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清軍、清兵、清朝軍隊指，自1616年努爾哈赤稱汗建國後金至1912年清帝遜位時，清朝政府所有及效忠於它的武裝力量。兵種以陸軍為主，兼有清朝水師，以及清末的空中部隊。
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1601年（明萬曆二十九年），努爾哈赤將其部分為四旗。1615年時擴建為八旗，是為八旗制度初建。1616年，努爾哈赤稱汗自立，建國後金。所謂八旗制度，乃軍政合一、兵民合一。旗民以兵為業，世代為兵。成為清朝軍事之核心。
1618年（萬曆四十六年），努爾哈赤以「七大恨」誓師討明。1619年〔萬曆四十七年〕，於薩爾滸之戰以6萬八旗擊敗明軍47萬，是中國史上著名的以少勝多的戰役。1626年，努爾哈赤於寧遠一役中遭明軍重創，不久逝世。努爾哈赤的繼承人皇太極繼續征明，卻再次於寧遠慘敗。只得開闢第二戰場，屢次南侵，同時進一步推廣八旗制度，征服漠南蒙古察哈爾部，收降明朝降將，建立起蒙古八旗與漢軍八旗。
八旗制度是清代特有的一種組織形式和軍事制度。旗人包括旗下士兵和戶籍被編制在八旗軍隊中的家庭成員。與全國範圍內由各級官府管轄的民人（普通百姓）不同，旗人由各地八旗駐防將軍或都統管轄，並擁有一定的社會地位。清代旗人「不分民族，但問在旗」。儘管八旗有滿洲、蒙古、漢軍之分，但他們都是基於同一套制度之下，因此差異不大。
旗人的身份絕大多數情況下終身不變[註1]，所屬旗籍亦基本世代固定[註2]。旗人因戰功而獲得的職位可以世代承襲，例如，每旗下屬的眾佐領通常都是世襲職位、健銳營的軍職也是旗人世襲。其所居之地若未經朝廷調換都是固定的。以京師八旗為例，兩黃旗住北城，兩白旗住東城，兩紅旗住西城，兩藍旗住崇文門和宣武門以裡。在非東北地區的駐防八旗（分佈在如杭州、成都等大城市）則設立「滿城」供旗人居住，與非旗人所居住之地相隔離，普通人甚至當地總督、巡撫均無權過問。旗人與非旗人之間按規定亦不能通婚，稱為旗民不結親。但事實上一定規模的旗民通婚卻從未中斷過，至道光之後，旗民通婚實質上被朝廷默許。直到光緒二十七年（1901年）十二月二十三日，慈禧太后發佈懿旨，才正式廢除了旗民不結親的習俗。
旗人不得務農或經營工商業，每月錢糧由朝廷供給，號稱「旱澇保收」的「鐵桿莊稼」。康熙年間定製：前鋒、護軍、領催，月餉4兩，馬兵3兩，年餉米46斛（23石）；步兵領催月餉2兩，步兵1兩5錢，年餉米22斛（11石），出兵時另有行糧。隨著清朝中後期旗下人口的增加，勢必不可能每一個人都能吃糧當兵，故未能當上兵的旗人就成為八旗閒散，過著游手好閒的生活。除了吃糧當兵之外，旗人還可以參加科舉。旗人有自己的專屬學校。宗室、覺羅有八旗覺羅學；內務府出身之人有咸安宮官學、景山官學；正身旗人有八旗官學。旗人根據自己地位的不同，進入相應的學校學習，之後參加科舉考試。
旗人有一套相對獨立的司法系統。旗人犯罪由特定機關審理。京師普通旗人由步軍統領衙門審理、皇親國戚由宗人府審理、民事案件則由戶部現審處審理；地方官員可以審理當地涉及旗人的案件，但無權判決，只能提出審理意見，交由相應的審判機關——理事廳處理，理事廳是類似現在「軍地聯絡辦公室」之類的機構，專門負責協調八旗駐軍和地方關係，官員也都由旗人擔任。另外，旗人與非旗人同樣犯罪，同罪卻不同刑。《大清律例》規定：旗人犯了徒刑，一年只折合枷號五天。也就是說，非旗人犯了徒刑被判刑一年，同罪的旗人只要關五天就可以了。
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入關以後，八旗軍無力駐防新近征服的領土，將收編漢人部隊組成職業兵，為與八旗相區別，以綠旗為標誌，以營為單位，故稱綠營。
至於水師，與中國歷朝一樣，清朝視水師為陸軍之輔。加之滿洲以騎射為本，故不善水戰。入關初期，在對抗鄭成功等海上抗清勢力時，往往力不從心。1636年（天聰十年），皇太極征東海女真瓦爾喀部，即開始造戰船。1651年（順治八年），令沿江沿海各省循明制，各設水師，其編制與陸軍一致[參1]。此為清設水師之始。內河防務以長江為主體，沿岸各設水師。海防上，因清初海禁，又防台灣鄭氏等反清力量，以致海防廢弛。即使在平定明鄭後，仍受海禁影響，水師多以防禦為主，缺乏攻擊性戰艦[參2]。
康熙時，清軍先後平定三藩之亂（1673年1681年），遠征台灣（1683年），1652年到1689年於雅克薩戰役擊敗俄國，1696年平定噶爾丹。乾隆時，更有「十全武功」，清朝軍事力量達到極盛。
入關之後，八旗享有種種政治、經濟特權，賜與莊田，但大部分旗人不得務農，由國家給糧。八旗子弟往往安圖享樂，又缺乏訓練，幾代之後，完全喪失了戰鬥精神。乾隆朝後，八旗腐化更為嚴重。入關時，八旗兵約十二萬人，嘉慶時，已有二十萬，加之家屬，有一百五十萬之多[參3]。因國家餉糈有限，致使旗人生計日艱。八旗遂成為國家一項沉重負擔。
八旗腐化後，大小戰事皆由綠營負責，三藩之亂時即以綠營為主力。乾隆嘉慶兩朝，綠營總兵力達八十餘萬，成為全國軍事支柱。但乾隆後國內太平已久，綠營本身也有種種弊病，其內部也逐漸腐化。
除八旗綠營腐化外，乾隆時寵信貪官和珅，軍中官吏敗壞，也削弱了軍隊的戰鬥力。1795年（乾隆60年），鎮壓苗民起義時，清軍尚有戰鬥力，但清軍統帥如福康安等卻假傳捷報，以軍餉濟私囊。1796年，川楚白蓮教之亂爆發，正規軍已無力作戰，部分將領假傳捷報，甚至屠殺平民以換戰功，致使教亂一再擴大[參4]。
在鎮壓白蓮教的戰鬥中，不熟悉地形且不善游擊戰的清軍不得不依靠地方民團和僱傭兵。1799年清廷宣布承認地方民團。叛亂結束後，大約有萬餘地方民兵加入綠營[參5]。民團逐漸進入清帝國的正規軍事體制之中。
太平天國運動（又稱太平天國之亂）是清朝軍事的分界點。1851年（咸豐元年）11月11日，洪秀全等人在廣西金田宣布起義，到1853年太平軍攻破江寧，改稱「天京」，定都於此。戰爭初期清軍失敗的事實證明以現有的正規軍擊敗叛亂是毫無希望的，地方官員便開始轉而支持地方團練。
1852年12月，曾國藩就任湖南「團練大臣」，他整合了境內各支地方武裝，組成後來被稱為湘軍的地方部隊的核心。當1860年5月作為清軍主力駐紮在南京城外的江南大營第二次被攻破後，湘軍的重要性逐漸提高。清政府於1860年6月任命曾國藩為兩江總督和欽差大臣，指揮長江下游的軍事作戰。同年，他的門生李鴻章受命於安徽淮河一帶編練軍隊，1862年，這支被稱之為淮軍的部隊正式投入戰鬥。
除湘軍和淮軍外，外國力量也加入了鎮壓太平天國的戰鬥。除組建中外混合部隊如常勝軍外，英法軍隊亦參加了一些戰鬥。而太平天國在天京事變後，元氣大失，戰局得以扭轉。1864年〔同治三年〕，天京城破。太平天國運動的主力結束。
太平天國後，捻軍仍流竄在華北，至1868年才被平定。1863年蒙古僧格林沁親王在與捻軍的戰鬥中死亡，曾李等人的勇營便成為惟一有能力鎮亂的部隊。同時，一大批新的勇營部隊如豫軍、東軍、滇軍、川軍（與民國時的川軍無關）也建立起來[參6]。地方營勇部隊成為清王朝的軍事支柱。
太平軍時期外國武裝的強大給曾李等將領以深刻的印象。1863年5月，在目睹了常勝軍攻破太倉城（僅用了4個小時）後，李鴻章寫信給曾國藩，宣稱「西洋炸炮，戰守攻具，天下無敵」，「若火器能與西洋相埒，平中國有餘，敵外國亦無不足」[參7]。
洋務運動的興起更促進了清朝軍事的現代化。在這樣的環境下，歐洲教官被聘請來幫助操練帝國軍隊，一些兵工廠也建立起來。清政府亦試圖重振其八旗、綠營軍。在中央，清政府擴大並改善了裝備西方武器的神機營，力圖使這隻歸朝廷直管的部隊能勝任守衛京師的重任。地方上，清政府在廣州（1863年至1866年）、福州（1865年至1866年）、武昌（1866年至1868年）三個城市聘用外國教官操練八旗和綠營[參8]。1866年清帝批准了在直隸大規模重新訓練綠營的計劃，最終組成了一支新的「練軍」，這一計劃在1871年被推廣到各省。
清政府的努力並沒有起到其預想的成效。在19世紀80年代，綠營軍約有40餘萬人已經裝備了較現代的武器[參9]，足以維持帝國內部的安寧，但在面對外部威脅時，勇營仍是能發揮作用的唯一工具。儘管神機營已有三萬之眾，但1870年天津教案後與法國關係緊張時，清廷不得不調集李鴻章的淮軍來加強京師的防務[參10]。
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嘉慶時由於東南沿海海盜泛濫，就有學者開始注意海防[註3]。鴉片戰爭後在面對西方炮艦時，清朝水師一戰即潰的事實更令少數官員學者震驚，意識到東西差距。魏源在其《海國圖志》中強調清政府應效仿西方建立起一支新的海軍，著名科學家鄭復光寫出了《火輪船圖說》以介紹西方軍艦（收錄於《海國圖志》中）。
在鎮壓太平天國時，曾國藩為其湘軍建立了附屬的內河水師（1853年，咸豐三年），至1864年（同治三年），在曾國藩建議下，清廷成立「長江經制水師」，制提督一人。長江沿岸各地水師得以統一。
太平天國興起時，西方國家不僅在陸軍上也在海軍給予清政府以幫助。1862年，清廷批准了由英國幫助清朝購買炮艦的計劃。次年，一支八艘戰艦組成的，由英國皇家海軍阿思本（Sherard Osborne）上校指揮的艦隊抵達中國，但卻由於指揮權的爭執，最後只得解散[參11]。這樣中國海軍的現代化就被推遲了。
直到洋務運動時，在地方疆臣的推動下，才開始有新建海軍的動作。1866年，清政府在福州馬尾成立總理船政事務衙門，以沈葆禎為船政大臣。同年，李鴻章要求其江南製造局建造炮艦。1868年8月，第一艘中國製造的蒸汽軍艦「恬吉」號在南京下水[參12]。1869年，「萬年青」（又稱「萬年清」）在福州下水[參13]。但由上海和福州製造的船隻不僅在質量上無法與外國船隻相比，就費用而言也比外國船隻貴得多。到1875年，江南製造總局中止了其造船計劃[參14]。於是李鴻章等官員便著手從國外買船。為人所熟知的定遠、鎮遠兩戰艦即為外國製造（1880年向德國伏爾鏗造船廠訂造）。至1882年清王朝擁有約50艘西式戰艦，其中半數為自造[參15]。
人事上，早在1867年即建立的福州船政學堂是新建海軍最主要的軍官來源。在沈葆楨和丁日昌離開船政局後，福州船政局開始衰落。作為代替，1880年，李鴻章在天津成立了天津水師學堂。後來又有張之洞1887年建立的廣東水陸師學堂，曾國荃1890年於南京建立的南洋水師學堂。
1885年10月清政府宣布成立海軍衙門，以醇親王為總理大臣。海軍衙門的成立並不意味著新式海軍的統一。洋務運動中最終建立了四支艦隊：受北洋大臣節制的北洋水師，受南洋大臣節制的南洋艦隊，受福州船政局節制的福建水師，受兩廣總督節制的廣東水師，但四隻艦隊互不統屬，獨立作戰。其武器、船隻、訓練也各不相同。這一缺點在後來的幾次戰爭中負面影響甚重。除管理外，另一個問題在財政上。當慈禧太后為了其豪奢的皇家宮殿和大壽而胡亂花錢時，海軍衙門便成為其重要的經費來源。1891年清廷公然建議頤和園的建設款項應取自海防捐款和駐外使團專款。這樣，在1890年後，作為海防主力的北洋水師即已「停購船械」了[參16]。李鴻章自己也稱「自光緒十四年（1888年）後，並未添購一船。操演雖勤，戰艦過少」[參17]。
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太平天國後，民族矛盾被進一步激化。雲南（1856-1873年，又稱為班賽叛亂）和陝甘地區（1862-1873年，又稱為東干之亂）都爆發了回民叛亂。在新疆，情況更為嚴峻。在浩罕將軍阿古柏入侵新疆前，清政府在在這裡的統治早已一片混亂[註4]。
阿古柏於1865年入侵新疆，到1870年底，他已經取得了吐魯番和迪化，控制全疆。與此同時，俄國軍隊在1871年出兵占領了伊犁[註5]。在清朝軍隊能夠開進新疆之前，還必須打敗陝甘的叛軍。欽差大臣左宗棠在1867年抵達陝西，直到1873年才肅清這裡的叛軍。由於清廷決策的問題以及運輸線路和軍費的安排，左宗棠在1876年才實際向新疆發兵。
在清軍強大的攻勢下，阿古柏的王國迅速地瓦解。左宗棠本人的戰略決策是取勝的重要原因，清軍裝備的現代武器也尤為重要。相反，他的對手此時已經十分虛弱。事實上，阿古柏的軍隊士氣很低，而徵稅官員的暴政也在民眾中激起了不滿情緒，浩罕在1876年被俄國吞併則使他失去了主要的外援。清軍收復吐魯番後不久，阿古柏在庫爾勒死去，他的王國馬上四分五裂。到1878年清軍已經收復了除伊犁外的全部失地。經過漫長的談判後，1881年俄國歸還了伊犁。
新疆之戰勝利後，接著的中法戰爭（1883-1885年）是對清王朝洋務運動時新式陸海軍計劃的第一次外部考驗。戰爭是因法國入侵清朝藩屬的安南而引發的。儘管陸戰上劉永福的黑旗軍在東京取得了一系列勝利，劉銘傳在台灣擊退了法軍。但清朝卻在海戰上一敗塗地，福建水師的22艘戰艦連同著名的馬尾船廠不到一個小時就被法國海軍少將孤拔摧毀（1884年8月23日）。就連清軍在越南取得的許多勝利，都是有誇大之嫌的：在越南戰場上清軍的傷亡經常是法軍的數倍[參18]。最終，僵持不下的雙方於1885年6月議和。
中法戰爭暴露出了清朝軍事體制的弊漏。領導層的優柔寡斷和舉棋不定是戰敗的主要原因。海軍的混亂也是值得注意的，戰後清廷建立了海軍衙門，試圖解決這一問題。另外，中法戰爭也讓清廷意識到台灣的重要性，戰後於台灣建省，由守台有功的劉銘傳任巡撫。安南的喪失也反映了清帝國的虛弱。英國於次年入侵緬甸，強迫這個清朝的朝貢國成為它的保護國。1894年日本也出兵朝鮮，甲午戰爭爆發。
戰爭中清軍節節敗退。日本軍隊只用了一個多月就進軍到平壤（1894年9月15日），控制了朝鮮半島，並迅速入侵東北，於11月21日攻陷旅順港。在海上，日本聯合艦隊在鴨綠江口的黃海海戰中決定性地擊敗北洋水師（9月17日），取得了制海權。隨即向山東、台灣增兵，最後，北洋水師母港威海衛淪陷（1895年1月10日），清朝敗局已定，被迫簽定《馬關條約》。
甲午戰爭的慘敗標誌著30年洋務運動的失敗[參19]。在戰前，國際社會相對看好清朝[註6]，但日本迅速的攻勢打破了人們的幻想。日本自明治維新以來，現代化進程已遠超過中國，1872年建立的現代徵兵制激發了國民意識，1878年成立的參謀本部以及鐵路網的修建也加強了日軍的作戰能力。相反中國方面顯得相當落後，中央和地方決策不一，行動遲緩，也沒有大規模的動員，作戰幾乎全憑李鴻章一人。而作為主力的北洋水師儘管規模巨大，但訓練和裝備都與日軍有很大差距。事實上，戰前李鴻章自己都認為戰勝日本人的把握很小，即所謂「自守有餘，作戰則頗不足」[參17]。
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在1898年6月短暫的戊戌變法中，有過關於軍事改革的建議，維新派要求訓練一支現代化的陸海軍，組織團練並建立保甲制度。變法的失敗使得這些提議都只能停留在紙面上，在重新掌權的守舊派影響下，排外的情緒被激起。朝廷決定支持排外的秘密團體義和團[註7]。在朝廷的默許下，拳民開始襲擊外國人並毀壞鐵路和教堂等設施。到了1900年，局勢的混亂使得列強驚慌失措。最後，歐洲海軍分遣隊在天津登陸，清廷隨即對各國宣戰（6月21日）。到8月14日，八國聯軍已攻下北京，救出了被困的使館人員，而帝國朝廷則逃離京師，之後被迫簽訂《辛丑條約》。
義和團的失敗對保守派打擊很大，而《辛丑條約》更加深了民族危機。為挽救危局，清政府決定實施改革，即「清末新政」。軍事上的改革是新政的重點。甲午戰後，北洋大臣袁世凱在華北組建了「新建陸軍」，兩江總督張之洞在南方組建了「自強軍」，但清政府卻沒有給予足夠的重視。這時，這種西式部隊被證明是非常有用，且值得推廣的。清廷在1904年公布了建立由36個鎮組成的常備軍的計劃，而原有的綠營部隊在1901年即開始裁減，到1906年改編為巡營（在1907年改稱為巡防營）。這些部隊在平時維持治安，戰時則作為輔助部隊。同時，政府取消了舊式武舉，而在各省建立武備學堂，以培養新式軍官。
另一個措施是加強海軍和建立參謀機制。北洋水師的喪失本是海軍建設的一大挫折，經庚子一役，諸海軍基地又相繼喪失[註8]，清帝國已無海防可言[參20][參21]。1909年，清政府決定成立海軍處，並將殘餘的水師戰艦統一重編成巡洋和長江兩艦隊。又在1910年改海軍處為海軍部，力圖重振海軍[參22]。參謀機制上，在1907年即仿照西製成立了參謀部門軍咨處，隸屬陸軍部之下。為了把軍事管理和指揮分開，1911年年決定把它升格為獨立於陸軍部外的軍咨府[參23]。但清帝國沒來得及看到這些改革的成效就壽終正寢了。
負責軍事改革的中央機構是1903年成立的練兵處，它在1906年被併入新立的陸軍部，其尚書和左右侍郎都是滿人。清廷還試圖削弱地方督撫的權力，1907年，擁有廣泛權力的袁世凱和張之洞就在明升暗調中被剝奪了軍權。1908年後執掌大權的攝政王載灃（醇親王二世）決定進一步加強對軍隊的控制[註9]，在1909年的一道上諭中，他宣布自己（代表年幼的皇帝）對軍隊行使最高統帥權，他還把自己的兄弟任命為海軍處和軍咨府的管理大臣。[參24]。
到清帝國滅亡前夕，其陸軍可以號稱100萬，但大概只有60萬戰鬥人員，其中只有17.5萬人是現代化的新軍[參25]。可以看出，改革並沒有起到其預想的效果。一個原因是財政上的困難，庚子拳亂後，清政府已經無法在軍事上投入多少費用了。而地方督撫也因清政府試圖削弱他們的權力而反對改革。保守的滿洲官僚更不可能支持改革，比如陸軍部尚書滿人鐵良，他在1910年辭掉了這個職務。事實還證明，清政府不可能建立起一支既強大又忠於清帝的軍隊，加強對各地軍事控制的努力也失敗了。各支部隊是不統一的，裝備和素質都不同。直隸的北洋陸軍很長時間裡都被認為是忠君的，而南方的新軍則相對地傾向於革命[參26]。儘管清王朝試圖建立一支維護其政權的部隊，但它恰恰是被新軍推翻的，而在1917年企圖恢復帝制的張勳的部隊，卻也是新軍的一支。
與軍事改革一樣，清政府在其它領域的改革也陷入了泥潭。新政不僅要引進西方的經濟和軍事體制，更重要的是建立起西方的立憲政體。但憲政改革卻是不得人心的，革命派把立憲改革當成是掩蓋清政府專制的裝飾品，立憲派也對清廷關於改革的遙遙無期的許諾失去了信心，反滿的情緒遍布於各地，各種革命團體也紛紛建立起來。小的起義和民眾運動接連不斷，大的革命則在醞釀之中。1911年10月10日，駐漢口的湖北新軍發生兵變——這支部隊中的許多人之前就被革命派爭取過來，儘管缺乏配合，但革命活動仍在幾個月內襲卷全國。擁護清朝的巡防營和八旗衰弱到已無力鎮壓革命，清廷指望的北洋軍隊統帥袁世凱（起義爆發後他即被重新啟用）也在和革命軍和談。最後，在得到袁世凱對於清朝宗室和旗人優待的承諾後，清皇室決定主動退位，於是，宣統皇帝在1912年2月12日頒布了退位詔書。清帝國宣告結束。
清末的改革留下了許多遺產，影響遠及民國和中華人民共和國。清帝國崩潰前夕，全國已建立了近七十所新式軍事教育機構，培養了大量的人才[參27]。後來成為國民黨領導人的蔣中正是保定軍校的學生；劉伯承、朱德分別在成都和昆明的武備學堂學習過，他們後來成為中華人民共和國元帥。
更為深遠的影響在軍人的地位上，經過改革，軍人的社會地位提高了，成為一個強有力、有影響的集團。新式教育是促成這一變化的主要原因，在一般的新式軍校中，學員不僅要學習軍事知識，還被要求掌握一門外語和其它的基礎科學知識。新軍的士兵，尤其是南方的新軍，都能讀會寫——這在舊式軍隊中是不敢想像的。教育帶來的聲望使得軍人得到前所未有的尊重。此外，甲午戰後，人們開始把軍事建設當作是民族復興的必要手段。在1906年的一道上諭中，朝廷公開提倡尚武精神，對國民的軍事教訓也發展起來。儘管這些措施的效果十分有限，但傳統的重文輕武的思想還是逐漸淡化了。
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清帝是帝國軍隊理論上的統帥。1908年清政府公布的「憲法大綱」中宣稱，「君上調遣全國軍隊，制定常備兵額，得以全權執行。凡一切軍事，皆非議院所得干預」[參28]。武昌起義後清廷公布的「十九條」中，則改為「海陸軍直接皇帝統率。但對內使用時，應依國會議決之特別條件，此外不得調遣」[參29]。
中央部院中，傳統上由六部之一的兵部管理軍事事宜，兵部分武選、車駕、職方、武庫四司。另有太僕寺掌管牧馬[參30]。雍正朝時，出於對西北用兵保密需要，在內廷中設軍機房，選親信左右籌辦軍需，後改稱軍機處。軍機處本為處理軍務之臨時機構，但西北平定後並未裁減，權力反而進一步擴大，「軍國大計，罔不總攬」，「蓋隱然執政之府矣」[參31]，成為中央政府重要機關。
清末改革時成立有練兵處，後與兵部、太僕寺合併為陸軍部。海軍先由海軍衙門（1885年）、海軍處（1907）管理，最後於1910年（宣統二年）成立了海軍部，始於陸軍分離[參32][參33]。1905年（光緒三十一年）年成立了巡警部，管理警政。參謀機制上，則有隸屬陸軍部之下的軍咨處（1907年），其於1911年升格為獨立於陸軍部外的軍咨府[參23] 。
太平天國以前，清朝正規軍由八旗軍和綠營軍組成。滿漢蒙八旗共有24支部隊。有京師的中央禁衛軍和地方駐紮軍之分。地方駐防軍中，又以畿輔和滿洲故土駐軍最多。八旗總兵力達三十萬人。，有防區二十處[參34]。綠營軍也分駐各地，但人數遠多於八旗，乾隆嘉慶兩朝即有八十餘萬，駐防地也更多。
八旗軍由每300人的佐構成。綠營軍的基本單位則是標，每標的大小不盡相同。為了防止官兵之間形成長期的私人關係而導致軍事將領擁兵自重，八旗綠營的高級將領每三年至五年必須在各駐防地之間調防，而且不能在本省任職。作戰時，則從各地調遣混合部隊，這樣便降低了戰鬥力，因為「兵不習將，將亦彼此不和」[參35][參36]。
太平天國後，勇營成為清朝主要的防禦力量。19世紀60年代末，這種部隊統逾30萬人[參6]。湘軍在其解散前有13.2萬人[參37]，相比之下李鴻章的淮軍在1871年只有4.5萬人。這支帝國最精銳的部隊分駐在直隸、山西、湖北、江蘇及陝西幾個省。
勇營與舊式八旗、綠營相比最大的特點表現在它們的士兵、官兵之間緊密的個人聯繫上。如組建湘軍時，是由營官自選哨長，哨長自選什長，什長則自己選定士兵。當變換營官時，該營的所屬也都要更換。對私人關係的注重使得勇營取得了綠營所沒有的聚合力。曾國藩對此大為稱讚，他解釋道「口糧雖出自公款，而丁勇感營官挑選之恩皆若受其私恩。平日既有恩誼相孚，臨陣自能患難相顧。[參38]」
但親密的個人關係也成為勇營的一個缺點。將領們會互相隱瞞他們的錯誤和缺點，或者推卸責任。而袍澤觀念也使得部隊成為個人而不是國家的部隊，比如劉銘傳的部隊被稱為「銘字營」，多劉家子弟，甚至獨立成軍，號稱「銘軍」[參39]。這就助長了貪污和不公平。另外，在對抗太平天國時，一些勇營常有掠奪城鎮的行為。
清末新政時清政府籌辦新軍，新軍的特點是摒棄了八旗綠營的世兵制和營勇的募兵制，而建立起現代的徵兵制度[參40]。新軍共36鎮，每鎮12500人，總數將有45萬人。這45萬人即是常備軍，服役三年。服役完後繼續接受兩次約三年的訓練，成為續備軍和後備軍，後備軍服役四年後，其士兵才能退役。新軍的徵召是較嚴格的，理論上講，只有20-25歲、身體健康、在本地居住或有家的人才有資格當兵，而有鴉片癮或屢次觸犯刑律的人則一概不准入伍。[參41]。當然，實際上這些規定並沒有被嚴格地遵守：許多解散的綠營、勇營和農村的鄉勇都加入了新軍。
全國擬定置備的三十二鎮分配如下[參42]：
- 四鎮：京師和近畿；
- 三鎮：四川；
- 二鎮：直隸、江蘇、湖北、廣東、雲南、甘肅；
- 一鎮：山東、安徽、江西、河南、湖南、浙江、福建、廣西、貴州、山西、陝西、新疆、熱河、奉天、吉林、黑龍江。
清朝沿襲宋元明的散官（階官）制度以定官員品位，乾隆朝時武官官階如下[參43]：
| 名稱 | 品階 |
|---|---|
| 建威將軍 | 正一品 |
| 振威將軍 | 從一品 |
| 武顯將軍 | 正二品 |
| 武功將軍 | 從二品 |
| 武義都尉 | 正三品 |
| 武翼都尉 | 從三品 |
| 昭武都尉 | 正四品 |
| 宣武都尉 | 從四品 |
| 武德騎尉 | 正五品 |
| 武德佐騎尉 | 從五品 |
| 武略騎尉 | 正六品 |
| 武略佐騎尉 | 從六品 |
| 武信騎尉 | 正七品 |
| 武信佐騎尉 | 從七品 |
| 奮武校尉 | 正八品 |
| 奮武佐校尉 | 從八品 |
| 修武校尉 | 正九品 |
| 修武佐校尉 | 從九品 |
清代八旗軍統帥稱都統（滿語稱固山額真[gusai ejen]），綠營統帥稱提督，以下有總兵、副將、參將、游擊、都司、守備、千總及百總等軍階。水師軍階與綠營一致。
晚清時，綠營軍階也授予給非綠營的成員。太平天國後，勇營興起，這些地方部隊的將領許多都有綠營軍階，以表示它們是帝國正規軍的一部分。值得注意的是，在太平軍戰爭中有功的一些外國人也被授予綠營軍階：常勝軍的兩位統帥華爾和戈登就分別有綠營的參將和提督的頭銜，在清政府看來，它還說明歐美的屬員是可以歸清廷節制的。
清朝軍隊所用裝備紛繁複雜，仍是冷兵器與火器並用。八旗以騎兵為主，綠營以步兵輔之，武器名目雜多[註10]。雍正朝時，才議定以鳥槍、弓箭、大炮、藤牌為各省的標準兵器，四者之外的武器則依各省差異而裝備[參44]。
- 冷兵器
在冷兵器中，弓箭在清朝軍隊中占很大地位，它是八旗騎兵的標準裝備，雍正帝就稱「自古以來，各種兵器能如我朝之箭矢者，斷未之有也」[參45]，按羅爾綱所述，弓木用榆木、或欇木、或削竹製造；矢有戰陣用的鈚箭（又叫梅鍼箭），校閱用的骲箭（又叫響箭），圍獵用的哨箭；撒袋（盛裝弓箭之物）則按軍階不同分為數種[參46]。
- 熱兵器
火槍在清代被稱為鳥槍，是一種前裝滑膛火繩槍，燧發槍儘管已被製造卻只裝備八旗。據史載，清代鳥槍以鐵製成，射程約100米，每分鐘1-2發，與明代無異[參45]。火炮方面，清初有威遠炮、子母炮兩種，晚清道光後以劈山炮、抬槍代之，以為制勝利器。其中威遠炮、劈山炮、抬槍為前膛，子母炮為後膛，因體長過中，需人抬於架上施放，故名「抬槍」。小型的火器則有火繩槍、燧發槍、火球、火箭等[參46]。
在滿洲興起時，其軍隊即已裝備火器。在寧遠、寧錦兩戰之中明軍使用紅夷大炮的威力之巨給了後金軍隊以深刻印象。皇太極時，乃大力發展火器，建立起火器部隊——「烏真超哈」（滿語音譯，漢語意為「重兵」，即裝備火器的重裝步兵）[參47]。火器的使用令清朝軍事力量大為改觀，在對明戰爭中作用巨大[註11]。統一全國後，清朝還在西方傳教士的幫助下改進火器[註12][參45]。其中最有名的就是北京故宮所藏武成永固大將軍炮。
康熙時期火器專家戴梓發明連珠銃，一次裝填之後能貯存彈丸28發，被後人稱為「世界上第一種機關槍」，但卻沒有被普及，戴梓本人更被流放盛京，其發明「器藏於家」，逐漸失傳。原因據說是被一個夢給嚇怕了。有一天晚上睡覺的時候，戴梓做了一個奇怪的夢，夢中人斥責他說，上天有好生之德，你如果將此器獻上使其「流布人間」，你的子孫後代將沒有活人了。[參48]。
然而根據研究指出，戴梓所製造的連珠火銑（戴銑）是一種單發槍，而不是一種自動武器，戴梓曾奉康熙帝之命，仿製過外國使臣進獻的「蟠腸鳥槍」和「衝天炮」，學者推測戴銑很可能是仿照在康熙初年昂里啞國（英吉利國）進獻的昂里啞國槍而製成，亦認為戴銑在構造上和昂里啞國槍一樣，唯一不同之處是戴銑彈倉較長。這種槍是為了達到連續射擊的目的，因此被稱為「連珠」，但從構造原理來看，他們與機槍是根本不同的兩回事，實際上是一種具有連發功能的擊發槍，而且這種火器成本高，實戰作用低，最終只能淪落為皇帝的玩物[參49]。
雍正四年時，「以滿洲夙重騎射，不可專習鳥槍而廢弓矢，有馬上槍箭熟習者，勉以優等，重新強調刀槍弓箭的作用。然而，雍正七年，皇帝接到綠營士兵在練習中放空槍的報告，通令綠營必須實彈練習。雍正十二年，皇帝規定八旗騎兵必須練習使用火槍，每年春秋各操練四十五日，共九十天[參50][參51]。乾隆時，更諭令各省督撫「不動聲色，將鳥槍改為弓箭」，然原文前一句是，鳥槍一項。原系制勝要器。而民間斷不宜演習多藏。即如山東逆匪王倫聚眾之事。幸群賊不諳放槍。易於剿滅。此顯而易見者。前因民壯內有鳥槍手。恐日久或致滋事[參52][參45]。 實際清朝軍隊的火器裝備率很高，直到兩次鴉片戰爭期間和太平天國戰爭初期，清軍的主要火器是鳥槍和各種生鐵、青銅鑄造的火砲，在道光、咸豐年間又裝備了兩人抬用的抬炮和抬槍，清朝軍隊火器的裝備率達到60-70％[參53]。清軍鳥槍運用的標準戰術被稱為「九進十連環」，這顯然是一種依次開火形成持續火力的戰術[參54]。
- 製造
清代武器的製造，有中央和地方兩種。清初,中央方面由兵部定式，工部製造，故《康熙朝大清會典》稱：「軍器造作，職隸工部」；地方則需督撫提請兵部批准始得製造，並在錢糧報銷等方面有種種嚴格的規定[參55]。
同時，清政府還對火器的使用採取嚴格的限制。康熙時曾下諭規定子母炮為八旗專用，不准綠營製造，然原文卻是，尋議、子母炮原系內制。不便通給外省。前議准行。實臣等錯誤。今議盛京、寧古塔、近海。黑龍江、與鄂羅斯接壤。三處仍照前設立子母炮一百位。此外各省舊存子母炮、及捐造者。悉令查明送部。至炮位系軍中必需之器。查各省每兵一千名、設立威遠炮四位。子母炮六位[參56]。嘉慶時，規定平時把火器存放於各地兵庫內，戰時才分發給士兵。綠營的拔官制度也壓抑了火器兵，綠營「考拔人才，首重弓馬」，例由弓兵步兵選馬兵，由馬兵選軍官。而火器兵「終生一餉，上進無階」，導致「兵皆弓箭，鳥槍兵多庸陋」[參57]。
清朝極盛時疆域有1300萬平方公里[參58]，幅員廣大。邊防也因各地環境差異而不盡相同。
- 東北
被外國人稱為「滿洲」的這一地區作為清王朝的「龍興之地」，其行政軍事有別於內地各省。清政府在奉天、吉林和黑龍江設置將軍統理軍政，這三位將軍都只能由滿蒙的旗人擔任。
儘管綠營是清帝國主要的防禦力量，但這一地區的防禦依靠八旗軍而不是綠營，清初時有八旗駐軍三萬五千人[參34]，僅次於內地諸省。作為重要的後備軍力，這些旗兵腐化的程度也比較低。除了原有的駐防軍外（始於順治帝時），清政府還按八旗舊制，把北部、西部邊境上的諸部落編為新旗，歸吉林和黑龍江將軍指揮。
鴉片戰爭以後，清王朝內憂外患不斷，大量旗兵調入關內作戰，導致東北防禦空虛，以致外國旅行家發現重要的邊防重鎮璦琿「有容納幾千名士兵的造的很好的營房，但沒有看到一名士兵——甚至崗亭也是空的」[參59]。當俄國東西伯利亞總督穆拉維約夫伯爵派遣遠征軍沿黑龍江而下時，清政府除了掩蓋事實外別無它法。這種虛張聲勢的防禦當然無法阻擋1860年俄國吞併黑龍江以北、烏蘇里以東的廣闊領土。
- 蒙古
清朝在內蒙和外蒙都駐有軍隊，其中後者統歸烏里雅蘇台的將軍管轄。蒙古與東北一樣都是重要的後備兵源，早些時候曾通過所謂的「九白之貢」向清朝提供馬匹，並為帝國軍隊提供騎兵。一些內蒙古的王公們還參加了19世紀時晚清的內外戰爭[註13]。
- 西藏
西藏作為清帝國的內藩，擁有獨立的武裝。而駐藏大臣僅統帥一支由旗人組成的規模較小的部隊。西藏本土甚至遠至青海、康區[註14]的防務事實上都由拉薩負責。當然，在受到外部威脅時，拉薩的軍隊是不夠的，便往往需要清廷派遣遠征軍。
最大的威脅來自印度的英國人。早在1792年對尼泊爾用兵時，中國遠征軍就發現了英國人在尼泊爾軍隊中活動的跡象[註15]。19世紀後，英國的擴張加快，而清朝的軍事存在卻下降了。清朝駐軍士氣低落，薪餉不足，1801年駐藏大臣不得不向拉薩當局借款以供軍需。1815年，當財政問題無法解決時，駐軍只能削減軍火，減少訓練[參60]。
1814-1816年，英國擊敗了清朝的朝貢國尼泊爾，1817年又開始粗暴地干涉西藏屬邦錫金的內政（只到1862年它才成為英國的保護國）。清朝反應十分消極。尼泊爾人多次向清朝求援，但都被拒絕了[註16]。清朝軍事的衰弱和消極的態度使得拉薩幾乎不可能指望清廷的保護，它只能自己保護自己。面對1841年查謨（Jammu）的多格拉人和1855年尼泊爾人的入侵，西藏軍隊事實上是在沒有清軍幫助的情況下擊退了入侵者（當時清朝正陷入第一次鴉片戰爭和太平天國戰爭中），並與之獨立地簽定了條約。
最終保護西藏的並非清帝國的強大而是英國的妥協。1906年英國與清政府簽訂《中英續訂藏印條約》，英國承諾不干涉西藏內政，不侵占西藏領土[註17]。
- 新疆
18世紀50年代，乾隆皇帝的軍隊征服了天山南北，確立起了清朝的統治。1884年以前，對於這塊人種、宗教複雜的領土，採取了與內地不同的行政軍事制度。清朝把伊犁[註18]作為這一地區的行政中心，置將軍於此，統帥全疆軍隊。此外，還在迪化（烏魯木齊）設置都統，在塔爾巴哈台（塔城）、喀什噶爾設參贊大臣以協助伊犁將軍。清初駐軍總數約1.5萬人[參34]，後維持在1萬至2.3萬人之間[參61]。
在這塊特殊的地區，駐軍的組成也較為複雜。新疆的駐軍主要是旗人，也有不屬於八旗的蒙古人，降清的厄魯特殘部，陝甘的綠營軍，清政府亦在當地徵召傭兵，比如在喀什噶爾就有一小支穆斯林傭兵。與清朝的班兵制慣例不同，這些駐軍大部分都是作為無限期的占領軍攜家眷而來，並不於各地調防（但南疆的部隊是從新疆其它地方調集的），實際上是留駐新疆的移民。為了節省軍需費用，清朝還在各地興建兵屯（主要在準噶爾）。
在很長一段時間裡，新疆都是清帝國最動盪的一個地區。頻繁的回亂讓戍軍損失慘重。當地居民的敵意和外國的干涉是造成這一結果的主要原因，從17世紀末起，富有侵略性的浩罕出於商業利益，積極地支持新疆境內的「聖戰」活動，其中最為著名的即是1820-1828年張格爾的入侵。浩罕本身也派出小股部隊騷擾清朝邊境。儘管清政府最終作出了讓步，在1832年委婉地承認其商業特權，但這並沒有阻止之後的侵略[註19]。太平天國後，回亂進一步惡化，在阿古柏之亂後的1868年，駐新疆的八旗軍只剩下150餘人。這樣，清政府便只能依靠左宗棠的楚勇來收復新疆了。
據統計，整個清朝期間，武裝起事曾多次發生，其中規模較大的有：
- 1646—1683 南明與台灣明鄭
- 1673—1681 三藩之亂
- 1796—1805 川楚白蓮教
- 1851—1864 太平天國
- 1852—1868 捻軍
- 1898—1901 義和團
- 1895—1911 興中會/同盟會
這些起事的原因有多方面，如南明殘餘勢力的抵抗，武裝割據（台灣鄭氏）或明朝降將的反叛（三藩之亂、李成棟堅守廣州）以及清末反滿革命力量的發展（興中會/同盟會）。而白蓮教和太平天國等起事原因，有認為是農民反抗清廷腐敗剝削的，也有認為是邪教的。
另外雲南、陝西、甘肅、新疆等地的穆斯林也多次發生民變或起事，如陝甘回變。這些基本上以西北部，西南部少數民族為主，雖然波及不如上面那麼大，但是許多都持續了十幾年。與清初江南抵抗不同，此時清廷保護漢族民眾免於受害獲普遍支持。
其中規模最大的太平天國，歷時十餘年，波及大半個中國。連年戰亂造成平民死傷慘重，國民經濟遭到嚴重破壞[參62]。但1949年後中華人民共和國官方一向認為是農民起義而基本肯定，同樣得到肯定的包括其餘大部分起事。實際上早在20世紀初，中華民國領袖孫中山就曾表示太平天國「只知有民族，不知有民權；只知有君主，不知有民主。即使成功了，也不過是歷史上的又一個封建王朝而已」，根本不值得傚法[參63]。民國的主流學術界對太平天國也持否定態度。而當時的江南民眾普遍支持曾國藩、李鴻章組建漢族民間武裝予以平叛。[來源請求]
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