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陈水扁政府（通称扁政府）是指2000年5月20日至2008年5月20日，陈水扁担任第10任与第11任中华民国总统期间所领导的中华民国政府。陈水扁政府是行宪后首个非由中国国民党领导的政府。陈水扁与吕秀莲于2000年总统选举中以39%得票率胜出，实现中华民国历史上首次政党轮替；2004年总统选举，陈吕二人再度以0.2%的极些微得票率差距赢得连任。
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陈水扁政府时期经历6个内阁，分别为唐飞内阁、第一次张俊雄内阁、游锡堃内阁、谢长廷内阁、第一次苏贞昌内阁及第二次张俊雄内阁，共五位六任。其中，首任阁揆唐飞为中国国民党籍，但总统府方面并未与在野党协商组阁，而是径自征询并任命之；国民党方面则是将唐飞予以停权处分，并声明其内阁施政与该党无关。
民主进步党于第五届立法院和第六届立法院虽为第一大党，但席次并未过半[注 1]；在野泛蓝阵营的中国国民党和亲民党则共组“国亲联盟”与之抗衡，使得陈水扁政府8年执政期间成为“少数派政府”[注 2]，政策经常受到在野阵营的反对与阻挠，因而陷入严重的内耗。
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为彰显新政府重视人权议题，总统陈水扁甫上任即成立“总统府人权咨询小组”，2004年扩编为“总统府人权咨询委员会”，由副总统吕秀莲担任主任委员，着重于“人权入宪”与“人权修法”之研议。
2002年，总统府在南海学园成立“国家人权纪念馆筹备处”，提出设立人权纪念馆的构想[1]；然而《国家人权纪念馆组织法草案》送交立法院审查后，却遭在野的泛蓝势力阻挡而决议不通过，原先的常设展览馆计划也被迫取消。
有别于过去中国国民党执政时期的保守主义，扁政府从选前就大力提倡性别平等，除提名女性副总统候选人外，上任后女性阁员人数也占全体内阁的四分之一以上[2]。2001年立法院三读通过《两性工作平等法》，首度将禁止职场性别歧视写入法规，同时确立职场性骚扰的救济机制；2004年也在叶永鋕事件的背景下通过《性别平等教育法》立法，在国中小课程中纳入性别平等教育，倡导尊重个人性别气质与性倾向，并打破过去的性别刻板印象。此外，为补足上开两部法规的漏洞，2005年再通过《性骚扰防治法》，台铁和台北捷运也分别增设女性专用车厢或夜间妇女等候区，保障女性在职场、校园场域以外的安全。
2007年，总统陈水扁签署《消除对妇女一切形式歧视公约》，外交部委托友邦瑙鲁驻联合国代表团将批准书转交给联合国秘书处存放，但遭时任联合国秘书长潘基文援引联合国大会第2758号决议退回。
为落实多元族群共荣的理念，扁政府于2001年设立“行政院客家委员会”[3]，针对客家文化的传承、复兴做系统性规划，并透过推行客语能力认证、成立客家电视台等政策支持其发展。同时在原住民族文化保存方面，行政院原住民族委员会也于2005年起开播原住民族电视台频道，并设立“原住民族文化事业基金会”发展媒体广播事业。除此之外，原民会也于2001年～2008年间陆续承认邵族、噶玛兰族、太鲁阁族与撒奇莱雅族，尊重不同族群文化的认同。
2005年，扁政府为回应立委席次减半运动，执政的民主进步党与当时最大在野党中国国民党罕见形成共识，联手通过第七次修宪，同时也是中华民国历史至目前为止最后一次修宪。其内容重点如下：
- 废除任务型国民大会，确立立法院为一院制国会。
- 宪法修正案与领土变更案改由公民复决，通过门槛为同意票须达到选举人总额之半数以上。
- 总统、副总统弹劾案改由全体立法委员1/2以上之提议，经2/3以上全体委员之决议，由宪法法庭审理。
- 立法委员席次由225席减半至113席，选制并从原本复数选区制改为单一选区两票制，获得5%以上得票率的政党才能列入不分区当选名单。
此次的修宪内容大幅压缩了小党的生存空间，并遭遇亲民党、台湾团结联盟等其他在野党的反对，但在国、民两党的席次优势下仍然全数过关[4]；从此台湾的政治生态逐渐倾向两党制发展。
扁政府就任后开始清查中国国民党过往累积的不当党产，并由中央政府部会提告追讨。2004年，财政部成立“国家资产经营管理委员会党产处理专案小组”，负责处理不当党产事宜；同年底，执政党试图在立法院通过《政党不当取得财产处理条例》草案，但遭在野的国亲联盟封杀。在没有设立专法的情况下，多数案件在进入司法诉讼后，因欠缺法律上的追讨依据而遭败诉判决，因此实际执行成效并不佳。
2002年，行政院文化建设委员会将过去白色恐怖时期两处关押政治犯的处所“景美看守所”与“绿岛感训监狱”登录为历史建筑，并于数年后落成“台湾景美人权园区”与“绿岛人权纪念园区”，将内部整理改建为展览空间，向民众展示过去威权统治时期打压人权的统治手段，并与教育机构合作进行人权教育。
陈水扁入主总统府后延续其在台北市市长任内的一系列“空间解严”措施，破除过去统治机关森严、不可侵犯的形象，同时抹除独裁者的个人崇拜象征，包括扩大开放民众参观总统府、并将其名称从“介寿馆”正名回“总统府”、中正纪念堂更名为“国立台湾民主纪念馆”[注 4]、国家两厅院前的空间命名为“民主大道”和“自由广场”并更换牌楼题字[注 5]，以及中正国际机场更名为“台湾桃园国际机场”等等。府前的凯达格兰大道自此之后也逐渐转变为台湾各种社会运动的聚集之处，包括同志大游行、反核大游行等等，而不再只是冲撞威权的集体记忆[5]。
2003年6月，兼任民主进步党主席的总统陈水扁在中常会[注 6]上宣示“党政军退出媒体”的决议，要求党职人员退出媒体经营；在此之前立法院也通过了《无线电视事业公股处理条例》，将华视公共化、台视民营化。而后，行政院新闻局提出“广电三法整并”的目标，获得在野党的响应。年底，立院通过《广电三法》的修正，并未如原先计划将三部法律整合，但纳入了“党政军条款”，限期政府部门与政党退出广播、电视经营，也限制公职人员和政党要员担任广电媒体董监事职务。
初步完成媒体改革后，朝野对设立通讯传播监管机构达成共识，两大党均同意将其定调为独立机关，但针对其内部成员的产生方式却产生了相当大的歧异。在野的国亲联盟主张，委员比例应按照国会席次占比分配，而行政院则认为此举将丧失独立意义[6]。在国亲联盟的人数优势下，立法院于2005年三读通过《国家通讯传播委员会组织法》，行政院被迫设立“国家通讯传播委员会”（简称NCC），但也不甘示弱，随即声请司法院大法官释宪并拒绝任命NCC委员。最终，大法官公布释字第613号解释，宣告《通传会组织法》部分违宪；立法院遂着手修正，将NCC委员提名权归还行政院院长，同时保留立院的人事同意权。
NCC成立后，其职权包括定期检视与评估有线电视业者的经营状况是否符合法律规范与新闻伦理，以发换营业执照；以及有线电视频道申请案、媒体事业并购案之核准等业务，对通讯传播产业进行监管。
扁政府为了兑现对于支持者的承诺，于2007年时发起了一系列“台湾正名运动”措施，试图降低中华民国本位思想对于台湾造成的影响。其内容包括将中华邮政更名为“台湾邮政”[注 7]、中国石油更名为“台湾中油”以及中国造船公司更名为“台湾国际造船公司”等等。除此之外，2003年时为了避免台湾人旅外时被误认为中华人民共和国公民，外交部宣布更改中华民国护照样式，在封面页加注“TAIWAN”的字样以资识别，该版本并被持续沿用至2020年为止。
台湾的人均所得在扁政府执政期间逐年增长，但相较于李登辉政府时期，其成长幅度则略为趋缓。根据国际货币基金组织的统计，2000年扁政府上任第一年台湾的人均GDP为14,844美元，至2008年其卸任时则为18,054美元。
扁政府上任初期延续前朝的南向政策，除继续鼓励台商投资东南亚国家之外，另外针对农渔业技术、医疗卫生、教育、科技与基础建设方面给与援助，并锁定越南、泰国、菲律宾、缅甸、印尼及马来西亚为主要合作对象；同时国合会也大量招募志工前往海外服务，另辟民间外交的互动模式。南进政策在移工方面也取得成效，2002年签署《台泰劳工直接聘雇协定》全面开放泰劳来台，以及2004年时与印尼签署《劳工备忘录》解冻印劳输入，借此补足产业结构升级后的劳力市场缺口。[7]
高铁工程于2000年动工，历经6年的建设，中间曾一度延缓通车，终于在2007年1月5日正式营运，共设有台北、板桥、桃园、新竹、台中、嘉义、台南及左营8站，从此改变了台湾往返南北的运输型态，更形成了“北高一日生活圈”；而曾经盛极一时的“台北－高雄航线”更因高铁通车而运量一落千丈，并最终于2012年走入历史。
行政院在2003年公布“新十大建设”的国家整体建设计划，预计耗费5年时间、投入约5千亿元新台币扩大公共建设，内容包括国际艺术及流行音乐中心、高雄港洲际货柜中心、第三波高速公路、平地水库海淡厂、台铁捷运化等工程以及M台湾计划等软、硬件设施的完善。计划预算于2005年经立法院审议通过，截至2008年5月其卸任为止，执行完毕的项目有国道5号北宜段（雪山隧道）、国道6号雾峰－埔里段、台江大道、台北捷运南港线、小南门线、小碧潭支线、板桥线和土城线、高雄捷运红线与金门、马祖西莒海水淡化厂，以及铺设宽频网络管线、补助中低收入户装设卫星接收器等；其任内开始动工、至卸任后始完工的项目则有故宫南院、高雄捷运橘线、台铁沙仑支线、内湾支线及汐止七堵高架化专案；至于台中大都会歌剧院、台中古根汉美术馆和台湾博览会则是取消或改由地方政府办理。
继新竹科学园区之后，行政院于2002年再核定设立中部科学园区，协助友达光电等科技大厂扩建厂房，并在动工一年后正式营运。高效率的建设速度使得台中园区的第二期开发案也紧接着于2005年开始营运，并吸引半导体、精密机械等产业进驻，行政院乃于2007年设立中科管理局专责管理，同时陆续核定虎尾园区、后里园区等开发计划。
“反对核能”是民主进步党选前的政见，竞选期间陈水扁阵营也主张一但当选将停建核四厂。然而陈水扁就任总统后，首任阁揆唐飞却坚持核四应该续建，其立场与总统府及经济部间出现矛盾，最终唐飞以健康因素为由请辞[8]。继任的阁揆张俊雄上任后不久即宣布核四停工，引发在野的泛蓝阵营强烈不满，行政院遂声请释宪，司法院大法官则做出释字第520号解释，认为在国家重大政策上，行政院有义务遵从立法院之决议。释宪结果出炉后，中国国民党及新党籍立法委员立刻提案要求核四复工，并以135：70的票数通过作成决议，迫使行政院续建核四。2001年2月，行政院正式宣布核四复工。[9]
扁政府上任初期曾采取李登辉政府时期的务实外交路线，即不追求建立正式外交关系、以发展双边实质往来为原则，被认为是务实外交的延续。2003年，为进一步拓展与欧洲共同体（即欧盟的前身）间的经贸交流，在多方斡旋下欧洲经贸办事处于3月正式在台北揭牌开馆；同年8月，台湾驻斯洛伐克代表处也在布拉迪斯拉发开设。
李登辉任内开创了“过境外交”的先例后，继任的扁政府亦萧规曹随；但与前朝相异者，扁时代多为“突袭式”的过境，不仅行程变数相当大，也显现出与当地政府的事前沟通并不顺畅。虽然表面上看似有所突破，但其实象征意义大于实质意义，提供过境的国家事后往往遭到北京当局的外交报复，反而无法进一步发展关系；同时也在世界各地开起外交战场，因此被谑称是“烽火外交”。
2006年5月，总统陈水扁启动兴扬专案出访友邦巴拉圭、哥斯达黎加与多米尼加，在前往巴拉圭的途中临时决定不按原订计划过境美国阿拉斯加州首府安克雷奇，之后专机无预警降落在阿拉伯联合酋长国首都阿布扎比、荷兰首都阿姆斯特丹、印尼巴丹岛与利比亚等非邦交国，以加油或是过境为由停留。府方基于保密理由，未事先公布降落地点，因此有整整37小时机上随团记者对于航程完全处于不知情的状态，中间还一度因为行程曝光而临时遭黎巴嫩政府拒绝降落，被戏称为“世纪迷航”[10][11][12]。
陈水扁在任内与中华人民共和国展开邦交国争夺战，前后先后共有马其顿、利比里亚、多米尼克、格林纳达、塞内加尔、乍得、哥斯达黎加和马拉维等8国与台断交转而承认北京；同时也与基里巴斯及圣卢西亚建立或恢复邦交关系。其中，瑙鲁在其任内先断交后复交，瓦努阿图则是建交后短短7天内就断交。政府为了稳住邦交，曾宣布投入75亿元新台币的“荣邦专案”计划以巩固邦交[13]，但实施成效不佳，后续甚至爆出巴新外交公款侵吞案等贪渎案件，因此被在野党讥为“凯子外交”。
陈水扁上任之初适逢克林顿总统当政的最后一年，华府对毫无执政经验的民进党颇有疑虑，总统陈水扁也试图透过“四不一没有”的宣示以搏取美方信任。克林顿下台后，共和党的小布什成为新一任的美国总统，其采取共和党一贯的友台路线，2003年陈水扁过境纽约时甚至给予高度礼遇，准许其出席“二〇〇三人权奖”受奖典礼并公开发表演说，之后也在巴拿马与时任国务卿科林·鲍尔会晤寒暄[14][15]。
不过，当两岸关系陆续因一边一国、《反分裂法》等事件陷入对抗后，华府数次介入调停；同时因911事件以来美国的外交重心转移至中东地区，布什总统无意分散注意力在东亚事务上，对于扁政府愈发激进的两岸政策渐感不满，甚至一度传出布什将陈水扁称作是“麻烦制造者”[16]。2006年初，陈水扁释出考虑废除国统会与《国统纲领》的消息[17]，白宫即指派国安会资深官员抵台进行沟通，却在陈水扁的坚持下无功而返[18]，导致台美双方陷入各说各话的僵局[19]。
2007年陈水扁任内最后一次出访，美方仅允许其过境阿拉斯加州；陈水扁对为抗议礼遇规格过低，刻意仿效前总统李登辉拒绝下机，并脱去西装与领带见客[20]。然而此举并未如同1996年般引起国会关注，亦未在华府激起任何支持台湾的声浪。其后民进党推动入联公投，时任国务卿康朵莉萨·莱斯更是严词批评此举为“挑衅的政策”[21]，导致台美关系每况愈下。
扁政府就任第一年为森喜朗担任日本首相，森氏本身与前总统李登辉及总统陈水扁皆有私交，其执政期间虽然只有短短一年，仍曾力排外务省官僚系统的反对声音，坚持同意发放李登辉的访日签证[22]；森氏本人也曾在卸任后多次访问台湾。森氏辞职后，接任的小泉纯一郎亦采取对台友好的路线，2004年日本首度投票支持台湾成为世界卫生大会的观察员国，2005年更在北京的反对之下对台湾开放观光免签证优惠，并首次将台海议题纳入“美日安全咨商会议”的共同战略之中[23]。
2006年小泉的总裁任期届满，其钦点的接班人、时任官房长官安倍晋三接替了首相大位。安倍内阁大抵延续小泉时代的外交政策，虽未直接调整对台作为，但在“美日同盟”的架构下仍然相当重视台海安全。然而受到丑闻弊案的影响，安倍执政仅短短一年即提前辞职；新首相福田康夫向来被视为对华立场友善的鸽派，福田内阁在外交上戮力发展对中关系的同时，也力求日、台、中三方维持现有的稳定局面；对于民进党推动的入联公投，福田则公开表达不支持的立场[24]。
陈水扁在台北市长任内曾经出访俄罗斯，与时任圣彼得堡第一副市长、后来的俄罗斯总统普京会晤，因此牵起了与俄国间的联络管道。出任总统后，扁政府利用这条人脉与俄方搭上线，初期台俄关系发展相当密切，双方于2001年宣布海参崴与台北直航，时任总统府副秘书长陈哲男更借此顺道访俄，成为苏联解体以来最高层级的出访官员[25]；隔年两国再开通莫斯科－台北包机直航，年底于海参崴举行的第三届APEC投资会议台湾也首度派出部长级访团，与俄方就融资及肥料、石油采购达成具体协议。驻俄代表处亦于此际增设“科技组”，并由总统府方面主导成立“台俄交流协会”[26]，企图响应普京的“新东方政策”以进一步扩大双边在科技、经贸方面的交流。不过，对莫斯科当局而言北京的战略利益远大于台北，故在中国政府的施压下，台俄发展仍相当局限。
2004年7月，即将接任内阁总理的新加坡副总理李显龙以“渡假”名义访问台湾[27][28]，台星关系前景一度被乐观看待。然而事隔数月，时任新加坡外交部长杨荣文在联合国大会上发言声称“台湾一些团体试图让台湾走向‘独立’是危险之极的举动”，引发台星之间的外交风波，陈水扁政府对该发言极度不满，时任外交部长陈唐山甚至公开批评新加坡“只是一个鼻屎大的国家”[29][30]。
中华民国与利比亚在断交后的关系时好时坏，不过长期主政的利比亚领导人卡扎菲在扁政府当政期间对台十分友善，2006年曾派遣次子赛义夫担任特使访问台湾，获总统陈水扁公开接见；同年陈水扁的“世纪迷航”之旅亦曾降落于利比亚，获得卡扎菲高规格接待并在官邸秘密进行元首会谈[31]。卡扎菲政府也宣布给予台湾免签证优惠，并于2008年准许“台湾驻利比亚商务代表处”在首都的黎波里开设，是当时少数以“台湾”为名挂牌成立的外馆。[32]
过去国民党政权长期不承认蒙古国，并坚持其为中华民国领土的一部分；民进党在对蒙立场则支持给予外交承认，陈水扁亦曾于台北市长任内与蒙古首都乌兰巴托缔结姊妹市，中央执政后更将蒙古剔除于“大陆地区”的范围，外交部并于2002年再次宣布承认蒙古国的独立地位。扁政府对蒙释出善意后，蒙古方面也给予积极回应，两国遂分别于对方首都设立实质大使馆，同时驻乌兰巴托台北贸易经济代表处也直接隶属外交部管辖，而非大陆委员会或蒙藏委员会。
在历经十年的谈判与外交折冲后，2001年中华民国终于完成加入世界贸易组织（WTO）的程序，总统陈水扁于年底签署批准书后，2002年1月1日正式以“台澎金马个别关税领域”的名义成为WTO会员国。[33]
2000年首次执政的民进党政府为安抚内部的军方势力，同时化解华府与北京方面的疑虑，总统陈水扁在就职典礼上发表“四不一没有”的演说[34][35]，宣称在中共无意对台动武的前提下，保证“不宣布独立、不更改国号、不推动两国论入宪、不推动改变现状的统独公投，以及没有废除《国统纲领》与国统会的问题”。但出于对《台独党纲》的不信任，北京当局并未接下陈水扁抛出的橄榄枝，国台办批评其在“一个中国”的立场上回避，缺乏和解诚意。
初始扁政府仍持续释出善意，由时任中央研究院院长李远哲担任召集人筹组“跨党派小组”，成员涵括了中国国民党、新党等反对党代表及学界、企业界代表与社会公正人士[36]，试图凝聚共识以谋求两岸和谐。当时主导对台事务的中国国务院副总理钱其琛一度松口，不再坚持“一个中国”只能是中华人民共和国[37]；而陈水扁也在2001年出访危地马拉时再次提出“新五不政策”，试图营造两岸和解共荣的氛围。
然而两岸间的相互谅解仅仅是昙花一现。2001年美国总统小布什上任后，华府一改先前民主党政府将中国定调为“战略伙伴”的立场，改以“战略竞争者”视之并采取友台态度，加之此时的中共正处于领导人换届之际，新任总书记胡锦涛为安抚内部的鹰派势力，在两岸问题上选择无视扁政府的善意，并升高对台的外交打压[37]；2003年SRAS疫情爆发后，中国甚至阻止WHO援助台湾，时任中国驻日内瓦办事处代表沙祖康一句“谁理你们”也激起台湾舆论愤慨[38]。陈水扁对此极为不满，2002年时无预警抛出“一边一国”的论述；虽然陆委会事后紧急澄清并非“两国论”[39]，但扁政府的两岸政策方向已见转变。
一边一国论使得两岸关系急转直下，开启了持续数年的对抗情势；而在野的泛蓝阵营亦因之退出跨党派合作，导致扁政府不断修正调整两岸政策，逐步迈向全面对抗的基调。2004年，陈水扁首度动用《公民投票法》中的“防御性公投”条款[注 8]，发起“对等谈判”与“强化国防”两项公民投票提案[40]；同年国庆谈话中更是提出了“中华民国是台湾”的论述[41]，并开始在政府部门网站上使用“中华民国（台湾）”的名称。
扁政府的一连串作为遭北京当局认定逾越红线，全国人民代表大会于2005年通过《反分裂国家法》，企图以武力震慑。此时扁政府已无意与对岸进行和解对话，同时也因国际社会普遍均对《反分裂法》持负面态度[42]，使扁政府更加无意退让。2006年，总统陈水扁释出有意废除国统会与《国统纲领》的消息[17]，一举打破其上任之初的“四不一没有”承诺，致使两岸陷入剑拔弩张的氛围；最终在华府的压力之下，陈水扁宣布“终止国统会运作，并终止适用《国统纲领》”[43]。隔年，陈水扁再向时任联合国秘书长潘基文致函，要求以“台湾”的名义申请加入联合国；执政的民主进步党并发起入联公投，遭致中国国台办批评称是“变相的台独公投”[44]，也引来美国等其他国家的反对[45]。
与李登辉时代相比，扁政府时期的两岸关系很大程度受到美国的政策影响，华府介入调停的次数也大幅增加，主要仍是出于两岸间的互不信任，无法如同前朝以派遣密使的方式进行沟通，主动掌握情势走向。同时，在野的中国国民党也一反过往坚持的反共立场，在时任党主席连战展开“和平之旅”的访中行程后[46]，自此改以“和平交流”作为两岸政策的基调，大幅改善与中国共产党之间的敌对关系。
扁政府执政初期采取“新中间路线”的对中政策，试图扩大人员往来与通商规模以进行政治和解，行政院于2000年通过《试办金门马祖澎湖与大陆地区通航实施办法》，两岸达成共识先后开放“金门－厦门”与“金门－泉州”、“马祖－福州”等定点客运航班。另外为配合西进政策的实施，同时扁政府仍盼透过经贸往来化解当时因《反分裂法》而高度紧张的政治僵局，两岸于2005年首次达成共识，开放台商及其眷属的包机直航[47]。
有别于前朝相对保守的“戒急用忍”立场，民进党早在20世纪末期透过党内辩论，定调对于两岸经贸采取“强本西进”的主张[48]；加上甫执政的陈水扁有意推动与对岸的政治和解，因此有相当一段时间扁政府积极鼓励台商搭上投资中国大陆的西进热潮，并喊出“积极开放、有效管理”的口号，获得极大成效。后期两岸关系陷入紧张，扁政府改打出“积极管理、有效开放”的政策，认为不应将筹码全押在中国市场，希望台商分散投资以降低风险，但不会缩紧现有政策[49][50]。
过去中华民国国军采行的军政、军令二元化制度，导致实际兵权掌握在参谋总长手中、国防部长仅有行政权的“双头马车”局面；2002年立法院三读通过《国防法》与《国防部组织法》（合称“国防二法”）后，兵权回归国防部长，军管区司令部并改制为国防部后备司令部，从此“军政军令一元化”，以落实军队国家化的改革。[51][52]
小布什总统任内美国售台军事武器次数多达15次[注 9]，显示出华府虽然未将重心摆在亚洲事务上，但仍然相当注重两岸间的军力平衡；其军售项目包括纪德级驱逐舰、柴电潜舰、P-3猎户座反潜侦察机、MK48型鱼雷、AH-64阿帕契直升机以及AAV-7A1两栖突击车等多项防御性武器。惟由于朝小野大的缘故，在野的国亲联盟多次杯葛军购预算，华府为了避免因预算案未通过对美方造成的信赖利益损害，因而改变军售流程，在立法院通过预算后才愿意公布军售项目[53]。
1990年代以来因大幅松绑金融市场而迅速资本化，却也因监管制度未能即时跟上，而衍生严重的呆账、掏空弊案等问题。扁政府上任之后，于两个任期内分次启动阶段性的金融改革方案，称为“一次金改”与“二次金改”，其主要措施如下：
扁政府上任后延续前朝的教育改革，2001年起开始实施九年一贯教育，中小学导入乡土教育、健康教育和家政、童军、艺术、资讯等弹性领域课程，试图扭转“万般皆下品，唯有读书高”的观念。同时，教育部也针对高中课纲进行大幅修正，2003年颁布、2006年实施的《95暂纲》中，历史科部分将台湾史独立成册，脱离中国史的范围；地理科部分亦将台湾地理与中国地理分离，教科书上的中国地图也不再是早期中华民国政府宣称的“秋海棠”，改以今中华人民共和国的实际控制范围为标记；而过往的“三民主义”则与公民、现代社会等科目整合并入新设的“公民与社会”（简称公民科）之中，并重新编授民主政治、法律、经济学等公民教育。至于教科书用词方面，则以“中国”取代“本国”、“大陆”与“中共”等语汇[54]。2008年教育部进一步修改未完成的内容，再公布完整的《98课纲》。
为改善过去竞争过于激烈导致的各种升学压力问题，扁政府延续前朝的规划方案，于2001年起以“大学学科能力测验”（简称学测）与“大学入学指定科目考试”（简称指考）取代过往的大学联考，其中学测与联考时代最大的差异在于不再以答题分数作为成绩，而系将全体考生区分为15个级距，同时将应试科目缩编至国文、英文、数学、自然和社会5科，考生最终将以各科级分加总做为总成绩，避免以往“差0.1分”的情形。而在指考部分，虽仍维持以答题分数计分，但各系所则依其所需采计特定科目，考生可以自由选考。
另外，高中职升学方面也一并废除高中联考而以“国民中学学生基本学力测验”（简称基测）取而代之，并同样将科目删减至国英数自社五科，同时也新增多元入学方案，考生得以在校成绩以外其他领域的杰出成果作为入学申请依据；至于技职教育升学部分，则另办“四技二专统一入学测验”（简称统测）作为升学考试。
1998年司法院大法官公布释字第450号解释宣告《大学法》规定强制教授军训课程侵犯学术自由与大学自治，已属违宪；之后立法院通过修法，教育部宣布全国大专院校与高中职自2003年起废除军训教育，改由选修性质的“国防安全通识”取代[55]，内容并不再倡导爱国主义，改教授军事知识为主。2005年通过《全民国防教育法》后，再进一步改为“全民国防课程”，由校内的军训教官任教，并于2007年起恢复高中职的“军训打靶”，所有学生不分性别都应至军事基地接受实弹射击的军事训练[56]。
2000年7月，4名工人因溪水上涨而受困于嘉义县八掌溪河床上，在向外求援后，政府各机关却互相推诿责任，导致受困工人在媒体连线直播中，被全国民众目睹遭溪水冲走，最终溺水身亡[57]。时任行政院副院长游锡堃为此事负起政治责任，请辞下台。
2003年SARS疫情在台湾爆发，高致死率引发社会恐慌；由于台湾过去未曾有面临的大流行病防疫经验，中央政府与地方政府皆不知道该如何应对。当时爆发院内感染的和平医院，台北市政府与行政院卫生署在未进行分舱分流的措施下，直接宣布“封院”只进不出，许多看诊病患因此被困在医院无法离开，造成院内交叉感染，有如炼蛊；院内医护人员也因缺乏防护装备与事前准备，形同被关在院内自生自灭，使得许多护理人员精神濒临崩溃。
封院事件最终造成数名护理师与病患感染牺牲，而当时主责的台北市长马英九、北市卫生局局长邱淑媞和卫生署长涂醒哲却相互推诿责任，不愿承认应为此事件负责。
2004年3月19日，第11任总统、副总统选举投票前一日，力求连任的总统陈水扁与副总统吕秀莲车队在台南市扫街拜票时遭到枪击，子弹擦过吕秀莲的膝盖、并击中陈水扁腹部。事发后，扁吕二人被紧急送往奇美医院救治，所幸无大碍。由于选前双方民调陷入胶着，为了避免争议，中央选举委员会接受在野党候选人连宋阵营的诉求，选举如期举行；而凶手陈义雄却在案发10日后被发现于海边溺毙身亡。[58][59][60]
开票后，双方阵营一直保持极小的差距，最终陈吕阵营以千分之2、仅2万余票的差距成功连任。由于选前多数民调普遍显示连宋二人些微胜出，泛蓝阵营无法接受选举结果，不仅在府前的凯达格兰大道连夜抗议、在野党立委甚至带头冲撞高雄地方法院大门[61]，其支持者也指控枪击事件是执政党自导自演的结果，目的在于影响选情。而在警政署提交专案报告后，在野党立委纷纷表示无法信任报告的真实性，立法院便在国亲联盟的主导下成立“319枪击事件真相调查委员会”；而后却又因其职权有违反权力分立的疑虑而遭宣告违宪，引发国会与司法院间的对立[62]。最终真调会发布的报告中仍未有所发现，而连宋阵营的选举无效之诉也遭法院驳回。
2005年起，总统陈水扁及第一家庭传出贪渎弊案，多名执政党重要政务官也遭到检调单位调查，引发在野党批评。2006年8月12日，民进党立委施明德发起“红衫军运动”要求总统陈水扁辞职下台，主办单位声称有超过百万人参与抗争。
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- 2000.05.20第十任总统、副总统就职典礼全纪录 (上) （页面存档备份，存于互联网档案馆），《台视新闻》，TURBO的扇形车库~影音机关区Youtube频道
- 中华民国第十任总统就职演说，台视影音文化资产Youtube频道
- 第11任总统就职演说报导 （页面存档备份，存于互联网档案馆），《华视新闻》Youtube频道
| 前任： 李登辉政府 |
行宪以后的中华民国政府 2000年5月20日—2008年5月19日 |
继任： 马英九政府 |
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