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國民政府軍事委員會為中國國民黨主導之中華民國國民政府最高軍事機關[1]。1925年7月1日，廣州國民政府正式成立時就設立軍事委員會，其職權是在中國國民黨指導、監督下，管理、統率國民政府所轄境內陸軍、海軍、航空隊及一切關於軍事之各機關[2]:227，首任主席是汪兆銘。國民革命軍北伐開始後，又設國民革命軍總司令部，蔣中正任總司令，規定軍事委員會內各機關改隸總司令部[2]:227。軍事委員會專責以軍事武力統一中國。
1928年6月，北伐完成，統一中國，國民政府遷至南京；同年11月10日，軍事委員會職務權責移交國民政府軍政部、參謀本部、軍事參議院等單位後正式結束。1932年，一二八事變爆發，為了與侵華日軍對抗，國民政府恢復設立軍事委員會，首任委員長是蔣中正。隨後，軍事委員會歷經第一次國共內戰及中日戰爭，直到1946年5月裁撤。
軍事委員會雖隸屬國民政府，不過在中華民國軍政、訓政[a]、第二次世界大戰期間，不論是重要性或職責上都凌駕於其他政府組織。另外，該委員會雖於名義上採合議制，是一種軍事委員會制。但是實際上委員長統馭會務，享有極高軍事、行政、立法、甚至司法之決策權，實際取代國民政府主席成為最高領導人[b]，是一種軍事集權政府。
事實上，自1932年開始，軍事委員會委員長蔣中正，一般是以此職務統治全中國。 因此，不但絕大部分的中國人習慣稱呼蔣中正為蔣委員長；西方人，特別是美國人和歐洲人，也習慣稱呼蔣中正為Gimo，指其特級上將背景（Generalissimo - 大元帥）之英文簡稱。
1917年7月，前中華民國臨時大總統孫中山於廣州成立軍政府，並研擬以武力消滅軍閥、統一中國。而中華民國軍政府轄下，設有諮詢功能的軍事委員。該委員會始設時，軍政府軍事委員名額為64名。隔年，孫中山再依其基礎，於軍政府轄下設置採合議制的軍事委員會，將軍事委員縮減為26名，並以李烈鈞爲委員長；不過此兩階段委員會，在以滇、桂、贛、粵[c]等地方割據軍閥力量為主的軍政府組織下，委員會並無任何實權。
1924年7月，在歷經粵軍叛變及一連串軍事整合失敗後，孫中山將軍事力量寄望中國國民黨創立興起的黃埔軍校。軍事委員會改組，正式作爲中國國民黨中央執行委員會屬下最高軍事決策機關，負責東征北伐事宜[3]:9。而由中央政治會議委派的軍事委員分別是許崇智、楊希閔、劉震寰、譚延闓、樊鍾秀、胡漢民、廖仲愷、蔣介石與伍朝樞等9人，除此還委由蘇俄軍官高和羅夫爲顧問[d]。形式上，已有以軍領政的雛形。1924年11月，該委員會改組，再將權力擴大，並由汪精衛、許崇智、廖仲愷、胡漢民、譚延闓、蔣中正、加倫及伍朝樞擔任，採行合議制的集體領導方式。
1925年，孫中山應馮玉祥邀請北上商討國是，不料肝癌發作，於3月12日病逝於北京。為了統一全國，中國國民黨中央政治委員會決議籌組國民政府，於7月1日在廣州正式成立，採取合議委員制，以汪精衛為主席[5]:266。除此之外，並設置以武力統一中國為主要任務之國民政府軍事委員會[5]:266。
1925年7月3日，中國國民黨中央執行委員會政治委員會設置國民政府軍事委員會，指派汪精衛、蔣介石、譚延闓、胡漢民、許崇智、廖仲愷、朱培德、伍朝樞等八人為軍事委員會委員。 以汪精衛、蔣介石、譚延闓為常務委員，汪精衛為兼任軍事委員會主席。後又增加程潛、李濟深、李福林、古應芬、李宗仁、黃紹竑、陳公博、馮玉祥等為委員。1925年7月5日公布的《中華民國政府軍事委員會組織法》[6]規定，軍事委員會受「中國國民黨之指導及監督管理」，統率國民政府轄境內的陸海軍、航空隊和一切關於軍事各機關，並擁有軍事動員、國防政策、軍制改革、軍官任免、移防、預算、決算等有關事項。除此，該委員會其編制與領導方式則沿用中國國民黨軍委會之習慣，所有決議，須經出席委員三分之二通過方爲有效，並規定，如多數委員不在軍委會所在地時，主席與委員一人有決定處置之權。軍事委員會由國民黨中央執行委員會選任的委員若干人組成，並從委員中推定一人為主席。以蔣介石、汪精衛、譚延闓為常務委員，汪精衛為兼任軍事委員會主席，並取消各地方部隊名稱，統一稱作國民革命軍，計畫北伐[5]:266。軍事委員會轄有政治訓練部（主任陳公博）、參謀團（主任羅加覺夫、副主任為湘軍總司令部參謀長岳森）、海軍局（局長斯米諾夫）、航空局（局長李糜）、軍需局（局長關道）、秘書廳（廳長朱和中）和兵工廠（廠長鄧士章）等機構。參謀團下設總務廳（主任黃實）、軍務廳（主任馮祝萬）、步兵監（馮寶森）、炮兵監（鄧演成）、工兵監（陳輸譽）、交通監（特拉特脫治）、軍醫監（朱奉藻）。
1925年8月20日廖仲愷遇刺，胡漢民受牽連出洋，許崇智受牽連赴滬，由譚延闓署理國民政府軍事部長。9月20日，軍需局局長關道被免職，范其務接任。1926年2月28日，蔣介石與汪精衛達成撤換俄籍顧問。3月1日，軍事委員會參謀團改為軍事委員會參謀部，李濟深為部長；成立軍事委員會軍需部，部長朱培德；軍事委員會各機構的俄籍顧問均被辭退，李之龍代理海軍局局長，張靜愚接任航空局局長。在1926年3月20日發生「中山艦事件」後，汪精衛辭職赴法就醫。4月9日，以羅加覺夫、季山嘉為首的蘇聯軍事顧問300餘人被辭退返蘇。在4月16日舉行的國民黨中央執行委員會與國民政府委員會聯席會議上，蔣介石成為軍事委員會主席，譚延闓成為國民政府主席。
1926年5月15日國民黨二屆二中全會上，蔣介石當上中央組織部長、中央軍人部長。1926年6月4日，國民黨中央執行委員會常務委員會第31次會議決定組織國民革命軍總司令部設於軍事委員會內，軍事委員的政治訓練部、參謀局、海軍局、航空局、軍需局、秘書廳和兵工廠均屬於總司令部；軍事委員會僅剩下秘書廳，廳長周雍能。1926年6月5日，蔣介石當上總司令。1926年7月1日，軍事委員會頒布北伐部隊動員令，北伐戰爭正式開始。1926年7月7日公布《國民革命軍總司令部組織大綱》[7]，規定「凡國民政府所屬軍民財政各部機關，均須受總司令之指揮，秉承其意旨辦理各事」，國民政府變成總司令部的後勤機關。1926年7月14日，李濟深任國民革命軍總參謀長，鈕永建為總參議，鄧演達為國民革命軍總政治部主任。國民革命軍總司令部統轄陸海空軍實施北伐。
1927年2月21日，國民黨中央和國民政府正式在武漢辦公。1927年3月10日，中國國民黨在武漢召開二屆三中全會，會中決定重設中國國民黨中央軍事委員會，在中央執行委員會下設軍事委員會，作為中國國民黨的最高軍事行政機關[5]:266。並推舉出16位委員，以汪精衛、譚延闓、蔣介石、唐生智、程潛、鄧演達、徐謙7人組成主席團[5]:266。1927年4月18日，南京國民政府成立，4月21日國民政府軍事委員會從廣州遷往南京辦公，規定軍事委員會是國民政府最高軍事機關[2]:227-228。軍事委員會不設主席，由主席團執行中央執行委員會關於軍事之決議及軍事委員會之決議，並處理日常事務，委員則以蔣介石為主的中國國民黨黨員擔任[2]:228；國民革命軍總司令只是軍事委員會的委員之一，由軍事委員會提名，中央執行委員會任免；高級軍官任免和軍隊動員出征，必須由軍事委員會決議，經中央執行委員會通過，交總司令部執行；總政治部不屬於總司令部，而是直屬於軍事委員會；所屬軍校由校長負責制改為委員會制，確立在中央執行委員會領導之下；中央執行委員會下屬的中央軍人部裁撤；全會推舉出汪精衛、蔣介石、李宗仁、朱培德、李濟深、程潛、譚延闓、馮玉祥、張發奎、何應欽、孫科、鄧演達、顧孟余、宋子文、徐謙、唐生智等16位軍事委員會委員（後增加魯滌平、于右任、陳公博），以汪精衛、譚延闓、蔣中正、唐生智、程潛、鄧演達、徐謙7人組成軍事委員會主席團[5]:266，下轄總政治部（主任鄧演達/七一五分共後陳公博接任）、秘書處（處長林伯渠）、參謀處（處長龔浩）、陸軍處（處長劉驥）、海軍處、航空處（處長孫科）、經理處（代處長謝晉）、審計處、軍工製造處、軍事學校及教育機關管理處、軍事裁判所（所長徐謙）。4月5日，武漢國民政府決定北伐奉系張作霖，任命：
1927年4月18日，南京國民政府成立，蔣介石即以國民革命軍總司令名義發表箇電，宣布軍事委員會從廣州遷往南京辦公，即日起開始辦公。[2]:227-228。1927年7月12日公布的《軍事委員會組織大綱》規定：軍事委員會為軍事最高機關，負全國陸海空軍編制、統御、教育、經理、衛生及充實國防之責；軍事委員會委員由國民黨中央執行委員會選任，委員互選5人至7人為常委，常委互選1人為主席；執行決議、發布命令時，由常務委員全體署名。軍事委員會下設軍務廳、總務廳、參謀廳、軍事教育廳、海軍處、航空處、經理處、政治訓練處等直屬機構；但在蔣介石下野前，軍事委員會工作機構未來得及建立。南京國民政府任命胡漢民、馮玉祥、閻錫山、李烈鈞、蔣中正、楊樹莊、李濟深、何應欽、李宗仁、溫壽泉、李鳴鐘、李福林、朱培德、王天培、白崇禧、朱紹良、陳銘樞、賴世璜、曹萬順、周鳳岐、陳調元、柏文蔚、王普、賀耀祖、葉開鑫、楊森、劉湘、賴心輝、劉成勛、鄧錫侯、田頌堯、劉文輝、周西成、胡若愚、陳可鈺、黃紹竑、鈕永建、商震、鹿鍾麟、向傳義、張之江、陳紹寬、陳季良、李景曦、陳儀、樊鍾秀等46人為軍事委員會委員。後增加陳訓冰、蔣作賓、方聲濤、何成濬、孫岳、方本仁為軍事委員會委員。7月下旬，軍事委員會推選胡漢民、何應欽、李鳴鐘、閻錫山、楊樹莊、李宗仁、李濟深為軍事委員會常務委員。
1927年8月16日，蔣介石通電下野。9月17日召開寧滬漢三方組成的中國國民黨中央特別委員會第二次會議，推選白崇禧、何應欽、朱培德、李宗仁、李濟深、汪兆銘、胡漢民、唐生智、程潛、馮玉祥、蔣中正、楊樹莊、閻錫山、譚延闓等14人組成軍事委員會主席團，于右任、方振武、方聲濤、王普、王鈞、石青陽、白崇禧、田頌堯、朱培德、李烈鈞、李宗仁、李濟深、李鳴鐘、李福林、李品仙、李景曦、何應欽、何成濬、何鍵、汪兆銘、周西成、周鳳岐、岳維峻、金漢鼎、胡漢民、胡若愚、胡宗鐸、柏文蔚、唐生智、孫科、孫岳、陳銘樞、陳紹寬、陳調元、陳季良、陳可鈺、陳嘉佑、陳訓冰、夏威、曹萬順、張發奎、張之江、商震、鹿鍾麟、賀耀祖、許崇智、黃紹竑、程潛、溫壽泉、馮玉祥、鈕永建、楊樹莊、楊傑、楊森、楊虎城、葉開鑫、鄧錫侯、樊鍾秀、劉湘、劉興、劉郁芬、劉文輝、蔣中正、賴心輝、魯滌平、閻錫山、譚延闓等67人為軍事委員會委員，後增加劉峙、錢大鈞、顧祝同、黃琪翔、李朗如、徐永昌、劉驥、傅作義為委員。修訂的《軍事委員會組織大綱》把主席制改為主席團制。之後，軍委會主席一度由胡漢民擔任。9月20日新的國民政府委員和軍事委員會委員同時在南京小營舉行就職典禮。軍事委員會內設工作機構：
1928年1月4日蔣中正恢復總司令職後，胡漢民即辭去軍委會主席一職[5]:268。2月2日，國民政府特通過「軍事委員會隸屬國民政府，爲國民政府軍政最高機關，凡屬國民革命軍之陸海空軍，均歸其節制指揮」的相關法律[5]:268。也就是說，此時軍事委員會主席兼總司令成為中國的國家實際領導者，軍事強人蔣介石隨後當選了該職務[5]:268。「總司令是國民政府為戰時軍令之統一而特任的，凡屬國民革命軍之陸海空軍，均歸其節制指揮。」「總司令兼軍事委員會主席，對中央執行委員會和國民政府負責」。軍事委員會下設政治訓練部。2月7日，全會推選于右任、白崇禧、李宗仁、李濟深、朱培德、程潛、馮玉祥、楊樹莊、蔣介石、閻錫山、譚延闓為軍事委員會主席團成員，蔣中正為軍事委員會主席。2月17日，經二屆四中全會決定，國民政府特任于右任、方振武、方聲濤、王鈞、石青陽、白崇禧、田頌堯、朱培德、朱紹良、宋哲元、李宗仁、李烈鈞、李濟深、李鳴鐘、李福林、李品仙、李景曦、何應欽、何成濬、汪兆銘、周西成、岳維峻、金漢鼎、胡漢民、胡宗鐸、柏文蔚、柏文蔚、徐永昌、馬福祥、孫良誠、孫科、孫岳、陳銘樞、陳紹寬、陳調元、陳季良、陳可鈺、陳嘉佑、陳訓冰、陳焯、夏威、曹萬順、張群、張之江、商震、鹿鍾麟、賀耀祖、黃紹竑、程潛、溫壽泉、馮玉祥、鈕永建、楊樹莊、楊愛源、楊傑、楊虎城、鄧錫侯、鄧寶珊、樊鍾秀、熊斌、錢大鈞、盧師諦、劉湘、劉驥、劉峙、劉郁芬、劉文輝、蔣中正、蔣作賓、賴心輝、魯滌平、龍雲、閻錫山、顧祝同、譚延闓等73人為軍事委員會委員，後增加衛定一、孔繁爵、方本仁、方鼎英、豐玉璽、井岳秀、石友三、孫楚、孫連仲、任應岐、劉汝明、劉鎮華、伊德欽、朱綬光、李虎臣、張維璽、張蔭梧、趙守鈺、黃國梁、高桂滋、曹浩森、譚慶林、韓復榘、夏斗寅、門致中、馬麒、馬鴻逵、馬鴻賓、石敬亭、李景林、繆培南、周玳、南桂馨、郭宗汾、傅存懷、劉興、葉琪、李燊、李品仙、何健、周爛、陶鈞、廖磊、魏益三等為委員。
1928年3月，軍事委員會主席團改稱軍事委員會常務委員會，軍事委員會主席團辦公廳改稱軍事委員會常務委員會辦公廳。3月13日，主任馬曉軍調職，由楊傑/朱紹良代/賀國光代依次繼任；軍政廳長嚴重調職，朱紹良/張治中接任；交通處長李范一免職，邱煒/華振麟繼任；審計處長黃經明免職，劉文藻接任。1928年6月軍械處長陶樹模免職，黃公柱接任。
1928年6月，因戰況順利，國民革命軍進佔北京[e]，國民政府獲得國際承認。8月，中國國民黨第二屆第五次中央全會通過《整理軍事案》， 撤銷軍事委員會及國民革命軍總司令，改組為軍政部、參謀本部、訓練總監部及軍事參議院。
1928年10月8日，國民政府公布《國民政府組織法》[8]，其第一章第九條規定：「國民政府主席兼中華民國陸海空軍總司令」，蔣介石獲選南京國民政府主席，從此軍政一體[5]:268。10月10日，蔣就任南京國民政府主席，通過《國民政府組織法》，兼任陸海空軍總司令，統轄全國武裝部隊[2]:228。11月7日，國民政府發佈命令[9]：軍事委員會著即裁撤，該會所有一切事務限於11月10日以前結束，分別移交軍政部、參謀本部、訓練總監部、軍事參議院[2]:228。自始進入訓政時期。1929年3月15日，蔣介石通電於本日撤銷國民革命軍總司令部及第一集團軍總司令部。不過事實上，軍委會權力移轉至蔣介石身上。
1931年11月30日，「陸海空軍總司令部撤銷，所掌事務移歸參謀本部、軍政部、訓練總監部分別辦理」。1931年12月15日，國民黨中央常務委員會臨時會議決議，准蔣介石辭去國民政府主席一職，第二次下野。
1932年1月28日，一二八事變爆發[2]:228。1932年1月29日，中國國民黨召開臨時中央政治會議，決議重設軍事委員會，設委員7人至9人，並以參謀總長、軍政部長訓練總監、軍事參議院長、海軍部長為當然委員[10]:438。2月6日軍事委員會成立。臨時中央政治委員會會議通過《軍事委員會暫行組織大綱》，於3月11日公布，復設軍事委員會，直隸於國民政府。其任務為統率國防「綏靖」事宜，決定軍事章制及軍隊教育方針，審核軍費支配及軍實補充，主持軍事建設、軍隊編制以及中將及獨立任務少將以上任免的審核。設委員長一人，副委員長二人，委員七人至九人，經國民黨中央政治會議選定，由國民政府特任；並以本會各廳主任為當然委員；委員中互推三人至五人為常務委員，行政院院長得出席軍事委員會會議。關於軍令事項由委員長負責執行；關於其他事項，經會議決定後，交由主管部會辦理。軍事委員會下設辦公廳、審計廳、銓敘廳，各設正副主任一人，分掌會務。此外，並設國防設計委員會。
1932年3月1日在洛陽市召開的國民黨四屆二中全會[5]:268。3月5日，中國國民黨四屆二中全會通過通過《關於軍事委員會案》與《國民政府軍事委員會暫行組織大綱》，軍事委員會直隸於國民政府，作為國民政府軍事最高機關稱。此次重設軍事委員會，「其目的在捍禦外侮，整理軍事，俟抗日軍事終了，即撤銷之」[11]。軍事委員會負責「國防綏靖之統率事宜」，第一次將國防內容寫進軍事委員會組織大綱；決定軍事章制及軍隊教育方針，審核軍費支配及軍實補充，主持軍事建設、軍隊編制以及中將及獨立任務少將以上任免的審核。設委員長一人，副委員長二人，委員七人至九人，經國民黨中央政治會議選定，由國民政府特任之；並以參謀總長、軍政部長、訓練總監、海軍部長、軍事參議院院長及本會各廳主任為當然委員；委員中互推三人至五人為常務委員，行政院院長得出席軍事委員會會議。關於軍令事項由委員長負責執行；關於其他事項，經會議決定後，交由主管部會辦理。3月6日，國民黨中央政治會議任命蔣介石為軍事委員會委員長。3月7日，蔣介石即將原由國民政府直轄的參謀本部、訓練總監部、軍事參議院攬歸軍事委員會轄屬。3月8日國民政府明令發表[12]：蔣介石出任軍事委員會委員長，馮玉祥、閻錫山、張學良、李宗仁、陳銘樞、李烈鈞、陳濟棠等任軍事委員會委員[10]:438。此外，依《國民政府軍事委員會暫行組織大綱》規定，行政院長（汪精衛）、參謀總長（蔣介石兼）、軍政部長（何應欽）、訓練總監（李濟深，1933年12月15日被撤職，由朱培德兼代，1934年12月7日後為唐生智）、海軍部長（陳紹寬）、軍事參議院院長唐生智（1934年12月7日後為陳調元）為當然委員。軍事委員編制與領導方式沿用黨軍委會之習慣，所有決議，須經出席委員三分之二通過方為有效，並規定，如多數委員不在軍委會所在地時，主席與委員一人有決定處置之權[13]:65。 軍事委員會下設：
1932年7月16日，國民政府公布了國民黨四屆二中全會通過的《軍事委員會組織大綱》，規定軍事委員會直屬國民政府，與國民政府直隸的參謀本部、訓練總監部、軍事參議院及行政院所轄軍政部、海軍部為指導關係。
1933年6月30日特任馬占山、蘇炳文為軍事委員會委員。1933年9月5日，增任白崇禧為委員。1933年12月15日因陳銘樞參加組織福建人民政府，被褫奪軍事委員會委員職。1935年12月18日，任馮玉祥、閻錫山為副委員長。1936年9月5日，以白崇禧繼李宗仁為常務委員。1936年12月12日西安事變發生，蔣介石被張楊扣押，國民黨中央常務委員會與中央政治委員會臨時會議議決：軍事委員會常務委員改為5—7人，加推何應欽、陳誠、程潛、李烈鈞、唐生智、朱培德、陳紹寬加入常務委員會；軍事委員會會議由副委員長馮玉祥及常務委員負責；指揮與調動軍隊，由常務委員、軍政部部長何應欽負責。後又增加徐永昌、陳調元為常務委員。
1935年行政院禁煙委員會改隸軍事委員會，由委員長兼任禁煙總監。
雖說此階段軍事委員會是為了抵抗日軍而設置，不過就事實上，至1937年第二次國共合作之前，該委員會最大任務乃是應對第一階段之國共內戰。為此，軍事委員會設立了諸多國民政府軍事委員會委員長行營、剿匪總司令部、綏靖公署。
1937年7月7日，盧溝橋事變啟動了全面的中國抗日戰爭。1937年8月11日，國民黨中政會第51次會議決議，設立國防最高會議。國防最高會議爲全國國防最高決定機關，以軍事委員會委員長爲主席。中政會第51次會議還決定軍事委員會改組為陸海空軍大本營，保舉蔣介石為陸海空軍大元帥，統帥全國陸海空軍；將全國劃分為5個戰區，組建若干集團軍。1937年8月27日，國民黨中常會授權蔣中正組織中華民國之戰時政府，將行政權歸於戰時軍事組織下。1937年9月1日因「中國為自衛而抗戰，不採宣戰方式」，蔣介石決定仍以軍事委員會為抗戰最高統帥部，不另設大本營，原大本營所設各部轉隸軍事委員會。1937年9月17日，國民黨中常會第52次會議正式決議：「由軍事委員會委員長行使陸海空軍最高統帥權，並授權委員長對於黨政統一指揮。」總的來說，從南京、武漢一路遷移，最後駐於重慶市的國民政府軍事委員會實為第二次世界大戰期間，中國的最高軍政統馭機構，而軍事委員長則超越行政院長，成為中國政府首腦。相對地，名義上的中國最高領導人國民政府主席[f]則成為虛位元首。
在此委任下，軍事委員會職權與組織大肆擴張，馴至外界有認為軍事委員會為「第二政府」，成為戰時中國實際政治中心。原直隸於國民政府的參謀本部、訓練總監部、軍事參議院，均移軍委會管轄；行政院所屬的軍政部、海軍部也歸軍委會兼轄。此外，增設航空委員會，主持空軍的事務;原來的國防設計委員會改為資源委員會，專管有關國防資源的調查研究；同時又設政訓、防空、軍法等處和進行特務活動的軍事委員會調查統計局。除了配合首長制將原本合議制的常務委員編製取消外，也設立參謀總長、副參謀總長、秘書長、副秘書長幕僚人員。蔣能在軍務倥傯之際日理萬機，乃是因蔣設置的軍事委員會委員長侍從室在旁襄助之故，侍從室亦為蔣軍事權威建立期間，最為核心的組織。1937年9月軍事委員會設六個部，在委員長和參謀總長指揮監督下分掌作戰、戰略、國防工業、國防經濟、國防宣傳、民眾訓練等事項。各部以數字命名，即第一部、第二部至第六部。
1937年11月16日中國國民黨中央常務委員會通過《非常時期黨政軍機構調整及人員疏散辦法》，軍事委員會的機構又有所調整：國民黨中央黨部的組織部、訓練部及宣傳部暫歸軍事委員會指揮，併入第六部；第二部撤銷，即以其職掌有關總動員的劃歸國家總動員設計委員會；第五部取消，其職掌劃歸國民黨中央宣傳部；國民黨中央執行委員會政治委員會停止開會，其職權交國防最高會議代行。
1938年1月17日，改組國民政府與軍事委員會，黨政軍機構分開，國民政府公布《修正軍事委員會組織大綱》，取消陸海空軍大本營。軍事委員會第三部、第四部以及資源委員會、農業調整委員會、工礦調整委員會合併入行政院經濟部；海軍部暫行撤銷，其經管事項並歸海軍總司令部辦理；軍事委員會的禁煙委員會總會改隸行政院內政部，軍事委員會委員長不再兼禁煙總監；軍事委員會的貿易調整委員會、對外易貨委員會、禁煙督察處均改隸財政部；軍事委員會水陸運輸聯合辦事處改隸交通部;軍事委員會不設副委員長，增設參謀總長一人為委員長的幕僚長、副參謀總長二人輔助參謀總長；增設軍事委員會政治部。
1939年1月，中國國民黨五屆五中全會決議國防會議改組為國防最高委員會，以統一黨政軍之指揮，由中國國民黨總裁蔣中正出任委員長；軍事委員會的國家總動員設計委員會改隸國防最高委員會；軍事委員會添設戰地黨政委員會；軍事委員會為國防最高委員會的下級機關，但國防最高委員會的主要工作為代行國民黨中央政治會議的職權，對於狹義的國防並不甚過問，所以軍事委員會的機構仍相當龐大。軍事委員會委員長之下，除設參謀總長一人、副參謀總長二人之外，又設軍事參議官多名，備委員長的諮詢。軍事委員會所屬機構有：委員長侍從室、辦公廳、軍令部、軍政部、軍訓部、政治部、航空委員會、軍法執行總監部、銓敘廳、軍事參議院、兵站總監部(後方勤務部)、戰地黨政委員會(後撤銷)、海軍總司令部、撫恤委員會、軍事運輸統制局(後裁撤)、調查統計局、中央幹部訓練團。
1941年12月，日軍突襲珍珠港，中國躍為同盟國之一，並與美英等國為作戰夥伴。1942年1月1日，中美英蘇等26國在美國華盛頓簽訂反侵略共同宣言，蔣委員長受推舉為同盟國中國戰區最高統帥，指揮中、泰、越等地區的同盟國軍隊作戰。
1941年－1945年的第二次世界大戰期間，雖然蔣中正在中國推行的軍事委員會戰時政府與西方民主理念有很大差距，但是由於同為同盟國盟友，當時西方世界；尤其美國政府、國會、一般民眾對於蔣中正頗有好感。也因此不但中國民眾普遍尊稱蔣中正為委員長，而說英語的外國人；特別是美國人，自此都稱為蔣中正為「Gimo」。而此稱呼，其實就是大元帥（Generalissimo）的英語簡寫。
1945年8月，中日戰爭結束，中華民國獲得最後勝利。1945年8月31日，國民政府頒行《收復東北各省辦理辦法綱要》，決定在長春設立「東北行營」，綜理一切事務。從同年9月25日開始，軍委會逐漸縮編。除了陸續關閉位於天水、桂林、漢中、昆明等地的委員長行營，也將防備共產黨軍隊功能的太原、廣西、滇黔、川陝鄂、晉陝綏等綏靖公署移交國民政府軍政部。
根據國防最高委員會的建議，1946年5月15日撤銷軍事委員會及其所屬各機構；1946年5月31日，國民政府於宣佈中國即將實施憲政後，裁撤長達22年之久的軍事委員會，並將其所有職能改歸於1946年6月1日組建的中華民國國防部。
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