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中醫學，全稱漢族醫藥學，俗稱「中醫」[1][註 1]，是一種起源於中國漢族且至今已有千年歷史的傳統醫學。與現代醫學相比較時，其常被歸入傳統醫學的範疇。因此，現今世界上的中醫學的發展目標，多是追求自身的科學化和現代化。
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目前中醫以中華文化圈傳統醫療為主流，按照中華人民共和國全國科學技術名詞審定委員會審定的名詞，中醫學是「以中醫藥理論與實踐經驗為主體，研究人類生命活動中健康與疾病轉化規律及其預防、診斷、治療、康復和保健的綜合性科學」[3]。
中醫學以陰陽五行作為理論基礎，將人體看成是氣、形、神的統一體，通過望、聞、問、切，四診合參的方法，探求病因、病性、病位、分析病機及人體內五臟六腑、經絡關節、氣血津液的變化、判斷邪正消長，進而得出病名，歸納出證型，以辨證論治原則，制定「汗、吐、下、和、溫、清、補、消」等治法，使用中藥、針灸、跌打、推拿、按摩、拔罐、氣功、食療等多種治療手段的傳統醫學。
「漢醫」（hàn-i）[4]一詞，一是來自日本之稱，一是來自清代的稱呼。[5]又稱漢醫學或漢方醫學，是在中國地區發展出的傳統醫學思想及治療技術，因為它是漢民族發展出的醫學傳統，所以稱呼它是漢醫學。隨著漢文化的發展，它被傳播至韓國、越南、日本等地，與當地醫學結合，形成各種不同的流派。
最早使用「漢方醫學」這個名詞的是日本，在江戶時期，日本人用這個名詞來與他們本土醫學—「漢方醫學」，及西方醫學—「蘭醫學」（荷蘭），來作區分。清朝時也使用這個名詞來稱呼中國的傳統醫學。
1949年之前，漢醫一詞比較普遍。清後民國，也用國醫來稱呼。在中國，「中醫學」（意為「中華的」醫學）比「漢醫學」更常用。但在日本及韓國等地仍然使用這個較中性的名詞。 日本的漢方醫學，韓國（南韓）的韓醫學，朝鮮（北韓）稱的高麗醫學、越南的東醫學都是以中醫為基礎發展起來的。
近年各地政府都開始對專業中醫行業進行監管，以保障公眾健康。
中華人民共和國政府於1988年設立國家中醫藥管理局管理中醫藥行業，是隸屬於衛生部的副部級國家局（2013年衛生部撤銷後轉隸衛計委。2018年衛計委撤銷後再轉隸衛健委）。
為繼承和弘揚中醫藥，保障和促進中醫藥事業發展，保護人民健康，經十二屆全國人大常委第二十五次會議通過了《中華人民共和國中醫藥法》，於2017年7月1日起實施。
中醫在港英政府時期無合法行醫地位，但能以「Herbalist（草藥師）」的名義註冊並進行活動。中醫醫生還可使用「中醫」、「中醫師」、「中醫生」、「國醫」、「唐醫」等名稱，不能使用「醫生」、「醫師」、「醫務所」、「醫療所」等屬於行醫範圍的名稱，因此中醫師無權簽署死亡證，也不能在處方上開任何西藥，更不能使用注射；否則被認為是違法行為[6]。
1999年，香港政府根據《中醫藥條例》，成立香港中醫藥管理委員會，用作規管中藥買賣和中醫師的專業水平，以保障公眾健康和消費者權益。根據《中醫藥條例》，所有在香港執業的中醫師，必須向中醫藥管理委員會註冊。在中醫師之前註冊制度生效之前，除了提供全科診治及開方,以「中醫」掛名應診的從業員之外，還有後來被納入中醫註冊制度，當時俗稱為「跌打師傅」、「跌打佬」的從業員。其起源沒有一個統一說法，有一說法是與上世紀香港盛行的武館風氣有關。[7] 後來由於此行業傳統的師徒制日漸式微，以及《中醫藥條例》和中醫註冊制度的實施，規管關乎中醫藥的活動或事宜，包括中醫的註冊等等，而跌打師傅已被納入為中醫的骨傷科專業，以後成為註冊中醫（骨傷科）的人士須具認可資格並受正式訓練，所以老式的跌打館，有逐漸式微的趨勢。 香港中醫師的註冊條件包括完成認可的、至少為期五年的全日制中醫學士學位課程，並獲得三十週的臨床實習經驗，以及通過執業考試。[8]另外，中醫藥管理委員會要求註冊中醫師，每三年為其執照續期，而續期手續包括完成60個持續進修學分，以保障註冊中醫師的專業水平。[9]
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澳葡時期殖民政府對華人社會基本不干預，因此澳門當地有不少自發組織的中醫行醫者和中醫藥房。1994年澳葡政府頒布《第53/94/M號法令》，正式對中草藥交易進行規管。現時，中醫受第18/2020號法律《醫療人員專業資格及執業註冊制度》規範，持認可中醫學歷的人士必須向政府辦理資格登記及完成實習，方得取得執照行醫。
中華民國（臺灣）目前約有中醫師6,000餘人，由中華民國衛生福利部中醫藥司進行監管，法源來自於《醫師法》[10]。中醫師能夠獨立進行診斷、開立處方簽、調劑中藥等。另外並訂有《中醫藥發展法》[11]、《臺灣中藥典》等，同時設置衛生福利部國家中醫藥研究所進行中醫藥研究。
美國目前有大約三萬多名執照針灸師（部份州份稱為針灸醫師或東方醫學醫師），五千多名西醫師另外獲得應用針灸執照。美國有嚴格的針灸執照發放制度，但由於美國實施聯邦制，各個州份均各自有當地的法律，監督針灸師執照的發放。因此，各個州份的執照發放的要求都不一樣，但一般都要求申請人在認可的針灸或中醫學校學習針灸的相關課程，由1,700到4,000學時不等，以及一般要求擁有950小時的臨床實習經驗，方可獲允許參加針灸執照考試。另外，各個州份一般都要求針灸執照的持有者，於每年或每兩年為其針灸執照續期，否則其針灸執照將會被取消。針灸執照續期的手續，除了包括更新資料外，還要求針灸師提供持續進修的證據，一般都要每年數十個小時的專業持續進修課程，方可獲得續期。 在美國大部份州份，沒有持有有效執照，而又宣稱為專業針灸師，又或者提供中醫治療，是刑事罪行。違例者會面對監禁和罰款。
- 針灸師與中醫師
直到2012年，美國有六個州份沒有法律監管中醫，一般稱為「東方醫學(Oriental Medicine)」又或「針灸學(Acupuncture)」，包括阿拉巴馬州、堪薩斯州、北達科他州、南達科他州、奧克拉荷馬州、懷俄明州。[12]在有法律監管中醫的州份當中，加州是美國首個州份立法監管「針灸學」，早在1976年加州便開始向針灸師發放專業執照[13]。
但值得注意，在英文中的「針灸學(Acupuncture)」或「針灸師(Acupuncturists)」一詞，意思等同於「中醫」和「中醫師」。以首個州份立法監管針灸學的加州為例，根據《商業和專業條例(Business and Professions Code)》第4937條，「針灸師」是指為改善、保持和復原健康，而提供針療、電力針療、中式按摩、穴位按摩、灸療、拔罐、呼吸技巧療法、運動療法、熱療、冷療、磁力療法、營養學療法、飲食療養、草藥療法、植物療法、動物療法、礦物療法、膳食補充療法等治療的專業人員[14]。所以，美國的「針灸師」就是「中醫師」。
中醫學目前是否為最早的傳統醫學還無法確定。中國的中醫學自稱其起源於三皇五帝時期，相傳伏羲發明了針灸並嘗試草藥，神農炎帝更是嘗盡百草，並且用茶來解毒。中醫研究者自稱：相傳在公元前3000多年，中國的軒轅黃帝寫下了人類第一部醫學著作——《黃帝祝由科》（然而公元前1600～前1100年的甲骨文才被認為是中國已發現的時代最早的文字），「在公元前3000多年可以使用文字並組織成大篇幅的醫學著作」在目前與無憑無據的中醫典籍相比，這種說法是與事實不符的。公元前3000左右的美索不達米亞醫學已用楔形文字記載了肝和髒是血液的中心，疾病分為熱病、中風、精神症狀、眼病、耳病、黃疸病等。在中國, 後世人在《黃帝祝由科》的基礎上不斷增補刪改，逐漸形成了後世的《黃帝內經》和《黃帝外經》，並從祝由科裡將純粹的醫藥分離了出來，形成了後來的中醫學。而其中的《黃帝內經》則在世界上第一個提出了「不治已病治未病」這一防病養生保健康的預防醫學觀點。[來源請求] 在周代（公元前1046年－公元前771年）中國就建立了世界上第一個醫院和醫療制度，周代的醫療機構設有醫師、上士、下士、府（管藥庫）、史（管記錄）、徒若干人。下面又分食醫（管飲食衛庫）、疾醫（內科）、瘍醫（外科）、獸醫四種；但這樣的醫學分科制度卻落後於美索不達米亞醫學幾百年[15]。醫師總管醫藥行政，並在年終對醫生進行考核；《周禮‧天官冢宰》記載「歲終，則稽其醫事，以制其食」，就是說，醫生每年都要通過年終考核增減俸祿。當時的患者已經分科治療，而且建立病歷。「死終則各書其所以，而入於醫師」，規定在死者病歷上要寫明死因，然後送交醫師存檔，以便總結醫療經驗，提高醫療技術。這也是世界上已知最早的病歷制度。
在春秋戰國時期名醫輩出，秦國有名醫醫緩與醫和，齊國有長桑和他的徒弟扁鵲。扁鵲發明了中醫獨特的辨證論治，並總結為「四診」方法，即「望、聞、問、切」。扁鵲看病行醫有「六不治」原則：一是依仗權勢，驕橫跋扈的人不治；二是貪圖錢財，不顧性命者不治；三是暴飲暴食，飲食無常者不治；四是病深不早求醫者不治；五是身體虛弱不能服藥者不治；六是相信巫術不相信醫道者不治。後世則尊稱他為神醫扁鵲。春秋戰國時流行的主要醫學著作有《黃帝內經》、《黃帝外經》、《扁鵲內經》、《扁鵲外經》、《白氏內經》、《白氏外經》和《旁篇》這七本，合成「七經」。
在秦朝出現了世界上最早的專門法醫——"令史"。秦律規定，死因不明的案件原則上都要進行屍體檢驗，司法官如果違法不進行檢驗，將受到處罰。秦代的《封診式》對法醫鑑定的方法、程序等有較為詳細的記載。在人命案件中，鑑定檢驗的主要內容有屍體的位置、創傷的部位、數量、方向以及大小等。令史檢驗完成之後，必須提交書面報告，稱為「爰書」，是世界上現存最早的法醫鑑定和現場勘察報告。秦代還在世界上第一個建立傳染病醫院——「癘遷所」，並制定了最早的治療傳染病的隔離制度。據1975年湖北省雲夢睡虎地出土秦簡中記載：當時規定，凡經醫生在給病人檢查後發現有鼻梁塌陷、手上無汗毛、聲音沙啞、刺激鼻腔不打噴嚏等症狀者，一律送至癘遷所隔離治療。這說明中國古代對傳染性疾病的治療措施，很早就已經是得力有效的。
到了西漢時期，中醫的陰陽五行理論已經非常完備，名醫則有太倉公淳于意和公乘陽慶。東漢出現了著名醫學家張仲景和華佗。張仲景完善了中醫的辨證理論，他還是世界上第一個臨床醫學大師，被尊稱為醫聖。他著有《傷寒雜病論》、《療婦人方》、《黃素方》、《口齒論》、《平病方》等等醫書，最終流傳下來的醫書被後人編纂為《傷寒論》和《金匱要略》。張仲景採用辨證論治的基本原則，在《傷寒論》中歸結為「八綱辨證」和「六經論治」，經由這兩種方法辨證論治後，再採用「八法」（汗、吐、下、和、溫、清、補、消）治療疾病。「八綱辨證」是書中貫徹辨證論治的具體原則，所謂「八綱」（陰、陽、表、里、寒、熱、虛、實）是運用「四診」（望、聞、問、切）分析和檢查疾病的部位、性質而歸納出來，「六經論治」是整個臟腑經絡學說在臨床醫學上的具體運用。東漢末年，華佗則以精通外科手術和麻醉名聞天下，華佗是世界上第一個使用麻醉術進行手術的人，他發明的麻沸散是世界上已知最早的麻醉藥物，還創立了世界上最早的健身體操「五禽戲」。可惜華佗所著醫書的《青囊書》最後被付之一炬。在漢代，大量的醫藥和歷算等書籍傳入西藏（《西藏王統記》記載）。在漢代還出現了專門性的婦科醫院，西漢時的「乳舍」，是世界上已知最早的婦產醫院。
南北朝時期問世了世界上最早的兩本兒科專著，即王末鈔的《小兒用藥本草》和徐叔響的《療少小百病雜方》。南朝宋元嘉二十年（公元443年），太醫令秦承祖創建了世界上第一個醫學院。到了公元6世紀，隋朝完善了這一醫學教育機構，並命名為「太醫署」，署內分醫、藥兩部，太醫令是最高官職，丞為之助理，下有主藥、醫師、藥園師、醫博士、助教、按摩博士、祝禁博士，在校師生最多時達580人之多。
北宋年間，隨著中國與阿拉伯之間貿易的高度發展，阿拉伯香藥也開始大量輸進中國，一次輸入的阿拉伯乳香竟以萬斤計，伊斯蘭醫藥學也隨之對中國產生明顯影響。傳統中醫自古不分科，但在北宋年間，太醫院在培訓醫生時也如古希臘和阿拉伯醫學那樣，分成了內、外、婦、兒、口腔等十三科，這可能是受到阿拉伯－伊斯蘭醫學的橫向影響。傳統中醫以湯藥為主，但北宋的《太平聖惠方》、《聖濟總錄》卻大量增加了丸、散、膏、酊的處方，如《乳香圓》、《阿魏圓》等。究其原因，乃是使用從阿拉伯－伊斯蘭國家進口的香藥大量增加，而香藥含有揮發性物質，若用煎湯法，其有效成分就會失掉，故只能製成丸、散、膏、酊。可見這類處方的出現，是阿拉伯－伊斯蘭藥理學對中醫藥影響的結果[16]。
在唐朝，孫思邈總結前人的理論並總結經驗，收集藥方多達5000多個，出版了《大醫精誠》、《千金要方》和《千金翼方》三本醫學著作，後世尊稱他為藥王。唐朝以後，中國醫學理論和著作大量外傳到突厥、高句麗、日本、中亞、西亞等地。
到了在唐末宋初，兒科專著《顱囟經》問世流行，而世界醫學史上第一個著名兒科專家錢乙（公元1032－1113年）則受此書啟發，撰寫了著名的兒科巨著《小兒藥證直訣》，後人把錢乙尊稱為「兒科之聖」，「幼科之鼻祖」。北宋時期（960年－1127年），宋政府設立翰林醫學院即太醫局，醫學分科已經非常完備，並且統一了中國針灸穴位，出版《圖經》。南宋的宋慈出版了世界上最早的法醫學著作《洗冤集錄》。
元朝時期，元政府很重視伊斯蘭醫藥學，採取中醫學與回醫學同時並舉的方針。在太醫院中有專門研究和使用伊斯蘭醫藥的「廣惠司」，其職責是「掌修製御用回回藥物及和劑，以療諸宿衞士及在京孤寒者。」在它下面還設有大都回回藥物院和上都回回藥物院，掌管回回（穆斯林）藥事。在元代，有很多阿拉伯－伊斯蘭醫師來到中國，受到朝野歡迎，被稱為「回回醫官」。他們對解剖學頗有研究，精通各種手術。元末明初的文學家陶宗儀的《南村輟耕錄》卷二十二「西域奇術」中，就載有回回醫官開刀為頭痛難忍的兒童從腦中取出腫瘤，動手術治癒腹部膨脹的馬等傳奇故事。這些來華的醫師還攜帶來很多伊斯蘭的醫學書籍[16]。
在明朝，著名醫學家李時珍的醫學巨著《本草綱目》成書，這本書不僅是藥物學專著，還包括植物學、動物學、礦物學、化學等方面的知識。《本草綱目》刊行後很快傳入日本、朝鮮及越南等亞洲地區，在公元17、18世紀先後被翻譯成多種歐洲語言。另一方面，李時珍是世界上第一個提出大腦負責精神感覺、發現膽結石病、利用冰敷替高熱病人降溫以及發明消毒技術的醫學家。此外還有王叔和的《脈經》、皇甫謐的《針灸甲乙經》、陶弘景的《本草經集注》、葛洪的《肘後備急方》、巢元方的《諸病源候論》、蘇敬的《新修本草》、王燾的《外台秘要》、元丹貢布的《四部醫典》、《太平聖惠方》、王惟一的《銅人腧穴針灸圖經》等大量醫學典籍問世。自明朝中醫發展已經達到了頂峰，出現了諸多的醫學流派。同時在朝鮮研究中醫的所謂東醫學也得到了很大的發展，例如許浚撰寫了《東醫寶鑑》。
清初至鼎盛時期，醫藥學進步所表現在很多方面，基本上是明朝醫藥盛況的延續。如對經典著作的研究、本草學、方劑學、診斷治療學、醫案整理等，均較明朝更成熟。各家學派的紛爭也逐漸緩和，大多醫家能採各家之長折衷於臨床。但也不乏固守《內經》、《難經》、《傷寒論》，而批評金元以後一切新說的醫學，這與當時考據學盛行不無關係[17]。清朝中醫藥學最重要的成就，就是關於急性傳染病的研究，它已形成一個新的系統，即溫病學說。這一學說的出現，雖然是基於歷代醫家的有關成就上，但清代溫病學派在中醫發展史上的貢獻，仍然是相當顯著的，它並不亞於東漢張仲景著《傷寒論》，金朝劉完素創河間學派[17]。
自清朝末年，現代醫學[18]開始湧入中國，造成中醫不再是中國地區唯一的醫學。開始出現中西醫並存的局面。現代，中醫在中國仍然是治療疾病的常用手段之一。
受到西方衝擊後，大多認為中醫是充滿偏方與迷信的醫學，但從1950年代起，中醫開始引進西醫的研究系統，並且透過對療程的原理的科學性分析，重新解釋中醫，而這樣系統化的整理、導入西方生物、分子醫學等概念成就了現代中醫，從空虛的陰陽調和概念，改變為著重學理基礎。
在國際上中醫針灸作為中醫學的一個部分，引起醫學界的興趣，有學者認為，針灸已被證實在減輕手術後疼痛、懷孕期反胃、化療所產生的反胃和嘔吐、牙齒疼痛方面是有效的且其副作用非常低，針灸對痛證、神經性疾病療效非常顯著。[19]世界衛生組織（簡稱：WHO）認為，只有部份的傳統藥學包含針灸和草藥在臨床實驗裡得到比較有力的結果支持其功效，其他傳統療程與草藥仍需進一步的研究，不能忽視傳統療法存在的安全性及危險性的風險，乃至於偷獵保育類藥材，而且生物體內的麻醉劑、毒素積累近年來被逐漸發現，被證明很有可能弄巧成拙，以至於致人於死的案例多次上演，也因為本身就是地下經濟，存在冒充假藥獲取暴利等問題[20]。WHO在2002年5月26日發表「2002－2005年傳統醫藥研究全球策略」，邀請全球180餘國將替代醫學納入該國的醫療政策。
WHO世界衞生大會將於2019年推出第11版全球醫學綱要，並首次將中醫傳統醫學納入其中。此舉意味著中醫在全球或躋身主流療法，而非僅僅作為手術、放射治療等準備療法之外的補充療法。 全球醫學綱要又稱為「國際疾病與相關健康問題統計分類」（ICD），在全球範圍擁有極大的影響力。[21]
中醫理論按照其理論基礎可以分為三個時期 ，分別為湯液經法時期、今文尚書時期、古文尚書時期。
我們今日主流社會所看到的是以今文尚書經學家代表的《黃帝內經》學說。漢武帝時置五經博士，提倡今文經學。後來漢武帝時，因魯恭王劉餘壞孔子宅，於孔家壁中得古蝌蚪文經書，當中有《古文尚書》。簡而言之：《古文尚書》與《今文尚書》的出現皆與漢朝宗室控制社會有關。漢武帝後，湯液經法家隱於民間，流傳下來的只有今文經學家。在二十世紀初年，《輔行訣臟腑用藥法要》出土。重新發現了湯液經法學派的基礎理論。在時序上，湯液經法家理論最早完成，其次是今文尚書與古文尚書，許慎在五經異義中提到「《異義》：《今文尚書》（案，漢人但稱今《尚書》，裴鬆之注《三國·吳誌》始稱《今文尚書》，此引《異義》，誤衍文字。）歐陽說，肝，木也；心，火也；脾，土也；肺，金也；腎，水也。古《尚書》說，脾，木也；肺，火也；心，土也；肝，金也；腎，水也。許慎案，《月令》春祭脾，夏祭肺，季夏祭心，秋祭肝，冬祭腎，與古《尚書》同。鄭駁之雲：《月令》祭四時之位，及其五藏之上下次之耳。冬位在後，而腎在下；夏位在前，而肺在上；春位小前，故祭先脾；秋位小郤，故祭先肝。腎也，脾也，俱在鬲下；肺也，心也，肝也，俱在鬲上。祭者必三，故有先後焉，不得同五行之氣。今醫病之法，以肝為木，心為火，脾為土，肺為金，腎為水，則有瘳也。若反其術，不死為劇。（《禮記》十三《月令》正義）」古文尚書由伏生所傳，而今文尚書由歐陽和伯所傳。臨床實驗證明，湯液經法家理論與人體的體液味道是一致的。
這證明了現今流行的中醫理論基礎實際上是晚出的今文經學的著作，而五行相剋說是戰國時期出現於齊國，而五行相生說是劉向時期出現，所以完善的黃帝內經完成時間絕不可能早於漢宣帝時期。後來採用湯液經法的稱為神仙家，採用今文尚書的稱為醫經家或稱為針炙家，利用今文尚書與湯液經法雜煣的稱為經方家。
以下是三個不同時期中醫理論的對比：
- 湯液經家：脾（酸）金、肺（辛）木、肝（苦）水、腎（鹹）火
- 今文經家：肝（酸）木、心（苦）火、脾（甘）土、肺（辛）金、腎（鹹）水
- 古文經家：脾（酸）木、肺（苦）火、心（甘）土、肝（辛）金、腎（鹹）水
在《湯液經法》原始中醫理論之中，是採用殷商時期的《龜書》八卦與《龍圖》八卦一共是十六卦的學說。其中和陰陽的地方是相反的。在《湯液經法》或者殷商正統哲學之中：春夏為陰，秋冬為陽。以肺居太陰金，腎居太陽水，脾居少陰火，肝居少陽木。以應四時：春脈大、夏脈浮、秋脈細、冬脈沉。
今文學派理論來源於儒家今文學派的總結及儒家陰陽五行思想。其內容包括精氣學說、陰陽五行學說、氣血津液、藏象、經絡、體質、病因、發病、病機、治則、養生等。不早於西漢年間，《黃帝內經》問世，奠定了儒家醫學理論的基礎。時至今日，漢代傳統醫學相關的理論、診斷法、治療方法等，均可在此書中找到根源。
中醫具有完整的儒家理論體系，其獨特之處，在於董仲舒提出的「天人合一」、「天人相應」的整體觀及辨證論治。主要特點有：
- 認為人是自然界的一個組成部分，由最基本的物質（命名為「氣」）以及其運動（包括兩種不同趨勢的基本運動—陰和陽）構成，「人以天地之氣生，以四時之法成---《黃帝內經》」。陰陽二氣相互對立而又相互依存，並時刻都在運動與變化之中。在正常生理狀態下，兩者處於一種動態的平衡之中，一旦這種動態平衡受到破壞，即呈現為病理狀態。而在治療疾病，糾正陰陽失衡時並非採取孤立靜止的看問題方法，多從動態的角度出發，即強調「恆動觀」。
- 認為人與自然界是一個統一的整體，即「天人合一」、「天人相應」。人的生命活動規律以及疾病的發生等都與自然界的各種變化（如季節氣候、地區方域、晝夜晨昏等）息息相關，人們所處的自然環境不同及人對自然環境的適應程度不同，其體質特徵和發病規律亦有所區別。因此在診斷、治療同一種疾病時，多注重因時、因地、因人制宜，並非千篇一律。
- 認為人體各個組織、器官共處於一個統一體中，不論在生理上還是在病理上都是互相聯繫、互相影響的。因而從不孤立地看待某一生理或病理現象，頭痛醫頭，腳痛醫腳，而多從整體的角度來對待疾病的治療與預防，特別強調「整體觀」。
- 陰陽是宇宙中相互關聯的事物或現象對立雙方屬性的概括。最初是指日光的向背，向日光為陽，背日光為陰。
- 陰為「體」，陽為「用」；陰為有形之「體」，陽為無形之「用」。
- 陰陽的交互作用包括：陰陽交感、對立制約、互根互用、消長平衡、相互轉化。
五行學說是戰國儒家哲學的重要成就，五行即木、火、土、金、水，但是這並不代表五種物質，而是物質的五種屬性。
五行於中醫則體現了具備這五種屬性的人體五大系統的相互關係。木火土金水這五個符號分別代表肝、心、脾、肺、腎所統領的五大系統。中醫不是研究微觀的病毒細菌如何作用於人體的理論，而是研究人體整體內在環境與各個系統之間的關係，並且通過中藥、按摩、針灸，甚至心理作用去調節各個系統之間的平衡，以此保持身體健康。
- 五行的交互作用包括：相生、相剋、制化、勝復、相侮、相乘、母子相及。
- 五行相生:臟腑之間互相聯繫和促進的關係，木生火、火生土、土生金、金生水、水生木。
- 五行相剋:臟腑之間互相制約的關係，木剋土、土剋水、水剋火、火剋金、金剋木。[22]
- 邪氣與正氣交戰，決定發病及疾病的發展變化。又稱為「正邪分爭」。
- 「邪氣」泛指各種致病因素，「正氣」指人體的自我修復調節能力、適應環境能力、抗病能力等。
- 「正氣不足」是發病的內在依據，即「邪之所湊，其氣必虛」、「正氣存內，邪不可干」。
- 體質、情志、地域、氣候等，與發病有密切關係。
- 病機是疾病發生、發展與傳變的機理，又稱「病理」。
- 基本病機包括：邪正盛衰、陰陽失調、氣血失常、津液代謝失常
- 內生五邪，包括：風氣內動、寒從中生、濕濁內生、津傷化燥、火熱內生
- 病位傳變，包括：表裡出入、六經傳變、三焦傳變、衛氣營血傳變、臟腑傳變等
- 病性轉化，包括：寒熱轉化、虛實轉化等
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《湯液經法》學派是自殷商以來傳承的中醫學派，經方派代表[23]。這一套理論與儒家派生的今文經學派有相當大的差別。例如《湯液經法》學派之中沒有五行理論，採用南島民族祖宗的「連山」「歸藏」十六卦學說，而且當中陰陽是與今文學派顛倒的。以下的理論還原是出自香港歷史學家陳振銘「由《輔行訣臟腑用藥法要》到香港當代新經學」。[24]
《湯液經法》學派以「立竿測影」之法，定日影之長為陽，日影之短為陰。
推導出：
立春為少陰之陰巽，春分為少陰之陽坎。
立夏為太陰之陽艮，夏至為太陰之陰坤。
立秋為少陽之陽震，秋分為少陽之陰離。
立冬為太陽之陰兌，冬至為太陽之陽乾。
春候溫、夏候熱、秋候涼、冬候寒。 春為少陰溫火、夏為太陰熱金、秋為少陽涼木、冬為太陽寒水。
春脈大，夏脈浮，秋脈細，冬脈沉。
四正者，脾肺肝腎。 四隅者，胃心膽腸。
南方為龍、北方為鳳、東方為龜、西方為麟。
春金為脾胃、夏木為肺心、秋水為肝膽、冬火為腎腸。
立春為胃金，色白坤。 春分為脾金，色黃艮。 立夏為心木，色綠離。 夏至為肺木，色青震。 立秋為膽水，色黑乾。 秋分為肝水，色藍兌。 立冬為腸火，色洋紅坎。 冬至為腎火，色紅巽。
春金為脾、夏木為肺、秋水為肝、冬火為腎。 味辛皆屬木、味鹹皆屬火、味酸皆屬金、味苦皆屬水。
肺主氣，腎主血，脾主精，肝主津。
肺主喜，脾主怒，肝主憂，腎主恐。
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在診斷治療疾病時，採取辨證論治的方法，即將望、聞、問、切四診收集到的資料、症狀和體徵，通過分析、綜合，辨清疾病的原因、性質、部位、以及邪正之間的關係，概括、判定為某種性質的「證」，以探求疾病的本質，從而得出結論，並在此基礎上確定治療原則與具體治法。這種方法既不同於簡單的局部對症治療，又有別於不分主次、不分階段、不分性質、一方一藥治一病的辨病治療方法。
治療手段和方法豐富多采，既有一般內服藥物的內治法，又有藥物外敷、熱熨、熏洗等外治法，以及獨特的針灸、拔罐、推拿、按摩、氣功、布氣等非藥物療法，還有以藥膳為代表的日常食品療法。
一般而言，完整的中醫處方，至少包括四項以上：情治（情緒控制）方面的指導；忌口（飲食應注意的事項）；運動的建議（游泳、跑步、導引、氣功等）；中藥的使用，或針刺、艾灸（前二者統稱針灸）、推拿等。故中醫在治療疾病時，是以身心合一的角度全盤考量。
上世紀來還湧現出了一批中藥注射劑，被用於肌肉和靜脈注射。此外，絕大多數藥物均為天然動、植、礦物，非人工合成之化學品，加之多為複方製劑，配方時可採用相應的拮抗措施。
自周朝起有食醫、疾醫、瘍醫、獸醫之分。隋唐的太醫署分醫學及藥學，醫學設四科，即醫科、針科、按摩科、咒禁科；醫科又分體療、少小、瘡瘍、耳目口齒、角法等五科。宋太醫局的醫學教育初分方脈、針、瘍三科，宋神宗以後分為九科，即大方脈、小方脈、風科、產科、眼科、口齒兼咽喉科、瘡腫兼折傷科、針兼灸科、金鏃兼書禁科。元太醫院分十三科後併為十科：即大方脈雜醫科、小方脈科、風科、產科兼婦人雜病科、眼科、口齒兼咽喉科、正骨兼金鏃科、瘡腫科、針灸科、祝由書禁科。明太醫院分為十三科：即大方脈、小方脈、婦人、傷寒、瘡瘍、口齒、咽喉、接骨、金鏃、眼、針灸、按摩、祝由。清太醫院初分十一科，之後併為九科：大方脈、小方脈、婦人、傷寒、瘡瘍、口齒咽喉、正骨、眼、針灸。道光二年（1822年）上諭：「針刺火灸究非奉君之所宜」，敕令太醫院廢止針灸科。同治朝將大方脈、婦人、傷寒併為一科，故只分五科。
古代中醫學按治療方式分為內醫、外醫之分。
- 內醫：內醫的治療目的在於合，現代延續了部分內醫。
- 外醫：外醫的治療目的在於驅病（驅邪），現代絕大部分已經失傳。
現代中醫學則可分基礎醫學及臨床醫學兩大部分：
- 參見：中醫典籍
中醫典籍可分為醫經、醫論、本草、醫方、醫案、醫話等，例如《黃帝內經》、《難經》、《傷寒論》、《金匱要略》、《神農本草經》、《備急千金要方》、《本草綱目》、《名醫類案》。
《漢書·藝文志》中，將醫家分為「醫經」、「經方」、「神仙」、「房中」四大流派。發展至今，可分為八大流派：傷寒學派、河間學派、易水學派、攻邪學派、丹溪學派、溫補學派、溫病學派、中西匯通學派。
從古至今，知名的和傳說中的中醫學家有：（參見：中醫學家列表）
岐伯、扁鵲、張仲景、華佗、王叔和、陶弘景、孫思邈、宋慈、劉完素、張從正、李杲、朱震亨、張景岳、傅山、葉桂、陳修園、曹穎甫、余無言、唐容川、秦伯未、章次公、趙紹琴、張簡齋、施今墨、程門雪、蒲輔周、左季雲、鄭壽全、談允賢等。
自從近現代醫學（又稱西洋醫學）隨著傳教士由歐洲傳入中國之後，兩種醫學體系的競爭與融合就一直在進行。
世界上的醫療體系大致上可分成：
「擬人論醫學體系」（神學）：認為疾病的發生是由於超自然物（神靈）力量所造成的，如撒但、鬼、神祇等，巫醫、乩童、符咒等即屬於此類。
「自然論醫學體系」（經驗醫學）：認為疾病的發生是由於自然環境的變化或人的生活方式不正常所造成的，如氣候的變化、飲食習慣、人的情緒變化等。中醫學、壽命吠陀、順勢療法等即屬於此類。
「科學論醫學體系」（實驗設計）：經由設立假說、實驗設計，並利用演繹、歸納等方法呈現結果，或藉由科學儀器偵測所產生的醫學，是近現代醫學的主流，例如西醫。
其中前面兩者被歸類為傳統醫學或替代醫學，而後者則屬於現代醫學的主流。
這三種類型的醫學對世界的認識有本質的區別，底層觀念不同，所以互相之間基本無法交流溝通：
「擬人論醫學」的世界裡，人是自卑的，一切的真理，宇宙的奧妙，是掌握在無法揣度的神秘力量手中的，人類想獲得某種期許，只能求告這種無法掌控的神秘力量。
「自然論醫學」的世界裡，人是自負的，認為宇宙運行在簡單的原理之中，該原理普世通用，人體的一切奧秘也遵循其中。只要掌握了該原理，世界上的一切問題都可以分析解決，醫學也不例外。並且認為原理已經被發現掌握，人們只需要遵循執行，便可以解決任何問題。
「科學論醫學」的世界裡，人是不卑不亢的，對客觀世界的觀察實證是唯一標準。因事物的運行是客觀且有規律可循的，人們通過經驗、邏輯、實證的方式，可以將生物體的現象進行歸因，從而掌握規律，獲得處理某些問題的能力。
中醫診斷疾病是依望聞問切的結果來辨病及辨症，但也有只辨病不辨症（例如急症或有專病專方時），或只辨症不辨病（例如遇到不知名的疾病、疑難雜症、或調理體質等）的情況。與現代醫學在診斷上注重「病」的方式不同的是，中醫常會強調「辨（症）」。
以感冒為例，現代醫學醫師會分辨究竟是病毒性或是細菌性的感染，會鑑別是上呼吸道感染或是合併肺炎；但這些診斷對中醫師而言，卻不是最重要的。以中醫的觀點，需要分辨的是，這是屬於風寒或風熱；若屬風寒則又辨屬於太陽病、陽明病或少陽病；屬風熱則辨別病邪在衛氣營血的哪個階段等。
中醫主要通過中藥、針灸等治療方法，幫助人體驅除病邪，恢復正氣。其思維可簡約為攻補二類，依病情不同，施行攻或補、或攻補兼施。傳統上，臨床進行攻補有八個方法，即「汗、吐、下、和、溫、清、補、消」，稱為八法。
中醫學的價值之一在於方劑，藥方是醫者的經驗結晶。中醫學本身發展的過程即是實驗的醫學，尤其是經過無數的醫家數百年，甚至上千年來的臨床人體實驗反覆使用，證實實際有效而被記載流傳下來的經方、時方等。直接面對疾病，掌握主症，選擇對症的方劑進行加減，不拘泥於理論，以治療疾病，這是中醫精髓辨症論治的本來面目。
現代中醫也有使用中西醫結合的治療方式，尤其在中國大陸，利用現代醫學檢測方法輔助診斷，中醫師可兼用中藥與西藥為病患治療。2020年開始，中國大陸所有臨床醫學專業都有必修的中醫學科目，相當於要求現代醫學醫師也要有少量中醫基礎。[25]
中華文化圈中，通常有些病人在患頑固疾病，慢性疾病，和原因不明疾病等疾病時，或者因為現代醫學的發展所限，或者是患者所能獲得的醫療資源所限，沒有治療的辦法時，會求助於中醫。但絕大多數人在外科、及病情惡化快速的嚴重病變的情況下求助於現代醫學。
一種疾病可否治癒、其可能性多大，在現代醫學中比在中醫中有明確的統計數字可依循。
傳統上，中醫藉由脈象及病人服藥後症狀的變化等來判斷療效。有些中醫認為中醫學很難進行對比試驗，但現代研究中醫學的學者，亦建立多種實驗動物模型或進入臨床人體實驗，進行對比試驗，來驗證方劑或中藥的療效。
現代醫學的治療方法和藥劑則是要通過科學的對比試驗（比如使用安慰劑對比）來確認效果。
近年在台灣，各大教學醫院或地區醫院均普遍開設中醫部，並承擔中醫藥臨床試驗的任務。例如：2006年9月24日舉辦的「二〇〇六中醫藥研究暨臨床病例學術研討會」上，長庚醫院北區中醫部主任楊賢鴻發表「辛夷散治療過敏性鼻炎隨機雙盲臨床療效評估」，在為期兩年的雙盲實驗中，共收集108位病患，完成整體實驗共有60位，其中包括實驗組40位、對照組20位，並針對臨床症狀、鼻腔阻力、鼻腔截面積、塵蟎特異性免疫球蛋白、T淋巴球細胞激素之分泌等各項指標進行統計分析。結果顯示，辛夷散對過敏性鼻炎患者有臨床療效，此療效之機轉包括T細胞的免疫調節及嗜中性白血球活化的影響[26]。這是中醫藥科學與其醫療價值驗證的眾多科研舉證之一。而其它具代表性的中醫科研驗證結果也在中華民國行政院衛生署中醫藥委員會網站有公開而詳實的記錄[27]，提供有興趣者一窺中醫與臨床的成效。
對中國的臨床實驗情況，可暫閱：楊忠奇. 中国中医·药物临床试验蓝皮书. www.sohu.com. 2018.。
中醫的典籍大多成書於古代，如成書於戰國時期的《黃帝內經》、東漢的《傷寒論》、明朝的《本草綱目》，使用文言或古人的口語、歌訣記載，今人不易了解，而增加傳播的難度。古代中國官方亦不斷蒐集修訂各類中醫典籍，成為官修醫書，並設有考試制度，而在民間則多以師帶徒或家傳的方式傳承。近現代則成立中醫藥大學或學院等，對中醫學進行的系統整理、研究、教學，而在民間也保留部分師帶徒及家傳方式。
中醫和現代醫學一個非常不同的地方在於中醫注重古人的經驗。中醫醫生推崇中國古代醫書，相反現代醫學的研究者則更著重醫學的發展。
現代醫學不斷推陳出新、開放新藥品。中醫則一方面對古代秘方，醫書進行挖掘、蒐集、考證、從中吸取古人的臨床經驗，並繼續加以檢視及運用，另一方面也不斷以經方或時方為基礎，針對不同的疾病在臨床上進行加減，研製新的方劑，或藉由改變劑型，例如中藥注射製劑，來擴展方劑的治療範圍或加強其療效。
現代醫學則是根據成文的知識體系進行，如果某種治療方法或藥劑不對或有效，這種知識能很快得以傳播。現代藉由網路及傳播媒體的發達，以及中醫藥大學、中醫藥研究所的設立，中醫的各種典籍及資訊亦逐步電子化而得到快速傳播。
一般認為[誰？]有經驗的老中醫醫術較高明，經驗對療效有明顯的決定作用。由於中醫強調的辨症，借用中國哲學中陰陽五行的詞彙來描述，使得經驗很難以被了解。而在醫經、本草、醫案、醫話等各類中醫典籍中，均詳細記載了各種方劑、中藥的使用時機、炮製法、使用禁忌、副作用、誤用後的症狀及救治方法等，例如清陳修園在《神農本草經讀》卷四·馬兜鈴的註解中，提到「今人惑於錢乙補肺阿膠散一方，取用（馬兜鈴）以治虛嗽，百服百死」。
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在中國，對於中醫學是否屬於科學的問題，始終一直爭論不休。學術界的爭論可追溯到19世紀末，現代醫學傳到中國之後，一些主張醫學現代化的人士，主張廢除中醫，中醫學連帶受到巨大的挑戰。直到今天，中醫學是否歸屬於科學、及中醫藥是否有效等，仍倍受主流科學界的質疑。
1879年，俞樾發表《廢醫論》最早提出了廢除中醫中藥的主張。在1915年江蘇的袁桂生將「廢五行說」作為一項提案交神州醫藥總會討論，題為《擬廢五行生剋之提議》[28]。據 醫學捌號樓 稱可能是最早的提出廢除五行理論的文章。
1926年，魯迅曾撰《父親的病（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）》一文，批判了中醫存在的一些問題。
1929年，國民政府通過了余雲岫提出的《廢止舊醫以掃除醫事衛生事業之障礙案》。但在全國輿論壓力下，國民政府隨後收回成命[29]。
2005年，中南大學張功耀教授在《醫學與哲學》雜誌上發表了《告別中醫中藥》。
中國官方的說法認為中醫學是一門科學。針對中醫不科學的說法，荊志偉認為「2005年11月19日國家將中國中醫研究院更名為『中國中醫科學院』，也是對此等論爭的回擊。」[30]董建棟認為「在現代科學劃界標準下當屬於非科學範疇，而與偽科學截然不同」[31]。孫學剛等認為按照薩伽德的科學劃界標準，亦「不能說中醫學是一門科學」[32]。
尚有一些人認為，中醫源於古人對人體與自然規律的感性及感官認識，其本質並非狹義的科學（但可以用適當的現代科學方法去研究和發揮部分的中醫理論），但它有超脫科學的一面。而「不是科學」無法否定中醫療法的療效，若據此斷然否定中醫，我們將失去很多可貴的文化資產[33][34][35]。
另一些人，如方舟子，認為中醫宣稱的療效也是值得懷疑的[36]。因為沒有經過現代醫學所認可的大樣本雙盲實驗數據的支持，無法排除安慰劑和人體自體免疫的影響。並且他指出一些中醫信奉的典籍有較多的荒謬錯誤，以及很多中醫藥方並非來自臨床經驗，而是來自取像比類的巫術思維。[37]
當前，許多科普媒體，如果殼網、丁香醫生[38]等等，以及許多科普作者和部分網民，也對中醫持否定立場。如否定中醫的理論意義和療效，或主張廢除中醫的理論並利用現代科學方法檢驗與解釋中醫的某些治療手法或藥物的效果（簡稱「廢醫驗藥」）。
2019年，香港歷史學家陳振銘在「由《輔行訣臟腑用藥法要》到香港當代新經學」[24]指出了陰陽五行的儒家政治哲學來源，還原了《輔行訣臟腑用藥法要》中關於《湯液經法》的內容，而且否定了《黃帝內經》與陰陽五行理論作為中醫基礎理論的地位。
1929年在一場廢除中醫的嘗試因受到抵制而失敗之後，上海中醫藥界人士為了慶祝這一勝利，把每年3月17日定為「中國國醫節」。這是和中醫學相關的節日。
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