傳統上,輻鰭魚分為三個類群:軟骨硬鱗附類、全骨附類和真骨附類,幾乎所有的現生輻鰭魚都屬於真骨附類。有學者根據一些形態學證據,認為全骨附類是並系群,故應廢除。然而,近來的線粒體 DNA 分析卻傾向支持全骨附類的存在。
輻鰭魚總綱的下級分類按分化時間早晚羅列如下,許多傳統類群因存在並系問題而不再有效,符號 † 表示已滅絕:
- 腕鰭魚綱 Cladistia
- 多鰭魚目 Polypteriformes
- 吉爾戴魚目 Guildayichthyiformes †
- 輻鰭魚綱 Actinopteri
-
- 軟骨硬鱗亞綱 Chondrostei
- 鱘形目 Acipenseriformes
- 盧加諾魚目 Luganoiiformes †
- 古鱈目 Palaeonisciformes †
- 側鱗魚目 Pholidopleuriformes †
- 裂齒魚目 Perleidiformes †
- 肋鱗魚目 Peltopleuriformes †
- 褶鱗魚目 Ptycholepiformes †
- 龍魚目 Saurichthyiformes †
- 鰻鱈目 Tarrasiiformes †
- 硬齒魚目 Pycnodontiformes †
- 比耶魚目 Birgeriiformes †
- 新鰭亞綱 Neopterygii
-
- 全骨下綱 Holostei
- 雀鱔目 Lepisosteiformes
- 弓鰭魚目 Amiiformes
- 預言魚目 Ionoscopiformes †
- 半椎魚目 Semionotiformes †
- 真骨下綱 Teleostei
- 薄鱗魚目 Leptolepiformes †
- 厚莖魚目 Pachycormiformes †
- 針吻魚目 Aspidorhynchiformes †
- 叉鱗魚目 Pholidophoriformes †
- Crossognathiformes †
- 骨舌魚總目 Osteoglossomorpha
- 骨舌魚目 Osteoglossiformes
- 月眼魚目 Hiodontiformes
- 狼鰭魚目 Lycopteriformes †
- 乞丐魚目 Ichthyodectiformes †
- 海鰱總目 Elopomorpha
- 海鰱目 Elopiformes
- 北梭魚目 Albuliformes
- 背棘魚目 Notacanthiformes
- 鰻鱺目 Anguilliformes
- 囊鰓鰻目 Saccopharyngiformes
- 鯡形總目 Clupeomorpha
- 鯡形目 Clupeiformes
- 埃笠姆鯡目 Ellimmichthyiformes †
- 骨鰾總目 Ostariophysi
- 鼠鱚目 Gonorynchiformes
- 鯉形目 Cypriniformes
- 脂鯉目 Characiformes
- 電鰻目 Gymnotiformes
- 鯰形目 Siluriformes
- 黑頭魚目 Alepocephaliformes ?
- 原棘鰭總目 Protacanthopterygii
- 鮭形目 Salmoniformes
- 狗魚目 Esociformes
- 水珍魚目 Actinopterygii
- 南乳魚目 Galaxiiformes
- 巨口魚總目 Stenopterygii
- 辮魚目 Ateleopodiformes
- 胡瓜魚目 Osmeriformes
- 巨口魚目 Stomiiformes
- 圓鱗總目 Cyclosquamata
- 燈籠魚總目 Scopelomorpha
- 月魚總目 Lampridiomorpha
- 鬚鰃總目 Polymyxiomorpha
- 副棘鰭總目 Paracanthopterygii
- 鮭鱸目 Percopsiformes
- 蟾魚目 Batrachoidiformes
- 鮟鱇目 Lophiiformes
- 鱈形目 Gadiformes
- 鼬魚目 Ophidiiformes
- 棘鰭總目 Acanthopterygii
- 鯔形目 Mugiliformes
- 銀漢魚目 Atheriniformes
- 鶴鱵目 Beloniformes
- 鯉齒目 Cyprinodontiformes
- 奇鯛目 Stephanoberyciformes
- 鯨頭魚目 Cetomimiformes
- 金眼鯛目 Beryciformes
- 燧鯛目 Trachichthyiformes
- 背棘魚目 Notacanthiformes
- 海魴目 Zeiformes
- 刺魚目 Gasterosteiformes
- 合鰓目 Synbranchiformes
- 魨形目 Tetraodontiformes
- 鰈形目 Pleuronectiformes
- 鮋形目 Scorpaeniformes
- 鱸形目 Perciformes
註:在傳統分類中,鱸形目是輻鰭魚里種類最多的一目,共有7800餘種,約占輻鰭魚全部種類的40%。