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关于与“中华民国政府”标题相近或相同的条目，请见“中华民国政府 (消歧义)”。中华民国政府是中华民国的治权机构，其历史最早可追溯至1911年肇建于武昌的中华民国军政府，之后历经南京临时政府、北京临时政府、北洋政府、国民政府等多次政权替换。现今在台澎金马的中华民国政府体制，系基于1947年施行的《中华民国宪法》、以及1991年首次制定的《中华民国宪法增修条文》，分为中央政府、地方政府两大层级。
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总统（国家元首）
行政院（行政权）
立法院（立法权）
司法院（司法权）
考试院（考试权）
监察院（监察权）
中华民国施行“一府五院”的中央政府组织，别称“中枢”：“一府”是指总统、副总统以及附随单位（总统府、国家安全会议等），“五院”则指行政院、立法院、司法院、考试院、监察院及下属各政府机构，此乃依照中华民国国父孙中山自创之五权宪法理论，将国家治权分为行政、立法、司法、考试、监察等五种，并分别设置一个“院”来执行。中华民国政府为半总统制，总统任命行政院院长（等同总理），再由行政院院长来组织内阁（行政院）及政府（中央部会）。总统拥有决定国家大政方针的权力，细节则交给行政院院长负责执行；立法院承担国会职能，行政院对立法院负有政治责任。中华民国的地方政府架构，则分为省╱直辖市、县╱市、乡╱镇╱县辖市╱区等三级，现今所称的地方政府，指直辖市、县、市、乡、镇、县辖市及直辖市山地原住民区，设有行政机关与立法机关。
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1911年10月11日，武昌起义爆发第二天，革命党人在武昌成立“中华民国军政府鄂军都督府”，这是“中华民国”名称第一次使用在中国的政权机构上。1912年阳历元旦，中华民国临时政府于南京成立，标志着中华民国的正式建国；但迟至同年3月《中华民国临时约法》制定以及临时政府北迁至北京后，中央政府组织才完整的建立起来，并正式取代清朝政府成为代表中国的合法政府。
1913年，北洋政府依《临时约法》正式成立，采用大总统与国务总理双首长为主的三权分立制度：行政权以及外交、军事等涉外事务归大总统与国务总理、立法权归中华民国参议院，司法权归法院。经过折冲后，北洋政府采取接近内阁制的双首长制。总统与总理均由参议院选出，总统职务为执行法律、发布命令、统率全国陆海军队、任命官员、外交权、依法宣布戒严、特赦、减刑复权。不过，以上各权力之行使均需经由参议院同意。由总统任命的国务总理则负责实际内政治理及法律副署权。虽然制度设计如此，在此期间有数次对中华民国政府体制造成挑战的事件发生。1912年，担任大总统的袁世凯将总统职权扩大，甚至于1915年短暂宣布施行帝制。1916年，北洋政府虽短暂回归双首长制，不过仍发生府院之争的混乱场面。但总体来说，北洋政府时期是中国民主社会的开端，其民主程度胜于日后国民政府的党国体制[1]。
孙中山自1917年起成立中华民国军政府以与北洋政府抗衡，但其主权治权仅及于南方省份，且不被国际社会承认。1925年7月1日，中国国民党于广州成立国民政府以改组原有的军政府，并发动以统一中国为目标的北伐战争，但至国民革命军于1928年6月攻克北京后，国民政府才获得西班牙、德国、法国等国普遍承认。1928年12月，张学良宣布东北易帜，决定除去五色旗、名义上服膺国民政府后，国民政府取代北洋政府、成为中国唯一合法政府。国民政府特色为委员制，具有合议型、临时编组、任务型等性质。一般来说，政府的运作主要决策者为国民党遴选之国民政府委员所组成的国民政府委员会，其最高代表者为国民政府主席，为名义上之国家元首。依照五权宪法理论，国民政府陆续设置行政院、立法院、司法院、考试院、监察院，做为国家权力的执行机关，与国民政府委员会构成行宪前“一府五院”体制之雏形，但政治权力仍在国民政府委员会手中。如再就职权细分，国民政府主席与国民政府委员会共同负责外交、军事等涉外权力，内政则由行政院负责。而除了国民政府委员会之外，国民政府也有许多机构多采取委员制。依照《中华民国国民政府组织法》规定，国民政府委员定额早期为12至16人，1930年代之后增为24至36人，而国民政府主席、行政院院长、立法院院长、司法院院长、考试院院长、监察院院长、及其副院长均由该委员会推选。而国民政府从1930年的第一次蒋中正内阁开始共组阁过十数次。
1937年抗日战争全面爆发后，首都南京陷落，国民政府迁往重庆。在1938年宣布实施战时政府体制，军事指挥权由国民政府主席转交国民政府军事委员会，这段时间的政治权力均掌握在担任国民政府军事委员会委员长的蒋中正手中。抗战胜利后，要求尽快行宪的呼声再起。有鉴于此，国民政府于1946年召开制宪国民大会，会中以政治协商会议宪法草案决议案为蓝本制定《中华民国宪法》，确立现今“一府五院”的中央政府架构。此外，宪法规定在中央政府之上设有国民大会，具有国会的性质。1948年，召开第一届国民大会第一次会议，1948年中华民国总统选举正式选举第一任中华民国总统及中华民国副总统，新的中华民国政府体制正式建立，国民政府走入历史。为了因应当时第二次国共内战全面爆发的政治情势，国民大会同时制定了《动员戡乱时期临时条款》，使总统与国民大会的权力得以扩张。
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1949年第二次国共内战战败后，中华民国政府迁移到台湾，继续维持原有的政府架构，也未更动宪法本文；但当时执政的国民党政府鉴于巩固在台统治、以及台海两岸的军事与政治对峙，仍继续施行《动员戡乱时期临时条款》，并长期实施台湾省戒严令。直到1990年代，中华民国政府开始对宪法进行重大修正，废止《动员戡乱时期临时条款》、在宪法本文之外另定《宪法增修条文》，在其中加入了许多针对台湾所设计的内容。之后，中华民国政府在1991年至1992年进行国会全面改选、1996年起施行正副总统直接民选。这一连串的民主化措施，让中华民国从威权体制转化为落实《中华民国宪法》第二条“主权在民”原则的民主共和国家，也让代表“国民主权”的中华民国政府具有更强烈的合法性与正当性[2][3][4]。2000年的第十届正副总统选举，由民主进步党执政，这是民主进步党自1987年创党以来第一次执政，也是国民党首次成为在野党，达成中华民国史上首次政党轮替。
在2005年召开任务型国民大会之后，国民大会被停止运作，其职权被移转到立法院或由人民直接施行、公投复决，大幅改变了中华民国宪政体制的架构。
中华民国建国至今，历经了多次的正副总统、立法委员、县市长与地方民意代表的直接选举、罢免与数次的公民投票，中央政府至今亦达到共三次政党轮替及立法院多数党轮替，已发展出成熟民主制度并深化主权在民原则。
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依照《中华民国宪法》，中华民国的中央政府分设行政院、立法院、司法院、考试院、监察院等5院，为中央政府之第一级机关，实务上并与总统合称为“宪政机关”[5][6]或“宪法机关”[7]；此制度称为“五权分立”，与现今世界主流采用之三权分立制度略有不同。总统身为国家元首，仅有协调各院运作之责。中央政府体系原具有内阁制的精神，但从1990年代以来的多次修宪后，已转为总统议会制（略倾向总统制）之双首长制[8][9]：行政院院长（内阁首长）由总统直接选派，并与行政院各部会首长向立法院（国会）负责，总统则负责制定重大国政与处理国防、外交、两岸关系及国家重大变故之相关国家安全事项。宪法增修后，事实上是呈现“三大权加两小权”的权力格局，即以行政院、立法院、司法院为中心，监察院、考试院为辅助性质。[10][11]
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总统及其备位者副总统任期四年，由公民直选产生，参选时须联名登记，以两人一组为单位，由得票最高之一组当选。总统及副总统均得连选连任一次。
总统是国家元首，对外代表中华民国，可行使缔结条约及宣战、媾和之权；对内得向全国人民负责、依法公布法律、发布命令，宣布戒严，行使大赦、特赦、减刑及复权之权，任免文、武官员以及授与荣典。总统同时为三军统帅，统率全国陆、海、空军。
副总统为备位元首，负责在总统缺位时递补为总统，并在总统因故无法视事时代行总统职权，除此之外并无任何法定职权，若总统未授权处理政务则其将几乎如同摆设，因此各界对于“副总统是否有存在的必要”时有讨论。
总统为依法行使职权，配有幕僚机构总统府及咨询机构国家安全会议等。总统府为总统、副总统之幕僚机关，下设资政、国策顾问、战略顾问等顾问人员，以对国家政策向总统提供意见与咨询；国家安全会议则是国家安全事务之最高议事机关，国安会主席由总统兼任，下设国家安全局，以执行情报、特种勤务等国家安全相关工作。中央研究院、国史馆等国家学术机构亦附属于总统府之下。
行政院为国家最高行政机关，置院长1人，俗称阁揆，由总统直接任命；副院长1人、各部会首长、不管部会之政务委员7至9人，均由行政院院长提请总统任命。以上人员共同组成行政院会议，以院长为主席，议决重大施政方针及向立法院提出法律、预算、戒严、大赦、宣战、媾和、条约等案。行政院对立法院负有政治责任。
行政院之地位，等同于其他议会制国家之内阁，行政院院长即等同于总理，但由于总统实际上全权掌控行政权及行政院院长之任命，故政治实务上行政院院长较近似于“总统代理人”。行政院下辖14部、9会、2总处、1委员会、3独立机关与中央银行、国立故宫博物院，构成中央行政机关的主体。
立法院为国家最高立法机关，由人民直接选举之立法委员组成，代表人民行使立法权。立法院置院长、副院长各1人，由立法委员互选产生。立法委员共113席，分为区域立法委员73席、全国不分区及侨居国外国民立法委员34席、平地原住民立法委员及山地原住民立法委员各3席，任期4年，得连选连任。
立法院有权议决法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及国家其他重要事项，并可提出宪法修正案及领土变更案，惟其尚须经公民投票复决通过。立法院亦有权质询行政院院长及各部会首长，并可对行政院院长提出不信任案，不信任案若通过则行政院院长必须请辞，但同时其亦得呈请总统解散立法院重新改选；对总统、副总统提弹劾案及罢免案，弹劾案若成案则交由司法院宪法法庭审理，罢免案若成案则交由公民投票复决；对司法院、监察院、考试院官员及检察总长和部会级独立机关官员之人事任命行使同意权。
司法院为国家最高司法机关，掌理解释权、审判权、惩戒权、司法行政权。司法院置大法官15人，并以其中1人为院长、1人为副院长，由总统提名，经立法院同意任命。
大法官组成宪法法庭，负责依《宪法诉讼法》审理“法规范及裁判宪法审查”（由国家最高机关、立法委员、各级法院法官或人民声请）、“国家最高机关权限争议”（由国家最高机关声请）、“总统副总统弹劾”（由立法院声请）、“政党违宪解散”（由政党主管机关声请）、“地方自治保障”（由地方政府声请）及“统一解释法律及命令”（由人民声请）等六类案件，其所作之判决及实体裁定对于全国各机关及人民有拘束之效力，并且各机关有实现裁判内容之义务。宪法规定法官须超出党派以外独立行使职权，并享受终身职待遇，非受刑事或惩戒处分不得免职，非依法律不得停职、转任或减俸。大法官依《法官法》之定义亦属法官之一种，惟其受宪法任期规定限制，仅法官转任者于卸任后仍享有终身职待遇。
在组织架构上，司法院下辖最高法院、最高行政法院、台湾高等法院、福建高等法院金门分院（福建高等法院目前无本院之设置）、台北高等行政法院、台中高等行政法院、高雄高等行政法院、智慧财产及商业法院及惩戒法院，其中台湾高等法院下辖位于台湾本岛及澎湖县之各地方法院以及台湾高雄少年及家事法院，并监督台中分院、台南分院、高雄分院和花莲分院等四所分院，福建高等法院金门分院下辖福建金门地方法院及福建连江地方法院。需要注意的是，上述司法院与各级法院在组织架构上的管辖关系仅属于“行政督导”性质，与审判实务上的审级并无直接关联，除最高法院 、最高行政法院及惩戒法院为终审法院外，其余各级法院分别视其类型、所在地及案件性质等定其上诉审法院；宪法法庭仅为宪法审查机关，不受理任何法院之上诉；司法院本身仅掌理司法行政业务，并不行使审判权。
考试院为国家最高考试机关，为专精于政府人事、人力资源管理之整合机关。置院长、副院长各1人，考试委员7到9人，任期为4年，由总统提名，经立法院同意任命之。考试委员须超出党派以外，依法独立行使职权。考试院掌理公务人员之考选、铨叙、保障、抚恤、退休、任免、考绩、级俸、升迁、褒奖之法制事项，并负责办理各类国家考试。为行使上述职权，下设考选部、铨叙部、公务人员保障暨培训委员会。
监察院为国家最高监察机关，行使弹劾、纠举及审计权。现置监察委员29人，其中1人为院长，1人为副院长，任期6年，由总统提名，经立法院同意任命之。监察委员须超出党派以外，依据法律独立行使职权。
监察院为行使审计权，设审计部，置审计长1人，由总统提名，经立法院同意任命。审计长应于行政院提出决算后3个月内，依法完成审核，并提出审核报告于立法院。监察院为行使侵害人权或歧视事件之调查权，设国家人权委员会，院长是当然主任委员，而部分委员要经由总统提名，而受立法院同意任命。
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山地乡
中华民国的地方政府称为“地方自治团体”（部分文献亦称为“自治法人”），其层级架构与行政区划相对应，组织配置为行政、立法、司法三权分立，惟实际上仅设有行政机关和立法机关（例如：市设置市政府与市议会）来实行地方自治，司法机关则为中央与地方一贯之体系，由司法院依照各地方的实际需求设置适当数量的高等法院与地方法院。
清代地方制度，为行省、道、府、县等四级。民国建立，北洋政府时期简化为省、道、县三级，国民政府废道，旋又于省、县之间设行政督察专员区[12]:7。当时中央与地方的权力区分并不严谨，且常有地方势力割据。后制定《中华民国宪法》时，规定地方政府分为省、县两级（但不限制县以下的地方层级），中央政府需制定《省县自治通则》，各省、县政府再以此制定自治法实施地方自治；但宪法于1947年施行后，内战已全面爆发，《省县自治通则》因而无法制定，行宪前的地方自治法律也继续沿用。
1949年政府迁台后，在《省县自治通则》无法立法的情况下，行政院于1950年4月通过由台湾省政府以行政命令制定的《台湾省各县市实施地方自治纲要》，成为台湾省实施地方自治的基础。台北市、高雄市于1967年、1979年分别升格为直辖市后，行政院仿效台湾省之前例，分别制定《台北市各级组织及实施地方自治纲要》与《高雄市各级组织及实施地方自治纲要》作为自治准据。当时各省、直辖市之行政首长均为中央派任，而上级政府侵夺下级政府权限的情形也时常发生[13]。
为贯彻地方制度法治化，立法院于1994年制定《省县自治法》及《直辖市自治法》，同时废止其他以行政命令制定之地方自治法律，正式建立起地方自治之法制体系；台湾省省长、台北市市长、高雄市市长于同年底首次由民选产生。同时1997年修宪后也规定，地方自治法源另订。
1998年，配合修宪实施省虚级化，省丧失地方自治团体的地位，省政府转型为中央派出机关。为整体规范地方制度基本法律，立法院于1999年制定《地方制度法》取代《省县自治法》和《直辖市自治法》[14]。2018年，政府再施行省的“去任务化”，省级机关实务上停止运作。
中华民国目前有226个地方自治团体，包括6直辖市、13县、3市、146乡（含24山地乡）、38镇、14县辖市、以及6直辖市山地原住民区。
| 中央政府 | |||||||||||||||||||||
| 台 北 市 |
新 北 市 |
桃 园 市 |
台 中 市 |
台 南 市 |
高 雄 市 |
台湾省 | 福建省 | ||||||||||||||
| 基 隆 市 |
新 竹 市 |
嘉 义 市 |
新 竹 县 |
苗 栗 县 |
彰 化 县 |
南 投 县 |
云 林 县 |
嘉 义 县 |
屏 东 县 |
宜 兰 县 |
花 莲 县 |
台 东 县 |
澎 湖 县 |
金 门 县 |
连 江 县 | ||||||
| 152区、6直辖市山地原住民区 | 12区 | 14县辖市、35镇、115乡、24山地乡 | 3镇、7乡 | ||||||||||||||||||
| 注：标示粗体者为地方自治团体。 | |||||||||||||||||||||
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