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中華人民共和國國務院自1954年9月27日成立以來，經歷了多次較大的機構改革。
- 1952年8月7日中央人民政府委員會第十七次會議通過，1952年8月10日中央人民政府公布《中央人民政府委員會關於調整中央人民政府機構的決議》：
- 1952年11月15日中央人民政府委員會第十九次會議通過，1952年11月16日中央人民政府公布《中央人民政府委員會關於增設中央人民政府機構的決議》：
- 設立中央人民政府國家計劃委員會；
- 設立中央人民政府高等教育部；
- 設立中央人民政府掃除文盲工作委員會；
- 設立中央人民政府體育運動委員會。
- 1956年5月12日第一屆全國人民代表大會常務委員會第四十次會議討論了國務院總理周恩來提出的關於調整國務院所屬組織機構的議案，通過《全國人民代表大會常務委員會關於調整國務院所屬組織機構的決議》。
- 1958年2月11日第一屆全國人民代表大會第五次會議根據1958年2月6日國務院總理周恩來《關於提請調整國務院所屬組織機構的議案》，通過《第一屆全國人民代表大會第五次會議關於調整國務院所屬組織機構的決定》
- #撤銷國家建設委員會。國家建設委員會管理的工作，分別交由國家計劃委員會、國家經濟委員會和建築工程部管理。
- 1964年6月9日第二屆全國人民代表大會常務委員會第119次會議通過《全國人民代表大會常務委員會關於設立對外經濟聯絡委員會的決議》：
- 設立中華人民共和國對外經濟聯絡委員會，撤銷對外經濟聯絡總局。
- 1979年3月4日，國務院批准國家建設委員會的報告，決定將一機部所屬的設備成套總局整建制劃出，設立國務院直屬機構國家機械設備成套總局，由國家建委代管。
- 1979年10月9日，國務院批准余秋里的建議．將一機部所屬儀器儀表工業總局的建制劃出，設立國務院直屬機構國家儀器儀表工業總局，由一機部代管。
- 1982年5月4日，第五屆全國人大常委會第二十三次會議通過決議，將一機部、農機部、國家儀器儀表工業總局和國家機械設備成套總局，合併成立機械工業部。
第七屆全國人民代表大會第一次會議審議了國務院機構改革方案和國務委員宋平關於國務院機構改革方案的說明，決定原則批准國務院機構改革方案。
第八屆全國人民代表大會第一次會議審議了國務院機構改革方案和國務院秘書長羅干關於國務院機構改革方案的說明，決定原則批准國務院機構改革方案。
1998年3月10日，第九屆全國人民代表大會第一次會議聽取了國務委員兼國務院秘書長羅干關於國務院機構改革方案的說明，審議了國務院機構改革方案，決定批准國務院機構改革方案。
- 不再保留的有15個部、委
- 新組建的有4個部、委
- 更名的有3個部、委
- 中華人民共和國國家計劃委員會更名為中華人民共和國國家發展計劃委員會
- 中華人民共和國科學技術委員會更名為中華人民共和國科學技術部
- 中華人民共和國國家教育委員會更名為中華人民共和國教育部
2003年3月10日，第十屆全國人民代表大會第一次會議第三次全體會議以絕對多數通過了《第十屆全國人民代表大會關於國務院機構改革方案的決定》。方案特別提出了「決策、執行、監督」三權相協調的要求[1]。
- 深化國有資產管理體制改革，設立國務院國有資產監督管理委員會。
- 完善宏觀調控體系，將國家發展計劃委員會改組為國家發展和改革委員會。
- 健全金融監管體制，設立中國銀行業監督管理委員會。
- 繼續推進流通管理體制改革，組建商務部。
- 加強食品安全和安全生產監管體制建設，在國家藥品監督管理局基礎上組建國家食品藥品監督管理局，將國家經濟貿易委員會管理的國家安全生產監督管理局改為國務院直屬機構。
- 將國家計劃生育委員會更名為國家人口和計劃生育委員會。
- 不再保留國家經濟貿易委員會、對外貿易經濟合作部。
改革後，除國務院辦公廳外，國務院組成部門有28個。
2008年3月15日，第十一屆全國人民代表大會第一次會議第五次全體會議以贊成2744票，反對117票，棄權99票通過《第十一屆全國人民代表大會第一次會議關於國務院機構改革方案的決定》，批准《國務院機構改革方案》[2][3][4][5]。
機構改革後國務院主要組成部門變動如下[2]：
- 設立高層次議事協調機構國家能源委員會。組建國家能源局，由國家發展和改革委員會管理。
- 組建工業和信息化部。組建國家國防科技工業局，由工業和信息化部管理。國家菸草專賣局改由工業和信息化部管理。不再保留國防科學技術工業委員會、信息產業部、國務院信息化工作辦公室。
- 組建交通運輸部。組建國家民用航空局，由交通運輸部管理。國家郵政局改由交通運輸部管理。不再保留交通部、中國民用航空總局。
- 組建人力資源和社會保障部。組建國家公務員局，由人力資源和社會保障部管理。不再保留人事部、勞動和社會保障部。
- 組建環境保護部。不再保留國家環境保護總局。
- 組建住房和城鄉建設部。不再保留建設部。
- 國家食品藥品監督管理局改由衛生部管理。明確衛生部承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任。
2013年3月15日，第十二屆全國人民代表大會第一次會議第二次全體會議以絕對多數通過《第十二屆全國人民代表大會第一次會議關於國務院機構改革和職能轉變方案的決定》[6]。這次改革，國務院正部級機構減少4個，其中組成部門減少2個，副部級機構增減相抵數量不變。改革後，除國務院辦公廳外，國務院設置組成部門25個：
機構改革後國務院主要組成部門變動如下[7]：
- 實行鐵路政企分開。組建國家鐵路局，由交通運輸部管理，承擔鐵道部的其他行政職責。組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責。不再保留鐵道部。
- 組建國家衛生和計劃生育委員會。將衛生部的職責、國家人口和計劃生育委員會的計劃生育管理和服務職責整合，組建國家衛生和計劃生育委員會。將國家人口和計劃生育委員會的研究擬訂人口發展戰略、規劃及人口政策職責劃入國家發展和改革委員會。國家中醫藥管理局由國家衛生和計劃生育委員會管理。不再保留衛生部、國家人口和計劃生育委員會。
- 組建國家食品藥品監督管理總局。將國務院食品安全委員會辦公室的職責、國家食品藥品監督管理局的職責、國家質量監督檢驗檢疫總局的生產環節食品安全監督管理職責、國家工商行政管理總局的流通環節食品安全監督管理職責整合，組建國家食品藥品監督管理總局。將工商行政管理、質量技術監督部門相應的食品安全監督管理隊伍和檢驗檢測機構劃轉食品藥品監督管理部門。保留國務院食品安全委員會。國家食品藥品監督管理總局加掛國務院食品安全委員會辦公室牌子。不再保留國家食品藥品監督管理局和單設的國務院食品安全委員會辦公室。
- 組建國家新聞出版廣電總局。將國家新聞出版總署、國家廣播電影電視總局的職責整合，組建國家新聞出版廣電總局。不再保留國家廣播電影電視總局、國家新聞出版總署。
- 重新組建國家海洋局。將現國家海洋局及其中國海監、公安部邊防海警、農業部中國漁政、海關總署海上緝私警察的隊伍和職責整合，重新組建國家海洋局，由國土資源部管理。
- 重新組建國家能源局。將現國家能源局、國家電力監管委員會的職責整合，重新組建國家能源局，由國家發展和改革委員會管理。不再保留國家電力監管委員會。
2018年3月17日第十三屆全國人民代表大會第一次會議通過《第十三屆全國人民代表大會第一次會議關於國務院機構改革方案的決定》，批准《國務院機構改革方案》[8][9][10]。根據此次改革方案，國務院正部級機構減少8個，副部級機構減少7個，除國務院辦公廳外，國務院設置組成部門26個[11]。此次機構改革屬於深化黨和國家機構改革的一部分。
機構改革後國務院主要組成部門變動如下：
- 組建自然資源部。將國土資源部的職責、國家發展和改革委員會的組織編制主體功能區規劃職責、住房和城鄉建設部的城鄉規劃管理職責、水利部的水資源調查和確權登記管理職責、農業部的草原資源調查和確權登記管理職責、國家林業局的森林、濕地等資源調查和確權登記管理職責、國家海洋局的職責、國家測繪地理信息局的職責整合，組建自然資源部，作為國務院組成部門，對外保留國家海洋局牌子。不再保留國土資源部、國家海洋局、國家測繪地理信息局。
- 組建生態環境部。將環境保護部的職責、國家發展和改革委員會的應對氣候變化和減排職責、國土資源部的監督防止地下水污染職責、水利部的編制水功能區劃、排污口設置管理、流域水環境保護職責、農業部的監督指導農業面源污染治理職責、國家海洋局的海洋環境保護職責、國務院南水北調工程建設委員會辦公室的南水北調工程項目區環境保護職責整合，組建生態環境部，作為國務院組成部門，對外保留國家核安全局牌子。不再保留環境保護部。
- 組建農業農村部。將農業部的職責、以及國家發展和改革委員會、財政部、國土資源部、水利部的有關農業投資專案管理職責整合，組建農業農村部，作為國務院組成部門。將農業部的漁船檢驗和監督管理職責劃入交通運輸部。不再保留農業部。
- 組建文化和旅遊部。將文化部、國家旅遊局的職責整合，組建文化和旅遊部，作為國務院組成部門。不再保留文化部、國家旅遊局。
- 組建國家衛生健康委員會。將國家衛生和計劃生育委員會、國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室、全國老齡工作委員會辦公室的職責、工業和信息化部的牽頭《菸草控制框架公約》履約工作職責、國家安全生產監督管理總局的職業安全健康監督管理職責整合，組建國家衛生健康委員會，作為國務院組成部門。保留全國老齡工作委員會，日常工作由國家衛生健康委員會承擔。民政部代管的中國老齡協會改由國家衛生健康委員會代管。國家中醫藥管理局由國家衛生健康委員會管理。不再保留國家衛生和計劃生育委員會，不再設立國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室。
- 組建退役軍人事務部。將民政部的退役軍人優撫安置職責、人力資源和社會保障部的軍官轉業安置職責、以及中央軍委政治工作部、中央軍委後勤保障部有關職責整合，組建退役軍人事務部，作為國務院組成部門。
- 組建應急管理部。將國家安全生產監督管理總局的職責、國務院辦公廳的應急管理職責、公安部的消防管理職責、民政部的救災職責、國土資源部的地質災害防治、水利部的水旱災害防治、農業部的草原防火、國家林業局的森林防火相關職責、中國地震局的震災應急救援職責以及國家防汛抗旱總指揮部、國家減災委員會、國務院抗震救災指揮部、國家森林防火指揮部的職責整合，組建應急管理部，作為國務院組成部門。中國地震局、國家煤礦安全監察局劃由應急管理部管理。不再保留國家安全生產監督管理總局。
- 重新組建科學技術部。將科學技術部、國家外國專家局的職責整合，重新組建科學技術部，作為國務院組成部門。
- 重新組建司法部。將司法部和國務院法制辦公室的職責整合，重新組建司法部，作為國務院組成部門。不再保留國務院法制辦公室。
- 優化水利部職責。將國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室併入水利部。不再保留國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室。
- 優化審計署職責。將國家發展和改革委員會的重大項目稽察、財政部的中央預算執行情況和其他財政收支情況的監督檢查、國務院國有資產監督管理委員會的國有企業領導幹部經濟責任審計和國有重點大型企業監事會的職責劃入審計署。不再設立國有重點大型企業監事會。
- 不再保留監察部、國家預防腐敗局，監察部、國家預防腐敗局併入國家監察委員會。
- 組建國家市場監督管理總局。將國家工商行政管理總局的職責、國家質量監督檢驗檢疫總局的職責、國家食品藥品監督管理總局的職責、國家發展和改革委員會的價格監督檢查與反壟斷執法職責、商務部的經營者集中反壟斷執法以及國務院反壟斷委員會辦公室等職責整合，組建國家市場監督管理總局，作為國務院直屬機構。組建國家藥品監督管理局，由國家市場監督管理總局管理。將國家質量監督檢驗檢疫總局的出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關總署。保留國務院食品安全委員會、國務院反壟斷委員會。國家認證認可監督管理委員會、國家標準化管理委員會職責劃入國家市場監督管理總局，對外保留牌子。不再保留國家工商行政管理總局、國家質量監督檢驗檢疫總局、國家食品藥品監督管理總局。
- 組建國家廣播電視總局。在國家新聞出版廣電總局廣播電視管理職責的基礎上組建國家廣播電視總局，作為國務院直屬機構。不再保留國家新聞出版廣電總局。
- 組建中國銀行保險監督管理委員會。將中國銀行業監督管理委員會和中國保險監督管理委員會的職責整合，組建中國銀行保險監督管理委員會，作為國務院直屬事業單位。將中國銀行業監督管理委員會和中國保險監督管理委員會擬訂銀行業、保險業重要法律法規草案和審慎監管基本制度的職責劃入中國人民銀行。不再保留中國銀行業監督管理委員會、中國保險監督管理委員會。
- 組建國家國際發展合作署。將商務部對外援助工作有關職責、外交部對外援助協調等職責整合，組建國家國際發展合作署，作為國務院直屬機構。
- 組建國家醫療保障局。將人力資源和社會保障部的城鎮職工和城鎮居民基本醫療保險、生育保險職責、國家衛生和計劃生育委員會的新型農村合作醫療職責、國家發展和改革委員會的藥品和醫療服務價格管理職責、民政部的醫療救助職責整合，組建國家醫療保障局，作為國務院直屬機構。
- 組建國家糧食和物資儲備局。將國家糧食局的職責，國家發展和改革委員會的組織實施國家戰略物資收儲、輪換和管理，管理國家糧食、棉花和食糖儲備等職責，以及民政部、商務部、國家能源局等部門的組織實施戰略和應急儲備物資收儲、輪換和日常管理職責整合，組建國家糧食和物資儲備局，由國家發展和改革委員會管理。不再保留國家糧食局。
- 組建國家移民管理局。將公安部的出入境管理、邊防檢查職責整合，建立健全簽證管理協調機制，組建國家移民管理局，由公安部管理。
- 組建國家林業和草原局。將國家林業局的職責、農業部的草原監督管理職責、以及國土資源部、住房和城鄉建設部、水利部、農業部、國家海洋局等部門的自然保護區、風景名勝區、自然遺產、地質公園等管理職責整合，組建國家林業和草原局，由自然資源部管理。不再保留國家林業局。
- 重新組建國家知識產權局。將國家知識產權局的職責、國家工商行政管理總局的商標管理職責、國家質量監督檢驗檢疫總局的原產地地理標誌管理職責整合，重新組建國家知識產權局，由國家市場監督管理總局管理。
- 調整全國社會保障基金理事會隸屬關係。將全國社會保障基金理事會由國務院管理調整為由財政部管理，承擔基金安全和保值增值的主體責任，作為基金投資運營機構，不再明確行政級別。
- 改革國稅地稅征管體制。將省級和省級以下國稅地稅機構合併。國稅地稅機構合併後，實行以國家稅務總局為主與省（區、市）人民政府雙重領導管理體制。
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這時期的改革具有強調軍工、強調技術研發的特徵，而經濟上的監管更為集中，不過管制程度是根據中央對於情勢的研判來決定，有時候也會簡政放權，鼓勵第一線的自己處理解決辦法[12][13][14]。
- 重新組建科學技術部，將科學技術部的組織擬訂科技促進農業農村發展規劃和政策、指導農村科技進步職責劃入農業農村部。將科學技術部的組織擬訂科技促進社會發展規劃和政策職責分別劃入國家發展和改革委員會、生態環境部、國家衛生健康委員會等部門。將科學技術部的組織擬訂高新技術發展及產業化規劃和政策，指導國家自主創新示範區、國家高新技術產業開發區等科技園區建設，指導科技服務業、技術市場、科技仲介組織發展等職責劃入工業和資訊化部。將科學技術部的負責引進國外智力工作職責劃入人力資源和社會保障部，在人力資源和社會保障部加掛國家外國專家局牌子。深化財政科技經費分配使用機制改革，完善中央財政科技計劃執行和專業機構管理體制，調整科學技術部的中央財政科技計劃（專項、基金等）協調管理、科研專案資金協調評估等職責，將科學技術部所屬中國農村技術開發中心劃入農業農村部，中國生物技術發展中心劃入國家衛生健康委員會，中國21世紀議程管理中心、科學技術部高技術研究發展中心劃入國家自然科學基金委員會。
- 組建國家金融監督管理總局，統一負責除證券業之外的金融業監管，強化機構監管、行為監管、功能監管、穿透式監管、持續監管，統籌負責金融消費者權益保護，加強風險管理和防範處置，依法查處違法違規行為，作為國務院直屬機構。不再保留中國銀行保險監督管理委員會。
- 深化地方金融監管體制改革。建立以中央金融管理部門地方派出機構為主的地方金融監管體制，統籌優化中央金融管理部門地方派出機構設置和力量配備。地方政府設立的金融監管機構專司監管職責，不再加掛金融工作局、金融辦公室等牌子。
- 中國證券監督管理委員會調整為國務院直屬機構。強化資本市場監管職責，劃入國家發展和改革委員會的企業債券發行審核職責，由中國證券監督管理委員會統一負責公司（企業）債券發行審核工作。
- 撤銷中國人民銀行大區分行及分行營業管理部、總行直屬營業管理部和省會城市中心支行，在31個省（自治區、直轄市）設立省級分行，在深圳、大連、寧波、青島、廈門設立計劃單列市分行。中國人民銀行北京分行保留中國人民銀行營業管理部牌子，中國人民銀行上海分行與中國人民銀行上海總部合署辦公。不再保留中國人民銀行縣（市）支行。
- 完善國有金融資本管理體制。按照國有金融資本出資人相關管理規定，將中央金融管理部門管理的市場經營類機構剝離，相關國有金融資產劃入國有金融資本受託管理機構，由其根據國務院授權統一履行出資人職責。
- 加強金融管理部門工作人員統一規範管理。中國人民銀行、國家金融監督管理總局、中國證券監督管理委員會、國家外匯管理局及其分支機構、派出機構均使用行政編制，工作人員納入國家公務員統一規範管理，執行國家公務員工資待遇標準。
- 組建國家數據局，負責協調推進數據基礎制度建設，統籌數據資源整合共享和開發利用，統籌推進數字中國、數字經濟、數字社會規劃和建設等，由國家發展和改革委員會管理；將中央網絡安全和信息化委員會辦公室承擔的研究擬訂數字中國建設方案、協調推動公共服務和社會治理信息化、協調促進智慧城市建設、協調國家重要信息資源開發利用與共享、推動信息資源跨行業跨部門互聯互通等職責，國家發展和改革委員會承擔的統籌推進數字經濟發展、組織實施國家大數據戰略、推進數據要素基礎制度建設、推進數字基礎設施佈局建設等職責劃入國家數據局
- 優化農業農村部職責。國家鄉村振興局的牽頭開展防止返貧監測和幫扶，組織擬訂鄉村振興重點幫扶縣和重點地區幫扶政策，組織開展東西部協作、對口支援、社會幫扶，研究提出中央財政銜接推進鄉村振興相關資金分配建議方案並指導、監督資金使用，推動鄉村幫扶產業發展，推動農村社會事業和公共服務發展等職責劃入農業農村部，在農業農村部加掛國家鄉村振興局牌子。全國脫貧攻堅目標任務完成後的過渡期內，有關幫扶政策、財政支持、項目安排保持總體穩定，資金項目相對獨立運行管理。不再保留單設的國家鄉村振興局。
- 完善老齡工作體制。國家衛生健康委員會的組織擬訂並協調落實應對人口老齡化政策措施、承擔全國老齡工作委員會的具體工作等職責劃入民政部。全國老齡工作委員會辦公室改設在民政部。中國老齡協會改由民政部代管。
- 完善智慧財產權管理體制
- 國家信訪局調整為國務院直屬機構
- 精減中央國家機關人員編制，中央國家機關各部門人員編制統一按照5%的比例進行精減，收回的編制主要用於加強重點領域和重要工作。
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