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國民政府軍事委員會為中國國民黨主導之中華民國國民政府最高軍事機關[1]。1925年7月1日，廣州國民政府正式成立時就設立軍事委員會，其職權是在中國國民黨指導、監督下，管理、統率國民政府所轄境內陸軍、海軍、航空隊及一切關於軍事之各機關[2]:227，首任主席是汪兆銘。國民革命軍北伐開始後，又設國民革命軍總司令部，蔣中正任總司令，規定軍事委員會內各機關改隸總司令部[2]:227。軍事委員會專責以軍事武力統一中國。
1928年6月，北伐完成，統一中國，國民政府遷至南京；同年11月10日，軍事委員會職務權責移交國民政府軍政部、參謀本部、軍事參議院等單位後正式結束。1932年，一二八事變爆發，為了與侵華日軍對抗，國民政府恢復設立軍事委員會，首任委員長是蔣中正。隨後，軍事委員會歷經第一次國共內戰及中日戰爭，直到1946年5月裁撤。
軍事委員會雖隸屬國民政府，不過在中華民國軍政、訓政[a]、第二次世界大戰期間，不論是重要性或職責上都凌駕於其他政府組織。另外，該委員會雖於名義上採合議制，是一種軍事委員會制。但是實際上委員長統馭會務，享有極高軍事、行政、立法、甚至司法之決策權，實際取代國民政府主席成為最高領導人[b]，是一種軍事集權政府。
事實上，自1932年開始，軍事委員會委員長蔣中正，一般是以此職務統治全中國。 因此，不但絕大部分的中國人習慣稱呼蔣中正為蔣委員長；西方人，特別是美國人和歐洲人，也習慣稱呼蔣中正為Gimo，指其特級上將背景（Generalissimo - 大元帥）之英文簡稱。
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1917年7月，前中華民國臨時大總統孫中山於廣州成立軍政府，並研擬以武力消滅軍閥、統一中國。而中華民國軍政府轄下，設有諮詢功能的軍事委員。該委員會始設時，軍政府軍事委員名額為64名。隔年，孫中山再依其基礎，於軍政府轄下設置採合議制的軍事委員會，將軍事委員縮減為26名，並以李烈鈞爲委員長；不過此兩階段委員會，在以滇、桂、贛、粵[c]等地方割據軍閥力量為主的軍政府組織下，委員會並無任何實權。
1924年7月，在歷經粵軍叛變及一連串軍事整合失敗後，孫中山將軍事力量寄望中國國民黨創立興起的黃埔軍校。軍事委員會改組，正式作爲中國國民黨中央執行委員會屬下最高軍事決策機關，負責東征北伐事宜[3]:9。而由中央政治會議委派的軍事委員分別是許崇智、楊希閔、劉震寰、譚延闓、樊鍾秀、胡漢民、廖仲愷、蔣介石與伍朝樞等9人，除此還委由蘇俄軍官高和羅夫爲顧問[d]。形式上，已有以軍領政的雛形。1924年11月，該委員會改組，再將權力擴大，並由汪精衛、許崇智、廖仲愷、胡漢民、譚延闓、蔣中正、加倫及伍朝樞擔任，採行合議制的集體領導方式。
1925年，孫中山應馮玉祥邀請北上商討國是，不料肝癌發作，於3月12日病逝於北京。為了統一全國，中國國民黨中央政治委員會決議籌組國民政府，於7月1日在廣州正式成立，採取合議委員制，以汪精衛為主席[5]:266。除此之外，並設置以武力統一中國為主要任務之國民政府軍事委員會[5]:266。
1925年7月3日，中國國民黨中央執行委員會政治委員會設置國民政府軍事委員會，指派汪精衛、蔣介石、譚延闓、胡漢民、許崇智、廖仲愷、朱培德、伍朝樞等八人為軍事委員會委員。 以汪精衛、蔣介石、譚延闓為常務委員，汪精衛為兼任軍事委員會主席。後又增加程潛、李濟深、李福林、古應芬、李宗仁、黃紹竑、陳公博、馮玉祥等為委員。1925年7月5日公布的《中華民國政府軍事委員會組織法》[6]規定，軍事委員會受「中國國民黨之指導及監督管理」，統率國民政府轄境內的陸海軍、航空隊和一切關於軍事各機關，並擁有軍事動員、國防政策、軍制改革、軍官任免、移防、預算、決算等有關事項。除此，該委員會其編制與領導方式則沿用中國國民黨軍委會之習慣，所有決議，須經出席委員三分之二通過方爲有效，並規定，如多數委員不在軍委會所在地時，主席與委員一人有決定處置之權。軍事委員會由國民黨中央執行委員會選任的委員若干人組成，並從委員中推定一人為主席。以蔣介石、汪精衛、譚延闓為常務委員，汪精衛為兼任軍事委員會主席，並取消各地方部隊名稱，統一稱作國民革命軍，計畫北伐[5]:266。軍事委員會轄有政治訓練部（主任陳公博）、參謀團（主任羅加覺夫、副主任為湘軍總司令部參謀長岳森）、海軍局（局長斯米諾夫）、航空局（局長李糜）、軍需局（局長關道）、秘書廳（廳長朱和中）和兵工廠（廠長鄧士章）等機構。參謀團下設總務廳（主任黃實）、軍務廳（主任馮祝萬）、步兵監（馮寶森）、炮兵監（鄧演成）、工兵監（陳輸譽）、交通監（特拉特脫治）、軍醫監（朱奉藻）。
1925年8月20日廖仲愷遇刺，胡漢民受牽連出洋，許崇智受牽連赴滬，由譚延闓署理國民政府軍事部長。9月20日，軍需局局長關道被免職，范其務接任。1926年2月28日，蔣介石與汪精衛達成撤換俄籍顧問。3月1日，軍事委員會參謀團改為軍事委員會參謀部，李濟深為部長；成立軍事委員會軍需部，部長朱培德；軍事委員會各機構的俄籍顧問均被辭退，李之龍代理海軍局局長，張靜愚接任航空局局長。在1926年3月20日發生「中山艦事件」後，汪精衛辭職赴法就醫。4月9日，以羅加覺夫、季山嘉為首的蘇聯軍事顧問300餘人被辭退返蘇。在4月16日舉行的國民黨中央執行委員會與國民政府委員會聯席會議上，蔣介石成為軍事委員會主席，譚延闓成為國民政府主席。
1926年5月15日國民黨二屆二中全會上，蔣介石當上中央組織部長、中央軍人部長。1926年6月4日，國民黨中央執行委員會常務委員會第31次會議決定組織國民革命軍總司令部設於軍事委員會內，軍事委員的政治訓練部、參謀局、海軍局、航空局、軍需局、秘書廳和兵工廠均屬於總司令部；軍事委員會僅剩下秘書廳，廳長周雍能。1926年6月5日，蔣介石當上總司令。1926年7月1日，軍事委員會頒布北伐部隊動員令，北伐戰爭正式開始。1926年7月7日公布《國民革命軍總司令部組織大綱》[7]，規定「凡國民政府所屬軍民財政各部機關，均須受總司令之指揮，秉承其意旨辦理各事」，國民政府變成總司令部的後勤機關。1926年7月14日，李濟深任國民革命軍總參謀長，鈕永建為總參議，鄧演達為國民革命軍總政治部主任。國民革命軍總司令部統轄陸海空軍實施北伐。
1927年2月21日，國民黨中央和國民政府正式在武漢辦公。1927年3月10日，中國國民黨在武漢召開二屆三中全會，會中決定重設中國國民黨中央軍事委員會，在中央執行委員會下設軍事委員會，作為中國國民黨的最高軍事行政機關[5]:266。並推舉出16位委員，以汪精衛、譚延闓、蔣介石、唐生智、程潛、鄧演達、徐謙7人組成主席團[5]:266。1927年4月18日，南京國民政府成立，4月21日國民政府軍事委員會從廣州遷往南京辦公，規定軍事委員會是國民政府最高軍事機關[2]:227-228。軍事委員會不設主席，由主席團執行中央執行委員會關於軍事之決議及軍事委員會之決議，並處理日常事務，委員則以蔣介石為主的中國國民黨黨員擔任[2]:228；國民革命軍總司令只是軍事委員會的委員之一，由軍事委員會提名，中央執行委員會任免；高級軍官任免和軍隊動員出征，必須由軍事委員會決議，經中央執行委員會通過，交總司令部執行；總政治部不屬於總司令部，而是直屬於軍事委員會；所屬軍校由校長負責制改為委員會制，確立在中央執行委員會領導之下；中央執行委員會下屬的中央軍人部裁撤；全會推舉出汪精衛、蔣介石、李宗仁、朱培德、李濟深、程潛、譚延闓、馮玉祥、張發奎、何應欽、孫科、鄧演達、顧孟余、宋子文、徐謙、唐生智等16位軍事委員會委員（後增加魯滌平、于右任、陳公博），以汪精衛、譚延闓、蔣中正、唐生智、程潛、鄧演達、徐謙7人組成軍事委員會主席團[5]:266，下轄總政治部（主任鄧演達/七一五分共後陳公博接任）、秘書處（處長林伯渠）、參謀處（處長龔浩）、陸軍處（處長劉驥）、海軍處、航空處（處長孫科）、經理處（代處長謝晉）、審計處、軍工製造處、軍事學校及教育機關管理處、軍事裁判所（所長徐謙）。4月5日，武漢國民政府決定北伐奉系張作霖，任命：
- 第一集團軍 總司令蔣介石
- 第一方面軍：北伐軍東路軍改編，總指揮何應欽
- 第二方面軍：北伐軍江右軍改編，總指揮程潛
- 第三方面軍：北伐軍江左軍和北伐軍北路軍改編，總指揮李宗仁
- 第四方面軍：北伐軍西路軍改編，總指揮唐生智
- 總預備隊：總指揮朱培德
- 第二集團軍：總司令馮玉祥
1927年4月18日，南京國民政府成立，蔣介石即以國民革命軍總司令名義發表箇電，宣布軍事委員會從廣州遷往南京辦公，即日起開始辦公。[2]:227-228。1927年7月12日公布的《軍事委員會組織大綱》規定：軍事委員會為軍事最高機關，負全國陸海空軍編制、統御、教育、經理、衛生及充實國防之責；軍事委員會委員由國民黨中央執行委員會選任，委員互選5人至7人為常委，常委互選1人為主席；執行決議、發布命令時，由常務委員全體署名。軍事委員會下設軍務廳、總務廳、參謀廳、軍事教育廳、海軍處、航空處、經理處、政治訓練處等直屬機構；但在蔣介石下野前，軍事委員會工作機構未來得及建立。南京國民政府任命胡漢民、馮玉祥、閻錫山、李烈鈞、蔣中正、楊樹莊、李濟深、何應欽、李宗仁、溫壽泉、李鳴鐘、李福林、朱培德、王天培、白崇禧、朱紹良、陳銘樞、賴世璜、曹萬順、周鳳岐、陳調元、柏文蔚、王普、賀耀祖、葉開鑫、楊森、劉湘、賴心輝、劉成勛、鄧錫侯、田頌堯、劉文輝、周西成、胡若愚、陳可鈺、黃紹竑、鈕永建、商震、鹿鍾麟、向傳義、張之江、陳紹寬、陳季良、李景曦、陳儀、樊鍾秀等46人為軍事委員會委員。後增加陳訓冰、蔣作賓、方聲濤、何成濬、孫岳、方本仁為軍事委員會委員。7月下旬，軍事委員會推選胡漢民、何應欽、李鳴鐘、閻錫山、楊樹莊、李宗仁、李濟深為軍事委員會常務委員。
1927年8月16日，蔣介石通電下野。9月17日召開寧滬漢三方組成的中國國民黨中央特別委員會第二次會議，推選白崇禧、何應欽、朱培德、李宗仁、李濟深、汪兆銘、胡漢民、唐生智、程潛、馮玉祥、蔣中正、楊樹莊、閻錫山、譚延闓等14人組成軍事委員會主席團，于右任、方振武、方聲濤、王普、王鈞、石青陽、白崇禧、田頌堯、朱培德、李烈鈞、李宗仁、李濟深、李鳴鐘、李福林、李品仙、李景曦、何應欽、何成濬、何鍵、汪兆銘、周西成、周鳳岐、岳維峻、金漢鼎、胡漢民、胡若愚、胡宗鐸、柏文蔚、唐生智、孫科、孫岳、陳銘樞、陳紹寬、陳調元、陳季良、陳可鈺、陳嘉佑、陳訓冰、夏威、曹萬順、張發奎、張之江、商震、鹿鍾麟、賀耀祖、許崇智、黃紹竑、程潛、溫壽泉、馮玉祥、鈕永建、楊樹莊、楊傑、楊森、楊虎城、葉開鑫、鄧錫侯、樊鍾秀、劉湘、劉興、劉郁芬、劉文輝、蔣中正、賴心輝、魯滌平、閻錫山、譚延闓等67人為軍事委員會委員，後增加劉峙、錢大鈞、顧祝同、黃琪翔、李朗如、徐永昌、劉驥、傅作義為委員。修訂的《軍事委員會組織大綱》把主席制改為主席團制。之後，軍委會主席一度由胡漢民擔任。9月20日新的國民政府委員和軍事委員會委員同時在南京小營舉行就職典禮。軍事委員會內設工作機構：
- 辦公廳：主任馬曉君
- 兵站總監部 總監劉文藻，參謀長尹迪黃 副官長張鴻藻 經理處長蔣頌魚 交通處長邢繩祖
- 政訓部：代主任陶治公，總務處長陶治公，秘書處長徐培根，宣傳處長王澤民 組織處長張韜
- 審計處長黃經明
- 總務處長雷飈
- 經理處長繆斌
- 軍事教育處長劉士毅
- 軍政廳：廳長嚴重，副廳長陳誠
- 參謀廳：廳長張華輔，副廳長張元祐
- 第一路總指揮何應欽
- 第二路總指揮白崇禧
- 第三路總指揮李宗仁
- 第四路總指揮程潛
- 第五路總指揮朱培德
- 第六路總指揮劉湘
- 第七路總指揮鄧錫侯
- 第八路總指揮李濟深
- 第九路總指揮周西成
- 第十一路總指揮方振武
- 第十二路總指揮徐永昌
- 第十四路總指揮龍雲
1928年1月4日蔣中正恢復總司令職後，胡漢民即辭去軍委會主席一職[5]:268。2月2日，國民政府特通過「軍事委員會隸屬國民政府，爲國民政府軍政最高機關，凡屬國民革命軍之陸海空軍，均歸其節制指揮」的相關法律[5]:268。也就是說，此時軍事委員會主席兼總司令成為中國的國家實際領導者，軍事強人蔣介石隨後當選了該職務[5]:268。「總司令是國民政府為戰時軍令之統一而特任的，凡屬國民革命軍之陸海空軍，均歸其節制指揮。」「總司令兼軍事委員會主席，對中央執行委員會和國民政府負責」。軍事委員會下設政治訓練部。2月7日，全會推選于右任、白崇禧、李宗仁、李濟深、朱培德、程潛、馮玉祥、楊樹莊、蔣介石、閻錫山、譚延闓為軍事委員會主席團成員，蔣中正為軍事委員會主席。2月17日，經二屆四中全會決定，國民政府特任于右任、方振武、方聲濤、王鈞、石青陽、白崇禧、田頌堯、朱培德、朱紹良、宋哲元、李宗仁、李烈鈞、李濟深、李鳴鐘、李福林、李品仙、李景曦、何應欽、何成濬、汪兆銘、周西成、岳維峻、金漢鼎、胡漢民、胡宗鐸、柏文蔚、柏文蔚、徐永昌、馬福祥、孫良誠、孫科、孫岳、陳銘樞、陳紹寬、陳調元、陳季良、陳可鈺、陳嘉佑、陳訓冰、陳焯、夏威、曹萬順、張群、張之江、商震、鹿鍾麟、賀耀祖、黃紹竑、程潛、溫壽泉、馮玉祥、鈕永建、楊樹莊、楊愛源、楊傑、楊虎城、鄧錫侯、鄧寶珊、樊鍾秀、熊斌、錢大鈞、盧師諦、劉湘、劉驥、劉峙、劉郁芬、劉文輝、蔣中正、蔣作賓、賴心輝、魯滌平、龍雲、閻錫山、顧祝同、譚延闓等73人為軍事委員會委員，後增加衛定一、孔繁爵、方本仁、方鼎英、豐玉璽、井岳秀、石友三、孫楚、孫連仲、任應岐、劉汝明、劉鎮華、伊德欽、朱綬光、李虎臣、張維璽、張蔭梧、趙守鈺、黃國梁、高桂滋、曹浩森、譚慶林、韓復榘、夏斗寅、門致中、馬麒、馬鴻逵、馬鴻賓、石敬亭、李景林、繆培南、周玳、南桂馨、郭宗汾、傅存懷、劉興、葉琪、李燊、李品仙、何健、周爛、陶鈞、廖磊、魏益三等為委員。
1928年3月，軍事委員會主席團改稱軍事委員會常務委員會，軍事委員會主席團辦公廳改稱軍事委員會常務委員會辦公廳。3月13日，主任馬曉軍調職，由楊傑/朱紹良代/賀國光代依次繼任；軍政廳長嚴重調職，朱紹良/張治中接任；交通處長李范一免職，邱煒/華振麟繼任；審計處長黃經明免職，劉文藻接任。1928年6月軍械處長陶樹模免職，黃公柱接任。
1928年6月，因戰況順利，國民革命軍進佔北京[e]，國民政府獲得國際承認。8月，中國國民黨第二屆第五次中央全會通過《整理軍事案》， 撤銷軍事委員會及國民革命軍總司令，改組為軍政部、參謀本部、訓練總監部及軍事參議院。
1928年10月8日，國民政府公布《國民政府組織法》[8]，其第一章第九條規定：「國民政府主席兼中華民國陸海空軍總司令」，蔣介石獲選南京國民政府主席，從此軍政一體[5]:268。10月10日，蔣就任南京國民政府主席，通過《國民政府組織法》，兼任陸海空軍總司令，統轄全國武裝部隊[2]:228。11月7日，國民政府發佈命令[9]：軍事委員會著即裁撤，該會所有一切事務限於11月10日以前結束，分別移交軍政部、參謀本部、訓練總監部、軍事參議院[2]:228。自始進入訓政時期。1929年3月15日，蔣介石通電於本日撤銷國民革命軍總司令部及第一集團軍總司令部。不過事實上，軍委會權力移轉至蔣介石身上。
1931年11月30日，「陸海空軍總司令部撤銷，所掌事務移歸參謀本部、軍政部、訓練總監部分別辦理」。1931年12月15日，國民黨中央常務委員會臨時會議決議，准蔣介石辭去國民政府主席一職，第二次下野。
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1932年1月28日，一二八事變爆發[2]:228。1932年1月29日，中國國民黨召開臨時中央政治會議，決議重設軍事委員會，設委員7人至9人，並以參謀總長、軍政部長訓練總監、軍事參議院長、海軍部長為當然委員[10]:438。2月6日軍事委員會成立。臨時中央政治委員會會議通過《軍事委員會暫行組織大綱》，於3月11日公布，復設軍事委員會，直隸於國民政府。其任務為統率國防「綏靖」事宜，決定軍事章制及軍隊教育方針，審核軍費支配及軍實補充，主持軍事建設、軍隊編制以及中將及獨立任務少將以上任免的審核。設委員長一人，副委員長二人，委員七人至九人，經國民黨中央政治會議選定，由國民政府特任；並以本會各廳主任為當然委員；委員中互推三人至五人為常務委員，行政院院長得出席軍事委員會會議。關於軍令事項由委員長負責執行；關於其他事項，經會議決定後，交由主管部會辦理。軍事委員會下設辦公廳、審計廳、銓敘廳，各設正副主任一人，分掌會務。此外，並設國防設計委員會。
1932年3月1日在洛陽市召開的國民黨四屆二中全會[5]:268。3月5日，中國國民黨四屆二中全會通過通過《關於軍事委員會案》與《國民政府軍事委員會暫行組織大綱》，軍事委員會直隸於國民政府，作為國民政府軍事最高機關稱。此次重設軍事委員會，「其目的在捍禦外侮，整理軍事，俟抗日軍事終了，即撤銷之」[11]。軍事委員會負責「國防綏靖之統率事宜」，第一次將國防內容寫進軍事委員會組織大綱；決定軍事章制及軍隊教育方針，審核軍費支配及軍實補充，主持軍事建設、軍隊編制以及中將及獨立任務少將以上任免的審核。設委員長一人，副委員長二人，委員七人至九人，經國民黨中央政治會議選定，由國民政府特任之；並以參謀總長、軍政部長、訓練總監、海軍部長、軍事參議院院長及本會各廳主任為當然委員；委員中互推三人至五人為常務委員，行政院院長得出席軍事委員會會議。關於軍令事項由委員長負責執行；關於其他事項，經會議決定後，交由主管部會辦理。3月6日，國民黨中央政治會議任命蔣介石為軍事委員會委員長。3月7日，蔣介石即將原由國民政府直轄的參謀本部、訓練總監部、軍事參議院攬歸軍事委員會轄屬。3月8日國民政府明令發表[12]：蔣介石出任軍事委員會委員長，馮玉祥、閻錫山、張學良、李宗仁、陳銘樞、李烈鈞、陳濟棠等任軍事委員會委員[10]:438。此外，依《國民政府軍事委員會暫行組織大綱》規定，行政院長（汪精衛）、參謀總長（蔣介石兼）、軍政部長（何應欽）、訓練總監（李濟深，1933年12月15日被撤職，由朱培德兼代，1934年12月7日後為唐生智）、海軍部長（陳紹寬）、軍事參議院院長唐生智（1934年12月7日後為陳調元）為當然委員。軍事委員編制與領導方式沿用黨軍委會之習慣，所有決議，須經出席委員三分之二通過方為有效，並規定，如多數委員不在軍委會所在地時，主席與委員一人有決定處置之權[13]:65。 軍事委員會下設：
- 辦公廳：掌軍委會印信典守事項；會議通知事項；關於機要文電撰擬收發事項；關於電務及密本編訂事項及其他不屬於各廳之重要事項。1932年2月4日任命李濟深為辦公廳主任，1932年3月28日調任第一廳廳長，朱培德繼任主任，1937年2月17日朱病逝．由徐永昌接任，林蔚、鮑文樾、吳思豫、劉光先後任副主任。
- 第一廳：掌關於軍令事項；關於參謀本部業務之聯絡事項；關於國防作戰綏靖計劃事項；關於軍事章制事項；關於國內各軍事呈報搜集及通報事項；關於國內外軍事調查統計事項。1932年3月28日任命李濟深為廳長。12月28日李他調，唐生智繼任廳長。4月13日葛敬恩為副廳長，周亞衛代理副廳長.下分4個處：
- 參謀本部事務處，劉光、龔浩、黃菊裳先後任處長
- 第一處，處長王綸（後為劉光、黃菊裳）
- 第二處，處長張國元（黃菊裳、龔浩先後繼任）
- 第三處，處長張諝文（後為陳啟之）
- 第二廳：掌關於陸軍、海軍、空軍事務之決定審核及聯絡事項；關於各項軍費之核定事項；關於軍事教育訓練方針、校園計劃之決定及聯絡事項；關於政治訓練宣傳事項；關於審核中將及獨立任務少將以上之任免與管理陸海空軍銓敘事項。1932年3月24日任命何應欽為廳長；4月13日陳儀兼代廳長，鮑文樾為副廳長。1933年夏，熊斌接陳儀兼代廳長；1934年3月8日曹浩森接熊斌兼代廳長；4月28日賀國光繼鮑文樾任副廳長。1935年5月4日本廳撤銷，所掌業務分歸陸、海、空和銓敘廳等執掌。下分5個處：
- 第三廳：掌軍委會內人事事項；關於文件收發事項；關於本會文告及函電撰擬事項；關於本全會議記錄事項；關於侍從派遣及交際布置事項；關於本會警備及軍隊風紀事項；關於本會物品保管及房舍清潔事項；關於本會庶務會計經費事項和其他不屬於各廳處之事項：1932年3月28日任命朱培德兼任廳長，4月13日以賀國光為副廳長；1933年11月2日朱調任他職，以楊端六為廳長、1934年2月28日翁之麟接賀國光為副廳長。1935年5月4日，本廳改為審計廳。下分6個處：
- 執行部 主任唐生智（兼）
- 銓敘廳：1934年4月，為統一掌管全軍人事，增設銓敘廳。1934年4月26日任命林蔚為廳長，殷祖繩為副廳長。下分3個處，處長分別以吳克潤、黃思基、戴銘忠任之。
- 國防設計委員會：1934年4月改名資源委員會。委員制蔣介石（兼），秘書長翁文灝，副秘書長錢昌照
- 政治訓練處
- 航空署/航空委員會(1934年8月升格）
- 防空科，1934年8月改為防空處，設處長、副處長、主任各1人，第一科（積極防空）、第二科（防空情報）、第三科（消極防空）、第四科（總務）、設計委員會、中央通信所、積極大隊、消極大隊。
- 防空委員會：1935年3月防空處改為防空委員會，1936年3月再改回防空處。設主任、副主任各1人，委員若干，下設四個處。
- 軍醫設計監理委員會
- 軍事長官懲戒委員會
- 調查統計局：1935年5月組建 局長陳立夫，副局長陳焯。
- 第一處
- 第二處
- 審計廳：1935年5月組建。廳長楊端六，副廳長翁文麟
- 委員長侍從室：1936年1月國民政府軍事委員會委員長南昌行營侍從室改為軍事委員會委員制侍從室
- 設有高級參謀若干員：秦德純、張允榮、錢卓倫,李興中、劉興、胡秉鐸、吳一青、張厚琬、王烈、佘念慈任之.
1932年7月16日，國民政府公布了國民黨四屆二中全會通過的《軍事委員會組織大綱》，規定軍事委員會直屬國民政府，與國民政府直隸的參謀本部、訓練總監部、軍事參議院及行政院所轄軍政部、海軍部為指導關係。
1933年6月30日特任馬占山、蘇炳文為軍事委員會委員。1933年9月5日，增任白崇禧為委員。1933年12月15日因陳銘樞參加組織福建人民政府，被褫奪軍事委員會委員職。1935年12月18日，任馮玉祥、閻錫山為副委員長。1936年9月5日，以白崇禧繼李宗仁為常務委員。1936年12月12日西安事變發生，蔣介石被張楊扣押，國民黨中央常務委員會與中央政治委員會臨時會議議決：軍事委員會常務委員改為5—7人，加推何應欽、陳誠、程潛、李烈鈞、唐生智、朱培德、陳紹寬加入常務委員會；軍事委員會會議由副委員長馮玉祥及常務委員負責；指揮與調動軍隊，由常務委員、軍政部部長何應欽負責。後又增加徐永昌、陳調元為常務委員。
1935年行政院禁煙委員會改隸軍事委員會，由委員長兼任禁煙總監。
雖說此階段軍事委員會是為了抵抗日軍而設置，不過就事實上，至1937年第二次國共合作之前，該委員會最大任務乃是應對第一階段之國共內戰。為此，軍事委員會設立了諸多國民政府軍事委員會委員長行營、剿匪總司令部、綏靖公署。
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1937年7月7日，盧溝橋事變啟動了全面的中國抗日戰爭。1937年8月11日，國民黨中政會第51次會議決議，設立國防最高會議。國防最高會議爲全國國防最高決定機關，以軍事委員會委員長爲主席。中政會第51次會議還決定軍事委員會改組為陸海空軍大本營，保舉蔣介石為陸海空軍大元帥，統帥全國陸海空軍；將全國劃分為5個戰區，組建若干集團軍。1937年8月27日，國民黨中常會授權蔣中正組織中華民國之戰時政府，將行政權歸於戰時軍事組織下。1937年9月1日因「中國為自衛而抗戰，不採宣戰方式」，蔣介石決定仍以軍事委員會為抗戰最高統帥部，不另設大本營，原大本營所設各部轉隸軍事委員會。1937年9月17日，國民黨中常會第52次會議正式決議：「由軍事委員會委員長行使陸海空軍最高統帥權，並授權委員長對於黨政統一指揮。」總的來說，從南京、武漢一路遷移，最後駐於重慶市的國民政府軍事委員會實為第二次世界大戰期間，中國的最高軍政統馭機構，而軍事委員長則超越行政院長，成為中國政府首腦。相對地，名義上的中國最高領導人國民政府主席[f]則成為虛位元首。
在此委任下，軍事委員會職權與組織大肆擴張，馴至外界有認為軍事委員會為「第二政府」，成為戰時中國實際政治中心。原直隸於國民政府的參謀本部、訓練總監部、軍事參議院，均移軍委會管轄；行政院所屬的軍政部、海軍部也歸軍委會兼轄。此外，增設航空委員會，主持空軍的事務;原來的國防設計委員會改為資源委員會，專管有關國防資源的調查研究；同時又設政訓、防空、軍法等處和進行特務活動的軍事委員會調查統計局。除了配合首長制將原本合議制的常務委員編製取消外，也設立參謀總長、副參謀總長、秘書長、副秘書長幕僚人員。蔣能在軍務倥傯之際日理萬機，乃是因蔣設置的軍事委員會委員長侍從室在旁襄助之故，侍從室亦為蔣軍事權威建立期間，最為核心的組織。1937年9月軍事委員會設六個部，在委員長和參謀總長指揮監督下分掌作戰、戰略、國防工業、國防經濟、國防宣傳、民眾訓練等事項。各部以數字命名，即第一部、第二部至第六部。
- 委員長：蔣中正
- 參謀總長：程潛
- 副參謀總長：白崇禧
- 秘書廳：秘書長張群，副秘書長陳布雷
- 第一部，掌軍令，1938年1月與參謀本部合併為軍令部。設情報組
- 第二部，掌政略，1937年11月16日歸併入國家總動員設計委員會
- 第三部，掌財政金融與國防工業。1938年1月歸併入經濟部等。
- 第四部，掌國防經濟。1938年1月歸併入經濟部等。
- 第五部：掌國際宣傳。1937年11月16日取消，業務併入國民黨中央宣傳部。設對敵宣傳組
- 第六部：掌民眾訓練。1937年11月16日併入國民黨中央組織部、中央訓練部
- 國家總動員設計委員會：1939年11月成立。主持國家總動員業務的研究設計及指導、督促、考核各級動員委員會業務的進行，主任委員蔣介石兼、副主任委員
- 秘書處：設主任秘書一人，秉承主任委員、副主任委員處理會務，處內分總務、文書、編審及統計四股，設秘書四人，股長四人，股員十二至十六人，辦事員若干人。
- 第一組，主管兵役、慰勞、撫恤、傷兵管理、軍隊衛生等事項;
- 第二組，主管教育宣傳及民眾組織訓練等事項;
- 第三組，主管地方行政、難民救濟、社會衛生等事項;
- 第四組，主管財政、金融、經濟、交通及國防工業等事項。
- 後方勤務部：1937年9月成立。部長俞飛鵬
- 船舶運輸司令
- 鐵道運輸司令
- 高級通訊指揮官
- 航空委員會
- 防空處
- 禁煙總會
- 衛生勤務部：1937年9月16日成立，部長劉瑞恆。把行政院的衛生署、軍政部的軍醫署，都劃歸為該部領導，其用意是為了加強戰時的救護工作。1938年初，大本營改組，衛生勤務部撤消，軍醫署恢復原來建制，衛生署改隸於內政部，恢復原來衛生工作軍、民分治的局面。
- 秘書處：梅貽琳、張振夏兩位醫師分任正、副處長
- 野戰救護處：中將處長金誦盤
- 傷兵管理委員會：主任委員溫應星
- 軍法執行總監部：1937年9月8日成立。總監唐生智兼。副監谷正倫（憲兵司令兼）、王懋功
- 水陸運輸聯合辦事處：1937年11月設立。
- 海防司令
- 憲兵司令
- 江防司令部：1937年10月,國民革命軍江防軍在湖北武漢成立。據參謀本部制定的《江防計劃綱領》草案，由第15軍團軍團長兼第27軍軍長劉興任江防司令部總司令
- 防空司令：國民黨政府於1937年8月19日正式頒布了《防空法》，規定全國防空事宜由政府最高軍事機關負責，全國所有公民有防空服役和提供物力支援的義務，對民防經費的來源也做了規定。但是由於條件所限，大多數民防活動只停留在紙上
1937年11月16日中國國民黨中央常務委員會通過《非常時期黨政軍機構調整及人員疏散辦法》，軍事委員會的機構又有所調整：國民黨中央黨部的組織部、訓練部及宣傳部暫歸軍事委員會指揮，併入第六部；第二部撤銷，即以其職掌有關總動員的劃歸國家總動員設計委員會；第五部取消，其職掌劃歸國民黨中央宣傳部；國民黨中央執行委員會政治委員會停止開會，其職權交國防最高會議代行。
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1938年1月17日，改組國民政府與軍事委員會，黨政軍機構分開，國民政府公布《修正軍事委員會組織大綱》，取消陸海空軍大本營。軍事委員會第三部、第四部以及資源委員會、農業調整委員會、工礦調整委員會合併入行政院經濟部；海軍部暫行撤銷，其經管事項並歸海軍總司令部辦理；軍事委員會的禁煙委員會總會改隸行政院內政部，軍事委員會委員長不再兼禁煙總監；軍事委員會的貿易調整委員會、對外易貨委員會、禁煙督察處均改隸財政部；軍事委員會水陸運輸聯合辦事處改隸交通部;軍事委員會不設副委員長，增設參謀總長一人為委員長的幕僚長、副參謀總長二人輔助參謀總長；增設軍事委員會政治部。
- 委員長：蔣中正
- 參謀總長：何應欽，1944年11月20日調任陸軍總司令後，程潛代理參謀總長
- 副參謀總長：程潛、白崇禧、朱紹良（1946年2月23日）
- 委員：閻錫山、馮玉祥、李宗仁、程潛、陳紹寬、李濟深、唐生智（1938.6-）、宋哲元（1938.12-）、熊式輝（1942.3-）、衛立煌（1942.4-）、萬福麟（1942.6-）
- 辦公廳：主任朱德培/徐永昌（37.3.6）/賀耀祖（38.1）/熊斌（39.12）/商震（40.5）/賀國光（43.7）/朱紹良（46.2.23）
- 秘書廳：秘書長張群、副秘書長陳布雷
- 軍令部：由大本營第一部和參謀本部合併。部長徐永昌，政務次長熊斌、羅卓英（1943年5月）、秦德純（1946年）；常務次長楊傑（未到職）、林蔚（代理，1938年正式）、劉斐（1939年3月）
- 第一廳：掌作戰，廳長劉斐、張秉均
- 第二廳：掌情報、武官，廳長徐培根二級上將（1938年4月-1939年9月）、楊宣誠海軍中將（1939年10月-1942年12月）、鄭介民中將（1943年-1946年），副廳長鄭介民。掌理敵軍諜報、各戰場敵情和邊區諜報；蘇聯歐美及與敵有關之情報搜集、研究、整理、判斷；駐外武官的派遣、指導及外國駐華武官的招待；諜報計劃及諜報人員的訓練；外僑與各國駐華兵力的登記；防範間諜及漢奸的活動；在華外人及軍備行動的調查整理；諜報教育、通訊與諜報技術的研究、計劃事項。
- 第一處主管對日情報，處長吳石中將、李立柏、副處長王丕承少將、鈕先銘少將；
- 第二處主管國際情報，駐外的武官，處長郗永綏(郗恩綏中將)、侯騰；劉方矩
- 第三處主管國內情報，處長鄭介民中將（同時兼任軍統局書記長）、杜逵；
- 第四處主管電訊通信，處長魏大銘少將（同時兼任軍統局電訊處長）。
- 第五處，1943年4月增設，負責邊疆情報。
- 軍事委員會中蘇特種情報所：中蘇技術所是1938年7月15日，在漢口市特四區台兒莊路86號秘密建所，所長為賀耀祖，其任職26天後，由軍令部二廳廳長徐培根接任。重慶公開建所時，所長徐培根和楊宣誠兼任，副所長是蘇聯人華西列夫，還有科長鄭冰如、黃昌度
- 軍事委員會中蘇特種情報電台：台長是蘇聯人伊凡諾夫，副台長肖堅白原是第二廳第四處的科長。
- 監督電台（專門監聽己方部隊機構）
- 通訊總台：負責與外派的分台之間的聯絡
- 諜報參謀人員訓練班：班主任汪政，系黃埔軍校第五期畢業
- 通訊人員訓練班：班主任由第四處處長魏大銘兼任
- 電訊總隊
- 通訊總所：主持第二廳諜報電台的組織和派遣，並負責通訊總所重慶的總台與駐外各地派遣的分台之間通訊聯絡事宜。總所的工作由第四處第十四科負責指揮。總所的前身是第二廳的通訊總台。自1940年起，第二廳派往外地的分台逐漸增加，為適應負責組派電台的任務，1940年在重慶的復興關附近大坪新村成立軍令部第二廳通訊總所。首任總所長由第四處處長魏大銘兼任，副總所長由金戈擔任。
- 戰訊發布組：組長曾慶集少將、包凱少將
- 第三廳（總務）：掌參謀、人事、總務、會計和陸大教育等。廳長陳焯、李端浩；
- 人事處：掌管軍令部人事。
- 教育處：掌管參謀人員考核、陸軍大學等。
- 第四廳：掌測量與地圖，1943年1月陸地測量總局由改設。廳長晏勛甫
- 主任高級參謀：張華甫
- 特級高級參謀：張元祜、劉雲乾、楊宣誠等
- 工兵指揮部
- 炮兵指揮部
- 通訊兵指揮部
- 戰史編撰委員會
- 通訊總所
- 技術室
- 陸軍大學
- 中央陸地測量學校
- 邊務研究所
- 預備武官訓練班
- 重慶核心陣地參謀團
- 特種兵器試驗組
- 通訊人員訓練班
- 諜報參謀訓練班
- (直屬)第十三科，專門主管共產黨的情報和對付共產黨的軍事計劃等工作。科長：蕭毅肅/張繼寅
- 軍政部：部長何應欽、陳誠（1944.11.20-），政務次長曹浩森（首任）、錢大鈞（1942年2月任）、林蔚（1944年12月任）；常務次長張定璠（38.1-病逝）/俞大維（44.12）
- 軍務司/軍務署（45.1升格）：王文宣/方天（1944年3月任）
- 軍事科
- 防務科
- 整備科
- 要塞組
- 炮兵組
- 步兵司：司長劉勁持
- 炮兵司：司長侯志磐
- 工兵司：司長邱士琛
- 交輜兵司：司長王鎮
- 交通兵司：司長吳仲直
- 機械兵司：司長向軍次
- 軍法司：司長王震南/張仁德/劉干俊
- 交通司：44年9月劃給後方勤務部。司長王景祿
- 汽車科
- 燃料科
- 經理科
- 馬政司：45年1月劃入軍政署。司長余玉瓊/曾廣麟/朱其爙/武泉遠
- 兵工署：署長俞大維
- 軍需署：署長周駿彥（1940年病逝）/陳良（1940-）
- 軍糧總局：轄5個處，43年撤銷。
- 城塞局：1938年3月，軍令部城塞組改隸軍政部。1938年4月1日升格為局。局長馬崇六。副局長李高、楊樹松。
- 經理處
- 材料處
- 兵役司/1939年2月升格為兵役署。司長朱為珍，兵役署署長程澤潤（1939年2月-1944年8月8日）/徐思平（1944.8.22-）。1944年10月升格兵役部，改隸行政院；1944年10月25日,軍事委員會公布《兵役部組織法》；部長鹿鍾麟上將，副部長秦德純、徐思平。1945年12月縮編為軍政部兵役署，署長徐思平。
- 總務處處長吳詔全
- 役政司司長張學濂
- 征補司
- 國民兵司司長何志浩
- 軍政部直轄全國各地的四十餘個軍政部補充兵訓練處
- 軍醫司/軍醫署：38年7月升格為署。張建（原任）、梅貽琳、胡蘭生（1938年7月任）、盧致德（1944年2月任）、徐希麟（1944年3月任）、林可勝（民國三十四年七月任）
- 第一處處長梁任樞、徐世綸；
- 人事科
- 經理科
- 事務科
- 會計室
- 第二處處長朱孝蘭、李穆生
- 醫務科
- 傷病處理科
- 材料科
- 第三處處長李生
- 教育科
- 衛生科
- 統計室
- 視察室
- 會計長陳良、閔湘帆、李鄴
- 第一處處長梁任樞、徐世綸；
- 總務廳：廳長項雄霄/陳啟文（1942-）/劉翼峰（1945年1月-）/錢壽恆
- 文書科
- 管理科
- 交際科
- 人事科科長秋宗鼎、陳春霖
- 會計處：處長陳良
- 軍政部武昌辦事處
- 桂林分處
- 軍事計政設計委員會
- 點驗委員會：1944年底結束。主任委員錢大鈞、金奎璧（1944年10月23日代理），副主任委員金奎璧、委員方暾。
- 第一組：負責點驗川康的部隊。組長方暾中將
- 軍務司/軍務署（45.1升格）：王文宣/方天（1944年3月任）
- 軍訓部：1938年1月17日，訓練總監部改組為軍訓部，部長白崇禧，次長劉士毅、陳繼承/黃琪翔（38.7.16）、阮肇昌、王俊
- 參事室：主任參事徐國鎮中將 掌理關於法令章制之撰擬及交辦事項
- 秘書室：掌機要電文撰擬及交辦事項
- 總務廳：廳長徐國鎮中將、周維綱、陸蔭輯 下轄3個科及醫務、印刷所，掌理該部日常事務
- 步兵監：總監阮肇昌、徐國楨中將、楊政治，下設3個科，掌理步兵軍隊、院校教育、校閱及本兵科科典範令、參考書編訂和編制裝備研究事項
- 騎兵監：總監汪鎬基、門炳岳上將、林湛，下設2個科，掌理騎兵部隊、軍校的教育、校閱和騎兵的科典範令參考書的編訂、修正審查以及騎兵編制裝備、軍馬繁殖與調養等事項
- 炮兵監：總監黃琪翔、劉翰東中將、王和華，下設有辦公室、3個科和1個視察組，掌理炮兵教育、人事考核和炮兵的建設整理，以及校閱、游動教育事項
- 工兵監：總監吳和宣、林伯森中將.該監下設2個科，掌關於工兵(包括鐵道隊)教育指導、校閱視察及院校教育、建設事項和關於工兵編制裝備、技術器材研究、科典範令修訂等事項
- 輜重兵監：總監李國良、毛福成中將，下設2個科，掌理本兵科科典範令參考書編訂、編制裝備、運輸工具研究和部隊(包括鐵道船舶運輸)教育規劃、校閱視察及所屬軍校教育計劃指導建設事項
- 通信兵監：總監華振麟中將，下設2個科，掌本兵科學校教育規劃指導，科典範令、參考書修訂和本兵科部隊教育指導、校閱視察及編制裝備技術器材之研究等事項
- 交通兵監：總監徐庭瑤中將，下設3個科，掌機械化部隊、學校教育規劃、校閱視察、建設改進事項和本兵科科典範令、參考書編訂修正審查事項以及部隊器材裝備研究改善、軍用車輛檢查事項；
- 國民教育處：處長杜心如中將，下設兩科，掌教育計劃及教材編訂事項和校閱統計、人事考核事項；
- 軍事編輯處：處長楊言昌中將，掌軍事參考圖書編輯、翻譯審核及搜集保管事項。
- 政治部：大本營第六部、軍事委員會政訓處、訓練總監部政訓處合併為政治部。部長陳誠、張治中（1940年9月-），副部長黃琪翔（1938.1-1938.8）/袁守謙（1938年8月，1944年1月）、周恩來（1938.1-1938.8）//張勵生（1938.8-1940.7）/梁寒操（40年9月-1942.4）/何浩若（1942.4-1945.3）/黃少谷（1945年3月）、王東原。秘書長張勵生/賀衷寒（38.7）
- 一廳管軍中黨務政訓，政工人員銓敘。廳長賀衷寒、鄧文儀
- 一處管部隊政工。處長徐會之(黃埔一期)。
- 二處管軍校及醫院政工。處長孫伯騫。一科負責軍校政訓上校科長沈沛霖(沈清塵)兼副處長代理處長。二科負責軍事教材編審，科長楊禮恭。三科負責軍醫院監理及傷兵管教。
- 二廳管民眾組訓,廳長康澤、徐會之。
- 三廳掌管宣傳慰勞工作，廳長郭沫若中將、何浩若、黃少谷、李俊龍。副廳長范壽康、范揚。主任秘書陽翰笙，秘書傅抱石。「全國慰勞總會」和「戰地文化服務處」也隸屬第三廳領導。三廳最盛時有2000多人，知名的文化人過百，有10個抗敵演劇隊，4個抗敵宣傳隊，3個電影放映隊，1個漫畫宣傳隊，還有著名的「孩子劇團」和「新安旅行團」。
- 總務廳管後勤，廳長趙志堯/朱代傑
- 秘書處主管文書，處長柳克述
- 設計委員會安置閒員
- 指導委員會安置高層人物。
- 一廳管軍中黨務政訓，政工人員銓敘。廳長賀衷寒、鄧文儀
- 軍事參議院：院長陳調元/李濟深（43.12.31）/龍雲（45.10.2），副院長王樹常/于學忠（1944.3）、張鈁（38.2.1）
- 軍法執行總監部：1937年9月6日，國民政府明令設置。掌理全國軍隊紀律之維持與軍法之執行事務、審理將級人員違法案件。1945年12月1日，軍政部恢復軍法司，軍法執行總監部結束。總監唐生智/鹿鍾麟（38.2.9）/何成浚（38.6.14），副總監谷正倫/張鎮，王懋功/朱懷冰、秦德純（40.12）、賀國光（41.1）
- 總務組
- 審判組
- 督察組
- 國民政府軍事委員會戰區軍風軍紀巡察團
- 委員長侍從室：
- 侍一室：軍事、情報。主任：錢大鈞（36.1-38.3）/林蔚（38.4-39.3）/張治中（39.4-40.4）/賀耀祖（40.4-42.9）/林蔚（42.9-44.11）/錢大鈞（44.12-45.8）/商震（45.9-45.11），副主任鄒競
- 侍二室：黨務、政治。主任陳布雷，副主任周佛海/張道藩/陳方
- 侍三室：人事、調查、考核。主任陳果夫，副主任羅良鑒、劉詠堯、蕭贊育
- 參事室（名稱為「軍事委員會參事室」）：1938年3月成立。主任朱家驊/王世傑。參事周鯁生、陶希聖、陳豹隱、王征、張忠紱、郭斌佳、甘介侯。專員2人。秘書1人。幹事14人。
- 侍衛長室：負責人依次為 侍衛長錢大鈞、副侍衛長王世和（1938.3）、副侍衛長馮聖法（1942）、侍衛長俞濟時（1944年
- 侍三組
- 警衛團：團長石祖德
- 特務團：團長柳元麟
- 軍事委員會調查統計局：1938年8月設立。局長賀耀祖/錢大鈞（1940年任）/林蔚（1942年9月任）/戴笠（1944年任），副局長戴笠、陳焯、毛人鳳（1946年3月）
- 督察室
- 會計室
- 技術研究會
- 設計委員會
- 秘書主任
- 總務科
- 編制科
- 譯電科
- 文書科
- 第一處
- 人事科
- 訓練科
- 交通科
- 警務科
- 第二處
- 軍事科
- 政治科
- 國際科；
- 第三處
- 行動反間科
- 司法科；
- 第四處/軍統局特種技術研究室，簡稱「特技室」，1942年2月從軍委會技術室分離。地點在重慶的遺愛祠徐家坡。主任魏大銘；副主任：陳一白、陳祖舜。主任秘書葉文昭
- 總務科長關振鐸。
- 研譯組：日本在華密電研譯。組長夏隆堅/林國人（1944年10月-）
- 國際組：日本在華密電研究、統計。組長陳祖舜/魏林（1944年10月-）
- 國內組：國內中文密電研譯。組長趙世康/魯育民（1944年10月-）。
- 電訊偵測總台：偵測密電電訊。總台長楊正衣，副總台長壽維新。
- 華北區（天津區、平綏區）
- 察哈爾站
- 綏遠站
- 青島站
- 濟南站
- 石家莊站
- 保定站
- 北平站
- 天津站
- 華東區
- 浙江站
- 安徽站
- 屯溪站
- 杭州站。
- 華中區
- 西康站
- 河南站
- 寧夏站
- 九江站
- 江西站
- 湖北站
- 湖南站
- 甘肅站
- 山西站
- 陝西站
- 成都站
- 重慶站
- 華南區
- 閩南站
- 閩北站
- 貴州站
- 廣西站
- 廣東站
- 香港站。
- 鐵路破壞隊
- 軍事諜報流動組
- 京滬流動行動總隊
- 策反委員會
- 山東行動委員
- 拉薩工作站。
- 新疆秘密工作站：伊犁、阿山、喀什、莎車、阿克蘇、烏耆、哈密組。
- 東北區
- 大連站
- 瀋陽站
- 濱江站
- 長春站（北滿站）
- 鞍山站
- 吉林站
- 哈爾濱站
- 佳木斯站
- 齊齊哈爾站
- 河內組
- 海防組
- 西貢組；
- 曼谷組
- 緬甸組———仰光、臘戍，1943年另立曼德里、八莫、科子、眉曲、班弄等5組。
- 星洲站
- 檳榔嶼組
- 坤甸坡組
- 荷印組（吉隆坡小組）
- 加爾格達站———加城、新德里、喀拉嗤、孟買、藍伽、狄不魯加6組。
- 馬尼拉組
- 華盛頓通訊組
- 芝加哥通訊組
- 紐約通訊組
- 埃及通訊組
- 英國通訊組
- 法國通訊組
- 蘇聯通訊組
- 土耳其通訊組
- 秘魯通訊組
- 巴西通信組
- 軍委會銓敘廳：1935年2月設置。廳長林蔚/吳思豫（38.4）/錢卓倫（1945年1月），副廳長：殷組繩（1935.5任）/錢卓倫、劉泳堯/劉祖舜（1946.3任）
- 第一處：處長吳克潤
- 第二處：處長黃思基
- 第三處：處長戴銘忠
- 後方勤務部：衛生勤務部併入。部長俞飛鵬，副部長陳盡草。1945年1月8日改為後方勤務總司令部，總司令黃鎮球，副總司令端木傑
- 參謀處
- 人事科（44.10升格為人事處）
- 章則科
- 編輯處/兵站史料編輯處（39.5-42.12後併入參謀處）
- 軍郵督察處（39.6）
- 交通處（40.4由運輸處與汽車管理處合併）
- 副官處
- 經理處
- 糧服科
- 會計科
- 出納科
- 審核科
- 會計處（44.8由經理處財務組改編）
- 秘書處
- 軍械處
- 衛生處
- 參謀處
- 海軍總司令部：總司令陳紹寬，參謀長陳訓冰（1945年4月病逝）/曾以鼎
- 航空委員會：1934年5約軍政部航空署改為航空委員會。主任錢大鈞/周至柔（1939年夏），副主任毛邦初/黃光銳，秘書長宋美齡/宋子文。設一處（作戰）、二處（教育編譯）、三處（人事軍醫軍法統計）、四處（機械器材）、五處（財務補給）、六處（建築）
- 特務旅旅長萬用霖(1903年生，別號雨人，江西新建人。黃埔二期步科。曾任中央軍校教導總隊中校大隊附、航空委員會特務團團長，特務旅少將旅長。1948年初任空軍地面警備司令部司令，1949年到台灣任空軍總司令部第六處處長。1959年退役)
- 軍委會鐵道運輸司令部/軍委會運輸總司令部(1938.8.1擴建)：總司令錢宗澤。1940年4月14日併入軍委會運輸統制局。
- 軍委會運輸統制局（簡稱「運統局」）：1940年3月蔣介石親自主持召開全國運輸會議，決定軍事運輸總監部（唐生智）與軍委會運輸總司令部合併組建運輸統制局。1940年4月14日成立。主任委員何應欽兼/俞飛鵬（1941.9.4)，副主任委員張嘉璈、俞飛鵬（交通部長）。1940.9公路船舶運輸業務劃歸後勤部交通處。1942年5月滇緬公路中斷，1942年12月運輸統制局撤銷。1943年春改為後勤部鐵道運輸處。
- 軍事委員會西南進出口物資運輸總經理處（簡稱「西南運輸總處」，對外稱「興運公司」、「西南運輸公司」為掩護）：1937年8月23日粵漢鐵路、廣九鐵路正式通車。國民政府派沈昌赴廣州籌備。1937年10月1日在廣州西濠口432號的廣州戲院三樓成立正式辦公。時任交通部次長兼廣州市長曾養甫兼任主任。後因軍事運輸的需求和規模急劇上升，改由宋子良專任主任，並任命吳琢之（江西汽車公司經理）、劉吉生（大實業家劉鴻生的胞弟）、龔學遂（江西省建設廳廳長）三個副主任，秘書長曾昭六，內設各組、室，下設科；外設分處，下轄支處、站。1938年9月，西南運輸總處遷駐雲南昆明，奉命統制滇緬公路運輸。同時為了辦理運輸業務，車輛調度、加油、拖救和司機住宿等工作，在其主要運輸沿線還設立了眾多運輸站。1938年7月西南運輸總處新加坡分處處長陳質平致函南洋華僑領袖陳嘉庚：「奉總處宋主任東越代電擬請陳嘉庚先生代為招募華僑司機二百名，擔任戰區械彈給養補充輸送事宜。任務至為重要，務祈惠賜代辦，以裨戰局。」陳嘉庚隨即發布《南僑總會第六號通告》，號召華僑中的年輕司機和技工踴躍報名回國服務，與祖國同胞並肩抗戰。這個通告很快就傳遍東南亞各國，在廣大僑胞中掀起一輪爭相回國投身抗戰的熱潮。新加坡、馬來亞、荷印及暹邏等地大批華僑青壯年踴躍應募，組成了在華僑史上著名的「南洋華僑機工回國服務團」。第一批80名南洋機工號稱「八十先鋒」，於1939年2月18日率先登上回國抗戰征程；第二批207名，於3月16日出發；第三批594名，於3月27日出發；第四批158名，於4月10日出發；第五批530名，於5月22日出發；第六批124名，於6月19日出發；第七批118名，於7月13日出發；第八批336名，於7月17日出發；第九批507名，於8月14日出發；此外還有直接回國向西南運輸總處報到的，總數高達3193名。《新華日報》刊登南洋機工專評：「幾乎每個人回國來參加抗戰的經過，都是一段可歌可泣的史實」。宋子良對南洋機工非常重視，親自兼任了設在昆明潘家灣的西南運輸總處機工訓練所的所長，還親自擔任了「華僑機工互助社」的理事長。1938年10月，日軍攻陷廣州，港穗運輸中斷。當時滇緬公路已建成通車，滯港的軍火器材，以及公私商品大都經緬甸轉進中國。1939年12月27日軍委會向西南運輸總處香港分處頒發嘉獎令：「將存港物資二萬七千餘噸，率數安全運抵仰光，着即傳諭嘉勉。蔣中正。」1940年4月12日遮放倉庫大爆炸，炸死46人，損失物資4000多噸。事後宋子良赴美就醫，1940年10月陳體誠代理主任。西南運輸總處在最為危急的抗戰初期及太平洋戰爭爆發前後，在極其惡劣的自然環境、極度艱難的社會環境下，為當時中國戰場運進了總量高達39.6萬噸的槍械彈藥、汽油等最急需的戰略物資，其中軍火械彈主要是蘇聯援華海運而來。1941年春西南運輸總處國內部分改為中緬運輸總局，交通部長俞飛鵬兼任局長，副局長陳體誠；國外部分仍由總處負責。1941年雙十節西南運輸總處命令結束，由中緬運輸總局、川滇東運輸局和中國運輸公司接辦。1941年12月國外業務移交中緬運輸總局。
- 公路運輸組：同（登）衡（陽）段，衡常段，昆貴段、貴常段，貴重段，重常段，貴柳段等7個運輸段。但不久撤銷運輸段，職能併入各分處、支處。1941年1月改為技術、管理、業務3組。
- 鐵路運輸組：粵漢鐵路局局長陳延炯兼任。1941年1月裁撤。
- 水路運輸組：廣州航政局局長姚伯龍兼任。廣西浚河工程處，廣州至梧州航段，衡陽沿湘江至洞庭湖區，武漢至重慶等段。1941年1月裁撤。
- 倉庫組
- 警衛稽查組：組長張炎元
- 總務組
- 秘書室：主任秘書陳大經
- 總會計室
- 總工程司室：1941年1月裁撤。
- 購料委員會
- 運輸研究委員會
- 駐渝代表處：代表王人麟，副代表汪英賓。
- 香港分處：處長宋子良兼，副處長方兆鎬兼兵工署香港辦事處處長。下設運輸科，轄鐵路、水路、公路、倉庫、裝卸5股。自1938年1月起至10月主持經辦的香港廣州運輸通道共運入物資106143噸。
- 新加坡分處：處長陳質平。1938年10月廣州淪陷後，滯港的大約近10艘的軍火器材半途卸在新加坡，急需轉運仰光進口。1938年10月21日，時任西南運輸總處處長的宋子良給時兼任兵工署香港辦事處處長的方鎬的函稱：「調趙廷珍、張元綸、莊漢定、張杰新、王啟南、方兆鍇、郭成輔等7員派赴新加坡分處。」1940年8月裁撤。
- 緬甸分處/後改為仰光分處：處長陳清文。1938年3月成立，籌辦緬境運輸。設
- 臘戍支處
- 八莫支處
- 八莫軍事運輸事務所：所長趙廷珍。
- 海防分處：原為1937年11月1日設河內辦事處，主任黃強。後改為河內分處，轄海防辦事處。1939年6月1日改為海防分處。從1938年10月廣州淪陷至1940年5月維希法國接受日軍進駐印度支那，鐵路、公路、船運向國內搶運急需軍用物資及機械設備等41443噸。1940年6月20日維希法國的印度支那殖民地當局宣布停止一切對華運輸。1940年8月裁撤。
- 昆明分處：1938年2月成立，籌辦緬境接運。
- 保山分處
- 下關分處
- 曲靖分處
- 長沙分處：1939年春改為沅陵分處。1940年8月裁撤。
- 漢口分處：1938年10月撤銷。改為成都支處。1939年春改為瀘縣支處。
- 南寧分處：1938年底改為南寧支處。1940年8月裁撤。
- 貴陽分處
- 重慶分處
- 梧州分處
- 湘桂公路工程處：搶建中越國境至柳州、衡陽、貴州的公路。
- 運輸人員訓練所：1938年冬在昆明潘家灣設立。宋子良親自兼任所長。從事培訓汽車駕駛員、維修技工、車隊、車站和倉庫管理人員以及無線電報服務員等工作。運輸人員訓練所第一期、第二期共招收練習司機、熟練司機、華僑司機、練習技工及站、廠、庫初級職員訓練等約9000人，連同粵、桂、湘區訓練人數，總計在1.4萬人以上。
- 運輸事務所
- 滇緬路醫院
- 遮芒診療所
- 汽車修造總廠：1939年5月在昆明成立。
- 騰衝馱運管理所
- 汽車運輸大隊：第一至第二十一。各大隊直屬總處。大隊轄3個中隊及補充中隊。中隊轄3小隊。小隊轄3班。每班5台車。至1941年初存16個大隊。
- 以回國華僑及華僑捐車編成華僑先鋒第一、第二汽車大隊及搶運隊。
- 各電台
- 昆明材料總庫：在各重要中轉地點則設有材料庫和油庫。
- 點驗委員會（38.8）：副主任委員秦德純
- 撫恤委員會（38.8.1）：以銓敘廳撫恤科、軍醫署核恤人員、軍需署軍需人員組成。管理全國恤政。主任委員陳調元/何鍵，副主任委員張定璠。第一處掌管死亡官兵、受傷官兵事務；第二處管榮譽軍人教養院、臨時教養院、休養院的請恤手續；第三處掌管撫恤金發放、記賬等。1939年3月以師為單位設立撫恤事務委員會。1941年3月至1943年5月在十三個省設立駐省撫恤處。
- 戰地黨政委員會（39.3）：為加強戰地黨務、瓦解與收編偽軍。職責僅限於對戰區中的國民黨和政府進行指導、檢查與督促，提出建議，不直接領導戰區政府的工作。主任委員蔣介石兼，副主任委員李濟深，主持日常工作。戰地黨政委員會委員張友漁、梅龔彬、胡蘭畦、陶行知、黃炎培、季方、劉一峰等進步人士。派往各地的指導員和視察員。創辦了《戰地通訊》雜誌，作為戰地黨政委員會的機關刊物。錢俊瑞創辦《戰地評論》。在重慶組織「戰地座談會」、星期五聚餐會。1940年4月19日參謀次長程潛兼任副主任。
- 戰時工作幹部訓練團（戰干團）：於軍委會下，設置四個戰時工作幹部訓練團，以戰區為單位，召集和訓練逃亡至後方來的戰地及敵占區失學失業青年及各機關團體人士。正規訓練時間為六個月。前三個月為入伍訓練(軍事訓練)主要為基本軍事操練、野外演習、實彈射擊和兵器、地形、築城、諜報、游擊戰術等軍事課程。後三個月為分科訓練(政工訓練)。
- 戰干一團：1938年1月在武昌珞珈山成立。蔣介石自任團長，陳誠兼任副團長。教育長桂永清，政治部主任鄧文儀（1939年後滕傑)，另有教育、軍需、軍醫、副官四個處，教育處長為王章；還有一個軍樂隊和一個特務連。後來，政治部又成立了一個「忠誠劇團」，負責人李英。沿襲了中央軍校教導總隊的風氣。1938年7月第一期(第一總隊和直屬女生大隊)在武昌畢業。第二期(第二總隊)1938年8月在武昌畢業。1938年7月第三期開學。1938年9月初遷往湖南湘西辰溪。1939年4月第三期在桃源畢業。1939年夏遷綦江縣。創辦了《自強日報》和《力行》月刊。1939年秋第四期在綦江畢業。1940年9月第五期畢業後不久，桂永清調走，由周振強代理教育長。1941年1月第六期畢業即結束停辦。
- 戰干二團：前身是1937年12月第五戰區抗敵青年軍團。李宗仁兼任團長，副團長張任民中將，教育長潘宜之中將，下設政訓處(處長黃季陸、劉世衡)、軍訓處(處長鄧昌藩)、總務處、軍需處、軍械處、軍醫處等，編有4個大隊及1個女生大隊：第1大隊少將大隊長梁松樵，第2大隊上校大隊長陳大中，第3大隊上校大隊長陳步藩，第4大隊上校大隊長張敬，第5女生大隊少校大隊長裴曼納。教官有匡亞明、張百川、佟子實、安翰華、許德瑗、溫朋久、郝驚濤、何德潤、許大川、滿吉雲等。詩人臧克家在宣傳科工作。1938年1月青年軍團遷到河南潢川。又在豫東南、安徽、鄂東北一帶繼續擴大招生，學員達5000人。1938年1月底正式開始訓練。第1期學員受訓8個月畢業，其學籍後來敘列為中央軍校第14期政治科。後改稱戰干二團，團長蔣中正、副團長李宗仁。
- 戰干三團：1938年6月1日，戰干三團成立於武昌。旋在武漢招生，並派招生委員分赴湘、贛、皖、浙、蘇諸省招考學生，第一期共招考學生及學員三千六百餘人。7月中旬遷江西吉安，團部駐建國路。1938年8月1日正式始業，蔣題詞：奮臥薪嘗膽之精神，赴報國復仇之志事。團長由蔣介石兼，第三戰區司令長官顧祝同兼副團長，唐冠英(超伯)任中將教育長，負實際責任。政治部主任胡軌，少將副主任沈沛霖(沈清塵)、葛建時。第一期學生，包括男生十九個中隊，女生兩個中隊，於1939年1月28日按期畢業。派員至浙、皖、閩、贛等省續招第二期新生二千餘名。後蔣經國嫡系王昇，即為戰干三團第二期。1939年3月底，南昌會戰期間，戰干三團奉令南遷雩都。後奉令又遷瑞金。建制撤消，歸併成立於1939年7月的中央軍校第三分校，其第二期學生均以第三分校十六期學生政訓總隊名義畢業。
- 戰干四團：1938年10月，國民革命軍第一軍隨軍服務團解散，改為戰干四團，借用西安城西南隅前東北大學校舍。蔣介石兼任團長，胡宗南兼教育長，周士冕歷任副教育長、教育長。後葛武棨任副教育長。蔣堅忍任教育處處長。辦公廳主任邱是膺。政治部主任王大中。1939年8月在咸陽棉花打包廠成立的「國民政府軍事委員會戰時工作幹部訓練團第四團特訓總隊」，受訓青年八百多人，都是胡宗南系統的特務、憲兵攔下來扣押的赴延安（陝甘寧邊區）的高中程度以上的青年學生，其中不僅有大學生，還有留學生，歸國華僑青年；總隊長蕭作霖中將，總隊副為胡長怡少將。1939年10月奉蔣介石電令改名為「軍事委員會天水行營西北青年勞動營」。1941年戰干四團更名為「中國國民黨中央訓練委員會戰時工作幹部訓練團」，「辦理陝西、山西、山東、河南、河北、蘇北、皖北各省區戰時工作幹部人員訓練」。1944年初陝西省訓練團奉令改隸戰干團，更名為地方行政幹部訓練班。1945年8月底奉令結束。[15]
- 戰時新聞檢查局（39.4）
- 校閱委員會（40年）
- 中央總動員設計委員會：主任委員蔣介石兼，秘書長張群/熊式輝
- 國防外事局（41年底）：太平洋戰爭爆發後，接待外國來華軍人。局長商震/何浩若（1942.12）/楊宣誠（1944.3）
- 中央幹部訓練團
- 國民政府軍事委員會國防研究院：1942年成立，蔣介石兼任主任，副主任杜建時主持工作。第一期研究員韓練成。
- 全國知識青年志願從軍編練總監部（知青從軍編練總監部）：1943年4月組建。訓練總監羅卓英，副監彭位仁、彭善，政治部主任蔣經國。
- 軍事委員會桂林辦公廳（40.5.15-44.12）：主任李濟深
- 軍事委員會西安辦公廳（40.4-）：主任熊斌（代）/蔣鼎文（41.3）/衛立煌（42.1）/朱紹良（42.3）/胡宗南（代）
- 軍事委員會技術研究室(習稱「軍技室」)：1939年底將國民政府軍委會機要室密電報股、中統國際密電室、軍統偵收總台、軍令部二廳中蘇特種情報所、外交部、交通部電政司密電檢譯所等6個電訊偵測、研究部門整合組建。本部設在重慶長江南岸的黃角椏劉家花園。主任溫毓慶（同中將，時任交通部電政司司長，1939年底-1940年底）/毛慶祥（1941-）；副主任毛慶祥（委員長侍從室）、魏大銘（軍統同少將，1939年底-1942年2月）。主任秘書王維鈞（同少將）
- 秘書室：劉成如（同上校）、何壽春（同中校）。
- 專員：楊汝淦（同上校）
- 稽核：金家X（同中校）
- 收發員：蔣孝珍（同少尉）等。
- 第一組：負責日本密電的研譯，兼及其他國家。組長霍實子（同少將）；副組長：孟廣治（同少將）/王瀛（同上校）。組員20餘人
- 第二組，負責日本在華外交特務密電研譯。組長楊貽清（同少將）；副組長李立民（同上校）/王良誠、丁緒曾。組員30餘人
- 一科：研究日本外交密電。科長陳振泰（同上校）。
- 二科：研究日本軍用密電。科長丁緒曾（同上校或中校）。
- 三科：研究日本軍用密電。科長王良誠（同上校）。
- 四科：整理保管日本密電。科長楊貽波（軍統中校）。
- 第三組，負責外國密電的統計分類工作。由軍統局密電偵測部門併入。1941年12月軍統另立破譯機構後，三組人員調離軍技室，由第二組中劃出一部分人員重新組建第三組。組長：楊肆（同少將）/李立民（1941.12-）；副組長陳祖舜（軍壇上校，實際負責人）/陳振泰（1941.12-）。組員20餘人
- 一科：統計日本外交密電。科長劉寶善（同少校）。
- 二科：統計日本軍用密電。
- 三科：分類整理及收發。
- 第四組，負責各類電訊的偵收、測向。組長方硯農（軍統同少將）；副組長張稚焯（同上校）。組員初為80餘人，後來發展到200餘人。
- 一科：偵收日本外交密電。科長陳宇澤（同上校或中校）。
- 二科：用快機偵收日本外交密電。科長貝進華（同中校）。
- 三科：偵收日本軍用密電。科長鍾德華（中校）/黃道援（同上尉）。
- 四科：偵收中文密電。科長羅成三（同中校）。
- 五科：修理各類業務器材。科長張立傑（同中校）。
- 第五組：負責總務工作。組長：施家幀（同少將）；副組長：吳爍英（同上校）/余惠篤。
- 文書科：科長沈其道（同上校）。1941年前後併入秘書室。
- 事務科：科長張廷啟（同上校）。
- 會計科：科長蕭忠（同上校）。
- 出納科：科長嚴道新（同上校）。
- 人事科：科長劉必（同上校）。
- 醫務科：科長周服之。
- 機要科：科長孫琨（同中校）。
- 第六組，負責國內中文各類密電的研譯工作，主要針對中共及雜牌派系。組長黃季弼（同少將）；副組長：李直峰/聶文遜/黃綿民（同上校）。未分科。組員40餘人。
- 第七組：研究英、美、法、蘇聯等國的外交密電。1942年軍技室與特技室分離後組建。組長丁於正（同少將）；副組長王俊傑（同上校）。未分科。
- 專員室（或稱顧問室）：1942年軍技室與特技室分離後組建。指導戰地工作隊偵收日本密電。人員從各組調入。
- 戰時運輸管理局:1945年1月1日成立。由交通部公路總局、運輸會議、西南督運委員會合併。局長俞飛鵬（交通部長兼），副局長龔學遂主持工作、派克魯少將（Mclaire）/後白利上校代理，主力副局長馬羅（Marrow）上校。1945年12月撤銷。
1939年1月，中國國民黨五屆五中全會決議國防會議改組為國防最高委員會，以統一黨政軍之指揮，由中國國民黨總裁蔣中正出任委員長；軍事委員會的國家總動員設計委員會改隸國防最高委員會；軍事委員會添設戰地黨政委員會；軍事委員會為國防最高委員會的下級機關，但國防最高委員會的主要工作為代行國民黨中央政治會議的職權，對於狹義的國防並不甚過問，所以軍事委員會的機構仍相當龐大。軍事委員會委員長之下，除設參謀總長一人、副參謀總長二人之外，又設軍事參議官多名，備委員長的諮詢。軍事委員會所屬機構有：委員長侍從室、辦公廳、軍令部、軍政部、軍訓部、政治部、航空委員會、軍法執行總監部、銓敘廳、軍事參議院、兵站總監部(後方勤務部)、戰地黨政委員會(後撤銷)、海軍總司令部、撫恤委員會、軍事運輸統制局(後裁撤)、調查統計局、中央幹部訓練團。
1941年12月，日軍突襲珍珠港，中國躍為同盟國之一，並與美英等國為作戰夥伴。1942年1月1日，中美英蘇等26國在美國華盛頓簽訂反侵略共同宣言，蔣委員長受推舉為同盟國中國戰區最高統帥，指揮中、泰、越等地區的同盟國軍隊作戰。
1941年－1945年的第二次世界大戰期間，雖然蔣中正在中國推行的軍事委員會戰時政府與西方民主理念有很大差距，但是由於同為同盟國盟友，當時西方世界；尤其美國政府、國會、一般民眾對於蔣中正頗有好感。也因此不但中國民眾普遍尊稱蔣中正為委員長，而說英語的外國人；特別是美國人，自此都稱為蔣中正為「Gimo」。而此稱呼，其實就是大元帥（Generalissimo）的英語簡寫。
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1945年8月，中日戰爭結束，中華民國獲得最後勝利。1945年8月31日，國民政府頒行《收復東北各省辦理辦法綱要》，決定在長春設立「東北行營」，綜理一切事務。從同年9月25日開始，軍委會逐漸縮編。除了陸續關閉位於天水、桂林、漢中、昆明等地的委員長行營，也將防備共產黨軍隊功能的太原、廣西、滇黔、川陝鄂、晉陝綏等綏靖公署移交國民政府軍政部。
根據國防最高委員會的建議，1946年5月15日撤銷軍事委員會及其所屬各機構；1946年5月31日，國民政府於宣佈中國即將實施憲政後，裁撤長達22年之久的軍事委員會，並將其所有職能改歸於1946年6月1日組建的中華民國國防部。
- 蔣中正：1932年3月5日－1946年5月15日
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