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香港特别行政区政府行政部门由首长行政长官领导，第一层司长及副司长、第二层决策局、第三层部门所组成。
根据《香港基本法》，特区政府设置“政务司、财政司、律政司和各局、处、署”。事实上香港没有以“政务司”或“财政司”为名的部门，各决策局编制上只需向政务司司长办公室或财政司司长办公室汇报工作；大部分政府部门则设在决策局之下。另外行政长官办公室和部分独立机构，如廉政公署、申诉专员公署和审计署等直属行政长官；当中审计署署长和廉政专员与问责局长一样经行政长官提名，由中华人民共和国国务院任命。
基本法第60条规定香港特别行政区政府首长为行政长官。按基本法第48(1)条，行政长官职责包括领导特区政府。
司长及副司长属于“主要官员”，任免皆须由行政长官报请中华人民共和国国务院批准；包括政务司司长、财政司司长和律政司司长，负责制订最主要的政策，直接向行政长官负责，属下各设一名副司长，六位官员可各自聘任一名政治助理。其中律政司司长是行政长官首要的法律顾问，没有辖下决策局，而律政司副司长则是律政司司长的法律顾问。
决策局（又称为政策局）首长为决策局局长，也是“主要官员”，职能类似英国政府部长的内阁大臣，负责制订、统筹及检讨特订范筹，如卫生、运输、保安等政策，和监督属下执行部门的工作；所有决策局又共同组成政府总部。时任行政长官董建华于2002年7月1日实行问责制之前，所有决策局均只向政务司司长或财政司司长负责；实行问责制后，改为直接向行政长官负责。时任行政长官曾荫权2005年10月在他首份施政报告中又改为决策局先向政务司司长和财政司司长汇报，二人才再向行政长官汇报。
政府架构于2002年后经历多次改组，由当初“3司11局”到2007年的“3司12局”，再到2015年的“3司13局”，2022年5月17日，审议并通过重组政府架构的方案，目前外界多将司长及决策局统称为“3司15局”[1]。
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政府部门由接近十八万名公务员组成，负责执行行政长官会同行政会议的政策和立法会制定的《香港法例》，并管理公共事务。
| 部门 | 首长 | 姓名 | 所属决策局 | 备注（如适用） |
|---|---|---|---|---|
| 特首政策组 | 特首政策组组长 | 黄元山 | 直接向行政长官负责 | 非公务员职位，薪酬相当于局长级问责官员 |
| 行政长官办公室 | 行政长官办公室主任 | 叶文娟 | ||
| 行政长官办公室 | 行政长官办公室常任秘书长 | 蔡杰铭 | ||
| 公务员叙用委员会 | 主席 | 郑美施 | ||
| 申诉专员公署 | 申诉专员 | 陈积志 | ||
| 审计署 | 审计署署长 | 林智远 | 属主要官员，由中华人民共和国国务院任命 | |
| 廉政公署 | 廉政专员 | 胡英明 | ||
| 入境事务处 | 入境事务处处长 | 郭俊峯 | 保安局 | |
| 香港海关 | 海关关长 | 何珮珊 | ||
| 香港警务处 | 警务处处长 | 萧泽颐 | ||
| 民众安全服务队 | 总参事兼副处长 | 梁冠康 | 另外设有属名誉职衔的处长，由公众人士担任 | |
| 政府飞行服务队 | 政府飞行服务队总监 | 胡伟雄 | ||
| 香港辅助警察队 | 辅警总监 | 杨祖赐 | 属非公务员担任的名誉职衔 | |
| 消防处 | 消防处处长 | 杨恩健 | ||
| 禁毒处 | 禁毒专员 | 李基舜 | ||
| 截取通讯及监察事务专员秘书处 | 秘书长 | 叶玉芬 | 有关专员由法官担任 | |
| 惩教署 | 惩教署署长 | 黄国兴 | ||
| 医疗辅助队 | 医疗辅助队总监 | 林文健 | 由卫生署署长兼任 | |
| 卫生署 | 卫生署署长 | 林文健 | 医务卫生局 | |
| 公务员学院 | 公务员学院院长 | 郭荫庶 | 公务员事务局 | |
| 公务及司法人员薪俸及服务条件咨询委员会联合秘书处 | 秘书长 | 尤建中 | ||
| 香港特别行政区政府驻北京办事处 | 驻北京办事处主任 | 郑伟源 | 政制及内地事务局 | |
| 选举事务处 | 总选举事务主任 | 陈淑华 | ||
| 土木工程拓展署 | 土木工程拓展署署长 | 方学诚 | 发展局 | |
| 土地注册处 | 土地注册处处长 | 谭惠仪 | ||
| 水务署 | 水务署署长 | 黄恩诺 | ||
| 地政总署 | 地政总署署长 | 罗淦华 | ||
| 屋宇署 | 屋宇署署长 | 余宝美 | ||
| 建筑署 | 建筑署署长 | 李翘彦 | ||
| 规划署 | 规划署署长 | 锺文杰 | ||
| 渠务署 | 渠务署署长 | 莫永昌 | ||
| 机电工程署 | 机电工程署署长 | 潘国英 | ||
| 工业贸易署 | 工业贸易署署长 | 廖广翔 | 商务及经济发展局 | |
| 投资推广署 | 投资推广署署长 | 刘凯旋 | ||
| 知识产权署 | 知识产权署署长 | 黄福来 | ||
| 香港电台 | 广播处长 | 张国财 | ||
| 香港邮政 | 香港邮政署长 | 戴淑娆 | ||
| 通讯事务管理局办公室 | 通讯事务总监 | 梁仲贤 | ||
| 公司注册处 | 公司注册处处长 | 邓婉雯 | 财经事务及库务局 | |
| 政府物流服务署 | 政府物流服务署署长 | 陈嘉信 | ||
| 政府产业署 | 政府产业署署长 | 冯建业 | ||
| 政府统计处 | 政府统计处处长 | 余振强 | ||
| 库务署 | 库务署署长 | 张秀兰 | ||
| 破产管理署 | 破产管理署署长 | 麦锦罗 | ||
| 差饷物业估价署 | 差饷物业估价署署长 | 萧家贤 | ||
| 税务局 | 税务局局长 | 陈施维 | ||
| 民政事务总署 | 民政事务总署署长 | 张赵凯渝 | 民政及青年事务局 | |
| 政府新闻处 | 政府新闻处处长 | 廖李可期 | ||
| 民航处 | 民航处处长 | 廖志勇 | 运输及物流局 | |
| 海事处 | 海事处处长 | 王世发 | ||
| 路政署 | 路政署署长 | 邱国鼎 | ||
| 运输署 | 运输署署长 | 李颂恩 | ||
| 大学教育资助委员会秘书处 | 秘书长 | 邓特抗 | 教育局 | |
| 在职家庭及学生资助事务处 | 在职家庭及学生资助事务处处长 | 曾裕彤 | 就学生资助处事宜，向教育局负责 | |
| 社会福利署 | 社会福利署署长 | 李佩诗 | ||
| 劳工处 | 劳工处处长 | 陈颖韶 | ||
| 行政署 | 行政署署长 | 伍江美妮 | 政务司司长办公室 | |
| 法律援助署 | 法律援助署署长 | 庄因东 | ||
| 香港金融管理局 | 金融管理局总裁 | 余伟文 | 财政司司长办公室 | |
| 房屋署 | 署理房屋署署长 | 锺沛康 | 房屋局 | 由房屋局常任秘书长兼任 |
| 食物环境卫生署 | 食物环境卫生署署长 | 吴文杰 | ||
| 政府化验所 | 政府化验师 | 李伟安 | ||
| 香港天文台 | 香港天文台台长 | 陈柏纬 | ||
| 渔农自然护理署 | 渔农自然护理署署长 | 黎坚明 | ||
| 环境保护署 | 环境保护署署长 | 徐浩光 | ||
| 数字政策办公室 | 数字政策专员 | 黄志光 | 创新科技及工业局 | |
| 创新科技署 | 创新科技署署长 | 李国彬 | ||
| 旅游事务署 | 旅游事务专员 | 张冯泳萍 | 文化体育及旅游局 | |
| 康乐及文化事务署 | 康乐及文化事务署署长 | 陈咏雯 |
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第六届特区政府架构如下：
香港政府沿用两层架构至1970年代初，各个部门直接向布政司负责；布政司署虽然有负责政策研究之官员，但职级比部门首长低，部门首长往往坚持要与布政司讨论，事无大小均由布政司决定，造成行政效率低下，为此时任港督麦理浩委任麦健时顾问公司寻找对策。该公司于1972年发表《麦健时报告书》，建议将权力下放，在布政司和部门之间加入“决策科”，负责制订政策，并由各有关部门负责执行[2]。
香港特别行政区政府成立后，架构大致承袭英治时期，只是名称有所变动，将原“布政司署”改称为“政府总部”；“决策科”改称为“决策局”、“资源科”改称为“资源局”。其时共有13个决策局及2个资源局，决策局分别为政制事务局、教育统筹局、规划环境地政局、运输局、工务局、卫生福利局、民政事务局、房屋局、保安局、工商局、文康广播局、经济局及财经事务局；两个资源局分别为公务员事务局及库务局。其后整合部分部门，当中包括1998年成立新的决策局资讯科技及广播局及解散文康广播局；和2000年成立的环境食物局，规划环境地政局改名为规划地政局及将市政总署及区域市政总署解散，并以新成立的康乐及文化事务署和食物环境卫生署取代。
2002年7月董建华趁第二任行政长官开始之际实施主要官员问责制，改为政治任命决策局首长，局长以合约形式聘用，任期与行政长官挂钩，须承担政治风险；原有由公务员担任的局长席位改称常任秘书长，维持公务员擢升体系。决策局亦被重组，改为设立11个决策局，外界将之与三位司长合称“三司十一局”。当时十一局包括公务员事务局、政制事务局、教育统筹局、环境运输及工务局、卫生福利及食物局、民政事务局、房屋及规划地政局、 保安局、工商及科技局、经济发展及劳工局及财经事务及库务局。被批评得较多的是这些决策局的重组方式，例如将关系不大的环境及运输合于一局；普遍认为是为免类似2001年环境保护署否决九广铁路的落马洲支线穿过塱原湿地的尴尬情况，于是将两个相关部门置于同一局长之下，董建华自己也承认决策局合并的方式“不太科学”。[来源请求]
2007年7月1日，曾荫权连任行政长官，决策局轻微改动，重组成12个，新增发展局，外界改称为“三司十二局”。2012年香港特别行政区行政长官选举后，候任行政长官梁振英提出“五司十四局”，为政务司司长及财政司司长各设立一名副司长、新设文化局；商务及经济发展局改组为科技及通讯局和工商及产业局；发展局和运输及房屋局，则改组为房屋及规划地政局及运输及工务局[3]。但立法会否决提早审议有关议案，使新班子未能在同年7月1日以新架构就职[4]。事隔一年半后，梁振英于2014年度施政报告内重提架构重组方案，从商务及经济发展局分拆出创新及科技局。创新及科技局于2015年11月20日正式运作，外界改称为“三司十三局”。
到了2022年1月12日，林郑月娥公布政府架构重组方案，建议增设文化体育及旅游局、分拆运输及房屋局、改组食物及卫生局、重组民政事务局等。[5]有意见从公共财政管理角度质疑是否用得其所，认为各局仍会各自为政。[6][7]同年5月17日候任特首李家超公布新架构安排，当中开设3个副司长新职位，即政务司副司长、财政司副司长及律政司副司长；成立新的文化体育及旅游局，从民政事务局接掌文化、艺术和体育事务，以及从商务及经济发展局接掌电影、创意产业和旅游事务；分拆运输及房屋局为运输及物流局和房屋局两个决策局；创新及科技局改名为创新科技及工业局；重组民政事务局为民政及青年事务局；扩大环境局并改名为环境及生态局，接掌目前属食物及卫生局负责的环境卫生、食物安全、渔农及禽畜公共卫生等政策；改组食物及卫生局为医务卫生局[8]。
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| 政策范畴 | 1997年7月1日 | 1998年4月9日 | 2000年1月1日[注 1] | 2002年7月1日[注 2] | 2007年7月1日[注 3] | 2015年11月20日 | 2022年7月1日[注 4] |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 教育 | 教育统筹局 | 教育统筹局 | 教育局 | ||||
| 劳工 | 经济发展及劳工局 | 劳工及福利局 | |||||
| 福利 | 卫生福利局 | 卫生福利及食物局 | |||||
| 医疗 | 食物及卫生局 | 医务卫生局 | |||||
| 食物及环境卫生 | （临时市政局、临时区域市政局） | 环境食物局 | 环境及生态局 | ||||
| 环境 | 规划环境地政局 | 环境运输及工务局 | 环境局 | ||||
| 规划地政 | 规划地政局 | 房屋及规划地政局 | 发展局 | ||||
| 房屋 | 房屋局 | 运输及房屋局 | 房屋局 | ||||
| 运输 | 运输局 | 环境运输及工务局 | 运输及物流局 | ||||
| 工务 | 工务局 | 发展局 | |||||
| 科技 | 工商局 | 资讯科技及广播局 | 工商及科技局 | 商务及经济发展局 | 创新及科技局 | 创新科技及工业局 | |
| 工业 | 工商局 | 商务及经济发展局 | |||||
| 通讯广播 | 文康广播局 | 资讯科技及广播局 | 商务及经济发展局 | ||||
| 商业 | 工商局 | ||||||
| 经济 | 经济局 | 经济发展及劳工局 | |||||
| 旅游 | 文化体育及旅游局 | ||||||
| 文化及康乐体育 | 文康广播局／（临时市政局、临时区域市政局） | 民政事务局 | |||||
| 民政 | 民政事务局 | 民政及青年事务局 | |||||
| 财经金融 | 财经事务局 | 财经事务及库务局 | |||||
| 库务 | 库务局 | ||||||
| 政制 | 政制事务局 | 政制及内地事务局 | |||||
| 保安 | 保安局 | ||||||
| 公务员 | 公务员事务局 | ||||||
注：除主要政策范筹外，尚有其他细微工作调整，请参阅有关决策局条目。
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