Rhizaria

Classification WoRMS
Clade	Diaphoretickes
Sous-règne	Harosa

Les Rhizaires aussi appelés Rhizariens^[1] (ou Rhizaria) sont un groupe d'organismes eucaryotes, le plus souvent unicellulaires. Ils peuvent vivre dans des eaux oligotrophes en s'associant symbiotiquement à des algues^[2].

Faits en bref Clade, Sous-règne ...

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Leur biomasse a longtemps été très sous-estimée, car ils sont si fragiles que le filet à plancton les détruit. Une méthodes d'échantillonnage non destructive (par caméra immergée) a permis en 2016 de réévaluer l'importance du super-groupe des Rhizaria : ces protistes représentent 33 % de l'abondance totale du plancton animal de grande taille à l'échelle de l'océan mondial et contribuent à 5 % de la biomasse marine globale^[3].

Les Rhizaires ont une morphologie amiboïde.

Parce qu'ils ont une forme amiboïde, ils ont été historiquement classés parmi les Amoebozoa.

Leur positionnement a été hésitant puisqu'on les a également présentés comme groupe frère des Excavata^[4] puis des Straménopiles^[5] (ou plus précisément les Halvaria).

Selon ce dernier point de vue il s'agit d'une division, non plus des Chromistes, mais du sous-règne des Harosa.

Selon World Register of Marine Species (21 juillet 2017)^[6] :

Embranchement des Cercozoa
Embranchement des Foraminifera
Embranchement des Radiozoa

Phylogénie

Rhizaria est un groupe monophylétique composé de deux embranchements frères : Cercozoa et Retaria. Par la suite, Cercozoa et Retaria sont également monophylétiques^[7]^,^[8]. Le cladogramme suivant décrit les relations évolutives entre toutes les classes rhizaires et est réalisé d'après les travaux de Cavalier-Smith et al. (2018)^[9], Irwin et al. (2019)^[10] et Sierra et al. (2022)^[11] :

Rhizaria

Cercozoa

Filosa

Monadofilosa

	Imbricatea

	Thecofilosea

Sarcomonadea

Helkesea

Metromonadea

Reticulofilosa

	Granofilosea

	Chlorarachnea

Endomyxa

	Phytomyxea

	Gromiidea

Lapot gusevi

Retaria

Foraminifera

	Globothalamea

	"Monothalamea"

Tubothalamea

"Monothalamea"

Polycystinea

	Acantharea

	Sticholonchea

Halvaria

	Heterokonta

	Alveolata

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Cercomonas sp. (Cercozoa : Cercomonadida
Ebria sp. (Cercozoa : Ebridea)
Rhipidodendron sp. (Cercozoa : Spongomonadea)
Euglypha sp. (Cercozoa : Euglyphida)
Phaeodarians (Cercozoa : Phaeodarea)
Clathrulina elegans (Cercozoa: Granofilosea : Desmothoracida)
Chlorarachnion sp. (Cercozoa : (Chlorarachniophyta)
Vampyrella sp. (Cercozoa : Vampyrellidae)
Gromia (Cercozoa : Gromiidea)
Powdery scab (Cercozoa : Plasmodiophorida)
Foraminiferans (Retaria : Foraminifera)
Polycystines (Retaria : Radiolaria)
Acantharians (Retaria : Radiolaria)

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[1]
« Rhizariens », p. 122 dans Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, Paris, Belin, 2006, 3^e éd. (1^re éd. 2001), 559 p., 1 vol. + 1 livret des arbres de la classification phylogénétique (ISBN 2-7011-4273-3)
[2]
Science et vie - Juillet 2016. voir pp 26/27
[3]
(en) David A. Caron, « Ocean science: The rise of Rhizaria », Nature,‎ 20 avril 2016 (DOI 10.1038/nature17892)
[4]
Cavalier-Smith, T. 2002. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic Evolutionary Microbiology. 52:297–354.
[5]
Burki, F., K. Shalchian-Tabrizi, M. Minge, A. Skaeveland, S. I. Nikolaev, K. S. Jakobsen, and J. Pawlowski. 2007. Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups. PLoS ONE. 8:790-795. texte en ligne
[6]
World Register of Marine Species, consulté le 21 juillet 2017
[7]
Bass D, Chao EE, Nikolaev S et al., « Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl. n. and Proteomyxidea Revised », Protist, vol. 160, n^o 1,‎ février 2009, p. 75–109 (PMID 18952499, DOI 10.1016/j.protis.2008.07.002)
[8]
Howe et al., Novel Cultured Protists Identify Deep-branching Environmental DNA Clades of Cercozoa: New Genera Tremula, Micrometopion, Minimassisteria, Nudifila, Peregrinia, vol. 162, 2011, 332–372 p. (PMID 21295519, DOI 10.1016/j.protis.2010.10.002), chap. 2
[9]
Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao et Rhodri Lewis, « Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria », Protoplasma, vol. 255,‎ avril 2018, p. 1517-1574 (PMID 29666938, PMCID 6133090, DOI 10.1007/s00709-018-1241-1)
[10]
(en) Nicholas A.T. Irwin, Denis V. Tikhonenkov, Elisabeth Hehenberger, Alexander P. Mylnikov, Fabien Burki et Patrick J. Keeling, « Phylogenomics supports the monophyly of the Cercozoa », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 130,‎ 1^er janvier 2019, p. 416–423 (ISSN 1055-7903, PMID 30318266, DOI 10.1016/j.ympev.2018.09.004, S2CID 52982396)
[11]
Sierra R, Mauffrey F, Cruz J, Holzmann M, Gooday AJ, Maurer-Alcalá X, Thakur R, Greco M, ((Weiner AKM)), Katz LA, Pawlowski J, « Taxon-rich transcriptomics supports higher-level phylogeny and major evolutionary trends in Foraminifera », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 174,‎ 2022, p. 107546 (ISSN 1055-7903, DOI 10.1016/j.ympev.2022.107546)

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Article connexe : Rhizaria (classification phylogénétique).

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(en) Référence BioLib : Rhizaria Cavalier-Smith, 2002 (consulté le 21 juillet 2017)
(fr + en) Référence ITIS : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Référence NCBI : Rhizaria (taxons inclus) (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Référence Tree of Life Web Project : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Référence Paleobiology Database : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Référence WoRMS : Rhizaria (+ liste embranchements + liste classes) (consulté le 21 juillet 2017)

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[1] [1]
« Rhizariens », p. 122 dans Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, Paris, Belin, 2006, 3^e éd. (1^re éd. 2001), 559 p., 1 vol. + 1 livret des arbres de la classification phylogénétique (ISBN 2-7011-4273-3)

[2] [2]
Science et vie - Juillet 2016. voir pp 26/27

[3] [3]
(en) David A. Caron, « Ocean science: The rise of Rhizaria », Nature,‎ 20 avril 2016 (DOI 10.1038/nature17892)

[4] [4]
Cavalier-Smith, T. 2002. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic Evolutionary Microbiology. 52:297–354.

[5] [5]
Burki, F., K. Shalchian-Tabrizi, M. Minge, A. Skaeveland, S. I. Nikolaev, K. S. Jakobsen, and J. Pawlowski. 2007. Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups. PLoS ONE. 8:790-795. texte en ligne

[WRMS21_juillet_2017-6] [6]
World Register of Marine Species, consulté le 21 juillet 2017

[pmid18952499-7] [7]
Bass D, Chao EE, Nikolaev S et al., « Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl. n. and Proteomyxidea Revised », Protist, vol. 160, n^o 1,‎ février 2009, p. 75–109 (PMID 18952499, DOI 10.1016/j.protis.2008.07.002)

[Howe-8] [8]
Howe et al., Novel Cultured Protists Identify Deep-branching Environmental DNA Clades of Cercozoa: New Genera Tremula, Micrometopion, Minimassisteria, Nudifila, Peregrinia, vol. 162, 2011, 332–372 p. (PMID 21295519, DOI 10.1016/j.protis.2010.10.002), chap. 2

[RhizariaPhylo2018-9] [9]
Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao et Rhodri Lewis, « Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria », Protoplasma, vol. 255,‎ avril 2018, p. 1517-1574 (PMID 29666938, PMCID 6133090, DOI 10.1007/s00709-018-1241-1)

[MonoCercozoa-10] [10]
(en) Nicholas A.T. Irwin, Denis V. Tikhonenkov, Elisabeth Hehenberger, Alexander P. Mylnikov, Fabien Burki et Patrick J. Keeling, « Phylogenomics supports the monophyly of the Cercozoa », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 130,‎ 1^er janvier 2019, p. 416–423 (ISSN 1055-7903, PMID 30318266, DOI 10.1016/j.ympev.2018.09.004, S2CID 52982396)

[TaxonRichForams-11] [11]
Sierra R, Mauffrey F, Cruz J, Holzmann M, Gooday AJ, Maurer-Alcalá X, Thakur R, Greco M, ((Weiner AKM)), Katz LA, Pawlowski J, « Taxon-rich transcriptomics supports higher-level phylogeny and major evolutionary trends in Foraminifera », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 174,‎ 2022, p. 107546 (ISSN 1055-7903, DOI 10.1016/j.ympev.2022.107546)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

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[8]

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