新鰭亞綱（學名：Neopterygii）是輻鰭魚的一個類群，在演化上和早期的輻鰭魚相比只有少些的差異。新鰭亞綱出現在二疊紀晚期（恐龍出現之前）的一些地方上。新鰭亞綱是魚類中非常成功的一個類群，因為它們可以游得比它們的祖先更快，鱗片和骨頭也開始變輕，連下顎也變得更有力量且更有效率。
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依照2017年《硬骨魚的系統發育分類》，本亞綱與其它硬骨魚的演化關係如下[2][3]：
在傳統分類系統中，大致包含以下各目：
| 新鰭亞綱（Neopterygii）
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| 全骨下綱（Holostei）
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雀鱔目（Lepisosteiformes）
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弓鰭魚目（Amiiformes）
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| 真骨下綱 （Teleostei）
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| 骨舌魚總目（Osteoglossomorpha）
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骨舌魚目（Osteoglossiformes）
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月眼魚目（Hiodontiformes）
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| 海鰱總目（Elopomorpha）
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海鰱目Elopiformes
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北梭魚目Albuliformes
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背棘魚目Notacanthiformes
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鰻鱺目Anguilliformes
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囊鰓鰻目Saccopharyngiformes
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| 鯡形總目（Clupeomorpha）
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| 骨鰾總目（Ostariophysi）
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鼠鱚目（Gonorynchiformes）
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鯉形目（Cypriniformes）
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脂鯉目（Characiformes）
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裸背魚目（Gymnotiformes）
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鯰形目（Siluriformes）
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| 原棘鰭總目（Protacanthopterygii）
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鮭形目（Salmoniformes）
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狗魚目（sociformes）
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胡瓜魚目（Osmeriformes）
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| 巨口魚總目（Stenopterygii）
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辮魚目（Ateleopodiformes）
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巨口魚目（Stomiiformes）
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| 圓鱗總目（Cyclosquamata）
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| 燈籠魚總目（Scopelomorpha）
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| 月魚總目（Lampridiomorpha）
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| 鬚鰃總目（Polymyxiomorpha）
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| 副棘鰭總目（Paracanthopterygii）
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鮭鱸目（Percopsiformes）
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蟾魚目（Batrachoidiformes）
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鮟鱇目（Lophiiformes）
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鱈形目（Gadiformes）
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鼬魚目（Ophidiiformes）
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| 棘鰭總目 （Acanthopterygii）
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鯔形目（Mugiliformes）
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銀漢魚目（Atheriniformes）
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鶴鱵目（Beloniformes）
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奇鰭魚科（Cetomimiformes）
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鯉齒目（Cyprinodontiformes）
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奇鯛目（Stephanoberyciformes）
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金眼鯛目（Beryciformes）
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海魴目（Zeiformes）
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喉盤魚目（Gobiesociformes）
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棘背魚目（Gasterosteiformes）
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海龍目（Syngnathiformes）
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合鰓目（Synbranchiformes）
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魨形目（Tetraodontiformes）
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鰈形目（Pleuronectiformes）
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鮋形目（Scorpaeniformes）
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鱸形目（Perciformes）
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燧鯛目（Trachichthyiformes）
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Regan, C. Tate. The Skeleton of Lepidosteus, with remarks on the origin and evolution of the lower Neopterygian Fishes. Journal of Zoology. 1923, 93 (2): 445–461. doi:10.1111/j.1096-3642.1923.tb02191.x. Betancur-R., R., R.E. Broughton, E.O. Wiley, K. Carpenter, J.A. Lopez, C. Li, N.I. Holcroft, D. Arcila, M. Sanciangco, J. Cureton, F. Zhang, T. Buser, M. Campbell, T. Rowley, J.A. Ballesteros, G. Lu, T. Grande, G. Arratia & G. Ortí. 2013. The tree of life and a new classification of bony fishes. PLoS Currents Tree of Life （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）. 2013 Apr 18.
