השימושים באמצעים נעשים לפי היחידות והמקצועות: הפלסים והרובאים שבגדודי ההנדסה הקרבית מפעילים נשק קל, ציוד חי"ר, מטעני וציוד חבלה, מיקוש, רק"ם ואמצעי תת-קרקע; פלוגות וגדודי הצמ"ה מפעילים ציוד מכני הנדסי כבד (דחפורים, מחפרים, שופלים, מקדחי בורות וכו'); יהל"ם מפעילה נשק קל ואת כלל אמצעי ההנדסה אך גם אמצעים מיוחדים נוספים הייחודיים לה, כאשר כל פלגה מפעילה אמצעים ייעודיים וייחודיים בהתאם לייעודה (כך למשל פלגת סייפן מפעילה ציוד טיהור והגנת אב"כ ופלגות הס"פ מפעילה רובוטי חבלה).
כמו כל חטיבות צה"ל, גם חיל ההנדסה (חה"ן) מצוידים ברכבי שטח ממוגנים (כדוגמת ההאמר) ובנגמ"שיM-113 (הנחשבים למיושנים ופגיעים, ובעלי מיגון לא מספק). בנוסף לנגמ"ש זה מצוידים הגדודים בנגמ"שים מבוססי שוט, הלא הם הנגמחון והנקפדון. נגמ"שים אלה הם בעלי מיגון כבד יותר מאשר ה-M-113 וממוגנים גם כנגד מטעני גחון וטילי נ"ט. תפקידם המקורי היה הנדסי, לרבות פתיחת צירים, אך בשל מיגונם הכבד עברו לשימוש חיל הרגלים בפעילות בט"ש באזורים רוויי איומים מסוכנים במיוחד.
חיל ההנדסה מפעיל ציוד מכני הנדסי (צמ"ה) מסוגים שונים, כגון דחפורים, מחפרים, יעים אופניים, טרקטורים ועוד. תחום עבודתם, פעילותם, ייעודם והאמצעים של יחידות ולוחמי הצמ"ה הם שונים ביחס לשאר הפלוגות בחיל. מפעילי הצמ"ה, המכונים "צמ"הייניקים", עושים עבודה שונה לגמרי ביחס לשאר יחידות ההנדסה. אף על פי שמפעילי הצמ"ה זוכים להכשרת רובאי 05 בלבד לעומת רובאי 07 של הגדודים, לעיתים קרובות הם משתתפים בפעילות לוחמתית בקו האש, ולוקחים חלק ישיר בהכרעת המערכה ובפריצת הדרך לכוחות הלוחמים. בעוד חלק מכלי הצמ"ה נועדו לעבודות בינוי ותחזוקה בבסיסיים עורפיים, כלים אחרים יועדו לעבוד בבסיסים שבאזורי עימות ואף בחזית עצמה, ולפיכך זכו למיגון הולם.
רעם השחר: זהו דחפור ממוגן בלתי-מאויש מדגם D9N המופעל באמצעות שלט רחוק. זהו הרובוט הגדול ביותר בשירות צה"ל.
פנדה (דחפור D9T): זהו דחפור ממוגן בלתי-מאויש מדגם D9T. ניתן להפעילו הן בשלט רחוק והן על ידי מפעיל הנמצא בתוך הכלי. זהו הרובוט הגדול ביותר בשירות צה"ל, ומצויד במערכות בקרה מתקדמות יותר לעומת "רעם השחר".
מחפר (באגר) ממוגן: זהו מחפר ממוגן מדגמי 225 ו-245 (סדרה 2 הישנה יותר) ו-330 תוצרת קטרפילר, המשמש לעבודות חפירה והריסה תחת אש, בייחוד של בתים רבי-קומות. את היעה האחורי על זרוע החפירה התלת-מפרקית אפשר להחליף במקדח הידראולי המשמש לקדיחת בורות או בפטיש הידראולי המשמש להריסת בתים. מחפרים נטלו חלק בהריסת המוקטעה ברמאללה ובמבצע הבאת ביכורים וכן בהריסת מנהרות בציר פילדלפי.
באגר E-349: זהו מחפר ממוגן גדול מדגם E-349 תוצרת קטרפילר, הגדול והמתקדם ביותר בין המחפרים של צה"ל. ייעודו הוא לחשוף מנהרות וביצורים תת-קרקעיים של האויב, להרוס מבנים ולבנות ביצורים.[3]
יעה אופני (שופל): זהו "שופל" ממוגן מסדרת קטרפילר 966, בעיקר מדגמי 996E, 996F ו-966G, שמיוצרים על ידי חברת קטרפילר. הוא מיועד בעיקר למשימות בניה, הנדסה, הובלת חומרים ופינוי צירים. הוא ממוגן כנגד אבנים, בקבוקי תבערה ונשק קל. היעה האופני מסוגל לנוע במהירות גבוהה יותר מכלי צמ"ה אחרים כיוון שהוא מצויד בגלגלים במקום בזחל.
לביא"ה (ראשי תיבות של לוחם הנדסי ביעה אופני הנדסי): שופל מדגם 966G ממוגן עם עמדת מפקד מיוחדת החמושה במקלע. נועד לפינוי מכשולים והריסת בתים בעת לוחמה בשטח בנוי. המקלע מוסיף לו אפשרות להשבת אש והסתערות. יתרונותיו: גדול מספיק בשביל להרוס מבנים קטנים, בעל עבירות גבוהה בכבישים ולא גורם נזק לאספלט עליו הוא עובר.
מיני-מחפרון ממוגן: מיני-מחפרון משוריין מדגם 1CX תוצרת חברת JCB עם קבינה ממוגנת ולוחות שריון על הבוכנות. המיני-מחפרון נועד לחפור ולפנות מכשולים בשטח בנוי ובעיקר בסמטאות צרות, איפה שכלים גדולים יותר כמו סופה, שופל ממוגן או דחפור די-9 יתקשו לעבור או יגרמו נזק לתשתיות בגלל גודלם הרב.[4] הכלי שימש למשימות הנדסיות בלב הערים הפלסטיניות במבצע שובו אחים.[5]
יעה זחלי: יעה זחלי מדגם 963 תוצרת קטרפילר, המיועד בעיקר לעבודות עפר בתוואי שטח קשים ומשלב בין היכולות של השופל (מעמיס קדמי) לבין העבירות של כלי זחלי.
מפלסת ממוגנת: מפלסת ממוגנת המשמשת לפינוי צירים, הכשרת דרכי עפר ופינוי שלג בעת הצורך.
דרילר ממוגן: כלי צמ"ה כבד הדומה למחפר, אך במקום זרוע חפירה הוא מצויד בזרוע שבקצה שלה מותקן מקדח הידראולי גדול, המשמש לחפירת פירים באדמה. הדרילרים הממוגנים פעלו בעיקר בציר פילדלפי כדי להכין בורות לפיצוץ מנהרות הברחה.
חודר קוני: כלי לאיתור מנהרות תת-קרקעיות הנגרר על ידי דחפור D9. מופעל על ידי אבירי הפלדה.
חופר תעלות: כלי צמ"ה כבד מדגם טרנצ'ר המיועד לחפור תעלות. מדובר בכלי צמ"ה זחלי במשקל 100 טונות המסוגל לחפור תעלות צרות בעומק של כ-5–10 מטרים בקצב מהיר מאוד. הוא נועד במקור לפעול בעיקר בציר פילדלפי כנגד מנהרות ההברחה והתופת, אך יכול לשמש גם לחפירת שוחות, חפירים ותעלות נ"ט.
טרנקור רואדמיינר (Trencor Roadminer) - כלי כבד לחציבה ופינוי מוקשים, הכלי מכיל התקן ובו גלגלי שיניים החופר את הקרקע, וגורס ומפוצץ את המוקשים בהם הוא נתקל.[6]
"עמי": מחפרון ממוגן HMEE תוצרת JCB הבריטית שנועד למשימות פריצה ופתיחת צירים בשטח עירוני. הכלי נחשב לזריז במיוחד ומתאים לרחובות צרים.[7][8][9] הכלי נקרא על שמו של סא"ל עמוס כהן שישמש כסגן האגדי של בהל" צ.
אחד מתפקידיו החשובים של מערך הצמ"ה בעת מלחמה הוא לאפשר לכוחות השריון לחצות תעלות נ"ט ומכשולי מים רחבים בעת מלחמה. לשם כך, עליו להקים גשרים מעל התעלות והנחלים, לעיתים תחת אש, שעליהם ינועו הטנקים וכלי הרכב הצבאיים. על אמצעים אלו אחראים פלוגות הציוד המכני ההנדסי והוא תחום ייעודי רק להם.
טנק גישור: מדובר בטנקים מדגם M60 פטון שצריחם הוסר ועליהם הותקנו מערכות גישור שונות: כגון גשר צמד, גשר כפול, גשר נפתח ועוד.
גשר מישר: גשר לחציית תעלות נ"ט צרות, ניתן לגרירה ופרישה בידי טנקים ונגמ"שי הנדסה רגילים.
גשר "יעד": גשר מישר משופר רחב יותר, בטיחותי יותר בעל יכולת נשיאה גדולה יותר. את הגשר תכננה ומייצרת התעשייה הצבאית.[13]
גשר ביילי: מדובר בגשר מודולרי פריק בעל נתיב ברוחב 3.28 מטר הניתן להרכבה ופירוק באופן מהיר למדי בתנאי שדה.
גשר כלובים: גשר שפיתחה יחידת יפת"ח עבור חיל ההנדסה ומורכב מכלובי מתכת מודולריים שניתן להרכיבם לגשר במכשולי מים רדודים.
גשר חי"ר קל: גשר שפיתחה יחידת יפת"ח ונועד רק למעבר לוחמי חי"ר בחתימה נמוכה. הגשר כולל מסבך פלדה עם פרופיל משולש עליו נעים הלוחמים. את הגשר ניתן להרכיב ולקפל בזמן קצר.
סירות גומי: למעבר נהרות ומכשולי מים, על מנת לשגר כוחות הנדסה וקומנדו שיתפסו ראש גשר בגדה השנייה.
דוברות: משטחים צפים, חלקם ממונעים, המאפשרים נשיאת טנקים על פני מכשולי מים. על ידי חיבור דוברות זה לזה אפשר ליצור גשר.
תמסח (ז'ילואה): כלי רכב אמפיבי ישן עם מצופים מתנפחים בצידיו, המסוגל לשאת שני טנקים. התמסח מסוגל לנוע באופן עצמאי ביבשה ובמים. דוברה זו נטלה חלק במלחמת יום כיפור וצליחת התעלה. התמסחים היו הראשונים שהגיעו לתעלה.
רובוט חבלה וס"פ: זהו רובוט הנשלט מרחוק והוא בעל זרוע, מצלמה ורובה shotgun. הרובוט נע על זחלים והוא בעל עבירות גבוהה. מטרתו היא לטפל בחפצים חשודים, להעבירם למקום בטוח, לבדוק את תכולתם ואף לנטרלם במקרה הצורך. בחיל ההנדסה משרתים מספר דגמים שונים של רובוטים.
דקר: מוט ארוך המאפשר גילוי מוקשים על ידי דקירת הקרקע והתחושה האופייניים לפגיעה בעצם מתכתי או פלסטי קשיח, כגון מוקש. משמש גם לגילוי תיל ממעיד (סוג של מילכוד המחובר למוקשים או מטענים).קיימים שני סוגי דקרים: דקר חבלנים - בעל שני חלקים שמורכבים בהברגה, ודקר מתקפל - מורכב מפרקים שנפתחים.
סכין פלסים: סכין המשמשת לדיקור הקרקע ובדיקת מילכודים.
אלה אמצעים המשמשים את הכוח המתמרן והמסתער הקיימים על רכבים קרבים משוריינים. להבקעת שביל נקי דרך שדות מוקשים ביעילות ובמהירות. אמצעים אלה תוכננו לעבוד עם רכב קרבי משוריין, ללא צורך שהפלסים יצאו מהכלי ויטפלו במוקשים ידנית.
מגוב רציף: זוהי מעין כף פריקה המותקנת על דחפורי D9 משוריינים ותפקידה לפלס ציר רחב הנקי ממוקשים. המגוב בנוי ממסגרת משולשת בצורת V, שבקצהו שיניים חדות הננעצות בקרקע. כאשר הדחפור מתקדם המגוב חופר בקרקע ודוחף את העפר עם המוקשים הצידה ובכך מותיר מסלול נקי שרוחבו הוא בין 4 ל-5 מטרים.
מגוב נוכרי: זהו מגוב המותקן על נגמ"שי הנדסה או טנקים ונועד לנקות לכלי את הדרך לפני הזחלים. מגוב זה מורכב מזוג גלגלים כבדים בעלי בליטות הנמצאים במרחק מה לפני הזחלים ו"חורשים" את הקרקע על מנת לפוצץ מוקשים הנמצאים בדרכו של הכלי. קיימת לדגם זה גרסה מתקדמת "מגוב נוכרי דור ג'" וכן דגם נוכרי קל השונה ממנו באופן ניכר.
נוכרי קל: זהו מגוב המותקן על נגמ"שי הנדסה או טנקים ונועד לנקות לכלי את הדרך לפני הזחלים. מגוב זה מורכב מזוג מערכות גלגלים בעלי בליטות שנמצאים במרחק מה לפני הזחלים ולוחצים על הקרקע באמצעות קפיצים חזקים על מנת לפוצץ מוקשים הנמצאים בדרכו של הכלי. זוהי גרסה קלה ומתקדמת יותר של הנוכרי.
צפע : פיתוח של יחידת יפת"ח בפיקודו של דוד לסקוב משנות ה-70 של המאה ה-20. מדובר בהתקן המשגר רקטה מלאת חומר נפץ הודף המחוברת לשרשרת ועליה מטענים רבים. הרקטה משוגרת עם השרשרת אל קצה שדה המוקשים ואז מתפוצצת ביחד עם שרשרת המטענים שעליה. עוצמת הפיצוץ המשולב יוצרת לחץ חזק מאוד בקרקע הגורם לפיצוץ כל המוקשים בסביבה. קיים דגם לחי"ר, ודגם לשריון הנקרא צפע שריון או צפ"ש. הצפ"ש מאוחסן בעגלה הנגררת מאחורי רק"מ כגון טנק או נגמ"ש הנדסי.
רקטות ריצוף (CARPET): מערכת לפריצת שדות מוקשים שניתן להתקין על נגמ"שי פומ"ה ונמ"ר הנדסי. המערכת יורה רקטות דלק-אוויר היוצרות הדף רב הגורם לפיצוץ שדות מוקשים ומטענים. את המערכת פיתחה רפאל - מערכות לחימה מתקדמות והיא שודרגה על ידי צה"ל.
חטפן - אמצעי פריצה שמותקן על גבי נגמ"שים של כוחות המילואים. ה"חטפן" נישא בעגלה בירכתי הנגמ"ש ובו שרשרת מטענים באורך 100 מטר, המפוצצים נתיב נקי בשדה מוקשים.[17]
"אוזן אורי" - אמצעי ותיק לפריצת דלתות. זהו התקן פלסטיק בצורת חצי אליפסה (ומכאן השם "אוזן") בו חרוטה מסילה לתוכה מכניסים פתיל רועם ומצמידים לדלת סביב המנעול והידית. יזימת הפתיל הרועם אמורה לנתק את המנעול מהדלת ולאפשר את פתיחתה.
"מסגרת פריצה" - אמצעי לפריצת דלתות וקירות שפותח על ידי יחידת יפת"ח.
מאז 2014 חיל ההנדסה התעצם בתחום לוחמת המנהרות, בצה"ל מכונה התחום "לוחמת תת-קרקע", בראשי תיבות: לת"ק, והצטייד באמצעים רבים, חלקם מסווגים. בין האמצעים שהותרו לפרסום:
במסגרת חטיבת החרמון פועלת יחידת פינוי שלגים של חיל ההנדסה, שהיא יחידת מילואים. היחידה מפעילה מספר כלים ייחודים לצורך פתיחת צירים מושלגים בתקופת החורף באזור חרמון והגולן.[20]
בגד מגן פחמי (במ"פ): חליפת מיגון ללוחמים שנועדה להגן עליהם מרוב איומי החל"כ הידועים. עקרון העבודה של החליפה שהיא מסננת בעזרת שכבת פחם דחוס את האוויר החיצוני ולא נותנת לחלקיקים להיכנס.
סרבל ייעודי לאב"כ (סי"ל): סרבל קל ונוח לפעולות יחידת האב"כ, גרסה נוחה לבמ"י.
מנו"ר: משאית הנושאת אמצעי טיהור ומפזרת חומרי טיהור כנגד אב"כ.
סיגל: מערכת מתוצרת ישראל לזיהוי וגילוי חל"כ, בעבר המערכת הייתה פק"ל על אחד הלוחמים בגלל משקלה הרב הוחלט מאוחר יותר שהמערכת תורכב על רכב הגו"ז.
הרנוג: מערכת מתקדמת לזיהוי וגילוי חל"כ, מסוגלת לבצע 50 בדיקות מדגמיות. מיועדת להחליף את ה"תיק גו"ז" בהדרגה.
ערכת דגימה: ערכה המיועדת לאיסוף דגימות המיועדות לבדיקה במכון למחקר ביולוגי.
מקל"שים: מקלחות שדה נידות המשמשות לקירורם של הלוחמים בחליפות המיגון וגם לטיהור הפצועים והחיילים שחזרו מהשטח הנגוע בחל"כ. ישנם מקל"שים כחלק מהנו"ר וישנם מקלשים ניידים אשר נגררים על ידי רכב האמר.
ערכה מטאורולוגית: מערכת לקבלת נתונים מטאורולוגים באזור הפגיעה כגון: מזג האוויר, כיוון ועוצמת הרוח, לצורך ביצוע הערכת סיכונים.
מחשב הערכת סיכונים: מחשב עליו מותקנת תוכנה להערכת גודל ומיקום הזיהום הלא קונבנציונלי בשטח.
חיל ההנדסה מפעיל גם אמצעים הנדסיים מיוחדים. רובם מופעלים על ידי יהל"ם - היחידה ההנדסית למשימות מיוחדות. אמצעים אלה כוללים כלי נשק נדירים, אמצעי טיפוס וגלישה, ציוד קומנדו, חומרי חבלה, ציוד מתקדם לסילוק פצצות ומגוון רובוטים בשלט רחוק בגדלים שונים, לרבות האמר בשלט רחוק ("פיקאצ'ו") ודחפור די-9 בשלט רחוק ("רעם השחר" ו"פנדה").
לוחמי סמו"ר מפעילים את מערכת אמולסיה - מערכת שנועדה להשמדת מנהרות טרור על ידי הזרקה אחידה של חומר נפץ לכל אורך המנהרה. המערכת נישאת על גבי משאית ובעתיד תותקן כנגרר מאחורי טנק או דחפור.[21]
סלי הסקו - בביצורים ניידים תוצרת חברת Hesco. סל הסקו מורכב מאריג על גבי שלד מתכת בצורת קובייה הפתוחה מצידה העליון. הסל ניתן לקיפול ופרישה מהירה בשטח. ניתן לבנות מהסלים ביצורים שונים כגון חומות, מגננים, מוצבים ואף בנייה לגובה. כדי שהסל יגן יש למלא אותו בעפר, באדמה, בחצץ, או בחומר אחר הזמין בשטח. הסל אמור להגן מפני פצמ"רים ורקטות קלות. הסל נרכש על ידי משרד הביטחון בזמן מבצע עופרת יצוקה בעקבות מלחמת לבנון השנייה והניסיון החיובי של הכוחות המזוינים של ארצות הברית במלחמה באפגינסטן ומלחמת עיראק. סלי הסקו ישמשו את לוחמי חיל ההנדסה הקרבית לבניה מהירה של ביצורים ומגננים בשטח.[23][24]
ביצורים ניידים כגון עמדת "מגן שמואל", מיגונית "מירב", עמדות שמירה ממוגנות ועוד.[24]