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印度尼西亚对东帝汶的占领从1975年12月7日印尼全面入侵东帝汶起，至1999年10月31日最后一支印尼军队撤出东帝汶止。在此期间，印度尼西亚共和国以去殖民化为由，对东帝汶实施了暴力、野蛮的军事占领与霸权统治。
| 印度尼西亚军事占领与统治东帝汶 | |||||||
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| 冷战的一部分 | |||||||
印度尼西亚绘制的东帝汶省地图 | |||||||
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| 参战方 | |||||||
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支持国： |
支持国：  美国 英国 澳大利亚 泰国 菲律宾 马来西亚 | ||||||
| 指挥官与领导者 | |||||||
 苏哈托 优素福·哈比比 马拉登·庞加贝安（英语：Maraden Panggabean） 穆罕默德·优素福（英语：Mohammad Jusuf） L. B. 穆尔达尼（英语：L. B. Moerdani） 特里·苏特里斯诺（英语：Try Sutrisno） 埃迪·苏德拉查特（印度尼西亚语：Edi Sudrajat） 费萨尔·泰容（英语：Feisal Tanjung） 维兰托（英语：Wiranto） 达丁·卡尔布阿迪（英语：Dading Kalbuadi） 普拉博沃·苏比安托 若瑟·阿比廖·奥索里奥·索尔斯（英语：José Abílio Osório Soares） 尤里科·古特雷斯（英语：Eurico Guterres） |
 弗朗西斯·泽维尔·多·阿马拉尔（被囚） 尼古劳·多斯·雷斯·洛巴托 † 马里·阿尔卡蒂里 陶尔·马坦·鲁阿克 尼诺·科尼斯·桑塔纳（德语：Nino Konis Santana） † 马胡诺·卡拉萨亚诺（印度尼西亚语：Ma'huno Bulerek Karathayano）（被囚） 沙纳纳·古斯芒[c]（被囚） 罗杰里奥·洛巴托（德语：Rogério Lobato） 大卫·亚历克斯（德语：David Alex） † 凯里·拉兰·萨巴莱（Keri Laran Sabalae） † | ||||||
| 兵力 | |||||||
| 大于250,000人[3] | Ursula 2017 称，1975年时有27,000人加入革阵，1990年时馀1,900人。另据卢萨社记者 2008 报导，共有12,538名士兵参与反侵略作战。 | ||||||
| 伤亡与损失 | |||||||
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警察与军队2,277人阵亡 亲印尼民兵阵亡1,527人 总死伤人数： 3,408死；2,400伤[4] |
革阵阵亡11,907人[5] 总死亡人数： 100,000-300,00人 见“死亡人数” | ||||||
东帝汶原由葡萄牙殖民统治。葡萄牙在1974年康乃馨革命后，推行非殖民化政策，使东帝汶的前途陷入不确定之中。 1975年，支持独立的东帝汶独立革命阵线在帝力赢得内战， 于11月28日单方面宣布独立，成立东帝汶民主共和国（英语：Democratic Republic of East Timor (1975)）。 内战其他方面代表则于次日在印尼压力下，签署《巴里博宣言（德语：Balibo-Deklaration）》， 该宣言谴责独立革命阵线阻碍冲突和解，呼吁印尼采取措施，保护“现在自认为是印度尼西亚人”的东帝汶人民“免受恐怖统治迫害”。 一周后的12月7日，印度尼西亚展开“莲花行动”，全面进犯东帝汶，无差别屠杀平民，著重处决抵抗份子和当地华人， 1979年时，东帝汶的武装抵抗几乎已被全数摧毁殆尽。
印度尼西亚发兵东帝汶后，联合国安理会立即通过第384号决议， 要求印度尼西亚“不再拖延地从该领土撤出其一切部队”，联大亦通过决议呼吁撤军。 印尼并未服从，并于次年7月宣布成立东帝汶省，正式吞并东帝汶。印尼此举于1979年获澳大利亚外交承认，两国随即就帝汶海域未定界（英语：Timor Gap）展开谈判，瓜分该处油气资源。此外，军事占领亦为美、日、加，及诸东盟邻邦所支持，但军方对东帝汶独立运动种种镇压，致使印尼国际声誉折损蒙垢。[6]
二十馀年间，占领当局系统地组织实施各种暴行。平民遭受各种酷刑折磨，在人为造出的饥荒中饿死。妇女沦为性奴，被士兵反复蹂躏。强迫失踪、法外处决（英语：extrajudicial executions）、无差别屠杀屡见不鲜。[7]1991年的圣克鲁斯大屠杀（英语：Santa Cruz massacre）震惊世界，类似的屠杀报告不计其数。[6] 东帝汶接纳、真相与和解委员会（英语：Commission for Reception, Truth and Reconciliation in East Timor）统计，印尼占领期间，约有98,000—202,600名东帝汶人因饥馑或暴力而死，其中17,600—19,600人横死或失踪。该委认为印度尼西亚应对七成残杀负责。 [i][9] “印度尼西亚对东帝汶的占领构成种族灭绝”已成牛津大学学术共识。[10]耶鲁大学则将这段占领史列入“种族灭绝研究”项目之中。[11]
尽管牺牲巨大，东帝汶反抗印尼统治的抵抗运动始终强烈。[6]1996年，诺贝尔奖委员会将当年和平奖授予若泽·拉莫斯·奥尔塔和卡洛斯·菲利普·西门内斯·贝洛，以表彰他们为公正、和平解决东帝汶冲突所做的工作。1999年，东帝汶独立公投举行，78.50%的投票者反对东帝汶继续保留在印度尼西亚国内。
紧随独立公投落幕，亲印尼的各准军事团体在东帝汶掀起了最后一轮暴力冲突，几乎摧毁了当地的所有基础设施。澳大利亚牵头的国际武装部队最后平息了暴乱，印度尼西亚继而全面撤军，东帝汶开始为期两年半的联合国接管时期。为“将应为1999年所犯严重罪行负责的人绳之以法”，联合国在过渡当局内设立严重罪行股（英语：Serious Crimes Unit）。[12]因该股规模有限，印尼法庭所作判决较少，许多观察者因而呼吁为东帝汶问题设立国际仲裁庭。
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十六世纪，葡萄牙王国与荷兰帝国先后抵达帝汶岛，并就领土问题产生争议。为结束领土纠纷，两国于1859年订立《关于索罗尔群岛和帝汶群岛部分领土的划界和交换条约（英语：Treaty of Lisbon (1859)）》，规定帝汶岛东部及欧库西区归属葡萄牙；西帝汶归属荷兰，并入荷属东印度群岛。划界后，葡萄牙的殖民统治日渐牢固。[13]1941 年，太平洋战争爆发，翌年日军发动帝汶战役，占领帝汶岛。东帝汶以六万人丧生为代价，帮助阻止了日本进一步侵略澳大利亚。[14][15][16]
第二次世界大战后，印度尼西亚在苏加诺领导下通过革命独立。苏加诺政府虽在言辞上反对殖民主义，但并未就葡萄牙对东帝汶的殖民统治提出反对。东帝汶 1959年维克克叛乱（英语：1959 Viqueque rebellion）亦未获印尼支持。[17][18][19]1960 年代，印尼官方曾在多个场合表示自己并不觊觎葡属帝汶领土：1960年，印尼时任外长苏班德里约在联合国大会称： “印度尼西亚对于印尼群岛内不属于荷属东印度的领土，有如婆罗洲或帝汶显然没有任何要求。”[20]
两年后，另一位官员则称“我们非但从未提出过任何领土的要求，且要根本声明将来也绝对无意如此要求。 例如我们对帝汶岛目前在葡萄牙统治下的另一部分并未提出要求，虽然这个领土的人民是和我们同种的。”[21]
即便是苏哈托通过九三〇事件夺权，印尼局势生变后，不对东帝汶进行主权声索的表面立场依旧未改。在印尼将一百名突击士兵遣往西帝汶的1974年12月，[22]一名印尼官员仍然宣称：“印度尼西亚没有领土野心⋯⋯因而所谓印尼希望吞并葡属帝汶的问题是不存在的。”[23]
1974年，葡萄牙康乃馨革命爆发后，葡萄牙与葡属帝汶的关系急剧变化。[24]该国的权力更迭先是在葡属东非、葡属安哥拉等殖民地激起了独立运动，对于东帝汶，葡萄牙新政府亦开启了以政治进程为首步的去殖民化进程。[25]
东帝汶于1974年4月开放党禁时，首先在这片后殖民化的土地上崭露头角的有三个小集团——帝汶民主联盟（英语：Timorese Democratic Union）（民盟）、东帝汶独立革命阵线（革阵），和帝汶人民民主协会（英语：Timorese Popular Democratic Association）（民协）。三者分别按照其葡文全称，在西方文献中简称为“UDT”、“FRETILIN”和“APODETI”。
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民盟成立于5月11日，成员多为前官僚及小农，以葡萄牙与东帝汶原住民的混血后代（英语：Mestiço）为主。[ii][26] 一周后的5月20日，革阵成立，最初其名曰“帝汶社会民主协会（ASDT）”，自称“基于社会主义与民主的普遍学说”，“致力于独立之权利”。 [27] 由于去殖民化进程日益加速，帝汶社会民主协会更名为革阵，并宣称自己乃“人民唯一的合法代表”。[28] 月末，民协成立，最初称为“东帝汶并入印度尼西亚协会（AITI）”，主张“基于国际法，与印尼合并，成为自治地区”。[29][30] 民协担心独立会使东帝汶经济脆弱无依。[29]
印度尼西亚的民族主义者，以及科坎提布（英语：Kopkamtib）[iii]、科帕苏斯（英语：Kopassus）[iv]等军方强硬派，将康乃馨革命视作吞并东帝汶的一次良机。 雅加达顾忌，东帝汶若由左翼力量掌权，将成为敌国用来扰乱印尼的一处基地，且恐刺激印尼国内的各分裂主义势力[v]。 这种对国家分裂的担忧，长期以来为与苏哈托亲近的军方势力所利用，并成为1990年代末前，印尼政府拒绝考虑给予东帝汶自治权或独立地位的最强理据之一。
军方情报部门的最初计划是，利用民协，以非军事的手段兼并东帝汶。[31] 1975年1月，民盟同革阵为实现独立而短暂结盟。[32][33][34] 与此同时，澳大利亚政府报称，印尼军队已于楠榜举行“侵略前的”军事演练。[35] 为支持民协，科帕苏斯特种部队[iv]已于数月前暗中展开“科摩多行动（Operation Komodo）[vi]”。 印尼政府则四处指控革阵领导人有共产倾向、在独立联盟中挑起不和，引发东帝汶社会动荡，观察家认为这是印尼在为之后的侵略制造借口。[36][37][38][39] [vii] 五月底，与革阵嫌隙丛生的民盟退出了独立联盟。[40][41]
为调解各派纠纷，议定东帝汶前途，1975年6月，葡萄牙去殖民化委员会（葡萄牙语：Comissão Nacional de Descolonização）邀请三方前往澳门会谈。 革阵因民协参会而拒绝出席，被民盟、民协斥为阻碍去殖民化进程。[42] 革阵成员拉莫斯-奥尔塔曾对这一拒不参会的决定表达“强烈抗议”。[43] 他后来在1987年的回忆录中写道：“这是一次战术上的政治失误，对此我无法找到一种合理的解释。”[44]
革阵－民盟的短暂结盟破裂后， 印尼继续在宣传上将革阵塑造为共产、恐怖份子， 诬称印尼军方侵入欧库西地区带来的居民恐慌系革阵所致，[45] “越共份子已潜入东帝汶训练革阵士兵”、“革阵将于8月15日发动政变”等说法在帝力等地广为流传。 一时间东帝汶流言四起，6月末，澳门会议草草收场，事态愈发接近失控。 8月11日，民盟尝试先发制人，在帝力发动政变，占领总警察署，包围总督府，[46] 逮捕了数百名革阵领导人与支持者。[47] 而革阵主力因提前收到情报，已暂时返回艾莱乌等山区阵地备战。[48] 20日，革阵反击民盟，东帝汶小规模内战爆发。[49] 在农村地区，党派纷争与传统的部落仇恨、个人恩怨相互叠加，因而死伤最为惨烈。[50]
拉莫斯-奥尔塔后来在回忆录中详细记叙了各方暴行，称战斗“血腥残暴”。根据他引述的国际红十字会数据，有2-3千人死于内战。 [51] 葡萄牙官员被迫撤至帝汶岛以北的阿陶罗岛。[52][41] 出乎葡萄牙和印尼的意料，两周之后，革阵大败民盟，[53] 民盟、民协成员经由边卡巴图加德（英语：Batugade）逃往印尼控制的西帝汶。 在并不情愿的情况下， [54] 9月7日，他们在西帝汶签署请愿书，“要求”东帝汶并入印度尼西亚。[55]
革阵赢得内战、控制东帝汶后，立即受到了来自西侧印尼军队与民盟残部的攻击。 [56][viii] 1975年10月8日，印度尼西亚攻占了巴图加德；又于八日后夺取邻近的巴里博（英语：Balibo）和玛利亚娜。[57] 在侵袭巴里博时，五名澳大利亚新闻工作者遭印尼军队杀害，他们事后被称为“巴里博五人组（英语：Balibo Five）” 印尼军官称这起事件纯属意外，东帝汶目击者则称他们是被蓄意杀害。 [58] 五人的死亡，以及随后的抗议活动和调查，使东帝汶获得了一时的国际关注与支持。[59]
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11月初，印度尼西亚与葡萄牙两个外长在罗马举行会谈，商议东帝汶冲突解决方案。 尽管这次会谈没有邀请任何一支东帝汶党派参加，革阵仍表达了同葡萄牙合作的愿望。 两国同意，葡方应与东帝汶政党领导会晤，但这样的安排没有实现。 [60][61][62] 当月中旬，印度尼西亚开始从海上炮击东帝汶沿海居民点阿塔贝（英语：Atabae）。[63][64]
革阵领导者对毫无作为的葡萄牙深觉失望，他们认为，如若宣布独立，他们将更有效地抵挡印尼的军事挑衅。 国家政治总长马里·阿尔卡蒂里等人开始出访各国。 据革阵宣称，这次外交之旅共为东帝汶争得25国外交支持，其中包括中华人民共和国、苏联、莫桑比克、瑞典以及古巴。 [65] 1975年11月28日，革阵单方面宣称独立，建立“反殖民主义、反帝国主义的”东帝汶民主共和国（英语：Democratic Republic of East Timor (1975)）。 [66][67]
次日，在印度尼西亚的压力之下，民盟、民协等领导人在峇里签署由印尼情报部门起草的《巴里博宣言（德语：Balibo-Deklaration）》。 此宣言抨击革阵阻碍和平实现，批评荷、葡殖民者割裂东帝汶与印尼血缘关系和文化纽带，“庄严宣布”葡属帝汶与印度尼西亚统一。 [68] 日后这份宣言被反对者蔑称为“Balibohong”宣言，“Bali”指签署地峇里岛，“bohong”为印尼语形容词，指“欺骗的”、“虚假的”。 [69] 两份宣言都被葡萄牙否决，一周后印尼政府下达了全面进攻东帝汶的军事命令。[70]
1975年12月7日拂晓，印度尼西亚发动其历史上规模最大的军事行动——“莲花行动”（Operasi Seroja），全面入侵东帝汶，海上登陆部队和空降部队当日占领帝力。[71][70][72]革阵的东帝汶民族解放军与印尼武装部队在帝力展开街战，他们称有400名印尼空降兵在帝力伞降时被杀死。[73]《太空杂志》（Majalah Angkasa）则称印尼军队与革阵分别阵亡35人和122人。[74]当年年末，已有一万印尼士兵驻扎帝力，另有两万人被部署于东帝汶各处。[73][75]由于兵力过于悬殊，东帝汶民族解放军只得逃往岛屿中部的山区，采取游击战术。[76]
| 1975-1976年10月的控制地区 | 1976年10月—1986年1月新增的控制区 |
军事侵略伊始，东帝汶平民就遭到印尼军队的大规模屠杀。[77]革阵通过电台播报说：“印度尼西亚的部队正在无差别杀人，他们在大街上射杀妇女和儿童。我们所有人都会被杀掉。我们恳求国际社会帮助。请做些什么，阻止这场侵略。”[78]一个难民后来忆称，印度尼西亚的士兵们“奸污妇女”、“残杀妇孺和华人商贩。”[79]时任天主教帝力总教区副主教马蒂诺·达·科斯塔·洛佩斯（英语：Martinho da Costa Lopes）之后称：“登陆帝力的士兵们见人就杀。街上尸体如山——映入眼帘的只有正在屠杀、屠杀、屠杀的士兵。”[80]而主教荷西·若阿金·里贝罗（葡萄牙语：José Joaquim Ribeiro）则在 1977 年时精神崩溃。[81]
罗杰·伊斯特（英语：Roger East (journalist)）是当时东帝汶剩馀的最后一名外国记者，他在尝试向外界发送报导时遭印尼士兵抓获，东帝汶首任总理尼古劳·多斯·雷斯·洛巴托的妻子伊莎贝尔·巴雷托·洛巴托（葡萄牙语：Isabel Barreto Lobato）亦被俘获。拉莫斯-奥尔塔在回忆录中称，罗杰、伊莎贝尔等约五十名俘虏被带到帝力港的临水高台上，排成一排，被依次枪决，他们的尸体落入大海。[82]这样的惨杀事件在帝力数不胜数。印尼军队要求，每当他们处死一人，围观群众必须大声计数。[83]
除了革阵支持者之外，印尼军方亦将东帝汶华人著重清出，予以处决。[85]12月8日，被印尼士兵要求向海中抛尸的华人 Chong Kui Yan 见到了被海浪冲刷上岸的伊莎贝尔的遗体，同日他目睹了约40名华人遭士兵杀死。[86]一位牧师估计，在印尼全面入侵东帝汶的最初几日，帝力约有2000人遇害，其中约700人为华人。[84]
印尼军队在向山区进军的过程中，沿途开展的大规模屠杀有增无减。印尼某高级军官的东帝汶向导告诉前澳大利亚驻葡属帝汶领事詹姆斯·杜恩（英语：James Dunn (diplomat)）：在战斗开始的几个月里，印尼军队见人就杀，所经之处的小村庄亦被焚为平地。[87]
帝力以南47公里处的艾莱乌被攻占后，1976年2月，印尼人赶走了革阵先前在该处驻留的残馀部队。当地居民，凡三岁以上者，皆遭机枪扫射。所馀幼童则被用卡车运往帝力。艾莱乌沦陷时，约有五千人口，1976年9月印尼救援工作者到访时，只馀千人幸存。[88]东西帝汶交界处的拉马克南（Lamaknan）地区当时设有一处容纳至少五千人的难民营。1976年6月，印尼正式以法案吞并东帝汶前夕，侵略部队为报革阵突袭之仇，先是纵火焚毁了拉马克南难民营的几栋建筑，继而屠杀了约2,000名难民，即便是跪地求饶的妇女亦惨遭枪杀。[89]
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1977年3月，杜恩出版报告，详述对印尼军队暴行的指控。该报告称，有50,000至100,000万东帝汶人遭到印尼军队杀害。[90][ix]这一数字与民盟领袖弗朗西斯科·洛佩斯·达·克鲁斯（德语：Francisco Lopes da Cruz）的统计相吻合。他在1976年2月13日发表声明，认为内战以降的六个月内，有60,000帝汶人死去，除去内战死难人数，则意指有55,000名东帝汶人死于侵略战争。一个印尼救援工作代表团认同这一数字。[92]天主教教会于 1976 年年末发表的一则报告内估计，死亡人数应在60,000至10,000。[93]印度尼西亚官方亦确证了这些数字。1977年4月5日，印度尼西亚外长在阿丹·马力克（英语：Adam Malik）接受《雪梨晨锋报》采访时表示，死亡人数应为“50,000”，“或者80,000”。 [94]
依照印度尼西亚政府的官方叙事，吞并东帝汶乃“反殖主义的团结”之事。1977年，印尼外务省出版《东帝汶的去殖民化》，赞颂“神圣的自决权”，[95]将民协认作广大东帝汶人民的真正代表，并抨击革阵，声称其所受拥护乃“威吓、胁迫与恐怖政策”带来的假象。[34]2006年，前印尼外长阿里·阿拉塔斯（1988-99年在任）又在其回忆录中重申了这一立场。[96]对于原先帝汶岛东西分治的状态，印度尼西亚在入侵后表示，这“肇始于”葡、荷帝国主义势力的“殖民压迫”，进而论述称：兼并东帝汶，不过是四十年代以来群岛统一进程的一项步骤而已。[30]
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| | 提案国 | | 赞成国 | | 反对国 |
| | 弃权国 | | 缺席国 |
联合国大会第四委员会（英语：United Nations General Assembly Fourth Committee）自侵略次日起召开会议，连续四日讨论东帝汶局势。
12月10日，印度、日本、马来西亚、伊朗、沙特等印尼盟友提出决议草案 A/C.4/1132，淡化印尼入侵事实， [97] 尝试将局势咎责于葡萄牙的忽视以及东帝汶各党派间分歧。[98] 与此同时，阿尔及利亚、古巴、塞内加尔、圭亚那、塞拉利昂、特立尼达和多巴哥亦向大会提交决议草案， 编号 A/C.4/1131，对印尼入侵“表示痛惜[x]”，要求印度尼西亚政府立刻撤军。 [99][100][xi][101] 12月11日，印度代表里希·杰帕尔（西班牙语：Rikhi Jaipal）在第四委员会会议上撤回 A/C.4/1132 号草案， [102][xii] A/C.4/1131 号决议草案在第四委员会获得通过，并被推荐至联合国大会。 [103][xiii] 次日，该草案在大会以72国赞成、10国反对、43国弃权获得通过，成为联合国大会第3485号决议。[104]
十日后，联合国安理会一致通过第384号决议，再次要求印度尼西亚不再拖延地撤出军队。[105] [101]次年的联合国安全理事会第389号决议（英语：United Nations Security Council Resolution 389）亦是如此。 [106] 1976-82的六年间，联大年年通过决议，要求各国尊重东帝汶人的自决权利。[107]1982年联大第37/30号决议要求秘书长“主动同直接有关各方协商，以探索全面解决这个问题的种种途径。”[108] 中、美等大国政府反对采取进一步行动；只有哥斯达黎加、几内亚比绍、冰岛等小国代表要求联合国采取强烈手段，以落实呼吁撤军的各项决议。[109]
法律专家罗杰·斯滕森·克拉克（Roger Stenson Clark）称，印度尼西亚在入侵与占领中，违反了国际法中的两项关键原则：自决的权利与对侵略行为的禁止。[110] 联合国大会第1541号决议曾就领土合并时的人民自决作出规定，称“合并应为领土人民于充分明了其地位之变更情形下自由表示意愿之结果，其意愿之表达系经由公正主持之周知及民主程序。[x]”[111] 而无论是1975年9月7日要求与印尼合并的请愿，还是1976年5月“人民大会”的决议，都不满足该要求。遑论请愿中还有其他不足之处。 [110]
印尼之动武亦被认为是对《联合国宪章》宗旨及原则（英语：Chapter I of the United Nations Charter）之背弃。这份联合国基础条约规定：“各会员国在其国际关系上不得使用威胁或武力，或以与联合国宗旨不符之任何其他方法，侵害任何会员国或国家之领土完整或政治独立。[x]” 但以新西兰驻联合国官员为代表的部分观察者认为，东帝汶在被入侵时尚非“国家（state）”，这种观点与四十年代印尼争取独立时荷兰人的言论遥相呼应。[112] 克拉克称，这种观点是对概念的狭隘理解，考虑到宪章选用“state（国家）”而非含义更窄的“member（成员国）”或“nation（国族）”，宪章中的“国家”应指的是所有“领土实体（territorial entity）”，自然包括东帝汶。他退一步称，即使东帝汶并非“国家”，[113]印尼的举动仍是“侵略行为或其他和平之破坏”，这正为《联合国宪章》所抑止。[113]
12月17日，印度尼西亚组建起东帝汶临时政府（英语：Provisional Government of East Timor）[xiv]，由民协领导阿纳尔多·里斯·阿劳约（葡萄牙语：Arnaldo dos Reis Araújo）和民盟领导弗朗西斯科·洛佩斯·达·克鲁斯（德语：Francisco Lopes da Cruz）分任正副行政长官。[114][70] 大部分资料都将该政府创立者指向印尼军方。 [115] [xv] 东帝汶临时政府的首要举措，是“通过正当选举”[xvi]， 组建一个号称吸纳“各行各业东帝汶人”的“人民代表大会（印尼语：Majelis Perwakilan Rakyat）”。[116] “人民代表大会”同东帝汶临时政府一样，都被视作是印尼军方的宣传工具。印尼当局曾邀请外国记者参加1976年5月31日的“人民代表大会”会议，但记者们的一举一动都受到了严密管控， [117] 甚至印尼记者尝试采访“大会代表”时都遭遇阻挠。[118] 正是在“人民代表大会”的议事下，要求同印尼合并的请愿书被起草出来，雅加达将此称作东帝汶的“自决之举”。[119]
1976年7月17日，苏哈托签署由人民协商会议通过的设省法令，印度尼西亚正式吞并东帝汶。[120]东帝汶成为印尼第27省，但与其他省份受内政省管理不同，“东帝汶省”受国防省管理。[121]
印尼占领统治下，除了八十年代末、九十年代初的短暂几年，东帝汶长期与世隔绝。雅加达称绝大多数的东帝汶人都赞成与印度尼西亚融为一体。这一叙事也受到了新闻界的遵奉，受媒体长期宣传影响，大部分印尼人已将“东帝汶自愿归属印尼”视作理所当然、毫无争议之事。[122]各省军官成批来到东帝汶，透过实际训练，习得镇压亚齐、伊里安查亚等地分裂势力之术；东帝汶也成为印尼军方支配国政的关键保障。[123]
能影响总统决策的情报部门高层最初设想：随著革阵抵抗的减弱，入侵、兼并东帝汶的过程应该相对轻松无痛，在短时间内能够了结。但入侵之后，革阵及其领导的东帝汶人民解放军（英语：Falintil）（民解）并未立即溃散。印尼军队贯穿1976年的种种行径，不光蹂躏了东帝汶人，还极大耗损了国内资源、伤害了国际声誉，最终证明是战略失败。军方在东帝汶沿海地区大规模的恣意屠杀，让大量居民和绝大多数民解士兵迁往内陆山区，山区人口、农业资源可为抵抗势力所用。革阵和民解成为普通民众眼中抵御外侮的缓冲力量，因而受到更多拥护。1975至1977年间，纵使环境严酷，革阵在民众支持下，保护了至少四成移居内陆的人口。[124]施瓦茨分析，情报误判、军事失败并未削弱印尼军方的权力基础，这反映出军方在国务中的支配地位。[32]
1976年末时，印尼军队和东帝汶民解之间形成军事僵局。在大规模抵抗活动影响下，印尼部队资源耗尽，于是开始采买军备，重新武装。 印尼海军从美国、澳大利亚、荷兰、韩国、中华民国订购导弹发射巡逻艇，从西德订购潜艇。[125] [xvii] 在美国外国军事销售制度援助下，1977年2月，印尼从罗克韦尔国际公司接收了13架北美罗克韦尔 OV-10 野马战机。 这款战机专为清叛而设计，适用于各种崎岖地形的侦查与空袭，是侵占东帝汶的理想之选。[127] 除装配轻武器、火箭炮等传统作战武器外，野马战机亦配载“Opalm”凝固汽油弹 [xviii]， 用以轰炸革阵根据地，给东帝汶抵抗势力带来重创。 为图“终极解决”东帝汶抵抗问题，印尼军队在升级装备的同时，又向东帝汶额外派遣一万士兵，数轮新型军事行动就此展开。[131]
东帝汶难民证词
1977年9月起，印尼军队开始采取消耗战术，通过凝固汽油弹和化学武器破坏庄稼、毒化土壤，使民解在岛屿中部的根据地不再适宜人类生存。 印尼欲图借此迫使居民下山、落入军方监管区，让民解丧失食物来源与群众基础。 东帝汶天主教官方将此策略称作“包围并歼灭”。[134] 其间三万馀印尼士兵将革阵根据地重重围困，沿途杀害男女老幼。 空军轰炸后，陆军将村舍连同农业设施彻底摧毁。 数以千计的人在这段时期罹难。[135] 1978年初，因支持革阵，边境村庄阿尔塞拜（Arsaibai）全体村民在忍受轰炸与饥荒后遭到屠村，无一幸免。[134] 尽管遭遇重创，抵抗活动并未完全止歇。印尼军方因而又开始策划新的作战方案。[136]
在“包围并歼灭”行动期间，对印尼军方使用化学武器的指控逐渐增多。根据难民证词，空袭过后，庄稼上开始生蛆。[134] 革阵电台声称炸弹中混杂了化学药剂，帝力主教等观察人士报告称印尼空军在乡野地区投掷了凝固汽油弹。[137] 东帝汶接纳、真相与和解委员会在分析大量证词、军方文件、国际情报资料后证实：在“包围并歼灭”行动过程中，印尼军方为污染革阵控制区的水源与食物，使用了生化武器，[138]并指出东帝汶人除了因化武造成的食物短缺而饿死外，另有人死于病毒导致的瘫痪，亦有人因难忍饥饿，在食用污染蔬果后中毒死亡。[139]
客观而言，“围绕并歼灭”行动在战术上颇有成效，根据地破亡的革阵势力被严重挫伤。1978年12月31日，东帝汶总统、将领尼古劳·洛巴托遇袭身亡。[140]
1981年年中，印尼军方强征约六万名东帝汶平民[xix]，展开“安全行动[xx]”。 平民们被排布于军队前侧，在行军过程中起到人肉“栅栏”的作用，为印尼士兵抵御革阵的反击。 印尼军方希望通过该行动，将民解成员驱扫至东帝汶中部地带，以便彻底消灭抵抗势力。 许多被强征进“安全行动”的东帝汶人最终死于饥饿、劳累；偷偷放过民解成员的人亦被当即处死。 1981年9月，印尼陆军第744营在拉克卢塔（德语：Lacluta）用先捆绑再捅死等方式，屠杀了包括孕妇在内的至少400位村民。[142] “安全行动”并未完全摧毁抵抗力量，东帝汶人对印尼占领统治的仇恨情绪愈加强烈。[143] 革阵将在接下来的十年中继续发动零星攻击，城镇和乡间也渐渐萌发出一种非暴力的抵抗形式。[144]
1983年3月，由于扫荡作战连连失败，在印尼军方精英的指示下，帝力军分区司令普万托上校（Colonel Purwanto）前往革阵控制区同革阵领导人沙纳纳·古斯芒展开谈判。 同月，苏哈托开始第四个总统任期，并任命当年入侵东帝汶的关键策划者之一——本尼·穆尔达尼（英语：L. B. Moerdani）为印尼共和国武装部队总司令（英语：Commander of the Indonesian National Armed Forces）。[145]
双方于当年五月达成停火共识。[146] 八月，正当古斯芒在寻求葡萄牙与联合国斡旋时，穆尔达尼终止停火协定，展开“团结行动[xxi]”，宣称：“这次不胡闹了。这次我们要毫不留情地打击他们。”[147] 紧随而来的是新一轮的屠杀、草率处决与所谓“失踪”。 1983年8月21、22日，为报革阵杀害爪哇工程师之仇，印尼军方在克拉拉斯村（Kraras）[xxii]活活烧死两百馀人，另有五百人在村子附近的河畔被屠杀。 [148] 八月至十二月间，仅在帝力一地，大赦国际就记录了六百馀例羁捕或“失踪”。印尼军方对“失踪者”的家属说，他们是被送往了峇里岛。[149]
对于涉嫌反对东帝汶并入印尼的人来说，羁押和折磨已是惯常之事。 [150] 1983年，大赦国际从东帝汶得到一本印尼军方编写的小手册，并将其出版。这本手册教导官兵们如何给人带来身体与精神上的痛苦，并警告他们“避免拍摄（电击、剥衣等）折磨的场景”。[151] 康斯坦西奥·平托（德语：Constâncio Pinto）在其1997年出版的《东帝汶的未竟斗争：帝汶抵抗之内辛》中回忆印尼士兵给他带来的折磨： “他们每问一个问题，我的脸就会挨上两到三拳。他们打得是那么重、那么频繁，我感觉我的脸都被打烂了。人们用手往我的背上和身体两侧打，接著便踢我⋯⋯他们又在心理上折磨我；他们不打我，但是硬是威胁著要杀掉我。他们甚至把手枪摆到了桌子上。”[152]
米歇尔·特纳（Michele Turner）在《讲述东帝汶：个人证言 1942-1992》中记载，一个叫 Fátima 的妇女曾亲眼目睹帝力某处监狱里的非人待遇：“他们让人坐在椅子上，前面的两个椅腿压在脚趾上。真的太疯狂了。士兵们在食物里撒尿，搅拌后让人吃下⋯⋯”[153] 在《种族灭绝的幽灵：历史视阈下的大屠杀》中，约翰·格尔曼·泰勒（John Gelman Taylor）提到印尼军方的种种恶行：当著父母的面杀害幼童[136]、将脚上绑有重物的“犯人”从直升机上摔入大海[154]、用推土机将被捆起来的平民活活碾死[154]⋯⋯
印度尼西亚对东帝汶妇女施予的暴行数不胜数，记录详细。 [155] [156][157] 但因占领时期军管严密，不少受害者又因为文化禁忌、心中羞耻而缄口不言，其真实规模难以估量。 1995 年大赦国际（美国）（英语：Amnesty International USA）就印度尼西亚与东帝汶的妇女所受暴行发表报告，称“妇女们并不情愿将有关强奸和性虐待的信息透露给非政府组织，更不要说把它们报告给军事或警察部门了。” [158] 即便如此，在占领结束后，仍有大量受害女性自愿接受真相委员会采访，甚至公开出席电视直播听证会，使其遭遇为世所知。[159]
受害妇女“CH”在接受
接纳、真相与和解委员会（英语：Commission for Reception, Truth and Reconciliation in East Timor）
采访时的自述[160]
东帝汶妇女常常以“代理暴力”的模式受到种种折磨：占领当局在清肃革阵成员时，若暂时无法寻获目标男子，转而以强奸等方式惩处该男子的妻子、女儿等女性亲属。 [161] 在代理暴力的模式下，军方高层默许、鼓励、躬行了通常伴有生殖器官损伤的各种性奴役行为。 [162] 军中甚至将“可供猥亵、强奸”的妇女姓名汇总成表，以供不同师团士兵遣唤，因此受害妇女所受创伤往往循环往复。 [163] 由于被轮流奸淫，有些受害者患上种种性病，生殖健康大为摧折，以致不孕、患癌、过早死亡。 [164] 有的受害者，因被初次强奸前仍是处女，选择终生不婚。 [165]
另有不少妇女遭遇“强迫婚姻”，在胁迫之下与印尼军官同居，打理家务、满足性欲。大赦国际1995年报告引述一则受害者遭遇：一印尼军队驻包考军官一日在乡间抓获一名叫阿德里亚的当地民女，带回家中强迫同居。在此期间阿德里亚诞下一子。军官与妻子在包考团聚前，阿德里亚母子二人被驱赶回乡。此后阿德里亚仍遭士兵骚扰，被迫为“勾引军官”、“损害军官名誉”而“道歉”。[166]类似的“婚姻关系”在占领期间频频出现。[167] [xxiii]
印尼当局亦在东帝汶推行绝育计画，在妇女几乎毫无了解的情况下，强迫向她们体内注射醋酸甲羟孕酮等避孕药物。[169]军队监控下，各村村长盖起小诊所，确保计画得以执行，中学女生也不放过。[170]有被注射者因此而贫血、患上脚气病，或直接死亡。[171]
1999年，研究者萨利-安妮·华生·凯恩（Sally-Anne Watson Kane）以笔名瑞贝卡·温特斯（Rebecca Winters）[172]出版了《Buibere[xxiv]：东帝汶妇女的声音》一书[174]。该书汇集若干则个人经历，依时序记叙了自印尼占领初期以来，东帝汶妇女所受到的暴力与虐待。书中一名妇女称，占领当局在审问她时扒光她的一半衣物，以便猥亵、摧残她，甚至还威胁要将她处死；[175]另一位则称，审讯长达数周，其间审讯官们用锁链束缚她的手脚，把她反复强奸。[176]一位为革阵游击者准备膳食的妇女被捕后，印尼占领者用香烟烫蚀她的皮肤，对她施以电刑，强迫她一丝不挂地从一排士兵面前走过，走进一辆装满尿液和粪便的坦克车中。[177][xxv]
由于东帝汶大量的人口住在安置营地里，食物供给极度匮乏。士兵允许安置营地里的人们在附近的一小块土地进行耕种，这些土地十分贫瘠并被反复使用[179]，产出率极低。饥荒开始蔓延，在1970年代末已夺取了数千人的生命。据一名教堂的工作人员报告，在东帝汶的一个区，每个月都有500多人死于饥荒。[180]1978年10月，世界宣明会（印度尼西亚）到访东帝汶，并声称约有七万东帝汶人民面临饥饿的威胁。1979年，红十字国际委员会一位大使报告称，安置营中80%的人口营养不良，“同比亚法拉情况一样糟”。[181]红十字会警告称，“数以万计的人民”面临着饥饿的威胁。[182]印尼称其正通过由政府运作的印尼红十字会缓解东帝汶危机，但该组织被指控售卖救援物资。[180]
2006年，联合国东帝汶接纳、真相与和解委员会在访问八千名目击者，并参考了印尼军方文件和来源于国际的情报后发表一份长约2500页的报告，指控印尼军方使用故意饿死的手段对东帝汶实行种族灭绝。大量受灾的人口被禁止使用食物等物资。报告还指出，印尼方面使用化学武器和凝固汽油在食物和供给用水中投毒，[7]并详述了印尼士兵摧毁庄稼杀害牲畜的种种暴行。[183]报告推断，因印尼占领，至少有七万三千名东帝汶人死于饥饿和疾病。[184]
占领期间，葡萄牙语遭禁，印度尼西亚语成为政府、教育、商贸用语。学校开设印尼语课程。 印尼官方意识形态潘查希拉也被强加于东帝汶：只有潘查希拉培训合格证持有者，才有机会在东帝汶官方任职。 东帝汶泛灵论的信仰体系与印尼宪法规定的一神论并不契合，导致大量居民皈依基督教。 印尼神父取代了葡萄牙的圣职人员，拉丁、葡式弥撒亦为印尼式所取代。[188] 印尼入侵前，只有两成的东帝汶人信奉天主教，而到1980年代时，95%的东帝汶人都被登记为天主教徒，[188][189] 东帝汶因而成为全球天主教徒占总人口比最高的地区之一。[190]
为解决部分岛屿人口拥挤问题，长期以来，印尼政府推行著国内移民计划。东帝汶被占领后亦成为该计画的一处重点地区。 因“新秩序”下的新闻管控，以爪哇、峇里贫穷稻农为主的被迁移者，对东帝汶境内的冲突状态知之甚少， 更有高中毕业生被诱骗而来，以为能在东帝汶谋一官半职。[191] 而事实是，他们甫一抵达便处于革阵等抵抗势力的袭击威胁中，此外由于印尼政府为移民计划强征大片土地，他们也成为当地人发泄仇恨的对象。[192] 这些外来者多数最后归返故土，留下的人则推动了东帝汶的“印度尼西亚化”。[192] 1993年时，有662个家庭、共计2,208人在政府计划下客居帝汶，[193][194] 另有约150,000印度尼西亚人，于1990年代中期自由居住东帝汶境内，其中不乏在此从教、为官者。[194][xxvi] 移民涌入下，东帝汶以村落为基础的传统文化岌岌可危，[191] 不少东帝汶人被同时剥夺祖居之地与社会机会，对印度尼西亚的仇恨愈演愈烈。[196]
印度尼西亚接管了葡萄牙人在东帝汶的商业利益。[197] 西帝汶农民在边界开放后涌入东帝汶。1989年1月，印尼政府向私人投资者开放东帝汶。 来自苏拉威西南部的布吉人、望加锡人、布顿人渐渐把控了东帝汶城镇经济的命脉。印尼军商合伙，独揽了东帝汶产品出口事务。 [192][188] 东帝汶利润最丰厚的行业，如檀香木、酒店、商品进口等，被垄断于军方手中，受“蒂诺克有限责任公司（PT Denok）[xxvii]”控制。[199] 对咖啡出口的垄断更是为蒂诺克创造了巨量收益。[200] 蒂诺克、军方以外的产业则受印尼企业家控制，历经葡属时代的旧厂商只得为之让路。[199]
在东帝汶经济政策受到批评时，作为回应，雅加达通常强调其对那里的卫生、教育、通讯、交通、农业等领域多有投入。 [201] 印尼政府的确在东帝汶兴建学校、医院和天主教堂，新铺设了数百英里的道路。[200] 葡属时期，东帝汶人被里斯本忽视，普遍生活于贫穷之中， 1990年时，东帝汶人均年收入较葡萄牙统治末期时翻五番，但仍仅有200美元。[200] 1993年印尼发展规划部门的一份报告仍称，在东帝汶61个区中，三分之二地区的逾半数居民生活贫困。 [202] 印尼批评家乔治·阿迪琼德罗（英语：George Junus Aditjondro）指出， 占领的最初几年间，军事冲突导致了东帝汶大米及咖啡急遽减产，大量牲畜死亡。[203] 其他批评家指出，筑路等基建，目的通常是为印尼军、企提供便利。[204] 国际和印尼当地的私人投资者对东帝汶避之不及。[205]
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东帝汶独立运动从未因印尼的投资与建设而间断过。[208] 革阵在八十年代时因数次清剿，兵力仅馀数百，他们转而同以帝力年轻人为主的东帝汶青年一代加强联系。 一场非武力的抵抗运动在民间逐渐发展成型，成员们以抗议等方式寻求东帝汶民族自决，许多参与者受的是印尼式教育，在侵略初期尚处童年。 他们憎恶印尼军队的暴力镇压、痛心于本土文化与政治生活的让位与消亡，对占领者在东帝汶的经济建设怀矛盾心态。葡语通行其间，葡萄牙的统治遗产备受重视。[205] 在海外，以拉莫斯-奥尔塔为首的抵抗运动流亡成员四处奔走，在各地外交论坛上为故乡争取关注。[209]
1988年，随著武装反抗减弱，印尼政府开放了东帝汶，在招商引资的同时解除了外国记者禁入令。这项举措是由时任外长阿里·阿拉塔斯推动的，为了更好回应国际关切，他和一些外交界人士不顾军界“局势或失控”之疑虑，劝说苏哈托支持这项政策，1989年年末，作为军方强硬派的穆尔亚迪（Muryadi）准将被撤换，新上任的鲁道夫·瓦鲁（Rudolf Warouw）准将承诺将以“更能服人”的方法来对待反抗者。 他放宽了东帝汶内的旅行限制，释放了成批政治犯，审讯官也不再频繁地施用酷刑。瓦鲁还尝试肃整军纪，1990年2月时，一名在东帝汶服役的印尼士兵因其违法行为遭到起诉，这样的情况是前所未有的。[210]
抵抗运动也因此更加无惧；海外人士的高规格造访常常伴随著抗议示威活动：1989年10月，梵蒂冈大教宗若望保禄二世访问东帝汶时，就有不少要求独立的年轻人高喊口号，打开横幅，并与警察爆发混战。[211][196] 此外，随著苏联解体、冷战结束，西方国家对印尼占领的支持理据丧失大半。东帝汶自决问题、人权问题受到的国际关注与日俱增，给雅加达造成更大压力。[212] 1990年代发生的几起事件使东帝汶频频为世界瞩目，抵抗团体因此而得势不少。[213]
1991年10月28日，支持独立的18岁青年塞巴斯蒂昂·戈麦斯（印度尼西亚语：Sebastião Gomes）在帝力一处教堂遭印尼军方杀害。 11月12日，悼念者们为他举行弥撒，挥舞革阵旗帜、手举独立标语，队列喧闹而和平，众人吟唱著向塞巴斯蒂昂的坟茔行进。 [214]悼念者于印尼军队短暂冲突后， [xxviii] 200名士兵向众人开火，杀死至少250名东帝汶人。 [217][218] [xxix] 史称“圣克鲁斯大屠杀”或“帝力大屠杀”。[xxx]
园内的外国人很快将目击证词传递给国际媒体，录像片段在国际上广泛放送，[220]举世哗然。[221][222] 作为回应，各国活动家组织声援东帝汶，要求东帝汶自决的呼声日益迫切。[223] 位于英国的印尼民主化促进组织“TAPOL（英语：Tapol）”[xxxi]加紧了围绕东帝汶的工作。 非营利组织东帝汶行动网络[xxxii]于11月末在美国成立，[224] 并迅速在美国十座城市设立了分支机构。 葡、澳、日、德、马来西亚、爱尔兰、巴西亦出现了东帝汶团结团体。 媒介技术的革新，使得印尼“新秩序”当局在管控信息流动上愈感棘手，这在各国媒体对圣克鲁斯大屠杀的报导过程中得到生动体现。在冷战后的1990年代，国际社会对印尼政府的监督日趋严密。[225] 印尼国内部分倾向民主的学生团体开始公开、批判地讨论东帝汶局势。不仅如此，他们还将“新秩序”、印尼历史、国家前途等宏观话题纳入讨论范畴。[223][225][226][227]
印尼军方不仅遭国际社会激烈谴责，还为印尼国内菁英所抨击。 这次屠杀后，印度尼西亚政府恢复1989年撤销的东帝汶入境禁令，新一周期的压迫随之而来。[123] 先前认为“部分士兵反应过度”[228]的瓦鲁将军被罢去职务，他相较前任更为通融、柔和的治民策略受到上级非难。 疑似革阵同情者锒铛入狱，人权侵犯记录有加无已，外国记者禁入令再度施行。 普拉博沃将军的科帕苏斯部队[iv]第三作战群开始训练头戴黑色风帽的民兵团伙，以打击残馀的抵抗势力。[123] 东帝汶人对印尼军方的仇恨随之加剧。[229]
1992年11月20日清晨，睡梦中的沙纳纳·古斯芒被印尼士兵逮捕。[231] 看守期间，古斯芒经历了睡眠剥夺等身心折磨。[232] 次年五月，在不符规程的庭审后，古斯芒被以“叛乱罪”判处终身监禁，即赴芝比囊监狱（英语：Cipinang Penitentiary Institution）服刑。[233]他的刑期在八月被减至有期徒刑20年。[234]
1994年4月，古斯芒在写给大赦国际的信中透露，他每天都在忍受狱警的“羞辱、激怒与威胁”，监狱上级准许并鼓励这些行为。[235]1995年8月，他未经许可，向北京世界妇女大会会方写信，盼望大会关注“遭受到二十年系统性凌侮”的东帝汶妇女，他先前获得的三个月减刑因而被撤销。[236]
领袖见囚，东帝汶抵抗运动士气低落，但监狱内的古斯芒仍然是独立事业的希望象征。[237] 非暴力抵抗仍时有发生，1994年克林顿总统访问雅加达时，29名东帝汶学生冲击占领了美国大使馆，抗议美国对印度尼西亚的支持。[238] 与此同时东帝汶人权情况持续恶化。1995年年初，沿海城镇利基萨出现了枪杀平民和随意逮捕的情况[239]； 当年秋天骚乱再度爆发，印尼军队殴打被拘留者，有人被释时“脸部瘀青、肿胀，且有割痕。”[240]
1997年，南非总统曼德拉呼吁释放古斯芒，并在当年七月对印尼的国事访问中与古斯芒会面。[241] 同年，魏茨泽克、戴克拉克等世界前政要联合致信苏哈托，希望他解决东帝汶冲突问题。信中写道：“我们理解对于一个骄傲的国家而言，经受这么多的批评该是多么的痛苦，因此，在迟迟未能终结的东帝汶问题上，你的贡献将被称颂为对全人类的重要历史馈赠。”[242] 1999年2月10日，古斯芒被特赦，出狱后转为软禁。[243]
1996年，挪威诺贝尔委员会将当年诺贝尔和平奖授予天主教帝力总教区宗座署理嘉禄·贝洛，和东帝汶独立事业的主要国际发言人拉莫斯-奥尔塔，以“表彰他们为实现为公正与和平解决东帝汶冲突所做的努力”、“表彰他们为少数但受压迫的人民做出的持续和自我牺牲的贡献。”该委员会在其新闻稿中称，希望借此促发更多努力，让东帝汶冲突能在人民自决的基础上得到得体解决。 [244]
梵蒂冈对此“至感满意”，正在推进南非转型正义的戴斯蒙·屠图称“我很激动。”同时，印度尼西亚政府表达了遗憾，称拉莫斯-奥尔塔煽动、操纵东帝汶人民，其外交部说：“很遗憾如此一个声誉良好的机构会奖励像拉莫斯-奥尔塔先生这样的人，我们很吃惊。” [245] 《华盛顿邮报》在报导中写道：“东帝汶的独立事业在印尼军力面前似乎了无希望。但以往的和平奖得主——比如苏联的安德烈·萨哈罗夫，亦或是波兰的莱赫·瓦文萨给予的一个启示是——无望的事业并非总会失败。” [246]
诺贝尔奖学者艾尔文·阿布拉姆斯（英语：Irwin Abrams）这样写道：
与此同时，应联合国大会1982年相关决议要求，印尼和葡萄牙的外交官们继续对被印尼外长阿拉塔斯称作“印尼鞋中的鹅卵石”的东帝汶问题展开协商。[248][249]
1997 年年初，在联合国斡旋下，印度尼西亚和葡萄牙重启了调解工作。[250]
1998年5月21日，哈比比宣誓就任印尼总统。在此之前对于其前一任总统苏哈托的“新秩序”来说，一个独立的亦或是地区有限自治的东帝汶是决不允许的。尽管在九十年代，印尼舆论对东帝汶的状况与地位表示出勉强的理解，但对东帝汶独立可能破坏印尼的统一性从而造成不稳定表示广泛担忧。[251]1997年，亚洲金融危机爆发，印尼经济遭到巨大冲击，市场混乱不堪。1998年5月，苏哈托政府倒台，结束了他对印尼长达三十年的统治。[252]掌控印尼战略储备的普拉博沃被流放至约旦，破产的印尼政府每天要向其在东帝汶的军事行动支付一百万美元。[123]在接下来的后苏哈托过渡时期，相对的政治开放开始在印尼出现，人们对印尼与东帝汶的关系展开了空前的大讨论。为议计九八年剩余的时间，致力于实现东帝汶全民公投的论坛在帝力举行。[123]印尼外长阿拉塔斯说，关于东帝汶阶段性自治到可能独立之计划，于印尼，是“徒然无功”的。[253]1998年6月8日，哈比比就任总统三个星期后，宣告了印尼不久会出台一项关于东帝汶自治的特殊的计划。[252]
1998年底，澳大利亚约翰·霍华德政府起草信文，告知印尼澳大利亚政策的发生了改变，并支持在十年之内组织独立公投。哈比比总统见澳方的举动是在暗示印尼对东帝汶的“殖民统治”，于是决定在此问题上进行一次紧急的东帝汶全民公投。[254]
1999年5月5日，印度尼西亚、葡萄牙两国外长在联合国秘书长科菲·安南见证下，签署《关于东帝汶问题的协定》，正式给予东帝汶人民自决权。[255][256]具体而言，东帝汶将举行全民公投，决定是否要在“统一的印度尼西亚”范围内享受特别自治地位，[257]若此地位不被接受，则印尼应“终止其与东帝汶的联系”，东帝汶逐渐向独立过渡。[258]两国亦同意立即设立联合国东帝汶特派团（英语：United Nations Mission in East Timor）。[259]公投日期最初定为1999年8月8日，之后延迟至8月30日。按照协定，印尼将负责为公投创造没有暴力或恫吓的安全环境。[260]这样的安排引发了东帝汶人忧虑，观察家认为，印尼应是在谈判中拒绝了外国维和兵力介入东帝汶公投。[261]
步入1999年，东帝汶独立在望，同时各亲印尼民兵组织扬言要四处施暴，并最终将口头恫吓落实为致命袭击。 印尼军方则向这些民兵团体提供军事援助，策动他们造成死伤事件。[262] 1999年4月，利基萨一处教堂发生命案（英语：Liquiça Church Massacre），二十馀人在躲避民兵追赶、寻求避难时，被射杀或砍死。嘉禄·贝洛在到访凶杀现场后说：“我们正要进入第三千纪，但这起事件后，我们却回到了中世纪。[263]”
尽管印尼在5月5日的协议中已承诺将在东帝汶构筑没有暴力的安全环境，然而不久后，东帝汶再次出现流血事件，5月16日，阿塔拉村（Atara）五位村民在宅中遇袭死亡，同日帝力一处街区十幢房屋被烧毁。[264] 此外，不少民兵组织指责联合国特派团对亲独立一方颇有偏袒，对联合国工作人员发出死亡威胁，[265]并在6月29日纵火焚烧了特派团在玛利亚娜的办公室。[266] 印尼政府辩称，自己对平息东帝汶派系间的暴力冲突无能为力，[267]拉莫斯-奥尔塔则在二月时就已预言：“在印度尼西亚撤离之前，它将如以往承诺的那样制造动荡、破坏稳定。这些年来我们已经从印尼军方那里听了太多遍了。”[268]
与民兵威胁相呼应的，是印尼东帝汶事务巡回大使弗朗西斯科·洛佩斯·达·克鲁斯（德语：Francisco Lopes da Cruz）发出的警告。1999年7月初，他说：“如果人们选择自治，东帝汶将会滴血——如果人们拒绝自治，那么则可能是血流成河。[269]”公投前一周，亲印尼民兵组织艾塔拉克（英语：Aitarak）领袖尤里科·古特雷斯（英语：Eurico Guterres）在帝力一处万人集会上说，如果独立一方赢得公投，东帝汶将成为“一片火海”，这种说法与印尼独立革命时的万隆火海事件（英语：Bandung Sea of Fire）遥相呼应。[270][271] 随著投票日临近，反对独立的暴力事件逐渐增多。[272]
公投日当天，即1999年8月30日，98.6%的登记选民投票，东帝汶总体平稳有序，但仍在晚间出现了联合国人员遭杀害而殉职之事。[273] 东帝汶时间9月4日（美东时间9月3日），联合国秘书长科菲·安南公布投票结果：94,388票赞成以自治地位保留在印尼之内，占总票数21.5%；344,580票反对自治，要求独立，占总票数78.5%。[274]不少印尼民众对投票结果表示怀疑，认为负责监督工作的联合国操纵了此次公投，并指责[275][276]但由于同期峇里银行丑闻（英语：Bank Bali scandal）爆发，更多人对东帝汶事态并不关心。[276]
安南公布结果数小时后，帝力便开始出现民兵团体袭击、纵火事件。外国记者、选举观察员旋即撤离，上万东帝汶人奔逃至山野中。 伊斯兰帮伙冲入天主教帝力总教区房舍，杀害十馀人。9月5日，红十字国际委员会帝力办公楼遭到攻击，随后付之一炬，另有约一百人在苏艾一处教堂遭到屠杀（英语：Suai Church massacre）。一时间类似的屠杀报告数不胜数。[278]
9月8日，一支联合国代表团抵达雅加达，与印尼总统哈比比见面。哈比比再度拒绝了联合国部队进驻东帝汶的请求，并说东帝汶的屠杀报告不过是“谎言和臆测”。[279][280]英国首相托尼·布莱尔厉言道，印尼若继续放任杀戮，将会成为国际孤儿。[279] 维兰托（英语：Wiranto）将军则坚持认为他的士兵控制住了情势，他之后又在一场联欢会上对军嫂们说：“对于东帝汶，我们情意相同。”说罢唱起1975年流行曲〈感觉（英语：Feelings (Morris Albert song)）〉。[281]
东帝汶危机爆发后，联合国大部分人员离境，东帝汶人进入特派团遗留的建筑之中寻求避难。四名联合国人员留守东帝汶，他们表示除非难民一同疏散，否则拒绝撤离，宁愿身死民兵手中。四人之一的杰弗里·罗宾逊（Geoffrey Robinson）回忆说，进入大楼的东帝汶难民保持规矩，“在那种可怕的情形下，人们的礼貌令人感动。”一位东帝汶修女告诉杰弗里，东帝汶人已经习惯了在关键时刻遭到抛弃，这次公投至少已经将东帝汶人希求独立的心声一劳永逸地告诉了全世界。[282] 同时，在印尼军队与民兵团体的武力胁迫下，超过二十万人被强迫迁往西帝汶，住进被人权观察称为“条件极其恶劣”的集中营中。[283]在国际部队进驻东帝汶后，为滞留难民，民兵造谣称澳大利亚军队会袭击返乡者，沙纳纳·古斯芒也会报复离开东帝汶的人。[284]
印尼军队操纵的民兵暴乱很快在世界范围内激起愤慨，澳大利亚、葡萄牙等国爆发游行示威，要求政府采取行动，干预东帝汶局势。[285] 古斯芒、贝洛、拉莫斯-奥尔塔分别前往达尔文、里斯本和罗马、奥克兰寻求外交支持。[285]拉莫斯-奥尔塔在奥克兰APEC峰会上要求国际社会尽早武力干预局势，东帝汶问题也成为当年峰会的一大焦点。[286]11日，美国总统比尔·克林顿在奥克兰接受记者提问时，透露美国已暂停对印尼军售。[287][288]他又在次日的工商界领导人早餐会上重申：“美国已暂停对印尼的所有军事合作、援助和销售。我已经明确表示，我是否愿意支持国际社会未来（对印度尼西亚）的经济援助将取决于印尼从今天起如何处理局势。[289]”
深陷金融风暴泥淖的印度尼西亚最终在国际压力下妥协。9月12日，哈比比总统在召开内阁会议后致电安南，并通过国家广电发表声明，宣布将允许联合国维和部队进驻东帝汶。[290][291]
1999年9月15日，联合国安理会通过第1264号决议（英语：United Nations Security Council Resolution 1264），授权设立一支多国部队，要求其恢复东帝汶和平与安全，保护、支持东帝汶特派团履行任务，协助人道主义救援，直到部队被联合国维和行动取代为止。[292]
澳大利亚少将彼得·科斯格罗夫受命担任东帝汶国际部队（英语：International Force for East Timor）总指挥。9月20日，国际部队进驻帝力；10月31日，在古斯芒的见证下，印尼军队彻底撤出东帝汶。[293][285] 在国际部队进驻东帝汶过程中，大量民兵逃往西帝汶，亦有民兵继续行凶[294]，荷兰记者桑德·托尼斯（英语：Sander Thoenes）则被正在撤离东帝汶的印尼士兵杀害。[295]
东帝汶国际部队的主要士兵来自澳大利亚。澳大利亚派遣了一支人数最多时达5,500的步兵旅，另有三艘巡防舰、一支航空团等海空力量投入东帝汶。[296]最终有来自22国加入国际部队，人数最多时达到11,000。[297] 美国向国际部队提供了关键的后勤保障与外交支持。莫尔比湾号（英语：USS Mobile Bay）巡洋舰为国际海军编队提供保护；贝劳森林号（英语：USS Belleau Wood (LHA-3)）两栖突击舰则游曳于东帝汶近海，其上驻有1000人规模的海军步兵营，配备成建制装甲、火炮，以防出现重大武装反对事件。[298]
1999年10月25日，联合国东帝汶过度行政当局成立，全盘管理东帝汶事务。[299] 2002年5月20日，东帝汶独立；同年9月27日，东帝汶成为联合国第191个会员国。[300]
1990年，萨达姆·侯赛因问：既然1975年时，印度尼西亚可以把东帝汶变成它的第27个省，那为什么他不能把科威特变成伊拉克的第19个省呢？答：冷战结束了。
——西奥多·弗林德（英语：Theodore Friend），《印度尼西亚的命运》[301]
印度尼西亚利用西方国家对共产主义的恐慌，从美国、澳大利亚等国获得对其入侵、占领东帝汶的支持[302]。但对东帝汶的入侵与对东帝汶独立运动的镇压大大损害了印尼的形象和国际信誉[6]。1980年代时，苏哈托为成为不结盟运动主席而作出的努力因为遭到发展中国家对其吞并东帝汶的批评而受到破坏。对于印度尼西亚的谴责在1990年代也未曾停息过[303]。
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1974年8月，澳大利亚总理高夫·惠特兰与苏哈托会面。惠特兰表示，一个独立的东帝汶会成为影响地区稳定的潜在威胁，若印尼吞并东帝汶，澳大利亚会表示支持。[304][305] 。惠特兰的表述后来被外长唐·威尔西（Don Willesee）加以修饰，称：“澳大利亚会支持东帝汶人民对其前途的决定权。”[305]1975年东帝汶爆发政变之后，澳总理惠特兰发表声明称，澳大利亚仍反对军事介入当前局势，澳方愿提供人道救援，呼吁各方停止战斗并进行对话。声明亦称，澳方承认印度尼西亚在“某区域”内的利益。
与之同时，澳政界与民间都有支持东帝汶独立的呼声，并愿意为东提供援助。1974年，澳民间在悉尼发起一项东独运动，旨在支持东帝汶自决与独立的权利，反对印尼的武力吞并，并支持革阵的社区项目（community projects）。墨尔本、堪培拉和珀斯等地也出现了相似的运动团体。他们召开公众集会，游说议员、教堂和社区组织（community groups）。政变爆发后，澳大利亚红十字会帮助红十字国际委员会向西帝汶的难民营和东帝汶派驻医疗分队。澳政府为此工作先后向红十字会拨付了十万澳元和十五万澳元。澳大利亚帝汶国际援助协会（Australian Society for Intercountry Aid Timor，ASIAT）自政变以来也向东帝汶地区派驻了医疗分队。[305]
1975年11月11日，惠特兰政府在1975年澳大利亚宪政危机中解散，这对新的看守政府总理马尔科姆·弗雷泽设下限制。因在1975年联邦选举结果未被公布之前，其任何行动都需得到两党与总督的批准[306]。1975年12月4日，澳大利亚在联合国外交失败，联合国通过承认东帝汶独立的决议，澳政府从帝力撤离了澳大利亚与其他国家的侨民[307]。12月5日，荷西·奥尔塔（José Ramos-Horta）抵达达尔文举行记者招待会，称澳大利亚红十字会和ASIAT在东帝汶已被禁止。他同时表示，东帝汶革阵政府不接受澳大利亚在内的来自联合国的任何援助[308]。
在赢得12月大选后，弗雷泽政政府提出提议，并认为：与东南亚的政治与贸易关系对澳大利亚至关重要，不能让这项极易失败的事业受到威胁[309] 。此后澳大利亚在1976和1977年的历次联大投票中弃权。在1978年前，澳政府是唯一一个除印尼政府外官方承认东帝汶是印尼的一个省的政府。[310]
| | 两国共同开发海域 |
| | 澳大利亚管辖海域 |
| | 印度尼西亚管辖海域 |
一年后，澳大利亚和印度尼西亚开始起草条约以瓜分帝汶海沟油气资源。1989年12月，两国签订了《帝汶缺口条约》（官方名称为《澳大利亚和印度尼西亚共和国之间关于在印度尼西亚东帝汶省和北澳大利亚之间的一个地区合作区条约》）[311]，据估计，两国从中获得了一百万至七百万桶的原油[312]。此条约，与其同印尼广泛的经济合作伙伴关系一道，被援引作澳政府支持印尼这一立场的关键因素[313]。太平洋战争期间，日澳间的战争曾使六万东帝汶人丧命[314]，故澳国内有人认为，澳政府对这个曾经的葡属领地在历史上多有亏欠。詹姆斯·杜恩（James Dunn）曾在印尼占领东帝汶前与占领时，担任一名澳大利亚国会高级外交顾问，他后来说：“不管什么在1941年时是至关重要的、战略性的还是具有价值的，在1974年时，皆已无关紧要或可有可无[315]。”一些澳大利亚的二战老兵以相似的理由对占领行动进行抗议[316]。
之后澳大利亚政府几多更迭，澳大利亚与印度尼西亚都始终保持着不错的外交关系，国内秩序稳定的印尼也为澳大利亚充当了一道重要的安全屏障，不过历届澳政府都注意到：东帝汶问题复杂化了两国间的合作。[317]澳大利亚为东帝汶独立支持者提供了政治避难，其中拉莫斯·奥尔塔甚至将澳大利亚作为自己流亡的根据地。整个20世纪80年代，印尼与澳大利亚间的贸易额不断增长。[318][319]1995年12月18日，澳大利亚工党的基廷政府与印度尼西亚在雅加达签署了《澳大利亚-印度尼西亚安全协定》(The Australian-Indonesian Security Agreement)，澳大利亚将优先权给予了澳对印尼的诸方面关系。1998年5月，苏哈托倒台；同年，澳大利亚霍华德政府转变了澳对印尼政策。这促进推动了东帝汶的独立进程：越来越多要求举行独立公投的呼声出现。[320]1998年年末，澳大利亚总理约翰·霍华德与外长亚历山大·唐纳致信印尼政府，指出应在十年内于东帝汶举行独立公投。这封信件惹恼了哈比比，他认为，澳大利亚之意在于暗示印尼是一个“殖民大国”。哈比比决定宣布在东帝汶举行一次紧急的独立公投。[320]1999年，受联合国支持的独立公投在东帝汶举行。公投以压倒性多数赞成东帝汶独立，但紧接着亲印尼武装民兵在东帝汶动用暴力，制造了安全危机。由澳大利亚牵头的国际部队进入东帝汶，恢复了治安。虽然国际军事行动成功了，但是澳大利亚与印度尼西亚的关系则需时日加以修复。[320]
1999年，澳大利亚工党一改其东帝汶政策，宣布将采取支持东帝汶独立并反对印尼在东之存在之政策，而这一信号是通过澳外交部发言人，工党党员劳瑞﹒布莱里顿 （Laurie Brereton）发出的。[321]布莱里顿的信誉遭到了包括时任总理与外长在内来自执政党自由党-国家党联盟的攻击。[321]
1975年4月30日，随着常风行动落下帷幕，越南战争以越南共和国的覆灭而结束。同年，柬埔寨和老挝也建立起了社会主义政权。为了在东南亚与社会主义势力抗衡，一个坚决反共的印度尼西亚对于美国来说变得尤为重要。有鉴于此，美国必须寻求与印尼政府建立友好关系，这样就让东帝汶的事务对美而言显得并不要紧。 [309][324] 美国同样想维持其潜艇穿越印尼的深水通道的通行权，借由此水道，美军潜艇可在太平洋与印度洋之间通行自如而不被侦测[309]
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入侵前夕，福特总统和国务卿基辛格会见了印尼总统苏哈托。根据报道，美方认可了印尼的侵略行为。[325][326]苏哈托说：“如果必须要（在东帝汶）采取猛烈的军事行动，希望你们理解。”福特说：“我们会理解你们的，我们不会在这个问题（入侵）上向你们施压。我们深知问题所在以及你们的意图。”基辛格也表示赞同，尽管与此同时，基辛格和福特也希望控制美国国内对侵略的反应，毕竟印尼入侵中使用美国装备一事若被曝光于公众，一定会产生不良的影响。[327] 美国也希望侵略行动尽可能的迅速而彻底，不会导致后续的长期的抵抗。基辛格对苏哈托说：“无论你们采取何种手段，尽最快速度取得成功是最重要的。” [328] 基辛格主要的担忧应是，如果带有红色色彩的东帝汶独立革命阵线在侵略后重新暴力夺回东帝汶，亚洲范围内的共产主义武装活动可能被激起，以至于取得胜利。到那时，革阵胜利而引发的印尼国内一系列的暴动可能会威胁印尼国家安全，甚至灭亡印度尼西亚。[329]
在印尼入侵行动以及接下来的占领过程之中，美国向印度尼西亚提供了武器支援。侵略事件发生一周后，美国国家安全委员会出台详细分析报告，称发现了印尼使用的装备绝大部分是美国提供的。[330] 美国继续向印度尼西亚提供军事援助，事实上其规模已经超过了美国国务院之计划。在此基础上美国国会继续追加援助，几乎达到以前的两倍。而美国政府却声称，美国从1975年12月到1976年6月已经中止了对印尼的军援。[328]1975年至1980年，东帝汶境内的暴力事件达到其峰值的六年间，美国向印尼政府提供了价值约3亿4000万美元的武器装备。1974年开始，美国对印尼的军事援助以及武器销售开始增长。美国的军事援助一直持续到老布什和克林顿时代，直到1999年才停止。[328]1975年至1995年，美国向印尼提供的武器价值总额达到了11亿美元。[331]克林顿政府时期，在 JCET [xxxiii]计划下，美国为印尼科帕苏斯部队[iv]进行了训练，其内容包括城市游击战、侦查与反侦察、狙击战术以及“心理战术”等。[332]
根据联合国的东帝汶接纳、真相与和解委员会（英语：Commission for Reception, Truth and Reconciliation in East Timor）最终的报告中的“责任”一章，美国的“政治和军事援助是印尼侵略和占领（东帝汶）的基础”。报告同样指出“美国提供的武器对于提升印尼军力十分关键。从1977年开始，印尼开展的大规模的摧毁抵抗势力的运动中，美国提供的飞机扮演了关键的角色。”[333][334]
革阵声称美国对印尼政府在东帝汶问题上的外交与物质帮助已经远超适度之标准。合众国际社在一篇1978年6月19日发自悉尼的报道中，援引了革阵的一份新闻稿，称：“在两场战斗中，美国顾问和雇佣兵站在印度尼西亚一边，联合与革阵作战⋯⋯同时，美国飞行员驾驶着北美罗克韦尔 OV-10 野马战术侦查攻击机为印尼空军空袭革阵控制的解放区。”[335][336]
在大多数联合国谴责印尼入侵的决议上，美国都投了弃权票。[309] 时任美国驻联合国大使丹尼尔·帕特里克·莫伊尼汉（1975-76在任）在他的回忆录中写道：“国务院希望联合国无论采取什么措施终归是彻底的白费功夫。这项任务落在了我头上，我把它完成得非常顺利。”[337]
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1975年印度尼西亚入侵东帝汶时，中国同印尼的外交关系早已断绝。莲花行动开展前后，革阵收获了北京热情的外交支持，中国是少数承认革阵独立宣言的国家之一。印尼全面入侵东帝汶当月，吴妙发、黄华先后在联合国呼吁印度尼西亚“停止干涉”，要求“入侵的印尼军队必须无条件地立即全部撤出东帝汶领土”。[338]东帝汶高级官员事后在接受采访称，中国甚至尝试向东帝汶游击队提供一批足以武装8000人轻型师的武器，但由于印尼海上封锁，未能实现。[339]最后这批武器被转运至莫桑比克。[340]
1975年12月29日，罗热里奥·洛巴托（英语：Rogério Lobato）率团访问北京，时任中国副外长韩念龙接机。外长乔冠华在当晚宴会上重申要求印尼无条件撤军，称“中国政府和人民坚决支持东帝汶人民的正义斗争。”[341]此后三年中，革阵成员几度访华，其中包括拉莫斯·奥尔塔、罗克·罗德里格斯（葡萄牙语：Roque Rodrigues）、马里·阿尔卡蒂里等人，他们在东帝汶独立后身居政府要职。[340]
1970年代末，印尼占领东帝汶已成既定事实，国际社会对东帝汶关注减弱。与此同时，邓小平开启改革开放，中国外交重心由支持革命转为为经济建设服务，尝试构建安定的国际环境，[342]且在越南入侵柬埔寨等问题上，中国需要印度尼西亚等东盟国家的外交支持。[339]中国在东帝汶问题的立场上越发转为呼吁和平解决，[342]1984年11月，时任外长吴学谦在访问葡萄牙时说：“解决这个（东帝汶）问题首先要照顾到东帝汶绝大多数人民的意愿，由有关国家通过和平协商加以解决。”[343]
尽管外交姿态不如以往强烈，对呼吁东帝汶人民自决的历次联大决议，中国皆表示赞成。[339]中国政府甚至透过香港、驻欧使馆等渠道同东帝汶抵抗势力保持接触，马里·阿尔卡蒂里等革阵流亡领导曾通过在地华商接受北京资助。[340][344]
1999年东帝汶危机爆发后，中国向东帝汶派遣维和民事警察，[342]但中国就是否组建东帝汶国际部队（英语：International Force East Timor）的问题上表现犹疑。[340][339]2002年5月20日，东帝汶独立当天，时任中国外长唐家璇先后出席东帝汶独立庆典与中国使馆开馆仪式，中国成为东帝汶首个邦交国。[345]
英国在涉及东帝汶的联大决议表决上悉数弃权。在整个东帝汶被占领统治期间，英国从未停止对印度尼西亚的军售。英国1978年时向印度尼西亚出售的8架鹰式教练机，在“围歼”行动中发挥效用。1990年代时，印度尼西亚又从英国处购买了若干战机。[346]1995年，圣克鲁斯大屠杀四周年日之际，印度尼西亚购买的英制战机成编队在帝力低空飞行，威慑东帝汶居民。[347]1999年东帝汶危机爆发后，英国国防部仍向印度尼西亚交付战机，受到在野党抨击。[348]
联大早期涉及东帝汶的决议表决上，加拿大三次反对，此外则弃权。东帝汶受占领统治期间，加拿大政府定期向印度尼西亚出售军备，并在1990年代批准价值逾四亿加元的武器备件出售。[349]
日本在涉及东帝汶的全部八份联大决议表决上悉数反对。[350]。
印度亦支持印度尼西亚，并将后者对东帝汶的占领与印度兼并葡属印度相提并论。[351][xxxiv]东南亚国家联盟成员国顾忌同印尼的关系，以“区域团结”为考量，对东帝汶抵抗运动置之不理。[352]对呼吁东帝汶人民自决的联大决议，东盟国家一贯投以反对票。[353][xxxv]
菲律宾在1994年时，曾试图阻挠马尼拉举办一场东帝汶国际会议，并将拉莫斯-奥尔塔列为不受欢迎人物，禁止其入境。[352]不过随著国际局势变化，菲律宾最终改变立场：该国参与到东帝汶国际部队后勤保障任务，向东帝汶派遣医疗与后勤人员；菲国将军海梅·德洛斯·桑托斯（英语：Jaime de los Santos）在1999年年底被联合国任命为联合国东帝汶过度行政当局部队指挥官。[355]占领统治时期的死亡人数难以确计。2005年，联合国东帝汶接纳、真相与和解委员会得出“基于科学的主要结论”，认为在最保守的情形下，双方冲突造成的死亡人数达102,800 (±12,000)。其中，18,600 (±1,000)人被杀害或失踪，另外 84,000 (±11,000) 人死于饥荒或疾病，这些数字已远高于和平时期的正常死亡人数。委员会还称“因由冲突导致的疾病和饥饿而死的人”恐有18.3万之多。由于该统计以 2004 年时在世的幸存者记叙为主要依据，因此在“家眷已全数罹难”且“墓碑不存”等情况下，死者则无法被统计在内。[356]此外，委员会认为印尼军方应为约 70% 的暴力杀戮负责。[357]
耶鲁大学种族灭绝研究教授本·基尔南称，尽管统计上有二十万或以上的数据，但“实际死亡人数应近于十五万人。”[358] 根据天主教会的统计，东帝汶人口数从1974年的688,711减为1982年时的425,000，意味著东帝汶在印尼入侵与占领下有二十馀万人死亡，“二十万死难”的统计此后在世界范围内被广泛援引。[359][360]诸如大赦国际和人权观察等信源亦支持此数据。[361]
法国专家加布里埃尔·德菲（Gabriel Defert）通过分析葡萄牙、印度尼西亚的可用官方数据，结合天主教会资料，认为1975年12月至1981年12月间，约有308,000名帝汶人死亡，约占侵略前总人口的44%。[362]曾供职于爪哇沙拉笛加大学（英语：Satya Wacana Christian University）的乔治·阿迪琼德罗（英语：George Junus Aditjondro）教授在研究印尼军方数据后总结称，在占领的头几年，事实上有300,000帝汶人被杀害。[363]
印度尼西亚方面的伤亡情况则记载完备。印尼士兵与亲印尼民兵在入侵行动时阵亡的，以及占领时因病而死、意外身故的，共有2,300人。雅加达东部芝浪卡的军事总部内今竖有一座“莲之纪念碑（Monumen Seroja）”，纪念印度尼西亚莲之行动与对东帝汶的占领统治，其底部镌刻有这些死者的姓名。[364]
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东帝汶官方文献
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聯合國安理會第384號決議. 维基文库. 1975年12月12日 （简体中文）联合国文件编号为 S/RES/384。 聯合國安理會第389號決議. 维基文库. 1976年4月22日 （简体中文）联合国文件编号为 S/RES/389。 联合国安理会第1264号决议. 维基文库. 1999年9月15日（1999a） （简体中文）联合国文件编号为 S/RES/1264。 联合国安理会第1272号决议. 维基文库. 1999年10月25日（1999b） （简体中文）联合国文件编号为 S/RES/1272。 聯合國安理會第1410號決議. 维基文库. 纽约. 2002年5月17日 （简体中文）联合国文件编号为 S/RES/1410(2002)。其他国际组织文献
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. New Haven and London: 耶鲁大学出版社. 2003a. ISBN 0-300-10518-5 （英语）. 含有内容需登入查看的页面 (link). 剑桥: 剑桥大学出版社. 2005. ISBN 0-521-54262-6 （英语）. 含有内容需登入查看的页面 (link)Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
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