2000年中华民国总统选举，即中华民国第十任总统副总统选举，于2000年（民国89年）3月18日举行，为中华民国第2次正、副总统公民直选，将采用普通、直接、平等、无记名、单记、相对多数投票制度。共有5组候选人参选；选举人数超过1,200万，投票率截至目前仍为史上最高，达82.69%。最后由民主进步党总统候选人陈水扁、副总统候选人吕秀莲当选，达成中华民国行宪以来、也是中华民国政治史上第一次政党轮替，终结中国国民党在台湾长达55年的执政。同时、本次选举也产生中华民国首位女性副总统，是女性在台湾政治上的一大发展。本次是第一次当选者得票数未过半的总统选举，也是2024年之前的唯一一次。
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1990年代的台湾社会弥漫寻求政治改革的气氛，执政已逾半世纪的国民党在重大选举中受到民进党的挑战。第7～9任总统李登辉依据《中华民国宪法》及其增修条文规定“总统、副总统之任期为四年，连选得连任一次”，原可继续连任，但最终宣布放弃。国民党提名连战参选，民进党提名陈水扁参选，加上原任台湾省省长的宋楚瑜脱党参选，和与陈水扁不合的前民主进步党主席许信良、及以批判国民党著称的作家李敖也跟着参选。国民党败选后李登辉辞去党主席，隔年即遭国民党开除党籍。不久后部分李登辉支持者成立台湾团结联盟并奉其为精神领袖，政治立场趋向台湾独立，并与民进党结盟；拿下第二高票的宋楚瑜则在支持者的期盼下创立亲民党，后与国民党合作，组成国亲联盟并掌握立法院多数席位。国民党在选后进行一连串的党务改组、并和过去李登辉的政治本土化路线切割。台湾亦在本次选举后，走向蓝绿两大政治势力的竞争局面。
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本次总统选举为民进党的首次胜利，陈水扁及吕秀莲当选为正副总统，成为首位民进党籍正副总统，而吕秀莲成为中华民国首位女性副总统。国民党在选前的分裂无疑对陈水扁的当选有很大的帮助。国民党内宋楚瑜、连战两派人马在选前未能整合成功，较高声望的宋楚瑜最后宣布退出国民党独立参选。这最终导致国民党选民票源分散，宋楚瑜最后以30多万票的差距落选，而连战则惨败。
在选票的结果上可看到，国民党是一面倒惨败。传统的国民党支持者全部倒向宋楚瑜，而台湾本土的支持者也全部倒向陈水扁。正如部分学者分析的一样，李登辉的两个图腾，外省的代表以及本省的代表分别被宋楚瑜与陈水扁抢走，连萧竞选总部主委王金平则表示是“弃连保宋”、“弃连保扁”两边弃保效应都发作的结果[1]。
无论在马英九执政的台北市，还是传统执政的花莲县、台东县等都一面倒倒向宋楚瑜。立法院院长王金平的高雄县，国民党执政的嘉义县、彰化县则倒向陈水扁。而民进党从国民党手上抢得执政的桃园县、新竹县市、台中县市、以及南投县倒向宋楚瑜。
宋楚瑜之所以以30万票之差败选，部分看法认为一来是他的外省人身份，二来是兴票案使他失去了大量中间选票，加上李远哲临门一脚，使中间选票流向陈水扁处。三来是弃连保扁的耳语，加上中华人民共和国总理朱镕基于大选前三天表示“不管是谁，只要搞台独，就没有好下场”，引起台湾民众反感。
而宋楚瑜在担任省长时大量投入公共建设（被其它候选人讥为送钱（宋前）省长），因此在基础建设落后的东部，山区及离岛上及921大地震的受灾区又获得高得票率（花莲县获58.8%，台东县52.8%；震灾严重的南投县达到46.9%；在台中县的受灾区大里市（41.0%）太平市（44.1%）雾峰乡（42.1%），宋楚瑜的得票率均高于台中县的平均得票率（38.1%）。）[2]
部分人士则认为李登辉的本土老友们都现身支持陈水扁，使支持李登辉的本土票大量流向陈水扁，导致连战失去与陈水扁相峙不下的机会，反变成连宋相争、阿扁得利。然而以中选会资料显示：在李登辉有影响力的故乡三芝乡，连萧以48.44%得票率大幅领先陈吕配的24.53%，对比全国连战23.10%落后陈吕39.30%，以及2004年三芝乡陈水扁得到44.25%得票率（提升20%得票率，超过全国提升约10%得票率）来分析，2000年李登辉应有出力支持连战。
政治背景
时任中华民国总统李登辉于1996年首次总统直选成功连任后，动念再进行政治改革。在第三届立法委员选举中首次联手缔造三党不过半局面的民进党与新党开始合流，民进党主席施明德出面和新党领袖赵少康喝“大和解咖啡”，达成在立法院及国民大会中联手合作的共识。在立法院长选举中民进党与新党搭档竞选立法院长，但是原先被看好的施明德由于内部跑票，以一票之差败给国民党的候选人，跑掉的这一票更是党内新兴政治明星、时任台北市长陈水扁的子弟兵民进党立委张晋城，造成施明德和陈水扁日后的不和。李登辉于是要新任副总统的连战，继续出任行政院院长，被民进党等立委指责违宪。1996年总统选举后，民进党主席施明德以选举失利引咎辞职，改由许信良再次出任民进党主席。
李登辉其后召开国家发展会议。会议中提出冻结台湾省政府选举，虚级化台湾省政府功能（又称为“冻省”）来与民进党交换行政院长不需要由立法院同意，只由总统任命即可。连战虽然退下火线，但同时招来民选台湾省长宋楚瑜的强烈反弹[3][4]，为日后宋楚瑜脱党参选种下远因。1997年，国民大会通过第四次增修条文，正式落实国发会的决议，连战专任副总统，改由立委萧万长出任行政院长，年底国民党于县市长选举中受到前所未有的惨败，在多处县市出现国民党内哄分散选票的情形下，团结的民进党夺得了占百分之七十以上人口的县市的执政权。
1998年，中华民国直辖市市长暨市议员以及立法委员选举（简称三合一选举），国民党夺回台北市执政权，但同时失去高雄市，在立法院则重新夺回简单多数。民进党和新党的立法院席次均告萎缩。陈水扁阵营在台北市长选举中一度以“土狗、贵宾狗”和“新卖台集团的棋子”批评香港出生的马英九。陈水扁的失利和外省籍选民在国民党和新党候选人之间的主动弃保引发民进党内部反思，党内四大派系于选后进行电视实况转播的中国政策辩论会。会后，民进党为了迈向执政而采取较温和的两岸政策。
1999年，国民党总统提名初选，连战副总统获得提名，而宋楚瑜决定脱党参选。连任台北市长失利的陈水扁获民进党提名，许信良脱党参选。新党提名作家李敖参选。
自李登辉连任以后，国民党中生代的接班竞争日渐激烈。由于连战已当选副总统，理应卸下行政院长一职。但李登辉考量立法院的席次以及中生代抢位置的问题，决定由连战续任行政院长，当然，传有“极具代表性的中生代重量级人士”同意此说，有说是宋楚瑜。
副总统兼行政院长是戒严时代的事，原行政院长陈诚当选副总统后，行政院长由俞鸿钧接任，但俞氏与监察院结怨，最后下台，故由副总统陈诚兼任行政院长。后来由严家淦接任行政院长。陈诚病逝后，蒋中正提拔严家淦为副总统，严氏续以副总统兼行政院长，但同时蒋中正的儿子蒋经国被任命为行政院副院长。最后蒋经国接任行政院长，直到此刻，并未再有副总统兼任行政院长。
连战以副总统身份兼任行政院长，引来在野党违宪的指责。在野党在立法院拒绝连战进行施政报告，把之拒于门外。后来司法院大法官会议作成《释字第419号解释》，指副总统兼任行政院长“与宪法本旨未尽相符”。
宋楚瑜自出任台湾省长后，成功塑造出勤政爱民形象，声望日渐提高，政坛逐渐传出对“叶利钦效应”的疑虑。而省政府与行政院的对峙亦日益严重。虽然副省长林丰正北上出任内政部长，省府亦有一些官员高升，但省府仍然继续因为省政事务炮轰行政院[5][6]。在李登辉连任总统的选举中，宋楚瑜出了不少力，间接对李登辉构成威胁。
总统府放出消息，表示有意把台湾省政府虚级化，国民党立委亦已显示出动作。而台湾省政府亦同时作出驳斥。时任总统李登辉宣布在1996年12月举办国家发展会议，邀请民进党一同协商。结果李登辉以冻省与虚省与民进党交换立法院对行政院长的同意权。尽管国民党与民进党认为这是取材于法国的“改良式双首长制”，但在民进党执政以后，除了唐飞是国民党，陈水扁任内所有行政院长是民进党，朝野一直对立。
时任台湾省长宋楚瑜在国发会有决议以后，宣布辞职抗议。结果在李登辉挽留下，宣布请辞待命。本来宋楚瑜与李登辉情同父子，如今反目成仇。无论李登辉以什么理由冻省，但在宋心中都是针对其本人的削权打压之举。就以1997年8月的国民党中常委选举来说，宋得到第一高票当选中常委。但党报中央日报中，完全没有宋楚瑜以第一高票当选的消息，头版只有“萧万长以数票之差得到第二名”。自此宋与李渐行渐远[7]。
萧万长于1997年国民党全代会后接任行政院长。虽然连战已经下台，但接下来的县市长选举，国民党因冻省风波以及党内内哄而大败。民进党得到一些从未执政的县市。
1998年，台北市长与高雄市长选举以及立法委员选举，虽然新党也派出形象牌的王建煊出选，但在马英九的超人气加上弃保效应使新党票源回流，击败寻求连任的陈水扁。而高雄市长由民进党的谢长廷击败国民党的吴敦义。
1999年，时任副总统连战得到国民党总统候选人提名，想找前台湾省长宋楚瑜为副手，可惜连战太迟表态，总统府对宋又冷嘲热讽，结果时任副总统连战只好找时任行政院长萧万长为副手参选，而前台湾省长宋楚瑜则脱党参选。另外值得一提的是，由于连战常被认为是含着金汤匙出生的官宦子弟，再加上其性格保守，在政治上拙于表现，所以当时连战的形象并不好，甚有“阿斗”之讥。另一方面，前台湾省长宋楚瑜则成功塑造了精明干练、勤政爱民的好形象，民意支持度远高于连战。
民进党在1996年总统大选中，彭明敏及谢长廷的搭配对上李登辉惨败，但同时在1996年国大代表选举中得到可以否决修宪的席次，使国民党不能一党修宪。
民进党惨败后，党主席施明德辞职负责，第五届党主席、前桃园县长许信良当选第七届党主席。一直致力于参选总统的他，被时任总统李登辉深夜请到总统府协商修宪事宜，被党内视为“主席夜奔敌营”。时任总统李登辉召开国家发展会议，以冻省来交换行政院长由总统委任，在目的达到后不再续滩。两党联手进行第四次修宪，但被人称为“一件西装换四条内裤”。
1996年11月，国民党籍的桃园县县长刘邦友被枪杀，1997年3月的桃园县长补选，被视为年底县市长选举的前哨战，结果由民进党提名的立委吕秀莲胜出。年底选举，民进党一举攻下多席县市长，使国民党执政的基隆市及台中县、市等变绿。
1998年，北高市长及立委选举，民进党最高位阶的民选首长，时任台北市长陈水扁被国民党籍候选人马英九击败，未能连任，但高雄市长则由谢长廷以些微票数击败寻求连任的吴敦义而当选，高雄从此由民进党执政至2018年。
1999年，许信良参与党内总统初选，初时认为前台北市长陈水扁被党内公职参选相随时间的限制（即民进党所谓的“四年条款”）而未能参选，但因陈水扁具有高度民意，所以部分民进党人士有意专为陈水扁修改四年条款[8]。虽然陈水扁吁请民进党同志勿为其一人量身订做规定[9]，也口头表态支持许信良出马，但台面下的运作暗潮汹涌。最终民进党仍通过修改四年条款，使陈水扁得以解套参选。党内初选结果由陈水扁打败许信良得到提名，在民进党5月8日召开全国党代表前一天，许信良发表〈同志们，我们在此分手〉宣言，宣告退党参选[10][11]。
政党内部初选
国民党并无举行党内初选，时任国民党主席的李登辉坚持指定时任副总统兼国民党副主席的连战为总统参选人，前台湾省长的宋楚瑜表示强烈不满，最终公开宣布退党参选。
在副手方面，国民党高层一致属意由萧万长成为副总统候选人与连战搭档竞选，两人最终获得国民党提名。而国民党也于1999年11月开除宋楚瑜党籍[12]。
新党同样也没有办理党内初选，李敖在没有竞争对手的情况下直接成为为新党的总统参选人[13]。在副手方面，李敖指定冯沪祥为搭档[14][15]。
这次总统选举，中央选举委员会公告的被连署人共计六组，至民国89年（2000年）1月6日17时30分截止提出连署书，统计如下表（送审的被连署人都是向台北市选举委员会提出）：[16]
选战过程
以下为根据TVBS在1999年9月19日，10月3日，10月17日，10月24日，10月31日，11月7日（兴票案前）举行的六次民意调查之平均数值。[2]
| 全体 | 国中及以下 | 高中高职 | 大专及以上 | |
|---|---|---|---|---|
| 连战 | 20.2 | 23.7 | 21.3 | 16.0 |
| 陈水扁 | 23.2 | 18.2 | 22.0 | 28.5 |
| 宋楚瑜 | 34.8 | 19.7 | 40.5 | 42.5 |
| 未决定 | 21.0 | 38.0 | 15.5 | 10.8 |
| 全体 | 20-29岁 | 30-39岁 | 40-49岁 | 50岁以上 | |
|---|---|---|---|---|---|
| 连战 | 20.2 | 13.0 | 16.7 | 24.0 | 27.7 |
| 陈水扁 | 23.2 | 33.2 | 22.5 | 20.5 | 16.8 |
| 宋楚瑜 | 34.8 | 42.2 | 44.3 | 35.0 | 18.0 |
| 未决定 | 21.0 | 10.5 | 15.2 | 21.2 | 36.8 |
宋楚瑜在中高学历及50岁以下获得压倒性优势，此外在他客家及原住民的主要地区更拿到最高票，而连战则在国中及以下学历和50岁以上取得优势，陈水扁则处于中间。
根据日本学者小笠原欣幸指出，年龄层分布在五十岁以上的世代，学历皆不高，他们最关心的事是县市内的利益分配而派系同志们权力争夺。而高学历高收入人们，得到有关台湾内外的政治经济发展的资讯多，社会意识现代化，因而他们期待改革，因此反对国民党却肯定“中华民国体制”的人最终转向支持宋楚瑜，而对“中华民国体制”产生疏离感的人则转向支持陈水扁 。[2]
本次选战特殊的是连战支持度长期底下，但看好度最高，而根据联合报在2000年1月统计资料显示，看好连战胜出的选民认为国民党资源庞大；看好陈水扁胜出的选民认为陈水扁清廉、反黑金；看好宋楚瑜的选民则认为宋过去政绩好，且非常亲民。[17]
自1999年春起，宋楚瑜方面一直保持支持率的领先。虽然宋氏在省长任内亦有将地方派系当作自己支持基础，但仍成功与李登辉及国民党保持距离。宋氏虽然出身保守派，却以改革为诉求。成功吸引了“期待结束国民党的长期执政，却又不放心让民进党执政”的选民。以族群论，支持宋楚瑜者除了外省人外，还有相当比例的客家人及原住民，以及一些闽南系本省人（尤其是住在都市地区的高学历分子，以及国民党的地方派系及中坚干部），宋楚瑜带出的声势，远远超过只以外省人为支持对象的新党。这是宋楚瑜的优势。[18]:156
随着1999年9月，宋楚瑜的声势仍未下滑，李登辉也开始急了。李登辉开始亲上火线大力抨击宋楚瑜。批评宋氏在担任省长期间“只会拿省政府的钱来收揽民心”，是“提篮假烧金”[a]。[19]总统府秘书室主任苏志诚也一再以情绪性字眼攻击宋楚瑜。民众的省籍情结也受到刺激，也使外省人对李登辉反感攀升。9月21日，台湾发生大地震，灾情极为惨重。选战因此中断了大约一个月，李登辉带头指挥救灾及重建工作，再度让世人感受他的重要性。但选战重新开打后，宋楚瑜支持率仍居于领先地位。[18]:156-157
另一在野阵营陈水扁拥有政治改革的决心及能力，获得民众普遍认同。但亦有人担心如果让陈氏当选总统，不管是国内政治还是两岸关系都会发生巨变。因此陈水扁阵营以“新中间路线”为口号，并不摆出与中国势不两立的姿态，而是主打执政之后将推动黑金改革。但即使如此，支持率还是没上的征兆。[18]:157
1999年12月9日，立委杨吉雄揭发“中兴票券事件”（即兴票案）攻击宋楚瑜涉及金钱丑闻，而宋楚瑜对此解释先后出现“长辈给的”、“托孤蒋家（蒋中正家族）后代”等说法，被认为前后不一，引起选民质疑，选情受到重大冲击，唯该案在选后获不起诉处分[20]。
另一方面，民进党提名的陈水扁原本支持度排名最后，以“清流共治”为诉求，在宋氏声望下跌后开始支持度高升[21]。
根据中国时报在兴票案后做的民调，宋楚瑜支持度下滑，但仍然位居第一。[22]
| 陈水扁 | 连战 | 宋楚瑜 | |
|---|---|---|---|
| 支持度 | 21 | 19 | 23 |
2000年2月21日，距投票剩一个月的时候，中共发布了《一个中国原则与台湾问题》白皮书，文中强调不排除动用武力，同时强硬要求台湾当局立刻与大陆展开以统一为前提的政治协议。在发表这篇白皮书的同时，中共方面也透过对台政策负责人的发言，企图干预选举，阻止陈水扁当选。陈阵营冷静以对，并没有出现过度反应。[18]:160
在连战阵营方面，出现1996年总统选举脱离国民党参选的陈履安，表态支持连战。连战也利用蒋经国故子的遗孀[b]为自己拉抬声势，而且让蒋经国时代的大老上台发言，仿佛回到以前的时代。反而造成许多是因为李登辉才支持国民党的本省人背离国民党。陈水扁阵营趁机表示继承李登辉理念的不是连战，而是陈水扁，引诱支持者“弃连保扁”。[18]:161
连阵营为了挽回劣势，开始大打负面选战。当时台湾的无线电视台有四台，其中台视、中视及华视都受国民党影响，唯独民视是亲民进党的电视台。当时三台的黄金时段广告几乎全由连战阵营包下，形成连一般的商业电视台也几乎看不到的诡异状态。三台的新闻节目也只报导连战的竞选活动，关于其他候选人的报导可说是少之又少。[18]:162在各大报纸上，连战阵营也靠雄厚的资金实力，持续发布大量竞选文宣。以2000年3月7日的《自由时报》为例：全版共十六个版面中，连战阵营就刊登了两则全版广告及两则半版广告。投票日前两个星期，几乎都是这样的状态。而且这些广告大部分是攻击陈水扁及宋楚瑜的负面文宣。反而让标榜“优质民主政治”的连战丧失了民众的信任。[18]:162
2016年3月，有“国民党大掌柜”之称的前国民党投资事业管理委员会主委刘泰英，在接受《财讯》双周刊专访表示，连战在2000年总统选举时花了120亿新台币。比李登辉在1996年选举花不到20亿还多。[23]对此时任连阵营竞选总部发言人的陈学圣于3月25日表示，120亿元应该包含其他的捐款，但总数应该没错。[24]
2000年初，由于陈水扁在民调上不及连战，民进党于3月17日召开名为“百万人民站出来”的大型造势晚会[25]。
在选举最后关头，时任中央研究院院长的诺贝尔化学奖得主李远哲以“台湾未来是向上提升还是向下沉沦？”之说公开支持陈水扁，并领衔时任奇美电子董事长许文龙、前台湾高速铁路公司董事长殷琪、云门舞集创办人林怀民、宏碁集团创办人施振荣、长荣集团总裁张荣发等多名重量级商业、学术、文化界人士组成“国政顾问团”为陈水扁背书，成为陈水扁当选的一大关键[26][27]。
在选举前三天的3月15日，中国国务院总理朱镕基在中外记者会上发表“不管是谁，只要搞台湾独立，就没有好下场”、“切莫一时冲动，以免后悔莫及”、“还有三天，世事难测，台湾同胞你们要警惕啊！”的谈话，[28]朱镕基的言论经电视画面播出，瞬间被传播到台湾内外。[29]
朱镕基此举立刻引起中华民国陆委会主委苏起表明中华民国是主权独立国家，并批评中共没有权力对总统大选指指点点。[30]同日美国国务卿阿布莱特在众议院答复问题时也表明无法接受中共对台声明，而正在日本访问的美国国防部长威廉·科汉在厚木基地接受访问时亦呼吁中共停止对台恫吓，并表明美国有义务对台湾提供防御性武器装备。[31]朱镕基声明亦引起美国《华盛顿邮报》在16日发表“朱镕基是柯里昂”社论，将其比为电影《教父》中的黑手党老大。[32]由于朱镕基言论被视为对台湾选民威胁，引发部分选民反弹反而支持被视为偏向台独的陈水扁，成为影响选情的因素之一。
时任台北市长马英九在选前二天，违反《总统副总统选举罢免法》第47条，选举前10日不得发布民意调查结果的规定[注 1]，早晚各开一场记者会，说连战的民调超过宋，说宋楚瑜已出局。
选前之夜又说连战的民调超过宋十多个百分点，结果反倒是宋赢了连战13.4%(1,739,419票)，结果证明马英九发布的民调是假的。[33]
民意调查
| 民调来源 | 完成日期 | 无党 | 民进 | 国民 |  未表态
|
|---|---|---|---|---|---|
| TVBS民调中心 | 1999年9月19日-11月7日（六次取平均） | 34.8% | 23.2% | 20.2% | 21% |
| 环球电视/新新闻/中央通讯社 | 2000年1月17日 | 25.3% | 25% | 16.6% | 33.1% |
| 天下杂志 | 2000年1月27日 | 27.9% | 30% | 16.1% | 26% |
| 传讯电视 | 2000年1月31日 | 29.1% | 26.4% | 20.1% | 24.4% |
| 中央警察大学 | 2000年2月19日 | 23.8% | 21.3% | 25.2% | 29.7% |
| 三立电视/盖洛普 | 2000年2月29日 | 23.2% | 22.7% | 15% | 39.1% |
| 国民党中央政策会 | 24% | 23% | 26% | 27% | |
| 中华学术基金会 | 2000年3月1日 | 22.1% | 24.1% | 25.2% | 28.6% |
| 劲报 | 20.8% | 22.3% | 21.9% | 35% | |
| 中国时报 | 2000年3月3日 | 22% | 22% | 20% | 36% |
| 世新大学 | 2000年3月5日 | 26.9% | 24% | 18.7% | 30.4% |
| 联合报 | 26% | 22% | 27% | 25% | |
| 企业发展研究学会 | 2000年3月6日 | 19.5% | 22.5% | 25.8% | 32.2% |
| 民间决策国际公关民调中心 | 24.2% | 24.2% | 20.3% | 31.3% | |
| 明裕文化基金会 | 21.7% | 22.1% | 24.1% | 32.1% | |
| 环球电视/新新闻/山水民调 | 2000年3月7日 | 26.5% | 21.7% | 22.8% | 29% |
| 陈水扁竞选总部 | 25.1% | 25.8% | 22.4% | 26.7% | |
| 民意测验学会 | 21.3% | 23.8% | 23.9% | 31% | |
| 国家竞争力研究学会/大趋势民调 | 22% | 21.3% | 24.5% | 32.2% | |
| 宋楚瑜竞选总部 | 23.1% | 21.1% | 17.6% | 38.2% | |
| 连萧竞选总部 | 30.9% | 29.4% | 34.6% | 5.1% | |
| 中华民国妇女创业协会 | 20.7% | 21.8% | 22.2% | 35.3% | |
| TVBS民调中心 | 24% | 26% | 25% | 25% | |
| 来源：[34] | |||||
开票特别节目
选举结果
| 县市 | 选举人数 | 宋楚瑜、张昭雄 | 连战、萧万长 | 李敖、冯沪祥 | 许信良、朱惠良 | 陈水扁、吕秀莲 
|
无效票 | 投票率 | 前二名 得票差 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 得票数 | 得票率 | 得票数 | 得票率 | 得票数 | 得票率 | 得票数 | 得票率 | 得票数 | 得票率 | |||||
| 台北市 | 1,914,915 | 631,538 | 39.79% | 347,564 | 21.90% | 1,876 | 0.12% | 8,723 | 0.25% | 597,465 | 37.64% | 12,449 | 83.53% | -34,073 |
| 台北县 | 2,437,456 | 812,821 | 40.26% | 451,707 | 22.37% | 2,384 | 0.12% | 10,641 | 0.53% | 741,596 | 36.73% | 22,711 | 83.77% | -71,225 |
| 基隆市 | 275,256 | 106,032 | 47.01% | 48,545 | 21.52% | 295 | 0.13% | 1,116 | 0.49% | 69,555 | 30.84% | 1,958 | 82.65% | -36,477 |
| 宜兰县 | 325,691 | 86,549 | 33.05% | 51,082 | 19.51% | 350 | 0.13% | 736 | 0.28% | 123,157 | 47.30% | 2,029 | 81.03% | 36,608 |
| 桃园县 | 1,134,413 | 413,370 | 43.83% | 208,881 | 22.15% | 1,140 | 0.12% | 20,581 | 2.18% | 299,120 | 31.72% | 11,628 | 84.16% | -114,250 |
| 新竹县 | 295,192 | 128,231 | 51.58% | 51,442 | 20.69% | 309 | 0.12% | 7,093 | 2.85% | 61,533 | 24.25% | 2,607 | 85.10% | -66,698 |
| 新竹市 | 249,395 | 88,412 | 42.83% | 46,234 | 22.40% | 292 | 0.14% | 1,746 | 0.85% | 69,760 | 33.97% | 2,185 | 83.65% | -18,652 |
| 苗栗县 | 390,780 | 160,533 | 49.54% | 71,798 | 22.20% | 399 | 0.12% | 3,931 | 1.22% | 86,707 | 26.81% | 3,298 | 83.59% | -73,826 |
| 台中县 | 992,527 | 318,499 | 38.10% | 206,832 | 24.74% | 1,176 | 0.14% | 4,304 | 0.51% | 305,219 | 36.51% | 9,344 | 85.17% | -13,280 |
| 台中市 | 636,533 | 217,486 | 41.37% | 111,391 | 21.19% | 616 | 0.12% | 2,463 | 0.47% | 193,796 | 36.86% | 5,000 | 83.38% | -23,690 |
| 彰化县 | 896,075 | 251,310 | 33.71% | 191,685 | 25.71% | 1,070 | 0.14% | 2,811 | 0.38% | 298,571 | 40.05% | 7,997 | 84.08% | 47,261 |
| 南投县 | 383,478 | 144,863 | 46.94% | 56,025 | 18.15% | 395 | 0.13% | 914 | 0.30% | 106,440 | 34.49% | 2,622 | 81.17% | -38,423 |
| 云林县 | 538,140 | 114,188 | 27.70% | 102,177 | 24.78% | 975 | 0.24% | 1,230 | 0.30% | 193,715 | 45.99% | 3,298 | 77.23% | 79,527 |
| 嘉义县 | 410,702 | 85,890 | 26.98% | 73,409 | 23.06% | 561 | 0.18% | 920 | 0.29% | 157,512 | 49.49% | 3,006 | 78.23% | 71,622 |
| 嘉义市 | 183,325 | 43,773 | 29.34% | 34,670 | 23.24% | 169 | 0.11% | 448 | 0.30% | 70,124 | 47.01% | 1,134 | 82.00% | 26,351 |
| 台南县 | 789,844 | 136,217 | 21.10% | 159,443 | 24.70% | 1,164 | 0.18% | 1,582 | 0.25% | 347,210 | 53.78% | 5,531 | 82.44% | 210,993 |
| 台南市 | 508,517 | 114,299 | 27.53% | 107,679 | 25.93% | 580 | 0.14% | 1,408 | 0.34% | 191,261 | 45.06% | 3,282 | 82.30% | 76,962 |
| 高雄市 | 1,042,117 | 259,023 | 29.78% | 208,544 | 23.97% | 877 | 0.10% | 3,103 | 0.36% | 398,381 | 45.79% | 8,103 | 84.25% | 139,358 |
| 高雄县 | 874,875 | 206,616 | 28.43% | 174,021 | 23.95% | 1,024 | 0.14% | 2,478 | 0.34% | 342,553 | 47.14% | 5,851 | 83.73% | 135,937 |
| 屏东县 | 647,524 | 131,371 | 25.48% | 142,934 | 27.73% | 692 | 0.13% | 1,939 | 0.38% | 238,572 | 45.28% | 4,008 | 80.23% | 107,201 |
| 台东县 | 177,706 | 109,962 | 58.81% | 36,042 | 19.28% | 194 | 0.10% | 736 | 0.39% | 40,044 | 21.24% | 1,418 | 68.95% | -35,811 |
| 花莲县 | 252,771 | 63,913 | 52.78% | 28,659 | 23.66% | 136 | 0.11% | 294 | 0.24% | 28,102 | 23.20% | 2,201 | 74.84% | -69,918 |
| 澎湖县 | 64,887 | 17,723 | 39.55% | 10,418 | 23.25% | 64 | 0.14% | 119 | 0.27% | 16,487 | 36.79% | 388 | 69.66% | -1,236 |
| 金门县 | 35,808 | 19,991 | 81.81% | 3,543 | 14.50% | 37 | 0.15% | 105 | 0.43% | 759 | 3.11% | 214 | 68.84% | -19,232 |
| 连江县 | 4,698 | 2,362 | 73.31% | 787 | 24.43% | 7 | 0.22% | 8 | 0.25% | 58 | 1.80% | 16 | 68.92% | -2,304 |
注：
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各县市得票数领先者地图
陈水扁领先 宋楚瑜领先 -
各县市得票率地图 -
各乡镇市区得票率地图
后续及影响
当时台湾长期处于从来没有换党执政经验、中华民国国军长期处于党国不分的情形。在民进党陈水扁确定胜选后，国家将首次进行政党轮替时，当时军方心态还相当保守，甚至出现无法接受过去被政战系统列为“三合一敌人”的对象来担任总统，时任中华民国参谋总长汤曜明上将事前录制好国军效忠《中华民国宪法》，国军坚持行政中立、军队国家化的谈话影片，在总统大选开票确定后，透过电视向全国与国军官兵表达国军效忠《宪法》，不会因政党轮替有所变动，稳定军心。[39]
当时许多国军高阶将领心态上还无法接受有台独意识的陈水扁，因此汤曜明在开票结果的隔天，在阳明山青邨召开国防部主官（管）会议，并说服该等将领应该服膺宪法，效忠新任的三军统帅。[40][41]
李登辉自述，中央党部在选前提报的民调结果都显示连战会赢，只是多少的问题。因此在选前一天，李登辉还告诉美国前驻华大使李洁明，“国民党的连战会赢六个百分点”。而有的估票系统提醒说那些乐观的选情有假，李登辉还一度怀疑其忠诚。[42]:158
选举开票当晚，李登辉取消了前往国民党中央党部的行程，因为“口袋里只准备了胜选谢词，没有落选感言”。[42]:159而宋楚瑜、张昭雄支持者从19日凌晨即群聚国民党中央党部及中华民国总统官邸，要求李登辉下台为选举负责。凌晨一时，新党台北市议员锺小平及台北县议员金介寿到达现场向民众表达诉求。[43]中午时，国民党决定召开临时中常会，国民党及宋张支持者闻讯又开始聚集中央党部，要求利用临时中常会向李登辉总统抗议。[43]
下午二时四十分，中央党部前聚集二、三千名群众围住中央党部南北两侧停车场出入口及大楼门口，当时国民党中常委徐立德坐车抵达中央党部，由于仁爱路侧门车道口被群众包围无法进入[44]，徐立德只得下车走向正门，准备由大门近中央党部，经过群众时遭群众认出，十余名群众立刻追打[43]，徐立德在大门栅栏跌倒，引起群众对其拳打脚踢[44]，最后在保一总队保护下才得以进党部。[43]另一中常委王又曾抵达党部后亦遭群众追打，王又曾情急之下攀爬党部旁仁信邮局围墙栏杆躲近中央党部。下午二时四十分至五十分，群众情绪失控，看到“黑头车”入党部侧门就打，有人掷花盆、有人持榔头敲毁车窗档风玻璃，七、八辆黑头车遭殃。[44]而立法院长王金平在抵达党部也遭群众发现并拉扯，王金平的领带遭拉扯扯落，最后在警方保护下才搭上座车离开现场。[43]而副主席连战在总统府等候无法进入党部。[44]四时三十分，中央党部再爆另一波激烈冲突，民众抬来一箱箱鸡蛋砸向中央党部门口，并推挤大门前的电动铁卷门，镇暴警察以盾牌阻挡民众的旗竿及汽笛瓦斯罐。[44]
五时四十分，警方完成部属，分别从仁爱路及信义路两侧部属镇暴车喷洒强力水柱，强制驱离群众，将群众赶至仁爱路及信义路分隔岛上。[44]群众则对镇暴警察丢掷石块、木棍、瓦斯空罐，并将警方拒马扛至车道形成路障阻止警察前进。警方见群众情绪激动，下令部队停止前进、停止喷水，双方形成对峙。[43]下午六时十五分，警方以优势警力强制净空中央党部南北两侧出入口，在驱离过程中发生中山分局派出所主管于增祥被人打伤头部，新党台北市议员李庆元鼻血直流。[44]
晚上八时，一辆宋楚瑜宣传车抵达现场。向群众宣布台北市副市长欧晋德要到现场，而市长马英九则在开记者会。群众高喊“马英九不来不够诚意”，当欧晋德上宣传车时，谈话也几次遭群众打断。[43]晚上九点四十四分马英九市长赶至现场，表达理解群众对李登辉主席下台的要求，群众曾一度欢声雷动。但在马英九表示将反映给李登辉，劝李主席做这样考虑时，遭台下爆出“他没资格考虑，马上下台”，一度打断其谈话。[43]十点四十分，有民众更因认为马英九没有明确表态，丢出一颗鸡蛋正中马英九下颚，该名民众也立刻被打到倒地不起，由镇暴警察将他救起送医。随后马英九表达愿意促成李登辉辞党主席，于十时四十五分离开现场，去李总统官邸。[43]
凌晨一时十分，立委谢启大重返中央党部现场，劝说群众离去回家，部分群众及一辆宣传车离去，但仍有不少群众围着中央党部并发表言论，与外围警方对峙。[43]
选举失利后，国民党支持者在街上抗争，连续数天，要求党主席李登辉下台，结果时任总统李登辉辞去国民党主席[45]，连战出任代主席，连战于同年年中的国民党临时全国代表大会（简称：全代会）上真除党主席，翌年更当选国民党第一个党员直选的党主席。
国民党成为在野党后，要求清算前总统李登辉与尊崇前总统李登辉的大有人在，加上连战和李登辉关系决裂，使得李登辉与国民党渐行渐远，国民党最终与前总统李登辉决裂，部分李系人马在国民党内被清除，导致了国民党的再次分裂，部分原李系人马和曾被李登辉提拔的如吴伯雄、马英九与吴敦义等与李登辉决裂，之后成为国民党的新主流派。
国民党在政党轮替后仍是立法院第一大党（此时仍为第4届立法委员任期，直至2001年底改选），作为最大在野党掌握对立法院的控制权。虽然国民党党员唐飞受邀组阁，但是国民党对唐飞的支持还是一般，加上核四问题，唐飞终于去职。[46]作为反对党领袖的连战被时任总统陈水扁邀请到总统府面谈，时任总统陈水扁当面答应研究是否停建核四的问题，连战离去总统府后，时任行政院院长张俊雄就宣布停建核四。[47]认为受到陈水扁侮辱的连战，遇到宋楚瑜同时释出善意，使国民党与亲民党以及新党，合组在野大联盟，泛蓝军一说从此面世。由于泛蓝占立法院席次超过140席，甚至提出总统罢免案，民进党政府在“朝小野大”的情况下从此举步维艰。
2001年底立委选举，由于亲民党分去不少泛蓝票数加上蓝军高额提名，国民党席次大幅滑落至68席。但仍多于亲民党的46席。相反同时举行的地方县市长选举，国民党则重新夺回桃园县、新竹县市、台中县市、基隆市等传统泛蓝县市，与民进党一样是9席，若加入亲民党、新党和亲蓝的无党籍席次，泛蓝阵营可谓小胜。
本次是民进党自创党以来，首次获得中央执政权[48]。自1994年陈水扁当选台北市市长，1997年县市长选举民进党一举攻下12席县市长以来，更进一步地迈向执政。
陈水扁邀请国民党籍卸任国防部长唐飞组阁，由游锡堃出任行政院副院长、张俊雄出任总统府秘书长。总统陈水扁与行政院长唐飞甫上任时民意满意度一度高达八成。但是未几，八掌溪事件爆发，游锡堃立即辞职承担政治责任，由张俊雄接手，但是等风头一过，数月后游锡堃又出任总统府秘书长。由于民进党与在野国民党阵营之间对停建核四之间的争执越演越烈，两边不是人的唐飞乃以健康不佳为由请辞获准，由副院长张俊雄接任。唐飞去职后，陈水扁一度因为停建核四风波而被在野国民党企图罢免。由于泛蓝阵营占国会多数，少数执政的张俊雄内阁这一年的施政可谓举步维艰。
在2001年12月的立法委员选举中，被国民党除党籍的李登辉带领部分国民党本土派人士组成台联，与民进党进行合作（“泛绿”之称自此始），夺得13席立委席次。民进党则得到87席，首度成为国会第一大党，但同时亦失去了6席在1997年夺下的中北部县市长席位。泛绿阵营在225席的立法院中又得到赵永清和张花冠两名无党籍立委加盟，实力成长到102席。
在选举时，时任总统陈水扁称组国安联盟，拉拢国民党内本土派系，但由于国亲紧密合作，国安联盟变成空话。立法委员选举后，张俊雄内阁下台，由总统府秘书长游锡堃继任，游锡堃内阁历时3年。
党主席林义雄宣布不连任，由高雄市市长谢长廷一人同额参选，结果当选主席。扁代谢长廷宣布谢与高雄市民有约，将参选年底的选举竞选连任。结果，民进党党内推“党政同步”案，在执政时由总统兼任党主席，结果连谢长廷也支持，陈水扁正式以总统身份兼任民进党第十届党主席。
宋楚瑜在总统大选的得票率，创下36.8%的记录。在前立法院院长刘松藩的鼓励下，宋楚瑜宣布组成亲民党[49]。以搭档张昭雄为副主席，锺荣吉在辞去政务委员和退出国民党后就任亲民党秘书长。
亲民党以前台湾省省长宋楚瑜在台湾省政府的班底为基础，加上退出国民党的人士。亲民党在国会有一定数量的席次，但与国民党不和。核四停建争议爆发以后，宋楚瑜向连战伸出友善之手，成功整合国亲新三党，结成在野大联盟。
在立委选举以及县市长选举，亲民党的取向也非常重要，在彰化、南投等县市，国亲分裂使民进党得利，国民党的候选人（前外交部部长胡志强）在台中市等地因亲民党的支持而当选。立委选举中，亲民党席次之大幅成长至46席；亲民党还在台东、连江两县成功取得执政权。
部分意见认为，党产资源原本就不如国民党雄厚的亲民党在2001年县市长选举中接近全面性的礼让国民党，虽然帮助泛蓝团结胜选，但也造成了亲民党更加缺乏地方执政资源的局面，无法培养自身的桩脚，导致它快速泡沫化。于2003年国亲合作搭档参选2004年总统选举之后，亲民党的政治明星如谢国梁等人更是大量地回流国民党。
注解
参考文献
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