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紐約地鐵是美國紐約市的城市軌道交通系統，其線網覆蓋紐約布朗克斯、布魯克林區、曼哈頓和皇后區四個行政區，由大都會運輸署（Metropolitan Transportation Authority, MTA）的下屬機構紐約市公共運輸局（NYCTA）運營。2016年紐約地鐵系統日均客流量達566萬，居美國首位及全球第七位。[1][2]
紐約地鐵系統中的第一條地下線路於1904年10月27日開通，[3]但紐約的第一條城市軌道線路IRT第九大道線在近35年前即開通。[4]第一條地下線路通車時，紐約的城市軌道線路都由布魯克林捷運公司（Brooklyn Rapid Transit Company, BRT，後來的布魯克林-曼哈頓運輸公司（BMT）和跨區捷運公司（IRT）)兩家私有運輸企業擁有。當前紐約地鐵系統中絕大多線路均在「雙合約」時期通車，由政府興建，並承包給私有公司運營。1932年，由獨立地鐵系統（IND）運營的第一條市營地鐵線路通車。IND系統旨在與私有地鐵競爭，並在線網整合中關閉部分高架鐵路。但由於市政府提供的資金有限，早期IND系統的線路大多集中在市中心地帶，[5]而票價也是當時常見票價五美分的兩倍。[6]
1940年，IRT和BMT兩個系統被政府收購，部分高架鐵路停運。IND和BMT兩個系統以興建接駁線的方式整合為B系統，IRT系統由於列車規格較小，其線路無法行駛B系統的列車，因而獨立出來成為A系統。
1953年，由市政府主管的公營機構紐約市公共運輸局成立，並接管紐約市的地鐵、巴士、路面電車服務。[7]NYCTA在1968年被併入大都會運輸署（MTA）。[8]MTA接管紐約地鐵後，紐約市政府陷入財政危機，MTA被迫關閉部分維護成本較高的高架鐵路。由於維護資金緊張，地鐵設施變得破舊，塗鴉和犯罪隨處可見。為保證收支平衡，紐約地鐵只得縮減服務，並擱置部分維護項目。直至1980年代，政府投入180億美元修葺地鐵設施後，情況才有所好轉。
九一一襲擊事件後，位於曼哈頓下城的多個地鐵車站被迫關閉，位於世界貿易中心地下的IRT百老匯-第七大道線錢伯斯街車站至雷克托街車站段受到極大影響，其中位於世貿中心正下方的科特蘭街車站及地鐵隧道結構坍塌需要重建，錢伯斯街車站以南的列車服務暫停。受灰塵清理工作影響，世貿中心周邊的10個車站也臨時關閉，其中7個在2002年3月重新開放，其餘車站（除科特蘭街車站）於2002年9月15日重新開放，錢伯斯街車站以南的列車服務恢復運行。[9][10]
進入21世紀，紐約地鐵多條線路開工建設，包括7號線延伸段（2015年9月開通）[11][12]和第二大道線（一期工程於2017年1月1日通車）。[13][14]但由於投資不足，地鐵系統在2017年陷入運輸危機。
紐約的地下鐵路最早可追溯至1844年開通的大西洋大道隧道。當時該隧道為長島鐵路的一段地下部分，但是沒有設置車站。[15][16]該隧道於1844年5月開建，同年12月啟用，主要為布魯克林及牙買加鐵路（現為長島鐵路的大西洋支線）提供直達線路至南碼頭。[17][18][19]這條在科布爾希爾地底運行的鐵路在1861年關閉，並在1982年向遊客開放，[20]但在2010年再次關閉。[21][22]
而紐約實質上的地鐵（城市軌道交通系統）起源於數條前往康尼島的鐵路及曼哈頓、布魯克林的高架鐵路。當時紐約縣（包括曼哈頓和布朗克斯的部分地區）、金斯縣（包括布魯克林和威廉斯堡）及皇后縣為三個相互獨立的行政區，區內的主幹道有高架蒸汽火車鐵路行經，各鐵路公司間互相競爭。第一條高架鐵路為1867-1870年間由查爾斯·哈維（Charles Harvey）建造的，行經格林威治街及第九大道的高架鐵路（後來的IRT第九大道線，現IND第八大道線），後來又有數條高架鐵路開通。這些鐵路最終都被跨區捷運公司（ IRT）併入。[23]
在金斯縣，不少公司建造了高架鐵路，包括BMT萊辛頓大道線、BMT默特爾大道線、BMT第三大道線、BMT第五大道線、BMT福爾頓街線和BMT百老匯線等，最終都被布魯克林捷運公司（Brooklyn Rapid Transit, BRT）和布魯克林-曼哈頓運輸公司（Brooklyn–Manhattan Transit Corporation, BMT）收購，並被拆除或重建。金斯縣南部也出現了一些蒸汽火車線路，除曼哈頓沙灘支線外，均被BMT收購。[24]
比馳氣動運輸是紐約地下大眾運輸系統的第一次嘗試。1869年，阿爾弗雷德·伊利·比馳及其公司開始在紐約百老匯地底建設氣動鐵路。比馳自費35萬美元來建設這段地下鐵路。[25]這段鐵路於1870年建成，鐵路沿百老匯從沃倫街至穆雷街，[26]僅用58天便修建完成，[27]全長312英尺（95公尺），直徑8英尺（2.4公尺）。該鐵路啟用首兩周，共有11,000次乘坐，啟用的第一年共載客400,000人次。[28][29]
儘管該鐵路得到大眾的初步認可，政府卻不再批准鐵路繼續建設。直至1873年比馳得到政府批准後，由於經營不善，鐵路停止服務。最後，由於1873年股市恐慌，投資者撤回對該地下鐵路項目的支持，而該系統是否適合建成一個龐大的網絡也尚未明確。[30]該項目停止後，比馳氣動鐵路的隧道入口被封閉，車站結構與羅傑斯·皮特大樓融為一體。1898年，整棟大樓被火災焚毀。[31]1912年，建設BMT百老匯大道線的施工隊掘出該鐵路的剩餘結構。現今，該鐵路的結構已不復存在，原址位於百老匯地下的市政府車站。[32]
1898年，里奇蒙縣、金斯縣、紐約縣，以及皇后區、威斯特徹斯特縣的部分地區被合併為大紐約市。隨著城市規模擴大，紐約市開始規劃未來的城市軌道交通系統，並以地下鐵路為系統的核心。然而，當時沒有私人企業願意巨額投資建設地下鐵路。[5][33]
1894年5月22日，《快速鐵路運輸法》（英語：Rapid Transit Act）開始生效，快速鐵路運輸委員會（Board of Rapid Transit Railroad Commissioners）成立，紐約地鐵系統的規劃自此開始。該法律規定，委員會將在業主和當地部門的同意下建造鐵路系統，或是將鐵路系統建設和經營權特許批准給私人企業。早期，紐約市有兩條路線被列入規劃，一條是行經拉法葉街（當時被稱為榆樹街，Elm St.）地底[34]，前往聯合廣場的線路，另一條是造價更高，行經下百老匯地底的線路，而後者被首先採納，但在1896年，由於沿線業主抗議，該計劃被延遲，而行經拉菲特街的線路則被採用。這一新計劃在1897年1月14日被正式採納，由一條自紐約市政廳向北至金斯布里奇的鐵路，及位於萊諾克斯大道地底，前往布朗克斯公園的支線，自市政廳至103街交匯處的一段將建有4條軌道。該走線是受反對行經百老匯（34街以南的一段）的意見影響而定下的。1899年末，各種法律糾紛終於得到了解決。[35]
此後，紐約市政府決定發行地鐵建設債券，自行建造地鐵，並與當時經營高架鐵路的跨區捷運公司（IRT）簽署合約，由IRT經營部分地鐵線路，IRT將分得一部分利潤，並將票價固定在5美分。[36]
自1899年，布魯克林捷運公司（BRT）和布魯克林-曼哈頓運輸公司（BMT）開始在紐約市營運鐵路系統，初期營運高架鐵路，此後也開始經營地下鐵路系統。
1896年1月18日，布魯克林捷運公司成立，[37]並在二月初收購了破產的長島電車公司，[38]並收購布魯克林高地鐵路及布魯克林城市鐵路的承租商，隨後又在1898年7月1日收購布魯克林-皇后縣-城郊鐵路。 [39]BRT亦收購了大量地面鐵路系統，其中最早的是1863年10月9日開通的布魯克林-巴斯-康尼島鐵路（現BMT西側線），自第五大道、36街交匯處至巴斯海灘。該鐵路在康尼島溪（Coney Island Creek）入海口附近的一段是紐約地鐵系統現存的歷史最悠久的鐵路（現屬於BMT西側線）。[40]
1899年1月30日，布魯克林聯合高架鐵路公司（Brooklyn Union Elevated Railroad Company）成立，並在同年2月17日收購了破產的布魯克林高架鐵路公司。同年3月25日，BRT收購聯合高架鐵路，[41]並在4月1日外包給布魯克林高地鐵路公司經營。此後於1899年7月6日，BRT又通過法院拍賣購得金斯縣高架鐵路公司。[42]1893年至1900年間，BRT將旗下的鐵路改造為電氣化鐵路，其中布魯克林大橋上的一段鐵路被改造為地面纜車。[43]
至1900年，BRT已收購布魯克林幾乎所有的城市軌道交通系統，包括路面電車及重型鐵路，僅有康尼島及布魯克林鐵路和梵·布倫特街及伊利盆地鐵路未被收購，而前者在1913或1914年也被收購。[44]BRT收購的鐵路系統有：
1918年，BRT破產，但隨後在1923年6月，BRT重組為布魯克林-曼哈頓運輸公司（BMT），並再收購紐約統一鐵路公司和紐約都市鐵路公司。[53]
1900年2月21日，由約翰·B·麥克唐納（John B. McDonald）建立，由奧古斯特·貝爾蒙特資助的捷運建設公司（Rapid Transit Construction Company）與紐約市簽訂合約（此後被稱為「一號合約」），捷運建設公司將建造地鐵線路並獲得50年的經營權。同年3月24日，地鐵線路在紐約市政廳前破土動工。1901年1月24日，將線路自市政廳延長至布魯克林長島鐵路夫拉特布什大道總站（現亞特蘭大總站）的計劃被採納，紐約市再與捷運建設公司簽訂「二號合約」，公司獲得35年經營權，並在1902年11月8日在州街（State Street）開工建設。
1902年4月，貝爾蒙特將公司重組為跨區捷運公司（IRT）作為地鐵新線的運營公司，此後IRT於1903年4月1日承包經營曼哈頓鐵路的4條高架鐵路。[54]1904年10月27日，起於市政廳車站，終於145街車站的首條地鐵線路西側線正式通車。這是紐約市的第一條正式運營的地鐵線路。[3][55]
1904年11月12日，西側線延長至157街車站。1906年3月12日，西側線向北延長至臨時總站221街車站及百老匯。[56]通車後有直達列車駛經該段延長線，來往157街車站及221街車站。[57]1907年1月14日，隨著列車經百老匯橋（Broadway Bridge）跨過哈林輪運河（Harlem Ship Canal）抵達225街車站，「一號合約」中的早期地鐵線路全部完工，而原先的221街車站則被拆除。[58]1907年1月27日，西側線再次延伸至230街的臨時總站。1906年，將「一號合約」的地鐵系統向北延長至242街的建議被提出，[59]該段延長線在1908年8月1日通車[60]（原有規劃是在230街向東延伸至貝利大道（Bailey Avenue）的紐約中央鐵路金斯布里奇站[61]）。230街車站的臨時結構被拆除，並移至242街車站。此後，該線路上的191街車站和207街車站也啟用。191街車站由於電梯施工而押後至1911年1月14日啟用，207街車站於1906年完工，但由於乘客量少，至1907年方才啟用。
1904年11月23日，IRT萊諾克斯大道線145街車站至110街車站段開通，而該線南端設有軌道與已建成的西側線軌道相連，整條線路成為相對於西側線而言的「東側線」。[62]1904年11月26日，IRT白原路線首段（傑克森大道車站至東180街車站）通車。最初，該線路的服務由高架鐵路IRT第二大道線及IRT第三大道線的列車提供，而從第三大道、149街交匯處至韋斯特切斯特大道（Westchester Ave）、鷹大道（Eagle Ave）的連接線則將地鐵和高架鐵路聯通。1905年7月10日，當連接IRT萊諾克斯大道線及IRT白原路線的連接線啟用後，兩條地鐵線路貫通運營。[63]1907年10月1日，IRT第二大道線開行至自由人街車站的慢車服務，途經新開通的連接線。[64]
1905年1月16日，原有的西側線向南延伸至福爾頓街車站，[65]之後於1905年6月12日延長至華爾街車站，[66]又於1905年7月10日延長至滾球綠地車站及南碼頭車站。[67]為了完成「二號合約」中的規劃網絡，地鐵線路須經隧道橫過東河，抵達布魯克林。該隧道於1908年1月9日啟用，為傑拉雷曼街隧道，是連接曼哈頓和布魯克林的第一條水下地鐵隧道，將地鐵線路從滾球綠地車站延伸至布魯克林區公所車站。[68]1908年5月1日，當地鐵從區公所車站延伸至大西洋大道車站（長島鐵路夫拉特布什大道總站附近）後，「二號合約」的規劃線網全部完工。[69]IRT的地鐵線網擴張至布魯克林後，不少布魯克林居民選擇乘坐地鐵進入曼哈頓，而BRT的高架鐵路、路面電車客流量下降。 [70]
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在紐約地鐵系統擴張的同時，托馬斯·愛迪生和喬治·威斯汀豪斯之間正展開著商業鬥爭（即電流戰爭），兩人各自開發了直流電和交流電輸電系統。此後交流電成為主要輸電方式，但紐約地鐵的電氣化鐵路採用直流電輸電系統。[71]目前紐約地鐵列車使用第三軌600V直流電供電（A系統使用第三軌625V直流供電[72]）。
在紐約市的法定債務上限提高後，1908年前又有更多地鐵線路規劃被提出。「三區地鐵系統規劃」包含三條新地鐵線路：
由於BRT不願使用IRT的窄軌標準，其計劃線路的軌道軌距較IRT的寬，但為了方便在「雙合約」（The Dual Contracts）的地鐵整體規劃下各線可以貫通運營，列車軌距必須相同。1915年6月22日，海灘線通車，通車時間推遲了數年。但BRT首段屬於三區地鐵系統規劃的路線早在1908年9月16日即開通，起於埃塞克斯街車站，橫過威廉斯堡大橋，抵達布魯克林，使用窄軌列車。[73]
在第四大道線開通前，曾有電車服務橫跨曼哈頓大橋，但沒有與紐約地鐵的任何軌道連接，該服務收費三美分，故被稱為曼哈頓大橋五美分線。該線由曼哈頓大橋五美分線公司和布魯克林及北河鐵路兩家路面電車公司經營。1915年，當BRT的地鐵軌道延伸至曼哈頓大橋後，該電車服務移至大橋下層，直至1929年結束運營。[74]
BRT的鐵路網絡甚少延伸至曼哈頓。為與IRT競爭，BRT希望將自身的地鐵系統延伸至曼哈頓，而為與BRT競爭，IRT又希望將地鐵系統延伸至布魯克林。這最終使得紐約市政府同意同時向兩家企業批出未來的地鐵線路經營權。
1913年，紐約市政府和IRT、BRT正式簽訂地鐵經營「雙合約」，包括「三號合約」（與IRT的經營合約）和「四號合約」（與BRT的經營合約）。合約的簽訂大大促進了紐約地鐵的建設，現今的紐約地鐵系統中大部分線路都是在雙合約中批出的，[36]該合約不僅包含了新線路，也包括不少連接兩個地鐵系統的連接線。在此期間修建的阿斯托利亞線和法拉盛線曾由兩家公司合營。在三號、四號合約的條款下，紐約市政府將修建新的地鐵線路和高架鐵路線路，並翻新、延長舊有線路，並外包給私人企業經營，經營成本將由市政府和私人企業共同承擔，市政府通過發行債券來籌資，企業則提供經營地鐵所需的資金、設備。[36]
按照「雙合約」規劃的要求，兩個系統需要合營兩條線路，分別是阿斯托利亞線和可樂娜線（現IRT法拉盛線）。兩條線路由兩家企業合營（可樂娜線皇后區廣場至可樂娜的一段為合營部分），起點位於皇后區廣場車站。IRT通過施坦威隧道（1907年建成）和IRT第二大道線的一段延長線連接皇后區廣場車站，BRT則新建60街隧道連接該站。法理上可樂娜線由IRT擁有，但BRT（及其繼承者BMT）獲得了該線路的永久使用權，因此該線實際上屬於BRT系統。[75][76]
儘管可樂娜線屬於BRT系統，但該線和阿斯托利亞線都按照IRT的技術規格建設，而IRT和BRT原有系統的軌距不同，因此乘坐IRT線路的乘客可以直達曼哈頓，而乘坐BRT的乘客需在皇后區廣場車站轉車，這也使得地鐵線路延伸至1939年紐約世界博覽會後，IRT可以開行直達快車，而BRT則不能。該運作模式一直持續到1949年。[75][76]根據「雙合約」的規定：兩家企業將票價限制在5美分以下；市政府有權將線路經營權收回；市政府分得一部分經營利潤。這些規定，加上一戰後的通貨膨脹，使得兩家企業陷入財務困難，市政府最終於1948年收回線路的經營權[75][76]
「雙合約」的線路建成後，IRT系統的列車服務大幅調整。IRT原有的西側線在大中央-42街車站向西轉入42街，抵達時報廣場-42街／港務局客運總站車站後再向北轉入百老匯。「雙合約」的線路建成後，西側線被切成三段：
「雙合約」的線路建成後，IRT位於曼哈頓的地鐵系統由原先的「Z」字形改為「H」字形。[77]
1917年6月3日，IRT百老匯-第七大道線時報廣場-42街／港務局客運總站車站至34街-賓州車站段通車，直達34街-賓州車站的列車開通，並有沿42街、34街行駛的直達列車開通。[78]這一小段在百老匯-第七大道線的剩餘部分建成前便開通，以疏導賓夕法尼亞車站的客流。此時車站僅啟用靠北的一部分，啟用時石膏堆、鐵軌等建材都尚未移走。[79]1918年7月1日，百老匯-第七大道線34街至南碼頭段，以及布魯克林支線（僅開通至華爾街）開通，直達列車服務延伸至南碼頭-白廳街車站，並有列車在錢伯斯街車站和華爾街車站間行駛。[80]1918年7月17日，IRT萊辛頓大道線大中央-42街車站至125街車站段開通，[81]但在1918年8月1日前，僅有列車在42街和167街車站間行駛。最終，行經萊辛頓大道線全線的列車開通後，由萊辛頓大道線、百老匯-第七大道線、42街接駁線組成的「H」字形地鐵線網形成。[82]「H」字形線網的建成使IRT系統的載客能力增加一倍。[77]此後在1919年4月15日，布魯克林支線剩餘部分開通，並延伸至大西洋大道-巴克萊中心車站。[83]
「雙合約」地鐵系統規劃直接引起了紐約市區的擴張，不少市民搬至新地鐵線路沿線居住。[76]「雙合約」線路的完工大大減輕了紐約市中心的交通擁擠情況，並降低了人口過於集中地區（如曼哈頓59街以南的部分）的人口數目。[84]紐約市民可以搬至房價與市區持平，但環境更寬鬆的地區生活，與此同時仍可以方便地前往市區。[76]
紐約前任市長約翰·F·海蘭大力推崇由市政府經營地鐵線路。最初，海蘭打算通過拒絕提高地鐵票價、拒絕建設新線路和維修廠等方式，試圖令兩家公司破產，繼而收回線路經營權。這些行為，加上1918年的馬爾波恩街地鐵事故，使得IRT和BRT兩家企業陷入財政危機。1918年，BRT破產，但又立即重組為布魯克林-曼哈頓運輸公司（BMT）；IRT雖然陷入財政危機，但仍在1928年建成IRT法拉盛線。[75]
此外，隨著紐約市人口大規模增長，「雙合約」地鐵線路已無法應付如此大的客流。為緩解城區客流壓力，同時達到全市地鐵線路由政府統一經營的目標，紐約市政府以「私人地鐵公司搜刮納稅人的錢」為理由，開始規劃獨立於IRT和BMT以外的第三個地鐵系統，該系統將由政府自行建造、營運。這一系統被稱為「市營獨立地鐵」（Independent City-Owned Subway, ICOS），或是「獨立地鐵系統」（Independent Subway System, ISS）或「市營獨立捷運鐵路」（Independent City-Owned Rapid Transit Railroad），在第一條線路IND第八大道線開通後，「第八大道地鐵」也用於特指該系統。1940年，市政府收購BMT和IRT兩家企業後，該系統被統一命名為「獨立地鐵系統」（簡稱IND）。[85]
IND的早期線路包括主線IND第八大道線、IND第六大道線，以及支線IND匯集線、IND卡爾弗線和IND皇后林蔭路線。這些線路除了史密斯街-第九街車站至第四大道/第九街車站段為高架鐵路以外，其他路段均為地下鐵路。[85]
獨立地鐵系統的第一條線路即將完成時，市政府原打算在開通初期引進私人企業參與經營，但並沒有企業能接受苛刻的合同條款。市政府於是決定自行經營新線路。獨立地鐵系統的第一條線路是第八大道線（207街車站至哈德遜總站），於1932年9月10日午夜全線通車，通車當日沒有舉辦慶典儀式。[86]
1936年1月1日，獨立地鐵系統的第二條主線IND第六大道線（西四街車站至東百老匯車站）開通運營。IND第六大道、第七大道線於西四街車站換乘。[87][88][89]IND第六大道線興建時，沿線的路面電車停運，部分電車在地鐵通車後恢復運行，其餘則被取消。此外，為了將IND第六大道地鐵線上方的IRT第六大道線高架鐵路拆卸，並節省支撐高架鐵路結構的費用，市政府花費1250萬美元買下了這條高架鐵路，並於1938年12月5日終止其運營，拆卸下來的鋼材被賣到日本。[90]為服務高架鐵路停運後受影響的乘客，IRT第九大道線的列車班次增加。[91]
1933年8月19日，IND皇后林蔭路線首段（羅斯福大道車站至50街車站）通車運營。[92]該段地鐵通車後，開行E線慢車服務（羅斯福大道車站至哈德遜總站），並有GG線直達列車開行，來往皇后廣場車站和IND跨城線的納蘇大道車站。[93][94][95][96][97][98]1936年12月31日，IND皇后林蔭路線東延線（至克猶花園-聯合公路車站）開通。[99][100][101][92]1937年4月24日，皇后林蔭路線延長至169街車站總站，[93][100][102][103]E線快車服務延長至71大道-大陸大道車站，GG線慢車服務也延長至該站，但只限繁忙時段。[95][104]快車服務的班次間隔為3～5分鐘。[105]1939年8月28日，23街-埃利大道車站啟用。[106][107]隨著IND皇后林蔭路線延伸至牙買加社區，不少使用BMT牙買加線和長島鐵路進入曼哈頓的乘客改為乘坐IND皇后林蔭路線。[108]
1937年7月1日，IND系統的第三條主線IND跨城線納蘇大道車站至卑爾根街車站段通車。[85]兩年後，1940年12月15日，駛經IND第六大道線全線的慢車服務開通，經過該線的核心區域曼哈頓。[85]
與此同時，自1919年起，興建IND第二大道線的呼聲逐漸增多，當時紐約公共服務委員會正展開對未來地鐵新線路的研究，但受到大蕭條的衝擊，地鐵線網擴張的建設費用不斷上升，因此IND第二大道線沒有和其他三條IND線路一併建設。該線的首期建設被擱置，市政府也無法提供更多資金。此後於1930年提出的規劃將原來的第二大道線規劃縮短，只興建34街至125街的一段，並在34街設岔道橫過市區，計劃於1948年完工，[109]但工程在1931年延期。[85]1939年，第二大道線的工程無限期暫停，該線開始處於「規劃中」狀態。該線於IND的1939年線網擴張計劃中再次出現，第二大道線計劃向北延伸進布朗克斯，並向南延伸至布魯克林，至IND福爾頓街線的法庭街車站。1972年，第二大道線再次開工，但由於紐約市的財政危機而再次於1975年停工，此後該線於2007年再次開建。[85]
自1904年紐約市第一條地鐵線路開通後，不少政府官員和規劃機構都提出不少線網擴張計劃，其中一個由IND提出，被稱為「第二系統」，該規劃方案計劃修建新地鐵線路，並取代舊有的地鐵線路和地面鐵路。即便該方案中的大部分線路從未實際開建，但有部分線路因能緩解已有線路的擁擠情況而被推崇，其中一條是第二大道線。建造新線路的計劃最早開始於1910年代。[110][111]
1922年8月28日，紐約時任市長約翰·F·海蘭提出了自己的地鐵線路規劃，這一規劃的線網在當時並不算大，包括接管將近100英里的現有地鐵線路，並新建超過100英里的新地鐵線路。規劃方案中提到，新線路將於1925年12月31日前全部完成，乘客將能以統一價格乘地鐵暢行全市。該方案是為了與IRT和BMT競爭而提出的。[112][113]
1926年，市政府開始計劃建設一條前往紐澤西州的環形地鐵線路。[114]
1929年，「第二系統」規劃方案被納入IND系統的規劃之中，1939年線網整合計劃被提出後，「第二系統」規劃覆蓋了三個已有的地鐵系統。但「第二系統」的線路中，最終只有極少數線路開建。「第二系統」規劃了22條線路，全長約100英里（160公里），大部分線路位於皇后區。這些線路包括IND第二大道線（原計劃延伸至布朗克斯）和沃斯街線（原計劃連接洛克威），沃斯街線最終沒有開建，第二大道線的首段（72街車站至96街車站）在時隔88年後於2017年1月1日開通。「第二系統」也要求新線路的大部分路段位於地下，要求所有月台長度達到670英尺（200公尺），並要求所有交匯處實現立體交匯，這些要求使得地鐵建設預算翻了兩倍，最終導致「第二系統」規劃被擱置。[115]
1940年6月，BMT和IRT的下屬線路被紐約市政府接管，並由交通運輸局營運（該局也負責經營IND系統）。[7]1953年交通運輸局重組為紐約市公共運輸局。[7][116]機構重組後，紐約市大規模建設地鐵的時期結束。與此同時，市政府開始拆除被認為「多餘」的線路，多條舊有的高架鐵路被關閉，包括IRT第九大道線、[117]IRT第二大道線的大部分路段、[118]BMT第五大道線、BMT第三大道線，以及BMT富爾頓街線的大部分路段。[119][120][121]
雖然紐約地鐵線網整合已完成，但三個系統仍有區別。IRT系統（現被稱為A系統）的線路以數字作為列車服務的名稱，BMT和IND系統（現被稱為B系統）的線路以英文字母作為列車服務的名稱。[122]A系統線路的列車較B系統的窄18英寸（46公分），每節車廂較B系統的短9英尺（2.7公尺）。[123][124]因此在投入同等資金時，若按照A系統線路的標準進行建設，列車載客量將偏低，於是自二戰後至2007年紐約地鐵新建線路都位於B系統。[125][126][127]。必要時，A系統的列車可以在B系統的軌道上行駛，但由於靠站時月台空隙過大，因此都不載客。這一情況源於線網整合前IRT和BRT的列車規格不一致。[75]
IRT在建設早期地鐵線路（「雙合約」時期以前）時，以此為契機更改高架鐵路線路的技術規格。鑑於IRT既有的高架鐵路列車車廂長47英尺（14公尺），IRT地鐵列車車廂長度被規定為51.3英尺（15.6公尺），兩種鐵路的列車寬度均不超過9英尺（2.7公尺），因此IRT線路的限寬和轉彎半徑較IND和BMT的小，導致IND和BMT的列車無法在這些線路上行駛。不過IRT後來的新建線路均增大了限寬和轉彎半徑，足以讓IND和BMT的列車行駛。因此A系統（原IRT的線路）不少線路只要稍作改造都可以允許B系統（原BMT和IND的線路）的列車行駛，並藉此提高載客量。但事實上，由於A系統不少限寬和轉彎半徑較小的線路都處於中心地區，採取以上的方式將使列車無法連貫運行。A系統中只有小部分線路採取這種方式進行改造，並被合併到B系統中，比如BMT阿斯托利亞線[128]（該線原先由IRT和BMT聯營，BMT派出的列車為特別設計的列車），[36]此外也有計劃建造連接線將第二大道線與IRT佩勒姆線連接。[129]
線網整合完成後，紐約部分高架鐵路被關閉，包括IRT第二大道線（1942年關閉）[118]和BMT的布魯克林大橋鐵路（1944年關閉）。[130]二戰後的通貨膨脹導致1947年紐約地鐵加價至10美分，六年後紐約地鐵再次加價至15美分。[75]線網整合後，由於各個系統之間的營運協調工作進展緩慢，公眾要求地鐵營運機構重組的呼聲增多，當時曾有人建議由紐約港務局負責地鐵營運。1953年6月15日，紐約市公共運輸局成立，並成為紐約地鐵的運營方。[75]
此時紐約地鐵不少列車及設施已相當陳舊，最舊的列車自1904年便開始服務，紐約市公共運輸局在1948年至1965年間引進2,860節地鐵車廂，並投放至A系統的線路上，列車批次編號從R12至R36WF，這批列車幾乎取代了A系統在二戰前引進的所有列車。另有2,760節地鐵車廂被投放至B系統的線路上，列車批次編號從R10至R42。此外，紐約地鐵各站月台進行改造，月台長度增加一倍，部分彎度過大的月台裝上了月台伸縮踏板。在此期間，原屬BMT系統的線路更換了信號系統。1965年開始，R36ML型列車開始安裝雙向無線電通訊設備，成為紐約地鐵首批裝上該設備的列車，相關設備於同年5月啟用（在IRT萊辛頓大道線上）。1967年7月19日，首列裝有空氣調節的列車投入服務（列車批次為R38）。[131]
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在此期間，紐約地鐵僅有2條新線開通：[116]1941年開通的IRT代里大道線[132]和1956年開通的IND洛克威線。[133][134][135][136]，此外IND洛克威線在1958年延長至遠洛克威-莫特大道車站。[137]這兩條新線都是在現有鐵路的基礎上經改造而得，其中IRT代里大道線原先是1937年關閉的電氣化通勤鐵路紐約-威斯特徹斯特-波士頓鐵路紐約段。[132]IND洛克威線原先屬於長島鐵路，在1952年被紐約市公共運輸局收購，[138]該線跨越牙買加灣，經寬水道車站，在洛克威半島分出兩條支線。[139]IND洛克威線曾被單獨視作一個地鐵系統。[85]
169街車站曾是IND皇后林蔭路線的總站，但F線列車折返要繞道帕森斯林蔭路車站，並不方便。此外169街車站沒有列車車庫。為解決該問題，紐約市計劃建設一條連接牙買加-179街車站的延線。牙買加-179街車站設兩個島式月台，多個出入口，以及一個可停放四列十節車廂列車的車庫，便於開行前往該站的快慢車服務。[140][141]該延線於1946年開工，原計劃1949年完成，[141]但受大蕭條和二戰影響至1950年12月11日才通車，[142]紐約地鐵E線、F線的列車服務延伸至該站。[142][143]
二戰結束後，IND系統的規劃線路已全部完工，但不少既有線路的設施已開始老化。1951年，政府發行5億美元債券用於建設第二大道線，但債券折出的資金卻主要用在建造連接線上，包括1954年啟用的卡爾弗連接線（將IND卡爾弗線沿迪特馬斯大道和麥克唐納大道延伸）、1955年開通的60街隧道連接線（將IND系統延伸至康尼島，將BMT百老匯線和IND皇后林蔭路線貫通）、1967年開通的克里斯提街連接線（將BMT線路經曼哈頓大橋與IND第六大道線貫通）[144]
1955年1月，紐約與紐澤西港務局和三區橋隧局籌集12.5億美元用於運輸系統的建設，但時任紐約市政府總規劃師羅伯·摩斯不批准紐約大部分大眾運輸系統的建設，[145]:930–933而是增加在高速公路和市政道路建設上的投入。[145]:939–958美國記者羅伯特·卡羅在《權力掮客》一書中提到，對大眾運輸系統的重視度不足將導致地鐵的衰落。[145]:933
此後，紐約市政府陷入財政危機，多條高架鐵路關閉，包括IRT第三大道線（曼哈頓段在1955年關閉，布朗克斯段在1973年關閉）、BMT萊辛頓大道線（1950年關閉）、BMT福爾頓街線大部分路段（1956年關閉）、BMT默特爾大道線的布魯克林市區段（1969年關閉）、BMT卡爾弗接駁線（1975年關閉）和BMT牙買加線位於皇后區的一段（1977年關閉）。[146]此後有計劃興建射手大道線並延伸至皇后區以取代被拆除的BMT牙買加線皇后區段，但射手大道線在1989年通車時並未延伸至皇后區。
此外，既有線路的維護工程也一再拖延。至1970年代，紐約地鐵犯罪猖獗，搶劫、偷竊、槍擊、兇殺案件更為常見，列車車廂內外遍布塗鴉，頻繁被破壞，加上紐約市警察局人手不足，市民出行大多不乘坐地鐵，地鐵客流量連年下降。由於養護不善，列車故障頻發，時常晚點，即使在繁忙時段也有近三分之一的列車無法使用。用於維修的列車零件經常丟失，或是因維修人員不足而無法及時更換。[146]1968年，紐約地鐵的養護人員加入美國運輸工人工會，工人工作二十年即可退休，經驗豐富的養護人員中近三分之一流失。[146]
直至1980年代，政府投入180億美元用於紐約地鐵的翻新工作。1985年至1991年間，超過3000節車廂被翻新並裝上空調，舊列車的舒適度、運行穩定性增強後，購置新列車的計劃被推遲，而運輸局也只購置了1350列新車廂，替換紐約地鐵中車齡最高的一批列車。此外地鐵機廠周圍也增加警衛和圍欄，防止有人在車廂上塗鴉或破壞列車。[129]與此同時，運輸局投入大量資金修復地鐵沿線設施，十年間幾乎整個地鐵系統的鐵軌都得到翻新，原先因腐蝕而破舊不堪的威廉士大橋和曼哈頓大橋也得到翻修。地鐵車站刷上新油漆，換上新的照明設施和指示牌，安保措施加強。運輸局也改善了之前被忽視的服務，包括更新員工服，以及訓練員工調校列車路線牌等。部分列車服務也順應乘客需求進行調整。[129]為改善地鐵治安，鐵路警察和「守護天使組織」的成員開始在夜間巡查地鐵列車。[129]至90年代，地鐵犯罪頻率大幅下降。
1956年，時任運輸局局長查爾斯·帕特森計劃拆除42街接駁線列車上的座椅，以提高載客量。[147]
50年代，1號線繁忙時段的列車服務調整。96街車站以北原先設有一個轉轍器，從IRT萊諾克斯大道線駛來的慢車需在此轉至慢車軌道，而從百老匯支線駛來的快車需在此轉入快車軌道，使列車運行受阻。這一轉轍器在1959年2月6日拆除，所有從百老匯駛來的列車均為慢車，所有從萊諾克斯大道線駛來的列車均為快車，這樣便沒有變軌的需要。所有3號線列車即日起全部在96街車站以南以快車形式運行，1號線列車則在242街車站和南碼頭車站之間運行，並冠以「高速慢車」（Hi-Speed Locals）的名稱，行駛該線的列車為新引進列車R21型和R22型，運行時間與舊有的快車服務相近。[148]
1962年11月15號，為減輕大中央-42街車站的客流壓力，萊辛頓大道／59街車站開通快車服務，該站開通快車服務後，乘客可在IRT萊辛頓大道線快車和前往皇后區的BMT列車之間換乘。不過該站開通快車服務前就已經是萊辛頓大道線上最繁忙的車站。[149]該站的快車月台在1959年8月10日開工建設。[150]
60年代中葉，紐約市政府撥款60億美元予大都會運輸署，用於建設時任市長約翰•林德賽提出的新線路。其中約12.3億用於建設三條隧道，以及開挖用於建設第二大道線和63街線的坑洞。[146][129]但在1975年，紐約市政府破產，這些工程旋即停止，此後聯邦政府墊付建設費用至1985年，但這些工程仍未能完工。[151]這一「行動計劃」分兩期進行資助：[152]
以下是「行動計劃」第一期的新線路和相關開支：[129]
以下是第二期的項目：[129]
此外，運輸局也計劃將多條既有高架鐵路轉換為地鐵，包括新建射手大道線以替換BMT牙買加線東段，以及拆除IRT第三大道線，將其替換為一條在公園大道與大都會北方鐵路軌道平行的新地鐵線路。[129]
由於早期的私有地鐵公司互相競爭，為覆蓋儘可能多的區域，各公司會開行行經地點重疊的列車服務。40年代起，由於不少高架鐵路被拆除，而當局又未能籌集足夠資金新建替代的地鐵線路，紐約地鐵的服務路線實際上在不斷減少。紐約地鐵的衰落起於20世紀60年代，並一直持續到80年代末。[129]
1973年，塗鴉在紐約市流行，同年底，幾乎所有地鐵列車上都有塗鴉，[153]這一現象與紐約市政府地鐵維護資金緊張，無法及時去除塗鴉及養護列車有關。[154]紐約市長約翰•林德賽在1972年即宣布開始打擊地鐵塗鴉行動，然而市政府無法立即籌集到足夠資源解決塗鴉問題。[155][154]大都會運輸署曾嘗試用酸溶液清洗列車上的塗鴉，但這導致每年地鐵列車養護費用增加至130萬美元，列車清洗計劃於1973年冬季停止。次年9月，當局再次開始用酸溶液清洗車廂，但這一清洗方法弊大於利。[129]
隨著各種刑事案件與塗鴉之間逐漸產生聯繫，各界人士要求政府加大清除塗鴉的力度，這一呼聲在1982年發表的破窗效應理論流行後越來越大。[155][156][157]80年代，隨著警方巡查和安保措施加強，以及設備清洗次數的增加，紐約地鐵塗鴉現象逐漸減少。[153]
80年代末，列車清洗工作進一步加強，塗鴉現象在地鐵列車上消失，從此塗鴉只能在拆車廠的廢棄列車上見到。[154]1989年5月12日，紐約地鐵所有列車實現「零塗鴉」。[158][155][154][159][160]隨著塗鴉人群的減小，與塗鴉群體有關的刑事案件數量減少。[154]
1977年10月，在第三大道和48街交匯處建設城市交通中心的計劃被擱置。至1978年12月，政府共耗資6300萬美元用於建設第二大道線，但項目在1975年12月停工時，僅有三段隧道建成。
1975年6月，紐約地鐵客流量跌至1918年的水平，此後1976年6月30日至1977年6月30日之間，地鐵年客流量下跌2500萬，八年時間內，地鐵客流量下滑了3.27億。據估計，若情況持續下去，至2002年將沒有人乘坐地鐵。[129]
由於客流量的下滑，繁忙時段運行的列車車廂數量減少，從1974年的5,557列跌至1978年的4,900列。1977年1月，為減少維護費用並提高運營安全，非繁忙時段的地鐵列車車廂也減少。同時地鐵班次變疏落，1974年A線、D線、N線、RR線列車班次為4分鐘一班，1978年為5分鐘一班。[129][161]
1975年5月27日，為減少運營成本，運輸局宣布94個地鐵行程將於當年9月終止，這些行程占A系統的4%。7號線的快車服務在早上9:30至下午3:30之間停運，乘客只能選擇班次加密的慢車。[162]同月，運輸局計劃取消A線在非繁忙時段的快車服務。[163]
1975年12月17日，運輸局宣布自1976年1月18日起，繁忙時段列車服務將縮減4.4%，這一措施使得繁忙時段列車班次減少279班，萊辛頓大道線的服務大幅縮減，繁忙時段的南向列車減少7班。1976年1月至7月間共實施了三次服務縮減，共減少營運成本1260萬美元。 多條地鐵服務路線在三次服務縮減中被調整甚至取消。1月19日，運輸局計劃取消F線在布魯克林的快車服務，並將GG線縮短至史密斯-第九街車站。4月，運輸局計劃將所有在繁忙時段以137街-市立學院車站為終點站的1號線列車服務延長至范科特蘭公園-242街車站，而在中午運行的1號線列車也縮短為5節車廂。7月，運輸局計劃取消EE線並將N線沿IND皇后林蔭路線延伸至大陸大道以替代EE線。往曼哈頓的N線列車繼續以快車方式運行，而相反方向的列車則改為慢車，繁忙時段N線列車終點站視情況在白廳街和康尼島之間切換。7月，運輸局計劃將CC線延伸至洛克威公園，以取代縮短至哈德遜總站的E線。7月，運輸局計劃取消K線。[164]
這些措施最終在8月30日實施，當日共有215班車取消。1967年紐約地鐵日均載客量為8,200人次，至1976年8月30日僅有6,337人次。[161]
1976年12月14日，運輸局再次計劃縮減服務，計劃在1977年1月實施，包括取消滾球綠地-南碼頭接駁線、富蘭克林大道接駁線和AA線（其中A線的深夜服務將取代AA線）的部分班次，將GG線的深夜服務縮短至皇后廣場，將B線和N線部分班次改為只在36街和康尼島間運行。此外，運輸局也計劃將所有非繁忙時段的10節車廂列車縮短為八節、六節或四節。[165]
自40年代起，紐約地鐵養護工作被逐漸忽視，而低廉的票價也使地鐵養護工作進一步減少。1970年5月20日，傑克森高地-羅斯福大道／74街車站發生列車事故，兩人死亡，這是自1928年時報廣場脫軌事故以來紐約地鐵最嚴重的一次事故。事故過後，雜誌《紐約》發表長文，揭露紐約地鐵設施養護情況惡劣，[166]文章指出，儘管紐約地鐵近7200節列車每六周或每運行7,500英里（12,100公里）檢查一次，但高峰期運行的十車廂列車允許存在四至五個損壞的發動機；1970年，紐約地鐵準點率達85.8%，而該年4月與設備破舊有關的列車延誤達1142次。[166]但即使養護不善的情況被媒體揭露，紐約地鐵仍普遍存在照明、風扇、指示牌損壞和車門、車輪、剎車故障的情況，列車脫鉤也屢見不鮮，IRT系統的車站中近三分之一沒有消防用水。此外自1969年初至1970年中，5655名地鐵職工離職或退休。[166]
70年代末，為避免設備養護不善而導致脫軌，紐約地鐵不少路段須限速運行。高峰期列車數目持續下降，從1976年的5557節，至1977年的5025節，最終至 1978年5月的4900節。由於設施養護不善，新引進的R46型列車大多磨損嚴重，運輸局不得不在1979年把200節已退役的R16型列車重新投入運營，而R46列車只能在高峰期行駛。[129]
1983年，紐約地鐵準點率低於50%，[167]列車故障頻發。1981年，325班列車車次取消。[167]每年平均發生2500次列車火災事故。[167]
1978年12月，《紐約每日新聞》發表文章，指出紐約地鐵狀況最惡劣的車站、列車等。從犯罪率和維護狀況來看，最糟糕的地下車站為大中央-42街車站，最糟糕的高架車站為中村-大都會大道車站，車況最差的列車為R10型列車，信號機最差的線路是IRT百老匯-第七大道線（此後該線路的信號機在80年代更新），軌道最差的線路是BMT海灘線，該線自1915年開通後，其設備幾乎沒有更新過。[146]
受財政危機影響，MTA用於翻新隧道、鐵軌、轉轍器、信號機，以及維持地鐵24小時運行的資金極為有限。為延長列車運行年限，非高峰期的班次開始以只有正常編組一半的列車行駛。地鐵基建設施的陳舊甚至影響到正在進行的63街線和射手大道線工程，63街線的施工隧道遭受水浸，射手大道線穿過帕森斯林蔭路的工程建設也舉步維艱。[129]
80年代早期，紐約地鐵設備狀況極為惡劣，民怨不斷。當時在興建63街線時，MTA計劃在約克大道和東63街建造通風管，遭到曼哈頓居民反對，居民寧願MTA將資金用於維護已有設施，也不要用於建造新設施。MTA也曾在1980年10月計劃暫停63街線和射手大道線工程，並將資金用於設備養護上。
地鐵系統大多高架路段、曼哈頓大橋和威廉斯堡大橋的結構嚴重老化，導致80年代紐約地鐵多條線路頻繁停運：多個列車服務臨時改道；曼哈頓大橋四條軌道中的兩條在1986至2004年間同時停用並進行重建；威廉斯堡大橋的軌道在1988年4月至6月間臨時關閉以進行緊急修復工作。[129]80年代，由於威廉斯堡大橋通行狀況惡劣，用於翻新BMT牙買加線（途經該橋）的聯邦撥款被押後。威廉斯堡大橋的鋼結構被禽鳥糞便腐蝕，超過200條纜索斷裂，橋梁的混凝土掉落。[129]
1981年，MTA計劃關閉多條客流量小、設施破舊的線路，包括BMT卡納西線、IND跨城線、IND匯集線或IRT傑羅姆大道線161街-洋基體育場車站以北的部分、BMT牙買加線百老匯交匯車站或塞普路斯山車站以東的部分、IND卡爾弗線的剩餘部分、BMT西城線、IRT代里大道線、IND洛克威線的一部分、IRT白原路線的一部分，以及BMT默特爾大道線的剩餘部分。[168]而事實上，作為《行動計劃》的一部分，BMT牙買加線東段已經停止運作。[129]與此同時也有官員建議地鐵在午夜至早上六點間停運，以降低犯罪率。[169]非繁忙時期的列車車次以及非核心區域支線的列車車次大幅減少。[170]
1981年《紐約每日新聞》如是報道紐約地鐵營運情況：[171][172]
1986年，MTA和區域規劃協會再次計劃關閉紐約地鐵26英里（42公里）長的地面部分，以順應人口遷移，包括IRT傑羅姆大道線、IRT代里大道線、BMT富蘭克林大道線、IND跨城線、IND洛克威線，以及BMT默特爾大道線的一部分、BMT牙買加線的一部分。同時也有計劃關閉IND卡爾弗線南段、IRT百老匯-第七大道線北段、IRT白原路線北段、BMT海灘線全線。不過這一計劃與1981年的計劃不同，在這些線路關閉後，還將有37英里（60公里）的新線路開建。[173]
1960年代，時任市長小羅伯特·F·瓦格納要求增加運輸警察人數，從1,219人增加至3,100人。警員開始於犯罪率高的時段（晚上八點至次日清晨四點）在地鐵列車和車站上巡邏。該措施成效顯著，犯罪率顯著下降。[174]
然而，自紐約市政府於1976年陷入財政危機後，地鐵每天都有罪案發生，而1977年又有11宗罪案在地鐵明挖區段發生，多名運輸局職員受傷。1977年12月前兩周，在「地鐵大掃除」行動中，近兩百人因涉嫌在地鐵中犯罪而被捕。乘客因害怕罪案發生而不乘坐地鐵。[146]1978年最後一周，地鐵罪案數字激增，警方提供的地鐵罪案數據遭質疑。1979年前兩個月，地鐵發生六宗殺人案，而前一年全年僅發生九宗。
1979年2月，反犯罪活動者柯蒂斯·斯利瓦成立「守護天使組織」，該組織的成員開始在夜間於搶劫案頻發的IRT萊辛頓大道線4號線列車上巡邏，以遏制地鐵犯罪。此後該組織的巡邏範圍逐漸擴展到紐約市的其他地區。截至1980年2月，「守護天使組織」共有220名成員。[175]
1978年，運輸局推出「機場專列」服務以吸引乘客乘坐地鐵，該列車服務由運輸警察維護秩序。不過相關服務在1990年因低客流量和設備頻繁故障而終止。
1979年3月，時任市長郭德華要求紐約市執法部門制定遏制地鐵犯罪的方案，同時要求執法部門不再聲稱地鐵比街道安全。兩周後，多名運輸局高級警官公開要求運輸警察總督察桑福德·蓋利克辭職，他們聲稱蓋利克已無法控制地鐵犯罪。最終於1979年9月11日，蓋利克被開除，詹姆斯·B·米漢繼任，直接對紐約市警察總監負責。[146]截至1979年9月，紐約地鐵系統每周平均發生約250宗重案，位居世界各地大眾運輸系統之首，有警官在執法過程中放過因生活所迫而盜竊的人。此外由於運輸警察和紐約市警察局的無線電使用不同頻率，兩者之間難以協調。由於巡警巡邏時間表固定，不少重犯摸清了巡警巡邏的時間和地點。由於公眾對運輸警察信任度低，1979年10月，運輸警察增加誘捕和臥底單位。[146]
1979年3月至1980年3月間，地鐵每天發生的重案數目從261降至154，但整體犯罪率仍增長70%。[176]
1980年，IRT佩勒姆線的砸窗事件頻發，全年造成約兩百萬美元的損失，其他線路的列車也未能倖免於難。由於被砸窗的列車需暫停運營，導致地鐵延誤更為頻繁，單在1980年8月，便有775次列車延誤與故意破壞列車有關。[177]故意破壞列車的現象一直持續至1980年代中期，1985年1月27日至2月2日之間，紐約地鐵1號線、6號線、CC線、E線、K線五條線路的列車共更換了1129塊玻璃。[178]在地鐵及巴士換乘中心，出現非法兜售換乘票的現象。[179]鑑於地鐵的高犯罪率，市長郭德華甚至計劃在時報廣場地鐵站成立地鐵法庭，以提高審訊地鐵罪犯的效率。1982年，有運輸官員建議將地鐵票價從60美分增加至65美分，以籌集增加晚上八點至次日早晨四點巡邏警力的資金。1985年6月啟動的「高能見度行動」又將警察巡邏地鐵的時間延長至次日早晨六點，同時確保每列地鐵列車中都有一名警官。[180]
1982年1月20日，MTA主席理察·拉維奇對商界組織「改善紐約協會」（Association for a Better New York）表示，他不敢讓自己的孩子在夜間乘坐地鐵，甚至自己坐地鐵時也膽戰心驚。[181]MTA內部開始討論地鐵客流量長期偏低的原因。至1982年10月，由於大眾對地鐵犯罪的恐懼、地鐵服務質量低下以及部分經濟因素，紐約地鐵客流量已下降至1917年的水平，[182]不到十年的時間，地鐵失去約3億人次的客流，主要原因便是地鐵治安狀況惡劣。1985年7月，紐約市公民犯罪委員會發布報告，提到地鐵治安惡劣導致客流量的下降。[183]此後，「修理破窗」政策實施，該政策計劃通過懲治迫於生計而盜竊的人，以遏制重案發生。[184][185]在該政策下，MTA於1984年啟動一項五年計劃，計劃根除地鐵塗鴉問題，並在1985年聘用「破窗理論」提出者之一喬治·L·凱林為該計劃的顧問。[186] [187][188]
1984年12月22日下午，紐約地鐵發生槍擊案。當天，四名非裔美籍年輕人（巴里·艾倫、特洛伊·坎蒂、達雷爾·卡布伊（均為19歲）和詹姆斯·蘭蘇爾（18歲））攜帶螺絲刀，登上一列往市區方向的2號線（百老匯-第七大道線快車）R22型列車，計劃前往曼哈頓的電子遊戲廳竊取遊戲機的錢款。[189]列車抵達曼哈頓14街車站，[190][191]此時四人位於第七節車廂（列車共十節車廂）。[192][193]乘客伯恩哈德·格茨進入同一節車廂，並一直走到四名年輕人身旁。據格茨供述，四名年輕人向他索要錢財，之後格茨對四人開槍，導致四人受重傷。格茨在九天後向警方自首，最終格茨被指控試圖謀殺、襲擊、魯莽危害他人等多項槍枝犯罪。然而一名陪審員認為格茨除了攜帶無證槍枝外，其他罪名均不成立。格茨最終被判處服刑八個月。[194]槍擊案引發對種族、犯罪、自我防衛、民眾能否依賴警察來確保自身安全的討論。[195]該事件也被視作促進抵制犯罪運動的因素之一，[196]以及美國全國步槍協會要求放開管制隱藏攜帶槍枝的運動的成功原因之一。
1989年，MTA要求運輸警察防範輕微罪行（如逃票）的發生，90年代初期，運輸局也在賓夕法尼亞車站和大中央車站實施了類似的政策。1993年，紐約市長魯迪·朱利安尼和警察總監霍華德·薩菲爾上任後，「破窗理論」得到進一步落實，政府對一切形式的犯罪實行「零容忍」政策。地鐵犯罪率下跌，[197]《紐約》雜誌社在1995年8月14日出版的雜誌封面上刊登「我們所知道的犯罪的終結」（The End of Crime as We Know It）。朱利安尼政府將此歸功於「零容忍」政策，[198]候任紐約市警察總監威廉·J·布拉頓和「破窗理論」提出者之一喬治·L·凱靈也認為警察在打擊犯罪中起重要作用。[199]不過也有學者質疑「零容忍」政策對犯罪率下跌所起的作用。[200]
1995年4月2日，原先隸屬運輸局的運輸警察局被併入紐約市警察局。[116]
「行動計劃」促使大批地鐵線路終止運營。IRT第三大道線位於布朗克斯的剩餘部分於1973年關閉，並由大都會北方鐵路下方新建的地鐵線路替代，該線路與第三大道線相隔一個街區。1975年2月28日，E線不再經停42街／港務局客運總站車站的下層月台。1975年5月11日，卡爾弗接駁線（迪特馬斯大道車站至第九大道車站）終止運營，該線軌道數曾被削減至一條，停運前行車狀況惡劣。1976年8月27日，GG線一端終點站從教堂大道車站移至史密斯-第九街車站，K線和EE線取消。1976年12月15日，GG線的另一個終點站移至皇后廣場車站。1977年9月11日至80年代早期之間，BMT牙買加線從168街車站縮短至121街車站，兩站之間的服務於1988年由BMT射手大道線替代。[129]
隨著「行動計劃」的實施，不少高架鐵路被拆除，但仍在運行的高架線路因養護不善而結構狀況堪憂。一位市民向《紐約郵報》反映稱BMT阿斯托利亞線的高架橋在列車駛過時有大批混凝土碎屑掉落，1979年1月，另一位市民險被IRT佩勒姆線高架橋（謝里加大道和城堡山大道之間的一段）上脫落的混凝土塊砸死，同年9月份又有多人聲稱「有東西從（BMT西城線新烏德勒支大道段）高架橋上脫落」，此事使得本森赫斯特一家反噪音組織的律師和州議員馬丁·所羅門控告MTA，要求MTA修整相關高架橋。
1976年10月27日，BMT布萊頓線貝弗里路車站以南的一座擋土牆上有鬆脫的混凝土塊掉在南向軌道上，相關軌道需重新鋪設，途經的慢車服務需改行往曼哈頓方向的快車軌道，同時在貝弗里路車站和展望公園車站之間也有臨時接駁服務提供。1976年11月1日至1977年2月25日之間，近百班列車取消或改道。[129]
紐約地鐵逃票現象導致運輸局失去大筆收入。[201]在紐約地鐵衰落期，為挽回乘客的信任，運輸局採取了兩種辦法，第一種是修整地鐵設施，第二種則是改變乘客眼中的地鐵形象。運輸局將消除塗鴉和防止逃票視為改變地鐵形象的重要手段。[202][203]
1988年11月，運輸局開始記錄地鐵逃票率。1989年1月運輸局成立「逃票工作小組」（Fare Abuse Task Force，FATF）時，逃票率為3.9%，而1990年8月地鐵票價上漲15美分後，出現一天之內231937人逃票的情況，逃票率達6.9%。這一混亂情況一直持續到1991年。[204]為打擊逃票，FATF在305個逃票率較高的車站中加強監督，便衣警察隨機進行小規模排查，逮捕逃票者，[205]站外設有以巴士改裝成的「移動票務中心」來快速處理逃票者，[206]工作人員輪班監視出入閘門，並作情況報告。便衣調查員每周在目標車站進行長達六小時（主要在早晨繁忙時段）的記錄，記錄逃票情況。1992年，逃票率終於出現緩慢下降，1994年，逃票率急跌至約2.7%。[207]
與逃票現象的減少相伴隨的，是紐約地鐵乃至整個紐約市犯罪率的下跌，有學者認為「破窗理論」的應用是犯罪率下跌的原因之一，而打擊逃票則是「破窗理論」中所說的小犯罪。[208]不過也有學者認為，犯罪率的下跌與查處逃票的行動有關，警察在逮捕逃票罪犯時，同時也起到逮捕暴力罪犯的作用，因而有利於治安環境的改善。[209][210]除了逮捕逃票者以外，90年代早期，運輸局也著手改善票務系統和逃票污點記錄系統，此後在引進自動票務系統時，也將防止逃票的功能納入考慮。
經過一系列的研究後，運輸局認為人工售票方式效率低下，該收費模式為人工出售地鐵代幣，並使用電子識別機進行識別。為改善票務系統，運輸局開始嘗試使用自動票務系統，該系統包括在進站口安裝全封閉式的閘機，這種閘機的欄杆從地面一直延伸到天花板。第一個安裝這種閘機的車站是110街車站。閘機安裝後，該站的逃票率低於「對照組」車站。[211]不過全封閉式的閘機也使地鐵環境顯得陰暗，也影響車站整體美觀，而由於自動票務系統無法主動制止逃票，使用較低的閘門會為逃票者提供機會。[212]
1994年起，紐約地鐵開始全面引進自動票務系統。地鐵逃票率大幅下降，車站也逐漸地不再設置票務監督人員。
隨著經濟復甦，1979年紐約地鐵客流量相對於1978年增長4%。[213]
1979年，《紐約每日新聞》刊登系列廣告《全新的地鐵》，並提到地鐵將來的多項改善計劃：
隨著城市快速運輸法案的實施，紐約州偕同紐約與紐澤西港務局在接下來的六年內共向紐約地鐵提供17億美元的資金。[213]
此後，地鐵美學顧問菲利斯·瑟夫·瓦格納宣布啟動「地鐵換裝行動」，計劃重新為地鐵車站上漆、改善地鐵照明、增加月台座位並加快車窗更換速度，同時計劃拆除地鐵車站內的小賣部，為列車漆上藍色條帶，並模仿亞特蘭大地下城興建地鐵地下街，從34街-先驅廣場車站一直延伸至47-50街-洛克斐勒中心車站（連接洛克斐勒中心大堂）和大中央-42街車站。地下城最終沒有建成，但其他地鐵換裝計劃最終得以實施。[213]
80年代中期，紐約地鐵開始翻新車站，對列車進行大修並淘汰舊列車，地鐵設施狀況自1986年開始有所好轉。自1985年，地鐵車站開始張貼車站周邊街道圖。[214]1985年地鐵運行中發生的脫軌事故僅有3件，相比之下1983年發生21次，1984年發生15次。1986年內，因軌道需要維修而途經列車不得不減速至十英里的區段從500處減至2處，[215]其中BMT布萊頓線羊群頭灣車站至展望公園車站一段的軌道得到二十年來的首次更換。然而不少車站在翻新後，出現月台過低或空隙過大的情況。部分軌道需先移除道砟再更換軌道。[216]已在4號線上運行一年的新R62型列車運行狀況良好，平均故障間隔達50,000英里（相比之下其它型號列車為9,000英里），其他列車的故障頻率也有所降低，1980年所有列車的平均故障間隔為6,000英里，而1986年9月則達到10,000英里。80年代中期，紐約地鐵共引進670節新車廂，850節車廂得到翻新，3,000多節車廂實現「零塗鴉」。此外列車上也開始安裝車速表。[213]
MTA也投入資金用於維修地鐵設施，列車零件得到定期檢查，批次R26至R46的列車均進行了翻新，B部門的所有批次小於R32的列車以及A部門所有批次小於R26的列車均裝上空氣調節。地鐵系統中狀況惡劣的軌道逐漸得到維修，無縫軌道也逐漸增多。80年代後期，紐約地鐵平均故障間隔持續增長，達歷史新高。但在眾多線路中，富蘭克林大道接駁線的狀況卻逐漸變差，因為MTA計劃在20世紀末終止該線路的運營。[213]
自70年代早期，多項改善地鐵系統的計劃被提出。
在1968年「行動計劃」進行到一半時，地鐵發布狀況報告，提到：「幾乎所有計劃進展均遠超五年前的預期，儘管遇到技術問題、法律障礙、管理失敗和資金有限的問題，計劃仍得到重大進展。」。1973年，多項計劃均有所進展，其中六項為行動計劃的項目：
1974年4月，市政府向地鐵緊急撥款，以進行以下修復工作：
此後政府又發行總值35億美元的債券（在1973年11月6日降低數額），以資助下列工程：
紐約地鐵直至70年代末期仍有多項計劃，大部分最終得以落實。[146]
1978年10月，再有一筆2700萬美元的聯邦資金投入，使紐約地鐵能夠進行以下工程：[146]
1979年的地鐵改善計劃包括：[85]
1979年5月，紐約地鐵再請求1990萬美元的聯邦資金並用於以下改善計劃：[85]
為節省資金，1976年MTA計劃終止富蘭克林大道接駁線的運營，但遭到沿線居民反對。[85]MTA於1998年再次打算終止該線運營，但再次被沿線居民投票反對。[217]
1977年，位於布魯克林的林登修理站啟用，使MTA能夠在室內製造軌道板等設備。[85]
1978年1月16日，MTA啟用三個換乘站：[85]
1981年4月，MTA計劃進行以下列車服務變動：[218]
1981年，MTA開始在地鐵系統部分路段安裝無縫軌道。[85]
1983年6月，MTA計劃進行以下列車服務變動：[219][220]
1986年3月25日，區域規劃協會提出數項改善紐約地鐵的計劃，[221][222]包括為應付人口遷移而計劃終止26英里高架鐵路線的運營，新建17英里的新地鐵線，以及20英里的新地面線路。這些計劃也包括：[223]
區域規劃協會也建議在2000年前優先投資以下項目：[221]
1986年4月，紐約公共運輸局開始研究停用11段使用率低的地鐵線路的可行性，這些線路主要位於布朗克斯、布魯克林和皇后區的低收入地區，總共涉及79個車站，軌道全長45英里，占整個地鐵系統的6.5%。該計劃最早在1985年4月啟動的三年計劃「策略計劃倡議」（Strategic Plan Initiative）的第一部分。該計劃由MTA提出，評估MTA的巴士、地鐵、通勤列車服務。這11段地鐵線路客流量低，重建需要較多資金，同時有其他可替代的交通服務，包括：[223]
至1989年8月，MTA還曾考慮過以下計劃：[224]
1988年12月，紐約地鐵啟用三條換乘通道及三座新車站：[225]
三座新車站為蘇特芬林蔭路-射手大道-JFK機場車站、牙買加中心-帕森斯／射手車站和牙買加-凡維克車站。[116]當日多個列車服務發生變動，J/Z線於1988年12月11日開通跳站停靠列車服務。此外IND福爾頓街線快車服務也從僅在工作日行駛改為除凌晨外全日服務，因曼哈頓大橋而停運的B線、D線、Q線由該服務臨時替代。
1989年5月12日，紐約地鐵最後一列有塗鴉的列車結束服務。[226]此後紐約地鐵甚少出現有塗鴉的列車。[160]
1989年10月29日，63街線通車。該線的21街-皇后橋車站設有預留隧道，該隧道在此後近十年時間內也沒有完成延伸，故稱為「無處可去的隧道」。[116][227]該線全長3.2英里（5.1公里），設3個車站，共花費8.68億美元，建造該線也被認為是浪費資金。[228]
80年代，MTA計劃購置208節63-英尺（19-公尺）長車廂以替換260節51-英尺（16-公尺）IRT系統的列車，不過IRT系統從未引進過該長度的車廂。這批車廂將在1979年11月通過的《運輸債券法案》（Transportation Bond Act）下花費1.9億美元購置。這批列車與R44和R46型列車一樣，總長度同樣為510英尺長，但由於各節車廂較長，車廂數較少，維護費用較低。然而車廂較長的列車無法停靠14街-聯合廣場車站的可移動月台，也無法停靠彎度過大的月台，如南碼頭車站月台。最後經過專家研究後，相關計劃被取消。[229]
1982年3月，MTA與日本川崎重工業達成協議，購置325節新IRT車廂，這是紐約地鐵系統第一次引進外國製造的列車。[230]同樣參與了列車招標的公司還有龐巴迪運輸和巴德公司。[230]第一個購置項目提供了購置1,150節車廂的資金，但川崎重工業無意製造其餘825節IRT車廂，最終龐巴迪運輸獲得了其餘列車的訂單，這批列車是R62A型列車。
1982年10月，MTA向由多家法國工程公司組成的財團購買225節車廂，這批列車即R68型列車，同樣參與招標的還有住友集團和巴德公司。1986年6月20日，第一批R68型列車在通過三十天的測試後正式投入服務，其餘列車也在日後逐漸運抵，該批車廂共有425節。此後MTA又向川崎重工業購置200節車廂，即R68A型列車，第一批R68A型列車於1988年4月12日運抵紐約，並在1988年5月18日投放於IND匯集線開展為期三十天的測試。
R62、R62A、R68、R68A型列車投入服務後，紐約地鐵R10、R15、R16、R17、R21、R22型列車退役。
90年代紐約地鐵客流量持續攀升。1993年，在1989年至1993年間戴維·丁金斯擔任紐約市長時，他通過加稅抵消了紐約市政府2億美元的財政赤字，但他的做法未得到廣泛接受，使得它在1993年的市長選舉中敗給魯迪·朱利安尼。[100]:360朱利安尼希望在不加稅的前提下維持紐約的正常運轉，於是他在1994年撤去了原計劃撥給MTA的4億美元經費，而他也不提出任何改善地鐵系統的計劃。[231]而紐約州議員也在90年代減少了提供給MTA的經費，直至21世紀後才大致不變。[231]
九一一事件發生時，世界貿易中心下方的地鐵車站臨時封鎖，其餘列車服務也縮短服務時間為上午10:20至中午12:48。[232]大樓倒塌後，行經曼哈頓下城的多班列車因停電而無法行駛，乘客須經隧道疏散。部分仍可行駛的列車因信號失靈，需啟動特別操作程序。
位於世界貿易中心地底的IRT百老匯-第七大道線錢伯斯街車站至雷克托街車站段受影響最大，部分隧道及科特蘭街車站嚴重損毀，需要重建。錢伯斯街車站以南的列車服務暫停，此後又進一步縮短至14街車站，34街-賓州車站以南的路段也頻繁遭水浸。9月17日積水清除後，1號線開始在范科特蘭公園-242街車站和14街車站之間行駛，並在96街車站以北以慢車模式運行，在該站以南以快車模式運行，2號線、3號線列車在曼哈頓停靠所有車站（但在10月1日前仍需跳過堅尼街車站和福爾頓街車站之間的所有車站）。1號線和9號線的「跳站停靠」模式暫停運作。
在96街車站多次轉轍錯誤引致的延誤後，列車服務於9月19日再度更改，1號線恢復為曼哈頓慢車服務，但終點站改在布魯克林新地段大道車站，以替換總站改在14街車站的快車服務3號線，而2號線則繼續在曼哈頓以慢車模式運行，不過錢伯斯街車站和南碼頭車站之間的列車服務以及百老匯-第七大道線跳站停靠服務仍舊沒有恢復。最終1、2、3、9號線列車服務在2002年9月15日恢復正常，但科特蘭街車站被關閉，以配合世界貿易中心的重建工作。[233][9]
由於BMT百老匯線蒙塔格街隧道鄰近世界貿易中心，列車運行可能導致混凝土塊移位，該線的列車服務也受到影響。位於教堂街下方的百老匯線科特蘭街車站在大樓倒塌後嚴重受損，並一直到2002年9月15日廢墟清理完畢、結構重建完成、修復被水淹的道床後才重新開放。自2001年9月17日起，N線和R線暫停運行，並由M線（該線也臨時經蒙塔格街隧道、BMT第四大道線和BMT海灘線延伸至康尼島-斯提威爾大道車站）和J線（該線也臨時經第四大道延伸至灣脊區-95街車站）代替。而在皇后區，Q線臨時代替R線，W線臨時代替N線。BMT百老匯線的所有列車服務除Q線外均在堅尼街車站以北以慢車模式運行，而Q線則繼續在57街車站和布萊頓海灘車站之間行駛。在此期間J線和Z線的跳站停靠運作模式也暫停。以上七條線路的服務在10月28日全面恢復正常。
一連串的列車服務變動導致九一一事件後只有IRT萊辛頓大道線在曼哈頓中城及下城之間運行，該線在BMT百老匯線恢復服務之前極為擁擠。另外萊辛頓大道線華爾街車站一直關閉到9月21日。
IND第八大道線E線的一個樞紐站位於世界貿易中心五號大樓地下，在此次事件中結構未受損壞，但被大樓倒塌揚起的灰塵覆蓋。E線列車服務臨時延長至布魯克林尤克利德大道車站以替代暫停運營的C線（此外A線和D線也在59街-哥倫布圓環車站以北以慢車模式運行，在夜間和周末替代C線的服務，而在145街車站或貝德福德公園林蔭路車站和34街-先驅廣場車站之間運行的B線則在工作日以慢車模式運行，替代C線服務。C線於9月21日恢復服務後，E線縮短至堅尼街車站，但錢伯斯街車站和百老匯-納蘇街車站一直關閉到10月1日，世界貿易中心車站一直關閉到2002年1月。[9][10]
隨著地鐵系統改善車站環境、增加維護工作、提高列車準點率，加上1989年起地鐵犯罪率的下跌和塗鴉的減少，紐約地鐵客流量整體保持上升趨勢。1995年至2005年間，紐約巴士和地鐵總客流量增長36%，而同期紐約市人口僅增長7%。[234]2008年，由於能源危機導致燃油價格大幅上漲，紐約旅遊業的發展帶來遊客數量的增加，以及紐約市人口的增長，紐約地鐵和巴士總客流量較2007年增長3.1%，達23.7億人次，達到自1965年來的最高水平。[235]
2013年，儘管地鐵運營一度受到颶風珊迪影響，當年紐約地鐵客流量仍保持增長，達17億人次，為自1949年來的最高水平。[236]2013年4月，《紐約》雜誌報道稱紐約地鐵比過去66年內的任何時候都要擁擠。[237]2014年，地鐵日客流量超過六百萬人次的天數達29天，預計在2015年將達55天。相比之下，2013年地鐵日客流量從未達到六百萬人次。[238]
麥可·布隆伯格擔任紐約市長期間（2001年至2013年），紐約地鐵系統再有多段線路開工或通車。[231]第一個通車的新區段為63街線和IND皇后林蔭路線的連接線，於2001年12月16日開通，當天起F線列車服務改道63街線，同時新開通V線，經皇后林蔭路和第六大道慢車軌道，來往森林小丘-71大道車站及第二大道車站，以替代F線在53街的列車服務，而為了給V線讓出軌道，G線一端總站改在法庭廣場車站。列車服務變動後，地鐵新增兩個出站換乘。第一個為萊辛頓大道／59街車站和萊辛頓大道-63街車站之間的免費出站換乘，以便原先乘坐F線的乘客在F線改道後繼續行程。第二個是法庭廣場車站和45路-法庭大樓廣場車站之間的出站換乘。[239][240][241]
2003年，用於興建新南碼頭車站的資金獲分配，新車站工程於2005年啟動。[242]新站的工程最初曾因耗資過高和節省時間的效果有限而遭反對。[243]由於舊南碼頭循環車站月台過短，1號線十車廂列車只有五節車廂停靠在月台，其餘五節無法上下客，[244]而該站也因月台彎度過大而需要加裝月台伸縮踏板。新車站將設有兩條軌道和足夠容納十車廂列車的島式月台，月台彎度也將大幅減小，這些配置將使該站足以發揮終點站的作用。[244][245]MTA聲稱新車站將為乘客節省四至六分鐘時間，並將有利於加密1號線班次，從每小時16至17班加密至每小時24班。[244]
90年代末至2000年代初，要求重新啟動第二大道線工程的呼聲日益加大。早在1955年第三大道高架鐵路拆除前，政府就已承諾新建第二大道線，但因計劃一直未有較大進展而遭諷刺。在分配建設資金和完成環評報告後，MTA於2007年3月20日與S3財團（斯齊亞沃尼/謝伊/斯堪卡）簽署合同，S3財團將承建地鐵隧道。[246]而線路的初步設計和隧道的最終設計則由AECOM和奧雅納共同負責。[247][248]2007年4月12日，第二大道線正式破土動工，而承包商在96街和第二大道的施工準備在4月23日開始。[246][249]
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2007年10月，MTA批出7號線延伸段（將IRT法拉盛線延伸至34街車站）建築合同，[126]該線於2008年6月破土動工，而隧道鑽挖工程在2010年完成。該工程是近六十多年來第一個由紐約市政府資助的地鐵工程，[250]紐約市政府也希望藉助該線促進位於地獄廚房地區的長島鐵路西城機廠周邊地區的發展。[251]
2009年，MTA財政赤字達12億美元，[252]這導致了2008年至2010年間的三次地鐵車費上漲，[253]也導致了地鐵服務的變動，V線和W線取消，N線全面改為慢車服務（2010年前該線在工作日為快車服務，在周末為慢車服務），Q線在工作日向北延伸九個車站至阿斯托利亞-迪特馬斯林蔭路車站，N線和Q線的服務變動是為了替代取消的W線。M線則在工作日經克里斯蒂街連接線、IND第六大道線和IND皇后林蔭路線至森林小丘-71大道車站，而不是行經BMT第四大道線和BMT西城線到海灣公園道，以替代V線。此外，G線縮短至法庭廣場車站。十一條在建線路的工期被延長，七條線路的非繁忙時段延長。[254]
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2012年10月29日，為應對颶風珊迪，MTA要求在颶風到來前暫停所有地鐵線路、長島鐵路和大都會北方鐵路服務。[255]颶風珊迪給地鐵系統帶來破壞，其中IND洛克威線受損壞最為嚴重，霍華德海灘-JFK機場車站和哈姆斯威爾（Hammels Wye）之間多個區段受損，形成一段與地鐵系統其他部分相獨立的區段。MTA於是將20節R32型列車運至該區段，提供臨時的小區間服務，以H線的名義運行。[256][257]H線列車在海灘90街車站和遠洛克威-莫特大道車站之間運行，站外提供臨時接駁巴士服務。[258]IND洛克威線受損區段於2013年5月30日恢復通車，並在沿線建造新的護岸以抵禦未來的颶風。[259][260][261]
地鐵系統中多條下穿東河的隧道因風暴潮被淹，[262]新南碼頭車站被淹後受損嚴重無法使用。2013年4月4日，舊南碼頭循環車站重新開放，臨時替代新車站提供服務。[263][264]颶風過後，第一個開始修復的隧道是下穿新鎮溪的綠點隧道（Greenpoint Tube），該隧道在2013年逢周末關閉，並在2014年夏季則全面封閉，以進行修復工作。[265]第二個是蒙塔格街隧道，在2013年8月[266][267]和2014年9月[268][269][270]之間關閉並進行修復。
克拉克街隧道（Clark Street Tubes）也在颶風吹襲期間受損，需要在2017年6月至2018年6月間的周末關閉並修復。修復工作影響了2號線, 3號線、4號線和5號線的列車服務。[271]2017年6月27日，新南碼頭車站恢復使用，緩解了克拉克街隧道關閉所帶來的影響。[272][273][274]新南碼頭車站恢復使用一周後，MTA臨時關閉BMT默特爾大道線長達十個月，以重建該線的兩座高架橋（一座是連接BMT牙買加線的310英尺（94公尺）長的高架橋，另一座是上跨長島鐵路蒙托克支線的鮮潭橋（Fresh Pond Bridge）），以便提供替代BMT卡納西線的列車服務，為修復BMT卡納西線下穿東河的隧道做準備。[275][276][277][277][278]
受重建工作影響，BMT卡納西線貝德福德大道車站以西的一部分將在2019年初至2020年中關閉18個月，[279][280][281]此後於2017年4月計劃關閉時間又縮短至15個月。[282]
2009年啟用的新南碼頭車站耗資5.3億美元建造，超過其原先預計的4億美元，其中大部分的資金來自聯邦運輸管理局用於重建世界貿易中心的專款。[244]2009年1月，由於建成的車站軌道離月台距離過寬，加上站內漏水，啟用日期被迫押後。[283]問題解決後，新車站於2009年3月16日啟用，連接白廳街車站的新換乘通道隨之啟用。[284][285][286][287]
2013年12月20日，時任市長麥可·布隆伯格乘坐IRT法拉盛線行經即將啟用的新7號線延伸段前往34街-哈德遜調車場車站，以此慶祝自己任期內的重要大工程。[288]至2013年，7號線延伸段已完成90%，[288]原計劃2014年啟用，[289][290][291][292]但直至2015年9月13日才開通。[293][294][295]據《紐約時報》報道，線路延遲開通是因為多部定製的斜行電梯未製造完成。[296]此外，《紐約郵報》於2014年12月發表文章，將新線路開通延期歸咎於承建哈德遜機廠的里雷提公司，該公司在建造機廠地基並進行沉箱作業時，MTA無法啟用新車站。[297]
2014年11月10日，福爾頓轉運中心面向公眾開放，福爾頓街車站也完成了長達十年的翻新工程。[298][299][300]該站的翻新工程為九一一重建項目之一，曾飽受爭議。[231]
2010年便停運的W線在2016年11月7日重新開始運行，這是第二大道線開通的一部分[301]2017年1月1日，第二大道線正式開通，[302]新車站吸引大批市民前來體驗。[303][304][305]當日約4.82萬名乘客進入該站，該數據不包括從其他車站坐地鐵抵達該站的乘客。[306]
當紐約地鐵多條新線路開通時，地鐵系統內不少線路卻逐漸出現養護不善，用於養護的費用自90年代就開始逐漸降低，直至2012年才重新增加。此外誤點的情況也越來越頻繁，至2017年，工作日班次僅有65%準點到達，是70年代運輸危機之後的最低點。[231]在紐約地鐵發生多宗脫軌事故、[307][308]軌行區失火[309][310]和過度擁擠的情況後，紐約地鐵官方宣布進入緊急狀態。[309][311]
為解決地鐵系統存在的問題，MTA於2017年6月28日開展「天才運輸挑戰賽」（Genius Transit Challenge）活動，參賽者可以提出改善地鐵信號系統、通信系統和列車的建議。[312][313]2017年7月25日，MTA主席勒霍塔宣布啟動一項行動計劃，以穩定地鐵系統的運營，防止地鐵系統持續衰敗，該計劃分兩步進行，預計耗資90億美元。[314][315][316][317]該計劃第一步將在信號系統和軌道維護、列車可靠性、系統安全性、乘客溝通、危機處理小組五方面進行提高，預計耗資8.36億美元，第二步將從「天才運輸挑戰賽」中挑選出獲選的建議並加以實施，同時解決地鐵系統普遍存在的一些問題，預計耗資80億美元。[315][316][317]MTA於2018年3月公布了六項「天才運輸挑戰賽」中獲選的建議。[318]
2017年10月，紐約市審計員斯科特·史特靈格發布分析報告，提出地鐵延誤對經濟和通勤人士的影響。該報告指出，若以2016年地鐵平均候車時間5分鐘以及平均時薪34美元為標準，地鐵延誤二十分鐘的「最糟情況」每年將帶來約3.89億美元的生產值蒸發，[319]延誤10至20分鐘的「中等情況」每年將帶來約2.431億美元的生產值蒸發，延誤5至10分鐘的「最佳情況」每年將帶來約1.702億美元的生產值蒸發.[320]
2017年11月，《紐約時報》對紐約地鐵運輸危機的調查報道指出，來自共和黨和民主黨的地方和州級政治家做出的決策存在財政不可靠的問題，並最終導致了地鐵的運輸危機。在2017年，紐約地鐵的平均準點率為65%，位居美國各大城市地鐵系統最後。在過去的十年裡，除接駁線以外，紐約地鐵每條線路的準點率均有下降。[231]
目前紐約有多條地鐵線路處於規劃中，包括一條在布魯克林猶提卡大道地底的線路，[321][322]一條跨區環線（三區RX），[323][324]洛克威海灘支線北段（廢線改造），[325][326]以及一條前往拉瓜迪亞機場的線路。[327]
2016年11月，MTA向聯邦運輸管理局（Federal Transit Administration, FTA）請求允許第二大道線二期工程在FTA的「新起點」計劃下進入項目發展階段，[328]FTA在12月下旬批准了MTA的請求。[329]根據獲批的計劃，MTA將在2018年完成第二次環境評估，在2020年前獲得建設資金，並在2027和2029年間開工。[330]第二大道線將分四期建成，二期工程將使線路向北延長至東哈萊姆的125街車站，三、四期工程將使線路向南延長至曼哈頓下城的漢諾威廣場車站。[331]
1918年，一列前往南碼頭車站的列車與兩列停靠在傑克森大道車站附近的IRT白原路線列車相撞。[332]這是紐約地鐵有記錄以來第一次嚴重事故。
以下僅列出導致人員傷亡或嚴重破壞的事故。
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此外，在1918年進行事故記錄前，1905年9月11日，曼哈頓第九大道高架鐵路發生列車脫軌事故，13人死亡，48人重傷。參見第九大道列車脫軌事故[353][354]
紐約地鐵歷史上，還發生過多起不涉及列車的事故，[355][356][357]包括數起乘客接觸第三軌而觸電身亡的事故，[358][359]，以及數起乘客被推下鐵軌身亡的事故。[360][361]
1960年，「周日炸彈客」（Sunday Bomber）於周日和節假日在紐約地鐵[362][363][364]和渡輪上放置多枚炸彈並引爆，[365]1位女性死亡，另有51名通勤族受傷。
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