מסילת ירושלים–גנות
מסילת רכבת בין ירושלים לנמל התעופה בן-גוריון ולתל אביב-יפו מוויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
מסילת רכבת בין ירושלים לנמל התעופה בן-גוריון ולתל אביב-יפו מוויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
מסילת ירושלים–גנות (מכונה גם קו הרכבת המהיר לירושלים ופרויקט A1) היא מסילת רכבת חשמלית המחברת את ירושלים לתל אביב-יפו ואת נמל התעופה בן-גוריון לרשת המסילות הארצית. המסילה משרתת קווי נוסעים בין ירושלים לתל אביב, בין מודיעין לנהריה, קווי לילה היוצאים מנמל התעופה צפונה ומירושלים למודיעין, ובעתיד יעברו בה קווי רכבת מירושלים לשפלה.
 | |
| רכבת חשמלית חולפת על גשר הרכבת מעל עמק איילון | |
| מידע כללי | |
|---|---|
| מדינה | ישראל |
| מפעיל | רכבת ישראל |
| מידע על ההקמה | |
| עלות | 6.9–9 מיליארד שקלים |
| התחלת בנייה | 2001 |
| פתיחת המסילה |
מגנות ועד נתב"ג 2004 מנתב"ג ועד כפר דניאל 2007 מכפר דניאל ועד ירושלים 2018[1] |
| מידע על המסילה | |
| תחילת המסילה | מחלף גנות |
| סיום המסילה | תחנת הרכבת ירושלים יצחק נבון |
| סוג המסילה | נוסעים |
| אורך המסילה | 57 ק"מ |
| רוחב המסילה | 143.5 ס"מ |
| מסלולים | 2 |
| מתח חשמלי | 25 אלף וולט, AC, עילי |
| מספר התחנות | 2 |
| רשימת התחנות | |
| ירושלים - נבון ונמל התעופה בן-גוריון | |
| תרשים המסילה | |
.png) | |
| מפת הקטעים בין כפר דניאל לירושלים | |
המסילה, שאורכה הכולל 57 קילומטר, כוללת שלושה קטעים עיקריים, שני הקטעים המערביים משמשים גם את קו הנוסעים בין תל אביב למודיעין; הקטע המזרחי, באורך 30 קילומטר, מתפצל מאזור חבל מודיעין סמוך למושב כפר דניאל ומגיע לירושלים באמצעות מנהרות באורך כולל של 20 קילומטרים וגשרים באורך כולל של חמישה קילומטרים. קטע זה מסתיים בתחנת הרכבת ירושלים – יצחק נבון, תחנה תת-קרקעית בעומק של 80 מטר בין בנייני האומה לתחנת האוטובוסים המרכזית במערב הבירה.
בניית המסילה רשמה מספר שיאים מקומיים: הגשר הארוך בישראל באורך 1.25 קילומטר, הגשר הגבוה בישראל, המגיע בשיאו לכ-90 מטר מעל הקרקע, המנהרה הארוכה בישראל באורך 11.6 קילומטר, ותחנת הרכבת הכבדה העמוקה בעולם, בעומק של 80 מטר. העלות המשוערת של הקמת המסילה היא כ-6.86 מיליארד שקל[2] אך יש שמעריכים כי העלות הגיעה לכדי 9 מיליארד שקל[3].
קו הנוסעים המהיר לירושלים נפתח באופן חלקי ב-25 בספטמבר 2018 מירושלים ועד לתחנת נמל התעופה בן-גוריון. ב־21 בדצמבר 2019 נפתח ההמשך מערבה אל תחנת תל אביב – ההגנה. ב-30 ביוני 2020 נפתח הקו עד לתחנת תל אביב – סבידור מרכז וב-21 בספטמבר באותה השנה הוא נפתח עד לתחנת הרכבת הרצליה.
הקו הביא לשיפור ניכר של התחבורה בין גוש דן לירושלים, בהיותו מהיר בהרבה מקו הרכבת הישן לירושלים (שכבר אינו פעיל, עקב הצלחתו של הקו החדש).
.jpg)
שירות הרכבות שבין יפו לירושלים החל לפעול ב-1892, בימי השלטון העות'מאני, לאחר הנחת מסילת הרכבת יפו–ירושלים בתוואי נחל שורק. עם השנים המסילה התיישנה, והנסיעה בה נעשתה ממושכת ולא בטיחותית. בשנת 1998 הוחלט על סגירת הקו.
הרעיון להקמת מסילת רכבת נוספת בין תל אביב לירושלים בתוואי חדש, מכיוון צפון ירושלים, עלה לראשונה בשנת 1961, והועלתה גם ההצעה לבנותה כמונורייל[4]. הרעיון עלה שוב בשנת 1970, בזמן כהונתו של שמעון פרס כשר התחבורה[5].
בשנת 1971, לאחר שמספר הנוסעים ברכבת בקו הישן דרך בית שמש צנח ב-40% תוך שנה, בעקבות סגירת תחנת הרכבת בית הדר במרכז תל אביב והעברת תחנת הקצה לתחנת הרכבת תל אביב דרום[6], נשכרו חברות הנדסה בין-לאומיות לתכנון מסילה חדשה ממרכז תל אביב למרכז ירושלים[7]. חברת הרכבות הלאומית של בריטניה הציעה לישראל לרכוש רכבת דיזל מהירה, מדגם אינטרסיטי 125 (אנ'), שהיה אז בפיתוח (והיה דגם רכבת הדיזל המהיר ביותר שהוכנס לשימוש מעולם)[8][9]. לפי התכנון, זמן הנסיעה בין ירושלים לתל אביב דרך נתב"ג, בתוואי שישתלב עם כביש 1 שהיה אז בתכנון, יהיה כ-28 דקות, במהירות נסיעה של 240 קמ"ש (בפועל, כשיוצר דגם אינטרסיטי 125 (אנ') הוא הגיע למהירות של 200 קמ"ש בלבד)[10]. התוכנית לא יצאה לפועל מאחר שניתנה עדיפות תקציבית לפיתוח רכבת תחתית בתל אביב באותה עת[11][12]. במרץ 1971 הודיע שר האוצר פנחס ספיר לשר התחבורה שמעון פרס כי לא יאשר את התקציב לפרויקט הרכבת הבין-עירונית המהירה[13].
בשנת 1976 העלה שר התחבורה גד יעקבי רעיון למסילה וכביש מהיר חדש (תוכנית כביש 45) שיחברו את ירושלים דרך מודיעין ומשם דרך גבעון ועד לצפון ירושלים[14]. אך התוכנית לא הגיעה לכדי מימוש[15]. עם זאת, מנכ"ל רכבת ישראל צבי צפרירי ביקש בשנת 1980 להמשיך בתכנון המסילה החדשה[16].
בשנת 1996 פנה מנכ"ל הרכבת לממשלה בבקשה להקציב לו 60 מיליון דולר, כדי לשפר את התוואי הקיים של הרכבת מירושלים לנסיעה במהירות של עד כ-160 קמ"ש באמצעות רכבות רוכנות ("טילטינג"), מסילה בעלת מנגנון המאפשר לרכבת להטות עצמה בעיקולי התוואי. הדבר היה מקצר את זמן הנסיעה ל-50 דקות. בהוראת שר התשתיות אריק שרון, פרסמה רכבת ישראל ב-1998 מכרז בין-לאומי לרכישת ארבעה מערכי קרונות מסוג זה, אך לאחר שנבחר הזוכה, המכרז בוטל בשנת 2000[17].
ביולי 1999 הוצגו למועצה הארצית לתכנון ולבנייה שבע חלופות לחידוש הקשר המסילתי לירושלים:[18]
החלופות שכללו מעבר של הקו דרך מודיעין ולאורך כביש 443 נפסלו מסיבות פוליטיות – רוב התוואי הוא בתחומי יהודה ושומרון. לפיכך, עיקר ההתלבטות היה בין החלופות שכללו את שיפוץ הקו הישן לבין בניית הקו החדש לאורך כביש 1 (אף כי גם בחלופה זו תעבור הרכבת מעבר לקו הירוק). היה ברור כי שיפוץ הקו הישן ללא בניית מנהרות מספק רמת שירות נמוכה אך זולה יחסית ויכול להתבצע מהר לעומת החלופות האחרות שכללו חפירת מנהרות רבות. חלופה G נפסלה מחשש להתנגדויות רבות של גופי שימור טבע, שכן הקו הישן עובר בלב שמורת טבע[20].
לאחר מספר שנים של דיונים הוחלט בשנת 2001 לבצע במקביל את חלופה S (שיפוץ הקו הישן ללא חפירת מנהרות) ואת חלופה A1, היקרה והמסובכת ביותר לביצוע, שאפשרה את השירות הטוב ביותר. ביצוע השיפוץ נועד לחדש את שירות הרכבות לירושלים תוך פרק זמן קצר ובמקביל ביצוע חלופה A1 נועדה לספק פתרון ארוך טווח. לפי תוכנית זו, לאחר שתושלם חלופה A1, ישמש הקו הישן בעיקר רכבות משא (כיום מסילה זו מושבתת בין ירושלים לבית שמש). בין השיקולים שעמדו במרכז קבלת ההחלטות היו גם הצורך להניח מסילה לעיר מודיעין ולנמל התעופה בן-גוריון כמו גם לחדש את הקשר המסילתי בין בית שמש לבין ירושלים ותל אביב[21]. בשנת 2003 הוחלט לבדוק שוב את הכדאיות הכלכלית של הפרויקט שעלותו הוערכה אז בכ-3 מיליארד שקל ולא 2.5 מיליארד כפי שהוערך עם אישור התוכנית[22].
העבודות לשדרוג הקו הקיים לירושלים החלו בשנת 2002 ונמשכו כשלוש שנים, למרות התנגדות ראשי משרד התחבורה לפרויקט בנימוק של חוסר כדאיות כלכלית ותועלת תחבורתית[23]. בחודש אפריל 2005 חזרו הרכבות לירושלים לאחר 7 שנים בהן לא פעל שירות הרכבות. שדרוג הקו הישן ספג ביקורת רבה: הוא חרג באופן משמעותי מתקציבו, הנסיעה בו ארוכה מאוד (כשעה ועשרים דקות) ובדיעבד התברר גם שהעיקולים שוחקים את הקרונות שפועלים בו[24]. בעתיד ייתכן כי קו זה יופעל במתכונת תיירותית. לצד זה הועלו גם תוכניות לשנע דרכו גם סחורות ברכבות משא אם כי לצורך כך יהיה צורך להקים מסוף מטען במלחה, וכן הועלתה הצעה להפעיל בו קו להובלת אשפה לנגב שיוריד מכביש 1 מאות משאיות הגורמות לפקקים קבועים[25]. כיום (2023) התכנון הוא להפוך את התוואי הישן לפארק מסילה בין עירוני[26].
בנובמבר 2005, לאחר עיכובים במימוש התוכנית, הודיע שר התחבורה מאיר שטרית לוועדה לענייני ביקורת המדינה בכנסת כי הקו צפוי להיחנך בסוף 2009[27]. במאי 2006 הודיע שר התחבורה שאול מופז שעלות הפרויקט תסתכם בכ-4 מיליארד שקל וכי הוא ייחנך בסוף 2010[28].
הקו נחנך בסופו של דבר ב-2018. בעת פתיחתו, הנסיעה בו הייתה ללא תשלום בשלושת החודשים הראשונים, בשני כיווני הנסיעה[29], עם הזמנת כרטיס נסיעה מראש.
הקטע המערבי, והראשון, של הקו מחבר את תל אביב לנמל התעופה בן-גוריון. הוא מתפצל מקו תל אביב-לוד במרכזו של כביש מספר 1 בין המחלפים גנות ושפירים ("פיצול גנות"), עובר במנהרה מתחת לכביש 1 במחלף שפירים וממשיך בחפיר ובגשרים עד לתחנה הממוקמת מתחת לכניסה לבניין טרמינל 3. העבודות לבניית קטע זה החלו בשנת 2001 והוא החל לפעול באוקטובר 2004, סמוך לתחילת פעולת טרמינל 3. הקו נחשב להצלחה, וישראלים ותיירים רבים עושים בו שימוש רב כדי להגיע לטיסות. בעקבות הצלחתו, החלה חברת הרכבת להפעיל קווים גם בשעות הלילה.
בעקבות אילוצים תכנוניים שונים, נסללה מנהרת המסילה מתחת לתוואי נחל שפירים, התחום מעליה בחומת בטון. במהלך סערת דצמבר 2013 גאה הנחל, החומה התוחמת אותו התמוטטה, וקטע מסילה נרחב הוצף. בעקבות ההצפה הושבת הקו. במהלך ההצפה נפגעה גם מרכזיית איתות רכבתית באזור גנות, דבר שהוביל להשבתת מערכת האיתות ולשיבושים חמורים בפעילות הרכבות בכל ישראל[30].
בסמוך לנתב"ג ממשיך התוואי מעל לכביש 1 בגשר שאורכו 550 מטר. בקצה הגשר ממוקם צומת רכבות (צומת תעופה) שמאפשר לרכבות הבאות מהדרום לפנות לכיוון נתב"ג ולהפך וכך לקיים שירות בין באר שבע לנתב"ג. הקו ממשיך בגשר מעל כביש 40 ועובר מדרום למושבים בן שמן וגנתון ומצפון למושב אחיסמך (כביש מספר 1 עובר מצפון להם), חוצה בגשר את כביש 6, עובר בשתי המנהרות מתחת לגבעה שבה התגלו הקברים ליד כפר דניאל, מנהרה 11 (במספור הישן, מנהרה 23) והמנהרה 10 (במספור הישן, מנהרה 22) ועובר במנהרה 12 (במספור הישן, מנהרה 24) נוספת מתחת לכביש מספר 1 לכיוון כפר דניאל. באזור כפר דניאל הוקם מחלף מסילתי שבו המסילה לירושלים עוברת במנהרת הקשתות (מנהרה 13) אל גשר מס' 1. מעל מנהרת הקשתות עולה שלוחה הממשיכה מזרחה לכיוון מודיעין. שלוחה זו מתוכננת להיות חלק מקו ארוך יותר המקשר בין מודיעין למערב ראשון לציון בין מסלוליו של כביש 431. חיבור זה יאפשר גישה ישירה לירושלים ולמודיעין מהפרוורים הדרומיים של תל אביב ומערים כגון רחובות, נס ציונה ואשדוד, ללא צורך במעבר בתל אביב ובהחלפת רכבת לכיוון ירושלים.
העבודות בקטע נתב"ג-כפר דניאל החלו בשנת 2004 והסתיימו בשנת 2007, אחרי עיכוב משמעותי כתוצאה מגילוי קברים בגבעה הסמוכה למעבר הרכבת, מתחת לכביש מספר 1 לעבר כפר דניאל. כדי להימנע מעימות, החליטה חברת הרכבת לחפור מנהרה מתחת לגבעה זו, ובכך לעכב את פתיחת הקו למודיעין בשנה. הקו למודיעין נפתח לבסוף ב-1 בספטמבר 2007 עד לתחנת הרכבת פאתי מודיעין, וב-1 באפריל 2008 הוארך עד לתחנת הרכבת מודיעין מרכז.
החלק היקר, המסובך והמאתגר ביותר של קו הרכבת המהיר לירושלים מוביל מאזור השפלה עד לקצה הקו בעיר. העבודות על התוואי החלו בשנת 2005 ונגמרו בשנת 2018. כדי לפתור את בעיית השיפועים, ההשפעה על הסביבה והתוואי ההררי הוחלט שרוב התוואי יעבור בשלוש מנהרות. מאזור כפר דניאל ממשיך התוואי לאורך כביש מספר 1 לכיוון לטרון. באזור לטרון חוצה התוואי את עמק איילון באמצעות ויאדוקט באורך 1.2 קילומטר המכונה גשר 6, ומסתיים ממזרח לכביש 3. בקצה הגשר נכנס התוואי למנהרה הראשונה מתוך מערכת של שלוש מנהרות ושני גשרים. המנהרה השלישית, שאורכה 11.6 קילומטר, היא המנהרה הארוכה ביותר בישראל.
המנהרה השלישית מסתיימת באזור מבשרת ציון. שם, דרך מערכת קצרה יותר של מנהרות וגשרים, ממשיך התוואי עד לתחנת הרכבת ירושלים – יצחק נבון שבנייתה החלה ב-2006 ועומקה כ־80 מטרים מתחת לקרקע, בין בנייני האומה והתחנה המרכזית ומתחת לתוואי הרכבת הקלה בעיר.
לצורכי תכנון וביצוע חולק התוואי "כפר דניאל-ירושלים" לארבעה קטעים, כל אחד עם מאפייני בנייה והתקדמות שונים.
תוואי הקטע הוא בין מחלף ענבה – כביש 3, בין לטרון למבוא חורון ואורכו 8 קילומטרים. הקטע כולל בניית 6 גשרים ומעבר תת-קרקעי. הקטע מתחיל בגשר 1 ומסתיים בגשר 6, באורך 1,250 מטר, כמו כן הקטע כולל שני מעברים תת-קרקעיים (2B ו-2A) שישמשו בעתיד לחיבור מסילה מכיוון ירושלים בקשת רכבתית למודיעין (קשת מודיעין) ולראשון לציון (מסילה לאורך הכביש 431). הקמת הגשרים והמעבר התת-קרקעי 2B הושלמה ב-2009, מעבר התת-קרקעי 2A הושלם חלקית ביולי 2015 (יותר מאוחר הוחלט לא להשתמש בו). בחודש אוגוסט 2015 החלה סלילת מסילת הברזל החל מגשר 6 מערבה לכיוון מחלף ענבה. במקביל, הסתיימה בניית מבנה השו"ב והתחנה התפעולית (התחנה התפעולית איילון). עלות הקטע 250 מיליון ש"ח והקבלנים המבצעים הוא דניה סיבוס וי.ד. עשוש.
תוואי הקטע הוא בין לטרון (כביש 3) לשער הגיא ואורכו 4 קילומטרים. הקטע כולל מנהרה כפולה באורך 3.6 קילומטר (מנהרה 1) וגשר באורך 150 מטר (גשר 7). חציבת המנהרות נעשתה באמצעות מכונת TBM והסתיימה באוגוסט 2013[31] ובנוסף, הושלם ביצוע כל 14 המעברים בין שתי המנהרות. גם בניית גשר 7 הושלמה והקטע מוכן לפריסת מבנה עליון, מערכות וחישמולת. עלות הקטע כ-600 מיליון ש"ח, הקבלן הזוכה הוא מנרב וכריית המנהרה נעשתה בשיתוף עם חברת מוסמטרוסטרוי (Mosmetrostroy) מרוסיה.
תוואי הקטע הוא בין שער הגיא לעמק הארזים ליד מבשרת ציון ואורכו 14.5 קילומטרים. הקטע כולל כריית שתי מנהרות שהאחת מהם היא הארוכה בישראל, והקמת שני גשרי רכבת באורך 150 מטר. הקטע נחשב למורכב ועלותו 1,600 מיליון ש"ח. הקבלנים המבצעים שפיר הנדסה, ובכריית המנהרה גם פיצרוטי מאיטליה.
המנהרה הראשונה בקטע היא מנהרה 2, 1,200 מטר אורכה, 900 מטר מתוכם נכרו בשיטת מנהור שלבי (NATM) ו-300 מטרים נוספים בשיטת חפירה וכיסוי. ביצוע המנהרה הושלם באפריל 2013[32].
הגשר הראשון בקטע – גשר 8 מעל נחל יתלה, נבנה בשיטת היציקה המאוזנת עם עמוד מרכזי אחד שלא יורד לתוך ערוץ הנחל ובבנייתו נעשו מאמצים שלא לפגוע בערכי הטבע הרגישים בשטח.
המנהרה השנייה בקטע – מנהרה 3 היא הארוכה בפרויקט ואורכה עומד על 11.6 קילומטר. כרייתה נעשתה באמצעות שתי מכונות TBM במקביל, מכיוון תל אביב לכיוון ירושלים. קטע של מעל 800 מטר נחפר בכל אחת מצמד המנהרות מהכיוון הנגדי בשיטה הקונבנציונלית ובסופו הוקם אולם שיאפשר פירוק של מכונות ה-TBM. ב-25 באוגוסט 2014 הושלמה כריית המנהרה הצפונית[33], וב-6 באוקטובר 2014 הושלמה כריית המנהרה הדרומית[34].
העפר שהוצא מהמנהרות שונע על גבי מסוע עד למתחם התפעול שהוקצה לחברת שפיר ליד כביש 1, בסמוך לשער הגיא. לאחר סיום העבודה פונה העפר והאזור שוקם. חלק מן העפר שימש גם להרחבת הכביש.
הגשר השני בקטע – גשר 9 נבנה בין מנהרה 3 למנהרה 3A ממזרח למבשרת ציון. הגשר נבנה בשיטת הדחיקה ובנייתו הושלמה בתחילת אפריל 2014.
תוואי הקטע הוא בין עמק הארזים לתחנת הרכבת ירושלים – יצחק נבון, ואורכו 4.3 קילומטר. הקטע כולל את מנהרת A3 (מנהרה כפולה), גשר באורך קילומטר ובגובה של עד כ-86.5 מטר (גשר 10) ומנהרה 4 (האחודה עד קרוב לרציפי התחנה). עלות בניית הקטע כולו הגיעה לכ-910 מיליון ש"ח (כ-750 מיליון ש"ח עבור מנהרות A3 ו-4, וכ-163 מיליון ש"ח עבור גשר 10). הקבלנים המבצעים היו חופרי השרון בשיתוף חברת Max Bögl מגרמניה לכריית מנהרות A3 ו-4, ובניית גשר 10 נעשתה על ידי חברת טר ארמה.
בניית מנהרה A3 הושלמה במאי 2013, ובניית גשר 10 הושלמה בספטמבר 2016. כמו כן הושלם ביצוע מנהרה 4, כולל כריית המנהרה ומנהרות הרציפים.
קבוצת Electra Bogl JV זכתה במכרז המערכות, מבנה עליון ו-Slab Track למסילת הרכבת המהירה בין תל אביב לירושלים. הקבוצה מורכבת מהחברות אלקטרה חופרי השרון בשיתוף חברת Max Bögl הגרמנית ו-Signon Schweiz AG השווייצרית. הפרויקט כלל הקמת כ-46 קילומטר מסילות ומכלול המערכות השונות (אלקטרו-מכניות, חשמל, אוורור, גילוי וזיהוי אש, בקרה וכדומה), וכמו כן ניהול, פיקוח ואינטגרציה של כלל המערכות המותקנות ומערכות תשתית רכבתיות[35].
ערך מורחב – חשמול מסילות רכבת ישראל
פרויקט התקנת קווי ההזנה העיליים (OCS) להנעה חשמלית, בניית תחנות השנאה רכבתיות (תה"ר-TS) והקמת שאר המערכות הנלוות בוצע על-ידי חברת SEMI הספרדית. תוואי חשמול המסילה הושלם בשלהי שנת 2019 ונחנך רשמית עם פתיחת קו הנוסעים עד תחנת ההגנה בדצמבר של אותה שנה. בתחילת אפריל 2020 הודיעו על השלמת חשמול קטע מסילה נוסף בין תחנת ההגנה לתחנת סבידור, כך שקו הרכבת החשמלי מירושלים יוכל כעת להסיע נוסעים עד לתחנת סבידור שבמרכז תל אביב. בהמשך הושלם חשמול המסילה עד להרצליה[36].
לאחר השלמת גשר הרכבת מעל עמק איילון, התכוננה רכבת ישראל להמשיך את המסילה לפי התכנון המקורי – מנהרות באורך כולל של 20 קילומטר שיתחלקו על פני חמש מנהרות, דרך הרי ירושלים אל תחנת נבון שנבנתה בעומק 80 מטר מתחת לפני הקרקע. במהלך 2007 כבר נערך מכרז לחפירת הקטע המרכזי בין שער הגיא למבשרת ציון וחברת "שפיר הנדסה" זכתה במכרז המנהור (בעלות שהסתכמה לבסוף בכ-2 מיליארד שקל)[37]. אלא שעניינים שונים פגמו בלוח הזמנים המתוכנן.
ב-2007 הגישה רכבת ישראל בקשה לתוספת של ארבעה מיליארד ש"ח בשל עלייה בתשומות הבנייה, וביקשה להאריך את לוח הזמנים בשלוש שנים נוספות (עד 2013), כך שתוספת תקציב הפיתוח תתפרס על תקופה ארוכה יותר מה שהוביל לחריגה תקציבית משמעותית. במשרד האוצר לא הסכימו לבקשה וטענו כי ברכבת ישראל מבזבזים כספי ציבור. האוצר הקפיא את סלילת המסילה לירושלים, עד שחברת הרכבת תבהיר את הסיבה לכך שהתקציב המבוקש לפרויקט עלה פי שלושה (מכ-2 מיליארד ש"ח לכ-6 מיליארד ש"ח). ביולי 2008, כדי לפתור את המשבר בין חברת הרכבת לאוצר, הוסכם כי תיערך בדיקה נוספת של כדאיותו הכלכלית של הפרויקט.
בנובמבר 2008 הסתיימה בדיקת הכדאיות הכלכלית שעליה הוסכם, אך תוצאותיה לא היו חד-משמעיות. ברכבת פירשו את הדו"ח לטובת הפרויקט והצביעו על כך שצפי ההכנסות מהקו עלה, אך באוצר טענו כי ההוצאה הגדולה לא תתקזז עם ההכנסות. חרף זאת, שר האוצר רוני בר-און ושר התחבורה שאול מופז הסכימו כי השיקול המרכזי הוא טובתה של ירושלים וחיבורה לגוש דן. בר-און האשים את "עבודת המטה הפגומה שבוצעה בשנת 2003, עת התקבלה ההחלטה על ביצוע הפרויקט", שבגללה ניתן אומדן מוטעה, שלפיו עלות הנחת המסילה אינה גבוהה.
פרט לסכסוך עם משרד האוצר הסתכסכה רכבת ישראל עם הארגונים הירוקים, בשל הפגיעה האקולוגית והנופית בשמורת טבע באזור הרי יהודה שבה זורם נחל יתלה. כבר בשנת 2003 הציעו הסביבתנים לסלול מנהרה ארוכה מתחת לנחל (במקום להעביר גשר מעליו), אך ברכבת ישראל טענו כי הדבר יגרור מסילה תלולה באורח בלתי מעשי. ב-2005 נבדקה שוב האפשרות לחפור מנהרה ארוכה מתחת לנחל, ורכבת ישראל הסכימה כי מדובר בחלופה בת-ביצוע, אך יקרה בכחצי מיליארד ש"ח[38]. כמו כן, העריכו ברכבת כי התכנון מחדש יעכב את מועד סיום העבודות בשנתיים.
בשנת 2008 התעצם הוויכוח בין הארגונים הירוקים לרכבת ישראל, וכל אחד מהצדדים גיבה את החלופה שהציע בחוות דעת של מומחה. פרופסור אלפרד האק, מומחה בין-לאומי למנהור, גויס לטובת הגופים הירוקים וקבע כי הפתרון הטוב ביותר לרכבת בירושלים הוא מנהרה ארוכה מתחת לנחל יתלה. מנגד, רכבת ישראל גייסה לטובתה את פרופסור יוסי חצור מאוניברסיטת בן-גוריון, שקבע כי הסלע בתוואי המתוכנן הוא מהסוג הגרוע ביותר, ושההשקעה ההנדסית במנהרה ארוכה תהיה גדולה פי כמה מהתכנון המקורי. מן הצד השני, הגופים הירוקים שללו את טענות חברת הרכבת, ולטענתם הם הפריכו את ההערכות בנוגע לעלות הנוספת של החלופה שהציעו, ובנוגע לכך שהיא תימשך זמן רב יותר.
מינהל התכנון מינה ועדה חיצונית בראשות פרופסור עזרא סדן, שתמליץ על אחת החלופות. פרופסור סדן קבע שחלופת המנהור ישימה ככל הנראה מבחינה הנדסית, אך לחלופה זו אין תכנון הנדסי מוכן, להבדיל מחלופת חברת הרכבת, ולכן חלופה זו כרוכה בחוסר ודאות. פרופסור סדן העדיף את חלופת רכבת ישראל מטעמי לוח הזמנים לביצוע, עלות הביצוע וטעמים אחרים.
גם לאחר שהוחלט להעדיף את התוכנית של רכבת ישראל על פני החלופה של הארגונים הירוקים, מועצת הגנים הלאומיים ושמורות הטבע המשיכה להתנגד להמשך העבודות במסילה ואף לא אישרה את בקשתה של רכבת ישראל לפרוץ כביש גישה לכלי צמ"ה דרך שמורת הטבע של נחל יתלה.
ב-4 באוגוסט 2009 אישרה המועצה הארצית לתכנון ולבנייה את תוואי הרכבת. המועצה דחתה את החלופה שהציעה רשות הטבע והגנים והחליטה שלא להנמיך את מסילת הרכבת באזור נחל יתלה[39]. עם זאת, שונה התכנון של הגשר מעל הנחל, כך שהפגיעה בנוף תקטן. במקום חמישה עמודים תומכים, ייבנה עמוד מרכזי אחד שיוצב בתוך הנחל.
תוואי A1 עובר בשתי נקודות מעבר לקו הירוק לאורך כ-6.7 קילומטרים: האחת מצפון למבשרת והאחרת החוצה את אצבע לטרון. בשנת 2000 ביטל שר התחבורה מטעם מפלגת העבודה, אפרים סנה, את קידום התוואי, בשל שיקולים תקציביים אך גם מרצון להימנע מזליגה מעבר לקו הירוק. בהמשך שונה תוואי המסילה כך שיעבור ברובו הגדול בתוך הקו הירוק במקום בחפיפה לכביש 443 הנוח טופוגרפית והקצר יותר גאוגרפית.
עם תחילת העבודות על מסילת הרכבת מהגשר מעל עמק איילון עד ירושלים, הפקיע ראש המינהל האזרחי תא"ל יואב מרדכי 50 דונם מהשטחים של הכפר הפלסטיני הסמוך בית איכסא, כדי לסלול עליהם דרך גישה בעת חירום למנהרה 3. ההפקעה התבצעה לצורך שינוי תוואי הרכבת, בעקבות המאבקים הרבים שעורר על רקע סוגיית שמירת הסביבה[40]. הקרקעות המופקעות אינן מעובדות ואינן משמשות למגורים[41]. עתירה כנגד ההפקעה נדחתה על ידי בג"ץ, כיוון שהוגשה באיחור רב[42].
במחצית הראשונה של 2011, עקב חציית הקו הירוק בשתי הנקודות כאמור, החליטה חברת דויטשה באן שהייתה שותפה בחלק קטן בפרויקט, בלחץ פלסטינים וקואליציית נשים לשלום שפעלו בשיתוף פעולה עם פעילים גרמניים, לבטל את השתתפותה בפרויקט[43].
עם אישור התוכנית למסילת הרכבת בשנת 2001, הודיעה רכבת ישראל כי הקמתה של תחנה במבשרת ציון איננה אפשרית בשל השיפוע התלול יחסית שייווצר בין התחנה במבשרת לבין התחנה בירושלים. זאת בשל המגבלות ההנדסיות של שיפוע המסילה (כ-3%) ועומק המנהרה (כ-200 מטר). אך בשנת 2011, החלו תושבי מבשרת ופרוזדור ירושלים במאבק להקמת תחנת רכבת עבורם. הנושא הגיע גם לדיון בוועדה לביקורת המדינה, בו הסיעות השונות בכנסת הסכימו על הצורך בהקמת תחנה שתשרת את תושבי האזור, ומנכ"ל משרד התחבורה התחייב לבחון את האפשרויות להקמת התחנה[44]. עם זאת, תוכנית זו מעולם לא יצאה לפועל.
בינואר 2016 פורסם על ליקויים במנהרות שירות שנחפרו במהלך הכנת מסילת הרכבת, דבר שעלול לגרום לנזק כספי גדול ולעיכוב נוסף בפתיחת הקו[45]. ב-3 ביולי 2016 פורסמו ממצאי בדיקה חיצונית שהזמין משרד התחבורה ואומדן חדש של 70% מנהרות העומדות בסיכון של ניקוז חסר, שמגדיל את הסיכוי לנזקים החל בהופעת עיוותים או סדקים וכן להתבקעות רצפות ואף קריסה, כפי שקרה במנהרה אחת[46]. הבדיקה קובעת כי מדובר בעיקר בכשל תכנוני של חברת אמי מתום שנובע מנתונים גיאו-טכניים חסרים והתעלמות של רכבת ישראל מהתראות גורמים שונים ובהם יועצת התכנון של הרכבת. עם זאת, צוות הבודקים גם מטיל את האחריות על טיב הביצוע של הקבלנים וביקר את שיתוף הפעולה הלקוי בין הגורמים בפרויקט. בסמוך למועד הפרסום, הודתה רכבת ישראל בדבר התיקונים הנערכים וטענה כי עלותם תהיה 12.5 מיליון שקל וכי הפרויקט לא יתעכב בשל התיקונים.
ב-16 בינואר 2018 התבצעה נסיעת המבחן הראשונה בקו, על קטע מהמסילה באזור לטרון[47]. ב-12 באוגוסט 2018 החלו העבודות לחשמול המסילה.
לפי פרסומי רכבת ישראל הפעלתו של קו הנוסעים הייתה אמורה להתחיל במרץ 2018[48]. באוגוסט 2017 הודיע משרד התחבורה כי הקו צפוי להיפתח באפריל 2018[49][50]. אולם בדו"ח מבקר המדינה התריע המבקר כי פתיחת הקו עלולה להתעכב לסוף 2018. בינואר 2018 הודיע שר התחבורה ישראל כ"ץ כי הקו בכל זאת ייפתח במרץ שנה זו[51], אך ב-21 בפברואר הודיעה הרכבת על דחייה של חצי שנה נוספת, לאוקטובר, עקב אי קבלת האישורים הרגולטוריים מצד המשטרה והרשות הארצית לכבאות והצלה[52]. באפריל פורסם כי הפעלת הקו תידחה בשנית, למועד בלתי ידוע, שניתן יהיה להעריכו רק אחרי חג הסוכות תשע"ט, ככל הנראה לרבעון הראשון או השני של 2019. בכירים בפרויקט העריכו כי תיפתח ועדת חקירה בעקבות הכשלים[53].
ב-25 בספטמבר 2018 נחנך קטע ראשון של קו הנוסעים, מירושלים לנמל התעופה בן-גוריון[54] בתדירות של שתי רכבות בשעה.
שירותי ההצלה דרשו לבטל את הפתיחה עקב חוסר יכולת להזעיק רכב הצלה למסילה במקרה הצורך. זאת מכיוון שבחלק הקו שעובר במנהרות, כ-40 קילומטר אורכו, אין גישה לרכבי הצלה לכ-99% מהשטח, עקב ההחלטה לחסוך תקציב על יצירת כביש בטון בצמוד למסילה. לפני פתיחת הקו הצפויה טרם נקנו רכבי הצלה לקו. לאחר שיירכשו, הם יכלו להגיע לנקודות מסוימות אך לא לצאת משם, כך שרכבי אמבולנס עם פצועים יצטרכו לנסוע כארבעה קילומטרים בהילוך אחורי. הובטח כי הבעיה תיפתר תוך לא יותר מחמש שנות פעילות[55]. שלוש שעות לפני הפתיחה הסכימו שירותי הכבאות לתת אישור הפעלה למשך חודש אחד בלבד. רכבת ישראל נדרשה לתקן את כל הליקויים עד 24 באוקטובר כדי לקבל אישור קבוע.
במקביל נמסר כי חסרים 141 קרונות עבור הקו החדש, וכדי לספק לו את הקרונות החסרים, רכבת ישראל גרעה קרונות מקווים אחרים, מה שיצר עומס רב בקווים בצפון ישראל[56].
הפעלת הקו הייתה רצופה תקלות[57]. במועד שנקבע קבעה רשות הכבאות כי רוב התקלות תוקנו, אם כי לא כולן, כך שרכבת ישראל קיבלה במקום האישור הקבוע הצפוי אישור זמני נוסף, הפעם למשך שנה[58]. בראשית נובמבר דווח על שרפה בחפיר של הקו סמוך למודיעין[59].
ב-6 בספטמבר 2019 בוצעה נסיעת בדיקה מוצלחת ראשונה של קטר חשמלי בין נמל התעופה בן-גוריון לתחנת ההגנה שבתל אביב.
בעקבות האצת עבודות התשתית, בשל ביטול קווי הנוסעים עקב התפרצות נגיף הקורונה בישראל, הושלמו בתחילת חודש אפריל עבודות החשמול והמטרה שהוצבה הייתה פתיחת הקו בחודש יוני[60]. בסוף יוני אכן נפתח הקו לתחנות השלום וסבידור מרכז. ב-5 בספטמבר 2020 בוצעה נסיעה ראשונה בין ירושלים לתחנת הרצליה, עם השלמת תשתית החשמול עד לתחנה זו[61].
כחלק מהפרויקט החלה בשנת 2016 הקמתה של "קשת מודיעין", קשת מסילתית המחברת את מסילת מודיעין–ענבה מזרחה אל מסילת הרכבת לירושלים במחלף ענבה. החיבור מאפשר הפעלת קו נוסעים בין תחנות מודיעין לירושלים בזמן נסיעה משוער של 17 דקות[62]. מסילה זו פועלת כחשמלית. הפרויקט הסתיים ותחילת הנסיעות, בתדירות של רכבת אחת לשעה בשלב זה, נקבע ל-31 במרץ 2022. זמן הנסיעה בפועל הוא 22 דקות עד תחנת פאתי מודיעין ו-29 דקות עד תחנת מודיעין מרכז.
בשנת 2022 במסגרת תוכנית החומש של רכבת ישראל הוקצו 4.685 מיליארד שקל לטובת המשך הקו המהיר לירושלים, והקמת תחנת ירושלים מרכז[63].
בנוסף תוכננה הארכת המסילה עד לתחנת הרכבת ירושלים – הכותל[64]. על פי התכנון נועדה המסילה להמשיך לאורך רחוב יפו במפלס תת-קרקעי עד לממילא, שעל יד העיר העתיקה, ומשם לכיוון הכותל באחת משתי חלופות, האחת היא: המשך המסילה לאורך חומות העיר העתיקה ומחוצה לה, עד לשער האשפות, שם תוקם תחנת הרכבת הר הבית ואילו החלופה השנייה הציעה: כניסה אל תוך העיר העתיקה מאזור מגדל דוד מערבה תחת הרובע היהודי, לכיוון רחבת הכותל.
התוכנית מצריכה כריית מנהרה באורך של למעלה משלושה קילומטרים, כאשר לפי המתוכנן, הכרייה תיעשה מכיוון העיר העתיקה לכיוון בנייני האומה וזאת כדי לא להפריע לפעילות השוטפת בתחנת נבון. חשש מפגיעה בעיר העתיקה ובחומותיה ביטל את הארכת הקו לעיר העתיקה.
במקום רכבת לעיר העתיקה החלו לתכנן תוואי שונה לפיו לאחר תחנת ירושלים מרכז ימשיך התוואי בתת-הקרקע לתחנה תת-קרקעית חדשה שתוקם בסמוך לתחנת ירושלים ההיסטורית המוכרת גם כמתחם החאן, ומשם לתחנת מלחה ( למרות שזה אינו בתכנון[65] כרגע) וזאת כדי להימנע מחפירת מנהרות בסמוך לאתרים ארכאולוגים באזור העיר העתיקה. הרכבל המתוכנן בין מתחם החאן אל שער האשפות יהפוך את תחנת הרכבת במתחם החאן לנגישה למטיילים גם בעיר העתיקה[66]. לבסוף תוואי זה תוקצב לביצוע ותוכניות מפורטות הופקדו בנובמבר 2021[67]. על פי התכנון יושקו שתי תחנות הרכבת, בצומת רחובות יפו וקינג ג'ורג', וסמוך לתחנת הרכבת ההיסטורית של ירושלים, עם השלמת המסלול התת-קרקעי, ב-2030[68]. הוועדה הלאומית לתכנון ובניית תשתיות לאומיות אישרה את התוכנית באפריל 2024[69].
אבי בר-אלי ורויטל חובל, עשרות מטרים במנהרות הרכבת נכרו בתוואי הלא נכון, באתר TheMarker, 14 באוגוסט 2013
סרטון הדמיה של הקו המהיר לירושלים, סרטון באתר יוטיוב קו הרכבת המהיר לירושלים - הכנות לכריית מנהרה מס' 1, סרטון באתר יוטיוב A1 Tunnels, סרטון באתר יוטיוב מכונת כריית המנהרה של הרכבת לירושלים, סרטון באתר יוטיוב MINRAV MMS TUNNEL - First year 2011 By MINRAV - MMS, סרטון באתר יוטיוב "מנרב" - סרטון הדרכת בטיחות אתר המנהרה, סרטון באתר יוטיוב כלכליסט TV - חפירת מנהרת הרכבת לירושלים, סרטון באתר יוטיוב דניאל שמיל, מיליארדי שקלים תקועים במיזמי רכבת בישראל - והנוסעים ממשיכים להצטופף, באתר TheMarker, 4 באפריל 2014 גבריאלה דוידוביץ’-ויסברג, הסמויים, הדיילים והלחצים באוזניים: נסיעת מבחן ברכבת המהירה לירושלים, באתר TheMarker, 25 בספטמבר 2018Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
