7月22日開始，一直持續至同年12月20日。[108][109]其中在夏季的六個周末，主線完全閉鎖並提供公車替代服務；其餘的周末，則在帕辛至東站以及哈克橋至東站間維持20分鐘一班的通勤快鐵服務。[110]多納斯貝格橋站餘下的工程於2014年3月至6月進行，需要在周末和晚交通期間再次封閉。為此，有兩個周末在帕辛至哈克橋間除了通勤快鐵服務外，還提供公車替代服務。
2013年9月14日，弗賴哈姆站在S8線上建成通車，它將聯結至新的弗賴哈姆居民區。[111]站址位於已在1975年廢棄的原弗賴哈姆站以東一千米處。這項建設工作是於2012年6月12日開始的。[112]
2013年12月15日，從火車總站至代森霍芬的S27線中止營運，這段路程由巴伐利亞高地鐵路半小時一班開行的梅里迪安列車接替，它們將在尖峰時段經由霍爾茨基興及曼格法爾河谷鐵路延長至羅森海姆運轉。此外，S20線的起訖站也由代森霍芬轉移至伊薩爾河谷鐵路上的赫爾里格爾斯克羅伊特。因此，慕尼黑－霍爾茨基興鐵路在索爾恩至代森霍芬區間將不再提供快鐵列車服務。[113]
2014年，先前由A線行駛的達豪－阿爾托明斯特鐵路完成電氣化改造。此外，還在巴赫恩和施瓦布豪森間的的會讓路段建造了複線以及在埃爾德韋格設立另一座轉乘站。規劃審批程序於2013年1月完成。從2014年4月28日至12月13日，達豪至阿爾托明斯特間的A線因電氣化工程而中止營運，而原本由628型動車組擔當的列車服務則改為公車替代服務。改造完成後，路線於2014年12月14日開始通電。尖峰時段的每小時1班頻率自此可以提供30分鐘間隔。[57]該路線是作為S2線的支線營運。[114]其最終的成本預計約為4700萬歐元。[115]工程原本規劃於2012年開建，至2013年完工。[116]
自2016年12月調圖以來，原本已於周一至周四尖峰時段提供的10分鐘間隔也於周五提供。這意味著增加了總計逾100次或每條路線最多23次的額外行程。[117]
自2024年12月15日起，全新的S5線服務開始在帕辛-十字街站之間運轉，同時原S7線縮短至慕尼黑火車總站並改由施塔恩貝格翼站始發終到。[9]
巴伐利亞鐵路公司於2017年6月16日就慕尼黑快鐵網絡的運輸服務展開全歐洲範圍內的招標。在營運的第一階段，最早從2019年12月開始，每年應提供約2130萬車公里的運力。隨著第二主線建成通車（推測約為2026年12月）而開始的第二營運階段，運力將顯著提高。確切的合同期限有待進一步磋商，約從2027年12月至最晚2034年12月結束。運輸承辦商將在期限內採購新車，所需資金由巴伐利亞州提供，並在合同結束後交予下一個承辦商。初期允許使用自1993年以來交付的二手車。[118]意向承辦商的申請期截止日期為2018年3月23日。[119]有批評稱，招標條件是根據德國鐵路的需求而制定。[118]
423型動車組自2018年7月開始更新換代。所有動車組應至2020年底完成現代化改造。
對於旅客而言，現代化的車輛可以通過彩色的LED外部顯示器、內飾的變化以及內部的大型顯示屏幕來識別。[120]列車進行現代化改造，是由於其之前的版本為旅客提供的空間太小。此問題將通過在每組座位中移除一個座位來解決。
在1988年的除夕，一名火車司機駕駛列車從慕尼黑駛至埃伯斯貝格後，未使用煞車器便離開。這列沒有載客420型動車組隨即在大坡度的路線上溜動。它溜動至瓦瑟堡車站，調度員在那裡能夠將其引入一條停車線。[121]
2003年8月16日，諾伊法恩發生了一起嚴重事故：一組S1線列車按計劃拆編為兩組，分別前往弗賴辛和機場。由於一連串不利情況（包括大霧、諾伊法恩車站在建工程的失誤、由於主線施工而錯誤分配的控制代碼等），後組列車以約50公里/小時的速度與前組列車相撞。約二十餘名旅客受傷，碰撞端的列車司機被夾住並嚴重受傷。由此造成的經濟損失達數百萬。兩組涉事動車組（423 225號及423 227號）經過約兩年的維修後才重新投入使用。[122]
2004年5月8日，一組快鐵列車（423 190號）在洛伊希滕貝格環路站與一台工程車相撞，因後者忽視了多個停車指示信號。約110名旅客中有54人受傷，其中7人傷勢嚴重。[123]
2008年11月3日傍晚，第一個也是唯一一個嬰兒在帕辛站附近的S8線快鐵列車上出生。作為生日禮物，德國鐵路贈予其終身免費搭乘慕尼黑快鐵所有列車的權利。
2009年9月12日，多米尼克·布魯納在快鐵索爾恩站遭兩名年輕人謀殺。此前，他希望保護四名學生免受那些意圖勒索的青少年的威脅。由於傷勢嚴重，他在大哈登醫院因心臟驟停而死亡。在接下來的幾天裡，布魯納獲頒多項榮譽，之後還以其名字成立了見義勇為基金會。
2013年2月21日傍晚，一輛掛裝的汽車運輸車在埃默靈的平交道口上被S4線的一列快鐵列車撞毀並撕成碎片。62歲的運輸車司機被飛濺的碎塊擊中而致死。儘管兩組快鐵車輛（423 125號和423 143號）遭到了嚴重破壞，但駕駛員仍然完好無損。只有一名旅客受到輕傷，可就地進行護理。兩組快鐵車輛經過數月的維修後於2013年8月重新投入使用。[124]
2014年5月7日，奧爾興發生了一起嚴重事故：一列快鐵列車與一台雙向挖掘機的吊臂發生衝突。列車以大約100公里/小時的速度行駛，被挖斗擊中並嚴重受損。由於當時是空駛，沒有乘客受傷；但列車駕駛員身負重傷需要進行救護。[125]受損嚴重的車輛（423 206號）在完成所有的調查措施後被解除管制，並可由製造商修復。經過廣泛的試運轉和路試後，該車輛自2017年9月起重新投入載客運轉。
整個快鐵的營運均是通過設在多納斯貝格橋附近的快鐵營運中心進行控制。外部路線中的列車監控、信號所數據以及輔助運轉圖數據分別由三台計算機進行評估。快鐵列車的駕駛行為通過多台監視器展示給地區調度員，並且會對交通中的操作偏差作出特別標記。如果發生營運故障或班次取消，進一步的營運程序會由地區調度員接管。在同一座建築內，快鐵慕尼黑西區的調度員也通過這個中心儘可能遠程控制快鐵路線。而東區的營運中心則設於慕尼黑東站的站房內。[126]
在所有主線車站和至少有兩條快鐵路線行經的站點中，於1972年在每個月台都配備了2－6台發車牌。發車牌採用機械翻頁顯示，展示有軌道編號、行車目的地和以及列車編組。最初，列車編組中的長編組、標準編組和短編組是以文本形式標記，其後文本由符號所取代。發車牌是由快鐵營運中心的中央過程控制計算機自動控制，這是通過所儲存的運轉圖、其它車站的軌道分配和計軸器來實現。如果發生故障，調度員可以手動調整發車牌。隨著通往機場的快鐵路線建成通車，機場端於1992年首次使用液晶顯示器（LCD）替代機械翻頁顯示。[127]2000年以後，主線車站的機械翻頁顯示均被改造為LED發車牌。此外，大部分與區域列車的共用車站、以及客流量繁忙的車站，均安裝了新的液晶顯示器。因故障導致無法電子顯示的車站則會通過廣播通知乘客。[128]
在快鐵網絡於1972年開通後，所有的快鐵車輛都需要由動車司機、長編組車輛需要由乘務員發車。乘務員在外部車站是必須的，因為並非所有月台都是水平的。在三座主線車站——火車總站、火車東站和瑪利亞廣場站，自通車以來便配備有站內接車員。這項工作是通過月台的廣播通知在攝像頭和列車監視器的輔助下完成的。如今，在主線隧道內的所有車站都設立有站內接車員處理列車的到發。在1960年代，聯邦鐵路中央局曾嘗試將月台的視頻圖像通過無線電傳輸至駕駛室。車輛轉向架上的天線可以在一些傾斜度較大的車站進行無線傳輸。時至今日，列車已不再採用長編組，發車程序由動車司機完成。[129]
慕尼黑快鐵當前雇有約1100名員工。[130]其中占比最大的是538名動車司機。在2012年和2015年初，由於疾病浪潮或部分人員因更好的待遇而轉投貨運所造成的人員短缺，曾導致部分班次被迫取消。為此，德國鐵路每期將招收20名火車司機實習生進行培訓，而不是以往的12名。至2016年的培訓期，則以14個實習生名額取代了先前的20個。與此同時，2016年將開辦五常功能性培訓課程。在這種縮短的功能性培訓中，火車司機將接受為期九個月的培訓，而不是通常的三年。除火車司機外，另有164名員工在施泰因豪森車輛段擔任維修技師。慕尼黑快鐵的控制中心崗位由54名員工組成，另有70人在管理部門中任職。此外，還有120名員工從事客戶服務，該領域又分為旅客控制、旅客信息和當地監管三個部分。當地監管僅存在於主線車站，並在月台上發布信息和公告。此外，慕尼黑快鐵每年會在轄下全部崗位中培訓84名實習生。
| 原因 | 西部分支 | 東部分支 | 主線 |
|---|---|---|---|
| 路線封閉 | 31 | 11 | 7 |
| 警方行動 | 29 | 13 | 3 |
| 急救行動 | 19 | 12 | 3 |
| 惡劣天氣 | 16 | 9 | – |
| 道岔及接觸網故障 | 13 | 9 | – |
| 信號所故障 | 10 | 10 | 2 |
| 炸彈威脅 | 9 | 5 | – |
| 消防行動 | 5 | 5 | – |
| 其它 | 14 | 2 | – |
2009年，慕尼黑快鐵在營運期間共發生237起故障。其中最脆弱的是西部分支，有逾40次急救和警察行動。S1線是延誤頻率最高的快鐵路線，因為快鐵軌道需要與往蘭茨胡特方向的區域列車共用。由於主線隧道的鐘面接續時刻緊湊，列車延誤還會導致後續班次延誤。主線上共發生15次服務中斷，故障率最低。如果主線上的快鐵服務中斷，則會啟動相應的應急程序，以便使原本已在東站或總站施塔恩貝格翼站的快鐵列車中止營運。如果主線隧道部分關閉，鑑於伊薩爾門站的推挽式可用性，隧道仍可在東站－伊薩爾門或伊薩爾門－總站區間投入個別列車運轉。[132]
在2012年3月，經常發生故障的是S2、S3和S8線的加班列車。這主要是因為慕尼黑快鐵只有約500名火車司機，一部分人若爆發傷病潮便會導致中止營運。在前一年，便有37起因火車司機精神受創而自殺所導致的中止營運。[133]
2015年夏季，由於缺乏人員，許多加班列車被迫取消。在2016年中期，快鐵只有大約600名火車司機，比穩定營運所需的人數少60人。自2016年6月起，德國鐵路將從其它領域臨時調撥火車司機至慕尼黑快鐵。為此，快鐵承辦商將支付特殊津貼並提供住所。[134]
慕尼黑原有的鐵路車輛段，即奧賓和慕尼黑東並不具備接納更多快鐵列車的能力，尤其是隨著快鐵運輸的擴張已經可以預見。德國聯邦鐵路隨即決定建造一座新的車輛段，用於快鐵車輛的保養、清潔和停放。[135]在市分區施泰因豪森，有一塊位於當時慕尼黑東編組站內的場地可以利用，毗鄰工業區。這便成了新車輛段的選址，並於1972年2月1日投入營運。最初，它的車庫有四條210米長的軌道，庫內共計可容納12輛動車組。[48]而所有軌道都設有檢修坑。三條軌道配備了接觸網，在第四條軌道上也可檢修和更換受電弓。另一條軌道上設置的液壓升降轉向架槽則可以更換和修理轉向架。軌道設施和運用車間是由緊鄰車庫的行政大樓內的兩層信號所進行控制。車庫於1975年至1978年間進行了擴建，從而增加至8條庫內軌道。此外，段內還建造了一座應承擔更多管理任務的多功能大樓，並為車輛的外部清潔安裝了一個洗車間、為內部清潔設置了三個清潔台。[136][137]
2011年12月30日，擴建車間的計劃批准決定，增建27個停車位、設立雙向接入設施、內部清潔台以及將信號所完全改造為電子式。工程預算為4500萬歐元。[138][139]至2017年5月31日，聯邦鐵道部批准為快鐵列車建造一座六軌車庫。[140]在2017年7月12日舉行奠基儀式後，停車設施的建設工程正式啟動。[141]
420型和423型快鐵動車組是由近70米長的單元所組成。慕尼黑快鐵將它們分別編為每列一組、兩組或三組模式。單組動車組的運轉模式被稱為短編組（Kurzzug），通常在低客流量的周日和節假日期間使用。兩組重聯的模式主要在常規營運中使用，這被稱為標準編組（Vollzug）。在尖峰時段，由於乘客數量眾多，一些路線上會使用三組重聯的模式，稱為長編組（Langzug）。
由於月台長度的限制，快鐵網絡中的部分路線不適用於長編組列車。例如，在S7線的沃爾夫拉茨豪森至大黑瑟洛厄之間的月台只能接納兩組重聯的標準編組長度。
自1972年快鐵網絡開通以來至2004年，420型電力動車組已廣泛運用於慕尼黑快鐵網絡。然而在1972年，所訂購的120組車輛中僅101輛可供使用，因此在1975年以前，部分路線上仍然需要使用推挽式列車。前120輛車組來自同型號的第一批次。在接下來的幾年裡，由於對車輛的需求增加，第二批次的30輛車組也來到慕尼黑。第二批次的列車數量時常發生變化，因為它們也與其它城市的車輛交換使用。從1979年至1982年，還有第五和第六批次的車輛來到慕尼黑，但這些車輛於1982年之後又再被交換至其它快鐵網絡。自1992年和自1996年起，還分別增加了第七和第八批次的一些車輛，這使得1996年在慕尼黑的車輛庫存達到了209輛。自423型電力動車組交付以來，420型動車組已陸續運往其他城市，進行轉售或報廢。一時之間，這款被暱稱為「奧林匹亞動車組（Olympia-Triebwagen）」的車型，在慕尼黑快鐵網絡擔當的最後一班圖定客運服務已於2004年12月5日在S8線的加班運轉後結束，此後僅提供定期觀光服務特別開行。
由於A線自2014年12月完成電氣化改造以來導致電力車輛短缺，420型動車組得以再次投入使用。這些是從斯圖加特快鐵接收的15組車輛，但由於並未安裝線性列車控制系統，它們於尖峰時段無法在主線上運轉。因此，它們於周一至周五隻能在S2線擔當達豪至阿爾托明斯特區間的加班運轉，以及S4線西段和S20線的加班服務。自2017年6月起，列車也會在周末用於S2線和S4線的圖定服務，並經由主線鐵路運轉。[142]慕尼黑快鐵和巴伐利亞鐵路公司目前計劃從斯圖加特增加接納20至30組車輛，以滿足日益增加的客流需求。它們應預先配備線性列車控制系統，以便在主線隧道中行駛。[143]
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從2000年秋季開始，新式車輛423型電力動車組取代了其中一些已有三十多年歷史的420型動車組。新車輛的運用是按路線逐步執行的，因為兩款列車不能相互重聯。首先是S7線由新動車組提供服務。至2003年共有211組同款車輛交付使用。為了「十分鐘間隔計劃」，慕尼黑快鐵於2004年又採購了多23組車輛。[144]2005年再有4組車輛交付，因此如今共有238輛423型動車組在慕尼黑。
從2008年1月至7月，德國鐵路在慕尼黑快鐵的105組列車上安裝了攝錄機。此舉是為了應對前幾個月發生的一系列野蠻襲擊。同時，也是為了防止車輛遭到破壞，由此所造成的年均損失超過了500萬歐元。[145]2008年之後，視頻監控的安裝工作仍在繼續。由巴伐利亞鐵路公司資助的裝置已於2013年中期完成。快鐵列車上的惡意破壞行為時至今日已大幅減少，例如列車的損壞損失從2008年的約63萬歐元下降至2011年的約52萬歐元。[146]
所有423型動車組都應自2018年春季起進行現代化改造，以便使其能夠運用至2020年代中期。通過對內部空間進行整頓，載客量將得到提高。[147]
由於從達豪至阿爾托明斯特的A線尚未通電，因此在2014年4月以前，這條路線使用的是六組兩節車廂的628型柴油動車組。它們全數配屬於巴伐利亞東南鐵路設在因河畔米爾多夫的車輛段。這些車輛是在1998年為A線所採購的，更早之前則是由柴油機車牽引的n型車廂提供推挽式列車服務。然而，由於車門階梯的緣故，列車乘降並不是無障礙的。隨著路線實現電氣化，那裡自2014年12月13日起已改用420型和423型車輛。
在快鐵網絡於1972年建成通車後，由於德國聯邦鐵路提供的420型動車組數量不足，必須在S1線東段（今S7線）的高布倫至十字街間、S2線東段（今S3線）的代森霍芬至霍爾茨基興間、以及S22線（後S27線）和S10線（今S7線）使用由柴油機車搭配n型車廂的推挽式列車。在更多第二批次的420型動車組於1975年來到慕尼黑後，S2線全線和S22線都可以使用420型。1976年秋季，S1線東段的推挽式列車被420型動車組所取代。1981年，S27線的動車組服務被撤回，這些車輛將投入S7線西段（原S10線）使用。隨著新車輛於1983年交付，S27線得以再次運用快鐵動車組。[148]此外，在1998年以前，A線也使用由212型柴油機車推挽n型車廂的組合。
1989年5月28日至6月21日期間，德國聯邦鐵路在S4線的格爾滕多夫至埃伯斯貝格區間測試使用了荷蘭鐵路的四節DDM型雙層車廂，並為此配備兩台120型電力機車用於「三明治牽引」。這款列車設有600個坐席和440個站席，容量較標準編組的420型動車組提高了約20%，並且僅長出十米。但這並不能證明是成功的。由於列車的車門較少，乘客的乘降時間會更長。[149]
自1990年代以來，興建慕尼黑快鐵的第二條主線鐵路便一直在進行探討。在慕尼黑快鐵的發展規劃中，提供有從火車總站至東站之間的隧道連接，它設於既有隧道、即當前僅有的一條主線鐵路北側。這條新路線的走向應該從萊姆經由火車總站、瑪麗亞庭院和東站連接至洛伊希滕貝格環路，以緩解第一主線的負擔。除了經停所有車站的快鐵列車外，還計劃開辦捷行快鐵路線。在韋斯靈－帕辛、邁薩赫－帕辛和洛伊希滕貝格環路－格拉芬區間，它們僅在特定的站點停靠。此外，快鐵系統應調整為15/30分鐘一班的頻率。例外情況僅限於彼得斯豪森－霍爾茨基興以及沃爾夫拉茨豪森－十字街的路線。
第二主線鐵路於2017年4月5日舉行動工儀式，計劃於2026年投入使用。
作為第二條內城隧道的備選方案，當局還制定了旨在強化快鐵運輸的慕尼黑南環鐵路計劃。三座車站：海梅蘭廣場站、波西街站（新增，毗鄰前慕尼黑南站）和哥倫布廣場站（新增）均將提供通往地鐵的轉乘服務。這三座車站的改建也是南環及北環鐵路組成的環線鐵路概念的一部分。[150]
2009年，菲爾埃格-勒斯勒爾建議進一步開發北部隧道，將火車總站經由藝術區（三大美術館）以及慕尼黑自由廣場與慕尼黑的北部（北環鐵路、體育場、加興、機場）相連。在市中心區域，其規劃的走向大致可對應規劃中的地鐵9號線。除快鐵外，路線也需要通行區域和長途運輸，這樣將可分流慕尼黑短途運輸系統在市中心的中央路線。北部隧道項目沒有再繼續推動，部分原因是成本較高且成本效益低下。[151]
自2015年以來，當局也開始考慮對純貨運用途的慕尼黑北環鐵路進行客運改造。[152]汽車製造商BMW尤其希望推進這項發展，因為未來它們將通過擴建設於米貝茨霍芬的研究和創新中心，創造大約15000個工作崗位。[153]自選協已經與規劃商菲爾埃格-勒斯勒爾擬定出一份發展概念，其中包括從帕辛至特魯德靈間設立14座車站的最大化版本，而其中的6座則已經存在於當前的路線上。[154]北環鐵路從帕辛將經由一座全新的貝杜克斯街車站通往莫薩赫。在那之後，將於以下幾個地點設立車站：拉斯阿勒街、勒歇瑙、克諾爾街、因戈爾施塔特街，以及弗萊曼至上弗靈（規劃有「下弗靈南/西站」）。然後，快鐵將轉入S8線的走向，繼而經由約翰內斯基興、英戈沙金和達格爾芬通往特魯德靈，並可選擇停靠「萊姆畔山（東）站」。預計費用約為5億歐元，這將帶來日均70000人次的客運量，效益成本係數為5。.[155]
在帕辛（未來的U5線）、莫薩赫（U3線）、拉斯阿勒街（U1延長線）、克諾爾街（U2線）、弗萊曼（U6線）、英戈沙金（U4延長線）以及特魯德靈（U2線）等車站將提供與地鐵的轉乘連接。從既有快鐵路線進一步分岔通往卡爾斯費爾德、下弗靈、里姆或吉辛等地也是可能的。
- 強化帕辛至海梅蘭廣場間的森德靈聯絡線（S20線）。
- 在萊姆畔山至里姆間興建莫斯費爾德畔停車點（S2東線）。[156]
- 2014年5月，BMW呼籲在北環鐵路上設立快鐵車站——克諾爾街高地站，以更好的配合該公司在市轄區米貝茨霍芬-哈特畔的企業用地擴建規劃。[157]該快鐵站需要先升級北環鐵路用作快鐵運輸，這是各方在先前所呼籲的。一種可能是將北環在往機場的方向上與S1線和S8線相連，或者通過升級南環來建立一條環線鐵路。
2011年1月，一份對2012年慕尼黑短途運輸規劃進行修訂的專題報告中提議，將不再謀求於上門欽至萊姆間（S1/S2西線）建造貝杜克斯街站。[158]一方面，這是合理的，因為周邊地區人煙稀少——鐵路設施以東只有寧芬堡宮公園；另一方面，隨著諾伊路斯特海姆交流道橋於2008年在當地落成，月台的建造成本將更為高昂。
- 埃爾丁環線：複線鐵路與S2東線（埃爾丁）末端和S1/S8線機場站相連，而經由新建明特拉興站和諾伊法恩折返線通往弗賴辛的S2線延長線將進行四線改造，它是作為「連接東巴伐利亞」的第一階段和作為「馬茨靈聯絡線」的備選方案。從弗賴辛－機場的第一部分規劃於2014年獲批，預計至2020年完工。
- 位於慕尼黑-米爾多夫鐵路上的赫爾科芬、瓦爾佩茨基興、塔恩-馬茨巴赫和多爾芬等車站將通過S2東線在馬克特施瓦本的分支與快鐵相連。[159]既有的單線鐵路必須至少進行電氣化改造。然而，此前規劃的S2東線在費爾德基興至馬克特施瓦本間進行四線改造、以及S2東線通往展覽城的分支（增設展覽城北站）改造卻未被納入聯邦鐵路建設計劃中，因此短期內實現的可能性不大。[160]
- 將S7線延長至格雷茨里德，並增設格爾廷站、格雷茨里德中心站和格雷茨里德南站。這條路線目前正在籌備規劃審批程序。[161]
- S4西線在布赫瑙至帕辛間進行四線改造（規劃中），由於預計往瑞士方向（哥達隧道）的長途運輸和貨物運輸量將增加，第一建造階段將從帕辛至普赫海姆展開。出於成本考慮，擴建將不再延至布赫瑙，而是至艾歇瑙止。
將慕尼黑機場更快連接至慕尼黑內城的設想一直存在。這除了建造第二主線外，還必須對S8線的達格爾芬－約翰內斯基興區間進行四線改造。2012年3月，相應的第二主線隧道已獲得市議會批准。[162]因此，設立慕尼黑機場快線是可能的，它將每15分鐘一班開行，並將機場至火車總站之間的行程縮短約15分鐘。
- Reinhard Pospischil, Ernst Rudolph: S-Bahn München. Alba, Düsseldorf 1997; ISBN 3-87094-358-0.
- Von der Isartalbahn zur S7. Festschrift zur Aufnahme des S-Bahn-Betriebs zwischen München und Wolfratshausen. Bundesbahndirektion München, ed. München: Selbstverlag o. J. [1981]
- Armin Franzke: Im Tunnel unter City und Isar. 1972: Die S-Bahn München nimmt den Betrieb auf. In: LOK MAGAZIN Nr. 251/Jahrgang 41/2002. GeraNova, München 2002, ISSN 0458-1822, S. 90–97
- Klaus-Dieter Korhammer, Armin Franzke, Ernst Rudolph: Drehscheibe des Südens: Eisenbahnknoten München. Hestra-Verlag, Darmstadt 1991, ISBN 3-7771-0236-9.
- Nikolaus Wilhelm-Stempin: S-Bahnhöfe in und um München. Eine Fotodokumentation. BoD, Norderstedt 2009, ISBN 978-3-8391-0927-4.
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