From Wikipedia, the free encyclopedia
hVamp6/Vps39-liki protein je protein koji je kod ljudi kodiran genom VPS39.[5][6] Gross (2017) je gen VPS39 mapirao na hromosomu 15, sekvenca q15.1 na osnovu porevnanja sekvence VPS39 (GenBank AF281052) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[7] Ovaj gen kodira protein koji može pospješiti nakupljanje i spajanje kasnih endosoma i lizosoma. Protein takođe može djelovati kao protein-adapter koji modulira transformirajući faktor rasta–beta odgovor spajanjem receptora transformirajućeg kompleksa faktora rasta-beta sa putem Smad-a.[6]
VPS39 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | VPS39 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | OMIM: 612188 MGI: 2443189 HomoloGene: 41025 GeneCards: VPS39 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 15: 42.16 – 42.21 Mb | Chr 2: 120.15 – 120.18 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Dužina polipeptidnog lanca je 886 aminokiselina, a molekulska težina 101.809 Da.[8].
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MHDAFEPVPI | LEKLPLQIDC | LAAWEEWLLV | GTKQGHLLLY | RIRKDVVPAD | ||||
VASPESGSCN | RFEVTLEKSN | KNFSKKIQQI | HVVSQFKILV | SLLENNIYVH | ||||
DLLTFQQITT | VSKAKGASLF | TCDLQHTETG | EEVLRMCVAV | KKKLQLYFWK | ||||
DREFHELQGD | FSVPDVPKSM | AWCENSICVG | FKRDYYLIRV | DGKGSIKELF | ||||
PTGKQLEPLV | APLADGKVAV | GQDDLTVVLN | EEGICTQKCA | LNWTDIPVAM | ||||
EHQPPYIIAV | LPRYVEIRTF | EPRLLVQSIE | LQRPRFITSG | GSNIIYVASN | ||||
HFVWRLIPVP | MATQIQQLLQ | DKQFELALQL | AEMKDDSDSE | KQQQIHHIKN | ||||
LYAFNLFCQK | RFDESMQVFA | KLGTDPTHVM | GLYPDLLPTD | YRKQLQYPNP | ||||
LPVLSGAELE | KAHLALIDYL | TQKRSQLVKK | LNDSDHQSST | SPLMEGTPTI | ||||
KSKKKLLQII | DTTLLKCYLH | TNVALVAPLL | RLENNHCHIE | ESEHVLKKAH | ||||
KYSELIILYE | KKGLHEKALQ | VLVDQSKKAN | SPLKGHERTV | QYLQHLGTEN | ||||
LHLIFSYSVW | VLRDFPEDGL | KIFTEDLPEV | ESLPRDRVLG | FLIENFKGLA | ||||
IPYLEHIIHV | WEETGSRFHN | CLIQLYCEKV | QGLMKEYLLS | FPAGKTPVPA | ||||
GEEEGELGEY | RQKLLMFLEI | SSYYDPGRLI | CDFPFDGLLE | ERALLLGRMG | ||||
KHEQALFIYV | HILKDTRMAE | EYCHKHYDRN | KDGNKDVYLS | LLRMYLSPPS | ||||
IHCLGPIKLE | LLEPKANLQA | ALQVLELHHS | KLDTTKALNL | LPANTQINDI | ||||
RIFLEKVLEE | NAQKKRFNQV | LKNLLHAEFL | RVQEERILHQ | QVKCIITEEK | ||||
VCMVCKKKIG | NSAFARYPNG | VVVHYFCSKE | VNPADT |
Sekvenciranjem klonova dobijenih iz frakcionirane biblioteke,moždane cDNK Nagase et al. (1998) klonirali su VPS39, koji su nazvali KIAA0770. Izvedeni protein sadrži 731 aminokiselinu i dijeli značajnu homologiju sa Vps39 S. cerevisiae. RT-PCR ELISA pokazala je sveprisutnu ekspresiju VPS39, sa najvećom u jajnicima, pa u srcu, mozgu, plućima, sjemenicia i bubrezima. Ekspresija je bila umjerenija u jetri, skeletnim mišićima, gušterači i sezeni.[9]
Pretragom baza podataka za homologe Vam6 / Vps39 S. cerevisiae, nakon čega slijede 5-bazna RACE i PCR biblioteka cDNK srca i mozga, Caplan et al. (2001) klonirali su ljudskog VPS39, kojeg su nazvali VAM6. Izvedeni protein od 886 aminokiselina] ima izračunatu molekulsku masu veću od 100 kD. Dijeli 26% identiteta sa C-terminalnom polovinom Vam6 S. cerevisiae i 21% identiteta sa TRAP1 (TGFBRAP1), drugim ljudskim homologom Vam6 S. cerevisiae. Ljudski VAM6 ima N-terminalni domen homologije citrona (CNH) i domen homologije ponovljenog centralnog klatrina (CLTC). CNH i CLH domeni konzervirani su u ljudskom TRAP1 i u Drosophila, C. elegans i Vam6 S. pombe, ali u Vam6 S. cerevisiae nedostaje CNH domen. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju VAM6 u ljudskim tkivima. Pretragom baza podataka za homologe TRAP1, nakon čega slijedi 5-glavna RACE biblioteke cDNK ćelijske linije hepatoma, Felici et al. (2003) klonirali su VPS39, koji su nazvali TLP.[10]
Izvedeni TLP protein od 875 aminokiselina, identičan je proteinu VAM6 o kojem su izvijestili Caplan et al. (2001), osim za inserciju 11 aminokiselina nakon val46 u VAM6. [[Northern blotgg analizom otkriven je transkript od 5,5 kb u svim ispitivanim tkivima, s najvećom ekspresijom u mozgu, srcu, skeletnim mišićima, bubrezima i slezini. Drugi transkript od 5,8 kb bio je prisutan u leukocitima periferne krvi.[11]
Caplan et al. (2001) otkrili su da je prekomjerna ekspresija VAM6 u HeLa ćelijama rezultirala masivnim nakupinama i fuzijom lizosoma i kasnih endosoma u velike jukstanuklearne strukture, što podsjeća na učinak izazvan ekspresijom konstitutivno aktivnog RAB7. Međutim, VAM6 je svoj učinak iskazao u prisustvu dominantno negativnog RAB7, što sugerira da funkcionira ili nizvodno ili nezavisno od RAB7. Analize gradijentne frakcionacije, 2-hibrida i koimunoprecipitacije pokazale su da je VAM6 formirao homooligomere. CLH domen VAM6 bio je potreban za homooligomerizaciju, a i CNH i CLH domeni bili su potrebni za indukciju grupisanja i fuzije lizosoma. Zaključili su da je VAM6 faktor vezanja/priključenja koji je uključen u fuziju lizosoma. Analizom imunoprecipitacije transficiranih COS-1 ćelija i endogenih proteina u ljudskim keratinocitima, Felici et al. (2003) otkrili su da je TLP povezan i sa aktivnim i sa nedostatkom kinaze TGF-beta receptorom-2 (TGFBR2) i aktivinskim receptorom-2B (ACVR2B). TLP je također komunicirao sa SMAD4, ali samo u prisustvu signalizacije TGFB/aktivin . TLP se kolokalizirao s kompleksom TGFB receptora na plazmsmembrani i podmembranskim vezikulskim domenima, neovisno o ligandu. U nekoliko ljudskih ćelijskih linija prekomjerna ekspresija TLP-a potisnula je TGFB-induciranu transkripciju iz SMAD3/SMAD4-specifičnog reportera, dok je potencirala TGFB-induciranu transkripciju iz SMAD2/ SMAD4-specifičnog reportera. TLP je inhibirao stvaranje kompleksa SMAD3/SMAD4, bez uticaja na fosforilaciju SMAD3 i nije imao efekta na fosforilaciju SMAD2 ili heterooligomerizaciju. Predložili su da TLP regulira ravnotežu signalizacije SMAD2 i SMAD3 unutarčelijskom lokalizacijom SMAD4, doprinoseći tako ćelijskoj specifičnosti transkripcijskih odgovora TGFB.
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.