From Wikipedia, the free encyclopedia
Protein 138 sa upredenom zavojnicom, znan i kao CCDC138, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC138 sa hromosoma 2. Njegova tačna funkcija nije poznata.
| CCDC138 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CCDC138 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1923388 HomoloGene: 44912 GeneCards: CCDC138 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 2: 108.79 – 108.89 Mb | Chr 10: 58.5 – 58.58 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Dužina polipeptidnog lanca je 665 aminokiselina, a molekulska težina 76.219 Da.[5]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MEPRVVKPPG | QDLVVESLKS | RYGLGGSCPD | EYDFSNFYQS | KYKRRTLTSP | ||||
| GDLDIYSGDK | VGSSLKYSDE | SKHCRTPLGS | LFKHVNVNCL | DDELDSFHDL | ||||
| KKQETEEELI | ENDYRVSTSK | ITKQSFKEIE | KVALPTNTTS | SRPRTECCSD | ||||
| AGDSPLKPVS | CPKSKASDKR | SLLPHQISQI | YDELFQIHLK | LQCETAAQQK | ||||
| FAEELQKRER | FLLEREQLLF | RHENALSKIK | GVEEEVLTRF | QIIKEQHDAE | ||||
| VEHLTEVLKE | KNKETKRLRS | SFDALKELND | TLKKQLNEAS | EENRKIDIQA | ||||
| KRVQARLDNL | QRKYEFMTIQ | RLKGSSHAVH | EMKSLKQEKA | PVSKTYKVPL | ||||
| NGQVYELLTV | FMDWISDHHL | SKVKHEESGM | DGKKPQLKFA | SQRNDIQEKC | ||||
| VKLLPLMTEQ | LQWMPFVNIK | LHEPFVKFIY | WSLRQLDAGA | QHSTMTSTLR | ||||
| RLGEDIFKGV | VTKGIQDNSP | QHSVENKPKT | AAFFKSSNLP | LRFLSTLIVL | ||||
| KTVTQADYLA | QAFDSLCLDL | KTEEGKTLFL | EYQAVPVILS | HLRISSKGLL | ||||
| SNVIDSLLQM | TVESKSLQPF | LEACSNSLFF | RTCSVLLRAP | KLDLQILEKL | ||||
| SIILQKLSKI | KSNKKLFELF | TIHLMLQEIQ | RTTNPEHAFL | CINLNSTLFN | ||||
| LGLTKCNSLV | SSASP |
Gen CCDC138 nalazi swe na pozitivnom lancu hromosoma 2.[6] Llociran je na dugom (q) kraku, pozicija 12.13,[7] ili na sekvenci 2q12.3. Proteže se između baznih parova 108,786,752 i 108,876.591.[8] The DNA sequence is 89,840bp long.
CCDC138 je jedini uspostavljeni zajednički alijas.
Predviđa se da protein CCDC138 ima molekulsku težinu od 76,2Kda[9] i izoelektričnu tačku od 8,614.[10] Kompozicijska analiza pokazuje da postoji mala upotreba AGP grupiranja u CCDC138, te da nema pozitivnih, negativnih ili mješovitih klastera naelektrisanja. Protein nema motiv zadržavanja ER u C-terminalu ni motiv za vezanje RNK.[11] Predviđeno je i da je topljivi jedarni protein sa leucinskim zatvaračem (PS00029) na poziciji 205 nadalje sa sekvencom LQKRERFLLEREQLLFRHENAL.
Postoje dvije izoforme proteina CCDC138. Primarna izoforma ima 665 aminokiselina[12] while the secondary isoform has 577 amino acids,[12] i nedostaje joj 88 aminokiselina na C-kraju.
Slika prikazuje poravnavanje sekvenci u paru upoređujući primarnu izoformu (Izoforma 1) sa sekundarnom izoformom (izoforma 2).
Domen nepoznate funkcije (DUF2317) na proteinu na lokaciji 212 – 315 okarakteriziran je u bakterija.TMHMM[13] and TMAP[14] suggests that there are no predicted transmembrane domain. SOSUI[15] dalje predviđa da je CCDC138 rastvorljivi protein bez transmembranskog domena.
Prema SUMOplot Analysis Programu,[16] there are 7 predicted sumoylation at lysine residues K7, K207, K336, K374, K383, K521, and K591. NetPhos[17] predviđeno je da postoje 44 mjesta fosforilacije, uključujući 29 ostataka serina, 10 ostataka treonina i pet ostataka tirozina.
Nema daljih post-translacijskih modifikacija kako predviđa NetNGlyc,[18] NetOGlyc,[19] SignalP,[20] Sulfinator,[21] and Myristoylator.[22]
CCDC138 protein sadrži više alfa heliksa, beta listova i namotanih zavojnica kako su predvideli PELE, CHOFAS i GOR4.
Žuta prikazuje upredenu zavojnicu, plava alfa-heliks, a crvena beta-list. Većina sekvenci su upredene zavojnice i alfa-heliksi.
Ne postoje predviđene strukture od 3° i 4° za protein CCDC138. Međutim, postoji slična struktura koja ima 29% identiteta.[23] Predviđena struktura je lanac A, analiza kristalne strukture Clpb, proteina koji kodira ATP zavisnu proteazu i šaperon. Ovaj protein ima usklađenu dužinu od 144 aminokiseline, a poravnanje se nalazi u domenu nepoznate funkcije CCDC138.
Gen je eksprimiran na niskim razinama u gotovo svim ljudskim tkivima, ali su viši nivoi uočeni u određenim tkivima kancera. CCDC138 je rastvorljivi protein za koji je predviđeno da se nalazi u ćelijskom jedru.
Obrasci ekspresije tkiva procijenjeni mikromrežom preko GEO profila pokazuju da je CCDC138 eksprimiran u umjerenim razinama u različitim tkivima uključujući limfocite periferne krvi, fetusni timus, timus odraslih, sjemenike, jajnike, zadnji mozak, debelo crijevo, mliječne žlijezde i koštanu srž.[24]
.png)
Regija promotora CCDC138 je prikazan na slici ispod.
Postoje dvije najznačajnije alternativne varijante transkripta za CCDC138 iRNK. Prva varijanta kao što je prikazano na donjoj slici pronađena je u plućima, krvi i ljudskim embrionskim matičnim ćelijama.[25] Druga varijanta je pronađena kod adenokarcinoma, prostate, pluća i primarnih epitelnih ćelija pluća.[26]
Prvi transkript pokazuje kompletan transkript iRNK. Drugi transkript je prva varijanta, dok je transkript ? druga varijanta.[27]
Tačna funkcija CCDC138 tek treba biti upoznata.
Utvrđeno je da protein CCDC138 stupa u interakciju sa ubikvitinom C,[28] proteinom uključenim u ubikvinaciju i na kraju u razgradnju proteina.
Tabela ispod pokazuje neke transkripcijske faktore koje je predvidio Genomatix, a koji se vezuju za regulatornu sekvencu gena CCDC138.[29]
| Detalju o porodici | Detalji o matriksu | Tkivo |
|---|---|---|
| GC-kutijski faktori SP1/GC | Stimulirajući protein 1, sveprisutni transkripcijski faktor cinkovih prstiju | Sveprisutan |
| Receptor aktiviran peroksisomskim proliferatorom | Gama receptor aktiviran peroksisomskim proliferatorom, mjesto DR1 | Masno tkivo, vezivno tkivo, probavni sistem, jetra |
| MYT1 C2HC protein cinkovog prsta | MyT1 faktor transkripcije cinkovog prsta uključen u primarnu neurogenezu | Centralni i periferni nervni sistem, neuroglija, neuroni |
| Elementi odgovora NGFI-B, potporodica nur jedarnih receptora | Monomere potporodice nur jedarnih receptora (nur77, nurr1, nor-1) | Mozak, centralni nervni sistem, endokrini sistem, imunski sistem, Leydigove ćelije, nervni sistem, neuroni, sjemenici, timusna žlijezda, urogenitalni sistem |
| Krueppeloliki transkripcijski faktori | Protein koji veže jezgarni promotor (CPBP) sa tri cinkova prsta Krueppelovog tipa (KLF6, ZF9) | Krvne ćelije, ćelije koštane srži, probavni sistem, embrionske strukture, eritrociti, hematopoetski sistem, jetra |
| Zrnoglavi transkripcijski faktori | Znoglavi faktor 3 (sestrinski zrnoglavog faktora sisara – SOM) | Embrionske strukture, integumentni sistem |
| Porodica gena CTCF i BORIS , transkripcijski regulatori sa 11 visoko konzerviranih domena cinkovih prstiju | Insulatorski protein CTCF (CCCTC-vezujući faktor) | Krvne ćelije, embrionske strukture, endokrini sistem, eritrociti, zametne ćelije, sjemenici, urogenitalni sistem |
| Motiv deset elemenata sržnog preomotora | Deset elemenata ljudskih motiva | – |
| Transkripcijski faktori homeodomena abdomenskog tipa B | Homeoboks C13 / Hox-3gamma | Ćelije koštane srži, kosti i skelet, centralni nervni sistem, vezivno tkivo, embrionske strukture, hematopoetski sistem, integumentni sistem, bubrezi, nervni sistem, neuroni, prostata, kičmena moždina, urogenitalni sistem |
| E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa | E2F transkripcijski faktor 2 | Sveprisutan |
| PAX-3 vezna mjesta | Pax-3 protein uparenog domena, izražen u embriogenezi, mutacije koreliraju sa Waardenburgovim sindromom | Embrionske strukture, mišići, skelet, skeletni mišići |
| ZF5 POZ domen cinkovog prsta | Protein 161 ZF5 POZ domena cinkovog prsta | – |
| Kičmenjački TATA-vezujući proteinski faktor | Ćelijski i virusni elementi TATA kutije | – |
| CCAAT-vezujući faktori | Ptičji C-tip LTR CCAAT-kutije | Sveprisutan |
| Ccaat/pojačivač-vezujući protein | CCAAT/pojačivač vezujući protein alfa | Masno tkivo, ćelije koštane srži, vezivno tkivo, probavni sistem, hematopoetski sistem, imunski sistem, jetra, mijeloidne ćelije, fagociti |
| Aktivator-, medjiator- iTBP-ovisni jezgarni promotoraki element transkripcije RNK polimeraze II Promotori bezTATA-kutije | Element 1 X gena jezgarnog promotora | – |
Nisu identifikovani paralozi CCDC138.
CCDC138 je konzerviran u različitim organizmima kao što je prikazano u tabeli ispod.
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Datiranje divergencije od ljudske loze (u milionima godina)[30] | Dužina sekvence | Identitet sekvence sa ljudkim RNK/proteinima | Sličnost sekvence sa ljudskim RNK/proteinima |
|---|---|---|---|---|---|
| Mus musculus | Kućni miš | 92,3 | 2466 bp | 77% | 65,7% |
| Columbia livia | Golub ksmenjar | 296 | 1863 bp | 61% | 59.4% |
| Xenopus laevis | Afrička kandžasta žaba | 371,2 | 2634 bp | 52% | 40,1% |
| Anolis carolinensis | Crvenogrla anola | 296 | 9588 bp | 78% | 46,3% |
| Latimeria chalumnae | Zapadni indijskookeanski celakant | 414,9 | 1838 bp | 71% | 38,1% |
| Strongylocentrotus purpuratus | Ljubičasti morski jež | 742,9 | 2047 bp | 59% | 14,5% |
| Ciona intestinalis | Vrčolika tunikata | 722,5 | 2420 bp | 56% | 23,8% |
| Aplysia californica | Kalifornijski morski puž | 782,7 | 2103 bp | 49% | 17,2% |
| Hydra vulgaris | Slatkovodni polip | 855,3 | 1482 bp | 46% | 13,7% |
| Chrysemys picta bellii | Zapadna obojena kornjača | 296 | 700 bp | 36% | 15,9% |
| Alligator mississippiensis | Američki aligator | 296 | 2089 bp | 76% | 38,4% |
| Melopsittacus undulatus | Pupavac | 296 | 1764 bp | 73% | 40,3% |
| Taeniopygia guttata | Zebrasta zeba | 296 | 1980 bp | 75% | 44,2% |
| Lepisosteus oculatus | Pjegava riba gar | 400,1 | 1269 bp | 65% | 30,9% |
| Saccoglossus kowalevskii | Žirasta glista | 661,2 | 2515 bp | 42% | 24,1% |
| Branchiostoma floridae | Floridska kopljača | 713,2 | 1758 bp | 55% | 27,0% |
| Maylandia zebra | Zebrica mbuna | 400,1 | 4815 bp | 58% | 21.4% |
| Trichoplax adhaerens | Trihoplaks | 800 | 1605 bp | 56% | 10,3% |
| Pelodiscus sinensis | Kineska mehkooklopna kornjača | 296 | 2895 bp | 77% | 33,9% |
| Falco cherrug | Saker-soko | 296 | 1866 bp | 73% | 48,9% |
Najudaljeniji homolog otkriven ili predviđen je Trichoplax adhaerans. Ima očuvan CCDC138 gen i evoluirao je 800 miliona godina prije ljudske loze.
Među gore navedenim ortolozima, postoje različiti homologni konzervirani regioni, prikazani na slikama ispod.
Zelena boja pokazuje potpuno konzervirane ostatke, žuta identične ostatke, cijan pokazuje slične ostatke, a bijela različite ostatke.
Uočena filogenija gena CCDC138 gore pomenutih ortologa rekapitulira evolucijsku historiju.[31]
Slika iznad pokazuje evolucijske odnose ortologa CCDC138 .
CCDC138 je identifikovan kao jedan od mnogih gena uključenih u iniciranje terminskih porođaja u miometriju.[32]
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
