Empire (biologie)

En biologie, l'empire (en latin imperium) est une catégorie taxonomique supérieure à celle du règne. Il est parfois considéré comme un synonyme du terme plus récent de domaine. Toutefois, ces notions ne se recouvrent pas totalement. En particulier, le terme d'empire est préféré dans le contexte de la systématique évolutionniste ou bien dans le cadre du « modèle à deux empires ».

Historique

Historiquement, c'est le terme empire qui a été proposé en premier, par analogie avec la domination d'un empire sur des royaumes vassaux (les « règnes » de la classification). Linné arrangeait tous les objets naturels à l'intérieur de trois règnes (minéral, végétal et animal) dont, à partir de la dixième édition (1758) du Systema Naturae, il définissait les frontières au sein de l'empire de la nature : Imperium Naturae. Dès 1766^[1], Pallas divisait la nature en deux empires. Ce sont deux groupes (les corps bruts et les êtres organisés) que Pallas a placés au-dessus des règnes sous la dénomination d'empires : l'empire inorganique constitué par le règne minéral, et l'empire organique comprenant les deux règnes animal et végétal. Aujourd'hui on parle plutôt de monde inerte et de monde vivant.

Le modèle à deux empires

Au XX^e siècle, le terme d'empire a été employé pour désigner la structure radicalement différente des procaryotes et des eucaryotes (voir aussi plan d'organisation).

Selon Thomas Cavalier-Smith (1998)^[2] :

1. Empire Prokaryota
   1. Règne Bacteria
      1. Sous-règne Unibacteria
      2. Sous-règne Negibacteria
2. Empire Eukaryota
   1. Règne Protozoa
   2. Règne Animalia
   3. Règne Fungi
   4. Règne Plantae
   5. Règne Chromista

Voir également Mayr (1998)^[3]

Variantes

Pour la plupart des taxonomistes, le domaine est équivalent au superrègne. On trouve cependant parfois des classifications où le choix a été fait d'intercaler les rangs de sous-domaine et de superrègne entre le domaine et le règne. Des variantes de classification sont élaborées par glissement de rang des taxons supérieurs^[4].

Classification à deux domaines

Selon Ernst Mayr (1990)

En 1990, le systématicien évolutionniste Mayr retient un système naturel d'organismes à deux domaines divisés en quatre sous-domaines^[5] :

• Domaine Prokaryota (Monera)
  • Sous-domaine Eubacteria
  • Sous-domaine Archaebacteria
    • Règne Crenarchaeota
    • Règne Euryarchaeota
• Domaine Eukaryota
  • Sous-domaine Protista
  • Sous-domaine Metabionta
    • Règne Metaphyta (plantes)
    • Règne Fungi
    • Règne Metazoa (animaux)

Selon Radhey S. Gupta (1998)

En 1998, Gupta propose une classification^[6] à la suite de ses travaux sur les liens phylogénétiques et structuraux unissant les bactéries à Gram positif et les archébactéries.

1. Domaine Eucaryotae
2. Domaine Procaryotae
   1. Sous-domaine Monodermata
      1. Sous-sous-domaine Archaebacteria
         1. Division Euryarchaeota
         2. Division Crenarchaeota
      2. Sous-sous-domaine "bactéries à Gram positif"
         1. Division "Low G+C"
         2. Division "High G+C"
   2. Sous-domaine Didermata (bactéries à Gram négatif)

Classification à deux superrègnes

Selon Robert H. Wittaker et Lynn Margulis (1978)

En 1978, Whittaker et Margulis s'accordent sur une classification des organismes suivant deux super règnes et cinq règnes^[7] :

• Superrègne Prokaryota
  • Règne I. Monera
• Superrègne Eukaryota
  • Règne II. Protista ou Protoctista
  • Règne III. Animalia
  • Règne IV. Fungi
  • Règne V. Plantae

Selon Charles Jeffrey (1982)

En 1982, le botaniste Jeffrey propose une classification à deux superrègnes développés différemment en cinq règnes^[8] :

• Superrègne Prokaryota
  • Règne I. Bacteriobiota
  • Règne II. Archeobacteriobiota
• Superrègne Eukaryota
  • Règne III. Phytobiota
  • Règne IV. Mycobiota
  • Règne V. Zoobiota

Selon Thomas Cavalier-Smith (1987)

En 1987, Cavalier-Smith présente une classification rangée en deux superrègnes et sept règnes^[9] :

• Superrègne 1. Prokaryota
  • Règne 1. Eubacteria
  • Règne 2. Archaebacteria (= Metabacteria)
• Superrègne 2. Eukaryota
  • Règne 1. Protozoa
  • Règne 2. Chromista
  • Règne 3. Fungi
  • Règne 4. Plantae
  • Règne 5. Animalia

Selon Lynn Margulis et Michael J. Chapman (2009)

Les biologistes Margulis et Chapman (2009)^[10] proposent une classification taxonomique du vivant où le domaine est une division du règne et dont l'articulation entre taxons se résume ainsi :

Origine des eucaryotes selon la théorie endosymbiotique.

• Superrègne Prokarya
  • Règne Bacteria
    • Domaine Archaea
    • Domaine Eubacteria
• Superrègne Eukarya
  • Règne Protoctista (Hogg 1860)
  • Règne Animalia
  • Règne Fungi
  • Règne Plantae

Selon Michael A. Ruggiero et al. (2015)

Les biologistes Ruggiero et al. (2015)^[11], incluant Cavalier-Smith, développent une classification des organismes vivants subdivisée en deux superrègnes et sept règnes, selon le schéma simplifié suivant :

• Superrègne Prokaryota
  • Règne Archaea (= Archaebacteria)
  • Règne Bacteria (= Eubacteria)
• Superrègne Eukaryota
  • Règne Protozoa
  • Règne Chromista
  • Règne Fungi
  • Règne Plantae
  • Règne Animalia

Critiques

Pour les cladistes le modèle à deux empires n'est pas pertinent car il admet des taxons paraphylétiques comme les procaryotes^{[réf. nécessaire]}. Cette critique n'est cependant pas acceptée par les évolutionnistes puisque selon eux, les groupes paraphylétiques peuvent servir à créer une classification^[12].

Autres rangs taxonomiques

Les rangs taxonomiques^{[alpha 1]} utilisés en systématique pour la classification hiérarchique du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :

• Super-règne, Empire, Domaine (Superregnum, Imperium, Dominium)
• Règne (Regnum)
• Sous-règne (Subregnum)
• Rameau (Ramus, « branch » en anglais)
• Infra-règne (Infraregnum)
  • Super-embranchement, Super-division (Superphylum, Superdivisio)
  • Embranchement, Division (Phylum, Divisio)^{[alpha 2]}
  • Sous-embranchement, Sous-division (Subphylum, Subdivisio)
  • Infra-embranchement (Infraphylum)
  • Micro-embranchement (Microphylum)
    • Super-classe (Superclassis)
    • Classe (Classis)
    • Sous-classe (Subclassis)
    • Infra-classe (Infraclassis)
      • Super-ordre (Superordo)
      • Ordre (Ordo)
      • Sous-ordre (Subordo)
      • Infra-ordre (Infraordo)
      • Micro-ordre (Microordo)
        • Super-famille (Superfamilia)
        • Famille (Familia)
        • Sous-famille (Subfamilia)
        • Tribu (Tribus)
        • Sous-tribu (Subtribus)
          • Genre (Genus)
          • Sous-genre (Subgenus)
          • Section (Sectio)
          • Sous-section (Subsectio)
            • Espèce (Species)
            • Sous-espèce (subspecies) – dernier rang zoologique officiel^{[alpha 3]}
            • Variété (varietas) – race étant un rang zoologique informel^{[alpha 3]}
            • Sous-variété (subvarietas) – sous-race étant un rang zoologique informel^{[alpha 3]}
            • Forme (forma) dernier rang en mycologie – forme étant un rang zoologique informel
            • Sous-forme (subforma)

Voir aussi

• Biota, le taxon censé regrouper l'ensemble des formes de vie sur Terre, parfois élevé au rang d'Empire

Sources

• Cet article est partiellement ou en totalité issu de l'article intitulé « Domaine (biologie) » (voir la liste des auteurs).

Notes et références

Notes

1. En gras les sept rangs principaux (RECOFGE, sigle mnémotechnique pour Règne/Embranchement/Classe/Ordre/Famille/Genre/Espèce), en maigre les rangs secondaires. En romain les noms vulgaires, en italique les noms scientifiques.
2. Un embranchement en zoologie, ou division en botanique, est traditionnellement caractérisé par une description schématique appelée « plan d'organisation ».
3. Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de nom scientifique. Ils ne sont pas régis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).

Références

1. (la) Peter Simon Pallas, Elenchus Zoophytorum, generum adumbrationes, specierum descriptiones, cum selectis synonymis, La Haye, 1766.
2. (en) Thomas Cavalier-Smith, 1998. A revised six-kingdom system of life. Biol. Rev. 73: 203-266.
3. (en) Ernst Mayr, "Two empires or three?", Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol.95, No.17, August 18, 1998, p.9720–9723. DOI 10.1073/pnas.95.17.9720
4. (en) Will H. Blackwell, « Is It Kingdoms or Domains ? Confusion & Solutions », The American Biology Teacher, National Association of Biology Teachers, vol. 66, n^o 4,‎ avril 2004, p. 268-276 (DOI 10.1662/0002-7685(2004)066[0268:IIKODC]2.0.CO;2, lire en ligne)
5. (en) Ernst Mayr, "A natural system of organisms" , Nature, Vol.348, No.6301, December 6, 1990, p.491. DOI 10.1038/348491a0
6. (en) Gupta RS (1998). What are archaebacteria: life's third domain or monoderm prokaryotes related to gram-positive bacteria? A new proposal for the classification of prokaryotic organisms. Mol Microbiol. 29(3):695-707.
7. (en) Robert Harding Whittaker & Lynn Margulis, "Protist classification and the kingdoms of organisms", Biosystems, Vol.10, No.1-2, April 1978, p.3-18. DOI 10.1016/0303-2647(78)90023-0
8. (en) Charles Jeffrey, "Kingdoms, Codes and Classification", Kew Bulletin, Vol.37, 1982, p.403-416. JSTOR:4110040
9. (en) Thomas Cavalier-Smith, « The origin of eukaryotic and archaebacterial cells », Annals New York Academy of Sciences, vol. 503,‎ juillet 1987, p. 17–54 (PMID 3113314, DOI 10.1111/j.1749-6632.1987.tb40596.x, lire en ligne)
10. (en) Lynn Margulis & Michael J. Chapman, Kingdoms & Domains : An Illustrated Guide to the Phyla of Life on Earth, Academic Press, Boston, 2009, 731 p. (ISBN 978-0-12-373621-5)
11. (en) Michael A. Ruggiero, Dennis P. Gordon, Thomas M. Orrell, Nicolas Bailly, Thierry Bourgoin, Richard C. Brusca, Thomas Cavalier-Smith, Michael D. Guiry et Paul M. Kirk, « A Higher Level Classification of All Living Organisms », PLoS ONE, vol. 10, n^o 4,‎ 29 avril 2015, e0119248 (ISSN 1932-6203, DOI 10.1371/journal.pone.0119248, lire en ligne)
12. (en) Ernst Mayr et Walter J. Bock, « Classifications and other ordering systems », Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, vol. 40, n^o 4,‎ novembre 2002, p. 169-194 (ISSN 0947-5745 et 1439-0469, DOI 10.1046/j.1439-0469.2002.00211.x).

Voir aussi

• Classification classique
• Arbre phylogénétique
• Phylogénie
• Évolutionnisme
• Règne

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