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中华民国与西藏关系史，是中华民国成立后与西藏关系的历史。中华民国对西藏的主权一直是双方关系中的重要问题。中华民国政府主张对西藏拥有主权，西藏政府则始终不承认中华民国对西藏拥有主权，学术界普遍认为在中华民国的大陆统治时期，西藏并不受北洋政府和国民政府（以下简称国府）管辖或支配，甚至达成事实上的独立[1][2]:26[3][4]:2，国府驻藏办事处处长沈宗濂及其同事也认为自1911年以后，西藏实际上完全独立[5][6][7]:86n104。国际法律家委员会的报告认定西藏是事实上的独立国家。[8][9]有学者认为中华民国大陆时期是中国秩序解体的时期，全国处于事实上的分裂状态，政府对西藏等边疆仅有“想像的主权”[10][2]:52。
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宣统退位后，中国驻藏官员以及军队全遭驱逐出境，流亡英属印度的第十三世达赖喇嘛返回拉萨，拒绝总统袁世凯的任何封号，重新执掌西藏政教大权。1913年1月11日，西藏和蒙古签订《蒙藏条约》，互相承认独立主权地位。2月14日，十三世达赖喇嘛发布《圣地佛谕》，宣布解除西藏与清朝皇帝之间的供施关系，在英国的协助下推行现代化，建立英式训练与装备的藏军，送贵族子弟到英国留学，发行纸钞与邮票，设立邮政，将印度到江孜的电报线延长到拉萨，成为拉萨与中国之间最快的通讯方式。[11]
1913年举行的西姆拉会议，西藏希望划定西藏与中印的边界，并要求中国承认西藏独立。然而北洋政府坚持对西藏拥有主权，拒绝在《西姆拉条约》上签字。英藏签订了条约，以麦克马洪线划分藏印边境，成为今日中印领土争议的根源之一。西藏改以武力试图收复康区（西康省）和安多地区（青海省），造成康藏边界纠纷，结果双方以金沙江划境。
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始自1840年的鸦片战争后，清朝国力日渐衰弱，对西藏的防务也不断松弛。而自17世纪初，英国在印度成立东印度公司，到1870年代，英国不仅完全占领印度，而且其周边的喜马拉雅山国和地区，如喀什米尔、拉达克、不丹、尼泊尔、锡金等也相继成为大英帝国的附庸。此种形势下的西藏便处于英国势力的包围之中。木龙年战争后于1904年签订了《拉萨条约》，允许英属印度在江孜、亚东、噶大克设立商务代表，英国从此与西藏建立了直接联系。[12]
清政府任命赵尔丰为驻藏大臣兼川滇边务大臣，但其未能赴任。1910年2月，钟颖统帅二千馀名川军抵藏。出走后回到拉萨的第十三世达赖喇嘛约见帮办大臣温宗尧，希望其令川军停止越轨行为。温宗尧同意约束川军不再骚扰百姓，不侵害达赖喇嘛固有地位。达赖喇嘛遂将在各地阻击川军的藏军调回拉萨，并奏谢朝廷封赏，恢复对驻藏大臣的一切供应。但驻藏大臣联豫对达成的意见多加指责，并拒绝在给达赖喇嘛的复信上签字盖章。是时，联豫的卫队向拉萨群众开枪，达赖喇嘛感到形势严峻，于2月12日夜在布达拉宫召开紧急会议，午夜后再次出走。2月21日，达赖喇嘛联络英国驻亚东商务委员大卫·麦克唐纳出走印度。联豫奏报朝廷，再次褫夺了达赖喇嘛的名号和部分官员的官阶品第。
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八思巴之后（13世纪），藏区分成卫藏、安多与康区三个地区。[13]:111906年，清政府任命赵尔丰为川滇边务大臣，在康区推动改土归流，目的是直接统治康区。1911年，川滇边务大臣傅嵩炑奏请西康建省，但因清政府被推翻而没有实现。[14]中华民国最初沿袭清制，将藏区划分成西藏地方、青海地方与川边特别区。西藏地方之下没有设置下级行政区。[15]
青海1912年设青海办事长官。1913年，设青海蒙番宣使。1915年，改西宁镇总兵官为甘边宁海镇守使。1921年，青海宁海军入据甘南拉卜楞寺地区。1926年，改甘边宁海镇守使为护军使。1927年，宁海军撤离甘南，设拉卜楞设治局。[16]1928年青海建省，青海省设19县1设治局29蒙旗。[15]
1925年，北洋政府将川边特别区改成西康特别行政区，1928年西康准备建省，但并未实行。1935年7月，国府成立西康建省委员会。1939年元旦，正式成立西康省政府。西康省名义上辖48县4个设治局，实际上只控制金沙江以东35县2个设治局，金沙江以西为甘丹颇章政权控制。[17][18][19]
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1912年藏军将驻藏清军全部解除武装，连同清朝官员一起一律驱逐到内地，是为第一次驱汉事件。康境藏人于1912年接受达赖喇嘛《告民众书》的号召，攻击川军，直抵理塘，巴塘，昌都被围，川督尹昌衡请命出征，于1912年7月西征，9月解围昌都、巴塘，夺回理塘。在英国的外交压力下，西征中辍，三方并于次年召开西姆拉会议。[23][24][25]
1912年10月28日，袁世凯下令恢复达赖喇嘛封号，达赖喇嘛回说，他不向中国政府要求任何封号官位，他将在西藏进行政教的统治[13]:749[26][27]。在藏人看来，达赖喇嘛从未被废黜，任何世俗政权，包括中国政府，都无权废立达赖。[28]1913年1月23日[29][30][31]:59，流亡印度的十三世达赖喇嘛·土登嘉措返回拉萨，成为西藏的最高统治者。十世德木呼图克图·丹增嘉措等亲汉势力全部被肃清。西藏封锁了其与内地的边境，只允许商人进出，禁止官员和军队进入。十三世达赖喇嘛回复袁世凯：“中华民国刚刚建立，国家之根基尚未稳固，总统需致力于维护秩序与安定。至于我们西藏，我们藏人完全有能力保护自己的生活方式，总统在任可时候都不必为遥远之西藏分心忧虑。西藏人所以不喜欢中央政府，是由于中国军人残暴对等他们，使他们怒火中烧。例如，不管中国军队何何摧毁或焚烧西藏的寺院和庙宇，当时的中国领导人都没有做出任何对策，如此则西藏人又怎么会不反对中国呢。”[32][33]
1913年1月11日，西藏和蒙古签订《蒙藏条约》，互相承认独立主权地位。2月14日，十三世达赖喇嘛发布《圣地佛谕》（又称水牛年文告），宣布解除西藏与清朝皇帝之间的供施关系（mchod-yon），进行体制改革、施行新政。达赖喇嘛宣称甘丹颇章政权对整个大藏区都拥有主权，当时安多地区由马家军实际控制，而康区的部份地区处在川军的管制之下。
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《蒙藏条约》是外蒙古和声称代表西藏的阿旺德尔智在中国辛亥革命后，双方于1913年1月11日在蒙古库伦签订的条约，互相承认独立主权地位。但西藏方面条约签署人的身份受到质疑，从而质疑这条约的有效性，因为藏方的签约人阿旺德尔智同时具有俄罗斯帝国的布里亚特公民身份，[34]一位受西藏政府信任的贵族认为达赖喇嘛并未授予其代表西藏与蒙古订约的权力。[35]
在清朝灭亡之后，西藏和蒙古都正式以喇嘛的名义宣布独立，但均未得到当时中华民国的官方承认。在条约中，蒙古和西藏表示将互相认可并拥护。代表蒙古签署条约的是代理外务大臣拉布敦（Nikta Biliktu Da Lama 达布利特达喇嘛）以及大臣助理达木丁苏隆（Manlai Baatyr 芒来巴特尔贝子）。西藏方面的代表则是第十三世达赖的助理教师和政治顾问蒙古裔布里亚特人阿旺德尔智、阿旺秋增和秘书格登坚参（Gendun-Galsan）。许多人对这一条约的有效性持怀疑态度。十三世达赖喇嘛尽管谨请其努力为佛教谋利益，[35]但未曾授权阿旺德尔智与蒙古进行磋商谈判。更重要的是，无论当时的西藏政府或者是藏传佛教的神职人员都似乎从未对这一条约表示认可。[36] 而俄国政府则表示，身为布里亚特人，阿旺德尔智是俄国的臣民，因此他无法以达赖喇嘛代表的身份参与外交事务。[37]
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1913年10月13日，由中、藏、英三方参加的西姆拉会议正式举行。会议由英国代表亨利·麦克马洪主持。会议之始，西藏代表夏扎·班觉多吉就按照事先与英方秘密商妥的方案，提出六项要求。主要内容有：（一）西藏独立。1906年在北京签订之中英条约无效。（二）划定中藏边界。其界线尽括青海全部及川边各地。（三）1893年暨1908年之藏印通商章程由英藏修改，中国不得过问。（四）中国不得派员驻藏。华商无西藏所发护照，不准入境。（五）中蒙各处庙宇向皆认达赖喇嘛为教主，由达赖委派喇嘛为住持，中蒙僧徒向以金钱布施藏中寺宇，以后一律照行。（六）中国勒收之瞻对（按：今四川甘孜藏族自治州新龙县）税款及藏人所受损失一律缴还赔偿。
11月1日，中华民国政府代表陈贻范根据北京政府的指示，对夏札的提案做了驳复，并提出七条议案，要点是：一、西藏为中国领土之一部分。二、中国可派驻藏长官驻扎拉萨，所享之权利，与前相同，并有卫队2600名。三、西藏于外交及军政事宜均应听受中国中央政府指示而后行，非经由中国中央政府不得与外国订商。四、西藏人民之以向汉而被监禁、产业被封者，西藏允一律释放给还。五、藏员所开之第五款可以商议。六、前订之通商条款如须修改，须由中英两方面根据1906年中英条约第三款商议。七、中藏边界于附图内约略画明。
1914年2月17日，与会三方举行全体会议。麦克马洪提议用西藏“自治”代替西藏“独立”一词， 用中国对藏的“宗主权”代替中国对藏的“主权”一词，并提出划分“内藏”与“外藏”的建议。英方的建议称：中国在内藏享有若干主权，外藏则由藏人自治。对于麦克马洪这一建议，夏札等人假意表示不能接受，要求维持藏方原先所提六条。陈贻范当时只是对建议中划分“内、外藏”的范围提出了一些修改意见。
在3月11日的全体会议上，陈贻范放弃了“内外藏之名不可用”的立场，并在在3月18日、28日和4月3日的会议上连续三次做了大幅让步，声称从原先坚持的川藏以工布江达为界，让到丹达山，再让到怒江，仅直线距离就后退了约600里。在此期间，英方同夏札暗中将藏南9万平方公里领土划给英属印度。在此基础上，英国上尉贝里等按照英印政府的意向，在其绘制的地图上另行标画一条基本上沿著喜马拉雅山脊，从西藏、缅甸接壤处到西藏、不丹接壤处等藏南9万多平方公里领土的东段“中印边界线”，即“麦克马洪线”。[38]
夏札和三大寺代表考虑此事牵涉到大片土地上的西藏噶厦、寺庙和贵族的许多庄园、牧场及经济收入，特别是六世达赖喇嘛就出生在门隅，未当即同意。3月24日，麦克马洪致函夏札，并附两份红线标记“麦克马洪线”作为印藏边界的地图，要求签字盖章并给予确认。3月25日，夏札复信麦克马洪，最终确认“麦克马洪线”为印藏边界线，并在两份地图上签字盖章，一份交英方，一份留西藏。
4月27日，麦克马洪将略加修改过后的“调停约稿”及附图带到会上，通牒中国方面当日必须对草约和地图签字做出肯定答复，否则即宣布会议破裂，英国将直接与西藏订约。该草案的要点是：（1）西藏分为内藏外藏两区；（2）承认中国对全藏之宗主权，但中国不得改西藏为行省；（3）英国不并吞西藏任何部分；（4）承认外藏自治，中国不得干涉其行政，不派驻军队及文武官员（惟下（6）除外），不办殖民，英国在藏亦不为此事，但仍保留商务委员及一定数量卫队；（5）拉萨之西藏中央政府对内藏仍保留已有之权，包括管理大多数寺院，任命各地方长官，但中国可向内藏派遣军队、官吏，或办殖民；（6）中国仍派大臣驻拉萨，卫队限300人；（7）允许江孜之英国商务委员赴拉萨解决在江孜不能解决之事。草案签字时，英方让夏札先行签字，当陈贻范到场时，麦克马洪宣称英藏双方已签字完毕，要中国方面立即决定。陈害怕被迫在草约上画行，但声明“画行”与“签押”，当截然为两事；正式条约需经中国政府批准，如政府不认，尚可作废。
陆兴祺看到草约签字稿后，立即致电袁世凯称：“惊悉印度政府外交手段之老到不可企及，其内容之酷烈，直据西藏为己有，固不仅剥尽我国主权而已。”“事关领土主权，岂可因受人所逼而拱手退让。”北京政府迅即于5月1日电令陈贻范不得在正式条约上签字，同时照会英国驻华使馆指出：陈贻范草签纯属个人行为，已声明无效。[39]:107
1914年7月3日，英国令麦克马洪代表英国同夏札在《西姆拉条约》上签字，并增加一个附约，称“中国政府因未在此条约上盖印，故条约中所载中国政府所有一应权利均作无效。”对此，陈贻范当场发表中国外交部声明：该约未得中国同意，英、藏方面签字画押，中国万不能承认。
《西姆拉条约》最终以英、藏两方代表签字而中国代表拒绝签字而告终。
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1917年，中华民国政府在康定以西（包括金沙江以西的今昌都地区在内）的地区设置川边特别区，划归四川省管制。这片地区属于康区，是甘丹颇章政权宣称拥有主权的地方。这引起达赖喇嘛的强烈不满。1918年，达赖喇嘛派藏军攻打川边特别区，史称第一次康藏纠纷，西方国家称之为第一次中藏战争。藏军攻破昌都，将部队分为南北两路进军。北路方面军很快占领金沙江西岸十三县，并且渡江攻占瞻对，包围甘孜。在英国调停下，于8月19日签定《昌都停战条约》。[40][41]
1919年，北京政府国务院派朱绣、李仲莲入藏，会晤十三世达赖喇嘛和九世班禅额尔德尼，希望解决西姆拉会议带来的问题。当朱绣、李仲莲离开拉萨时，达赖喇嘛设筵祖饯，表面说“余亲英非出本心，因钦差逼迫过甚，不得已而为之，此次贵代表等来藏，余甚感激，惟望大总统从速派全权代表解决悬案，余誓倾心内向，同谋五族幸福。至西姆拉会议草案，亦可修改。”其实藏方立场不变，还是坚持西姆拉草约，以及会谈必需是中、英、藏三方。在朱绣等人入藏前不久，达赖喇嘛亦派三大寺堪布驻京。[40][42][43][44]
1920年，藏军大举攻打川边特别区。至1922年，完全驱逐川军在此特别区的势力，并控制了金沙江以东的德格、甘孜等地，史称第二次康藏纠纷。
1930年6月，甘孜的大金寺与白利土司因争庙产发生纠纷。白利土司处于下风，要求川军介入此事。刘文辉率川军攻占甘孜，不久被藏军收复。这次战争史称第三次康藏纠纷，西方国家称之为第三次中藏战争。藏军随后对川军进行多次反攻，但均受挫。国民政府派唐柯三前来调解，唐柯三和蒙藏委员会的委员长马福祥都是穆斯林，马福祥电告唐柯三，声称蒋介石存心利用这次事件，要求唐尽量破坏和约。
1932年，和约谈判破裂，藏军攻打穆斯林部队马家军控制的安多地区，攻打玉树。马步芳电告刘文辉，要求联手防御藏军，得到了刘的同意。马家军配合川军，攻下了藏军控制的石渠、德格等多个县，迫使藏军退回金沙江西侧。马家军也收复了自从1919年以来被藏军占领的青海省边缘地区。这就是历史上的青藏战争。藏军被马家军大败，使十三世达赖喇嘛大为震惊。在英属印度政府的斡旋下，西藏与南京国民政府达成和解。
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辛亥革命时的建国模式从汉族民族国家转变为五族共和国家。中国同盟会的誓词是“驱除鞑虏，恢复中华”，“恢复中华”是在汉族聚居的十八行省范围恢复建立汉族民族国家，西藏等藏族区可有可无。1911年武昌起义后，军政府以象征十八省团结的十八星旗为国旗，对全国发出的文告也都以“十八省”为号召，内地各省纷纷宣布独立，脱离清朝统治。[46]1912年1月，中华民国成立，临时大总统孙中山在宣言书中指出：“国家之本，在于人民，合汉、满、蒙、回、藏诸地为一国，则合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人，是曰民族统一。”对武昌起义后十数行省先后宣布独立也作了说明：“所谓独立，对于清廷为脱离，对于各省为联合，蒙古、西藏，意亦如此，行动既一，决无歧趋，枢机成于中央，斯经纬周于四至，是曰领土之统一。”[47]3月11日，中华民国临时政府公布的《中华民国临时约法》中规定：“中华民国领土，为二十二行省，内外蒙古、西藏、青海”，“参议员、每行省、内蒙古、外蒙古、西藏，各选派五人，青海选派一人，其选派方法，由各地自行定之。参议院会议时，每参议员有一表决权。”[43]4月22日，《大总统袁世凯命令》中强调：“现在五族共和，凡蒙、藏、回疆各地方、同为我中华民国领土，则蒙、藏、回疆各民族，即同为我中华民国国民，自不能如帝政时代再有藩属名称。此后，蒙、藏、回疆等处，自应统筹规划，以谋内政之统一，而冀民族之大同。民国政府于理藩不设专部，原系视蒙、藏、回疆与内地各省平等，将来各该地方一切政治，俱属内务行政范围。现在统一政府业已成立，其理藩事务，著即归并内务部接管。”[48]内务部于1912年4月成立“蒙藏工作处”。7月19日，北京政府决定设立蒙藏事务局（1914年5月改为蒙藏院[49]），明确规定该局直属国务总理。凡涉及蒙藏事务，均由该局（院）办理或转呈国务总理定夺。
1913年3月6日，中华民国国会在北京成立，其并制定了《西藏第一届国会议员选举法》。其第一条规定在北京进行选举，第二条规定以蒙藏事务局监督西藏的选举。5月15日，蒙藏事务局公布了第一届国会议员西藏当选人名单，前藏五名，后藏五名。[50][51][注 1]
1914年5月，新颁布《中华民国约法》中规定：“中华民国之领土，依从前帝国所有之疆域”，“中华民国人民无种族、阶级、宗教之区别，法律上均为平等。”
1925年8月3日，国宪起草委员会成立，段祺瑞聘请贡觉仲尼代表西藏，王乐阶代表班禅堪布会议厅，两人参加了国宪起草委员会。[52]
1927年，十三世达赖喇嘛派五台山堪布罗桑巴桑到南京谒见国民党掌权的国民政府主要领导人蒋中正，蒋中正通过他致函达赖喇嘛：“执事适派代表罗桑巴桑到京备述一切，藉悉法座高瞻远瞩，倾心党国之决心，遥望西陲，至为佩慰。”“藏卫接壤强邻，帝国主义者所压迫久矣，幸赖法座深明大义，内向情殷。”嗣后贡觉仲尼等人拜会时任蒙藏委员会委员长的阎锡山，现场对一些言论作出解释：“一、达赖并无联英之事，其与英国发生关系，不过系因英藏壤地毗连，不能不与之略事敷衍耳；二、达赖仇华亦属误传，民六、民九、民十三达赖均派员来华，并发有护照，内中言明中藏亲睦，现有护照可证；三、达赖、班禅感情素惬，其始之发生误会，因系班禅部下之人行为不法，达赖逮捕数人，班禅遂惧而出走，非达赖所逼。”[53]
1928年11月22日，行政院议决将川边特别区改为西康省，12月13日以川军领袖刘文辉担任主席。
1929年，国民政府设立蒙藏委员会，主管蒙、藏等地区行政事务。同年班禅驻京办事处成立，成立宣言称：“原西藏立于中国，自汉唐以还，关系日深，清季更置官兵戎守，征诸历史与地理上之关系，西藏欲舍中国而谋自主，实不可能；及之中国失去西藏，亦犹车之失辅，故中藏关系，合则两益，分则俱伤，此一定之道也。”“帝国主义者，更从事其经济文化之侵略，一石面怂恿西藏独立，……此皆由于少数亲英派之作祟，彼辈既磨灭中藏之关系，且不顾西藏本身之利益，盲目妄行，神人共怒……”[54]
1929年6月17日，国民党在南京召开三届二中全会，作出关于蒙藏之决议案，共六条：一、举行蒙藏会议，……西藏由达赖、班禅喇嘛及西藏人民各推出代表若干人，同来中央参加会议；二、……派员分赴蒙古、西藏，宣达中央扶植蒙藏民族之政策与决心，慰问并调查蒙藏人民之疾苦；三、于首都设立蒙藏学校，由蒙藏各地选送优秀青年应试入学；四、关于蒙古、西藏经济与文化之振兴，应以实行发展教育为入手办法；五、蒙藏委员会根据施政纲领及实施程式积极筹画实施；六、加紧对于蒙藏之宣传，阐明蒙藏民族为整个的中华民族之一部，说明蒙藏民族所处地位之危险，帝国主义者侵略阴谋之恶毒，说明蒙藏各地教育、经济之设施与交通、实业之建设，应由中央政府协助其地方政府进行，惟军事、外交及国家行政必须统一于中央，……1929年7月，蒙藏委员会颁布了《蒙藏委员会施政纲领》十条，第一条“规定行政系统”，要“革新蒙藏旧行政制度”，计划第一年“调查蒙藏原有行政现状”，“厘定行政系统”，否定西藏政教合一的制度，改成以省为行政单位，实行“县自治”。[55][56]
西藏受全球经济大萧条的影响，主要出口产品羊毛的国际市场价格大幅下跌，难以负担推行新政所需资金，向英属印度求助也未能解决财政问题，因此达赖喇嘛决定与国府接触。[57]1929年9月10日，贡觉仲尼一行访问南京政府，获蒋中正接见。贡觉仲尼向蒋中正转达了达赖喇嘛“不亲英人，不背中央，愿迎班禅回藏”的声明。此后西藏还多次表示达赖喇嘛愿意输诚中央，西藏的行政、军事、外交等事务归中央管理，由中央派出驻藏长官，西姆拉问题达赖喇嘛声明可由中央解决等。23日，蒋中正分别致电达赖喇嘛和噶伦，表明了中央政府对西藏的态度。在致噶伦书中指出：“政府秉承遗教，一视同仁，藏卫虽遥，其地为中华民国之领土，其人为中华民国之国民，无不尽力扶植地方自治之基，以争存于世界。”[58]
1930年国民政府召开了蒙古会议[2]:48，陆兴祺奉令致函达赖喇嘛和噶厦，命其派员参加。
1930年，达赖喇嘛同意在南京、北平、康定等地设立办事处。蒙藏委员会同意三个办事处正副处长人选和所拟办事处组织大纲。[53]达赖喇嘛在拉萨罗布林卡会见了国民政府特使刘曼卿（藏名雍金），向她表示：“吾所最希求者即中国之真正和平统一，⋯⋯至于西康事件，请转告政府，勿遣暴厉军人，重苦百姓，可派一清廉文官接收，吾随时可以撤回防军，都是中国领土，何分尔我，倘武力相持，藏军素彪悍，吾决无法制止其冲突，兄弟阋墙，甚为不值。”又言：“英国人对吾确有诱惑之念，但吾知主权不可失，性质习惯不两容，故彼来均虚与周旋，未尝与以分釐权利。中国祇须内部巩固，康藏问题，不难定于樽俎。至于派遣代表，⋯⋯若全权代表，则一时尚难其选。”[59]
1931年5月5日，由旅京藏人选出的西藏代表前往南京参加国民会议[60][注 2]，九世班禅额尔德尼在会上致颂词。6月1日，国民政府颁布《中华民国训政时期约法》，其中规定：“中华民国领土为各省及蒙古、西藏”，“蒙古、西藏之地方制度，就地方情形，另以法律定之。”11月，中国国民党在南京召开第四次全国代表大会。代表西藏参加会议的有罗桑坚赞、贡觉仲尼、刘曼卿、阿旺坚赞、格桑泽仁等。[61]贡觉仲尼和罗桑坚赞在这次会议上当选为中央执行委员。后来，中国国民党召开的第五次全国代表大会，亦有西藏代表参加。
1931年11月7日公布的《中华苏维埃共和国宪法大纲》主张“中华苏维埃政权承认中国境内少数民族的民族自决权，一直承认到各弱小民族有同中国脱离，自己成立独立的国家的权利。蒙古、回、藏、苗、黎、高丽人等，凡是居住在中国的地域的，他们有完全自决权：加入或脱离中国苏维埃联邦，或建立自己的自治区域。”[62]
1932年1月21日，西藏驻京代表贡觉仲尼、阿旺坚赞等还联名具呈国民政府、行政院及蒙藏委员会，转达十三世达赖喇嘛关于产生西藏代表办法的意见。呈称：“在国难期中，应集中全国人民之意见，使之成为整体。西藏代表之产生，应由当地人民自由选举，使西藏人民爱国意见得以充分表现。此为西藏地方之权力，亦是对于国家之义务。”4月7日，行政院召开国难会议。出席会议的西藏代表是贡觉仲尼、罗桑坚赞、刘家驹、刘曼卿。[63]
1932年12月24日，班禅额尔德尼在南京新亚细亚学会第三次会员大会上发表了题为《西藏是中国的领土》的讲演，其中指出西藏是中国的领土，如被帝国主义者侵略，则无异无异于自己的门户被人拆毁，不免有唇亡齿寒之忧。如何使蒙藏与全国各民族团结一致？应以慈悲诚笃为出发点。[64]
1933年12月17日，十三世达赖喇嘛在拉萨圆寂。12月20日，司伦、噶厦电告西藏驻京代表向国府呈报，电文曰：“达赖佛座于藏历亥月三十日下午七时半圆寂，藏中事务暂由司伦及噶厦负责处理，希安供职，并呈报中央，详情容后另电知照。”[65]12月21日，国民政府追赠达赖喇嘛“护国弘化普慈圆觉大师”封号，并发文称“一切褒崇典礼，务极优隆，著由行政院饬主管部会同议定，呈候施行，以昭党国怀远旌贤之至意。”又特派参谋本部次长黄慕松为致祭达赖喇嘛专使，负责册封、致祭活动。黄幕松抵达拉萨后，受到隆重迎接，噶厦四噶伦齐往拜谒。
1934年1月8日，蒙藏委员会公布达赖、班禅代表来京展觐办法，共七条。规定达赖喇嘛、班禅额尔德尼应每年轮派代表一人来京报告西藏政情；展觐代表应于每年指定日期携带委任档及衔名履历向蒙藏委员会报到；明确规定由蒙藏委员会委员长、副委员长引导谒总理陵、行政院院长、晋谒国民政府主席、向中央报告边政情形、中央宣布施政方针等展觐日期和程式等。[66]
1934年6月23日，黎丹率领杨质夫、欧阳鸷（字无畏）等人以“西藏巡礼团”名义由青海西宁出发，启程赴藏。中央研究院气象研究所所长竺可桢派遣徐近之、王廷璋与巡礼团同行入藏，建立拉萨测候所。1935年5月，测候所得到西藏政府准许，宣告正式成立。[67]
1936年2月10日，蒙藏委员会颁布喇嘛奖惩办法，共25条。对受奖或受罚喇嘛应具备之条件及晋升等级等都作了具体规定。该法规于2004年废止。[68]
1934年热振呼图克图被公举为西藏政府摄政。9月23日，黄慕松主持册封、致祭十三世达赖喇嘛，藏方自司伦以下各级僧俗官员数百人参加典礼，由总堪布代受玉册玉印。10月1日又在布达拉宫达赖灵堂举行致祭。黄慕松在藏期间，还与西藏政府高级官员多次进行晤谈，就西藏与国府关系等问题交换意见。噶伦公文以汉藏政府并称，说（中国与西藏）至第五世达赖喇嘛的时候才产生汉藏檀越关系，并不承认中国对西藏的主权。[69]黄慕松离藏后，留刘朴忱、蒋致余驻藏，维持国府与西藏的联系。
为了抵消黄慕松使团的影响，1936年8月，英国驻锡金政务官巴兹尔·古德率领一个代表团前往拉萨。[70][71]古德1937年2月17日率团离开拉萨，但留下黎吉生、诺布顿珠和无线电台，黎吉生成为英国驻拉萨使团负责人，以电台与英国保持联系，使团成为英国与西藏关系的中心。[39]:127[72][73]
1937年12月1日，九世班禅额尔德尼在青海玉树圆寂。其在遗嘱中谈到：“余生平所发宏图，为拥护中央，宣扬佛化，促成五族团结，共保国运昌盛。近十五年来遍游内地、深蒙中央优遇，得见中国确对佛教尊崇，对藏族平等，余心甚慰，余念益坚。……最后望吾藏官民僧俗，本中央五族建国精神，努力中藏和好， 札萨喇嘛及各堪布，尤宜善继余志，以促实现。”12月23日，国民政府发布命令，追赠班禅“护国宣化广慧圆觉大师”封号，并特派考试院院长戴传贤前往甘孜致祭。[74]
1938年3月，国民党临时全国代表大会通过了组织国民参政会案。该地的组织条例第三条乙项规定：“西藏地方代表名额为两人；其候选人之推荐依同条例第二、三、四各条之规定，应由该会就具有中国国籍之男子或女子，年满30岁，并会在西藏地方公私机关或团体服务，著有信望或熟谙各该地方政治社会情形，信望久著之人员中按照定额加倍提出。”条例第十五条规定，“现任官吏不得为参政员”。[75]
1938年6月16日，国民政府公布了第一届参政会参政员名单，西藏代表喜饶嘉措、丁杰当选。7月6日，第一届国民参政会正式召开，会议通过了拥护国民政府实施抗战建国纲领案。喜饶嘉措等向一届二次大会递交了《关于团结边民意志，以增强抗日力量》的提案。
1938年9月24日，蒙藏委员会颁布《喇嘛转世办法》。共13条。重申金瓶掣签制度。明确规定达赖喇嘛、班禅额尔德尼、哲布尊丹巴呼图克图暨各处向来转世之呼图克图、诺门汗、班第达等圆寂后，应报由该管地方最高行政机关转报蒙藏委员会备案；转世灵童访获后，报由该管地方最高行政机关转报蒙藏委员会查核，分别掣签……等等。12月12日，在访获十三世达赖转世灵童后，西藏摄政热振呼图克图致电中央：“三灵儿迎到后，举行掣签典礼之际，为昭大信、悦遐迩计，中央应当派员参加。”12月28日，国民政府发布命令：“特派蒙藏委员会委员长吴忠信会同热振呼图克图主持第十四辈达赖喇困转世事宜。”
1939年7月1日，西藏摄政热振呼图克图致电蒋中正，表示支援抗战，电称：“……颂我军得胜之经，诅倭寇立灭之咒，继续忏诵得最后之胜利……”。三大寺哲蚌寺大会致国民政府公呈表示：“……现在需将敌人驱出境外，必须五族同心，为国事有钱者出钱，无钱者以血肉之躯来捍卫土地。是为迫切者，各级一心对付暴日，希望能将日本根本剿除……。我等三寺自前年卢沟桥事变起后，一年有馀，为国家胜利而祈祷，昼夜恒未间断”。班禅堪布厅致电蒙藏委员会委员长称：“暴日侵凌，举国同仇，正义感召，胜利必操。……唯遵先大师遗志，拥护中央，团结边民，奠安后方，以抒西顾，誓竭所能，以利抗战。”[76]
十三世达赖喇嘛圆寂后，按照西藏的传统方式，开始寻访转世灵童，并于1938年在青海省湟中寻得幼童拉木登珠，1939年迎到拉萨，取法名丹增嘉措，确认其为转世灵童，1940年举行了坐床典礼。对于此次事件。西藏旧贵族夏格巴称：“中国声称吴忠信是派到拉萨去主持达赖喇嘛坐床的。但实际上，吴的出席仪式比其他国家的代表并没有更多的意义。”范·普拉赫说：西藏“对中国代表的礼遇和对其他外国政府代表的礼遇并没有什么不同。”
按清代旧例，金瓶掣签典礼应由驻藏大臣亲临监视。但是，热振等均偏重认定青海灵童，不愿国府过问。后经蒙藏委员会反复交涉，热振于1938年12月12日致电吴忠信表示：“为昭大信、悦遐迩计，中央应当派员参加。”为此，国民政府于12月28日下达命令：“特派蒙藏委员会委员长吴忠信会同热振呼图克图主持第十四辈达赖喇嘛转世事宜。”
1939年4月23日，西藏驻渝办事处奉噶厦电向蒙藏委员会表示，欢迎吴忠信委员长入藏。在吴赴藏途中，噶厦拟不等吴入藏即在三灵童中，排除另外两童，只要青海一童，不行掣签。对此，蒋中正迅即回电噶厦：灵童之“征认手续暨各种礼节，应俟吴委员长莅藏后会同热振呼图克图主持办理，会衔呈核，方足昭大信而杜纠纷，希即遵照为盼。”
1939年9月17日，拉木登珠一行到达黑河，从拉萨赶来迎接的彭雪噶伦正式宣布拉木登珠是十三世达赖喇嘛的转世灵童。[77]9月22日，在热振的提议下，国府当时在藏的最高官员张威白前往热振寺欢迎灵童。[78]
吴忠信一行19人于1940年1月15日到达拉萨。吴忠信在拉萨拜见热振，面交了国民政府特派热振主持典礼之特派状、蒋中正的亲笔信、国府册封热振之册文及金印、颁发热振的采玉勋章等。热振即于1月23日致电国民政府主席林森表示感谢。当时西藏僧俗官员已经认定青海灵童即为达赖喇嘛转世，不愿吴忠信再予察看确认。这种情况，在十二世达赖喇嘛和八世班禅额尔德尼转世时，也曾出现，后由驻藏大臣呈报清廷请求免予掣签。吴忠信为了显示中国主权，坚持必须察看。几经交涉后，热振同意灵童会见吴忠信，并于1月26日呈交长函一封，详尽叙述了寻访灵童的经过和认定灵童的理由，请吴报告中央免予掣签。吴忠信在会见灵童并核查热振长函的情况下，审时度势，于1月28日电请“国府颁布命令，准以该灵童拉木登珠继任第十四辈达赖，俾得及时筹备坐床典礼，以昭郑重。”1月31日，吴忠信赴罗布林卡会见年仅五岁的灵童，认为其不同寻常。吴忠信自称在考察灵童时，灵童“含笑作答”，但其随员朱章称灵童笑而不答，且灵童禁学汉语，不可能以汉语回答。[79]2月5日，国民政府正式颁令：“青海灵童拉木登珠，慧性湛深，灵异特著，查系第十三辈达赖喇嘛转世，应即免予抽签，特准继任为第十四辈达赖喇嘛。此令。”对此，热振于2月17日致电林森表示叩谢。
在坐床典礼上，噶厦一些官员提出将吴忠信在大典上的座位设在热振对面，高低与司伦相同，并将英人的座位与吴排在一起。对此，吴忠信坚持自己代表中央，主管蒙藏事务，至少应循清朝驻藏大臣之例，在达赖喇嘛的平行左方设面南之座。经过交涉，在热振的支持下，噶厦终于应允按吴忠信所提设座。
对于吴忠信是否主持了达赖喇嘛坐床大典，国内外藏学界至今仍有争议。依照西藏习俗，举行典礼，召开会议，确实没有主持人一说。曾任噶厦长官噶伦的阿沛·阿旺晋美在1989年7月31日召开的西藏自治区第五届人民代表大会第二次会议上讲话指出吴忠信并没有主持达赖喇嘛坐床大典。[80]
蒙藏委员会驻藏办事处的前身是1934年黄慕松致祭专使行署留驻人员。吴忠信取得行政院与摄政热振的支持，1940年4月1日蒙藏委员会驻藏办事处正式成立，蒙藏委员会藏事处处长孔庆宗兼任第一任处长；蒙藏委员会谘议张威白为副处长。[81][82]
1941年1月，热振活佛辞去西藏摄政的职务，并推荐自己的经师达扎继任摄政。[83]达扎倾向英属印度当局，并积极推动西藏独立。
第一次驱汉事件后，驻藏大臣撤销，在藏汉人改由西藏噶厦“农务局”(藏语称“索朗列空”)统一管辖。驻藏办事处处长孔庆宗想要管辖在藏汉人，首先要解决的就是管辖权问题。噶厦政府表示：“西藏所有久住之汉民等，在壬子年汉藏战争（指驱汉事件）以后，即归西藏政府之农务局管理，屡经维持，将来应遵地方法律，由西藏政府管理，不能由汉政府驻藏代表约束。”1942年8月27日，一名藏汉混血的男子因在拉萨街上殴打妻子，被西藏政府逮捕，审讯时被打一百皮鞭。10月，孔庆宗又因一汉藏混血男子问题与噶厦交涉。两次交涉都没有成果。孔庆宗又对在藏汉人恢复清朝开始实行的保甲制度，则效果较好。[84]
1940年7月10日，英国在日本的压力下同意关闭滇缅公路3个月，使得中国只剩下西北公路ㄧ条通道进口军用物资。为了解决运输问题，中国急于开辟新的国际运输线。蒙藏委员会建议的路线困难太多，暂缓办理。西祥公路工程局局长杜镇远提出的康印公路有两条路线，1941年2月8日，行政院决定采用第二线的北线（经过藏区的察隅），3月15日交通部组织测勘队，7月底西藏破坏河桥，调兵扼守，不准北线勘测队前进。9月25日，噶厦约见孔庆宗，告知“民众大会已决议绝对不赞成测量队入境”。交涉到次年3月，噶厦仍拒绝公路通过藏区，蒋中正先于1942年1月决定先建不经藏区的南线，5月日本占领缅甸，滇缅公路断绝，在雷多公路（即史迪威公路）于1945年开通以前，中国进口军用物资只能依靠飞越喜马拉雅山的驼峰航线，而康印公路南线直到1949年也未开通。[85]
太平洋战争爆发后，蒋中正于1942年2月访问印度，双方同意开辟印藏畜力驿运线，以利运输抗战所需物资。1942年3月18日，英国驻拉萨使团团长诺布顿珠奉印督命，向噶厦建议驿运路线，从印度噶伦堡经亚东、江孜到拉萨，再由牲畜运到青海的玉树或巴塘。西藏民众大会以驿运路线经过拉萨，比中国提议（不经过拉萨）的中印公路更严重，决议予以拒绝。1942年4月21日，弗兰克·卢德洛接任使团团长，继续谈判对西藏施压，7月噶厦作出让步，提出驿运线只能“运输药品邮件和民运物资”，禁止运输军事物资，印藏驿运终于开通。[86][87]
1942年7月，西藏政府宣布成立“外交局”，通知中国、英国与尼泊尔此后与外交局交涉。英国驻拉萨使团同意了，而中国蒙藏委员会驻藏办事处处长孔庆宗拒绝，西藏因此断绝蒙藏委员会驻藏办事处的供应。[31]:454-461当时孔庆宗将这一情况紧急报告国民政府，并在报告电文中指出：“查外交局性质系与外国洽办事件之机关，今噶厦告职须向该局洽办一切事件，是视中央为外国，示西藏为独立国，如我予以承认，则前此国际条约所订西藏为中国领土之文无形失消，而西藏与外国所订明密各约未为中央所承认者，无形有效。事关重大，中央似宜明电噶厦不承认该局，中央驻藏官员仍须照旧与噶厦接洽一切事件。”8月5日，蒙藏委员会向西藏噶厦转达了行政院训令：“对藏方为处理地方涉外事务而设置机构应遵守的原则：（甲）有关国家利益问题，即政治问题，必须秉承中央意旨处理；（乙）中央与西藏一切往还接洽方式，仍应照旧，不得经由上述外务机构。”并电令驻藏办事处“仍照旧例接洽，不得与‘外交局’发生任何联系。”双方僵持不下。[31]:454-461
1943年，西藏召开民众大会，对“外交局”事接受国民政府意见，收回原议，表示“西藏应与中央保持感情，不应与中央西藏办事处断绝关系。”并责成西藏驻京办事处总代表阿旺坚赞等向国民政府主席面呈此意。是年国民党召开六中全会，热振被选为国民党中央候补执行委员。
1943年11月30日，一架飞越驼峰航线的C-87运输机迷航耗尽燃油，机上5名美国军人跳伞降落在西藏泽当附近，由于飞行员的衣服印有请给予协助的中文，藏人一度认为他们是中国人。孔庆宗派会英语、藏语的中央气象局拉萨测候所所长曹巽，代表办事处去联系，并抢在拉萨政府之前欢迎宴请他们，拉萨政府随后安排他们住在英国驻拉萨使团官邸。[88][89]拉萨政府原本要美军人员在英国驻拉萨使团的欢送宴会后启程回到印度，没有时间接受孔庆宗的邀宴，孔庆宗得知后大发雷霆，美国人因此参加了孔庆宗的欢送宴会。[90]
二战后西藏为了推动西藏独立，组织了一个“慰问同盟国代表团”，以祝贺同盟国二战胜利名义赴英、中、美三国进行活动。蒙藏委员会驻藏办事处通知西藏派代表出席制宪国民大会，并表示此次西藏代表前往南京出席国民大会，可以提出各种要求，政府将尽力解决。因此西藏在慰问同盟国代表团的基础上再增加若干人，作为出席国民大会的代表。西藏特别召开了全藏民众大会，拟定了一份“西藏全体僧俗民众会议报告书”准备提交国民大会，并盖有噶厦和三大寺的印章。报告书的内容主要包括：中国与西藏的关系一直是“檀越关系”（施主与福田），盼能继续维持；西藏是一个独立的国家，日后也将独立运作；过去中国以武力夺取明显属于西藏的领土，如青海、西康等地，违反国际规定，应交还西藏；西藏一直是独立的国家，自己管理自身的内政、外交、军事事务。[7]:79[4]:68西藏摄政达札于代表团启程前曾召集要员集会，要求出席国民大会代表，此行应以保持现有特殊地位为原则，避免引起国府对藏用武；最低限度应要求完全自治；如国府仍采怀柔政策，则要求独立，中、藏边界依西姆拉会议的条款划分。[7]:80
西藏政府和班禅堪布厅都派代表参加制宪国大。西藏政府代表共10人。[注 3]西藏代表将报告书送交国民政府，并盼能于制宪国大开会前获得回应。1946年11月15日，国民政府召开制宪国民大会。代表团由于未接到国民政府对于报告书的回应，报到时乃依藏方指示不领取代表证，但在听了白崇禧的谈话后，拍电报回藏请示，获藏方当局回电同意他们以国大代表身分参加。西藏代表图丹桑批被选为主席团成员。[7]:82-83
1947年，新公布的《中华民国宪法》中表示：“中华民国领土，依其固有之疆域，非经国民大会之决议，不得变更之。”“西藏自治制度，应予以保障”。关于国民大会也有明确表述，“西藏选出代表，其名额以法律定之。”并规定在全国立法委员、监察委员中也包括有西藏地区的名额。
英国驻南京公使蓝来讷在给英国政府的信中评论：“中国人喜欢自欺欺人是众多周知的（他们对西藏拥有宗主权的虚构可能会使人产生幻觉），不管中国人如何在报纸上宣传或在国民议会煞有其事地通过决议，这些装腔作势的行为都很难获得世界其他国家的相信。……因为英国和来自世界各地的代表也列席了会议，谁也不会认为这些国家也是中国的一部分。”[32]
1948年3月29日，中华民国行宪国民大会召开。西藏政府派定代表13人出席会议。[注 4]班禅堪布会议厅派定代表11人。[注 5]西藏代表土丹桑布当选为大会主席团成员。这次会议，西藏政府有立法委员三名[注 6]；监察委员三名[注 7]；班禅堪布会议厅有立法委员五名[注 8]；监察委员三名[注 9]。罗桑坚赞还被总统府聘为国策顾问委员会委员。
许世英出任蒙藏委员会主任委员后查阅档案，发现报告书中有“西藏乃佛法胜地，自治自主之国”字句，等于承认西藏为一国家，经请示蒋中正后，获蒋同意于1948年6月予以驳覆，国民大会报告书事件至此落幕。[7]:85
1946年底，黎吉生按照英国政府的旨意，敦请西藏参加在印度新德里召开的泛亚洲会议。他说：“如果西藏政府这次派代表团出席会议，就能体现出西藏是一个独立的国家。从目前的形势来看，如今正是搞西藏独立的大好时机”，并嘱咐此事要严格保密。达扎立即同意派西藏代表团出席泛亚洲会议。随后，黎吉生又去函建议：出席这次会议的西藏代表团应该带上一面国旗备用。于是，噶厦短时间制作了一面藏军的雪山狮子旗。
1947年3月，在新德里举行的非官方泛亚洲会议正式开幕。西藏被邀请派出一个代表团，中国政府的代表要求西藏代表团归入中国代表团，否则中国政府代表将抵制此次会议。然而，印度政府婉转拒绝了中国政府的这一要求，同时，尼赫鲁还特别安排西藏代表团团长桑颇·才旺仁增发表讲话。[32]西藏的雪山狮子旗同各国的国旗并列悬挂，主席台墙壁上还挂了一张将西藏置于中国版图之外的亚洲地图。由于会议并非由政府主办，因此这些行为在外交上并无实际意义。但中国驻新德里大使及中国代表团依然向印方提出严重抗议。印度方面表示：这次会议是“尼赫鲁以私人名义邀请有关代表参加的”，“没有邀请官方代表”，并更换了那幅亚洲地图，同时摘下了雪山狮子旗。
1947年冬到1948年，西藏嘎厦政府派出以夏格巴为团长的“西藏商务代表团”出访印度和欧美一些国家。当事人夏格巴说：“在他们整个海外旅行期中，他们都是使用西藏护照和旅行档，在他们所访问过的国家都是加以承认和接受的。这样就建立了史无前例的表示西藏独立的证据。”而中国驻印大使罗家伦接蒙藏委员会驻藏办事处报告该团将抵印度时，即向尼赫鲁提出请勿承认西藏发的护照。尼赫鲁说，藏人入印向来不需护照，至于赴英国的护照系由英国驻印度高级专员签证，不归印度政府办理。
在解决去美国的资金问题后，夏格巴经美国驻香港总领事馆取得签证。国民政府得知后，即由外交部次长于1月12日向美国驻华大使馆提出声明与质询。对此，美国驻华大使馆人员答称，美国向来承认中国在西藏的主权，美国政府亦无变更对西藏立场的意思。美国国务院人员还答复中国驻美大使顾维钧说：驻香港的美国总领事并未在夏格巴等所持旅行证件上签证，仅仅是在另一普通纸上签注可以进入美国国境，此项签证并无损害中国对西藏主权之意。
与此同时，中国外交部又电饬驻英国大使郑天锡告知英国外交部，如果夏格巴一行申请赴英国签证，英国方面应令其呈验中华民国护照，否则不予签证。据此，中国驻英使馆段参事去英国外交部联系，英方答称：夏格巴一行在南京时，已由英国驻华大使馆给以赴英签证。段当即指出英使馆不应签证。英外交部人员说，以英国惯例，对于国籍不明者如请求签证，不需当地政府之护照，只需其本人之宣誓书即予以签证。段参事当即驳以西藏为中国领土，绝非国籍不明者。英方称事已如此，微表歉意。
各国对于西藏商务代表团的态度，加拿大学者谭·戈伦夫认为，美国“商业部的态度是把他们作为私营商人代表，仅仅同他们洽谈商业事务。”1948年1月，英国政府通知美国政府说：英国将把接待夏格巴的代表团作为“一件私人商业事务，不具任何官方意义”。在整个接待期间，英国政府不断将全部情况告知中国驻英使馆。夏格巴等在瑞士的行程，瑞士政府都安排由一位中国使馆的秘书陪同。
夏格巴到美国后即向新闻界发表谈话，把中、苏、美、印统称“外国”。夏格巴等带有达赖喇嘛给美国总统的相片及函件，打算谒见杜鲁门总统。中国外交部电饬驻美大使顾维钧向美方郑重表示：该团赴美，未经中国核准，而美国又已表示尊重中国在西藏之主权，则美政府不应给予官方接待；美国总统如予接见，就是予以政治上的地位，中国政府不能赞同；如果美方坚持准许该团晋谒总统，也应由中国大使率领前往。
顾维钧于8月3日向美国务院提出约定晋见美国总统的日期，并即通知夏格巴。顾维钧告以：凡国内官员晋见外国当局，需由本国驻外使馆偕同前往，这是国际惯例，如果该团感觉不便，也可不去，而将所携函件、相片等交给大使馆代递，将来如有复函，也由大使馆转达。夏格巴不愿这样作，遂放弃了谒见杜鲁门的打算，只以官方信函呈送杜鲁门。[92]
1949年6月2日，中华民国政府代总统李宗仁颁布准予宫保慈丹继任第十世班禅额尔德尼的命令。8月10日，国民政府特派蒙藏委员会委员长关吉玉为专使主持十世班禅额尔德尼坐床典礼，并颁赐金印及礼品。坐床大典后，十世班禅额尔德尼致电李宗仁代总统致谢，电文曰：“班禅世受国恩，倍蒙优渥，此次蒙钧座颁布明令，特准继承九辈法统。即承特派关专使吉玉、马副使步芳莅青主持坐床典礼，复荷礼连旺加，赐颁厚祝。拜领之馀，良深铭感。遵已于八月十日在塔尔寺举行坐床典礼。今后只有一本历辈班禅倾诚中央，庇护众生之一贯意志，竭尽天职，努力以赴，以期仰答优崇无上之德意。”西藏噶厦政府则在解放军入藏后，于1952年承认十世班禅的地位。
1949年夏，中华民国政府在第二次国共内战中不断退败。是年六月，黎吉生对噶厦外交局局长柳霞等说：拉萨有许多共产党的人，留他们在这里，将来就会充当内应，把共军引进来。黎吉生并提供一些被他个人定为“共产党”的人名和住址。柳霞等即向噶厦和达扎摄政报告了此事。达扎听后，迅即召开秘密会议。与会人员认为国民党政府失败已成定局，共产党必然取而代之；为了阻止共产党于西藏以外，必须在共产党进藏以前驱逐在藏的一切汉人。
为此，藏军第六代本从日喀则调到拉萨，在市区到处搜查。噶厦还举行了以诅咒汉人、共产党为目的的“扣锅”、“驱鬼”等重大宗教仪式，黎吉生到现场进行助威。噶厦于7月8日将蒙藏委员会驻藏办事处代处长陈锡璋请去，由首席噶伦对他说：共产党和国民党内战甚烈，国民党的军队和官员走到哪里，共产党就追到哪里，噶厦对驻藏办事处人员的安全不敢负责；现决定与国民政府暂时断绝政治关系，而宗教关系还是存在的，请驻藏办事处并其他机关准备于周内启程去印度，噶厦已指派藏军照料、护送至印度边境。陈锡璋表示即电蒙藏委员会请示。首席噶伦说：“国民政府方面，噶厦已直接去电通知，你不必再行去电，现在所有电报邮件均已封锁，你也无法通信了。”
7月9日，噶厦向在广州的中华民国政府代总统李宗仁发去电报，告知驱逐驻藏办事处及有关人员的决定，并希望“勿起误会，予以适当之谅解。”对此，行政院院长阎锡山致电摄政达扎并噶厦：“通知中央驻藏人员，全体撤退，返回内地，事出非常，深为骇惋，”并提出要其“撤销前议，迅速恢复中藏固有关系”。
7月中旬，蒙藏委员会驻藏办事处及其下属机构全体人员离开拉萨，经亚东出境，由海路返回内地。对此事件，谭·戈伦夫指出：“如果黎吉生从未向西藏官员提起驱逐之事，西藏人也决不会想到这点”、“极为肯定的是黎吉生以某种方式卷了进去。”
1949年中华民国政府撤离中国大陆以后，丧失大陆领地。为彰显自身对全中国统治之合法性，中华民国政府仍然持续发布包含大陆地区之中华民国全图及行政区划，仅就实际统治区进行更新。但近年来已逐渐废止与大陆地区行政区划相关之规范及代号。至2005年相关办法停止适用前公告之行政区划包含35省、14直辖市（1949年以前设立12个，政府迁台后增设两个）、2地方（西藏、蒙古）及1特别行政区。现今发布之本国行政区划仅列出实际统治区之划分，提及位于大陆地区之地理时则依照现况，使用中华人民共和国之行政区划。由于无法管辖蒙藏地区，蒙藏委员会的权限与业务有所改变，主要负责在台藏人、蒙古人的生活和就业，以及与今日蒙古国、西藏流亡政府之间的政治、经济、文化、教育事务的交流。例如若有藏人在融入社会方面需辅导，即开办“中文识字班”、“机车驾训班”课程，或专门设立“在台藏胞关怀专案”，配置专业社工以辅导生活问题，提供子女教育津贴与急难救助。2017年9月15日，文化部的蒙藏文化中心取代蒙藏委员会[93]，承接蒙藏委员会文化相关业务与大多数蒙藏会人员。[94][95]
1951年中国共产党领导的解放军进入西藏，1959年藏区骚乱导致十四世达赖喇嘛流亡印度，噶厦政府被新成立的西藏自治区政府取代，流亡藏人在达赖喇嘛的领导下成立藏人行政中央。达赖喇嘛于1997年访问台湾，促成了驻台办事处的设立，达赖喇嘛宗教基金会于1998年4月16日在首都台北市正式成立，中华民国总统李登辉出席了成立仪式。[96][97]
世界各国出版的地图对西藏的定位都不一样。或是将西藏当作中华民国领土的一部份，或是将其当作独立政权，排除在中国之外。
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| 职衔 | 姓名 | 任期 |
|---|---|---|
| 西藏办事长官 | 锺颖 | 1912年5月9日-1913年1月6日 |
| 护理西藏办事长官 | 陆兴祺[注 10] | 1913年4月2日-1920年9月 |
| 驻藏办事长官 | 陆兴祺[注 10] | 1920年9月-1930年 |
| 致祭达赖专使行署留藏负责人 | 刘朴忱 | 1934年11月-1935年1月 |
| 致祭达赖专使行署留藏负责人 | 蒋致余 | 1935年1月-1938年7月 |
| 蒙藏委员会驻藏谘议 | 张威白 | 1938年8月-1940年3月 |
| 蒙藏委员会驻藏办事处处长 | 孔庆宗 | 1940年4月1日-1943年10月8日 |
| 蒙藏委员会驻藏办事处处长 | 沈宗濂 | 1943年10月8日-1946年1月 |
| 蒙藏委员会驻藏办事处处长 | 陈锡璋[注 11] | 1946年1月-1949年7月20日 |
| 蒙藏委员会驻藏办事处处长 | 熊耀文 | 未到任[99] |
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