From Wikipedia, the free encyclopedia
Intermedijarni filamant porodice orfan 1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom IFFO1. Filament IFFO1 molekulske težine 61,98 kDa nema okarakteriziranu funkciju.[5] IFFO1 proteini imaju važnu ulogu u citoskeletu i jedarnoj ovojnici većini tipova eukariotskih ćelija.[6]
IFFO1 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | IFFO1 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | OMIM: 610495 MGI: 2444516 HomoloGene: 18706 GeneCards: IFFO1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 12: 6.54 – 6.56 Mb | Chr 6: 125.15 – 125.16 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
IFFO kod ljudi nalazi se na minus lancu hromozoma 12, sekvenca p13.3. Protein sadrži 17.709 nukleotidnih baza koje kodiraju 570 aminokiselina. Bazna izoelektrična tačka je 4,83.[7] IFFO1 sadrži visoko konzerviran domen filamenta koji obuhvata 299 aminokiselina od amino ostatka 230 do 529.[8] Ova regija je identificirana kao porodica domena konzerviranih proteina pfam00038.[9] Zbog alternativne prerade, kod ljudi postoji sedam izoformI IFFO1 sa 10 tipskih kodirajućih egzon.
Dužina polipeptidnog lanca je 559 aminokiselina, a molekulska težina 61.979 Da.[10]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MNPLFGPNLF | LLQQEQQGLA | GPLGDSLGGD | HFAGGGDLPP | APLSPAGPAA | ||||
YSPPGPGPAP | PAAMALRNDL | GSNINVLKTL | NLRFRCFLAK | VHELERRNRL | ||||
LEKQLQQALE | EGKQGRRGLG | RRDQAVQTGF | VSPIRPLGLQ | LGARPAAVCS | ||||
PSARVLGSPA | RSPAGPLAPS | AASLSSSSTS | TSTTYSSSAR | FMPGTIWSFS | ||||
HARRLGPGLE | PTLVQGPGLS | WVHPDGVGVQ | IDTITPEIRA | LYNVLAKVKR | ||||
ERDEYKRRWE | EEYTVRIQLQ | DRVNELQEEA | QEADACQEEL | ALKVEQLKAE | ||||
LVVFKGLMSN | NLSELDTKIQ | EKAMKVDMDI | CRRIDITAKL | CDVAQQRNCE | ||||
DMIQMFQVPS | MGGRKRERKA | AVEEDTSLSE | SEGPRQPDGD | EEESTALSIN | ||||
EEMQRMLNQL | REYDFEDDCD | SLTWEETEET | LLLWEDFSGY | AMAAAEAQGE | ||||
QEDSLEKVIK | DTESLFKTRE | KEYQETIDQI | ELELATAKND | MNRHLHEYME | ||||
MCSMKRGLDV | QMETCRRLIT | QSGDRKSPAF | TAVPLSDPPP | PPSEAEDSDR | ||||
DVSSDSSMR |
Predviđena sekundarna struktura proteina sastoji se uglavnom od alfa-heliksa (47,19%) i slučajnih zavojnica (44,74%). Građa intermedijarnih filamenata je kao izduženi namotani dimer koji se sastoji od četiri uzastopna alfa-heliksna segmenta.[11]
Strukturno je najsličniji 1GK4, koji je lanac A ljudske vimentinske zavojnice fragmenta 2b (Cys2).[12] Vimentin je posrednički filament klase II koji se nalazi u različitim neepitelnim ćelijama, posebno u mezenhimskim.[13] Protein vimentin je također odgovoran za održavanje oblika ćelije, integritet citoplazme i stabilizaciju citoskeletnih interakcija.[14] Proteinu IFFO1 najsličnija je njegova 1A podjedinica, koja čini jedan amfipatski alfa-heliks koji je kompatibilan s geometrijom upredene zavojnice. Nagađa se da je ovaj lanac tokom sastavljanja intermedijarnih filamenata uključen u specifične interakcije dimer-dimer. Utvrđeno je da je "YRKLLEGEE" domen na C-kraju važan za stvaranje autentičnih tetramernih kompleksa, kao i za kontrolu širine filamenta tokom sklapanja.[15]
Na temelju eksperimentalnih podataka o normalnim tkivima u ljudskom tijelu, gen IFFO1 je visoko eksprimiran u malom mozgu, kori velikog mozga, a posebno u slezeni. Srednja ekspresija se vidi u nekoliko područja, poput nadbubrežne žlijezde, debelog crijeva, limfnih čvorova, timusa i jajnika. Područja tkiva koja su imala relativno nisku ekspresiju uključuju CD4 i CD8 T-ćelije, ćelije epididimisa, srce i želudac.Izuzetno niski nivoi ekspresije primijećeni su u tkivima dobijenim od fetusa, bubrega, sjemenik, štitnjače, a posebno pljuvačnim žlijezdama. Međutim, otkriveno je da je gen visoko eksprimiran i u hondrosarkomu.[16] Hondrosarkom je rak ćelija koje proizvode kolagen. Stoga se čini da postoji povezanost između filamentnih svojstava IFFO1 i hondrosarkoma.
Predviđa se da će se jedan signal za nuklearni izvoz nalaziti na leucin 141.[17] Predviđeno je da protein IFFO1 ima 11-aminokiselinski jedarni signal na poziciji 373.[18] Na temelju dokaza, predviđa se da protein ima visoku kedarnu diskriminaciju.[19] Jedan kiseli klaster negativnog naboja pronađen je iz amino ostataka 435 do 447. Jedna ponavljajuća sekvenca PAPLSPAGP pojavljuje se dva puta pri 40 do 48, a zatim ponovo od 159 do 166. Utvrđeno je da je ovo područje bogato prolinom visoko očuvano. Jedan dugi aminokiselinski multiplet od 5 prolina nalazi se na 549. Četiri ubikvitininacijska mjesta nalaze se na četiri različita lizinska ostatka. Mogu se pronaći na Lys78, Lys103, Lys113, Lys339.[20] Eksperimentalno, postojali su dokazi o 43 mjesta fosforilacije, smještena na 31 serinu, sedam treonina i pet tirozina .[21] Nadalje, dokazi su s visokim pouzdanjem pokazali da je Ser533 mjesto fosforilacije posebno za protein-kinazu C. Mesto fosforilacije na Ser162 također deluje kao a-glikozilirano mjesto. Ovaj tip glikozilacije funkcionira tako da se proteini pravilno savijaju, stabiliziraju protein i imaju ulogu u adheziji ćelija-ćelija.[22] Četiri sumolirane aminokiseline pronađene su na Leu249, Leu293, Leu298 i Leu325.[23] Sumolacija ima nekoliko učinaka, uključujući ometanje interakcije između ciljnog proteina i njegovog partnera ili osiguravanje mjesta vezivanja za partnera u interakciji, uzrokujući konformacijske promjene modificirane mete i olakšavajući ili antagonizirajući ubikvitinizaciju.[24] Predviđeno je da će pet glikacijskih mjesta biti na Lys78, Lys256, Lys305, Lys380 i Lys478. Krajnje produkcije glikacije uključene su u promjene konformacije proteina, gubitak funkcije i nepovratno umrežavanje.[25]
IFFO1 naziva se i izoforma X1 porodice orfan, porodice intermedijarnih filamenata, HOM-TES-103, MGC sličan intemedijarnim vlaknima: 2625 i tumorski antigen HOM-TES-10.[5]
Utvrđeno je da je gen visoko konzerviran. Najdalje ortologe nalazimo kod riba, uključujući i morske pse (hrskavičaste ribe) kao što je Callorhinchus milii.[26] Very low percentages of sequence coverage and identity of the gene's orthologs in fungi and invertebrates suggest that the gene was lost in those organisms.[5] Stoga je vrlo vjerojatno da je IFFO1 nastalo kod kičmenjaka.
Rod/Vrsta | Uobičajeno ime | Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina) | Dužina (aa) | Sličnost | Idente | Pristup bazi NCBI |
---|---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Čovjek | N/A | 570 | 100% | 100% | XP_006719036.1 |
Mus musculus | Miš | 92,3 | 563 | 93% | 95% | XP_006506337.2 |
Lipotes vexillifer | Baiji delfin | 94,2 | 573 | 92% | 95% | XP_007469487.1 |
Loxodonta africana | Afrički žbunski slon | 98,7 | 574 | 94% | 96% | XP_003410688.1 |
Chrysemys picta bellii | Obojena kornjača | 296 | 557 | 78% | 84% | XP_005291351.1 |
Pseudopodoces humilis | Prizemna sjenica | 296 | 531 | 76% | 81% | XP_005523902.1 |
Python bivittatus | Burmanski piton | 296 | 570 | 75% | 82% | XP_007429680.1 |
Haliaeetus leucocephalus | Ćeloglavi orao | 296 | 537 | 74% | 79% | XP_010565842.1 |
Rana catesbeiana | Američka žaba-bik | 371,2 | 511 | 25% | 44% | BAB63946.1 |
Ambystoma mexicanum | Daždevnjak | 371,2 | 372 | 24% | 42% | AFN68290.1 |
Notophthalmus viridescens | Istočni triton | 371,2 | 496 | 23% | 45% | CAA04656.1 |
Danio rerio | Zebrica | 400,1 | 640 | 62% | 71% | XP_690165.5 |
Poecilia formosa | Amazonska ribica | 400,1 | 640 | 57% | 65% | XP_007550181.1 |
Callorhinchus milii | Australijska ajkula-duh | 462,5 | 512 | 62% | 73% | XP_007896103.1 |
Kod ljudi pronađen je jedan paralog pod imenom IFFO2. Utvrđeno je da paralog ima 99% sličnosti i 99% pokrivenosti u poređenju s IFFO1. Paralogna sekvence je visoko konzervirana, sve do riba i vodozemaca.
Više poravnavanja sekvenci pokazalo je da je prolinom-bogato područje od amino ostataka 39 do 61 blizu 5' kraja sekvence visoko konzervirano u bliskim i udaljenim ortolozima.[27] Osim toga, područje filamenta blizu 3' kraja sekvence također je visoko konzervirano. Od 42 konzervirana aminokiselinska ostatka pronađena unutar sekvence IFFO1 , 33 ih se nalazi u području filamenta.
U poređenju sa fibrinogenom i citokromom C (CYCS), IFFO1 evoluira horotelično, tj. umjerenom brzinom. Evolucijska historija fibrinogena pokazuje da je to gen koji evoluira (tahitelična evolucija), dok je otkriveno da s gen citohroma C gen braditelično, odnosno sporo evoluira. S najudaljenijim ortologom u australskoj aveti, do duplikacije gena "IFFO1" došlo je kod riba, koje su divergirale od ljudi prije 462,5 miliona godina.[28]
Dokazi iz dvohibridnog skrininga postoje za četiri proteinske interakcije s IFFO1.[20]
Druga interakcija proteina sa ubikvitinom C pronađena je pri hvatanju afinitet-MS-analiza.[35]
Nije utvrđeno da je gen IFFO1 povezan s nekom posebnom bolešću
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.