בשנים 1939 –1941 התחולל שלב מכריע בתולדות השואה . בתקופה זו הוכחד חלק ניכר מיהדות אירופה על ידי כוחות גרמניה הנאצית, בעיקר בשטחי הכיבוש במזרח אירופה . השואה הייתה מסודרת בצורה כרונולוגית מלכתחילה. תחילה ביקשו הנאצים לגרום ליהודים לאבד צלם אנוש וזאת על ידי דחיסתם אל גטאות בדרך כלל ברובעי הערים הישנים, בשטח קטן בהרבה ממה שניתן להגדיר כאזור מחיה של בני אדם. לדוגמה: בדירה אחת ברובע סגור (גטו ) נאלצו לחיות לעיתים ארבע או אף חמש משפחות. בתנאים כאלו, כאשר אין יוצא ואין בא מתוך הגטו (הכוונה לגטו סגור, אם כי היו מספר גטאות שהיו פתוחים), הרעב, הקור והעדר תנאי הגיינה גרמו למותם של אלפים. רבים ניסו לברוח מהגטאות. הם גם אולצו לשלם על נסיעתם למחנות ההשמדה ולמחנות העבודה .
שטחים רבים מסופחים לגרמניה במערב פולין – הורטלנד , שלזיה העילית והמזרחית.
גירוש 27,500–32,500 יהודים מליטא , מלטביה , מאסטוניה , מסרביה ומבוקובינה הצפונית לסיביר .
18 ביוני – חוזה ידידות בין גרמניה לטורקיה ומתן רשות לאניות חמושות של מדינות הציר לעבור במצרי הדרדנלים .
22 ביוני –
פלישת הגרמנים לברית המועצות. איטליה ורומניה הכריזו מלחמה על ברית המועצות.
מאסר יהודי זגרב ושילוחם למחנות פאג וידבונו .
יחידות האיינזצגרופן החלו ברצח שיטתי של המוני יהודים בשטחים שנכבשו בברית המועצות, תוך דיווח יומי על פעולתן.
23 ביוני –
24 ביוני – פרעות דמים של ליטאים ביהודים.
25 ביוני – טבח 15,000 יהודים בפוגרום ביאשי שברומניה .
26 ביוני –
27 ביוני –
28 ביוני – כיבוש מינסק , רובנו ופשמישל בידי הגרמנים.
29 ביוני –
רציחתם של אלפי יהודים במטה המשטרה ביאשי בפרעות יאשי .
מאסר כל הגברים היהודים בדוינסק בני 16–60.
30 ביוני – כיבוש לבוב בידי הגרמנים. בתוך ארבעה ימים נרצחו 4000 יהודי העיר בידי איינזצגרופן C ופורעים אוקראינים בגל הראשון של הפוגרומים בלבוב .
יולי –אוגוסט – במשך החודשיים הבאים נרצחו 150,000–160,000 מיהודי בסרביה בידי האיינזצגרופה D, יחידות צבא גרמניות ואנשי "השדרה המיוחדת " הרומנית.
1 ביולי – כיבוש ריגה וליפאיה בידי הגרמנים.
2 ביולי – כיבוש טרנופול בידי הגרמנים.
3 ביולי – כיבוש נובוגרודק בידי הגרמנים.
4 ביולי –
5 ביולי – כיבוש צ'רנוביץ בידי הרומנים והגרמנים.
9 ביולי – כיבוש ז'יטומיר בידי הגרמנים.
11 ביולי – כיבוש ויטבסק בידי הגרמנים.
13 ביולי –
14 ביולי – כניעת צבא צרפת של וישי לבריטים בסוריה ובלבנון .
16 ביולי –
דין וחשבון גרמני מוסר שעד אותו יום נורו 2,700 מיהודי ריגה מחוץ לעיר.
כיבוש חלקה המערבי של סמולנסק .
המשך התקדמותם של הגרמנים לעבר מוסקבה נבלם לפי שעה.
19 ביולי – כיבוש ויניצה ומוהיליב-פודילסקי בידי הגרמנים.
20 ביולי – הקמת גטו במינסק
24 ביולי – הקמת גטו בקישינב . עד אז נרצחו כ-10,000 מיהודי העיר.
25 ביולי –
כיבוש טאלין בידי הגרמנים.
במשך יומיים נטבחו 2,000 יהודים לערך בידי פורעים אוקראינים בפוגרום 'ימי פטליורה ' בלבוב .
29 ביולי – כיבוש חלקה המזרחי של סמולנסק בידי הגרמנים.
31 ביולי – מסירת ההוראה לריינהרד היידריך מאת הרמן גרינג בשם היטלר לעשות את ההכנות לקראת 'פתרון סופי של בעיית היהודים '.
1 באוגוסט – הקמת גטו ביאליסטוק .
4 באוגוסט – הקמת 'מועצת זקנים ' יהודית בקובנו (קובנה)
5 באוגוסט –
7 באוגוסט – רצח 2,000–3,000 יהודים בפינסק .
16 באוגוסט – כיבוש נובגורוד בידי הגרמנים.
17 באוגוסט –
הבאתם של 13,000 היהודים הראשונים למחנה ורטוז'ן בבסרביה.
כיבוש דניפרופטרובסק בידי הגרמנים.
18 באוגוסט – כיבוש חרסון בידי הגרמנים.
19 באוגוסט – רצח 3,726 יהודים במוהילב בידי אייזנצקומנו 8 ומשתפי פעולה מקומיים.
21 באוגוסט –
הבאתם של עוד 4,000 יהודים למחנה ורטוז'ן .
הבאתם של היהודים הראשונים למחנה דרנסי בצרפת.
27 באוגוסט – טבח 23,600 יהודים בקמיניץ פודולסקי בידי הגרמנים בפיקודו של פרידריך יקלן . בין הנרצחים היו לפחות 14,000 יהודים מהונגריה שזמן קצר לפני־כן גורשו בידי ההונגרים והוסגרו לידי הגרמנים.
31 באוגוסט – רצח 8,000 מיהודי וילנה בפונאר .
1 בספטמבר – סיומו הרשמי של מבצע אותנסיה . במבצע נרצחו 70,000–93,000 בני אדם.
3 בספטמבר –
ניסוי ראשון של שיטת רציחתם של המוני אדם בגזים נערך באושוויץ .
הקמת שני גטאות בווילנה .
4 בספטמבר – רצח 1,500 צעירים יהודים מברדיצ'ב בידי הגרמנים ביריות מחוץ לעיר.
8 בספטמבר – השלמת כיתורה של לנינגרד בידי הגרמנים והפינים עם כיבושה של שליסלבורג .
9 בספטמבר – פרסום "קודקס היהודים " בסלובקיה ובו הגדרת מעמדם של היהודים.
10 בספטמבר – הצעדת האסירים היהודים בורטוז'ן למקום גירושם בטרנסניסטריה .
15 בספטמבר –
16 בספטמבר – במשך מחצית החודש נרצחו 5,000 מיהודי חרסון .
18 בספטמבר – כיבוש פולטווה בידי הגרמנים.
19 בספטמבר –
25 בספטמבר – נחיתת צנחנים גרמנים בחצי האי קרים .
27 בספטמבר – בואו של ריינהרד היידריך לפראג כ"פרוטקטור" בפועל של הפרוטקטורט של בוהמיה ומוראביה .
29 בספטמבר – הטבח בבאבי יאר – 33,771 מיהודי קייב נרצחו בידי אייזנצקומנדו 4.
20 בספטמבר – תחילת "מערכת מוסקבה".
1 באוקטובר – עד תאריך 22.11 נרצחו 33,500 יהודים בסדרת אקציות בווילנה .
6 באוקטובר –
הבקעת קווי הסובייטים ברז'ב-ויזמה בדרך למוסקבה. מאות אלפי חיילי הצבא האדום נשבו בידי הגרמנים.
תחילת גירושם של יהודי פראג מזרחה.
8 באוקטובר – רצח 16,000 יהודים עם חיסול הגטו בויטבסק .
11 באוקטובר – הקמת הגטו בצ'רנוביץ
12 באוקטובר –
רציחתם של 3,000 מיהודי קולומיאה בשפרובטסה .
דוח של מפקד זונדרקומנדו 1 א' מוסר על רציחת גברים יהודים באסטוניה בידי יחידתו, עד ראשית 1942 נרצחו 936 מתוכם.
13 באוקטובר – רצח 20,000 יהודים בדניפרופטרובסק .
15 באוקטובר –
16 באוקטובר – נפילת אודסה בידי הגרמנים והרומנים. יהודי העיר שלא נמלטו נרצחו בידי הרומנים. בהלה במוסקבה ומנוסה ממנה מחשש לנפילתה לידי הגרמנים.
18 באוקטובר – כיבוש קלינין בידי הגרמנים.
19 באוקטובר –
23 באוקטובר – איסור על הגירת יהודים מגרמניה.
24 באוקטובר –
כיבוש חרקוב בידי הגרמנים.
רדיפת יהודים בגרמניה הנאצית : חלונות מנופצים לאחר ליל הבדולח בנובמבר 1938. לאחריו גברה ביתר שאת ההגירה היהודית מהמדינה
גופות של יהודים ברחוב ואסילה פואנטה ביאשי ברומניה בימי פרעות יאשי , יוני 1941
מלחמת העולם השנייה : לאחר הפלישה הגרמנית לברית המועצות בשנת 1941 ביצעו יחידות איינזצגרופה נאציות מעשי רצח וטבח המוני בבורות ירי בשטחים שנכבשו