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中华民国领土的法律定义最早出现于1912年《中华民国临时约法》，列出当时中华民国的主张领土为二十二行省、内外蒙古、西藏、青海。1914年《中华民国约法》以清帝国原有领土作为中华民国领土。在1946年通过《中华民国宪法》时，不采取列举方式，改为概括规定[1]。
在1949年中华人民共和国成立后，中华民国政府退居台湾，原有宣称的领土大部份丧失，只剩下台澎金马。除中华人民共和国外，中华民国之前宣称拥有的领土，又由俄罗斯联邦、塔吉克斯坦共和国、哈萨克斯坦共和国、蒙古国、吉尔吉斯共和国、印度共和国、巴基斯坦伊斯兰共和国与缅甸联邦共和国等不同国家分别拥有。中华民国固有疆域的内容为何，长期受到质疑。现今中华民国实际的有效管辖范围仅涵盖台湾、澎湖群岛、福建的金门、乌坵、马祖与南海诸岛的东沙群岛、太平岛与中洲礁，即“自由地区”。[2]
现行《中华民国宪法》第四条使用“固有之疆域”界定中华民国疆域。在《中华民国宪法》第四条对中华民国领土不采列举方式，而为“依其固有之疆域”之概括规定，并未明确列举出固有疆域的范围[3]。在1949年中华人民共和国成立后，中华民国控制领土缩小，台湾各界对台湾、外蒙古、中国大陆等是否属于中华民国固有疆域，长期出现争议。
“固有疆域”首次出现于《曹锟宪法》，但没有明列区域。现行宪法中的“固有疆域”，可以追源至1932年国民政府《五五宪草》第四条，列举中国当时的30个行省[4]。当时蒙古已于1921年独立并在1924年成立蒙古人民共和国，但仍被列入中华民国领土。而台湾仍为日本领土，未被列入[5]。
因应国际变化，自1991年《中华民国宪法增修条文》与《两岸人民关系条例》等法律修改，重新定义了中华民国疆域。经大法官释字第328号解释，疆域定义为重大政治事项，应由总统、行政院等行政机关，以及立法院等立法机关决定，不由司法决定。现今中华民国法律体系，根据行政院函示，主要认为固有疆域为中华民国自由地区，即台澎金马与附属岛屿，陆续将蒙古国、图瓦共和国等由中华民国领土中移除。而由中华人民共和国控制的中国大陆地区，另行标示，不列为中华民国行政区域内。另一方面，两岸人民关系条例规定大陆地区是台湾地区以外的中华民国领土[6]。
传统上所称的外蒙古现已不属于中华民国固有疆域，在外交部援引国际法原则说明后，目前很少有争议。因为《两岸人民关系条例》仍然存“中共控制之区域”仍属中华民国所有的字眼，因此各方对中华民国是否拥有中国大陆仍存在争议，现今中国国民党代表的泛蓝在政治上仍主张中华民国固有疆域扩及于中华人民共和国领土之上。
1911年武昌起义后，蒙古王公喇嘛宣布独立，成立“大蒙古国”，北洋政府仍称其为外蒙古。1921年，君主立宪制的“大蒙古国”成立。1924年，蒙古人民共和国成立，但中华民国拒绝承认。在1932年《五五宪草》中，将蒙古列入中华民国领土。中华民国与苏联签定《中苏友好同盟条约》后，1946年中华民国政府承认蒙古人民共和国的独立。[注 1]图瓦自1911年后主要由俄罗斯帝国控制，中国北洋政府于1919年曾派军队短暂占有唐努乌梁海。1921年蒙古革命后，唐努-图瓦人民共和国成立。1944年，图瓦加入苏联。
1949年中华人民共和国成立后，中蒙双方建立邦交。退居台湾的中华民国政府，于1953年经立法院决议，废除中苏友好同盟条约，撤回承认蒙古人民共和国，外蒙古因此重新被其视为中华民国固有疆域。在联合国中，中华民国代表一度利用否决权阻止蒙古人民共和国成为会员国，直到1961年蒙古才加入联合国。在1992年制定《两岸人民关系条例》施行细则时，当时的国民党政府将外蒙古列入中华民国领土。
在陈水扁总统当选后，外交部以函示方式，承认蒙古国为主权独立国家，于2002年9月1日，台湾方面宣布与蒙古国互设代表处。在重申外蒙古不属于中华民国国土后，内政部长余政宪公告修订《两岸人民关系条例》施行细则并移除提及外蒙古的相关条文，民进党政府发布的修订地图审查标准函示，确定将外蒙古排除出中华民国地图之外。此后，外蒙古在法律上不再被认为是中华民国固有疆域[8]。
2006年，立法院通过废除《蒙古盟部旗组织法》，不再宣称拥有盟部旗之主权。外交部回复函示，在尊重国际法与俄罗斯国家主权的前提下，不再将唐梁乌梁海列为中华民国固有疆域[9]。在外交部网站及地区资料上，也移除中华民国领土的标示，改为标示俄罗斯联邦图瓦共和国。
2012年5月21日，行政院大陆委员会发表新闻稿表示“一、民国35年（1946年）我国宪法制定公布时，蒙古（俗称外蒙古）独立已为我政府所承认，因此，当时蒙古已非我国宪法第4条所称的‘固有之疆域’。外交部虽于民国42年（1953年）提经立法院决议废止“中苏友好同盟条约”，但并未完成宪法领土变更之程序。”“三、外交部在91年（2002年）7月8日函示略以：“蒙古已为主权独立国家，且为联合国会员国之一。国际法上国家之承认，原则上属于‘无条件与不可撤回的’，当时承认之相关要件迄今仍存在。”陆委会发布之函示，再次从法理层面宣告现有中华民国疆域不包含外蒙古，即蒙古国领土和俄罗斯所属之图瓦共和国[10]。
在1949年中华人民共和国成立后，中华民国政府撤退至台湾，丧失中国大陆领土，实际领土只控制台澎金马及附属岛屿，但仍然宣称拥有整个中国。1971年《联合国大会第2758号决议》后，丧失在联合国的中国代表权，退出联合国。在蒋经国接任行政院长后，于1972年修改《动员勘乱时期临时条款》，加入自由地区，在法律上限缩了中华民国政府实际领土的范围。在中华民国地图上，在台澎金马标示为中华民国行政区域，与标示为中华民国领土的中国大陆分开。在最高法院1982年第8219号判例中，主张中国大陆现况虽然被中华人民共和国控制，但仍属中华民国固有疆域。
在李登辉总统任内，于1991年至2005年间七次增修的《中华民国宪法增修条文》，在宪法中加入自由地区，限制了政府实际统治权力范围。1992年通过《台湾地区与大陆地区人民关系条例》将台湾地区与大陆地区分开。在1992年由法务部发布第16337号函释，主张大陆地区人民亦为中华民国人民。在台澎金马之外，实际上由中华人民共和国控制的领土，是否为中华民国领土，在法律上界定不清。
1993年通过的司法院释字第328号解释，主张以政治运作之现实来作为固有疆域的界定，将界定领土的权责交由总统、行政院与立法院，司法机关尊重不介入。在1990年代后，经由修改《两岸人民关系条例》、《中华民国国籍法》、《港澳条例》等法律之后，对于中国大陆是否为中华民国领土的法律定义逐渐限缩。
2010年苏花公路土石流事故，中华人民共和国籍游客意外身亡。当时包括交通部、法务部与行政法院，皆援引1992年法务部函示，主张中国大陆人民亦为中华民国国民，因此可对中华民国政府要求国赔[11]。2023年陆男国赔案，高雄地方法院与高等法院，也援引1992年法务部函式，主张中国大陆人民亦为中华民国国民[12]。
因为这几个法院判例援引旧有函示，将中华民国领土扩及于中华人民共和国。2023年，中华民国行政院发函，解释《台湾地区与大陆地区人民关系条例》，停止适用旧有“大陆地区人民亦为中华民国人民”函释，中华民国领土延伸至中华人民共和国领土等函释也陆续整理废除。说明在法律实务上，被中华人民共和国实际管理的中国大陆已不被视为中华民国领土[13][14]。但因为《两岸民关系条例》尚未修法，仍然保留了少数称中国大陆为中华民国领土的条文，只在施行细则及函示中排除适用。
在李登辉总统时期，曾提出特殊的国与国关系，将中华人民共和国视为主权独立国家，其领土不属于中华民国所有，但相关法律仍有争议。1999年中华民国行政院颁布领海范围，将领海限定于台湾及附属岛屿范围内，排除中华人民共和国控制领土[15][16][17]。
前总统马英九于2023年以私人身份访问中华人民共和国时，在湖南大学座谈中，引用《两岸人民关系条例》中国分为台湾地区，与大陆地区，皆为中华民国领土的法条，主张中华民国拥有中华人民共和国领土，同时又引用《中华人民共和国宪法》，认定台湾是中华人民共和国领土，以说明两岸同属一中[18]。这个说法被陆委会反驳。
民主进步党的蔡英文政府和赖清德政府均主张“海峡两岸互不隶属”，2024年赖清德总统就职演说指出，“中华民国与中华人民共和国互不隶属”[19]。
中华民国海上领土问题亦包括西沙群岛、中沙群岛、南沙群岛等海岛，与越南、菲律宾、马来西亚等国有主权争议。第二次世界大战结束后，中华民国政府派遣军舰收回被日军所占据的南海诸岛，并划入其十一段线之内，称其为中华民国在南海的疆界。
1933年，法国占领南沙群岛9个主要岛屿（太平岛、中业岛、西月岛、南威岛、北子岛、南子岛、南钥岛、鸿庥岛、安波沙洲）[20]，中华民国政府向法国政府提出抗议。1934年，中华民国水陆地图审查委员会，专门审定了南海各岛礁滩洲名称共132座，包括东沙群岛1座，西沙群岛28座，中沙群岛（当时称为“南沙群岛”）7座和南沙群岛（当时称为“团沙群岛”）96座[21]。1939年，日本占领南沙群岛。[22]
1945年战后先由台湾省行政长官公署接收管辖南海诸岛。1946年7月，南沙群岛在内的南海诸岛改归广东省政府管辖。[23][24]1946年中华民国内政部会同海军部和广东省政府委派萧次尹和麦蕴瑜分别为西沙群岛和南沙群岛专员，前往接管西沙群岛和南沙群岛。1947年，中华民国内政部重新命名包括南沙群岛在内的南海诸岛全部岛礁沙滩名称共159个，并公布施行[25]。1955年11月27日，民国政府在南沙群岛的一个岛屿上修建一座气象台。
目前，中华民国实际控制太平岛及中洲礁，隶属高雄市旗津区代管，由行政院海岸巡防署驻守。2016年1月28日，马英九登上太平岛宣示主权，称太平岛是岛屿不是岩礁[26]。2016年7月13日，中华民国总统蔡英文在南海仲裁结果公布次日，重申中华民国对太平岛及南海的主权立场[27]。
2013年，马英九总统接见美国联邦参议员穆考斯基时，宣称钓鱼台列屿为中华民国固有疆域[28]。
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