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第11任中華民國總統副總統選舉 来自维基百科，自由的百科全书
2004年中华民国总统选举，即中华民国第十一任总统副总统选举，于2004年（民国93年）3月20日举行，为中华民国第3次正、副总统公民直选，将采用普通、直接、平等、无记名、单记、相对多数投票制度。
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选举结果，寻求连任的时任总统陈水扁与时任副总统吕秀莲以不到3万票的微小差距险胜。两组候选人得票率仅差0.23%，为历年及世界总统选举罕见，而且废票高达33万票，为上届三倍之多，因此另一总统候选人连战及泛蓝支持者要求立即查封所有票箱以备验票。后来连宋阵营提出当选无效之诉，结果最高法院判决败诉定谳，陈水扁顺利连任[1]。
2004年的大选，经济问题和两岸关系依然是重点议题。经济问题上，在野的中国国民党及亲民党两党指责民主进步党政府无能，搞垮台湾的经济。在野党进一步比较台湾执政党——民进党执政前与执政后的经济形势，试图证明民进党任内的台湾经济在下滑，失业人数上升，而大学毕业生求职困难等。而民进党政府则称，经济问题是国际大环境（如IT泡沫等）所造成的，与其他一些地区如欧盟、新加坡、香港等比起来，台湾的失业问题并不太严重，经济表现也不算太糟。执政党支持者认为在野党仗着其在立法院较多的席次，进行长期“非理性”政治杯葛，造成政治争端不断，也必须负起责任。
民进党时而指责国亲是亲中华人民共和国的政党，甚至暗示两党有“卖台”意图。民进党也批评国民党是“外来政权”，长期打压本土人士。国亲联盟则反过来批评民进党的两岸政策会为台湾带来灾难。在两岸直航的问题上，民进党持保留态度，而国亲则趋于赞同，认为有助经济发展。10月中旬，时任总统陈水扁在接受美国《华盛顿邮报》记者专访时称，国亲接受中国的“暗助”。国亲对此强烈否认，并控告时任总统陈水扁，不过因时任总统陈水扁享有司法豁免权而未获受理。
在统独的问题上，国亲旗帜也并非十分鲜明，始终不愿公开、明确地支持统一并以此为选举的主要政见之一。不过连战2003年10月在美国的一个智库会议上发表讲话时，再次表示国民党的立场，即支援一中各表，并向在场的美国政策顾问们解释了一中各表的含义。但国亲不愿意公开提一个中国或统一，有人认为主要是担心时任总统陈水扁会抓住把柄，批评国亲是“外来政权”甚至与中共勾结卖台。国亲始终坚持的只是维持现状、缓和台海局势。但副手宋楚瑜所提出的“一中屋顶”主张，却被认为有着更向一个中国立场靠拢的意味。
统独意识形态争议因台湾的省籍矛盾而更加复杂化。省籍问题是多次选举中双方都会面对的敏感问题。台湾人口中，有约15%是1949年前后随国民党迁到台湾的“外省人”，其余人口绝大多数则为1949年前迁移来台的中国大陆移民后裔（称为“本省人”）以及属于南岛民族的台湾原住民。民进党多次指责国亲是少数人的政党，忽视多数人的权益，将台湾大部分的福利分配不均，几乎都落到战后来台外省人身上，同时也批评国民党歧视本土族群。而国亲反过来批评民进党玩弄省籍问题，故意挑拨族群关系，是在搞民粹主义。
2月28日是台湾二二八事件纪念日。民进党以这次机会举办史上规模最大的一次群众集会活动“二二八手护台湾”，参与的150万群众从南到北手牵手，喊出“支持公投”、“反对导弹”、“中国NO”、“台湾YES”等口号[2]。此外，国亲也在高雄市举行“心连心”纪念活动，也有数十万群众出席。对于双方阵营在2月28日以族群和解为名举行大型造势活动，多个团体和个人表示反对。族群平等行动联盟就批评，两个阵营都假借族群融合制造族群仇恨，在2月28日之前多次倡议双方放弃在228当天举办任何活动[3]。
2003年9月末，时任总统陈水扁在民进党党庆上首次提出“新宪说”，称要在2006年“催生台湾的新宪法”，并在民进党内邀集学者专家，成立“九人制宪小组”，由台湾大学名誉教授李鸿禧担任召集人，初步研究新宪法的架构，但却刻意对新宪法的内容保持模糊。支持台湾主权独立的人士认为“新宪说”是与前总统李登辉提出的“2008年建国论”相呼应，而民进党人士则否认新宪法将涉及更改国号或变更领土范围等敏感议题，但双方皆同意现在所施行的1947年在中国制定的这部宪法，已经与台湾现状脱节。“新宪说”被提出后成功地使民进党获得支持改革及台湾认同代言人的形象，而国民党也在10月10日“双十节”时宣布要在当选后修改宪法，完善宪政体制，但否认是由于受到时任总统陈水扁的新宪说的压力，称很早就有修改现行宪法的企图。
2003年10月1日，时任副总统吕秀莲召开记者会，以“由民主大宪章到催生新宪法”为题深入阐述[4]。10月25日，民进党发动20万人大游行，支持公投、制新宪法。在这次游行中，副总统吕秀莲首次提出要开创台湾新时代，更改台湾的国号，使之成为一个“正常的国家”。民进党在选举中日渐倾向台独的言论，很多观察家认为是为了两点原因：一、巩固台独与本土人士选票；二、激怒中华人民共和国，激起台湾民众的逆反心理，从而帮助提升民进党支持度。这在2000年时已有先例，当时在选举前几天，中国大陆的国务院总理朱镕基曾发表对台强硬谈话，令台湾民众反感。但这次北京当局始终保持沉默，很少对台湾政局表示评论，美国则对总统陈水扁施加压力，令该策略失效。时任总统陈水扁的言论也使华盛顿感到越来越担心，美国CNN记者就报导布希政府目前需要中国大陆在各项议题上的支持，因此对台独无法容忍。[5]:195
公投议题也相当突出。2003年6月时任总统陈水扁提出，将兑现2000年中华民国总统选举时的承诺，在任内推动政策咨询性公投，但将不涉及敏感的政治地位等公投。但是7月台湾立法院召开临时会议时，《公投法》并没有获得通过。不过时任总统陈水扁依然坚持公投，并说会以行政命令方式推动，在2004年总统选举前举行有关龙门核能发电厂（核四）的公民投票。国亲阵营指责时任总统陈水扁试图通过公投议题激怒北京当局，恶化两岸关系、挑拨台湾民意，从而操控选举。国亲两党首先是反对，后来态度改变，支持公投立法，但是时任总统陈水扁必须为后果负全部责任。尽管如此，7月的立法院临时会议上由于两个阵营无法在公投法细节上达成协定而未能立法。之后在野党就宣布反对在无法可依的情况下强行进行公投。
到12月，情势发生转变，泛蓝宣布不再阻挡《公投法》，使得该法顺利通过，但是却有诸多限制（剥夺行政部门提出公投的权利，但却使立法机关变相扩权，进而有机会操纵“公投审议委员会”……等）。时任总统陈水扁称将使用《公投法》第17条所赋予总统的权力举行“防御性公投”，后又在美国的压力之下改口为“防卫性公投”，再到“和平公投”，但是依然面对美国方面的强大压力。而在泛蓝的操作下，民进党在公投议题上已经没有占到优势，反而失去了美国的信任。尽管如此，时任总统陈水扁还是在2004年1月公布了两个公投题目，并表明不受国际压力影响，坚持彰显台湾人民反对中国军事威胁的意志。
针对时任总统陈水扁的动作，国亲表示反对，宣称时任总统陈水扁的行为违法，因为他在国家主权没有变更之虞的情况下就发动公投，而且两个公投题目（是否支持要求中国大陆撤除对台导弹，和是否支持两岸和谈）本来就已经是台湾人民的共识，没有举行公投的必要。虽然在野党表示反对，却不愿意发动拒领公投票等行为来抵制，担心这样做会影响到目前对泛蓝有利的选情，且泛蓝阵营内部，对于公投的意见也不一致。
民进党方面，则继续宣传公投的必要性。他们认为，中国以将近700枚导弹瞄准台湾，随时有可能意图以强势武力，威胁台湾主权独立的现状，符合公投法第17条“国家主权有变更之虞”的意旨。且台湾人民反对中国武力侵略的主流民意，必须透过公投，让国际上能够更明确地了解。行政院新闻局宣布，愿意就是否应该举行公投一事与在野或民间人士举行10场辩论会，但国亲因选举考虑表示不愿意参加。不过到2月17日，公投辩论一事发生变化，政治评论家赵少康、前无党籍立委陈文茜、作家李敖、民进党前主席许信良等5名民间“名嘴”宣布愿意与行政院就公投议题辩论。他们批评，公投虽然是人民的基本权力，但是这次民进党发动的公投既不合法、又没必要，在在野党不敢应战的情况下，他们要站出来发表不同的声音。在辩论会中，反方的一个共同的主轴是，公投非法，人民无论投赞同或支持，实际都预设了这种他们所宣称的违法行为，唯一的抵制方法应该是拒绝领票，让公投无法达到50%投票率的门槛，而最终无效。
泛蓝普遍对公投与总统选举一起举行感到不满，认为是时任总统陈水扁因为自己选情告急，故意用这种方法来“绑票”。泛蓝公开抵制公投，多名泛蓝人士明确表示将不会领票，甚至有人说将会贴著“拒领公投票”的贴纸进投票站投票。选举前估计，由于泛蓝的不合作，公投有可能无法达到50%的有效门槛。
还有一个颇具争议性的问题是台湾教育改革。台湾教育改革1994年由中央研究院院长李远哲领导规划，但是在正式实施后暴露出许多问题。其中最突出的包括：学费升高、学生压力不减反升、学生学习品质下降等。民进党政府被指责应该为教改失败负责，特别是在学费调涨方面。在野党批评出生“三级贫户”的时任总统陈水扁在当选后脱离了底层中低收入阶层，学费负担过重令许多学生无法进入大学。民进党则反驳，教改是在国民党政府时期就已经开始推动，因此国民党才应负全部责任。事实上台湾大学学费相对于国民所得仍是远低于世界各国。
在公投议题炒作不顺利后，民进党又转而展开另一波攻势，指责连战的家产取得不当。民进党称，连战祖上是台湾名门望族，但是家产在连家迁回中国时已变卖，连战现在的财产是从其父亲继承而来。但是连战父亲与连战自己都是中国国民党公务员，怎么可能在两代之内积累财富新台币200亿元；民进党又在连战矢口否认在国外拥有房产后，挖出连战在美国有三栋房产。国民党则先是否认连战200亿财富的说法，后又指责陈水扁当总统的3年内，股票市值增长140%，而同时期全台湾人民股票市值平均减少20%；国民党还称，时任总统陈水扁的儿子在服兵役期间就可以开四门跑车，质疑陈水扁的财产来源。
黑金指的是执政党利用行政优势，从财团或个人取得非法或不当利益。在过去，“黑金”一词始终与国民党联系在一起，国民党被认为是黑金政党。而前总统李登辉则是“黑金之父” [来源请求]。在2000年的总统选举中，“终结黑金”一直是民进党的重点选举诉求之一。但是在这一次的选举中，民进党政府，甚至时任总统陈水扁本人的清廉作风遭到在野党质疑，最主要的批评就是陈水扁当选前一直攻击国民党黑金，当选后却立即与前总统李登辉结盟，两人关系形同父子。此外，也有报导称，一直被指责是地方黑道大佬的立委颜清标被时任总统陈水扁多次召见；[来源请求]还有报导则称时任总统陈水扁会见南部一地下赌盘庄主，这些都对时任总统陈水扁的改革形象造成严重冲击。但是许多亲泛绿阵营的学者则主张，黑金问题其实是泛蓝阵营（更准确一点说，应该是国民党）过去长期执政时，为掌控地方势力，特意扶植地方黑道或派系所造成的。指控前总统李登辉为“黑金教父”，对他并不公平；另一方面来说，在国民党执政的威权时期（即两蒋执政期），仍然保有“家天下”的观念，意即党国不分、而党领导者自然可以站受党（即国家）的资源，所以不存在黑金问题，因为本来就是国库通党库、党库通家库。又当时威权政府控制媒体，不许民众质疑。才会有“连战两代公务员家产二百亿仍为合理”的思想。泛绿称称前总统李登辉为“黑金教父”，只是当时李进行本土化路线时，受到当时既得利益者攻击的缘故。时任总统陈水扁与前总统李登辉是为了维护台湾主权独立，和促进台湾迈向正常国家的共同政治目标，才会进而结盟的。若进一步抽丝剥茧分析，可发现黑金问题在蒋中正以及蒋经国执政时期虽然存在，但是却是在李登辉时期有了明显的恶化。总之，称李登辉为“黑金之父”是否妥当仍待历史评论。
在选举之前30多天，台湾的企业界人士，因负债数百亿台币遭到台湾法院通缉的陈由豪在香港表示，曾经以政治献金方式资助国、民两党。[来源请求] 3月1日，陈由豪又公开指控时任总统陈水扁，宣称他曾经亲自到时任总统陈水扁家中，送给第一夫人吴淑珍600万现金。他还称，时任总统陈水扁一共收受至少1400万有记录的政治献金。但是诸多指控，都未能提出更为明确的证据。而台湾的检调机关也持续要求陈由豪回国说明，但陈由豪却一直避不回应。由于陈由豪只透过媒体提出指控，因此也受到泛绿阵营普遍怀疑可能是泛蓝阵营在背后操纵[5]:200。
3月15日，陈由豪再度在美国召开记者会，称他一共给民进党2,030万元政治献金，还公布了之前一直被广泛揣测的那位随陈由豪到时任总统陈水扁家的“大老”就是民进党立法委员沈富雄。[来源请求]对此沈富雄在3天后出面说明承认有此事，但不排除他自己或吴淑珍记错了，他还表示自己有相关的证据，但是一定要到法庭上才会公布。对此前民进党主席许信良表示，既然沈富雄已经承认有此事，吴淑珍就应该履行自己的诺言，让时任总统陈水扁退选，但是吴淑珍之后又表示自己不会记错。整件事情已经演变成为时任总统陈水扁个人的诚信问题，即使政治献金不算违法。
国民党党产问题在每一次选举时重复被民进党提出，但因泛蓝国会过半，法案无法成立，被称为“吸票议题”。泛蓝指控民进党每每都在选举前才开始炒作平日却没有太大行动，这点已经成为台湾人民心中的问号，党产议题是否只是民进党炒作选举的议题；国民党认为因亲泛绿阵营媒体的密集报导，多少遭到损害。许多台湾民众更对国民党已经彻底洗心革面表示怀疑。泛绿表示国民党在独裁时代不当取得的资产，至今没有归还，且有透过所谓“信托化”的手段，藉以脱产的嫌疑。对于此一议题，除了泛绿阵营立法委员要求政府追讨外，行政院也提出“不当取得党产处理条例”。但在立法院遭到泛蓝阵营立法委员联手在程序委员会封杀，让人民更为怀疑国民党“还财于民”的诚意。泛绿也表示，追讨党产的动作一直在进行中，并非到了选举才提出。
从上面的图表可以看出，连宋从最高时领先20个百分点逐渐下滑，直到宋楚瑜下跪后跌至低谷，只领先3个百分点，已经是在误差范围之内。但是之后随着泛蓝选战开打，民调的支持度又开始回升。在选前两个礼拜，根据各个不同媒体、智库、和政治团体所发布的民调，双方几乎是不分上下。台湾智库所公布的数字是陈吕40.4%、连宋39.5%（3月8日）；民进党的数据是陈吕37.6%、连宋36.1%（3月7日）；国民党的数据是陈吕29.8%、连宋34.8%（3月5日）；世新大学的数据是陈吕27.3%、连宋27.1%（3月2日）[6]。选举前一周国亲召开记者会，称根据内部民调显示连宋可赢70万票，而民进党方面则称陈吕可小赢16万票。
港资的TVBS也首次在选举当天举行出口民调。出口民调在许多国家都被使用过，被证明是非常准确的一种民意调查。TVBS原本宣布将在全台300多个投票所采样，在选举当天的4点01分公布结果，但是最后却因投票时间延长而拖延到5点30分左右才公布结果，而且是认为连宋以7个百分点获胜。出口民调的失准一般有两种看法，一种认为是技术原因导致民调失准，例如缺乏经验、选举机构规定不得近距离采样、拒访率高等。特别是拒访率的问题，这次民调的拒访率高达三成，这样的拒访率已经让民调数字无意义；而且以以往的经验，支持绿营的选民比较不愿意公开选举意向。但是也有人认为出口民调的结果正好证明选举开票过程有问题。实际上，台湾高度政治化的媒体生态，使得泛绿选民经常不对传统上被其认定为支持对手阵营的媒体表示意见，诸如拥有2100全民开讲节目的TVBS，以及过去作为国民党侍从报系的联合报，此类媒体所做的民意调查一直都有机构效应（House Effect）的问题，存在着与事实相当程度的偏差。历次的选举显示，这些偏差约在数个至十几个百分点不等。
这次总统选举，中央选举委员会公告的被连署人共计二组，至民国93年（2004年）1月3日17时30分截止提出连署书，统计如下表：[7][8]
民进党的选举主轴很早已经定下，即以公投为选举的主轴，此外民进党也抛出2006年制宪，却故意模糊2006年新宪法的内容，在巩固自己的基本盘的情况下，也同时拉拢一些支持改革的中间／浅绿选民。
民进党对于泛蓝指控经济状况问题，采用以下方法应对：1.由于2003年底、2004年的台湾经济已经恢复许多、并强调经济情况不佳主因不是执政无能。2.公投及台湾的政治地位问题以转移焦点。3.强调过于冒进的三通及西进政策会造成产业外移、失业率上升，反而不利台湾经济。
另外泛绿也意识到必须团结、巩固自己的基本选民，为此他们动员20万人发动1025公投大游行，再次展示自己在南部的实力。同时他们也透过“负面文宣”，批评对手的参选人，虽然有可能丧失一些中间选民的选票，却有利于巩固传统的亲泛绿选票。
民进党的策略在很大程度上是十分成功的，再加上时任总统陈水扁2003年10月过境美国出席多个公开场合，宣扬其在外交上的成就，使陈吕与连宋的民调差距从2003年3月最高时的15%左右已经缩小到3%的误差范围以内，总统府秘书长邱义仁形容这次选举将会是“割喉战”，绿军仅差40万票。
选战开始时，民进党的主要策略就是攻击2000年选举时声望较高的宋楚瑜，其中之一就是指责宋楚瑜是 “散财童子”，在担任台湾省主席期间利用经济资源巩固自己在地方的影响，“要5毛给1块”，挥霍公款以突现自己的政绩。宋楚瑜在担任省主席期间以亲民的形象获得很高的民意支援，民进党希望通过打压宋楚瑜来打击连宋的高支持度，也可分化蓝营的团结。而讽刺的是，“散财童子”的“封号”正是 2000年总统选举时国民党批评宋楚瑜的主要宣传手段，民进党在2004年选举中故意将2000年时连宋的矛盾暴露出来，希望能造成连宋是为利益结合的印象。对此亲民党表示现届政府也同样花费上百亿元用于高速铁路的建设，也是一种巩固选票的行为，但不同的是民进党政府用掉大笔资金，却依然无法改善台湾经济。国亲也将2000年选举时的分裂归罪于当时的国民党主席李登辉。
泛蓝因连宋民调高，主打传统选战：即巩固外省票，透过军公教系统团结浅蓝票，经由农渔会地方派系桩脚拉拢中间票，故不打议题选战，且也没有进行任何大规模的造势活动。 但由于民进党的声势高涨，令连宋的支持度从刚刚宣布联合时的超过50%一路下滑，甚至在一些民调中已经落后民进党1%。
对此，很多人认为主要是由于泛蓝没有意识到选举已经接近，而是依然认为自己遥遥领先，能够依靠基本盘获胜。有人警告，台湾选民的基本结构已经从2000年时的60比40改为55比45。很多人建议，国亲应该立即合并，以更有利于统一选举步调。此外也有人提议将“中国国民党”改名为“国民党”或“台湾国民党”，以突现本土化成分。此外，有人也批评连战所谓选举是中华民国对台湾共和国的说法，认为国亲应该将选举焦点带到经济方面，而不是在政治定位上与泛绿较量。
随着民调的不断下滑，国亲也有一些选举策略上的调整。11月8日泛蓝在台中举行首场造势晚会，试图拉抬选举气氛，凝聚选票。11月底国亲又在公投议题上重拳出击，国亲提出的公投版本大获全胜，令民进党的选举策略受到重大影响。之后泛蓝决定由王金平出任连宋竞选总部主委，马英九为总干事。王金平在泛蓝较弱的南部有很大影响力，而马英九则是国民党的政治明星，两人在选举中担任要角，无疑帮连宋加分不少。
泛蓝另一个需要面对的问题是“宋强连弱”。宋楚瑜一直一来就十分善于选举造势，而连战却一直被认为没有领袖魅力。在这种情况下，泛蓝的候选人时常给人造成“宋强连弱”的印象，使得一些国民党的支持者担心，如果连宋当选，宋楚瑜有可能掌控实权。对此宋楚瑜不得不减少发言次数，让连战担当主角。到2003年12月时，大多数关于“宋强连弱”的担忧已经消失。
连宋之间的另一个问题是连宋两人在2000年总统大选期间互相攻击（例如连战曾经攻击宋楚瑜不敢承认两国论）、攻击言论还算恶毒；两个互相攻击的人居然在2004年合作竞选政府总统，此点也成为泛绿选民揶揄的主题之一。
在整场选举中，泛蓝始终没有能够主导选举主轴，将焦点转移到民生经济议题上来。他们猛烈批评执政党没有执政能力，而突显自己拥有专业的行政团队，丰富的行政经验，还拉来5名诺贝尔经济学奖得主，为他们的经济政策背书。但是尽管如此，相较之下显然泛绿提出的公投制宪等议题更为吸引人，而且媒体在经济上对于泛绿的攻击已经很有效果。不过一些专家则认为，媒体所没有兴趣的并不等于公众就一定没有兴趣，事实上大多数人对于公投的两个题目都不清楚，他们或许更关注跟自己生活周遭的事情。另外，泛蓝的三通议题对于人民的吸引力也令人质疑，毕竟三通很可能加速产业外移、增加失业率，对于台湾的农民、劳工及社会治安有负面影响。
泛蓝当然也同泛绿使用负面文宣助选。长久以来，泛绿谴责台湾媒体除民视及自由时报之外大多或明或暗的支持连宋配（三立电视台是在大话新闻以后才被贴上泛绿标签），并与泛蓝合作助选连宋，泛绿屡次批评，认为泛蓝“有媒体出政权”。
台湾选举的一个大特色就是动员群众举行“造势”活动。许多人相信，大型“造势”活动对于拉抬选情有很大帮助，这在大型造势活动后的民调中也有反映。但是还有一些人则认为，“造势”活动对于改变选民意愿没有任何帮助，而台湾真正的“中间选民”人数很少，所以此类活动并没有实际效果。不过两边阵营却都认为，“造势”虽然不会改变选民投票意向，但是有利于凝固自己的基本盘，并且鼓励那些倾向自己，却并不坚定或不愿意投票的选民最终出来投票。
泛绿阵营最大规模的一场“造势”活动是2月28日所举行的“二二八手护台湾”活动，有意仿照1990年，波罗的海三小国为争取脱离前苏联统治，达成主权独立而组成的“人间之链”。当天下午2点28分，泛绿的支持者们手牵手，沿着台一线道路，从台湾北端的基隆市和平岛，一直牵到台湾南端的屏东县佳冬乡昌隆村（取其“和平昌隆”之意），形成一条300多公里的人龙，不少地区还出现了两、三排的人龙。参与者各出花招突显自己，仿佛一场嘉年华会。活动通过纪念二二八事件，终结悲情，赋予新意义。与支持公投，反对中国大陆以导弹瞄准台湾，意图武力侵略等诉求，凝结支持民进党的力量。人们先面向台湾这边的方向，高喊“Say Yes to Taiwan”。再面向中国大陆的方向，高喊“Say No to China”。时任总统陈水扁、前总统李登辉等人在苗栗县的主会场发表讲话，再次重申反对导弹、支持公投、维护台湾主权独立，并且鼓励民众投票支持时任总统陈水扁。主办者宣称共有220万人参加活动，不过一般媒体估计参与人数在150~170万之间。
228活动的成功不仅表现在参与的人数，更反应在此后的民意调查之中。原先绿营一直落后蓝营7~5个百分点，但在228之后，绿营只差蓝营3个百分点，一些民调甚至显示绿营有超过蓝营的现象。
民进党228活动的成功令国亲不得不举行另一场活动来抗衡。他们决定在3月13日同样发动百万支持者的造势活动，原先的主题是“反黑金”，后又改为反扁“呛声”（闽南语，意为“耀武扬威”或“叫阵”）大游行，主要是担心绿营讽刺国民党是“黑金反黑金”。这场活动在全台十多个县市同时举行，支持者在3月13日当天下午3时20分喊出“换总统”的口号。当天，连宋王马四人分别在台北市、台中市、高雄市和桃园县四个主会场。3时20分在吹响号角后，现场群众高喊“换总统”、“320，连宋赢”等口号。但是当天的第二个高潮则是在10多分钟后，宋楚瑜夫妇在台中率先跪下亲吻台湾土地，10分钟后在台北，连战夫妇更以五体投地的方式亲吻土地，显示自己热爱台湾。泛蓝的动员超出预期，他们宣称有300万人参加，虽然大多数媒体认为参加人数在90万人左右。针对第一夫人吴淑珍事前讽刺活动只会是“小猫两三只”，泛蓝还很有幽默感地鼓动支持者带着自己的宠物猫参加活动。马英九表示看到那么多人的参与，让很多泛蓝人士“吃了定心丸”；王金平则表示“选局已定”。
在经过民进党和国民党多次的磋商之后，连战、陈水扁终于达成协议，在2月14日、2月20日举行两场电视辩论会，这也是台湾历史上首次举行总统候选人电视辩论会。
但是2月14日首场辩论结束后，却令很多政治评论家和普通选民感到失望。双方在议题方面的辩论都避重就轻，两人却有多次针对对方的人身攻击。但是总体而言，大多数人认为陈水扁表现较好，但是连战的支持度依旧领先。
在选举进入白热化的最后阶段，台湾各界的人士都纷纷公开自己的投票意向。中央研究院院长、诺贝尔化学奖得主李远哲在3月18日正式宣布，支持时任总统陈水扁。李远哲在4年前的2000年中华民国总统大选中就已经挺扁，这次再度挺扁，而且与时任总统陈水扁一起召开记者会。他表示，民进党虽然执政经验不足，但是“有理想性，可塑性高”，因此继续支持。但是台湾评论普遍认为，李远哲这次的挺扁效力远不如四年前高，有些评论家甚至称他已经“信用破产”。台湾学术界很多人也批评李远哲，再度破坏李远哲本人上任中央研究院院长时发表的“学术中立”原则。
台湾商界的两名重要人物，台塑董事长王永庆和长荣董事长张荣发虽然没有公开支持连宋，却批评政府迟迟不开放三通。其中张荣发一直是时任总统陈水扁的长期支持者，但是时任总统陈水扁上台后因三通问题两人关系破裂。
台商的回台投票率是历次选举中最高的，非正式的统计，他们中的大多数人在公开场合都表态支持连宋。台商投票主要是因为民进党中有人指责台商“不爱台湾”，而且迟迟不开放三通。台商会长估计，大约会有15万台商返台投票，可以影响30~45万张选票。很多台商早在2004年1月就在大陆台商中为所支持的候选人拉票，甚至传出在大陆举行竞选造势活动的消息，后因国台办介入，才被取缔。他们中的许多人在大陆、香港的机场中就已经举出中华民国国旗和连宋的竞选旗帜，公开挺连。除此之外，居住在其他国家的台湾侨民也纷纷返台。一般认为，越多台商和侨民返台投票，对泛蓝就越有利。
3月19日下午1点45分，正在台南市市区扫街拜票的时任正副总统陈水扁、吕秀莲遭到枪击，时任副总统吕秀莲膝盖受伤，时任总统陈水扁腹部轻微擦伤。两人后被送往奇美医院治疗，两人均意识清醒，并无大碍，医院外聚集大批民进党支持者。
总统府秘书长邱义仁在3点30分证实，陈吕两人遭到枪击，并表示已经找到子弹，但是没有说明一共开了几枪、找到几个子弹，以及是否已经逮捕凶嫌。总统府也表示已经启动国安机制，并表示不会推迟第二天的选举投票。连战也在得知消息后表示“希望他们尽早康复”。
针对这次事件泛蓝支持者怀疑，根据电视画面所见推论，子弹在汽车挡风玻璃右侧撞击，留下一个弹孔，但是当时时任总统陈水扁站在汽车的右侧，副总统吕秀莲在左侧，因此子弹应该是先打倒时任总统陈水扁，再击中副总统吕秀莲。
枪击事件后被认为，有可能是选情紧张，因此进而引发凶手企图枪杀，但当时选情在枪击事件之前泛蓝声势高涨，连宋当选在望，连宋支持者并没有理由与动机枪杀一位即将卸任的总统，而是民进党为了选举而上演的“苦肉计”[来源请求]；如果真的是自导自演，应该不久后就会发现明显证据（在众目睽睽的情况下想要自导自演而不留下明显证据几乎不可能）。尚有人揣测，此为总统选举地下赌盘负责人差遣杀手前往狙击。而后的调查结果显示，此事件应该是一名不满时任总统陈水扁的政治狂热者的个人行为，但是由于该嫌犯已经死亡，故调查结果只能说是最有可能的推测。
事件发生后，民进党立即宣布停止当天下午和晚上的一切竞选活动。连宋阵营也立即停止竞选活动，并由马英九和连战夫人连方瑀赴医院探望时任总统陈水扁。晚间，陈文茜等人召开记者会，宣称据其“奇美小护士”内线消息，强烈质疑枪击案的真实性，并怀疑奇美医院詹启贤涉嫌作假。
8月29日，李昌钰博士发表众所瞩目的319枪击调查报告，首先排除部分舆论所谓自导自演之可能，并指出从两颗弹头内找出别的工具痕迹，应该是从同一把枪所发射，李昌钰也认为改造枪支的是内行人。但由伤口及弹道显示，两枪发射间格时间不超过一秒。
TVBS曾在3月18日及19日晚间分别做了民意调查，在枪击案前，连战约领先10%。而枪击案当晚的民调，连战领先幅度掉到仅剩1%。且据TVBS调查，许多摇摆选民在枪击案后转而支持陈水扁，成为其当选的可能原因之一。[5]:213-214
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台湾电子媒体为制造‘选务资料更新比别人快’的假象，于开票过程中，在中选会各次公布正确数字之前，即自行猜测可能之票数加入刻正播出之开票过程，待取得官方确切数字后再行调整，因此虽然最后的总票数正确，开票中途之数字实为自行灌水而得，这种情形俗称灌票。首次发生电子媒体灌票行为之确切时间不可考，然已行之有年。本次总统大选因选情激烈，各媒体之灌票行为空前严重。而选前之估算与选举结果颇有差距，甚至有媒体之开票数字因灌票而超出合理范围者。
3月20日当天下午时间4点20分左右，从电视台开票的数据中可以发现很多台已经超过100万票，4点40分时有许多台已超过400万票，当时同一时间点上中选会的开票数据仍显示0，在4点54分左右，中选会开出2号（连宋）为599票，1号（陈吕）为28票，而有部分电视台早已超过500万票。
以下整理出票数一度超过中选会最终数据的电视台，计有：台视：1号（陈吕）、2号（连宋）；中视：2号；华视：1号、2号；民视：1号；GTV：1号、2号；年代：1号、2号；东森：1号、2号；中天：2号；TVBS：2号。
中天和TVBS在晚间6点45分的二组数据完全一样（有互相抄袭的嫌疑）。
民视则是唯一的“1号一直领先2号”的电视台。
另外，公共电视当时的中立性也受到质疑；因为公视当日开票时所使用的数据来源有两个，其一为中选会，其二为连宋竞选总部。
本次开票，报导的较为离谱的为年代及东森。年代灌爆的情形为1号有650多万票（实际最终为647万票），灌爆的时间持续了将近40分钟。东森在6点前2号赢1号40多万票接近50万票（实际差距不到3万票）。中天新闻下午4点43分的广告时间中出现2号得票735万（相当于2000年选举连宋合计票数），可能是计算机程序作业问题。三立更是下午5点打出总得票数绿赢蓝100多万票，但随即消失，之后恢复双方各450万票上下的得票数。但中选会其实从5点起才有数字，5点到6点之间中选会呈现的数据的确为连宋领先，6点钟时不过是28万票对27万票，6点以后公布的数据1号就一路领先到结束。
最后除了三立新闻台和公共电视，其余九家电视台所开出的总票数，皆超过了最后中选会公布的总票数。
灌票合理的解释有可能是为了收视率、广告收入，或是电视台本身的意识型态。也有人认为是资讯不足，布线不够，对于实际开票数字不能掌握，或内部计算机程序作业有问题，以及广告时间的延误等。
台湾媒体在经过此一事件后，信誉再度大幅下降。
| 县市 | 选举人数 | 陈水扁、吕秀莲 
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连战、宋楚瑜 | 无效票 | 投票率 | 前二名 得票差 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 得票数 | 得票率 | 得票数 | 得票率 | |||||||
| 台北市 | 1,981,562 | 690,379 | 43.47% | 897,870 | 56.53% | 30,789 | 81.71% | -207,491 | ||
| 台北县 | 2,685,778 | 1,000,265 | 46.94% | 1,130,615 | 53.06% | 52,948 | 81.31% | -130,350 | ||
| 基隆市 | 290,439 | 90,276 | 40.56% | 132,289 | 59.44% | 4,996 | 78.35% | -42,013 | ||
| 宜兰县 | 337,886 | 147,848 | 57.71% | 108,361 | 42.29% | 8,885 | 78.46% | 39,487 | ||
| 桃园县 | 1,273,026 | 448,770 | 44.68% | 555,688 | 55.32% | 30,838 | 81.33% | -106,918 | ||
| 新竹县 | 323,148 | 92,576 | 35.93% | 165,027 | 64.07% | 6,737 | 81.80% | -72,451 | ||
| 新竹市 | 271,967 | 96,818 | 44.88% | 118,924 | 55.12% | 5,143 | 81.22% | -22,106 | ||
| 苗栗县 | 407,634 | 123,427 | 39.24% | 191,059 | 60.76% | 10,868 | 79.82% | -67,632 | ||
| 台中县 | 1,070,877 | 440,479 | 51.79% | 410,082 | 48.21% | 21,270 | 81.41% | 30,397 | ||
| 台中市 | 710,555 | 267,095 | 47.34% | 297,098 | 52.66% | 10,566 | 80.89% | -30,003 | ||
| 彰化县 | 947,526 | 383,296 | 52.26% | 350,128 | 47.74% | 26,288 | 80.18% | 33,168 | ||
| 南投县 | 396,464 | 146,415 | 48.75% | 153,913 | 51.25% | 8,784 | 77.97% | -7,498 | ||
| 云林县 | 552,795 | 243,129 | 60.32% | 159,906 | 39.68% | 16,748 | 75.94% | 83,223 | ||
| 嘉义县 | 421,904 | 199,466 | 62.79% | 118,189 | 37.21% | 11,554 | 78.03% | 81,277 | ||
| 嘉义市 | 193,458 | 85,702 | 56.06% | 67,176 | 43.94% | 2,905 | 80.53% | 18,526 | ||
| 台南县 | 826,288 | 421,927 | 64.79% | 229,284 | 35.21% | 19,313 | 81.15% | 192,643 | ||
| 台南市 | 547,903 | 251,397 | 57.77% | 183,786 | 42.23% | 8,247 | 80.93% | 67,611 | ||
| 高雄市 | 1,117,380 | 500,304 | 55.64% | 398,769 | 44.37% | 15,012 | 81.81% | 101,535 | ||
| 高雄县 | 919,717 | 425,265 | 58.40% | 302,937 | 41.60% | 21,903 | 81.56% | 122,328 | ||
| 屏东县 | 669,646 | 299,321 | 58.11% | 215,796 | 41.89% | 13,383 | 78.92% | 83,525 | ||
| 台东县 | 180,255 | 53,501 | 29.79% | 126,041 | 70.21% | 4,523 | 66.45% | -72,540 | ||
| 花莲县 | 259,334 | 40,203 | 34.48% | 76,382 | 65.52% | 3,198 | 70.98% | -36,179 | ||
| 澎湖县 | 69,545 | 22,162 | 49.47% | 22,639 | 50.53% | 1,213 | 66.16% | -477 | ||
| 金门县 | 45,353 | 1,701 | 6.45% | 26,433 | 93.54% | 1,069 | 64.39% | -24,732 | ||
| 连江县 | 6,739 | 248 | 5.76% | 4,060 | 94.24% | 117 | 65.66% | -3,812 | ||
注：
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对于台湾选举的公正性一直有很多怀疑，在这一次的选举中，蓝绿双方都指责对方非法操控选举。首先是蓝军称，发现由民进党执政的台北县（今新北市）近日销毁56袋印错的选票，而台北县根本就不需要那么多选票，置疑当局故意多印选票，然后发给民进党支持者，以增加时任总统陈水扁的选票。民进党则称只印错600多张选票，其余是裁剪选票后遗留下来的纸张。但是泛蓝仍然表示担心，称会在各投票站部署人员，现场监看投票过程。
另一方面，民进党也在3月18日指责，泛蓝在绿军领先的南台湾展开扣押身份证的行动，他们收购一些选民的身份证，在3月20日选举结束后才归还，以降低泛绿票仓的投票率，依此达到做票的效果。对此，蓝营表示自己从未采取这类行动，是地方人士自发行为，而且根本没有卷入金钱交易。
在选举结果揭晓，时任总统陈水扁以不到3万票的优势获胜后，连战在泛蓝支持群众前表示，这场选举“疑云重重！”十分不公义，称要提出选举无效之诉，并要求中选会查封所有票箱，进行验票。台北市高等法院在3月21日早晨7点做出裁决，要求立即查封所有票箱。
在选举结果揭晓后，大批泛蓝支持者聚集在连宋竞选总部前，不愿散去，要求重点选票。在连宋离开后，群众持续聚集通宵，在高雄和台中也有群众聚集，抗议选举结果，甚至爆发警民冲突。在台中，泛蓝群众聚集在台中地检署前，要求立即查封票箱，台中市市长、国民党中常委胡志强在凌晨3点30分到达现场静坐抗议。亲民党立委邱毅率众包围冲撞高雄地方法院，后被判处有期徒刑1年2个月，2007年“中华民国九十六年罪犯减刑条例”公布施行，减刑为有期徒刑7个月。[14]
在台北，新党主席郁慕明、国亲多位立法委员也来到连宋竞选总部，支持连宋关于要求验票的要求。凌晨4时，连宋律师团将25份已经签字的诉状分别递往全台25个县市的高等法院，同时有群众在总统府前聚集。3月21日上午10时，国民党立法委员章孝严来到总统府，声称美国政府已经延后向时任总统陈水扁发贺电，表明美方面也置疑结果。台北市长马英九、时任行政院长游锡堃则先后来到现场，要求群众保持理性，主动离开，但是没有效果。
泛蓝支持者宣称，他们在重新验票之前将一直在总统府广场静坐，即使22日工作日时人数也没有大批散去。
部分泛蓝支持者的抗议行为引起部分舆论，特别是台湾南部民进党、泛绿支持者们的不满。
3月24日，民进党前主席许信良加入到抗议行列中，并以绝食表达不满。
3月27日，蓝军在总统府前组织大规模的游行示威。大量的国亲支持者聚集在凯达格兰大道，抗议选举不公，并要求重新点票。根据一些报纸进行的调查显示，59%的民众反对抗争，而66%的民众赞成验票。与此同时，数百名在纽约的泛蓝支持者也举行“纽约华人爱台湾”的集会，表示声援“327大游行”。此外在华盛顿等地也举行类似的游行活动。
3月27日当晚9点，时任总统陈水扁亲自主持国际记者会，对示威事件发表强硬谈话，称总统府广场必须在3月29日之前完全净空，称自己不是“软脚虾”。不过他也表示愿意立即与连宋会面。[15]
在327游行结束后，大多数支持者便离开广场，只剩下上千名民众继续抗争，这些人在凌晨也陆续离开，到3月28日清晨只剩下零星的数百人。3月28日清晨5点一刻，警方开始劝谕在凯达格兰大道上剩余的抗争民众离去，在此期间，警方与民众发生零星冲突。在早上7点左右，清场工作已基本完成。而部分民众则转移到中正纪念堂继续静坐抗争。从3月29日开始，陈文茜也每晚在中正纪念堂现场主持政论节目“文茜小妹大”，使得每天晚上参加静坐的群众人数又有增加。
4月2日，台湾高等法院首次就国亲提出的选举无效之诉开庭审理，有一名主审法官和两名陪审法官负责，原定应在当天就可做出是否验票的判决，但是因正反双方无法就如何验票以及验票费用问题达成协议，法庭决定两方应先沟通，延期判决。泛蓝后做出让步，表示同意全面验票，而放弃之前所坚持的只验陈水扁的票，但是有关费用问题却依然存在分歧。
4月2日，由绝食抗争召集人台大学生陈政峰与静坐学生副总召陈信儒等来自台大等七名“大学生”开始绝食抗议选举不公，要求真相，自诩为野百合学运的翻版。最后一共有30余名的学生采取绝食行动至5月20日的方式表达抗议。宋楚瑜的夫人陈万水与1989年天安门六四事件中曾同样参与绝食的政治评论员吾尔开希皆曾到场慰问。这些学生自称无党派色彩，但其他大学生在网络上激烈辩驳，并揶揄他们的接力绝食只是为了吸引媒体的目光，并没有抗议的诚心。后来并发现其中带头学生有泛蓝政党党工、青年会身份，相关合照也被公布在台湾数个规模较大的BBS网络站台。
4月3日，国亲再度在中正纪念堂举办5万人的大型游行抗议活动，批评选举不公正。由于国亲的合法集会时间到4月4日即将结束，而且之后所有的游行集会申请全部被驳回，大部分泛蓝支持者在游行活动后响应连战号召，结束街头抗争，但是还是有数百人来到总统府前广场抗议，他们高唱中华民国国歌，要求验票，在警方举牌警告集会非法后，依然不愿意离去，在4月4日凌晨爆发新一轮的警民冲突。
4月4日，在中正纪念堂前静坐的8名学生被警政署人员强行驱离，遭到泛蓝人士的强烈抗议，他们称学生们只是静坐表达意愿，并没有妨害公共治安，警方没有权力使用强制驱逐的方式。学生们在次日再度回到中正纪念堂继续绝食静坐。台北市长马英九随后也到现场向学生致意，并称他也反对警政署强制驱逐的做法，事前只是同意警方以柔性劝导的方式规劝学生停止绝食。
4月7日，民进党立法委员罗文嘉到达绝食现场，转达时任总统陈水扁的决定：将在4月12日接见学生。但是学生们认为时任总统陈水扁诚意不够，因为此前已经表明希望时任总统陈水扁在4月9日之前到绝食现场探望学生。他们决定将不会与时任总统陈水扁会面，并在4月9日结束第一轮绝食活动，将发动第二轮的运动，他们自称为“四月学运”。但此时他们的中立性已受到其他大学生在网络上的质疑，不久后即草草收场。
到4月3日的游行后，国民党内部出现不同的声音。国民党本土派成员认为应该结束抗争活动，准备年底的立法院改选。但是亲民党和国民党保守派则认为应该继续抗争。最终的决定是在4月10日举行最后一场20万人的游行后不再举行游行活动，但是会继续通过司法途径来解决选举争议。他们同时也决定要发动连署发动公民投票，以成立三一九枪击案独立调查委员会，他们希望这个委员会能够由立法院的朝野立委、监察院以及检调单位三方组成，以确保调查的公正公开。不过这个提案在立法院已经遭到台联立委拦阻，只能通过公民连署然后举行公投的形式实现。
4月10日，泛蓝再度发动“公投拼真相”集会，群众前往凯达格兰大道抗议，据警方估计至少有十二万人参加。 下午6点04分，当集会活动结束、国亲主席连战、宋楚瑜立即离开会场；政治人物离去，但大部分群众仍不离去，开始鼓噪。 下午6点20分，民众合力将四层楼高的看板暨灯光鹰架被推倒，横躺在拒马上面。[16] 晚上6点35分，七、八位民众爬上横躺的鹰架，向警方挑衅，有两名男子和一名妇女爬过鹰架，闯入禁制区，立刻被警方逮捕。 晚上7点08分，一名年约五十岁、爬上横倒的鹰架上，向警方摇屁股挑衅的男子被逮捕，随后部分群众聚集介寿派出所前要求放人。 晚上7点13分，镇暴喷水车展开第一波喷水驱离，群众却愈聚愈多，场面失控。 晚上7点15分，公园路介寿派出所被民众攻击，变电箱遭破坏。 晚上7点33分，介寿派出所内全面断电，顶楼的指挥监控系统也因此失效，指挥官改以无线电部署警力；民众持续以石块棍棒攻击派出所。 晚上7点38分，派出所前方空地突然冒出汽油味，警方发现有人趁乱以水瓶装汽油向所内丢掷，警方立即喷灭火器以防意外，汽油未引燃，多数民众闻到汽油味纷纷走避。 晚上7点50分，仍有汽油弹扔进派出所，警方一度想冲出抓人，但滋事民众趁铁门未开即逃离，警方只得作罢。 晚上8点10分，镇暴部队在公园路北侧集结，推进至凯达格兰大道前斑马线，顺利“收复”介寿派出所。 晚上9点45分，集会时间即将届满，亲民党立委李庆华等人进入介寿路派出所协调，部分泛蓝支持者陆续推倒另三座巨大鹰架，合力扛起鹰架当作“撞城木”冲撞警察与拒马，并向警察丢掷瓶罐等杂物，警方再度动员逮捕滋事民众，双方再度爆发冲突。 晚上10点10分，警方见集会游行时间已过，开始对群众喊话柔性劝导，但群众情绪沸腾，企图冲撞封锁线，也推倒拒马或架起木板，阻挡警方，另有群众站上鹰架与警方对峙。 晚上10点15分，部分群众将矛头指向媒体，年代新闻台的摄影记者黄星皓正在拍摄现场时，不知何故，被近十名戴口罩、手持铁条的青少年锁定，恐吓黄星皓“不要播了！”；有人持国旗旗杆殴打黄星皓，黄星皓反抗，但引来更多群众攻击，一位导播同事与一位工程人员欲助他脱困，也遭殴打；群众同时殴打东森电视台摄影记者鲁品农。[17] 晚上10点20分，台北市市长马英九下令驱散群众。 晚上10点30分，警方展开驱离，一名群众手持长木棍攻击，零星冲突不断，警方持续推进，并逮捕滋事民众。约有20多名群众不满被驱离，又试图推倒大型鹰架阻隔警方。 晚上10点38分，一位不知名男子从台北宾馆内丢掷汽油弹攻击警方，引发火势；警方大动员迅速推进，强制驱离群众。[18] 晚上10点45分，优势镇暴警力将群众往景福门推进，净空凯达格兰大道。 晚上11点05分，摄影风网站站长刘家任，因拍到群众攻击警方的画面，群众要求交出底片并出示身份证件，刘家任不从，被五、六名群众围殴，随后刘出示名片，并表示他冒着生命危险采访新闻被打，警方却没处理。 凌晨0点35分，镇暴部队将群众驱赶到国民党中央党部前，群众人数已逐渐减少。 凌晨1点30分，宋楚瑜探视静坐的亲民党立委劝他们回去，宋与该党立委于二时许离去。国民党秘书长林丰正，也于抵达台大医院探问国、亲立委，并对有人在此次集会因遭驱离而受伤表示遗憾。
泛蓝阵营于3月20日开票当晚对投票结果不满，拒绝认输，称时任总统陈水扁有舞弊嫌疑，主要争议的疑点包括：
3月21日清晨六时许，台湾高等法院在泛蓝阵营的要求之下裁定查封全国票匦。连战、宋楚瑜于2004年5月10日提出总统大选陈、吕当选无效及选举无效之诉；当选无效之诉主要是质疑陈吕以不法方式胜选，选举无效之诉主要是质疑选务机关办理大选不公；台湾经历了民主化以来第一次的全国性验票。管辖当选无效之诉的台湾高等法院经近半年的审理，于11月4日宣判连、宋败诉。一判决指出，全面验票后，陈吕与连宋票数赢输差距，虽有变化，但陈吕仍赢2万5,563票，不影响当选之结果。12月30日，台湾高等法院驳回国亲提出的选举无效之诉。选举无效的四大争议点为：公投绑大选、319枪击事件、妨害投票秘密和选务工作违法，判决认为中选会点票有瑕疵但不违法也不足以影响结果，总统大选和公投，依法可以同日举行，而319枪击事件、启动国安机制等不是总统副总统选罢法中规定必须停止选举的要件，因此中选会并无违反中立公正，所以判国亲败诉。
2005年6月17日，最高法院判决连宋阵营所提之陈、吕当选无效之诉败诉，当选无效之诉宣告定谳。
2005年9月16日，最高法院判决连宋阵营所提之陈、吕选举无效之诉败诉，选举无效之诉宣告定谳。
时任总统陈水扁在当选连任之后，提拔党内的明星及为党内派系进行权力分配，首先行政院院长游锡堃大幅改组内阁，行政院秘书长由叶国兴出任。文建会主委则由陈其南接任。陈水扁也将任期过半的县市长提拔，例如内政部长余政宪以319枪击事件下台负责，由屏东县县长苏嘉全接任。外交部长简又新则以“为美国在台协会主席夏馨因贺电事件下台负责”为由请辞，由民进党台南县立委陈唐山接任。时任客委会主委的叶菊兰升任为行政院副院长，立委罗文嘉则任客委会主委。陈其迈则接任行政院发言人。林佳龙则出任新闻局长。另外，四大天王之一的台北县县长苏贞昌被升为总统府秘书长。而高雄市市长谢长廷任期未过半，但他的子弟兵卓荣泰则升任总统府副秘书长。
在选后，绿军士气及支持度高涨，民调及舆论风向显示台湾当时应有明显过半民众认为蓝军以“非常不理性”的态度来对待民进党政府、并制造谣言污蔑泛绿；故绿军期待在年底的立法委员选举中，以民意支持而连任的执政者身份，来夺得“国会过半”的目标。于是绿营方面有信心选票会大幅上扬，故在一些在是次选举大有斩获的地方高额提名，种下立委议席未能过半的远因。而后立委选举结果显示，泛绿得票率的成长未如预期，造成泛绿当选席次比得票率少的结果。
国亲合作选举总统，其实有不少隐忧，因为国民党内的本土势力，向来与亲民党及宋楚瑜不和。而且国民党高层也经常忧心，宋楚瑜一旦当选副总统将会对政府起主导作用，而非只当无实权的副总统。此外国民党亦担心以王金平为首的本土势力会和宋楚瑜合作控制国民党主流，如同李登辉时期一样。而且，国亲合作是因为2000年总统大选时，国亲的票数超越时任总统陈水扁很多，所以他们期望合作赢回政权，以达到“1加1大于2”的效果，内部不团结是国亲败选的主要原因之一。
蓝营方面认为，虽然他们对时任总统陈水扁的弊案穷追猛打，但是最后败给了“两颗子弹”，如果当时陈水扁没有中枪，就会落选，所以他们坚持319枪击案是绿营操作的，于是他们提出当选无效之诉。他们这样做有两个目的，一来令自己不致于树倒猢狲散，二来可以绑住国民党的本土派，使他们不容易出走。年底的立法委员选举，国亲两党一片低气压，王金平、林丰正等人高呼立委提名数量“总量管制”，以现任立委连任为优先，限制两党提名的候选人数目。国民党内部多次要求秘书长林丰正下台，为败选负责。
时任总统陈水扁成立“三一九枪击事件特别调查委员会”，并签署笺函请监察院长钱复出任该委员会主席。钱复亦宣布，在来年二月院长任期满后，不再出任政府公职。
泛蓝以立院优势通过“三一九枪击事件真相调查特别委员会条例”，简称“真调会法案”。由于泛绿认为真调会条例明显违宪，不适用刑事诉讼法，故提出覆议，但覆议失败。
绿营以总统令加上“批示”，“批示”如下：“总统、副总统于选举期间同时遭受枪击，为明事实真相自应调查。政府支持调查，但不应违宪调查。本条例既有重大宪政争议，宜寻求释宪或修法解决，以符宪政秩序。”绿营随后将此法向司法院提出释宪。行政院长游锡堃与其内阁团队宣布，行使公务员“合法”的“抵抗权”，反制真调会的运作。10月7日法务部长陈定南，行政院发言人陈其迈、内政部长苏嘉全、政务委员许志雄、行政院主计长许璋瑶至真调会，双方互不相让，使真调会召集委员、前司法院长施启扬下逐客令，双方不欢而散。绿营种种针对真调会的动作，使蓝营更坚信：“319事件是绿营操作的结果，他们不敢接受调查。”年底立法委员选举，由于蓝军出现危机感，加上总量管制及票源整合，成功使蓝军维持得到过半的席次，继续控制立法院。立委选举过后，真调会被判定部分条款违宪，其违宪理由大致如同泛绿的指控。
2004年的总统选举可以算是历年来最激烈的一次，选举的结果表明，台湾社会对两组候选人有几乎相同的支持度，无论最终谁上台，可能都难以得到另外一半选民的支持和认同，许多人担心，未来的总统将很难推行任何重大改革计划。
泛绿的气势及民意支持率在总统大选后、因泛蓝大规模的示威抗议而达到最高峰，一直到立委选举后才开始明显下降。无论时任总统陈水扁的中枪是真是假，全台湾已经有一半的人对此表示怀疑，即使三一九枪击事件是真的暗杀企图，那么多人的质疑也表明，总统的诚信已经荡然无存；而泛蓝选后的抗议大幅打击泛蓝及其支持者的形象，泛绿支持者及少数泛蓝支持者则谴责连宋“输不起，所以制造《枪击案自导自演》及《做票》等谣言来污蔑陈水扁”，掩饰其拒绝接受选举结果的事实。
选后泛蓝的抗议行为则让泛绿支持者对泛蓝不尊重选举结果“感到仇恨”；泛绿（如林浊水）批评泛蓝支持者及亲蓝媒体制造谣言、仇恨、族群阶级歧视。选后台湾的政治冲突也令人忧心，这是因为蓝绿双方抗议行为过于激烈、言论过于恶毒；这种作法至少会引起对方内心的仇恨与蔑视、也可能引起对方学习此恶劣手段。
此外，时任总统陈水扁在4年内增长150万张选票，而民进党在成立最初的10年中选票增长非常有限，却在执政这4年中迅速增长了10多个百分点，认为陈水扁政府在四年间建立了更稳定的群众基础，即使没有三一九事件，有关的选票也会流向陈水扁。陈水扁强烈要求维持台湾主权独立的现状，反对中国武力威胁甚至侵略，捍卫台湾的主权和利益，与美国保持合作关系，并继承过去国民党一直以来的亲美反共的意识形态；民进党长久以来累积的成长，以及台湾主体意识在主流民意地位的巩固（有关主体意识不限于支持民进党），也在这次选举当中得到应证。唯一可以确定的是，台湾经过这次的大选，已经清楚看到台湾主体意识主导整个选举，即使泛蓝也趋向本土化，并日益减少过去的中国色彩，台湾民主的体制也将面对一个崭新的局面。
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