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根据传说，日本于公元前660年2月11日建国[1]。日本在公元4世纪出现首个统一政权倭国，其后于大化革新后确立天皇体制，引入唐朝文化，学习汉字与建立东亚的习俗与价值观，对日本造成了深远的影响。12世纪末，日本开始六百多年的幕府时代，期间曾经历一个半世纪的战国时代，由丰臣秀吉于1590年初步统一。1600年，德川家康在关原之战打败其他大名后，于17世纪初建立江户幕府，并从第三代将军德川家光起实行锁国政策二百多年。
1853年黑船事件后，日本国内有志之士提出“尊王攘夷”等号召，江户幕府在舆论压力下，被迫将政权还给明治天皇，史称“大政奉还”。1868年，明治天皇经由戊辰战争胜利施行明治维新整顿内政，富国强兵的政策主导近代日本的开端。1920年代一战后短暂经历大正民主时期，到1930年代落入军部控制，实行军国主义，但于1945年被盟国击败后宣布投降。日本在恢复主权后经济高速增长，跻身先进国家之列；1990年代，日本泡沫经济破灭。
史前时代・原史时代
关于日本列岛上被确认过的人类历史，大约可追溯到爱知县出土10万年前的古蒙古人种“牛川人”化石乃至3万年前，及在琉球出土的1万8千年前古蒙古人种“港川人”[2][3]。约3万4千年前，从华北地区传来被称呼为小刀型石器的石器，在列岛全区被广泛的使用，但在约2万年前由西伯利亚过来新的称呼为细石刀片的石器主要在东日本传开。一段时间里，东日本细石刀片文化与西日本的小刀型石器文化并存，不久细石刀片也在西日本传开，约1万5千年前左右，小刀型石器的踪影急速消失。
约1万2千年前，因末次冰期结束而开始急剧温暖化，使得人们的文化与生活产生极大变化，除了琉球群岛以外，全岛进入了绳文时代。
约1万2千年前开始被称为绳文时代。分为草创期、早期、前期、中期、后期、晩期这6期。
这个时候的人们制作绳文式陶器、早期以后迈向定居，大部分住在半地穴式房屋（竪穴式住居）。使用弓箭狩猎、贝冢渔捞、采集植物等经营生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。而此时人们也进行栽培，后期到晩期间种植稻。
公元前10世纪左右至公元3世纪前后的期间被称为弥生时代。时代划分的名称，是由这个时期被视为代表特征性的弥生式陶器而来。1884年，在东京府本郷区向冈弥生町（今东京都文京区弥生町），这种陶器首次被发现，故名。
在这一时期，以种植稻米为中心成立的农耕社会，从北部九州向东逐渐扩散至日本列岛全域。弥生时代根据陶器的形式，可分为前、中、后三期。前期从九州扩展到近畿一带（东日本尚处于绳纹时代末期），中期波及到东北地方。扁平片刃石斧等磨制石器、青铜器和前期北九州的支石墓等类似于大陆文化。弥生文化从一开始就具有先进的农耕技术，通常认为它受到来自朝鲜、吴越与中原汉人的移民的影响。中期以后灌溉技术进步，农业生产渐趋稳定。后期，铁制农具普及，石器基本消失。铜铎、铜剑、铜矛、铜戈等青铜祭器发达，出现制铁和制盐等社会分工。通过交易和战争等，形成统一的政治性的地区集团。此时北海道尚不能种植水稻，仍处在绳纹文化阶段。
古代
顾名思义，古坟时代就是盛行修筑古坟的时代。前方后圆的大小古坟，以奈良县为中心，散布在北起福岛县、南至熊本县和大分县的广大地区。5世纪又从宫城县扩展到鹿儿岛县。古坟只埋葬氏族首长，由氏族成员共同修筑，并使用奴隶殉葬。
日本皇室的前身“大和王权”究竟是何时正式建立尚不明确，但史料记载在公元2世纪以前日本列岛上的国家就至少有两次向中央朝廷遣使。魏志中记载了2世纪末一场波及整个倭国的大乱和乱后3世纪初的霸权国家“邪马台国”（音近似于yamato“大和”），从史书中可见其政体有着十分强烈的神权色彩和严格的身份等级，但同时也具备着较为成熟的官僚机构。3世纪后半期出现最古老的大型前方后圆形古坟箸墓古坟被建立起来，其被葬者有可能就是史书中提及的女王卑弥呼。
4世纪，中国历史文献完全没有关于日本的记录，日本史学家称呼这段时期为“空白的四世纪”[6]，但并不意味着人们对这一时期一无所知；根据1877年被发掘的好太王碑铭文上记载，4世纪末大和王权与日本海另一侧的大国高句丽王国发生了战争，导致大和王权在朝鲜半岛的扩张受挫（韩国主流学者否认此事件的真实性）。
5世纪初，百舌鸟和古市古坟群（其中最著名的为大仙陵古坟）被营建，此时期被认为是王权的全盛期，可能对应记纪中的应神天皇和仁德天皇的统治时期。同时期南朝宋的史书中记录了“倭五王”向南方朝廷复数次的遣使。5世纪中叶原始的所有制关系开始崩溃，大家族发展为生产单位和动产所有单位，原有部族内部发生利害矛盾。此期间从出土遗物被证实为纪记中雄略天皇的统治时期，据记载这一时期政权内外动荡不断，雄略之兄安康天皇被暗杀，外戚葛城氏因被指控暗杀嫌疑遭灭族，地方豪族吉备氏作乱企图与王权分庭抗礼，记载上的统治阶级内斗激化和现实中考古得出的结论相符。
6世纪前期，武烈天皇驾崩后日本国内又发生了一系列动荡，由地方王族男大迹王为首的势力统一畿内重新确立大王的地位。同一时期北九州藩侯筑紫君磐井亦勾结与大和王权敌对的新罗起兵叛乱，但最终兵败被杀。
在内战过程中，各地首长可能授予了氏族成员和下属修造小型古坟的权利，以此增强氏族的团结。原来只是首长墓的古坟，到5世纪后半叶便向小古坟群（群集坟）演变。这种倾向到6世纪进一步发展。日本全国各地修造的古坟超过十万个。古坟的主体部分也采用横穴式石室。石室内埋葬数代家族成员，并以武器为中心，陪葬有须惠器、土师器等死后生活的必需品。
但大量小古坟群的出现，古坟作为统治者的建筑物的性质逐渐减弱。佛教在这一时期通过百济传来，朝廷中两大势力之一的苏我氏支持佛教，另一势力物部氏支持传统的神道教，双方发生激烈冲突。587年，苏我马子发动衣折之战消灭物部守屋，取得苏我家族对朝政的垄断权。因此，从6世纪末到7世纪初，倭王权在畿内尽力建造寺院，同时限制修筑小古坟群，大王和强大的豪族则葬于源于中国皇帝陵墓而建的大型方坟。这样，古坟时代临近结束，而大化革新时期发命的《薄葬令》更进一步助长这种倾向，留下来的只不过是高松冢古坟等贵族阶层的古坟，坟丘小但很华丽。东日本的古坟时期结束的比西日本晚，直到七世纪前半叶仍修造前方后圆坟。
飞鸟时代得名于奈良县的飞鸟地区（现在的明日香村，当时的都城飞鸟京、藤原京）。
公元603与604年，圣德太子分别制定十二阶冠位和十七条宪法，奠定汉式的官僚制度的基础，并受儒学影响，首先使用天皇名号；同时还派遣使节和留学生到隋朝学习。为了维持自己的专权，苏我氏极力反对改革，苏我入鹿还杀害了圣德太子的儿子山背大兄王，并与其父苏我虾夷独揽大权。但就在645年，皇子葛城联合神祇官中臣镰足发动乙巳政变，诛灭苏我氏；并颁布大化改新诏，推行革新。
公元660年，唐朝灭百济，为了复兴自己的同盟国百济，日本发兵4万大军于朝鲜半岛，却在白村江被1万唐军打的溃败，史称白江口之役。668年，天智天皇即位，模仿唐朝建立户籍管理制度，并于670年制定最早的全国性户籍。672年，天智天皇驾崩，儿子大友皇子即位弘文天皇。天智天皇的弟弟大海人皇子与其争位，爆发战争，史称壬申之乱。大海人皇子在岐阜县击败弘文天皇并即位，是为天武天皇。天武天皇时期，日本出现历史上最早的钱币富本钱。701年（大宝元年），颁布大宝律令。710年，元明天皇迁都平城京，飞鸟时代结束。
以平城京（今奈良）为都的时代。自710年（和铜三年）定都平城京，至784年（延历三年）迁都长冈京，共计74年，是律令制社会的繁荣鼎盛时期，表现在政治经济制度、阶级关系、文化以及对外关系等方面。此时贵族内部政治斗争不断发生，例如长屋王之变、藤原四兄弟和橘诸兄与僧玄昉等争权。光仁天皇及桓武天皇时期，朝廷力图整顿混乱的政治形势，缩减财政开支，改革兵制，向东北地区扩展疆域，谋求整形和重新加强律令制。
以平安京（京都）为都城的历史时代，始于794年（延历十三年）桓武天皇迁都平安京，终于1185年镰仓幕府成立，历经约400年。平安时代可分为三个时期：前期（794-967年）为律令制松懈但继续运用时期。中期（968-1068年）为摄关政治确立与全盛时期。后期（1069-1190年）为院政时期，被史学界划入中世。院政后期出现史上首个武家政权“平氏政权”，由伊势平氏专政。平清盛长年担任公卿、权倾朝野，更透过婚姻关系成为天皇的外戚，院政时期的藤原摄关家、法皇等各自与各种武家势力结合，促使伊势平氏与清和源氏等武家势力急剧上升。
庄园制度让开垦耕地的人永久拥有耕地，他们结合成利益集团，更武力兼并庄园，渐成各地武家实力的来源。
中世
平安时代晚期后三条天皇开启日本的院政期。现在的研究认为，作为历史分期的标志的主要因素：如庄园制、权门体制等等，都在院政期确立。因此，中世从院政时代开始而不是镰仓时代开始已经成为共识。院政是中世王权的基本形式，退位的天皇即“治天”作为天皇家的家长执掌国政。尽管院政时代一般仅指镰仓时代以前的时期，但事实上，院政这一政治形式一直延续下去。
关于中世国家的统治模式，有“权门体制论”和“东国国家论”两个基本观点。“权门体制论”认为以庄园制为基础的“权门势家”（武家、公家、寺社势力）互相补充、分掌国政，统一在天皇王权之下。镰仓幕府是承担军事、警察职能的军事权门。也有的学者主张京都的天皇、公家朝廷与镰仓幕府是两个不同的政权及王权。在中央朝廷的秩序之外，权门势家均有各自的家政机构及法制体系，公家、武家、寺家各大权门势家各有自己的政所、武装力量，有着自己的庄园支配系统，并且在自己的支配范围内实施审判权。院政晚期，以平清盛为代表的武士势力登上中央政治舞台。
在宗教政策上，中世的典型特征是显密体制。以延历寺、园城寺、东寺、兴福寺为中心的显密寺院承担镇护国家的职能，开展各样的密教法会、祈祷。而大寺社也有自己的家政机构、武装力量、庄园，作为“寺家”或者“寺社势力”与公家、武家互相补充，掌控国家。
源平合战（治承·寿永内乱）与奥州征战后，源赖朝建立以武家为主的权力机构。武家权力机构镰仓幕府作为执掌军事警察权和一部分裁判权的武家权门机构与公家政权共同支配国家。镰仓幕府与公家朝廷在长时间内保持着合作的友好关系。
源赖朝薨后，幕府的政权开始被北条政子与北条时政、北条义时掌握。1203年源赖家被废并于翌年被弑，源实朝成为傀儡将军直至1219年被弑。1221年后鸟羽上皇企图倒幕发动承久之乱，终为北条义时、泰时父子镇压，导致多位前后任天皇被流放。北条氏借由世袭幕府执权一职架空幕府将军的权力，在摄家将军九条赖经的时代，将军支配众多有力御家人以对抗北条氏，在京都则有将军的父亲九条道家执掌公家最高权力，延历寺等大寺社也被九条家控制，此时九条家的势力达到顶点。但在宝治合战后，九条家和三浦家失败。此后，幕府的政权被第五代执权北条时赖为首的得宗家所世袭领导，史称得宗专制。而幕府也很大程度上左右朝廷的政局、摄关的更替及皇位的废立等等。
镰仓时代的朝廷仍然维持了院政时期以来的政务治理，并在镰仓幕府的影响之下积极实施诉讼审判制度改革。朝廷与幕府之间建立了以关东申次为核心的公武交涉制度。
在第八代幕府执权北条时宗执政的时候，元世祖忽必烈曾两次侵日未果。但“蒙古袭来”却给日本社会带来了深重的影响。尤其十一、十二世纪以来的“神国”“佛国”思想在“蒙古袭来”以后进一步发展。
后期，镰仓幕府的统治日渐衰败，无法维持。镰仓幕府对王位继承的介入引发了王权的混乱。特别是后醍醐天皇即位后，他不满足于作为过渡者的地位，决心讨伐其政治上最大的障碍镰仓幕府，发动元弘之乱。元弘年间，镰仓幕府被讨伐大将、上野大族足利尊氏的倒戈乃至新田义贞挥军领导的东胜寺合战而灭亡。
在院政后期和镰仓时代，日宋日元贸易的繁荣推动文化的发展，为日本文化引入新的元素。入宋僧荣西、道元、俊芿、圆尔辨圆等在宋朝留下足迹，而兰溪道隆、无学祖元等的东渡也使得镰仓时代被称为“渡来僧的时代”。
后醍醐天皇消灭镰仓幕府后，就进行第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。后醍醐天皇的新政措施引发了一部分武士和公卿贵族的不满。其中，倒幕大将足利尊氏更为不满，他虽然被赐给天皇名字中的尊字，但他想再度开创幕府，结果足利尊氏迫使大觉寺统的后醍醐天皇退位。足利尊氏与失势的持明院统及反对后醍醐天皇的公家势力结合，拥立新天皇，新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，建室町幕府，是为北朝。而后醍醐天皇退位后持着天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良县），是为南朝，至此南北朝终于形成，史书还称为“一天二帝南北京”。
南朝在支持他的武家势力的帮助下持续与北朝作战，并利用足利尊氏与足利直义的矛盾，一度在观应扰乱中得势，北朝的光严上皇光明天皇直仁亲王都被掳走。经过多次攻防后，南朝的势力衰退，最终南朝的天皇把三神器交给北朝的天皇，结束南北朝时代。观应扰乱之后，公家朝廷的实力弱化，在室町幕府的帮助之下继续维持，室町政权的统治者则作为公家与武家政权的首班，成为“公武统一政权”的实际领导者。
足利氏原是上野豪族，而且更是镰仓幕府将军源赖朝同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，是为室町幕府。
南北朝的统一是第三代将军足利义满进行的，今谷明认为他统一以后曾企图篡夺皇位，但是现在的更多研究则倾向于认为足利义满不曾有篡位的企图，足利义满受明国（即中国的明朝。不过，在国际的一众古书中，包括国号朝鲜的古国，都是记载着明，或者是明国）册封的“日本国王”称号也并未在日本国内使用。一些学者认为，足利义满获得了近乎“院”的权力，但在足利义满之子足利义持执政以后，足利义持则退回到相当于摄关的地位上。足利义满当政期间，公家、武家纷纷与足利义满结成主从关系，在他的庇护之下建立公武一统的政权。足利义满在京都及京都郊外建立华丽的相国寺、相国寺七重塔、北山殿，使得足利义满时期的文化被称作“北山文化”。
室町时代前中期是相对稳定和平的时期，也是日本文化形成的最关键时期之一。但室町时代同时也是不断爆发饥荒的时代，受到饥荒影响的“德政”运动和“一揆”的频发也动摇了室町政权的统治基础。
室町幕府第三任将军足利义满推动了日明勘合贸易的发展。1401年，足利义满曾向明国朝贡，明国赐足利义满“日本国王”金印一枚，足利义满回书自称“日本国王，臣源义满”。当时，足利义满身着僧衣，在金阁寺迎接明使，但两国于7年后断交[7]。日本对“唐物”有着空前的喜好，而明朝铜钱的流入推动了日本商品经济的发展。
第八代将军足利义政执政时期，将军权力与大名集团的矛盾、大名集团内部的矛盾引发应仁之乱，自此幕府的权威日渐低落。1473年义政让将军位予嫡子足利义尚、正室日野富子摄政。十年后义政迁居东山第，世称东山殿、兴“东山文化”。1489年足利义尚薨后，乃父义政再度执政，翌年病故。受到应仁之乱的影响，尤其是其后由日野富子与细川政元联手策动的明应之变使得将军权力的影响力急剧降低。原本居住在京都参与中央政治的大名们纷纷回到自己的领国，着力于领国治理，日本至此进入以地方为主的社会。传统的大名与天皇权威渐趋弱势，原本受幕府策封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代（副官）、家臣、国人篡夺政权，称之为“下克上”，而有的大名则可以保持政权至战国时代。从应仁之乱开始至室町幕府灭亡，被称为战国时代。
在京都，由于被管领细川家所干涉，足利幕府的权威日渐衰落，细川胜元甚至另拥立新将军。之后第十三代将军足利义辉被三好长庆家臣松永久秀所杀，他的弟弟足利义昭被织田信长拥立，后因与信长作对而被流放，足利幕府灭亡，正式进入安土桃山时代。
近世
天正元年（1573年），织田信长放逐末代将军足利义昭，室町幕府宣告灭亡。后逐渐成为全国最强大的军事首领，并开始积极拓展统治版图，直到天正十年（1582年）消灭甲斐大名武田氏为止，已几乎完全控制近畿与东海地方，并将势力延伸至中国地方、甲信越地方、四国地方以及北陆地方，此时的全国实际政治中心也转移到安土城的织田氏手上。同年，部将明智光秀发动本能寺之变，织田信长死去（或说失踪），其长子兼织田家家督织田信忠败给明智光秀后自杀，整个织田氏顿时陷入混乱。
此时，织田氏部将羽柴秀吉在山崎之战中讨灭明智光秀，并在后来的清洲会议中拥立织田秀信继位并取得优势，而于隔年的贱岳之战打败另一重臣柴田胜家，成功整合织田氏的版图。
1584年，羽柴秀吉与东海地方大名德川家康爆发会战，双方经过一番对峙后进行和解并结为同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此为根据地建立丰臣政权，开始进行统一全国的计划。1585年，羽柴秀吉认近卫前久为犹父提高身价出任关白，同时于京都修筑聚乐第作为关白执政的政厅。经历四次的大规模讨伐后，1590年，接受后阳成天皇赐姓丰臣的秀吉完成全国大致上的统一，使日本进入百年来首见的和平时期，全国的实际政治中心也转移到大坂城的丰臣氏手上。
此后，丰臣秀吉鼓励商业以广开财源外，持续推动全国检地与刀狩令的工作，并以各种手段削弱主要大名的封地。 1592年起，丰臣秀吉将关白职务让予养子丰臣秀次，迁居伏见城以太阁的身份号令天下。他同时发动两次侵略朝鲜的战争，史上合称文禄·庆长之役（即万历朝鲜战争，韩称壬辰卫国战争）。这场战争导致西日本诸大名实力大损外，也造成丰臣氏财力上严重的负担，并促使家臣严重分裂。1595年，秀吉为淀殿幼子丰臣秀赖接班铺路，赐死时任关白的养子丰臣家家督丰臣秀次。
1598年，太阁丰臣秀吉去世，秀赖年幼继位。全国再度陷入混乱。当时最强大的大名五大老首揆德川家康利用政治手段控制大坂城的权力中心，招致多数大名与丰臣内部文官的不满。1600年，不满的大名在文官石田三成与大名毛利辉元的号召下起兵讨伐德川家康，双方在关原之战中交手，最终德川家康大获全胜，成为全国实际最高统治者。1603年，天皇下旨封其为征夷大将军开创江户幕府，至此进入江户时代。
1603年（庆长8年）至1867年（庆应3年）间被称为江户时代，于江户设置江户幕府。
1598年丰臣秀吉死后，德川家康在1600年关原之战中获得胜利并被委任为征夷大将军。1605年让位予三子德川秀忠，自任大御所并迁居骏府城持续号令天下。1615年，德川家康在大坂之战中族灭丰臣氏。幕府借由禁中并公家诸法度与武家诸法度驾驭朝廷和大名，各大名因参勤交代制度被要求定期往返江户与其领地。幕府禁止基督教，经历岛原之乱并完成锁国政策，只进行少部分在长崎出岛与荷兰和清朝的交易。和朝鲜王朝则透过朝鲜通信使维持关系。
1651年德川家光去世，由当时才10岁的德川家纲继位，自从家纲即位以后，朝廷将军宣下的仪式皆在江户进行。其后发生浪人暴乱未遂事件（庆安事件），社会动荡不安。不过，保科正之和大老酒井忠胜、老中松平信纲和阿部忠秋极力辅佐家纲，化解了这次事件。家纲执政期间将幕府机构整备完善并下令废除殉死制度，同时将家光时代的武断政治改为文治政治。
怠家纲晚年幕府财政恶化加上身体虚弱，时常卧病在床，造成大老酒井忠清专制，幕府威势逐渐减弱。1680年，家纲去世时未有子嗣，酒井忠清企图效仿镰仓时代源实朝死后让皇室的人选继任将军，因此打算拥立有栖川宫幸仁亲王，最终由于家臣堀田正俊规劝才作罢，迎立家光幼子德川纲吉即将军位。
而后政治安定经济也跟着发展，在德川纲吉时代景气良好，商人与町人盛行元禄文化。1687年纲吉颁布“生类怜悯令”，世称“狗将军”。1701年发生元禄赤穗事件。1707年富士山发生宝永大喷发。1709年德川纲吉薨逝，德川家宣继位，实施正德之治。江户时代中叶，幕府财政陷入困境，德川吉宗实行享保改革后暂时恢复财政，之后却又再度恶化。1745年德川家重继位，因执政能力有限而重用大冈忠光。1761年德川家治重用田沼意次，开启幕政由侧用人独专的现象。1783年浅间山发生天明大喷发。1787年德川家齐即位，罢免田沼意次、启用松平定信，其后因尊号事件又将其罢职。1837年家齐让位予次子德川家庆，仍续掌权柄，史称“大御所时代”。而大御所时代前后的两场幕政改革，分别由松平定信推动的宽政改革与其后水野忠邦推动的天保改革皆曾企图仿效享保改革改善幕府财政，但却未能解决根本。伴随着货商经济的发展，在化政文化和町人文化盛行之下，以往以米的年贡为基本收入的大名与旗本转为贫穷。大名实行藩政改革（藩政改革），土佐藩、长州藩与萨摩藩等在靠此改革成功后被称呼为“雄藩”。
日本最早对虾夷地的开拓始于江户时代，当时幕府派出最上德内[8]、近藤重藏[9]、间宫林藏[10]、伊能忠敬[11]等人探险北海道、库页岛和千岛群岛地区，和人对北海道的地理状况亦有了更多了解。1799年，幕府将东虾夷地改为幕府直辖地。1807年又将西虾夷地改为幕府直辖地。不过在沙俄的威胁减轻之后，1821年，全虾夷地又重新成为松前藩领地[12]。
幕府末年经由培里来航而签下神奈川条约（即“日美和親条約”），依此条约，日本开放了下田及箱馆两港口。1856年8月，美国派遣T.哈里斯抵日本下田，逼迫江户幕府同意开设由他担任总领事的美国驻日总领事馆。1857年10月，幕府又被迫同意哈里斯前往江户晋见将军德川家定。1858年，日美签下安政条约。随着尊王攘夷思想强盛，幕府大老遇刺身亡与萨英战争都令幕府的权威一落千丈，最终德川庆喜先后把政权与领地交还朝廷。
近现代
明治年间（1868年－1912年）称为明治时代。经过王政复古大号令及戊辰战争后，拥戴朝廷的诸藩，成立明治大日本帝国政府。1867年末代德川幕府将军德川庆喜主动大政奉还，以明治天皇为首的新政府正式成立[13]，江户时代结束。
1868年开始的明治维新对日本进行了多项大刀阔斧的改革，在地方政治上废藩置县，废除大名制度[14]。新政府确立新的国家制度，设立议会及制定宪法。1889年，新政府颁布了《大日本帝国宪法》（又称《明治宪法》），1890年举行了第一次帝国议会[15]。另一方面，又以培植产业及加强军力为国策推进。
1868年，明治新政府宣布设立后箱馆裁判所，便将北海道纳入新政府统治之内[16]。然而在1869年1月，旧幕府军占领五棱郭，其首领榎本武扬宣布成立虾夷共和国，并和新政府军之间爆发箱馆战争[17]。在旧幕府军投降之后，新政府宣布在北海道全境设11国86郡。1869年，新政府创建了开拓使，北海道开始进入大规模开发时代[18]。新政府鼓励失去工作的武士和士族移民北海道，并且为了加强国防，还设置了屯田兵制度[19]。除了政府动员的移民之外，亦有自发性的大规模移民，其代表例为带广的晩成社[20]。1882年，开拓使被废止，政府改设函馆县、札幌县、根室县三个县来管理北海道[21]:28-30。但由于北海道人口分布不均，这一体制效率不彰。1886年，政府决定废除三县，改设北海道厅[21]:31-33。
然而大量士族在明治维新的过程中失业，造成极大社会问题[22]，旧藩士在新政下生活困苦，演变成西南战争[23]。
日本后来有出兵台湾之议[24][25]。1871年10月，一艘琉球国船只于台风后漂流至台湾东南部[26]，其中54名登岛乘客因故被原住民处决，史称八瑶湾事件[27]。由于当时琉球国同时向清朝和日本朝贡，而清廷表示将事件交由日本处理[注 1]，日本因而在1874年5月攻打台湾南部排湾族政权，是为“牡丹社事件”[28]。
在驻华英国公使调停下，中日两国签订《北京专约》，后来日本政府将条文中的“琉球人”诠释为“日本国属民”，染指清朝朝贡国琉球国，借此在1879年吞并了琉球，琉球王国灭亡[29]，并改设为冲绳县。
1894年，朝鲜发生东学党起义，中日按《天津条约》同时出兵朝鲜半岛，起义平息后日本要求继续驻兵被拒，其后扣留高宗李熙，命大院君李昰应主国事，后日本称发现李昰应曾要求东学党与清军一起驱逐日军[30]，于是不宣而战，突袭驻守于朝鲜的大清海军。随后于1894年8月1日，中日两国互相宣战，甲午战争正式爆发[31]。1895年2月，清军溃败，清廷被迫派李鸿章代表清廷向日本求和，并以战败国身份在日本威逼下签订了条件苛刻的不平等条约《马关条约》，日本在此条约中获得了福建台湾省主权、以及二亿两白银的巨额赔款[32]，使台成为日本第一个殖民地。
1900年，俄国趁八国联军侵华战争时单独出兵占据中国东北，但各国与清廷议和后俄国拒不撤兵，遂与日英等国交恶，最终在1904年爆发日俄战争，日本获胜，取得库页岛（日本称桦太）北纬50度以南的部分[33]。
1910年与大韩帝国签订了《日韩合并条约》，令朝鲜半岛合并成为日本的一部分[34]。
大正年间（1912年－1926年）称为大正时代。明治天皇于1912年驾崩，子嘉仁继位，改元大正，是为大正时代。大正元年，因为陆军倒阁而引起第一次护宪运动（即：大正民主运动），开始出现政党政治。大正时代前期，发生第一次世界大战，时为自明治维新以来日本国力最高峰的盛世，但1921年，大正天皇因病而由太子裕仁摄政，1923年发生关东大地震，以及一战后在国际和平会议中节节败退，使日本日渐艰难。权贵与政党不断抗争，发生第二次护宪运动，实行全民普选（1925年）。亦由唯一的元老西园寺公望推荐内阁总理大臣（首相），提倡“宪政之常道”。
日本在第一次世界大战中投向协约国，向同盟国宣战，战胜后获得了德国在中国山东半岛的殖民地。1914年9月，日本向德国宣战，发动青岛战役，11月攻占青岛[35]。第一次世界大战使日本富强，日本进入“大正民主”时期。1918年，米价急涨，日本农村爆发米騒动事件，并演变成武装冲突，参与者逾二百万人；事后警方逮捕超过二万五千人，其中八千二百人被判各项刑罚：轻则罚款，重则处死[36]；此事亦使寺内内阁下台。由于当时日本内地的大米供不应求，因而增加生产朝鲜和台湾的大米，并进口更多的外地大米至内地，以解内地缺米之忧；朝鲜和台湾对内供米减少，朝鲜农民只能从满洲进口杂粮充饥[37]。
第一次世界大战期间，由于军需等因素的影响，日本经济呈现畸形繁荣。大战刚结束，日本就爆发了1918年经济危机，经过调整，至1919年四五月间开始回升。1920年春，日本又陷入了新的经济危机，日本经济由此一蹶不振，陷入了历时十年的长期萧条。对此日本政府采取了救济措施，但这些措施都未能从根本上扭转局势。在整个社会尚处在经济危机的泥沼之中时，1923年9月1日日本又遭受了关东大地震的严重打击。[38]
1917年，俄国爆发十月革命，布尔什维克党推翻了克伦斯基的临时政府，夺取了彼得格勒的政权。1918年3月苏维埃俄国与德国单独媾和，签订了《布列斯特-立陶夫斯克条约》，退出第一次世界大战。为此，协约国决定武装干涉苏俄革命，俄国白军得到日本等协约国成员支援推翻布尔什维克政权。
1918年，第一次世界大战的协约国派遣军队在西伯利亚东面海岸登陆，直接武装支援俄国白军推翻在西伯利亚的布尔什维克政权。事件最后失败告终，苏联共产政府确立。1920年协约国撤出俄国后，日本军队单独留在西伯利亚，直至1922年日本军队才撤出西伯利亚。
1926年12月25日，大正天皇驾崩，皇太子裕仁亲王继位为昭和天皇，昭和时代开始。[39]
翌年，台湾总督府宣布，开始台湾日治时期极重要的水利工程——嘉南大圳[40]，并于1930年竣工[41]。1923年9月，日本关东大地震[42]，死亡人数达十三万人，日本经济遭遇重创；1927年4月，由于日本政府救济台湾银行失败，陷全国金融于险地，史称“昭和金融恐慌”[43]；1930年，世界经济陷入严重衰退，日本未能幸免。在此期间，滨口、犬养和冈田内阁为挽救经济，主张削减军费，使军部和右翼组织不满，三人亦先后被暗杀[44]。
1931年，日军发动九一八事变，入侵中国东北，扶植傀儡国家满洲国；再于1932年，在上海发动一二八事变。
1936年2月26日，发生了二二六事件[45]，广田弘毅组阁，建立以天皇及军部为本的法西斯体制[46]。
统制派军人东条英机掌权后，日本对中国开展大规模侵略。1937年7月7日，日军策动卢沟桥事变，正式入侵中国，引发中日战争。战时日军占领华东平原，包括首都南京，并试图以南京大屠杀逼中国军民屈服[47]，估计被杀人数约三十万人[48][注 2]，蒋中正率领的国民革命军只能退守中国西南一带[49]。但其后战情僵持不下，令日军陷入消耗战；旷日持久，消耗日军大量人力、物力和财力[50]，加上欧美对日本禁运，石油和钢铁等，不得运往日本。因此军方孤注一掷，发动“大东亚战争”，向南亚继续扩张，史称太平洋战争[51]。
在政党政治日渐衰落（例如田中义一主张惩罚杀害张作霖的凶手而被迫下台），内阁总理大臣（首相）甚至会被军人政变刺杀，如五一五事件，或任意废立（首相意见或政策若与军部不同调，便会遭到军方倒阁撤废，换上亲军部的人马），二二六事件之后，统制派首脑东条英机等军人集团渐渐掌握内阁与议会的控制权，朝向军阀独裁的方向前进。
1941年12月，日军偷袭夏威夷的美军基地珍珠港，并正式向美国、英国和荷兰宣战，同时开始进军东南亚等太平洋地区。日军起初连战皆捷，然而大日本帝国海军在中途岛战役大败，成为太平洋战争的转捩点[52]。1938年以来，日军以“扫荡”、“三光作战”，试图稳定中国的日占区，但仍无法扭转整体局势。战争后期，美国海军陆战队接连攻下硫磺岛和冲绳岛，美军B-29轰炸机随即密集轰炸日本本土，许多城市遇袭，市民伤亡惨重、工业设施尽毁，并重创日本的飞机工厂和机场[53]。1945年8月6日和9日，美军依次在广岛市和长崎市投下两枚原子弹；同时苏联亦于8月8日对日本宣战，占领日属满洲。8月15日，昭和天皇以电台广播宣布投降。9月2日，日本政府签署降伏文书，接受波茨坦宣言，并将领土范围限于本州、北海道、九州、四国以及其他指定岛屿[54]。第二次世界大战正式结束[55]。
日本投降诏书发出的同时，昭和天皇所信任的铃木贯太郎内阁总辞，授意予皇族东久迩宫稔彦王组阁，东久迩宫是皇后良子的伯父。东久迩宫内阁是日本历史上唯一的皇族内阁。天皇发布大命时通常是为了稳定变局。当时，东久迩宫内阁中，有前首相近卫文麿任国务大臣、重光葵任外务大臣。后来重光葵因故辞职，由前奉天总领事，元老牧野伸显的女婿吉田茂继任。
此时，盟军派遣道格拉斯·麦克阿瑟担任盟军政府总司令，要求内务大臣山崎岩，东久迩宫内阁于是总辞，任期只有五十四日，成为日本史上最短命的内阁。
东久迩宫内阁倒台后，昭和天皇任命亲美英派的币原喜重郎组阁，昭和二十年（1945）十月九日，币原内阁成立。币原令人熟悉的事迹就是二十年代的币原外交。
战后的政党如雨后春笋一样大量成立，包括日本自由党（总裁鸠山一郎）、日本社会党（片山哲书记长）、日本进步党（总裁町田忠治）、日本协同党（委员长山本实彦）、日本共产党（书记长德田球一）也恢复活动。翌年一月，盟军总部（GHQ）公布公职追放令，禁止战犯出任公职。
战后，第一次总选举在昭和二十一年（1946年）四月十日举行，自由党得到141席、进步党得到94席、社会党得到93席、协同党得到14席、共产党得5席、其余诸派38席、无党籍81席。自由党成为第一党，鸠山一郎正准备组阁之际，盟军总部的公职追放令也烧到他身上，使他失去组阁的权力，于是他把自由党以及总理职位暂交给外务大臣吉田茂。
结果，吉田茂成为旧宪法下，最后一个被天皇大命降下而任命的总理大臣。他邀请前首相币原入阁，与进步党联合组阁。
战后在盟军的占领下，根据日本国宪法，天皇成为国家的象征，国民主权与全力发展经济路线也在宪法中得到确立。日本国宪法下第一次国会大选，吉田的政党大败，以日本社会党为首的在野政党胜出，组成以日本社会党及民主党为首的联合内阁，社会党的片山哲、民主党的芦田均相继出任首相，可惜当时社会党内部左右派严重对立，而且又爆发昭电疑狱事件，联合政府倒台。吉田茂再次重登相位，连续四次组阁，合共第一次组阁为日本史上唯一的。1948年12月23日，七名甲级战犯在东京都丰岛区池袋巢鸭监狱执行死刑。
1951年9月8日，旧金山和约签定。1952年4月28日，和约生效，日本恢复国家主权[38]。
鸠山一郎复出后，与吉田茂对立，最后吉田茂在内外交困下，不得不下台，鸠山一郎以上台后立即解散国会为条件与在野党妥协组阁，大选以后再次组阁。1955年，已经分裂的左右社会党合并，再次结成日本社会党；同年，鸠山一郎再次结合他的民主党及自由党，结成自由民主党，时称为保守合同。此后，自由民主党为执政党、日本社会党为最大在野党的政治生态一直持续到1993年，被称为“55年体制”。
鸠山一郎在促成日苏建交后退下，石桥湛山继任，但石桥不久又因健康而被迫辞职，最后由被指为战犯嫌疑的外务大臣岸信介继任（1957年）。岸信介主要政绩是修改日美安保条约，为此，革新与保守两大势力进行最终对决，爆发日本现代史上最大规模的社会运动“安保斗争”，出现不断的学生运动。其后，日美安保条约修订自然生效。岸信介被右翼份子刺伤后退任，由吉田茂的得意弟子、通产大臣池田勇人继任。
池田上场后，面对岸信介所留下的社会对立局面，他提出“宽容与忍耐”口号。经济高速增长（尤其在1960年代池田内阁时期，所得倍增计划得到实现），还被称为经济大国。池田连续三次组阁，甚至与同属吉田茂门下的岸信介之弟佐藤荣作在自民党总裁选举中竞争，最后因患上喉癌不得不辞职，由佐藤荣作继任。佐藤组阁后，日本的经济进一步上扬，冲绳返还也在其任内发生。
1964年，东京举办夏季奥运，这是日本首次举办奥运，也是奥运第一次在亚洲国家举办。奥运开幕前，全世界首条商用的高速铁路——东海道新干线通车启用。1970年，大阪万博举办，这是日本首次主办世界博览会。
佐藤荣作连续四次当选自民党总裁，并连续三次组阁，连续任期也超越恩师吉田茂及明治时代的桂太郎。他宣布引退后，自民党有5人参选党总裁，分别是佐藤派的田中角荣、大平派的大平正芳、福田派的福田赳夫、三木派的三木武夫，四人参与总裁选举。结果只有田中与福田二人出线，世称为角福战争，田中角荣成功拉拢大平、三木以及中曾根康弘结果以击败福田当选总裁组阁。
田中角荣最重要政绩，是日本与中华人民共和国建交、以及日本列岛改造计划。同时田中被指责推动金权政治。自此自民党走入一连串的弊案之中。昭和四十九年（1974年）10月，《文艺春秋》刊出“田中角荣研究──其金脉与人脉”，引来党内及国会的追究。田中在同年十一月宣布辞职。
自民党副总裁椎名悦三郎召见大平正芳、福田赳夫、三木武夫、中曾根康弘。指定由三木武夫继任总裁，世称椎名裁定。三木武夫组阁后，美国水门案所引发的余波，揭发洛克希德事件。田中涉及贪污丑闻。三木武夫企图拿此事向田中角荣开刀。结果引来党内大派系组成举党协，推举福田赳夫为继任总裁，结果在众议院选举中，自民党大败，仅籍追加公认维持议席过半数，三木辞职，由福田赳夫继任。
福田赳夫原本与大平正芳有密约，福田把党务交给大平，许诺只做一任（两年），会让给大平。但福田背约竞选连任党总裁，大平参选。结果在初选中，大平压倒性击败福田，福田宣布退选。大平组阁。
翌年众议院选举，自民党由于一连串的丑闻，失去不少议席，仅籍追加公认维持议席过半数。福田、三木、中曾根三派要求大平辞职，大平得到田中派支持而拒绝，引发四十日抗争。昭和五十四年（1979年）十一月，自民党创党以来，首次在国会首相指名选举中，自民党党总裁与党员同时参与选举，结果大平在田中派以及小党新自由俱乐部支持下，在决选投票中击败福田赳夫组阁。
昭和五十五年（1980年），日本社会党、公明党、民社党提出内阁不信任动议，非主流派组成党风刷新联盟。要求整顿纲纪。但领导层的回复不完整，结果非主流派态度强硬，结果在非主流的支持及缺席下，不信任动议以243对187通过，大平被迫解散国会，在选举中大平突然死去，由于大平之死，自民党大胜。最后由铃木善幸组阁。
两年后，铃木善幸不连任党总裁，结果中曾根康弘当选党总裁组阁，中曾根带领自民党再次走向高峰，1983年及1986年的参众两院同时选举，自民党大胜。中曾根的总裁任期也曾被延长一年，直至1987年宣布辞职，指定竹下派的竹下登继承总裁及组阁。日本的经济在此时期达至高峰，但在广场协议后，开始出现经济泡沫的局面。昭和六十四年（1989年）1月7日，在位64年的昭和天皇崩御，享寿87岁。昭和天皇的去世，为日本长达64年（实际62年零14天）的昭和时期划上句号，日本进入平成时代。
在位62年的昭和天皇于昭和六十四年（1989年）1月7日驾崩，子明仁继位，驾崩隔日起（1月8日）改元平成，日本进入平成时代（1989年1月8日至2019年4月30日）。
1989年，受到连串丑闻的打击，自民党在参选院改选失去多数，至此参议院出现没有单一政党可以取得过半数议席，加上数个新政党的成立，开始出现多党竞合的时代。
1993年，由于自民党未能实现政治改革，羽田派在不信任案中造反引致大选。在羽田派、武村正义等人离党竞选下，自民党失去国会众议院过半的席位。以羽田派的核心人物小泽一郎的奔走下，成功拉拢日本新党的细川护熙，组成非自民党及非共产党的七党一会联合政府，自民党38年的执政告终。55年体制宣告瓦解，宫泽喜一辞去自民党总裁，由河野洋平接任。自民党首次沦为在野党。不过，由于七党一会联合政府的不和，加上小泽一郎在联合政府的角色，让联合政府的最大政党社会党等不满。联合政府于1994年4月瓦解。最终社会党与过去多年来的最大对手自民党合组联合政府。自民党在短暂下台11个月后重新执政。
1995年9月，桥本龙太郎接替河野洋平出任自民党总裁。1996年1月11日，社会党籍首相村山富市辞职，由桥本接任，自民党正式重新执政。1998年，自民党再次在参议院选举失败，桥本辞职。自民党其后与公明党组建联合政府，维持参众两院的多数。
2001年，小泉纯一郎当选自民党总裁，成为首相。小泉担任首相长达五年半，是日本战后少数在任较长的首相之一。任内加强与美国的关系，推动邮政民营化等政绩。2003年，小泉获得连任。同年，自民党总裁的任期由两年延至三年。不过，任内由于坚持每年也参拜靖国神社，导致与中国、韩国的外交关系紧张。2006年，安倍晋三接任内阁总理大臣（首相）。
2007年，自民党在参议院选举大败，首次在参议院沦为第二大党，最终导致安倍辞职。此后首相更替频繁。2009年的众议院选举，自民党首次失去众议院的第一大党地位，民主党成为执政党，实现21世纪日本首次的政党轮替。不过，由于民主党施政失误，违反竞选承诺，加上处理311大地震（东日本大震灾）失当，首相更替频繁及派阀斗争，政府支持度大减。最终由于消费税增税的问题，导致民主党提前于2012年底改选众议院。
2012年底，自民党连同公明党在众议院选举取得三分之二的议席，以压倒性胜利重新执政，安倍晋三再次出任首相。安倍晋三政权上台后，推行安倍经济学。2013年，自民党在参议院选举重新成为第一大党，结束六年的扭曲国会局面，当年9月成功申办2020年夏季奥林匹克运动会，是日本自1964年以来第二度主办夏季奥运，主办城市与1964年一样为东京。2015年，日本通过和平安全法制，可以在不受外力的影响下请求自卫队向海外派兵进行维和任务。
2016年8月8日，天皇明仁发表全国电视演说，正式向日本国民表达生前退位的意向。由于日本当时的宪法或皇室典范都没有天皇生前退位的规定，因此国会在听取了皇室成员和内阁官员意见后，提出专用于明仁生前退位的特别法，并在2017年获参众两院通过。
2019年4月30日，明仁正式退位，隔日（5月1日）皇太子德仁亲王继位并改元令和，日本进入令和时代。
2020年，日本受到COVID-19疫情影响严重，导致日本政府数次援引新型冠状特措法发布紧急事态宣言（紧急状态）。同样受到COVID-19肺炎疫情影响，原定该年夏季在东京举行的夏季奥运顺延至2021年夏季举办。
2022年7月8日日本标准时间11:30左右，前内阁总理大臣安倍晋三在奈良市大和西大寺站附近的第26届日本参议院议员通常选举演讲中遭到枪击倒地，胸部与颈部受伤，经抢救后于下午17:00左右不治身亡。[56]。
注释
参考文献
相关条目
外部链接
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