芭芭拉·麦克林托克于1902年6月16日出生于康乃狄克州哈特福市,父亲汤姆仕·麦克林托克(Thomas Henry McClintock)为英国移民是一名医生,母亲萨拉·汉迪·麦克林托克(Sara Handy McClintock)乳名葛蕾丝(Grace),是五月花号移民的后裔。芭芭拉的乳名为埃琳娜(Eleanor),是家中第三个孩子,分别有两个姐姐马乔里(Majorie,1898年生)和米尼安(Mignon,1900年生)和一个弟弟汤姆(Malcolm Rider,1903年生)[2]。后其父母觉得“埃琳娜”的名字过于女性化,便名为“芭芭拉”。芭芭拉自幼便十分独立,非常善于独处。大约从三岁起,芭芭拉都和姑姑及叔叔住在纽约布鲁克林,以减轻父母的经济负担,因为当时她的父亲正筹备建立诊所而急需用钱。许多人形容芭芭拉是一位独立的男人婆。她和父亲的关系亲密且紧扣,然而却与母亲关系不佳。
1908年麦克林托克全家前往纽约市布鲁克林区,因此芭芭拉得以在纽约市继续上学。她于1919年从伊拉兹玛斯殿堂高级中学(Erasmus Hall High School)毕业。在读高中期间,她对自然科学的兴趣和求知欲不断增长,并想上大学。毕业后顺利考入康纳尔大学农学院。但芭芭拉的母亲萨拉受当时保守的氛围影响而反对,认为女儿的高等教育会推迟她的婚姻(实际上,芭芭拉一直单身直到她去世)。因此不愿意让女儿去念大学。尽管如此,她的父亲还是帮助了芭芭拉,由于父亲的坚持,芭芭拉还是得以成功于1919年进入康纳尔大学学习[3][4]。大学学费是免税的,母亲在决定上大学后就积极地配合了这一程序。当时,女性上大学并不总是很普遍,但康奈尔大学是一所对于女性相对开放的大学。后来的父母记得当时的芭芭拉决定只去康奈尔大学,但芭芭拉说她不记得为什么选择康奈尔。
芭芭拉·麦克林托克于1919年考入康乃尔大学,于1923年顺利毕业并获植物学学士学位[3]。芭芭拉在大学期间起初加入了一系列学生自治组织和姊妹会,但是她发现她的性格不适合加入这类组织。课馀之外她对音乐,特别是爵士乐深感兴趣。芭芭拉对植物遗传学的兴趣始于1921年,当时她选修了由著名植物遗传学和育种家克劳德·B·哈钦森(英语:Claude B. Hutchison)(C. B. Hutchison)教授的遗传学[5][6][7]。哈钦森对芭芭拉的求知欲感动,在1922年专程打电话给她劝说她攻读遗传学研究生。芭芭拉后来回忆起这个电话时说:“毫无疑问,这个电话让我确定了我的未来,我将要成为一名遗传学家。”[8] 本科毕业后,芭芭拉继续在康乃尔大学攻读硕士和博士学位,分别于1925年和1927年获得植物学硕士和博士学位[9]。
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