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馬來西亞是一個擁有狹長海岸線（如馬六甲海峽），並且接受全球貿易與外來文化影響的東南亞國家。過去，傳自印度的印度教與佛教文化一直主導該國的早期區域史，其影響力於西元7世紀到14世紀之間擴大至蘇門答臘、爪哇、馬來半島以及婆羅洲諸多地方，並在室利佛逝文明於蘇門答臘島的統治時期達到頂峰。
在前3—1世紀，即已出現古吉打王國（羯荼）[1]；布央谷文明則在3世紀出現。[2]10世紀起來自中東的穆斯林就曾多次坐駱駝，途徑馬來半島。1136年第9任吉打統治者瑪哈拉惹得哇拉惹二世自印度教皈依伊斯蘭教，改稱蘇丹慕查法沙，建立吉打蘇丹王朝，興都王朝也就此走入歷史。[3]
15世紀伊始，島上以馬六甲為首的一些新興蘇丹國開始採用伊斯蘭教，使得伊斯蘭教對馬來人產生深遠影響，同時反之亦然。
1511年，葡萄牙人佔據馬六甲，成為在馬來半島和東南亞地區建立定居點的第一個歐洲殖民列強，而荷蘭人也在1641年緊隨其後。然而，當英國人在亞庇、古晉、檳城和新加坡初步建立軍事基地之後，他們卻成為最終能夠確保其霸權橫穿各個領地（包括當今大馬）的外來殖民統治勢力中的佼佼者。與此同時，在歐洲傳教士的協助下，天主教和基督教得以向東南亞甚至東亞腹地（如澳門、香港、臺灣）廣為傳播。
出於外部因素影響，現在的馬來群島地區被劃分成六個主權國家（即馬來西亞、新加坡、印度尼西亞、汶萊、東帝汶和菲律賓）。儘管如此，基於地理和歷史連接，今天的馬來西亞在文化和語言上，與馬來群島國家之間的差別較少。
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馬來西亞成立前的歷史，可按照外界影響的主要因素分為四個階段：
- 第二階段：伊斯蘭文明的興盛。伊斯蘭教早在10世紀傳至馬來西亞，但直到14世紀和15世紀，三佛齊覆滅後不久，伊斯蘭教才在馬來半島奠定根基。這個地區分裂成眾多以伊斯蘭教為主的蘇丹國，其中最突出的是馬六甲蘇丹王朝。伊斯蘭文化對於馬來人產生深遠影響，但是同時它也受到馬來民族的影響。
- 第三階段：歐洲殖民勢力的入侵。葡萄牙是歐洲第一個在馬來西亞建立勢力的殖民強權，於1511年佔領馬六甲，緊接着是荷蘭。然而，英國先在亞庇、古晉、檳城與新加坡建立基地，最終取得在當今馬來西亞領土上的霸權。1824年英荷條約規定英屬馬來亞和荷屬東印度群島（即後來的印度尼西亞）之間的界線。
1942年至1945年日本佔領這個地區，給英國在東亞的勢力與以致命打擊。雖然日本佔領的時期相當短，但是它激起英屬馬來亞和其它地區的反殖民民族主義。馬來人民族主義又激起華人的反對。華人懼怕馬來人和伊斯蘭教的支配地位，許多華人因此參加馬來亞共產黨。在英國軍方的強烈鎮壓，以及馬來人和華人政治領袖的協商退讓下，共產黨暴動被撲滅，1957年馬來亞聯合邦宣告獨立。
1950年代至1960年代，英國在東南亞的四個殖民地先後取得獨立或被授予自治地位，當中包括英屬馬來亞（1957年8月31日起獨立並改稱「馬來亞聯合邦」）、新加坡（1959年6月3日起自治建邦）、英屬砂拉越（1963年7月22日起自治）與英屬北婆羅洲（1963年8月31日起自治並改稱「沙巴」）[5]。1963年9月16日，這四個國家和地區參組馬來西亞，成為新的聯邦制國家。
1963年至1966年，馬來西亞與印尼交惡，旋即爆發軍事衝突，史稱「印馬對抗」。1965年8月9日，由於聯邦政府和新加坡州政府之間的政治分歧日益嚴重，致使新加坡被迫選擇獨立，從而離開馬來西亞[6]。雖然馬來西亞政府後來克服這兩個危機，但因其產生的內部矛盾仍舊導致1969年間五一三事件的發生。馬來西亞為此進入緊急狀態，政治生活和國民自由受到限制。從1970年開始，巫統（UMNO）在華人和印度人領袖的協助下組成國民陣線[來源請求]，執政至2018年馬來西亞大選。
2015年，時任馬來西亞首相納吉·阿都拉薩遭《砂拉越報告》和美國《華爾街日報》指控，將馬來西亞政府管轄的一個馬來西亞發展有限公司（1MDB）資金轉入他的個人銀行戶口，涉及金額超過26.7億令吉（近7億美元）。事件被揭發後，隨即激起馬來西亞人民的批評聲浪。
2018年馬來西亞大選，由馬哈迪·穆罕默德帶領的反對黨希望聯盟在選舉上獲得首次勝選，終結國民陣線長達61年的執政，寫下1957年馬來西亞獨立後首次政黨輪替紀錄；馬哈迪以92歲10個月的年齡再次擔任首相，成為全球最高齡的民選國家領導人及政府首腦。他領導的新政府上台後表示有足夠的證據重新調查一個馬來西亞發展有限公司醜聞。
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在馬來半島、沙巴與砂拉越均有考古遺留出土。人類在這個區域棲息的最古老證據可追溯到距今四萬年前[7]。這些舊石器時代獵人可能是塞芒人的祖先，這個矮黑人群體在馬來半島具有極深的淵源[8]。
瑟諾伊人似乎是個複合群體，有一半的母系DNA譜系來自塞芒人，另有一半來自晚近從中南半島遷來的祖先。學者主張他們是早期南島語族農耕者的後代，大約在距今四千年前，將語言與技術帶到半島南部。他們與塞芒人結合起來並混血。[9]
原生馬來人具有較多樣的源頭[10]。即使他們顯示某些與海洋東南亞的關連，有些人具有來自中南半島的祖先，約在距今二萬年前的最晚近的冰期高峰。某些人類學家支持原生馬來人源自今天中國雲南的說法[11]。
接下來則是在全新世早期，經由馬來半島往馬來群島的人口擴散[12]。大約在公元前300年，原生馬來人遭到次生馬來人推往內陸。次生馬來人是鐵器時代或青銅時代的人群，其祖源部份來自柬埔寨與越南的占族。這些次生馬來人是半島上第一個使用鐵器的人群，他們是現在馬來西亞馬來人的直接祖先。[8]
印度文明對馬來群島的影響，至少可追溯至公元前3世紀。古代印度人稱馬來半島為黃金半島（梵語：Suvarnadvipa）。在托勒密的世界地圖上，也稱馬來半島為黃金半島（拉丁語：Golden Chersonese），馬六甲海峽則稱為象牙海灣（拉丁語：Sinus Sabaricus）[13]。當時，華人是純粹為經商而前往該地，但是印度人不同，他們開始時前往經商，結成市集，繼而則傳教，更進一步在馬來半島，甚至東南亞各地，先後建立許多印度化王國[14]:283。
印度商人開來到馬來群島購買豐富的森林和海洋產品，並與和當時來到這裏的華人商人進行貿易往來。華人與印度人在2世紀與3世紀在此區域建立許多貿易港與城鎮，依據中國史料記載，數量多達30個。在公元的最初幾個世紀，馬來半島的人們信仰佛教和印度教等印度宗教，並採用梵語做為書寫文字。1世紀時佛教和印度教均在馬來半島立足，並從這裏傳布到整個群島。
伊斯蘭教經由印度傳到馬來群島，而且有別於中東，這裏的伊斯蘭教受蘇非主義的神秘傳統所影響，並吸收某些馬來人的原始泛靈論和印度教傳統。由於伊斯蘭教是藉由貿易者，而不是藉由軍事征服而引進的，因此並沒有強加阿拉伯語和阿拉伯政治習俗。由於大多數馬來族群無法閱讀以阿拉伯語寫成的《可蘭經》，因此馬來地區的伊斯蘭教不像阿拉伯世界那麼嚴格。而且由於當地的馬來統治者保有他們的權力，伊斯蘭教士不像其它伊斯蘭世界一般獲得政治影響力。
在2世紀與3世紀有為數眾多的馬來王國，依據中國史書記載達30個。吉打，在古代梵語稱為Kedaram或kataha，位於印度人貿易者與國王直接入侵馬來半島的路徑上。根據地位於現今印度泰米爾納德邦的朱羅王朝皇帝Rajendra Chola，在1025年將吉打納入版圖，但他的繼承人Vir Rajendra Chola必須敉平吉打的叛亂, 以打倒入侵者。
已知最早在現今馬來西亞地區立基的王國是古代帝國狼牙脩，位於馬來半島北方的珍尼湖附近。它與位於柬埔寨的扶南有着緊密關聯，扶南統治馬來西亞北部直到6世紀為止。依據《馬來紀年》記載，高棉帝國王子Raja Ganji Sarjuna 在7世紀於現今霹靂州木威（Beruas）創立剛迦王國。5世紀的中國史書提到南方的一座大港Guantoli，位於馬六甲海峽之中。在7世紀，史書記載有一個新港口名為「室利佛逝」(Shilifoshi)，據信這是當時唐朝對三佛齊的稱號。
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砂勞越王國，又名布魯克王朝以「白人拉惹（英語：White Rajahs）」的身份統治砂拉越一百年。在布魯克王朝統治下，砂拉越政府採納愛國主義政策，以保障土著權益和福利。砂拉越政府成立了由馬來人為首的最高委員會，對政府的決策提出建議。最高委員會的首次會議於1867年在民都魯舉行。最高委員會亦成為了馬來西亞聯邦歷史最悠久的立法機關。同時，伊班族人和達雅族人亦被聘用作民兵。布魯克王朝亦鼓勵華商移民到砂拉越以協助砂拉越的經濟發展，尤其是在發展礦業和農業方面。當時，西方資本家被限制進入砂拉越，但砂拉越政府亦容許基督教傳教士到砂拉越傳教。 當時的砂拉越政府亦禁止海盜、奴隸制度和獵首。1856年，婆羅洲有限公司（英語：Borneo Company Limited）成立，並在砂拉越從事各種業務，包括貿易、銀行、農業、採礦及發展等行業。
詹姆斯·布魯克原本居於古晉的一家馬來風格的屋子內。1857年，以劉善邦為首的石隆門客家華人淘金者破壞布魯克的居所。詹姆斯逃離後，與查爾斯及其馬來族、伊班族支持者召集了一支規模更大的軍隊。幾天後，布魯克的軍隊成功截斷華人叛軍的逃走路線，並在2個月後殲滅叛軍。布魯克家族其後在古晉砂拉越河畔建立新居所，亦即現今的阿斯塔納皇宮（英語：The Astana, Sarawak）。隨後，布魯克家族於1860年在木膠打敗了汶萊皇室的反布魯克王朝派系，又平息了包括伊班族領袖仁答和馬來族領袖沙里夫·馬沙荷（英語：Syarif Masahor）在內的知名反抗者。砂拉越政府在古晉周圍興建炮台，以鞏固拉惹的權力，其中便包括1879年建成的瑪格烈達堡（英語：Fort Margherita）。1891年，查爾斯·安東尼·布魯克成立婆羅洲歷史最悠久的博物館砂拉越博物館。
砂拉越首任拉惹詹姆斯·布魯克爵士詹姆斯·布魯克統治砂拉越後，砂拉越的領土向北擴張。1868年，詹姆斯逝世，由其侄子查爾斯·安東尼·約翰遜·布魯克（英語：Charles Brooke, Rajah of Sarawak）繼位，其後再由其子查爾斯·懷納·布魯克（英語：Charles Vyner Brooke）繼位，並由其弟伯特倫·布魯克（英語：Bertram Willes Dayrell Brooke）輔政[47]。詹姆斯和查爾斯均與汶萊簽約，作為擴張砂拉越領土的策略。1861年，汶萊割讓民都魯給詹姆斯，其後在1883年，砂拉越的領土擴張至峇南河（英語：Baram River）一帶。1885年，布魯克家族又購入林夢一帶的土地，並在1890年將其納入砂拉越的版圖。砂拉越的擴張活動直至1905年汶萊割讓老越給砂拉越後方告終止[48][49]。砂拉越當時設有5個省份，其邊界對應了布魯克家族多年來的土地收購順序，而各省由一名參政司領導[50]。1850年，砂拉越被美國承認為獨立國家，其後英國亦在1864年承認。砂拉越在1858年發行其法定貨幣砂拉越元（英語：Sarawak dollar）[51]。[52]。
1941年布魯克王朝統治砂拉越100周年之際，《1941年砂拉越憲法（英語：1941 constitution of Sarawak）》制訂，《憲法》限制了拉惹的權力，讓砂拉越人民在政府運作上扮演更大的角色。但是，草擬的憲法包含了違規行為，包括查爾斯·懷納·布魯克和英國政府官員之間的秘密協議，該秘密協議訂明懷納·布魯克將砂拉越割讓給英國成為直轄殖民地，而英國則給予懷納·布魯克及其家庭經濟補償。
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在4世紀至7世紀馬來亞半島興起室利佛逝王朝（Srivijaya），亦稱三佛齊（Samboja），逮至13世紀時期[14]:283。
馬來半島許多地區由三佛齊帝國所統治。三佛齊到底在什麼地方至今未能考證，估計位於蘇門答臘東部某條河的入海口附近，有可能就是今天的巨港。三佛齊的國王統治着一個由蘇門達臘的濱海地區、馬來半島和婆羅洲所組成的、鬆散的海上王國達700年。其中有部分時間，三佛齊也控制爪哇島部分地區，不過爪哇島上的各個小王國始終抗拒三佛齊的霸權統治。三佛齊是一個商業國家，歡迎每年一度來自中國和印度的船隊到這裏來做生意，有時甚至有從日本、阿拉伯和伊朗的船隻到達。三佛齊最大的敵人是北方的暹羅，暹羅多次試圖從北部征服三佛齊。為了與中國結盟以對抗這些敵人，三佛齊向中國皇帝進貢，但從未受中國統治。
在1025年與1026年，剛迦王國遭到古淡米爾國（Sangam period）朱羅王朝皇帝Rajendra Chola I 攻打，使得三佛齊的第一個都城哥打哥拉宜因而荒廢。朱羅王朝的入侵減損三佛齊的威望，三佛齊曾將其影響力施展到吉打、北大年，遠至單馬令。
2世紀的一首淡米爾文詩Paṭṭiṉappālai，描寫來自吉打的貨物堆積在朱羅王朝首都的景象。7世紀的一齣梵文戲劇Kaumudhimahotsva，將吉打稱為卡達哈州（Kataha-nagari）。Agnipurana也提及卡達哈的領地以一座高峰為邊界，學者相信這就是吉打的日萊峰。來自Katasaritasagaram的故事描寫卡達哈的高貴生活。不久之後，信奉佛教的單馬令王國控制吉打。在11世紀，單馬令國王Chandrabhanu利用吉打做為攻打斯里蘭卡的基地，這個事件記錄在泰米爾納德邦Nagapattinum的石碑，以及斯里蘭卡的編年史《大史》。
從10世紀之後，三佛齊勢力開始減弱。三佛齊從來不是一個中央集權國家，10世紀中葉，它與爪哇一系列戰爭顯然削弱其商業發展，並導致國力衰敝。在11世紀，一支敵對勢力稱為末羅瑜（Melayu）開始對抗三佛齊。末羅瑜這個港口可能位於今天印度尼西亞蘇門達臘海岸的占碑省。末羅瑜的影響力，呈現在它是馬來（Malay）這個字的字源這個事實上。與此同時，伊斯蘭教的普及也削弱信印度教的三佛齊國王的勢力。最早皈依伊斯蘭教的地區如亞奇脫離三佛齊統治。
13世紀末，暹羅的素可泰王國控制馬來半島大部分地區。到大約1331年至1351年時，在中爪哇興起一個強大王國滿者伯夷[14]:283。1365年，爪哇人的滿者伯夷王國出兵強佔整個馬來半島[14]:283，成為其屬地之一。但直到14世紀，三佛齊依然控制着它最富饒部分，所生產的香木、海產品、金、錫、香料、臘和果乾在中國和在西方均非常暢銷。但自國王哈奄烏祿（Hajam Wuruk）於1389年駕崩後，滿者伯夷王國地位一落千丈[14]:283。是時暹羅人一舉控制印度支那，再而侵入馬來半島[14]:283。
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逮至13世紀時期，室利佛逝王朝（三佛齊）被南印度科羅曼德（Coromandel）朱烈王（Chola）所討滅後，其人民逃到一個島建立淡馬錫（Temasek），就是今日新加坡[14]:283。
自淡馬錫王國被泰人蹂躪之後，大批難民逃往馬六甲，淡馬錫國王拜里米蘇拉另建立馬六甲王國[14]:284。約在1400年，拜里米蘇拉建立馬六甲。《馬來紀年》稱他是亞歷山大大帝後代。敵國征服巨港，導致拜里米蘇拉和其他人逃離，特別航向淡馬錫以逃避迫害。他受到來自北大年，由暹羅國王指派為淡馬錫統治者的馬來蘇丹Temagi所保護。不到幾天，拜里米蘇拉就殺害Temagi，自立為統治者。大約五年後，由於暹羅勢力進逼，他被迫離開淡馬錫。滿者伯夷王國爪哇人艦隊曾攻擊淡馬錫。
拜里米蘇拉向北前進，以建立一個新的根據地。在麻坡，拜里米蘇拉考慮將他的新王國建立在Biawak Busuk或Kota Buruk。在發現麻坡的地點並不合適後，他繼續往北走。據信他在沿路曾造訪Sening Ujong（雙溪烏榮Sungai Ujong的舊名，即現在的芙蓉市），隨後到達Bertam河（馬六甲河的舊名）的河口，建立馬六甲蘇丹王朝。歷經時間演變，這個地方發展成今天的馬六甲。依據《馬來紀年》記載，拜里米蘇拉在一株「滿剌加樹」（Malacca tree，又名餘甘子）下，看見一條獵狗將一頭鼷鹿（mouse deer）逼到絕境，小鼷鹿為了自衛，將狗踢進河裏。他將這個景象視為好兆頭，決定在此建立一個名為馬六甲（Melaka，Malacca）的王國。他建立並改善貿易設施。
馬六甲建國時，中國明朝皇帝明成祖派出艦隊以擴展貿易。永樂元年（1403年），明朝使者尹慶造訪馬六甲。1405年，馬六甲遣使入貢中國，明成祖冊封拜里米蘇拉為馬六甲王國國王[15]，並且允予保護它，勿受當時泰人侵擾，於是馬六甲便繁榮起來，成為東西貿易和交通樞紐[14]:284。為了交換定期的進貢，中國皇帝提供馬六甲保護，以抵抗暹羅的不斷威脅。抑有甚者，以後鄭和船隊每次南來，必駐節於馬六甲[14]:284。1411年，拜里米蘇拉還率妻子陪臣五百四十餘人與鄭和入貢明朝，答謝明成祖，「學習中國文化」[14]:284。在這個時代前後，在馬來半島定居的華人和印度人成為今天峇峇娘惹和Chetti社群的祖先。根據一種理論，當拜里米蘇拉娶了Pasai公主之後，成為一個穆斯林，他採用當時流行的波斯銜頭"Shah"（國王），自稱依斯干達國王（Iskandar Shah）。[16]據中國史書記載，在1414年，這位馬六甲第一位統治者兒子晉見明成祖，告以父親去世消息。拜里米蘇拉的兒子隨即受到承認，為馬六甲第二任統治者，名為Raja Sri Rama Vikrama, Raja of Parameswara of Temasek and Melaka，他的穆斯林人民稱他Sultan Sri Iskandar Zulkarnain Shah 或Sultan Megat Iskandar Shah。他從1414年到1424年統治馬六甲[16][17]。馬六甲同時也變成信奉回教之信道中心，奠定今日馬來西亞以回教為國教之基礎[14]:284。透過印度穆斯林以及少部份來自中國的回人所影響，伊斯蘭教在15世紀變得越來越普遍。
馬六甲王國全盛時（15世紀），其勢力伸展到馬來半島北部以及蘇門答臘西部[14]:284。馬六甲很快就佔據過去三佛齊所統治地區，與中國建立獨立的外交關係，並控制中國通向印度的海上貿易道路。由於蒙古帝國擴張，這時從中國通向西方陸路被阻，這條海上貿易通道就變得越來越重要。馬六甲建國後數年內，正式採行伊斯蘭教，其國王稱號由拉者（Raja）改為蘇丹（Sultan）。馬六甲蘇丹王朝的政治勢力幫助伊斯蘭教傳遍馬來群島，馬六甲當時身為馬來亞半島最繁盛的王國，使這個信仰得以傳播到鄰國。16世紀初，伊斯蘭教成為馬來人主要宗教，其勢力到達現在的菲律賓，只有峇里島依然是一個孤立的印度教島嶼。
馬六甲蘇丹王朝享國一百零三年，期間國王親率陪臣妻子入貢中國者計有三人，而稱臣納貢者，亦有30次之多[14]:284。它被看作是馬來人自主統治的一個黃金時代，馬六甲蘇丹成為所有後繼的馬來統治者的榜樣。馬六甲成為馬來文化的中心，它奠定今天馬來文化的基礎：馬來土著文化與外來的印度、華人和伊斯蘭元素的融合。馬六甲風格的文學、藝術、音樂、舞蹈、衣着，及其宮廷人士的華麗銜頭，成為所有馬來人的標準。馬六甲宮廷對馬來語賦予極高聲望，這個語言最初是在蘇門答臘形成的，在馬六甲建國時帶到此地。它成為所有馬來國家的官方語言，即使許多地區依然保有地方語言。
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奧斯曼帝國阻斷歐洲與亞洲之間的陸路貿易路線，而且與印度及東南亞的貿易受到阿拉伯商人所壟斷，迫使歐洲國家尋找一條通向印度的海路。1498年，葡萄牙國王若昂二世派出瓦斯科·達·伽馬（Vasco da Gama），發現繞過好望角通向印度的海路。1511年7月1日，葡萄牙人佔領馬六甲[14]:285。阿方索·迪·阿不奎（Afonso de Albuquerque）帶領遠征艦隊來到馬來半島，經過一個月圍攻，於同年佔領馬六甲。馬六甲成為葡萄牙在東方活動的核心據點。
馬六甲蘇丹王朝最後一位蘇丹的兒子逃到馬來半島南端的民丹島，並在那裏建立一個新的國家，柔佛蘇丹王朝。馬六甲的統治消失後，馬來群島分裂為眾多互相爭戰不停的小國家，其中最重要的有亞齊、汶萊、柔佛和霹靂。其它國家有萬丹、日惹、吉打、雪蘭莪、蘇祿和登嘉樓等。16世紀末，歐洲商人在馬來亞北部發現錫礦，透過錫的出口，霹靂變得富強起來。歐洲殖民勢力繼續在這個區域擴張。葡萄牙控制對盛產香料的摩鹿加群島的貿易。1570年西班牙展開馬尼拉之戰，1571年佔領馬尼拉，經由建設馬尼拉使其位居菲律賓（亞洲）與墨西哥（美洲）的太平洋重要航點[18]。
1607年，亞齊蘇丹國極速壯大，成為馬來群島最強盛富裕的國家。在伊斯干達．穆達(Iskandar Muda，1607-1636年在位)統治下，這個蘇丹國控制的範圍延伸到蘇門達臘與馬來半島的大部分地區，締造亞齊王朝的黃金時代。他征服馬來半島的錫礦產地彭亨，並將彭亨蘇丹擄往亞齊。他所向披靡的艦隊在1629年攻打馬六甲的戰役中瓦解，依據葡萄牙史書記載，當時葡萄牙與柔佛的聯軍設法摧毀他的所有船艦，殺掉19,000名戰士。然而，亞齊的軍力並未被摧毀，因為在同一年亞齊征服吉打並把許多吉打人民遷到亞齊。這位蘇丹的外甥Iskandar Thani是彭亨的王子，後來成為他的繼承人。在Iskandar Thani統治期間，亞齊專注於鞏固內部及宗教上的統一。
在17世紀初，荷蘭建立荷蘭東印度公司（英文：Dutch East India Company，荷蘭文：Vereenigde Oost-Indische Compagnie，簡稱VOC），一開始建立在摩鹿加群島的貿易，他們很快就佔據爪哇島上較弱的蘇丹國，1619年建立巴達維亞為他們的首府。他們從巴達維亞擴展勢力到馬來群島，與柔佛結盟來對付他們的主要敵人：馬六甲的葡萄牙人和強大的亞齊蘇丹國。在數次嘗試後，荷蘭與柔佛的聯軍終於在1641攻佔馬六甲。葡萄牙人統治馬六甲達130年，1641年荷蘭人入侵，搶奪葡萄牙主權，一直佔領到1795年[14]:285。葡萄牙僅剩下葡屬帝汶。在荷蘭支持下，柔佛在馬來亞各個蘇丹國之間，獲得一個鬆散的霸權地位，只有霹靂例外，它能夠周旋於柔佛和暹羅之間，並保持其獨立。
這段期間，馬來亞各蘇丹國的虛弱，為從其它地區人民移入這些馬來故土創造條件。從印度尼西亞東部來的布吉人海盜經常襲擊馬來亞海岸地區。1699年，他們刺殺柔佛最後一位馬六甲血統的蘇丹，控制柔佛，其他布吉人控制雪蘭莪。從蘇門達臘來的米南加保人也遷入馬來亞，最終建立了自己的國家森美蘭。柔佛的覆滅在馬來半島上留下一個權力真空。暹羅的大城王國部分填補這個空缺，將北部的五個馬來國家——吉打、吉蘭丹、北大年、玻璃市和登嘉樓——變成自己的屬國。柔佛覆滅也讓霹靂成為馬來亞蘇丹國之中的領導者。
18世紀馬來亞對歐洲的經濟重要性快速成長。尤其英國與中國之間的茶貿易，增加對馬來亞的高質量的錫的需求，錫用在茶葉箱的內襯，具防潮作用。馬來亞的胡椒在歐洲也享有盛譽，而且在吉蘭丹和彭亨有金礦。錫礦和金礦及其附屬工業的發展，導致第一批外來移民湧入馬來人的世界，一開始是阿拉伯人和印度人，後來則是華人。華人定居在城鎮並很快掌控經濟活動。這建立往後200年馬來亞社會的典型模式：鄉居的馬來人逐漸受到富裕的城鎮移民社群所控制，就連蘇丹也無法抵擋這些城鎮移民的力量。
從17世紀開始，英國商人就現身於馬來亞水域，但直到18世紀中期，以英屬印度為基地的英國東印度公司才開始對馬來亞事務真正感興趣。由於與中國貿易增加，它需要在馬來亞地區設立基地。雖然曾使用不同島嶼為基地，但直到1786年8月，向吉打蘇丹租借檳城，英國才擁有第一個長久基地。此後英國又在檳城對岸的大陸上租借一大片土地（稱為威省）。1795年在拿破崙戰爭期間，英國人唯恐荷屬馬六甲為法國艦隊所利用，乃加以接管，到1815年才交還荷蘭。英國總督斯坦福·萊佛士尋找一個替代基地。1816年泰國強迫吉打進攻霹歷，又在1821年出兵吉打全境，吉打蘇丹與2萬臣民被迫流亡出國，至檳城居住，一直到1842年才復國[14]:286。1819年2月，他從柔佛蘇丹手中獲得新加坡。1824年英荷條約簽訂後，荷人同意以馬六甲跟英國人交給換蘇門答臘的明古連島（Ben Coolen）[14]:285。檳城和新加坡這兩個基地，加上荷蘭沒落，造就英國支配馬來亞。隨着馬來亞畏懼暹羅擴張，英國影響與日俱增。19世紀，馬來蘇丹成為大英帝國忠實盟友。
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1824年英國與荷蘭簽署1824年英荷條約，最終確立英國對馬來亞的霸權，同時也決定當代馬來西亞的雛形。荷蘭撤出馬六甲並放棄所有在馬來亞的利益，而英國則承認荷蘭對東印度剩餘地區的利益。這個瓜分在馬來亞地區劃一條人為界限，這條界線遺留至今。
1826年，英國把檳城（即檳榔嶼）、馬六甲、新加坡與納閩聯合組成海峽殖民地。海峽殖民地最初由位於加爾各答的東印度公司所管理，其後檳城與新加坡先後成為這個殖民地行政中心。直到1867年，其行政權由印度總督移交給倫敦的殖民地事務大臣管理。華僑習慣稱其為「叻嶼島甲」或「三州府」[14]:286。
英國與泰國在1862年6月20日訂約，規定泰國從此不干涉吉蘭丹、丁加奴、霹靂與雪蘭莪[14]:286。
在19世紀裏，英國與馬來亞的其它蘇丹國簽署協議，在這些國家中設立總督，幫助蘇丹管理其國事，這些代辦很快就成為這些國家的真正統治者。1873年，霹歷之華僑時常為爭奪錫鑛而內閧，甚至爆發所謂「拿律戰爭」，致造成嚴重之人命財產損失[14]:286。當時馬來半島，霹歷已有兩人在爭奪蘇丹之王位，雪蘭莪正在打內戰，彭亨之內戰剛剛結束，唯有在東岸之吉蘭丹、丁加奴與人口仍甚稀少之柔佛是和平[14]:286。從1873年英人調停「拿律戰爭」成功開始，英國勢力逐漸突入馬來半島各處，使內地治安最終成為全面安定[14]:286。正在對英國投資者來說，擁有錫礦的霹靂的政治穩定是最重要的，因此霹靂成為第一個與英國簽署協議同意英國管理的蘇丹國。柔佛是最頑強的蘇丹國，一直到1914年才放棄其獨立性。1896年7月5日，彭亨、雪蘭莪、霹靂與森美蘭合組為馬來聯邦，接受英國保護，華僑習慣稱其為「四州府」[14]:287，實際上屬於英國控制範圍。1909年，英泰再簽約言明泰國移交給英國對吉打、玻璃市、吉蘭丹與丁加奴的「一切主權、保護權、行政與任何統治權利」[14]:287。暹羅保留了對北大年蘇丹國控制。今天泰國南部依然有一小支穆斯林少數民族，其獨立運動為泰國政府帶來不少麻煩。1909年2月，英國又將吉打、玻璃市、吉蘭丹、丁加奴之四州與柔佛合組為「馬來屬邦」[14]:287。當「馬來屬邦」成立時，第一個馬來聯邦議會創立，由4名蘇丹與其他官方高級官員[14]:287-288。柔佛蘇丹蘇丹阿布·巴卡與維多利亞女王熟識，因此承認彼此是對等地位。直到1914年，蘇丹阿布·巴卡的繼承人蘇丹依不拉欣才接納一位英國代辦。先前屬於泰國的四個州以及柔佛合稱馬來屬邦。1927年，馬來聯邦議會實行改組，全數蘇丹退出，由13名高級官員與11名官方人士組成[14]:288。
19世紀後半部，英國還獲得對荷蘭從未立足的婆羅洲北岸的控制。這個地區東部（今天的沙巴）則由受西班牙屬菲律賓控制的蘇祿蘇丹的名義統治。其餘部分則是汶萊蘇丹統治地。婆羅洲東北部被英國商人殖民。1881年，英國北婆羅洲公司被允許控制這塊地區，受新加坡總督監督。菲律賓從未承認蘇祿蘇丹對這些領土的喪失，這是後來菲律賓宣稱擁有沙巴主權的理由。1888年汶萊成為英國保護國，1891年英國再與荷蘭簽訂條約，確定兩國在婆羅洲的邊界。
1910年英國對馬來群島領土的統治模式成形。海峽殖民地成為英國海外領地，由受倫敦的殖民地事務大臣監督的總督管理。這個領地的居民半數是華人，但所有的代辦（參政司），不論種族為何，均是英國公民。最早接受英國參政司的四個蘇丹國，霹靂、雪蘭莪、森美蘭和彭亨組成馬來聯邦。名義上它們依然獨立，但是從1895年開始受一個英國「總參政司」管理，實際上已成為英國殖民地。馬來屬邦（柔佛、吉打、吉蘭丹、玻璃市和登嘉樓）各國享有較大獨立性，不過它們也無法阻擋英國代辦意願。英國最緊密的馬來盟國柔佛擁有自己的憲法特權，規定蘇丹有任命內閣的權利，不過實際上每次蘇丹必須先與英國討論他的任命。
有別於其它殖民強權的是，英國始終主要從經濟角度來看待殖民地，而且英國的公司股東期望殖民地為他們帶來利益。馬來亞的吸引力在於其錫礦和金礦，但英國農場主很快就開始試種熱帶作物——番薯、毛鈎藤、甘密、胡椒和咖啡。1877年從巴西引入橡膠，在歐洲發展迅速的工業刺激下，橡膠很快就成為馬來亞最熱門出口品。後來棕櫚油也成為熱門出口品。所有這些工業均需要大量和有紀律的勞動力。而英國人覺得馬來人不是可靠的勞力來源。解決方法是從印度引進勞動力，尤其是印度南部的泰米爾人。礦山、工廠和港口也吸引大量來自中國南部的工人，尤其是客家籍。很快華人在新加坡、檳城、怡保成為多數群體，在1857年成為一個錫礦中心而被建立的吉隆坡也是如此。1891年馬來亞進行首次人口普查時，華人在主要的產錫蘇丹國霹靂和雪蘭莪佔多數。
大多數華人到達的時候非常貧窮，但是他們勤勞，重視孩子教育，並維持儒家的家庭道德，而且他們的自願性連結關係，透過各個鄉屬會館這類互助組織而構成緊密網絡，都是他們事業成功的原因。1890年代，吉隆坡華人首領葉亞來是當時馬來亞最富裕的人，領有"華人甲必丹"的銜頭，擁有許多礦山、農場和商店。從一開始馬來亞的銀行和保險業就在華人手中，通常與倫敦的公司具有夥伴關係，華人很快就成為經濟上的主力。由於馬來蘇丹生活窮奢極侈，入不敷出，他們很快就積欠華人銀行家大筆債務，這使得華人不但擁有經濟力量，而且獲得政治權利。最初到達馬來亞的華人幾乎全部是男人，而且許多人打算賺大錢後就衣錦還鄉。許多人後來確實回到中國，但更多人留下。一開始他們與馬來人婦女結婚，產生一個華人馬來混血兒的峇峇娘惹社群，但很快他們就開始引進華人婦女，建立定居社群，興修學校和廟宇。
印度人在最初並沒有那麼成功，有別於華人，印度人一開始只是以橡膠莊園的勞動力來到馬來亞的，因此他們沒有華人那麼多的經濟機會。此外印度人社群也不像華人那麼團結，他們有印度教信徒和穆斯林之分，並且有語言和種姓的區別。20世紀初才出現印度人的貿易和專業階層，但大多數印度人依然很窮，幾乎沒有受到教育。他們大多數居住在產橡膠地區的農村聚居區里。
傳統的馬來社群無法處理向英國人喪失其政治自主權，也無法處理向華人喪失其經濟力量。20世紀初，馬來人甚至面臨着可能在自己國家裏成為少數人的威脅。蘇丹被看作是英國人和華人的協作人，尤其在數量不斷增多的受西方教育的馬來人眼中，喪失他們的傳統威望；但大多數農村人民繼續敬畏着蘇丹及他們的威望，對於殖民統治來說，這一點非常重要。20世紀初，一小群馬來民族主義知識分子開始崛起，也出現伊斯蘭的復甦，以呼應對於外來宗教，特別是基督教所帶來的威脅。事實上，根本沒有馬來人改信基督教，倒是有不少華人轉為基督徒。受西方影響較少的北部成為伊斯蘭保守派的據點，至今這個地區依然如此。
對於馬來人來說，保持他們尊嚴的一個重要事實是，英國人讓他們完全保有對警察和地方軍隊的壟斷權利，此外管理機構的大多數非歐洲人職位也由馬來人佔據。華人一般自己花錢建造學校和學院，並從中國聘請教師，殖民政府則負責培植馬來人教育。1905年江沙馬來學院開設。1910年設立馬來管理機構，1922年設立馬來師範學校、1935年設立馬來女子學院。
第二次世界大戰前，英國忽視馬來亞憲政發展。為維持間接統治政策，英國人試圖維持蘇丹的權利，不允許任何關於馬來亞成為一個統一或自主國家的討論。英國不但不打算給予馬來亞一個統一的政府，並於1935年撤除馬來聯邦總代辦，將政治權力分散到各個蘇丹國。英國人傾向以刻板印象看待各個民族，認為馬來人和藹可親但純真，而且極其懶惰，無法自主，但在英國軍官指揮下，他們會是良好的士兵。英國認為華人聰明但危險，在1920年代和1930年代裏，呼應着中國本土中國國民黨與中國共產黨之間的鬥爭，馬來亞的華人也組織相互敵對的秘密組織，在華人城鎮里經常爆發動亂。英國人認為馬來亞是一個由不同民族與不同蘇丹國所構成的烏合之眾，不可能變成一個國家，更不用提成為一個獨立自主的國家。
1941年12月8日，太平洋戰爭爆發，日軍南侵，在吉蘭丹之道北登陸，長驅直下，至翌年2月15日攻佔新加坡，佔領整個馬來亞[14]:288。在馬來亞的英國人可說是完全措手不及。在1930年代，英國為了對付逐漸增強的日本海軍威脅，在新加坡建立一個龐大的海軍基地，但完全沒有料想到日本是從北方入侵馬來亞。由於歐洲戰場的需要，英國在遠東實際上沒有空軍戰力。因此日本可從法屬印度支那的基地發動攻擊，而不會受到抵抗。雖然英國、澳大利亞和印度軍隊的頑強抵抗，但日本在兩個月內就佔據馬來亞。1942年2月15日沒有陸上防禦、沒有空軍支持、沒有淡水供給的新加坡投降。這是英國無法彌補的聲譽損失。英屬北婆羅洲、砂拉越和汶萊也被日本所佔領。
日本人將馬來人看作是一群從英國殖民統治被解放的殖民人群，並且樹立有限的馬來民族主義，這使得日本人在馬來管理機構和知識分子中贏得一定程度的支持。大多數蘇丹也主動與日本人合作，雖然日本後來戰敗。日本為了配合大東亞共榮圈的政策，答應戰後讓馬來亞獨立，並且協助訓練馬來人成立武裝部隊與政府部門菁英。
直至1945年9月5日日本向盟國投降，馬來亞方才重歸英國統治[14]:288。因此總的來說，1945年英國人回到馬來亞時，最高興就屬馬來人。第二次世界大戰結束後，馬來亞各民族因經過反侵略之艱苦抗爭，要求自由與獨立[14]:288。但時局並未如停留在英國人戰前情況，而且一股追求獨立的渴望正在增長[19]。英國本土破產，新的英國工黨政府主張儘快撤出東方。殖民地自治和最終獨立成為英國新政策。橫掃亞洲各地的殖民地民族主義浪潮很快到馬來亞。但當時大多數馬來人更關心抵抗主要由華人組成的馬來亞共產黨，而不是從英國獨立。事實上他們希望英國不要撤出馬來亞，而是協助他們對抗馬來亞共產黨，當時馬來亞最大的武裝力量。在第二次世界大戰最後一年，馬來亞共產黨與馬來人為首的部隊發生衝突，許多馬來人遭到裝備精良的華人共產黨人所殺害。戰後回到馬來亞的英國人，發現這個地方處於內戰邊緣。馬共原是合法政黨，並在二戰當中做出很大的貢獻，英人回馬後，因擔心共產黨勢力的擴大，最終將馬共列為非法政黨，馬共在發現和平的爭取方式無效後，決定改以武力鬥爭爭取。
英國於接收各項事務之後，便於1946年派泰直密契爵士為專使，到馬來亞會晤各邦蘇丹，商談戰後之政制問題[14]:288。同年6月，英國遂與各邦蘇丹簽約，宣佈成立「馬來亞聯邦」，建議這新聯邦包括馬來聯邦和馬來屬邦的九個州和檳城、馬六甲兩個殖民地（新加坡則仍屬「直轄殖民地」，由英國管治）[14]:288。這個計劃遭到馬來人強力反對，因為它削弱馬來統治者的地位，而且將公民權賦予馬來亞華人與少數民族[20]。一開始蘇丹們支持這個計劃，但後來又轉為反對這個計劃，並讓自己領導這股反對力量。聯邦新政府之首長為總督，代表英皇[14]:288。根據白皮書，各邦蘇丹與州政府權力全被剝奪，所有法律均須由總督作最後決定[14]:288。原有各邦政府，不復存在，改組為州，每州由一位英國派出之參政司主持大政，作為總督駐各州之代表[14]:288。又規定一種以馬來亞為共同國籍之公民制度，承認馬來亞境內之所有居民，不分種族，及是否為當地出生或居留滿若干年為限者，都得成為公民，與馬來人共享平等的權利[14]:289。
但白皮書發表以後，立即引起馬來亞各族人士之反對，馬來人首先於1946年3月組成「巫人聯合統一機構」，簡稱「巫統，擁有成員約10萬人；同年8月，馬來亞之印度人也成立「馬來亞印度國民大會黨」，屬員約有4萬[14]:289。到1949年2月，華僑也成立「馬來亞華人公會」，簡稱「馬華公會」，擁有會員約30萬人[14]:289。巫統與馬華公會於1952年開始合作，成立「華巫聯盟」，到1955年「馬印國大黨」也加入聯盟，改稱為「華巫印聯盟」，共同為馬來亞之獨立而奮鬥[14]:289。
在柔佛首席部長翁惹化領導下，巫統支持馬來亞獨立，條件是這個新國家完全由馬來人掌管。英國政府鑑於馬來亞聯邦之建議遭到馬來亞境內各民族強烈反對，乃由當時之總督麥唐納擔任主席，組織委員會尋求較易為馬來人接受之方案[14]:289。面臨馬來人的強烈反對，英國放棄平等公民權的計劃。馬來亞聯邦在1948年解散。商談之結果，在1948年2月1日協議成立馬來亞聯合邦，只留下新加坡為皇家殖民地[14]:289。在此聯合邦之內，中央政府和各邦之間各有一定之主權，成為一個中央與地方分權之折衷政制[14]:289-290。聯合邦政府，是以各邦元首和英王之名義，共同主持[14]:290。並修改普遍化之公民權，使不在馬來亞出生或不是終身居住馬來亞之華、印、歐籍居民，不容易獲得公民權[14]:290。
根據新協定，英國對馬來亞之國防外交，具有控制權；而各州蘇丹則保留司法與特赦權[14]:290。最高之立法機構，為聯合邦立法會議[14]:290。各州政府以州務大臣為首長，設置州秘書處（State Secretariat），以主持各州政務[14]:290。在英國保護下，馬來蘇丹國各統治者恢復自治權。至於馬六甲和檳城，則以英國之參政司為政府首長[14]:290。這個新憲法於1948年2月1日實施，正式成立馬來亞聯合邦[14]:290。原有之總督位置，則改為東南亞最高專員，仍由麥唐納擔任[14]:290。聯合邦成立後，從1950年起，施行地方議會民選議員之條例[14]:290。到1951年，又實行「閣員制度」（Member System）設置9名閣員，分別主持內政、農業、經濟、衛生、防務、教育及交通部，直接向欽差大臣負責[14]:290。1955年7月，舉行大選，結果華巫印聯盟在52個民選議席中，獲得51席，「巫統」主席東姑阿都拉曼被任為新政府之首席部長，由聯盟要員，分任各部部長[14]:290。
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與此同時，共產黨則在積極準備暴動。1945年12月抗日游擊隊解散，馬來亞共產黨成為一個合法政黨，但游擊隊武器卻被謹慎收藏起來，以備未來之用。馬共的政策是立刻獨立，並且所有民族平等。這意味着它極難招募到馬來人黨員，主要支持者來自華人主導的商會，尤其在新加坡；以及華人學校，其中的教師大多來自中國，將中國共產黨看作中華民族重生的領導者。1947年3月，隨着冷戰的開始和共產國際的左傾，馬來亞共產黨的總書記萊特被殺，原游擊隊首領陳平任總書記，陳平要求共產黨立刻行動。共產黨發動游擊隊行動，期望迫使英國勢力撤離馬來亞。7月，在一連串莊園主遭到暗殺後，英國殖民政府展開反擊，宣佈進入緊急狀態，馬來亞共產黨被禁，數百戰士被捕。共產黨退入森林，組織馬來亞人民解放軍，這支軍隊約有13,000名男性，其中第十支隊主要由馬來人組成[21]。
這段被稱為馬來亞緊急狀態從1948年延續到1960年，殘酷戰鬥蔓延整個馬來半島。英國戰略相當有效，通過對華人做出經濟和政治的讓步，並將散居鄉間的華人集中到位於馬共勢力範圍外的「白區」的「新村」。有效動員馬來人來對抗馬來亞共產黨，也是英國一個重要策略。從1949年起，馬共失去抗爭動機，招募游擊隊人數銳減。1951年馬來亞共產黨謀殺英國高級專員亨利·葛尼，但是這種轉向「恐怖份子」的策略，使得馬來亞共產黨失去許多溫和派的華人支持。1952年傑拉爾德·鄧普勒被任命為馬來亞英軍指揮官，他帶來緊急狀態的結束。鄧普勒在馬來亞發明反游擊戰的戰術，無情地剿滅馬共。雖然游擊隊被擊潰，但英國軍隊因着冷戰背景而留下來[22]。依靠這個背景，英聯邦一員的馬來亞於1957年8月31日獨立[23]。
華人反對馬共，呈現於1949年2月籌組的馬華公會（Malayan Chinese Association，MCA），它成為調節華人政治意見的渠道。其領導人陳禎祿願意與巫統合作，建立一個所有公民平等的獨立的馬來亞，但同時在馬來人敏感議題上做出充分讓步，來平息馬來民族主義者的恐懼。1951年吉打王子東姑阿都拉曼繼翁惹化之後，擔任巫統領導人，陳禎祿與東姑阿都拉曼密切合作。由於1949年英國人宣佈無論馬來人願意與否，馬來亞將在數年內獲得獨立，兩位領導人必須下定決心來提出在兩個社群均可接受的一個協議，成為一個穩定的獨立國家的基礎。這個巫統-華人公會聯盟（後來印度人國大黨於1955年也加入這個聯盟）在1952年和1955年大選中，在馬來人和華人地區均獲勝。
民選地方政府制度的引進，是戰勝共產黨的另一個重要步驟。1953年約瑟夫·斯大林去世後，在馬共領導層對於是否繼續武裝鬥爭發生分歧。許多馬共游擊隊員喪失對武裝鬥爭的信心並重返家園，而且在1954年鄧普勒離開馬來亞時，緊急狀態已經結束，即使陳平依然帶領一群頑固的游擊隊員繼續在難以進入的泰國邊境鄉區堅持許多年。緊急狀態留下馬來人與華人之間長期延續的仇恨。
在1955年和1956年，巫統、馬華公會、印度人國大黨和英國共同制定一部憲法草案，承認所有民族享受平等的公民權。為了交換，華人公會同意國家元首由馬來亞蘇丹輪流擔任，馬來語成為官方語言，促進和資助馬來人的教育和經濟發展。實際上這個協議意謂著馬來亞將由馬來人治理，特別是由於他們繼續主導著管理機構、警察和軍隊，但華人和印度人在內閣和議會中將會具有合乎比例的代表，並治理他們佔多數的州屬，而且經濟地位受到保護。誰來控制教育系統是個非常棘手的問題，一直拖延到獨立後都沒解決。
馬來亞聯合邦首席部長東姑阿都拉曼，受命率領代表團，飛往英倫談判，先後經過兩次談判，結果於1957年5月下旬與英國政府達成如下協議： ①聯合邦之最高元首，由現行之蘇丹會議，在蘇丹之中選出一人擔任，另一人為副元首； ②國家元首之權力，無須議員同意，其權力包括委任總理，解散議會等； ③建議規定回教為國教； ④馬來人享有特殊地位列為永久性； ⑤馬來亞之獨立日期為1957年8月31日 [14]:291。1957年8月30日半夜，馬來亞聯合邦正式獲得獨立[14]:291。9月2日，森美蘭之嚴端押都拉曼爵士被推為聯合邦第一任最高元首，而原任首席部長東姑阿都拉曼被任命為第一位首相，他領導下之內閣亦於當天正式成立[14]:291。
馬來亞獨立後，這個區域還有其它英國領地的前途懸而未決。日本投降後，布魯克家族和英國北婆羅洲公司分別放棄對沙勞越和沙巴的控制，這些地區成為英國皇家殖民地。相較於馬來亞，這些地區的經濟發展落後得多，當地的政治領袖過於軟弱，而未尋求獨立。而且這些地區與馬來亞的文化區別也相當大。以華人佔多數的新加坡於1955年獲得自主權，1959年當時年輕的社會主義運動領導人李光耀成為新加坡首席部長。盛產石油的汶萊蘇丹國依然是英國附屬。1959年與1962年之間，英國政府召集多次複雜的談判，在這些當地領導人與馬來亞政府之間進行協商。
1961年5月，東姑首相在新加坡向外國通訊員午餐會發表演說，他提到英屬婆羅洲、馬來亞聯邦和新加坡，也須有一天要成為一個比較密切關係之組織，這些地區之領袖卻對東姑這項意見表示很熱心，幾經談判經過，於1963年9月16日成立馬來西亞聯邦，包括馬來亞聯合邦11州、新加坡及北婆羅洲之沙巴和砂撈越兩州，共為14州[14]:291-292。其背後的理由則是容許中央政府控制並打擊共產黨（尤其是在新加坡）的活動。此外馬來亞也懼怕新加坡一旦獨立，將會成為華人沙文主義者的基地，威脅馬來人的統治權。為了平衡種族比例，在文萊、沙巴與砂拉越納入這個新國家之後，它們的馬來人及土著人口，將可抵消新加坡的華人多數。[24]
雖然新加坡首席部長李光耀支持這個建議，但他在新加坡社會主義陣線的黨內反對者反對這個計劃，認為這是英國打算繼續控制這個區域的計謀。砂拉越大多數政黨也反對這個計劃，沙巴沒有政黨，但是當地社團代表也表示反對。汶萊蘇丹支持這個計劃，但是汶萊人民黨反對。在1961年的英聯邦首席部長聯合會議（Commonwealth Prime Ministers Conference），東姑阿都拉曼向他的反對者進一步闡述這個計劃。10月，英國政府批准這個計劃，條件是必須取得參與這項合併計劃的地區同意。葛波(Lord Cobbold)率領葛波委員會前往婆羅洲研究當地居民意見，認為沙巴和砂拉越同意合併，但在汶萊則有許多人反對。在新加坡的公民投票中70%的人贊成合併，條件是新加坡政府獲得實質的自主權。[25][26]汶萊蘇丹退出這項參組馬來西亞的計劃，這是由於來自多數人民的反對、關於石油利潤分配比例的爭執，以及關於合併後蘇丹的地位等等因素。[27][28]此外，汶萊的人民黨發動武裝革命，雖然立刻遭到敉平，但被視為這個新國家潛在的不穩定因素。[29]
英國政府討論葛波委員會的報告後，又設立Landsdowne委員會來起草馬來西亞憲法的草稿。最後出爐的新憲法草案與1957年的馬來亞憲法基本上相同，只做了少部分修改。例如，原先對於馬來人特殊地位的認定，擴及到砂拉越與沙巴的所有土著，新加坡、砂拉越與沙巴也被賦予某些自主權。1963年7月的談判結束後，決定馬來西亞將於1963年8月31日正式成立，這天恰好是馬來亞獨立以及英國賦予新加坡和沙巴自治權的紀念日。然而，菲律賓和印度尼西亞強烈反對這個事態發展，印度尼西亞稱馬來西亞為新殖民主義的代表，而菲律賓則強調沙巴是她的領土。印尼總統蘇卡諾在強大的印度尼西亞共產黨的支持下提出反對，而且砂拉越人民聯合黨發動多次抗爭行動，延遲馬來西亞的成立。基於這些因素，聯合國組成一個八人代表團造訪砂拉越與沙巴，確認他們參組馬來西亞的意願[30][31]。
1963年9月16日，由馬來亞（1957年8月31日獨立）、沙巴（1963年8月31日被英國予以自治地位）、砂拉越（1963年7月22日被英國予以自治地位）與新加坡（1959年被英國予以自治地位[32]）共同組成的馬來西亞正式成立，[33]當年的馬來西亞人口約一千萬人[34]。馬來西亞聯邦之成立引致印尼對抗和菲律賓索取沙巴主權之糾紛[14]:292。新加坡在馬來西亞聯邦內2年，由於政治見解不同，終於在1965年8月9日脫離，宣告獨立而成為獨立之新加坡共和國[14]:292。
在馬來西亞獨立時，具備着很好的經濟優點。它是世界上三個重要商品（橡膠、錫和棕櫚油）最重要的出產國之一，也是重要的鐵礦石出產國。這些出口工業給馬來西亞政府提供穩定可靠的盈餘，可用來投資於工業發展和基礎建設項目。雖然巫統不是一個社會主義黨派（可是絕對是種族主義政黨），但如同其它發展中國家，馬來西亞於1950和1960年代非常看重國家計劃，首兩個五年計劃（1956年至1960年和1961年至1965年）通過國家對工業的投資，來促進經濟發展，以及修復在戰爭和緊急狀態時期被破壞和被忽視的基礎設施，如公路和港口。政府試圖減少馬來西亞對商品出口的依賴，因為這會使國家經濟受到浮動的市場價格所牽動。馬來亞政府也意識到，隨着合成橡膠的生產和使用的普及，對天然橡膠的需求註定會滑落。由於有三分之一的馬來人勞動力從事橡膠工業工作，發展其它類型的就業來源變得非常重要。為了讓馬來西亞出產的橡膠具有競爭力，意味着橡膠工業的獲利能力的增加，越來越依賴維持低工資，這又保持農村馬來人的貧困狀態。
印度尼西亞總統蘇卡諾，在強大的印尼共產黨支持下，認為馬來西亞是針對印尼的新殖民主義詭計，他支持砂拉越主要由當地華人組織的共產黨游擊隊。印尼非正規武裝力量入侵砂拉越，但被馬來西亞和英聯邦軍隊抵擋住。這個「衝突時期一直延續到1965年印尼爆發軍事政變，蘇卡諾下台，印尼共產黨被摧毀為止。蘇卡諾的繼任者蘇哈托改善馬印關係。與此同時，菲律賓總統奧斯達多·馬卡帕加爾重新提出菲律賓擁有沙巴，其理由是文萊蘇丹在1704年將沙巴讓與蘇祿蘇丹國。1966年，菲律賓新總統馬可仕放棄這個要求，但這個主張依然是菲律賓與馬來西亞關係的爭執點。 [35][36]
1930年代的大蕭條及此後的中國抗日戰爭終止華人向馬來亞的移居，穩定馬來亞的人口分佈比率，終止馬來人可能在自己家鄉成為少數群體的憂慮。1957年馬來亞獨立時，馬來人人口比例佔49%，華人38%，印度人11%。由於馬來人直到最近，依然維持較高的出生率，在2000年，馬來人的比例增長到55%。這個等式曾在新加坡加入馬來西亞時打破，華人的比率增加到將近40%。巫統和馬華公會均害怕李光耀的新加坡人民行動黨（當時被看作是極端的社會主義政黨）對馬來亞選民的吸引力，他們試圖在新加坡組織政黨以挑戰李光耀的地位。即使李光耀先前承諾人民行動黨不會參加1964年的馬來西亞大選，但面臨這種挑戰，他轉而威脅將派出候選人參加馬來亞聯邦大選。為此東姑阿都拉曼要求新加坡退出馬來西亞。1965年8月9日新加坡宣告獨立。 [37].
獨立的馬來西亞最迫切的問題在於教育，以及各民族的經濟力量相差懸殊。在馬來亞獨立後的第一次國會大選中，巫統和馬華公會的聯盟幾乎囊括議會的所有席位，僅丟失一席，可以說欠缺有效的反對黨來制衡，因此對這些問題的角力只限於執政派內部。這兩個問題是互相關聯的，由於華人在教育上的優勢，也導致他們得以控制國家的經濟，巫統領袖則決意要終結這個關聯。馬華公會內部對這個問題非常矛盾，一方面必須保護其自己社群的利益，另一方面必須保持與巫統的良好關係。1959年，這在華人公會內部導致一場危機。馬華公會的首領林蒼祐決定反對巫統的教育政策。但在東姑阿都拉曼威脅讓兩黨聯盟破裂後，馬華公會又被迫讓步。
1961年通過的教育法，是巫統將教育議題立法規範的勝利。此後，中學只使用馬來語和英語為媒介語，而在政府小學只以馬來語為媒介語。雖然華人和印度人社群可以保持他們的華文小學和淡米爾文小學，但學生必須學馬來語，而且必須公認的馬來課程。最重要的是馬來亞大學（1963年從新加坡遷到吉隆坡）的入學考試採用馬來文，雖然直到1970年代為止，大多數教學是以英語進行的。這使得華人學生被排除在外。同時，馬來文學校獲得政府大筆資金津貼，馬來人獲得絕對優待。馬華公會在教育政策上的挫敗，減弱華人社會對巫統的支持。
與教育方面一樣，巫統政府未明白說出的經濟發展政策議程，是將經濟勢力從華人手中轉移到馬來人手中。首兩個馬來亞計劃，以及第一個馬來西亞(大馬)五年計劃（1966年至1970年）將資源大量導向對農村馬來社群有利的發展上，比如鄉村學校、農村公路、醫院和灌溉計劃。國家設立一些機構，協助馬來人的小園主提升其生產和收入。聯邦土地開發局幫助許多馬來人購買土地或改良已擁有的土地。國家也提供許多誘因及低息貸款協助馬來人創業。政府招標時有系統地優惠馬來人公司，這導致許多華人企業「馬來化」其經營方式。這些措施確實幫助減少馬來人和華人之間的生活水平差異，但也有人認為隨着馬來西亞經濟和貿易的發展，兩個社群之間的差異無論如何都會減少。
馬華公會和印度國大黨在這些政治運作過程中與巫統的勾結，使得它們喪失許多華人和印度人選民支持。與此同時，政府在1950和60年代的積極平權措施在馬來人中創造一個受過教育但學非所用，因此心懷不滿的階層。這是一個危險的組合，並導致新黨派的成立。1968年馬來西亞民政運動黨（民政黨）成立，它立意成為一個超越民族的政黨，成員包括馬來商會人士與馬來知識分子，也包括華人和印度人領袖。同時政治伊斯蘭主義的馬來西亞伊斯蘭黨和另一個華人佔多數的社會民主主義政黨——民主行動黨則獲得越來越多的支持，而巫統和馬華公會獲得的支持則相對被削弱。
在1969年5月的聯邦大選中，巫統-馬華公會-國大黨聯盟只獲得48%的選票，但在議會中它依然保有多數席次。馬華公會在以華人為主的地區，將大多數席位敗給民政黨和民主行動黨。根據官方的說法，反對黨在吉隆坡主要街道進行勝利遊行，支持者手持掃帚，意指該黨意圖進行掃除性的變革。由於擔心這所謂的變革是針對馬來人而來，馬來人的因而「展開反擊」，導致排華動亂五一三事件。約有六千所華人住宅和企業被焚毀，至少184人喪生。[38][39] 但據後來解密的英國情報局官方文件顯示，這實際上是一場有策劃性的政變，在巫統內部新崛起的馬來菁英通過這場包裝為種族衝突的軍事政變，推翻當時的首相東故阿都拉曼。[40] 當時，政府宣佈進入緊急狀態，由副首相阿都拉薩為首的國家行動理事會，從東姑阿都拉曼政府手中接管大權。1970年9月東姑阿都拉曼被迫下台，將權力交給阿都拉薩。
政府運用英國在緊急狀態時期留下的內安法令凍結議會和政黨、進行媒體審查制度，並嚴格限制政治活動。內安法令允許政府不需經過法庭審理，即可無限期關押任何人。憲法被修改後，任何對馬來西亞最高元首的批評被看作非法（在國會內議員可以議論元首但不允許發表推翻元首的言論），馬來人及東馬土著在國內享有特殊保護的地位，馬來語獲得官方語言的地位。
馬來西亞成立之初，即經歷了馬印衝突、1965年8月9日新加坡脫離大馬[41]、1969年五一三事件[38][39]及1969年居鑾水災[42][43][44]。
1971年議會恢復，一個新的政府聯盟——國民陣線組成的政府正式就任。這個聯盟包括巫統、馬華公會、印度國大黨和被削弱的民政黨，以及沙巴和砂拉越的地方黨派。民主行動黨是政府外唯一主要的反對黨。回教黨也加入國民陣線，但在1977年被逐出。阿都拉薩任職為首相直到1976年逝世。1981年7月16日，馬哈迪·穆罕默德上台後執政長達22年（至2003年10月31日），在他任期內，馬來西亞經濟發展顯著，貧困率大幅度降低。
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在1970年，馬來西亞有75%生活在貧困線以下的人是馬來人，當時大多數馬來人依然是農莊工人，被排除在現代經濟之外。1971年政府引入的新經濟政策打算使用四個五年計劃（從1971年到1990年；然而到目前2010年這個政策仍在執行）改變這個狀況。這個計劃有兩個目標：消滅貧困，尤其是農村的貧困，並且消除種族與經濟運作之間的聯繫。後面這個目標被解讀成將經濟勢力從華人轉到馬來人手中。
為了克服貧困，政府將25萬馬來人移居到新開闢的農業地區，對農村基礎建設做了更多投資，並在農村開闢自由貿易區來創造新的製造業工作機會。在1970年代和1980年代，農村貧困確實減少了，尤其在馬來半島上效果明顯。在這些年，馬來西亞城市的發展迅速，尤其吉隆坡即吸引鄉村的馬來人移民，也吸引印度尼西亞、孟加拉國、泰國和菲律賓的移民。
1981年馬哈迪·穆罕默德出任首相後宣佈向東學習政策，即向日本和韓國學習。日本和韓國的現代化工程成了馬來西亞的楷模。這也是馬哈迪為了不想照抄西方現代化模式而另覓的新路。同時因為馬哈迪的領導，馬來西亞也經歷了前所未有的迅速發展，馬來西亞擁有完善的設施、良好的投資環境和世界級的海港空港。馬哈迪在任期間馬來西亞的地理景觀出現了巨大的變化，這些變化包括建造馬來西亞首都吉隆坡地標雙峰塔、建造世界級水準的吉隆坡國際機場、建造連接北馬到南馬，馬來西亞最長的高速公路南北大道和建造多條高速公路、建造首都輕快鐵、發展布城和發射多枚「MEASAT」等等的人造衛星，以及其他發展項目。在他的領導下，馬來西亞經濟穩健發展。在1997年亞洲金融危機前的10年裏，馬來西亞經濟年均增長率達8%以上，馬來西亞在全球經濟競爭力排名表上躍居第21位，人均年收入從1986年的1830美元增加到1996年的近4000美元，國民富裕程度在整個東南亞地區僅次於新加坡和汶萊。
56歲的馬哈迪在1981年7月16日宣誓就職首相。[45]他的第一個行動是釋放內安法令下扣留的21個扣留者，包括記者薩馬德依斯邁及在胡先翁內閣擔任副部長的阿卜杜拉阿末，因被懷疑進行地下共產黨活動。[46]馬哈迪委任慕沙希淡成為副首相。[47]同年12月31日23時30分，馬哈迪宣佈把馬來亞半島時間調快30分鐘使之與東馬時間相同，新加坡政府也隨之更改，一直沿用至今[48]。
在馬哈迪擔任首相期間（1981年至2003年），馬來西亞經歷巨大的經濟成長。[49]由原先以農業為基礎的經濟，轉變為以製造業與工業為主的經濟，特別在電腦與消費性電器產品。在這段期間，馬來西亞的地理景觀也因着多項大型計劃而改變。包括國家石油公司的雙峰塔（曾經是世界最高建築物，目前仍是世界最高的雙子星大樓）、吉隆坡國際機場、南北大道、雪邦國際賽道、多媒體超級走廊、峇貢水壩以及布城：新的聯邦行政首都。因為努力推動國家經濟發展，馬哈迪被尊稱為現代化之父（Bapa Pemodenan）[50]。
1998年，亞洲金融危機使馬來西亞的經濟和政局嚴重受挫；馬哈迪在公開批判貨幣投機家暨股票投資家索羅斯等外匯投機客、下令禁止股票放空的同時，拒絕時任副首相安華·易卜拉欣以及國際貨幣基金組織的危機緩解「藥方」，對貨幣進行管制。經濟專家當時認為外資將因此卻步，馬來西亞會步入經濟衰退期；之後馬哈迪的政策收到成效，領導馬來西亞走出金融危機，經濟復甦步伐是當時受金融危機打擊國家中最快的。1999年，馬來西亞重新步上經濟成長軌道，經濟增長率接近金融危機前的水平，該年經濟成長率約達6%；2000年，馬來西亞獲國際評級機構穆迪調升評級，指其經濟發展前景穩定，整體經濟表現優於鄰近的泰國、印尼和菲律賓等國[51]。
在馬哈迪的領導下，馬來西亞從一個普通的發展中國家轉變成一個新興的工業化國家，經歷了巨大的經濟成長。1997年亞洲金融危機前，馬來西亞在全球經濟競爭力排名表上躍居第二十一位，人均年收入從1986年的1830美元增加到1996年的3627美元，國民富裕程度在整個東南亞地區僅次於新加坡和汶萊，是泰國的2倍和印尼的5倍。馬哈迪政府也嘗試將馬來西亞打造成區域教育中心的同時，教育及語言政策趨向於寬鬆與開放，包括讓英語成為許多公立及私立大專院校的教學語言、中小學英文教數理政策，以及讓華文教育組織建立南方學院、新紀元學院及韓江學院。
在2002年6月22日的巫統大會中，馬哈迪宣佈他將會辭去首相職，許多支持者涌往台上淚流滿面地試圖挽留他。之後他定於2003年10月退位，給予他有時間以確保他選定的繼任者阿卜杜拉有序及沒有爭議的權力交接，10月31日正式把首相職務移交於阿卜杜拉·巴達威。[52]在職首相達22年，馬哈迪在退位時是世界上在位最久的被選舉國家領導人[53]，他也是馬來西亞在任最久的首相。
2003年10月31日，阿卜杜拉·巴達威正式從馬哈迪·穆罕默德手中接任馬來西亞第五任首相。在2004年馬來西亞大選中阿卜杜拉領導的國民陣線大獲全勝，幾乎將回教黨和人民公正黨掃出議會，只有民主行動黨贏回它1999年失去的席位。
2008年3月8日，馬來西亞第十二屆大選，國民陣線遭到挫折，失去了三分之二國會議席的多數優勢。阿卜杜拉原定於2010年轉讓職權給其副手納吉·阿都拉薩，由於遭到巫統高層的壓力下，於10月宣佈提早至2009年3月的巫統黨選後轉讓職權，同時也不尋求蟬聯巫統主席職。
2009年4月2日，阿卜杜拉正式卸下首相職務，把職權轉讓給納吉，納吉因此成為了第六任馬來西亞首相。隔日，阿卜杜拉獲馬來西亞最高元首封賜馬來西亞封銜「敦」[54]。
2008年大選，國陣遭受重大的意外挫折，國陣以往在國會中長期壟斷的三分之二絕對多數優勢（修憲門檻）遭反對黨打破，只能以簡單多數執政，這是1969年以來的首次。同時，國陣也失去四個州（檳城、雪蘭莪、吉打及霹靂）的執政權，再加上原本由伊斯蘭黨執政的吉蘭丹，反對黨執政的州屬首次達到五個。
公正黨、行動黨和伊斯蘭黨在這些州組成聯合政府，並成立新的政治聯盟——人民聯盟（民聯），與國陣分庭抗禮，首次形成「兩線制」的政治格局。身為公正黨顧問的安華也在隨後的補選中回到國會。
時任首相阿卜杜拉巴達威則在巫統黨內逼宮的壓力下，於2008年10月宣佈將於次年4月引退、由副首相納吉接棒。
同時，為鞏固民聯這個新的聯盟，安華提出「九一六變天」計劃，意圖遊說東馬二州的國陣議員在2008年9月16日前後加入民聯以促使國陣聯邦政府下台，而國陣則積極防範，讓東馬的國陣議員集體到台灣及中國大陸「出國考察」，使民聯的遊說計劃難以進行。最後，安華只成功拉攏兩位沙巴進步黨的議員倒戈。接着，安華又在霹靂成功拉攏一位巫統州議員加入公正黨，試圖鞏固霹靂州的微弱多數政府。
然而，國陣隨後展開反制措施，成功在2009年2月拉攏霹靂州民聯三名州議員集體退黨，觸發持續一年的「霹靂州憲政危機」，雙方在州議會和法庭經歷激烈的憲政角力後，該州政權最後再度回到國陣手中。成功領導國陣奪回霹靂州政權的納吉，則在2009年4月3日順利接過首相一職，成為馬來西亞第六任首相。
2009年4月3日，納吉·阿都拉薩在國家皇宮宣誓就任馬來西亞首相。4月9日，納吉召開首場新聞發佈會宣讀新內閣名單，會上允許國內外媒體採訪，但拒絕接受記者的任何提問，而《獨立新聞在線》是唯一遭首相署辦公室下令禁止採訪的網絡媒體，《獨立新聞在線》總編輯莊迪澎隔日致函首相署，要求說明禁止採訪記者會的原因，但未獲得答覆。非政府組織獨立新聞中心（CIJ）與維護媒體獨立撰稿人聯盟（WAMI）對此發表聯合聲明，批評納吉自毀公信力。聲明指出，《獨立新聞在線》因日前刊登了一些評論，批評了《中國報》與《星洲日報》針對納吉的正面報道，亦強調禁止記者採訪已違反媒體自由的原則[55]。
納吉承諾對受到許多批評的法律進行全面檢討，如允許無限未審先扣的法令。他雖曾經向馬來西亞人民承諾不會執行任何與《內安法令》相似的扣留令，但2013年9月25日內政部卻提呈《2013年防範罪案（修正與擴充）法案》一讀，引起在野黨議員抨擊，公正黨巴東色海議員蘇仁德蘭怒斥納吉為「史上最會說謊」的首相（The most lying PM）[56]。
2013年4月3日，納吉於上午11時35分宣佈解散國會，這也是馬來西亞歷史上最遲解散的國會。5月5日的大選，國陣雖勝出，但普選票較民聯少。在大選投票和點票期間，出現了多種不同的選舉舞弊情況，最終在一片爭議聲中納吉連任馬來西亞首相[57]。
納吉任內設立了一個馬來西亞發展有限公司（1MDB），其設立目的為建立全球夥伴關係和促進外商直接投資，是國家的戰略舉措[58]。然而，1MDB卻在2015年被爆出負債110億美元，馬來西亞前首相馬哈迪·穆罕默德表示，1MDB借貸太多，而且缺乏透明度。隨後，美國《華爾街日報》報導稱有7億美元（折合馬幣約26億令吉）從此公司轉入納吉的私人戶口，引發馬來西亞國民譁然。1MDB貪腐案也涉及許多國家。馬哈迪和時任副首相慕尤丁的陣營公開批評，導致馬哈迪失去在國家機關和公司擔任的職務，慕尤丁也丟失副首相職位。[59]。對此，納吉與1MDB皆予以否認，納吉更聲稱此事件為「政治迫害」[60]。2016年1月26日，馬來西亞總檢察長穆罕默德阿班迪阿里表示，上述爭議款項是沙特王室2013年作為私人捐款送給納吉的，而納吉亦已將其中6.2億美元退還沙特王室。他說，納吉沒有違反任何法律，也不會受到任何制裁，此案到此為止。批評人士指出，一個由納吉新任命的總檢察長，如今宣告納吉沒有犯罪，雖然再次使納吉政權恢復了「合法性」，但是籠罩在納吉政權頭頂上的「不信任陰雲」絲毫沒有消散[61]。
2020年7月28日，吉隆坡高等法庭宣判，納吉涉及一馬弊案的SRC洗錢案的7項指控全部成立，判處監禁12年和罰款2億1000萬令吉，若無法繳付罰款則加監5年[62][63][64][65]。
2015年4月1日，納吉推行了消費稅(GST)，稅率為6%[66]，並對某些物品及服務實施豁免消費稅舉措[67]。
自GST推行之後，據智庫達魯依山研究所的民調顯示，有八成以上的民調覺得消費稅會帶來通貨膨脹[68]，自馬哈迪·穆罕默德於2018年再任相之後，於6月1日將GST降至0%，馬來西亞的GST政策實施三年兩個月後停施[69]。
2015年12月，《2015年國家安全理事會法案》經過六小時的辯論後在國會通過。這法案賦予首相更大的權力，可以以安全理由指定馬來西亞任何地區為保安區[70]。執法機構可以在被指定的地區無需准證進行逮捕，搜查及沒收任何產業[71]。該法案受到人權組織批評指允許政府濫權[72]。馬來西亞律師公會直呼這是「傾向成為專制政府」的法案[73]。政府捍衛此法案，部長沙希淡卡欣表示該法律可以更好的協調各制服執法單位，對安全威脅即時做出反應採取行動，還有該法律不違反聯邦憲法下的基本人權保障[71]。
2018年5月9日為第十四屆馬來西亞大選，納吉領導的國陣通過各種手段（選區劃分不公[74]、舞弊[75]、對付反對黨支持者[76]），卻在大選中落敗[77]。5月10日，納吉召開記者會表示尊重人民的決定，承認敗選並承諾和平移交政權，[78]使馬來西亞的政黨首次輪替。隨着國陣慘敗，5月12日納吉宣佈辭去巫統主席及國陣主席職務，以示負責，由巫統副主席阿末扎希代掌巫統主席職務。[79]
5月21日，前任內政部副部長諾嘉茲蘭接受英文《太陽報》訪問時首度炮轟納吉和其家人的形象，導致國陣和巫統在第十四屆大選失去政權。他認為，納吉不可能沒有意識到領導層的問題，以及對方無法在一個馬來西亞發展有限公司醜聞課題上處理貪腐指控，以致國陣和巫統承受敗選[80][81][82]。
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2018年5月9日第14屆全國大選，由前首相馬哈迪·穆罕默德領導的反對黨聯盟——希望聯盟獲得政權。希盟拿下113個國席，而國陣贏得79席、伊黨18席、沙巴民族復興黨八席，獨立人士三席及沙巴團結黨一席[83]。這是最具歷史性的一天，「全民海嘯」終結了自馬來亞獨立以來（長達61年）未嘗一敗的聯盟（1973年成立的國民陣線的前身）/國民陣線的政權，為馬來西亞政壇寫下了新的一頁。等待計票過程中，不斷傳出舞弊事件如陌生車輛進入投票站灌票，選委會主席不願簽署表格14導致成績公佈緩慢等。但自選舉成績出爐後，遲遲不見人影的前首相納吉拉扎克與5月10日早上11時在PWTC巫統大廈的記者發佈會上宣稱本屆大選成績證明了選委會沒有舞弊。經過了一般波折，馬哈迪於晚上9點30分國家皇宮內，向國家元首蘇丹穆罕默德五世陛下完成宣誓，93歲的馬哈迪正式成為馬來西亞第7任首相，同時也破了世界記錄，「以最高年齡接任首相的國家領袖」和「唯一兩度當上首相的領袖」。[84]
馬哈迪承諾上任後馬來西亞會「恢復法治」，並對一個馬來西亞發展有限公司醜聞（1MDB）做出深入及透明的調查；他對媒體表示，如果前首相納吉·阿都拉薩犯錯，納吉自己須對此承擔後果[85]。
政府的目標是「2020年宏願」，讓馬來西亞在2020年成為先進國家。然而，這留下未解的問題，究竟馬來西亞會在何時且如何充分實現第一世界的政治體系（多黨民主制、自由的媒體、獨立的司法審判，並恢復公民與政治自由），以齊頭趕上它的經濟成熟。[86]此外，納吉政府在提呈2017年財政預算案時，宣佈落實2050年國家轉型計劃。[87]。自納吉下台，接由馬哈迪的再執政後，馬哈迪提出前朝政府所推行的政策與達至2020宏願不符，從而導致推遲該目標至2025年或更早。[88]
2020年2月末，希望聯盟政府倒台，引發政治危機[89]。希望聯盟成員土著團結黨分裂，以主席慕尤丁為首的大多數成員稱土團黨退出希盟，與之前的執政聯盟國陣及未曾執政的伊斯蘭黨組成國民聯盟，並在3月1日正式組成新政府，由慕尤丁出任首相。然而慕尤丁得以在此次政治危機中任相充滿爭議，而前任首相馬哈迪·穆罕默德則形容慕尤丁的做法等同背叛。[90][91]
2021年，慕尤丁在國陣撤回支持下辭職，由巫統副主席伊斯邁沙比利擔任第9任首相，因此國陣回歸執政權。然而在2022年大選下，國陣大敗，希盟和國盟造成馬來西亞首次懸峙議會，最終在希盟成功拉攏國陣、民興黨、砂盟等黨派組聯合政府，安華也被委任第10任首相，政治危機因此解除。
以下列表是馬來西亞歷代最高元首的原屬州屬及在位日期[92]：
| No. | 名字 | 州屬 | 在位年份 | 生 | 卒 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 端姑阿都拉曼 | 森美蘭州 | 1957年8月31日－1960年4月1日 | 1895年8月24日 | 1960年4月1日 |
| 2 | 蘇丹希沙慕丁沙 | 雪蘭莪州 | 1960年4月14日－1960年9月1日 | 1898年5月13日 | 1960年9月1日 |
| 3 | 端姑賽布特拉 | 玻璃州 | 1960年9月21日－1965年9月20日 | 1920年11月25日 | 2000年4月16日 |
| 4 | 端姑依斯邁·納西魯丁沙 | 登嘉樓州 | 1965年9月21日－1970年9月20日 | 1907年1月24日 | 1979年9月20日 |
| 5 | 端姑阿卜杜勒哈林 | 吉打州 | 1970年9月21日－1975年9月20日 | 1927年11月28日 | 2017年9月11日 |
| 6 | 端姑雅亞·柏特拉 | 吉蘭丹州 | 1975年9月21日－1979年3月29日 | 1917年11月10日 | 1979年3月29日 |
| 7 | 蘇丹阿末沙 | 彭亨州 | 1979年3月29日－1984年4月25日 | 1930年10月24日 | 2019年5月22日 |
| 8 | 蘇丹馬目·依斯干達 | 柔佛州 | 1984年4月26日－1989年4月25日 | 1932年4月8日 | 2010年1月22日 |
| 9 | 蘇丹阿茲蘭沙 | 霹靂州 | 1989年4月26日－1994年4月25日 | 1928年4月19日 | 2014年5月28日 |
| 10 | 端姑查法 | 森美蘭州 | 1994年4月26日－1999年4月25日 | 1922年7月19日 | 2008年12月27日 |
| 11 | 蘇丹沙拉胡丁·阿卜杜勒-阿齊茲沙 | 雪蘭莪州 | 1999年4月26日－2001年11月21日 | 1926年3月8日 | 2001年11月21日 |
| 12 | 端姑賽義德·西拉杰丁 | 玻璃市州 | 2001年12月13日－2006年12月12日 | 1943年5月17日 | |
| 13 | 端姑米詹·再納·阿比丁 | 登嘉樓州 | 2006年12月13日－2011年12月12日 | 1962年1月22日 | |
| 14 | 端姑阿卜杜勒哈林 | 吉打州 | 2011年12月13日－2016年12月12日(第二次出任) | 1927年11月28日 | 2017年9月11日 |
| 15 | 蘇丹穆罕默德五世[93] | 吉蘭丹州 | 2016年12月13日－2019年1月6日 | 1969年10月6日 | |
| 16 | 蘇丹阿卜杜拉 | 彭亨州 | 2019年1月31日-2024年1月30日 | 1959年7月30日 | |
| 17 | 蘇丹易卜拉欣·依斯邁 | 柔佛州 | 2024年1月30日-至今 | 1958年 11月22日 |
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