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明朝历史，在中國歷史學家的定義，自1368年朱元璋金陵稱帝為始，至1644年李自成攻入北京為止的历史情況[1] 。但是明朝的餘絮有1662年滅亡的南明政权與1683年滅亡的臺灣明鄭王朝。
明初武功極盛一時，明太祖朱元璋立國江南，以「驅逐胡虜，恢復中華」[2]的口號北伐中原[3][4]，最終推翻蒙古人建立的元朝並逐步從戰亂中恢復國力，史稱洪武之治，又利用胡藍黨獄铲除权臣，以斷後患。明太祖的繼承人明惠帝在位時爆發靖難之變，燕王朱棣最终获胜，朱棣改元永樂，史稱明成祖。明成祖時曾北進蒙古，南征安南，令鄭和下西洋宣揚國威致萬邦來朝，史稱永樂盛世。其後的十一年在明仁宗和明宣宗的治理下，大明國力達到頂峰，史稱仁宣之治。宣宗之子明英宗幼年即位時，朝中有「三楊」楊溥、楊士奇、楊榮主持政局，一时「海內清平」。
至明英宗正統七年（1442年），張太皇太后去世，明英宗僅十五歲，宦官王振趁機開始擅權；正統十四年（1449年）發生土木堡之變，英宗被俘[5]。但名臣于謙另立明景帝，並擊退了瓦剌，取得京師保衛戰的勝利，瓦剌於是送還了英宗，但英宗從此被景帝軟禁[6]。數年後，英宗利用奪門之變復辟，并廢除自明太祖時殘酷的殉葬制度[7]，並逐漸任賢用人使朝政有所轉機。英宗之子明憲宗繼位後，前期勵精圖治但後期寵幸閹宦汪直。明孝宗統治的弘治年間，明朝君臣同心協力，國家呈現中興氣象，史稱弘治中興[8]。
到了正德、嘉靖两朝虽然开创了嘉靖革新的局面，但后世后期逐漸中衰，社會矛盾萌發，並面臨蒙古、倭寇兩大外患，加上1556年陕西省发生大地震，导致明朝国库连续两年亏空。明穆宗隆慶朝名臣名將薈萃，陸上與蒙古達成和議，史稱俺答封貢；海上開放民間貿易，史稱隆慶開關[9]；因為這兩項措施，明朝又重現中興氣象，史稱隆慶新政。明神宗萬曆朝初期在名相張居正的輔政之下曾一度中興。後世計當時朝廷歲收，明朝的經濟規模可稱世界第一。惟至萬曆朝中期始，因立太子之爭，君臣關係緊張，終致皇帝怠政、官員腐化，關外女真興起，明朝開始走向衰敗[10]。但萬曆年間，明朝仍取得了明緬戰爭的勝利、援助朝鮮擊敗日本的勝利。神宗去世后，儿子朱常洛登基，年号泰昌，史称明光宗。而光宗在位仅一个月去世，由儿子朱由校即位，年号天啟，也就是明熹宗。少年皇帝明熹宗事事信賴太監魏忠賢。
至崇禎年間，臣子黨爭激烈，皇帝決策失准，诛殺袁崇煥[11]，後金軍隊突破長城，五入關內燒殺搶掠。又遇連年災荒疫疾，民不聊生[12]，各地爆發民變，叛降數易，官兵疲於奔命。在如此嚴峻的形勢之下，明朝仍取得了料羅灣海戰的勝利擊敗荷蘭東印度公司。
崇祯十七年（1644年），李自成的大順軍隊攻佔北京，崇禎帝自縊[13]，隨後清朝軍隊在原明朝將領吳三桂的帶領下入關擊敗大順軍，但由明朝宗室在江南建立的若干個南明政權延續了數十年，忠於明朝的鄭成功從荷蘭人手中取得臺灣作為反清基地，是謂明鄭王朝。直到1683年清軍佔臺，明廷餘絮完全滅絕[1]。
元朝末期，官員貪污日盛，朝政腐敗。蒙古立國之初，稅務由耶律楚材制定，項目清楚且限於一定額度。元朝建立後，元世祖忽必烈發行的中統寶鈔、至元寶鈔等亦能正常流通使用較長時間。然而元末時蒙古貴族有靡爛之象，亟需金錢，除了加重賦稅以外還發行新鈔「至正寶鈔」並大量印製，導致金融紊亂，並飽受嚴重的通貨膨脹，民不聊生。至正十一年（1351年），元政府徵調農民和兵士十幾萬人治理黃河水患。黃河兩岸農民本已飽受災荒之苦，在治河工地上又橫遭監工的鞭打，被苛扣口糧，民間愈發怨懟[14]。於是，「治河」和「變鈔」就成為民變爆發的導火線，終致紅巾軍起義的爆發[15] 。
至正十一年（1351年）五月，紅巾軍起義爆發。次年，郭子興聚眾起義，攻佔濠州（今安徽鳳陽）。不久，貧苦農民出身的安徽鳳陽人朱元璋投奔郭子興，屢立戰功，得到郭子興的器重和信任，並娶郭子興養女為妻[16]。之後，朱元璋離開濠州，發展自己的勢力[17]。至正十六年（1356年），朱元璋率兵佔領集慶（今江蘇南京），改名為應天府，並攻下周圍一些軍事要地，獲得了一塊立足的基地[18]。初時的朱元璋「地狹糧少」「孤軍獨守」，遠不及其他起義軍勢力，處境十分艱難。朱元璋採納了謀士朱升「高築牆，廣積糧，緩稱王」[19]的建議，經過幾年努力，朱元璋軍事和經濟實力迅速壯大。至正二十年（1360年），陳朱雙方在集慶城（今南京）西北的龍灣展開惡戰，陳友諒勢力遭到巨大打擊，逃至江州（九江）。至正二十三年（1363年），通過鄱陽湖水戰，陳友諒勢力基本被消滅[20]，至正二十七年、吳王元年（1367年），朱元璋攻下平江（今蘇州），張士誠自盡[21][22]。同年朱元璋又消滅割據浙江沿海的方國珍[23]。至正二十八年、洪武元年1368年正月，朱元璋於金陵應天府即皇帝位，開啟三百年的明朝。之後趁元朝內訌之際乘機北伐和西征，同年攻佔元大都（今北京），元朝撤出中原[24]。之後於洪武四年（1371年），消滅位於四川的明玉珍勢力，於洪武十四年（1381年），消滅據守雲南的元朝梁王。最後，於洪武二十一年（1388年），深入漠北進攻北元。天下至此初定[15]。
明初大致是天下大定，国力迅速发展得時期，朱元璋期間史称洪武之治。他去世后，其孙朱允炆即位，但其在靖难之役中败于原驻守燕京的朱元璋第四子朱棣，也自此失蹤。朱棣登基后遷都至順天府（今北京市），将北平布政使司改為北直隶，原京師应天府改稱南京[參 1]。成祖朱棣时期，开疆又遣郑和下西洋，較哥倫布早近百年開始遠洋航行，船隊曾驶抵非洲，史称永乐盛世，為中國史上最大的盛世之一。其後的仁宗和宣宗时期国家仍处于兴盛时期，史称仁宣之治[參 2]。
明朝建立後，朱元璋一方面減輕農民負擔，恢復社會的經濟生產，改革元朝留下的不合理的吏治，懲治貪污的官吏，社會經濟得到恢復和發展，史稱洪武之治。明初的经济也迅速恢复，国力迅速成長，达到了明朝史上最好的水平[27]。朱元璋確立了里甲制[a]配合賦役黃冊戶籍登記簿冊和魚鱗圖冊的施行[b]，落實賦稅勞役的徵收及地方治安的維持。
政治上进行大刀阔斧的改革，罢中书省，分相权于六部。六部尚书直接对皇帝负责，执行皇帝的命令。其后，进一步宣布不许再议置丞相。秦汉以来行之一千余年的宰相制度，从此废除[28]。同时在全国掀起了“反贪官”运动，矛头对准从中央六部和中书省到地方县、府的各级贪官污吏。首先，朱元璋对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底[29]。朱元璋还允许民间百姓上访，允许百姓扭送不法官吏。在明朝上访受到了朝廷的保护，不仅如此，对于应当接访而没有接访处理的上级官员，亦要依法论处[30]。
朱元璋平定天下後，大封功臣[c]。但是朱元璋性格多疑，也對這些功臣有所猜忌，恐其居功枉法，圖謀不軌。而有的功臣也越過禮法，為非作歹。朱元璋藉此兩興大獄，即「胡藍黨獄」，幾乎將功臣全部誅殺[31]。廖永忠是最先被殺害的功臣。在此之後，朱亮祖、李文忠先後死於非命[d]。胡惟庸是當時中書省的左丞相，深得朱元璋寵信，故日益跋扈，不知自忌[e]。朝中奏章大事須先經其手，若不利於其的奏章就予以隱匿，后逐步懈怠政务[f]，同時，胡惟庸大肆收取賄賂。洪武十三年（1380年），朱元璋以擅權枉法之罪名殺胡惟庸[32]，又殺御史大夫陈宁、御史中丞塗節等人。洪武二十三年（1390年），有人告發李善長交通胡惟庸情狀，韓國公李善長因此被賜死，家屬七十餘人被殺。總計株連者達三萬餘人。此後，朱元璋又借大將軍藍玉張狂跋扈之名對其誅殺，連坐被族誅的有一萬五千餘人[33]。加上空印案、郭桓案兩案，開國功臣除了谋士刘基、大将湯和、长兴侯耿炳文和武定侯郭英外幾乎全部被殺。朱元璋通過打擊功臣、特務監視等一系列方式加強皇權[31]。
明太祖分封諸子為親王，以加強邊防、保衛天子。北方諸王勢力較強，原因主要是對蒙古的邊防任務。而其中又尤以燕王（朱棣）和晉王勢力最大[34]。為防止朝中奸臣不軌，明太祖規定諸王可移文中央捉拿奸臣，必要時得奉天子密詔，領兵「靖難」。同時為防止宗室諸王尾大不掉，明太祖也允許今後的皇帝在必要時可下令「削藩」[31]。
洪武三十一年（1398年）明太祖駕崩，由於太子朱標早死，所以朱允炆以皇太孫的身份即皇帝位，改元建文，翌年為建文元年。建文帝立刻與親信大臣齊泰、黃子澄等密謀削藩[35]。周王、代王、齊王、湘王等先後或被廢為庶人，或被殺[36][37][38]。同時以邊防為名調離燕王的精兵，準備削除燕王。結果燕王朱棣在姚廣孝的建議下以「清君側，靖內難」的名義起兵南下，佔領京師，是為靖難之役，燕王即位，年號永樂[39]。建文帝(惠帝)在宮城大火中下落不明[40][41]。
朱棣即位之後，武功昌盛，先是出擊安南，将安南纳入明朝版图，设立交趾布政司。後又親自五入漠北攻打蒙古以絕後患。明成祖冊封瓦剌三王，使與韃靼對立，等到瓦剌興盛後又助韃靼討伐瓦剌，不使任何一方独大[42] 。同时，明成祖将大宁都司内迁保定，将宁王朱权内迁南昌，授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所自治权，但不允许三卫蒙古人南迁到大宁地区驻牧。明成祖还于永乐四年（1406年）和永乐二十年（1422年）对兀良哈蒙古进行镇压，以维持这一地区的稳定[43]。明成祖為安撫東北女真各部，在歸附的海西女真（位於松花江上游）與建州女真（位於松花江、牡丹江之間）設置衛所，並派亦失哈安撫位於黑龍江下游的野人女真。永乐七年（1409年）亦失哈在黑龙江下游东岸奴儿干地方（元朝征东元帅府旧地）設置奴兒干都司，擴大明朝東疆，但因为鞑靼干预，至永乐九年（1409年），明成祖击败鞑靼后，派遣亦失哈护送此前委任的康旺、王肇州前往奴儿干都司衙署就任，奴儿干都司正式建立[44]。亦失哈并于永乐十二年（1413年）视察库页岛，设立囊哈儿卫，宣示明朝对此地的宗主权[45]。明成祖一改明太祖閉關自守的外交策略，自永乐三年（1405年）開始派宦官鄭和下西洋，前後六次[46]，規模空前，擴大了明朝的影響力。向各國交往、宣示威德以及建立朝貢體制，也有為圍堵西亞帖木兒帝國的說法[41][42]。
在內政上，朱棣下令修大型類書永乐大典。在三年時間內即告完成。永乐大典有22877卷，又凡例、目錄60卷，全書分裝為11095冊，引書達七八千種，字數約有三億七千多萬，且未有任何刪節，這是之後的四庫全書無法相提並論的[47] 。根據記載，明朝年間僅有明孝宗和明世宗二帝閱《大典》[48]。此外，明成祖并未将《永乐大典》复写刊刻，且决定只制作一份抄本，並于永乐八年（1410年）告一段落[49][50]。
從永乐三年（1405年）開始，朱棣將北平改名北京，稱行在，並設立北平國子監等衙門。永乐四年，他下詔在北京修建宮殿。永乐七年（1409年），朱棣巡幸北京，在北京設立六部與都察院，並在北京為逝世的徐皇后設立陵寢，已經顯示遷都的跡象。經過十幾年的經營，北京初步得到了繁榮。永乐十四年（1416年），朱棣公佈遷都的想法，得到認同。永乐十五年（1417年）開始大規模營造北京，永乐十八（1420年）年宣告完工，永乐十九年（1421年）正式遷都。因為永乐年間天下大治，並且大力開拓海外交流，所以將這段時期稱為永乐盛世。
但是永乐帝同樣對異議者进行杀戮，諸如黃子澄、齊泰等建文舊臣等都被殺。其中以方孝孺的「誅十族」（初见于祝枝山《野记》，一般认为非正史）和景清的「瓜蔓抄」最為慘烈[g]。
成祖驾崩後，其長子朱高熾即位，是為明仁宗。朱高熾即位時，由於年齡已經偏高，因此即位僅一年就已經駕崩。但是在其統治時期，推行諸多仁政。任用「三楊」（楊士奇、楊榮、楊溥）等賢臣輔佐朝政。並且停止鄭和下西洋和對外戰爭，以積蓄民力。更鼓勵生產，寬行省獄，力行節儉。其死後長子朱瞻基即位，是為明宣宗。他基本繼承了父親的路線，實行德政治國，國家進一步強大。後代史書對仁宣之治有高度的評價。《明史》稱仁宣之治為：“官吏稱職，政治清平，綱紀嚴明，倉庫常滿，百姓安居樂業，遇災多救不為害。此治理是明朝開國六十年后遇到的盛世，民氣得以漸漸舒展，整個王朝也有蒸蒸日上治平的氣象了。”[51]學者谷應泰亦將仁宣之治與周朝的“成康之治”、漢朝的“文景之治”相提並論[52]。
宣宗同樣熱愛美術，有畫作傳世。但是，由於宣宗喜好養蟋蟀（古名「促織」），許多官吏因此競相拍馬，宣宗也被稱為「促織天子」[53][54]。同時，在這一時期打破了太祖留下的太監不得干政的規矩[h]，一些太監開始干政，為英宗時期的太監專權埋下隱患[55] 。
明朝中期主要從英宗和代宗時期遭遇土木之变開始的，對外漸轉為保守防禦，经于谦等人抗敌，最终解除危机。宪宗和孝宗相继与民休息，孝宗则力行节俭，减免税赋，史称弘治中兴[參 3]。武宗时期爆发南巡之争和安化王之亂、寧王之亂。世宗即位初，引发大礼议之争，他清除宦官和权臣势力后总揽朝纲，实现嘉靖中兴，并于屯门海战与西草湾之战中击退葡萄牙，任用胡宗宪和俞大猷等将领平定東南沿海的海盜，世宗驾崩后经过隆慶新政國力得到恢复，不過女真勢力也開始崛起，一海之隔的日本也快結束了戰國時代，正在蠢蠢欲動。
宣德十年（1435年），九歲的朱祁鎮繼位，即明英宗，年號正統[41]。英宗寵信宦官王振。自此開始明朝的宦官嚴重專權行為。王振原為教官，後淨身入宮，服侍英宗左右。英宗即位後，對其寵信有加。在太皇太后及元老重臣「三楊」死後[57]，王振更加專橫跋扈，更將明太祖留下的禁止宦官干政的鐵牌撤下。舉朝稱其為「翁父」[58]。王振擅權七年，家產計有金銀六十餘庫，其受賄程度可想而知[59]。
正統初年，蒙古瓦剌部逐漸強大，經常在明朝邊境一帶生事。瓦剌首領也先在正統十四年的七月南下攻明。王振即挾英宗領兵五十萬親征[60]。大軍離京後，兵士乏糧勞頓。八月初大軍才至大同。王振得報前線各路潰敗，懼不敢戰，又令返回。回師至土木堡時，被瓦剌軍追上，兵士死傷過半，隨從大臣有五十餘人陣亡[61]。英宗突圍不成被俘[5]，王振死於亂軍之中[62]（一說王振為護衛將軍樊忠所怒殺，又有錘殺與斬殺兩種說法，該說得不到《明史紀事本末》的支持）[63]，此即為土木之變[64]。是明朝由盛轉衰的一個轉捩點[59]。
土木之變的消息來到京師後，朝中混亂。一些大臣要求遷都南京，被兵部侍郎于謙駁斥。繼而大臣擁戴英宗弟朱祁鈺即位，是為代宗（景泰帝）[6]。于謙升任兵部尚書，整頓邊防積極備戰，同時決定堅守北京，隨後兩京、河南、山東等地勤王部隊陸續趕到[65]。同年十月，瓦剌軍直逼北京城下，安置英宗於德勝門外土關。于謙率領各路明軍奮勇抗擊，屢次大破瓦剌軍，也先帶著瓦剌軍大敗逃走[66]。明朝取得了京師保衛戰的勝利，但英宗還在也先手上，于謙力排眾議，加緊鞏固國防，拒絕求和，並於次年擊退瓦剌多次侵犯[59][67]。
也先見繼續綁架英宗已無意義，乃於景泰元年(1450年)八月釋放英宗[68]。但之後，皇室內鬥。景帝先是不願遣使迎駕，又把英宗放在南宮（今南池子）軟禁，並廢皇太子朱見深（英宗之子，後來的憲宗），立自己的兒子朱見濟為太子。不久之後，朱見濟病死，景帝也遲遲不恢復朱見深為太子（景帝無他子），儼然有奪正之貌，英宗、景帝兄弟因而嚴重對立[69] 。景泰八年正月，景泰帝病危。十六日，副度御史徐有貞率軍夜入南宮，擁戴英宗奪門（東華門）復位。又殺害于謙及大學士王文[70]，誣陷其欲立襄王之子為帝。此為奪門之變，又號「南宮復辟」。英宗登基後一改過去錯誤，之後流放徐有貞，誅殺石亨等人並下令罷黜自洪武到景泰時期的殘酷殉葬制度[7][71]。使朝政日有好轉。在天順一朝，國家機器運作基本正常，主要得力於英宗的勤政與賢臣李賢的輔佐，英宗吃穿簡約每日批閱奏章且聽取大臣簡報，同時如王竑、年富、程信、姚夔、李秉、崔恭、耿九疇、軒輗、李紹之類的忠良也在李賢的推薦與英宗的提拔下得以受重用，同時對流民問題始終採取寬仁安撫政策而無嚴重失誤，天順朝的朝政表明英宗已經成熟，可謂勤政且仁德，雖無力重振明朝往日雄風，但也遠沒有把明朝敗壞到正德、萬曆的程度[72]。
英宗死後，兒子朱見深即位，是為明憲宗，年號成化[59]。初年為于謙冤昭雪，恢復代宗帝號。又能體諒民情，勵精圖治，儼然為一代明君。但皇帝口吃內向，因此很少廷見大臣[73][74] 。琉球、哈密、暹羅、土魯番、撒馬兒罕等國紛紛入貢。但是憲宗在位后期，好方術，終日专宠比他大19歲的宮女萬貴妃[75]，並寵信宦官汪直、梁芳等人，以至奸佞當權，西廠橫恣。明憲宗還開始了皇帝直接頒詔令封官的制度，是為傳奉官。結果傳奉官氾濫，舞弊成風。直到孝宗時期這些官員才全被裁撤。宦官汪直受到憲宗的寵信，透過西廠張狂跋扈。不久後西廠被罷，但汪直依然握有大權。直到成化十八年（1482年）汪直因言官彈劾才被貶[59]。此外，他也是皇莊的始置者。該舉措事實上鼓勵了豪強兼併土地，危害不淺。成化一朝羣小當道：女寵、外戚、佞幸、奸宦、僧道共聚一堂，朋比為奸，濁亂朝政[76] 。
憲宗死後，孝宗朱祐樘即位，改年号弘治。由於孝宗自幼生於貧寒，所以孝宗在位期間「更新庶政，言路大開」[77]，使英宗朝以來奸佞當道的局面得以改觀，被譽為「中興之令主」[78]。
孝宗在位期間，先是將憲宗期間留下的一批奸佞冗官盡數罷去，逮捕治罪。並選賢舉能，將能臣委以重任[79]。孝宗勤於政事，每日兩次視朝。孝宗對宦官嚴加節制，錦衣衛.東廠也只能謹慎行事，用刑寬鬆。孝宗力行節儉，不大興土木，減免稅賦。並踐行一夫一妻制，一生除了張皇后外沒有任何妃嬪。在他的治理下，弘治一朝成為明朝中期以來形勢最好的時期之一，明史也稱孝宗「恭儉有制，勤政愛民」。孝宗的勵精圖治，使得當時明朝政治清明經濟繁榮百姓富裕天下小康，被稱為弘治中興[8]。
弘治十八年（1505年）五月，孝宗皇帝駕崩。十五歲的皇太子朱厚照即位，是為武宗，以次年為正德元年。武宗天性聪颖，但是清代野史常說他极好逸乐，纵情于声色犬马[80]。劉瑾、馬永成、谷大用、魏彬、張永、丘聚、高鳳、羅祥等八位過去的東宮宦官相互勾結，是為「八虎」[81]。
八虎想盡辦法奉迎阿上，導引皇帝逸樂，殘害忠良，朝政為其所害。八虎之中的劉瑾獨攬大權，將自己的黨羽延攬入閣，還想方設法滿足武宗的玩樂需求，建造豹房供其淫亂[82][83]。但是劉瑾的專權擴權（增加西廠內行廠）也引發了朝中大臣以及其它「七虎」的不滿。最終劉瑾被捕後處以凌遲之刑。但是，武宗依然不思朝政，又開始信用佞臣江彬、錢寧，權力自東廠轉移至江彬主政之錦衣衛。
武宗為了方便自己能出宮到各處僖游，製造了一個虛構的人物：「鎮國公威武大將軍總兵官朱壽」，以朱壽身份，藉出征為名，實際上僖游為實[84]。武宗的荒游逸樂導致正德年間變亂頻生，先後發生寧夏安化王朱寘鐇謀反、山東劉六劉七民變、江西寧王朱宸濠謀反等重大事件，但先後皆遭到平定。
武宗时期王守仁得以講學，使得心学得到进一步发展，同时期武宗还擊敗韃靼小王子進犯。
正德十五年（1520年），武宗假借朱壽身份，親自俘虜已被王守仁擊敗的朱宸濠後，於班師回京途中，南直隸清江浦（江蘇淮安）泛舟取樂時落水染病。正德十六年（1521年）三月武宗去世[85][8]，剛即位的嘉靖皇帝下令將江彬抄家處死。
武宗無子嗣無兄弟，最终导致孝宗一脉绝嗣[86] 。死後由孝宗弟興獻王長子朱厚熜即位，是為世宗，并且致使大明统系发生第二次小宗入为大宗的情况[i][8]。
世宗在位期間，罷黜各地鎮守太監。但是大禮議事件嚴重損害了朝政：世宗要求尊父為興獻皇帝，母為興獻皇后。但內閣首輔楊廷和、禮部尚書毛澄等权臣引宋濮安事强令明世宗尊亲生父母为皇叔父母，引起明世宗的反感[j]。但是也有一些大臣紛紛迎合帝意。世宗在這些人的助長下蔑視禮法，不僅尊其父母為皇帝和皇太后，又為父親在太廟旁專立一廟祭祀，成為獻皇帝廟。又稱父親為睿宗，在武宗之上，還為父親修皇帝實錄。此為大禮議事件。大禮議引起軒然大波，朝臣中反對者均受打擊，或被罷官，或被入獄。受杖者一百八十餘人，杖死者十七人[87] 。同時，世宗奉道教，信用方士，在宮中日夜祈禱。先是將道士邵元節入京，封為真人及禮部尚書。邵死後又大寵方士陶仲文[8]。自嘉靖十三年（1534年）後世宗即不視朝。
嘉靖二十一年（1542年）十月，乾清宮發生宮女之變，楊金英、邢翠蓮等宮女十餘人與寧嬪王氏趁世宗熟睡之際企圖將其勒死，但未成功，此即壬寅宮變。自此之後，世宗移駕西苑，不入宮內。同時，權臣嚴嵩借此竊權，排斥異己，結黨營私。其子嚴世蕃協助其父作惡。朝臣雖然不斷有人彈劾嚴嵩結黨營私，但均已失敗告終。世宗後期，嚴嵩年事已高，朝臣徐階開始取代嚴嵩之位。嘉靖四十一年（1562年），徐階策動言官彈劾首輔大臣嚴嵩。嚴嵩辭去官職回鄉。嘉靖四十四年（1565年），嚴世蕃以通倭罪被判斬刑、嚴嵩被削為民，兩年後病死[88]。
嘉靖一朝，國家外患不斷。北面韃靼部趁明朝衰弱而佔據河套。嘉靖二十九年（1550年），韃靼首領俺答進犯大同，大同總兵重金收買俺答，結果俺答直接進攻京師。韃靼軍隊在北京城郊大肆搶掠之後西去，明朝軍隊在追擊過程中大敗，此為庚戌之變。由於世宗時期明朝宣布海禁，由日本浪人與中國海盜組成的倭寇與沿海居民合作走私，先並且後襲擾山東、浙江、福建與廣東等地區。朱紈、張經等將領受明廷干擾而未能平定倭寇。而後兵部尚書胡宗憲署理浙江巡撫兼浙直總督全力剿倭，招撫浙江勢力最強的汪直（後被明廷殺害）。戚繼光與俞大猷平定浙閩粵等地的倭寇，為後來隆慶開關建立好背景[89]。葡萄牙人在嘉靖三十六年（1557年）開始移民澳門，但及至明亡，葡萄牙人及澳门始终为广东布政司香山县管辖。
嘉靖四十五年（1566年），朱厚熜崩於乾清宮，廟號世宗肅皇帝。唯一存活的皇子朱載坖即位，是為穆宗，年號隆慶[88]。穆宗任用能臣如高拱、徐階、張居正、海瑞等，內政形勢總體較佳。也為萬曆初年的中興奠定基礎。
嘉靖三十四年农历腊月十二（1556年1月23日），山西、陕西和河南同时发生地震。这次地震分布在陕西、山西、河南、甘肃等地，地震波及大半个中国，有感范围远达福建、两广等地。百姓民众因压砸、焚溺、与饥疫而死者无法估计，其奏报有名者便达83万有多，不知名者不可胜数。死亡人口之多幾達當時中國人口的百分之一，也是古今中外地震史上僅有的案例。这次大地震致使陕西、山西、河南等省97州受灾，101个县受害，灾区面积大约28万平方公里。地震有感范围为5省227个县。“余震月动三五次者半年，未止息者三载，五年渐轻方止”。由于明代后期吏治腐败，国库空虚。地震发生后明朝从国库调拨大量资金用于救灾，导致明朝国库连续两年亏空，加上地震引发的自然灾害和瘟疫导致明朝政府税收减少，对明朝的国力和财政状况亦造成不同程度的影响。[90][91]
穆宗即位後，即啟用在藩邸的老師高拱、張居正。隆慶初年，位處執政之首的世宗舊臣徐階策動朝官彈劾高拱，迫高拱辭官回鄉。高拱亦不甘示弱，一年後策動朝官彈劾徐階。徐階也被迫正式退休。朝廷的實際政務漸漸落到了張居正的手上。隆慶末年，高拱回朝出任內閣首輔[92][93]。
隆慶朝名臣名將薈萃，陸上與蒙古達成和議，史稱俺答封貢；海上開放民間貿易，史稱隆慶開關[9]；因為這兩項措施，明朝又重現中興氣象，史稱隆慶新政。
此時期為明末年，而萬曆是明朝由盛轉衰的轉折期[參 4]。神宗前期任用张居正，推行萬曆新政，社会风尚呈现出活泼开放的新鲜气息，史称万历中兴[參 5]。后经过万历三大征平定内忧外患，粉碎日本丰臣秀吉藉由渡海攻占朝鮮进而入明的計劃，然而因為國本之爭，皇帝逐渐疏于朝政，史稱萬曆怠政，同时東林黨爭也带来了政治混乱，光宗不久因红丸案暴毙，熹宗继承改元天啟，天启年间魏忠贤阉党祸乱朝纲，至崇祯帝即位後铲除阉党，但閹黨倒臺後，黨爭又起，政治腐敗以及连年天灾[註 1][註 2]，导致国力衰退，最终爆发大规模民变。崇祯年间爆发“明末大鼠疫”，並传入北京城。1644年4月25日（農曆三月十九），李自成率領的大順军攻破北京，崇祯帝自缢於煤山，是為甲申之變。隨後吴三桂倒戈相向，满族建立的清朝入主中原。
隆慶六年（1572年），穆宗皇帝因中風突然駕崩，年僅九歲的皇太子朱翊鈞繼位，改元萬曆，就是明神宗，史称万历皇帝[88]。由於神宗年幼，於是由太后攝政。重臣高拱由於與太后信任的宦官馮保對抗而被罷官，相反張居正得到馮保的鼎力支持。張居正輔政十年，推行改革，在內政方面，提出了「尊主權，課吏職，信賞罰，一號令」，推行考成法，裁撤政府機構中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農民負擔[100] [101]。洪武二十六年（1393年），全國耕種田地有三百六十六萬零七千七頃。到了弘治十五年（1502年）也只上升到四百二十二萬八千零五十八頃。而萬曆九年（1581年）經過張居正的治理後達到七百零一萬三千九百七十六頃[102] 。
軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，以名將戚繼光守衛北京的重鎮薊州、以遼東李成梁安撫東北女真、以宣大王崇古、方逢時安撫韃靼，其他重臣如四川的劉顯、兩廣的殷正茂、凌雲翼、浙江的張佳胤，張居正也十分信任他們[76]。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時張居正嚴懲貪官污吏，裁汰冗員，但他自己本身也貪污受賄[103]。張居正整頓朝正，改革體制，史稱萬曆中興[88]。
萬曆五年(1577年)年秋，張居正父親去世，按常理他需要丁憂（解職回鄉守孝三年），但張居正以為改革事業未竟，不願丁憂。他的政敵借此大做文章，此即為奪情之爭。最後在神宗和兩太后的力挺下張居正被奪情起復（免於在家守孝），使得其改革並未被中斷。但是，這成為了他的政敵之借口。同時，張居正利用自己的職權讓自己的兒子順利通過科舉進入翰林院。張居正死後立刻被反對改革的政敵清算。張府一些來不及退出的人被囚禁於內，餓死十餘口。生前官爵也被剝奪[88]。
張居正死後初期，神宗尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。在国本之争后，更是采取消极态度怠政。明神宗在位期間對內有東林黨爭、國本之爭與萬曆怠政等嚴重事件；對外則有万历三大征與後金崛起等大型戰役。萬曆一朝成為明朝由盛轉衰的轉折期[10] 。
國本之爭是贯穿于明神宗中期至晚期的重大政治事件。主要是圍繞著皇長子朱常洛與福王朱常洵（鄭貴妃所生）。神宗遲遲不立太子[104]，令群臣憂心如焚。朝中上下也因此分成兩個派別。直到萬曆二十九年（1601年），朱常洛才被封為太子，朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發生，輿論對鄭貴妃不利後，福王才離京就藩[105]。
明神宗於國本之爭對大臣極度不滿，於萬曆十五年1587年開始以不上朝作為報復，僅處理一些重要事件[106]。萬曆十五年（1587年）後，神宗就開始連續不上朝。萬曆十七年（1589年）元旦後，神宗以日食為由免去元旦朝賀，此後每年的元旦神宗再也不視朝。自萬曆十六年（1588年）後，早朝也經常看不到神宗。神宗整日在深宮中不理政事，沉浸在花天酒地之中，每年還進行選美[107]。
同時，神宗還好營建，經常大興土木。在他二十一歲時就開始籌建陵園。萬曆十七年（1589年），大理寺左評事上疏，稱神宗沉湎於酒、色、財、氣。結果被貶為民。明神宗中後期财政困难[108]，因此明神宗派太監為天下礦監和稅監以充實內庫，然而矿监税使大多假借名義搜刮民間財產，擾亂天下，同時由於深受神宗信任的遼東總兵李成梁後期的腐化墮落大肆謊報軍情，騙取軍功封賞，在軍事打擊目標上偏袒努爾哈赤所部，導致明朝末年邊患嚴重，并最終導致滿清入主中國。由於神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。萬曆三十年（1602年），南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名[109]。神宗委頓於上，百官黨爭於下，明廷完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、崑黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事佈局而已。因此明史言：「論者謂：明之亡，實亡於神宗。[110][111]」部分史學家認為明朝自此开始走向滅亡[112]。
神宗在位期間的東林黨爭也是嚴重敗壞朝綱的事件。由於朝政混亂，部分中下階官吏在政治上受到排斥，紛紛要求政治改革，並強調道德標準。万历二十一年（1593年）癸巳京察促成東林黨的形成，其名稱源自顧憲成創辦的東林書院。主持京察的孫鑨、李世達和趙南星，利用京察將不符他们標準和不属于东林党的官吏降職解雇。經過多次京察後，引起眾多反對黨如宣黨、崑黨、齊黨、浙黨等興起並與東林黨互相傾軋。自此門戶之禍堅固而不可拔，圖使朝政空轉內耗[113]。明熹宗時閹黨專權，東林黨受到嚴重打擊，直到明思宗初期才重新被啟用[105]。
在對外軍事方面，以萬曆三大征最為顯著，分別為平定蒙古哱拜叛變的寧夏之役、抗擊日本豐臣政權入侵朝鮮王朝的朝鮮之役，以及平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役，這三場戰爭幾乎同時發生，其性質均不相同。明朝於三戰皆勝以鞏固明朝邊疆、守護朝鮮王朝，但也消耗大量人力物力，成為國庫空虛、財政拮据的重要原因之一[114][115]。粗略統計出這八年間國家的軍事開支高達一千一百六十餘萬兩白銀。万历四十五年（1617年）後金努爾哈赤以「七大恨」為由反明，兩年後在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝至此對後金改以防禦為主的策略[105]。
「明末三大案」指明朝末期宮廷中發生的梃擊案、紅丸案、移宮案的總稱。這三宗事件本身並不是很重要，但是卻標誌著明末紛亂和衰亡的開始，故有「三大案」之稱。明末三案萬曆晚期國本之爭的延續，使得明廷的政治鬥爭更加劇烈，也是標誌著明末衰亡的開始[116]。
- 梃擊案
梃擊案發生於萬曆四十三年（1615年）五月初四。一位名叫張差的男子手持木棍闖入皇太子朱常洛居住的慈慶宮並打傷守門宦官李鑒，後被捕。後經審問，顯示鄭貴妃與此案有關。由於當時審案人員都是浙江籍人士，而當時的浙黨領袖方從哲與鄭貴妃關係良好，因此頗受人質疑。結果當時的陝西籍刑部主事秘密審訊了張差，結果招出鄭貴妃與此確有關係。鄭貴妃見東窗事發，哀求皇太子。皇太子也請求万历皇帝快速了結，加之万历帝寵信鄭貴妃，除了張差被處決外，此案不了了之，一些主張繼續追查的官員事後都受了輕重不等的處分[117]。
- 紅丸案
光宗朱常洛在還是太子之時，就寵愛兩名李氏選侍，分別為「東李」和「西李」。其中西李最為得寵。鄭貴妃與西李暗中交結，鄭貴妃向光宗提請西李為皇后，西李提請鄭貴妃為皇太后，後因大臣反對而作罷。光宗因過度縱慾，即位五天後就得了腹瀉之疾。光宗服用了一位與鄭貴妃關係密切的太監崔文升所進的藥物，結果病情加劇。西李以侍奉為由入住光宗寢殿。八月二十九日，鴻臚寺丞李可灼獻上一顆紅丸，光宗服後獲得暫時的舒適。黃昏後再食一顆，到半夜去世。此即為紅丸案。結果，朝中謠言遍起。李可灼被罰回鄉養病。更有大量彈劾奏章要求罷免方從哲。天啟二年（1622年）四月，朝中又發生了對於紅丸案的爭論。最後方從哲仍然沒有判罪，而崔文升被貶放南京[118]。
- 移宮案
光宗去世後，西李據守乾清宮，與心腹太監魏忠賢要挾皇太子朱由校。李氏還要求官員要先將奏章給她看，再給朱由校看，導致強烈反彈。群臣也因此聯合要求西李移宮。在群臣催促下，西李不得不移出乾清宮[119][120]。後朱由校即位，年號天啟，是為熹宗。結果四年後，熹宗又封西李為康妃，次年更頒布《三朝要典》，顛倒三大案的黑白[121]。
萬曆四十八年（1620年），明神宗去世[122]。其長子朱常洛登基是為明光宗，年號泰昌，光宗僅在位一個月，他在登基前的七月二十二日及二十四日，倆次發內帑共計一百六十萬兩，賞賜在遼東前線明軍並重用名將熊廷弼對抗後金的崛起，緩解薩爾滸之役後前線的困境。光宗也相繼重用東林黨人使朝政轉危為安，並且罷除天下礦監稅使[116]。鄭貴妃為了攏絡明光宗，他進獻八位美女。光宗在十多年不得其父寵愛下登位，心理压抑于是一口氣收下了八位美女。由於縱慾過度不久病倒，太監崔文升進以瀉藥，連瀉三四十次；八月二十九日，又因服用李可灼的紅丸，九月一日五更時猝死，時年39歲。
熹宗由於幼年喪母，對乳母客氏有特殊感情。客氏與宦官魏忠賢狼狽為奸。魏忠賢因為在一次賭博中輸錢而自宮，改名為李進忠，入宮為宦官。後皇帝賜他恢復原姓，並恢復舊名忠賢。魏忠賢善於逢迎拍馬，加上與客氏互相勾結，一路快速陞遷，還成為秉筆太監。
熹宗即位早期大量啟用東林黨人，結果導致東林黨與其它黨鬥爭不斷，熹宗因此對朝政失去耐心，魏忠賢借此機會干預政治，將反對東林黨的勢力集結，號為閹黨。天啟四年（1624年）後，閹黨控制了內閣[123]。自此之後魏忠賢更加張狂，其爪牙遍佈中央與地方。在其權勢最盛時，其養子竟能代替皇帝祭太廟。全國遍佈他的生祠，並號為九千歲後又稱九千九百歲[124]。更有閹黨的國子監生提出魏忠賢配孔子，魏忠賢父配啟聖公[125] 。魏忠賢並大肆打擊東林黨，借「梃擊、紅丸、移宮」三案為由，唆使其黨羽偽造《東林黨點將錄》[126]上報朝廷，天啟五年（1625年），熹宗下詔，燒燬全國書院。大量東林黨人入獄，甚至處死[116]。
天啟六年五月初六（1626年5月30日），北京西南隅的工部王恭廠火藥庫發生王恭廠大爆炸，造成2萬多人死傷[127] 。事發時的明朝正值內外交困、風雨飄搖之際，國家政治腐敗，宦官專權。災難的消息迅速傳遍全國後，朝野震驚，中外駭然，人心惶惶。天啟年間各種天災人禍都比不上王恭廠的破壞程度，故沈國元於《兩朝從信錄》中稱此災變「乃古今未有之變也」[128]。很多大臣認為這場大爆炸是上天對皇帝的警告，紛紛上書，要求熹宗皇帝匡正時弊，重振朝綱。皇帝不得不下了一道罪己詔，表示要痛加省醒，告誡大小臣工「務要竭慮洗心辦事，痛加反省」，希望借此能使大明江山長治久安，萬事消弭，且下旨發府庫萬兩黄金賑災。此事後來亦被御筆太監載入明朝正史。
明思宗即位後，銳意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宮外。時機成熟後，思宗下令魏忠賢去鳳陽守陵。魏忠賢在前去過程中得知思宗已派錦衣衛來逮捕他，便與黨羽李朝欽一起自縊。思宗將其首級懸於河間老家。同時將客氏押到浣衣局處死。閹黨其它分子也被貶黜或處死[129][130] 。閹黨專權雖然結束，但其後朝中又黨爭不斷，思宗對朝政又開始失望。並加強集權，控制百官，信用宦官[116]。
明思宗在位期間，首先要面臨後金的外患。最初在袁崇煥的經略之下，遼東的形勢已經有所改觀。此後，後金在遼東戰場失利的情況下，改採越過長城，直接偷襲京師的方法攻明。崇禎二年（1629年）皇太極率後金大軍包圍北京城。袁崇煥回兵解圍。崇禎三年（1630年），思宗因袁崇煥不作為與個人能力低下造成時局不堪，誅殺袁崇煥[11]，此後遼東局勢日益惡化。其後皇太極多番遠征蒙古，終於在六年後徹底擊敗林丹汗，取得了傳國玉璽，1636年皇太極在盛京稱帝改國號為大清公開向明朝叫板，並且陸續發起五次經長城入侵明朝直隸、山東等地區，史稱清兵入塞。當時直隸連年災荒疫疾，民不聊生[131]。遼西局勢亦日益惡化，清軍多次與明軍作戰，1640年，清軍攻打錦州，明軍大敗，次年，洪承疇投降。至此，除寧遠外，遼東地區全數陷入滿清的統治下。明朝勢力退縮至山海關[116]。
而国内也因明清小冰期氣候變冷，農業減產，爆发了全國性饑荒[132]。但是朝廷依舊加派「遼餉」，用於增加軍費。民眾苦不堪言。天啟七年（1627年），陝西澄城饑民暴動，拉開明末民變的序幕。此後民變風起雲湧，逐步集合到王嘉胤旗下，轉戰於陝晉邊區[133]。崇禎四年（1631年），王嘉胤遇害，後王自用、高迎祥、李自成、張獻忠等農民起義作亂。1636年，高迎祥戰死，李自成接替高迎祥成為新闖王。1641年，李自成攻陷洛陽，殺死福王朱常洵，繳獲大批糧餉。1643年十月年李自成攻破潼關，十一月佔領西安，擊潰總督孫傳庭於關中，傳庭阵亡，明朝北方最後的主力被消滅。此外，另一支張獻忠領導的義軍主要在南方發展，先是控制了湖廣地區，之後又改進攻四川，是為大西政權。但是，兩支農民義軍沒有合作，而是競爭的關係[116]。
崇禎十七年1644年正月李自成在西安市宣佈建國，國號大順，年號永昌。是年華北氣候嚴寒缺煤，李自成部得以迅速擴充攻城掠地，三月，李自成大順軍攻陷大同、宣府、居庸關，十七日已兵臨北京城下。十八日，大順軍攻克北京外城，宦官開城門迎李自成，致山海關守將吳三桂帥領五萬關寧鐵騎回救北京不及。次日凌晨，明思宗在明都北京煤山自縊[13][134]，明思宗死後，自杀官員有户部尚书倪元璐、工部尚书范景文、左都御史李邦华、左副都御史施邦曜、大理寺卿凌义渠、太常寺卿吳麟徵、左中允刘理顺、刑部右侍郎孟兆祥等，驸马都尉巩永固全家自殺，太监自杀者以百计，战死在千人以上。宫女自杀者三百余人。绅生生员等七百多家举家自杀[135]。次年明思宗堂兄弟福王朱由崧在南京登基延續明廷半壁江山，是為弘光帝。
李自成攻克北京後，縱容部將在京城內不惜重刑相逼大肆搜刮明官遂失民心[136][137]，又沒有及時應對駐守山海關明將吳三桂，結果吳三桂引清兵入關。四月二十一日，李自成親率部隊攻吳三桂，失敗。四月二十九日，李自成在武英殿匆匆即皇帝位，深夜便焚燒宮殿與九門城樓，向西撤退。大順軍僅在北京駐紮四十一日。之後，大順軍與清軍交戰時也連連失敗[116]。
五月初二，清攝政王多爾袞進京。為安撫漢人籠絡民心，多爾袞下令禮葬明思宗，臣民服喪三日。十月，順治帝進北京。北京開始成為清朝的都城。
李自成攻陷北京後，明朝南方皇族勢力尚存，明朝宗室於江南地区相繼成立南明诸政权，歷史上統稱為南明（1644年-1662年）。南明建立的若干政權，主要勢力有四系王為主，分別是福王弘光帝朱由崧、魯王監國朱以海、唐王隆武帝朱聿鍵與紹武帝朱聿𨮁、桂王永曆帝朱由榔等。當南明滅亡後，又有鄭成功建立的明鄭與夔東十三家軍抗清。其中吸收鄭成功等海上武裝集團的加入，率領明軍攻下被荷蘭東印度公司占據的台灣島維持最久。1662年，南明最後一位皇帝永曆帝被俘后被殺，1683年施琅的水師攻佔澎湖，奉大明為正朔的明郑向清朝投降，明朝殘餘勢力方为清朝所消灭[參 8]。
南京是明朝的陪都，在南京明朝設有基本的（南京六部）。崇禎十七年（1644年）北京被李自成攻陷後，南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護明思宗的堂兄弟朱由崧于同年五月初三日推為監國。十二天後，朱由崧即皇帝位，以次年為弘光元年。由於南京兵部尚書史可法瞻前顧後，延誤時機，導致弘光政權基本操控在原鳳陽總督馬士英的手上。弘光政权內部由閹黨餘孽專權，朝臣間內鬥不斷，弘光帝昏庸懦弱，怠於政事，沉湎在酒色之中。弘光元年（1645年）清朝派多鐸率大軍南下南京，駐紮在淮北地區的藩將劉澤清、劉良佐降清，兵力最強的高傑被暗中已經降清的許定國誘殺，南京北邊防務空虛。清軍鋒線直指揚州城。史可法死守七日七夜，城破，史可法被殺。清軍隨後在揚州進行整十日的大屠殺，史稱揚州十日[139]。
不久之後，清軍渡江，南京不戰而降，不久弘光帝在逃亡蕪湖的路上被清兵逮捕押解到北京处死[140]，不少明廷宗室也押解北京處死。清軍占南京後，進展神速，接連攻降蘇州、杭州、松江、常州等江南重鎮，並重新下達剃髮令。引發了漢族百姓的強烈反彈。先後發生了一系列等抗清起義，但都被清軍剿滅。尤其李成棟在嘉定連續三次屠殺平民最為慘烈，史稱嘉定三屠。大規模的屠城還有江阴八十一日等等[139]。
弘光政权覆滅後，明廷宗室魯王朱以海宣佈監國於紹興，而唐王朱聿鍵則一直以浙江部份州縣及舟山群島為據點繼續抗清，在鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，即隆武帝。監國自居的魯王朝廷與隆武朝廷互相對抗，雙方互不承認其明朝正統地位，雙方的軍隊時常在閩浙邊界上發生衝突。時隆武二年（1646年），清軍趁明朝內訌之機開始征討浙江，由於得不到隆武朝的支援，明軍大敗，浙江各州縣被清兵攻取。永曆五年（1651年）九月，清兵攻陷舟山，魯王又在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功，不久病死在金門[139]。
大明弘光朝廷覆滅後，在魯王朱以海宣佈監國於紹興之時，唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下登皇帝位於福州。
隆武帝即位後，曾聯絡各地抗清義軍，並屢議出師北伐，然受制於鄭芝龍，終無所成。首輔黃道周不得已脫離鄭芝龍去江西出師北伐，北伐軍進至廣信府，準備攻打徽州。但兵敗，黃道周被清兵逮捕，不屈而死。時魯王朱以海在浙江抗清多次要求隆武朝廷援救，但隆武朝廷要求魯王朱以海承認其正統帝位，否則不予出兵支援。隆武二年二月（1646年），清軍開始征福建與浙江。六月，魯王朱以海兵敗，漂泊海上。八月，隆武帝於汀州逃往江西時被俘後絕食而死，十一月，鄭芝龍降清，隆武朝廷亡。鄭芝龍兒子鄭成功起兵反清後，鄭芝龍被清廷囚禁。永曆十五年（1661年），鄭芝龍及其子孫家眷11人被清廷斬殺於北京菜市口[139]。
朱聿鍵死後，其弟南明紹武帝，名朱聿𨮁在廣州受大學士蘇觀生及廣東布政使顧元鏡擁立登基稱帝。被後世史學家稱之為紹武帝，但與肇慶的永历帝朝廷互相內訌，甚至大打出手。同年十二月十五日，李成棟導由福建攻入廣東的清兵混入城內，奪占廣州，李成棟在廣州進行大屠殺，朱聿𨮁自縊而死（一說被殺），結束了他為期一個月的皇帝生涯，史稱紹武帝[139]。
1646年隆武帝遇害後，桂王朱由榔獲得瞿式耜、張獻忠餘部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力的支援於廣東肇慶稱帝[141]，改元永曆[142]。迫於形勢壓力，永曆政權與張獻忠、李自成的余部聯合抗清[143][144]，一度收復湖南全境。同時各地降清的原明軍將領先後反正，如1648年正月江西提督金聲桓和副將王得仁在南昌反正[145]，四月廣東提督李成棟率剪辨穿漢服在廣東全省反正，廣西巡撫耿獻忠也在梧州同梧州總兵楊有光率部反正，一時之間南方數省重歸南明控制。這掀起了南明的第一次抗清大潮[146] 。
永曆三年（1649年）後，清軍大兵壓境，湖南再度淪陷。永曆四年（1650年），清軍攻克廣州與桂林。期間，尚可喜等清軍攻下由李成棟部守衛的廣州後，屠城十日，尸横遍地，史稱廣州屠城[147] 。永曆帝被迫退守南寧。
永曆五年（1651年），大西軍余部孫可望等人迎永曆帝入貴州安隆所，並派劉文秀進攻四川，收復四川大部。李定國進攻廣西，攻克桂林，逼清定南王孔有德自焚[148]，還直搗衡陽，擊斃清敬謹親王尼堪，并乘勢進軍廣東收復了兩廣失地[149]。鄭成功也先後在東南沿海發動攻勢並乘勢渡長江包圍南京，并一度導致清廷震動。這掀起了南明的第二次抗清大潮[150]。
但是，孫可望的日益驕橫跋扈引發永曆帝和李定國的嚴重不滿，李定國奉迎永曆帝駐蹕昆明[151]。永历十一年（1657年），孫可望發動內鬥，大規模進攻李定國，失敗後投降清朝，西南情報盡為清朝所知[152]。永曆十三年（1659年），清軍三路入滇，永曆帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽達收留。永曆十五年（1661年），吳三桂逼迫緬甸國王交出永曆帝[153]。莽達之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄後继8月12日，莽白發動咒水之难，杀盡永曆帝侍從近衛[154]。永曆十六年（1662年），永曆帝父子及眷属25人在昆明被吳三桂用弓弦縊死[155]，同年，李定國聞訊後發病死於緬甸猛臘[156]，但是緬甸果敢地區尚留明朝殘餘軍隊，尚未被清軍肅清[139]。
永曆被害後，全國較大規模的抗清活動就只有夔東十三家軍與在台灣的明鄭兩支了。李自成余部在湖南抗清失敗後，轉移到川、鄂山區進行活動，在夔州府以東地區繼續抗清，稱為夔東十三家軍[157]。1662年清軍開始對其進行絞殺。1664年，夔東十三家軍抗清失敗。首領李來亨全家自焚[158] 。
鄭成功則堅持在東南沿海地區進行抗清活動。一度攻克過漳泉二府，取得過江東橋大捷、崇武大捷、海澄大捷、泉州大捷、護國嶺大捷。永曆九年清軍重兵南下，鄭成功退守廈門金門兩地。永曆十一年，鄭成功被封為延平郡王。同時，鄭成功帶領水軍向舟山群島進發。永曆十三年（1659年），鄭成功進入長江，攻佔下瓜洲、鎮江、江浦等地，包圍南京，清廷震動。之後鄭軍中清軍緩兵之計遭擊敗，被迫回到閩南大本營。永曆十四年（1660年）7月清軍大舉圍攻廈門的鄭成功，至次年春敗退，鄭軍取得廈門大捷。永曆十五年（1661年）鄭成功派兒子鄭經留守金廈，自己率部攻佔台灣。永曆十六年（1662年）鄭成功逝世[139][159]，鄭成功從攻克台灣到逝世為止，僅僅統治台灣1年又數月。
鄭經從廈門來到台灣接手經營，並繼續沿用永曆年號。1663年，鄭經放棄金廈兩島。三藩之亂時鄭經乘機率兵反攻大陸，攻佔福建漳州等府縣，一度聲勢浩大，但不久敗退台灣。1681年，清康熙帝平三藩後開始著手攻打台灣。此時，鄭氏政權早已虛弱不堪，且爆發內訌。鄭經去世後，1683年，康熙帝命施琅為水師提督進攻台灣。清軍攻克澎湖列島，鄭克塽見大勢已去便剃髮投降，明廷残余势力徹底滅亡[158]。從永曆十五年（1661年）4月鄭成功入台到1683年9月鄭克塽降清為止，鄭氏計在南台灣經營共23年[160] 。不過，此後台灣仍存有經常性的反清復明活動，俗諺稱台灣「三年一小反，五年一大亂」。在清朝统治台湾的212年，大大小小民变事件发生116次，比如康熙时期的朱一貴、吳福生和乾隆时期的林爽文，同治时期的戴潮春等所發動的起事，但最終均以失敗告終[161]。
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