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马来西亚是一个拥有狭长海岸线（如马六甲海峡），并且接受全球贸易与外来文化影响的东南亚国家。过去，传自印度的兴都教与佛教文化一直主导该国的早期区域史，其影响力于公元7世纪到14世纪之间扩大至苏门答腊、爪哇、马来半岛以及婆罗洲诸多地方，并在室利佛逝文明于苏门答腊岛的统治时期达到顶峰。
在前3—1世纪，即已出现古吉打王国（羯荼）[1]；布央谷文明则在3世纪出现。[2]10世纪起来自中东的穆斯林就曾多次坐骆驼，途径马来半岛。1136年第9任吉打统治者玛哈拉惹得哇拉惹二世自兴都教皈依伊斯兰教，改称苏丹慕查法沙，建立吉打苏丹王朝，兴都王朝也就此走入历史。[3]
15世纪伊始，岛上以马六甲为首的一些新兴苏丹国开始采用伊斯兰教，使得伊斯兰教对马来人产生深远影响，同时反之亦然。
1511年，葡萄牙人占据马六甲，成为在马来半岛和东南亚地区建立定居点的第一个欧洲殖民列强，而荷兰人也在1641年紧随其后。然而，当英国人在亚庇、古晋、槟城和新加坡初步建立军事基地之后，他们却成为最终能够确保其霸权横穿各个领地（包括当今大马）的外来殖民统治势力中的佼佼者。与此同时，在欧洲传教士的协助下，天主教和基督教得以向东南亚甚至东亚腹地（如澳门、香港、台湾）广为传播。
出于外部因素影响，现在的马来群岛地区被划分成六个主权国家（即马来西亚、新加坡、印度尼西亚、汶莱、东帝汶和菲律宾）。尽管如此，基于地理和历史连接，今天的马来西亚在文化和语言上，与马来群岛国家之间的差别较少。
马来西亚成立前的历史，可按照外界影响的主要因素分为四个阶段：
1942年至1945年日本占领这个地区，给英国在东亚的势力与以致命打击。虽然日本占领的时期相当短，但是它激起英属马来亚和其它地区的反殖民民族主义。马来人民族主义又激起华人的反对。华人惧怕马来人和伊斯兰教的支配地位，许多华人因此参加马来亚共产党。在英国军方的强烈镇压，以及马来人和华人政治领袖的协商退让下，共产党暴动被扑灭，1957年马来亚联合邦宣告独立。
1950年代至1960年代，英国在东南亚的四个殖民地先后取得独立或被授予自治地位，当中包括英属马来亚（1957年8月31日起独立并改称“马来亚联合邦”）、新加坡（1959年6月3日起自治建邦）、英属砂拉越（1963年7月22日起自治）与英属北婆罗洲（1963年8月31日起自治并改称“沙巴”）[5]。1963年9月16日，这四个国家和地区参组马来西亚，成为新的联邦制国家。
1963年至1966年，马来西亚与印尼交恶，旋即爆发军事冲突，史称“印马对抗”。1965年8月9日，由于联邦政府和新加坡州政府之间的政治分歧日益严重，致使新加坡被迫选择独立，从而离开马来西亚[6]。虽然马来西亚政府后来克服这两个危机，但因其产生的内部矛盾仍旧导致1969年间五一三事件的发生。马来西亚为此进入紧急状态，政治生活和国民自由受到限制。从1970年开始，巫统（UMNO）在华人和印度人领袖的协助下组成国民阵线[来源请求]，执政至2018年马来西亚大选。
2015年，时任马来西亚首相纳吉·阿都拉萨遭《砂拉越报告》和美国《华尔街日报》指控，将马来西亚政府管辖的一个马来西亚发展有限公司（1MDB）资金转入他的个人银行户口，涉及金额超过26.7亿令吉（近7亿美元）。事件被揭发后，随即激起马来西亚人民的批评声浪。
2018年马来西亚大选，由马哈迪·莫哈末带领的反对党希望联盟在选举上获得首次胜选，终结国民阵线长达61年的执政，写下1957年马来西亚独立后首次政党轮替纪录；马哈迪以92岁10个月的年龄再次担任首相，成为全球最高龄的民选国家领导人及政府首脑。他领导的新政府上台后表示有足够的证据重新调查一个马来西亚发展有限公司丑闻。
在马来半岛、沙巴与砂拉越均有考古遗留出土。人类在这个区域栖息的最古老证据可追溯到距今四万年前[7]。这些旧石器时代猎人可能是塞芒人的祖先，这个矮黑人群体在马来半岛具有极深的渊源[8]。
瑟诺伊人似乎是个复合群体，有一半的母系DNA谱系来自塞芒人，另有一半来自晚近从中南半岛迁来的祖先。学者主张他们是早期南岛语族农耕者的后代，大约在距今四千年前，将语言与技术带到半岛南部。他们与塞芒人结合起来并混血。[9]
原生马来人具有较多样的源头[10]。即使他们显示某些与海洋东南亚的关连，有些人具有来自中南半岛的祖先，约在距今二万年前的最晚近的冰期高峰。某些人类学家支持原生马来人源自今天中国云南的说法[11]。
接下来则是在全新世早期，经由马来半岛往马来群岛的人口扩散[12]。大约在公元前300年，原生马来人遭到次生马来人推往内陆。次生马来人是铁器时代或青铜时代的人群，其祖源部分来自柬埔寨与越南的占族。这些次生马来人是半岛上第一个使用铁器的人群，他们是现在马来西亚马来人的直接祖先。[8]
印度文明对马来群岛的影响，至少可追溯至公元前3世纪。古代印度人称马来半岛为黄金半岛（梵语：Suvarnadvipa）。在托勒密的世界地图上，也称马来半岛为黄金半岛（拉丁语：Golden Chersonese），马六甲海峡则称为象牙海湾（拉丁语：Sinus Sabaricus）[13]。当时，华人是纯粹为经商而前往该地，但是印度人不同，他们开始时前往经商，结成市集，继而则传教，更进一步在马来半岛，甚至东南亚各地，先后建立许多印度化王国[14]:283。
印度商人开来到马来群岛购买丰富的森林和海洋产品，并与和当时来到这里的华人商人进行贸易往来。华人与印度人在2世纪与3世纪在此区域建立许多贸易港与城镇，依据中国史料记载，数量多达30个。在公元的最初几个世纪，马来半岛的人们信仰佛教和兴都教等印度宗教，并采用梵语做为书写文字。1世纪时佛教和兴都教均在马来半岛立足，并从这里传布到整个群岛。
伊斯兰教经由印度传到马来群岛，而且有别于中东，这里的伊斯兰教受苏非主义的神秘传统所影响，并吸收某些马来人的原始泛灵论和兴都教传统。由于伊斯兰教是借由贸易者，而不是借由军事征服而引进的，因此并没有强加阿拉伯语和阿拉伯政治习俗。由于大多数马来族群无法阅读以阿拉伯语写成的《可兰经》，因此马来地区的伊斯兰教不像阿拉伯世界那么严格。而且由于当地的马来统治者保有他们的权力，伊斯兰教士不像其它伊斯兰世界一般获得政治影响力。
在2世纪与3世纪有为数众多的马来王国，依据中国史书记载达30个。吉打，在古代梵语称为Kedaram或kataha，位于印度人贸易者与国王直接入侵马来半岛的路径上。根据地位于现今印度淡米尔纳德邦的朱罗王朝皇帝Rajendra Chola，在1025年将吉打纳入版图，但他的继承人Vir Rajendra Chola必须敉平吉打的叛乱, 以打倒入侵者。
已知最早在现今马来西亚地区立基的王国是古代帝国狼牙脩，位于马来半岛北方的珍尼湖附近。它与位于柬埔寨的扶南有着紧密关联，扶南统治马来西亚北部直到6世纪为止。依据《马来纪年》记载，高棉帝国王子Raja Ganji Sarjuna 在7世纪于现今霹雳州木威（Beruas）创立刚迦王国。5世纪的中国史书提到南方的一座大港Guantoli，位于马六甲海峡之中。在7世纪，史书记载有一个新港口名为“室利佛逝”(Shilifoshi)，据信这是当时唐朝对三佛齐的称号。
砂劳越王国，又名布鲁克王朝以“白人拉惹（英语：White Rajahs）”的身份统治砂拉越一百年。在布鲁克王朝统治下，砂拉越政府采纳爱国主义政策，以保障土著权益和福利。砂拉越政府成立了由马来人为首的最高委员会，对政府的决策提出建议。最高委员会的首次会议于1867年在民都鲁举行。最高委员会亦成为了马来西亚联邦历史最悠久的立法机关。同时，伊班族人和达雅族人亦被聘用作民兵。布鲁克王朝亦鼓励华商移民到砂拉越以协助砂拉越的经济发展，尤其是在发展矿业和农业方面。当时，西方资本家被限制进入砂拉越，但砂拉越政府亦容许基督教传教士到砂拉越传教。 当时的砂拉越政府亦禁止海盗、奴隶制度和猎首。1856年，婆罗洲有限公司（英语：Borneo Company Limited）成立，并在砂拉越从事各种业务，包括贸易、银行、农业、采矿及发展等行业。
詹姆斯·布鲁克原本居于古晋的一家马来风格的屋子内。1857年，以刘善邦为首的石隆门客家华人淘金者破坏布鲁克的居所。詹姆斯逃离后，与查尔斯及其马来族、伊班族支持者召集了一支规模更大的军队。几天后，布鲁克的军队成功截断华人叛军的逃走路线，并在2个月后歼灭叛军。布鲁克家族其后在古晋砂拉越河畔建立新居所，亦即现今的阿斯塔纳皇宫（英语：The Astana, Sarawak）。随后，布鲁克家族于1860年在木胶打败了汶莱皇室的反布鲁克王朝派系，又平息了包括伊班族领袖仁答和马来族领袖沙里夫·马沙荷（英语：Syarif Masahor）在内的知名反抗者。砂拉越政府在古晋周围兴建炮台，以巩固拉惹的权力，其中便包括1879年建成的玛格烈达堡（英语：Fort Margherita）。1891年，查尔斯·安东尼·布鲁克成立婆罗洲历史最悠久的博物馆砂拉越博物馆。
砂拉越首任拉惹詹姆斯·布鲁克爵士詹姆斯·布鲁克统治砂拉越后，砂拉越的领土向北扩张。1868年，詹姆斯逝世，由其侄子查尔斯·安东尼·约翰逊·布鲁克（英语：Charles Brooke, Rajah of Sarawak）继位，其后再由其子查尔斯·怀纳·布鲁克（英语：Charles Vyner Brooke）继位，并由其弟伯特伦·布鲁克（英语：Bertram Willes Dayrell Brooke）辅政[47]。詹姆斯和查尔斯均与汶莱签约，作为扩张砂拉越领土的策略。1861年，汶莱割让民都鲁给詹姆斯，其后在1883年，砂拉越的领土扩张至峇南河（英语：Baram River）一带。1885年，布鲁克家族又购入林梦一带的土地，并在1890年将其纳入砂拉越的版图。砂拉越的扩张活动直至1905年汶莱割让老越给砂拉越后方告终止[48][49]。砂拉越当时设有5个省份，其边界对应了布鲁克家族多年来的土地收购顺序，而各省由一名参政司领导[50]。1850年，砂拉越被美国承认为独立国家，其后英国亦在1864年承认。砂拉越在1858年发行其法定货币砂拉越元（英语：Sarawak dollar）[51]。[52]。
1941年布鲁克王朝统治砂拉越100周年之际，《1941年砂拉越宪法（英语：1941 constitution of Sarawak）》制订，《宪法》限制了拉惹的权力，让砂拉越人民在政府运作上扮演更大的角色。但是，草拟的宪法包含了违规行为，包括查尔斯·怀纳·布鲁克和英国政府官员之间的秘密协议，该秘密协议订明怀纳·布鲁克将砂拉越割让给英国成为直辖殖民地，而英国则给予怀纳·布鲁克及其家庭经济补偿。
在4世纪至7世纪马来亚半岛兴起室利佛逝王朝（Srivijaya），亦称三佛齐（Samboja），逮至13世纪时期[14]:283。
马来半岛许多地区由三佛齐帝国所统治。三佛齐到底在什么地方至今未能考证，估计位于苏门答腊东部某条河的入海口附近，有可能就是今天的巨港。三佛齐的国王统治着一个由苏门达腊的滨海地区、马来半岛和婆罗洲所组成的、松散的海上王国达700年。其中有部分时间，三佛齐也控制爪哇岛部分地区，不过爪哇岛上的各个小王国始终抗拒三佛齐的霸权统治。三佛齐是一个商业国家，欢迎每年一度来自中国和印度的船队到这里来做生意，有时甚至有从日本、阿拉伯和伊朗的船只到达。三佛齐最大的敌人是北方的暹罗，暹罗多次试图从北部征服三佛齐。为了与中国结盟以对抗这些敌人，三佛齐向中国皇帝进贡，但从未受中国统治。
在1025年与1026年，刚迦王国遭到古淡米尔国（Sangam period）朱罗王朝皇帝Rajendra Chola I 攻打，使得三佛齐的第一个都城哥打哥拉宜因而荒废。朱罗王朝的入侵减损三佛齐的威望，三佛齐曾将其影响力施展到吉打、北大年，远至单马令。
2世纪的一首淡米尔文诗Paṭṭiṉappālai，描写来自吉打的货物堆积在朱罗王朝首都的景象。7世纪的一出梵文戏剧Kaumudhimahotsva，将吉打称为卡达哈州（Kataha-nagari）。Agnipurana也提及卡达哈的领地以一座高峰为边界，学者相信这就是吉打的日莱峰。来自Katasaritasagaram的故事描写卡达哈的高贵生活。不久之后，信奉佛教的单马令王国控制吉打。在11世纪，单马令国王Chandrabhanu利用吉打做为攻打斯里兰卡的基地，这个事件记录在淡米尔纳德邦Nagapattinum的石碑，以及斯里兰卡的编年史《大史》。
从10世纪之后，三佛齐势力开始减弱。三佛齐从来不是一个中央集权国家，10世纪中叶，它与爪哇一系列战争显然削弱其商业发展，并导致国力衰敝。在11世纪，一支敌对势力称为末罗瑜（Melayu）开始对抗三佛齐。末罗瑜这个港口可能位于今天印度尼西亚苏门达腊海岸的占碑省。末罗瑜的影响力，呈现在它是马来（Malay）这个字的字源这个事实上。与此同时，伊斯兰教的普及也削弱信兴都教的三佛齐国王的势力。最早皈依伊斯兰教的地区如亚奇脱离三佛齐统治。
13世纪末，暹罗的素可泰王国控制马来半岛大部分地区。到大约1331年至1351年时，在中爪哇兴起一个强大王国满者伯夷[14]:283。1365年，爪哇人的满者伯夷王国出兵强占整个马来半岛[14]:283，成为其属地之一。但直到14世纪，三佛齐依然控制着它最富饶部分，所生产的香木、海产品、金、锡、香料、腊和果干在中国和在西方均非常畅销。但自国王哈奄乌禄（Hajam Wuruk）于1389年驾崩后，满者伯夷王国地位一落千丈[14]:283。是时暹罗人一举控制印度支那，再而侵入马来半岛[14]:283。
逮至13世纪时期，室利佛逝王朝（三佛齐）被南印度科罗曼德（Coromandel）朱烈王（Chola）所讨灭后，其人民逃到一个岛建立淡马锡（Temasek），就是今日新加坡[14]:283。
自淡马锡王国被泰人蹂躏之后，大批难民逃往马六甲，淡马锡国王拜里米苏拉另建立马六甲王国[14]:284。约在1400年，拜里米苏拉建立马六甲。《马来纪年》称他是亚历山大大帝后代。敌国征服巨港，导致拜里米苏拉和其他人逃离，特别航向淡马锡以逃避迫害。他受到来自北大年，由暹罗国王指派为淡马锡统治者的马来苏丹Temagi所保护。不到几天，拜里米苏拉就杀害Temagi，自立为统治者。大约五年后，由于暹罗势力进逼，他被迫离开淡马锡。满者伯夷王国爪哇人舰队曾攻击淡马锡。
拜里米苏拉向北前进，以建立一个新的根据地。在麻坡，拜里米苏拉考虑将他的新王国建立在Biawak Busuk或Kota Buruk。在发现麻坡的地点并不合适后，他继续往北走。据信他在沿路曾造访Sening Ujong（双溪乌荣Sungai Ujong的旧名，即现在的芙蓉市），随后到达Bertam河（马六甲河的旧名）的河口，建立马六甲苏丹王朝。历经时间演变，这个地方发展成今天的马六甲。依据《马来纪年》记载，拜里米苏拉在一株“满剌加树”（Malacca tree，又名余甘子）下，看见一条猎狗将一头鼷鹿（mouse deer）逼到绝境，小鼷鹿为了自卫，将狗踢进河里。他将这个景象视为好兆头，决定在此建立一个名为马六甲（Melaka，Malacca）的王国。他建立并改善贸易设施。
马六甲建国时，中国明朝皇帝明成祖派出舰队以扩展贸易。永乐元年（1403年），明朝使者尹庆造访马六甲。1405年，马六甲遣使入贡中国，明成祖册封拜里米苏拉为马六甲王国国王[15]，并且允予保护它，勿受当时泰人侵扰，于是马六甲便繁荣起来，成为东西贸易和交通枢纽[14]:284。为了交换定期的进贡，中国皇帝提供马六甲保护，以抵抗暹罗的不断威胁。抑有甚者，以后郑和船队每次南来，必驻节于马六甲[14]:284。1411年，拜里米苏拉还率妻子陪臣五百四十余人与郑和入贡明朝，答谢明成祖，“学习中国文化”[14]:284。在这个时代前后，在马来半岛定居的华人和印度人成为今天峇峇娘惹和Chetti社群的祖先。根据一种理论，当拜里米苏拉娶了Pasai公主之后，成为一个穆斯林，他采用当时流行的波斯衔头"Shah"（国王），自称依斯干达国王（Iskandar Shah）。[16]据中国史书记载，在1414年，这位马六甲第一位统治者儿子晋见明成祖，告以父亲去世消息。拜里米苏拉的儿子随即受到承认，为马六甲第二任统治者，名为Raja Sri Rama Vikrama, Raja of Parameswara of Temasek and Melaka，他的穆斯林人民称他Sultan Sri Iskandar Zulkarnain Shah 或Sultan Megat Iskandar Shah。他从1414年到1424年统治马六甲[16][17]。马六甲同时也变成信奉回教之信道中心，奠定今日马来西亚以回教为国教之基础[14]:284。透过印度穆斯林以及少部分来自中国的回人所影响，伊斯兰教在15世纪变得越来越普遍。
马六甲王国全盛时（15世纪），其势力伸展到马来半岛北部以及苏门答腊西部[14]:284。马六甲很快就占据过去三佛齐所统治地区，与中国建立独立的外交关系，并控制中国通向印度的海上贸易道路。由于蒙古帝国扩张，这时从中国通向西方陆路被阻，这条海上贸易通道就变得越来越重要。马六甲建国后数年内，正式采行伊斯兰教，其国王称号由拉者（Raja）改为苏丹（Sultan）。马六甲苏丹王朝的政治势力帮助伊斯兰教传遍马来群岛，马六甲当时身为马来亚半岛最繁盛的王国，使这个信仰得以传播到邻国。16世纪初，伊斯兰教成为马来人主要宗教，其势力到达现在的菲律宾，只有峇厘岛依然是一个孤立的兴都教岛屿。
马六甲苏丹王朝享国一百零三年，期间国王亲率陪臣妻子入贡中国者计有三人，而称臣纳贡者，亦有30次之多[14]:284。它被看作是马来人自主统治的一个黄金时代，马六甲苏丹成为所有后继的马来统治者的榜样。马六甲成为马来文化的中心，它奠定今天马来文化的基础：马来土著文化与外来的印度、华人和伊斯兰元素的融合。马六甲风格的文学、艺术、音乐、舞蹈、衣着，及其宫廷人士的华丽衔头，成为所有马来人的标准。马六甲宫廷对马来语赋予极高声望，这个语言最初是在苏门答腊形成的，在马六甲建国时带到此地。它成为所有马来国家的官方语言，即使许多地区依然保有地方语言。
奥斯曼帝国阻断欧洲与亚洲之间的陆路贸易路线，而且与印度及东南亚的贸易受到阿拉伯商人所垄断，迫使欧洲国家寻找一条通向印度的海路。1498年，葡萄牙国王若昂二世派出瓦斯科·达·伽马（Vasco da Gama），发现绕过好望角通向印度的海路。1511年7月1日，葡萄牙人占领马六甲[14]:285。阿方索·迪·阿不奎（Afonso de Albuquerque）带领远征舰队来到马来半岛，经过一个月围攻，于同年占领马六甲。马六甲成为葡萄牙在东方活动的核心据点。
马六甲苏丹王朝最后一位苏丹的儿子逃到马来半岛南端的民丹岛，并在那里建立一个新的国家，柔佛苏丹王朝。马六甲的统治消失后，马来群岛分裂为众多互相争战不停的小国家，其中最重要的有亚齐、汶莱、柔佛和霹雳。其它国家有万丹、日惹、吉打、雪兰莪、苏禄和登嘉楼等。16世纪末，欧洲商人在马来亚北部发现锡矿，透过锡的出口，霹雳变得富强起来。欧洲殖民势力继续在这个区域扩张。葡萄牙控制对盛产香料的摩鹿加群岛的贸易。1570年西班牙展开马尼拉之战，1571年占领马尼拉，经由建设马尼拉使其位居菲律宾（亚洲）与墨西哥（美洲）的太平洋重要航点[18]。
1607年，亚齐苏丹国极速壮大，成为马来群岛最强盛富裕的国家。在伊斯干达．穆达(Iskandar Muda，1607-1636年在位)统治下，这个苏丹国控制的范围延伸到苏门达腊与马来半岛的大部分地区，缔造亚齐王朝的黄金时代。他征服马来半岛的锡矿产地彭亨，并将彭亨苏丹掳往亚齐。他所向披靡的舰队在1629年攻打马六甲的战役中瓦解，依据葡萄牙史书记载，当时葡萄牙与柔佛的联军设法摧毁他的所有船舰，杀掉19,000名战士。然而，亚齐的军力并未被摧毁，因为在同一年亚齐征服吉打并把许多吉打人民迁到亚齐。这位苏丹的外甥Iskandar Thani是彭亨的王子，后来成为他的继承人。在Iskandar Thani统治期间，亚齐专注于巩固内部及宗教上的统一。
在17世纪初，荷兰建立荷兰东印度公司（英文：Dutch East India Company，荷兰文：Vereenigde Oost-Indische Compagnie，简称VOC），一开始建立在摩鹿加群岛的贸易，他们很快就占据爪哇岛上较弱的苏丹国，1619年建立巴达维亚为他们的首府。他们从巴达维亚扩展势力到马来群岛，与柔佛结盟来对付他们的主要敌人：马六甲的葡萄牙人和强大的亚齐苏丹国。在数次尝试后，荷兰与柔佛的联军终于在1641攻占马六甲。葡萄牙人统治马六甲达130年，1641年荷兰人入侵，抢夺葡萄牙主权，一直占领到1795年[14]:285。葡萄牙仅剩下葡属帝汶。在荷兰支持下，柔佛在马来亚各个苏丹国之间，获得一个松散的霸权地位，只有霹雳例外，它能够周旋于柔佛和暹罗之间，并保持其独立。
这段期间，马来亚各苏丹国的虚弱，为从其它地区人民移入这些马来故土创造条件。从印度尼西亚东部来的布吉人海盗经常袭击马来亚海岸地区。1699年，他们刺杀柔佛最后一位马六甲血统的苏丹，控制柔佛，其他布吉人控制雪兰莪。从苏门达腊来的米南加保人也迁入马来亚，最终建立了自己的国家森美兰。柔佛的覆灭在马来半岛上留下一个权力真空。暹罗的大城王国部分填补这个空缺，将北部的五个马来国家——吉打、吉兰丹、北大年、玻璃市和登嘉楼——变成自己的属国。柔佛覆灭也让霹雳成为马来亚苏丹国之中的领导者。
18世纪马来亚对欧洲的经济重要性快速成长。尤其英国与中国之间的茶贸易，增加对马来亚的高质量的锡的需求，锡用在茶叶箱的内衬，具防潮作用。马来亚的胡椒在欧洲也享有盛誉，而且在吉兰丹和彭亨有金矿。锡矿和金矿及其附属工业的发展，导致第一批外来移民涌入马来人的世界，一开始是阿拉伯人和印度人，后来则是华人。华人定居在城镇并很快掌控经济活动。这建立往后200年马来亚社会的典型模式：乡居的马来人逐渐受到富裕的城镇移民社群所控制，就连苏丹也无法抵挡这些城镇移民的力量。
从17世纪开始，英国商人就现身于马来亚水域，但直到18世纪中期，以英属印度为基地的英国东印度公司才开始对马来亚事务真正感兴趣。由于与中国贸易增加，它需要在马来亚地区设立基地。虽然曾使用不同岛屿为基地，但直到1786年8月，向吉打苏丹租借槟城，英国才拥有第一个长久基地。此后英国又在槟城对岸的大陆上租借一大片土地（称为威省）。1795年在拿破仑战争期间，英国人唯恐荷属马六甲为法国舰队所利用，乃加以接管，到1815年才交还荷兰。英国总督斯坦福·莱佛士寻找一个替代基地。1816年泰国强迫吉打进攻霹历，又在1821年出兵吉打全境，吉打苏丹与2万臣民被迫流亡出国，至槟城居住，一直到1842年才复国[14]:286。1819年2月，他从柔佛苏丹手中获得新加坡。1824年英荷条约签订后，荷人同意以马六甲跟英国人交给换苏门答腊的明古连岛（Ben Coolen）[14]:285。槟城和新加坡这两个基地，加上荷兰没落，造就英国支配马来亚。随着马来亚畏惧暹罗扩张，英国影响与日俱增。19世纪，马来苏丹成为大英帝国忠实盟友。
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1824年英国与荷兰签署1824年英荷条约，最终确立英国对马来亚的霸权，同时也决定当代马来西亚的雏形。荷兰撤出马六甲并放弃所有在马来亚的利益，而英国则承认荷兰对东印度剩余地区的利益。这个瓜分在马来亚地区划一条人为界限，这条界线遗留至今。
1826年，英国把槟城（即槟榔屿）、马六甲、新加坡与纳闽联合组成海峡殖民地。海峡殖民地最初由位于加尔各答的东印度公司所管理，其后槟城与新加坡先后成为这个殖民地行政中心。直到1867年，其行政权由印度总督移交给伦敦的殖民地事务大臣管理。华侨习惯称其为“叻屿岛甲”或“三州府”[14]:286。
英国与泰国在1862年6月20日订约，规定泰国从此不干涉吉兰丹、丁加奴、霹雳与雪兰莪[14]:286。
在19世纪里，英国与马来亚的其它苏丹国签署协议，在这些国家中设立总督，帮助苏丹管理其国事，这些代办很快就成为这些国家的真正统治者。1873年，霹历之华侨时常为争夺锡矿而内哄，甚至爆发所谓“拿律战争”，致造成严重之人命财产损失[14]:286。当时马来半岛，霹历已有两人在争夺苏丹之王位，雪兰莪正在打内战，彭亨之内战刚刚结束，唯有在东岸之吉兰丹、丁加奴与人口仍甚稀少之柔佛是和平[14]:286。从1873年英人调停“拿律战争”成功开始，英国势力逐渐突入马来半岛各处，使内地治安最终成为全面安定[14]:286。正在对英国投资者来说，拥有锡矿的霹雳的政治稳定是最重要的，因此霹雳成为第一个与英国签署协议同意英国管理的苏丹国。柔佛是最顽强的苏丹国，一直到1914年才放弃其独立性。1896年7月5日，彭亨、雪兰莪、霹雳与森美兰合组为马来联邦，接受英国保护，华侨习惯称其为“四州府”[14]:287，实际上属于英国控制范围。1909年，英泰再签约言明泰国移交给英国对吉打、玻璃市、吉兰丹与丁加奴的“一切主权、保护权、行政与任何统治权利”[14]:287。暹罗保留了对北大年苏丹国控制。今天泰国南部依然有一小支穆斯林少数民族，其独立运动为泰国政府带来不少麻烦。1909年2月，英国又将吉打、玻璃市、吉兰丹、丁加奴之四州与柔佛合组为“马来属邦”[14]:287。当“马来属邦”成立时，第一个马来联邦议会创立，由4名苏丹与其他官方高级官员[14]:287-288。柔佛苏丹苏丹阿布·峇卡与维多利亚女王熟识，因此承认彼此是对等地位。直到1914年，苏丹阿布·峇卡的继承人苏丹依不拉欣才接纳一位英国代办。先前属于泰国的四个州以及柔佛合称马来属邦。1927年，马来联邦议会实行改组，全数苏丹退出，由13名高级官员与11名官方人士组成[14]:288。
19世纪后半部，英国还获得对荷兰从未立足的婆罗洲北岸的控制。这个地区东部（今天的沙巴）则由受西班牙属菲律宾控制的苏禄苏丹的名义统治。其余部分则是汶莱苏丹统治地。婆罗洲东北部被英国商人殖民。1881年，英国北婆罗洲公司被允许控制这块地区，受新加坡总督监督。菲律宾从未承认苏禄苏丹对这些领土的丧失，这是后来菲律宾宣称拥有沙巴主权的理由。1888年汶莱成为英国保护国，1891年英国再与荷兰签订条约，确定两国在婆罗洲的边界。
1910年英国对马来群岛领土的统治模式成形。海峡殖民地成为英国海外领地，由受伦敦的殖民地事务大臣监督的总督管理。这个领地的居民半数是华人，但所有的代办（参政司），不论种族为何，均是英国公民。最早接受英国参政司的四个苏丹国，霹雳、雪兰莪、森美兰和彭亨组成马来联邦。名义上它们依然独立，但是从1895年开始受一个英国“总参政司”管理，实际上已成为英国殖民地。马来属邦（柔佛、吉打、吉兰丹、玻璃市和登嘉楼）各国享有较大独立性，不过它们也无法阻挡英国代办意愿。英国最紧密的马来盟国柔佛拥有自己的宪法特权，规定苏丹有任命内阁的权利，不过实际上每次苏丹必须先与英国讨论他的任命。
有别于其它殖民强权的是，英国始终主要从经济角度来看待殖民地，而且英国的公司股东期望殖民地为他们带来利益。马来亚的吸引力在于其锡矿和金矿，但英国农场主很快就开始试种热带作物——番薯、毛钩藤、甘密、胡椒和咖啡。1877年从巴西引入橡胶，在欧洲发展迅速的工业刺激下，橡胶很快就成为马来亚最热门出口品。后来棕榈油也成为热门出口品。所有这些工业均需要大量和有纪律的劳动力。而英国人觉得马来人不是可靠的劳力来源。解决方法是从印度引进劳动力，尤其是印度南部的淡米尔人。矿山、工厂和港口也吸引大量来自中国南部的工人，尤其是客家籍。很快华人在新加坡、槟城、怡保成为多数群体，在1857年成为一个锡矿中心而被建立的吉隆坡也是如此。1891年马来亚进行首次人口普查时，华人在主要的产锡苏丹国霹雳和雪兰莪占多数。
大多数华人到达的时候非常贫穷，但是他们勤劳，重视孩子教育，并维持儒家的家庭道德，而且他们的自愿性连结关系，透过各个乡属会馆这类互助组织而构成紧密网络，都是他们事业成功的原因。1890年代，吉隆坡华人首领叶亚来是当时马来亚最富裕的人，领有"华人甲必丹"的衔头，拥有许多矿山、农场和商店。从一开始马来亚的银行和保险业就在华人手中，通常与伦敦的公司具有伙伴关系，华人很快就成为经济上的主力。由于马来苏丹生活穷奢极侈，入不敷出，他们很快就积欠华人银行家大笔债务，这使得华人不但拥有经济力量，而且获得政治权利。最初到达马来亚的华人几乎全部是男人，而且许多人打算赚大钱后就衣锦还乡。许多人后来确实回到中国，但更多人留下。一开始他们与马来人妇女结婚，产生一个华人马来混血儿的峇峇娘惹社群，但很快他们就开始引进华人妇女，建立定居社群，兴修学校和庙宇。
印度人在最初并没有那么成功，有别于华人，印度人一开始只是以橡胶庄园的劳动力来到马来亚的，因此他们没有华人那么多的经济机会。此外印度人社群也不像华人那么团结，他们有兴都教信徒和穆斯林之分，并且有语言和种姓的区别。20世纪初才出现印度人的贸易和专业阶层，但大多数印度人依然很穷，几乎没有受到教育。他们大多数居住在产橡胶地区的农村聚居区里。
传统的马来社群无法处理向英国人丧失其政治自主权，也无法处理向华人丧失其经济力量。20世纪初，马来人甚至面临着可能在自己国家里成为少数人的威胁。苏丹被看作是英国人和华人的协作人，尤其在数量不断增多的受西方教育的马来人眼中，丧失他们的传统威望；但大多数农村人民继续敬畏着苏丹及他们的威望，对于殖民统治来说，这一点非常重要。20世纪初，一小群马来民族主义知识分子开始崛起，也出现伊斯兰的复苏，以呼应对于外来宗教，特别是基督教所带来的威胁。事实上，根本没有马来人改信基督教，倒是有不少华人转为基督徒。受西方影响较少的北部成为伊斯兰保守派的据点，至今这个地区依然如此。
对于马来人来说，保持他们尊严的一个重要事实是，英国人让他们完全保有对警察和地方军队的垄断权利，此外管理机构的大多数非欧洲人职位也由马来人占据。华人一般自己花钱建造学校和学院，并从中国聘请教师，殖民政府则负责培植马来人教育。1905年江沙马来学院开设。1910年设立马来管理机构，1922年设立马来师范学校、1935年设立马来女子学院。
第二次世界大战前，英国忽视马来亚宪政发展。为维持间接统治政策，英国人试图维持苏丹的权利，不允许任何关于马来亚成为一个统一或自主国家的讨论。英国不但不打算给予马来亚一个统一的政府，并于1935年撤除马来联邦总代办，将政治权力分散到各个苏丹国。英国人倾向以刻板印象看待各个民族，认为马来人和蔼可亲但纯真，而且极其懒惰，无法自主，但在英国军官指挥下，他们会是良好的士兵。英国认为华人聪明但危险，在1920年代和1930年代里，呼应着中国本土中国国民党与中国共产党之间的斗争，马来亚的华人也组织相互敌对的秘密组织，在华人城镇里经常爆发动乱。英国人认为马来亚是一个由不同民族与不同苏丹国所构成的乌合之众，不可能变成一个国家，更不用提成为一个独立自主的国家。
1941年12月8日，太平洋战争爆发，日军南侵，在吉兰丹之道北登陆，长驱直下，至翌年2月15日攻占新加坡，占领整个马来亚[14]:288。在马来亚的英国人可说是完全措手不及。在1930年代，英国为了对付逐渐增强的日本海军威胁，在新加坡建立一个庞大的海军基地，但完全没有料想到日本是从北方入侵马来亚。由于欧洲战场的需要，英国在远东实际上没有空军战力。因此日本可从法属印度支那的基地发动攻击，而不会受到抵抗。虽然英国、澳大利亚和印度军队的顽强抵抗，但日本在两个月内就占据马来亚。1942年2月15日没有陆上防御、没有空军支持、没有淡水供给的新加坡投降。这是英国无法弥补的声誉损失。英属北婆罗洲、砂拉越和汶莱也被日本所占领。
日本人将马来人看作是一群从英国殖民统治被解放的殖民人群，并且树立有限的马来民族主义，这使得日本人在马来管理机构和知识分子中赢得一定程度的支持。大多数苏丹也主动与日本人合作，虽然日本后来战败。日本为了配合大东亚共荣圈的政策，答应战后让马来亚独立，并且协助训练马来人成立武装部队与政府部门菁英。
直至1945年9月5日日本向盟国投降，马来亚方才重归英国统治[14]:288。因此总的来说，1945年英国人回到马来亚时，最高兴就属马来人。第二次世界大战结束后，马来亚各民族因经过反侵略之艰苦抗争，要求自由与独立[14]:288。但时局并未如停留在英国人战前情况，而且一股追求独立的渴望正在增长[19]。英国本土破产，新的英国工党政府主张尽快撤出东方。殖民地自治和最终独立成为英国新政策。横扫亚洲各地的殖民地民族主义浪潮很快到马来亚。但当时大多数马来人更关心抵抗主要由华人组成的马来亚共产党，而不是从英国独立。事实上他们希望英国不要撤出马来亚，而是协助他们对抗马来亚共产党，当时马来亚最大的武装力量。在第二次世界大战最后一年，马来亚共产党与马来人为首的部队发生冲突，许多马来人遭到装备精良的华人共产党人所杀害。战后回到马来亚的英国人，发现这个地方处于内战边缘。马共原是合法政党，并在二战当中做出很大的贡献，英人回马后，因担心共产党势力的扩大，最终将马共列为非法政党，马共在发现和平的争取方式无效后，决定改以武力斗争争取。
英国于接收各项事务之后，便于1946年派泰直密契爵士为专使，到马来亚会晤各邦苏丹，商谈战后之政制问题[14]:288。同年6月，英国遂与各邦苏丹签约，宣布成立“马来亚联邦”，建议这新联邦包括马来联邦和马来属邦的九个州和槟城、马六甲两个殖民地（新加坡则仍属“直辖殖民地”，由英国管治）[14]:288。这个计划遭到马来人强力反对，因为它削弱马来统治者的地位，而且将公民权赋予马来亚华人与少数民族[20]。一开始苏丹们支持这个计划，但后来又转为反对这个计划，并让自己领导这股反对力量。联邦新政府之首长为总督，代表英皇[14]:288。根据白皮书，各邦苏丹与州政府权力全被剥夺，所有法律均须由总督作最后决定[14]:288。原有各邦政府，不复存在，改组为州，每州由一位英国派出之参政司主持大政，作为总督驻各州之代表[14]:288。又规定一种以马来亚为共同国籍之公民制度，承认马来亚境内之所有居民，不分种族，及是否为当地出生或居留满若干年为限者，都得成为公民，与马来人共享平等的权利[14]:289。
但白皮书发表以后，立即引起马来亚各族人士之反对，马来人首先于1946年3月组成“巫人联合统一机构”，简称“巫统，拥有成员约10万人；同年8月，马来亚之印度人也成立“马来亚印度国民大会党”，属员约有4万[14]:289。到1949年2月，华侨也成立“马来亚华人公会”，简称“马华公会”，拥有会员约30万人[14]:289。巫统与马华公会于1952年开始合作，成立“华巫联盟”，到1955年“马印国大党”也加入联盟，改称为“华巫印联盟”，共同为马来亚之独立而奋斗[14]:289。
在柔佛首席部长翁惹化领导下，巫统支持马来亚独立，条件是这个新国家完全由马来人掌管。英国政府鉴于马来亚联邦之建议遭到马来亚境内各民族强烈反对，乃由当时之总督麦唐纳担任主席，组织委员会寻求较易为马来人接受之方案[14]:289。面临马来人的强烈反对，英国放弃平等公民权的计划。马来亚联邦在1948年解散。商谈之结果，在1948年2月1日协议成立马来亚联合邦，只留下新加坡为皇家殖民地[14]:289。在此联合邦之内，中央政府和各邦之间各有一定之主权，成为一个中央与地方分权之折衷政制[14]:289-290。联合邦政府，是以各邦元首和英王之名义，共同主持[14]:290。并修改普遍化之公民权，使不在马来亚出生或不是终身居住马来亚之华、印、欧籍居民，不容易获得公民权[14]:290。
根据新协定，英国对马来亚之国防外交，具有控制权；而各州苏丹则保留司法与特赦权[14]:290。最高之立法机构，为联合邦立法会议[14]:290。各州政府以州务大臣为首长，设置州秘书处（State Secretariat），以主持各州政务[14]:290。在英国保护下，马来苏丹国各统治者恢复自治权。至于马六甲和槟城，则以英国之参政司为政府首长[14]:290。这个新宪法于1948年2月1日实施，正式成立马来亚联合邦[14]:290。原有之总督位置，则改为东南亚最高专员，仍由麦唐纳担任[14]:290。联合邦成立后，从1950年起，施行地方议会民选议员之条例[14]:290。到1951年，又实行“阁员制度”（Member System）设置9名阁员，分别主持内政、农业、经济、卫生、防务、教育及交通部，直接向钦差大臣负责[14]:290。1955年7月，举行大选，结果华巫印联盟在52个民选议席中，获得51席，“巫统”主席东姑阿都拉曼被任为新政府之首席部长，由联盟要员，分任各部部长[14]:290。
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与此同时，共产党则在积极准备暴动。1945年12月抗日游击队解散，马来亚共产党成为一个合法政党，但游击队武器却被谨慎收藏起来，以备未来之用。马共的政策是立刻独立，并且所有民族平等。这意味着它极难招募到马来人党员，主要支持者来自华人主导的商会，尤其在新加坡；以及华人学校，其中的教师大多来自中国，将中国共产党看作中华民族重生的领导者。1947年3月，随着冷战的开始和共产国际的左倾，马来亚共产党的总书记莱特被杀，原游击队首领陈平任总书记，陈平要求共产党立刻行动。共产党发动游击队行动，期望迫使英国势力撤离马来亚。7月，在一连串庄园主遭到暗杀后，英国殖民政府展开反击，宣布进入紧急状态，马来亚共产党被禁，数百战士被捕。共产党退入森林，组织马来亚人民解放军，这支军队约有13,000名男性，其中第十支队主要由马来人组成[21]。
这段被称为马来亚紧急状态从1948年延续到1960年，残酷战斗蔓延整个马来半岛。英国战略相当有效，通过对华人做出经济和政治的让步，并将散居乡间的华人集中到位于马共势力范围外的“白区”的“新村”。有效动员马来人来对抗马来亚共产党，也是英国一个重要策略。从1949年起，马共失去抗争动机，招募游击队人数锐减。1951年马来亚共产党谋杀英国高级专员亨利·葛尼，但是这种转向“恐怖份子”的策略，使得马来亚共产党失去许多温和派的华人支持。1952年杰拉尔德·邓普勒被任命为马来亚英军指挥官，他带来紧急状态的结束。邓普勒在马来亚发明反游击战的战术，无情地剿灭马共。虽然游击队被击溃，但英国军队因着冷战背景而留下来[22]。依靠这个背景，共和联邦一员的马来亚于1957年8月31日独立[23]。
华人反对马共，呈现于1949年2月筹组的马华公会（Malayan Chinese Association，MCA），它成为调节华人政治意见的渠道。其领导人陈祯禄愿意与巫统合作，建立一个所有公民平等的独立的马来亚，但同时在马来人敏感议题上做出充分让步，来平息马来民族主义者的恐惧。1951年吉打王子东姑阿都拉曼继翁惹化之后，担任巫统领导人，陈祯禄与东姑阿都拉曼密切合作。由于1949年英国人宣布无论马来人愿意与否，马来亚将在数年内获得独立，两位领导人必须下定决心来提出在两个社群均可接受的一个协议，成为一个稳定的独立国家的基础。这个巫统-华人公会联盟（后来印度人国大党于1955年也加入这个联盟）在1952年和1955年大选中，在马来人和华人地区均获胜。
民选地方政府制度的引进，是战胜共产党的另一个重要步骤。1953年约瑟夫·斯大林去世后，在马共领导层对于是否继续武装斗争发生分歧。许多马共游击队员丧失对武装斗争的信心并重返家园，而且在1954年邓普勒离开马来亚时，紧急状态已经结束，即使陈平依然带领一群顽固的游击队员继续在难以进入的泰国边境乡区坚持许多年。紧急状态留下马来人与华人之间长期延续的仇恨。
在1955年和1956年，巫统、马华公会、印度人国大党和英国共同制定一部宪法草案，承认所有民族享受平等的公民权。为了交换，华人公会同意国家元首由马来亚苏丹轮流担任，马来语成为官方语言，促进和资助马来人的教育和经济发展。实际上这个协议意谓著马来亚将由马来人治理，特别是由于他们继续主导著管理机构、警察和军队，但华人和印度人在内阁和议会中将会具有合乎比例的代表，并治理他们占多数的州属，而且经济地位受到保护。谁来控制教育系统是个非常棘手的问题，一直拖延到独立后都没解决。
马来亚联合邦首席部长东姑阿都拉曼，受命率领代表团，飞往英伦谈判，先后经过两次谈判，结果于1957年5月下旬与英国政府达成如下协议： ①联合邦之最高元首，由现行之苏丹会议，在苏丹之中选出一人担任，另一人为副元首； ②国家元首之权力，无须议员同意，其权力包括委任总理，解散议会等； ③建议规定回教为国教； ④马来人享有特殊地位列为永久性； ⑤马来亚之独立日期为1957年8月31日 [14]:291。1957年8月30日半夜，马来亚联合邦正式获得独立[14]:291。9月2日，森美兰之严端押都拉曼爵士被推为联合邦第一任最高元首，而原任首席部长东姑阿都拉曼被任命为第一位首相，他领导下之内阁亦于当天正式成立[14]:291。
马来亚独立后，这个区域还有其它英国领地的前途悬而未决。日本投降后，布鲁克家族和英国北婆罗洲公司分别放弃对沙劳越和沙巴的控制，这些地区成为英国皇家殖民地。相较于马来亚，这些地区的经济发展落后得多，当地的政治领袖过于软弱，而未寻求独立。而且这些地区与马来亚的文化区别也相当大。以华人占多数的新加坡于1955年获得自主权，1959年当时年轻的社会主义运动领导人李光耀成为新加坡首席部长。盛产石油的汶莱苏丹国依然是英国附属。1959年与1962年之间，英国政府召集多次复杂的谈判，在这些当地领导人与马来亚政府之间进行协商。
1961年5月，东姑首相在新加坡向外国通讯员午餐会发表演说，他提到英属婆罗洲、马来亚联邦和新加坡，也须有一天要成为一个比较密切关系之组织，这些地区之领袖却对东姑这项意见表示很热心，几经谈判经过，于1963年9月16日成立马来西亚联邦，包括马来亚联合邦11州、新加坡及北婆罗洲之沙巴和砂捞越两州，共为14州[14]:291-292。其背后的理由则是容许中央政府控制并打击共产党（尤其是在新加坡）的活动。此外马来亚也惧怕新加坡一旦独立，将会成为华人沙文主义者的基地，威胁马来人的统治权。为了平衡种族比例，在文莱、沙巴与砂拉越纳入这个新国家之后，它们的马来人及土著人口，将可抵消新加坡的华人多数。[24]
虽然新加坡首席部长李光耀支持这个建议，但他在新加坡社会主义阵线的党内反对者反对这个计划，认为这是英国打算继续控制这个区域的计谋。砂拉越大多数政党也反对这个计划，沙巴没有政党，但是当地社团代表也表示反对。汶莱苏丹支持这个计划，但是汶莱人民党反对。在1961年的共和联邦首席部长联合会议（Commonwealth Prime Ministers Conference），东姑阿都拉曼向他的反对者进一步阐述这个计划。10月，英国政府批准这个计划，条件是必须取得参与这项合并计划的地区同意。葛波(Lord Cobbold)率领葛波委员会前往婆罗洲研究当地居民意见，认为沙巴和砂拉越同意合并，但在汶莱则有许多人反对。在新加坡的公民投票中70%的人赞成合并，条件是新加坡政府获得实质的自主权。[25][26]汶莱苏丹退出这项参组马来西亚的计划，这是由于来自多数人民的反对、关于石油利润分配比例的争执，以及关于合并后苏丹的地位等等因素。[27][28]此外，汶莱的人民党发动武装革命，虽然立刻遭到敉平，但被视为这个新国家潜在的不稳定因素。[29]
英国政府讨论葛波委员会的报告后，又设立Landsdowne委员会来起草马来西亚宪法的草稿。最后出炉的新宪法草案与1957年的马来亚宪法基本上相同，只做了少部分修改。例如，原先对于马来人特殊地位的认定，扩及到砂拉越与沙巴的所有土著，新加坡、砂拉越与沙巴也被赋予某些自主权。1963年7月的谈判结束后，决定马来西亚将于1963年8月31日正式成立，这天恰好是马来亚独立以及英国赋予新加坡和沙巴自治权的纪念日。然而，菲律宾和印度尼西亚强烈反对这个事态发展，印度尼西亚称马来西亚为新殖民主义的代表，而菲律宾则强调沙巴是她的领土。印尼总统苏卡诺在强大的印度尼西亚共产党的支持下提出反对，而且砂拉越人民联合党发动多次抗争行动，延迟马来西亚的成立。基于这些因素，联合国组成一个八人代表团造访砂拉越与沙巴，确认他们参组马来西亚的意愿[30][31]。
1963年9月16日，由马来亚（1957年8月31日独立）、沙巴（1963年8月31日被英国予以自治地位）、砂拉越（1963年7月22日被英国予以自治地位）与新加坡（1959年被英国予以自治地位[32]）共同组成的马来西亚正式成立，[33]当年的马来西亚人口约一千万人[34]。马来西亚联邦之成立引致印尼对抗和菲律宾索取沙巴主权之纠纷[14]:292。新加坡在马来西亚联邦内2年，由于政治见解不同，终于在1965年8月9日脱离，宣告独立而成为独立之新加坡共和国[14]:292。
在马来西亚独立时，具备着很好的经济优点。它是世界上三个重要商品（橡胶、锡和棕榈油）最重要的出产国之一，也是重要的铁矿石出产国。这些出口工业给马来西亚政府提供稳定可靠的盈余，可用来投资于工业发展和基础建设项目。虽然巫统不是一个社会主义党派（可是绝对是种族主义政党），但如同其它发展中国家，马来西亚于1950和1960年代非常看重国家计划，首两个五年计划（1956年至1960年和1961年至1965年）通过国家对工业的投资，来促进经济发展，以及修复在战争和紧急状态时期被破坏和被忽视的基础设施，如公路和港口。政府试图减少马来西亚对商品出口的依赖，因为这会使国家经济受到浮动的市场价格所牵动。马来亚政府也意识到，随着合成橡胶的生产和使用的普及，对天然橡胶的需求注定会滑落。由于有三分之一的马来人劳动力从事橡胶工业工作，发展其它类型的就业来源变得非常重要。为了让马来西亚出产的橡胶具有竞争力，意味着橡胶工业的获利能力的增加，越来越依赖维持低工资，这又保持农村马来人的贫困状态。
印度尼西亚总统苏卡诺，在强大的印尼共产党支持下，认为马来西亚是针对印尼的新殖民主义诡计，他支持砂拉越主要由当地华人组织的共产党游击队。印尼非正规武装力量入侵砂拉越，但被马来西亚和共和联邦军队抵挡住。这个“冲突时期一直延续到1965年印尼爆发军事政变，苏卡诺下台，印尼共产党被摧毁为止。苏卡诺的继任者苏哈多改善马印关系。与此同时，菲律宾总统奥斯达多·马卡帕加尔重新提出菲律宾拥有沙巴，其理由是文莱苏丹在1704年将沙巴让与苏禄苏丹国。1966年，菲律宾新总统马可仕放弃这个要求，但这个主张依然是菲律宾与马来西亚关系的争执点。 [35][36]
1930年代的大萧条及此后的中国抗日战争终止华人向马来亚的移居，稳定马来亚的人口分布比率，终止马来人可能在自己家乡成为少数群体的忧虑。1957年马来亚独立时，马来人人口比例占49%，华人38%，印度人11%。由于马来人直到最近，依然维持较高的出生率，在2000年，马来人的比例增长到55%。这个等式曾在新加坡加入马来西亚时打破，华人的比率增加到将近40%。巫统和马华公会均害怕李光耀的新加坡人民行动党（当时被看作是极端的社会主义政党）对马来亚选民的吸引力，他们试图在新加坡组织政党以挑战李光耀的地位。即使李光耀先前承诺人民行动党不会参加1964年的马来西亚大选，但面临这种挑战，他转而威胁将派出候选人参加马来亚联邦大选。为此东姑阿都拉曼要求新加坡退出马来西亚。1965年8月9日新加坡宣告独立。 [37].
独立的马来西亚最迫切的问题在于教育，以及各民族的经济力量相差悬殊。在马来亚独立后的第一次国会大选中，巫统和马华公会的联盟几乎囊括议会的所有席位，仅丢失一席，可以说欠缺有效的反对党来制衡，因此对这些问题的角力只限于执政派内部。这两个问题是互相关联的，由于华人在教育上的优势，也导致他们得以控制国家的经济，巫统领袖则决意要终结这个关联。马华公会内部对这个问题非常矛盾，一方面必须保护其自己社群的利益，另一方面必须保持与巫统的良好关系。1959年，这在华人公会内部导致一场危机。马华公会的首领林苍祐决定反对巫统的教育政策。但在东姑阿都拉曼威胁让两党联盟破裂后，马华公会又被迫让步。
1961年通过的教育法，是巫统将教育议题立法规范的胜利。此后，中学只使用马来语和英语为媒介语，而在政府小学只以马来语为媒介语。虽然华人和印度人社群可以保持他们的华文小学和淡米尔文小学，但学生必须学马来语，而且必须公认的马来课程。最重要的是马来亚大学（1963年从新加坡迁到吉隆坡）的入学考试采用马来文，虽然直到1970年代为止，大多数教学是以英语进行的。这使得华人学生被排除在外。同时，马来文学校获得政府大笔资金津贴，马来人获得绝对优待。马华公会在教育政策上的挫败，减弱华人社会对巫统的支持。
与教育方面一样，巫统政府未明白说出的经济发展政策议程，是将经济势力从华人手中转移到马来人手中。首两个马来亚计划，以及第一个马来西亚(大马)五年计划（1966年至1970年）将资源大量导向对农村马来社群有利的发展上，比如乡村学校、农村公路、医院和灌溉计划。国家设立一些机构，协助马来人的小园主提升其生产和收入。联邦土地开发局帮助许多马来人购买土地或改良已拥有的土地。国家也提供许多诱因及低息贷款协助马来人创业。政府招标时有系统地优惠马来人公司，这导致许多华人企业“马来化”其经营方式。这些措施确实帮助减少马来人和华人之间的生活水平差异，但也有人认为随着马来西亚经济和贸易的发展，两个社群之间的差异无论如何都会减少。
马华公会和印度国大党在这些政治运作过程中与巫统的勾结，使得它们丧失许多华人和印度人选民支持。与此同时，政府在1950和60年代的积极平权措施在马来人中创造一个受过教育但学非所用，因此心怀不满的阶层。这是一个危险的组合，并导致新党派的成立。1968年马来西亚民政运动党（民政党）成立，它立意成为一个超越民族的政党，成员包括马来商会人士与马来知识分子，也包括华人和印度人领袖。同时政治伊斯兰主义的马来西亚伊斯兰党和另一个华人占多数的社会民主主义政党——民主行动党则获得越来越多的支持，而巫统和马华公会获得的支持则相对被削弱。
在1969年5月的联邦大选中，巫统-马华公会-国大党联盟只获得48%的选票，但在议会中它依然保有多数席次。马华公会在以华人为主的地区，将大多数席位败给民政党和民主行动党。根据官方的说法，反对党在吉隆坡主要街道进行胜利游行，支持者手持扫帚，意指该党意图进行扫除性的变革。由于担心这所谓的变革是针对马来人而来，马来人的因而“展开反击”，导致排华动乱五一三事件。约有六千所华人住宅和企业被焚毁，至少184人丧生。[38][39] 但据后来解密的英国情报局官方文件显示，这实际上是一场有策划性的政变，在巫统内部新崛起的马来菁英通过这场包装为种族冲突的军事政变，推翻当时的首相东故阿都拉曼。[40] 当时，政府宣布进入紧急状态，由副首相阿都拉萨为首的国家行动理事会，从东姑阿都拉曼政府手中接管大权。1970年9月东姑阿都拉曼被迫下台，将权力交给阿都拉萨。
政府运用英国在紧急状态时期留下的内安法令冻结议会和政党、进行媒体审查制度，并严格限制政治活动。内安法令允许政府不需经过法庭审理，即可无限期关押任何人。宪法被修改后，任何对马来西亚最高元首的批评被看作非法（在国会内议员可以议论元首但不允许发表推翻元首的言论），马来人及东马土著在国内享有特殊保护的地位，马来语获得官方语言的地位。
马来西亚成立之初，即经历了马印冲突、1965年8月9日新加坡脱离大马[41]、1969年五一三事件[38][39]及1969年居銮水灾[42][43][44]。
1971年议会恢复，一个新的政府联盟——国民阵线组成的政府正式就任。这个联盟包括巫统、马华公会、印度国大党和被削弱的民政党，以及沙巴和砂拉越的地方党派。民主行动党是政府外唯一主要的反对党。回教党也加入国民阵线，但在1977年被逐出。阿都拉萨任职为首相直到1976年逝世。1981年7月16日，马哈迪·莫哈末上台后执政长达22年（至2003年10月31日），在他任期内，马来西亚经济发展显著，贫困率大幅度降低。
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在1970年，马来西亚有75%生活在贫困线以下的人是马来人，当时大多数马来人依然是农庄工人，被排除在现代经济之外。1971年政府引入的新经济政策打算使用四个五年计划（从1971年到1990年；然而到目前2010年这个政策仍在执行）改变这个状况。这个计划有两个目标：消灭贫困，尤其是农村的贫困，并且消除种族与经济运作之间的联系。后面这个目标被解读成将经济势力从华人转到马来人手中。
为了克服贫困，政府将25万马来人移居到新开辟的农业地区，对农村基础建设做了更多投资，并在农村开辟自由贸易区来创造新的制造业工作机会。在1970年代和1980年代，农村贫困确实减少了，尤其在马来半岛上效果明显。在这些年，马来西亚城市的发展迅速，尤其吉隆坡即吸引乡村的马来人移民，也吸引印度尼西亚、孟加拉国、泰国和菲律宾的移民。
1981年马哈迪·莫哈末出任首相后宣布向东学习政策，即向日本和韩国学习。日本和韩国的现代化工程成了马来西亚的楷模。这也是马哈迪为了不想照抄西方现代化模式而另觅的新路。同时因为马哈迪的领导，马来西亚也经历了前所未有的迅速发展，马来西亚拥有完善的设施、良好的投资环境和世界级的海港空港。马哈迪在任期间马来西亚的地理景观出现了巨大的变化，这些变化包括建造马来西亚首都吉隆坡地标双峰塔、建造世界级水准的吉隆坡国际机场、建造连接北马到南马，马来西亚最长的高速公路南北大道和建造多条高速公路、建造首都轻快铁、发展布城和发射多枚“MEASAT”等等的人造卫星，以及其他发展项目。在他的领导下，马来西亚经济稳健发展。在1997年亚洲金融危机前的10年里，马来西亚经济年均增长率达8%以上，马来西亚在全球经济竞争力排名表上跃居第21位，人均年收入从1986年的1830美元增加到1996年的近4000美元，国民富裕程度在整个东南亚地区仅次于新加坡和汶莱。
56岁的马哈迪在1981年7月16日宣誓就职首相。[45]他的第一个行动是释放内安法令下扣留的21个扣留者，包括记者沙末依斯迈及在胡先翁内阁担任副部长的阿都拉阿末，因被怀疑进行地下共产党活动。[46]马哈迪委任慕沙希淡成为副首相。[47]同年12月31日23时30分，马哈迪宣布把马来亚半岛时间调快30分钟使之与东马时间相同，新加坡政府也随之更改，一直沿用至今[48]。
在马哈迪担任首相期间（1981年至2003年），马来西亚经历巨大的经济成长。[49]由原先以农业为基础的经济，转变为以制造业与工业为主的经济，特别在电脑与消费性电器产品。在这段期间，马来西亚的地理景观也因着多项大型计划而改变。包括国家石油公司的双峰塔（曾经是世界最高建筑物，目前仍是世界最高的双子星大楼）、吉隆坡国际机场、南北大道、雪邦国际赛道、多媒体超级走廊、峇贡水坝以及布城：新的联邦行政首都。因为努力推动国家经济发展，马哈迪被尊称为现代化之父（Bapa Pemodenan）[50]。
1998年，亚洲金融危机使马来西亚的经济和政局严重受挫；马哈迪在公开批判货币投机家暨股票投资家索罗斯等外汇投机客、下令禁止股票放空的同时，拒绝时任副首相安华·依布拉欣以及国际货币基金组织的危机缓解“药方”，对货币进行管制。经济专家当时认为外资将因此却步，马来西亚会步入经济衰退期；之后马哈迪的政策收到成效，领导马来西亚走出金融危机，经济复苏步伐是当时受金融危机打击国家中最快的。1999年，马来西亚重新步上经济成长轨道，经济增长率接近金融危机前的水平，该年经济成长率约达6%；2000年，马来西亚获国际评级机构穆迪调升评级，指其经济发展前景稳定，整体经济表现优于邻近的泰国、印尼和菲律宾等国[51]。
在马哈迪的领导下，马来西亚从一个普通的发展中国家转变成一个新兴的工业化国家，经历了巨大的经济成长。1997年亚洲金融危机前，马来西亚在全球经济竞争力排名表上跃居第二十一位，人均年收入从1986年的1830美元增加到1996年的3627美元，国民富裕程度在整个东南亚地区仅次于新加坡和汶莱，是泰国的2倍和印尼的5倍。马哈迪政府也尝试将马来西亚打造成区域教育中心的同时，教育及语言政策趋向于宽松与开放，包括让英语成为许多公立及私立大专院校的教学语言、中小学英文教数理政策，以及让华文教育组织建立南方学院、新纪元学院及韩江学院。
在2002年6月22日的巫统大会中，马哈迪宣布他将会辞去首相职，许多支持者涌往台上泪流满面地试图挽留他。之后他定于2003年10月退位，给予他有时间以确保他选定的继任者阿都拉有序及没有争议的权力交接，10月31日正式把首相职务移交于阿都拉·巴达威。[52]在职首相达22年，马哈迪在退位时是世界上在位最久的被选举国家领导人[53]，他也是马来西亚在任最久的首相。
2003年10月31日，阿都拉·巴达威正式从马哈迪·莫哈末手中接任马来西亚第五任首相。在2004年马来西亚大选中阿都拉领导的国民阵线大获全胜，几乎将回教党和人民公正党扫出议会，只有民主行动党赢回它1999年失去的席位。
2008年3月8日，马来西亚第十二届大选，国民阵线遭到挫折，失去了三分之二国会议席的多数优势。阿都拉原定于2010年转让职权给其副手纳吉·阿都拉萨，由于遭到巫统高层的压力下，于10月宣布提早至2009年3月的巫统党选后转让职权，同时也不寻求蝉联巫统主席职。
2009年4月2日，阿都拉正式卸下首相职务，把职权转让给纳吉，纳吉因此成为了第六任马来西亚首相。隔日，阿都拉获马来西亚最高元首封赐马来西亚封衔“敦”[54]。
2008年大选，国阵遭受重大的意外挫折，国阵以往在国会中长期垄断的三分之二绝对多数优势（修宪门槛）遭反对党打破，只能以简单多数执政，这是1969年以来的首次。同时，国阵也失去四个州（槟城、雪兰莪、吉打及霹雳）的执政权，再加上原本由伊斯兰党执政的吉兰丹，反对党执政的州属首次达到五个。
公正党、行动党和伊斯兰党在这些州组成联合政府，并成立新的政治联盟——人民联盟（民联），与国阵分庭抗礼，首次形成“两线制”的政治格局。身为公正党顾问的安华也在随后的补选中回到国会。
时任首相阿都拉巴达威则在巫统党内逼宫的压力下，于2008年10月宣布将于次年4月引退、由副首相纳吉接棒。
同时，为巩固民联这个新的联盟，安华提出“九一六变天”计划，意图游说东马二州的国阵议员在2008年9月16日前后加入民联以促使国阵联邦政府下台，而国阵则积极防范，让东马的国阵议员集体到台湾及中国大陆“出国考察”，使民联的游说计划难以进行。最后，安华只成功拉拢两位沙巴进步党的议员倒戈。接着，安华又在霹雳成功拉拢一位巫统州议员加入公正党，试图巩固霹雳州的微弱多数政府。
然而，国阵随后展开反制措施，成功在2009年2月拉拢霹雳州民联三名州议员集体退党，触发持续一年的“霹雳州宪政危机”，双方在州议会和法庭经历激烈的宪政角力后，该州政权最后再度回到国阵手中。成功领导国阵夺回霹雳州政权的纳吉，则在2009年4月3日顺利接过首相一职，成为马来西亚第六任首相。
2009年4月3日，纳吉·阿都拉萨在国家皇宫宣誓就任马来西亚首相。4月9日，纳吉召开首场新闻发布会宣读新内阁名单，会上允许国内外媒体采访，但拒绝接受记者的任何提问，而《独立新闻在线》是唯一遭首相署办公室下令禁止采访的网络媒体，《独立新闻在线》总编辑庄迪澎隔日致函首相署，要求说明禁止采访记者会的原因，但未获得答复。非政府组织独立新闻中心（CIJ）与维护媒体独立撰稿人联盟（WAMI）对此发表联合声明，批评纳吉自毁公信力。声明指出，《独立新闻在线》因日前刊登了一些评论，批评了《中国报》与《星洲日报》针对纳吉的正面报道，亦强调禁止记者采访已违反媒体自由的原则[55]。
纳吉承诺对受到许多批评的法律进行全面检讨，如允许无限未审先扣的法令。他虽曾经向马来西亚人民承诺不会执行任何与《内安法令》相似的扣留令，但2013年9月25日内政部却提呈《2013年防范罪案（修正与扩充）法案》一读，引起在野党议员抨击，公正党巴东色海议员苏仁德兰怒斥纳吉为“史上最会说谎”的首相（The most lying PM）[56]。
2013年4月3日，纳吉于上午11时35分宣布解散国会，这也是马来西亚历史上最迟解散的国会。5月5日的大选，国阵虽胜出，但普选票较民联少。在大选投票和点票期间，出现了多种不同的选举舞弊情况，最终在一片争议声中纳吉连任马来西亚首相[57]。
纳吉任内设立了一个马来西亚发展有限公司（1MDB），其设立目的为建立全球伙伴关系和促进外商直接投资，是国家的战略举措[58]。然而，1MDB却在2015年被爆出负债110亿美元，马来西亚前首相马哈迪·莫哈末表示，1MDB借贷太多，而且缺乏透明度。随后，美国《华尔街日报》报导称有7亿美元（折合马币约26亿令吉）从此公司转入纳吉的私人户口，引发马来西亚国民哗然。1MDB贪腐案也涉及许多国家。马哈迪和时任副首相慕尤丁的阵营公开批评，导致马哈迪失去在国家机关和公司担任的职务，慕尤丁也丢失副首相职位。[59]。对此，纳吉与1MDB皆予以否认，纳吉更声称此事件为“政治迫害”[60]。2016年1月26日，马来西亚总检察长莫哈末阿班迪阿里表示，上述争议款项是沙特王室2013年作为私人捐款送给纳吉的，而纳吉亦已将其中6.2亿美元退还沙特王室。他说，纳吉没有违反任何法律，也不会受到任何制裁，此案到此为止。批评人士指出，一个由纳吉新任命的总检察长，如今宣告纳吉没有犯罪，虽然再次使纳吉政权恢复了“合法性”，但是笼罩在纳吉政权头顶上的“不信任阴云”丝毫没有消散[61]。
2020年7月28日，吉隆坡高等法庭宣判，纳吉涉及一马弊案的SRC洗钱案的7项指控全部成立，判处监禁12年和罚款2亿1000万令吉，若无法缴付罚款则加监5年[62][63][64][65]。
2015年4月1日，纳吉推行了消费税(GST)，税率为6%[66]，并对某些物品及服务实施豁免消费税举措[67]。
自GST推行之后，据智库达鲁依山研究所的民调显示，有八成以上的民调觉得消费税会带来通货膨胀[68]，自马哈迪·莫哈末于2018年再任相之后，于6月1日将GST降至0%，马来西亚的GST政策实施三年两个月后停施[69]。
2015年12月，《2015年国家安全理事会法案》经过六小时的辩论后在国会通过。这法案赋予首相更大的权力，可以以安全理由指定马来西亚任何地区为保安区[70]。执法机构可以在被指定的地区无需准证进行逮捕，搜查及没收任何产业[71]。该法案受到人权组织批评指允许政府滥权[72]。马来西亚律师公会直呼这是“倾向成为专制政府”的法案[73]。政府捍卫此法案，部长沙希淡卡欣表示该法律可以更好的协调各制服执法单位，对安全威胁即时做出反应采取行动，还有该法律不违反联邦宪法下的基本人权保障[71]。
2018年5月9日为第十四届马来西亚大选，纳吉领导的国阵通过各种手段（选区划分不公[74]、舞弊[75]、对付反对党支持者[76]），却在大选中落败[77]。5月10日，纳吉召开记者会表示尊重人民的决定，承认败选并承诺和平移交政权，[78]使马来西亚的政党首次轮替。随着国阵惨败，5月12日纳吉宣布辞去巫统主席及国阵主席职务，以示负责，由巫统副主席阿末扎希代掌巫统主席职务。[79]
5月21日，前任内政部副部长诺嘉兹兰接受英文《太阳报》访问时首度炮轰纳吉和其家人的形象，导致国阵和巫统在第十四届大选失去政权。他认为，纳吉不可能没有意识到领导层的问题，以及对方无法在一个马来西亚发展有限公司丑闻课题上处理贪腐指控，以致国阵和巫统承受败选[80][81][82]。
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2018年5月9日第14届全国大选，由前首相马哈迪·莫哈末领导的反对党联盟——希望联盟获得政权。希盟拿下113个国席，而国阵赢得79席、伊党18席、沙巴民族复兴党八席，独立人士三席及沙巴团结党一席[83]。这是最具历史性的一天，“全民海啸”终结了自马来亚独立以来（长达61年）未尝一败的联盟（1973年成立的国民阵线的前身）/国民阵线的政权，为马来西亚政坛写下了新的一页。等待计票过程中，不断传出舞弊事件如陌生车辆进入投票站灌票，选委会主席不愿签署表格14导致成绩公布缓慢等。但自选举成绩出炉后，迟迟不见人影的前首相纳吉拉萨与5月10日早上11时在PWTC巫统大厦的记者发布会上宣称本届大选成绩证明了选委会没有舞弊。经过了一般波折，马哈迪于晚上9点30分国家皇宫内，向国家元首苏丹莫哈末五世陛下完成宣誓，93岁的马哈迪正式成为马来西亚第7任首相，同时也破了世界记录，“以最高年龄接任首相的国家领袖”和“唯一两度当上首相的领袖”。[84]
马哈迪承诺上任后马来西亚会“恢复法治”，并对一个马来西亚发展有限公司丑闻（1MDB）做出深入及透明的调查；他对媒体表示，如果前首相纳吉·阿都拉萨犯错，纳吉自己须对此承担后果[85]。
政府的目标是“2020年宏愿”，让马来西亚在2020年成为先进国家。然而，这留下未解的问题，究竟马来西亚会在何时且如何充分实现第一世界的政治体系（多党民主制、自由的媒体、独立的司法审判，并恢复公民与政治自由），以齐头赶上它的经济成熟。[86]此外，纳吉政府在提呈2017年财政预算案时，宣布落实2050年国家转型计划。[87]。自纳吉下台，接由马哈迪的再执政后，马哈迪提出前朝政府所推行的政策与达至2020宏愿不符，从而导致推迟该目标至2025年或更早。[88]
2020年2月末，希望联盟政府倒台，引发政治危机[89]。希望联盟成员土著团结党分裂，以主席慕尤丁为首的大多数成员称土团党退出希盟，与之前的执政联盟国阵及未曾执政的伊斯兰党组成国民联盟，并在3月1日正式组成新政府，由慕尤丁出任首相。然而慕尤丁得以在此次政治危机中任相充满争议，而前任首相马哈迪·莫哈末则形容慕尤丁的做法等同背叛。[90][91]
2021年，慕尤丁在国阵撤回支持下辞职，由巫统副主席伊斯迈沙比里担任第9任首相，因此国阵回归执政权。然而在2022年大选下，国阵大败，希盟和国盟造成马来西亚首次悬峙议会，最终在希盟成功拉拢国阵、民兴党、砂盟等党派组联合政府，安华也被委任第10任首相，政治危机因此解除。
以下列表是马来西亚历代最高元首的原属州属及在位日期[92]：
| No. | 名字 | 州属 | 在位年份 | 生 | 卒 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 端姑阿都拉曼 | 森美兰州 | 1957年8月31日－1960年4月1日 | 1895年8月24日 | 1960年4月1日 |
| 2 | 苏丹希沙慕丁沙 | 雪兰莪州 | 1960年4月14日－1960年9月1日 | 1898年5月13日 | 1960年9月1日 |
| 3 | 端姑赛布特拉 | 玻璃州 | 1960年9月21日－1965年9月20日 | 1920年11月25日 | 2000年4月16日 |
| 4 | 端姑依斯迈·纳西鲁丁沙 | 登嘉楼州 | 1965年9月21日－1970年9月20日 | 1907年1月24日 | 1979年9月20日 |
| 5 | 端姑阿都哈林 | 吉打州 | 1970年9月21日－1975年9月20日 | 1927年11月28日 | 2017年9月11日 |
| 6 | 端姑雅亚·柏特拉 | 吉兰丹州 | 1975年9月21日－1979年3月29日 | 1917年11月10日 | 1979年3月29日 |
| 7 | 苏丹阿末沙 | 彭亨州 | 1979年3月29日－1984年4月25日 | 1930年10月24日 | 2019年5月22日 |
| 8 | 苏丹马末·依斯干达 | 柔佛州 | 1984年4月26日－1989年4月25日 | 1932年4月8日 | 2010年1月22日 |
| 9 | 苏丹阿兹兰沙 | 霹雳州 | 1989年4月26日－1994年4月25日 | 1928年4月19日 | 2014年5月28日 |
| 10 | 端姑查法 | 森美兰州 | 1994年4月26日－1999年4月25日 | 1922年7月19日 | 2008年12月27日 |
| 11 | 苏丹沙拉胡丁·阿都阿兹沙 | 雪兰莪州 | 1999年4月26日－2001年11月21日 | 1926年3月8日 | 2001年11月21日 |
| 12 | 端姑赛西拉祖丁 | 玻璃市州 | 2001年12月13日－2006年12月12日 | 1943年5月17日 | |
| 13 | 端姑米占·再纳·阿比丁 | 登嘉楼州 | 2006年12月13日－2011年12月12日 | 1962年1月22日 | |
| 14 | 端姑阿都哈林 | 吉打州 | 2011年12月13日－2016年12月12日(第二次出任) | 1927年11月28日 | 2017年9月11日 |
| 15 | 苏丹莫哈末五世[93] | 吉兰丹州 | 2016年12月13日－2019年1月6日 | 1969年10月6日 | |
| 16 | 苏丹阿都拉 | 彭亨州 | 2019年1月31日-2024年1月30日 | 1959年7月30日 | |
| 17 | 苏丹依布拉欣·依斯迈 | 柔佛州 | 2024年1月30日-至今 | 1958年 11月22日 |
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