בזמן פרוץ מלחמת העולם השנייה, שהה בשווייץ לצורך החלמה ממחלה קשה. בנו ירוחם, שגר בניו יורק, הפציר בו שיעזוב את אירופה לטובת ניו-יורק עד סיום המלחמה, אבל הוא חזר משווייץ לקובנה, וסירב להפקיר את קהילתו בשעותיה הקשות.[4] לכל אורך תקופת המלחמה ניסה בנו להוציא אותו מאירופה לניו-יורק, ללא הצלחה.
נפטר בגטו קובנה בכ"ב באדר א'תש"ג לאחר מחלה. זכה להיקבר בלוויה עם קהל רב, עניין שנחשב לסכנת נפשות חמורה באותם ימים. אשתו רחל, בנם הד"ר חיים נחמן, כלתו רעיה, ונכדו, איתמר, בן הארבע עשרה, הוצאו להורג במהלך חודש כסלותש"ד.
ד"ר נח שפירא (מינסק, ט' בסיווןה'תר"ס – תל אביב, א' באלולה'תשכ"ד) – למד בישיבות ליטא וב-1924 סיים לימודיו בכימיה באוניברסיטת ברלין. בשנים 1926–1935 שימש מרצה לכימיה באוניברסיטת קובנה. עלה לארץ ישראל ב-1935 ועסק בהוראה ובניהול בתי-ספר תיכוניים. מ-1960 מרצה לתולדות המדעים באוניברסיטת בר-אילן.
ירוחם יהודה ליב שפירא – היגר לארצות הברית. בפרוץ השואה השתדל ללא הצלחה לחלץ את הוריו מאירופה. לאחר מות אביו הוציא לאור בניו יורק את החלק השלישי של ספרו "שאלות ותשובות דבר אברהם". נפטר בארצות הברית.
שאלות ותשובות דבר אברהם - כולל שו"ת, חידושי הלכות וביאורי סוגיות והערות של אביו בשם "מסגרת זהב". החלק הראשון יצא לראשונה בוורשה תרס"ו, השני בפיוטרקובתרע"ג והשלישי בניו יורקתש"ו. החלק הראשון יצא במהדורה שנייה עם תיקונים והוספות בתר"ץ. דפוסיצילום הודפסו בדפוס ליטו אופסט ליון, תל אביבתשכ"א (דפוס צילום מוקטן); בדפוס י' מונזסון, ירושלים תשכ"ט (בשני כרכים); וב"דפוס אופסט פאר", ירושלים תשל"ו (דפוס צילום מוקטן בשני כרכים). מהדורה חדשה בת ארבעה כרכים (שני כרכים לחלק ראשון) הכוללת עריכה מחדש, גופן מרובע והוספת מפתחות, יצאה לאור בהוצאת "מכון משמחי לב", ירושלים תשנ"ט, ובה הקדמה מבנו על אביו.
טהרת המשפחה - הרצאה שנשא בקובנה בחנוכהתרצ"ו, נדפסה במהדורות אחדות ביידיש וזכתה לתפוצה רבה. בשנת ת"ש נדפסה בקיידן שבליטא בתרגום לעברית של ד' שברץ. עיבוד מתומצת של ההרצאה נערך על ידי י' זקס וח' רבינוביץ בשם בין איש לאשתו: במובן הרוחני, ויצא לאור לראשונה בהוצאת "ציון", ירושלים תש"ח. מהדורה שנייה בשם בין איש לאשתו (ללא ההמשך) יצאה בהוצאת "המרכז הארצי למען טהרת המשפחה", ירושלים תשל"ח והודפסה שוב ב"מדריך לכלה", הוצאת "תפוצה", תשמ"ה (מלקט: נ' גרינבוים), עמ' קצ"ג-רס"ה.
חידושים שלו (וגם של אביו) על הש"ס מופיעים בסדרת תורת ראשי הישיבות בהוצאת "מפעל תורת ראשי הישיבות" בירושלים (כוללת בראש כל כרך גם דברי ראשונים שהודפסו לראשונה). עד כה יצאו מפעל תורת ראשי הישיבות: מסכתא סוכה, תש"ע; תורת ראשי הישיבות: מסכתא מכות, תש"ע; ותורת ראשי הישיבות: מסכתא קידושין, תשע"א.
אברהם דב בר שפירא (1870-1943), דף שער בספרייה הלאומית
