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Pour les articles homonymes, voir Phylum (homonymie).
En systématique, le phylum[1] (au pluriel phyla) est le deuxième niveau dans la classification classique des espèces vivantes, le premier étant le règne. Ce terme est accepté par toutes les disciplines concernées par le monde vivant, comme terme principal ou comme terme de remplacement autorisé. Les mots embranchement et division (ou divisio) sont synonymes mais ne sont utilisés que pour certains règnes, embranchement en zoologie et division ou divisio en botanique.
Selon les biologistes Ruggiero et al. (2015), il existe sept règnes du vivant, constitués de 96 phylums[2].
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Le terme phylum a été inventé en 1866 par Ernst Haeckel à partir du grec phylon (φῦλον, « race »), apparenté à phyle (φυλή, « tribu, clan »)[3],[4]. Haeckel a observé que les espèces évoluaient constamment vers de nouvelles espèces qui semblaient conserver peu de caractéristiques cohérentes entre elles et donc peu de caractéristiques qui les distinguaient en tant que groupe distinct (« une unité autonome ») :
« Wohl aber ist eine solche reale und vollkommen abgeschlossene Einheit die Summe aller Species, welche aus einer und derselben gemeinschaftlichen Stammform allmählig sich entwickelt haben, wie z. B. alle Wirbelthiere. Diese Summe nennen wir Stamm (Phylon) »
qui peut se traduire par :
« Cependant, une unité réelle et complètement autonome est peut-être l'agrégat de toutes les espèces qui ont progressivement évolué à partir de la même forme originelle commune, comme, par exemple [sic], tous les vertébrés. Nous appelons cet agrégat [un] Stamm [c'est-à-dire une race] (Phylon). »
En taxinomie végétale, August Wilhelm Eichler (1883) a classé les plantes en cinq groupes appelés divisions, un terme encore utilisé pour désigner des groupes de plantes, d'algues et de champignons[5]. Les définitions des embranchements zoologiques ont changé depuis les six classes de Carl von Linné et les quatre embranchements de Georges Cuvier[6].
De manière informelle, les embranchements peuvent être considérés comme des groupements d'organismes basés sur une spécialisation générale du plan d'organisation[3]. Dans sa forme la plus élémentaire, un phylum peut être défini de deux manières : comme un groupe d'organismes présentant un certain degré de similitude morphologique ou développementale (définition phénétique), ou comme un groupe d'organismes présentant un certain degré de parenté évolutive (définition phylogénétique)[7]. Il n'est pas satisfaisant de tenter de définir un niveau de la hiérarchie linnéenne sans référence à la parenté (évolutive), mais une définition phénétique est utile pour aborder des questions de nature morphologique, telles que le degré de réussite des différents plans corporels.
Définition basée sur la parenté génétique
La mesure objective la plus importante dans les définitions ci-dessus est le « certain degré » qui définit comment différents organismes doivent être membres de différents embranchements. L'exigence minimale est que tous les organismes d'un embranchement soient clairement plus étroitement apparentés les uns aux autres qu'à tout autre groupe.10 Même cette exigence est problématique, car elle dépend de la connaissance des relations entre les organismes : à mesure que nous disposons de plus de données, notamment grâce aux études moléculaires, nous sommes en mesure de mieux déterminer les relations entre les groupes. Ainsi, les embranchements peuvent fusionner ou se diviser s'il apparaît clairement qu'ils sont apparentés ou non. Par exemple, les Pogonophores (« vers barbus ») ont été décrits comme un nouveau phylum (les Pogonophora) au milieu du 20e siècle, mais des travaux moléculaires réalisés près d'un demi-siècle plus tard ont révélé qu'il s'agissait d'un groupe d'annélides, ce qui a entraîné la fusion des phylums (les vers barbus constituent désormais une famille d'annélides)[8]. D'autre part, l'embranchement hautement parasitaire des Mesozoa s'est scindé en deux embranchements (Orthonectidae et Rhombozoa) lorsqu'on a découvert que les Orthonectidae étaient probablement des deutérostomiens et les Rhombozoa des protostomiens[9].
Cette mutabilité des embranchements a conduit certains biologistes à demander l'abandon du concept de phylum au profit d'un classement des taxons en clades sans classification formelle en rangs taxinomiques[7].
Définition basée sur le plan d'organisation
Les paléontologues Graham Budd et Sören Jensen ont proposé une définition de l'embranchement (ou phylum) basée sur le plan d'organisation (comme Haeckel l'avait fait un siècle plus tôt). Cette définition a été proposée parce que les organismes éteints sont les plus difficiles à classer : ils peuvent être des ramifications qui ont divergé de la ligne d'un phylum avant que tous les caractères définissant le phylum moderne n'aient été acquis. Selon la définition de Budd et Jensen, un phylum est défini par un ensemble de caractères partagés par tous ses représentants vivants.
Cette approche pose quelques problèmes mineurs : par exemple, certains membres d'un phylum peuvent avoir perdu des caractères ancestraux communs à la plupart de ses membres. De plus, cette définition est basée sur un point arbitraire dans le temps : le présent. Cependant, comme elle est basée sur des caractères, elle est facile à appliquer au registre fossile. Un problème majeur est qu'elle est basée sur une décision subjective concernant les groupes d'organismes qui devraient être considérés comme des phylums.
Cette approche est utile car elle facilite la classification des organismes éteints dans le « groupe parent » des phylums auxquels ils ressemblent le plus, en se basant uniquement sur des similitudes importantes sur le plan taxonomique. 10 Cependant, il est difficile de prouver qu'un fossile appartient au groupe de tête d'un phylum, car il doit présenter un caractère unique à un sous-ensemble du groupe de tête.10 En outre, les organismes du groupe de tête d'un phylum peuvent posséder le « plan d'organisation » du phylum sans avoir toutes les caractéristiques nécessaires pour en faire partie. Cela remet en cause l'idée que chaque phylum représente un plan d'organisation distinct[10].
Une classification fondée sur cette définition peut être fortement influencée par la survie fortuite de groupes rares, ce qui peut rendre un phylum beaucoup plus diversifié qu'il ne le serait autrement[11].
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Le nom des phylums se termine par le suffixe -phyta pour les plantes et les algues, par -mycota pour les champignons, par -ota pour les procaryotes (bactéries et archées) et par -viricota pour les virus. Pour le règne animal on ne trouve des suffixes standard qu'en dessous du rang de super-famille[12].
Animaux (Animalia)
Selon le Catalogue of Life ()[13] :
| Phylum | Espèces décrites |
| Acanthocephala | 1 330 (vers parasites) |
| Annelida | 17 515 (vers segmentés, sangsue, lombric…) |
| Arthropoda | 1 165 847 (insectes, crustacés, arachnides, myriapodes) |
| Brachiopoda | 435 (« coquillages » marins) |
| Bryozoa | 20 584 (animaux marins produisant de la matière calcaire) |
| Chaetognatha | 132 (vers marins, constituant du zooplancton) |
| Chordata | 73 501 (vertébrés, amphioxus…) |
| Cnidaria | 15 659 (coraux, anémone de mer, hydres…) |
| Ctenophora | 216 (organismes marins ayant des cils locomoteurs) |
| Cycliophora | 2 (organismes marins microscopiques) |
| Dicyemida | 122 (parasites de céphalopodes) |
| Echinodermata | 11 623 (oursins, étoiles de mer, concombres de mer…) |
| Entoprocta | 171 (vers marins) |
| Gastrotricha | 878 (vers marins) |
| Gnathostomulida | 100 (vers marins) |
| Hemichordata | 139 (vers marins) |
| Kinorhyncha | 344 (invertébrés marins) |
| Loricifera | 44 (organismes marins microscopiques) |
| Micrognathozoa | 1 (Limnognathia maerski) |
| Mollusca | 130 560 (bivalves, escargots, pieuvres, limaces…) |
| Nematoda | 17 461 (vers ronds non segmentés : filaire de Bancroft, oxyure, ascaris…) |
| Nematomorpha | 356 (vers non-segmentés cylindriques parasites d'arthropodes) |
| Nemertea | 1 373 (vers possédant une trompe, presque tous marins) |
| Onychophora | 230 (vers à pattes) |
| Orthonectida | 26 (organismes marins) |
| Phoronida | 19 (espèces marines) |
| Placozoa | 4 (métazoaires aplatis en forme de plaque) |
| Plathelminthes | 22 884 (vers plats : ver solitaire, douve du foie, planaire…) |
| Porifera | 9 622 (éponges) |
| Priapulida | 22 (vers marins possédant une trompe épineuse extensible) |
| Rotifera | 2 014 (organismes aquatiques munis de cils vibratiles) |
| Sipuncula | 205 (vers marins) |
| Tardigrada | 1 461 (tardigrades) |
| Xenacoelomorpha | 459 (vers marins) |
| TOTAL: 34 | 1 495 339 |
Selon l'Interim Register of Marine and Nonmarine Genera (IRMNG) ()[14] :
- Acanthocephala
- Agmata †
- Annelida
- Arthropoda
- Brachiopoda
- Bryozoa
- Cephalorhyncha
- Chaetognatha
- Chitinozoa †
- Chordata
- Cnidaria
- Ctenophora
- Cycliophora
- Cycloneuralia
- Echinodermata
- Entoprocta
- Gastrotricha
- Gnathostomulida
- Hemichordata
- Hyolitha †
- Kinorhyncha
- Lobopoda †
- Loricifera
- Micrognathozoa
- Mollusca
- Nematoda
- Nematomorpha
- Nemertea
- Onychophora
- Orthonectida
- Phoronida
- Placozoa
- Platyhelminthes
- Porifera
- Priapulida
- Rhombozoa
- Rotifera
- Scalidophora
- Sipuncula
- Tardigrada
- Vendobionta †
- Vetulicolia †
- Vinctiplicata †
- Xenacoelomorpha
Plantes (Plantae)
Selon le Catalogue of Life (1er août 2023)[13], Plantae est défini au sens large (Archaeplastida), comprenant les plantes terrestres (bryophytes et plantes vasculaires), les algues vertes et les algues rouges :
(bryophytes)
- Anthocerotophyta Stotler & Crand.-Stotl.
- Bryophyta Schimp.
- †Langiophytophyta Doweld
- Marchantiophyta Stotler & Crand.-Stotl.
(algues vertes)
- Charophyta Migula, 1897
- Chlorophyta
- Glaucophyta Skuja, 1954
(algues rouges)
(plantes vasculaires)
Selon la World Flora Online ()[15], Plantae est défini au sens strict des plantes terrestres, comprenant les bryophytes et les plantes vasculaires :
sous-règne des Bryobiotina Trevis. - bryophytes
- Anthocerotophyta Stotler & Crand.-Stotl. - anthocérotes
- Bryophyta Schimp. - mousses
- Marchantiophyta Stotler & Crand.-Stotl. - hépatiques
sous-règne des Pteridobiotina Britton & Brown - plantes vasculaires
- Magnoliophyta Cronquist, Takht. & W.Zimm. ex Reveal - plantes à fleurs
- Cycadophyta Bessey - cycas
- Ginkgophyta Bessey - ginkgos
- Lycopodiophyta D.H.Scott - lycophytes
- Pinophyta Cronquist, Takht. & W.Zimm. ex Reveal - conifères
- Polypodiophyta Reveal - fougères et autres
- Acritarcha †
- Anthocerotophyta
- Bryophyta
- Calcitarcha †
- Charophyta
- Chlorophyta
- Glaucophyta
- Horneophyta †
- Marchantiophyta
- Picozoa
- Prasinodermatophyta
- Rhodelphidia
- Rhodophyta
- Tracheophyta
Champignons (Fungi)
Selon le Catalogue of Life ()[13] :
Protozoaires (Protozoa)
Selon le Catalogue of Life ()[13] :
- Amoebozoa
- Calcitarcha G.J.M. Versteegh, T. Servais, M. Streng, A. Munnecke & D. Vachard, 2009
- Choanozoa
- Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981
- Loukozoa Cavalier-Smith, 1999
- Metamonada Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2003
- Microsporidia
- Mycetozoa
- Sarcomastigophora
- Sulcozoa Cavalier-Smith, 2013
sous-règne Eozoa
sous-règne Sarcomastigota
Chromistes (Chromista)
Selon le Catalogue of Life ()[13] :
- Acavomonidia Tikhonenkov, Janouškovec, Mylnikov, Mikhailov, Simdyanov, Aleoshin & Keeling, 2014
- Bigyra
- Cercozoa
- Ciliophora (ciliés)
- Cryptista Cavalier-Smith, 1989
- Foraminifera d'Orbigny, 1826 (foraminifères)
- Haptophyta D.J. Hibberd ex B. Edvardsen & W. Eikrem in Edvardsen et al., 2000
- Heliozoa
- Miozoa
- Ochrophyta (algues brunes, diatomées...)
- Oomycota (oomycètes)
- Picozoa Seenivasan, Sausen, Medlin & Melkonian, 2013
- Radiozoa
sous-règne Hacrobia
- Cryptista
- Haptophyta
- Heliozoa
- Telonemia
sous-rène Harosa
- infra-règne Halvaria
- super-embranchement Alveolata
- Acavomonidia
- Ciliophora
- Miozoa
- super-embranchement Heterokonta
- super-embranchement Alveolata
- infra-règne Rhizaria
Bactéries (Bacteria)
- Abditibacteriota Tahon et al. 2018
- Acetithermota corrig. Rinke et al. 2013
- Acidobacteriota Thrash & Coates 2021
- Actinomycetota Goodfellow 2021
- Aerophobota corrig. Rinke et al. 2013
- Altimarinota corrig. Rinke et al. 2013 (ex Gracilibacteria)
- Aminicenantota corrig. Rinke et al. 2013 (ex Aminicenantes)
- Aquificota Reysenbach 2021
- Armatimonadota Tamaki et al. 2021
- Atribacterota Katayama et al. 2021
- Auribacterota Momper et al. 2017
- Babelota corrig. Yeoh et al. 2016
- Bacillota Gibbons & Murray 2021
- Bacteroidota Krieg et al. 2021
- Balneolota Hahnke et al. 2021
- Binatota Chuvochina et al. 2019
- Bipolaricaulota Hao et al. 2018
- Caldatribacteriota Hahn et al. 2020
- Caldipriscota corrig. Colman et al. 2016
- Caldisericota Mori et al. 2021
- Calditrichota Kublanov et al. 2021
- Calescamantes Rinke et al. 2013
- Calescibacteriota corrig. Rinke et al. 2013
- Canglongiota Zhang et al. 2022
- Chlamydiota Garrity & Holt 2021
- Chlorobiota Iino et al. 2021
- Chloroflexota Garrity & Holt 2021
- Chrysiogenota Garrity & Holt 2021
- Cloacimonadota corrig. Rinke et al. 2013
- Cloacimonetes Rinke et al. 2013
- Coprothermobacterota Pavan et al. 2021
- Cryosericota Martinez et al. 2019
- Cyanobacteriota Oren et al. 2022
- Deferribacterota Garrity & Holt 2021
- Deferrimicrobiota Begmatov et al. 2022
- Deinococcota Weisburg et al. 2021
- Dependentiae Yeoh et al. 2016
- Dictyoglomerota corrig. Patel 2021
- Dictyoglomota Patel 2021misspelling
- Dormibacteraeota Ji et al. 2017
- Dormiibacterota corrig. Ji et al. 2017
- Electryoneota Williams et al. 2022
- Elulimicrobiota corrig. Rodriguez et al. 2020
- Elulota Rodriguez et al. 2020
- Elusimicrobiota Geissinger et al. 2021
- Eremiobacteraeota Ji et al. 2017
- Eremiobacterota corrig. Ji et al. 2017
- Fermentibacterota corrig. Kirkegaard et al. 2016
- Fervidibacteria Rinke et al. 2013
- Fervidibacterota corrig. Rinke et al. 2013
- Fibrobacterota Garrity & Holt 2021
- Fusobacteriota Garrity & Holt 2021
- Gemmatimonadota Zhang et al. 2021
- Goldbacteria Hernsdorf et al. 2017
- Goldiibacteriota corrig. Hernsdorf et al. 2017
- Heilongiota Zhang et al. 2022
- Hinthialibacterota Williams et al. 2022
- Hydrogenedentes Rinke et al. 2013
- Hydrogenedentota corrig. Rinke et al. 2013
- Hydrothermae Jungbluth et al. 2017
- Hydrothermota corrig. Jungbluth et al. 2017
- Kapaibacteriota corrig. Kantor et al. 2015
- Kiritimatiellota Spring et al. 2021
- Krumholzibacteriota Youssef et al. 2019
- Kryptonia Eloe-Fadrosh et al. 2016
- Kryptoniota corrig. Eloe-Fadrosh et al. 2016
- Latescibacteria Rinke et al. 2013
- Latescibacterota corrig. Rinke et al. 2013
- Lentisphaerota Cho et al. 2021
- Lernaellota Williams et al. 2022
- Lithacetigenota Nobu et al. 2023
- Macinerneyibacteriota corrig. Yadav et al. 2020
- Margulisbacteria Anantharaman et al. 2016
- Margulisiibacteriota corrig. Anantharaman et al. 2016
- Methylomirabilota Viljakainen & Hug 2021
- Microgenomates Rinke et al. 2013
- Microgenomatota corrig. Rinke et al. 2013
- Modulibacteria Sekiguchi et al. 2015
- Moduliflexota corrig. Sekiguchi et al. 2015
- Muirbacteria Barnum et al. 2018
- Muiribacteriota corrig. Barnum et al. 2018
- Mycoplasmatota Murray 2021
- Nitrospinota Lücker et al. 2021
- Nitrospirota Garrity & Holt 2021
- Omnitrophica Rinke et al. 2013
- Omnitrophota corrig. Rinke et al. 2013
- Parcubacteria Rinke et al. 2013
- Parcunitrobacterota corrig. Castelle et al. 2017
- Peregrinibacteria Wrighton et al. 2012
- Peregrinibacteriota corrig. Wrighton et al. 2012
- Planctomycetota Garrity & Holt 2021
- Pseudomonadota Garrity et al. 2021
- Pyropristinus Colman et al. 2016
- Qinglongiota Zhang et al. 2022
- Rhodothermota Munoz et al. 2021
- Riflebacteria Anantharaman et al. 2016
- Rifleibacteriota corrig. Anantharaman et al. 2016
- Saccharibacteria Albertsen et al. 2013
- Saccharimonadota corrig. Albertsen et al. 2013
- Spirochaetota Garrity & Holt 2021
- Sumerlaeota Kadnikov et al. 2019
- Synergistota Jumas-Bilak et al. 2021
- Thermodesulfobacteriota Garrity & Holt 2021
- Thermomicrobiota Garrity & Holt 2021
- Thermotogota Reysenbach 2021
- Tianyaibacteriota corrig. Cui et al. 2021
- Verrucomicrobiota Hedlund 2021
- Wirthbacteria Hug et al. 2016
- Wirthibacterota corrig. Hug et al. 2016
Archées (Archaea)
- Aenigmatarchaeota corrig. Rinke et al. 2013
- Aigarchaeota Nunoura et al. 2011
- Asgardarchaeota Da Cunha et al. 2017
- Augarchaeota corrig. Nunoura et al. 2011
- Baldrarchaeota Liu et al. 2021
- Borrarchaeota Liu et al. 2021
- Diapherotrites Rinke et al. 2013
- Euryarchaeota Garrity & Holt 2001
- Freyrarchaeota Xie et al. 2022
- Hadarchaeota Chuvochina et al. 2019
- Hadesarchaeota McGonigle et al. 2019
- Hermodarchaeota Liu et al. 2021
- Hodarchaeota Liu et al. 2021
- Huberarchaea Probst et al. 2018
- Huberarchaeota corrig. Probst et al. 2018
- Hydrothermarchaeota Jungbluth et al. 2017
- Iainarchaeota corrig. Rinke et al. 2013
- Kariarchaeota Liu et al. 2021
- Korarchaeota Ludwig & Klenk 2001
- Lokiarchaeia Spang et al. 2015
- Lokiarchaeota corrig. Spang et al. 2015
- Methanomethylicota corrig. Vanwonterghem et al. 2016
- Micrarchaeota Baker & Dick 2013
- Microcaldota Sakai et al. 2022
- Nanoarchaeota Huber et al. 2002
- Nanohaloarchaeota Rinke et al. 2013
- Nezhaarchaeota Wang et al. 2019
- Nitrososphaerota Brochier-Armanet et al. 2021
- Njordarchaeota Xie et al. 2022
- Odinarchaeota Zaremba-Niedzwiedzka et al. 2017
- Parvarchaeota Rinke et al. 2013
- Poseidoniota corrig. Rinke et al. 2019
- Sifarchaeota Farag et al. 2021
- Sigynarchaeota Xie et al. 2022
- Thermoplasmatota Rinke et al. 2019
- Thermoproteota Garrity & Holt 2021
- Undinarchaeota Dombrowski et al. 2020
- Verstraetearchaeota Vanwonterghem et al. 2016
- Wukongarchaeota Liu et al. 2021
Virus
Selon l'International Committee on Taxonomy of Viruses ()[18] :
- domaine Adnaviria
- règne Zilligvirae
- Taleaviricota
- règne Zilligvirae
- domaine Duplodnaviria
- règne Heunggongvirae
- Peploviricota
- Uroviricota
- règne Heunggongvirae
- domaine Monodnaviria
- règne Loebvirae
- Hofneiviricota
- règne Sangervirae
- Phixviricota
- règne Shotokuvirae
- Cossaviricota
- Cressdnaviricota
- règne Trapavirae
- règne Loebvirae
- domaine Riboviria
- règne Orthornavirae
- Duplornaviricota
- Kitrinoviricota
- Lenarviricota
- Negarnaviricota
- Pisuviricota
- règne Pararnavirae
- Artverviricota
- règne Orthornavirae
- domaine Ribozyviria
- domaine Varidnaviria
- règne Bamfordvirae
- règne Helvetiavirae
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Les rangs taxonomiques[a] utilisés en systématique linnéenne pour indiquer la hiérarchie entre les taxons nommés dans la classification du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :
- Super-règne, Empire, Domaine (Superregnum, Imperium, Dominium)
- Règne (Regnum)
- Sous-règne (Subregnum)
- Rameau (Ramus, « branch » en anglais)
- Infra-règne (Infraregnum)
- Super-embranchement, Super-division (Superphylum, Superdivisio)
- Embranchement, Division (Phylum, Divisio)[b]
- Sous-embranchement, Sous-division (Subphylum, Subdivisio)
- Infra-embranchement (Infraphylum)
- Micro-embranchement (Microphylum)
- Super-classe (Superclassis)
- Classe (Classis)
- Sous-classe (Subclassis)
- Infra-classe (Infraclassis)
- Super-ordre (Superordo)
- Ordre (Ordo)
- Sous-ordre (Subordo)
- Infra-ordre (Infraordo)
- Micro-ordre (Microordo)
- Super-famille (Superfamilia)
- Famille (Familia)
- Sous-famille (Subfamilia)
- Tribu (Tribus)
- Sous-tribu (Subtribus)
- Genre (Genus)
- Sous-genre (Subgenus)
- Section (Sectio)
- Sous-section (Subsectio)
- Espèce (Species)
- Sous-espèce (subspecies) – dernier rang zoologique officiel[c]
- Variété (varietas) – race étant un rang zoologique informel[c]
- Sous-variété (subvarietas) – sous-race étant un rang zoologique informel[c]
- Forme (forma) dernier rang en mycologie – forme étant un rang zoologique informel
- Sous-forme (subforma)
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