De Klerk was die tweede seun van Barend Jacobus de Klerk en Cecilia Maria Pretorius. Sedert 1913 studeer hy aan die Teologiese Skool op Potchefstroom. Ná voltooiing van die matrikulasie-eksamen en die propedeutiese studie lê hy die kandidaatseksamen af en behaal terselfdertyd die B.A.-graad in 1921. Geïnspireer deur 'n boek van dr. Henry Beets (1869–1947), leraar in die Christelike Gereformeerde Kerk in die VSA, word dit sy ideaal om 'n studie te maak van die sending in Suid-Afrika. In 1922 vertrek hy na Nederland, waar hy in 1923 promoveer onder leiding van prof. G.C. Aalders en professore Julius Richter en T. Hoekstra met 'n proefskrif oor "Kerk en sending in Suid-Afrika".
Hy het agtereenvolgens in die volgende gemeentes gedien: Germiston (1924–1927), Johannesburg-Oos (1927–1931) en Pretoria-Oos (1931–1949). In 1949 is hy benoem tot professor in dogmatiek aan die GKSA se Teologiese Skool. In 1961 moes hy weens swak gesondheid aftree en het hy in Pretoria gaan woon.
In 1946 verteenwoordig hy die Gereformeerde Kerk op die eerste Ekumeniese Sinode te Grand Rapids, VSA. Hy het hom besonder beywer vir die bevordering van die sending in die Gereformeerde kerkverband. Deur sy bemiddeling is van minister P.G.W. Grobler in 1932 'n plaas in die Soutpansberge bekom waarop die sendingterrein Siloam gevestig is. Hy was 'n besielende spreker en prediker. As vurige vaderlander het hy veral tydens sy jare lange verblyf in Pretoria sy volle deel bygedra tot die stryd van die Afrikaner. Hy was lank lid van die kultuurraad en agt jaar lank voorsitter van die Krugergenootskap.
Uit dr. De Klerk se pen het verskyn: Kerk en sending in Suid-Afrika; Handboek gewyde geskiedenis; Van stryd en oorwinning (preekbundel); Die navolging van Christus (preekbundel); Die genadeverbond; Die gebed in die Heilige Skrif; Die fondamente ondergrawe; Woorde en dade van Jesus; Woorde en dade van die profete; Gereformeerde Simboliek; Konings van Juda; Konings van Israel; Verklaring van die brief aan die Hebreërs.
Professore en studente van die Teologiese Skool Potchefstroom, 1916. P.J.S. de Klerk staan agter in die middel.
De Klerk sit links van Martha Lugtenburg, die eerste vrou wat afstudeer het aan die PUK vir CHO, op dié foto van die Studentekorps Veritas Vincet, 1919.
Die teologiese student Philippus de Klerk en 'n onbekende vrou, 1920.
(af) Van der Vyver, dr. G.C.P. 1969. My erfenis is vir my mooi. Potchefstroom: Kalvyn Jubileum Boekfonds.
(af) Vogel, Willem (voorsitter van redaksiekommissie). 2015. Die Almanak van die Gereformeerde Kerke in Suid-Afrika vir die jaar 2016. Potchefstroom: Administratiewe Buro.