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日本的佛教在飞鸟时代传入，并于奈良时代与平安时代开始发展，为汉传佛教的一支，以大乘佛教为主流。中国佛教已经消失的宗派如真言宗、法相宗等，在日本反而传承至今。根据美国中央情报局（CIA）的调查，神道教约占日本人口比率70.4%，佛教徒约占人口的69.8%（含同时信奉神道教）。根据日本文化厅每年实施的《宗教统计调查》，截至2016年12月31日，神道教的信徒有8953万人（约占人口70%），佛教徒有8872万人（约占人口69%），亦即大多数日本人同时信仰神道教与日本佛教[1]。许多的日本人不参与任何宗教组织，只参与婚丧喜庆与祭祀等传统上的宗教仪式；还有不少年轻人就算参加宗教仪式，却自认为不可知论者甚至无神论者。
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现在日本佛教的概略，根据文化厅编纂的《宗教年鉴》等统计，现在日本的佛教徒大半属于大乘镰仓时代宗派[3]。根据2010年东本愿寺僧侣的调查，净土宗系（含净土真宗）宗派占大多数，约占47%；日莲宗系（含创价学会）的宗派约占21%；禅宗系的宗派约16%；密教系（含台密与东密）约12%，其余4%。
以下是日本佛教异于其他佛教之处。“寺请制度”、“本末制度”、“触头制度”虽已废除，但是仍然影响现今的日本佛教。
寺请制度是江户幕府的宗教统制之制度。源自江户时代初期，用于消灭天主教，在岛原之乱后全面实施。原本是天主教徒透过寺请，由寺院发行寺请证文（寺手形），证明放弃天主教信仰。起初只是以弃教者为对象，之后演变成为了证明非天主教徒，每户家庭都必须归属在某宗派的某寺院之下，也就是成为寺院的檀越，也称作“寺檀制度”。明治维新后废除。
本末制度是江户幕府为了统制佛教教团创设的制度，规定各宗派寺院的本山・末寺的关系，将寺院的上下阶层组织化，用于统制各宗派。1631年，江户幕府禁止新寺的创建；翌年以降，各本山有提出“末寺帐”的义务，幕府借此掌握各宗派末寺的状况。明治维新后废除。
触头是江户幕府或藩的寺社奉行之下，在各宗派之中任命的特定寺院，也是宗教统制之一环。执行和本山及其他寺院之间的上申下达等连络，统制地域内的寺院。明治维新后废除。
“肉食”是食肉，“妻带”是娶妻。原先日本佛教除了净土真宗之外，其余各宗皆禁止肉食妻带（另一派是真言宗立川流）；明治政府宣布僧侣可娶妻，至此日本佛教各宗全面开放肉食妻带，至今仍是日本佛教的一大特色。肉食妻带主要是在末寺，因为末寺是父子世袭当主；本山的大寺仍要严守佛教戒律，因为本山大寺是选贤制度。而且末寺的住持儿子要继承父亲住持之位，也要到本山大寺参学三到五年，然后受一日一夜三坛大戒取得住持资格证书，要回到末寺继承父亲住持之位，隔日举行还俗的舍戒典礼，返回末寺，这种行为称作“本山交众生”；如果要坚守出家生活，就要待在本山大寺。
现在的日本僧侣的模式反而很像古代的婆罗门有在家期、出家期，还俗并娶妻；不还俗的婆罗门则称为“梵志”。在日本，做法事的主法僧必须是有在丛林寺参学毕业，一般的学问僧不能参与俗家法事，不然会被告上法庭。
以下列出现今日本佛教之传统宗教系谱。
《日本书纪》有载佛教传至日本始于飞鸟时代、552年（钦明天皇13年）有百济圣明王始赠予释迦佛的金铜像与经论。佛教传来之际，引起反对佛教的物部尾舆和中臣镰子等（神道势力）和信奉佛教的苏我稻目的对立。双方的对立延续到下一代（物部守屋和苏我马子），直到物部守屋灭亡为止。厩户皇子（圣德太子）参加马子方，战胜后在摄津国建立四天王寺（位于今大阪市天王寺区）。厩户皇子著‘三经义疏’，在‘十七条宪法’第二条制定“笃敬三宝。三宝者，佛法僧也”，对导入佛教发挥积极的角色。之后，佛教成为国家镇护的宗教，天皇家本身也建立寺院。
佛教在“镇护国家”的发想下，导入“僧尼令”、僧纲・度牒制度，僧尼成为官僚组织的一员。此时称作“南都六宗”的三论宗、成实宗、法相宗、俱舍宗、律宗、华严宗大为发展。圣武天皇下诏在诸国建造国分寺、国分尼寺，在大和东大寺建造大佛。佛教确立之际，出现日本的八百万之神也是佛化身显现的“权现”的本地垂迹说，制定神的本地（佛），制作僧侣形态的神像。
寺院群开始对政治发挥影响力，桓武天皇为了弱化寺院的影响力，迁都平安京，同时派出空海及最澄传入密教，以新佛教对抗奈良的旧佛教。最澄（天台宗）、空海（真言宗）分别在比叡山和高野山开辟道场，传布密教。平安时代中期是释迦牟尼入灭的二千年后，正法的千年、像法的千年之后，也就是正值佛教衰落的末法之世的开始，国家衰微、人心不安，现世的幸福无法期待，祈愿来世幸福的净土信仰大为流行，宛如阿弥陀佛的宫殿的宇治平等院建立。平安时代末期，社会不安增大，拥有广大领地的大寺院为了防卫盗贼等外部的侵入者，而有僧侣或信徒武装的僧兵出现，但是，僧兵的势力扩大为武装集团，成为行使武力攻击对立宗派、寺院，成为对朝廷强诉等社会不安的要素之一。
镰仓时代，持续自前时代末期的动乱引起佛教的变革。长久以来以“镇护国家”为主流的佛教，逐渐成为救济民众的宗教。主因是在叡山学习的僧侣力图佛教的民众化，并创立新宗派。其中有唱念“南无妙法莲华经”的日莲宗、唱念“南无阿弥陀佛”和念佛的净土宗、还有源自净土宗，提倡恶人正机说的净土真宗（一向宗）、提倡踊念佛的融通念佛和时宗。
镰仓时代也是武士从贵族夺取权力的时代。称为禅宗的临济宗和曹洞宗在此时代传入，受到武士的信仰，镰仓等地出现许多禅寺，大为繁荣，代表的是“镰仓五山”。
1333年，镰仓幕府灭亡。南北朝时代～室町时代的政治中心地移到京都。后醍醐天皇的建武新政开始后，五山从镰仓改为京都本位，京都五山成立。足利尊氏在京都成立武家政权后，临济宗受幕府保护。室町时代初期，南禅寺的禅宗和旧佛教势力的延历寺的天台宗对立，成为幕府初期的政治问题。因为室町幕府的皈依，“七朝帝师”梦窗疏石和弟子春屋妙葩拥有政治的影响力，导致武家和佛教界的接近，对贵族文化及武士文化带来影响。在三代将军足利义满时代的金阁寺（鹿苑寺）等北山文化、足利义政时代的银阁寺（慈照寺）等东山文化可见融合的迹象。受佛教影响的室町时代文化影响直到后世，如水墨画・书院造・茶汤・华道・枯山水庭园等。
应仁之乱后，宗教势力因治安恶化而强化武力。法华宗攻击山科本愿寺、天台宗的天文法华之乱等，宗教团体过激派也引发宗教战争。其中有加贺国一揆等的一向一揆灭亡守护大名富㭴氏，支配加贺（主要是征税权和裁判权）约80年。石山本愿寺等成为如同大名家的强固组织，迫使守护大名和战国大名和其妥协。
但是，尾张的战国大名・织田信长在“天下布武”的方针下，彻底讨伐敌对的宗教势力，如延历寺烧讨、长岛一向一揆、石山合战等。此外，信长主催日莲宗僧和净土宗僧的宗论（安土宗论）。结果，因为净土宗的胜利，信长约束法华宗不再非难其他宗派，也是抑制宗教势力之策。
信长死于本能寺之变，家臣丰臣秀吉成为实质的后继者。秀吉大概继承信长的路线，使敌对的根来寺、高野山屈服。之后将有力寺社转移到大坂城的城下町，派遣弟・丰臣秀长到僧兵拥有强大影响力的大和，透过刀狩・总无事令，解除寺院的武装，强化寺社的统制。寺院统制和武装解除也被之后的江户幕府继承。
徳川家康在丰臣秀吉死后掌握权势，制定寺院诸法度、设置寺社奉行，管理佛教。每个人都必需登录在某个寺院的寺请制度确立后，实质的终止了布教活动。当时最大的佛教势力净土真宗本愿寺东西分裂，结果造成势力的弱体化。日莲宗的不施不受派和基督教受到同样严厉的弹压。1654年，隐元隆琦传入黄檗宗。
江户时代后半开始，以本居宣长为祖的国学影响了明治维新，大政奉还之后，新政府重视神道的结果，造成全国性的废佛毁释，寺院数减少。1871年（明治4年），明治政府发布太政官达废止虚无僧在籍的普化宗。但是，不受不施派和基督教的布教解禁。各宗派推进佛教的近代化，推动宗门大学的设立等教育活动、社会福祉活动。
1939年（昭和14年），宗教团体法发布，是宗教管理最初的统一法典。透过宗教团体法的制定，一般的宗教团体成为法人，基督教也初次获得法律的地位。但是，此法是监督・统制色强的法律。
第二次世界大战后，1945年（昭和20年），宗教法人令制定・施行，对宗教团体的规制撤废。1951年，宗教法人令撤废，认证制的宗教法人法制定。高度经济成长的同时，法华经系新宗教的创价学会、立正佼成会等势力大为发展。1990年代，麻原彰晃所创藏密系统邪教的奥姆真理教，引起松本沙林事件、坂本堤律师一家杀害事件、龟户异臭事件与东京地铁沙林毒气事件等一连串恐怖事件，造成1995年（平成7年）的宗教法人法一部改正。
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