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中華民國政府的歷史最早可追溯至1911年肇建立於武昌市的中華民國軍政府鄂軍都督府，之後歷經南京臨時政府、北京臨時政府、北洋政府、國民政府等多次政權替換，直到1947年行憲至今的中華民國政府[1]。目前依照《中華民國憲法》及《中華民國憲法增修條文》運作的中華民國政府，是由民主進步黨籍總統賴清德領導的賴清德政府執政。
1911年10月11日，武昌起義爆發第二天，共進會和文學社的革命黨人在武昌市成立「中華民國軍政府鄂軍都督府」，成為第一個使用「中華民國」名稱的政權機構。中華民國軍政府鄂軍都督府既是中華民國第一個省級軍政府，同時代行中央軍政府的職責，在此後近二個多月中實際上扮演了中華民國軍政府的角色。[2]
起義前原定政府設八個部：總理部總理劉公，軍務部正長孫武，副長蔣翊武、高尚志；參議部正長蔡濟民，副長徐達明；內務部正長楊時傑，副長楊玉如；外交部正長宋教仁，副長居正、劉復基；理財部正長李春萱，副長張振武；調查部正長鄧玉麟，副長彭楚藩；交通部正長丁立中，副長王炳楚等。10月14日，《軍政府暫行條例》規定鄂軍都督府設軍令、軍務、參謀、政事四部，並由湯化龍任政事部長，總攬行政大權。10月25日，《中華民國鄂軍政府改訂暫行條例》頒布，成立軍事參議會，將政事部分成內務、外交、理財、交通、司法、編輯等6個部，後又增設教育、實業2個部。主要官員為軍令部長杜錫鈞、參謀部長張影良、軍務部長孫武、內務部長馮開浚、外交部長胡瑛、理財部長陶德琨、司法部長張知本、交通部長熊繼貞、編輯部長湯化龍、總監部總監劉公、教育部長蘇成章、實業部長李四光等。[3]
11月初，湖北軍政府頒布《中華民國鄂州約法》，是中國歷史上第一部以立法、行政、司法三權分立為原則的政權根本法。 11月17日，中國各省都督府代表聯合會議決，承認湖北軍政府為中華民國中央軍政府。11月30日，各省代表在漢口舉行會議，於12月3日，通過與公布了《中華民國臨時政府組織大綱》。鑑於清軍占領漢陽、炮擊武昌的形勢，各省代表決定移至南京舉行臨時大總統選舉，組織政府。12月25日，孫中山自海外回到上海，並在29日的臨時大總統選舉中當選為中華民國第一任臨時大總統。[2]
1912年公曆元旦，中華民國臨時政府於南京成立，標誌著中華民國的正式建國。1月3日，各省代表選舉黎元洪為臨時副總統。1月5日南京臨時政府依照《中華民國臨時政府組織大綱》舉行內閣第一次會議。1912年1月28日，中華民國臨時參議院正式成立[2]。1912年2月15日及2月20日，舉行了1912年中華民國臨時大總統選舉。結果由袁世凱以17票當選臨時大總統，黎元洪以17票當選臨時副總統。
1912年3月8日南京臨時參議院通過《中華民國臨時約法》，3月11日公布實施，取代《中華民國臨時政府組織大綱》[4]。
《中華民國臨時約法》公布實施後，南京的中華民國臨時政府解散，由北京中華民國臨時政府繼承，權力歸入不同機關。1912年3月10日袁世凱就任臨時大總統，中華民國政府正式取代清朝政府成為代表中國的合法政府。1912年4月南京臨時參議院遷到北京，史稱北京臨時參議院。[5]
1913年中華民國大總統選舉中，袁世凱、黎元洪分別當選中華民國大總統、副總統，並於1913年10月10日就職。1913年4月8日，第一屆國會開幕，北京臨時參議院走入歷史[6]。
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1913年，北洋政府依《臨時約法》正式成立，採用大總統與國務總理雙首長為主的三權分立制度：行政權以及外交、軍事等涉外事務歸大總統與國務總理、立法權歸參議院，司法權歸法院。經過折衝後，北洋政府採取接近內閣制的雙首長制。總統與總理均由參議院選出，總統職務為執行法律、發布命令、統率全國陸海軍隊、任命官員、外交權、依法宣布戒嚴、特赦、減刑復權。不過，以上各權利均需經由參議院同意。由總統任命的國務總理則負責實際內政治理及法律副署權。雖然制度設計如此，在此期間有數次對中華民國政府體製造成挑戰的事件發生。1912年，擔任大總統的袁世凱將總統職權擴大，甚至於1915年短暫宣佈施行帝制。1916年，北洋政府雖短暫回歸雙首長制，不過仍發生府院之爭的混亂場面。但總體來說，北洋政府時期是中國民主社會的開端，其民主程度勝於日後國民政府的黨國體制[7]。
1916年6月袁世凱逝世。1918年9月，安福國會選舉徐世昌為民國大總統，馮國璋被逐出北京政府，北京中央權力為皖系掌控。1920年7月，直皖戰爭爆發，直系曹錕、吳佩孚取勝之後控制北洋政府，段祺瑞被迫下台；安福國會也於同年8月30日遭到解散。1922年第一次直奉戰爭後，吳佩孚恢復法統，重開國會，逼迫徐世昌下野，黎元洪復任大總統。1923年10月，曹錕通過賄選當上大總統。
1924年10月，馮玉祥等人發動北京政變，推翻了直系曹錕、吳佩孚。1924年11月22日，段祺瑞離開天津赴北京。11月24日，段祺瑞公布《中華民國臨時政府制》，成立中華民國臨時政府。臨時執政段祺瑞取消《曹錕憲法》及《中華民國臨時約法》，並制定新的《中華民國憲法》。[8]
1926年4月9日，馮玉祥的部下鹿鍾麟率國民軍發動政變，包圍臨時執政府，臨時執政段祺瑞等人逃到北京東交民巷，後逃往天津，此後由國務院攝行臨時執政職務[9]。1926年5月13日，曾於1924年倒台的顏惠慶內閣宣佈復職，並依法由國務院攝行大總統職權。[10]
1926年4月，直奉軍閥聯合進攻國民軍，馮玉祥被迫率國民軍退往綏遠，張作霖再次控制了北京政府，並於1927年6月16日成立「中華民國軍政府」，史稱安國軍政府。[11]
1928年6月3日，張作霖的軍政府瓦解。6月8日，國民革命軍占領北京。1928年12月29日，奉系領袖張學良除下五色旗、改掛青天白日滿地紅旗，並通電南京政府，表示接受國民政府管轄，史稱東北易幟。至此，北洋政府結束運作，北洋派退出歷史舞台[11]。
1915年12月，袁世凱於北京宣佈接受君主立憲帝制。隨後唐繼堯、李烈鈞等宣布雲南獨立，於1915年12月25日成立雲南軍都督府，並發動反北洋政府的護國戰爭[12]。南方其他各省之後亦紛紛宣佈獨立，建立貴州都督府、兩廣護國軍都司令部、中華民國軍務院等政權[13]，山東亦於1916年5月5日在周村建立山東護國軍政府。 其中中華民國軍務院是中央政權[14]。袁世凱在內外壓迫後宣佈取消帝制，並於數月後病逝[15]。1916年7月14日，中華民國軍務院解散，護國軍政府隨之解散。[16]
孫中山自1917年起成立中華民國軍政府以與北洋政府抗衡，但其主權治權僅及於南方省份，且不受國際承認[17]。1923年孫中山在驅逐陳炯明之後及蘇聯的支持下，成立了中華民國陸海軍大元帥大本營。[18]:10
1925年6月14日，中國國民黨中央執行委員會政治委員會第十四次會議決議改組大元帥府為國民政府。6月28日，中國國民黨中央政治委員會通過《國民政府及省政府組織大綱》，規定國民政府最高決策機關為國民政府委員會，該委員會採取合議委員制，汪兆銘為主席[19]。同時，中國國民黨中央委員會將廣東所有建國軍和黨軍，一律改稱為國民革命軍[20]:91，並計畫國民革命軍北伐[21]。
1925年7月1日公布國民政府組織法，成立國民政府[14]:379。1926年10月，國民革命軍占領武漢三鎮。11月8日，中國國民黨中央政治會議決定遷移中央黨部和國民政府到武漢。12月5日，中國國民黨中央正式宣布中央黨部和政府停止在廣州辦公，各機關工作人員分批前往武漢[18]:13。
1927年2月21日，武漢國民政府正式辦公。武漢國民政府因採用委員會制不設主席，設國民政府委員會；以汪精衛、譚延闓、孫科、徐謙、宋子文五人為常務委員。其運作至「寧漢合流」後解散。[22]
1927年3月，北伐軍攻克了上海與南京，4月12日蔣中正實行「清黨」，4月18日在南京另立「國民政府」，與武漢既有的國民政府並立。在成立大會上，發布了中國國民黨中央政治會議關於奠都南京的宣言以及《國民政府宣言》。1928年6月國民革命軍攻克北京後，南京國民政府獲得西班牙、德國、法國等國普遍承認。1928年12月，張學良宣布東北易幟，決定除去五色旗、名義上服膺國民政府後，國民政府取代北洋政府、成為中國唯一合法政府。[23]
國民政府特色為委員制，具有合議型、臨時編組、任務型等性質。一般來說，政府的運作主要決策者為中國國民黨遴選之國民政府委員所組成的國民政府委員會，其最高代表者為國民政府主席，為名義上之國家元首。依照五權憲法理論，國民政府陸續設置行政院、立法院、司法院、考試院與監察院，做為國家權力的執行機關，與國民政府委員會構成行憲前「一府五院」體制之雛形，但政治權力仍在國民政府委員會手中。如再就職權細分，國民政府主席與國民政府委員會共同負責外交、軍事等涉外權力，內政則由行政院負責。而除了國民政府委員會之外，國民政府也有許多機構多採取委員制。依照《中華民國國民政府組織法》規定，國民政府委員定額早期為12至16人，1930年代之後增為24至36人，而國民政府主席、行政院院長、立法院院長、監察院院長、考試院院長、司法院院長、及其副院長均由該委員會推選。而國民政府從1930年的第一次蔣中正內閣開始共組閣過十數次。[24]
1930年閻錫山、馮玉祥、李宗仁、蔣中正之間爆發中原大戰。3月初，閻錫山以反對蔣介石操縱國民黨三大為名，電邀國民黨內反蔣各派首領汪兆銘、馮玉祥、李宗仁等在北平舉行中國國民黨中央黨部擴大會議。8月7日，會議在中南海懷仁堂召開，議決在北平成立「國民政府」（北平國民政府），選閻、馮、李、汪等七人為委員，閻錫山為主席，並於9月9日上午9時9分成立。不過張學良隨即表示支持蔣中正，並於9月23日進駐北平。北平「國民政府」一度遷往太原，並在10月提出《中華民國約法草案》。11月4日隨著閻、馮宣告下野而解散。[25]
1937年抗日戰爭爆發後，首都南京淪陷，國民政府遷往重慶。12月1日，國民政府在重慶開始辦公。在1938年宣佈實施戰時政府體制，軍事指揮權由國民政府主席轉交國民政府軍事委員會，這段時間的政治權力均掌握在擔任國民政府軍事委員會委員長的蔣中正手中。1943年9月，蔣中正被推選為國民政府主席兼陸海空軍大元帥，並兼國民政府軍事委員會委員長和行政院院長。[26]:20
1937年12月14日日本在北京扶植成立中華民國臨時政府，統轄平津和華北等地區，以五色旗為國旗。為與1938年3月28日成立於南京的中華民國維新政府相區別，而稱為「華北臨時政府」。1940年，原屬國民黨的前行政院院長汪精衛受日軍扶植，於南京又另組一「國民政府」，並在上海發表《和平建國宣言》，然而美國、法國等國均拒絕承認該政權。1945年日本投降後，汪精衛政府宣布解散。[27]
1946年5月5日，國民政府發布《還都令》，宣布將「凱旋南京」。抗戰勝利後，要求盡快實施憲政的呼聲再起。有鑑於此，國民政府於1946年11月15日召開制憲國民大會，會中以政協憲草決議案為藍本制定《中華民國憲法》，確立現今「一府五院」的中央政府架構[28]。此外，憲法規定在中央政府之上設有國民大會，具有國會的性質。1946年12月25日，《中華民國憲法》經審核通過，並訂於1947年12月25日起正式實施。[18]:48-50
1948年，國民大會召開第一屆第一次會議，選舉第一任總統、副總統，新的中華民國政府體制正式建立，國民政府走入歷史。但由於國共內戰全面爆發，中華民國國軍在戰場逐漸處於弱勢，剛行憲改組不久的中華民國政府也因而開始經歷多次搬遷。1949年1月16日，中華民國政府遷至廣州；1949年4月23日，解放軍攻下南京；同年10月14日，解放軍佔領廣州，中華民國政府於10月13日疏遷至重慶，10月15日正式辦公；同年11月29日，再西遷至成都。[18]:48-50
為了因應當時內戰全面爆發的政治情勢，國民大會同時制定了《動員戡亂時期臨時條款》，使總統與國民大會的權力得以擴張[29]:11。1949年第二次國共內戰失敗後，中華民國政府撤退到臺灣，繼續維持原有的政府架構，也未更動憲法本文；但當時執政的國民黨鑒於鞏固在臺統治與臺海兩岸的軍事與政治對峙，仍繼續施行《動員戡亂時期臨時條款》，並長期實施戒嚴。[30]:205
1975年4月5日，蔣中正病逝，依中華民國憲法規定，由副總統嚴家淦繼任總統。4月6日上午11時，嚴家淦宣誓就任總統。嚴家淦成為中華民國首位文人總統。1977年7月9日訪問沙烏地阿拉伯，成為中華民國政府遷台後第一位出訪邦交國的總統。嚴家淦擔任中華民國總統期間，實際掌權者被認為是擔任中國國民黨主席及行政院院長的蔣經國。[31]:59
1978年蔣經國正式就任總統後，提名指派並與總統府共同為行政部門主體的行政院院長，共歷任兩任兩位。其中，俞國華在蔣經國逝世、李登輝繼任總統後仍繼續擔任行政院院長一年半，直至1989年6月才下台。[32]
1988年1月13日至1990年5月20日期間，李登輝擔任中華民國第7任總統[33]。1990年5月20日－1996年5月20日期間，李登輝擔任中華民國第8任總統。1996年5月20日－2000年5月20日期間，李登輝擔任中華民國第9任總統[34]。李登輝政府時期的行政院院長，包含前任蔣經國政府末期的俞國華及李煥、郝柏村、連戰、蕭萬長等共歷任五任五位。其中，連戰的第二任行政院長任期為副總統兼任[35]。
1990年代，中華民國政府開始對憲法進行重大修正，廢止《動員戡亂時期臨時條款》、在憲法本文之外另定《憲法增修條文》，在其中加入了許多針對臺灣所設計的內容。之後，中華民國政府在1991年至1992年進行國會全面改選、1996年起施行正副總統直接民選。這一連串的民主化措施，讓中華民國從威權體制轉化為落實《中華民國憲法》第二條「主權在民」原則的民主國家，也讓代表「國民主權」的中華民國政府擁有更強的合法性與正當性[36][37][38]。
1997年7月21日，中華民國國民大會將憲法增修條文全文修正，將「省」虛級化[39]，將省政府改為行政院的派出機關，移除省政府原有的地方自治功能[a]。
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2000年的第十屆總統、副總統選舉，達成中華民國史上首次政黨輪替，更深化了民主機制的成熟[40]。2001年5月，陳水扁依中華民國憲法獲得采玉大勳章[41]。在2001年12月的立委選舉中，民進黨成為立法院最大黨。2002年1月末，張俊雄以新國會組成為由率領內閣總辭，後總統再任命時任總統府秘書長的游錫堃接任[42]。
2004年，陳水扁連任中華民國第11任總統。在2005年召開任務型國民大會之後，國民大會被停止運作，其職權被移轉到立法院或由人民直接施行，公投複決寫入《憲法增修條文》，立法院取代國民大會原有的國會權責，大幅改變了中華民國憲政體制的架構[43]。
陳水扁執政期間的行政院院長（政府首腦）共六任、五位。其中，民主進步黨籍政治人物張俊雄分別於2000年及2007年擔任行政院院長。[42]
自2008年5月20日起，馬英九就任中華民國第12任總統。在2012年1月14日的第十三任中華民國總統副總統選舉中，馬英九以689萬票連任成功，於同年5月20日就任第13任總統。馬英九政府共歷時8年，內閣有劉兆玄內閣、吳敦義內閣、陳冲內閣、江宜樺內閣、毛治國內閣和張善政內閣[9][44]。
劉兆玄內閣並於2008年5月20日宣示就職[45][46]，因八八水災處置不當，宣布於2009年9月10日總辭[47]。隨後，總統馬英九任命吳敦義出任行政院院長，時任桃園縣縣長朱立倫出任行政院副院長（副院長職2010年5月17日由陳冲接任）。[48]
陳冲內閣於2012年2月6日上任。陳冲是繼1997年蕭萬長後，12年來第一個具財經背景的行政院院長[49]。但由於陳冲的健康原因，內閣於2013年2月7日總辭，2月18日正式交接給江宜樺內閣。2014年11月29日，因中國國民黨於2014年中華民國地方公職人員選舉中慘敗，江宜樺當日請辭獲准，12月1日內閣總辭後轉為看守內閣，由原行政院副院長毛治國籌組毛治國內閣[50]。2016年1月16日，因中國國民黨於2016年中華民國總統選舉與立法委員選舉中慘敗，毛治國當日請辭不接受慰留後，由原行政院副院長張善政任代理院長，1月25日總統批准內閣總辭後，2月1日由原行政院副院長張善政真除為院長並籌組政黨輪替前的張善政內閣[51]。2016年5月12日，張善政內閣提出總辭，並於17日獲得批准[44]。
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2016年5月20日起蔡英文就任中華民國第14任總統，首任內閣為林全內閣[54]。
2017年9月4日，林全以完成階段性任務向蔡英文總統請辭，並由賴清德接任行政院院長，7日內閣總辭，8日賴清德內閣正式上任。
2019年1月14日，賴清德請辭行政院院長，改由曾任行政院院長的蘇貞昌回任。
2020年1月11日，蔡英文成功連任，成為中華民國第15任總統。賴清德也成為第15任副總統。蔡英文以得票率為57.13%擊敗國民黨的韓國瑜和親民黨的宋楚瑜。
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