2006年中华民国直辖市市长暨市议员选举是中华民国的直辖市（台北市及高雄市）之市长及市议员进行全面改选的选举。该次选举订于12月9日投票。在此之前，候选人使出浑身解数，希望集中选票，谋求胜选。本次是继2005年县市长选举后的第二次全国性选举，被视为陈水扁第二任期的第二轮信任投票以及2008年总统大选前哨战。最后中国国民党及民主进步党分别保住各自执政的北高两市。
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概论
各直辖市之市长选举当选者及次高票者之名单：
各直辖市之市议员选举席次：
台北市
在最初有意参选市长的即有立委李庆安（3月21日弃选并支持叶金川）、立委蒋孝严、立委丁守中、立委蔡正元、叶金川等人。最后只余下叶金川、郝龙斌以及丁守中三人角逐，而郝龙斌则在民调之中呼声最高，叶金川次之，丁守中最低。
叶金川为当时台北市副市长，被外界视为马团队人士之一。而郝龙斌则曾为新党立委、新党主席，在2001年曾入阁成为环保署长，在2003年底因行政院院会中，坚持“民意不能凌驾专业”为由辞职，后任红十字会秘书长，在新党的支持下回到国民党参与争取台北市长提名。
叶金川在5月7日，向马英九募得8,888元捐款，并作大张旗鼓宣传。同时刊出了一幅质疑郝龙斌的文宣。以“与其等民进党来攻击，不如现在先检验自己”为题，暗讽对手郝龙斌。
叶金川的平面广告中，以“想一想，哪个比较ㄏㄠˇ打”为主题，采自电玩《快打旋风》的集气绝招画面，上方为卡通版叶金川，以“市政专业”、“清廉奉献”及“始终如一”一击打败民进党参选人。下方则为民进党参选人以“丁守中暗讽超级政治明星爸爸”、“民进党指称拉法叶弊案”及“李敖批评政治变色龙”等连环攻击，发向面露惊讶表情的郝龙斌，承接辩论会上对郝龙斌政治忠诚度的质疑，不言而喻。叶幕僚李哲华表示，这篇由后援会设计的文宣，是为了反映基层对其他参选人的普遍疑虑；初选是民主机制，一切都可摊在阳光下供公众检验，且以幽默漫画方式呈现给市民参考，并不是负面文宣，因此坚持不攻击的叶金川也愿意接纳。
马英九对台北市泛蓝选民的影响力极大，而马深知自己的影响力，因此他会一再言明力守中立，不但是因为党主席的敏感身份，也在于担心会影响到选举的公平性。他一再指示，党中央应保持中立。尽管马英九的胞姊马以南力挺叶金川，但马英九强调是家人支持，对于外界一再传言马英九支持叶金川一事，马也一概否认并强调自己是维持中立。但8,888元的募款及叶金川的广告使马英九不得不作出处理，他不希望8,888元成为助选的工具，但叶阵营大张旗鼓地宣传，再次宣传了“叶金川是马英九授意的接班人”之形象。
结果马英九亦各捐8,888元给其他候选人，在舆论强大压力下，马英九从国外打电话给国民党秘书长詹春柏，要求从严处理负面文宣。党务系统亦于翌天立即对叶金川这一只负面文宣发出书面告诫。在受了这一次事件的影响后不久，叶金川宣布退选。
因此国民党真正的参与初选到底的人只有郝龙斌和丁守中两人，丁守中曾任多届立法委员，岳父是前联勤总司令温哈熊，而郝龙斌父亲为前参谋总长郝柏村。郝丁二人在各方面条件与形象都接近，唯一不同的是丁守中一直都是国民党党员，丁守中也以此最为主打，得到许多国民党基层支持。初选结果在党员票部分，丁守中（10,731票）大胜郝龙斌（6,411票），台北市12区除中正区外全部领先，不过民调部分丁则输郝龙斌不少，最后加权计算后，郝龙斌胜出获得国民党的提名参选。
由于在去年的县市长选举大败，而台北市传统上又是泛蓝占优势（民进党在台北市的选举从未获得过半选票，1994年陈水扁当选是由于蓝军的赵少康分裂造成），所以民进党内乏人问津。只有前立委沈富雄表态有意参选。反之，高层的布局则希望由前行政院长、前高雄市长、出身台北市大同区大稻埕的谢长廷能够披挂上阵，但谢长廷则无意参与初选，只愿被党中央征召。
沈富雄有意参选台北市长是公开的秘密，不过沈素来在民进党内人缘不佳，常被形容为“孤鸟”，形象与发言也一直不受泛绿死忠选民的认同。民进党不少基层也表示不愿意为沈辅选，也认为沉没有办法拉抬民进党市议员的选情。因此民进党对沈冷嘲热讽，党中央没有像上届支持李应元参选的声势；台北市党部主委黄庆林甚至违反党务中立，多次在媒体放话反对沈参选。在民进党党内初选提名的最后一天，沈富雄在高层压力下宣布退选。
但在提名的最后期限前，民进党台北县立委、前台北县长尤清突然宣选参与初选，但台北市党部以证件不符规定退件，使尤清未能参与初选。虽初有杂音，但在高层劝阻之下，尤清也宣布退出选举。
在这次的台北市长选举中，台湾团结联盟周玉蔻、亲民党主席宋楚瑜、名作家李敖也于2006年10月宣布参选，以及之后带着3000多公斤硬币、相当于200万元当保证金的柯赐海，台北市长形成六人参选的场面。
台湾团结联盟有鉴于日本小泉纯一郎在国会改选中采用“刺客兵团”的方式取得不错成绩，而提名具高知名度的媒体人周玉蔻参选，由于台联是小党，取得台北市长的机会不大，提名市长候选人主要是考量有助市议员的选情。
亲民党主席宋楚瑜，自2005年县市长选举，亲民党在基隆、台中市失败后，想借着民进党声望日渐下降的情况下，参选台北市长，一来可以维持日渐减少的政治舞台，二来可以找到一个进退得当的据点。甚至传向国民党喊话，如礼让亲民党，则亲民党于2008年支持马英九选总统。宋楚瑜勤跑台北市拜访基层，参选意愿明确。10月，宋楚瑜正式宣布参选北市长，并宣称自己将“超然于党派”，不代表亲民党参选，且宣布主席一职请假，亲民党主席之职由副主席张昭雄暂代。宋还说道，此次“是他政治生命的最后一战”、“封刀之作”、“只做一任”等。
至于李敖也于10月宣布参选，他说道，他不是在分裂泛蓝，他是在打绿的行政院长与绿的环保署长。这两人的参选，为泛蓝的选情，增添了不少变数。
柯赐海素有“抗议天王”之称，曾多次参与选举，在2005年参选花莲县长时，更拿下超过两万张选票，出乎所有人的意料。
中国国民党提名的郝龙斌，以“城市竞争，台北看郝”为选战主轴，并且希望泛蓝选民将选票集中，实行弃保。而现任亲民党主席，却以无党籍身份参选的宋楚瑜，自认是“生命中的最后一役”，以“行动市长”为选战主轴，并积极攻打郝龙斌，提出“宋进北市府，马进总统府”的说法，但却不讨喜。
民主进步党提名的谢长廷，以“2020奥运在台北”为选战主轴，并于11月提出“若输宋楚瑜一票，则退党倒扁”的宣传。至于台湾团结联盟提名的周玉蔻，在11月因为其倒扁立场（支持第三次总统罢免案）以及指控谢长廷“搓圆仔汤”（以“三条件”交换周玉蔻退选）等行为而被台联开除党籍；获知消息的第一时间，周玉蔻宣布“参选到底”。
民调则普遍看好郝龙斌，而谢长廷及宋楚瑜民调相对较低，其他参选人的支持度则不明显。12月选前一周，谢长廷爆料“马宋密会”，事后马英九承认有这回事，但只谈及选后国亲如何合作而已，并没有触及是次选举的事务，但宋楚瑜亦已提出告诉。而谢长廷及宋楚瑜两阵营则不断释出国民党弃郝保宋的讯息，但马英九则以行动来表现力挺郝龙斌到底的决心。
虽然选前一周，马英九密访宋楚瑜，即马宋会，使宋阵营及谢阵营营造“弃郝保宋”的气氛，但经过马英九严词否认以后，郝龙斌的选情相对稳定，最后在台北市民“弃宋保郝”下，以六十九万票胜出。而谢长廷则以老将身份出战，加上与扁切割成功使浅绿选票回流，使他的得票及得票率比李应元在2002年的数字高得多。宋楚瑜在2000年总统大选中，台北市得票第一，此次选举却仅排名第三，共得五万多票，得票率4.14%。
高雄市
本来高雄是绿营票仓，泛蓝阵营参选的胜算不大，但自从高雄捷运外劳弊案爆发之后，民进党支持度及声望均受到打击，中国国民党表态有意参选市长的人愈来愈多，包括前立委陈学圣、立委邱毅、李全教、黄昭顺、李复兴及之前与谢长廷竞选市长落败的黄俊英等人。而邱毅则因为要揭爆台开弊案，退出高雄市长初选。
国民党在第一次党内初选中推出了票数较高的黄俊英、黄昭顺进行第二次党内初选，结果由黄俊英取得领先，获得中国国民党提名为高雄市长参选人。
而民主进步党方面，原本高层属意前代市长陈其迈出战，但因高捷弊案爆发，陈其迈之父亲陈哲男涉及在内，陈其迈辞去代市长一职，由叶菊兰继任。谢长廷则属意叶菊兰出选，不希望高雄市落在新潮流系的手中，但叶菊兰不愿出选，只倾向接受征召。
另一可能人选前劳委会主委陈菊，任内经常走访高雄市，并说高雄市是她的第二故乡，属新潮流系的她参与初选承受巨大压力，因为高捷案涉及泰劳待遇被企业剥削，而劳委会其中职责是保障外劳权利，所以高捷案的爆发，陈菊可能要负上一定负任。但民调显示是陈菊领先许多，谢系管碧玲放话原意重登记给叶菊兰可以参选，但意见整合不成破局，结果管碧玲退选，陈菊得到民进党的提名。
由于陈水扁总统的假发票核销案，导致泛绿选情受到冲击，黄俊英便以“实在清廉好市长”为选战主轴与贪腐相对映。民进党提名的陈菊则是发表文宣，宣称“高雄好棒，陈菊接棒”，而台联党的罗志明以“公职起用35岁以下年轻人”为主要策略。
由于此时民进党受到陈水扁家族陷入贪腐案而受到冲击，使黄俊英选情在初期一度看好。然而在10月29日黄俊英竞选总部成立大会上，出现主持人谢龙介口出“这个‘冬瓜菊’出卖她的灵魂，出卖她的良心，出卖咱高雄市的劳工。”批评民进党候选人陈菊的事件，给了民进党反击黄俊英阵营以歧视性的字眼取绰号、物化女性外表的机会。最后黄俊英本人于10月30日亲赴陈菊总部送花“致意”，[3]但已对黄俊英选情造成杀伤，使选战出现攻防易位。[4]
在12月3日选战的“超级星期天”中，国民两党各自举办了“拼经济大游行”以及“爱在高雄、守护台湾”等活动冲选票。“拼经济大游行”兵分五路，并特别选在有特殊意义的下午3点19分出发，马英九、连战、王金平一起在台上为该党候选人黄俊英加油；而“爱在高雄，手护台湾”则在爱河，下午5时20分开始牵手活动，陈水扁、吕秀莲、游锡堃、苏贞昌以及陈致中等人同台为陈菊加油。此时，高雄市选情呈现陈黄两人机会均等的状态，国民党主席马英九宣称“三天将住在高雄市”，可见高雄选情紧绷的状态。
12月8日晚间，陈菊阵营公布侧录影像，指控黄俊英发放走路工薪资，且已提出告诉；黄俊英则反控诬告，有诽谤之虞，这个动作引起争议，导致黄俊英对于最终的开票结果表示不服。然而事后“走路工”古锌酩坦承自掏腰包给每人500元“当零用钱、喝凉水”，2009年8月由最高法院依违反选罢法判处三年六个月之有期徒刑。
本次选举在双方实力在伯仲之间，选情格外紧绷。而陈菊最终以1,114票（不足0.2%）险胜。
陈菊竞选总部在12月8日晚间举发，黄俊英阵营有人发放“走路工”，涉嫌贿选，并公布侧录影像，此震撼弹冲击了黄俊英的选情。
“走路工事件”最后法院判决此贿选案，被告绰号“古意”古锌酩帮忙动员，与绰号“黑松”蔡能祥一同发放贿款，分别判处有期徒刑3年6个月、有期徒刑9个月定谳[5]。在经历两次高雄市市长败选之后，黄俊英表示尊重司法判决，将担任政治志工，全力辅选党内立委及总统候选人赢得胜选[6][7]。
检方也有查出幕后指使者为“黄俊英竞选总部云林县后援会”执行长苏万基、“资源回收商”总经理杨庆德，随即对两人开出拘票，杨庆德得知事情曝光搭机逃往香港，苏万基则是在律师陪同投案讯后饬回，但限制其住居[8][9][10][11]。后来经检警透过家属联系，杨庆德入境高雄时遭逮捕移送，并坦承两度出资找“古意”动员，只是不察“菊营青年军”发给千元，通联纪录也未查出与菊营有关，破除了蓝营“阴谋论”的说法[12][13]。
2006年12月25日，具国民党党籍之黄绍庭就职第七届高雄市议员。2008年6月13日，黄绍庭在美国在台协会台北办事处办理放弃美国国籍，以丧失之当日生效[14]。
2009年4月1日，媒体报导黄绍庭仍具有美国国籍[15]。9月25日，中选会撤销黄绍庭第七届高雄市议员当选人名单之公告，并注销其当选证书。理由是黄绍庭违反修正前公职人员选举罢免法第67条之一，当选人兼具外国国籍者，应于当选后就职前放弃外国国籍之规定[16][17]。但是中选会并未依法同时公告由落选之第二高票者递补其遗缺，遭致舆论批评[18][19]。10月2日，中选会讨论通过由赵天麟递补高雄市议员遗缺[20][21]。2010年1月13日，行政院撤销中选会撤销黄绍庭市议员资格之处分，理由是“原处分机关宜善尽调查义务”[22][23]。6月11日，黄绍庭被高雄地检署依诈欺罪嫌起诉[24]。8月17日，中选会再度撤销黄绍庭市议员当选人名单之公告，并注销其当选证书[14][25]。
无党籍之朱挺玗因涉嫌在选举期间现金贿选，被市议员落选者蔡武宏提起当选无效之诉。2007年8月21日，一审宣判朱挺玗当选有效。2008年4月15日，二审改判当选无效定谳[26]。4月29日，蔡武宏递补第五选区议员[27]。
后续效应
2006年12月9日晚上，民视被眼尖的观众投诉，宋楚瑜的得票数一度被“冲”到五万四千票，比宋的实际得票多了一千多张，显然灌票过了头。观众投诉指出，开票当天约17时40分，各新闻台开出宋楚瑜得票数两万多张时，民视却已冲到五万四千余票；一小时后，各台开出四万九千张票，民视还是五万四千余票；19时50分，接近选举结果公布，民视的宋楚瑜得票竟然回头少了一千多张，只剩五万三千余票。对此，民视否认并指出：“是两套开票系统（民视开票和中选会开票）的切换误差所致。”
另外也有观众质疑：2006年12月9日18时许的高雄市长各候选人得票数，各台开出陈菊票数领先，中天却“独家”报导黄俊英领先陈菊；在约16时30分开票不久，各台报导陈菊和黄俊英仅开出约一万多票，三立却暴冲到四万多票，不过最后的结果并没有发生错误。公广集团的开票作业则显得保守：华视完全依照中选会公告计票，在开票作业开始后的前半小时数字毫无动静、一直保持零，直到后来才慢慢跳升[29]。
国外媒体看法
- 美国《华盛顿邮报》引用美联社报导指称：陈菊险胜，应有助于因贪渎案饱受批评的陈水扁拉抬地位；谢长廷虽败选，但41%得票率远高出预期，有利他在党内争取2008年总统大选提名；对马英九而言，此次结果意味着他在2008年总统大选时，可能有场硬仗要打。
- 美国《纽约时报》特派记者指称：陈菊此次在高雄险胜，但反对党正在寻求重新验票；相差甚小的得票率，加上因验票产生的纷争，会让台湾政治分歧情形在未来几周更加严重。
- 英国广播公司认为：选举结果显示，陈水扁政府并未如许多人预期“会因贪渎丑闻大受打击”。
- 日本放送协会分析：民进党在深绿的高雄险胜，陈水扁总统获得选民的“不信任票”，陈水扁总统虽暂时摆脱危机，但对其贪渎的严厉批评将继续。
- 日本《读卖新闻》认为：民进党因第一夫人吴淑珍不当使用国务机要费，而陷入苦战；高雄险胜，抑制了民进党气势消退之势。
- 日本《每日新闻》认为：民进党守住高雄，可避免选举结果对陈水扁政府的直接伤害。
- 日本时事通信社认为：执政党、在野党一胜一负，陈水扁总统暂时度过被要求下台的危机。
- 中华人民共和国国营媒体新华社及《人民日报》，仍维持一贯的低调，不作任何评论，都引述台湾媒体的报导；除较侧重国民党在台北市“大赢”之外，仅加强报导黄俊英不承认败选。
- 香港《文汇报》认为：国民党在高雄败选，马英九2008年大选之路将陷苦战。
影响
- 国民党保住台北市，使马英九保持着参选2008年总统选举的可能性。但未能攻破高雄市，使之面对党内本土势力的挑战。以王金平为首的本土势力，亦伺机而动。当选机会大增的高雄市却以一千一百多票之差落败，可见国民党的高层及辅选干部的辅选工作出现严重问题。
- 民进党保住高雄市，使陈水扁在民进党内的价值或影响力，可再延长一段时间至总统初选。谢长廷得到四成出乎意料的选票，虽败犹荣。在2008年民进党总统提名初选的力量大增，也打破泛绿“四大天王”苏贞昌一人独大的局面。
- 亲民党在今次选举中，市议员的议席数目大跌，而党主席宋楚瑜由在2000年总统大选的得票第一变成现在的得票第三。显示泛蓝有不少支持者不希望民进党渔翁得利，还对近两年宋楚瑜的行为厌恶。在宋楚瑜宣布退出政坛后，亲民党逐步走向泡沫化。
- 台湾团结联盟亦未能做成重大影响力，虽然在台北市市议员首次得到议席，但在高雄市市议员议席大跌而惨败，使党主席苏进强下台。
- 新党在台北市提名四席市议员全上，是新党继上届立委选举后的一次胜利。
结果
高雄地方法院于2007年6月16日下午宣判：陈菊当选无效，惟本件的受命法官就此判决亦撰写不同意见书。就此，黄俊英表示是台湾民主的胜利一日，而陈菊在晚上的记者招待会指出是为台湾最黑暗的一日。陈菊之后提出上诉。
台湾高等法院高雄分院于2007年11月16日下午四点做出二审定谳的宣判，就选举无效之诉部分，维持一审判决（选举被判决有效）；至于当选无效之诉部分，法官强调因从严认定选票重验之结果，因此废弃一审判决，驳回黄俊英所提出的当选无效之诉，陈菊当选有效。
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注释
外部链接
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