From Wikipedia, the free encyclopedia
Transmembranski protein 242 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM242 Gen TMEM242 nalazi se na dugom kraku (q) hromosoma 6, u prugi 2, sekvenca 5.3. Ovaj protein se obično naziva i C6orf35, BM033 i UPF0463 transmembranski protein otvoreni okvir čitanja 35 C6orf35. Gen tmem242 dug je 35.238 parova baza, a protein ima 141 aminokiselinu. Sadrži četiri egzona.[5] U naučnoj zajednici, funkcijsa ovog protein još nije dobro razjašnjena. Ovaj protein sadrži DUF1358 domen (domen nepoznate funkcije 1358).[6]
| TMEM242 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | TMEM242 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1917794 HomoloGene: 44020 GeneCards: TMEM242 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 6: 157.29 – 157.32 Mb | Chr 17: 5.46 – 5.49 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Oksidacija energetski bogatih spojeva generira pokretačku silu protona, hemijsku razliku potencijala za protone, preko unutrašnjih mitohondrijskih membrana. Pokretačka sila protona pokreće okretanje rotora u membranskom domenu ATP-sintaze. Ova rotacija daje energiju za sintetiziranje ATP-a potrebnog za održavanje života. Sastav u unutrašnjoj podjedinici organelnoj membrani ljudske ATP-sintaze od 27 jedarno kodiranih proteina i dvije mitohondrijski kodirane podjedinice, uključuje stvaranje međumodula koji predstavljaju F1-katalitski domen, perifernu dršku i c8-prsten u membranskom dijelu rotora . Sklapanje c8-prstena zahtijeva sudjelovanje dva proteina povezana s membranom, TMEM70 i TMEM242
Ljudska mitohondrijska ATP-sintaza je molekulski mehanizam s rotacijskim djelovanjem vezanim za unutrašnje membrane organela. Okretanje rotora, izazvano pokretačkom silom protona, daje energiju za stvaranje ATP-a iz ADP-a i fosfata. Među 29 komponentnih proteina 18 tipova, ATP6 i ATP8 su proizvodi mitohondrijskih, a ostatak su jedarnih gena koji se unose u organele. ATP-sintaza se od njih sastavlja putem posrednih modula, koji predstavljaju glavne strukturne elemente enzima. Jedan takav modul je c8-prsten, koji osigurava membranski sektor enzimskog rotora, a na njegovo sastavljanje utiče drugi transmembranski protein (TMEM), TMEM70. Pokazano je da podjedinica c stupa u interakciju s TMEM70 i drugim dosad neidentificiranim mitohondrijskim transmembranskim proteinima, TMEM242. Delecija TMEM242, slično deleciji TMEM70 utiče na, ali ne i potpuno uklanja, sklop ATP-sintaze i u manjoj mjeri skup respiratornih enzimskih kompleksa I, III i IV. Delecija TMEM70 i TMEM242 zajedno sprečava sklapanje ATP-sintaze i povećava se uticaj na kompleks I. Uklanjanje TMEM242, ali ne i TMEM70, također utče na uvođenje podjedinica ATP6, ATP8, j i k u enzim. TMEM70 i TMEM242 stupaju u interakciju s kompleksom mitohondrijskog kompleksa I (MCIA) koji podržava sastavljanje membranskog kraka kompleksa I. Interakcije TMEM70 i TMEM242 s MCIA mogu biti dio ili sklopa ATP sintaze i kompleksa I ili regulacije njihovih nivoa sastavljanja za kompleks[7]
ATP-sintaza u ljudskim mitohondrijama daje većinu ćelijskih ATP-a u aerobnim uvjetima. Energija dobijena oksidativnim metabolizmom stvara protonsku motornu silu preko unutrašnje mitohondrijske membrane (IMM), a ATP-sintaza iskorištava protonsku snagu za stvaranje ATP-a iz ADP-a i fosfata rotacijskim mehanizmom (1⇓ – 3). Humana ATP sintaza je skup od 29 podjedinica od 18 tipova (uključujući regulatorni protein, IF1) sa kombinovanom molekulskom masom od 591 kDa. U monomernom kompleksu vezanom za membranu, podjedinice su organizirane u komponente rotora i statora ove molekuskoge mehanizma, a monomere tvore dimere, raspoređene u dugim redovima duž vrhova kristala u IMM-u (5⇓⇓ –8). U svakom monomernom kompleksu, dvije membranske podjedinice, ATP6 i ATP8, kodirane su u mitohondrijskoj DNK, dok su ostale podjedinice jedarno kodirani proteini, sintetizirani u citosolu i uvezeni u IMM i matriks organele, gdje se sastavlja enzimski kompleks. Ovaj međuprodukt sastoji se od F1-katalitskoge domena vezanog za membranski povezanu komponentu c8-prstena rotora enzima plus produženi kompleks perifernih drški (PS) vezan za F1-domen i proteže se u membranski domen enzima. Pokazano je da se do ovog međuprodukta može doći putem tri neovisne rute, gdje se PS-uključujući pridružene podjedinice membrane e, f i g-gradi pomoću dva alternativna puta na unaprijed sastavljenom među prstenu F1-c8, a treći gdje c8-prsten se dodaje u prethodno sastavljeni F1-PS kompleks.[7]
Dužina polipeptidnog lanca je 141 aminokiselina, а molekulska težina 14.758 Da.[8]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| METAGAATGQ | PASGLEAPGS | TNDRLFLVKG | GIFLGTVAAA | GMLAGFITTL | ||||
| SLAKKKSPEW | FNKGSMATAA | LPESGSSLAL | RALGWGSLYA | WCGVGVISFA | ||||
| VWKALGVHSM | NDFRSKMQSI | FPTIPKNSES | AVEWEETLKS | K |
Protein TMEM242 ima konzervirani domen, nepoznate funkcije pfam 07096, DUF 1358., koji pokriva prvih 121 aminokiselina u proteinu. Kod eukariota, ovaj domen je konzerviran.
Identificirano je nekoliko predviđenih proteina u interakciji i funkcionalnih mjesta na proteinu. Jedan od predviđenih proteina u interakciji je MAP2K1IP1, protein skele.[9] Poznato je da je ovaj protein uključen u put MAP-kinaze. Put MAP-kinaze povezan je s Alzheimerovim putem preko proteina zvanog Tau ili MAPT. Pretjerana fosforilacija ovog proteina dovodi do agregacije neurona što može uzrokovati Alzheimerovu bolest. Drugi povezani proteini uključuju GGT7,[10][11] RNF5,[10][11] ELOVL4,[10] GPR42,[10] BCL2L13,[10] HEATR1,[12] IZUMO4,[12] ARID1B,[12] SIAE,[12] EDARADD,[12] URB1,[12] ZDHHC14,[12] KIF11,[12] RRM2,[12] KCTD13,[12] TMEM31,[11] NDUFA3,[11] SGPL1,[11] CNR2,[11] i GJA8.[11] Svi navedeni proteini imaju poznate funkcije.
Protein tmem242 visoko je ekspimiran u mnogim tkivima, ali najviše u mozgu, srcu, nadbubrežnim žlijezdama i štitnjači.[13]
Postoje homolozi i ortolozi proteina tmem242 u različitim vrstama. Vrste su se divergirale prije oko 794 miliona godina.[14] The following species have been found as having orthologs to the tmem242 protein in their genome:[15]
Promotor gena TMEM242 nalazi se uzvodno, ali uključuje transkripcijsko i translacijsko početno mjesto. Ovaj promotor je pronađen pomoću ElDorado-a preko Genomatix -a.[16] Ovaj promotor ima mnogo lokacija za vezivanje transkripcijskog faktora. Neki od ovih transkripcijskih faktora uključuju TFIIB, faktor sličan mišjem krupelu i NKX faktore homeodomena. Jedan značajan transkripcijski faktor je protein koji se veže za retinoblastom i djeluje na demetilazu. Postoji sveprisutna ekspresija baznog nivoa TMEM242 u svim tkivima čovjeka[5] i miša.[17] Postoje i druga tkiva s povećanim nivoom ekspresije, kao što su u malom mozgu i hipokampusu. Postoji povećanje nivoa ekspresije u mnogim dijelovima mozga zajedno s bubrezima i prostatom.[18] TMEM242 eksprimira se slabije u nekim organima, kao što su srce, nadbubrežne žlijezde i štitnjačad.[5]
Tmem242 ima nekoliko predviđenih post-transkripcijskih struktura matične petlje u 5' UTR-u.[19] Ove strukture koriste vezivanje, uobičajeno i modificirano, za stvaranje struktura matične petlje u neprevedenim regijama iRNK.
Postoje različiti oblici regulacije na nivoa proteina za TMEM242. Nalazi vjerojatno u ćelijskoj membrani,[20] or the mitochondrial membrane,[21] ali moguće su i druge potćelijske lokacije. To uključuje endoplazmatski retikulum i jedarnu membranu. Na TMEM242 postoje različita mjesta fosforilacije. Ova mjesta uključuju cAMP i cGMP-ovisna mjesta fosforilacije protein-kinaze, mjesta fosforilacije kazei-kinaze II i mjesto fosforilacije protein-kinaze C.[22] Sve ove lokacije favoriziraju fosforilaciju ostataka serina i treonina. Ostale posttranslacijske modifikacije uključuju mjesto N-miristoilacije, koje kovalentno dodaje molekulu miristata.
Postoje različiti jednonukleotidni polimorfizmi (SNP) koji se mogu pojaviti u TMEM242. Neki uzrokuju stop kodone, drugi čine tihe mutacije ili misens mutacije.
TMEM242 ima 141 aminokiselinu i sadrži najmanje jedan ostatak svake aminokiseline. Postoje dva transmembranska domena, jedan se proteže od približno 28. do 48. ostatka. Drugi domen proteže se od približno 82. do 102. ostatka.[23] Ovi brojevi aminokiselinskih ostaka su približni jer različiti izvori imaju aproksimacije za transmembranske domene.
TMEM242 ima nekoliko sekundarnih struktura. Dva transmembranska domena imaju alfa-helikse[24] Ove spirale nastaju od nenabijenih ostataka koji su u membrani i nisu izloženi vezivanju. Ostali dijelovi proteina TMEM242 mogu formirati sekundarne strukture.
Protein TMEM242 se dalje presavija do svoje konačne strukture i ugrađuje u membranu, u koju je vjerovatno ugrađen ,[25] a postoji i potencijal da se ugradi u mitohondrijsku membranu ili membranu endoplazmatskog retikuluma.
TMEM242 prolazi kroz različite posttranslacijske modifikacije. Postoji 11 serinskih ostataka koji imaju potencijal za fosfolilaciju. Ta se mjesta nalaze u ostacima 13, 20, 51, 57, 65, 74, 76, 77, 119, 128 i 130.[26] Postoje i četiri ostatka treonina koji imaju potencijal fosforilacije. Ta mjesta su ostataci pod brojem 36, 49, 123 i 137.[26] Ostale posttranslacijske modifikacije koje se potencijalno mogu dogoditi na određenim motivima. U TMEM242 postoji 12 mjesta s motivima koja koreliraju s četiri različita tipamotiva. Četiri tipa su mjesto fosforilacije protein-kinaze zavisne od cAMP-a i cGMP-a, mjesto fosforilacije kazein-kinaze II, mjesto N-miristoilacije i mjesto fosforilacije protein-kinaze C.[27] U TMEM242 postoji jedno mjesto fosforilacije protein-kinaze ovisne o cAMP i cGMP, a ovaj motiv preferira fosforilaciju ostataka treonina i serina.[27] Postoje četiri mjesta fosforilacije kazein-kinaze II, a ovaj motiv je serin/treonin-kinaza. Tu je i postoji šest mjesta N-miristoilacije, a ovaj motiv signalizira kovalentno vezivanje miristata.[27] Postoji i jedno mjesto fosforilacije protein-kinaze C koje signalizira fosforilaciju ostataka serina ili treonina.[27]
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
