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2008年中华民国总统选举，即中华民国第十二任总统副总统选举，于2008年（民国97年）3月22日举行，与第五案、第六案全国性公民投票同日举行，为中华民国第4次正、副总统公民直选，将采用普通、直接、平等、无记名、单记、相对多数投票制度。第10、11任总统陈水扁将于2008年5月20日任期届满，因已连任一次，依据《中华民国宪法》及其增修条文规定“总统、副总统之任期为四年，连选得连任一次”，无法再度竞选。
总统、副总统候选人有两组，分别为1号：民主进步党提名的谢长廷和苏贞昌（通称“长昌配”）及2号：中国国民党提名的马英九和萧万长（通称“马萧配”）。
中央选举委员会在2008年3月22日20时7分宣布开票结果，国民党提名的马英九及萧万长获胜，当选中华民国第十二届总统、副总统[1]。马英九、萧万长以7,659,014票当选，得票率58.45%；谢长廷、苏贞昌5,444,949票，得票率41.55%。马英九、萧万长的得票数，较谢长廷、苏贞昌多2,214,065票，在当时双双创下中华民国史上民选总统候选人最高得票率和得票总数的纪录，直到2020年蔡英文竞选连任时以8,170,231票超越其屹立近12年的得票纪录。
本次选举是中华民国政治史上第二次政党轮替，也是继2008年立法委员选举后，另一场攸关台湾未来走向的大型选举。中华民国中央政府绿地变蓝天，国民党在此次选举后，同时掌握立法院过半席次，再次完全执政。另一方面，与总统选举投票合并举行、涉及参与联合国议题的两项全国性公民投票案，皆因未达《公民投票法》所订“领票人数达总选举人数的百分之五十”之门槛而未能成案。
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2004年总统选举，时任总统陈水扁以两万九千多票的小幅差距击败了泛蓝的连宋配。民进党在总统大选胜利后，希望在同年年底的国会选举得到过半席次，但最后仍然由泛蓝过半。
从2005年起，中华民国总统府高层的弊案相继爆发、时任总统陈水扁以及民进党政府的说词一变再变。例如时任总统陈水扁声称如果吴淑珍有收SOGO礼券就会下台，后来变成国务机要费案一审有罪（届时大约已到2008年5月新总统上任的时候）就会下台，重挫总统府及民进党政府的声望。历次选举，民进党虽然保住基本盘，但明显得票有所倒退，甚至一些长期执政的县市被国民党夺去。
中国国民党由马英九当选主席以后，在马英九的超人气以及民进党政府在连串不利消息的冲击下，国民党的得票有所成长。但马英九因特别费案被起诉以后，尽管法院二审宣判无罪，但使马英九的清廉形象受损，国民党派系林立，尽管他成功代表国民党出选，也有不明朗的因素。
谢长廷夺得民进党的总统提名以后，民进党于一月的立委选举大败，时任总统陈水扁辞去主席以后，谢长廷当选代主席。
执政的民进党的谢长廷对在野的国民党的马英九，掀起2008年中华民国总统选举的序幕。
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除2004年中华民国总统选举（第11任总统）或2008年中华民国立法委员选举（第7届立法委员）得票超过百分之5的政党可以直接推荐总统、副总统候选人外[5]，其他小党或无党籍人士需要经过征求连署，并获得一定数量的连署人数，才可以成为正式候选人。此次总统选举，有三组被连署人：客家党的林金英与宋楚瑜（并非亲民党主席宋楚瑜，两人同名同姓）、大道慈悲济世党王崇任与赵连出，以及无党籍的大陆台商萧阳义与张振德[6][7][8]。不过中选会在民国96年（2007年）12月30日17时30分连署截止后，因为连署人数过低，这3组候选人失去参选资格（统计如下表），总统参选人确定由国、民两大党的候选人出线。
除以上未连署成功的候选人外，也有一些人士曾经自行宣布参选，但是未向中央选举委员会申请，不能正式征求连署，因此没有参选资格：黄越绥（前总统府国策顾问）[11][12]、柯赐海[13]、蔡胜文[14]、陈源奇、雷侨云、洪熙宁、张俊宏（海基会副董事长）以及香港知名人士陈乙东[来源请求]（巴士阿叔事件主角）。
- 一个国家：中华民国是个主权独立，多元社会与族群的国家。
- 两大原则：主体性与开放性两大原则。
- 黄金三角：经济发展，社会公义，生态环境能共同实现。
- 四个优先：台湾优先，环境优先，文化优先，弱势优先。
- 五种共生：物种的共生、两性的共生、族群的共生、政党的共生、国家的共生
- 六星计划：将台湾分成六大地区
- 幸福经济的产业发展：创新是长远之道
- 以三中取代一中：照顾中南部、中低阶层
- 三中之中小企业：全力维系生机，防止社会M型化
- 充分就业，与人民的幸福约定
- “青年有屋住”，前途一路发
- 幸福农业，追求人与土地亲善的生活方式
- 绿色财政改革：开征能源税，创造税制改革的契机
- 台湾维新，海洋立国：效仿日本明治维新，认为台湾要从政治、经济、格局、文化与价值观全面维新，朝海洋国家全面蜕变，台湾将更为壮大富强；并认为中华民国已经台湾化，台湾是主权独立的国家，下一步就是让台湾国家正常化。只要深化民主，强化台湾命运共同体的意识，让台湾有一部符合现状的宪法，并以台湾名义加入国际组织，是水到渠成的事。
- 和解共生：认为台湾是一个多元的及有多文化差异性的国家，这是一个事实，不可能消灭它，所以如果不采和解共生的路线，那么这个斗争及冲突将永远发生。 台湾这样的社会，是民族、语言多元化，应该有一套发展目标及策略，和解共生也就是这一套策略及目标。
- 主体性和开放性：台湾的内政改革和对中国大陆政策的原则。台湾的改革建设，应该推动对中交流，不过，前提是把台湾主体性做为基础的，积极发展作为海洋国家的特性，并能跟不同意见的政党合作包容。这包含了守护台湾的主体性，除了与中国大陆外还有跟其他各国的国际合作发展，这才是台湾的永续生存与发展的最高的原则。
- 对外交、两岸政策：对台湾来说传统的友好国，日本和美国的信赖关系的发展和强化作为目标，并推进与中国对话的现实稳健线路；并把日美做为轴，跟韩国，欧洲，有邦交的非洲、中南美、太平洋各国的关系积极发展重视。
- 提出“三不二没有”，承诺当选后，他与家人将不从事任何股买卖行为、不担任任何基金会董事、不与公家机关进行商业行为；他与家人没有持美国绿卡、没有拥有美国或其他国家护照。
- 未来行政院院长将会邀请企业界执行长来担任，并会和各党协商。
- 永续环境政策主张。
- 社会福利政策主张。
- 创造工作机会的经济发展政策主张。
- 教育改革政策主张。
- 不承认中国大陆学历，是为防止低薪竞争，使台湾人失业。[15]
- 活络传统产业 创造就业机会。
- 松绑法令 大赦台商 促进世界资金回流。
- 承诺上任后全面实施募兵制，没有任何训练时间，真正完全的募兵制，让青年人可以去追求自己的梦想。
- 承诺上任后全面打击现市场上的黑心中国大陆货物。
- 以两岸包机正常化来取代现在的直航限制。
预计投资新台币三兆九千九百亿元。
- 五大基本理念
- 区域均衡发展：依据北中南东部不同的需要与客观条件，研拟适合各区域发展的核心计画，包括高雄自由贸易及生态港、台中亚太航空运筹中心、桃园国际航空城、花东产业创新走廊，藉以带动各地区发展，同时也能发挥区域互补的功能，达成提升台湾整体竞争力的效果。
- 营建产业创新基础环境：建构六大产业创新走廊，并加强科研及技术人力培育，以为建设台湾成为研发创新中心奠定基础。
- 打造城乡新风貌：借由都市更新、老旧工业区更新、农村再生及海岸新生，以振兴老旧及发展落后地区的经济活力，并促进城乡均衡发展及所得均衡分配。
- 加速智慧资本的累积：从教育人力的投资、文化创意产业发展、无线宽频建设及智慧生活环境的营造，打造出台湾未来的竞争力。
- 重视永续发展：优先推动大规模造林、做好防洪治水、加速污水下水道建设及交通建设上重点为推动轨道运输等环保基础工程，以实际行动落实环境生态的保护。
- 五大效益
- 建造良好基础建设，活化台湾经济。
- 增加国内投资，让政府公共投资每年至少成长10％，并同步促进民间投资。
- 增加国民所得及就业机会。
- 改善生活环境，提升国民生活品质。
- 促进所得公平分配。
- 预期目标：政府未来八年内将投资2兆6500亿元，吸引民间投资1兆3400亿元，投资总金额达到3兆9900亿元，每年并提供12万人的就业机会；每年经济成长率6％以上，国民所得将达3万美元，失业率降至3％以下。关于公共投资的增加，政府将可透过税收的增加来支应，不致造成国库的负担。
- 执行说明
- 预算配合：未来十二项基础建设推动，除鼓励民间参与投资外，将全力争取立法院的预算支持，并与地方政府充分合作，以确保执行的顺利。在预算分配上，将更加重视区域均衡，挹注中南部及东部更多的预算及相关资源，以确保区域均衡发展。
- 国土规划及利用之配套改革：配合十二项基础建设，将重新规划改革国土空间利用架构，并配合修订土地相关法令，大幅提升土地利用的价值。
- 健全制度：建立公开、透明、公正的采购与公共工程发包制度及事后监督机制，杜绝公共建设浪费及弊端。
- 展现执行力：未来将严格管控公共建设执行进度，展现耳目一新的执行力。
- 3大主轴：产业创新、新兴产业、政策松绑
- 4兆回台：将国人存放海外财富4兆多元台币吸引回台投资，使百业由萧条转为繁荣
- 5万就业：观光、金融和医疗等服务业每年至少可新创5万个工作机会
- 参与全球经济整合活动：在WTO架构下推动与各国洽签自由贸易协定（FTA）或全面经济合作协定（CECA）；积极推动APEC架构下的“自由贸易协定”；积极参与国际货币基金（IMF）、世界银行（World Bank）及经济合作暨发展组织（OECD）等国际财经活动。
- 推动两岸经贸动态调整：以“活水计画”取代“鸟笼政策”：开放两岸海空直航，初期以桃园、台中清泉岗、台北松山、高雄小港、澎湖马公、花莲、台东七个机场列为两岸直航机场；展开两岸直航谈判，实现两岸直航；开放陆资来台投资生产事业；适度松绑对大陆投资的40％净值比例上限及产业别的投资限制，但鼓励关键技术留台。
- 开启两岸经贸协商新时代：全面展开两岸经贸协商，建立应有制度及规范，以符合国家长远的利益。
- 以台湾为核心，整合全球与大陆市场商机：推动“双黄金航圈”及“双营运中心”计画，利用台湾地理优势，推动东北亚及东南亚双航圈；利用台湾科技产业利基及经营大陆市场优势，建构高科技业之“双黄金三角”，以“矽谷—台北—上海”及“东京—台北—上海”的策略性连结，提升台湾在全球高科技发展的关键角色。
- 以两岸连结突破参与区域合作瓶颈：结合产官学力量，推动“东亚区域整合论坛”，邀集东亚各国产官学界参与，为形塑涵盖台湾的制度化区域经济整合，凝聚共识，参加东协加三、 东协十加六等区域经济整合安排；逐步实现“全台自由贸易区”。
- 实施“劳动所得退税补贴”新制，让有工作收入的低所得家庭，在报所得税时，政府不但不课税，反而发给补贴。
- 增加薪资扣除额：薪资特别扣除额及残障特别扣除额分别由每人78,000元及77,000元增至每人10万元，减轻受薪阶级及中低所得者的租税负担，照顾弱势族群。
- 增加教育扣除额：教育学费扣除额由每户改为每人2万5千元，降低父母家长对子女的教育负担
- 产业别奖励取消，功能别奖励加强：检讨取消产业别等租税减免奖励，强化研究发展、人才培育等功能别奖励。
- 调降营所税，提升国际竞争力：调降营利事业所得税至20%，并取消保留盈馀加征10%之税课，提升企业国际竞争力。
- 推动绿色税制，提升能源使用效率：增加的收入可用于补助企业提高能源使用效率、分担企业对其员工的社会福利支出、取消汽车及水泥以外所有的货物税、娱乐税、印花税、及汽车燃料使用费，以及对大众运输及低收入户给予能源津贴等。
- 全面改革税制：成立赋税改革委员会，以全盘观点，推动税制改革，包含所得税与遗赠税等，以建立公平、效率、简化及具国际竞争力的税制。
- 保障纳税者权益：于中央及地方设置纳税者权利保护官，协助辖区内纳税者与稽征机关协调解决税捐争议，保障纳税者权利，降低税务诉讼。
- 钱权由中央下放地方：秉持“钱权同时下放”、“地方实质财源增加”、“直辖市及县（市）财源只增不减”、“公式入法取代比例入法”、“鼓励各级政府开源节流”等原则，推动“财政收支划分法”修正案，以健全财政制度，改善地方财政困境。
- 提高遗产税免税额：为提升国际竞争力，未来势必要顺应国际潮流，调降遗产税率，但其确实幅度，应由赋改会做通盘考量后决定，目前可以先提高免税及扣除额度，由目前一个典型家户约1,300万（免税额779万加配偶、子女、丧葬费用等扣除额合计，其中房地产部分依公告现值而非市价计算），提高一倍到2,600万。
- 两岸关系：两岸政策将主张以“三不政策”－“不统、不独、不武”来处理，并且将和中共进行协商，承诺台海一百年和平。[16]；承认大陆地区学校学历是大势所趋，但须配套措施。[17]；开放两岸三通，推动两岸共同市场，促进海峡两岸人事物之交流。
- 行政区域：重新提出三都十五县计画[18]，乡镇市首长维持民选。
- 交通部分：推动北北基宜地区经济发展幸福工程；构筑北台湾轨道交通路网，达成轨道运输大串连；推动苏花高未完成前之花东交通建设计划。
- 教育政策 - 对台湾新世代的教育承诺。
- 劳动政策 - 自主、公平、发展的尊严劳动。
- 原住民政策 - 原住民族多元共荣。
- 宪政改革政策 - 台湾民主第二阶段改革宣言。
- 农业政策 - 马萧为台湾农业打拼，让农民好生活。
- 国防政策 - 打造精锐新国军、确保台海无战事。 全面实施募兵制，未来义务役男只需接受3个月训练。
- 青年政策 - 大病青年医 新态度 新台湾。
- 外交政策 - 活路外交、拥抱全球。
- 妇女政策 - 阳光女人两性共治。
- 人权政策 - 新世纪台湾人权宣言。
- 医疗政策 - 新世纪健康政策。
- 社福政策 - 公义社会、永续福利。
- 环境政策 - 健康、永续、顾台湾。
- 廉能政策 - 八项廉政革新，一扫八年贪腐。
- 文化政策 - 以文化为核心的全球布局。
- 客家政策 - 牵成客家、繁荣客庄。
2007年1月10日，民主行动联盟发起人之一、国立台湾大学心理系教授黄光国表示将会投入国民党内总统初选，但因为未曾担任党职，一度被认定资格不符；最后他自己决定不领表。[19][20] 在马英九遭到起诉前，国民党“马家军”的一些动作即遭挺立法院长王金平派的非议。马遭到起诉后，国民党于2月13日开临时中常会，以“排黑条款”抵触党章为由，认为应属无效。此举被批评为因人设事，专为马排除参选2008年总统的障碍。[21] 之后国民党荣誉党主席连战邀集马英九、王金平、吴伯雄等党内高层会商，达成六点程序性共识。[22]
国民党内总统初选领表，一共有马英九与高雄师范大学教授雷侨云两人领表，但雷侨云未通过连署门槛。 [20][23] 另一位被视为党内可能候选人的立法院长王金平并未领表，宣告在总统初选中出局，不能成为国民党提名的总统候选人。由于获得初选参选人资格的只有马英九一人，因此国民党并未办理初选，2007年5月2日，国民党中常会核备马英九为代表国民党的总统参选人。[24][25]
在副手方面，国民党高层原本属意由王金平成为副总统候选人与马英九搭档竞选，但马王两人意愿皆不高，最终于2007年5月31日破局[26]；最后于2007年6月23日确定由前行政院长萧万长成为副总统候选人[27]。
由于在2008年立委选举过后，泛蓝阵营获得超过4分之3的席次，因此时任总统陈水扁在1月12日晚上宣布辞去民进党主席职位；在1月14日的临时中执会上宣布由谢长廷担任党主席。谢长廷表示未来党部和竞选总部将会合而为一，并宣示2008年总统大选将摒弃以往民进党的选举方式，以不鼓动社会对立、不挑动族群，也不强调民粹为基调，如果败选将会退出政坛[29]。
2008年1月27日，国民党正副总统参选人马英九与萧万长、民进党正副总统参选人谢长廷与苏贞昌，双双前往中选会，申请登记为第十二任总统、副总统候选人。[30] 谢长廷在登记后随即召开记者会，宣示“新三不二没有”：当选后家人不会买股票、不会担任任何基金会董事长、不会和公家机关有任何买卖、没有绿卡、没有国外护照等。外界一般认为，此宣示是为了与时任总统陈水扁切割；但后来演变成“绿卡风波”。[31]
2008年总统大选电视辩论会是由中央通讯社、中国时报、联合报、自由时报、公共电视所共同主办，共有二场，第一场是在2008年2月24日下午举办，特色是有20个公民提问，第二场是在同年3月9日下午举办。
中选会所主办的电视政见发表会依照“总统副总统选举候选人电视政见发表会实施办法”共举办4场，其中总统候选人3场、副总统候选人1场。分别于2月29日（公视转播）、3月7日（台视转播）、3月10日（副总统候选人，中视转播）、3月14日（华视转播）。电视政见发表会没有设置交互辩论时间，而由候选人各发表政见2次，每次时间为15分钟。
2008年3月12日，国民党籍立法委员费鸿泰、罗明才、陈杰、罗淑蕾等四人质疑第一金控总经理于立法院财政委员会的质询时，所言谢的竞选总部仅租借1～3楼，4楼以上目前未使用。故与财政部部长何志钦等官员及第一银行高层，以“公务会勘”为由闯入长昌配竞选总部“台湾维新馆”，后遭即被长昌总部幕僚人员林耀文拦下。就在费鸿泰等人在下楼之后，即被在场前来抗议国民党立委行为的谢阵营支持者团团包围，历时约3个小时。最后，在竞选总部执行总干事李应元在宣传车上表示任务完成，允许群众让警方保护费鸿泰等人的警车离去，才化解危机。有数人在事件中受伤挂彩，其中包括费鸿泰委员、谢营支持者及11名员警[32][33][34]。国民党籍总统候选人马英九在第一时间知悉此事件后，对蓝营立委的不当行动致歉[35]。
此事件发生后，谢阵营指责费鸿泰等人偷窃、踹门、入侵民宅……等，后续效应陆续发酵。国民党主席吴伯雄在3月13日率当事的4位立委公开向外界鞠躬道歉[36]，费鸿泰等四位立委也由国民党中央作出停止一年党权的处分[37]。何志钦亦于3月13日请辞财政部长，并于当日获行政院院长张俊雄批准[38][39][40]。而费鸿泰除了宣布辞去国民党立院党团召集人之外[41]，并于3月14日上午在立法院召开记者会，宣布正式退出国民党，以示对此事件负责。费鸿泰并宣称，如果因此事件而造成马英九落选，他不排除结束自己的生命[42][43][44]。除此之外，警方也针对5名包围警车滋事的谢营支持者，依妨害公务、毁损等罪嫌函送法办。
谢长廷阵营指控，这件事情证明，国会及民意代表职权暧昧且无法可管。但国民党也有所反击，批谢总部的包围举动很没礼貌，因为3月4日民进党台北市议员周威佑、李建昌、徐佳青、黄向群曾到马萧总部踢馆，但当时马阵营是以礼相待、并没有动员群众制造冲突[45]。国民党立委林益世3月12日表示，“他们4位议员来到马英九的总部，结果我们是以礼相待；而且他们要看什么地方，都让他们去看，让他们去检查[46]。”
2008年3月16日，在中正纪念堂换牌楼一事成为绿营政治明星的庄国荣，出席民进党“长（谢长廷）昌（苏贞昌）”台中市竞选总部“316击掌逆转胜”活动时，在台上的发言引起争议，“马英九其实本人只会演戏。他除了会演戏以外，其实是个无能的人。（我）反对像马英九这种软弱的小孬孬，他就是会演戏而已。他的演技跟胡志强都很厉害，当个演员不错；但是当总统，会害我们变成像西藏一样。”“马英九给我的感觉就像个小孬孬，一辈子可能不知道何谓guts，不知道什么是男子气概和魄力。他在面对中共的时候，很容易膝盖就软掉，就要下跪；所以台湾选上马英九，大家就等著像这两天，看到西藏的情况一样，等著被屠杀、被迫害。”粗口骂马英九已过世的父亲马鹤凌与干女儿的绯闻：“马英九的爸爸每天满口仁义道德，却跑去开查某（台语，嫖妓玩女人），干女儿变成干女儿啦！这种人全家都在骗人。”
由于舆论哗然，对谢阵营选情有负面影响，庄国荣于当晚向部长杜正胜请辞并立即获准。[47]
而各界对于庄国荣此次行为，社会各界出现许多批评的声浪，如陈孝萱、郭素春。[48][49] 并一再强调庄国荣既不是谢阵营干部，也不是民进党员，其行为与谢阵营完全无关。
媒体更比喻成2008年3月12日去谢总部踢馆的国民党籍立法委员费鸿泰、罗明才、陈杰、罗淑蕾是四个笨蛋，庄国荣是一个蠢蛋。原本在踢馆事件后，绿营评估选情逐渐看好，没想到选前五天的这个关头，自称勇者无惧的庄国荣居然跑出来讲脏话，而这几句话，让绿营的逆转气势又再度被马阵营逆转过来。[50]
2008年6月19日，政治大学决定2009年年度将不续聘庄国荣。[51]
2008年3月18日，江霞在苗栗县苑里镇的长昌民主护台湾造势晚会助讲时，在二十多分钟演说中，重话抨击返台挺蓝艺人，只有选举时才回国，有的拿加拿大、美国护照，平时未在台湾消费、带给台湾实质利益，江问台下民众说：“一百多名海外回国挺蓝的艺人是不是台湾人？”台下有民众回应：“不是！”江霞接著炮轰挺蓝艺人说：“他们选举投完票就回侨居地，根本不爱台湾，所以大家不用把他们当人看！国民党利用他们来影响台湾人，希望乡亲不要受影响。”当晚有《中国时报》、《联合报》和《自由时报》三家平面媒体到场采访，而《中时》、《自由》都刊出报导。
3月19日，江霞发表声明表示，她的原意与《中国时报》载称“不用把他们当人看”之断章取义等夸大用语及意义有相当出入，一切“都是媒体炒作的结果”，她保留对《中国时报》提告之权利，“我只是普通的家庭主妇，怕什么？我挺绿是原罪，因为挺绿的艺人很稀有”。《中国时报》发言人张景为回应，报导是记者当天在现场“逐字逐句”听到的，该报没做任何修改，本日的《自由时报》也刊登一样的内容，“不可能两报同时都听错吧？”《自由时报》发言人苏宇晖说，新闻稿都没更动，“外界如何评论，我们都没有意见。”马萧竞选总部发言人徐中雄说：“如果海外回台投票的人都不是台湾人，那金美龄是什么人？”国立台湾大学名誉教授贺德芬说，江霞的说法造成的不良性和庄国荣不相上下，对于族群对立、社会仇恨的影响伤害非常大。世新大学新闻系教授彭怀恩说，侨胞也有回台投票给绿营的，投完就走；“若台湾2,300万人再区分，如何对抗13亿中国人”[52]。
针对江霞的发言，有不少挺蓝的艺人或海外艺人表示不满[53]，甚至资深艺人高凌风前往台北地检署控告江霞公然侮辱，并表示：“江霞是压垮谢长廷和解共生论的最后一根稻草。”为马英九站台时，陈松勇说：“认识她好几十年了，现在只想说，个人造业个人担！”。针对江霞的发言，有媒体找出2004年的报导，指她的女儿在美国嫁给外国人，回台投票给绿营，刻意显示江霞的双重标准。
至于绿营方面，策划当晚晚会的长昌苑里竞选总部总干事、苗栗县议员李聪祥表示，他们没有录音，所以无法证明江霞是否有说“不用把他们当人看”这句话。当时工作人员就发现麦克风发声有问题，也有可能是江霞讲“不用把他们当‘台湾’人看”，因麦克风出状况，句中的“台湾”两字没放送出来，所以造成一场误会。也有出席这次造势晚会的艺人安迪说“当天现场很乱，我没听到江霞说挺蓝艺人不是人，当时天候不佳打雷又闪电，麦克风也频频断音，说的话会跟听到的有出入。”
江霞原打算控告媒体报导不实，但后来面对媒体简短谈话后发出声明稿，表明“不想成为焦点，但无能为力”；“谣言止于智者，从来不与人为敌”，“不用讨回公道”，随即在前华视节目部经理许永德开道护送下离开。后来媒体向她确认是否要告两家报纸，她表示要告，不过会另外选择适当时候，会自行处理。
另，长昌基隆竞选总部昨出示一份“出自公务机关”的表格，指控基隆市行政机关，涉嫌介入国民党“票匦奇兵”计画，很多里长都分配“任务”提报名册，投票当天分批运载民众去投票，违反行政中立及选罢法。长昌基隆竞选总部昨也到基隆地检署控告国民党及基隆市政府。
基隆市长张通荣与秘书长许清坤等人都否认行政机关介入，将清查有没有公务员介入，国民党基隆市党部也否认有这回事[54]。
2008年2月，《壹周刊》爆料，马英九大姐马以南于2007年6月，赴深圳密会逃至中国大陆的十大通缉要犯竹联帮大老张安乐[55]，两人一同出席台商的募款餐会，为马英九拉票，并募款约两千万元；事后，两人还有第二次的挺马密会。马总部发言人坦承有其事，但称是“巧遇”。马英九表示，他对细节不是很了解，但知道马以南在中国大陆和台商有聚会。此事被民进党质疑国民党与黑金搭上线。[56][57]
2007年7月，总统大选前半年，马英九访问日本时由幕僚表示曾与日本首相安倍晋三及外相麻生太郎等人见面，并透露会谈时两人曾强烈表达支持马英九。事后，日本产经新闻报导安倍与麻生“对此毫无事实的报导感到困扰”，安倍晋三更公开表示以“行程满档”婉拒见马英九。[58]
2007年12月8日，马英九面与原住民座谈时说：“他（原住民）基因没问题 ，他机会有问题，我给他机会，但你来做就要好好做”，“我把你（原住民）当人看，要好好把你教育”。此言论惹火原住民，被谴责充满阶级意识、大汉沙文主义、歧视原住民。[59][60][61]
2008年2月24日，在总统大选辩论会上公民提问：“若达不到633政见目标，是否愿捐出未来四年总统任期一半的薪水?”，马英九当时回答：“捐款没问题”。三年个8月后，在“黄金十年”记者会被媒体问：633政见已跳票，是否会兑现捐出半薪的承诺？他回答：“如果能够用捐款就可以解决，那未免太容易了吧。”[62][63][64][65][66]
2008年12月11日，民进党立委蔡同荣质疑马英九谎报自己的出生地。根据马英九女儿马唯中在美国的出生证明上的记载，马英九填写他自己的出生年是1950年，出生地是深圳。由于马英九在中华人民共和国于1949年10月建国后才出生于深圳，蔡同荣指控马英九是中华人民共和国公民。总统府拿出马英九出生时香港生死登记处核发的出生证明正本来反驳此一说法[67]。
![[icon]](#/media/File:Wiki_letter_w_cropped.svg){kind=small} | 此章节需要扩充。 (2008年3月14日) |
由于各候选人与所属政党皆大量推出各种平面与电子宣传，故以下列出的竞选文宣以电视广告（CF）为主。
谢长廷、苏贞昌主轴：“护台湾、救民主、两党共治、台湾进步”[68]
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马英九、萧万长
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| 县市 | 选举人数 | 谢长廷、苏贞昌 | 马英九、萧万长 
|
无效票 | 投票率 | 前二名 得票差 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 得票数 | 得票率 | 得票数 | 得票率 | |||||||
| 台北市 | 2,042,805 | 593,256 | 36.97% | 1,011,546 | 63.03% | 12,807 | 79.19% | 418,290 | ||
| 台北县 | 2,878,477 | 866,915 | 38.94% | 1,359,419 | 61.06% | 21,169 | 78.08% | 492,504 | ||
| 基隆市 | 297,794 | 72,562 | 32.27% | 152,327 | 67.73% | 1,701 | 76.09% | 79,765 | ||
| 宜兰县 | 346,921 | 123,700 | 48.58% | 130,951 | 51.42% | 1,991 | 73.98% | 7,251 | ||
| 桃园县 | 1,396,390 | 379,416 | 35.36% | 693,602 | 64.64% | 10,330 | 77.58% | 314,186 | ||
| 新竹县 | 358,433 | 73,178 | 25.98% | 208,445 | 74.02% | 2,723 | 79.33% | 135,267 | ||
| 新竹市 | 289,862 | 79,634 | 35.30% | 145,930 | 64.70% | 2,036 | 78.52% | 66,296 | ||
| 苗栗县 | 420,176 | 92,795 | 29.01% | 227,069 | 70.99% | 2,974 | 76.83% | 134,274 | ||
| 台中县 | 1,135,237 | 353,706 | 41.16% | 505,698 | 58.84% | 8,761 | 76.47% | 151,992 | ||
| 台中市 | 769,926 | 226,751 | 38.26% | 365,979 | 61.74% | 5,836 | 77.74% | 139,228 | ||
| 彰化县 | 981,262 | 309,134 | 42.41% | 419,700 | 57.59% | 7,558 | 75.05% | 110,566 | ||
| 南投县 | 404,968 | 109,955 | 37.97% | 179,630 | 62.03% | 2,467 | 72.12% | 69,675 | ||
| 云林县 | 557,704 | 199,558 | 51.53% | 187,705 | 48.47% | 3,451 | 70.06% | -11,853 | ||
| 嘉义县 | 427,808 | 166,833 | 54.44% | 139,603 | 45.56% | 2,936 | 72.32% | -27,230 | ||
| 嘉义市 | 200,834 | 72,442 | 47.61% | 79,713 | 52.39% | 1,154 | 76.34% | 7,271 | ||
| 台南县 | 854,240 | 354,409 | 56.15% | 276,751 | 43.85% | 5,614 | 74.54% | -77,658 | ||
| 台南市 | 578,159 | 216,815 | 49.29% | 223,034 | 50.71% | 3,843 | 76.74% | 6,219 | ||
| 高雄市 | 1,163,546 | 440,367 | 48.41% | 469,252 | 51.59% | 7,112 | 78.79% | 28,885 | ||
| 高雄县 | 953,610 | 373,900 | 51.41% | 353,333 | 48.59% | 5,859 | 76.88% | -20,567 | ||
| 屏东县 | 679,205 | 249,795 | 50.25% | 247,305 | 49.75% | 3,823 | 73.75% | -2,490 | ||
| 台东县 | 177,843 | 29,714 | 26.68% | 81,668 | 73.32% | 977 | 63.18% | 51,954 | ||
| 花莲县 | 260,820 | 40,003 | 22.52% | 137,604 | 77.48% | 1,970 | 68.85% | 97,601 | ||
| 澎湖县 | 72,170 | 18,181 | 42.07% | 25,037 | 57.93% | 363 | 60.39% | 6,856 | ||
| 金门县 | 65,572 | 1,710 | 4.87% | 33,384 | 95.13% | 172 | 53.78% | 31,674 | ||
| 连江县 | 7,860 | 220 | 4.84% | 4,329 | 95.16% | 19 | 58.12% | 4,109 | ||
注：
| ||||||||||
第12任中华民国总统副总统选举结果地图
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各县市得票数领先者地图
马英九领先 谢长廷领先 -
各县市得票率地图 -
各乡镇市区得票率地图
第5案、第6案全国性公民投票与本次总统选举同日举行。本次共有两案，分别由民主进步党前主席游锡堃及中国国民党籍副总统候选人萧万长领衔提出。第5案为“以台湾名义加入联合国”（一般称“入联公投”），第6案为“以务实、有弹性的策略重返联合国及加入其它国际组织”（一般称“返联公投”）。由于两项公投的“领票率皆低于公民投票法所规定的选举人总数的百分之五十门槛”，故皆遭到否决。
- 第5案
- 1971年中华人民共和国进入联合国，取代中华民国，台湾成为国际孤儿。为强烈表达台湾人民的意志，提升台湾的国际地位及参与，您是否同意政府以“台湾”名义加入联合国？
- 第6案
- 您是否同意我国申请重返联合国及加入其他组织，名称采务实、有弹性的策略，亦即赞成以中华民国名义、或以我国及台湾名义、或以其他有助于成功并兼顾尊严的名称，申请重返联合国及加入其他国家组织？
| 案次 | 同意票 （同意之百分比） |
不同意票 （不同意之百分比） |
有效票数 | 无效票 | 投票人数 | 投票权人数 | 投票人数 对投票权人数 |
投票结果 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 第5案 “台湾入联合国” |
5,529,230 (94.01%) |
352,359 (5.99%) |
5,881,589 | 320,088 | 6,201,677 | 17,313,854 | 35.82% | 否决 |
| 第6案 “务实返联公投” |
4,962,309 (87.27%) |
724,060 (12.73%) |
5,686,369 | 500,749 | 6,187,118 | 17,313,854 | 35.74% | 否决 |
 | 此条目可能包含原创研究。 (2012年11月12日) |
在本次选举结束以前，《亚洲周刊》总编辑邱立本表示，马萧将会以压倒性票数击败长昌配，还会领先高达两百万票。[72]
在本次选举中，马萧除了保住现有执政的县市外、还把台南市、高雄市以少幅差距攻下，一共攻下了多个县市。在台北市，马英九终于得到过百万的选票。而在台北县，马营的领先幅度还破了连宋领先陈吕的记录。马营一反连宋四年前的“北部小赢、中部打平、南部大输”变成了“北部超赢、中部大赢、南部打平”。
反观绿营，在苏贞昌执政七年的台北县、谢长廷执政六年多的高雄市、在县市长选举以少幅差距落后但在以前长期执政的宜兰县、嘉义市、绿军常胜的台南市也未能守住，屏东县则是数度翻盘，最后只差两千多票得以保住。尽管在谢营领先的高雄县、嘉义县、云林县等，亦只是少幅领先。就算是陈水扁的故乡台南县，也只是以八万不到的数字领先于马营。谢营的布署像上次总统选举一样，希望在南部大赢，把胜出的票数去补回在北部所输的票数，然后再与蓝营决战中台湾。但由于北部输太多，中部也大输、南部仅仅打平，最终大落后二百多万票。[73]:254-255
另外，若从“得票差距变化”这个角度来看，蓝营和绿营在北部、中部台湾的得票差距比起先前几次选举要来得更大，而南部台湾的得票差距则大幅缩小。就这一点而言，蓝营事实上可以说是全盘皆赢，而绿营则是全盘皆输。
总括而言，马英九的得票创下了中华民国总统民选以后，胜出者得票数及得票率最高的记录。（得票数纪录已于2020年由蔡英文的817万票数据打破，不过得票率最高仍为2008年选举的马英九阵营）。
选前，谢长廷的竞选主轴是猛打马英九的诚信及绿卡问题、一党独大、一中市场。反之马英九强调要拯救台湾的经济，不再拼政治。现在马英九以二百二十一万的大幅差距大胜，绿营只维持了略过四成的得票，比一月的立委选举的得票只成长了一点，且成长几乎与台联的转移票相当，等于没有实质成长。[73]:266-267 台湾维新馆事件发生后在媒体的民调中显示，事件对马营是起扣分作用。但马英九不断作出道歉，国民党主席吴伯雄领著四个生事的立委鞠躬道歉，仅由道歉便达到了显示负责任态度的效果。反观庄国荣（教育部主任秘书，非民主进步党籍）失言事件，庄辞职发书面声明，而绿营当日没有作出道歉，在翌日才作出一次道歉。江霞一席“不把他们当人看”的失言，激起一些海外有投票权的民众（尤其是挺马的海外民众）大批赶回台湾投票。选举结果显示台湾民众对陈水扁八年来的统治严重失望，也对民进党没有及时作出足够的反省失望，对谢长廷避谈政见只揭疮疤的竞选主轴未能认同。
2008年3月24日，亚洲创制公投中心分析，入联公投与返联公投都失败的主要原因，除了受到政党政治高度激化让公投必须和总统选举同时举行以外，就是缺乏公共辩论的空间，这样的公投做法不仅没有启迪民众，反而更让民众感到困惑；他们也认为，这次的公投比较像是在投票所中以领取或拒领的方式公开进行，这样的安排将使投票所内一些政党代表得以介入影响民众领取公投票，值得检讨。来自香港的亚洲创制公投中心公投观察员何秀兰认为，这次公投是由下而上发动举行，但公投议题与民众日常生活并没有太大的关联，而且政党介入太深导致公投变成总统选举的议题，都让民众投票意愿大大降低；这次总统选举的投票率有76%，如果民众真的认同公投议题，公投门槛自然不是问题；政府未来应该针对公投的议题，多多举行公共辩论，让民众能有更多的了解和参与意愿[74]。
2008年3月27日，国立清华大学教授李丁赞说，在这种二选一的选战里，只有赢得中间选民者才能胜选，而只有透过对话、论辩与证据才能说服中间选民；如果民进党及其支持者能记取教训，尽速扬弃基本教义的束缚，走回中道多元的价值，系统就会逐渐开放，中间选民就会回流，“煽情的时代已经过去了，想要用基本教义来执政是不可能的”[75]。
2008年4月17日，施明德讽刺，民进党败选成这个样子，还不知检讨罪魁祸首陈水扁及那些共犯结构；原本社会还需要民进党来帮忙监督制衡国民党，但民进党已经失去公信力，“社会不一定需要民进党，没有‘非民进党不可’这件事，民进党到现在还没有跌到谷底”；民进党的人头党员问题非常严重，党主席、中执委、中常委与党代表都是人头党员选出，陈水扁、谢长廷、蔡同荣与新潮流系都是人头党员大户，谁来检讨败选都没有作用[76]。
2008年4月18日，台湾社发表〈一人一万元办报运动，募款公开信〉，由台湾社社长吴树民、台湾北社社长张学逸、台湾南社社长郑正煜、台湾东社社长余文仪、台湾中社社长戴正德、台湾客社社长张叶森、台湾角社社长锺年晃、台湾青社社长许舜斌联名发表。[77]
2008年4月21日，江春男说，民进党现在最大的问题就是丧失社会基础：过去民进党代表进步的力量，所以受到中产阶级的支持，然后吸纳代表本土力量的农民；但如今，中产阶级转而支持国民党，农民则被国民党地方派系挖回去，于是民进党从“两头都有”变成“两头落空”；在这种状况下，民进党最重要的事情是“重新寻找社会支持的基础在哪里”[78]。
2008年4月23日，李登辉在台联中央党部乔迁茶会上说，本次选举宣告，台湾统独斗争的时代已经过去了，台湾已经是一个主权独立国家，没必要再主张台独[79]。
2008年4月25日，陈师孟出席民进党第12届党主席选举参选人辜宽敏的宣布参选记者会，他说，“终极统一”就是“台湾总有一天会回归中国”，马英九选前一再回避“终极统一”的论调，但他消费台湾前途的论调“居然得到大多数人民的支持”；他又说：“中国国民党政权复辟，代表台湾人民在自由意志之下选择让外来政权继续统治。这是不是也象征，从来没有统治过台湾的中国政权未来如果统治台湾，是不是台湾人民也同样不在乎？”[80]2008年4月26日，陈师孟说，国民党的“爱台湾”就像是“仿冒皮包”，但是民进党“不能因为仿冒皮包卖得非常好，就说我们真的皮包要修改”；段宜康则认为，“若仿冒的做得比你更实用、更便宜、市场占有率比你高，谁还会记得你这创始店？何况我们也没有专利”，他赞成民进党不应修改原品牌，民进党要对自己的品牌有信心，但要把原品牌加工为更细致、更有深度、符合社会需求的品牌，不能用轻视对手攻击性言词、贬低对手来壮胆，不能只有国家认同与国家定位，也应在其他公共议题著墨发挥[81]。
2008年7月7日，针对陈师孟的“仿冒皮包说”，简锡堦说，国民党之所以能轻易抢走民进党的“品牌”，是因为民进党的“品牌”也是抄袭来的：民进党抄完“新中间路线”，现在想要抄“中间偏左”，偏偏都只抄半套，把产品做得“超像”名牌，却缺乏品牌背后的精神价值及强大的售后服务，如此一来，那只是A货；不具品牌精神的A货当然很快就被仿冒技术更精良的政党替代掉，“无头苍蝇是不会令人感动的”[82]。
2009年1月19日，陈水扁的著作《台湾的十字架》上市，他在书中批评，2008年总统大选，民进党最大敌人是在内部“各怀鬼胎，分崩离析”；他说，本来他有一个让民进党赢得2008年总统大选的策略，民进党必须打“台湾牌”胜于“个人牌”、打“团体战”优于“个人战”，但最后“事与愿违，只能徒呼负负”[83]。
2010年1月10日，前民进党主席林义雄在三立新闻台的专访中说，他没有看到民进党败选后有很大改变，民进党的败选检讨做得不确实；民进党败选的原因，主因是陈水扁执政不好，另一个原因是党内初选争夺权位的风度不好，这两点民进党都没有检讨[84]。
2011年10月25日，辜宽敏批评，民进党在本次选举以两百多万票之差惨败，民进党没有人为此负责，让他觉得身为台湾人很可耻[85]。
2013年4月9日，姚嘉文说，民进党建党以来的中国政策是正确且健康的，民进党过去的两岸政策没有失败的问题，民进党认为台湾主权独立、不属于中国，美国的想法与民进党的看法相同，谢长廷要调整绿营政策的做法不会获得党内同意，谢长廷2008年参选总统时回避谈台独，“不讲台独，谢长廷一样选输，有自我检讨吗？”[86]2013年4月11日，谢长廷办公室发出新闻稿回应姚嘉文：
针对姚嘉文院长日前对媒体表示因为选举没讲台独才输，谢长廷表示，姚院长的说法跟选后各种民调和分析不同，民众应可自行判断。记得民进党为了赢得2000年的选举，还特别通过〈台湾前途决议文〉，缓和台独党纲影响；2004年胜选，也没以台独为诉求；2008、2012年，更没有看过任何选后评论和民调可以支持这种说法的正确性。例如政治大学童振源教授在2012年大选后，在2月6－9日所做的民调数据就指出，约有77.3万人（约占全部投票人数的比例为5.75%）因两岸关系而投给马英九。
美国和多数台湾民众一样支持国民党或偏向马英九，不是因为支持统一的问题，而是支持稳定，这也是多数民众的需要。民进党当然有自己的政策；但要赢取选举、稳定执政、及获得大多数民众支持，美国和中国的看法都要考虑。[87]
2014年7月，美国约翰霍普金斯大学国际关系学院中国研究项目主任蓝普顿接受中评社专访时说，民进党内部正在辩论两岸政策，若民进党欲重返执政，民进党应“从陈水扁那里吸取教训”。他说，陈水扁执政之初，美国总统小布希也许是他所能想像的对台湾最友好的美国总统，最后陈水扁却将小布希变成了对手，人们可以从中领悟点什么；“我想，如果民进党从陈水扁那里学到教训，也许有可能使北京（当局）继续他们的容忍度：民进党将来的领导人可能跟过去不一样”[88]。
2014年11月9日，参加本年秋斗的团体在民进党中央党部前抗议，三莺部落自救会顾问江一豪批评：民进党多年来吸收很多他们社会运动的同伴，但这些人不知道他们就算进到民进党也无法实现理想，因为民进党其实跟国民党没有什么两样[89]；民进党过去在中央和地方执政时，和国民党一样都选择和财团结合，推动发展至上、压迫底层民众的政策；本年秋斗已提前5日传真提问，但民进党一直没有回应；民进党长年以来不断吸纳社运人士，但“民进党是垃圾党”，加入民进党的人不是被民进党污染、就是“本来就是个烂货”。同日，民进党社运部副主任陈子瑜说，民进党于本月8日晚上才收到秋斗团体的诉求，目前还在讨论中[90]。
2014年11月25日，清华大学公共管理学院副教授郑振清说，1990年代后期以后，民进党政客刻意宣扬“本土对抗外来”、“台湾认同对抗中国认同”的“认同政治”动员方式，远离了左翼思想和社会阶级动员；陈水扁执政八年间，与大企业联手建立政商寻租联盟，不仅收编了台湾主要工商团体，还大力推行图利大企业和财团的公营事业民营化，这些作法不仅使民进党与中小企业关系疏远，也使民进党失去很多基层社会运动团体的支持[91]。
谢长廷在得知落选后，于选举日当晚发表“今天不要为我哭泣”演说，除了恭贺当选人马英九先生与萧万长先生，并表明将兑现先前的选举承诺（也就是退出政坛）。而马英九在稍后的记者会中表示曾和谢长廷通过电话，表达对于谢长廷在选后的态度予以肯定，并承诺会将谢长廷的部分政见纳入未来施政方向。不过，在选后谢长廷的动作频频，除积极推动让新加入民主进步党的青年党员有投票权来直选主席，为日后的政治资本布局；并且在电视谈话性节目中表示，要成立“影子政府”，来监督政府施政。
| “ | 民主包括结果，也包括过程，过程难免有争议，但是我们接受，不要再有抗争，让我们的社会非常迅速地能够修补因为选举所留下来的裂痕，让我们的人民能够很快地生活在爱与信任的环境里面。
我们选举失败，但是我们还有更重要的任务，就是祖先留下来的民主的火种不能熄灭，我们要转失望为动力，守护台湾的民主。我相信所有民主进步党的同志都会谦卑、反省，但是身为候选人，我要承担较大的责任。 我除了会兑现对败选的一切承诺外，也将持续守护民主、守护台湾，我的生命属于台湾，舍此无处可去，这是我个人的挫折，不是台湾主体性的倒退，是民主的结果，不是民主的失败。 [92][93] |
” |
| ——谢长廷 | ||
| “ | 我再次重申，选举是我个人的失败，不是台湾的失败，今天不要为我哭泣，聚集我们的力量继续热爱台湾。台湾的发展从来就不是顺风而行，风愈大我们愈要走，我们要永远跟人民站在一起，衷心地为台湾祝福，我们相信人民，也相信台湾。[92][93] | ” |
| ——谢长廷 | ||
在国民党得知马英九胜选时，国民党主席吴伯雄和日前宣布退出政坛的亲民党主席宋楚瑜双双进入国民党中央党部，由吴伯雄宣布国亲合作，不排除合并。
 |
民进党在选举中大败，失去了执政权，显示选民对马英九的支持度较高，同时也较不认同民进党现在的方向。
民进党代主席、总统参选人谢长廷宣布辞去党主席，但最后点头同意留任至五月新主席上任为止。在这个时候，民进党中检讨声浪再起，民进党举办了多次的座谈会，检讨成败得失。甚至邀请历任党主席、历任党秘书长、媒体等参与意见。但排蓝民调存废在党内引起很大议论。尽管中执会通过废除排蓝民调，但仍需要全代会通过，变数甚大。
谢长廷、吕秀莲等动员年轻人加入民进党，谢长廷更建议，开放给这些新入党的年轻人于党主席选举中投票，关于这一点，副总统参选人苏贞昌表示反对，他表示对其他年龄层的党员不公平。
民进党新任党主席到底应如何选出、人选为何，民进党内部议论纷纷，例如传出前总统府秘书长陈师孟、民进党秘书长李应元等。结果前民视董事长、立委蔡同荣登记参选。陈师孟支持总统府资政辜宽敏角逐、党内跨派系劝出前行政院副院长、前陆委会主委蔡英文参选。民进党内部原属意候选人登记以后再协调一人同额参选，但协调破局，变成三人混战的局面。
民主进步党执政8年最终重回在野，败选后的民进党情绪一度低落，还存在著党内分裂的危机；同时检讨党的价值、路线、方针，实行改革的呼吁不断涌现。谢长廷退出政坛、陈水扁告别总统生涯等，表明了民进党世代即将进行更替。本次党主席的选举被认为是民进党的一次转折点和机会，影响党的未来走向；党的台湾独立路线的争论和态度成为主要焦点。[98][99] 最后选举结果出炉，由蔡英文当选民主进步党主席，为该党创党22年来历任主席中最年轻的一位，同时也是首位女党魁。
国民党于今次选举中大胜，终于夺回了失去八年的执政权，达到行政及立法也属于同一党的“完全执政”局面。新任总统马英九可以施展自己的抱负。
他为了使新上任的行政团队可以立即上路，所以起用萧万长时代的行政院副院长、1993年与他一起入阁的前交通部长刘兆玄为行政院长。但在行政院长的产生过程中，国民党的放话文化非常严重，刘兆玄与前立法院副院长江丙坤也是呼声最高的人选。但有黑函相继攻击刘兆玄的绯闻及江丙坤的年龄。马英九为了快刀斩乱麻，于是提早宣布刘兆玄是内定行政院长。于是九万（马萧竞选时的称呼），变成了九万兆。关于江丙坤会否出任海峡交流基金会董事长，江在媒体访问时表示“随缘”，后来马英九也宣布江丙坤接任海基会董事长。
在刘兆玄组阁过程中，放话文化的问题进一步被激化，甚至演化为人事卡位风波，台中市长胡志强是否升任总统府秘书长，成为媒体的焦点。胡志强明显受到了巨大劝进压力，由原本马当选当天断言拒绝，直至演变成表示“为难”。原本马营在南部的辅选大将前卫生署长、现国民党副秘书长詹启贤，一直是行政院副院长呼声最高的人选，但最后詹启贤只有发出新闻稿，宣布在马英九就职以后不会加入政府，这继詹氏未被提名为国民党不分区立委之后的另一次伤害。詹启贤宣布不入政府后，马团队宣布由国民党副主席詹春柏为总统府秘书长，退出2006年台北市长初选的前台北市副市长叶金川为总统府副秘书长。
教育部长呼声最高的是马英九在台北市长时代的教育局长吴清基，吴清基在接受访问时，表明“如果马英九征询一定会去”，但刘兆玄公布第一波内阁名单时，却没有公布教育部长的人选。吴清基此时却表现得低调，最后表明“要有尊严”，宣布不会入阁。此时却爆出第二位人选，前教育部长杨朝祥，此时又再爆出黑函攻击杨朝祥的景文案，杨朝祥亦表明不会入阁。
刘兆玄起用前财政部长邱正雄为行政院副院长。前国科会副主委薛香川为行政院秘书长。国民党副秘书长廖风德为内政部长，驻瓜地马拉大使欧鸿炼为外交部长。前监委、前真调会主委王清峰为法务部长、前交通部次长毛治国为交通部长。刘兆玄起用一些以前有部长经验者，或在政府为副部长级的人士或学者入阁，也是配合马英九的立即上手的想法。这个内阁，被媒体称为“博士内阁”。
第二波内阁人事公布，马英九起用前台联立委赖幸媛为陆委会主委，不止舆论惊讶，连国民党立委也有骂声，邱毅直批提出给赖当陆委会主委的人是头脑不清。
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