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制药产业（英语：Pharmaceutical industry）从事药物，或是医疗药品的发现、开发、生产、和销售的工作，交由医疗卫生提供者施用于患者（或是患者自行给药），目的在做治愈、预防(透过接种疫苗)、或者是减轻疾病的症状。[1][2]制药公司可能也会生产通用名药物（或称学名药，仿制药）、或是品牌药、以及医疗器械。这个产业受到各式与专利、测试、安全性、功效、和合法药物销售相关法律和规定的规范。
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现代制药产业起源于早期的地方性药剂师，他们从传统的植物性药物（例如吗啡和奎宁）的分销，扩展到1800年代中期的大量生产，以及由应用研究所产生的新发现。德国药剂师助手弗里德里希·瑟图纳率先有目的的由植物中作药物发现，他在1803年至1805年间从鸦片中分离出吗啡（一种镇痛药和安眠药剂），并以希腊梦之神摩耳甫斯为此化合物命名。[3]到1880年代后期，德国染料制造商已把从焦油和其他矿产提炼出纯化单体有机化合物的的技术臻于完善，建立起初期的有机化学合成方法。[4]化学合成让科学家能有系统地改变化学物质的结构，而新兴药理学的发展，也让科学家更能评估这些变化所造成的生物作用。
到1890年代，肾上腺的提取物对不同组织的深远影响被发现，引发对化学信号传导机制的探索，并利用这些发现开发新药。肾上腺萃取物在血压升高和血管收缩的作用，特别引起外科医师的兴趣，而将其用作止血剂和休克治疗剂，许多公司开发出以肾上腺提取物为基底的产品，各自有不同纯度的活性物质。到1897年，约翰·霍普金斯大学医学院的约翰·阿贝尔确定提取物中的有效成分为肾上腺素，但是他只能萃取出不纯的物质。日本籍工业化学家高峰让吉后来开发一种萃取纯净肾上腺素的方法，并将技术授权给位于美国底特律的药厂帕克-戴维斯。帕克-戴维斯以“Adrenalin”的商品名称销售这种药物用肾上腺素。注射用肾上腺素在哮喘的急性治疗护理特别有效，有一种吸入剂在美国销售到2011年才停止（商品名Primatene Mist）。[5][6]到1929年，肾上腺素又被调制成吸入剂，用于治疗鼻塞。肾上腺素虽然很有效，但注射本身让使用受到限制，因此业者开始寻求口服的衍生物。日本化学家在一种叫麻黄的植物找到一种结构与肾上腺素相似的化合物麻黄碱（实际上与去甲肾上腺素更相似），由礼来公司出售，用作治疗哮喘的口服药。化学家和药理学家Gordon Alles接续英国公司（Burroughs, Wellcome & Co）的Henry Dale和George Barger两位先生在20世纪初的研究工作成果[7]，在1929年合成出苯丙胺（又称安非他命），并在哮喘患者身上作测试，这种药仅有中度的抗哮喘作用，但会产生兴奋和心悸的感觉。苯丙胺是美国药厂Smith, Kline & French研发，用于抗鼻塞的药剂，商品名为苯丙胺吸入剂。苯丙胺最终被用于治疗发作性嗜睡病、脑炎后帕金森症候群、以及升高罹患抑郁症和其他精神疾病患者的情绪之用。苯丙胺被美国医学协会列入1937年的非公定新药集（New and Nonofficial Remedy）之中[8]，作抗抑郁症之用，到1960年代因三环类抗抑郁药问世而被取代。[6]
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1903年，赫尔曼·埃米尔·费歇尔和约瑟夫·冯·梅林披露他们发现-由甲基丙二酸、三氯氧磷、和尿素的反应形成的二乙基丙二酸（diethylbarbituric acid），可导致狗睡眠。这项发现获得专利，并授权拜耳公司生产，拜耳公司于1904年开始以商品名Veronal作为睡眠辅助剂销售。拜耳公司对这项药物做结构变化，然后系统性的研究过其效力和作用时间，在1911年发现苯巴比妥，又在1912年发现苯巴比妥具有有效的抗癫痫活性。到1970年代，苯巴比妥是用于治疗癫痫最广泛的药物之一，截至2014年，它仍列在世界卫生组织（WHO）的基本药物清单之内。[9][10]（WHO在2019年第21版的基本药物清单（第5页）仍包含有此药物[11]）在1950年代和1960年代，人们对巴比妥类药物和苯丙胺的成瘾性和滥用潜力有更多的了解，因而加上更多的使用限制，政府对开立处方人员的监督也日益严格。如今，苯丙胺已被广泛用于治疗注意力不足过动症，而苯巴比妥则用于治疗癫痫。[12][13]
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从1800年代末期到1900年代初期间所做的一系列实验显示出糖尿病是由于缺乏由胰脏所产生的某种物质引起。1869年，奥斯卡·闵可夫斯基和约瑟夫·冯·梅林发现，狗在胰脏被手术切除后，会诱发糖尿病。1921年，加拿大教授弗雷德里克·班廷和他的学生查尔斯·赫伯特·贝斯特重复这项研究，发现注射胰脏萃取物可逆转胰脏切除后所产生的症状。很快的，这种萃取物被证明也可用于人体，由于生产足够数量的萃取物不易，而且纯度不足，导致利用胰岛素作为常规医疗用途受到耽误。由于礼来公司具有大规模纯化生物材料的经验，研究人员向其寻求协助以及合作。礼来公司的化学家乔治·沃尔登发现，透过仔细调节萃取物的pH值就可产出相对纯净的胰岛素。但由于有多伦多大学的压力，以及独立开发出类似纯化方法学术界会提出专利挑战，最后达成由几家公司共同生产，而非由独家生产胰岛素的协议。在胰岛素被发现和广泛用于治疗之前，糖尿病患者的预期寿命通常只剩几个月。[14]
早期在医学的研究和开发，重点是找出用于治疗感染疾病的药物。在1900年，肺炎、肺结核、和腹泻是美国人的头三大死亡原因，这些疾病造成出生后第一年死亡率超过10％。[15][16]
1911年，柏林实验疗法研究所（德国联邦保罗·埃尔利希研究所的前身）的保罗·埃尔利希和化学家艾尔弗雷德·伯特共同开发出阿斯凡纳明，是第一种合成的抗感染药物。药物的商品名为洒尔佛散。[17]埃尔利希注意到砷的一般毒性，和细菌对某些染料会作选择性吸收，并假设在治疗细菌性感染时，可利用具有类似被选择性吸收特性的含砷染料。合成这类化合物过程中，阿斯凡纳明被发现具有部分选择性的毒性。往后的事实证明阿斯凡纳明是首度有效治疗梅毒的药物，在此药物出现之前，梅毒无法治愈，患者在患病过程中有严重的皮肤溃疡、神经系统损害，最终导致死亡。[18]
埃尔利希系统性改变合成化合物的结构，并测量这些变化对生物活性的影响，这种方法被多位工业科学家，包括在拜耳工作的科学家如Josef Klarer、Fritz Mietzsch、和格哈德·多马克广泛采用。由于德国染料产业提供的化合物参与测试，促成百浪多息被开发出，这项产品是磺酰胺类抗生素的首项代表。与阿斯凡纳明相比，磺酰胺类药物具有更广的活性范围，而且毒性低得多，可用于治疗由链球菌属等病原体引起的感染。[19]多马克因开发出百浪多息而在1939年获得诺贝尔生理学或医学奖。[20][21]但是第二次世界大战之前人类因为传染病而死亡人数的急剧下降，主要还是由于公共卫生措施，例如清洁用水和较不拥挤的住房，抗感染药物和疫苗主要是在第二次世界大战之后才开始产生明显的影响。[22][23]
亚历山大·弗莱明在1928年发现青霉素（也称为盘尼西林）的抗菌作用，但这种药物需等到能大规模生产和纯化后，才开始用于治疗人类疾病。而这些是由美国和英国政府领导的药厂联盟在第二次世界大战期间达成。[24]
在此期间，预防疾病疫苗的开发有初期的进展，主要是透过学术和政府资助的基础研究进行，这些研究的目的是找出引发常见传染疾病的病原体。 1885年，路易·巴斯德和皮埃尔·保罗·埃米尔·鲁制造出世界首项狂犬病疫苗。世界首项白喉疫苗是在1914年由白喉毒素和白喉抗毒素（从被病菌接种过动物的血清中产生）的混合物制成，由于接种的安全性小，因此并未得到广泛使用。美国在1921年有206,000例白喉病例记录，死亡的有15,520人。1923年，巴斯德研究所的加斯顿·拉蒙和惠康研究实验室（后来并入葛兰素史克）的亚历山大·格兰尼平行分别工作，发现用甲醛处理白喉毒素，可让疫苗更安全。[25]1944年，在百时美施贵宝前身之一的Squibb Pharmaceuticals工作的莫里斯·希勒曼开发出第一种日本脑炎疫苗。[26]希勒曼后来转往默克药厂工作，他在研发针对麻疹、流行性腮腺炎、水痘、风疹、甲型肝炎、乙型肝炎、和脑膜炎的疫苗开发方面发挥关键的作用。
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在20世纪之前，药物通常是由小规模的药厂所生产，虽然当时确有相关的法令，但是对制造的监管控制，以及对药厂在安全性和功效的声明，执行并不严格。在美国，由于受到污染的天花疫苗和白喉抗毒素接种后所导致的破伤风案例暴发和死亡，促使对于疫苗和其他生物药物的生产管理得以加强。[27]1902年通过的《生物制剂控制法案》要求联邦政府为每种生物药物以及生产此类药物的过程和设施实施上市前核准。随后在1906年通过《干净食品和药物法》，法案禁止在州际贩售掺假或贴有错误讯息标签的食品和药品。如果某种药物含有酒精、吗啡、鸦片、古柯碱、或其他几种有潜在危险或成瘾性药物中的任何一种，而标签上未注明此类成分的数量或比例，则被视为商标错误。政府试图透过法律，针对药厂这种标榜无根据功效的行为起诉，但功效被最高法院的一项判决给削弱，这项判决将联邦政府的执法权限于除非能证明业者为蓄意，否则不能以诈欺罪名起诉。[28]
1937年，有100多人因为摄入由田纳西州S.E. Massengill公司生产的"磺胺酏剂"后死亡。这项产品采用具有高毒性溶剂-二甘醇配制而成（目前二甘醇被广泛用作防冻剂）。[29]根据当时的法律，这个产品仅被处以金额不大的罚款，因为技术上说，在产品上用了"elixir"的字，表示产品含有乙醇溶液，但事实上的溶液是二甘醇，而当时对于二甘醇所含毒性，并未广为人知（请参考磺胺酏剂中，英文版#History部分）。针对这一事件，美国国会在1938年通过《联邦食品、药品和化妆品法案》，首度要求在药物出售前要有安全性证明，并明确禁止虚假的治疗主张。[30][31]
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第二次世界大战之后，在新型抗生素的发现有爆炸式的成长[32]，包括有头孢菌素（由礼来公司根据朱塞佩·布罗祖和爱德华·亚伯拉罕两位开创性研究成果而开发）、[33][34]链霉素（在默克药厂资助的赛尔曼·A·瓦克斯曼实验室中发现[35]、四环霉素[36]（在Lederle实验室发现，Lederle后来并入辉瑞公司）、红霉素（在礼来公司发现）[37]，及后来扩展到更为广泛的细菌病原体抗感染产品。链霉素是第一种有效治疗结核病的药物。在发现之时，单独收容结核病感染者的疗养院已普遍存在于发达国家的城市中，入院后5年内的死亡率高达50％。[35][38]
在1958年发布的联邦贸易委员会报告，把抗生素的开发对美国公共卫生的影响作量化。报告发现，在1946年至1955年期间，抗生素可治疗的疾病发生率下降42％，而不能用抗生素治疗的疾病发生率仅下降20％。报告的结论是："看来，抗生素的使用，加上早期诊断和其他因素，疫情的传播得以控制，因此疾病的发生率也受到限制"。这项研究对于抗生素可有效治疗的八种常见疾病（梅毒、结核病、痢疾、猩红热、百日咳、脑膜炎、和肺炎）的死亡率，在同一时期下降56％。[39]其中结核病死亡人数下降75％，成果相当突出。[40]
在1940年至1955年期间，美国的死亡率下降速度从每年2％增快到每年8％，然后又回复到每年2％的历史速度。战后期间的急剧下降归因于这些年对于传染病的新疗法和疫苗的快速发展。[22][23]疫苗的开发继续加速，这一时期最显著的成就是乔纳斯·索尔克在非营利性出生缺陷基金会的资助下，于1954年开发出小儿麻痹疫苗。疫苗的开发从未取得专利，而是转给药厂制造出低成本的通用名药物。1960年，默克药厂的莫里斯·希勒曼发现SV40病毒，这种病毒后来被证明可引起许多哺乳动物物种的肿瘤。后来确定，SV40是小儿麻痹疫苗制造批次中的一种污染物，当时美国有90％的儿童受过这种疫苗接种。[41][42]污染似乎起源于原始细胞原种，以及起源于用在生产疫苗的猴子组织。2004年，美国国家癌症研究所宣布，SV40与人类癌症无关。[43]
同一时期其他值得注意的新疫苗有麻疹疫苗（1962年，由波士顿儿童医院的约翰·富兰克林·恩德斯开发。后来由默克药厂的莫里斯·希勒曼精制）、风疹（又称德国麻疹）疫苗（1969年，希勒曼，默克开发）、和腮腺炎疫苗（1967年，希勒曼，默克开发）[44]在美国人广泛接种疫苗后不久，在风疹、先天性风疹症候群、麻疹、和腮腺炎的发病率下降超过95％。[45]在美国，接受麻疹疫苗接种之后的前20年，估计能降低5,200万发病例，减少17,400智力受损病例，还有5,200的死亡病例。[46]
高血压是产生人体动脉粥样硬化、[47]心脏衰竭、[48]冠状动脉疾病、[49][50]中风、[51]肾病变、[52][53]、和周边动脉阻塞[54][55]的危险因子，并且也是发达国家在心血管疾病方面，发病率和死亡率中最主要的危险因子。[56]在1940年之前，年龄在50岁以上的人群中约有23％的死亡归因于高血压。严重的高血压须利用手术治疗。[57]
早期治疗高血压的方式包括使用季铵盐交感神经系统阻滞剂，但由于当时尚未确定高血压对健康产生的长期后果，加上这类化合物有严重的副作用，又必须通过注射给药，而未广泛使用。
1952年，汽巴精化的研究人员发现第一种口服血管舒张剂肼屈嗪 。[58]使用肼屈嗪的单一疗法的主要缺点是有效性会随时间下降（快速耐受性）。1950年代中期，默克药厂的Karl H. Beyer、James M. Sprague、John E. Baer、和Frederick C. Novello四位发现并开发出氯噻嗪，氯噻嗪是当今使用最广泛的降血压药。[59]这种进展与高血压患者的死亡率大幅下降有关。[60]发明人因"挽救无数人的生命，并减轻数以百万计高血压患者的痛苦"而获得1975年公共卫生的拉斯克奖。[61]
在2009年，国际性医学非政府组织考科蓝发表的评论，结论是噻嗪类降血压药可降低高血压患者的死亡风险（相对风险 0.89）、中风（相对风险 0.63）、心脏病（相对风险 0.84）、和心血管状况（相对风险 0.70）。[62]在随后的年份中，有其他类别的降血压药被开发出，并在组合疗法中受到广泛使用，包括环利尿剂（ 呋塞米，商品名Lasix，德国药厂Hoechst Pharmaceuticals，1963年）、[63]β受体阻滞剂（帝国化学工业，1964年）、[64]血管紧张肽I转化酶抑制剂（ACE抑制剂）、和血管紧张素II受体拮抗剂。 无论患者是否患有高血压，ACE抑制剂可降低糖尿病患者新发肾病的风险（相对风险 0.71）以及死亡（相对风险 0.84）。[65]。
第二次世界大战之前，许多国家都禁止生育控制，在美国，甚至有关避孕方法的讨论有时也会导致依据康斯托克法律而提起诉讼。因此，口服避孕药的发展历史，与美国节育运动以及其中激进主义者山额夫人、玛丽·丹内特、和艾玛·高德曼三位等的努力息息相关。基于格雷戈里·平卡斯的基础研究，以及美国药厂Laboratorios Syntex SA的卡尔·杰拉西和药厂G.D. Searle＆Co.（现为辉瑞公司旗下的品牌）的Frank Colton两位开发的孕酮合成方法，G.D. Searle＆Co.开发出世界第一种口服避孕药-异炔诺酮（商品名Enovid），这药物在1960年获得FDA批准。最初的配方中含有过量的激素，会引起严重的副作用。但是到1962年，已有120万名美国妇女服用过此药，到1965年，数字已增至650万。[66][67][68][69]便利形式的临时避孕药的出现，导致美国社会习俗发生巨大变化，包括妇女扩大的生活方式选择，减少妇女依赖男性做的避孕措施，女性晚婚、婚前同居因此增加。[70]
在美国，田纳西州参议员基福弗于1959年主持的国会听证会中推动对《联邦食品、药品和化妆品法案》的修订。这项听证会涉及广泛的政策议题，包括广告滥用、引起疑虑的药物疗效、以及产业需要更多的监管。虽然改革动力在长时间的辩论中暂时受到阻挠，但由于当时一项事件，突显全面监管更有需要，为新法律的通过提供助力。
1960年9月12日，在辛辛那提的药厂William S. Merrell公司提交沙利度胺（商品名Kevadon）的新药申请，这项镇静剂从1956年开始在欧洲销售，William S. Merrell是在美国的授权销售厂商。负责复审这项化合物的FDA医务人员，弗朗西斯·奥尔德姆·凯尔西认为有关沙利度胺安全性的数据不完整。但公司持续向凯尔西和FDA施加压力，直到1961年11月这项药物因与严重的先天性障碍有关联而从德国市场退出。欧洲和其他地区受到沙利度胺的畸形危害的新生儿达到数千名。在未经FDA批准的情况下，William S. Merrell以研究用途为幌子将Kevadon分发给1,000多名医生。在这项 "研究 "，有超过20,000名美国人接受沙利度胺治疗，其中包括624名孕妇，并且约有17名已知受害婴儿的案例。[71]
沙利度胺事件把迟滞不前的加强药品监管法案救活，促成基福弗-哈里斯修正案于1962年10月10日成为法律。药厂此后必须向FDA证明其药物既有效又安全之后才能上市。FDA取得规范处方药广告和建立良好生产规范的权限。法律要求在1938年至1962年之间上市的药物必须受到管辖。一项由FDA和美国国家科学院的合作研究显示有近40％的产品并无效果。十年后，对于非处方药也做了一次相似的详尽研究。[72]
1971年，在日本药厂第一三共前身之一的三共株式会社工作的生物化学家远藤章发现霉菌橘青霉产生的一种分子甲伐他汀（ML-236B）是HMG-CoA还原酶的抑制剂，HMG-CoA还原酶是一种人体重要的用来产生胆固醇的酶。在动物试验时显示出与临床试验一样，有良好的抑制作用，但是对狗进行的长期研究中发现高剂量时会有毒性作用，因此，甲伐他汀被认为对人类而言毒性太大。甲伐他汀因为会对肿瘤，肌肉退化有不良影响，甚至有时会导致实验犬的死亡，而未上市。
P. Roy Vagelos是默克药厂首席科学家（后来担任首席执行官），他对甲伐他汀很感兴趣，并从1975年开始多次前往日本。到1978年，默克药厂从霉菌土曲霉中分离出“洛伐他汀（mevinolin，MK803）”，这项产品于1987年首度上市，商品名为Mevacor。[73][74][75]
1994年4月，一项由默克药厂赞助的研究（名为斯堪的纳维亚辛伐他汀生存研究发布成果。研究人员对4,444名高胆固醇和心脏病患者进行辛伐他汀的测试。五年后，研究的结论是患者的胆固醇降低35％，因心脏病而亡的机会降低42％，辛伐他汀后来被默克药厂以Zocor商品名贩售。[76]1995年，Zocor和Mevacor两项药物为默克药厂产生的收入超过10亿美元。远藤章获得2006年的日本国际奖，并于2008年以其"开创性的新型分子研究"而"降低胆固醇"，而获得颁发拉斯克临床医学研究奖。 [77][78]
药物发现是潜在药物被发现或是被设计出的过程。过去，大多数药物是从传统药物中分离出活性成分，或者是意外发现而得。现代的生物技术通常侧重理解与疾病状态或者是病原体有关的代谢途径，并利用分子生物学或生物化学来操纵这些途径。传统上，大量的早期药物发现是由大学和研究机构所产生。
药物开发是指找出具有成为药物潜力的化合物后，确定其适合用作药物的活动。药物开发的目的是决定合适的配方和剂量，以及确立安全性。在此领域的研究通常由“体外研究”、“体内研究”、和临床试验组合而成。后期开发，因为成本庞大，通常是由大型药厂来完成。[79]
大型跨国公司通常会作垂直整合，参与广泛的药物发现、开发、制造和品质控制、市场营销、贩售、和分销。而较小的机构通常专注于特定领域，例如找出候选药物或者开发配方。通常，研究机构与大型药厂之间会签订合作协议，以探索新药物的潜力。最近，跨国公司越来越依赖受托研究机构来处理药物开发事项。[80]
药物发现和开发，成本非常高昂；在应用于人类的化合物中，在大多数的国家里最终只有一小部分可得到政府相关机构或委员会的核准，新药必须获得核准之后才能销售。 2010年，有18种NME（新分子实体（New Molecular Entities），以及3种生物药物获得美国FDA的核准，总数为21种，低于2009年的26种，也低于2008年的24种，和2006年的22种。自2001年以来，FDA的药品评估与研究中心平均每年核准22.9种药物。[81]药物的核准通常是在临床前开发和临床试验阶段会投入大量资金，以及做持续临床试验安全性监控的承诺之后才能获得。在过程中失败的药物通常有高昂的成本，却没有任何收益。如果把这些失败药物的成本列入考虑，开发成功的新药（新化学实体，NCE）成本估计约为13亿美元[82]（不包括行销费用）。但是，Donald Light和Joel Lexchin两位教授在2012年的报告中指出，几十年来，新药的核准率一直相对稳定，平均每年为15至25种。[83]
2009年，整个制药产业的研究和投资达到创纪录的653亿美元。[84]在1995年至2010年期间，美国的研究和投资约为342亿美元，但收入增长得更快（同期收入为2,004亿美元）。[83]
贝恩策略顾问发表的一项研究报告说，药厂的发现、开发、和推出新药（包括行销和其他业务费用）的成本（连同预期失败的药物）在五年内（到2003年）上升到将近17亿美元。[85]据《福布斯》杂志报导，到2010年，每种药物的开发成本在40亿美元至110亿美元之间。[86]
其中一些估算还把收入实现之前多年所投入资本的机会成本包括在内（请参阅金钱的时间价值）。由于药物的发现、开发、和核准需要很长时间，因此这些费用可能累积达到总费用的接近一半。这情况在制药产业价值链中造成的直接后果是，大型跨国药厂倾向于将与基础研究相关的风险外包出去，这在某种程度上重塑产业的生态系统，其中生物技术公司扮演着越来越重要的角色，并且整体策略也顺应被重新定义。[87]一些就现有活性成分重新配制而被核准的药物（也称为产品系列扩充），开发的成本会便宜许多。
在美国，新药物必须是既安全又有效，而且要经过FDA核准。核准过程要提出试验中新药申请，附有足够的临床前数据，以支持进行人体试验。这项申请被核准后，再进行逐步扩大的三阶段人体临床试验。第一阶段通常用于健康的志愿者，研究药物的毒性。第二阶段研究患者的药物代谢动力学和剂量，第三阶段是药物在预期患者群体的功效，这是一项大型研究。在成功完成第三阶段测试后，药厂提出新药申请。FDA对数据做审查，如果产品被视为具有正面的效益风险评估结果，就会给予在美国销售的核准。[88]
即使最大的临床试验也不容易预测到罕见副作用的发生率，因此通常也需要做核准后的第四阶段监测，上市后监督可密切监控药物的安全性。在某些情况下，可能仅需要监控特定的患者群组，而有些药物也会完全从市场中撤出。
FDA会在具有治疗等效性评估后批准药物（或称为橙皮书（Orange Book ））的网页中把核准药品的资讯披露。。[89]
在英国，药品和医疗卫生产品监管局（MHRA）负责评估以及核准药物。通常英国和其他欧洲国家/地区的核准会晚于美国。然后是英格兰和威尔士的国家医疗卫生卓越研究所（NICE）会决定是否以及如何允许国民保健署（NHS）使用（及付费）。《英国国家处方集》是药剂师和临床医生的核心指南。
在许多美国以外的西方国家，在新技术在准用之前需要经过成本效益分析（被称为'第四障碍'）的测试。着重点在于新技术的'功效和价格比较'（例如，每个质量调整寿命年（QALY）的成本）。在英格兰和威尔士，NICE决定是否以及在何种情况之下让NHS提供新药物和新技术，与此同时，苏格兰的苏格兰医学联合会和澳大利亚的药品福利咨询委员会也有类似的安排。要获得核准，产品必须通过成本效益的门槛。治疗必须是'物有所值'，和对社会产生净收益。[90]
美国的1983年孤儿药法案，对某些罕见病有特殊的规定。例如，在美国涉及少于200,000名患者的疾病（在另外一些情况下会涉及更多的人）均受前述《孤儿药法案》的约束。[91]由于此类药物在研发所投入资金的回报并不明朗，因此针对制造这种药物的公司，无论药物是否受到专利的保护，都可获得减免税费，及拥有市场独占性（为期七年）的奖励。
| 公司名 | 营收 (美金百万元) |
|---|---|
辉瑞 
|
45,083 |
葛兰素史克 
|
40,156 |
赛诺菲 
|
38,555 |
罗氏 
|
27,290 |
| 阿斯利康制药
|
26,475 |
| 强生公司
|
23,267 |
| 诺华
|
22,576 |
| 默克药厂
|
20,375 |
| 惠氏
|
16,884 |
| 礼来公司
|
15,691 |
| 百时美施贵宝
|
13,861 |
勃林格殷格翰 
|
13,860 |
| 安进
|
13,858 |
| 美国雅培
|
12,395 |
| 拜耳
|
10,162 |
武田药品 
|
8,716 |
| 先灵葆雅
|
8,561 |
梯瓦 
|
7,821 |
| 基因泰克
|
7,640 |
| 安斯泰来制药
|
7,390 |
诺和诺德 
|
7,087 |
| 第一三共
|
6,790 |
| 百特国际
|
6,461 |
| 默克集团
|
5,643 |
| 卫材
|
4,703 |
在2011年，处方药在欧洲和北美的销售增长有所放缓，但全球的支出仍高达9,540亿美元。美国占全球药物市场的三分之一以上，年销售额为3,400亿美元，其次是欧盟和日本。[93]新兴市场中例如中国、俄罗斯、韩国、和墨西哥，增长率达到81％，超过前面所述的市场。[94]
在2013年世界最畅销的十大药物的销售额总计为7,560亿美元，其中消炎药阿达木单抗（商品名Humira）是全球销售额最高的药物，金额为107亿美元。排名第二和第三位的分别是Etanercept（商品名恩博（Enbrel））和英利昔单抗（商品名Remicade）。[95]同年，美国最畅销的三大药物是阿立哌唑（商品名Abilify，63亿美元）、埃索美拉唑（商品名Nexium，60亿美元）、和阿达木单抗（54亿美元）。[96]辉瑞公司有史以来最畅销的药物阿托伐他汀（商品名Lipitor（立普妥）的平均年收入为130亿美元，这项药品的专利在2011年11月到期，在专利到期前的总销售额为1,410亿美元。
医疗卫生产业资讯服务公司IMS Health所发表对2007年制药产业预期趋势的分析说，虽然产业中有些公司的专利到期，但大多数业者的利润都在增加，新的“重磅炸弹级”药物（请参考药品#Blockbuster drug）也即将出现。[97]
出于多种考量，一家公司会为药物本身，或其生产的过程申请专利，有了专利，就拥有通常是20年的排他性权利。[98]但是，只有经过严格的研究和测试（平均需要10到15年），公司才能获得政府核准，再透过市场营销来贩售这项药物。[99]专利让拥有者可透过品牌药的高利润率来收回研发成本。当药物的专利保护期满时，通常会由别家公司开发和销售仿制药（通用名药物）。仿制药的开发和核准的成本较低，因此可用较低的价格出售。通常，品牌药的所有者会在专利到期之前自行引入仿制药，以抢占仿制药市场的先机。[100]因此，在1990年代制药产业的"黄金时代"所推出的产品专利到此时即将到期，而公司又未能开发出足够的新重磅炸弹级产品来弥补失去的收入，这两种因素的推动，让产业内常发生重新组合的现象。[101]
在美国，从1995年到2006年期间，处方药的零售金额从720亿美元增长250％，达到2,500亿美元，而处方药的平均价格则从30美元增长两倍多，达到68美元。[102]
为药物在医疗卫生期刊以及众多主流媒体中做广告，情况很普遍。在某些国家/地区，尤其是美国，药厂可以直接对大众做广告。药厂通常会雇用业务人员（通常称为'药物代表'，或旧称为'事务人员'）直接向医生和其他医疗卫生提供者推销产品。在某些国家，尤其是美国，药厂还雇用制药产业游说人员来影响政界人士。在美国，处方药的销售受到1987年处方药贩售法的约束。
由英国医生及作者Ben Michael Goldacre撰写的邪恶的制药业一书，其中也讨论到药物代表的影响、药厂如何利用捉刀者代为撰写论文以供学者发表、学术期刊的独立性问题、药厂如何为医生的进修深造提供资金、以及患者团体通常受到产业资助。[103]
自1980年代以来，直接对消费者推销处方药的方法开始变得重要。FDA在1999年制定医药产业直接对消费者做广播广告指南（FDA Guidance for Industry on Consumer-Directed Broadcast Advertisements）之后，这种广告方式变成合法。
围绕药物行销及其影响的争议不断增加。透过药物代表对医生和其他医事人员产生影响的指责和发现，包括不断向医事人员提供行销'礼物'和偏颇的资讯、 [104]盛行在期刊和会议上的广告、资助独立的医疗组织和健康促进运动、对医生和政界人士游说（高于美国其他任何行业的游说活动[105]）、赞助医学院校或护士训练、赞助医事人员进修深造、影响课程教材、 [106]并在医疗咨询委员会聘用医师作为有偿顾问。
一些倡导团体，例如“没白吃的午餐 ”和“登记所有试验和公开结果”，在市场推广活动对医生的影响方面有所批评，他们说，即使其他药物可能对患者会更便宜或更有利，医生也会开立推销中的药物。[107]
相关的指控还有药厂的行为像贩售疾病[108]（过度用药），以扩大药物市场。2006年，关于这项主题的首次会议在澳大利亚举行。[109]2009年，由政府资助的非营利机构国家处方服务局谨慎用药启动"查证据-分辨炒作"计划[110]，向一般科医师提供有关对药物作独立分析的知识。[111]
根据综合分析的结果显示，药厂赞助的精神病学研究，呈阳性结果的可能性会高出好几倍，而且如果药厂员工涉入其中，则呈现阳性结果的程度甚至会更高。[112][113][114]药厂的影响力还扩展到在医学院学习的医生和护士，这情况正被改正中。
有人会说《精神疾病诊断与统计手册》（DSM）的设计和扩展，代表药厂对精神病学的影响，它推动人性的用药化，或者就是药厂在"贩售疾病"。[115]，由于选择和定义“DSM手册有关精神疾病部分”的作者里面有相当多人与制药产业有过，或是曾经有过财务关系，这可能是导致正面利益冲突可能性升高的部分原因。[116][117]
在美国，从2013年开始，根据《医师财务透明度报告》（《医生付款阳光法案》中的条款），联邦医疗保险和联邦医疗补助服务中心（CMS）必须从相关的制造商和团购组织收集资讯，以便把它们与医生和医院之间的财务关系列入报告，然后在CMS的网站上公开。期望医生与制药产业之间的关系因此变得完全透明。[118]
专注在选举和公共政策的游说和金钱事项的非营利组织Center for Responsive Politics发布的一份报告说，在2017年有1,100多名游说者以某种身份为制药产业工作。2017年第一季度，健康产品和制药产业在美国国会的游说人员身上花费7,800万美元。[119]
有人争辩，药物的价格正逐渐成为医疗系统中一项重大的挑战。[120]
邪恶的制药业一书的作者Ben Goldacre认为，监管机构（例如英国的药品和医疗卫生产品监管局（MHRA），或美国的FDA），由于监管机构与产业之间人员的旋转门问题，以及监管机构与产业的员工之间建立起友谊的缘故，[121]反而会促进药厂的利益，而非公众的利益。他说，监管机构不要求新药比较现有药物有改善，甚至不会要求新药要特别有效。[121]
其他人则认为，过度监管会把治疗创新给压抑，而监管机构当前要求的临床试验所产生的成本，对充分利用新的遗传以及生物学知识做人类疾病治疗会有妨碍。总统办公室的科学技术顾问委员会在2012年的一份报告提出几项重要建议，以减轻新药开发的监管负担，其中包括：1）扩大使用FDA加速核准程序； 2）为用在少数群体中的药物建立快速核准途径； 3）为评估新的适应性药物核准程序，实施试行计划，以研究可行性。[122]
药物诈欺涉及欺骗，为药厂带来经济利益。受到影响的有个人、公众、以及私人保险公司。制药产业中几种特有的诈欺模式[123]包括：违反良好生产规范（GMP）、市场推广标签外功效（请参考标签外使用）、最佳价格诈欺（药厂提供不实最低价格，以降低给予联邦医疗补助（Medicaid）较低的回扣）[124]、医事人员进修深造（CME）欺诈[125]、医疗补助价格报告（药房出售药品给消费者，向Medicaid申请报销，然后从药厂或者批发商获得回扣）[126]、和调制合成药物（药房自行大量调制合成药物，不当跨入制药产业行为）[125]。[127]对于这类诈欺，美国在2010财务年度透过《虚假申报法》追回25亿美元。这类案件例子包括葛兰素史克30亿美元的和解、辉瑞23亿美元的和解、以及默克药厂6.5亿美元的和解。诈欺造成的损害可以通过《虚假申报法》来追讨，最常见的是根据《分享的诉讼》的规定，该规定会对"吹哨人"或告发人提供奖励。[128]
出售抗精神病药的每家主要药厂-百时美施贵宝、礼来公司、辉瑞、阿斯利康、和强生公司-都曾因《虚假申报法》而缴纳数亿美元和解费，或接受诈欺的调查。在被提起非法行销的诉讼案件，其中两个曾在当年创下有史以来最大的刑事罚款记录。其中一个涉及礼来的抗精神病药奥氮平（商品名Zyprexa），另一个涉及非类固醇消炎药Valdecoxib（商品名Bextra）。在Bextra案中，政府还指控辉瑞公司非法行销另一种抗精神病药齐拉西酮（商品名Geodon）；辉瑞公司以3.01亿美元为齐拉西酮案作和解，但不承认有任何不当行为。[129]
2012年7月2日，葛兰素史克对刑事指控表示认罪，并同意以30亿美元为这项当时美国史上最大的医疗诈欺案作和解，也是当时一家药厂支付的最大一笔金额。[130]该和解与公司非法行销处方药、未能报告安全数据[131]、贿赂医生、以及倡导药物未经许可的用途。而药物包括帕罗西汀（商品名Paxil）、安非他酮（商品名Wellbutrin）、丙酸氟替卡松/沙美特罗（商品名Advair）、拉莫三嗪（商品名Lamictal）、和昂丹司琼（商品名Zofran），则涉入标签外使用（未核准的用途）。前面的药物加上舒马曲坦（商品名Imitrex）、阿洛司琼（商品名Lotronex）、丙酸氟替卡松（商品名Flovent）、和伐昔洛韦（商品名Valtrex）等，都涉入不当回扣。[132][133][134]
以下是1991年至2012年间四个最大的药厂和解案，按和解金额规模排序。在过去的二十年中，针对制药产业的法律诉讼原因各有不同，包括联邦医疗保险和联邦医疗补助诈欺、标签外行销、以及不完备的生产方式。[135][136]
由于在一些药厂所进行或资助的临床试验中，持续的发现到正面的报导仅会给予它们偏好的药物，因此引起独立团体和政府机构对这个产业的严重关切。[141]
针对药厂赞助的研究有不利数据但不报导的特定情况，美国药学研究与制造商协会发布新指南，敦促公司对所有发现都必须报告，并限制药厂对于研究人员有财务牵涉。[142]美国国会通过一项法案，要求在国家卫生院的网站Clinicaltrials.gov上把临床试验第二期和第三期的赞助者注册登记（请参考临床试验期别）。[143]
非药厂直接雇用的研究人员经常会期望药厂给予奖金，而公司经常希望研究人员让它们的产品看起来更有利。研究人员会得到制药公司的奖励，例如为其会议/座谈会提供财务支持。实际上，学术研究人员的演讲稿，甚至是在期刊上发表的文章，可能是药厂在后"代为捉刀"而产生。[144]
非营利机构ProPublica所做的一项调查发现，自2009年以来，药厂至少为21位医生提供演讲和咨询服务的报酬，金额超过50万美元，其中收费最高的一半人员是在精神医学研究的领域，美国为类似服务而支付给医生的总额约为20亿美元。阿斯利康制药、强生公司、和礼来在联邦和解协议中支付数十亿美元的和解费，而受到的指控是他们付钱给医生，用来推广药物在未经许可的用途上。此后，一些著名的医学院加强管制教师接受药厂金钱馈赠的规定。[145]
与前述观点相反，2015年5月在《新英格兰医学杂志》上发表的一篇文章和相关社论，强调制药产业与医师之间的互动对于开发新疗法的重要性，并指出，对产业不法行为的道义愤怒已导致许多人不合理地过分强调经济利益冲突所造成的问题。文章指出，主要的医疗卫生组织，例如美国国家卫生院所属的国家推进转化科学中心、总统办公室的科学技术顾问委员会（Council of Advisors on Science and Technology）、世界经济论坛、比尔及梅琳达·盖茨基金会、惠康基金会、和FDA都鼓励医生与产业之间加强互动，以为患者带来更大的利益。[146][147]
国际组织无国界医生警告说，药物、检验、和疫苗的高价和垄断会延长这次2019冠状病毒病疫情的流行期间，更多生命受到摧毁。他们敦促各国政府仿效如加拿大、智利、厄瓜多尔、德国、和以色列所做的，有必要就该使用强制许可的措施，以防止药厂获取暴利的行为。[148]
2020年2月20日，有46名美国立法者呼吁美国政府在动用来自人民缴税的公共资金，提供给任何冠状病毒疫苗和治疗做开发和生产时，不要给予垄断权，以避免让私人药厂拥有完全控制价格的能力。[149]
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2月26日，美国卫生与公共服务部部长（前药厂首席执行官）亚历克斯·阿扎在众议院能源和商业委员会上作证。阿扎在会议上一再拒绝说所有美国人都可受到2019冠状病毒疫苗接种或治疗，而不仅是有经济能力者才能享有，询问的议员批评他的立场。几个小时后，据说对这位部长的处理能力持怀疑态度的川普总统突然将处理这次瘟疫的责任转移给副总统迈克·彭斯。总统随后对新闻界解释，阿扎仍将继续担任卫生和公共服务部部长；报导说，川普总统在危机期间为保住颜面而未将他解职。[150][151]
3月2日，众议员简·夏科夫斯基写信给阿扎，说：“您必须了解，如果用纳税人的钱来开发2019冠状病毒（COVID-19）疫苗，众议院将无法接受随后把生产和销售疫苗的专有许可权移交给药厂，不对价格或接种条件有所规定，而让这家公司用任何价格出售给社会大众，因为事实上开发的经费是由社会大众所提供。” [152][153]
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2020年3月6日由川普总统签署的《2020年冠状病毒防备和应对补充拨款法案》，法案最初允许美国政府在价格过高的情况下可采取强制许可。但经过药厂游说之后，这条款被删除，而另外增加一条，美国政府不得因为可负担性的问题而采取行动，导致疫苗或者可用性受到延缓。对于这项法案是否会帮助或是阻碍到可负担性，观察者之间的意见并不一致。[154]
再生元制药与美国政府的生物医学高级研究与开发局之间的协议，由政府预备资助这家公司开发和生产COVID-19治疗药物费用的80％，药厂保留定价和控制生产的权利。这笔交易在《纽约时报》上受到批评。对于美国制药产业的常规开发业务而言，这种交易并非罕见。[149]
美国药厂吉利德科学于2020年3月23日向FDA申请，而为瑞德西韦取得孤儿药的资格。孤儿药规定的目的是把合法垄断权加强以及延长，用来鼓励药厂开发药物，提供给罹患特殊疾病的小众美国人（单一病症患者不到200,000人），同时给予免除税费的优惠。[155][156]瑞德西韦是一种治疗COVID-19的候选药物；瑞德西韦在获得这一资格的时候，只有不到200,000的美国人受到COVID-19的侵害，但是随着大流行的产生，染病人数迅速超过200,000人的门槛。[155][156]瑞德西韦的开发，获得美国政府的资助，超过7,900万美元[156]。吉利德科学于2020年5月宣布，它将免费向联邦政府提供940,000剂药物。[157]面对公众的强烈反应，吉利德科学于3月25日把药物的"孤儿药"地位放弃。[158]吉利德科学在70多个国家/地区拥有20年的专利。[148]2020年5月，该公司进一步宣布，正在与数家通用名药物公司进行讨论，以提供为发展中国家的生产权利，并与联合国支持的药品专利池进行讨论，以提供更广泛的通用名药物查询和资料取得。 [159]
美国诊断测试仪器制造商Cepheid Inc获得FDA紧急使用授权，准予使用名为Xpert Xpress SARS-CoV-2的测试COVID-19仪器。使用的机器与通常用于测试结核病和人类免疫缺陷病毒（HIV）以及其他疾病的机器相同，可在45分钟内得出结果，比其他测试更快。Cepheid宣布，他们为发展中国家的测试，每次收取19.80美元的费用。无国界医生说，在每天生活费不足两美元的国家之中，人们无力负担这种价格。他们估计，Cepheid的成本只有3美元，所以这样的收费建议是牟取暴利，因此要求只收取5美元，赚取较为适度的利润。[148]美国倡议组织治疗行动小组（TAG）称这项测试的开发，购买和全球部署都是通过公共资金完成，对于无国界医生降价的建议予以附议，而Cepeid在2019年利润是30亿美元。TAG还启动"是只花费5美元的时候了"的广告系列。[160]丙型肝炎病毒（与Convid-19类似，是另一种核糖核酸病毒）的测试，成本从50美分（血清中抗体测试，需时五分钟）到5美元（与Cepheid的复杂基因组测试类似）。这类廉价的广泛测试对消除埃及的丙型肝炎有举足轻重的地位，[161][162][162]，类似的大规模测试技术已成功在意大利的沃镇运作，用于对抗COVID-19。[163]
药物专利受到发展中国家的批评，因为专利被认为会降低获得既有药物的机会。[164]在药物的专利和普遍获得之间要达到协调，需要有有效的国际价格分歧政策。此外，根据世界贸易组织的与贸易有关的知识产权协定（TRIPS），各国必须允许药物获得专利。在2001年，WTO通过《杜哈TRIPS协定与公共卫生宣言》，宣言指出，应以公共卫生为目标来理解TRIPS协议，并允许一些规避药物垄断的方法：甚至在专利到期之前，利用强制许可或平行进口货品来达到目的。[165]
2001年3月，有40家跨国制药公司因为南非的《1997年药品法》而对该国提起诉讼，南非的这项法律允许仿制用于治疗HIV的抗反转录病毒药物 (ARV)，而这些药物已有专利保护。[166]在南非，艾滋病一直是一种流行病，当时患者每年需要的ARV治疗费用在10,000至15,000美元之间。对于大多数南非公民来说，他们无力负担，因此南非政府承诺提供ARV，而收费又接近人们所能承受。为此，他们得无视药品专利而在国内生产仿制药物（经过强制许可），或者从国外进口。在国际社会发动支持公共卫生权利的抗议活动（包括无国界医生组织收集到的25万个签名）之后，几个发达国家的政府（包括荷兰、德国、法国、和后来的美国）支持南非政府，这个诉讼案在当年4月被撤销。[167]
2016年，葛兰素史克（当时全球第六大制药公司）宣布放弃在贫穷国家的专利，以允许独立的公司在这些地区生产和销售它们的药物，公众的取得途径得以扩大。[168]葛兰素史克发布一份名单，列出不再运用专利保护的50个国家，全球受惠于这种措施的人数达到10亿。
2011年，前20大公司的慈善捐赠中有4个，前30大公司慈善捐赠中有8个，都是来自制药公司。公司慈善捐赠的大部分（截至2012年为69％）是透过非现金的方式进行，其中非现金的大部分是来自制药公司。 [169]
制药公司的慈善计划，以及药物发现与开发工的作包括：
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