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東突厥斯坦獨立運動（維吾爾語：شەرقىي تۈركىستان مۇستەقىللىق ھەرىكىتى，拉丁維文：Sherqiy Türkistan Musteqilliq Herikiti），又稱新疆獨立運動（簡稱疆獨），指的是新疆當地的民族（以維吾爾族為主）自19世紀中期以來謀求脫離中國建立獨立民族國家的民族獨立運動和分離運動。
1933年建立的東突厥斯坦伊斯蘭共和國的國旗。
1933年11月首次在新疆南部建立東突厥斯坦伊斯蘭共和國，1934年2月蘇聯入侵新疆之戰中，在回族軍閥馬仲英的進攻下，該國被其總統和加尼牙孜宣布解散。1944年8月，再度在伊犁哈薩克自治州尼勒克縣，以哈薩克族牧民發動民族起義，占領尼勒克縣城。1944年11月12日，在蘇聯支持下成立伊犁臨時政府。1945年，因中蘇之間暫時和解與整體國家目標、第二次世界大戰的結束，蘇聯承諾不再介入新疆事務。1946年6月，「東突厥斯坦共和國臨時政府」改組為伊犁專區參議會，「東突厥斯坦共和國」宣告終結。[1][2]中蘇交惡期間，撕毀協議重啟支持疆獨，收容在伊塔事件中的暴亂分子[3]，直到20世紀末，受泛伊斯蘭主義和泛突厥主義影響，民間再次開始進行東突厥斯坦獨立與自治運動，其中一批並於2004年在華盛頓建立東突厥斯坦共和國流亡政府，但註冊至今未獲美國承認，鑒於派系林立，在德國慕尼黑有世界維吾爾代表大會協調利益。
該獨立運動的支持者認為東突厥斯坦自古以來是各種突厥人生活的土地，當地的民族有與中華文化迥異的語言、文化、信仰、藝術和歷史軌跡，中國對東突厥斯坦自18世紀以來實行了殖民統治，並在當地實行資源掠奪、文化滅絕與種族滅絕、宗教打壓、政治迫害等政策；並因而尋求透過各種手段最終達到從中國獨立並建國的目的[4]。
中華人民共和國則主張，中國自西元前60年開始即對該地區擁有不間斷的主權，包括維吾爾文化在內的當地民族文化都是中華民族文化的一部分；該地區包括維吾爾族、哈薩克族在內的各民族均被平等對待，且少數民族人士更受到優待；當地的少數民族文化得到了保護和發揚，目前確認的疆獨多是與「暴力恐怖勢力」、「民族分裂勢力」與「極端宗教勢力」等「三股勢力」為伍的恐怖分子，海外疆獨則以意圖與西方礦業巨頭與伊斯蘭宗教勢力勾結，從此獲取個人利益的成員為主，因此必須嚴厲的對分裂行為進行制裁。
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「突厥人」一詞廣義上可泛指從古至今使用突厥語族語言的人，該族群在中國古代被稱為「鐵勒」，而「突厥人」在中國古代史書中僅特指建立突厥汗國的古突厥族群，其核心為西元6世紀建立第一個突厥人國家的、興起於阿爾泰山的阿史那部落。儘管二者在中國史書上的名字有異，但在當時留下的突厥文碑銘中，中文所提到鐵勒和突厥的地方突厥文其實相同。歷史上的突厥人曾包括許多的部落，比如阿跌、渾、薛延陀、回紇、黠戛斯、葛邏祿、欽察、烏古斯人等。這些族群之間或與周邊民族不斷融合、分化，形成了分屬不同國家的多個突厥語民族。以突厥語民族為主體的國家包括土耳其、亞塞拜然、烏茲別克、哈薩克、土庫曼、吉爾吉斯等。中國境內的突厥語民族則有維吾爾、哈薩克、烏孜別克、柯爾克孜、塔塔爾、裕固、撒拉等民族，以及被劃入蒙古族的圖瓦人等。
「突厥斯坦」是一個源自伊朗語支的地理稱謂，意為「突厥人所居之地」[5]，指中亞地區使用突厥語族語言的多個民族所生活的地區，其具體的地理範圍在不同時期、不同文獻中各有不同[6]。已發現的最早的「突厥斯坦」一詞出現在7世紀的粟特文文書中[7]，指錫爾河與阿姆河之間的一小塊地區[8]。該詞在8世紀後已被廣泛使用於阿拉伯人撰寫的地理學著作[9]，但阿拉伯人滅亡薩珊王朝並占領中亞後，突厥勢力被逐出河中地區，因此在9-11世紀的阿拉伯語文獻中，「突厥斯坦」所指的地域也就開始向北、向東遷移，河中地區因被阿拉伯人占領而被排除在突厥斯坦以外[5]。10世紀時波斯語中「突厥斯坦」一詞的用法已經固定化，即泛指中亞和蒙古高原[10]。隨著突厥聯盟的崩潰以及13世紀蒙古人對中亞地區的征服，「突厥斯坦」一詞不再是一個有效的地理描述，逐漸不再被使用[11]。
歐洲地理大發現時期，西方人從阿拉伯人的著作中接觸到「突厥斯坦」的概念，1722年法國巴黎出版的《帖木兒伯克史》中將整個西伯利亞稱為「北突厥斯坦」，將新疆稱為「南突厥斯坦」[12]。18世紀中葉，清朝統一新疆之後，在北京供職的兩位葡萄牙籍神甫奉乾隆皇帝聖旨到新疆實地測繪地圖，其測繪的多個地理方位於1776年被法國神甫錢德明以「東、西突厥斯坦」為名發表在《關於中國歷史、地理等情況的報告》中，塔里木盆地開始被西方人稱為「東突厥斯坦」[6]，但19世紀初之前該詞並未被廣泛使用。從17世紀開始，俄國人一般將塔里木盆地一帶稱為「小布哈拉」[13]:31-32。1824年，俄國漢學家、曾護送東正教傳教團赴北京的季姆科夫斯基撰寫的《1820-1821年經蒙古至中國的旅行》在聖彼得堡出版，不久翻譯為法語在巴黎出版，1827年經克拉普羅特編輯後的英文版在倫敦出版，書中提出「小布哈拉」應作「中國突厥斯坦」[5]；兩年後的1829年，俄國漢學家俾丘林在聖彼得堡出版的《準噶爾和東突厥斯坦古代和現代記述》中則對「中國突厥斯坦」這一名稱不以為然，認為稱「東突厥斯坦」更為恰當[14]。不管俄羅斯取的新稱謂是什麼，中亞居民通常並不使用「突厥斯坦」來稱呼他們自己的土地[15]。不過俄羅斯在中亞成立突厥斯坦總督區後，西方著作中開始將突厥斯坦區分為「俄國突厥斯坦」和「中國突厥斯坦」[11]。對英國旅行家和英語材料來說，使用「Chinese Turkestan」（中國突厥斯坦）、「East Turkestan」（東突厥斯坦）、「Chinese Central Asia」（中屬中亞）、「Serindia」（塞林迪亞、西域）[16]還是「Sinkiang」（新疆）並無共識，這些詞常常在描述新疆地區時交替使用[14]。直到20世紀，當地人仍習慣用城市或綠洲的名字來稱呼他們所在的地區，並根據需要對這個地名的範圍進行縮放[17]。
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19世紀清朝時期，喀什噶爾和卓家族在浩罕汗國支持下，分別於1820年、1824年、1826年、1828年、1830年、1847年、1852年、1857年在新疆發動了8次叛亂，希望恢復該家族的統治地位，其中「張格爾之亂」時間最久，但最終失敗收場[18]:15-17。
1864年6月4日，清朝駐新疆庫車回族士兵爆發叛變，隨即帶動周邊維吾爾族起義，攻佔了阿克蘇、烏什、賽里木、拜城。 1865年，阿古柏·伯克消滅了新疆境內的清朝軍隊，並在隨後幾年建立了哲德沙爾汗國。1871年，俄國以「恢復清朝統治權」為名攻佔伊犁河谷地區。1870年至1874年，英國派遣使節團湯瑪斯·道格拉斯·福賽斯與阿古柏·伯克簽訂條約，英國取得天山南部自由通商權與治外法權。1876年，清朝發動收復新疆之戰。1881年，清朝收復了包含伊犁河谷在內的新疆全境[18]:18-21。
在新疆西部喀什、未獲國際承認的東突厥斯坦伊斯蘭共和國 (1933–1934) 和國旗
1931年，新疆發生哈密暴動，新疆省主席金樹仁為擴張權力發動改土歸流，而政府軍又因壓榨當地平民百姓，引起維吾爾社會從王府到一般民眾的普遍不滿，在和加尼牙孜領導下對當地漢族移民進行屠殺；甘肅軍閥馬仲英亦派兵入疆，與省政府展開激戰。 1933年11月12日，沙比提大毛拉等在喀什疏附縣建立了東突厥斯坦共和國 ，該國建國綱領明確寫入「謹遵古蘭經」，並以「伊斯蘭聖戰」作為動員各地維吾爾族起義的統一口號，其建國是受到土耳其與阿富汗雙泛主義的影響。11月16日，東突厥斯坦伊斯蘭共和國政府官方《獨立》報上發表：「東突厥斯坦是每個人的東突厥斯坦，我們不用他們（漢族）的語言和地名[18]:28-29,35-36」。
1933年，穆罕默德·伊敏在和闐開展獨立運動。沙比提大毛拉於1933年11月12日在疏附宣布成立東突厥斯坦伊斯蘭共和國。推舉和加尼牙孜（人在阿克蘇）任總統。國務總理沙比提大毛拉，內政部長尤努斯伯克（漢名郁文彬），外交部長是和田人哈斯木江阿吉，軍政部長是喀什人烏拉孜伯克，教育部長是阿不都克里木·汗麻啥都木[19]，司法部長是喀什的知識分子扎里夫·哈里阿吉。軍事首腦是玉素甫江。1934年2月13日，這個政權被敗退南下的軍閥馬仲英的軍隊擊潰。1934年5月和加尼牙孜向新疆省政府投降，拘捕了沙比提大毛拉等人[18]:33-35，伊敏等人逃往英屬印度。
沙俄政權滅亡後，尤其是俄屬突厥斯坦的蘇維埃政權鞏固後，蘇俄從20世紀20年代開始協助新疆脫離中國，希望將其「外蒙古化」，建立一個脫離中國的、為蘇俄控制的獨立地區，或者一個像外蒙古那樣的社會主義衛星國。
1933年，蘇聯在北疆的阿山地區策劃了反新疆金樹仁政府的政變，由阿山行政長沙里福汗策劃宣布獨立。但是被新疆主席金樹仁及時派兵鎮壓下去。同年穆罕默德·伊敏成立了「和田臨時政府」，自任「埃米爾」。隨後任新疆省主席的盛世才曾經先後向蘇聯駐迪化總領事茲拉什金（Злащкин）和阿布列索夫尋求軍事支持，擊敗回族軍閥馬仲英的進攻。條件是蘇聯出兵幫助他擊退馬仲英部隊對迪化等地的進攻。蘇聯派出「阿爾泰軍」和「塔爾巴哈台軍」偽裝為白俄歸化軍，幫助盛世才戰勝馬仲英，盛世才控制了新疆省全境。但是蘇聯顧忌到國際社會的反對和干涉，沒有貿然宣布吞併新疆。
在1930年代和1940年代，蘇聯多次試圖吞併新疆地區，為此扶植了很多新疆民族主義和共產主義團體，期間獲得中國共產黨的支援，最有影響的是阿不都克里木·阿巴索夫領導的東突厥斯坦革命黨和新疆漢族知識分子建立的新疆共產主義者同盟。1940年代由於抗戰時期國民政府被迫西移，讓國民政府軍政力量進一步壓制西部分離主義地區。1942年10月5日，新疆省政府主席盛世才認為蘇聯與中共在新疆境內從事顛覆滲透，已顯示了史達林的侵略中國野心，下令相關人員在3個月內離開新疆[20]。盛世才從1942年轉而投奔國民政府，令史達林非常惱火，由貝利亞親自到阿拉木圖坐鎮，由蘇聯人彼得·羅曼諾維奇·阿列克山德洛夫帶領蘇聯正規軍潛入伊犁支持暴動。
1943年，中華民國中央政府正式進駐新疆[21]。在國民政府要求下，在迪化的英美兩國領事館重新開起。9月，國軍第18旅徐汝誠進入哈密監控，迫使蘇聯紅八團於11月撤出新疆。
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1937年5月，中國工農紅軍約400人在盛世才的允許下進入烏魯木齊，是中共最早在新疆的活動[22]。為了抵禦英國和日本的勢力向新疆滲透，蘇聯政府與盛世才商定，在新疆建立一個專門偵察境外敵情的機構，新疆邊防督辦公署邊務處開始組建，即為「先鋒社」。1939年，中共選派數十人到蘇聯學習情報工作，學習結束後劉慶南、楊文先、王振坤、楊天雲、張明敬和譚政文等人又被共產國際先後派到新疆邊務處工作，受蘇聯顧問領導，從事對美英的情報工作[23]。
1939年底，新疆省政府成立清槍委員會、阿山視察委員會要求牧民繳交槍支引發第一次柯克托海暴動（1940年2月，或稱第一次可可托海暴動）。1941年6月，蘇聯礦業勘查團在阿山區富蘊縣侵擾當地人民引起第二次武裝暴動，新疆省政府以武力鎮壓相關暴亂並逮捕哈特貝子等人，反中國武裝勢力則在烏斯曼領導下逃往外蒙古邊境，外蒙古與烏斯曼協商取得共識後蘇聯開始軍援其武裝勢力在青河、富蘊山區的活動事業，外蒙古並派駐顧問協助組建反政府軍[24]。
1943年1月，國民政府中央勢力介入新疆，導致大量中共所謂「愛國進步人士」（國府稱疆獨反政府勢力）遭逮捕入獄（毛澤民、陳潭秋）[25]。1943年12月，蘇聯開始協助烏斯滿組織反盛反中國的「阿勒泰哈薩克復興委員會」以期望建立「新回教國」[26]。
1944年3月，烏斯滿·巴圖爾宣佈起義，與蘇聯空軍、外蒙古聯合發動對新疆青河、烏河的聯合軍事行動（阿山事變）。艾力汗·吐烈在拜都拉大清真寺成立「雙泛主義」的反漢中心，主張穆斯林團結起來透過「聖戰」把非突厥系民族的漢人趕出東突厥斯坦。1944年9月，蘇聯駐伊寧領事公開支持肯定「伊寧解放組織」，隨後該組織在迪化、阿山、塔城、阿克蘇等地建立分支機構，為之後的三區革命創造了有利的基礎[27]。三區革命主要訴求是「永遠消滅漢人統治，建立真正的獨立共和國[28]」。9月2日，盛世才任命預備第7師杜德孚指揮權。
1944年8月，法提哈·穆蘇里莫夫（塔塔爾族）、埃克巴爾與賽義提兄弟（Akbar、Sayit，哈薩克族）等人由蘇聯取得武器成立約800人的「鞏哈游擊隊」，9月初，鞏哈縣法提哈·穆蘇里莫夫私運槍械30枝、機槍兩挺、七九機槍子彈2428粒、黃色炸藥4袋遭國府邊境保安隊查獲，法提哈·穆蘇里莫夫趁機逃往烏拉斯台。9月21日，暴動開始。在法提哈·穆蘇里莫夫帶領下先切斷鞏哈至馬扎的電纜，炸毀五座大橋，殺害當地警察局局長、副局長、醫院院長，於10月6日攻佔伊犁鞏哈。10月12日，國軍預備第7師19團彭俊業增援反攻。11月初國府收復鞏哈[29]。10月，阿勒泰革命臨時政府成立，阿勒泰區反政府吉木乃武裝部隊併入。
11月初，蘇聯派遣阿列克山德洛夫（後成為東突厥斯坦共和國總司令）率領紅軍與新疆伊寧解放組織會合[30]。11月7日，東突解放組織特別選在蘇聯十月革命紀念日發動大暴動「伊寧起義」[18]:140-146。11月8日，穿著哈薩克共和國軍服的士兵乘坐十多輛馬車，車上架有機槍封鎖伊寧城北司令部橋頭，阻止國軍增援[31]。11月12日，暴動者在封鎖伊寧市區後，開始針對漢族屠殺[32]。11月12日， 爆發伊寧事變（中共譽之為三區革命，中華民國稱為「叛亂」），在伊犁、塔城、阿爾泰三個地區建立東突厥斯坦共和國，臨時政府主席伊力汗·吐烈（烏茲別克人）說：
| “ | 醒來吧！醒來的時代到了。真主是我們的信仰，穆罕默德是我們的聖人，伊斯蘭是我們的宗教，東突厥斯坦是我們的祖國。⋯⋯按真主『給暴虐以懲罰』的意志，我們相信真主無疑的諾言。我們伊犁人民團結起來，用棍棒鐵鎚起來反對橫暴的政權而起義了，短時間內把漢人政權推翻後建立我們的伊斯蘭政府。漢族血腥壓迫的旗幟將被我們踏在腳下成灰燼。我們舉起祖先留下來具有宗教意義的月芽、星星標誌⋯⋯所謂『新疆是中國領土不可分割的一部份』謬論，製造假歷史的騙子們，應該聽清楚，永遠記住以下事實：他們不要忘了，東突厥斯坦英雄的兒女們曾用棍棒攻擊他們，漢族忍受不了這種打擊。中國的官吏和帝王為了自己的土地和政權，建築了三千五百公里萬里長城，像害怕鷹的兔子一樣跑到長城裡面。這些事實雖然被漢族政府歷史學家所隱瞞，但全世界歷史可以證明這一事實。太陽是不能被衣襟遮蓋住的。……[18]:148-150 | ” |
1944年11月13日，國軍預備第7師參謀長自伊寧向外發電報求援，國軍支援往伊寧方向進攻到達二台，國府專案公署劉秉德遭殺害。15日，抗日戰爭第八戰區司令朱紹良任命李禹祥率第7預備師、新編第45師，展開進攻果子溝的戰役。國軍殘留在伊寧最後據點艾林巴克飛機場、鬼王廟、北大營遭受蘇聯動用大炮猛轟兩三個月，守軍發生餓死的情況。11月22日，國軍杜德孚趕往伊寧，並調集精河一帶部隊增援。12月朱紹良向伊犁河谷增援第二十九集團軍李鐵軍、第45師謝義鋒均遭敵軍合圍全軍覆沒。11月下旬，蘇聯派出雅可夫列維奇·頗里諾夫擔任新疆三區游擊隊指揮官，並成立「一號房子」（蘇聯紅軍弗拉基米爾·柯茲洛夫領導）、「二號房子」（KGB弗拉基米爾·斯特潘諾維奇[18]:207領導），另在阿拉木圖派遣貝利亞為蘇聯軍對中國新疆的督戰[30]。
1945年，國軍在伊寧守軍受到暴民猛攻，單1月1日早晨即遭到四千發砲彈、萬餘枚12公分迫擊炮攻擊。1月5日，「東突厥斯坦共和國」宣布脫離中華民國而獨立，共和國臨時政府主席艾力汗·吐烈，副主席阿奇木伯克·霍加，總司令阿列克山德洛夫[33]。1月31日，伊寧艾林巴克國軍殘部與漢族居民約四千人企圖突圍，在路途中遭全數消滅（艾林巴克殲滅戰，杜德孚自戕），東突厥斯坦共和國佔領伊犁全境。4月，曹達諾夫·扎義爾成為「東突厥斯坦共和國」民族軍政治部部長，在事後肯定蘇聯動員部隊參與伊寧起義的貢獻[註 1]。7月，東突厥斯坦共和國進入全面反攻階段，勢如破竹佔領托里縣、額敏縣、塔城縣。8月15日，中蘇簽定《中蘇友好同盟條約》以蘇聯承認國民政府對東北和新疆的主權，不支持中國共產黨與新疆內部事務交換承認外蒙古獨立。史達林表面上同意此條件，將東突厥斯坦的領導人，從蘇聯潛回的艾力汗·吐列秘密解回蘇聯，但是對東突厥斯坦獨立運動和中國共產黨的援助依然源源不斷。8、9月，在蘇聯協助下攻佔哈巴河縣、布爾津縣、承化縣、拜城、阿克蘇舊城、庫爾干均納入東突厥斯坦共和國版圖。共擊潰國軍12個團2個營，俘虜前線最高指揮官郭岐、師長宛凌雲在內的國軍6,000多名政府官兵，確立伊犁、塔城、阿山全境為統治區。9月，國軍新編第46師徐汝誠到達迪化前線，第八戰區副司令郭寄嶠進入新疆[34]。9月13日，國府吳忠信、朱紹良、郭寄嶠分析情勢：「三區叛亂軍已推進到瑪納斯河，距迪化僅兩日路程，目前屯兵瑪納斯西，有向迪化進攻之勢。現守迪化之軍隊僅六營，援軍由青海或蘭州最快八到十日才能到達[35]。」國民政府與蘇聯交涉，雙方同意派代表進行談判。南京國民政府派出了張治中，三區派出了熱黑木江（團長）、阿不都哈依爾·吐烈、阿合買提江三人代表團。蘇聯派出一位代表，於1945年10月17日開始談判，前後大小談判三十多次。1946年1月2日，簽定了《十一條和平條款》，取消了「東突厥斯坦共和國」的名稱，十一條和平條約附文二件直到6月15日才簽訂。新疆分離主義勢力之軍隊得到保留並實質控制該地，國號取消，隨後蘇聯將伊寧分離主義政權交由中共運作。3月，國民黨六屆二中全會透過《邊疆問題決議案》，企圖以地方自治與平等參政收回新疆，遭中共堅決反對。6月27日，「東突厥斯坦共和國臨時政府」改組為伊犁專區參議會，「東突厥斯坦共和國」宣告終結。[36][37][38]。7月1日，成立新疆省聯合政府。11月，阿合買提江等新疆代表33人，到南京出席國民大會，阿合買提江當選為主席團成員。大會期間，阿合買提江為首三區7名代表，向大會提交《請在中華民國內將新疆改為「東突厥斯坦共和國」給予高度自治》的提案。國民政府邵力子等人和阿合買提江等人就此事長談多次，蔣介石多次召見，就新疆問題及其前途進行專門談話。在疏解勸導下，阿合買提江撤回了提案。
1947年，2月25日迪化225事件爆發，引起維、漢、回各族大遊行。同時蘇聯、共產黨成立了「東突厥斯坦青年黨」（據阿合買提江統計新疆全境約30萬人）在喀什圍攻、批鬥張治中，要求國軍撤出新疆。與此同時，根據和平條約的「軍隊改編」蘇聯不僅不遵守改編反而擴軍，由十團殘部兵力變成十三個精銳團，甚至不惜代價送往霍爾果斯訓練。伊寧革命日報對此表達肯定：「條約是沒有用處的，靠條約維繫如同做奴隸牛馬，大炮一響條約完全失去效用。所以我們（東突）要盡量擴軍」[39]。5月，麥斯武德出任新疆省主席[註 2]。6月，北塔山事件。7月1日，新疆迪化的共產黨幹部發動革命，吐魯番副縣長柯文章遭暴動群眾毆打至昏迷，暴徒並佔領西大橋與南樑一帶據點，宋希濂下令鎮壓，警備司令部調集憲警驅散群眾。7月8日，托克遜的共產黨聚集約500人，攻擊連木沁警局，殺害警員搶奪全數槍枝，接著圍攻汗墩警所。7月12日，三區方面發動天山南路的「三縣暴亂」（吐魯番、鄯善、托克遜三縣），由阿不都熱合滿·穆義提指揮6000人的「東突厥斯坦革命青年軍」，托克遜海米提領導約千人的「革命東突厥斯坦游擊隊」，哈生領導的「東突厥斯坦自衛隊」。7月17日，國軍部隊增援，雙方展開激戰。8月15，宋希濂大致平定了三縣暴亂[40]。
暴動期間中國的《新華日報》《解放日報》《東北日報》《邊疆服務》等報刊則對國民政府壓迫新疆少數民族、殘酷剝削政策進行報導，並聯合中共中央共同聲援三區革命的民族起義[41]。新疆暴亂的革命者（如阿合買提江·哈斯木、伊斯哈克拜克·木農阿吉）自稱「東突厥斯坦共和國政府」、「民族軍」或「11月革命」[42]。中共1950年以前稱新疆暴動者為「伊犁當局」、「伊塔阿三區」，在伊寧事變領導者「空難死亡」後改稱為「中國新民主主義革命的一部份-三區革命」[43][44]
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1949年8月，伊寧政權身為中共共同對抗國民政府的盟友之一，對中國新政權實踐新疆自治共和國產生高度期盼。但蘇聯史達林卻透過米高揚指示中共必需學習蘇聯移民中亞的經驗，藉由漢民族人口遷移來削弱少數民族的政治企圖。中共建政初期缺乏統治新疆的各項行政體系，只能將野戰軍軍隊開入新疆，加以壓制「前盟友」，伊敏再度流亡海外。[來源請求]同年8月27日，阿合提買江和阿巴索夫等人由伊寧經蘇聯領空飛往北平，參與中華人民共和國政治協商會議，在伊爾庫茨克附近失事。前蘇聯解體後部份檔案解秘，此事件並非「空難」而是史達林與毛澤東共同進行政治謀殺，三區革命的領導者被KGB關在原沙皇的馬廄裡，隨後遭到處決[45][來源可靠？]。國民政府資料則顯示，史達林為排除地方民族勢力（多非馬列主義者）協助中共進軍新疆，用「陰謀手段平定三區之亂」，「空難」的消息在兩個月之後才公佈。曾在新疆敵後游擊的國軍張達鈞則表示中共強行要求解散東突國、改編三區武裝，迫使伊斯阿克江殺害中共駐疆地下人員300人，蘇聯則派兵平亂[45][46]。
新疆和平解放後，中華人民共和國將新疆併入蘇聯的「中亞軍區」，使新疆保有大量俄籍紅軍部隊（分駐南北疆要塞，第五軍軍長俄籍法鐵依·伊凡諾維奇·列斯肯）與「前民族軍」（改編之第五軍曾參與民族軍的軍政幹部達四千人）[來源請求]，1950年起，穆罕默德·伊敏、阿不都拉大毛拉[註 3]、熱合曼諾夫[註 4]、伊德利斯·奴爾斯[註 5]、馬力克阿吉[註 6]、阿不都拉·依米提[註 7]等人，先後號召民族軍舊部順勢集結起義。1953年2月，第五軍向疆獨游擊隊發表「招降書」：「如果哈薩克族反動派能向人民政府投誠，政府將不究以往，且給他們足夠麵粉、茶磚、羊毛……。」[47]。
中華人民共和國建立政權後，中國對於1944至1946年東突厥斯坦共和國的史料出現了「東突厥斯坦第一共和國」、「東突厥斯坦第二共和國」、「東突厥斯坦人民共和國」等稱呼，許多甚至載入維吾爾語文獻，但當年實際名稱只有一個[18]:167-168。
中華人民共和國政府認為三區革命是近代史上具有重大歷史意義的民族民主革命運動，粉碎了帝國主義、專制獨裁的陰謀，在國共第二次內戰中，有效牽制國民黨在新疆的十萬軍隊，有利的支援中國共產黨在西北的戰事，為新疆和平解放創造有利條件。同時，毛澤東所領導的人民民主革命在第二次國共內戰中節節勝利，打擊了國民黨勢力反三區革命的氣焰，為三區革命民主發展與和平談判創造了有極為有利的條件，中國人民解放戰爭與疆獨的三區革命是相輔相佐缺一不可的[48]。1954年新疆和田事件。1956年新疆墨玉事件、5月洛甫事件（建立伊斯蘭共和國，主席阿不都拉·依米提，副主席艾伯都拉哈日）。1957年新疆和田事件。[需要解釋]
伊寧市公園內有紀念三區革命烈士墓與紀念碑，由毛澤東題詞，並設立新疆三區革命歷史紀念館，占地6公頃。[有關嗎?]
1957年12月26日，新疆維吾爾自治區第一任主席賽福鼎在人民日報發言：「有人要求把新疆這個名詞改為維吾爾斯坦共和國，或東土耳其斯坦維吾爾自治區……」[為何？]。1958年，蘇聯進一步要求中國人民解放軍必需納入蘇聯國防軍體系[49]。1960年4月4日，賽福鼎在二屆全國人代會：「新疆地方民族主義反抗事件尚未被完全消滅，所以南疆和闐、北疆阿山都有反抗事件發生，不僅殺死解放軍，且攻擊縣城，已成烽火燎原之勢」。
在1960年代中蘇交惡，蘇聯重啟疆獨運動，策動中國新疆軍區少將朱龍·塔伊波夫（俄籍）、新疆文化廳廳長孜牙·賽買提（俄籍）叛亂（伊塔事件），率領民族軍及家眷移往蘇聯哈薩克作為煽動中國分離主義的籌碼[50]。蘇聯駐伊寧領事館向民眾大派蘇僑證及開放邊境，大量民眾逃亡到蘇聯，不少都是「東突厥伊斯蘭獨立運動」的骨幹。蘇聯又在哈薩克的塔拉斯、烏茲別克的撒馬爾罕設立訓練中心，從逃亡蘇聯的中國難民中培訓維吾爾族、哈薩克族特工，派遣他們回中國竊取情報、推動分裂運動。[51]1962年5月29日，「維吾爾斯坦」組織領袖阿不都卡迪爾率領群眾攻擊當地政府機關，伊寧市政府被民眾嚴重破壞。據中國資料顯示，當時參與暴動者約5萬6千人得到蘇聯駐伊寧使館庇護下進入俄境中亞，但學界認為這個數字仍然太保守[52]。
1966年，江青派遣紅衛兵前往烏魯木齊封閉當地清真寺，並強迫回民吃豬肉來做為招工、參軍、提幹、入黨的條件，引起新疆維吾爾人強烈反彈[53]。1967年，托乎提庫爾班建立「維吾爾斯坦人民革命黨」；1968年，改名為「東突厥斯坦人民革命黨」（東突黨）。
1969年8月，東突黨聯合天山復仇者、天山烏拉爾等組織企圖在喀什市進行武裝暴亂在發動前遭公安偵破。該起事件是中共建政以來規模最大、組織最嚴密的分裂集團武裝叛變，涉案人數達五千人；1975年8月，因文革動亂中共中央從寬認定，除暴亂中已遭擊斃之外，其他1165名東突黨成員以「政治錯誤」改判非該黨黨員，給予減刑或釋放[54]。
中國政府也被指控利用維吾爾難民非法在挪威、德國和美國進行間諜活動，試圖監視散居海外的維吾爾流亡人士從中挑撥離間，或威逼利誘從事間諜活動。2009年瑞典因此驅逐了一名中國外交官，2010年間諜梅蘇特（Babur Maihesuti）遭瑞典判刑[55]瑞典籍維族間諜被判刑（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）。
2014年，新疆地區發生多起暴恐事件後，中國開始建設新疆職業技能教育培訓中心[56][57]。中國大陸之外的媒體和組織也稱新疆再教育營為「集中營」，並認為中國政府已在遍布全疆的再教育營里扣押了數以萬計的本國維吾爾族穆斯林，以及少量的基督徒和外國公民（尤其哈薩克公民）:*穆斯林[58]學者、宗教領袖穆罕默德·薩利·阿吉遭到中國關押40天後去世，死因不明[59]。
21世紀支持「東突獨立」的書刊、文章相繼出籠。《渾泉》、《巴達吾來特》、《喀什和卓》等四部小說，被北京當認定為具有疆獨色彩。 維吾爾人傳統上的「故土」（native land）在歷史上並非包括整個新疆地區，而是僅在塔里木盆地一帶。另外新疆的首府烏魯木齊原本是以漢族和回族為絕大多數的城市，維吾爾人屬於後來者，美國喬治城大學歷史系教授米華健指出外國人經常誤以為烏魯木齊是被中國摧毀了維吾爾特色和文化的屬於維吾爾人的城市[60]；此外，漢族和回族以及外來移民大部分都是生活在新疆北部，而在維吾爾人的傳統領土（新疆的西南部）內維吾爾族依然佔據著當地90％的人口[61]。」
911事件後，中國政府將新疆獨立運動定性為恐怖主義[62]。中國政府推動上海合作組織打擊恐怖主義、分離主義與激進主義等「三股勢力」。雖然中國政府多次強調新疆相關流血事件是由疆獨恐怖組織所一手策劃，但相關組織在所在國被認定為「合法的團體」，如東突厥斯坦教育與團結協會在土耳其為合法組織[63]。
2018年8月，聯合國「消除種族歧視委員會」（CERD）成員表示：「有可靠的報告表明，北京『將維吾爾自治區變成了一個類似於大規模拘留營』。」[64]。
2020年12月，阿富汗情報機構逮捕了境內「中國公民間諜網」十名成員，並在他們家中起獲槍械、炸藥，其中兩人被指與「塔利班」（Taliban）有直接聯繫企圖利用恐怖組織來消滅維吾爾領袖，阿富汗情報局長薩利赫（Amrullah Saleh）反對中國與巴基斯坦的間諜活動[65][66][67]。
清代新疆人口的分布，大體概括為「南回北准」，即南疆是信仰伊斯蘭教、講突厥語的回部，北疆（包括外西北）是信仰藏傳佛教、講蒙古語的準噶爾蒙古。乾隆年間，清朝政府打敗準噶爾汗國，並將準噶爾滅族後，北部廣闊的地域被外來人口填充。
印第安納大學副教授波文頓（Gardner Bovingdon）指出，1800年新疆人口當中漢人佔有三分之一[69]。隨著清政府衰弱，19世紀東突厥斯坦獨立運動興起。清朝滅亡之際的1912年中華民國元年，新疆地區有漢族20多萬人，回族20多萬人合計不足50萬人。1928年，中華民國在人口調查統計出新疆總人口約2551741人，當中纏族（1935年後稱維吾爾族）約七成，漢族約一成[18]:37。另一方面，十月革命後，大量俄羅斯族和中亞民族的民眾移居新疆。楊增新統治新疆時期，允許他們歸化中華民國國籍，稱之為歸化族。1940年代抗日戰爭之際，在蘇聯政府支持、策動下，新疆地區爆發反中華民國政府的叛亂。中共對這次反政府叛亂持支持態度，稱之為三區革命。叛亂中，漢族平民成為被大規模屠殺的對象。伊寧事變中，伊寧一地漢人基本被殺光。同時，當地形成歸化蘇聯國籍的高潮。此後，蘇聯政府藉由不斷歸化的蘇僑人口，將勢力深入基層，加重了新疆蘇聯僑民問題。
1949年，中共進軍新疆，參與三區革命的各方人士被新政權順勢接納。中華人民共和國成立後，新政府除將新疆的解放軍改建為新疆生產建設兵團外，亦一度鼓勵漢族移民到當時人煙稀少的準噶爾盆地，而1953年前新疆大部分人口（75%）生活在塔里木盆地，可見漢族新移民改變了塔里木盆地與準噶爾盆地之間的人口分佈[70][71]。準噶爾北部是大部分新移民的移民目的地，而準噶爾一帶的城市人口主要是以漢族和回族佔大多數，喀什一帶的城市則主要是以維吾爾族佔大多數。南方衛理公會大學博士Justin Jon Rudelson指出，中國政府確保漢族新移民的移居點為無人居住的區域，從而避免干擾那些已存在的維吾爾族社區 [72]。
在1950年代，包新疆在內，有數十萬蘇聯僑民被中國政府遣返。1960年代中期，大規模新疆居民外逃結束。而隨著蘇聯僑民陸續離開中國，進入蘇聯或第三國，在新疆的遺留者成為當地人口的極少數。此時，新疆外僑問題亦基本解決。在北疆的俄羅斯遺留者，則成為俄羅斯族，占當地人口比例較低。自1980年代起，中國各個省份的漢族經濟移民和南疆的維吾爾族經濟移民一直在湧入北疆[73]。2010年，中國第六次全國人口普查統計出新疆總人口近2200萬人。維吾爾族、漢族、哈薩克族、回族排名前四。漢族佔人口四成[74]，亦是最主要的非穆斯林民族。
1883年，阿圖什縣胡賽因·穆薩巴約夫（Husayn Musabayow）與巴烏東·穆薩巴約夫（Bawudun Musabayow）開辦維吾爾族第一所新式學校，向鄂圖曼土耳其帝國、俄國（韃靼人為主）延攬大批的教師和宗教人士，是維吾爾文化啟蒙的重要里程碑，隨後阿克蘇、哈密、奇台、伊犁等地紛紛出現新式學校；喀什、伊犁的上層維吾爾族則把子弟送到土耳其和俄國留學（集中在俄國喀山）[18]:29-30。在當時的東突厥斯坦（新疆），學校有兩種。一種是老式的宗教學校，只教授伊斯蘭教經典，叫烏蘇勒·卡德木（察合台文 اوسول قدیم）；另外一種是新式學校，除伊斯蘭教經典外，還教授數學、歷史、物理、化學等，叫烏蘇勒·加德（察合台文 اوسول جدیی）。
「東突厥斯坦獨立運動」的思想淵源，可以追溯到發端於鄂圖曼土耳其和俄羅斯喀山地區韃靼人社會的泛突厥主義思想和泛伊斯蘭主義思想。[75]而讓泛突厥主義思想和泛伊斯蘭主義思想能夠在維吾爾族社會中成長的搖籃，就是大量接受了鄂圖曼土耳其和俄羅斯喀山地區韃靼人社會思想影響的「近代維吾爾文化啟蒙運動」。[75]
1864年，爆發庫車事件並成為針對伊斯蘭教「不信仰者的聖戰」，在新疆建立了數個政權。1933年11月，沙比提大毛拉以「伊斯蘭聖戰」動員維吾爾族建立了東突厥斯坦伊斯蘭共和國[18]:18-20,35。1944年，11月6日伊力汗·吐烈在三區革命中宣示：「為了神聖的伊斯蘭，在安拉指引的道路上我們舉行聖戰。犧牲者將成為殉教者，倖存者將成為哈吉。」其中「犧牲者將成為殉教者，倖存者將成為哈吉」成為日後東突起義的重要口號[18]:146-148。11月12日，東突厥斯坦共和國建立，許多參與三區革命起義的武裝革命組織高舉「萬物非主，唯有真主，穆罕默德是安拉的使者」、「伊斯蘭覺醒（Islam azatlihi）」、「為獨立而戰（Mustakkillik Uqun Kurax）」旗幟、標語[18]:149頁。
泛伊斯蘭主義是由賽義德·哲馬魯丁·阿富汗尼（伊斯蘭革命之父）所提出來的，目的在於建立統一的穆斯林國家，與成立一個跨民族、跨國家以「古蘭經」為宗旨的伊斯蘭同盟。泛伊斯蘭主義者主要在老式學校中傳播。
泛突厥主義由伊斯梅爾·加斯普林斯基（克里米亞韃靼人）等人所提出，在20世紀由奧斯曼帝國接手。主旨在於將所有突厥人（鄂圖曼土耳其人、烏茲別克人、亞塞拜然人、維吾爾人、哈薩克人、土庫曼人、韃靼人、吉爾吉斯人、巴什基爾人等）聯合起來，建立一個大的突厥國家。泛突厥主義者的口號是「祖國不是土耳其，對土耳其人，突厥斯坦也不是祖國。祖國是廣大的、統一的圖蘭。泛突厥主義者在新式學校中傳播。
泛突厥主義之一的穆罕默德·伊敏其思想著作〈東突厥斯坦史〉（1940年）：「東突厥斯坦革命不獨立就沒有結束。中國的政治是侵略、不人道和姦邪的政治。每個東突厥斯坦人民都會抗戰到底，視死如歸，光榮犧牲。[76]」
| 名稱 | 建立時間 | 前身 | 領導人 | 活動國家 | 註冊地國家認定的性質 | 中國政府認定的性質 | 網站 |
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| 世界維吾爾代表大會 | 2004 | 多里坤·艾沙 |  德國慕尼黑
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當地合法組織 | 恐怖組織 | ||
| 世界維吾爾青年代表大會 | 1996 | 德國慕尼黑
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當地合法組織 | 恐怖組織 | |||
| 東突厥斯坦文化新聞中心 |  瑞典斯德哥爾摩
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當地合法組織 | |||||
| 比利時維吾爾協會 |  比利時布魯塞爾
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當地合法組織 | |||||
| 比利時維吾爾青年同盟 | 比利時布魯塞爾
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當地合法組織 | |||||
| 東突厥斯坦信息中心 | 德國慕尼黑
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當地合法組織 | 恐怖組織 | ||||
| 東突厥斯坦民族中心（East Turkestan National Center） |  土耳其伊斯坦堡
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當地合法組織 | |||||
| 東突厥斯坦民族自由中心（Eastern Turkestan National Freedom Center） | 1995 |  美國
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當地合法組織 | ||||
| 維吾爾美國協會 | 美國
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當地合法組織 | [1] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） | ||||
| 東突厥斯坦共和國流亡政府 | 2004 | 古拉姆·奧斯曼·樣磨 | 美國華盛頓特區國會大樓
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流亡政府 當地合法組織 |
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| 東突厥斯坦解放組織 | 1996 | 買買提明·艾孜來提 | 不明 | 武裝組織 | 恐怖組織 | ||
| 突厥斯坦伊斯蘭黨 | 1988 | 東突厥斯坦伊斯蘭運動 | 阿卜杜·曼蘇爾 |  巴基斯坦北瓦濟里斯坦 阿富汗巴達克山中亞 |
武裝組織 （目前聯合國安理會及多個國家將其視為恐怖組織，美國已於2020年10月將其從美國的恐怖組織名單上除名） |
恐怖組織 | |
| 新疆突厥民族解放委員會 | |||||||
| 伊寧民族解放組織 |
2006年11月，世維會第二屆主席、原中國全國政協委員熱比婭·卡德爾表示；「儘管我們一再明確表示，會以和平、民主的方式爭取更多的自治權，中國政府卻試圖在世界公眾面前把我們的形象刻畫成恐怖分子或是暴力分子[77]。」[78][79][80][81]
美國華盛頓維吾爾人協會主席阿里木·斯依託夫：「維吾爾民族不是什麼保守的、極端的伊斯蘭教信仰者。維吾爾民族信仰伊斯蘭教1000多年，一直是非常和平的。直到中國共產黨侵佔東土以後，從王震直到今天的張春賢全部使用高壓嚴打、逐漸同化（漢化政策），不僅僅是殖民東土，而且同化維族人[82]。」
東突厥斯坦獨立運動支持者要求實現東突厥斯坦當地民族的政治自決與自治。1944年以東突厥斯坦共和國之名所發表的《Why we are fighting》（我們為什麼要奮鬥）裡表明：「我們的故鄉是東突厥斯坦，我們是突厥民族的東方部分，其他部份在蘇維埃聯邦⋯⋯中國人從戈壁沙漠對面遙遠的中國入侵我們東突厥斯坦⋯⋯他們掠奪我們，奴役我們，把我們當成文盲推入黑暗中。⋯⋯成立『民族革命委員會』的反抗組織⋯⋯目的是從殘酷中國統治中解放我們人民，使這些遭中國壓榨、屠殺的民眾，恢復應有的自由、平等、財富[18]:126-143」
東突厥斯坦獨立運動支持者認為，「東突厥斯坦」自古以來就是一個獨立的國家或地區，有自己獨立的政治、經濟、文化地位，並認為東突獨立運動是一場「民族革命」[18]:125。美國維吾爾美國人協會（Uyghur American Association）人權部主任Kevin Miles：「維吾爾人有兩千年歷史，而中國新疆只有兩百多年歷史，⋯⋯滿清政府與漢人政府及中共將維吾爾稱為『新疆』（New Frontier），這是極具污辱性的名詞」。
首先在政治上，在突厥人成為當地主要居民以來至1759年被清帝國控制之前，與中國沒有直接隸屬關係，而在1759年至1881年被設行省之間與中國是與朝鮮、越南等相類似的宗藩關係。因此，認為被中國吞併是以1881年大起義被鎮壓為開始的。（中國方面不認可這種說法。）為維護當地居民的獨立自主，應該重新脫離中國的統治，恢復獨立。
其次在經濟上，在突厥人成為當地主要居民以來至1759年被清帝國控制之前，由於中國經濟不佳，當地一直與西突厥斯坦及阿富汗、克什米爾等國家和地區處於同一經濟貿易體系之內，和中國沒有內在的經濟聯繫，僅有民間的轉口貿易。
在文化上，在突厥人成為當地主要居民以來至今，該地區的文化均與西突厥斯坦及阿富汗、波斯、阿拉伯、土耳其等國家和地區屬於同一文化圈——伊斯蘭文化圈，具體而言是突厥—波斯伊斯蘭次文化圈，而不像日本、朝鮮（包括韓國）、越南等國一樣屬於中華文化圈。
東突厥斯坦獨立運動反對大規模漢族移民，要求中國政府停止旨在人為改變東突厥斯坦人口構成的移民；並將1949年後的中國移民遷出。
維吾爾民族主義史學家如Turghun Almas聲稱維吾爾人獨立於中國6000年，又聲稱現今新疆所有維吾爾以外的民族都是屬於「非土著移民」[83]。
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2016年，中國在新疆維吾爾自治區開始了「健民工程」，對維族人進行全面體檢抽血。至2017年夏，喀什和阿克蘇市的機場都建立了器官捐獻的綠色通道。[84]。流亡英國的前烏魯木齊鐵路局中心醫院醫師安華托帝博格達質疑前者的目的是擴大建立血型配對器官庫，並質問：「你這個交通量要有多大，才能讓一個機場建立這麼一個專用通道？每天有多少個無辜人的生命被摘？」並對中國政府其後改稱「對維吾爾人的大規模驗血是為了DNA基因檢查」的說法發問：「若真如此，採樣口腔就完了，為何要抽血？」[85]
論民族自決權是列寧遺留的重要思想。中國共產黨建立之初至長征前，亦贊同民族自決和聯邦制，承認中國境內的少數民族均有獨立建國的權力[86]。長征之後，中共勢力進入少數民眾聚居區，民族政策由民族自決轉為民族區域自治。
1934年5月2日，中國共產黨在〈鬥爭〉報發表了〈中國的民族問題〉：
新疆居民的三分之二是維吾爾、厄魯特等民族的蒙古人、哈薩克族准噶爾人，而新疆省作為漢人的殖民地（遭中華民國佔領），在軍事封建剝削基礎上受他人管理……中國共產黨無條件承認新疆各民族享有自由建立獨立國家的權利。
但現在，漢族資產階級剝削者（國民政府）和帝國主義（英國、日本）代理人正在利用民族間關係的複雜性挑撥離間各民族以謀求自身利益。……中國共產黨反對那樣的「民族自決」。在這樣的「民族自決」下各民族繼續受到封建寄生蟲的領導，成為互相壓迫的帝國主義的幫凶，是在從事冒險活動 [18]:99-100。
內部文件顯示，中共在1950年以前認為三區革命是一場「新疆伊犁發生的獨立運動」，稱暴動者為「伊犁當局」、「伊塔阿三區」[43][44]，並在1922年至1934年間號召蒙古、西藏、回疆三部實行自治，成為民主自治邦；用自由聯邦制，統一中國本部蒙古西藏回疆，建立中華聯邦共和國[87]。
中華人民共和國政府，認為從西漢（西元前206年-西元24年）在新疆設「西域都護府」之後，新疆開始成為中國統一的多民族國家不可分割的組成部分。[88]
西元前60年，漢朝完成了對西域的統一，漢朝在西域中心烏壘城（今輪台縣附近）設立西域都護。從此，西域納入中央王朝的管理體系。唐朝設立安西都護府和北庭都護府作為在西域的最高管理機構。五代及宋、遼、金時期，中原再次出現割據，但中原與西域並沒有中斷聯繫，喀喇汗朝統治者還自稱「桃花石汗」（中國汗）。1884年，清政府建立新疆省，建省出自於左宗棠上奏同治皇帝的「他族逼處，故土新歸」。[89]
2017年3月29日，新疆自治區人大通過了《新疆維吾爾自治區去極端化條例》，其中有關被禁止的條例有15項，禁止的部分內容包括[90]：
在中蘇決裂前，中華人民共和國採取「親蘇一面倒」、「走俄國人的路」、「馬克斯、恩格斯、列寧、史達林的理論為真理」[91]。北京當局將1944年三區革命（伊寧事變）定義為「中國人民民主革命運動的一部份[18]:125。」認為「三區革命是進步的力量，其中阿合買提江、阿巴索夫等人是維護國家統一，維護領土完整的進步力量……國民黨誣蔑三區革命是在搞分裂[92]。」、「國民黨泛突厥主義爪牙誹謗三區領導人是紅腿子、親蘇派，誣蔑他們背叛民族利益，是民族敗類，這就是國民黨當局用以對抗三區代表所提倡政治民主、民族平等、社會進步的伎倆[93]。」並認為蔣中正在1946年指使國軍與國民黨破壞《十一條和平條款》，蓄意扶植反動勢力向三區根據地進攻；將國府之後任命的新疆省主席麥斯武德形容為「反動思想最凶惡的代表人物，帝國主義的走狗[94]。」將1944到1949年的疆獨動亂稱為「三區民族民主革命力量與國民黨反動統治間的殊死鬥爭」、「三區革命最終匯入中國共產黨所領導的全國人民民主革命的洪流[95]。」
中共自建政以來，一直視新疆作為重要的戰略地位價值。建政初期以新疆作為堅定擁護蘇聯的堡壘，早在推動廢除漢字前，新疆境內許多區域已採取全俄語的教材（中蘇決裂前廢止）。對於伊斯蘭教「宗教自由」北京當局認為：「信教自由是資本主義向上發展時提出的反封建口號，我們也採用這個口號，同時充實和發揚了這個口號的革命內容，不但用來反封建主義、反剝削階級『強迫信教』，徹底實現信教自由使人民由信教走向不信教。只要公民有信仰自由，就有改變信仰的自由，『有利於人民群眾脫離宗教信仰』。……我們黨的基本政策如信仰自由、民族平等是完全正確、長期不變的……『我們從來認為宗教信仰是要削弱以至完全消滅的，所以我們從沒說過宗教制度不能改革』[96]。」
「三區革命」首領之一、中國人民政治協商會議副主席包爾漢回憶說，「蘇聯方面大力援助了這個革命運動，使伊犁革命形勢不斷發展，一直擴大到塔城專區、阿山專區，成立了『東突厥斯坦共和國』，這就是所謂三區革命。它的影響還擴展到了南疆和西藏。國民革命軍與「三區」軍隊隔瑪納斯河而武裝對峙時，包爾漢稱，「……以後儘管國民黨不斷破壞和平條款，企圖派國民黨佔領三區，但是由於蘇聯的支持和各族人民的堅決鬥爭，這一企圖始終沒有得逞，直到1949年新疆和平解放，整個新疆才完全統一，三區軍隊改編成中國人民解放軍」。
中國共產黨指控東突組織同台獨、藏獨、民運有聯繫。1997年，東突組織應民進黨邀請訪台，建議台灣修憲，以使台灣、西藏、新疆等獨立。陳水扁曾同其會面。1998年2月，東突、藏獨等代表同時訪台，簽署《台、藏、內蒙、東突獨立運動共同宣言》。1999年7月，東突組織表示如中共武力犯台，他們可以動員二十萬教徒組成軍隊援助台灣。李登輝出版《台灣的主張》一書中，宣揚七塊論：台灣、西藏、新疆、內蒙古、東北、華南、華北。2000年5月，台獨、藏獨、東突、民運代表在美國召開聯席會議，提出建立自由亞洲同盟[97]
2001年，911事件發生後，東突厥斯坦武裝獨立運動被中國政府定性為恐怖主義運動。
中國政府一直指許多「疆獨」人士參與策劃與實施了多起在新疆的恐怖襲擊事件，導致境內許多中國公民（多為漢人，亦有少數民族包括蒙古人和維吾爾人等）喪生[99][100]。巴基斯坦政府曾協助中國政府逮捕或擊斃了多名曾經到阿富汗接受蓋達組織訓練的東突分子。此外在古巴關塔那摩灣的美軍基地也曾關押了5名參與塔利班政權的「疆獨」運動的人士，經美國政府同阿爾巴尼亞政府協商，這五人被遣送到阿爾巴尼亞。中國政府對此表示強烈不滿，認為這是「雙重標準」。
中國媒體與討論平台指稱：2014年，有東突武裝人員參加伊斯蘭國，進行自殺攻擊。有約100人可能進入伊拉克境內，參與暴力衝突，在敘利亞獨立作戰的東突武裝人員2013年底在組織名稱中加上了伊斯蘭國有關的後綴，作戰人員約300人，還有遠超於此的家屬。同年8月到12月，東突營人員損失超過80%[101]。2009年7月14日，蓋達組織威脅要為在烏魯木齊七·五騷亂中死去的維吾爾人對中國實施報復，其北非分支機構「伊斯蘭馬格里布基地組織」揚言將攻擊在阿爾及利亞工作的五萬名中國工人，以及在整個西北非地區的中國國民及項目[102]。
早期蘇聯在面對中華民國的質疑時一再堅稱並未介入疆獨運動。近代學者按前蘇聯內部檔案：「1944年獨立運動中，在蘇聯的指導下，成立了以內務部人民委員會特務司長伊古那洛夫將軍及其副手內務部人民委員會第一局第四處處長拉古凡古為首的特別行動組。這個行動組的司令部設在阿拉木圖和邊境小鎮霍爾果斯。另外，在烏茲別克和柯爾克孜斯坦境內也有指導新疆南部的大規模活動[18]:159。」
按照中國媒體的報道，1990年代的阿富汗內戰期間塔利班曾經庇護了維吾爾聖戰分子。美國入侵阿富汗後，逮捕東突分子，曾羈押在關塔那摩監獄，[103][104]俄羅斯進行車臣戰爭時也逮捕了東突分子後轉交給中華人民共和國。[105][106]
2002年，美國將東伊運加入恐怖組織名單。根據美13224號行政令將『東伊運』列為恐怖組織並支持將該組織列入聯合國1267委員會綜合制裁清單，13224號行政命令（Executive Order 13224），是美國總統布什在9·11恐怖主義襲擊之後，於2001年9月23日頒布的行政命令。頒布13224號行政命令是美國政府認定恐怖組織和恐怖主義個人的方式之一。另一方式是美國國務院制定的外國恐怖主義組織（Foreign Terrorist Organizations, FTO）名單。中國所稱的「東伊運」不在後者的名單上。
美國國務院的官方解釋說，美國有兩個指定恐怖主義組織和個人的權威機構。根據美國《移民與國籍法》，有關組織可以被指定「外國恐怖主義組織」。根據13224號行政命令，更廣泛的實體，包括恐怖組織、作為恐怖主義組織一部分行動的個人、以及提供資金者和掩護公司在內的其他實體，可以被指定為「特別指定全球恐怖分子」（SDGT）。東突厥斯坦伊斯蘭運動（ETIM）2002年9月被列為「特別指定全球恐怖主義實體」，並從未將其從這一名單上除名。
美國國務院發言人9月7日表示，美方目前並沒有與中國達成將東突厥斯坦伊斯蘭運動定為「外國恐怖組織」（FTO）的協議[107]。
2007年6月，參加第六次中美執法合作聯合聯絡小組會議的美國聯邦調查局副局長湯瑪斯·富恩斯特在北京回答記者提問時表示，聯邦調查局的首要任務就是調查恐怖分子的活動，聯邦調查局正與中華人民共和國公安部合作，調查「東突」勢力在國際恐怖活動中發揮的作用，以及「東突」與「基地」組織的關係。[108]
巴基斯坦當局在2002年將東伊運加入恐怖組織名單。2003年10月2日，東伊運發起人之一艾山·買合蘇木在巴基斯坦、阿富汗邊境的一次反恐怖聯合行動中被巴基斯坦軍隊擊斃。2010年3月1日，巴基斯坦情報機構和塔利班官員證實，東突組織「突厥斯坦伊斯蘭黨」頭目阿卜杜勒·哈克·阿爾-蒂爾基斯坦尼在巴基斯坦，被美軍無人機發射的飛彈擊中身亡。
英國內政部在2016年7月15日將東突厥斯坦伊斯蘭運動加入恐怖組織名單。[109]
有政府報告及媒體指出，一些疆獨組織如東突厥斯坦伊斯蘭黨與烏茲別克伊斯蘭運動、巴基斯坦塔利班運動以及基地組織有同盟關係[110][111][112]。
英國廣播公司在2002年9月27日發表評論文章，認為中國政府對新疆採取殖民主義，大量開採自然資源和輸入漢族移民，對此維吾爾民族主義者並非全然要求獨立，而是訴求憲法上的民族自治權，以及維護本土的宗教自由、反核試反污染，這類民族主義者不該被視為分離主義或恐怖主義。
《紐約時報》、《外交政策》雜誌、《基督教科學箴言報》、《經濟學人》等媒體質疑北京在新疆衝突事件中的官方說法並未提供相關證據，外國媒體在新聞採訪上遭到阻撓。在北京封鎖媒體的策略下，外國記者進入西藏、新疆等區域有很多限制，故難以取得相關訊息。另外北京當局經常對當地施行數個月的交通、通訊、網路封鎖[113]。總部設立於紐約的「保護記者委員會」（CPJ）認為，中國政府監禁記者達49名，已創下該組織自1990年以來，中國監禁最多記者的紀錄[114]。駐華外國記者協會（FCCC）則表示媒體記者在新疆採訪新聞受到中國官方的嚴格限制與暴力對待、人身監禁[115]。
專門研究新疆歷史的美國印第安納大學教授波文頓（Gardner Bovingdon）表示，早於中國漢朝（西元前206年 - 西元220年）和唐朝（618-907）時期，中國已經對新疆有不同程度上的控制，中國歷史學家反駁維吾爾民族主義者，指出在漢族於新疆定居已經2000年的歷史，又指出在新疆也有其他如蒙古人、哈薩克人、烏茲別克人、滿洲人、回族等土著民族的記載。波文頓亦指出，一些維吾爾民族主義者聲稱新疆人口在1949年只有5％是漢族，而其他的95％是維吾爾族，這種說法無視了新疆的哈薩克族、錫伯族和其他民族的存在，亦無視了在1800年漢人佔有新疆人口的三分之一這個事實[83]。
美國喬治城大學歷史系教授米華健指出，維吾爾人傳統上的「故土」（native land）在歷史上並非包括整個新疆地區，而是僅在塔里木盆地一帶，另外新疆的首府烏魯木齊原本是以漢族和回族為絕大多數的城市，維吾爾人屬於後來者。他亦指出外國人經常誤以為烏魯木齊是「被中國摧毀了維吾爾特色和文化的屬於維吾爾人的城市」[60]。
美國南方衛理公會大學博士Justin Jon Rudelson指出，準噶爾北部是中華人民共和國成立後大部分新移民（包括原居於塔里木盆地的維吾爾人和中國內地的漢人和其他民族）的移民目的地，準噶爾一帶的城市人口主要是以漢族和回族佔大多數，而喀什一帶的城市主要是以維吾爾族佔大多數。他亦指出，中國政府確保漢族新移民的移居點為無人居住的區域，從而避免干擾那些已存在的維吾爾族社區 [72]。
俄羅斯生態學者亞布洛科夫發表聯署公開信反對中國對新疆騷亂事件被捕者使用極刑，認為死刑是過時的，也不滿意中國推行的新疆民族政策、漢化政策。俄羅斯人權運動領導者波諾馬廖夫反對處決新疆騷亂事件被捕者，呼籲有關國家以行動抵制與中國進行文化交流、赴中國旅遊。美國麥迪遜大學政治學教授傅禮門表示：「如回溯到1940年代，現東突厥斯坦的維吾爾人有種失去自己的土地、文化的感覺。自1991年起，他們發現原本前蘇聯共和國的哈薩克人、吉爾吉斯人、土庫曼人、烏茲別克人都有自己的國家，所有其他突厥語的穆斯林人都有自己的國家，這讓身活在高壓統治的他們更難以忍受。中國的漢化政策也操縱了新疆當地較好的工作機會，使他們覺得受到不公平待遇」[116]。
中共中央黨校國際戰略研究所國際政治專業博士生賈春陽認為美國非政府機構是影響「疆獨」問題的重要變量，並指美國國家民主基金會從2004年到2008年對「疆獨組織」的資助每年都有增加，歐巴馬政府對「疆獨」組織活動仍然是支持的。[117]
新疆曾分別在土耳其與阿富汗雙泛主義的影響和蘇聯的支持下，於1933年11月12日與1944年4月在南疆、北疆前後建立了兩個短暫的國家，因遭到中華民國的反對與鎮壓而滅亡[2]。中華人民共和國建國後，中國捨棄了原先所支持的疆獨激進勢力，加強政令加上中蘇交惡的政治背景，衝突趨於激烈，改革開放與蘇聯解體之後政經情況改善使得訴求迅速減少，剩餘支持者開始發起和緩非暴力活動，並轉而邁向自治願景，但也有小部分繼續堅持暴力鬥爭，並為近期連連發生的恐怖襲擊負責。
中華民國官方認為蘇聯發動中東路事件（獲得中共支持）、北塔山事件、伊寧事變（三區革命）、珍寶島事件都是俄國帝國主義鯨吞土地的一貫侵華政策。並認為蘇俄經常宣傳「要打倒帝國主義」，實際上則是「取代所有帝國主義者，由蘇俄做唯一帝國主義者[118]。」中華民國對於1944年11月事件一開始稱為「伊犁匪亂」，之後史料才以「伊寧事變」稱呼，並稱東突厥斯坦共和國為「傀儡組織」，因「東突厥斯坦」本是地理上與俄屬西突厥斯坦相對稱，是分裂中亞的稱謂。「共和國」則是蘇聯扶植各傀儡政權的共和國模式[119]。
1993年，由新疆和田人買買提·托乎提和阿不都熱·合曼在中國境外發起成立東突厥斯坦伊斯蘭運動（簡稱東伊運），其宗旨是在新疆建立一個政教合一的「東突厥斯坦伊斯蘭國」。該組織於同年解散。曾在阿富汗蓋達組織受訓，多次製造恐怖爆炸事件，前蘇聯解體後，此組織擴散入前蘇聯中亞地區國家，也多次製造爆炸事件，引起這些國家警惕，上海合作組織正是為了協作打擊恐怖組織而成立的。因為東突厥斯坦伊斯蘭運動與賓拉登的蓋達組織關係密切，很多成員本身就是蓋達組織的成員[120]，所以東突厥斯坦伊斯蘭運動被中國和美國認爲是非法的恐怖組織。
2001年8月13日，中國人民解放軍在新疆喀什至阿圖什之間進行軍事實彈演習[121]。
東突厥斯坦流亡政府旗下所轄的東突厥斯坦伊斯蘭運動被中國和美國認為是非法的恐怖組織。 2005年9月29日，東突厥斯坦解放組織以錄像方式用維吾爾語向外宣佈開始動用一切手段向中國官方發動武裝報復，並以平民作為主要襲擊目標。[122] 同年10月6日位於中華人民共和國境內的東突厥斯坦解放組織天山獅子隊透過東突厥斯坦信息中心向BBC轉交了一份 聲明，正式向中國政府展開武裝活動。
2008年新疆反政府示威發生。4月11日，中國公安部發現東突厥斯坦解放組織策劃在北京奧運期間發動暴力襲擊，包括了對外國記者、遊客、運動員進行綁架。[123]
2008年8月4日，新疆西部城市喀什遭遇恐怖襲擊，喀什公安邊防部隊被兩名維吾爾族男子用爆炸物等襲擊，造成17名無辜者死亡、15人受傷。東伊運承認對是次襲擊負責。[124]
2008年8月10日凌晨，中國新疆維吾爾自治區西部城市庫車發生爆炸案，導致至少兩人死亡，另有五名犯罪嫌疑人被當場擊斃。爆炸案系不法分子乘計程車向當地公安機關和工商管理所等處投擲自製爆炸物所致。五名犯罪嫌疑人被當場擊斃，炸毀兩輛警車。其間，兩名公安民警和一名保安負傷。[125]
2013年4月23日，新疆喀什巴楚縣發生襲擊事件，造成15名警察與社工死亡，6名嫌犯喪生，8人被捕。中國政府把這起事件定性為「嚴重恐怖襲擊事件」，但世界維吾爾人大會發言人迪里夏提表示是維吾爾人窩藏違禁爆炸品並拒絕搜查，妨礙警方執法， 期間還襲擊公安。事件中一名公安人員開槍打死一名嫌犯而引發進一步的衝突，之後中國武裝人員到現場鎮壓造成人員傷亡[126]。
2014年3月1日，雲南昆明發生砍殺事件。造成至少29人死亡，143人受傷，失蹤人數不明[127]，警方執法時起事五名犯罪者中四人拒不投降並挾持人質，於是被擊斃，另外一名16歲女嫌被捕，因為懷有身孕而被特赦免於死刑。此一事件為新疆恐怖主義的襲擊。
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