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民主进步党于1986年9月28日在中华民国台北市圆山大饭店成立。成立10个月后解严、6年后万年国会全面改选、10年后首次总统直选、14年后政权和平转移、22年后再度沦为在野党、30年后完全执政。
民进党的前身是“党外运动”，所谓“党外”是指在台湾戒严时期以推动“政治民主化”为目标的不分族群、省籍、统独之“非中国国民党人士”结合而成的宽松性政治组织。而“党外”一词广被使用始于1977年“五项地方公职选举”，黄信介、康宁祥组成“党外人士巡回助选团”全国助选。1986年“党外选举后援会”秘密策划组织新党，邀请党外人士150多人参加、实际出席132人，在圆山大饭店举行“1986党外选举全国后援会候选人推荐大会”上正式宣布创立民进党。
| 成员 | 年龄 | 出生地 |
|---|---|---|
| 费希平 | （1917年9月17日－2003年2月21日） |  中华民国辽宁省辽中县
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| 傅正 | （1927年12月11日－1991年5月10日） | 中华民国江苏省高淳县
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| 尤清 | （1942年3月20日－） |  日治台湾高雄州
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| 江鹏坚 | （1940年4月25日－2000年12月15日） | 日治台湾台北州
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| 张俊雄 | （1938年3月23日－） | 日治台湾台南州
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| 周清玉 | （1944年6月12日－） | 日治台湾台南州
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| 谢长廷 | （1946年5月18日－） |  中华民国台湾省台北市
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| 游锡堃 | （1948年4月25日－） | 中华民国台湾省台北县
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| 陈菊 | （1950年6月10日－） | 中华民国台湾省台北县
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| 黄尔璇 | （1936年3月5日－2019年2月9日） | 日治台湾台南州
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| 康宁祥 | （1938年11月16日－） | 日治台湾台北州
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| 苏贞昌 | （1947年7月28日－） | 中华民国台湾省屏东市
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| 许荣淑 | （1939年12月27日－） | 日治台湾高雄州
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| 颜锦福 | （1938年－） | 日治台湾台南州
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| 周沧渊 | （1936年－2013年） | 日治台湾台北州
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| 邱义仁 | （1950年5月9日－） | 中华民国台湾省台南县
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| 洪奇昌 | （1951年8月23日－） | 中华民国台湾省彰化县
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| 郭吉仁 | （1944年2月20日－） | 日治台湾台南州
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1949年末，中华民国政府在台湾实施戒严，年底撤到台湾。人民的参政权受到一定限制，但仍有部分党外运动人士争取民主与参与政治的权利，并逐渐发展壮大。
1977年的地方选举成为党外运动的高潮，党外阵营在这场选战中取得四席县市长及21席省议员，被视为空前成长。当中由以因作票爆发的中坜事件以及其所在地的桃园县长当选人许信良最受瞩目。唯隔年（1978年）美国宣布与在台湾的中华民国断交，执政党国民党以此为由宣布停止中央公职选举。1979年更发生美丽岛事件，其中黄信介、施明德、吕秀莲、林义雄、姚嘉文、陈菊、林弘宣、张俊宏等多党外运动人士并因此而入狱服刑。
1980年代，党外实力逐渐整合，1983年底为推荐及辅选增额立委，以公职为主的“1983党外选举后援会”于4月16日成立，召集人费希平，秘书长游锡堃，是党外势力正式组织化的开始。以非公职为主的“党外编辑作家联谊会”亦于9月9日成立，首任会长林浊水、副会长邱义仁、总干事贲馨仪，是为新潮流的前身。“党外公共政策委员会”于1984年5月11日成立，是由任务结束的“1983党外选举后援会”转化而成，首任理事长费希平、秘书长林正杰。1985年为推荐及辅选年底县市长与省市议员选举，成立“1985党外选举后援会”，召集人张俊雄，完成任务后解散。
1986年7月3日“党外秘密组党十人小组”成立，成员包括费希平、傅正、尤清、江鹏坚、张俊雄、周清玉、谢长廷、游锡堃、黄尔璇、陈菊等，开始秘密研拟党纲、党章。[2][注 1]。
1986年党外候选人因应选举高亢倡议组党、推动“公政会”组织化，5月10日陈水扁、黄天福等率先成立“公政会台北分会”；5月17日康宁祥等成立“公政会首都分会”；7月15日举办“组党说明会”，但因“美丽岛事件”殷鉴不远，众多党外领袖推动组党，停留在演讲、办杂志、写文章、研拟政纲等言论层次，并无具体组党行动。党外势力两大系统公政会与编联会领袖大都主张选后组党。“党外编联会”会长洪奇昌认为：“党外还不够成熟，不宜立即组党”；第四任会长吴乃仁：“立即组党，或制定组党时间表，我认为都没有意义”；第三任会长邱义仁：“我认为1986年还不适合组党”、“目前空言组党，不过是打高空的行为”。“党外公政会”前理事长费希平：“对订立组党时间表一事，也持反对态度”；现任理事长尤清：“订立组党时间表，我赞成，不订立我也赞成”[注 2]；康系领袖康宁祥则于6月13日以“党外公政会首都分会”名义向公政会总会提出“党外运动五年民主时间表”，建议“1987成立新党、1988解严行宪”[注 3]。只有“1986党外选举全国后援会”召集人游锡堃认为选前组党才会成功，主张“今年是组党最好时机”、“要期待国民党自动放松，期待他开放党禁，那是不可能的事”、“用实力逼它开放党禁”等[注 4]。游氏“选前组党”主张一直未获支持，遂于8月24日起，以“1986党外选举全国后援会为基地”、“守口如瓶、秘密筹备”、“冒名租用圆山饭店（以往只能租到台大校友会馆、社区活动中心或餐厅）”、“选择教师节连假”、“广邀党外人士150人（以往只数十人）”、“择期召开组党预备会议告知核心重要人士”。1986年8月24日，“1986党外选举全国后援会”成立，召集人游锡堃负责推荐及辅选年底增额立委、国代。该会筹办党外立委、国代候选人推荐，亦秘密策划组织新党，促成“928圆山组党”[注 5]。据谢长廷回忆，之所以选在9月28日创党，主要原因在于当日是党外后援会提名大会，大家都要参加选举，铁定不会缺席，在一百多人都签名下，就看国民党政府敢不敢全抓。此外，9月28日适逢孔子诞辰（中华民国政府将此日订为“教师节”，放假一天），在台湾全国机关都放假，第二天又补假一天，国民党一定无法作反应。[3]:209日后据他们获得的情报，国民党秘书长马树礼当晚出外应酬，直到九点多回家才得到消息。其他党部主管更是后知后觉，就这样促成民国七十五年（1986年）9月28日历史性的一天。[3]:209-210
“组党预备会议”于9月27日下午召开 ，后援会召集人游锡堃主持，会中达成下列共识：
- 明日先开后援会，完成立委、国代推荐及通过共同政见后，立即变更议程（不必重新签到）讨论组织新党。
- 变更议程的提案由时任中央民代的尤清委员于会中动议，由大会主席征求全体出席会员的同意后，立即进行讨论组党。
- 变更议程成功后，讨论组党的会议由国民党迁台前选出的终身职立委费希平先生主持。
- 决定新党以“民主进步党”为名，公推谢长廷于会中代表与会者提出建议[注 6]。
谢长廷曾指出，会使用“民主进步党”的原因在于当时编联会和公政会的关系相当紧张，“编联会”来自新生代的力量，代表进步的取向；“公政会”则代表民主的包容。但是只有进步没有包容，只有力量没有爱最后会是法西斯党；只有爱和包容，最后也会堕落出现包工程之类的贪污腐败行为。所以除了“进步党”外，还要有一个“民主党”。当时这个党名把日后的“美丽岛系”与“新潮流系”两大派系的影子都包含在内。[3]:205-206
1986年9月28日上午九时，由132人与会的“1986年党外选举后援会”在台北市圆山大饭店二楼敦睦厅开会，讨论年底国民大会代表选举及立法委员选举的辅选事宜[4]。大会开始后，谢长廷与尤清提出临时动议要求，要求变更议程讨论组党事宜，并主张立即组党。有一派人主张即日建党太草率，要求先成立一个小组，谨慎筹划，两派僵持不下。朱高正则要求立即组党，说：“当年雷震还在筹组政党阶段，就已经‘鸡仔、鸟仔抓到没半只（闽南俗谚，鸡、鸟抓到一只都不剩，比喻全员被捕）’！”此话一出，立即获得在场党外人士的热烈响应，公推费希平担任组党发起人会议召集人[5]:207。下午两点四十五分，与会人员举行“组党发起人会议”，讨论党名、党章，以及是否立即组党。当时台湾省议员黄玉娇主张使用“台湾民主党”，许多人附和。省议员何春木则重提1960年雷震用过的“中国民主党”，还说用这个名称，将来可以带回中国大陆去，话还没说完就引起台下一阵笑声。[3]:210为了党名问题，引起会场激辩，最后决定由谢长廷及尤清主张的“民主进步党”作为党名获得支持通过。[3]:210[注 7]当时一度引起朱高正异议，表示要取名为“进步民主党”，“因为可以分裂成两种民主党，“以后要分裂比较方便。左派叫做‘进步民主党’，右派叫做‘自由民主党’。”谢长廷反对称：“我们今天才建党就讲分裂的事，有点不吉利吧！”，谢长廷的意见获会场众人支持，通过“民主进步党”为党名。[6][7][8][3]:210-211大会授权费希平，指定尤清、谢长廷、颜锦福、游锡堃、傅正及黄尔璇为建党小组。后费希平等人主持“民主进步党记者会”。下午六时零六分，组党发起人费希平大声宣布：“民主进步党正式成立。”[3]:211
台湾民主关键十日：（9月28日～10月7日）第一天：（9月28日）下午6时召开记者会，宣布民进党成立。由于事前“保密到家”，国民党政府措手不及。当晚两大报承受执政党高层极大压力仍选择刊登。第二天：（9月29日）中国时报：“党外宣布组织‘民主进步党’、昨提出党纲草案及组织构想”；联合报：“无党籍政治人士决定组党”。消息见报后，立即引起国内外关注。第三天：（9月30日）中国时报：“执政党人士定今会晤中介学者，商党内外互动关系，研讨如何调和沟通”；联合报：“无党籍政治人士组党一事，政府将公开说明对策，执政党今邀陶百川等人交换沟通事宜”、“党外人士突然宣布组党，中介学者事前毫无所悉，民青两党认沟通之路不宜中断”。当天早上康宁祥、费希平、尤清、游锡堃紧急会商，决定成立“七人小组”以为因应。第四天：（10月1日）中国时报：“少数人士如不顾情势擅自组党，政府将依法处置，立场并无改变”、“贯彻民主宪政，诚心谋求共识，政府维护法治决心不容误解”、“少数人士如不顾情势擅自组党，政府将依法处置立场并无改变”；联合报：“执政党昨天重申沟通政策不变，无党籍及中介人士主张继续诚意沟通”、“施启扬重申政府严正立场，此时此地不宜组织新党”。全国情势紧绷，各种传言不断。七人小组决定扩大参与成为“10人小组”。第五天：（10月2日）中国时报：“有关政党制度法律将加速研订明载基本国策不容分离主义地方主义”；联合报：“研商与执政党沟通事宜，无党籍人士今集会”。10人小组决定纳入各界人士与编联会代表，成员增加到18位，正式命名为“建党工作小组”，展开党章、党纲的研拟及第一次全国代表大会的筹备工作。第六天：（10月3日）中国时报：“党外组党人士开会决议，决续与执政党沟通，将以党的名义立场进行”、“今年底前可望解除戒严，将另订国安维护法规范，以尽可能回归宪政为最高原则”、“针对政治结社规范问题，研订政党法、人民团体法，将于最短期间内作成政策决定”；联合报：“执政党对两大政治议题已原则决定，戒严令尽速于适当时机解除，政治社团将可成为合法团体”、“无党籍政治人士决议，与执政党继续沟通”，情势已见缓和。第十天：（10月7日）蒋经国接受美国《华盛顿邮报》专访，宣布台湾要朝向解除戒严跟开放党禁这两个方向来进行，次日见报，局势稳定下来，确定了“圆山组党”雨过天晴，民进党顺利诞生。从928组党之日到10/07的这十天，就是重要的民进党组党“关键十日”，也是台湾民主的“关键十日”。民进党“圆山组党”，由于保密到家，国民党政府措手不及。蒋经国事前不晓得，隔天找人到总统府开会，会议中蒋经国一言不发，等全部人都讲完了才说：“时代在变、环境在变、潮流在变，小不忍则乱大谋[9]。宋楚瑜表示，当年民主进步党创党时，他是第一个向蒋经国报告状况的人，蒋经国见到他说的第一句话就是“抓人不能解决问题”[10]。民进党创党党纲中明定：台湾的前途由台湾全体住民，以自由、自主、普通、公正、平等的方式共同决定，标举出台湾住民自决的主张。1986年11月30日，发生因流亡海外的许信良返台所造成的“中正机场事件”[5]:228。
1986年11月10日，在台北环亚大饭店五楼文化中心，民进党在台北市举行第一次全国党员代表大会，由费希平担任大会主席，朱胜号担任司仪，开始逐条讨论由黄尔璇、尤清与傅正起草的党章与党纲。党章除保留第12条全国党员代表大会及第13条中央执行委员会议，其余完全照草案通过；党纲全文139条则采全案表决通过。11月10日晚上，由党员代表以无记名连记法选出黄尔璇等31位中央执行委员（中执委），再由中执委选出11位中央常务委员（中常委）。11月10日，民进党11位中常委在台北市元秾茶馆选举党主席；会中由江鹏坚击败费希平，当选首任民进党主席[11]。民进党成立之初并未得到国民党政府的承认，国内外的焦点纷纷集中在当时的总统蒋经国身上。当时国民党内亦有保守势力声浪。在组党隔日下午一时，参谋总长郝柏村对蒋经国报告即提到“现在偏激分子扬言组党，其实际主张为否认中华民国，或与中共统战呼应，或为台独，当然不能容忍。”[12]16时，蒋经国召集郝及（行政院长）俞国华等人指示中提到“不要以为有力用不上而感茫然。有位同志来信，谓面对敌人的侮辱，罪怪者为蒋某不生气。余为国而生，为国而死，此时非出一口气表现力量的时候。战场上用刀用枪容易，今日比用刀用枪。...现对民主进步党采不承认政策，并照行政院说过的依法处理”。[13]直到后来蒋经国以“时代在变，潮流在变，环境也在变”而默许民进党的成立。事实上在解严之前，一些新闻媒体仍不愿全名刊出民进党；而在新闻报导时都以“民X党”、“X进党”或“所谓的民进党”字眼取代，表示否定与不承认。[5]:236
10月7日，蒋经国在接见《华盛顿邮报》发行人凯瑟琳·葛兰姆一行人，谈话透露政府正在研究解除戒严令、个人自由某些限制也将解除，包括组织政党。康宁祥认为蒋经国的态度代表对民进党“不承认、不取缔”，[14]:419认为民进党至此安了。党外后援会即打出“民主新希望，新党救台湾”，被党外后员会提名的21位立委候选人及23位国代候选人成为创党后第一批“受益人”[14]:418-419
民进党内部派系斗争几乎是尽人皆知的事，很多人都曾被怀疑是“抓耙仔”，尤其连创党主席江鹏坚、驻日大使谢长廷也曾被质疑。然而据参与创党的邱万兴表示，从组党十人小组以降，那么长时期以来、经历过那么多事，从来没有人看过他们有过任何出卖同志的行为，这就足以证明那些传闻纯粹子虚乌有，并认为极可能是国民党分化的手法之一。[15]
在国民党的白色恐怖统治之下，让负责民进党财务的周沧渊和行政的黄尔璇吃尽苦头。当时许多屋主听到民进党要租屋，纷纷谈都不谈拒绝，不然就是故意抬高租金，让他们知难而退。[14]:421有一天周沧渊骑着摩托车载着黄尔璇又出去碰运气，在大安区大街小巷绕，绕到建国南路附近，黄尔璇忽然有感而发：“什么建国‘烂’路！难怪找个中央党部办公室都这么难。”周沧渊一听“对喔！走！不要继续待在这条‘烂’路！”后来到了建国北路，在民生路口看到一块招租看板高挂在一栋七楼顶上。看上去六十多坪左右，地点虽不在国会附近，但紧邻车水马龙的建国南北路，将来在顶楼悬挂民进党党旗，使南来北往的民众看到绿十字大地、台湾居中的党旗也是不错。勉强可供中央党部使用。[14]:421-422房东是周沧渊旧识，起先很乐意出租，一问准备开什么公司。周说是民进党要设办公室，房东就说过两天考虑好了再通知，结果一直没下文。透过周的朋友打听，才得到回复：“租给你们民进党，我往后一定不得安宁，三天两头警总、管区来找麻烦。不租给你们，也很不好意思。不如叫伊买下来啦！”周沧渊最后杀价到五百万，决定买下。[14]:421-4222011年康宁祥到周沧渊家叙旧，周沧渊透露当时订金五十万还是他与老婆商量挤出二十万、尤清出十万、傅正从退休金领出十万，剩下不足十万找他姨丈周转，才凑足五十万下订。[14]:422当时民进党却无法向老百姓一样向银行贷款，连用“民进党中央党部”名义跟银行开户都被拒绝，后续四百五十万还是向群众募款才渡过。[14]:422-423当时中央党部办公室以周沧渊、江鹏坚、许荣淑和康宁祥“共同持有”的名义登记，后来转作台北市党部、中央党部数据库。[14]:423
出身会计师的周沧渊，每晚收到民众热心捐献的铜币、纸钞，都在当晚点收完毕，交给会计人员存放中央党部的保险箱，常常一场晚会劝募下来，要到半夜三点才能结算下来。当时不仅银行不肯借款给民进党，连存款都不行。后来民进党募款多了，民进党只好以“周沧渊”个人名义开户，账户由中央党部会计专人保管。[14]:423-424海外台湾人亦热心捐钱，光是美国同乡就募得十万美金左右。为了避免在回台入境时遭国府海关刁难，周沧渊在美国收到现款后，特地交给一位信得过的贸易同乡，回到台湾后再向他取回等值台币。建国北路办公室尾款四百多万元，还是美国同乡捐献后才凑足的。[14]:424
1986年12月，组党后的民进党参加第一次的立法委员选举与国大代表选举，总得票率约20%[16]。受限于戒严令尚无法核准登记政党，当时参选的仍是以无党籍参选。此后民进党也发动了多次街头游行，争取当局解除戒严、争取国民大会代表直选与一系列的公共政策调整。此时，民进党主要通过发动街头游行等手段与国民党统治当局抗争，要求国会全面改选。初期的民进党视自己为台湾的“本土派政党”，视国民党政府为“外来政权”，主要政见是想争取民主自由，让被限制政治权利的台湾人民，有更多的参政、议政权。
1987年5月解严前夕，在蒋经国的亲自指示下，“美丽岛事件”受刑人之一黄信介在8年4个月的铁窗生涯之后和张俊宏一起被假释。1987年5月30日，黄信介与张俊宏出狱。黄信介于1988年3月20日入党。[17]:1561987年7月15日，中华民国总统蒋经国宣布解除戒严令，解除报禁、党禁。民进党继续结合串联各项社会运动，引爆台湾社会更多的参与和响应[18]。
1988年3月，爆发加入民进党的军人刘水庚（陆军中校）遭到军方移送军法处的刘水庚、陈永长事件。同年10月，爆发党员陈声庆（陆军上尉）、蒋俊华（陆军上尉）受到军方主管处分、甚至下落不明的事件。
1988年4月17日，民进党通过了“四个如果”的决议文，主张“如果国共片面和谈、如果国民党出卖台湾人民利益、如果中共统一台湾、如果国民党不实施真正的民主宪政，则民进党主张台湾独立。”
1988年11月12日，黄信介出任民主进步党第三届党主席。1989年连任第四届党主席。
1989年，民主进步党一些成员参与了支持中国大陆八九民运的绝食运动。在1989年年末的县市长选举中，黄信介带领的民进党以张俊宏著作《到执政之路》为理论，提出“地方包围中央”的理论。[17]:177在选举中民进党取得了台北县、宜兰县、新竹县、彰化县、高雄县及屏东县等6个席次；在增额立委选举中，民进党取得21席。当中以尤清攻陷台北县“总统的故乡”，最鼓舞民进党士气。[17]:180
1990年3月，因万年国会资深国代借由国民党内政争行政治勒索扩权，引发学生前往中正纪念堂抗议，爆发野百合学运。民进党也进驻中正纪念堂抗议。3月15日，为抗议老国代藉选举总统之便扩权谋利，黄信介率民进党籍国代在烈日的总统府前求见李登辉总统。结果在宪警人员棍棒交加下，身为最大反对党主席的黄信介遭四肢悬空架起，被抛弃在远离总统府的街头。当晚三家电视台及翌日各大报社均大幅处理这则新闻，消息传出后举国哗然。[17]:185-1864月2日，黄信介与民进党秘书长张俊宏获李登辉总统邀请进总统府，成为台湾史上第一位昂首进入总统府的反对党主席。当时国民党在学生运动及民进党压力下，答应召开国是会议。民进党在两大派系恶斗下，最终同意参加国是会议。5月7日，黄信介与在野国是会议筹备委员张俊宏、陈永兴、康宁祥等人出席国是会议，与李登辉总统会面。[17]:188-191
1990年10月7日，民主进步党第四届第二次全国党员代表大会通过〈1007决议文〉:“我国事实主权不及于中国大陆及外蒙古。我国未来宪政体制及内政、外交政策，应建立在事实领土范围之上。”明白宣示台湾事实主权与中国蒙古无涉。
1991年10月13日，许信良出任民主进步党第五届党主席。民主进步党第五届第一次全国党员代表大会，修正通过〈建立主权独立自主的台湾共和国〉基本纲领，即一般通称的民进党“台独党纲”。
1992年，首届全面改选的立委选举中，民进党得票率达33%，获得51席，取得近三分之一的议席。此次选举前主席黄信介以“元帅东征”为口号，参选花莲县立委，开票当日，以62票败给魏木村，爆发作票传闻。检察官受理验票后，发现有花莲市十二个投票所出现738张“幽灵选票”，选票数目比来投票的选民数还多。花莲地方法院检察署查出多位选务人员用将预藏的选票，趁着清点票数，其他监票人员不注意时，暗中投入。最后1993年侦结选举弊案，国民党花莲市市长魏木村及其弟花莲县议员魏东河等被起诉判刑，由中央选举委员会公告黄信介当选。此案为1992年花莲县立法委员选举集体作票事件。
1993年9月28日，民主进步党庆祝建党七周年。中央党部搬入华山商务大楼。[19]
1993年县市长选举的得票率已经达到41.2%，并拥有6席。1994年，在台北市市长的选战当中，民进党推出立法委员陈水扁以“快乐、希望”为主轴与新党赵少康、首次接受民意考验的国民党籍官派市长黄大洲竞选，在国民党和新党互抢票源，并最后赢得胜选。台北市的选民，在当时仍有许多极力支持国民党的外省族群，陈水扁能够当选，显示民进党已能与国民党相抗衡。
1995年5月，施明德担任党主席后，积极为民进党过去的反对党形象做转型，对外于1995年9月在美国首都华盛顿特区的一场国际记者会上表示“台湾已经是一个主权独立的国家，民进党执政，也不会宣布台湾独立……”，解除国际社会对民进党执政的疑虑。并对内主张政治大联合，社会大和解，以化解长期的族群对立，在1995年12月14日施率领民进党重要干部邱义仁、林浊水与当时敌对的政党新党党揆，在立法院进行历史性的会晤，却遭党内基层支持者的误解并遭辱骂。而许信良针对两岸政策也提出“大胆西进”的主张，两位党主席对于民进党的路线有着不同的思维，但始终无法成为党内主流意识。1996年，施明德联合新党参选立法院院长，但以一票之差落败。
1996年，是中华民国总统首次直接选举，民进党推选早期的独派宣导者彭明敏参选，但因国民党候选人、当时的总统李登辉对于台湾人选民的强大号召力，加上外在因素如台湾海峡导弹危机至台湾外海等举动而导致民进党惨败。施明德辞去党主席职务以示为此次选举失败负责。但在地方上，民进党的势力依然强劲。1997年中华民国县市长选举中，民进党赢得了全台12个县市的执政权，首次超过国民党的县市长席次，“绿色执政”下的人口已占全台湾总人口的71.59%，民进党“以地方包围中央”的选举路线于焉产生[18]。1998年的台北、高雄直辖市市长选举中，施政满意度高达七成，被外界甚为看好有机会连任的市长陈水扁失去了台北市的执政权。一般认为，陈水扁在台北市市长任内严苛要求公职人员，及强势施行如废公娼等政策，被认为是拓展选票时的包袱，不过更基本的，还是台北市的选民结构中蓝大于绿以及国新两党候选人成功操作弃保所致。但在高雄市市长选战中，原本不被外界看好的谢长廷却最终而以些微差距胜选，南台湾县市全面由民进党执政的绿色执政版图情势首次出现。选后，民进党内四大派系进行了中国政策的公开电视辩论，最终“大胆西进”与“强本渐进”两条路线互相妥协，达成了“强本西进”的共识。
1999年，为因应2000年总统大选，民进党通过《台湾前途决议文》，承认台湾已是民主的国家，国号是“中华民国”。随后推选陈水扁与吕秀莲参选正副总统。选战过程原本不被外界看好，但因兴票案等影响，使陈水扁与吕秀莲最后以2.5%差距超过得票第2高的宋楚瑜胜选，实现台湾历史上首次政党轮替。
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民进党执政之初，面临多次政治危机，在政治上：为了安定，陈水扁以中国国民党籍的原国防部部长唐飞为行政院院长，前宜兰县县长游锡堃为副院长。新政府刚成立3个月不到，即发生八掌溪事件。在八掌溪事件中，由于行政部门的反应迟缓，导致四名工人死亡。副院长游锡堃主动请辞，由张俊雄接任。
陈水扁当选总统后，时任民进党主席林义雄请辞卸任，由谢长廷当选继任。由于总统府与党中央双方经常立场不同调，而谢长廷的党主席及高雄市市长任期将于2002年届满，因民调结果对谢长廷兼任党主席并不赞同，谢长廷必须在两个职位中做选择。此时，民进党党内有人提出“党政同步”，由总统兼任党主席。当时前主席姚嘉文表态参选民进党主席。但在谢长廷也支持的情况下，陈水扁于2002年7月21日接任民进党主席，引来一阵批评声浪，被认为是违背了建党之初反国民党时提出的理念：党、政、军的分离，并批评成为陈水扁的“一言堂”，加上陈水扁竞选总统时，曾宣示会退出民进党的党内运作。对于外界诸多的质疑，民进党解释这是“党政同步”并非“党国不分”。在执政时期，由总统兼任党主席，在野时期，由党员直选党主席。
核四风波，结束民进党与在野党“蜜月期”，并开启民进党执政期间朝野恶斗的重大事件。由于民进党执政前始终主张“非核家园”的理念，执政后面对过去长期支持民进党的反核团体与前主席林义雄、施明德等人要求兑现政治承诺的重大压力。
因停建核四与行政院院长唐飞的主张相左，故唐飞被去职，由副院长张俊雄接任院长。张俊雄上台后，在陈水扁总统于总统府会见国民党主席连战时，宣布停建正在建设中的核四，引发政治风波，国民党与连战感到深受羞辱，在野的国民党立委甚至发动连署罢免陈水扁。在司法院大法官作出释字五二〇号解释，认为行政院并无径行停止经立法院通过预算之重大政策执行之权限后，民进党最终妥协，行政院宣布复建核四，甚至追加预算。但核四的停建，造成财政上重大损失，营建核四的成本因而增加，影响民众对民进党政府的信心。
尽管面临重重危机，民进党还是获得了2001年立委选举的胜利，而从2002年新任立委就职后，台湾政治局面形成了“泛绿”与“泛蓝”两大势力，民进党首次成为国会的第一大党，在联合另一泛绿政党台湾团结联盟后，基本上能控制立法院，然而立法院的多数席次直至目前仍然由泛蓝政党掌控。
2004年中华民国总统大选期间，泛蓝的国民党主席连战、亲民党主席宋楚瑜整合成功，形成2000年无法出现的“连宋配”，而民进党依旧以“水莲配”寻求连任。民进党的策略在很大程度上十分成功，再加上陈水扁2003年10月过境美国出席多个公开场合，宣扬其在外交上的成就，使陈吕与连宋的民调差距从2003年3月最高时的15%左右缩小到3%的统计误差范围内，总统府秘书长邱义仁形容这次选举将会是“割喉战”。也有人评论，民调拉近的原因主要不是由于民进党的支持度上升（泛绿的支持度始终维持在30%到40%之间），而是由于泛蓝的支持度不断下滑，很多选民从原先的支持泛蓝改为不表态。此次选战空前激烈，泛绿与泛蓝支持者立场鲜明，泛绿政营在2004年2月28日发动228牵手护台湾，民调支持度来到最高点，但在最后投票之前一周，由通缉潜逃海外的前东帝士集团董事长陈由豪爆出政治献金与“大老说”，牵扯出立委沈富雄。在投票最后倒数的48小时中，沈富雄召开记者会以“三个可能”和“四个可能”试图化解危机。在2006年5月29日，沈富雄终于公开承认陈由豪确实曾去见过陈水扁之妻吴淑珍。在距投票时间不到20小时的2004年3月19日下午，戏剧性地发生了319枪击案，因疑点重重，造成社会普遍不满。2004年3月20日开票后，由民进党的“水莲配”以近三万票的0.228%的些微差距超过“连宋配”而连任成功。由于枪击事件的争议，激发连宋支持者的质疑和不满，造成社会动荡并持续上月。2004年底的立法委员选举中，陈水扁挟著2004年总统大选期间过半的选票实力及对泛蓝抗争的不满民意，欲一举夺得国会过半数，让民进党与台联在不少选区高额提名。陈水扁在选战过程中并一连抛出制定“台湾新宪法”、“军购案”、“国营事业、外馆正名”等议题。最后虽然在立法院席次由87席变为89席，增加两席，却使台联席次减少一席而未达成目标。陈水扁承认败选而请辞民进党主席职务，由立法院总召柯建铭暂时代理，2005年1月27日由辞去原任总统府秘书长官职的苏贞昌顺利当选出任。在2004年，民进党支持修宪改变立委选举制度，沈富雄、林浊水皆撰文批判。他们所持的理据为立委减半以后，至少有十数席势将由国民党夺得，例如花东和离岛等国民党占优势的选区，民进党未选就将输掉十数席，在起跑点上便已落后。加上国民党强大的派系动员能力，在不少的小选区中会较民进党有优势。
立委败选后，总统府与民进党中央开始考虑政治和解的可能性，2005年2月高雄市市长谢长廷，被陈水扁总统特任为行政院院长，并提出“和解共生”的诉求。2005年2月24日，陈水扁总统与亲民党主席宋楚瑜的“扁宋会”，于台北宾馆登场，经过近两小时会谈后，就“两岸和平、国防安全、族群和谐”确立十点共识并发表联合声明，强调将以“中华民国为最大公约数”。2005年5月14日，首次举行也是末代的“任务型国代选举”，投票率低落，但民进党得票率创新高，成为短暂过半的“任务型国大”第一大党，并与中国国民党在阳明山中山楼联手主导宪法条文修正。2005年7月，爆发高雄捷运泰劳暴动事件，导致劳委会主委陈菊、高雄市代理市长陈其迈自动请辞下台，之后陆续意外牵扯出高雄捷运外劳弊案，涉及总统府副秘书长陈哲男涉嫌官商勾结弊端。在陈哲男的官商关系进一步被揭发后，民进党要求开除陈哲男的声浪愈来愈大，尽管陈哲男宣布退党，但民进党仍然开除他的党籍。2005年年底的三合一选举，民进党在全台执政版图萎缩至南部六县市，长年执政的台北县、宜兰县也失守，国民党为首的泛蓝阵营在17个县市获胜，苏贞昌辞去民进党党主席。2005年12月7日，民进党中常会未遵循由立法院总召暂代党主席的惯例，改推举副总统吕秀莲代理党主席，但吕秀莲以“任代主席只是在替总统看守党中央”来揶揄总统陈水扁，引起陈水扁不满，指吕秀莲“吃人够够”（台湾俚语；即得寸进尺），2005年12月12日，她宣布请辞民进党代理主席，但12月14日又接受党的挽留，答应留任至2006年1月的党主席选举。
2006年1月15日，游锡堃当选党主席并于1月26日就职，1月24日前主席林义雄退出民进党。由于高雄市接连发生弊案及选举失败阴霾下，诉求“和解共生”的谢长廷以“坚持理念，分担责任”请辞行政院长，1月25日由苏贞昌接任行政院长。2006年年中后，总统陈水扁周遭人士陆续传出多起弊案，主要有总统女婿赵建铭涉及台开案、总统夫人吴淑珍被控收受Sogo百货公司礼券并介入该公司经营权之争、炒作股票、总统府的国务机要费案等，让陈水扁的声望不断下跌。2006年5月31日，陈水扁宣示“三个决定”（自清、革新、权力下放）与“一个决心”（说到做到、坚持到底），交出党政权力，尊重行政院职权。但在当时，司法机构尚未确认陈水扁直接牵涉任何一件弊案，因此陈水扁在阿扁总统电子报上表示尊重司法、支持司法、相信司法。2006年6月，国民党立委丁守中与亲民党立委吕学樟等人，以“财政崩盘”、“毁宪乱法”为由，分别提出“对陈水扁总统提出罢免案”，并获得中国国民党与亲民党全部党籍立法委员连署，超过提案门槛，交付立法院表决。于6月27日表决时，民进党动员党籍立委不进场投票，台联则动员集体投废票，因此虽然中国国民党、亲民党及无党籍立委皆投赞成票，但仍未超过三分之二立法委员同意之法定门槛，该总统罢免案不成立，因此依法无法再举行罢免总统之公民投票。已退出民进党的前主席施明德在8月7日，写了一封《给总统陈水扁的信函》，并于8月10日起发动“百万人民倒扁运动”、要求陈水扁总统能主动辞职下台。在“百万人民倒扁运动”愈来愈激烈的时候，民进党主席游锡堃大力支持陈水扁，推动公投“讨国民党不当党产”以期达到围魏救赵的效果。在此时，民进党的形象逐渐转向深绿，游锡堃亦成为深绿的代表。此时，关于2007年12月（后来延后至2008年1月）的下届立法委员选举，民进党党内初选方法的争论浮上台面。以蔡同荣为首的中常委以2004年沈富雄的落选显示，泛绿形象再好、也只能获得少数泛蓝票，于是他们提出排蓝民调的方案，获得民进党多数成员认同及支持。但是对于要排除多少泛蓝民意有所争执；部分深绿人士支持高度排蓝、陈水扁及新潮流则倾向低度排蓝。经过党内的争论以后，决定在总统选举采用低度排蓝（有利形象中性的谢长廷及苏贞昌），在立委选举中采用高度排蓝。
2007年2月，随着国民党主席马英九因特别费案被起诉，第十二届总统候选人党内初选提早开始，副总统吕秀莲、行政院长苏贞昌、党主席游锡堃与前行政院长谢长廷分别投入党内初选。5月6日，民进党举行党员投票，谢长廷得票第一，当日苏贞昌和游锡堃宣布退出初选，吕秀莲翌日也退出，最后由谢长廷出线。5月12日，行政院长苏贞昌表示辞去行政院长职务。5月14日，陈水扁总统宣布张俊雄再次回任行政院长一职。8月15日，谢长廷宣布与苏贞昌达成正副手共识，角逐2008年中华民国总统大选。在民进党党内不分区立委排名初选，被党内视为十一寇的浅绿参选者全军覆没，排在安全名单之外。在此时，一些民进党较具优势的选区已有人被提名，在较艰难的选区则改采征召策略。十一寇中的段宜康、罗文嘉等被征召到台北市参选。2007年9月26日游锡堃辞去党主席，因其所推出原经陈总统同意的“正常国家决议文”内容中的“国号正名为台湾”与“宣告台湾为主权独立的国家”等文字于当日中午，被陈总统以所召集的吕秀莲、谢长廷、苏贞昌、叶菊兰、张俊雄、柯建铭等八人反对而删除，遂辞去党主席一职。由总统陈水扁再次接任党主席，带领民进党参与立委选战。修改过的“正常国家决议文”于9月30日全国代表大会通过。
在2008年中华民国立法委员选举中，民进党遭遇创党以来的最严重挫败，113席立法院席次只取得27席，造成“朝极大野极小”的情况。泛蓝则取得超过四分之三席次，于25个县市、直辖市当中，取得15个县市、直辖市的所有席次。由于立委选举惨败，陈水扁辞去党主席一职，由总统候选人谢长廷任代主席。3月22日的2008年中华民国总统选举，长昌配以二百二十一万票的差距落败，民进党于5月20日后下野。谢长廷于中常会请辞党主席，但党部慰留谢长廷，谢最后留任至五月党主席改选为止。4月18日，党主席改选登记结束，由蔡同荣、辜宽敏及蔡英文竞选。4月24日，民主进步党党部正式废除排蓝民调。5月13日，蔡同荣宣布退出党主席改选，并宣布支持辜宽敏。5月18日，蔡英文于民进党主席选举中一共获得73865票，击败了对手辜宽敏（48882票），以及宣布退选的蔡同荣（6530票），成为民进党第12届党主席，并且是民进党史上第一位党员直选选出的女性党主席。
2008年5月21日，蔡英文就任第12届党主席；同年8月15日，陈水扁、其妻吴淑珍陷洗钱风暴，宣布退党[20]，而蔡英文开始处理陈水扁弊案造成的影响，并推出小额捐款等新的开源管道。2008年8月30日民主进步党动员参加830百日怒吼大游行，抗议马英九政府的施政。2008年11月，在二次江陈会期间，民进党发动“围城行动”，民众与警方爆发流血冲突[20]；而由于上任后的马英九政府，经历2008年中国大陆的乳制品遭三聚氰胺污染的事件、八八水灾、H1N1疫苗、ECFA、美国牛肉进口、台湾运动员在国际体坛屡遭中共（联合他国）打压、台湾嫌犯遭菲律宾遣送至中国等议题与事件的处理无力失当，再加上于2008年立法委员选举后，4名国民党立委因贿选而被法院宣判当选无效，因此民进党在4次的立委补选中胜出，取回超过四分之一的席次。
在2009年中华民国地方公职人员选举中夺回宜兰县，各县市长得票率和国民党不相上下。2009年5月17日，在马英九总统就任一周年之际，民主进步党和台湾本土社团分别在台北市和高雄市针对马英九政府以及刘兆玄内阁发动517呛马保台大游行。
2010年5月23日，蔡英文以高达90.29%得票率，连任第13届党主席。2010年6月26日，为抗议ECFA，民进党在台北发起“反一中、要公投”大游行[20]。2010年11月的直辖市公职人员选举中，民进党虽未增加席次，但得票率超越国民党。
2011年4月27日，民主进步党首次以全民调方式决定总统候选人，由蔡英文主席代表民进党参选2012总统大选。8月22日，民进党公布“十年政纲”总纲，作出对下一代的承诺[21]。
2012年中华民国总统大选民进党蔡英文、苏嘉全以609万票输给了国民党马英九、吴敦义的689万票，使民进党继续沦为在野党。2012年，在马英九上任第二任期的前夕，民主进步党、台湾团结联盟以及本土社团发动519呛马踹共大游行，要求“日子歹过、总统踹共”[22][23][24]。
2013年1月13日，民进党发动“人民火大、一路呛马”游行，提出“换内阁救经济、反媒体垄断、针对年金改革召开国是会议”三大诉求，近20万人参加[21]。
2014年中华民国地方公职人员选举中，由于年初太阳花学运大幅唤醒本土意识，以及民众对执政的国民党倾中政策及施政累积的不满透过选票宣泄等因素，使民进党于本次选举中县市首长议员不论席次、选票均大幅超过国民党：直辖市六都中取得四都（桃园市、台中市、台南市及高雄市）；六都以外原先国民党执政的县市中，几个基本盘蓝大于绿的县市也成功政党轮替（基隆市、新竹市）。县市首长席次民进党共取得13席，大胜国民党的6席，台中以南的所有县市均由民进党取得执政权。这个结果也为蔡英文第二次参选总统奠定坚实基础。
2016年中华民国总统选举中，民进党提名的总统候选人蔡英文与其无党籍副总统搭档陈建仁以56.12%的得票率胜选；同日举办的2016年中华民国立法委员选举中，民进党以区域立委49席、不分区立委18席、平地原住民立委1席共计68席，于国会中单独取得过半席次。这次选举民进党完成台湾在解严后的第三次政党轮替，同时也是国会的第一次政党轮替。
2018年5月，前副总统、前代理党主席吕秀莲退出民进党。同年的九合一选举中，民进党惨败，时任总统的蔡英文辞去民进党主席职务。翌年1月，由卓荣泰接任主席。
2020年中华民国总统选举中，民进党提名的总统候选人蔡英文与其同党籍副总统搭档赖清德以57.13%的得票率胜选；同日举办的2020年中华民国立法委员选举中，民进党以区域立委48席、不分区立委13席共计61席，虽然较上届减少7席，但仍旧再度于国会中单独取得过半席次。同年5月，蔡英文宣誓就任总统，同时第三度接任民进党主席。
2023年2月15日，民进党中执会通过修订了“党职人员选举办法”还有“公职候选人提名条例”草案，根据草案，未来只要涉及黑金、枪毒或曾经被管训者，不能担任党职或代表参选公职。[25]
2022年九合一选举，民进党又再度惨败，时任总统的蔡英文再度辞去党主席。翌年1月，副总统赖清德接任党主席。
2024年中华民国总统选举中，民进党提名的总统候选人—时任副总统赖清德与其同党籍副总统搭档—时任驻美大使萧美琴成功当选，令民进党成为中华民国自1996年开放总统直选以来，首个连胜三次总统的政党。赖清德亦成为自总统直选以来，首个以副总统身份当选总统的候选人。然而，“赖萧配”仅以40%的得票率胜选，是自2000年中华民国总统选举以来，民进党再度以不足一半得票率胜选。另外，同日举办的2024年中华民国立法委员选举中，民进党以以区域立委38席、不分区立委13席共计51席，较上届减少10席，失去国会过半席次，继2008年后民进党再度成为少数派政府。
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