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台湾警备总司令部，简称台湾警备总部、警备总部、警总，是台湾曾设置的公共安全维护机关，隶属于中华民国国防部，为中华民国国军的一部分，在台湾进入中华民国时期时便已成立。其权责职司戒严地区卫戍、保安、后备军事动员、文化审核检查、入出境管制、邮件电报检查、电话通讯监查定位监听等任务，因任务兼具治安（包括出入境管理）、民事防护、军事动员及情报治安色彩，在台湾戒严时期是当时八大情治系统之一（法务部调查局、国防部情报局、国防部宪兵司令部调查组、台湾警备总司令部、国防部总政治作战部、中国国民党大陆工作会、内政部警政署、国家安全局）。1992年，警总改制并分为军管区司令部与海岸巡防司令部，成为现今全民防卫动员署后备指挥部与海洋委员会海岸巡防署之前身。
中华民国在实施紧急状态或戒严的地区设置警备机关，为中华民国国军的一个分支。历来的警备机关之名称不一，或称戒严司令部、保安司令部、卫戍司令部等，任务庞杂，但皆“支前安后”。国共内战时，中华民国政府将全国分为若干绥靖区，设立剿匪总司令部与警备司令部。依据《戒严法》第二条：
- 戒严地域分为二种：
- 一、警戒地域：指战争或叛乱发生时受战争影响应警戒之地区。
- 二、接战地域：指作战时攻守之地域。
- 警戒地域或接战地域，应于时机必要时，区划布告之。
戒严地区之任务由当地部队（剿匪总司令部、军政长官公署、绥靖公署等，常以剿总为最高单位）划分警戒区与接战区（绥靖区，中华民国政府迁台后改称“作战区”），并由警备部队于警戒区实施军事管制。但警备单位之设立因系为临时性军事任务编组，无明确法源，仅依赖军事命令设立；因此解除《台湾省戒严令》及废除《动员戡乱时期临时条款》后，警备总部成为黑机关，后来继承之“军管部暨海岸巡防司令部”也成为黑机关，直到海巡三法及相关法令通过后才解决。典型情况下，一个警备司令部下管若干警备区，警备区下会依行政区划分而设立数个警备分区。
作为战区警戒地之台湾，亦设有“台湾省警备总司令部”，最早为接受日本投降而设立于重庆。1945年9月，台湾省警备总司令部于重庆市成立，任务是负责遣返日本在台战俘、接收台湾与维持台湾治安，首任总司令为陈仪[1]。这是警总的最早前身。1947年，更名为台湾全省警备总司令部，由彭孟缉中将出任总司令，正式于台北市办公。第一号命令是《台湾省戒严令》。
台湾警备总司令部将台湾全境分为5个戒严区：
- 台北市戒严区：以台湾省警备旅司令部旅长任世桂少将兼任戒严司令。
- 北部戒严区：包括台北县、新竹县和基隆市、新竹市，以陆军第六军军长戴朴兼任戒严司令。
- 中南部戒严区：包括台中、台南、高雄和彰化市、嘉义市、屏东市，以陆军第八十军军长唐守治中将兼任戒严司令。
- 东部戒严区：包括花莲县、台东县，以宪兵教导第一团团长欧廷昌兼任戒严司令。
- 澎湖戒严区：包括澎湖群岛全部，以陆军马公要塞司令部司令李振清中将兼任戒严司令。
中央政府在1949年退守台湾后，当时由数个军事单位（台湾防卫总司令部、台北卫戍总司令部、台湾省保安司令部、台湾省民防司令部）负责台湾内部安全，因各单位事权重叠、功能矛盾，为统一事权，当时中央政府高层乃将几个单位在业务、人员进行合并，成立“台湾省警备总司令部”兼“台湾军管区司令部”。1949年初，台湾全省警备总司令部改为台湾省警备总司令部，由陈诚任总司令，彭孟缉为副总司令。5月20日，台湾省警备总司令部宣布全省戒严[2]:8922。1949年9月1日，台湾省警备总司令部奉令裁撤，分别成立东南军政长官公署及台湾省保安司令部[3][4]，任命彭孟缉为保安司令。
1950年12月23日，台湾省保安司令部为加强社会秩序管制，订定《台湾省取缔流浪儿童暂行办法》，以台北市为试验区，由台北市警察局及宪兵第四团会同办理。[5]
1958年5月，台湾防卫总司令部、台湾省保安司令部、台湾省民防司令部及台北卫戍司令部合并编成“台湾警备总司令部”，以原台北卫戍司令黄镇球上将为台湾警备总司令；陆军总司令部戒严业务移交警备总部。8月，任黄镇球为总统府参军长，黄杰上将接任台湾警备总司令。[6]:91
1964年7月1日，国防部调整后备军人动员体制，裁撤国防部动员局，成立台湾军管区司令部；台湾军管区司令由台湾警备总司令兼任，高司机关双全衔为“台湾警备总司令部、台湾军管区司令部”。
1977年，国防部实施“靖安一号”专案，宪兵司令部纳编原警备总部北、中、南三个警备营为宪兵第239、240、241营。
1991年，动员戡乱时期终止，时任国防部部长陈履安反对时任台湾警备总司令周仲南上将之提议，周仲南提议将警总改制为参考以色列编制的“安全防卫司令部”。国防部藉周仲南出国考察之际，在1992年8月1日发布命令，将警总改制为海岸巡防司令部（简称“海巡部”），全衔为“台湾军管区司令部暨海岸巡防司令部”。1992年，全衔删除“台湾”两字。
2000年，海巡部将部分业务移至新成立之行政院海岸巡防署，全衔改为“军管区司令部”，之后又经过多次改制，成为今日之国防部后备指挥部。以历史沿革而言，后备指挥部继承警总之历史，海巡署则被视为新司法警察单位。
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| 历任 | 任期时间 | 姓名 | 籍贯[7] | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| 台湾（全）省警备总司令部 | ||||
| 第一任 | 1945年9月1日—1947年5月9日 | 陈仪 | 浙江绍兴 | 台湾行政长官兼任。 1947年2月28日，发生二二八事件。 |
| 第二任 | 1947年5月10日—1949年1月4日 | 彭孟缉 | 湖北武昌 | 1947年春季，全衔改为“台湾全省警备司令部”。 |
| 第三任 | 1949年1月5日—1949年8月31日 | 陈诚 | 浙江处州 | 1949年，全衔改为“台湾省警备总司令部”。 1949年4月6日，发生台大与师范学院四六学潮[8]。 1949年5月19日，发生基隆中学事件[9]。 1949年7月13日，发生澎湖七一三事件[10]。 1949年8月，“台湾省警备总司令部”裁撤。分割重组成“东南军政长官公署”及“台湾省保安司令部”。 |
| 台湾省保安司令部 | ||||
| 第一任 | 1949年9月1日—1949年12月20日 | 彭孟缉 | 湖北武昌 | |
| 第二任 | 1949年12月21日—1953年4月15日 | 吴国桢 | 湖北建始 | 台湾省政府主席兼任。 1952年12月29日，发生鹿窟事件[11]。 |
| 第三任 | 1953年4月16日—1954年6月6日 | 俞鸿钧 | 广东新会 | 台湾省政府主席兼任。 1954年，发生吴丽水案（台南市委会邮电支部案）[12]。 |
| 第四任 | 1954年6月7日—1957年8月15日 | 严家淦 | 江苏吴县 | 台湾省政府主席兼任。 1954年，发生郭廷亮匪谍案（孙立人兵变案）[13]。 |
| 第五任 | 1957年8月16日—1958年5月14日 | 周至柔 | 浙江临海 | 台湾省政府主席兼任。 |
| 台湾警备总司令部 | ||||
| 第一任 | 1958年5月15日—1958年8月14日 | 黄镇球 | 广东梅县 | 1958年7月，台湾防卫总司令部、台湾省保安司令部、台湾省民防司令部及台北卫戍司令部并编成立“台湾警备总司令部”。 |
| 第二任 | 1958年8月15日—1962年11月30日 | 黄杰 | 湖南长沙 | 黄埔一期，1949年曾率军转战西南进入越南，被法国殖民地政府囚居富国岛4年，坚贞不屈、一心返台故有‘海上苏武’之称，以铁腕树立警总威望，使警总成为国内最具实权机构。 1960年9月1日，发生雷震事件[14]。 |
| 第三任 | 1962年12月1日—1964年6月30日 | 陈大庆 | 江西崇义 | 陈大庆在1957年国家安全局副局长任内（当年警总比国安局更具实权，国安局当年有将无兵、警总在蒋中正支持下，掌握国内情报治安实权），台北天母发生“524”刘自然事件[15]，因调派军队保护美侨，防止反美群众杀害美侨有功，任内建立警总完整组织架构、情报布建方式、任务职掌分工，使台湾在1960年代在安全上成为固若金汤、密不透风的铜墙铁壁，让警总权力达到巅峰。 |
| 台湾警备总司令部兼台湾军管区司令部 | ||||
| 第一任 | 1964年7月1日—1967年6月30日 | 陈大庆 | 江西崇义 | 1964年7月1日，新编成立“台湾军管区司令部”。 |
| 第二任 | 1967年7月1日—1970年6月30日 | 刘玉章 | 陕西兴平 | 黄埔四期名将。大陆时间率军在湖南与共军血战七天、亦曾征战南北，绰号：刘光头，刘玉章战功彪炳，评价多为耿直、诚实。任内发生“陈玉玺案”[16]、“柏杨案”[17]、“彭明敏潜逃事件”[18]、“民主台湾联盟案”[19]、“泰源事件”[20]...等。因政战势力与科员势力高涨使内部文化发生变化，已无法充分主控警总。 |
| 第三任 | 1970年7月1日—1975年4月6日 | 尹俊 | 湖南邵阳 | 黄埔七期，在1949年12月金门古宁头战役中，率国军与共军拼刺刀血战三天的国军英雄，任内承平无事。 |
| 第四任 | 1975年4月7日—1978年5月31日 | 郑为元 | 安徽合肥 | 1977年11月19日，发生中坜事件[21][22]。 |
| 第五任 | 1978年6月1日—1981年11月30日 | 汪敬煦 | 浙江杭州 | 中央军校十六期，任内政治事件多秋。 1979年12月10日，发生美丽岛事件[23]。 1980年2月28日，发生林宅血案[24]。 1981年7月3日，发生陈文成事件[25]。 |
| 第六任 | 1981年12月1日—1989年12月4日 | 陈守山 | 福建南安 | 首位台籍（半山）[26]总司令。 1982年，发生二二八受刑人案[27]。 1987年，发生岩湾绝食事件、绿岛监狱事件[28]。 1989年，发生郑南榕自由时代周刊案[29]。 |
| 第七任 | 1989年12月5日—1992年8月1日 | 周仲南 | 江苏盐城 | 1990年7月21日，发生907事件（闽平渔5540号事件）[30]。 1991年7月21日，发生闽狮渔事件。 1991年11月16日，发生郭廷亮命案[31]。 |
| 后备司令部 | ||||
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台湾警备总司令部旗 -
军管区司令部旗 -
海岸巡防司令部旗 -
行政院海岸巡防署旗
（非军事单位） -
国防部后备司令部旗
国防部后备指挥部旗
国防部全民防卫动员署后备指挥部旗
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| 警总的官兵臂章：三环分别代表“警备、治安、动员”，三个环节互扣，相辅相成，共同发挥整体力量，以确保警总任务顺利进行。 | |
| 海岸巡防司令部的官兵臂章：中间为龙形徽纹（而非麒麟）。此龙实名为“应龙”，根据《广雅》记载：“有鳞曰蛟龙，有翼曰应龙，有角曰虬龙，无角曰璃龙。”而应龙是上古时代帮助轩辕黄帝击败蚩尤的一头黄金双翼神龙。 | |
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海洋委员会海巡署的制服臂章。可以看到代表警察的鸽子、海关的天秤与海巡部的应龙。 |
| 后备司令部和后备旅臂章。上方为篆体的“后备”二字。 |
- 〈警备之歌〉
我们是警备斗士，我们是反共中坚， 治安、民防、动员、警备任务要完成。
敬袍泽，爱百姓，负责任，同敌忾， 巩固复国基地，支援战斗前线；
思同心，行协力，志互励，学相勉， 巩固复国基地，支援战斗前线。
- 警备处：中央政府卫戍安全（由2组主管）、各县市警备治安、山地管制、海岸警备、桥梁安全、金融安全督导会报、工业安全督导会报、矿业安全督导会报、重要民生物质物价督导会报、反恐怖活动。
- 保安处：情治会报主管机关，负责国内情治会报，各地区设有保安处调查组，负责国内政治侦防、检肃流氓、治安侦查、反间谍活动、反破坏及反恐怖活动调查。另设有保安特勤队，负责特种勤务行动支援及支援要员保护。1982年保安处调查组破获台湾治安史最大枪械走私案（屏东林边枪械走私案，保安处协同法务部调查局成功破获渗透台湾、菲律宾军火走私集团），1991年“大庆专案”、“龙洞专案”、“美心专案”...保安处调查组均成功渗透走私集团，破获大陆重庆兵工厂枪械走私（红星、黑星手枪及AK47突击步枪）及泰国海洛因砖的500公斤走私，‘摆闲棋、布冷子’-长期安桩布点，为保安处特性。
- 特检处：下有33个特检组。地区邮局设安全检查组（解严后更名为防暴组），派驻邮局专责特殊邮件、包裹拦检、邮包炸弹检扣，曾多次拦截邮包炸弹、国外邮寄毒品、台湾独立、中国共产党潜伏人员、国际犯罪组织秘密通讯信函。
- 检查管制处：下有3个机动查缉组。国内各机场及港口安检查察、匪货鉴识、重要民生物质入出境管理、航空轮船安全维护、货柜查察，1970年代国内航空器设空安人员，负责反劫机。其中负责港口检查的港区检查处于1988年12月裁撤，任务移交内政部警政署执行。
- 特种调查室：特种侦查、器材监侦、专案调查、校园安全，特调室编制设有情治单位最专业跟监追踪部门（跟踪队，俗称：小狗队），拥有亚洲最优秀的专业跟踪人才、跟监技术、追踪经验及追踪器材设备，支援保安处实施跟监。奉国防部1970年9月7日(59)幄左字第1693号令转奉行政院台(59)法7774号令办理，扩编台湾警备总司令部一个调查组并自1970年9月16日正式编成生效。其任务权责及工作推行，悉依国家安全局(59)维宁字第3248号函办理。少将三级主任员额，由台湾警备总司令部警备研究委员会少将委员乙员改设。
- 海外联络室：负责海外情报、海外策反，编制有香港、泰国、新加坡、菲律宾等工作站，跟中华民国驻外大使馆有业务往来，1980年代与美国缉毒局在缉毒有密切合作。警总虽然是国内最高情报治安机关，但其情报网触角遍布海内外（包含最封闭的朝鲜、老挝、缅甸、港澳、泰国、新加坡、印尼、日本、美国等地）。
- 渔事工作处：渔事情报、大陆海飘作业、匪渔货鉴识查处、设有商货柜轮派设通信报务员、渔业电台渔民服务。
- 电信监察处：设有9个电监组及3个侦测中心。负责电信设备进出口管理、鉴测，有无线电监侦、电波通信讯号拦截、定位、破译、配备有移动式讯号监测车，下辖通信营，营部设于新店大崎脚（解严后电监处设备、人员移拨国防部电讯发展室、军事情报局电信技术室，部分人员并派往海外参与美国国家安全局NSA在蒙古国、印度、大韩民国、吉尔吉斯、泰国、加拿大...，进行绝密任务监听任务，可拦截讯号、电话、电脑、电邮、手机、传真及密码破译）。
- 军法处：位于台北县新店市秀朗桥头，或称为景美军法处。依〈台湾地区戒严时期军法机关自行审判及交法院审判案件划分办法〉对戒严区实施军法审理。
- 军乐队：初期为台湾省警备司令部警备旅军乐队，成立于民国36年12月20日，驻地于杭州南路，中正纪念堂现址。保安司令部成立后，则正名为保安司令部军乐队，民国51年更名为台湾警备总司令部军乐队。末期位于台北市六张犁卧龙街436巷内之黎和营区，民国81年，警备总部改制为军管区司令部兼海岸巡防司令部后，更名为军管区司令部军乐队，同年迁至青年公园与马场町附近，青年路与水源路交界的青年路188号（现为青年社会住宅一期），与前警备总部勤务一队（汽车大队）合并的青年营区内。民国88年缩编为军乐排，更名为后备司令部本部连军乐排，直至民国100年1月1日，后备司令部军乐排正式裁撤。
- 职业训导处：下辖四个职训总队，负责流氓管训、职业惯窃保安工作处分。职一设于台北县坪林，职二设于台东县岩湾，职三设于台东县泰源，职四设于台东县东成。
- 原警总职业训导处所属四个职训总队番号移交（转）情形，如下：
- 原职训坪林第一总队（坪林山庄）：于1989年8月番号转移原东成第四职训总队，仅保留职训中心，职训中心戒护业务归东成职一管理。1992年7月警总裁撤后营产移交国防部，职训机具移交三星旧宜监。该址停用十余年，期间由绿岛励德班裁撤后之保安处分队进驻短暂使用过。于2004年移交法务部整修启用，供烟毒戒治之用，因污水问题无法解决而无法使用。
- 原职训岩湾第二总队（行仁山庄）：仍保留职训第二总队建制至1992年7月1日移交法务部。
- 原职训泰源第三总队：1988年1月15日移交法务部，番号同时移转至绿岛地区警备指挥部。所属第一大队-清水农场习艺所裁撤。
- 原职训东成第四总队（东成山庄）：营区前台九线的公车站牌叫“淀粉”，当地地名是“斑鸠”。1989年8月接收原坪林第一职训总队番号，异动为职训第一总队，兼管坪林职训中心。1992年7月1日移交法务部。
- 绿岛地区警备指挥部所属第十一、第十二、十三大队（庄敬山庄、自强山庄、绿洲山庄）：1988年1月15日接收原泰源职训第三职训总队番号，异动为绿岛职训第三总队。为保安处分强制工作执行处所，为甲、乙级常业窃盗矫正处分收容处所。
- 第十一大队为庄敬营区，即位于绿洲山庄旁东侧以高墙区隔，内有庄敬楼、中正堂旧址。原址是以前的新生训导处。警总裁撤后，营区改为军管区兴安招待所(后移交宪兵改名梅荷招待所)，并由营区警卫宪兵连(240B)进驻做为宪兵生活区。2001年营区移交交通部观光局，现为人权园区一部(仿建新生训导处第三大队时期营舍与蜡像馆)，游客可自由参观。
- 第十二大队为自强营区，位于公馆村芦鳗沟，即庄敬营区东侧，辖1、2、3 三个中队部，原址是以前的新生训导处。营区大门右方辖一伞兵排为营区安全防范。1987年底曾发生震惊一时的绿岛暴动，有十一名队员丧生。原址在移交法务部后于1993年将旧建物悉数拆除，并斥资六亿改建绿岛技能训练所，于1995年重新整建为新址，并改名为进德山庄。2002年法务部将技训工作迁出，部分原址目前中研院绿岛研究站，东半原址现废弃。
- 十三大队为绿洲山庄，即为新生大队，国防部军事监狱（感训监狱）位指挥部行政大楼后方八卦楼，收容戒严时期军法判决政治犯，收容人不称队员，而叫新生。解严后非军人转移法务部绿岛监狱执行。1988年原职训第三总队移交番号由绿岛指挥部衔接使用，至1992年警备总部裁撤更名为“感训第三总队”，1993年2月1日，军管区司令部绿岛指挥部暨感训第三总队番号撤销，军保处分强制工作大队移交宪兵司令部于原址赓续执行。1993年7月，位于绿洲山庄内的军保处分励德中队发生陈世伟命案，1996年励德中队迁出，营区拨交法务部台东看守所绿岛分所使用，1997年法务部拟改建为绿岛监狱绿洲分监，经立委施明德等建议下停用，2000年11月移交交通部观光局成立绿岛人权纪念园区，现游客可进入参观。
- 动员处：后备军人教育点阅召集工作。
- 后管处：后备军人资料管理。
- 后勤处：全军后勤、车辆调派、油料、械弹、粮秣、被服补给，下设 经理队 负责执行。
- 本部连：司令部直属之兵力，为一加强连，连长编阶少校，下辖警卫排、补保排、通信排及勤务排。负责司令部安全与各项军事勤务。
- 政治作战部：下辖政一处~政五处，设置政六处负责文化审检、书刊杂志出版物审查（政战特遣队奉令支援政六处进行禁书查禁）、电影出版品审查，裁撤后业务主要移交行政院新闻局。
- 靖庐：又称大陆地区人民处理中心。为警总专责暂时收容走私偷渡的外国人士的单位（主要是针对来自中国），进行收容、调查、遣返等事宜。隶属于地区司令部警备处管辖，原则上北中南东四大地区司令部各设有一处。最早成立的靖庐是宜兰靖庐，其次是新竹靖庐。宜兰靖庐的成立源自于1954年的陶普斯号事件，当时的船员被秘密关押在有卫兵防守的宜兰民宅，此即宜兰靖庐的前身。台中靖庐则是因闽平渔事件才曝光被外界所知。警总裁撤后，此业务移交内政部移民署负责。
- 各地区警备司令部：
- 北部地区警备司令部：原驻地为桃园县桃园市介寿路322号“天池营区”（现为桃园市后备指挥部），1990年12月20日移防至 台北县中和市秀峰街129号“天山营区”，现划分由 北部地区后备指挥部 及 海洋委员会海巡署金马澎分署 共同使用中。
- 中部地区警备司令部：原驻地为台中市北屯区爱国西路78号（现为台中宪兵队），因油库占用民地败诉后面积不敷使用，于1985年移防至台中市西屯区青海路二段111号“青海营区”，现为台中市后备指挥部。
- 南部地区警备司令部：最早驻地为台南县新营市埤寮里埤寮59之9号（现为台南市政府警察局刑事警察大队）。后迁至台南市长荣路五段393号“长荣营区”（现为台南市后备指挥部），1976年3月16日再移防至高雄市寿山之 高雄市鼓山区忠义路27号“延平营区”）。
- 东部地区警备司令部：原驻地为花莲市中正路643号“诚正营区”(中正桥北边)，现为花莲宪兵队。1991年7月再移防至台东县岩湾。责任区：北起与宜兰交界的大浊水溪，南至台东大竹篙溪。大竹篙溪以南则为南部地区警备司令部责任区。1989年6月30日前另统责第二作战区（花莲、台东两县及台中县、宜兰县少部）之作战指挥和军事管制，统一指挥作战区内的三军力量和警政单位。1989年7月1日“陆精七号”生效，移转第二作战区指挥权予新成立的陆军花东防卫司令部。
各地区警备司令部依各县市别，下辖若干警备分区指挥部，例如台北县为台北警备分区指挥部，台中县为台中警备分区指挥部，余各县以此类推。新竹和嘉义警备分区指挥部未冠以县市别。而警备分区指挥部多由团管区司令部兼，这意谓著也有下兼警备分区指挥部的团管区司令部，例如：台北市团管区司令部。警备分区指挥部兼团管区司令部组织架构之下，设有警备科、动员科、后管科、警备后备营、勤务排等单位，各科科长为中校编阶。
警备分区指挥部下设之警备科，相当于陆军里的作战科。里头有个战情中心，设有警备值日、动员值日和政战值日，也就是说这三个科处的参谋军官要轮流排值日，排到的人，整天都待在里头，所以里面有三张床。警备科对外负责掌握警备分区内之治安事项，排定山、海防之督导，对内则负责勤务排之教育训练，以及自卫战斗演习。这个科里头有许多宪兵官科的军官。警备分区警备科下辖警备所，所长少校编制，单位性质属派出之战情中心，亦肩负督导海防班哨、警察渔港驻在所之责，驻地一般为陆军海防营营部。警备所下辖有警备站，依海防连设置，驻地多为海防连连部。1990年警备所站改制为警备据点，仍由警备科管辖。
- 各地区警备指挥部：
- 绿岛地区警备指挥部：国防部1970年7月7日(59)幄左字第1300号令核定 自1970年8月1日零时撤销台湾警备总司令部新生训导处番号，改编为绿岛地区警备指挥部，下辖两个独立职训大队，首任指挥官为高笃伦少将。
- 兰屿地区警备指挥部：1975年7月1日成立，员额来自同年裁编之警备开发总队。指挥官系上校缺。营区已拆除，另兴建为兰屿乡公所乡代会大楼。
- 小琉球地区警备指挥部：1975年7月1日成立，员额来自同年裁编之警备开发总队。指挥官系上校缺。
- 军犬育训中心：负责军犬训练、培训、繁殖。1957年设于 现今台北市景美罗斯福路五段236巷（台北捷运松山新店线万隆站1号出口）处，后移至台北县土城市台湾省仁爱教育实验所（匪谍叛乱犯实施感化教育的地方，新北市土城区仁爱路23号，现为新北市后备指挥部），1992年8月1日警备总部裁撤后改由军管部主管，后再于2000年1月1日交由宪兵203指挥部主管军犬育训任务。1994年12月再迁至台中县后里乡后里马场旁的七星岗营区（台中市后里区寺山路116号），2000年，在九二一大地震后因精实案遭到裁撤。2008年，其旧址改建为财政部关务署海关缉毒犬培训中心。
后备营为各警备分区下辖之基干营架构，平日只有干部，包含正副营长、营辅导长、五位正副连长及辅导长，于后备动员时召集后备军人组成作战力量。山地地区有另设山地后备连。
桥隧连是警备总部担负全国重要铁公路桥梁、隧道（台北市联外公路桥梁例外，由国防部宪兵司令部台北宪兵队负责；但铁路桥梁仍由警总桥隧连负责）安全防护专责部队，其前身系四个警备总队辖下负责桥梁隧道守备的直属中队。依1983年警备总部《防堡字第０七二一号令》，对铁路三百米以上、公路六百米以上之桥梁、隧道，计八十七座，以一０三个班驻守，计使用七个中队，兵力一七０四员。1984年“鹏程专案”后，桥隧中队改组整编为桥隧警备连并改隶各地区警备司令部管制。
桥隧连直属各地区警备司令部（状况三生效时依固安作战计划改由所在地的陆军各作战区管制），下设四个排，连长系少校缺，全国共计七个桥隧连，分属四个地区警备司令部，除南警部外，各辖两个桥隧连。
1990年12月9日 “桥精演习”生效，裁撤一０二、二０一、三０一、四０二等四个桥隧连，并重新调整另三个连的编制与部署，计裁九四三员同日生效。余下三个桥隧连于1992年再以两阶段方式裁撤，4月1日裁撤三个桥隧连的十八个班哨，7月1日裁撤三个桥隧连的连部及十二个班哨，至此桥隧连走入历史。桥隧安全守护任务，由内政部警政署奉令接手办理，铁路部分移交内政部警政署铁路警察局采机动巡逻方式防护，公路部分则由各县市警察局辖区派出所/分驻所负责巡逻。
- 北警部：
（一）桥隧警备第一０一连：1984年由 警备第一总队直属中队+总队部 混编改组而成，连部位于 宜兰县苏澳镇中山路一段264巷底（营区土地多为私人所有，营舎早已拆除，现为空地～附近居民的停车场），1990年12月9日“桥精演习”后之编制为205员，13座班哨，每班编制11～13员。责任区：宜兰县辖内台湾铁路管理局北回线、宜兰线之重要桥梁及隧道守护，1990年12月9日“桥精演习”调整部署向北接收桥隧一０二连位于台北县旧草岭隧道北口、三貂岭隧道南口、福住隧道北口之台铁宜兰线三个班哨。1992年4月1日裁撤四个班哨，同年7月1日裁撤连部及所剩九个班哨。
（二）桥隧警备第一０二连：连部位于 新竹市崧岭路122号 客雅山庄（后改为 新竹大陆人民收容中心，简称新竹靖庐，现由内政部移民署使用中）。责任区：基隆市、台北县市、桃园县、新竹县市辖内之重要铁公路桥梁及隧道守护。1990年12月9日“桥精演习”裁撤，同日台北县境内 草岭隧道北口、三貂岭隧道南口、福住隧道北口 三座班哨移交予桥隧一０一连。
- 南警部：
桥隧警备第二０一连：由 警备第二总队直属第二中队改编而成，连部原位于台南县官田乡台铁拔林车站旁的拔林营区，1985年底迁至高雄市金狮湖旁的覆鼎金营区（营舍早已拆除重建，现为高雄市后备指挥部，地址：高雄市三民区武功巷52号）。责任区：曾文溪到屏东林边溪之重要铁公路桥梁守护，因台南、高雄、屏东为平原地形，所以仅有桥哨班，无隧道班。1990年12月9日“桥精演习”裁撤。
- 东警部：
（一）桥隧警备第三０一连：前身为 澎湖独立警备第十一大队第三中队，1980年年中自澎湖西屿移防花莲县玉里镇玉里国中旁之玉里南营区，整训后编成警三总队直属中队，担任桥隧警备任务。1984年7月1日“鹏程专案”改编为桥隧三０一连，并将连部由花莲县玉里镇玉里南营区迁至 台东县关山镇崁顶路的崁顶营区（三军共用营区～炮兵基干营、潜龙台、桥隧连连部，营舎已于2009年拆除）。责任区：从台十一甲线的台东大桥班到台铁花东线的光复隧道北口班，1990年12月9日“桥精演习”裁撤，同日将台铁花东线光复隧道的光复南口、北口两个班哨移交予桥隧三０二连。
（二）桥隧警备第三０二连：连部曾分别在 花莲县新城乡三栈社区、花莲县凤林镇（营舎已拆除改建为 鳯林镇户政事务所）、花莲高工旁的警兴营区，后于1989年由警兴营区迁至东警部内。责任区：从花莲县和平到寿丰间之重要铁公路桥梁隧道守护，1990年12月9日“桥精演习”调整部署向南接收桥隧三０一连位于台铁花东线光复隧道南口、北口两个班哨。1992年4月1日裁撤五个班哨，同年7月1日裁撤连部及所剩五个班哨。
- 中警部：
（一）桥隧警备第四０一连：由 警备第四总队直属第一中队改组整编而成，连部曾分别在苗栗县铜锣乡 台铁铜锣车站旁、台中县后里乡后里马场旁的七星岗营区、三义乡大安溪桥旁的鲤鱼潭班哨（现由三义乡鲤鱼村办公室、鲤鱼社区守望相助队使用中），1991年迁入中警部内。责任区：北起中港溪，南迄大甲溪。1992年4月1日裁撤四个班哨，同年7月1日裁撤连部及所剩三个班哨。
（二）桥隧警备第四０二连：由 警备第四总队直属第二中队改组整编而成，连部位于彰化县二水乡 台铁二水车站附近（营舍早已拆除，原地改建，现为 彰化县二水乡立托儿所，地址：彰化县二水乡山脚路二段64巷17号）。责任区：北起大甲溪, 南迄八掌溪。1990年12月9日“桥精演习”裁撤。
- 派驻依据
1964年4月20日奉国防部《明智字第０一四七号令》订定公布“台湾地区铁路公路沿线桥梁隧道防护细则”，1992年9月25日奉国防部《伸信字第六五二八号令》发布废止。 施行期间多次检讨派驻标准，胪列如下：
一、桥隧连，对于下列标准之桥隧，须派出部队驻守，其兵力通常为一个班。
（一）铁路桥梁隧道，长度在300米以上；公路在600米以上者。
（二）易遭破坏，且附近无其他桥梁或道路可资绕越又不易开设便道者。
（三）检修困难者。
二、同一河川之桥梁、或绵亘连接之隧道在300米半径内，可以一个驻守部队兼顾。
三、凡未派队驻守之铁路、公路沿线桥隧，应由附近之警备分区负责游动巡逻。或由各县市警察局指挥民防队队员机动巡逻；或督导附近居民负责监护。
桥隧连所管制的桥梁，以桥墩或桥支架物的左右两侧最外边起算，50米内不得有任何人为植栽或建筑物。桥墩300米内，禁采砂石或采矿。
- 桥隧一般守则
1.哨兵手中不离枪，监视前后左右方。
2.装具携带须齐备，仪容姿态要端庄。
3.铁路桥隧火车走，劝阻行人莫乱闯。
4.守护桥隧若损坏，最快方法告站方。
5.还要派人两端去，插起红旗将灯亮。
6.摄影测绘须核准，危险物品勿携放。
7.油管通信和电力，兼护方法要周详。
8.桥墩三百米内，禁采砂石或采矿。
9.路局员工来作业，验证登记是应当。
10.发现可疑人和物，仔细盘查莫擅放。
11.遇有歹徒施破坏，相机捕捉或枪伤。
12.严守岗位尽责任，加强警备安后方。
- 桥隧特别守则
1.我为桥隧警备第OOO连派出之卫兵，位置于此。
2.我的任务为纠察出入营区官兵服装仪容不整、逾时归营及礼节不周者，并查验出入物品及执行人车出入管制，维护责任区内安全。
3.通行于油库附近人车应特别注意。
4.敌空袭（降）就地监视并回报连部转达上级、通知友军。
5.连络方法昼夜均为电话、电铃或哨音。
1.我为桥隧警备第OOO连第O排第O班派出之副哨卫兵，位置于此。
2.我的任务是维护营区安全、应变突发状况、反应紧急事故、管制人员出入。
3.我的监视区域为前至大门入口一线，后至围墙一线。
4.敌空袭（降）就地监视并回报排部转达上级、通知友军。
5.连络方法昼夜均为电话、电铃或哨音。
台湾警备总司令部于台湾本岛曾经设有四个警备总队，分别为警备第一总队、警备第二总队、警备第三总队、警备第四总队，负责警备区域内之山防、海防、河防和桥梁隧道守备任务。另于澎湖置有独立警备第十一大队、独立警备第十二大队，担负澎湖海防守备任务。四个警备总队和两个独立警备大队均直属警备总司令部。总队长系上校编阶，大队长及独立警备大队长则系中校编阶。
由于直属总部，所以各警备总队的辖区未必与各地区警备司令部辖区相同。
- 警备第一总队：1959年7月1日由台湾省保安司令部所属的民防第一、第二总队改编而成，队徽以盾形警总臂章另加上“公”字以示区别。下辖四个警备大队、两个直属中队、一个本部中队、一个海上警备中队，每个大队再下辖三个中队，中队之下再设分队。责任区：中港溪以北到台北基隆一带的山防、海防、河防等。总队部位于新竹市崧岭路122号 客雅山庄（总队裁撤后先后为桥隧一０二连连部、新竹靖庐，现由内政部移民署使用中）。1984年5月1日“鹏程三号专案”改组寄编为陆军步兵第二二六（关渡）师警备步兵第六七九旅，一切任务同前，于驻地继续海岸警戒任务。1985年10月1日“永固专案”生效，寄编番号取消，正式纳编于陆军。改组寄编时保留桥隧中队，改编为 北部地区警备司令部桥隧警备第一０一连、一０二连，改隶 北警部管制。
- 警备第二总队：1959年7月1日由台湾省保安司令部所属的民防第三总队改编而成，队徽以盾形警总臂章另加上“勤”字以示区别。下辖三个警备大队、一个直属中队、一个本部中队、一个海上警备中队，每个大队再下辖三个中队，中队之下再设分队。责任区：曾文溪到屏东一带的山防、海防、河防等。总队部原位于屏东县林边，后迁至 高雄市金狮湖旁覆鼎金营区（营区早已改建，现为高雄市后备指挥部）。1984年3月1日“鹏程二号专案”改组寄编为陆军步兵第一一七（仁美）师警备步兵第三五二旅，一切任务同前，于驻地继续海岸警戒任务。1985年10月1日“永固专案”生效，寄编番号取消，正式纳编于陆军。改组寄编时保留桥隧中队，改编为 南部地区警备司令部桥隧警备第二０一连，改隶 南警部管制。
- 警备第三总队：1959年7月1日由台湾省保安司令部所属的民防第四总队改编而成，队徽以盾形警总臂章另加上“廉”字以示区别。下辖三个警备大队、一个直属中队、一个本部中队、一个海上警备中队，每个大队再下辖三个中队，中队之下再设分队。责任区：宜兰、花莲到台东一带的山防、海防、河防等。总队部原位于台东县岩湾，后迁至花莲市美仑 警兴营区。1984年7月1日“鹏程四号专案”改组寄编为陆军步兵第二六九（杨梅）师警备步兵第八０八旅（三个大队改为步兵第十、十一、十二营），一切任务同前，于驻地继续海岸警戒任务。1985年10月1日“永固专案”生效，寄编番号取消，正式纳编于陆军，就地改纳入陆军步兵二一０师。改组寄编时保留桥隧中队，改编为 东部地区警备司令部桥隧警备第三０一连、三０二连，改隶 东警部管制。
- 警备第四总队：成立于1966年1月1日，队徽以盾形警总臂章另加上“明”字以示区别。下辖三个警备大队、三个直属中队、一个本部中队、一个海上警备中队，每个大队再下辖三个中队，中队之下再设分队。责任区：北起中港溪，南迄曾文溪一带的山防、海防、河防等。总队部位于台中县后里乡后里马场旁七星岗营区。1983年7月1日警备总部“鹏程一号专案”生效，改组寄编为陆军步兵第二九二（苗栗）师警备步兵第八七七旅（三个大队改为步兵第十、十一、十二营），一切任务同前，于驻地继续海岸警戒任务。1985年10月1日“永固专案”生效，寄编番号取消，正式纳编于陆军。改组寄编时保留桥隧中队，改编为 中部地区警备司令部桥隧警备第四０一连、四０二连，改隶 中警部管制。
- 独立警备第十一大队：前身为1969年10月1日增编的警备第十一总队第三大队(驻澎湖)，1970年3月1日撤销警备第十一总号番号，其原辖警备第三大队(驻澎湖)修正为独立警备第十一大队。独立警备第十一大队下辖三个中队。防区为澎湖马公本岛，大队部先后为位于澎湖县马公镇明远路46号的明远营区〈位于县政府后方，今澎湖宪兵队营区〉，后迁至马公镇光明路的光明营区，1982年再移防至湖西乡。1984年9月1日陆总《防堡字令》，并与独立警备第十二大队改组寄编为陆军步兵第一六八师步兵第十营，一切任务同前，于驻地继续海岸警戒任务。1985年10月1日“永固专案”生效，寄编番号取消，正式纳编于陆军。
- 独立警备第十二大队：成立于1969年，下辖三个中队。防区从白沙到西屿及所有的大小离岛，大队部原在澎湖县西屿乡，后迁至白沙乡后寮村烟墩山。1984年9月1日陆总《防堡字令》，并与独立警备第十一大队改组寄编为陆军步兵第一六八师步兵第十营，一切任务同前，于驻地继续海岸警戒任务。1985年10月1日“永固专案”生效，寄编番号取消，正式纳编于陆军。
警备学校前身为警备总部干部训练班，成立于1958年12月1日，原址于台北县新店市大崎脚营区，亦即青溪山庄（就在法务部调查局展抱山庄的斜对面），主要任务为培育警备干部，为配合建军及任务发展需要，于1981年7月16日，奉国防部核定将位于台北县淡水镇忠庄之前国防部情报学校编配台湾警备总司令部，至1983年6月1日与干训班并编（干训班同时裁撤），并于同年11月1日正式定名为警备学校。军事院校应届毕业生分发抽中警总学生，毕业前须先至警备学校接受分科教育，以便了解警备、保安、特检、特调、渔事等警备总部戒严时期之工作，以及台湾军管区司令部负责之后管、动员任务。
1991年5月1日动员戡乱时期终止，一年之后，台湾警备总司令部于1992年8月1日零时裁撤，警备学校校名则奉国防部1993年5月7日令更名为后备动员管理学校，隶属军管区司令部，并配合预算年度自1993年7月1日生效迄今，负责培育全军之动员后管专业干部。2002年3月1日军管区司令部为因应国防二法施行，更名为后备司令部，后备动员管理学校校名及组织架构均维持不变，继续负责后备司令部各级干部教育训练及后备干部训练工作及代办地方各级役政、警政、户政与动员作业相关干部训练任务。
警备总部所属警备开发总队，原定名称是警备生产总队，成立于1961年7月16日，裁编于1975年。目的在于负责台湾东部公有土地之开发及一般设施之兴建，以养成待退除役官兵之就业技能。在作战时以警备任务为主，非作战时以开发任务为主。警备开发总队之编成人员，来自于不适服现役之陆海空军士官兵，此处指的自然是大陆来台的士官兵，且以陆军士官兵为主。为此，陆军特别成立辅导总队，并于1961年首次拨交警备开发总队510员，并以八个中队缺员编成就绪。其后之第二批和第三批，均各拨交警备开发总队1500员。警备总部共有两个开发总队，其中警备开发第一总队位于花莲县吉安乡光华村，其成员退伍后多定居于此，亦多与阿美族女性缔结连理。警备开发第二总队则位于台东县台东市知本，从修筑利嘉溪堤防，开发荒地，一路演变至今日之行政院国军退除役官兵辅导委员会台东农场知本分场。
警总蛙人部队，简称海上队，编制于各警备总队，负责执行近岸海上警备任务，义务役士兵为三年役期，完成海军陆战队屏东龙泉营区新兵训练后分派警总再接受九个月专长训，“鹏程专案”后改隶各地区警备司令部。1986年9月16日零时起，移交国防部军事情报局，隶属军事情报局海上工作队，但仍受警总作战管制，亦仍执行原任务。
- 警备总部采军文职混编，军职来源：陆军军官学校、宪兵学校、政治作战学校、国防部情报局、各军种现职军士官、安全干部训练班（招考国内大学毕业生到青溪山庄接受专业情报训练一年，派发保安、特检、特调、检管、电监..等单位）、义务役士官兵。文职来源：中央警官学校应届毕业生、外部招考国内外大学院校毕业男女生、军事情报单位具有特殊专长退休转任。
- 海岸巡防司令部时期，军职来源与陆军类似，主要来源为陆军军官学校、政治作战学校、后备动员管理学校、陆军预备士官以及其他业务、情报学校单位等，士官兵来源则与陆军类似，志愿、义务役士兵由陆军新兵训练中心代训后，经过选兵或抽签程序进入军管海巡部，至各指挥部所属衔接单位进行衔接训练后分发下部队。士官可分为领导士官以及业务士官，但因基层部队人数精简，实际上领士与业务士运用上并没有区分。步科预官主要在凤山陆军步兵学校受训、下部队后通常占区队长或哨长职务，士官训主要在后备动员管理学校以及海湖分队哨进行，军犬士则在台中后里受训，其余各科均如陆军，在其专门学校受训。另，海巡亦有伍长制度，伍长占上兵缺，由各大中队自行实施训练。义务役士兵退伍后，亦划归户籍所在地团管部（后备司令部）以步枪兵列管动员。
台湾警备总司令部继续执行戒严令，直到1987年7月14日，时任中华民国总统蒋经国颁布总统令将戒严令取消。1991年4月30日，总统李登辉宣布动员戡乱时期终止。警总随后于1992年8月1日零时改制为海岸巡防司令部和军管区司令部。
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1949年，因第二次国共内战失利，中华民国政府退守来台。1949年5月19日时任台湾省政府主席兼台湾省警备总司令陈诚发布台湾省戒严令实施全面戒严，警总以军事机关取代中华民国警察及中华民国国家安全局，以军事作战任务编组担任治安以及情治任务，戒严地区实施军管，以军法为治理基础，实施违警罚法，虽然戒严后期，随着社会稳定，直接移送军法案例较少，但“和平时期人民不受军法审判”仍为抨击戒严与警总管制之焦点，最广为人知的，各地公共电话，均贴有“破坏公共通讯设备者，以军法审判”之小字条。面对军事统治，警备总部被反对人士认为是秘密警察单位而非军事单位，以军事保安之名，对台湾人思想控制，并大兴文字狱，引发白色恐怖。除了对异议人士进行约谈逮捕外，更实行黑名单及返台加签制度，禁止一些对中国国民党不满之人进入台湾。
警总有三大工作：“军事性、政治性与社会性”。宪兵往往支援警总任务。
宪兵支援警备总部两大工作如下：
（一）警备：计有警备作战、海岸警备、山地警备与卫戌作战。
１. 在警备作战方面：主要运用宪兵之都市战斗性、情治、特战力量，执行反渗透、反骚乱、反突击、反破坏等任务，以确保国家安全。
２. 海岸警备：以海防班哨之强化，建立海岸警备，严密检查管制，采取“点”之守备，“线”之巡逻，“面”之拦截，并加强海防督导，贯彻执行。
３. 在首都卫戌作战方面： 以全面治安为基础，宪兵采取警卫、安全、反骚乱等措施，以维护领导中心拱卫台北市中枢安全。
（二）保安：主要工作为情报蒐处，肃奸防谍与治安维护。
１. 情报蒐处：基于维护国家安全与社会治安需要，以后备军人及宪兵情报搜集情资，供上级整理研判、运用，以利保安任务达成。
２. 肃奸防谍：主要采取肃奸防谍调查机构功能、侦防措施，防止敌人渗透，发掘潜伏敌人，检肃颠覆活动，摘奸发伏，净化内部，确保国家安全。
３. 治安维护：本于“消患于未萌，弭祸于无形”为最高原则，与各治安机关合作铲除治安病害，如取缔流氓黑帮、查缉非法枪弹等 。与处理治安事件，如非法游行滋事、破坏社会秩序等，以及选举治安维护、保安检查等工作，以期净化治安环境，维护社会安宁。
这时，警总保安处成为台湾八大情治机关之首，即使解严后，到了海巡部时期，保安处改编为情报处编制，惟安全情报搜集则转以反走私、反偷渡、反渗透为主。
所谓文化审检部分，则以对大众传播媒体、出版品检查与限制最为反对人士批评，1979年~1985年，政战特遣队依国防部命令支援警备总部政六处进行专案查缉及布点工作，解严之后此类任务则转由行政院新闻局负责。
另外就是入出境管制，保安处在机场、港口指挥军宪警防止非法入出境，所谓黑名单就是针对此业务，此业务后转为警察、海关以及移民署执行。
另外海岸管制与反走私、反偷渡治安任务，解严后则衍生海岸巡防司令部。
1987年7月15日，为时38年的戒严时期正式告终，军管解除，随着台湾实现民主化，中央政府开始减少监控人民，警备总部的重要性开始减低，治安任务开始陆续移交内政部警政署......等警察单位（如：保安警察总队、各县市警察局）、海关、宪兵、调查局。1992年8月1日零时，因应动员戡乱时期终止，裁撤“台湾警备总司令部”，新设海岸巡防司令部。
- 根据中华民国法务部向立法院所提交之一份报告的资料显示，戒严时期，军事法庭受理的政治案件29407件，官方最保守估计的无辜被害者约14万人。根据司法院透露，政治案件约6、7万件，如以每案平均3人计算，受军事审判的政治受难人，应当在20万人以上[32][33][34]，他们是戒严的最直接牺牲者。其中，1960年那一年，执政当局将12万6875人列为“行踪不明”人口而予以撤籍。由此推论，当时受迫害致死的人数应极为可观。[35]
- 戒严与台湾白色恐怖时期，警总执行禁制社会运动（禁止罢工、罢市、罢课、示威游行...），压制言论与出版自由。对于政治倾向共产社会主义或台湾独立建国运动者，只要推动相关发展，警总会长期观察、监控、访谈，并将破坏治安者与政治异议者等量齐观。[36][37]
- 警总与检肃流氓也有相当关系，其中以职训总队（属职训处、亦称管训队）最令人闻风丧胆。台东设有岩湾技能训练所，绿岛设有绿岛技能训练所。
- 警总也受理匪谍检举，对于检举信函或电话，“不分真假，一通电话，警总就到”。
- 基于“支前安后”之任务，警总业务庞杂。由于中国国民党相当忌惮中国共产党渗透，对可疑中国共产党份子采取“宁可错杀一百”之扑杀，因此在戒严下，警总便成为政府最方便有效之打击工具。警总令人诟病之处为思想与言论管制，到了两岸相持、热战不再时也未放松。对台湾人民而言，警总可说是台湾威权时期政府破坏人权之代表，也是台湾人心中重大阴影。警总也制造了许多冤狱；“每个台湾人心中都有个小警总”这句俚语，在台湾代表了威权时代警总作为政府管制工具时，对台湾人造成之心理影响。[38]
中华民国第16任总统拟参选人郭台铭于2023年5月9日指出，警备总部应该要回归，里长要去受军训、因为开始要打巷战。[39]
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