From Wikipedia, the free encyclopedia
Protein 42B sa domenom upredene zavojnice, znan i kao CCDC42B, je protein koji je kodiran genom CCDC42B.[5]
| CCDC42B | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CFAP73 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 3779542 HomoloGene: 53205 GeneCards: CFAP73 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 12: 113.15 – 113.16 Mb | Chr 5: 120.77 – 120.77 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Dužina polipeptidnog lanca je 308 aminokiselina, a molekulska težina 35.914 Da.[6]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAVPWEEYFR | LALQEKLSTK | LPEQAEDHVP | PVLRLLEKRQ | ELVDADQALQ | ||||
| AQKEVFRTKT | AALKQRWEQL | EQKERELKGS | FIRFDKFLQD | SEARRNRALR | ||||
| RAAEERHQAG | RREVEALRLW | TQLQELRREH | ARLQRRLKRL | EPCARLLEQA | ||||
| LELLPGFQEV | PELVARFDGL | AETQAALRLR | EREQLAELEA | ARARLQQLRD | ||||
| AWPDEVLAQG | QRRAQLQERL | EAARERTLQW | ESKWIQIQNT | AAEKTLLLGR | ||||
| SRMAVLNLFQ | LVCQHQGQPP | TLDIEDTEGQ | LEHVKLFMQD | LSAMLAGLGQ | ||||
| AEPAAPAS |
Gen CCDC42B nalazi se na plus lancu hromosoma 12, na poziciji q24.13, između baznih parova 113,587.663 i 113,597.081. Dio CCDC42B preklapa se sa genom DDX54 (113,594.978 – 113,623.284). Veličina gena nje 9.419 baza, a njegova molekulaka težina 35.914 Da.[5][7][8] Njegova iRNK sadrži 1514 bp i nalazi se od 113,587.663 do 113,597.081 bp. Protein CCDC42B sadrži 308 aminokiselina u rasponu od 113,587.663 do 113,595,484 bp. Predviđa se da je se regija promotora (GXP_642107) sadrži 859 bp, od 113,586,906 do 113,587,764. Ljudski CCDC42B gen ima tri susjedna gena: DDX54, RASAL 1 i DTX1.
Gen DDX54 je član proteinske porodice DEAD, pretpostavljenih RNK-helikaza. Kodira DEAD boks proteina koji ima konzervirani motiv Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD). Porodica proteina iz kutije DEAD povezana je s ćelijskim procesima koji uključuju promjenu sekundarne strukture RNK, poput njene prerade, sastavljanja ribosoma, započinjanja translacije, jedarne i mitohondrijske prerade, spermatogeneze, embriogeneze te rasta i diobe ćelija. Protein RASAL 1 je član porodice GAP1 koji djeluju u suzbijanju funkcije Ras, inaktiviranjem oblika Ras vezanog za BDP, koji omogućava kontrolu ćelijske proliferacije i diferencijacije. DTX1 funkcionira kao proteinska ubikvitin-ligaza olakšavajući ubikvitinaciju i dopuštajući razgradnju MEKK1. Aktivnost ubikvitin ligaze u DTX1 regulira zarezni put, signalni put koji je povezan sa ćelijsko-ćelijskom komunikacijom, koja regulira određivanje ćelijske sudbine.
Prema SAPS,[9] ljudski protein CCDC42B sastoji se od 308 aminokiselina sa osam egzona. Zreli oblik proteina ima molekulsku težinu od 35,9 kdal (35,914 Da). Izoelektrična tačka za mu je 7,01, u kojoj CCDC42B protein ne nosi neto naboj pri tom određenom pH. N-terminal proteinske sekvence sastavljen je od Met (M). Predviđeno je da je kod ljudi veliki prosjek hidropatije – 0,694 za CCDC42B i – 0,398 za udaljene ortologe CG10750 Drosophila melanogaster. Negativan GRAVY potvrđuje da su oba proteina topljiva i hidrofilna. Predviđa se da teorijski indeks nestabilnosti (II) za CCDC42B iznosi 63,73, a za CG10750 45,20, što ukazuje na to da su oba proteina u epruveti nestabilna. Predviđa se da će poluvrijeme eliminacije biti 30 sati za CCDC42B i CG10750 u retikulocitima sisara (in vitro), što odgovara poluživotu za enzime odgovorne za kontrolu brzine metabolizma. Gore navedeni rezultati potvrdili su da i CCDC42B i CG10750 imaju sličnosti u sastavu aminokiselina i karakteristikama proteina. Stoga su mnoge karakteristike CCDC42B konzervirane i kod bliskih i udaljenih vrsta.
Ljudskii gen CCDC42B sadrži devet introna i proizvedeno je osam različitih transkripata iRNK: po četiri alternativno prerađene varijante bez pretade. Alternativna prerada rezultira kodiranjem dva vrlo dobra proteina, tri dobra proteina i tri nekodirajuća.[10]
Protein CCDC42B nepoznate funkcije sadrži domen upredene zavojnice nepoznate funkcije (DUF4200) koji pripada eukariotima i nalazi se u rasponu od 34-159 aminokiselina. Kod eukariota domen DUF4200 je konzerviran. Struktura upredene zavojsnice sastoji se od dvija alfa-heliksa, omotana jedan oko drugog u obliku spirale. Ponavljanje heptade (abcdefg) n tvori niz namotaja upredene strukture, gdje su a i d hidrofobni, e i g polarno nabijeni.
| Alat | Domeni i motivi | Položaj (AA) |
| 2ZIP [11] | Domen leucinskog zarvarača | 123-154 |
| 2ZIP [11] | Domen upredene zavojnice | 123-150 i 171-201 |
| PFSCAN[12] | Argininom bogati domen | 94-139 |
Za analizu posttranskripcijskih modifikacija proteina CCDC42B prvenstveno se koristi ExPASy Proteomics Tool.[13]. Ljudska N-terminalna acetilacija (A2) odgovarala je u pet od šest ortologa. Drosophila nema Ala, Gly, Ser ili Thr na poziciji 1-3, pa je acetilacija N-kraja u ljudskom CCDC42B konzervirana. U ljudskom proteinu CCDC42B konzervirano je i mjesto SUMOilacije, budući da je lizin (K) na poziciji 285 konzerviran u pet od šesat ortologa; uglavnom blisko povezani organizmi pokazali su konzerviranje lizina. Uglavnom događaju se fosforilacije, a za ovaj gen pretpostavlja se da je uključen u signalne puteve. Ljudsko CCDC42B mjesto fosforilacije tirozina na položaju 8 (Y8) potpuno je konzervirano u svih šest tipova ortologa (mjesto je odgovaralo mjestu sulfacije). Ostala mjesta fosforilacije u ljudskom proteinu CCDC42B konzervirana su u ortolozima. Isti aminokiselinski ostaci u ljudskom proteinu CCDC42B podvrgnuti su konkurentnoj fosforilaciji i O-vezanoj glikozilaciji. Međutim, mjesta glikozilacije uglavnom se javljaju u ostacima serina i treonina koji bi bili fosforilirani serin/treonin kinazama. Stoga bi fosforilacija Ser/Thr ostataka spriječila obradu O-GlcNAc. Humani CCDC42B protein je sačuvao GPI-modifikaciju alanina (A) na poziciji 293 koja je konzervirana u četiri od šest ortologa.
| Alat | Predviđena modifikacija | Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | |
| YinOYang[14] | O-β-GlcNAc | T60, T240, S308 | T302, T304, T306 | S30, S116, T155, S238, S241 | |
| NetPhos[15] | Fosforilacija | S18, S80, T227, T277, Y8 | S14, S58, S170, S188, S198, S238, S240, T4, T25, T59, T119, T167, T269 | S19, S45, S116, S120, S141, S178, S201, S238, S241, S261, S290, S293, S308, S319, T7, T125, T132, Y239 | |
| Sulfinator[16] | Sulfacija | (Nema) | (Nema) | Y61 | |
| SulfoSite[17] | Sulfacija | Y8 | Y56 | Y61,Y294 | |
| SumoPlot[18] | Sumoilacija | K289 | K178, K287, K202, K53, K38, K39, K153 | K9, K251, K232, K39, K328, K99 | |
| Terminator[19] | N-terminallizacija | A2 | A2 | P2 | |
protein CCDC42B formira sekundarnu strukturu zasnovanu na alfa-heliksima. Predviđeno je da struktura CCDC42B sadrži nekoliko alfa-spirala i druge nasumične zavojnice. Strukture ukosnice otkrivene su na 5' UTR i 3' UTR području CCDC42B. Također, otkriveno je da se domen leucinskog zatvarača preklapa sa domenom upredene zavojnice. Priložena slika prikazuje usporedbu između ljudskog CCDC42B i pet drugih ortolognih tipova, što potvrđuje da se ljudski CCDC42B prvenstveno sastoji od alfa-heliksa zbog svoje sekundarne strukture.
Prema CBLAST-u,[20] sekvenca proteina CCDC42B je poravnata sa 2I1K_A (Lanac A, Moesin iz Spodoptera Frugiperda otkriva domen upredene zavojnice pri rezoluciji 3,0 angstrema), a dobijena je E-vrijednost od 1,00e-03. Poravnate sekvence iz 164-243 AA za CCDC42B i 302-381 AA za 2I1K_A rezultirale su 22% identičnošću između obje sekvence u 80 aminokiselinskih ostataka. Struktura prikazuje samo poravnatu sekvencu CCDC42B sa 2I1K_A. Predviđena struktura (plava: nisu slični ostaci, crvena: očuvani ostaci, siva: neusklađeni ostaci CCDC42B sa 2I1K_A).
Pregled Atlasa ljudskih proteina [21] rezultirao je nalazom ekspresije CCDC42B u normalnom ljudskom tkivu. Nivo ekspresije CCDC42B gena u normalnim ljudskim tkivima detektovan je na visokom do umjerenom nivou u 17 od 78 tkiva, analiziranih tehnikom Expressed Sequence Tag (EST). Gen CCDC42B ima suženu ekspresiju u tkivima. Ima jaču ekspresiju u respiratornom epitelu i jajovodu; umjerena ekspresija je u crijevima i jetri, a niska do nikakva ekspresija u drugim normalnim tkivima. Štaviše, ekspresija mikronizova i imunohistohemije (IHC) otkrila je prisustvo niskog nivoa ekspresije iRNK CCDC42B u: pljuvačnim žlezdama, želucu, koži, koštanoj srži i plućima. Domen upredene zavojnice koj sadrži 42B uključen je u kancer; u niskim do umjerenim nivoima, gen CCDC42B eksprimiran je u tumorskim ćelijama.
PremaGenomatix-u,[22] promotorska regija sadrži 859 parova baza i nalazi se na pozitivnom lancu hromosoma 12, sekvenca 113,586,906 do 113,587,764 bp, uzvodno od gena CCDC42B. Predviđeno je da promotorska regija sadrži mjesta za transkripcijske vezivne faktore koji reguliraju ekspresiju CCDC42B. Priložena slika ilustrira važne faktore vezanja za transkripciju u regiji promotora za ljudski CCDC42B .
Prema nalazima u2014. godini, gen/protein CCDC42B kod ljudi ima nepoznatu funkciju. Međutim, predviđa se da je CCDC42B uključen u sastavljanje i pokretljivost flagela.
Prema STRING-u,[23] MINT,[24] i IntAct,[25] ljidski CCDC42B ne ispoljava bilo koju direktnu interakciju sa ostalim proteinima. Putem GeneMania,[26] druge interakcije identificirane su koekspresijom s drugim proteinima, kako se vidi na slici. Utvrđeno je da CCDC42B koeksprimira s drugim domenima s upredenom zavojnicom, koji sadrže proteine (CCDC78 i CCDC153). Budući da je ljudski CCDC42B eksprimiran u niskom nivou u sjemenicima, predviđa se da će stupiti u interakciju sa SPATC1 (povezani protein 1 sa spermatogenezom i centriolama).
Gen CCDC42B ima samo jedan glavni paralog CCDC42 (CCDC42A)
| Ime | Vrsta | Uobičajeno ime | Pristupni broj bazi NCBI | Dužina | Identitet proteina |
|---|---|---|---|---|---|
| CCDC42B | Homo sapiens | Čovjek | NM_001144872.1 | 308aa | 100% |
| CCDC42A | Homo sapiens | Čovjek | NM_144681.2 | 316aa | 36% |
Ljudski gen CCDC42B nalazi se u ~ 58 tipova ortologa.[5] veća očuvanost CCDC42B kod mnogih ortologa sisara u odnosu na ortologe bez sisara. Veća konzerviranost gena CCDC42B u nekoliko striktnih ortologa (sisazi): čimpanze, rezus majmun, pas, goveče, miš, pacov i kokoš, a identiteti se kreću između 95%-69%. Niža očuvanost CCDC42B gena u udaljenim homolozima (bez sisata): ptice, gmizavci, vodozemci i ribe i identiteti koji se kreću između 23%-40%. Slika prikazuje usporedbu između striktnih ortologa i udaljenih homologa radi komnzerviranja CCDC42B (ljubičasta boja: usklađeni ostaci aminokiselina; plava: konzervirani ostaci; ružičasta: slični ostaci; bijela: različiti ostaci)
| Rod/vrsta | Uobičajeno ime | Razred | Milioni godina | Dužina (AA) | Identitet | Pristup (RefSeq) | |
| Macaca mulatta | Rezus-makak | Mammalia | 29 | 308 | 95% | NP_001181192.1 | |
| Orcinus orca | Kit bica (orka) | Mammalia | 94,2 | 309 | 81% | XM_004281459.1 | |
| Bos taurus | Govedo | Mammalia | 94,2 | 314 | 79% | NM_001144873.1 | |
| Sus scrofa | Svinja | Mammalia | 94,2 | 308 | 79% | XM_005670689.1 | |
| Ceratotherium simum simum | Južni bijeli nosorog | Mammalia | 942 | 311 | 79% | XM_004430130.1 | |
| Loxodonta africana | Afrički savanski slon | Mammalia | 98,7 | 303 | 79% | XM_003419288.1 | |
| Trichechus manatus latirostris | Floridska morska krava | Mammalia | 98,7 | 303 | 78% | XM_004379058.1 | |
| Equus caballus | Konj | Mammalia | 94,2 | 306 | 76% | ||
| Dasypus novemcinctus | Devetoprugi armadilo | Mammalia | 104,2 | 310 | 74% | XM_004456157.1 | |
| Microtus ochrogaster | Prerijska krtica | Mammalia | 92,3 | 308 | 69% | XM_005371872.1 | |
| Ciona intestinalis | Pehatasti tunikat | Ascidiacea | 722,5 | 308 | 40% | XM_002128423.1 | |
| Strongylocentrotus purpuratus | Pururni morski jež | Echinoidea | 742,9 | 312 | 40% | ||
| Xenopus (Silurana) tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | Amphibia | 371,2 | 326 | 38.7 | XM_004910626.1 | |
| Crassostrea gigas | Pacifička ostriga | Bivalvia | 782,7 | 312 | 38,2% | JH816130.1 | |
| Lepisosteus oculatus | Tačkasti gar | Ostichthyes | 400,1 | 302 | 38% | XM_006640471.1 | |
| Hydra vulgaris | Slatkovodni polip | Hydrozoa | 855,3 | 305 | 38% | XM_004206385.1 | |
| Chrysemys picta bellii | Zapadna obojena kornjača | Reptilia | 296 | 321 | 37% | XM_005309857.1 | |
| Anolis carolinesis | Zelena anola | Reptilia | 296 | 314 | 36% | XM_003217075.1 | |
| Latimeria chalumnae | Latimerija | Košljoribe | 414,9 | 312 | 35% | XM_006005425.1 | |
| Amphimedon queenslandica | Sunđer | Demospongia | 716,5 | 319 | 33% | XM_003385188.1 | |
| Drosophila melanogaster | Vinska mušica | Insecta | 782,7 | 331 | 23% | NP_609955.1 |
Alat za pretraživanje osnovnih poravnavanja (BLAST)[27] baze podataka ljudskog CCDC42B protein-protein, uključujući sisare za blisko povezane vrste, i isključene sisare za udaljene srodne vrste, rezultira s nekoliko tipova ortologa s razumnom E-vrijednošću, te visokom, srednjom i niskom pokrivenošću ovisno o srodnosti ortologa sa ljudskim CCDC42B . Veća konzerviranost gena CCDC42B rezultirala je s nekoliko striktnih ortologa (sisara) s postotkom raspona identiteta od 95%-53%: rezus-majmun, kit, svinja, govedo i miš. Niža konzerviranost gena u udaljenih homologa (bez sisara) s postotkom raspona identiteta od 23%-40%: Drosophila, gmizavci, vodozemci i ribe.
Prema Biology Workbench,[9] izgrađeno je filogenetsko stablo, koje prikazuje divergentnost CCDC42B među vrstama. Postotak identiteta u odnosu na vrijeme divergencije tipova ortologa u odnosu na ljudsku sekvencu prikazan je dolje. Slika prikazuje evolucijsku povijest gena CCDC42B u različitim vrstama (prikazano u prostoru ortologa). Usko povezane vrste imaju veći postotak identiteta, što daje statističke dokaze za veću konzerviranost aminokiselina. Odnosno, povezane vrste s ljudskim CCDC42B pokazale su manji postotak identiteta, što podržava nekoliko konzerviranja aminokiselinskih ostataka. Slika prikazuje količinu promjena nastalih u evoluciji CCDC42B i brzinu mutacije u genu.
Ljudski CCDC42B nalazi se na kromosomu 12 (12q24.13), koji je povezan sa skeletnim deformitetima, hipohondrogenezom, ahondrogenezom i Kniestovom displazijom. Prema OMIM-u,[28] pretraživanje hromosoma 12 (12q24.1) pokazuje da je povezan s Noonanovim sindromom 1 koji je uzrokovan heterozigotnom mutacijom u proizvodu gena PTPN11, SH-PTP2, a prvenstveno uzrokuje razvojne nedostatke lica i srčane greške.
Dva jednonukleotidna polimorfizma (Y8, Q280) visoko su konzervirana u mnogim tipovima ortologa. Ti ostaci mogu promijeniti funkciju proteina što dovodi do moguće bolesti ne samo kod ljudi.
| SNP | Hromosom (12) | Pozicija | Genska regija | Tip | Izmijrnjrni alel | Izmijenjeni ostatak | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rs61748300 | 113587667 | 2 | Regija CDS | Misens (Nesinonimna) | GCG→GTG | Ala (A)→Val(V) | |
| Rs373892417 | 113587685 | 8 | Regija CDS | Misens (Nesinonimna) | TAT→TGT | Tyr (Y)→Cys (C) | |
| Rs61738699 | 113589799 | 45 | RegijaCDS | Misens (Nesinonimna) | GCA→ACA | Ala (A)→Thr (T) | |
| Rs377463846 | 113590594 | 57 | Regija CDS | Misens (Nesinonimna) | CGC→ TGC | Arg(R) → Cys (C) | |
| Rs34765757 | 113591023 | 94 | RegijaCDS region | Okvirna mutacija | CGG→ G | Arg (R) → Gly (G) | |
| Rs34276842 | 113591036 | 98 | Regija CDS | Okvirna mutacija | GCG→ CG Ala | (A)→ Arg (R) | |
| Rs370323183 | 113591110 | 122 | Regija CDS | Misens (Nesinonimna) | CAG→CGG | Gln (Q) → Arg (R) | |
| Rs34078446 | 113591152 | 138 | Regija CDS | Okvirna mutacija | AAG→A | Lys (K)→ Ser (S) | |
| Rs200344876 | 113592306 | 187 | Regija CDS | Okvirna mutacija | →GGA | Glu (E) → Gly (G) | |
| Rs377537662 | 113593122 | 250 | Regija CDS | Misens (Nesinonimna) | CGC→TGC | Arg (R)→Cys (C) | |
| RS144548708 | 113593212 | 280 | Regija CDS | Misens (Nesinonimna) | CAG→GAG | Gln (Q)→Glu (E) |
Glavni predviđeni domen, mjesta nakon transkripcijske modifikacije i strukturni oblik prikazani su u konceptnoj translaciji.
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
