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行政院功能业务与组织调整，通称行政院组织改造、或简称为组改[1]，是中华民国政府自2012年起针对行政院及其所属部会进行的一系列改革措施。
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中华民国政府自民国38年（1949年）迁往台湾之后，中央政府行政机关的组织架构仍维持8部2会的建制。进入1970年代之后，因应施政上的需要，国家最高行政机关行政院开始大量增设所属机关；但开始扩大编制之后，过多的组织机关反而不利于政务的推行，例如行政院属下具有部会地位的委员会便高达21个之多。
有鉴于此，1990年代起，行政院著手规划进行“中央政府改革工程”（又有中华民国政府改造、行政院组织改造、中央政府组织再造、中央政府再造等名称）[2]。中华民国总统府于2001年10月25日成立中央政府改造委员会，下设5个研究分组，专责规划当前政府改革问题[3]。之后，立法院于2004年6月11日通过《中央行政机关组织基准法》，立法院于2010年1月12日通过《行政院组织法》修正案、《中央行政机关组织基准法》修正案、《中央政府机关总员额法》、《行政院功能业务与组织调整暂行条例》等政府组织再造四法，确立中央政府各行政部门进行组织调整的基准法源，并将该政策法定名称定为“行政院功能业务与组织调整”，由政府治理之主管机关负责执行（行政院研究发展考核委员会→国家发展委员会→行政院人事行政总处）。经过22年的讨论与规划，整个组织调整计画自2012年1月1日起分段实施。截至2023年9月止，共有34个机关[注 1]（分为14部、9会、1委员会、6独立机关、1行、1院、2总处），最终将调整为33个机关[注 1]（分为15部、9会、5独立机关、1行、1院、2总处）。
本次组改前，中华民国中央行政部门共有37个部会，分为8部、2会、2局、1处、3署、21委员会，以及受行政院督导之独立机关中央银行与国立故宫博物院。
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注：粗体为已经升格、更名重组，斜体为改隶或降格，删除线为已经裁撤
民国77年（1988年）10月，将《行政院组织法修正草案》首度送交立法院审查，并曾于民国79年（1990年）元旦二读；但行政院于该年6月将其撤回。当时的草案重点为：
将8部增加为13部，新设或改名重组的有：
- 卫生福利部
- 农业部
- 文化部
- 劳动部
- 经济贸易部等
将委员会数量减为7会，共设：
- 蒙藏委员会
- 侨务委员会
- 经济建设委员会
- 国军退除役官兵辅导委员会
- 原子能委员会
- 国家科学委员会
- 研究发展考核委员会
并增设2总署及1总处，分别是：
- 新闻总署
- 环境保护总署
- 主计总处
民国93年（2004年）6月制定《中央行政机关组织基准法》后，随即拟定《行政院组织法修正草案》。此版本中央政府部门调整为十三部、四会和五独立机关。重点为：
13部中有11个新设或更名重组，共有：
- 内政与国土安全部
- 外交及侨务部
- 国防及退伍军人部
- 教育及体育部
- 经济贸易部
- 交通及建设部
- 劳动及人力资源部
- 农业部
- 卫生及社会安全部
- 环境资源部
- 文化及观光部
4会中新设2会：
- 国家发展及科技委员会
- 海洋委员会
5独立机关中除将央行、中选会和公平会改制外并增设：
- 金融监督管理委员会
- 国家通讯传播委员会
但该版本未完成立法。
行政院于民国97年（2008年）7月21日成立行政院组织改造推动小组，由行政院副院长担任该小组召集人。并于民国98年（2009年）4月9日通过《行政院组织法修正草案》拟将部会整并为十三部、九会、二总处、二其他机关及三独立机关[4]。该版本重点为：
13部中新设及更名重组7部，分别是：
- 文化部
- 卫生福利部
- 劳动部
- 交通及建设部
- 农业部
- 环境资源部
- 科技部
委员会中增设国家发展委员会和海洋委员会。
3个独立机关为：
- 中央选举委员会
- 国家通讯传播委员会
- 公平交易委员会
新增的2个总处是：
- 行政院主计总处
- 行政院人事行政总处
民国2009年10月12日，立法院司法及法制委员会完成《中央行政机关组织基准法修正草案》及《中央政府机关总员额法草案》初审[5]；同年11月11日，《行政院功能业务与组织调整暂行条例草案》完成初审。[6]同年12月14日《行政院组织法修正草案》完成初审，并展开朝野协商[7]。
民国2010年1月12日，立法院三读通过《行政院组织法》修正案、《中央行政机关组织基准法》修正案、《中央政府机关总员额法》、《行政院功能业务与组织调整暂行条例》等攸关政府组织再造的4项法案（合称“政府组织再造四法”），并于同年2月3日经总统正式公布，自此终确立中央行政机关的新架构。行政院将于民国2012年1月1日起，由原有的37部会分阶段整并为29个部会。分成14部、8会、3独立机关、1行、1院、2总处，中央政府总员额上限则从现行的19万200人减至17万3000人[8]。
2012年1月1日起，陆续启动新的行政院及中央部会组织架构。原组织架构的11部会，原行政院新闻局、行政院消费者保护委员会、行政院青年辅导委员会、行政院体育委员会、行政院经济建设委员会及行政院研究发展考核委员会等已遭裁撤或降编；尚有行政院海岸巡防署、蒙藏委员会、行政院公共工程委员会及行政院原子能委员会等待新法源实施后也将裁撤或降编。
2012年10月1日，行政院人事行政总处“总处培字第10100518151号函”载明：“因应行政院组织改造，有关行政院所属机关（构）考试职缺之实际用人机关、工作地点及内容，以分发机关办理分配作业时为准；另该职缺可能配合行政院组织调整，移拨至他机关[9]。”
2016年10月11日蔡英文总统在执政决策协调会中指出，剩下六部会组改将分成二阶段进行，首先将处理陆委会和经济及能源部组织法和裁撤蒙藏委员会。[10]
2017年9月15日，蒙藏委员会正式裁撤；12月23日正式废止组织法。
2018年4月28日，海洋委员会在高雄市成立。原行政院海岸巡防署同时降为该会所属机关。
2018年5月3日，行政院院会通过重拟的《内政部组织法》修正草案、《交通及建设部组织法》草案、《经济及能源部组织法》草案、《环境资源部组织法》草案、《农业部组织法》草案及《核能安全委员会组织法》草案[11]，惟最后未实行。
2019年12月5日，中华民国总统蔡英文出席2019未来科技展开幕典礼致词时表示，政府研议成立数位发展部会，将整合各部门，设立文化、资讯、资安、电信、网路及传播五大领域的数位主管机关[12]。
2021年12月28日，立法院三读通过《行政院组织法》修正案，《国家科学及技术委员会组织法》及《数位发展部组织法》[13]，将成立数位发展部，并改组科技部为国家科学及技术委员会[14]。
2022年5月5日，行政院通过新版《行政院组织法》修正草案、《内政部组织法》修正草案、《交通部组织法》修正草案、《经济部组织法》修正草案、《环境部组织法》草案、《农业部组织法》草案、《核能安全委员会组织法》草案及所属机关机构组织法草案[15]，将“经济及能源部”、“交通及建设部”及“环境资源部”之机关名称分别修正为“经济部”、“交通部”及“环境部”。
2022年7月27日科技部改组为国家科学及技术委员会，同年8月27日数位发展部正式挂牌成立。
2023年5月9日，立法院三读通过《环境部组织法》，由环境保护署升格的环境部将下设4署、1院，包含气候变迁署、资源循环署、化学物质管理署、环境管理署以及国家环境研究院[16]。过去环境保护署的组织改造升格方案为环境资源部，其中外界期待山、林、水、土等自然资源整合治理，并未在“环境部”此版本中达成，对此立法院通过附带决议要求行政院成立“自然资源整合小组”，指派政务委员召集，以协助跨部会协调自然资源治理工作[17]。
2023年5月16日，立法院三读通过《农业部组织法》，由农业委员会升格的农业部将下设7署、1中心、7试验机构等三级单位，7署1中心包含农粮署、渔业署、动植物防疫检疫署（由动植物防疫检疫局改制）、林业及自然保育署（由林务局改制）、农村发展及水土保持署（由水土保持局改制）、农田水利署、农业金融署（由农业金融局改制）以及农业科技园区管理中心，7试验机构包含农业试验所、林业试验所、水产试验所、畜产试验所、兽医研究所、农业药物试验所与生物多样性研究所。自520农民运动以来，“成立农业部”的诉求在35年后达成[18][19]。同日还三读通过《经济部组织法》与《交通部组织法》修正案；经济部调整为6司6处及10个三级行政机关，10个三级行政机关包含产业发展署（由工业局改制）、国际贸易署（由国贸局改制）、能源署（由能源局改制）、中小及新创企业发展署（由中小企业处改制）、商业发展署（由商业司改制）、水利署、智慧财产局、标准检验局、产业园区管理局与地质调查及矿业管理中心（由矿务局、中央地质调查所整并成立）；交通部仅有观光局改制为观光署、气象局改制为中央气象署。
2023年5月27日，立法院三读通过《内政部组织法》修正案、《内政部消防署组织法》修正案与《内政部国土管理署组织法》、《内政部国家公园署组织法》，内政部本部调整为8司6处1中心，所属机关有役政署降编回役政司、营建署整并改组为国土管理署、新成立国家公园署。
2023年5月29日，立法院三读通过《核能安全委员会组织法》，由行政院原子能委员会降编为核能安全委员会，改为直属中央三级独立机关，附设辐射侦测中心。[20]
2023年5月31日，立法院修正个人资料保护法，增订之第1-1条文规定主管机关为个人资料保护委员会，施行日期，由行政院定之。 [21] 个人资料保护委员会筹备处于2023年12月5日成立，将提出组织法规草案，个人资料保护委员会预计在2025年8月前正式成立。 [22]
2023年8月1日，农业部正式成立[23]，同年8月22日，环境部正式成立。
组改后，中华民国中央行政机关共有33个[注 1]，分为15部、9会、5独立机关、1行、1院、2总处。
- 3独立机关：
- 核能安全委员会
- 国家运输安全调查委员会
- 不当党产处理委员会（任务编组）
相关法律的生效时间，《行政院组织法》新条文于民国101年（2012年）元旦起正式实施[25]，《中央行政机关组织基准法》新条文于2010年2月5日实施；《行政院功能业务与组织调整暂行条例》（部分条文从2010年6月1日）和《行政院组织法》同日实施；实施至2022年1月31日止。《中央政府机关总员额法》自2010年4月1日实施[26][27]。
- 新成立
- 国家发展委员会：2014年1月22日行政院经济建设委员会、行政院研究发展考核委员会整并成立。
- 海洋委员会：2018年4月28日正式成立。
- 促进转型正义委员会：2018年5月31日正式成立。
- 数位发展部：2022年8月27日正式成立。
- 运动部：2025年。
- 更名或改组
- 客家委员会：2012年元旦摘除行政院字样，成为正部会级机关。
- 公平交易委员会：2012年2月6日摘除行政院字样，成为正部会级机关。
- 行政院人事行政总处：2012年2月6日由行政院人事行政局改制。
- 行政院主计总处：2012年2月6日由行政院主计处改制。
- 文化部：2012年5月20日由行政院文化建设委员会升格。
- 金融监督管理委员会：2012年7月1日摘除行政院字样，成为正部会级机关。
- 卫生福利部：2013年7月23日由行政院卫生署升格。
- 国军退除役官兵辅导委员会：2013年11月1日摘除行政院字样，成为正部会级机关。
- 劳动部：2014年2月17日由行政院劳工委员会升格。
- 科技部：2014年3月3日由行政院国家科学委员会升格。
- 原住民族委员会：2014年3月26日摘除行政院字样，成为正部会级机关。
- 大陆委员会：2018年7月2日摘除全衔之行政院字样，成为正部会级机关。[28]
- 国家科学及技术委员会：2014年3月3日升格为科技部，2022年7月27日成为摘除行政院字样之委员会。
- 农业部：2023年8月1日由行政院农业委员会升格。
- 环境部：2023年8月22日由行政院环境保护署升格。
- 组织部分调整
- 法务部：2012年元旦。
- 中央银行：2012年元旦。
- 国家通讯传播委员会：2012年8月1日，和中央选举委员会及公平交易委员会为独立机关。
- 外交部：2012年9月1日。
- 财政部：2013年元旦。
- 教育部：2013年元旦。
- 国防部：2013年元旦。
- 侨务委员会：2012年9月1日。
- 交通部：2023年9月15日。
- 内政部：2023年9月20日。
- 经济部：2023年9月26日。
- 降格[29]
- 行政院消费者保护委员会：2012年元旦降为行政院消费者保护处（行政院本部单位）以及属于任务编组性质的行政院消费者保护会。
- 行政院飞航安全委员会：2012年6月5日改制为飞航安全调查委员会，降格为行政院下直属的三级独立机关。
- 行政院青年辅导委员会：2013年元旦降为教育部青年发展署，青年就业业务转入劳动部。
- 行政院体育委员会：2013年元旦降为教育部体育署。
- 行政院海岸巡防署：2018年4月28日降为海洋委员会海巡署。
- 行政院原子能委员会：2023年9月27日[30]降为行政院直属的中央三级机关，并更名为核能安全委员会。
- 裁撤
- 行政院新闻局：2012年5月20日裁撤，改为行政院发言人室（属行政院院本部），部分业务分别并入文化部影视及流行音乐产业局与外交部。
- 行政院研究发展考核委员会：2014年1月22日裁撤并入国家发展委员会。
- 行政院经济建设委员会：2014年1月22日裁撤并入国家发展委员会。
- 蒙藏委员会：2017年9月15日裁撤，改为文化部蒙藏文化中心（文化部派出单位），部分业务分别并入大陆委员会与外交部。[31]
- 行政院公共工程委员会：计画裁撤，未来将拆解并入国家发展委员会跟内政部国土管理署。
- 新成立
- 不当党产处理委员会：2016年8月31日正式成立，直属行政院。
- 国家环境研究院：2023年8月22日整并行政院环境保护署环境检验所、行政院环境保护署环境保护人员训练所新成立。
- 内政部国家公园署：2023年9月20日原营建署相关业务整并新成立。
- 经济部地质调查及矿业管理中心：2023年9月26日整并经济部中央地质调查所、经济部矿务局新成立。
- 部会改隶且改组
- 内政部儿童局：2013年7月23日整并内政部社会司部份业务改隶卫生福利部，更名为卫生福利部社会及家庭署。
- 国立中国医药研究所：2013年7月23日改隶卫生福利部，更名为卫生福利部国家中医药研究所。
- 行政院研究发展考核委员会档案管理局：2014年1月22日改隶国家发展委员会，更名为国家发展委员会档案管理局。
- 原部会内改组
- 财政部关税总局：2013年元旦改组为财政部关务署。
- 财政部国有财产局：2013年元旦改组为财政部国有财产署。
- 财政部财税资讯中心：2013年元旦改组为财政部财政资讯中心。
- 教育部中部办公室：2013年元旦整并教育部中等教育司、技职司、国教司、文教处等单位，改组为教育部国民及学前教育署。
- 国防部总政治作战局：2013年元旦改组为国防部政治作战局。
- 行政院卫生署国民健康局：2013年7月23日改组为卫生福利部国民健康署。
- 行政院卫生署疾病管制局：2013年7月23日改组为卫生福利部疾病管制署。
- 行政院卫生署食品药物管理局：2013年7月23日改组为卫生福利部食品药物管理署。
- 行政院卫生署中央健康保险局：2013年7月23日改组为卫生福利部中央健康保险署。
- 行政院劳工委员会职业训练局：2014年2月17日改组为劳动部劳动力发展署。
- 行政院劳工委员会劳工安全卫生处：2014年2月17日改组为劳动部职业安全卫生署。
- 行政院劳工委员会劳工保险局：2014年2月17日改组为劳动部劳工保险局。
- 行政院劳工委员会劳工退休基金监理会：2014年2月17日改组为劳动部劳动基金运用局。
- 行政院劳工委员会劳工安全卫生研究所：2014年2月17日改组为劳动部劳动及职业安全卫生研究所。
- 内政部入出国及移民署：2015年1月2日改组为内政部移民署。
- 交通部台湾区国道高速公路局：2018年2月12日，整并交通部台湾区国道新建工程局改组为交通部高速公路局。
- 飞航安全调查委员会：2019年8月1日改组为国家运输安全调查委员会。
- 行政院农业委员会农田水利处：2020月10月1日，整并农田水利会改组为行政院农业委员会农田水利署。2023年8月1日随农业部成立更名为“农业部农田水利署”。
- 经济部加工出口区管理处：2021年11月30日改组为经济部产业园区管理局。
- 科技部新竹科学园区管理局：2022年7月27日改组为国家科学及技术委员会新竹科学园区管理局。
- 科技部中部科学园区管理局：2022年7月27日改组为国家科学及技术委员会中部科学园区管理局。
- 科技部南部科学园区管理局：2022年7月27日改组为国家科学及技术委员会南部科学园区管理局。
- 行政院农业委员会动植物防疫检疫局：2023年8月1日改组为农业部动植物防疫检疫署。
- 行政院农业委员会林务局：2023年8月1日整并国军退除役官兵辅导委员会荣民森林保育事业管理处改组为农业部林业及自然保育署。
- 行政院农业委员会水土保持局：2023年8月1日改组为农业部农村发展及水土保持署。
- 行政院农业委员会农业金融局：2023年8月1日改组为农业部农业金融署。
- 屏东农业生物科技园区筹备处：2023年8月1日改组为农业部农业科技园区管理中心。
- 行政院环境保护署毒物及化学物质局：2023年8月22日改组为环境部化学物质管理署。
- 行政院环境保护署环境督察总队：2023年8月22日改组为环境部环境管理署。
- 行政院环境保护署气候变迁办公室：2023年8月22日改组为环境部气候变迁署。
- 行政院环境保护署资源循环办公室：2023年8月22日改组为环境部资源循环署。
- 交通部观光局：2023年9月15日改组为交通部观光署。
- 交通部中央气象局：2023年9月15日改组为交通部中央气象署。
- 交通部公路总局：2023年9月15日改组为交通部公路局。
- 内政部营建署：2023年9月20日改组为内政部国土管理署。
- 经济部工业局：2023年9月26日改组为经济部产业发展署。
- 经济部商业司：2023年9月26日改组为经济部商业发展署。
- 经济部国际贸易局：2023年9月26日改组为经济部国际贸易署。
- 经济部能源局：2023年9月26日改组为经济部能源署。
- 经济部中小企业处：2023年9月26日改组为经济部中小及新创企业署。
- 经济部加工出口管理处：2023年9月26日改组为经济部产业园区管理局。
- 增设
- 行政院人事行政总处公务人力发展学院：2017年7月7日，由原行政院人事行政总处公务人力发展中心与行政院人事行政总处地方行政研习中心合并后的新设机关。
- 交通部铁道局：2018年6月11日，由原交通部高速铁路工程局与交通部铁路改建工程局合并后的新设机关。
- 内政部国家公园署：2023年9月20日，由原内政部营建署改组新设机关。
- 经济部地质调查及矿业管理中心：2023年9月26日，由原经济部中央地质调查所与经济部矿务局合并后的新设机关。
- 内政部新住民署：2025年，内政部未来增设的所属机关。
- 卫生福利部国民年金局：日期未定，卫生福利部未来增设的所属机关。
- 1月22日：
- 新机关成立：国家发展委员会（合并行政院经济建设委员会与行政院研究发展考核委员会）
- 裁撤机关：行政院经济建设委员会、行政院研究发展考核委员会（并入国家发展委员会）
- 2月17日，既有机关改制：劳动部（由行政院劳工委员会升格）
- 3月3日，既有机关改制：科技部（由行政院国家科学委员会升格）
- 3月26日，既有机关改制：原住民族委员会（由行政院原住民族委员会改制）
- 8月31日：
- 新机关成立：不当党产处理委员会
- 8月1日：
- 既有机关改制：国家运输安全调查委员会（由飞航安全调查委员会改制）
- 5月31日：
- 7月27日：
- 既有机关改制：国家科学及技术委员会（由科技部改制）
- 8月27日：
- 新机关成立：数位发展部
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