Rhizaria

Les Rhizaires aussi appelés Rhizariens^[1] (ou Rhizaria) sont un groupe d'organismes eucaryotes, le plus souvent unicellulaires. Ils peuvent vivre dans des eaux oligotrophes en s'associant symbiotiquement à des algues^[2].

Rhizaria

Foraminifères benthiques.

Classification WoRMS

Clade	Diaphoretickes
Sous-règne	Harosa

Infra-règne

Rhizaria
Cavalier-Smith, 2002

Embranchements de rang inférieur

• Cercozoa
• Foraminifera
• Radiolaria

Position phylogénétique

• Eukaryota
  • Unikonta
    • Amoebozoa
    • Opisthokonta
      • Holomycota
        • Nucleariida
        • Fungi
      • Holozoa
        • Mesomycetozoa
        • Filozoa
          • Filasterea
          • Choanobionta
            • Choanomonada
            • Metazoa
  • Bikonta
    • Apusozoa
    • Excavata
      • Metamonada
      • Euglenozoa
      • Percolozoa
    • Plantae
    • Chromalveolata s.l.
      • Hacrobia
        • Cryptophyta
        • Haptophyta
      • Harosa
        • Stramenopiles
        • Alveolata
          • Ciliophora
          • Dinoflagellata
          • Apicomplexa
        • Rhizaria
          • Cercozoa
          • Retaria

Groupe frère :  Straménopiles

Biomasse

Leur biomasse a longtemps été très sous-estimée, car ils sont si fragiles que le filet à plancton les détruit. Une méthodes d'échantillonnage non destructive (par caméra immergée) a permis en 2016 de réévaluer l'importance du super-groupe des Rhizaria. Sur la base de leur abondance et de leur volume, la biomasse des Rhizaria océaniques serait au même niveau que d'autres grands groupes de zooplancton « conventionnels », tels que le krill, contribuant à 5 % de la biomasse marine globale^[3],[4].

Description

Les Rhizaires ont une morphologie amiboïde.

Classification

Parce qu'ils ont une forme amiboïde, ils ont été historiquement classés parmi les Amoebozoa.

Leur positionnement a été hésitant puisqu'on les a également présentés comme groupe frère des Excavata^[5] puis des Straménopiles^[6] au sein du (ou plus précisément les Halvaria).

Selon ce dernier point de vue il s'agit d'une division, non plus des Chromistes, mais du sous-règne des Harosa.

Selon World Register of Marine Species (21 juillet 2017)^[7] :

• Embranchement des Cercozoa
• Embranchement des Foraminifera
• Embranchement des Radiozoa

Phylogénie

Rhizaria est un groupe monophylétique composé de deux embranchements frères : Cercozoa et Retaria. Par la suite, Cercozoa et Retaria sont également monophylétiques^[8],[9]. Le cladogramme suivant décrit les relations évolutives entre toutes les classes rhizaires et est réalisé d'après les travaux de Cavalier-Smith et al. (2018)^[10], Irwin et al. (2019)^[11] et Sierra et al. (2022)^[12] :

Rhizaria	Cercozoa Filosa Monadofilosa Imbricatea Thecofilosea Sarcomonadea Helkesea Metromonadea Reticulofilosa Granofilosea Chlorarachnea Endomyxa Phytomyxea Gromiidea Lapot gusevi Retaria Foraminifera Globothalamea "Monothalamea" Tubothalamea "Monothalamea" Polycystinea Acantharea Sticholonchea
Halvaria	Heterokonta Alveolata

Galerie

• 
  Cercomonas sp. (Cercozoa : Cercomonadida
• 
  Ebria sp. (Cercozoa : Ebridea)
• 
  Rhipidodendron sp. (Cercozoa : Spongomonadea)
• 
  Euglypha sp. (Cercozoa : Euglyphida)
• 
  Phaeodarians (Cercozoa : Phaeodarea)
• 
  Clathrulina elegans (Cercozoa: Granofilosea : Desmothoracida)
• 
  Chlorarachnion sp. (Cercozoa : (Chlorarachniophyta)
• 
  Vampyrella sp. (Cercozoa : Vampyrellidae)
• 
  Gromia (Cercozoa : Gromiidea)
• 
  Powdery scab (Cercozoa : Plasmodiophorida)
• 
  Foraminiferans (Retaria : Foraminifera)
• 
  Polycystines (Retaria : Radiolaria)
• 
  Acantharians (Retaria : Radiolaria)

Références

1. « Rhizariens », p. 122 dans Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, Paris, Belin, 2006, 3^e éd. (1^re éd. 2001), 559 p., 1 vol. + 1 livret des arbres de la classification phylogénétique (ISBN 2-7011-4273-3)
2. Science et vie - Juillet 2016. voir pp 26/27
3. (en) David A. Caron, « Ocean science: The rise of Rhizaria », Nature,‎ 20 avril 2016 (DOI 10.1038/nature17892)
4. (en) Tristan Biard, Lars Stemmann, Marc Picheral et Nicolas Mayot, « In situ imaging reveals the biomass of giant protists in the global ocean », Nature, vol. 532, n^o 7600,‎ avril 2016, p. 504–507 (ISSN 1476-4687, DOI 10.1038/nature17652, lire en ligne, consulté le 31 janvier 2025)
5. Cavalier-Smith, T. 2002. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic Evolutionary Microbiology. 52:297–354.
6. Burki, F., K. Shalchian-Tabrizi, M. Minge, A. Skaeveland, S. I. Nikolaev, K. S. Jakobsen, and J. Pawlowski. 2007. Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups. PLoS ONE. 8:790-795. texte en ligne
7. World Register of Marine Species, consulté le 21 juillet 2017
8. Bass D, Chao EE, Nikolaev S et al., « Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl. n. and Proteomyxidea Revised », Protist, vol. 160, n^o 1,‎ février 2009, p. 75–109 (PMID 18952499, DOI 10.1016/j.protis.2008.07.002)
9. Howe et al., Novel Cultured Protists Identify Deep-branching Environmental DNA Clades of Cercozoa: New Genera Tremula, Micrometopion, Minimassisteria, Nudifila, Peregrinia, vol. 162, 2011, 332–372 p. (PMID 21295519, DOI 10.1016/j.protis.2010.10.002), chap. 2
10. Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao et Rhodri Lewis, « Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria », Protoplasma, vol. 255,‎ avril 2018, p. 1517-1574 (PMID 29666938, PMCID 6133090, DOI 10.1007/s00709-018-1241-1)
11. (en) Nicholas A.T. Irwin, Denis V. Tikhonenkov, Elisabeth Hehenberger, Alexander P. Mylnikov, Fabien Burki et Patrick J. Keeling, « Phylogenomics supports the monophyly of the Cercozoa », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 130,‎ 1^er janvier 2019, p. 416–423 (ISSN 1055-7903, PMID 30318266, DOI 10.1016/j.ympev.2018.09.004, S2CID 52982396)
12. Sierra R, Mauffrey F, Cruz J, Holzmann M, Gooday AJ, Maurer-Alcalá X, Thakur R, Greco M, ((Weiner AKM)), Katz LA, Pawlowski J, « Taxon-rich transcriptomics supports higher-level phylogeny and major evolutionary trends in Foraminifera », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 174,‎ 2022, p. 107546 (ISSN 1055-7903, DOI 10.1016/j.ympev.2022.107546)

À lire aussi

Liens externes

Sur les autres projets Wikimedia :

• Rhizaria, sur Wikimedia Commons
• Rhizaria, sur Wikispecies

• (en) BioLib : Rhizaria Cavalier-Smith, 2002 (consulté le 21 juillet 2017)
• (fr + en) ITIS : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
• (en) NCBI : Rhizaria (taxons inclus) (consulté le 21 juillet 2017)
• (en) Tree of Life Web Project : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
• (en) Paleobiology Database : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
• (en) WoRMS : Rhizaria (+ liste embranchements + liste classes) (consulté le 21 juillet 2017)

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