Rastvorni nosači (SLC) su grupa membranskih transportnih proteina koja uključuje preko 400 članova, organiziranih u 66 porodica.[1][2] Većina članova SLC grupe nalazi se u ćelijskoj membrani. Sistem genske nomenklature SLC izvorno je predložio HUGO-ov Odbor za gensku nomenklaturu (HGNC) i osnova je za službena HGNC imena gena koji kodiraju ove transportere. Općenitija klasifikacija transmembranskih transportera može se naći u TCDB bazi podataka.
Otopljene tvari koje transportiraju različiti članovi SLC grupe izuzetno su raznolike i uključuju napunjene i nenabijene organske molekule, kao i anorganske ione i transporter plina amonijaka.
Kao što je uobučajeno za integralni membranski protein, SLC sadrže niz hidrofobnih [transmembranskih alfa-heliksa međusobno povezanih hidrofilnim unutar- i vanćelijskim petljama. Ovisno o SLC, ovi transporteri su funkcionalni ili kao monomeri ili kao obvezni homo- ili heterooligomeri. Mnoge porodice SLC-a članovi su glavne natporodice olakšivača.
Opseg
Prema odgovarajućoj konvenciji sistema nomenklature, članovi unutar pojedine porodice SLC imaju međusobno više od 20-25% identitičnih sekvenci. Suprotno tome, homologija između porodica SLC je vrlo niska ili nikakva.[3] Dakle, kriterij za uključivanje porodice u SLC grupu nije evolucijska povezanost s drugim porodicama SLC, već je funkcionalni (tj. Integralni membranski protein koji prenosi rastvorenu supstancu).
SLC grupa uključuje primjere transportnih proteina, kao štp su:
- Olakšani transporteri (omogućavaju otopljenim supstancama da teku nizvodno sa svojim elektrohemijskim gradijentima)
- sekundarni aktivni transporteri (dopuštaju rastvorima da teku uzvodno prema njihovom elektrokemijskom gradijentu, spajanjem za transport druge otopljene supstance koje teku nizvodno svojim gradijentom tako da je ukupna promjena slobodne energije i dalje povoljna)
Serija SLC ne uključuje članove porodica transportnih proteina koji su prethodno klasificirani u drugim široko prihvaćenim sistemima nomenklature, uključujući:
- primarni aktivni transporteri (omogućavaju protok uzbrdo prema elektrohemijskim gradijentima) kao što su ABC (ATP-vezna kaseta) transporteri spajanjem transporta do oslobađanja energije kao što je kao hidroliza ATP;
- ionski kanali
- akvaporini (vodeni kanali)
Subćelijska distribucija
Većina članova grupe SLC nalazi se u ćelijskoj membrani, ali neki nalaze se u mitohondrijama (najznačajnija je porodica SLC 25) ili u drugim unutarćelijskim organelama.
Sistem nomenklature
Imena pojedinačnih članova SLC-a imaju sljedeći format:
- SLCnXm
gdje je:
- SLC korijen od (SoLute Carrier);
- n = cijeli broj koji predstavlja porodicu (npr., 1-52);
- X = jedno slovo (A, B, C, ...) koje označava podporodicu;
- m = cijeli broj koji predstavlja pojedinačnog člana porodice (izoforma).
Naprimjer, SLC1A1 je prva izoforma potporodice A SLC-porodice 1.
Izuzetak je kod porodice SLC 21 (transporteri organskih aniona koji transportuju polipeptide), koji iz povijesnih razloga imaju imena u formatu SLCOnXm gdje je n = broj porodice, X = slovo potporodice i m = broj člana.
Iako HGNC samo dodjeljuje nomenklaturu ljudskim genima, ortolozi kičmenjaka tih gena usvajaju istu nomenklaturu (npr. ortolozi dodijeljeni VGNC-assigned orthologs of SLC10A1). Za glodare se simboli razlikuju od ostalih kičmenjaka, upotrebom naslova, tj. Slc1a1 koji označava glodarskog orthologa ljudskog gena SLC1A1.
Porodice
U SLC imenovane su sljedeće porodice:[4]
- Glutamat sa visokim afinitetom i neutralni aminokiselinski transporteri;[5]
- (SLC1A1, SLC1A2, SLC1A3, SLC1A4, SLC1A5, SLC1A6, SLC1A7)
- olakšavajući GLUT transporter[6]
- (SLC2A1, SLC2A2, SLC2A3, SLC2A4, SLC2A5, SLC2A6, SLC2A7, SLC2A8, SLC2A9, SLC2A10, SLC2A11, SLC2A12, SLC2A13, SLC2A14)
- teške podjedinice heterodimernih transportera aminokiselina[7]
- (SLC3A1, SLC3A2)
- bikarbonatni transporter[8]
- (SLC4A1, SLC4A2, SLC4A3, SLC4A4, SLC4A5, SLC4A6, SLC4A7, SLC4A8, SLC4A9, SLC4A10, SLC4A11)
- kotransporter natrij-glukoze[9]
- (SLC5A1, SLC5A2, SLC5A3, SLC5A4, SLC5A5, SLC5A6, SLC5A7, SLC5A8, SLC5A9, SLC5A10, SLC5A11, SLC5A12)
- natrij- i hlorid-zavisni natrij: neurotransmiterski simporteri[10]
- (SLC6A1, SLC6A2, SLC6A3, SLC6A4, SLC6A5, SLC6A6, SLC6A7, SLC6A8, SLC6A9, SLC6A10, SLC6A11, SLC6A12, SLC6A13, SLC6A14, SLC6A15, SLC6A16, SLC6A17, SLC6A18, SLC6A19, SLC6A20)
- kationski aminokiselinski transporter/povezan sa glikoproteinom[11]
- cationic amino acid transporters (SLC7A1, SLC7A2, SLC7A3, SLC7A4)
- glikoprotein-vezani/lahka ili katalitska podjedinica transporteri heterodimernih aminokiselina (SLC7A5, SLC7A6, SLC7A7, SLC7A8, SLC7A9, SLC7A10, SLC7A11, SLC7A13, SLC7A14)
- izmjenjivači Na+/Ca2+[12]
- (SLC8A1, SLC8A2, SLC8A3)
- izmjenjivač Na+/H+[13]
- kotransporter natrijeve žučne soli[14]
- (SLC10A1, SLC10A2, SLC10A3, SLC10A4, SLC10A5, SLC10A6, SLC10A7)
- protonski spregnuti metalni ionski transporter[15]
- (SLC11A1, SLC11A2)
- kotransporter elektroneutralnog kationa-Cl[16]
- (SLC12A1, SLC12A1, SLC12A2, SLC12A3, SLC12A4, SLC12A5, SLC12A6, SLC12A7, SLC12A8, SLC12A9)
- Kotransporter Na+-sulfat/karboksilata[17]
- (SLC13A1, SLC13A2, SLC13A3, SLC13A4, SLC13A5)
- urea transporter[18]
- (SLC14A1, SLC14A2)
- protonski oligopeptidni kotransporter[19]
- (SLC15A1, SLC15A2, SLC15A3, SLC15A4)
- monokarboksilatni transporter[20]
- (SLC16A1, SLC16A2, SLC16A3, SLC16A4, SLC16A5, SLC16A6, SLC16A7, SLC16A8, SLC16A9, SLC16A10, SLC16A11, SLC16A12, SLC16A13, SLC16A14)
- vezikulski glutamatni transporter[21]
- (SLC17A1, SLC17A2, SLC17A3, SLC17A4, SLC17A5, SLC17A6, SLC17A7, SLC17A8, SLC17A9)
- vezikulski aminski transporter[22]
- (SLC18A1, SLC18A2, SLC18A3)
- folate/thiamine transporter[23]
- (SLC19A1, SLC19A2, SLC19A3)
- kotransporter tipa III Na+-fosfata[24]
- (SLC20A1, SLC20A2)
- organsko anionsko transportiranje[25]
- potporodica 1 (SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B3, SLCO1C1)
- potporodica 2 (SLCO2A1, SLCO2B1)
- potporodica 3 (SLCO3A1)
- potporodica 4 (SLCO4A1, SLCO4C1)
- potporodica 5 (SLCO5A1)
- potporodica 6 (SLCO6A1)
- organski kation / anion /blizni transporter[26]
- (SLC22A1, SLC22A2, SLC22A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC22A6, SLC22A7, SLC22A8, SLC22A9, SLC22A10, SLC22A11, SLC22A12, SLC22A13, SLC22A14, SLC22A15, SLC22A16, SLC22A17, SLC22A18, SLC22A18AS, SLC22A19, SLC22A20, SLC22A23, SLC22A24, SLC22A25, SLC22A31)
- transporter Na+-zavisne askorbinske kiseline[27]
- (SLC23A1, SLC23A2, SLC23A3, SLC23A4)
- izmjenjivač Na+/(Ca2+-K+)[28]
- (SLC24A1, SLC24A2, SLC24A3, SLC24A4, SLC24A5, SLC24A6)
- mitohondrijski nosač[29]
- (SLC25A1, SLC25A2, SLC25A3, SLC25A4, SLC25A5, SLC25A6, UCP1(SLC25A7), UCP2(SLC25A8), UCP3(SLC25A9), SLC25A10, SLC25A11, SLC25A12, SLC25A13, SLC25A14, SLC25A15, SLC25A16, SLC25A17, SLC25A18, SLC25A19, SLC25A20, SLC25A21, SLC25A22, SLC25A23, SLC25A24, SLC25A25, SLC25A26, SLC25A27, SLC25A28, SLC25A29, SLC25A30, SLC25A31, SLC25A32, SLC25A33, SLC25A34, SLC25A35, SLC25A36, SLC25A37, SLC25A38, SLC25A39, SLC25A40, SLC25A41, SLC25A42, SLC25A43, SLC25A44, SLC25A45, SLC25A46), SLC25A47, SLC25A48, MTCH1(SLC25A49), MTCH2(SLC25A50), SLC25A51, SLC25A52, SLC25A53
- višenamjenski izmjenjivač aniona[30]
- (SLC26A1, SLC26A2, SLC26A3, SLC26A4, SLC26A5, SLC26A6, SLC26A7, SLC26A8, SLC26A9, SLC26A10, SLC26A11)
- proteini transporta masnih kiselina[31]
- (SLC27A1, SLC27A2, SLC27A3, SLC27A4, SLC27A5, SLC27A6)
- Na+-spregnuti nukleozidni transport[32]
- (SLC28A1, SLC28A2, SLC28A3)
- olakšavajući nukleozidni transporter[33]
- (SLC29A1, SLC29A2, SLC29A3, SLC29A4)
- transporter cinka[34]
- (SLC30A1, SLC30A2, SLC30A3, SLC30A4, SLC30A5, SLC30A6, SLC30A7, SLC30A8, SLC30A9, SLC30A10)
- transporter bakra[35]
- (SLC31A1, SLC31A2)
- vezikulski inhibitorni transporter aminokiseline[36]
- (SLC32A1)
- transporter Acetil-CoA[37]
- (SLC33A1)
- kotransportere tipa II Na+-fosfata[38]
- (SLC34A1, SLC34A2, SLC34A3)
- nukleotidno-šečerni transporter[39]
- potporodica A (SLC35A1, SLC35A2, SLC35A3, SLC35A4, SLC35A5)
- potporodica B (SLC35B1, SLC35B2, SLC35B3, SLC35B4)
- potporodica C (SLC35C1, SLC35C2)
- potporodica D (SLC35D1, SLC35D2, SLC35D3)
- potporodica E (SLC35E1, SLC35E2A, SLC35E2B, SLC35E3, SLC35E4)
- potporodica F (SLC35F1, SLC35F2, SLC35F3, SLC35F4, SLC35F5)
- potporodica G (SLC35G1, SLC35G3, SLC35G4, SLC35G5, SLC35G6)
- transporter proton-spregnute aminokiseline[40]
- (SLC36A1, SLC36A2, SLC36A3, SLC36A4)
- izmjenjivač šećer-fosfat/fosfat[41]
- (SLC37A1, SLC37A2, SLC37A3, SLC37A4)
- transporterski sistem A & N, natrij-spregnute aminokiseline[42]
- (SLC38A1, SLC38A2, SLC38A3, SLC38A4, SLC38A5, SLC38A6, SLC38A7, SLC38A8, SLC38A9, SLC38A10, SLC38A11)
- transporter metalnih iona[43]
- (SLC39A1, SLC39A2, SLC39A3, SLC39A4, SLC39A5, SLC39A6, SLC39A7, SLC39A8, SLC39A9, SLC39A10, SLC39A11, SLC39A12, SLC39A13, SLC39A14)
- transporter bazolateralnog gvožđa[44]
- (SLC40A1)
- MgtE-liiki transporter magnezija
- (SLC41A1, SLC41A2, SLC41A3)
- transporter smonijaka[45][46]
- (RHAG(SLC42A1), RHBG(SLC42A2), RHCG(SLC42A3))
- Na+-nezavisni, sistem-L sličan transporteru aminokiseline
- (SLC43A1, SLC43A2, SLC43A3)
- holinoliki transporter
- (SLC44A1, SLC44A2, SLC44A3, SLC44A4, SLC44A5)
- pretpostavljeni šećerni transporter
- (SLC45A1, SLC45A2, SLC45A3, SLC45A4)
- Folatni transporter
- (SLC46A1, SLC46A2, SLC46A3)
- multidrug and toxin extrusion
- (SLC47A1, SLC47A2)
- porodica hemskog transportera
- (SLC48A1)
- Hemski transporter
- (FLVCR1(SLC49A1), FLVCR2(SLC49A2), SLC49A3, SLC49A4)
- transporteri izlaza šećera porodice SWEET
- (SLC50A1)
- Transporteri steroid-izvedenih molekula
- (SLC51A, SLC51B)
- Riboflavinska transporterska porodica RFVT/SLC52
- (SLC52A1, SLC52A2, SLC52A3)
- fosfatni nosači
- (XPR1(SLC53A1)
- Mitohondrijski piruvatni nosači
- (MPC1(SLC54A1), MPC2(SLC54A2), MPC1L(SLC54A3))
- Mitochondrijski kation/proton izmjenjivači
- (LETM1(SLC54A1), LETM2(SLC54A2), LETMD1(SLC54A3))
- Siderofleksini
- (SFXN1(SLC56A1), SFXN2(SLC56A2), SFXN3(SLC56A3), SFXN4(SLC56A4), SFXN5(SLC56A5))
- porodica NiPA-likih transportera magnezija
- (NIPA1(SLC57A1), NIPA2(SLC57A2), NIPAL1(SLC57A3), NIPAL2(SLC57A4), NIPAL3(SLC57A5), NIPAL4(SLC57A6))
- porodica MagT-likikih transportera magnezija
- (MAGT1(SLC58A1), TUSC3(SLC58A2))
- porodica simportera natrij-zavisnog lizofosfatidilholina
- (MFSD2A(SLC59A1), MFSD2B(SLC59A2))
- transporteri glucoze
- (MFSD4A(SLC60A1), MFSD4B(SLC60A2))
- porodica molibdatnih transportea
- (MFSD5(SLC61A1))
- Pirofosfatni transporteri
- (ANKH(SLC62A1))
- Sfingozin-fosfatni transporteri
- (SPNS1(SLC63A1), SPNS2(SLC63A2), SPNS3(SLC63A3))
- Golgijevi Ca2+/H+ izmjenjivači
- (TMEM165(SLC64A1))
- NPC-tip holesterolskih transportera
- (NPC1(SLC65A1), NPC1L1(SLC65A2))
- Kationaki aminokiselinski eksporteri
- (SLC66A1, SLC66A2, SLC66A3, CTNS(SLC66A4), MPDU(SLC66A5))
Pretpostavljeni SLC
Pretpostavljeni SLC, koji se nazivaju i atipski SLC, novi su, vjerovatno vjerodostojni sekundarno aktivni ili olakšavajući proteini-transporteri koji dijele porijeklo predaka sa poznatim SLC-ima.[2][47] Ovi SLC-ovi tipa MFS mogu se, međutim, podijeliti na 15 porodica olakšavajućih MFS iransportera (AMTF).[47]
Svi pretpostavljeni SLC su prihvatljivi SLC-transporteri. Neki su samo "netipski" kada je u pitanju njihova nomenklatura; geni imaju SLC oznaku, ali kao zamjensko ime, i zadržali su svoj ranije dodijeljeni simbol gena "ne-SLC" kao odobreni simbol.
Evo nekoliko navedenih pretpostavljenih SLC-a: OCA2, CLN3, TMEM104, SPNS1, SPNS2, SPNS3, SV2A, SV2B, SV2C, SVOP, SVOPL, MFSD1,[48] MFSD2A, MFSD2B, MFSD3,[48] MFSD4A,[49] MFSD4B, MFSD5,[50] MFSD6, MFSD6L, MFSD8, MFSD9,[49] MFSD10, MFSD11,[50] MFSD12, MFSD13A, MFSD14A,[51] MFSD14B,[51] UNC93A[52][53] and UNC93B1.
Reference
Vanjski linkovi
Wikiwand in your browser!
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
