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Phylum

rang taxonomique pour la classification biologique De Wikipédia, l'encyclopédie libre

Phylum
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En systématique, le phylum[1] (au pluriel phyla) est le deuxième niveau dans la classification classique des espèces vivantes, le premier étant le règne. Ce terme est accepté par toutes les disciplines concernées par le monde vivant, comme terme principal ou comme terme de remplacement autorisé. Les mots embranchement et division (ou divisio) sont synonymes mais ne sont utilisés que pour certains règnes, embranchement en zoologie et division ou divisio en botanique.

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Principaux rangs taxinomiques. Le phylum est le niveau entre le règne et la classe. Le phylum de ce schéma est appelé « division » concernant le règne végétal, et « embranchement » concernant le règne animal.

Selon les biologistes Ruggiero et al. (2015), il existe sept règnes du vivant, constitués de 96 phylums[2].

Historique et définitions

Résumé
Contexte

Le terme phylum a été inventé en 1866 par Ernst Haeckel à partir du grec phylon (φῦλον, « race »), apparenté à phyle (φυλή, « tribu, clan »)[3],[4]. Haeckel a observé que les espèces évoluaient constamment vers de nouvelles espèces qui semblaient conserver peu de caractéristiques cohérentes entre elles et donc peu de caractéristiques qui les distinguaient en tant que groupe distinct (« une unité autonome ») :

« Wohl aber ist eine solche reale und vollkommen abgeschlossene Einheit die Summe aller Species, welche aus einer und derselben gemeinschaftlichen Stammform allmählig sich entwickelt haben, wie z. B. alle Wirbelthiere. Diese Summe nennen wir Stamm (Phylon) »

qui peut se traduire par :

« Cependant, une unité réelle et complètement autonome est peut-être l'agrégat de toutes les espèces qui ont progressivement évolué à partir de la même forme originelle commune, comme, par exemple [sic], tous les vertébrés. Nous appelons cet agrégat [un] Stamm [c'est-à-dire une race] (Phylon). »

En taxinomie végétale, August Wilhelm Eichler (1883) a classé les plantes en cinq groupes appelés divisions, un terme encore utilisé pour désigner des groupes de plantes, d'algues et de champignons[5]. Les définitions des embranchements zoologiques ont changé depuis les six classes de Carl von Linné et les quatre embranchements de Georges Cuvier[6].

De manière informelle, les embranchements peuvent être considérés comme des groupements d'organismes basés sur une spécialisation générale du plan d'organisation[3]. Dans sa forme la plus élémentaire, un phylum peut être défini de deux manières : comme un groupe d'organismes présentant un certain degré de similitude morphologique ou développementale (définition phénétique), ou comme un groupe d'organismes présentant un certain degré de parenté évolutive (définition phylogénétique)[7]. Il n'est pas satisfaisant de tenter de définir un niveau de la hiérarchie linnéenne sans référence à la parenté (évolutive), mais une définition phénétique est utile pour aborder des questions de nature morphologique, telles que le degré de réussite des différents plans corporels.

Définition basée sur la parenté génétique

La mesure objective la plus importante dans les définitions ci-dessus est le « certain degré » qui définit comment différents organismes doivent être membres de différents embranchements. L'exigence minimale est que tous les organismes d'un embranchement soient clairement plus étroitement apparentés les uns aux autres qu'à tout autre groupe.10 Même cette exigence est problématique, car elle dépend de la connaissance des relations entre les organismes : à mesure que nous disposons de plus de données, notamment grâce aux études moléculaires, nous sommes en mesure de mieux déterminer les relations entre les groupes. Ainsi, les embranchements peuvent fusionner ou se diviser s'il apparaît clairement qu'ils sont apparentés ou non. Par exemple, les Pogonophores (« vers barbus ») ont été décrits comme un nouveau phylum (les Pogonophora) au milieu du 20e siècle, mais des travaux moléculaires réalisés près d'un demi-siècle plus tard ont révélé qu'il s'agissait d'un groupe d'annélides, ce qui a entraîné la fusion des phylums (les vers barbus constituent désormais une famille d'annélides)[8]. D'autre part, l'embranchement hautement parasitaire des Mesozoa s'est scindé en deux embranchements (Orthonectidae et Rhombozoa) lorsqu'on a découvert que les Orthonectidae étaient probablement des deutérostomiens et les Rhombozoa des protostomiens[9].

Cette mutabilité des embranchements a conduit certains biologistes à demander l'abandon du concept de phylum au profit d'un classement des taxons en clades sans classification formelle en rangs taxinomiques[7].

Définition basée sur le plan d'organisation

Les paléontologues Graham Budd et Sören Jensen ont proposé une définition de l'embranchement (ou phylum) basée sur le plan d'organisation (comme Haeckel l'avait fait un siècle plus tôt). Cette définition a été proposée parce que les organismes éteints sont les plus difficiles à classer : ils peuvent être des ramifications qui ont divergé de la ligne d'un phylum avant que tous les caractères définissant le phylum moderne n'aient été acquis. Selon la définition de Budd et Jensen, un phylum est défini par un ensemble de caractères partagés par tous ses représentants vivants.

Cette approche pose quelques problèmes mineurs : par exemple, certains membres d'un phylum peuvent avoir perdu des caractères ancestraux communs à la plupart de ses membres. De plus, cette définition est basée sur un point arbitraire dans le temps : le présent. Cependant, comme elle est basée sur des caractères, elle est facile à appliquer au registre fossile. Un problème majeur est qu'elle est basée sur une décision subjective concernant les groupes d'organismes qui devraient être considérés comme des phylums.

Cette approche est utile car elle facilite la classification des organismes éteints dans le « groupe parent » des phylums auxquels ils ressemblent le plus, en se basant uniquement sur des similitudes importantes sur le plan taxonomique. 10 Cependant, il est difficile de prouver qu'un fossile appartient au groupe de tête d'un phylum, car il doit présenter un caractère unique à un sous-ensemble du groupe de tête.10 En outre, les organismes du groupe de tête d'un phylum peuvent posséder le « plan d'organisation » du phylum sans avoir toutes les caractéristiques nécessaires pour en faire partie. Cela remet en cause l'idée que chaque phylum représente un plan d'organisation distinct[10].

Une classification fondée sur cette définition peut être fortement influencée par la survie fortuite de groupes rares, ce qui peut rendre un phylum beaucoup plus diversifié qu'il ne le serait autrement[11].

Suffixes des noms des phylums

Le nom des phylums se termine par le suffixe -phyta pour les plantes et les algues, par -mycota pour les champignons, par -ota pour les procaryotes (bactéries et archées) et par -viricota pour les virus. Pour le règne animal on ne trouve des suffixes standard qu'en dessous du rang de super-famille[12].

Liste des phylums par règne

Résumé
Contexte

Animaux (Animalia)

Une catégorie est consacrée à ce sujet : Embranchement d'animaux (nom scientifique).

Selon le Catalogue of Life ()[13] :

Phylum Espèces décrites
Acanthocephala 1 330 (vers parasites)
Annelida 17 515 (vers segmentés, sangsue, lombric…)
Arthropoda 1 165 847 (insectes, crustacés, arachnides, myriapodes)
Brachiopoda 435 (« coquillages » marins)
Bryozoa 20 584 (animaux marins produisant de la matière calcaire)
Chaetognatha 132 (vers marins, constituant du zooplancton)
Chordata 73 501 (vertébrés, amphioxus…)
Cnidaria 15 659 (coraux, anémone de mer, hydres…)
Ctenophora 216 (organismes marins ayant des cils locomoteurs)
Cycliophora 2 (organismes marins microscopiques)
Dicyemida 122 (parasites de céphalopodes)
Echinodermata 11 623 (oursins, étoiles de mer, concombres de mer…)
Entoprocta 171 (vers marins)
Gastrotricha 878 (vers marins)
Gnathostomulida 100 (vers marins)
Hemichordata 139 (vers marins)
Kinorhyncha 344 (invertébrés marins)
Loricifera 44 (organismes marins microscopiques)
Micrognathozoa 1 (Limnognathia maerski)
Mollusca 130 560 (bivalves, escargots, pieuvres, limaces…)
Nematoda 17 461 (vers ronds non segmentés : filaire de Bancroft, oxyure, ascaris…)
Nematomorpha 356 (vers non-segmentés cylindriques parasites d'arthropodes)
Nemertea 1 373 (vers possédant une trompe, presque tous marins)
Onychophora 230 (vers à pattes)
Orthonectida 26 (organismes marins)
Phoronida 19 (espèces marines)
Placozoa 4 (métazoaires aplatis en forme de plaque)
Plathelminthes 22 884 (vers plats : ver solitaire, douve du foie, planaire…)
Porifera 9 622 (éponges)
Priapulida 22 (vers marins possédant une trompe épineuse extensible)
Rotifera 2 014 (organismes aquatiques munis de cils vibratiles)
Sipuncula 205 (vers marins)
Tardigrada 1 461 (tardigrades)
Xenacoelomorpha 459 (vers marins)
TOTAL: 34 1 495 339

Selon l'Interim Register of Marine and Nonmarine Genera (IRMNG) ()[14] :

Plantes (Plantae)

Une catégorie est consacrée à ce sujet : Division de plantes (nom scientifique).

Selon le Catalogue of Life (1er août 2023)[13], Plantae est défini au sens large (Archaeplastida), comprenant les plantes terrestres (bryophytes et plantes vasculaires), les algues vertes et les algues rouges :

(bryophytes)

(algues vertes)

(algues rouges)

(plantes vasculaires)

Selon la World Flora Online ()[15], Plantae est défini au sens strict des plantes terrestres, comprenant les bryophytes et les plantes vasculaires :

sous-règne des Bryobiotina Trevis. - bryophytes

sous-règne des Pteridobiotina Britton & Brown - plantes vasculaires


Selon l'IRMNG ()[14] :

Champignons (Fungi)

Une catégorie est consacrée à ce sujet : Division de champignons (nom scientifique).

Selon le Catalogue of Life ()[13] :

Selon l'IRMNG ()[14] :

Protozoaires (Protozoa)

Selon le Catalogue of Life ()[13] :

Selon l'IRMNG ()[14] :

sous-règne Eozoa

sous-règne Sarcomastigota

Chromistes (Chromista)

Selon le Catalogue of Life ()[13] :

Selon l'IRMNG ()[14] :

sous-règne Hacrobia

sous-rène Harosa

Bactéries (Bacteria)

Une catégorie est consacrée à ce sujet : Phylum de bactéries (nom scientifique).
Article détaillé : Phyla bactériens.

Selon la LPSN (12 avril 2025)[16] le domaine des Bacteria comprend les phyla suivants, publiés de manière valide :

Selon la LPSN (12 avril 2025)[16], le domaine des Bacteria inclut en outre les phyla candidats suivants (Ca. signifie Candidatus et les guillemets indiquent l'absence de statut nomenclatural) :

  • « Ca. Acetithermota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Aerophobota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Altimarinota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Aminicenantota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Auribacterota » Williams et al. 2022
  • « Ca. Babelota » corrig. Yeoh et al. 2016
  • « Ca. Binatota » Chuvochina et al. 2019
  • « Ca. Bipolaricaulota » Hao et al. 2018
  • « Ca. Caldatribacteriota » Hahn et al. 2020
  • « Ca. Caldipriscota » corrig. Colman et al. 2016
  • « Ca. Calescamantes » Rinke et al. 2013
  • « Ca. Calescibacteriota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Canglongiota » Zhang et al. 2022
  • « Ca. Cloacimonadota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Cloacimonetes » Rinke et al. 2013
  • « Ca. Cryosericota » Martinez et al. 2019
  • « Ca. Deferrimicrobiota » Begmatov et al. 2022
  • « Ca. Dependentiae » Yeoh et al. 2016
  • « Ca. Dormiibacterota » corrig. Ji et al. 2017
  • « Ca. Electryoneota » Williams et al. 2022
  • « Ca. Elulimicrobiota » corrig. Rodriguez et al. 2020
  • « Ca. Fermentibacterota » corrig. Kirkegaard et al. 2016
  • « Ca. Fervidibacterota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Goldiibacteriota » corrig. Hernsdorf et al. 2017
  • « Ca. Heilongiota » Zhang et al. 2022
  • « Ca. Hinthialibacterota » Williams et al. 2022
  • « Ca. Hydrogenedentota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Hydrothermota » corrig. Jungbluth et al. 2017
  • « Ca. Kapaibacteriota » corrig. Kantor et al. 2015
  • « Ca. Krumholzibacteriota » Youssef et al. 2019
  • « Ca. Kryptoniota » corrig. Eloe-Fadrosh et al. 2016
  • « Ca. Latescibacterota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Lernaellota » Williams et al. 2022
  • « Ca. Lithacetigenota » Nobu et al. 2023
  • « Ca. Macinerneyibacteriota » corrig. Yadav et al. 2020
  • « Ca. Margulisiibacteriota » corrig. Anantharaman et al. 2016
  • « Ca. Methylomirabilota » Viljakainen & Hug 2021
  • « Ca. Microgenomatota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Moduliflexota » corrig. Sekiguchi et al. 2015
  • « Ca. Muiribacteriota » corrig. Barnum et al. 2018
  • « Ca. Omnitrophota » corrig. Rinke et al. 2013
  • « Ca. Parcubacteria » Rinke et al. 2013
  • « Ca. Parcunitrobacterota » corrig. Castelle et al. 2017
  • « Ca. Peregrinibacteriota » corrig. Wrighton et al. 2012
  • « Ca. Qinglongiota » Zhang et al. 2022
  • « Ca. Rifleibacteriota » corrig. Anantharaman et al. 2016
  • « Ca. Saccharimonadota » corrig. Albertsen et al. 2013
  • « Ca. Sumerlaeota » Kadnikov et al. 2019
  • « Ca. Tianyaibacteriota » corrig. Cui et al. 2021
  • « Ca. Wirthibacterota » corrig. Hug et al. 2016

Archées (Archaea)

Une catégorie est consacrée à ce sujet : Phylum d'archées (nom scientifique).

Selon la LPSN ()[17] :

  • Aenigmatarchaeota corrig. Rinke et al. 2013
  • Aigarchaeota Nunoura et al. 2011
  • Asgardarchaeota Da Cunha et al. 2017
  • Augarchaeota corrig. Nunoura et al. 2011
  • Baldrarchaeota Liu et al. 2021
  • Borrarchaeota Liu et al. 2021
  • Diapherotrites Rinke et al. 2013
  • Euryarchaeota Garrity & Holt 2001
  • Freyrarchaeota Xie et al. 2022
  • Hadarchaeota Chuvochina et al. 2019
  • Hadesarchaeota McGonigle et al. 2019
  • Hermodarchaeota Liu et al. 2021
  • Hodarchaeota Liu et al. 2021
  • Huberarchaea Probst et al. 2018
  • Huberarchaeota corrig. Probst et al. 2018
  • Hydrothermarchaeota Jungbluth et al. 2017
  • Iainarchaeota corrig. Rinke et al. 2013
  • Kariarchaeota Liu et al. 2021
  • Korarchaeota Ludwig & Klenk 2001
  • Lokiarchaeia Spang et al. 2015
  • Lokiarchaeota corrig. Spang et al. 2015
  • Methanomethylicota corrig. Vanwonterghem et al. 2016
  • Micrarchaeota Baker & Dick 2013
  • Microcaldota Sakai et al. 2022
  • Nanoarchaeota Huber et al. 2002
  • Nanohaloarchaeota Rinke et al. 2013
  • Nezhaarchaeota Wang et al. 2019
  • Nitrososphaerota Brochier-Armanet et al. 2021
  • Njordarchaeota Xie et al. 2022
  • Odinarchaeota Zaremba-Niedzwiedzka et al. 2017
  • Parvarchaeota Rinke et al. 2013
  • Poseidoniota corrig. Rinke et al. 2019
  • Sifarchaeota Farag et al. 2021
  • Sigynarchaeota Xie et al. 2022
  • Thermoplasmatota Rinke et al. 2019
  • Thermoproteota Garrity & Holt 2021
  • Undinarchaeota Dombrowski et al. 2020
  • Verstraetearchaeota Vanwonterghem et al. 2016
  • Wukongarchaeota Liu et al. 2021

Virus

Une catégorie est consacrée à ce sujet : Embranchement de virus.
Article connexe : Classification des virus.

Selon l'International Committee on Taxonomy of Viruses ()[18] :

Autres rangs taxonomiques

Les rangs taxonomiques[a] utilisés en systématique linnéenne pour indiquer la hiérarchie entre les taxons nommés dans la classification du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :

Notes et références

Voir aussi

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